3LL3A

The crystal structure of ligand bound xylulose kinase from lactobacillus acidophilus
Total Genus 150
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
150
sequence length
492
structure length
492
Chain Sequence
SLKYIIGMDVGTTATKGVLYDINGKAVASVSKGYPLIQTKVGQAEEDPKLIFDAVQEIIFDLTQKIDGKIAAISWSSQMHSLIGLGSDDELLTNSITWADNCAKSIVQDAKNRGFAQQIYRKTGMPMHPMAPIYKLLWLKNKKTEVFSQAQKWIGIKEYIIFRLTGKLVTDTTMAAGTGILNLKTLTWDQELLDILKIKKEQLPKIAQPTKVIFPIKTEYVKKLGIDSDTKIILGASDGYLSTIGVNAIDSDHCALNVGTSGAIRTIVDQPKIDPSASYFCYPADKTHYLLGGPVNNGGIVFNWARQTLFDADETPQDFLDVAQTAPAGSRNLIFLPYLGGERAPIWDANARGSFVGLTRMHQKPEMARAVIEGIIFNLYDAASNLIKNTKKPVAINATGGFLKSDFVRQLCANIFNVPIVTMKEQQSGTLAAMFLARQALGLNQDLSEIGQFAQADKVYFPNPKEAATYQKLFPLYCEIRNALAASYGKFS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title The crystal structure of xylulose kinase from Lactobacillus acidophilus
rcsb
source organism Lactobacillus acidophilus
molecule tags Transferase
molecule keywords Gluconate kinase
total genus 150
structure length 492
sequence length 492
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.1.12: Gluconokinase.
pdb deposition date 2010-01-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00370 FGGY_N FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain
A PF02782 FGGY_C FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3ll3A01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3ll3A02
3FGUA 3A5OC 3CHWA 3R6MA 4O5FA 4BVPA 2P9IB 2GWKA 4BR2A 4BR5A 1YUWA 4CJ7A 3H3OB 3CIPA 1GLLO 2VCPA 4PKHA 5AQKA 3SLCA 3UE5A 3UKRA 3A5LC 3GOIA 5AQIA 3D2EB 1XUPO 1NGBA 2A41A 5KQ8A 1NGIA 4PL7A 4ISGA 1K8KA 2QW9A 1NGDA 3CJ9A 4AM7A 3A5MC 2CGKA 3SMSA 5AZJA 2QWQA 1HUXA 5AQPA 2VYPA 3DJCA 4MLEA 2V7YA 4FPBA 3FZKA 1QHAA 4ISFA 3DXKB 1BO5O 3BF1A 5ELZA 5F0XA 3G25A 4GNIA 4MO4A 5AQFA 3WXJA 2ITMA 4CBWA 3WEEA 3ZEUA 5FPNA 4H0TB 2IVPA 3ZETB 4L3QA 1SAZA 5AZJB 3O80A 3VEVA 1S22A 3ZETA 4MLHA 1HKCA 5TKYA 4JN4A 2GELA 3EKSA 3OHRA 1GLCG 2YHXA 4FWMA 3H3NO 