2E20A

Crystal structure of salmonella typhimurium propionate kinase (tdcd) in complex with diadenosine tetraphosphate (ap4a)
Total Genus 136
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
136
sequence length
394
structure length
394
Chain Sequence
FPVVLVINCGSSSIKFSVLDVATCDVLMAGIADGMNTENAFLSINGDKPINLAHSNYEDALKAIAFELEKRDLTDSVALIGHRIAHGGELFTQSVIITDEIIDNIRRVSPLAPLHNYANLSGIDAARHLFPAVRQVAVFDTSFHQTLAPEAYLYGLPWEYFSSLGVRRYGFHGTSHRYVSRRAYELLDLDEKDSGLIVAHLGNGASICAVRNGQSVDTSMGMTPLEGLMMGTRSGDVDFGAMAWIAKETGQTLSDLERVVNKESGLLGISGLSSDLRVLEKAWHEGHERARLAIKTFVHRIARHIAGHAASLHRLDGIIFTGGIGENSVLIRQLVIEHLGVLGLTLDVEMNKQPNSHGERIISANPSQVICAVIPTNEEKMIALDAIHLGNVKA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords Propionate Kinase
publication title Crystal structures of Salmonella typhimurium propionate kinase and its complex with Ap4A: evidence for a novel Ap4A synthetic activity.
pubmed doi rcsb
source organism Salmonella typhimurium
molecule tags Transferase
total genus 136
structure length 394
sequence length 394
ec nomenclature ec 2.7.2.15: Propionate kinase.
pdb deposition date 2006-11-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00871 Acetate_kinase Acetokinase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2e20A01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2e20A02
3RSEB 3I33A 5AZIB 3W3DA 3O6WA 5JMVA 2QWOA 3DXMB 4BC3A 1E4FT 1NGCA 2CGKA 2P9UA 3EKSA 1SZ2A 1MA9B 5AQTA 2QWLA 4A62A 3D2EA 3LL3A 3OHRA 3KHYA 3VEZA 1DEJA 3VENA 3QBWA 4K42A 2YCHA 4ISGA 1RGIA 5BRFA 3UKUB 2FLOA 3WXKA 5AQJA 4BR0A 3CIPA 2P9PA 4B1WB 1U6ZA 3HM8A 1ZXOA 1NGHA 4EFHA 4B9QA 2NZTA 1NGFA 4XH1A 3O8MA 4FOEA 3FR0A 2BUPA 3AAPA 2IIRA 4AM7A 2YHWA 3DAWA 4BRIA 5EY4A 4FWMA 4CZJA 4HTLA 3HBTA 4H5RA 4BR4A 3VGMA 1X3NA 