3LL3A

The crystal structure of ligand bound xylulose kinase from lactobacillus acidophilus
Total Genus 150
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
150
sequence length
492
structure length
492
Chain Sequence
SLKYIIGMDVGTTATKGVLYDINGKAVASVSKGYPLIQTKVGQAEEDPKLIFDAVQEIIFDLTQKIDGKIAAISWSSQMHSLIGLGSDDELLTNSITWADNCAKSIVQDAKNRGFAQQIYRKTGMPMHPMAPIYKLLWLKNKKTEVFSQAQKWIGIKEYIIFRLTGKLVTDTTMAAGTGILNLKTLTWDQELLDILKIKKEQLPKIAQPTKVIFPIKTEYVKKLGIDSDTKIILGASDGYLSTIGVNAIDSDHCALNVGTSGAIRTIVDQPKIDPSASYFCYPADKTHYLLGGPVNNGGIVFNWARQTLFDADETPQDFLDVAQTAPAGSRNLIFLPYLGGERAPIWDANARGSFVGLTRMHQKPEMARAVIEGIIFNLYDAASNLIKNTKKPVAINATGGFLKSDFVRQLCANIFNVPIVTMKEQQSGTLAAMFLARQALGLNQDLSEIGQFAQADKVYFPNPKEAATYQKLFPLYCEIRNALAASYGKFS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords Gluconate kinase
publication title The crystal structure of xylulose kinase from Lactobacillus acidophilus
rcsb
source organism Lactobacillus acidophilus
molecule tags Transferase
total genus 150
structure length 492
sequence length 492
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.1.12: Gluconokinase.
pdb deposition date 2010-01-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00370 FGGY_N FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain
A PF02782 FGGY_C FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3ll3A01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3ll3A02
2FLOA 2YI1A 4B1ZA 5ADXH 2A40A 3I33A 3MN9A 1EQYA 4BRMA 3BF3A 2ASPA 4H0OA 5AQNA 5I9EB 3B8AX 1S22A 3UB5A 3VEVA 3BP8A 4F9OA 3LDNA 5LJWA 4JD2A 2QW9A 3S41A 2VYPA 5BPNA 4KBOA 3DWLA 1BO5O 1NMDA 2P9LB 2EWSA 1U6ZA 3VESA 4WQ5C 1CZAN 1NBWA 3D2EA 4FWMA 4BVPA 2P9NB 3H1QA 5KPZA 3HSCA 4M7YA 1DKGD 5TKYA 4M7XA 4CZEA 5AQRA 2FF6A 4BRHA 2E2PA 2F9TA 4IJNA 4C23A 2D0PA 