2FSNA 4CZIA 2P9LA 3ATUA 3QBWA 1XC3A 5EX5A 3U4LA 3KHYA 4BROA 2GEMA 4MO5A 2PBDA 4K25A 3EO3A 1WUAA 5AQNA 3C7NB 4FL9A 4BRQA 4BRCA 4H0XB 3JS6A 3CQXA 1NWKA 5AQSA 4FWRA 2A42A 3BUZB 3CQYA 4BG8A 3I33A 3W3DA 1NBWA 5BPLA 1ATNA 1NGEA 2FSJA 1NGHA 3M6GA 3HZ6A 3ENOA 2YHWA 3MDQA 1T6DA 4XH4A 3FLCO 4IJNA 4M7YA 4BC3A 3RSEA 4FPAA 4LC9B 1S3XA 1V4SA 4FWQA 3H45C 1J6ZA 2YHYA 3C0BA 3ZX3A 3VGKA 2E2OA 1V4TA 4QS7A 3IFRA 1BA1A 5E26A 3O6WA 5AQGA 1YXQA 2HOEA 1QQNA 3VEXA 2HF4A 4DHYA 3VGMA 2FF6A 2A3ZA 3F9MA 1NGGA 3LDPA 2E2PA 5AQTA 3VENA 4CZFA 3AAQA 3GE1A 3O1BA 1QZ6A 5BN9A 5AFUA 3I8BA 3LDNA 2Q1NA 3GDQA 4H5WA 2IIRA 3HSCA 3WT0A 2E20A 3O5BA 4A61A 5KPRA 5AQQA 4B1VA 2FLOA 2FF3B 5AR0A 3KVGA 3QBXA 3CERA 3VEWA 4A2BA 1Y64A 5E84A 5FPMA 5BRHA 3ID8A 4BQZA 4IWVA 4XH5A 3SMPA 3IUCA 3HI0A 1XQSC 3FZHA 3L6QA 4BRKA 2GUPA 4BVOA 1DGKN 3VF6A 4FWKA 5AFUH 1QZ5A 4BGBA 4B1XB 1H1VA 1GLDG 1KXPA 1X3NA 3GBTA 3QFUA 4H5RA 4NO7A 1K8KB 4BR4A 4BRGA 2CGLA 3H1VX 4CZEA 1HJOA 4CBXA 3ZEUB 4H0VB 4XEIA 2QM1A 2F9WA 3VERA 3FZMA 1RDWX 3MMVA 4FOEA 5AQXA 5EXWA 3VEOA 4BR7A 1TYQB 2EWSA 2AA4A 5AQVA 3QDKA 3P4IA 4IJAA 3U9DA 3UKUB 3A5NC 3LDQA 4BG9A 4FO0A 2QWPA 4WYBA 2IVOA 2E1YA 3HTVA 5BRDA 1BWFO 4BRLA 4PKIA 5EOYA 1E4GT 3H6EA 4EFHA 1C0FA 4H5VA 5KQDA 4YDUC 1GLJO 2D0PA 2P9PA 5AZIA 2VWBA 4FSVA 5KPTA 5AQJA 1NLVA 3MN7A 4B1UB 3R8EA 1QQMA 4AM6A 3S41A 4BR0A 4NB4A 5BPMA 1KAZA 2F9TA 1NGJA 1HLUA 3VESA 2V7ZA 4E1JA 1U2VB 2V51B 3LM9A 3M1FA 3IMXA 5AQUA 3DAWA 1U2VA 4HTLA 2CH5A 1KAYA 1C0GA 2E1ZA 5JICA 4CZHA 3CETA 4WQ5C 1TUYA 3EZWA 5AQOA 5JLHA 4BRNA 1ZXOA 4JHDB 4B9QA 4EHUA 2W40A 4BRPA 3D2FB 3VOVA 2CGJA 3VF4A 5B8HA 3LL3A 3FFKB 3M3ZA 3FZFA 2KHOA 2QWLA 3D2EA 3UKRB 3AARA 2YJFA 3O08A 4A2AA 4H0PA 1DEJA 3QMLA 2AP1A 3VEYA 1KAXA 3EKUA 1D4XA 2FXUA 1Z05A 1HX1A 3MCPA 3O1WA 1NM1A 1RFQA 2ASPA 1Q18A 4CD3A 1ESVA 4CI6A 3R9PA 2P9SA 2BUPA 2UYTA 2QWRA 2CH6A 2ZF5O 4A62A 3QB0A 1P8ZA 4FWLA 3AAPA 3FE1A 1BUPA 2GTDA 4DQ8A 1OKJA 3VGLA 2A6AA 3GG4A 2E88A 2Q36A 4WQ4C 3ZX2A 4CBUA 2V52B 3BEXA 4KBOA 3U8XA 