3LL3A

The crystal structure of ligand bound xylulose kinase from lactobacillus acidophilus
Total Genus 150
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
150
sequence length
492
structure length
492
Chain Sequence
SLKYIIGMDVGTTATKGVLYDINGKAVASVSKGYPLIQTKVGQAEEDPKLIFDAVQEIIFDLTQKIDGKIAAISWSSQMHSLIGLGSDDELLTNSITWADNCAKSIVQDAKNRGFAQQIYRKTGMPMHPMAPIYKLLWLKNKKTEVFSQAQKWIGIKEYIIFRLTGKLVTDTTMAAGTGILNLKTLTWDQELLDILKIKKEQLPKIAQPTKVIFPIKTEYVKKLGIDSDTKIILGASDGYLSTIGVNAIDSDHCALNVGTSGAIRTIVDQPKIDPSASYFCYPADKTHYLLGGPVNNGGIVFNWARQTLFDADETPQDFLDVAQTAPAGSRNLIFLPYLGGERAPIWDANARGSFVGLTRMHQKPEMARAVIEGIIFNLYDAASNLIKNTKKPVAINATGGFLKSDFVRQLCANIFNVPIVTMKEQQSGTLAAMFLARQALGLNQDLSEIGQFAQADKVYFPNPKEAATYQKLFPLYCEIRNALAASYGKFS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title The crystal structure of xylulose kinase from Lactobacillus acidophilus
rcsb
source organism Lactobacillus acidophilus
molecule tags Transferase
molecule keywords Gluconate kinase
total genus 150
structure length 492
sequence length 492
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.1.12: Gluconokinase.
pdb deposition date 2010-01-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00370 FGGY_N FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain
A PF02782 FGGY_C FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3ll3A01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3ll3A02
4BRFA 5FPNA 3D2EA 3AARA 4MO4A 3QBWA 2D1KA 4BRCA 3VGLA 1U2VB 3H3NO 5AQPA 1K8KB 4HWIA 1HKCA 4CZLA 4BC2A 5BPLA 3AY9A 1WUAA 2ASPA 3EO3A 4BR0A 2YHYA 2ASMA 3EN9A 5E84A 2KHOA 2ITMA 2GWKA 1SAZA 4DQ8A 2NZTA 3CJAA 4DHYA 3MCPA 4YDUC 4A62A 4NB4A 1J6ZA 2YJEA 3LM9A 5AQGA 4CZJA 2F9TA 3SMSA 5BN9A 3VESA 3WXIA 3ATUA 1HKGA 3VEXA 3EZWA 3GBTA 5KPZA 1BWFO 1RGIA 3AAQA 