4E1MA

Crystal structure of hiv-1 integrase with a non-catayltic site inhibitor
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
152
structure length
146
Chain Sequence
CSPGIWQLDTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSATVKAAWWAGIKQEFGIPNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNKKRKGGYSAGERIVDIIATD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title New Class of HIV-1 Integrase (IN) Inhibitors with a Dual Mode of Action.
pubmed doi rcsb
molecule keywords HIV-1 Integrase
molecule tags Transferase/transferase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus type 1
total genus 48
structure length 146
sequence length 152
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-03-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4e1mA00
4FJHA 3HPHA 3VA0A 3L2VA 3SV3A 1NK9A 2HW3A 2DFFA 4WE1A 1O1WA 4CJ5A 3AA3A 1RBUA 3HVTA 2XY6A 1RT2A 3V9WA 2P5GA 4FXDA 2E6MA 4OLBA 3C6TA 2PYLA 3RR8A 1NJXA 1WSFA 1NK4A 4M42A 4N76A 4E0DA 4LSLA 3AO4A 1QE1A 3ISNC 4NCAA 2X78A 2DFHA 1EKEA 3ZSZA 2OPPA 4O0JA 2QKKA 2IC3A 4W5RA 2XY5A 3NDKA 3TANA 5KGXA 4E19A 4F3OA 3ALYA 3EZ5A 1TK0A 1CZBA 4DG1A 1EX4A 1TAQA 1HPZA 2ZE2A 4I2PA 4HTUA 4CEZA 4KI6A 3DYAA 1WN7A 3VQPA 4JS5A 1IKYA 4HVJA 1ZBIA 1YTUA 1UWBA 1WSEA 1RBRA 5JS2A 4DTPA 3K2PA 3CFPA 4CHYA 3U6FA 1HYSA 3AVHA 1U45A 5J2NA 4DTRA 4KB1A 1QSSA 4I9QA 2F96A 4E89A 4RW6A 2HHQA 3VQ4A 4FLZA 3TAEA 4DQPA 3VQDA 4JRPA 1WAJA 4FLTA 4RW8A 2G8IA 3CM5A 2G8VA 4Z4CA 1BI4A 3B6OA 4Y1DA 4CEEA 3HK2A 2XY8A 1XWLA 4DQQA 3DLHA 2VWKA 2X74A 3DOKA 5KGWA 1B9DA 1JKHA 2KW4A 4KAZA 3TAGA 2FBVA 2YV0X 4CGHA 4EP5A 3KD5E 3ZSYA 1L3SA 5J2QA 5J2PA 4CERA 2Z1JA 1VSHA 3DMJA 4CJLA 2B5JA 3OYNA 3HVRA 1S6PA 1L3VA 4PA1A 1BQMA 4HCBA 2DTUA 1QQCA 3NFAA 1KRPA 2GBZA 1QSLA 3DLBA 1VSJA 1C0UA 