4BREA 4CZGA 1ATRA 2E8AA 2Q0UA 4K43A 2D4WA 1R59O 1SZ2A 2P9UB 5KPZA 3WXLA 2E2QA 4ISEA 1NGFA 2NLXA 2ZGYA 4QS8A 1BDGA 1IG8A 5F2RA 3UKUA 4YDUA 4K41A 5AZIB 4XH1A 1TYQA 1NGCA 2P9LB 2P9KB 5ADXA 1E4FT 1NGAA 4DB3A 4FOIA 1HKGA 3FR0A 3O4WA 5ADXH 1MWMA 3CJCA 3WQUA 4WQ4A 3MN5A 4CZMA 3GL1A 1YVNA 2YJEA 3C7NA 2H3GX 3HBTA 4Y0WA 2P9NB 5AQZA 3WUHA 4BC2A 2QXLA 3ATVA 5AQLA 2GWJA 4PKGA 3TPQA 3UB5A 3FZLA 3ZX0A 5BPNA 1CZAN 1X9JA 3D7EO 4BRFA 5BR9A 3LM2A 2FSKA 2PAVA 1BG3A 4EHTA 4QS9A 3LDOA 3W0LA 3RSEB 4PL8A 3WXIA 2OANA 4CZJA 4F9OA 4JAXA 2D0OA 3VF2A 4BC4A 4O8KA 1IJJA 3CJ1A 4J8FA 3SK3A 4BRIA 3VPZA 2I7NA 3DXMB 4C23A 4FWSA 5LJVA 3TU5A 4BRMA 1ATSA 1BU6O 2P9SB 2ZWHA 3H1QA 1LCUA 2I7PA 3CI5A 4RTFD 5EY4A 3QFPA 1MDUB 4WQ5A 5JMVA 2A40A 4BR9A 2P9IA 3MK6A 1JCFA 3KZBA 3O8MA 4FWPA 4HWIA 5BN8A 1MA9B 5AQHA 5F1XA 3MN6A 2QWNA 5BRFA 5BREA 3DXMA 4JHDA 2YCHA 1MWKA 4H0YB 2HF3A 1DKGD 3DWLA 2QWMA 4I6MB 5JLFA 2NZTA 2ASMA 1TUUA 5FPEA 5CE3A 2WUSA 3EL2A 4EAHD 2DPNA 2ASOA 3B8AX 2E2NA 4IZ9A 4RCHA 5AQMA 2QWOA 5AQRA 4H0OA 4CZKA 3WEEB 3DXKA 2W41A 1GLEG 3ENHA 3L4IA 3IDHA 1HKBA 1GLBG 2A5XA 3VEZA 3WXKA 1LOTB 1ZBSA 5AQWA 2P9UA 4CD1A 4FWNA 4H5TA 3L0QA 4B1WB 4H03B 4M7XA 1QQOA 2Q0RA 4IO8A 4I6MA 3A0IX 3CJAA 1YAGA 2P9NA 4H5NA 1NMDA 5LY3A 1X3MA 2P9PB 1U6ZA 1Z6RA 3QICA 4GY2B 3SJHA 2P9KA 4BQLA 3CJ7A 3MN9A 2HMPA 3VETA 1T44A 1ZC6A 3EN9A 3JXUA 5LJWA 3HM8A 4BRHA 2D1KA 3WQTA 1GLFO 1BOTO 4BRAA 4CZLA 4JNEA 3CJBA 4Z94A 4BC5A 1GLAG 5AQYA 1EQYA 2IVNA 4EIAA 1JCGA 3A8YA 3H46O 4IXCA 1G99A 4K42A 4B1YB 4B1ZA 4BGAA 2YI1A 5I9EB 4RWTA 1JCEA 3LDLA 3D2FA 1T6CA 3U9ZA 2ZGZA 3AY9A 5EVZA 4JD2A 3ULEB 3BP8A 3J8AA 4JD2B 3ULEA 4DCHA 2Q97A 1BA0A 2NRHA 2BTFA 2Q31A 4BRDA 1RGIA 1SQKA 4M63C 1WOQA 3BF3A 2J4RA 5FPDA 2Q2RA 1HPMA 4FWOA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2LSNA 3JAMO 4O5FA 2ZM6K 1VSEA 4BR5A 1YUWA 3RMDA 3JYTA 1EWQA 2JWLA 3CIPA 3CCQN 2G8HA 4CJTA 1BHLA 1YIJN 4JI3K 4B3TK 1XUPO 2A41A 4NCBA 1NGIA 3CCVN 2HNZA 4CK1A 1VQ4N 4M3RA 4KFBA 4AM7A 4FJ8A 2A1SA 3A5MC 