2QWNA 1TUUA 2DPNA 4K25A 5AR0A 4BRDA 3CI5A 3CQXA 3BF3A 4BR5A 4E1JA 2Q0RA 4XEIA 4EIAA 2H3GX 1JCGA 3F9MA 1LOTB 1X9JA 4PKIA 3ZX0A 4WQ5A 5AQLA 5AQPA 3ZEUA 1XC3A 2P9KA 3FZFA 4GNIA 1QQOA 3H1QA 5AQRA 3U9ZA 4BROA 2YI1A 4BQZA 4BRCA 1QQMA 4CZMA 4A61A 4CZEA 3BP8A 3U4LA 3FE1A 2J4RA 4ISEA 3QMLA 2EWSA 4BRPA 3QFUA 1G99A 4EHTA 5B8HA 4JNEA 4PKHA 2P9LB 3LDQA 2W41A 4B1YB 1HPMA 1S22A 3CQYA 3IFRA 1OKJA 3GL1A 3W0LA 4RWTA 5TKYA 5E84A 4Y0WA 3CJ9A 1WUAA 1BDGA 3VEWA 4L3QA 1HX1A 5KQDA 5E26A 2QW9A 2E88A 3LDOA 2FF6A 5F2RA 4BG9A 2ZF5O 4B1UB 1HKGA 5F1XA 3GOIA 3VEXA 1U2VB 4BRLA 3HSCA 2E2QA 3EN9A 1GLCG 5FPMA 1MDUB 1BG3A 3O1WA 3M3ZA 1ATSA 3IDHA 4BQLA 1YXQA 5ADXA 4I6MA 3M1FA 5BPMA 2VYPA 5AQZA 4WQ5C 4FWOA 1HKBA 3VESA 4YDUC 1D4XA 1JCEA 1TUYA 4DB3A 3D2EB 3ZX2A 2P9SB 3A5NC 3WT0A 1XQSC 4Z94A 5FPEA 3QDKA 4CJ7A 1GLJO 1T44A 5FPNA 2FSNA 2E1ZA 2I7PA 2Q1NA 4CZHA 4CD3A 2UYTA 2P9PB 3VF2A 4CBUA 3DJCA 4BRMA 3SLCA 3L6QA 2D4WA 4CZLA 1NGEA 2Q36A 3MCPA 3KVGA 3CHWA 3ZETB 4CBWA 5KPZA 5AQIA 3U8XA 1DKGD 5FPDA 2P9NA 1EQYA 4FL9A 2HF3A 1NGDA 4IO8A 4F9OA 4PL8A 3LDLA 4BVOA 5AZJA 5JLFA 2CH6A 2FXUA 2HMPA 4PL7A 4H5TA 3I8BA 4IJNA 3WQTA 3KZBA 4DCHA 4K41A 1T6CA 3FZHA 4CZGA 2GELA 4O8KA 3C0BA 4BRHA 3ZEUB 2P9KB 3ENHA 2OANA 4IXCA 3EO3A 2A6AA 2A5XA 3L4IA 2Q0UA 1KAZA 5AQKA 2WUSA 1GLEG 4CZKA 4BC4A 3FZKA 2F9TA 4NO7A 2E20A 1IJJA 5EX5A 3BF1A 1V4TA 1MWMA 3SJHA 4WQ4A 3JXUA 3O1BA 4FSVA 3MN5A 1ATNA 4A2BA 4DHYA 5EVZA 1RDWX 1GLFO 5AQWA 2QWRA 3LDNA 2P9IB 1YVNA 2FSJA 3QB0A 3FZMA 4JN4A 4YDUA 2HOEA 3B8AX 2VWBA 3VEOA 1QHAA 4PKGA 2QWQA 4GY2B 1NBWA 1KAXA 1NGJA 2HF4A 3GDQA 4H0YB 3R6MA 1C0GA 2ZWHA 2E1YA 3MK6A 1GLAG 2CH5A 1TYQA 1E4GT 3VEVA 3AARA 1K8KA 3R9PA 3FGUA 3ULEB 3WUHA 3BEXA 5KPRA 2ASPA 1P8ZA 2A40A 4NB4A 2FSKA 1JCFA 3WXLA 4FWNA 4EHUA 3UKUA 1S3XA 1V4SA 4JHDB 3VERA 