3LL3A

The crystal structure of ligand bound xylulose kinase from lactobacillus acidophilus
Total Genus 150
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
150
sequence length
492
structure length
492
Chain Sequence
SLKYIIGMDVGTTATKGVLYDINGKAVASVSKGYPLIQTKVGQAEEDPKLIFDAVQEIIFDLTQKIDGKIAAISWSSQMHSLIGLGSDDELLTNSITWADNCAKSIVQDAKNRGFAQQIYRKTGMPMHPMAPIYKLLWLKNKKTEVFSQAQKWIGIKEYIIFRLTGKLVTDTTMAAGTGILNLKTLTWDQELLDILKIKKEQLPKIAQPTKVIFPIKTEYVKKLGIDSDTKIILGASDGYLSTIGVNAIDSDHCALNVGTSGAIRTIVDQPKIDPSASYFCYPADKTHYLLGGPVNNGGIVFNWARQTLFDADETPQDFLDVAQTAPAGSRNLIFLPYLGGERAPIWDANARGSFVGLTRMHQKPEMARAVIEGIIFNLYDAASNLIKNTKKPVAINATGGFLKSDFVRQLCANIFNVPIVTMKEQQSGTLAAMFLARQALGLNQDLSEIGQFAQADKVYFPNPKEAATYQKLFPLYCEIRNALAASYGKFS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The crystal structure of xylulose kinase from Lactobacillus acidophilus
rcsb
molecule tags Transferase
source organism Lactobacillus acidophilus
molecule keywords Gluconate kinase
total genus 150
structure length 492
sequence length 492
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.1.12: Gluconokinase.
pdb deposition date 2010-01-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00370 FGGY_N FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain
A PF02782 FGGY_C FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3ll3A01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3ll3A02
2P9IB 4H5NA 2DPNA 1TUUA 2IVNA 5AQSA 4YDUC 4EFHA 4H0OA 4BRLA 3FZFA 3LM9A 3H45C 3C7NA 1K8KA 4CJ7A 4B1WB 1IG8A 3O1WA 3QFPA 5AQIA 2QWNA 2P9PA 4BC5A 2BTFA 4CZIA 4O8KA 1QHAA 2IIRA 2QWOA 4NO7A 3WUHA 3U9ZA 1E4FT 1NLVA 1HKGA 3SMSA 1MDUB 3P4IA 4JHDB 5BPNA 5AQYA 3BP8A 1H1VA 3QFUA 4BRHA 3ENOA 4CZFA 5KQ8A 1Z6RA 2A5XA 3UKUA 3BF1A 4GNIA 1ATNA 2EWSA 4BR9A 2Q1NA 