3LL3A 5FPEA 4CZGA 1QZ5A 3EKUA 4H5VA 3CQXA 1S22A 3FZLA 2P9PB 3R8EA 5AFUA 3LDNA 2QWRA 1RDWX 3L6QA 4K42A 1U2VA 4EFHA 4BRGA 4JHDA 4BRDA 5AQKA 4BGAA 3GDQA 5AQYA 1HUXA 1YUWA 5LY3A 2NLXA 3QFPA 3M6GA 1QQOA 2I7PA 3IDHA 3A5MC 2P9UB 4CZHA 3MN5A 1GLEG 2E1YA 1GLAG 1JCEA 2HF4A 3FZHA 4IWVA 5AQLA 4PL8A 4H03B 1DEJA 1T6DA 2A3ZA 3BEXA 4JD2B 4M7YA 1NGEA 4XH4A 5EVZA 5AQOA 2P9UA 2AP1A 2VWBA 4FO0A 3TU5A 3CI5A 5BRFA 3SJHA 3ULEB 3H46O 4WYBA 5AQHA 1NGAA 2QWMA 4IXCA 3WEEB 3ZEUA 5B8HA 1GLDG 1DKGD 2VYPA 5BPNA 4BQLA 2P9IB 5AZJB 1JCFA 4MLHA 3VF4A 2Q97A 2UYTA 1WOQA 2GUPA 4DB3A 4XEIA 4PKHA 2CH6A 4H0TB 1ATNA 4IJNA 4NO7A 3J8AA 2FSJA 4BVPA 3CJCA 2HMPA 3OHRA 4K41A 3FR0A 1NGJA 1ZBSA 2P9LA 3DJCA 3CHWA 4B1XB 1RFQA 3C7NB 3VEWA 3SMPA 1KAYA 3R6MA 4CD3A 2V7YA 3WQTA 4CZEA 5AZIB 1K8KA 4JHDB 2A5XA 1DGKN 2QM1A 4A61A 4K43A 4H0XB 2CH5A 4CBXA 5BRHA 1HLUA 2FSKA 2CGJA 1SZ2A 3O1WA 1EQYA 1T6CA 5BR9A 1KAZA 2P9NB 4BGBA 3VERA 3DAWA 4FWNA 3UKUB 2HOEA 5E26A 3BUZB 3I8BA 1NGBA 5AQUA 1BO5O 4CZKA 3IUCA 1NGFA 3EKSA 1IG8A 2E8AA 2QWPA 1ESVA 3CJ1A 4ISFA 4FWQA 4FWOA 1NM1A 2Q0UA 2EWSA 4PKGA 5TKYA 3QFUA 2VCPA 4FWSA 4H0YB 4M63C 3H1VX 3R9PA 2I7NA 3A5LC 4WQ4A 5AQZA 4LC9B 1Y64A 3DXMB 4ISEA 5JLFA 1Z6RA 1ZXOA 1HJOA 5AQNA 1HKBA 1V4SA 2P9KB 4FWPA 4GNIA 3FZMA 2P9PA 4RWTA 3MN6A 3D7EO 4FL9A 1GLFO 1NGCA 2E88A 4O8KA 2PAVA 5ELZA 1IJJA 3A8YA 5F0XA 1JCGA 1GLBG 1TYQB 3BP8A 3AAPA 4FWKA 1YVNA 3U4LA 4WQ5C 1X3NA 3ZX2A 2YCHA 3JXUA 2IVPA 4CZIA 1NMDA 5BN8A 4FOIA 3ZX0A 3M1FA 1NBWA 4J8FA 4H5TA 2E2NA 4PL7A 2V7ZA 3O5BA 5ADXH 1BOTO 2E2OA 3O08A 4BRLA 5AZJA 4F9OA 3CJ9A 3O80A 1X3MA 2Q1NA 4ISGA 3WXLA 2A41A 3FE1A 4FSVA 2P9SB 2YI1A 4YDUA 3ZETB 4AM6A 3QBXA 3BF1A 3CJ7A 2QWQA 3FLCO 4Y0WA 4CBWA 1XQSC 1P8ZA 3H45C 2P9SA 4K25A 4C23A 3QDKA 1C0FA 4BC4A 4BRKA 4Z94A 2D0OA 3UKRA 1BU6O 1GLCG 3HSCA 3VEYA 