3LL3A

The crystal structure of ligand bound xylulose kinase from lactobacillus acidophilus
Total Genus 150
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
150
sequence length
492
structure length
492
Chain Sequence
b'SLKYIIGMDVGTTATKGVLYDINGKAVASVSKGYPLIQTKVGQAEEDPKLIFDAVQEIIFDLTQKIDGKIAAISWSSQMHSLIGLGSDDELLTNSITWADNCAKSIVQDAKNRGFAQQIYRKTGMPMHPMAPIYKLLWLKNKKTEVFSQAQKWIGIKEYIIFRLTGKLVTDTTMAAGTGILNLKTLTWDQELLDILKIKKEQLPKIAQPTKVIFPIKTEYVKKLGIDSDTKIILGASDGYLSTIGVNAIDSDHCALNVGTSGAIRTIVDQPKIDPSASYFCYPADKTHYLLGGPVNNGGIVFNWARQTLFDADETPQDFLDVAQTAPAGSRNLIFLPYLGGERAPIWDANARGSFVGLTRMHQKPEMARAVIEGIIFNLYDAASNLIKNTKKPVAINATGGFLKSDFVRQLCANIFNVPIVTMKEQQSGTLAAMFLARQALGLNQDLSEIGQFAQADKVYFPNPKEAATYQKLFPLYCEIRNALAASYGKFS'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords Gluconate kinase
publication title The crystal structure of xylulose kinase from Lactobacillus acidophilus
rcsb
source organism Lactobacillus acidophilus
molecule tags Transferase
total genus 150
structure length 492
sequence length 492
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.1.12: Gluconokinase.
pdb deposition date 2010-01-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00370 FGGY_N FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain
A PF02782 FGGY_C FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3ll3A01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3ll3A02
3GL1A 3HSCA 2J4RA 4BRQA 2VYPA 4BRAA 5AQUA 1GLAG 3J8AA 1WUAA 2YI1A 4ISEA 2Q1NA 1HKBA 5AFUA 2CH5A 1C0FA 1D4XA 5KPTA 2AP1A 2ZWHA 4H5TA 4BVOA 3VETA 1TUYA 5TKYA 3BUZB 2YJEA 4IWVA 5LY3A 1BOTO 3VENA 4BC4A 4WQ4A 1YUWA 3WEEB 4BRFA 3M6GA 4EHTA 2IVOA 1R59O 4CBWA 5AQQA 5BRFA 3QDKA 3LDPA 1BWFO 2YHXA 4ISFA 2P9UB 3CJAA 2Q2RA 3QBXA 5EVZA 4B1UB 2QW9A 2GWKA 