1T6DA 1NGAA 3MN9A 2HOEA 4H0YB 3ZETB 4BVPA 3F9MA 1QZ5A 3O1BA 4FWQA 3L6QA 4BRDA 4O5FA 2YHWA 3SJHA 3R8EA 3WXJA 3VEVA 4A2BA 3WXLA 2Q2RA 4RWTA 5AQQA 3FLCO 4BRMA 5AQPA 4HWIA 5AQJA 2YHYA 3IDHA 3VF2A 4IJAA 2P9UB 2FF3B 3ID8A 3VESA 1NGGA 3WXKA 1X3MA 4BC2A 2E2PA 1D4XA 1LCUA 3H6EA 3MN5A 1NGJA 1S3XA 3ZX0A 1HUXA 1YXQA 4NB4A 1MA9B 5AR0A 1GLDG 3VPZA 4BG9A 4QS7A 3VF4A 1Y64A 4CD3A 4ISFA 4E1JA 2E8AA 2F9WA 3ULEB 3UE5A 1P8ZA 2QWLA 3CHWA 4B1VA 2J4RA 5AQXA 1XUPO 5B8HA 1SAZA 5BRDA 1BDGA 5KPZA 4BC4A 4IZ9A 3VEZA 2HF3A 1NBWA 1BUPA 2FSJA 4BR5A 5KPTA 4H0PA 4KBOA 3BUZB 2AP1A 5E26A 3CQXA 3DXMA 2ZF5O 4K25A 4IXCA 3WT0A 4BC3A 1BO5O 3DWLA 1NWKA 3AAQA 2H3GX 1U2VB 5F2RA 2KHOA 1Q18A 3CI5A 3UKRA 2GUPA 3CJAA 3DXKA 4XH1A 3BEXA 3GG4A 2NRHA 4H5VA 4HTLA 2QXLA 1BG3A 4I6MA 1KXPA 3ZEUB 1QZ6A 3LDNA 5AZJB 3VENA 3AAPA 3LDOA 3QB0A 2Q36A 5BPMA 3D2EB 4JD2A 3L0QA 1GLEG 3O4WA 1KAYA 5AQWA 5ADXH 2CH5A 4EHTA 4WQ4A 5ADXA 1NGIA 3MK6A 2P9SB 4QS9A 3L4IA 3EKUA 2QM1A 3GOIA 5F1XA 2E88A 3LL3A 4H0TB 3JXUA 4Z94A 3ULEA 3M3ZA 5BR9A 3MDQA 3D2FA 2FSNA 4K43A 4Y0WA 2YJFA 1C0GA 4B1UB 4B1ZA 3GL1A 4WQ4C 3VEYA 1SZ2A 1TYQA 1WUAA 4DHYA 5BRHA 1HKBA 3IUCA 4BRFA 5KPRA 2F9TA 3CJ1A 2GEMA 3G25A 5BRFA 4A2AA 4EHUA 5AZIA 1RFQA 1GLBG 4A62A 4L3QA 1MWMA 4H0XB 3HI0A 2VCPA 2P9KA 5AQFA 4MO5A 2NLXA 3SK3A 4K41A 3KHYA 4FWNA 4ISEA 3CETA 3D7EO 1S22A 5F0XA 3A0IX 3FFKB 5TKYA 5JMVA 1CZAN 3EKSA 3MMVA 1WOQA 3W0LA 2P9IA 1X9JA 2OANA 3MCPA 3ZX2A 1NGFA 1V4SA 2VYPA 3FZKA 4JAXA 4BRIA 4M7YA 3RSEB 3FR0A 3CJBA 4RCHA 1QQMA 3S41A 1U6ZA 3WEEB 2VWBA 1NGHA 4CBUA 3VGMA 1QQNA 4BRPA 1JCFA 2QWQA 3QBXA 3VETA 4CD1A 2CGKA 1RGIA 4M63C 2W40A 1HLUA 4WYBA 5LY3A 1NGBA 2HMPA 1HKCA 3HM8A 1DGKN 1ZC6A 1J6ZA 1ZBSA 2E2QA 2FSKA 3MN7A 5AQKA 4PKIA 4JHDA 1BA0A 3DAWA 4CZHA 4BROA 1YUWA 5FPEA 3CJCA 1ATRA 2P9NB 4BRGA 2CGJA 4FSVA 4PL8A 