1LWFA 1I3AA 3IRXA 1EETA 3V1QA 3AO3A 3OYGA 3SNNA 2Z1HA 2HHXA 2KZMA 3VQ8A 1YT3A 3AVBA 4CF9A 4N5SA 2KZZA 1BCMA 3AO2A 3D45A 3KK3A 2P51A 3QLHA 4DWIA 4FZYA 4FJ5A 3G0ZA 1ZBFA 4YFUA 3PO4A 2PYJA 3HT3A 4M3WA 1FK9A 4CESA 3MAQA 1GOCA 2VG5A 3K5LA 3RMBA 1W9HA 4DFKA 2B4JA 3DI6A 3BGRA 4JS4A 5D3GA 1GOBA 1S1UA 1LV5A 4CFDA 4KREA 4CGDA 3AVAA 3I8DA 3QIOA 4DTXA 5I3UA 4OPKA 3NH2A 2G8WA 3PY8A 2P5OA 3F9KA 4FLVA 1TKDA 4W5NA 1RDBA 4O5BA 3KLEA 4ID5A 4CEDA 4CJTA 4KHSA 1NJWA 4Q0BA 3SV4A 4ELTA 1TL3A 1Z25A 5FDLA 3HO1A 1SKSA 5HRNA 3OS2A 3NGZA 2I5JA 2YHBA 4H4OA 3L3UA 3MXMA 2JGUA 3QIPA 1C0TA 2RKIA 4GMJB 4ZTJA 3KTQA 1QHTA 4FJGA 3NGYA 4DTNA 4IFYA 5FRMA 1JLFA 3LZJA 3U3YA 1J5OA 3TAPA 4FJNA 2DY4A 4FCYA 4RW7A 4AH9A 4CHNA 4DTMA 5I42A 1TAUA 3PUFA 3SQ2A 3H08A 3WNGA 1NKBA 4OJRA 1LW0A 3CG7A 1G15A 1S1WA 3L3VA 4H8KA 4NCBA 1UAXA 4EP4A 1S1VA 3OVNA 1SL0A 5CZ1A 4Z4HA 4FJIA 4ZTFA 2FBYA 2YNFA 3ULDA 4KHNA 4DSFA 3K57A 3DLGA 3K5NA 4Z4GA 4RW9A 3AO1A 3VQCA 3F73A 3DOLA 3SUOA 4M3RA 4DTJA 5J1EA 4J2DA 3QNOA 3S9HA 1L3TA 3OYCA 1F21A 4CGJA 3LAKA 4CHZA 1RT7A 3SZ2A 2IDOA 5CYMA 1HJRA 1QTMA 1KCFA 2O4GA 5T7BA 1XC9A 1KVCA 1TV6A 4MQ3A 3SJJA 2ATQA 4CIGA 2XY7A 1VRTA 4HCCA 3MEEA 3NHGA 4PWDA 4KRFA 1HRHA 3ZT1A 5KRSA 3KLFA 4DSLA 4E7LA 3OYAA 3LPTA 2IGIA 1RT1A 4FJXA 3KKRA 3L8BA 3V1RA 1ZBUA 4I7FA 1B9FA 4OVLA 4DFMA 2HB5A 3ZCMA 3HPGA 4ID1A 5C25A 2DFEA 3CFOA 3NF6A 3P83D 5CYQA 4CJKA 4W5OA 1RDCA 4CGIA 3VQ9A 4EZ6A 2QKBA 4YNQA 3K59A 4C8LA 3ZSQA 1A5WA 4CHQA 5HLFA 3VQEA 1RCHA 4DS4A 3KJVA 3MXJA 3ITHA 3M8RA 2F8TA 4Z4IA 2BANA 1CLQA 3V9ZA 1TVRA 3S3MA 3SYZA 3L2QA 4O55A 4O44A 1X1PA 5C42A 4PQUA 3K5MA 4GW6A 3NCIA 3SQ4A 4Z4FA 4DSJA 2QXFA 1UA1A 4CEOA 4DSKA 1U48A 3E01A 2IS3A 3MXIA 2ZQBA 4OPJA 3OYKA 3DRPA 4DMNA 4FJ9A 1NKEA 3IG1A 1L5UA 3SUPA 1BISA 1XI1A 1QS4A 1WAFA 4O0IA 2E6LA 3K58A 1JLAA 