1HR0K 3E9OA 1OH8A 4DQPA 5KGWA 5DM6L 3SQ2A 4JS4A 3DJCA 3WXMB 2V7YA 3MEEA 4FPBA 3HM9A 3BZKA 4FLTA 4DTPA 2F8SA 5M1OA 4IO9L 3DRPA 4ISFA 4FJKA 3DXKB 3BF1A 2KFZA 3UIQA 2HBJA 3DRRA 5ELZA 3OYBA 3OW2M 3VQ4A 3WEEA 1IV0A 3ZEUA 4KTQA 2KLAA 2IVPA 4CEBA 1Y97A 1J5OA 4HVJA 1SAZA 3ZETA 3O80A 5TKYA 3K2PA 4A59A 4FJLA 1GLCG 2NRTA 3H3NO 5GAGP 3ATUA 3QBWA 4CJVA 4ICLA 2E4LA 3AVKA 1YJNN 3KHYA 2YHAA 4E7LA 4DR4K 2PBDA 3CXCM 3EO3A 5M1PA 2R7YA 4HUEA 4RW6A 3O4QA 4IOXA 4FWRA 4DTXA 4BG8A 3OY9A 1UOCA 1NBWA 1EKEA 4CK3A 2W42A 1NGHA 4JI1K 1JXBA 2YHWA 3U3GA 3MCAB 2WTUA 2OTLN 4XH4A 4IJNA 4N76A 2KZMA 3RSEA 2OTJN 1S3XA 1QQCA 1V4SA 1HNWK 3OYIA 2GV9A 2VG6A 3ZX3A 3TABA 3ZYYX 4QS7A 3MXIA 3HYFA 3SBTA 4FW2A 3T3FA 4LF7K 4FZYA 1QQNA 3THVA 1N36K 2A3ZA 2VWKA 5MLCQ 4DLEA 4DQSA 1TKDA 2P5OA 5AFUA 5BN9A 1QZ6A 5HOOA 2Q1NA 3VQBA 4H5WA 1RDBA 4FJNA 1VQLN 4JKCA 4U67L 2FLOA 4CHPA 2FF3B 5CHIA 3QBXA 1VSLA 4OPHA 5FPMA 5LMUK 1NG9A 3QEXA 3ID8A 1IKYA 4KREA 4XH5A 3SMPA 2Y1JA 4DLGA 4KRFA 3L6QA 4PHTX 2HHUA 5GAHP 1U48A 3IKMA 1NK5A 1VQKN 1MU2A 3SAFA 4DS5A 3NF9A 5AFUH 1QZ5A 4NYFA 1J54A 4DV3K 2OZSA 1GLDG 4EZ9A 3PY8A 3GBTA 3QFUA 4BDYA 4CIGA 4CZEA 1HJOA 4W5TA 4H0VB 4OX9K 3SI6A 5LL6Z 4WCEL 3SNNA 1XHZA 3TARA 4CCHA 1NKEA 1TYQB 4IOCL 2AA4A 3UKUB 4F3TA 2YHBA 2KW4A 2X74A 4WYBA 1RT1A 4OPAA 1BWFO 4PKIA 1VSKA 4Q0BA 2O8FA 2F8TA 1FK9A 3K9KA 4EFHA 3NH0A 4G9ZA 5KQDA 3V1OA 2KTQA 3QNOA 5AZIA 1HYZA 3MWTA 4FSVA 3CCSN 3TTCA 4FLWA 3J7YP 3MN7A 2D0CA 2NRXA 4DUYK 4NB4A 5BPMA 1NK9A 3CCMN 4I9QA 1QHTA 1HLUA 4E1JA 1U2VB 2V51B 3LM9A 3ZSYA 3HL8A 3AO5A 1C0GA 3HOTA 2E1ZA 5JICA 4C8MA 3CETA 1TUYA 3EE9A 4FJ5A 3OYMA 1VQNN 1A5WA 3VTHA 3VQ7A 4JHDB 4B9QA 2EX3A 1B9FA 3LP1A 4DV2K 4MDAA 2YNFA 5B8HA 5HRNA 3FFKB 3M3ZA 3D2EA 4CK2A 3UKRB 3AARA 1RDUA 3O08A 3VTIA 1RT6A 3QMLA 3K57A 2VGNA 1M1KO 1D4XA 1WSGA 1RT3A 2OPRA 1NM1A 1RFQA 4GVMA 1WLJA 2BUPA 4CHNA 1NKCA 4Z4HA 4A62A 3QB0A 4FWLA 4Z0UA 1VSMA 3AAPA 4Z4FA 1BUPA 4DQ8A 3VGLA 5DM7L 2E88A 1SKSA 1IBKK 3BEXA 3KKSA 1YVUA 5KPZA 2NLXA 2ZGYA 5HLFA 1F21A 