3LL3A

The crystal structure of ligand bound xylulose kinase from lactobacillus acidophilus
Total Genus 150
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
150
sequence length
492
structure length
492
Chain Sequence
SLKYIIGMDVGTTATKGVLYDINGKAVASVSKGYPLIQTKVGQAEEDPKLIFDAVQEIIFDLTQKIDGKIAAISWSSQMHSLIGLGSDDELLTNSITWADNCAKSIVQDAKNRGFAQQIYRKTGMPMHPMAPIYKLLWLKNKKTEVFSQAQKWIGIKEYIIFRLTGKLVTDTTMAAGTGILNLKTLTWDQELLDILKIKKEQLPKIAQPTKVIFPIKTEYVKKLGIDSDTKIILGASDGYLSTIGVNAIDSDHCALNVGTSGAIRTIVDQPKIDPSASYFCYPADKTHYLLGGPVNNGGIVFNWARQTLFDADETPQDFLDVAQTAPAGSRNLIFLPYLGGERAPIWDANARGSFVGLTRMHQKPEMARAVIEGIIFNLYDAASNLIKNTKKPVAINATGGFLKSDFVRQLCANIFNVPIVTMKEQQSGTLAAMFLARQALGLNQDLSEIGQFAQADKVYFPNPKEAATYQKLFPLYCEIRNALAASYGKFS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The crystal structure of xylulose kinase from Lactobacillus acidophilus
rcsb
molecule keywords Gluconate kinase
molecule tags Transferase
source organism Lactobacillus acidophilus
total genus 150
structure length 492
sequence length 492
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.1.12: Gluconokinase.
pdb deposition date 2010-01-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00370 FGGY_N FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain
A PF02782 FGGY_C FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3ll3A01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3ll3A02
5CE3A 1DEJA 5AQNA 2H3GX 1BA0A 3HM8A 2NLXA 4FPBA 1GLLO 3O6WA 3LL3A 2YCHA 2QM1A 3AAQA 3VGKA 5KQ8A 1V4SA 4QS8A 4PL8A 3A0IX 1MDUB 2VYPA 5AQKA 1SAZA 1U6ZA 1Q18A 1GLEG 3UB5A 1BWFO 2FSJA 3IFRA 3LDQA 3R8EA 5BR9A 4BR7A 4BC3A 1WUAA 3DXMA 2A5XA 4BGAA 4A61A 4IXCA 3ULEB 2FF6A 5I9EB 4BRAA 3U4LA 4JHDA 1XUPO 3LDPA 3MN5A 2V51B 3C0BA 3FR0A 1NGGA 5EX5A 3VEXA 3QFPA 