3QNNA 4DFJA 4I9LA 1WSGA 1JXEA 1Q9YA 4CEBA 2HHUA 2HHVA 1ASWA 2ETJA 3VN5A 3VQ5A 3NE6A 2O4IA 4CJSA 3JYTA 1L3UA 4CJEA 4HUGA 1HQUA 3O3FA 3QERA 4AHUA 2QK9A 3NF9A 3MEGA 3CM6A 3AVJA 3HP9A 1NK5A 1NOYA 2RPIA 1QSYA 4CIFA 3LP1A 4KKOA 3TR8A 4E1MA 1KLMA 4B9TA 3AVFA 2VG7A 4BE1A 2X6NA 4DTUA 3RMCA 2PY5A 4NCGA 4C8OA 1CZ9A 3KK2A 4KHWA 1EP4A 2D0BA 4CJQA 2VG6A 4LD0A 5HBMA 5C24A 1R0AA 3LAMA 3LP3A 4FK2A 4CCHA 4CF8A 3NBPA 1SL1A 3KKSA 2VWJA 2IOCA 4FM0A 2WOMA 1TL1A 1RBVA 2G8KA 4JLHA 4AHSA 3HL8A 3LWLA 3OY9A 4W5TA 1U4BA 5DMRA 4DU1A 4DLGA 1J9AA 4QOZB 2G8FA 3OYIA 1NJZA 4UQGA 1TK8A 3V6DA 3HPOA 4KHQA 2YKNA 3TWHA 3ZT0A 1ZBLA 3IAYA 4H4MA 4DSIA 2YHAA 3VQ7A 4CGFA 4IBNA 1KFDA 1KFSA 3SPYA 1YTAA 3K5OA 1BIUA 4CHOA 3ZSXA 1TGOA 4B9VA 4AHRA 3WNFA 1DLOA 1BHLA 3RWUA 1RDDA 2KFNA 2YNGA 3ZSVA 2A1RA 2PZSA 4CK3A 4E7IA 1MU2A 1RT5A 3V1OA 1LWEA 2KTQA 1NK6A 4CE9A 1S6QA 4FLWA 2AJQA 4CF2A 2IAJA 4AHCA 1TKXA 4E7HA 4CJPA 3OYBA 3QEIA 3SI6A 1NOZA 3OS0A 4KTQA 4M3XA 1ITGA 4HUFA 1FXXA 3OYMA 3AVNA 3QEXA 1UA0A 2GV9A 2BDPA 1XHZA 1WSJA 1XHXA 2OPSA 1FKPA 4MFBA 3HP6A 3G10A 3PV8A 3MEDA 3AVMA 3P1GA 3EY1A 3QESA 3FFIA 3LWMA 4KI4A 4KTWA 4Z0UA 4E1NA 3T19A 3PX0A 1VSDA 3KLGA 4CF0A 1LW2A 4CEQA 4ICLA 3HXMA 3QO9A 2Z1GA 2GUIA 5KRTA 1BCOA 4AHVA 1N6QA 3T3FA 3B6PA 3D0PA 4FM2A 3DRSA 1T8EA 3NH1A 4K8XA 2Z1IA 3LPUA 1ZBHA 1RTHA 3LP2A 3RTVA 4QAGA 3IS9A 1S9EA 1RT3A 4CJWA 3M8SA 3NAEA 1C1BA 3KK1A 5KI6A 1ZYQA 1KLNA 3P5JA 4FYDA 4FJJA 3OYFA 4QCLA 4KPYA 3V9UA 1WSHA 3OJSA 3BDPA 1BGXT 3AA2A 3VQAA 2EX3A 3M8PA 1D5AA 1Q8IA 4CJ3A 3LDSA 3LZIA 4FZZA 3QEVA 2XRIA 3EYZA 4OKEA 1C0MA 2BGGA 4FK4A 2HMIA 1CXQA 4CEFA 3AA5X 3QEPA 4W5QA 3THVA 4KB0A 2HHTA 4KHYA 3LALA 3MECA 2Y1IA 1IO2A 4FLYA 3O4QA 4B3OA 1X9WA 4FW1A 3I0RA 4R5PA 4BWJA 4LSNA 3TAFA 3VA3A 1IH7A 1VSFA 4KV8A 4FM1A 1HMVA 1VK0A 3AO5A 4CFCA 