2QWPA 5I9EB 1Q18A 3JS6A 2GEMA 2Q97A 3WEEB 5KPTA 1SAZA 3HTVA 5AQXA 3HZ6A 2GTDA 4BR7A 3GE1A 4WQ4C 4FO0A 1NWKA 2ASOA 3CJCA 2I7NA 4FWQA 4HWIA 1Z6RA 3D2FA 1YUWA 3WXJA 3VOVA 2E2OA 2KHOA 5ADXH 4RTFD 2A41A 3ATUA 5AQOA 3A0IX 4BRQA 5LJWA 3UKRA 1NLVA 5AQHA 2P9NB 4BC5A 2P9UB 4MLHA 3AAQA 1NGAA 1Y64A 2V7ZA 2V51B 4M63C 4BRGA 3H3NO 3FZLA 1BOTO 2CGJA 1X3MA 4KBOA 5AFUA 4M7XA 4WYBA 3BUZB 2GUPA 3QICA 4JD2A 3TPQA 2IVOA 5F0XA 4B1XB 2AA4A 4IWVA 2ASMA 3ZX3A 4B1VA 3TU5A 2Q2RA 3D7EO 1QZ6A 3MMVA 5BRDA 3CJ7A 4FPBA 1HUXA 2PAVA 3MDQA 3S41A 3HI0A 3VF4A 4H5WA 3ENOA 5LY3A 2E2PA 1NMDA 3SMPA 2E2NA 1GLBG 2IVPA 5EXWA 3QBXA 5AQMA 2QWMA 2F9WA 4BRNA 1NM1A 1BA1A 1HJOA 4M7YA 3VGKA 5AQGA 1NGGA 4H5NA 5KQ8A 2V7YA 4QS9A 1Z05A 4BRAA 1DGKN 4MLEA 1HKCA 1ZC6A 4O5FA 2YHYA 3A8YA 2AP1A 3C7NA 4FWLA 3EKUA 3J8AA 4BR2A 4FPAA 1ATRA 5AQUA 1SQKA 3CJBA 1ESVA 4K43A 4QS7A 2GWKA 4H0PA 1C0FA 1TYQB 4MO4A 4H03B 5BRHA 1K8KB 1BUPA 2P9SA 3P4IA 3DXKA 3FFKB 4H0VB 4IZ9A 5AQSA 4A2AA 4CZFA 1GLDG 3CETA 5CE3A 3RSEA 2D0PA 3O08A 4FWSA 5JICA 2IVNA 5AZIA 3WQUA 3L0QA 3LDPA 1WOQA 5BPLA 4BC2A 2QM1A 3O5BA 3ATVA 3DXMA 3ZETA 3VEYA 3UB5A 3AY9A 3D2FB 4J8FA 3M6GA 3WXIA 4H0TB 3VF6A 3CJAA 4I6MB 1KXPA 3UKRB 5ELZA 2W40A 2YJEA 2FF3B 1LCUA 2E8AA 2BTFA 4FWKA 4B1ZA 1BO5O 5LJVA 4C23A 4CBXA 4FOIA 3VETA 2CGLA 4CD1A 3G25A 4MO5A 1T6DA 4CZIA 1QQNA 1R59O 4JD2B 4XH4A 3DWLA 3CERA 3LM2A 3A5OC 4DQ8A 1NGIA 5EOYA 5BN8A 1ZBSA 3H6EA 3VPZA 3GBTA 2ZGZA 2VCPA 1J6ZA 3A5LC 2ITMA 4BGBA 1RFQA 3GG4A 2A42A 1H1VA 1KAYA 5BPNA 2PBDA 3EL2A 3CJ1A 4BR9A 4FWRA 2D1KA 3MN6A 1YAGA 1QZ5A 4BRKA 3H46O 4BREA 1MWKA 2D0OA 1CZAN 2NRHA 5BR9A 4BRFA 5AFUH 1XUPO 3R8EA 4H0XB 4LC9B 2P9IA 4BVPA 3IMXA 3UE5A 4EAHD 2YJFA 4QS8A 5AZJB 2YHXA 3U9DA 3EZWA 3FLCO 3A5MC 3H1VX 3H3OB 5AQQA 5JLHA 4JAXA 5BN9A 5BREA 3LM9A 3MN9A 2A3ZA 