1NGIA 1NM1A 4BRCA 4O8KA 4BR0A 1U2VA 4BQLA 4H0YB 4LC9B 4K25A 1E4FT 3FFKB 4JN4A 3WUHA 4CBUA 1WUAA 3CETA 4FO0A 3FLCO 5AZIA 1Z05A 5CE3A 1ZXOA 2P9KB 2V52B 2Q0UA 5BN8A 1V4TA 5BRDA 2A41A 2E2OA 5AQSA 2QWOA 3O08A 1ESVA 3M3ZA 3ZX2A 4CZGA 1GLCG 3O8MA 3H46O 4A61A 3A0IX 4QS8A 3EL2A 2Q36A 4WQ4C 3EO3A 3M6GA 3EN9A 3D2FB 3RSEB 5JMVA 5AFUH 1NGAA 3CQXA 1BOTO 4BRIA 2DPNA 1GLJO 5LJVA 4EFHA 1ZBSA 2GUPA 3LDOA 4WYBA 4MLHA 2H3GX 2HF3A 2Q97A 4ISFA 3WXIA 2QWQA 1NGDA 3VEXA 3ATVA 3MN5A 2QWNA 2ZF5O 3VEZA 1HKGA 3MDQA 5EY4A 2E2QA 1XUPO 5AQYA 3UKRB 2IVOA 2PBDA 2V51B 3H6EA 3SMPA 3WEEA 1XQSC 4WQ5A 1R59O 4XH1A 1QZ6A 3HM8A 3BUZB 1QZ5A 4FSVA 4HTLA 4CZMA 3M1FA 2NRHA 5AZJB 2A5XA 1ATNA 1KXPA 3IUCA 1QQOA 4BREA 3CJ9A 3CJ7A 1P8ZA 5AQUA 1Z6RA 4JHDB 4CJ7A 1S3XA 5FPEA 3QMLA 3VF6A 1JCGA 5AFUA 4FWRA 1BA1A 3UKUB 4BRDA 1GLBG 1JCEA 3U8XA 2IVNA 2QWRA 1K8KB 3DXMA 4K41A 3CJCA 3HBTA 3DAWA 2BUPA 4FWQA 4H5RA 4DQ8A 3LDLA 3EZWA 1D4XA 3G25A 4WQ4A 4HWIA 3KZBA 3TPQA 4BRQA 4BRKA 3WQTA 5ELZA 4PKHA 3VENA 1RGIA 5EVZA 5BR9A 3CJAA 3WT0A 3D7EO 3VEWA 4GNIA 2E8AA 4FPAA 2P9UA 4BROA 5F0XA 2V7ZA 3JXUA 1NWKA 3FZFA 3FR0A 1TYQA 1MDUB 1NGFA 3O1BA 2P9IA 4QS9A 5AQVA 4BRAA 2P9SA 4FWOA 4I6MA 2HOEA 3R9PA 3ULEB 4B1VA 4B1UB 4H5VA 3FZMA 2F9WA 4PKGA 5F1XA 3ENOA 5AQLA 5FPNA 3ZETA 2FSNA 3ZEUA 3O6WA 3WXLA 4PL7A 4EIAA 2AP1A 5KPRA 4EAHD 3GL1A 4XH5A 5B8HA 3LL3A 2ITMA 4BRLA 3AAPA 2P9PA 5KPTA 2I7PA 2BTFA 2GTDA 3GE1A 5AQGA 4H03B 4MO4A 1GLAG 3SJHA 5EX5A 4K43A 3QB0A 4NB4A 4YDUC 3DJCA 5AR0A 2QWLA 2FSJA 4GY2B 4BC4A 5JLFA 1HLUA 4BVOA 4FWLA 3L4IA 4H0VB 2CGJA 3A5LC 4BRPA 3MMVA 3J8AA 3L0QA 2OANA 3R8EA 5AQTA 4BRFA 3O5BA 2GEMA 5KQ8A 2P9LA 3ZX0A 2QWMA 3C7NB 3DXKB 2Q0RA 2P9NA 3GOIA 1T6CA 3VGKA 5BRFA 3ID8A 4K42A 4H5NA 2YHWA 2FF3B 2QM1A 3VERA 5AQFA 4DHYA 4QS7A 3LDPA 4BR5A 1E4GT 1GLDG 1HX1A 1NGGA 3GG4A 