3KLHA 4DS5A 2KQ2A 1NK0A 3C6UA 1D9DA 4DU3A 4B9UA 4B9NA 4IFVA 1EXQA 1HNVA 3ZT2A 4DTOA 3RRGA 4FLUA 1SL2A 3SCXA 4FJ7A 4OKKA 2G8UA 3U3GA 3OJUA 1C1AA 4Z4EA 3NF7A 4OGEA 2B6AA 4F4KA 3OYHA 1SUQA 4C8NA 4CJUA 4XIUA 4CFAA 4ELVA 3KD1E 4FJMA 4N41A 1C1CA 1S1XA 4M3TA 1VRUA 1N5YA 3PX6A 3KIOA 1KVAA 4FZXC 4BACA 4CJFA 5EU7A 3AVLA 4AILC 3WNHA 2R7YA 3DLKA 2G8HA 4OKJA 4ELUA 4O4GA 2F8SA 1B92A 1RT4A 2HVIA 3AVCA 3L2RA 1TKZA 4FJLA 1RNHA 1IKVA 1W0HA 2BE2A 3LP0A 2FBXA 3DLEA 4KHUA 3SUNA 1C6VA 2YNIA 4DSEA 1ASVA 4BDPA 4E7JA 4KTZA 4M45A 4IG3A 4CK2A 2W42A 4DF4A 2D5RA 4DU4A 5HP1A 1RBTA 3UIQA 1BL3A 2A1SA 3VQQA 4OLAA 3QINA 1NKCA 1JL2A 5HRRA 1RT6A 2RN2A 4DFPA 4FJ8A 3T1AA 3SQ0A 2HVHA 4CFBA 4FLXA 1S9GA 4FJKA 3TAQA 1IKWA 3HYFA 4B9MA 1Y97A 4Q5VA 4G1QA 3CQ8A 1D9FA 4LH4A 1WNSA 2FBTA 5J2MA 1JLBA 2D0CA 3C94A 2X6SA 2RF2A 2ZD1A 5JS1A 3I0SA 3AVGA 5E41A 1RTIA 3V9XA 3C95A 3ZT4A 1NJYA 1IKXA 1U49A 4LH5A 1U04A 1RTDA 4GVMA 4F2RA 1S1TA 5K14A 1HNIA 1JLEA 3TARA 4B9SA 3ZSRA 3M8QA 3OYDA 3NGIA 4NYNA 3AVIA 1ASUA 1LAWA 4PY5A 4FVMA 4DQIA 1RILA 4CIEA 3RR7A 4CEAA 3V4IA 4F2SA 4J2EA 1J54A 4RW4A 3L2WA 2JLEA 2NUBA 3S3OA 2OZSA 1RTJA 1FKOA 3CFRA 5FRNA 3KLIA 4FK0A 3DRRA 3HJFA 1U47A 1VSIA 3AA4A 4PUOA 4HUEA 3V9SA 1LAVA 4DF8A 3O3HA 1JLCA 2OPQA 1HYVA 2KFZA 3HM9A 4JRQA 4C8MA 3L2UA 1Q9XA 3S3NA 3SUQA 3ZT3A 4TSXA 1NK7A 4OGCA 2P1JA 3VQ6A 2WONA 4L8RB 4CJ4A 3PX4A 3CYMA 1VSKA 4HHTA 4BDZA 3LANA 3JSMA 5KTQA 4KO0A 1UOCA 4FW2A 4LY7A 4DQSA 4M3ZA 3NF8A 3RRHA 4CECA 1I39A 4ZHRA 4DLEA 1GOAA 5CZ2A 3VQBA 4KFBA 1LWCA 1KVBA 5SWMA 1RBSA 3TI0A 3ZSWA 1S5JA 1K6YA 2LSNA 3ASMA 3OS1A 4F8RA 2OA8A 2OYQA 5SZTA 1DTTA 2Y1JA 5DK5A 4BWMA 1WLJA 1T03A 1HQEA 2YNHA 1HYZA 2HNZA 2Q3SA 1X9SA 4J2BA 1A5VA 1VSEA 2HHWA 1VSLA 4I2QA 3QEWA 4E3SA 1SKWA 4CHPA 4Y1CA 4IDKA 5FROA 1BIZA 2ITGA 3DLRA 4CJVA 1WSIA 1SKRA 