2CH6A 2ZGYA 3QB0A 5AZIA 4CZIA 3U4LA 3QBWA 4CBXA 4RTFD 4F9OA 3DWLA 3A0IX 4NO7A 3UB5A 3H3OB 5AQTA 2WUSA 4A62A 4CZJA 1DGKN 2A5XA 2E1ZA 3JS6A 4B1VA 4M63C 3GOIA 5FPEA 4DQ8A 1HX1A 4CZLA 4ISGA 4BRCA 2E20A 2HF3A 2V52B 5AZJA 4FWNA 4BR4A 1NGGA 5JICA 3WXIA 3FZFA 1E4GT 1Y64A 3VGKA 3A5NC 1GLJO 4IO8A 4FL9A 2A40A 2E2QA 2EWSA 3MN7A 4I6MA 3WXJA 1U2VA 4PL8A 3ZX2A 3D2EA 3BEXA 3CJ1A 1HUXA 1ATSA 1XC3A 2HF4A 5AR0A 1GLBG 3CHWA 5AQVA 4FPBA 4H5NA 1HKCA 1KXPA 5AZIB 1HKGA 3FZHA 2FSNA 5ADXH 2FXUA 2IVNA 3SK3A 4A2AA 4H0VB 5AQZA 4K25A 2F9TA 4XEIA 3ENHA 4EIAA 5AQHA 1SAZA 1NGAA 3MDQA 5AQWA 3RSEA 4Z94A 5FPMA 3O1WA 3OHRA 1T44A 2QWMA 3FFKB 5EXWA 2A3ZA 5JLHA 3KZBA 4IXCA 2YHYA 4JAXA 3AAQA 2PAVA 3BF3A 5AZJB 3S41A 2DPNA 2QWNA 4EAHD 4BR0A 3M1FA 1K8KB 1QHAA 5AQJA 2PBDA 4A2BA 1DEJA 2E8AA 3FZLA 2UYTA 4FWMA 1QZ6A 1Z05A 1SQKA 3SLCA 3ZETA 1V4SA 1U2VB 3LDQA 4Y0WA 2P9NB 4FWKA 5EOYA 3CQYA 5F2RA 2GUPA 4IJNA 4B1YB 4BG8A 4DHYA 3U9ZA 1NGBA 2ZGZA 4XH5A 3ATVA 5BRHA 2FF6A 2P9LA 4JN4A 3EO3A 2P9KA 3L0QA 4QS7A 5AQOA 4BVPA 1IJJA 3FGUA 5F0XA 3KHYA 5FPDA 3VEYA 3FE1A 4BGBA 3B8AX 3RSEB 2NLXA 4BRLA 4BRGA 1SZ2A 2VCPA 3VEOA 3JXUA 1NWKA 3GG4A 3HTVA 4MO5A 2Q97A 3W3DA 1NGDA 4M7XA 3CETA 2D1KA 1X9JA 3HBTA 3C7NA 4RCHA 4PL7A 3BP8A 1Z6RA 3VGLA 2Q31A 1MWMA 3ATUA 2IVPA 1T6CA 1LOTB 5JMVA 3ZETB 1QQNA 4H0TB 3WT0A 2KHOA 4HTLA 3U9DA 2VWBA 3VESA 5AQFA 3O6WA 4QS9A 2YCHA 5AQPA 2P9IB 1BDGA 3MCPA 3VF2A 2P9LB 2P9KB 1GLLO 2V7ZA 2E2PA 3UE5A 3VEZA 5BN8A 4WQ5A 5BPMA 4XH1A 4BRHA 2H3GX 2GELA 1RDWX 3ZX3A 4CZFA 1GLFO 2A42A 4BC2A 3SMSA 1TYQA 5KPZA 5BN9A 5AQRA 5KPRA 2GEMA 2P9SA 3EKSA 4B9QA 1K8KA 2CGLA 1NGCA 3C7NB 3VPZA 1X3NA 2E2OA 3MK6A 3H6EA 1IG8A 2E2NA 1ZC6A 3A5MC 3FR0A 3UKUA 3W0LA 3ENOA 4H5WA 2V51B 3F9MA 4CZHA 3AY9A 3KVGA 4KBOA 4HWIA 3EN9A 1BO5O 2P9NA 4B1XB 4L3QA 5KQ8A 2HMPA 2AA4A 4BGAA 