2CH6A 3VF4A 2D4WA 4A2BA 3O80A 4BR7A 2AA4A 1RFQA 3VGLA 2YHXA 2E1YA 2Q2RA 1MA9B 4CI6A 1GLEG 4A2AA 2P9KA 2PAVA 2WUSA 4PL8A 4BC3A 4H0PA 4EHUA 4H0XB 1H1VA 3ZX3A 4PKIA 4B1WB 4RTFD 3VPZA 4CZFA 3VEOA 1MWKA 1DEJA 2V7YA 3I8BA 2NLXA 4J8FA 1ATSA 3CQYA 4IJAA 3D2FA 1LOTB 4NO7A 3RSEA 5BPMA 4FWSA 3SLCA 1RDWX 3F9MA 2HF4A 1QHAA 1WOQA 2NZTA 5E84A 2W41A 4XEIA 2D0OA 4H5WA 4BC2A 1BU6O 3CERA 3UE5A 2FSKA 4JD2B 4Y0WA 2Q31A 4ISGA 5AQWA 5BPLA 1KAXA 4L3QA 3U4LA 3D2EB 2QXLA 4BG9A 3H1VX 1HKCA 3BEXA 4CZIA 5AQHA 1NLVA 5BN9A 2ZWHA 3UKRA 4BGAA 3AY9A 3QBXA 1QQMA 4B1YB 3FGUA 2E20A 3EKUA 5AQOA 4BG8A 3MK6A 4AM7A 3A5NC 3CHWA 1U2VB 3QBWA 4JAXA 3LDQA 3AAQA 5AZJA 3ENHA 3JS6A 2J4RA 5AZIB 3VF2A 4CZJA 1ATRA 3P4IA 5KQDA 2A3ZA 3FE1A 1HJOA 1KAYA 5EXWA 2YJFA 2KHOA 4JHDA 2CH5A 3VGMA 2ZGYA 5AQZA 3CIPA 2CGLA 3L6QA 3UKUA 3SK3A 1NGBA 1K8KA 4BQZA 4IZ9A 2VWBA 3IMXA 1MWMA 1Y64A 2ASMA 4BR9A 3CJBA 1Q18A 4M63C 4DCHA 4A62A 1BA0A 2ZGZA 1HUXA 4MO5A 2HMPA 1G99A 5AQPA 4FPBA 1DGKN 4FOEA 1XC3A 1KAZA 3MN7A 3AARA 2VCPA 4BGBA 5FPMA 4CD3A 2E2NA 5AQJA 3GDQA 4O5FA 4EHTA 4XH4A 2IIRA 1IG8A 5EOYA 4BR2A 1SAZA 3CJ1A 4FOIA 3KHYA 1YVNA 1NGEA 3FZLA 4RCHA 1C0GA 3FZHA 3A5OC 3WEEB 3LM2A 1HPMA 4MLEA 1X3NA 3H3OB 3U9ZA 2W40A 3ULEA 2GWKA 4CZHA 3WQUA 2GWJA 2Q1NA 5LY3A 4FWPA 4CD1A 3HTVA 3QFPA 4BRGA 2GELA 5ADXA 3FZKA 3QFUA 2I7NA 2IVPA 5AQKA 1LCUA 4FWNA 1NGHA 3MCPA 1TUYA 4RWTA 4BC5A 5BREA 2YJEA 2QWPA 4H0TB 3W0LA 3IFRA 5FPDA 4B9QA 5F2RA 3MN6A 4BRNA 4BR4A 5BRHA 1SQKA 1J6ZA 3KVGA 2CGKA 5AQXA 2YCHA 4FL9A 1BG3A 2A6AA 2D1KA 3VEYA 3IDHA 4JNEA 5AQIA 1V4SA 3DXMB 1T6DA 5E26A 3EKSA 3GBTA 1SZ2A 1OKJA 3O1WA 3BF1A 4CBXA 3QICA 1BUPA 1NGJA 1IJJA 2A42A 1TUUA 4Z94A 2P9UB 2E88A 3OHRA 5AQMA 3C7NA 3DXKA 3WXJA 4B1XB 4CBWA 1TYQB 3WXKA 1YUWA 2P9IB 4YDUA 1ZC6A 4ISEA 1BWFO 2P9SB 2UYTA 2FXUA 3H3NO 4CZKA 4I6MB 