3CJ7A 4CI6A 3CERA 1BUPA 1K8KA 3L6QA 4BC2A 2IIRA 4FPAA 5AQIA 2P9PA 3ZETB 3BP8A 2I7PA 1T44A 3SK3A 3TU5A 4EFHA 3UKUA 3VEWA 3D2EB 3MN6A 4BRMA 4H5WA 1ATNA 5AQGA 4YDUA 2IVPA 2ZGZA 3VETA 3SMSA 3FLCO 3VESA 3CJBA 1T6CA 2OANA 4A62A 5ADXA 2W40A 3HSCA 3FZHA 2P9NB 3CHWA 4WQ4C 4BC5A 4BRNA 5JLHA 3CIPA 1JCGA 2QWOA 3DXKA 1YUWA 1MA9B 3QFUA 5BN8A 4FWQA 2WUSA 2P9KB 5BPLA 3U8XA 3ATVA 4JD2B 2AA4A 3IMXA 1YAGA 3GG4A 3A5MC 4DCHA 5AQRA 3P4IA 4BGBA 4K43A 1HX1A 4B9QA 5AQQA 5LY3A 4NB4A 1QQOA 4BRCA 2A3ZA 4FWSA 1U2VA 1HKGA 3SMPA 1RGIA 3HI0A 4FL9A 4L3QA 2QWLA 4FSVA 5AFUA 2P9SA 4IJAA 1E4GT 1NGIA 4H0OA 1HKBA 3ATUA 3VEZA 3DWLA 4JNEA 5AZJA 4BR2A 4M7YA 3GL1A 1HJOA 4A2BA 3VEVA 1X3NA 4CZLA 5BREA 1YVNA 5AQVA 3QBWA 1CZAN 2YJEA 1GLAG 3ID8A 3L0QA 4H0YB 3RSEA 4CD1A 3LM2A 3O8MA 1X9JA 1RFQA 1Z6RA 2QXLA 4CZFA 4CZMA 3IDHA 4IZ9A 2GEMA 4BRLA 4FWKA 4FOEA 1NMDA 2E2OA 3EN9A 5EXWA 3TPQA 2P9LB 2P9IB 4BRDA 3QMLA 4H0TB 3H1QA 1HUXA 5B8HA 2GELA 5AQJA 4MO5A 1NGBA 1KAZA 1MWKA 2QWPA 1JCFA 2ZGYA 3A5OC 3ENOA 3UE5A 5AQWA 1ZC6A 2D0PA 3HTVA 1BA1A 1NBWA 5E84A 2CGLA 2J4RA 1TYQB 4WYBA 2E8AA 4XH4A 1T6DA 4DB3A 1BO5O 3LDNA 4H0XB 3KVGA 2W41A 1G99A 4ISEA 4BG8A 4BG9A 4EHUA 3MN9A 4PKHA 2Q0UA 1QZ6A 3VERA 2V7YA 3O08A 5EOYA 4BR4A 2YHWA 2CH5A 3G25A 3JXUA 3D2FB 3DJCA 4PKGA 2Q31A 4CZEA 4BRQA 4CZKA 4BREA 1JCEA 1H1VA 4DQ8A 5AZIA 5E26A 2FSKA 4FWNA 1HKCA 2Q2RA 3MMVA 2QWQA 5F0XA 3H6EA 5EVZA 4B1UB 1GLDG 2E1YA 2A41A 3EL2A 3VEOA 4CBUA 2I7NA 3BEXA 4M63C 5AQOA 4BROA 2NRHA 2CGJA 3WXJA 1RDWX 3CI5A 1X3MA 4F9OA 5ELZA 3BF3A 2E2QA 2QWNA 4FWLA 3VENA 4C23A 3A8YA 4H5TA 2YJFA 3KZBA 3QICA 3O1WA 3ZEUA 1ATRA 2NZTA 4PKIA 3MK6A 4FWPA 2E2PA 4J8FA 2GWJA 4RWTA 3DXMB 4XEIA 5F2RA 1R59O 2ASMA 1LOTB 2Q1NA 4JHDB 3EKUA 5KPZA 5KPRA 5BPMA 4I6MA 1D4XA 1TUUA 1K8KB 1V4TA 1NM1A 4GY2B 3FZLA 5AQZA 2P9PB 3R9PA 4BRPA 