4CI6A 2NLXA 1GLLO 2P9LA 3ULEA 3O80A 3IUCA 1BWFO 2Q31A 2V52B 1HLUA 2ZGYA 3C7NB 3O4WA 4AM6A 4BGAA 5AQYA 1IG8A 1NGBA 4IJAA 4H5VA 3SK3A 3SMSA 3H45C 5AQVA 2QXLA 4JHDA 3MN7A 3DXKB 4RCHA 4FWPA 4XH5A 5AQNA 3WEEA 3QFPA 1BU6O 3ID8A 4H0OA 2GWJA 1BA0A 5AQFA 4ISFA 4BG8A 3VGLA 1U2VA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3RMAA 3OYNA 4B9MA 5AZIB 3KLGA 3AVAA 1D9DA 5A2QO 1NJYA 2OTLN 1REVA 1SZ2A 1NG9A 1KTQA 4B9TA 2G8WA 1S9EA 2OA8A 4DSLA 2O8DA 5AQTA 3LL3A 3L3UA 4OLAA 3TANA 1RT4A 3OHRA 1IV0A 3DLKA 1DEJA 1J5EK 4ZHRA 4ISGA 1HYZA 5BRFA 3QEXA 2NRZA 2P9PA 3AA5X 1U6ZA 1T03A 3DRPA 4FLZA 5D3GA 2E6LA 4B9QA 5HRSA 3PIOL 3AO3A 1P90A 3O8MA 4FZXC 5M1FA 2UUCK 1S9GA 1FKPA 4Q0BA 3SUPA 5CY4A 4B9NA 3SV3A 4BE2A 1OH8A 4AM7A 3DAWA 1W97L 3QO9A 4HTLA 4JKFA 4H5RA 4OVLA 4F3TA 3TAQA 2QWNA 4K25A 4YOTA 4CESA 2F96A 5SZTA 1HQUA 4KPYA 3HPGA 2YKNA 4BR5A 4FLWA 4EIAA 2H3GX 3DOKA 1LOTB 4PKIA 2KQ2A 3ZX0A 3H08A 4OPHA 3QIOA 4FJJA 5AQLA 3U9ZA 1QQOA 4PHTX 1NOYA 4BQZA 3AVBA 4AHCA 1ASWA 4CZMA 3QMLA 4CFCA 3SQ4A 2R7YA 3QIPA 4RW8A 4A5BA 4JNEA 2HMIA 2P9LB 3LDQA 1Q9XA 1NJXA 1J9AA 3E66A 4RWTA 1KVCA 3HRGA 4DU3A 5E84A 1I94K 4Y0WA 4Z4GA 3V1RA 1HX1A 3K58A 3SUQA 1GOBA 2E88A 3RTVA 4KREA 4BG9A 3GOIA 3VEXA 2AJQA 3U6FA 4BRLA 4B9LA 3OYDA 4IOCL 1X1PA 2QI2A 4IG0A 3ENBA 1ATSA 3AGKA 5GADP 4I6MA 4CGHA 2F8TA 4FXDA 3ISNC 5AQZA 1VSHA 3VQ7A 3OS2A 3T3FA 4C8LA 1TUYA 3K5MA 1X9WA 3NF9A 4CK2A 4DB3A 2VQEK 3ZT4A 2P9SB 4Z94A 5IWAK 3SI6A 1GLJO 3WNGA 1HNWK 1S1UA 2Q1NA 2HNDA 5H1SQ 2YNGA 1SUQA 3KKSA 1EXQA 4LF6K 3ZSVA 4CZLA 4R79A 5LL6Z 1NGEA 4CBWA 4LY7A 1CXUA 4NLCA 1JXEA 5AJ3K 4E7IA 1EQYA 3ZLJA 2HHWA 3LWMA 2JWKA 4PL8A 3LDLA 2Z1JA 4LD0A 2CH6A 4C8OA 3O3HA 1RT5A 3RRHA 2GV9A 4DS4A 4CGGA 1VHXA 4I2PA 3LP0A 4K0KK 4J2DA 2D5RA 4BRHA 2P9KB 3E1YA 3NDKA 4IXCA 2NNWA 2A6AA 3EO3A 