2I7NA 2QW9A 3GDQA 3H1QA 5AQHA 2PAVA 5BN8A 4JN4A 4QS8A 3WQUA 2Q31A 1ESVA 5BPLA 4FWOA 3ZETA 5AQTA 4B9QA 4BR4A 3FZMA 2QWPA 4WQ5A 1GLJO 4MLEA 2E1YA 3C7NB 5EXWA 1K8KB 2D4WA 2E1ZA 3O80A 2YHXA 2HF4A 3LDQA 2V7YA 3CJ7A 2PBDA 1GLLO 4XEIA 5ELZA 5AQMA 3H3OB 2P9UA 3GE1A 3R6MA 4FPAA 5EY4A 3HBTA 3WEEA 3WQTA 5LJVA 1IJJA 4JNEA 4FO0A 4K42A 3FGUA 2A6AA 1RDWX 2V52B 4CI6A 3UB5A 4WQ5C 3ATUA 4BR0A 4FPBA 1KAXA 2Q0RA 1HPMA 2A42A 3CIPA 3H3NO 2WUSA 3O08A 3AARA 2FXUA 3A5OC 3UKUB 2E20A 2Q97A 2GTDA 5EOYA 3DJCA 3SMPA 2CH6A 5AQNA 4BQLA 1DKGD 4BGAA 4CZGA 1BU6O 1NGCA 2I7PA 3U9DA 3OHRA 4H0VB 4PKGA 3ATVA 2GWJA 2W41A 2D1KA 5FPNA 2AA4A 1LOTB 4IO8A 2V7ZA 3U4LA 3H1VX 4GY2B 3VERA 5BN9A 4CBWA 5AQOA 4B1XB 4BVOA 4CZJA 3H46O 4PL7A 3BF3A 3MN6A 2CGLA 3HSCA 3VEWA 1U2VA 3M6GA 1TUYA 5AFUH 2ASPA 3HTVA 5AFUA 1HJOA 3A5MC 2GWKA 2UYTA 5AQUA 4CZEA 3LDPA 3WXIA 3ZEUA 1T6CA 5AZJA 3IFRA 4CZKA 4BREA 2FF6A 1V4TA 2P9LB 4BRNA 3VGKA 1BA1A 3D2EA 5FPMA 3ENHA 4FWLA 1R59O 5LJWA 3A8YA 3KZBA 2YCHA 3FZHA 5FPDA 4XH4A 4M7XA 4FWKA 2A41A 4PKHA 4EAHD 4A61A 3VGLA 3EZWA 3IMXA 3TPQA 4BQZA 1DEJA 3EN9A 2P9SA 1EQYA 1GLAG 2E2OA 3C0BA 3FE1A 4DQ8A 4BR2A 2NZTA 4B1YB 2D0PA 4BGBA 2Q0UA 2V51B 3VOVA 3GBTA 4H03B 3CERA 4H5WA 5AQRA 3VEOA 1Z05A 4AM7A 3DXMB 2ASOA 5AQLA 4FWSA 3CJ9A 3A5NC 4FWPA 3QMLA 3QICA 4AM6A 1NGEA 4LC9B 3UKRB 3ZX3A 4BG8A 3VEXA 3DXKB 4BRAA 1SQKA 4FOEA 1HX1A 2ASMA 3R9PA 1C0FA 4EIAA 3AY9A 3QBWA 1GLCG 1YVNA 3M1FA 4I6MB 4C23A 2ZGYA 4MLHA 2D0OA 1KAZA 3JS6A 4FOIA 4H5RA 1XC3A 4JD2B 5JLHA 3W3DA 3KVGA 4BR7A 5AQGA 3FZLA 5EVZA 5AQZA 2P9LA 4CBXA 4FL9A 1MWKA 3A5LC 2ZWHA 3I33A 1NGDA 5KQDA 3EL2A 4F9OA 5JLFA 3J8AA 1E4GT 3O5BA 2GELA 3U8XA 2ITMA 3O6WA 1ATSA 3TU5A 1JCGA 4BRKA 2E2NA 3D2FB 3RSEA 4DB3A 3QDKA 2QWMA 3B8AX 2P9PB 5I9EB 1OKJA 4J8FA 4CZMA 2IVOA 3LM2A 4H5TA 4DCHA 5CE3A 4FWMA 1TYQB 