3UKUB 1C0GA 4LC9B 1WOQA 3I33A 4ISFA 1BDGA 1ZXOA 4AM6A 2HOEA 1SZ2A 3H3NO 3GBTA 3OHRA 3IUCA 3MN7A 1LCUA 4CZJA 1XQSC 4XH1A 1J6ZA 5BN9A 3WEEA 3QBXA 4FWMA 3DXKB 3WXLA 5BRFA 4YDUC 5JLFA 4CJ7A 5FPDA 3H1VX 3UKRA 4DHYA 2GUPA 3M3ZA 3C7NA 3O80A 4QS9A 2F9WA 4B1YB 1GLJO 3AY9A 5JMVA 1U2VB 1ZBSA 3KHYA 2D4WA 3W3DA 1IJJA 3BUZB 1Y64A 2Q0RA 1NGCA 4RTFD 2P9UA 2D1KA 2P9SB 3U9ZA 2AP1A 5AQTA 4BRHA 1QHAA 2BTFA 3M6GA 5AZJB 4IJNA 2ITMA 5LJVA 5FPEA 4B1ZA 4BRFA 1GLFO 1KAYA 3VEYA 2V7ZA 4NO7A 3VGLA 3GE1A 3D2FA 4CZHA 5F1XA 3RSEB 3CQXA 4XH5A 4BQZA 1QZ5A 2QW9A 3VGMA 2FLOA 1GLBG 5TKYA 4BRIA 4B1WB 2GWKA 1S3XA 1E4FT 1NGDA 3CJCA 3ULEA 1EQYA 5JICA 3VPZA 4H5RA 2DPNA 3H3OB 2FXUA 2YHYA 4BR9A 3SJHA 4CBXA 2UYTA 4JN4A 4B1VA 5AQXA 2ZWHA 4Z94A 1HLUA 2QWRA 1OKJA 4WQ4A 3F9MA 3QB0A 3W0LA 4JAXA 3ZETA 3FFKB 1BOTO 5FPMA 3D2EA 4CZGA 3WQTA 4GNIA 2GTDA 4H5NA 3ENHA 4K25A 3CJ1A 2PBDA 4H0PA 2CH6A 4FOIA 2YHXA 2KHOA 3H45C 3WXIA 3H46O 2E20A 2P9NA 5AQSA 3LDLA 3EZWA 3B8AX 2VCPA 2VWBA 3M1FA 3O1BA 4PL7A 4H03B 3GDQA 4BR5A 4QS7A 4HTLA 5BRDA 2Q36A 3S41A 2P9KA 1NLVA 4JD2A 4WQ5A 4CZIA 3CJ9A 1S22A 2A40A 2V52B 2CGKA 3WT0A 1SQKA 3VF6A 1YXQA 4O5FA 5AZIB 5AQMA 2F9TA 3HZ6A 4ISGA 2ZF5O 3A5NC 4EHTA 4IO8A 4K41A 4BVPA 4K42A 1DKGD 4BRGA 4AM7A 5AR0A 5AQLA 5BPNA 2Q97A 4O8KA 1GLCG 2ASPA 3DAWA 1MWMA 5AQPA 3ZX3A 1NGFA 3EO3A 3QDKA 2E1ZA 5AQYA 2PAVA 3FZMA 4Y0WA 1HPMA 1P8ZA 4BQLA 1BU6O 4FWOA 1ESVA 2IVNA 5KPTA 3FZKA 4H5VA 3CQYA 4FWRA 3MDQA 3ZEUB 1NGEA 1QQMA 4EAHD 5FPNA 3JS6A 3J8AA 1KAXA 2P9LA 1NGJA 2P9IA 3FE1A 3L4IA 5AQUA 2HF3A 2HF4A 1NWKA 5KQDA 3AAPA 1QQNA 3O4WA 4WQ5C 3FGUA 4I6MB 2YI1A 3VF2A 1C0FA 3GOIA 3LM9A 2QWMA 3CJAA 2BUPA 2IVOA 4BVOA 1TYQA 1DGKN 3R6MA 2FF3B 2ASOA 3MCPA 4E1JA 1BG3A 2FSNA 3WUHA 5ADXH 3LDOA 3FZFA 3EKSA 4MLEA 4BC4A 4BR0A 3ZX2A 1NGHA 4BRKA 3CETA 4MLHA 5AQFA 2A6AA 