2A5XA 3L4IA 3HVRA 1KAZA 5AQKA 5J2PA 1L3UA 1U04A 4LSLA 3DM2A 3FZKA 2DFEA 2Y1IA 4A59A 2YV0X 5EX5A 3CM5A 2ZE2A 1C1BA 1MWMA 2ZJQL 4GVEA 3SPZA 1NK6A 1TVRA 3SZ2A 4FW1A 3SYZA 1JJ2M 4CF0A 4DHYA 2G8KA 3S9HA 3NH0A 5EVZA 4KB0A 1C0MA 4JI1K 4AHTA 1GLFO 1UOCA 5AQWA 3VQCA 4J2BA 4ID5A 4IEEA 4E1NA 4CF9A 3KJVA 3SAFA 5M1PA 1NJWA 2VWBA 4DV3K 3VEOA 4PKGA 4GY2B 1NBWA 2UUBK 2HF4A 3GDQA 4H0YB 1RT6A 3CCMN 3BGRA 3C65A 3MK6A 1TYQA 4CHNA 4BWJA 4C1NK 4KHYA 1IKYA 1P8ZA 2A40A 1JCFA 1VQMN 1T05A 4JKEA 1S3XA 1VQKN 3VERA 4O4GA 3KWIA 4CJFA 1OH6A 1M90O 1RT2A 2GBZA 1SAZA 2XY6A 1FK9A 2ZD1A 2B4JA 4WQ4C 2KLAA 1JLGA 1YUWA 4JEPA 3VOVA 2E2OA 3WXJA 4KH5A 3T19A 1I3AA 5ADXH 2A41A 4OLBA 3ATUA 1YIJN 1RT3A 4KV8A 3A0IX 4BRQA 4HUFA 4I2QA 3UKRA 1NLVA 3KTQA 4HVJA 2P9UB 1T7PA 4CGFA 3AAQA 4BRGA 5AFUA 3NAEA 4CEDA 4ICLA 4AHRA 4B8CA 4YHHK 3RMCA 4DR7K 2IAJA 3VN5A 4IWVA 3E9OA 4PA1A 2YNFA 1ASVA 3VQBA 2VGNA 2E5LK 3THXB 4DU1A 1HUXA 1S6QA 1Y97A 4JI4K 4RW6A 3NBPA 3VF4A 1JLFA 1NMDA 3SMPA 1WBBA 2IVPA 5EXWA 3SBTA 2F9WA 2OPQA 1Q9YA 1HJOA 1J5OA 1EWQA 3MAQA 5KQ8A 3THYB 4PY5A 2HVIA 2V7YA 1HMVA 5CYMA 2HHSA 1ZC6A 4O5FA 1U4BA 4EP4A 1B9DA 4B9VA 2X74A 3C7NA 4FWLA 1IBKK 1EP4A 4JI2K 1SQKA 4K43A 3UIQA 3QERA 4H03B 1K8KB 1BUPA 2P9SA 2VG7A 3FFKB 3CFRA 4IKFA 4JI3K 4IZ9A 5HP1A 4CZFA 3V9XA 2FBXA 1GLDG 3CETA 1SKWA 3HYFA 3WNHA 3O9SA 3RSEA 2D0PA 2IVNA 3M8PA 3DLHA 4DSEA 5HRPA 5BPLA 5C15A 4BC2A 3AO4A 3CPWM 4HUEA 3P31A 4KHQA 2YX6A 5C2DA 4ILGB 4FLXA 1TAUA 4ILJA 1IKXA 1RILA 1OH5A 3F9KA 3M6GA 1VQON 2Y1JA 3CJAA 5ELZA 4B3OA 1LCUA 3EE8A 3HOTA 3AVHA 1TKDA 4Y1DA 3T7ZA 4M3XA 3MX2A 2O8CA 4MO5A 4CHYA 4OGCA 1IKWA 3R3LA 1B92A 4JI0K 4WCEL 5EOYA 4B3TK 1K6YA 3A5LC 3LWLA 3C6HA 4ILHA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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