4BRQA 1ZXOA 2YJEA 1X3NA 2BUPA 2IVPA 4BRCA 1NM1A 3CQYA 1G99A 3O8MA 5AZIB 1NMDA 3HZ6A 3LDLA 1BWFO 2A3ZA 4XH5A 4ISGA 2P9KB 1BOTO 2ZGZA 2YI1A 4FWRA 3I8BA 4IWVA 4RTFD 1GLFO 4YDUA 2QWRA 4CZLA 2P9NA 1JCEA 1YAGA 2FLOA 3EO3A 1QQOA 4IJNA 5AQVA 3VF6A 4MO4A 1T44A 2A40A 5E84A 5JICA 5EX5A 5BREA 3SLCA 1XQSC
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5A2QO 4DFMA 2IVNA 4EP5A 3CG7A 1KVCA 4BRLA 3L2QA 4DR6K 2P51A 2UUCK 4B1WB 3DLLL 3F9KA 1IG8A 4NCGA 2RPIA 4DFJA 3NF9A 3MXIA 3DRPA 1OH5A 3OYLA 4B8CA 3WUHA 3MEEA 3MWPA 3P4IA 3U6FA 5KQ8A 3BY5A 4CZFA 3ENOA 3O3HA 2IGIA 3G0ZA 3CCQN 1S5JA 2E6MA 2EWSA 3HYFA 4BR9A 4B3MK 3AVMA 2HOEA 4DV7K 1N34K 2F8SA 4CHYA 3G10A 4BVPA 4DLEA 4BRDA 3L6QA 3WNGA 3SJHA 3SBTA 3WXLA 1ZBFA 2Q2RA 3MXMA 3OTOK 3AVLA 4WCEL 5GINA 4CJQA 4PHTX 1XMQK 3IDHA 2O8DA 4CGFA 4CJEA 2FF3B 1JJ2M 2PFUA 1QVFM 3D45A 4EZ9A 1KFDA 4BC2A 5IT9O 1D4XA 1TVRA 3QNNA 3OS0A 1S3XA 3AA3A 3ZX0A 1YXQA 5GADP 3NF8A 2O8CB 4NB4A 4H4OA 4QAGA 1KC8O 4FJGA 5FRMA 2HHUA 3TSUA 3VPZA 1IKVA 3OW2M 3IS9A 4QS7A 3L2RA 3QESA 4ISFA 4M3ZA 1A5WA 4FJ8A 4PA1A 4KRFA 3CHWA 4B1VA 2J4RA 1XUPO 2OPQA 5KPZA 4BC4A 4IZ9A 4DU1A 2OZSA 4CCHA 3PUFA 4KBOA 3BUZB 1RBVA 4BC3A 1YTAA 4CF2A 1K6YA 1NJZA 1RDDA 1NWKA 1XI1A 1C0MA 5F2RA 5C42A 4DUYK 1JLCA 1Q18A 4CJ4A 3CI5A 3T7ZA 4JI1K 4XH1A 3GG4A 3O9UA 3CCJN 3CCUN 2BDPA 5D3GA 4HTLA 4JS5A 4B9SA 4CK1A 3AAPA 1EETA 3QB0A 5BPMA 1K73O 3P31A 3AA4A 5CZ1A 1RT6A 1KAYA 4I2PA 1I3AA 2YKMA 3ENBA 3CMAN 3EE9A 3OBYA 2O8EA 1W9HA 5ADXH 1DTQA 2CH5A 4KI4A 4M3RA 5ADXA 4GKJK 1LWCA 1FJGK 3T3FA 3DLBA 5CZ2A 3LL3A 5SWMA 4H0TB 1ZBHA 4B3TK 3ULEA 3L2VA 3QLHA 5M1OA 4BY9C 4FZYA 2HHSA 3SYZA 1QVGM 3OVNA 4B1UB 3GL1A 4WQ4C 3QIPA 4L8RB 1R0AA 3NVKA 3ALYA 3NGZA 1HKBA 5KPRA 5M1PA 3CJ1A 4B9MA 5BRFA 4A2AA 4KAZA 5GAHP 1GLBG 1SKSA 4H0XB 3D0PA 1TGOA 2RKIA 1RCHA 5AQFA 