3D7EO 1NGAA 2A42A 3WEEB 4IWVA 2E88A 1ATSA 3WXKA 4FO0A 5EY4A 1KXPA 2EWSA 4B1XB 3UKRB 4CBWA 1XC3A 3VOVA 5LJWA 3O5BA 3SLCA 4KBOA 3BF1A 4H0VB 3C7NB 3HBTA 3A5LC 3ZX0A 3I8BA 4RCHA 4A2AA 3U9DA 4HWIA 4EIAA 4CD3A 2D0OA 2HMPA 5AFUH 4M7XA 5AQHA 3VF4A 3WQUA 1TUYA 2E2NA 3AARA 4MO4A 1Z05A 1IG8A 2P9UB 5BRHA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1VSIA 3WNHA 1T03A 3IAYA 1JXEA 1F21A 3O6WA 4DSFA 5KQ8A 2YCHA 2QM1A 3AAQA 3VGKA 4PL8A 4HUGA 1UA1A 4YHHK 2YHAA 4GV3A 5GAHP 4NLCA 5AQKA 1JLQA 1NJYA 1SAZA 1Q18A 3OS0A 4CJRA 2YKNA 3UB5A 3KLEA 4KPYA 1BWFO 3IFRA 3LDQA 3OBWA 3MEEA 3QNNA 2UUCK 1WUAA 5DM7L 4DV0K 5KGXA 1JLEA 4YOYA 1N8RO 3ULEB 5I9EB 1VQMN 2RPIA 3LDPA 3CCSN 2V51B 1A5XA 3QFPA 3ITHA 3NGIA 1K8KA 3L6QA 3G4SN 4HHTA 2OTLN 4FPAA 4DV4K 2P9PA 2IGIA 1T44A 3D2EB 1ATNA 2ZGZA 3QEPA 4IFYA 3SMSA 5JVGL 3VQ4A 5SZTA 1IKWA 4RW9A 1KD1O 3CPWM 5FDLA 4O0IA 1YTUA 4KHNA 3SUOA 5BN8A 4F4KA 2HB5A 3L2UA 4B3TK 2RF2A 4KB1A 2OPRA 5J1EA 3U8XA 1X9SA 1RBTA 1CZ9A 3F2KA 1KLMA 3IMXA 1LAWA 3GG4A 3AVHA 4WFNL 1TAQA 4LFCK 5LY3A 3SUPA 1O1WA 3KWGA 1VQPN 1U2VA 3L2QA 1RGIA 4DTJA 3HI0A 4L3QA 2KZZA 2QWLA 1HJRA 4Z4FA 1E4GT 1KVCA 1NGIA 4CERA 1HKBA 3ATUA 5AZJA 3GL1A 3HVTA 2P5OA 4CZLA 3T1HK 5BREA 1W9HA 3ID8A 3R3LA 4JKFA 1M90O 1X9JA 1RFQA 5MLCQ 2QXLA 3BZCA 1XNQK 3DI6A 3DRSA 4FWKA 4PUOA 4M3WA 1NMDA 2WONA 2Z1JA 4OPAA 4RW6A 4CJLA 3H1QA 1HUXA 4LF4K 4E0DA 1XMOK 4YNQA 3P5JA 3TWHA 1JCFA 3D0PA 2QEXN 4CJFA 3HVRA 2D0PA 2CGLA 3CFOA 1TYQB 1SV5A 4CGGA 4X64K 1G99A 4DR3K 3QLHA 4ISEA 1QSSA 2VG5A 4IOXA 5T7BA 1ASVA 2ZJQL 5M1PA 3S3NA 3VERA 4FJXA 3O08A 2VG7A 4G1QA 4KO0A 4J2BA 3T1YK 3ZSZA 4DV1K 3OYJA 2QK9A 1QSYA 5AZIA 3G6EN 1XC9A 5C15A 2VGMA 4FWNA 4FJKA 2Q2RA 4XIUA 2QWQA 4JI0K 2KFNA 3ZCMA 1DTQA 1RBRA 3EL2A 3F9KA 4CBUA 1FXXA 5AQOA 2G8IA 4ICLA 3WXJA 1X3MA 4F9OA 3QNOA 3V9WA 