1C0GA 1V4TA 2ASOA 2V51B 3KHYA 3UB5A 3MMVA 2PBDA 4BC5A 2IIRA 4BRAA 3KVGA 2OANA 3ENOA 3HI0A 1BUPA 4BR7A 3P4IA 1MA9B 3ATVA 1MWMA 2FSNA 3IMXA 4FWRA 3A5NC 4EHTA 3VEOA 2YHWA 2AA4A 4BROA 3WXKA 3FGUA 4QS9A 2NRHA 3WEEA 4H0VB 5EXWA 1XC3A 3VENA 3MDQA 2IVNA 4EHUA 1YAGA 3RSEA 5AQIA 4BR4A 5KPRA 3U8XA 2Q36A 4H5NA 3DXKB 4BR5A 5JICA 3LDOA 4H5RA 4DCHA 1NGGA 1Q18A 5AQQA 2Q0RA 3CQYA 3O1BA 3VOVA 4AM7A 1YXQA 5JMVA 5AQXA 5ADXA 3ZX3A 4H5WA 4BRQA 1BG3A 5AQJA 4E1JA 1SQKA 2GELA 1T44A 2ZGZA 4FOEA 4I6MA 1NGDA 3BF3A 4B1ZA 4B1UB 2FF3B 2Q31A 2E2PA 4BVOA 3G25A 4CZMA 3LDLA 3MN9A 4B1WB 3GE1A 3UKRB 3D2FB 4B9QA 2YJFA 1NGHA 3A0IX 5AR0A 1NGIA 3WT0A 3I33A 5EY4A 5F1XA 3JS6A 4QS7A 2E1ZA 1S3XA 3MK6A 1X9JA 1GLLO 3CETA 3M3ZA 4BQZA 2E20A 4B1VA 4A2BA 4HTLA 3D2FA 3FFKB 5I9EB 3W0LA 4A2AA 4IJAA 5BREA 3CJBA 4BG9A 4JAXA 5AFUH 3A5OC 4B1YB 3HBTA 3GOIA 1TUUA 3UKUA 4BRIA 4FWLA 5AQWA 3HM8A 3ID8A 2V52B 3ULEA 3KZBA 5AQRA 1ZC6A 5LJVA 3H3OB 4M7XA 2YHXA 4BG8A 1XUPO 1TUYA 3H1QA 4XH5A 1QQNA 2WUSA 4MO5A 4JN4A 1QZ6A 1BA0A 3S41A 3EL2A 5KPTA 2CGKA 3ZETA 5KQDA 4EAHD 5AQMA 3LM2A 3O8MA 4WQ5A 4XH1A 3VEVA 4FPAA 4CD1A 4CZFA 1LOTB 4QS8A 3GG4A 2FF6A 4H0PA 1HX1A 1CZAN 3W3DA 4BC3A 5KQ8A 2QXLA 1QHAA 4I6MB 4FWMA 1E4FT 3QMLA 4EIAA 3FZKA 2P9KA 3HTVA 1MDUB 2P9NA 3LDQA 3SK3A 3F9MA 4KBOA 4BR9A 4GY2B 2W41A 3ENHA 3GL1A 2W40A 1BDGA 3TPQA 4IZ9A 3VGMA 5LJWA 1ATSA 5JLHA 4WQ4C 1TYQA 3SLCA 4CBUA 3U9ZA 3L4IA 5BPMA 5AQSA 1OKJA 3DXKA 4JNEA 4CJ7A 5CE3A 1D4XA 4MLEA 4JD2A 4BREA 3DWLA 3LDPA 1E4GT 2J4RA 5AQVA 1MWKA 3VPZA 4IO8A 1BA1A 1GLJO 1H1VA 5BRDA 4O5FA 3VGKA 3C0BA 2A40A 4BR2A 3ZEUB 3QICA 1KAXA 3QB0A 2IVOA 2H3GX 3D2EB 3MN7A 5FPDA 1G99A 1U6ZA 2GTDA 5F2RA 5AQTA 1HPMA 2QWNA 2ZGYA 2A6AA 3HZ6A 3WUHA 5EOYA 1NLVA 2BUPA 2F9WA 2FXUA 4FPBA 2GWJA 4L3QA 1LCUA 2FLOA 2ZWHA 2P9LB 3H6EA 3O4WA 3VEZA 2HF3A 