3O4WA 3A8YA 5JICA 2YHYA 1C0FA 3HI0A 3TU5A 4E1JA 1NGCA 4IO8A 3H45C 5AQQA 1X3MA 1JCFA 3VOVA 1HKBA 1YAGA 3ATUA 3C0BA 3U9DA 5JLHA 2E1ZA 1GLLO 3W3DA 4FWKA 3ZETB 1YXQA 3ZEUB 4AM6A 4CZLA 1QQNA 2ASOA 4H5TA 1T44A 3LM9A 3CI5A 4IXCA 1BDGA 3R6MA 3QDKA 1GLFO 1X9JA 3SMSA 3HZ6A 2P9PB 4IWVA 4DB3A 3A5MC 3VETA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4I2QA 2Z1HA 5ADXH 1QSSA 2RE2A 4DLEA 1ASWA 3O9TA 1EQYA 4LF7K 5C24A 1JLCA 4CIGA 5I9EB 1QVGM 1S22A 4CGFA 3BP8A 3V9UA 4B3RK 2BH1A 3OY9A 4KBOA 1BO5O 1NMDA 3ZSYA 1U6ZA 1T05A 3PUFA 3MEEA 4CCHA 3KK7A 1KTQA 3HSCA 3AVLA 5TKYA 1OH7A 4CZEA 4IDHA 4C23A 4CF8A 4PUOA 2D0PA 4HHTA 3V4IA 4O8KA 4BR0A 5M1NA 4H0YB 4LC9B 4AH9A 4K25A 4CK3A 3K59A 1TV6A 3LWMA 5AZIA 5CE3A 1ZXOA 4MQ3A 3VTHA 4E0DA 1BCOA 2V52B 4FYDA 2E2OA 3O08A 4B3MK 4LFBK 1ESVA 1GLCG 3O8MA 2D0AA 3A0IX 3OYNA 3AVFA 1W0HA 4WQ4C 3OTOK 3D2FB 5AFUH 1UOCA 3CC4N 4CK1A 4E7IA 4HTUA 3MEDA 4FJ5A 1BOTO 3HK2A 2DPNA 1M90O 1ZBSA 4F3OA 4FLZA 3LDOA 3P39A 2WFBA 4OKKA 2F8TA 3E01A 4CIFA 3THYA 2QA4N 3WXIA 1T3VA 3K58A 4IBNA 2QWNA 3VEZA 1JXBA 3PV8A 5SZTA 3THVA 1HNXK 3C6UA 1XUPO 3HP6A 4DV7K 4DV2K 2PBDA 1WLJA 3VQEA 3VQQA 3F2KA 4IEIA 4W5QA 4FSVA 1BCMA 1M1KO 3AVJA 1N34K 1KXPA 3TAPA 3QEPA 1QQOA 3NH1A 3HJFA 4BE1A 2LSNA 4PY5A 4R79A 4KH5A 3NMUA 3NH2A 1VQ7N 4A59A 1RBUA 1D9FA 4JI7K 1UAXA 3UKUB 2IVNA 2G8UA 3DXMA 3LP3A 4FWQA 4H5RA 3OS0A 3QERA 3EZWA 4CJ5A 1S9GA 4FJKA 1IKVA 4LFCK 2FBYA 3KZBA 3TPQA 1JLAA 4NXMK 4CECA 3HPHA 3TTDA 5J1EA 4CGHA 4CJSA 3NF6A 3E66A 4FPAA 4ELVA 3NDKA 3RMDA 4B9UA 4IFEA 3CG7A 3O1BA 1IO2A 4JRPA 4BRAA 4J2DA 1J54A 4IOCL 3BZKA 3KWIA 4M3XA 1JLFA 3I0SA 4Q5VA 3CCVN 1NKEA 3ENOA 3SUQA 2W42A 2WONA 4FVUA 5AQLA 5FPNA 2FSNA 3ZEUA 4FZZA 4EIAA 4RW6A 3L2WA 4DR4K 4DLGA 4R5PA 2ZE2A 1YVUA 3VQ6A 4CHZA 2BTFA 2GTDA 4FJHA 1RT1A 3M8PA 1K8AO 2G8IA 3CFRA 