4FWLA 2UXBK 2W6LA 3K59A 4M41A 4B8CA 3VQ7A 3OYKA 1WSIA 3T69A 3T3FA 3K5NA 2FBVA 3QICA 1ATRA 4FWPA 3QEXA 3CCUN 3QIPA 2GBZA 3I8DA 4RWTA 3DLEA 3DXMB 1RBSA 4XEIA 3WXMB 2O4IA 4X66K 4GW6A 3L3VA 3WNEA 4JHDB 3HT3A 3SBTA 5BPMA 1GOAA 1NNEA 1KLNA 2LSNA 2HBLA 1NJZA 1IKVA 1V4TA 3LP0A 4WFAL 1O13A 3CG7A 1Z26A 4BRPA 4RG8A 1VSKA 4FJIA 4FYDA 4AHRA 2D0CA 3WNGA 4FLYA 3N4QA 4ISFA 1BDGA 2DY4A 1JLBA 3GBTA 2NRVA 1TK0A 1J6ZA 2OTJN 3THWB 3ZSQA 1TKDA 3QBXA 3DXKB 3WXLA 1U4BA 5JLFA 2Z1GA 4DHYA 1N36K 2UUAK 3G10A 4GVMA 5HLFA 3M3ZA 4B9NA 4B9VA 3ASMA 5CYMA 5LMUK 1CXQA 4N56A 3V9XA 5M1QA 1RDCA 4KHUA 1QE1A 4E1NA 3KK1A 5JMVA 5IWAK 4W5RA 1NK9A 2HNDA 1T05A 4C8KA 2P9UA 4CEZA 2AP1A 4DLGA 2HBMA 4GVEA 3EY1A 1RDUA 5I42A 4J2DA 3VQ9A 4M45A 3LWLA 3PX0A 4B1ZA 1GLFO 1KAYA 1P90A 4CZHA 3OYLA 3RSEB 4BQZA 3OW2M 2EX3A 2FLOA 4CF9A 2X74A 4CW7B 5E41A 4FJ5A 1NKEA 3CFRA 4OPHA 1S3XA 1E4FT 1TL1A 5JICA 3VPZA 3NH2A 2DPNA 1MU2A 2FXUA 2YHYA 3V9UA 4BR9A 2HHWA 4JI4K 1OKJA 3F9MA 4B9MA 4CGIA 4DF8A 4CGJA 4FLXA 1BI4A 4AF1A 2ZJPL 5JVHL 2DTUA 4Y1CA 3HJFA 3ISNC 2CH6A 3LAKA 4OVLA 5AQSA 2HNZA 4OKEA 3IKMA 1X9MA 3HK2A 4H03B 1QVFM 2UU9K 3O9RA 4QS7A 4HTLA 1WSEA 2P9KA 5KGWA 3V6DA 2A40A 3LAMA 4ZTFA 1IBKK 3NE6A 1EO1A 2O8DB 3AVNA 1VSFA 2GUIA 3JYTA 1YXQA 4B3OA 4O5FA 5AQMA 1S1VA 4N47A 2QA4N 4EZ9A 4HTUA 2G8WA 4K42A 4OLBA 5BPNA 3DAWA 2ASPA 1MWMA 5AQPA 3QDKA 1RBVA 3KIOA 4CHNA 3L3UA 5AQYA 5GADP 3NF6A 2NRRA 1RDBA 3FZMA 4U7BA 2KFZA 3VQ5A 1ITGA 5HRNA 1ESVA 2F8SA 3J7AP 2BDPA 3FZKA 4FWRA 4IOAL 3P38A 3F5TA 3ZEUB 3SAGA 4LFAK 5FPNA 3J8AA 3LPUA 4DS4A 2P9LA 1NGJA 2P9IA 3FE1A 3PY8A 5JS1A 4CEBA 4H8KA 4ELVA 1C0UA 3TR8A 4DTUA 4I6MB 2WTUA 1D9FA 1HNIA 1C0FA 1K8AO 2IVOA 3SPYA 1JKHA 3KJVA 1DGKN 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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