3U9DA 2D0PA 1NWKA 2Q2RA 3CERA 3O6WA 5AZIA 3VF2A 2E2QA 3L0QA 1KXPA 2CGLA 2GEMA 4RCHA 3VF6A 4H0OA 1ATRA 4BRHA 3WQUA 2A42A 3VETA 4BRPA 1QQMA 3WXJA 2D4WA 2QWLA 1R59O 4BRNA 3CIPA 1Z05A 3DXMA 2ZF5O 5AQFA 5EX5A 3UE5A 5FPMA 3FZFA 4CI6A 3IFRA 3RSEB 2QW9A 3B8AX 2BTFA 2QWOA 4PKIA 4RTFD 2P9IA 2DPNA 3C7NA 4BRMA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5AJ3K 5FPNA 4OPAA 3AARA 4MO4A 1QE1A 3OYNA 1IKXA 1Q81O 1HKCA 4IOXA 1NK7A 3SQ1A 4BC2A 4LF6K 5JS1A 3AY9A 4FJMA 2ASPA 5MLCQ 1DTTA 3EO3A 4BR0A 4KTWA 3EN9A 3TAEA 2O4GA 4MQ3A 3E01A 1TKDA 2OPQA 2JWLA 1SAZA 2WFBA 5C12A 1DT9A 3CJAA 4BY9C 4CFAA 2QA4N 4DHYA 4CHOA 3QERA 4B9MA 4AHTA 4H8KA 5KRSA 2OCEA 4WF9L 3U6FA 3OJUA 2YV0X 2YJEA 3KTQA 3O4QA 2E4LA 3VQAA 2HMIA 1WSGA 5DK5A 3AVMA 2KLAA 4GKJK 3KWGA 4CZGA 3EKUA 1TAQA 4H5VA 2HW3A 3CQXA 4CEBA 2P9PB 3R8EA 4M45A 4CJ5A 3L6QA 4K42A 3AO5A 4JHDA 4FLZA 4CJQA 3TSPA 1QQOA 2I7PA 1XMOK 3ITHA 1UOCA 3CCSN 3A5MC 3S3OA 4K8ZA 3MN5A 3PY8A 1GOBA 3VQDA 1U4BA 1Y97A 4AF1A 3AVAA 1NG9A 1IV0A 1KVCA 3M5RA 1JCEA 1OH5A 2W6LA 3BEXA 5LL6Z 2VG6A 4CF2A 5AQOA 2AP1A 3TU5A 4JKGB 3LP2A 4FJXA 3CYMA 5BRFA 2NRTA 3KK2A 4WYBA 1IKYA 3TSUA 3EE9A 1VQ7N 1NU0A 4IXCA 3WEEB 3L3VA 1VSMA 3OVNA 1QSSA 4MLHA 1KTQA 4CEDA 2UYTA 1N8RO 2NRXA 3RMBA 4XEIA 2CH6A 4JK9A 4IJNA 2FBYA 3J8AA 3TAMA 4CVNE 3OYFA 2ZQBA 4MDBA 4FVUA 3CHWA 4DSLA 5M1QA 3VEWA 3THWB 1HQEA 2YNIA 3DRPA 1KAYA 4CJWA 3WQTA 4A61A 4H0XB 3AVCA 4A59A 4CBXA 2UXBK 2W6KA 2CGJA 2ITGA 1EQYA 2P9NB 2RHKA 4DWIA 4FJHA 3C6UA 2ZJPL 4Z4EA 1BO5O 2QTDA 3VQPA 1L3TA 3KLIA 1C1BA 4FWQA 2Q0UA 1W9HA 2VCPA 3L3UA 4CJFA 4G1QA 3OYGA 2I7NA 3RVCA 4C8LA 1YJNN 3FZMA 1BGXT 1L3VA 3D7EO 4F2SA 1GLFO 4O8KA 2OZSA 1K6YA 3ZYYX 4LH4A 1ASUA 4IO9L 1UA1A 1ILYA 3T7ZA 4AHVA 1LWFA 4OKEA 2QI2A 2YCHA 4HTUA 2GV9A 3NH1A 3V9ZA 4FOIA 3ZX0A 3CCMN 2F7TA 1NMNA 2I5JA 4C1NK 