4A5AA 1ZBFA 2G8VA 1WSFA 3AVBA 2IOCA 4DTOA 3V9XA 3SPZA 3O3GA 2ZJPL 3MX2A 3BZCA 3SI6A 2QWLA 1KQSM 1REVA 1WN7A 4DS5A 4DU1A 3L4IA 4K0KK 4N41A 1OVQA 3A5LC 1SL0A 4ICLA 1N36K 4DMNA 4BRPA 3L0QA 3L4QA 3ZX0A 4IO9L 4BDYA 4M3TA 1F21A 2FBXA 5I3UA 4GW6A 3DXKB 1HR0K 2YHWA 2FF3B 3I55N 1EX4A 1HPZA 1KD1O 4YFUA 4QS7A 4FLWA 2CH6A 1C1CA 1CZBA 1QSLA 1EKEA 4C1NK 2OPQA 2YHXA 1BHLA 1HQUA 2Q2RA 1KRPA 4A2AA 4A5BA 4PA1A 4DTUA 1KLMA 4PL8A 4BC3A 4CEDA 4EHUA 1NG9A 4PKIA 4B1WB 5JVGL 3VPZA 4CZFA 3J80O 1L3SA 3SJJA 3HO1A 4CHOA 1VRTA 4CJTA 1TK8A 3HYFA 3D2FA 4FVMA 4OX9K 5M1FA 1ZBHA 3AO5A 3SLCA 3OYIA 2XY6A 5J2NA 2VQFK 4XEIA 1BU6O 5DM7L 3CFOA 2KTQA 2HNYA 4JD2B 3CFPA 1JLQA 2QXFA 5SWMA 4IFVA 3AA2A 4CJQA 1KVCA 5AQWA 1ZBIA 1KAXA 1VSLA 1QS4A 1LW2A 3PY8A 3ZLJA 2QXLA 3ULDA 4WE1A 1WSGA 4AHRA 4DTPA 1IV0A 3KKSA 1NLVA 3OW2M 1D5AA 3K5OA 3DLBA 1DT9A 5LL6Z 2ITGA 2HVHA 2KQ2A 2FBVA 4ZTJA 1JJ2M 3JS6A 3CF5L 1RNHA 3AO3A 3C94A 4CZJA 4FJJA 2VQEK 2OTLN 3VMFB 5KQDA 2A3ZA 3EZ5A 4ILGB 3MAQA 1NU0A 5EXWA 2YJFA 1L3TA 4O44A 4DKWA 3K9KA 2ZGYA 2CGLA 4YOYA 4U7BA 1T7PA 3UKUA 1TKXA 4C8OA 4KRFA 5FRNA 1N33K 2VWBA 1NK9A 4Z4IA 1MWMA 3T7ZA 1C0TA 3RR7A 4H4OA 1Q18A 4JI3K 3ZSZA 1HUXA 4MO5A 4FJMA 4DSLA 4FLVA 2XHBA 5AQPA 4FPBA 3OYLA 1DGKN 1WSIA 3AARA 3KLEA 3SV4A 3KTQA 4BGBA 4LSLA 4CD3A 4YOUA 5DM6L 4I2PA 4CJVA 1QQCA 3CJ1A 4F3TA 2HBKA 4A57A 3A5OC 3PX6A 3LM2A 1DTQA 2OPSA 2W40A 1VRUA 2Q1NA 4CD1A 1R0AA 2I7NA 5AQKA 1Q9YA 5C25A 3TAQA 1NGHA 3MCPA 4OPAA 1TUYA 4GKKK 2O8CB 2YJEA 4E1MA 3W0LA 4B9QA 3PO5A 3MN6A 4EZ6A 3PO4A 4W5OA 1EO1A 1J6ZA 5AQXA 2RHKA 2RN2A 1BG3A 2A6AA 1LWEA 3QO9A 1JXEA 1I3AA 3NHGA 5LMNK 1CZ9A 5E26A 1HNIA 2YV0X 4BDZA 1WBBA 3ENBA 3O1WA 2O8DB 4JKDA 1NOYA 3DLGA 2E5LK 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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