2VGMA 4QS8A 1IG8A 4K41A 3LWLA 2P9LB 4FZXC 4TSXA 1TKZA 4CHZA 2X6NA 4PWDA 3EZ5A 1UA1A 5ADXH 1MWMA 4AHVA 3CCJN 4IEIA 1YVNA 3SV4A 4CFAA 4Y0WA 2P9NB 3WUHA 4O55A 3ATVA 2GWJA 3NGIA 4JKDA 3F73A 3ZX0A 5BPNA 1CZAN 3ZSVA 3LPTA 3EE8A 2DFFA 2RE2A 3LM2A 2YKMA 3QIOA 4PQUA 4WFAL 2NUBA 3ID6A 3OJSA 4GKKK 1SL0A 3IAYA 3LDOA 4YOYA 4GV6A 4A57A 1RBVA 3CCLN 4F9OA 3RR8A 2D0OA 4I9LA 5LMNK 3DRSA 1IJJA 4J8FA 3SK3A 3LZJA 1N5YA 5LJVA 1JLQA 4AQYK 1BU6O 3CC7N 1VRTA 3H1QA 1RDDA 3CCEN 1LCUA 5EY4A 3QFPA 3IS9A 4CGJA 3O8MA 4DUZK 1BQMA 3AVAA 3PO5A 2HW3A 4YOWA 1MA9B 3MAQA 2QWNA 2OA8A 3OYEA 1KVAA 4KH6A 4NXMK 3PX4A 5BREA 2YCHA 3WNEA 4J2AA 1DKGD 3OYFA 2VQEK 5A2QO 2QWMA 4I6MB 5JLFA 3THWB 3V9SA 1NK8A 4RW8A 2WUSA 4EAHD 4JEPA 2I5JA 2QWOA 3G71N 3NVMA 3WEEB 3ENHA 1SL1A 4YOVA 4CI6A 4IG3A 3AO1A 3VEZA 1ZBSA 4CD1A 3B6PA 2P9UA 5J2MA 4FLUA 4DWIA 4IG0A 4B1WB 4I6MA 1U04A 5LY3A 3TAPA 1U6ZA 4JYAK 1JLFA 1Z6RA 4GVEA 3LWMA 4CEZA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 5GIP A;  3HPO A;  4J2B A;  3EL2 A;  4FJH A;  5CY4 A;  3B8A X;  4RCH A;  1X9M A;  5AQR A;  4KHS A;  4WFB L;  3L4I A;  2W41 A;  3O3G A;  2DY4 A;  3IDH A;  1LOT B;  3VQ9 A;  4FWN A;  3CPW M;  3ALY A;  3L2V A;  2Q0R A;  4B08 A;  4H5N A;  2P9N A;  3HST B;  3OYD A;  1X3M A;  2P9P B;  3QIC A;  4B3O A;  4IDH A;  3O9T A;  1XMQ K;  5CZ1 A;  3LP3 A;  3MN9 A;  1TL1 A;  1ZC6 A;  3VET A;  4DG1 A;  4FLX A;  1VQP N;  1QSY A;  2JLE A;  3HM8 A;  2IGI A;  2G8U A;  1BI4 A;  4FXD A;  3ZT1 A;  3ZSO A;  4JNE A;  4X65 K;  2O8C B;  4MDB A;  1L3V A;  1S72 N;  4JK8 A;  3NF7 A;  4EIA A;  1NJW A;  3A8Y A;  4U7B A;  1NJI O;  2W6L A;  1WBB A;  3ZT3 A;  2RN2 A;  3AVN A;  1JCE A;  4M3U A;  3U9Z A;  2OPP A;  1EXQ A;  3AY9 A;  4JD2 A;  1YF5 L;  5IT9 O;  1ASW A;  4DV6 K;  4OGC A;  3MEG A;  3KD5 E;  2HHT A;  1LW0 A;  1C0T A;  1NU0 A;  2E6M A;  2UXB K;  1C1B A;  3DLR A;  4WE1 A;  2NNW A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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