1MWKA 2ASPA 4BG9A 5BRDA 1NM1A 3VF6A 4CBUA 1ATRA 3ZEUA 4XH4A 3EZWA 3AAPA 4CI6A 5F1XA 2ZF5O 3DJCA 4BC5A 4MLHA 3FZKA 3LL3A 5BR9A 3R6MA 1E4FT 5AQIA 2A6AA 3MN9A 5BREA 1BA0A 4H0OA 4NB4A 4GNIA 3I8BA 2Q36A 4K43A 4FSVA 2P9PA 1TYQB 3H46O 3M3ZA 1RGIA 4YDUC 2I7NA 4MLEA 2FSJA 4AM6A 2P9SB 4FOIA 4FWLA 3CERA 4K41A 3VEWA 5KQDA 1XUPO 4PKGA 4LC9B 5E26A 1KAZA 4FWOA 2D0PA 3UKUB 3DXMB 5ELZA 3BF1A 3FZMA 1NGJA 1GLEG 4FO0A 1YAGA 3IMXA 5EX5A 5AFUH 2QXLA 3GBTA 2A41A 4BRDA 2P9IA 3ZEUB 3ID8A 1GLDG 1G99A 4EFHA 3H45C 3TPQA 2GTDA 2YHWA 4IZ9A 2Q0RA 1ZXOA 1NMDA 5LJWA 3AARA 3LM9A 5ADXA 5AQYA 3ZX0A 4PKIA 4CZKA 4M7YA 2V7YA 1T6DA 3VOVA 3FLCO 3SJHA 2NZTA 3A5LC 3R9PA 4WQ4C 4BQLA 4BC3A 4RWTA 2YJFA 3MN5A 3DXKA 3H1QA 2P9PB 2QWQA 3L4IA 4GY2B 3MN6A 4E1JA 3TU5A 4CZGA 2ASMA 1YVNA 3MMVA 4CD1A 3D7EO 3H1VX 5AQKA 4CZEA 1NGFA 3IUCA 5BPLA 2I7PA 2W41A 5BPNA 3CQXA 3GE1A 2NRHA 1OKJA 3IFRA 2W40A 4WQ5C 1WOQA 1NGIA 3L6QA 5CE3A 5LJVA 1ATNA 3QFPA 3QFUA 4BRKA 4K42A 3QICA 3UKRA 5AQXA 4JHDB 1BUPA 4FWRA 3O08A 1NGHA 2E1YA 2FLOA 4JD2A 1RFQA 3WUHA 3CIPA 2E88A 4BR7A 3VGMA 1Q18A 1YXQA 3LDOA 2FF3B 1LCUA 2BTFA 2F9WA 4BRIA 3H3NO 3DXKB 4O8KA 4FPAA 1NBWA 4BRNA 3ULEA 2QWOA 1S3XA 3DXMA 5FPNA 2QWRA 4B1ZA 4H0YB 4PKHA 3DAWA 3O5BA 3SMPA 4MO4A 5AQSA 3CJCA 4A61A 4BR2A 1TUUA 1H1VA 1QQOA 2Q0UA 1DKGD 2BUPA 3VF4A 1HPMA 1GLCG 1X3MA 3O80A 5I9EB 3UKRB 5AQMA 2D0OA 3CI5A 3A8YA 3IDHA 3LDLA 3U8XA 1MDUB 4CD3A 1JCFA 1JCGA 3WQTA 3O8MA 4JD2B 4BR5A 3EL2A 5E84A 1U6ZA 3R8EA 2GWJA 1C0GA 2QWLA 3EKUA 4FWQA 1NGEA 3LM2A 3D2FA 3GDQA 3WQUA 4DCHA 4DB3A 1BA1A 2IIRA 5JLFA 4H0XB 3C0BA 5AQNA 5EY4A 4FOEA 4H5RA 3QMLA 1XQSC 1V4TA 4BRMA 3HZ6A 1QQMA 3VERA 3ULEB 4AM7A 1BU6O 4B1WB 3G25A 1HJOA 3P4IA 4H0PA 2QWPA 4J8FA 4CZMA 4EHUA 1J6ZA 4BQZA 3VEXA 1KAYA 2CGJA 3WXLA 1HLUA 3HI0A 3WXKA 4IJAA 5B8HA 1JCEA 2ASOA 2CGKA 