3TAMA 4B8AB 4IG0A 1RDAA 3RMAA 3A2FA 2EHGA 4NYFA 3TABA 3OYLA 4M3UA 4M41A 1SV5A 1BQNA 4RG8A 1BI4B 2YKMA 3RMDA 1KSPA 1KTQA 3AVKA 4N47A 5HROA 4BDYA 3NH0A 4F3TA 3HSTB 1IG9A 1JLGA 5HRSA 1CXUA 1Z26A 3DM2A 4DQRA 1A5XA 4B8CA 4N56A 4E7KA 2OZMA 1VSMA 3O3GA 3PO5A 3ZSOA 3OYJA 1DTQA 1JXBA 2FC0A 5HRPA 4B9LA 4B08A 3SPZA 4AHTA 4EZ9A 1YVUA 4CJRA 3O4NA 2XO7A 1NK8A 1J53A 2OPRA 4BE0A 1T7PA 4IKFA 1JL1A 2XHBA 3QETA 1TKTA 2HNDA 4CK1A 2E4LA 1T05A 1TK5A 1D8YA 4C8KA 4CGGA 3SQ1A 5CY4A 4K8ZA 3AV9A 4M3YA 3WNEA 2HNYA 4CF1A 4DTSA 2HHSA 1X9MA 3OYEA 4J2AA 4BE2A 1JLQA 2D0AA 1REVA 3V81A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3HPHA 3SV3A 1NK9A 1E3MA 4CJ5A 2XY6A 4WQ4C 5E26A 3RR8A 3LDLA 4JKDA 4N76A 3AO4A 3PIOL 1WUAA 3EZWA 2X78A 3ZSZA 1EKEA 3MN5A 2QKKA 2O8BB 3NDKA 5KGXA 3CQXA 3ALYA 3SMPA 1HLUA 1CZBA 1HPZA 2IIRA 1QQOA 5AZJA 1O13A 3VQPA 4JYAK 3GDQA 4YOTA 4HVJA 1ZBIA 3AGKA 1WSEA 5JS2A 4JKBA 3CFPA 4DTRA 3UKRA 4KB1A 1QSSA 3VEYA 1WAJA 4RW8A 2P9UA 1DKGD 3CM5A 1H1VA 2E88A 3B6OA 2NRHA 3SK3A 1YI2N 3PIPL 4DQQA 1HNWK 5E84A 1JKHA 4CGHA 2QEXN 1VQ7N 1QQMA 4A5AA 1QSLA 2HHHK 4GV9A 3F2KA 1I3AA 1VQPN 3CF5L 2QI2A 1XNRK 3WT0A 3KK3A 2VWBA 3QLHA 5FPDA 4BC5A 3CCJN 4FJ5A 2ZM6K 1FK9A 2WC9A 2VG5A 4K43A 3MAQA 1NJIO 4JKHA 5JVGL 3DWLA 1BWFO 3FZMA 4CD3A 1X3NA 2AA4A 5HL7L 4OPKA 1GLFO 3A5OC 2WUSA 4JI7K 4ID5A 4CEDA 4CJTA 4Q0BA 1NWKA 4MLHA 2O8BA 1Z25A 3HO1A 4BRFA 5HRNA 4OPHA 3A8YA 3DLLL 2YHBA 3MXMA 5KPZA 1KAYA 4GMJB 4ZTJA 5AQMA 3LZJA 5AQUA 3CJ1A 5AQJA 4DTMA 3JAMO 1NKBA 4OJRA 3CG7A 4JHDB 3L3VA 3GOIA 5LJVA 3OVNA 2I7PA 2FBYA 1OH7A 3DLGA 4Z4GA 4DTJA 2CH5A 4A2BA 3LAKA 5BRHA 1RT7A 3MN9A 5CYMA 2GELA 1KVCA 1TV6A 2BUPA 4MQ3A 3HOSA 1N36K 1HRHA 3ZT1A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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