3OJSA 4GVMA 4OKKA 4BWMA 4AH9A 2VGNA 1S22A 4K8ZA 2X6SA 5JMVA 1CZAN 1BIUA 4JKGB 2IS3A 1LAWA 1WOQA 4U67L 3HPHA 2O8FB 4DTUA 3VTIA 1NGFA 2VYPA 3CXCM 1EWQA 4KB0A 5M1KA 3CJBA 3SUPA 1C1AA 1QQMA 1X9SA 4IBNA 3WEEB 2VWBA 4C8OA 3TTCA 2HBJA 2CGKA 4B3SK 3QETA 5LY3A 2RN2A 1VQ8N 4ELTA 2Y1IA 1DGKN 4DS4A 1J6ZA 3MN7A 5J2NA 1YJNN 2OPSA 5AQKA 4JHDA 1BA0A 4G1QA 4BROA 4J2EA 1Q81O 1ATRA 1RT1A 4FSVA 1RTHA 3L2UA 1SKRA 2YKNA 4CIFA 3O9QA 4DSJA 3RMBA 4CFCA 4JN4A 1NK9A 1A5VA 1ESVA 4H4MA 4XIUA 1IKXA 4B9QA 4BR4A 1RBUA 2QWPA 4CEQA 4WQ5A 1NJIO 3C7NB 4NCAA 4NXNK 3NCIA 5EXWA 2OYQA 2D4WA 2E1ZA 3O80A 1T7PA 3VQ5A 3E9PA 4JI0K 2V7YA 1S1VA 4IG3A 2PBDA 1GLLO 4XEIA 4CEZA 5AQMA 2P9UA 4LF7K 1VQ7N 5LJVA 3AO3A 3FGUA 2V52B 3UB5A 3CFPA 4B9VA 5E41A 1UA1A 1WNSA 5HOOA 1VK0A 2KFNA 4M3WA 3TTDA 5HBMA 3T19A 3V1QA 2NNWA 1CXQA 3AARA 4BE2A 2E20A 2GTDA 5EOYA 1XNQK 3C65A 2WOMA 3V9UA 1DKGD 1BU6O 3DM2A 2F4VK 3DLGA 3T1HK 4DSKA 4CF8A 3CM5A 2OA8A 2W41A 3S3OA 2D1KA 2UUAK 4OPKA 3AA5X 3HT3A 2AA4A 1RT3A 3U4LA 4C8MA 4C8LA 1JLBA 4GY2B 1FW6A 3AVBA 3NF7A 4FLVA 2HMIA 4AHSA 1ASWA 4BDYA 2CGLA 3CMEN 4CEDA 2ZJPL 3CCRN 3FFIA 2ASPA 4FCYA 5HP1A 1KVAA 1HJOA 3G4SN 2NRWA 4DR2K 4HCBA 4RW4A 4JYAK 4M3XA 2HBKA 4MQ3A 3SV4A 4DF4A 3ZLJA 4YHHK 4BRNA 3D2EA 4IEIA 2B5JA 1SS6A 5FPDA 2OPRA 4FWKA 4PKHA 4CJ3A 1VQKN 3P5JA 3AGRA 4BQZA 4RW9A 2P9SA 1GLAG 5KTQA 3NE6A 2AJQA 3HXMA 4BR2A 2NZTA 4B1YB 1NU0A 3VQQA 3GBTA 5HROA 4H03B 3VEOA 1K9MO 1RBRA 4E7LA 1Z05A 1UOCA 3DXMB 3OYIA 3SJJA 4CFBA 1BIZA 3PX0A 1Q82O 5FDLA 3CJ9A 3A5NC 4FWPA 2KTQA 4OPHA 3ZX3A 1TL1A 4DF8A 3DXKB 1VSDA 1ZBLA 2QKKA 1HX1A 3QEWA 3O9SA 3AY9A 2DFFA 3QBWA 1GLCG 1YVNA 3M1FA 3QEXA 4FZXC 4KHWA 1VSEA 1XMOK 3OYGA 3O3FA 2FBXA 3JYTA 2Q3SA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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