4JHDA 3LDNA 1P8ZA 3WEEA 3O1BA 4JNEA 3CJ9A 1CZAN 2FSKA 1KAXA 4YDUA 4C23A 1EQYA 1S22A 4I6MB 4BROA 2P9UA 1ZBSA 3CJ7A 4QS8A 4BRPA 4BR9A 1QZ5A 3D2EB 3D2FB 4FWPA 3HM8A 4H03B 5AQGA 2OANA 1ESVA 2HOEA 3O4WA 2D4WA 3I33A 4WYBA 3CJBA 3VEVA 4CJ7A 2QM1A 3A5OC 1BG3A 1NLVA 4H5VA 5AQLA 4O5FA 4FWSA 4BREA 1MA9B 2ITMA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3HSCA 2J4RA 4ZTFA 4GKJK 3ZSVA 4BRAA 1X9WA 1N6QA 1WUAA 4IOAL 1IKYA 1HKBA 4F4KA 3F2KA 2HSTA 5AFUA 3TSUA 1C0FA 4JI6K 4H5TA 2Q3SA 4DFKA 3HOSA 4LD0A 1RT5A 5TKYA 1LW0A 3L8BA 3BUZB 1JXEA 3C6TA 2JWKA 3HPOA 4AH9A 4EHTA 3PX0A 2D0AA 2IGIA 1M90O 1FJGK 1R59O 4E7JA 1TV6A 3QDKA 1JJ2M 1RTDA 2G8UA 4ISFA 3AO3A 4E89A 4B1UB 4CEQA 3CPWM 2QW9A 2ZGYA 4CGIA 4CFCA 4CBXA 3DWLA 3A0IX 4NO7A 2UXCK 4V19S 3UB5A 2WUSA 4UY8O 1SUQA 1NKCA 1DGKN 4AHTA 1I94K 1Q8IA 4B1VA 4M63C 3GOIA 3MWTA 3MEEA 4E19A 1KLNA 4IKFA 3MXMA 3OJSA 4IFEA 4ILJA 4BRCA 2P51A 2QTDA 4WFAL 4RG8A 2Z1HA 3C6HA 5JICA 3EY1A 1Y64A 3K9KA 2XY8A 3A5NC 1GLJO 1HPZA 5CYQA 4B9TA 1BQMA 1Z26A 3DRRA 2A40A 1B9FA 1C0TA 3CYMA 3BEXA 4FJNA 3J7ZO 3IS9A 2HF4A 1IKWA 4DTUA 4FJJA 1I39A 1JL1A 4DV7K 5KTQA 3VA3A 2FSNA 4RW6A 4JKGB 4DF8A 1BIUA 5AQZA 4YOVA 4K25A 4KV8A 3ENHA 5AQHA 3NF6A 5C10A 3RSEA 1TL3A 2HNDA 1TKZA 1I3AA 5EXWA 5SZTA 2OA8A 5E41A 1GOAA 2YHYA 3T1HK 3ZLJA 5AZJB 4BR0A 2E6LA 3M1FA 1K8KB 4CEDA 1SKWA 5CY4A 5AQJA 3TSQA 1DEJA 1P90A 4N76A 1Q9XA 2UYTA 1HJRA 4FWMA 2VQFK 4C8LA 1QZ6A 1SQKA 3SLCA 3P39A 1O1WA 1U2VB 1Q81O 2ATQA 4FLYA 3VQ7A 3AVIA 3U3GA 3VTIA 4UQGA 1OH6A 4DHYA 4LFBK 3AGRA 4CESA 4IG3A 1TK5A 5AQOA 3LP0A 2P9KA 4QS7A 4JN4A 5CZ2A 3FGUA 3CD6N 3KHYA 4FK0A 3V1RA 3HP6A 4KO0A 4BRLA 3EZ5A 1SZ2A 1RDAA 4DTJA 4F2RA 1NWKA 3DLLL 3HTVA 4MO5A 4IOCL 1NGDA 3NGIA 3C7NA 3WNGA 4CJUA 3ALYA 2HVIA 1YHQN 1WLJA 1T6CA 2OPQA 4AILC 4DSLA 1LOTB 5JMVA 1S9GA 3U9DA 4DS4A 