3I0RA 4PL7A 2VQFK 4CGIA 4YOXA 1BOTO 4BRLA 4F9OA 5I42A 2Q1NA 4ISGA 1WN7A 1HPZA 5E41A 3ZETB 3K59A 3CCJN 1XQSC 4ICLA 3H45C 2P9SA 3ZT2A 4Z94A 3VQ6A 1GLCG 4DQIA 3VTIA 3DRRA 2ASOA 3VQ7A 4DKWA 1YJWN 3L8BA 2PBDA 4BC5A 1U47A 1D9DA 4CESA 3KVGA 4DFMA 3TAFA 3HI0A 3QLHA 4BR7A 4FLYA 1VQKN 1MA9B 4I9QA 4W5QA 2O8DA 5DM7L 3BGRA 4JI3K 3VEOA 1TKTA 1Z25A 4QS9A 2NRHA 4H4OA 1NK5A 1XNQK 1RT4A 4EHUA 1EWQA 4DR3K 5D3GA 4DS4A 1TKZA 4H5NA 4BR5A 5JICA 1CLQA 4TSXA 4DF4A 1NGGA 3P1GA 3PX0A 4O44A 3MEDA 2WONA 1KVBA 3CQYA 1U48A 3H08A 3RMCA 4LF5K 4B3OA 5JMVA 5AQXA 1KLNA 5ADXA 1S9EA 4CJPA 3VQ8A 5AQJA 1Q82O 4YORA 4AHUA 3SAFA 4E1JA 4OPKA 4LF7K 4M3ZA 4WFBL 4I6MA 4CK1A 1NGDA 4CF1A 3WNGA 1VQMN 3DLEA 5CHIA 5CYQA 4CF9A 4C8MA 4B1UB 1T3VA 3NF6A 4CZMA 3LDLA 4OJRA 3VQCA 1I39A 5C42A 2G8UA 1EP4A 1VSHA 3JS6A 4QS7A 4W5NA 3VQ5A 4BQZA 4B1VA 3THYB 1P90A 3MWTA 3F2KA 4HTLA 4JI4K 3FFKB 3ZT0A 5GAGP 4X62K 3KWIA 4IJAA 3L2UA 1W0HA 3OYIA 2O4IA 3K2PA 1KFSA 3IG1A 4NCAA 4JAXA 5AFUH 5C10A 5J2NA 3CG7A 3ALYA 4FWLA 3ID8A 3ULEA 3HP9A 4CF0A 1ZC6A 5LJVA 4E7IA 3PX4A 4Z4IA 4DUZK 2Z1JA 1S1TA 3K9JA 1BI4B 3AVKA 4MO5A 4M41A 1W2BM 3BDPA 1WSHA 1ASVA 3CCVN 4NYFA 3S41A 4CGJA 3M8PA 3LM2A 3O8MA 4GW6A 1LAWA 1UWBA 4KTQA 2A1SA 4CD1A 1QVGM 2OZMA 3W3DA 3IAYA 5DMRA 3DLBA 3RMAA 1WBBA 1QHAA 3PIPL 4FWMA 3QMLA 3MAQA 3HVTA 3FZKA 1MDUB 3F9MA 3WXMB 1B9FA 4RW4A 1X9WA 1CXUA 3KK7A 3ENHA 2UUBK 1TV6A 2Y1IA 3GL1A 4HCCA 3TPQA 4KAZA 2FC0A 1WAJA 3SZ2A 2HNYA 5JLHA 3OS1A 3AA4A 5A2QO 4CBUA 3Q7BA 5BPMA 4IFVA 4JNEA 4FLUA 4KHUA 4YOTA 1RCHA 4JD2A 4N56A 3DWLA 1E4GT 2J4RA 1JLBA 1NK0A 3ZSQA 1L5UA 1GLJO 2VWJA 4DQSA 1H1VA 2HHVA 1Q9XA 2OTJN 3ZEUB 1KAXA 1T05A 1W97L 3MN7A 1G99A 1U6ZA 2GTDA 2O8CA 5F2RA 5AQTA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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