5AQFA 1U49A 1FXXA 3SUQA 3MX5A 2P9IB 2P9LB 1GLLO 3VEZA 4WQ5A 3TARA 5I3UA 4IOXA 4PUOA 3OYEA 2H3GX 1KD1O 1NNEA 4FVUA 1C0UA 4M3WA 4DSFA 3IKMA 5M1OA 3QO9A 1TYQA 5AJ3K 4I7FA 4JS5A 2P9SA 1VQON 5KI6A 4JI3K 2XRIA 1VSKA 3H6EA 1KQSM 1ZC6A 4CFDA 3F9MA 4CZHA 4HWIA 4B1XB 2P5GA 3K59A 5C2DA 2HMPA 5CYMA 1HNWK 1BQNA 2ASPA 5FLXO 4BWMA 3AO2A 4CHYA 4HVJA 1X9SA 4XH4A 3KK7A 2VQEK 3QERA 1HNXK 4DMNA 1UOCA 4BC5A 3RRGA 3VQEA 4YOYA 1TAUA 3O9RA 3L2QA 3WXMB 3MN9A 5BREA 3HVRA 4H0OA 3BDPA 4NB4A 4GNIA 3VQBA 3PO4A 4K43A 3ZSWA 4BE1A 3H46O 1OVQA 3CCLN 4FOIA 1HYVA 2RHKA 4FWLA 3CERA 3VEWA 4JV5K 4PKGA 4FWOA 4DTSA 5KGXA 3BF1A 4KTWA 3HK2A 1RILA 1GLEG 1YAGA 2JGUA 2F8TA 4Z0UA 5GIPA 1RDCA 3TTCA 1NG9A 2QXLA 4M3ZA 2A41A 1VAZA 1DTQA 3THXA 1TAQA 4C1NK 3ID8A 3TPQA 2GTDA 1KVCA 4OPHA 3HT3A 5LJWA 2QI2A 1LW2A 3LM9A 1N34K 5ADXA 2HHWA 3OBYA 4CF1A 4M7YA 3VOVA 1ASVA 4FLZA 3SJHA 1JL2A 3PV8A 4OPJA 2UU9K 1BHLA 3MN5A 3K5NA 3H1QA 4LF4K 4GMJB 3MN6A 3TU5A 4PY5A 4NYNA 1YVNA 2UUAK 3D7EO 3HP9A 3F5TA 1NGFA 2I7PA 2W41A 1ASWA 3TAMA 5HRNA 3CQXA 1QS4A 3QIOA 1WOQA 4HUFA 2XY6A 3CCRN 1IBKK 3F73A 4JKHA 3HOTA 1A5VA 4BRKA 3QICA 3K5MA 1JXBA 1BUPA 1WAFA 4JI2K 1TGOA 3C94A 1RFQA 3CC4N 3AA2A 4MQ3A 3IAYA 2D5RA 2YNGA 4BR7A 3PX4A 1CLQA 4RW9A 1YXQA 3DI6A 4CHOA 4O0JA 3OYIA 1LCUA 2F9WA 1SKSA 3ZSXA 3LAKA 4M41A 4FJ5A 4I2PA 2QEXN 3WNFA 4FPAA 4QAGA 2BH1A 3ULEA 3DXMA 5FPNA 2QWRA 1LWFA 1XMOK 3QNNA 4PQUA 1RT6A 4FK2A 3CC7N 3VF4A 2G8WA 4E1NA 1X3MA 4YY3K 1BGXT 3KWGA 3UKRB 3VA0A 2D0OA 3IDHA 4J2BA 3LDLA 2O8BA 3KLHA 3TANA 4CD3A 1JCFA 4CGHA 4FJLA 4JRQA 4JD2B 3EL2A 4Z4EA 2FC0A 4F2SA 3R8EA 2IAJA 5T7BA 3AVKA 1D9DA 2HBLA 4F3TA 1BA1A 4E7LA 5JLFA 2ITGA 4GV6A 2PYLA 1NMNA 3QMLA 3QLHA 4BE2A 3ZSZA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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