2E20A

Crystal structure of salmonella typhimurium propionate kinase (tdcd) in complex with diadenosine tetraphosphate (ap4a)
Total Genus 136
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
136
sequence length
394
structure length
394
Chain Sequence
FPVVLVINCGSSSIKFSVLDVATCDVLMAGIADGMNTENAFLSINGDKPINLAHSNYEDALKAIAFELEKRDLTDSVALIGHRIAHGGELFTQSVIITDEIIDNIRRVSPLAPLHNYANLSGIDAARHLFPAVRQVAVFDTSFHQTLAPEAYLYGLPWEYFSSLGVRRYGFHGTSHRYVSRRAYELLDLDEKDSGLIVAHLGNGASICAVRNGQSVDTSMGMTPLEGLMMGTRSGDVDFGAMAWIAKETGQTLSDLERVVNKESGLLGISGLSSDLRVLEKAWHEGHERARLAIKTFVHRIARHIAGHAASLHRLDGIIFTGGIGENSVLIRQLVIEHLGVLGLTLDVEMNKQPNSHGERIISANPSQVICAVIPTNEEKMIALDAIHLGNVKA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Transferase
source organism Salmonella typhimurium
publication title Crystal structures of Salmonella typhimurium propionate kinase and its complex with Ap4A: evidence for a novel Ap4A synthetic activity.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Propionate Kinase
total genus 136
structure length 394
sequence length 394
ec nomenclature ec 2.7.2.15: Propionate kinase.
pdb deposition date 2006-11-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00871 Acetate_kinase Acetokinase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2e20A01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2e20A02
3VETA 2D4WA 5AQXA 3FZHA 5JMVA 3CI5A 3H45C 4DHYA 5AZIB 2Q2RA 2DPNA 3GE1A 1SQKA 1IG8A 2YHWA 3D2FA 4MO5A 3ZEUB 3ZX0A 2E1ZA 2QWLA 2YCHA 5AFUH 4C23A 5JLFA 3IUCA 1T44A 2P9SB 4RCHA 2D1KA 4CI6A 3O6WA 4BR5A 1G99A 2YHXA 3ATUA 1CZAN 4BREA 2E1YA 4F9OA 5LJWA 4AM6A 1E4GT 1ATSA 4GY2B 1RDWX 5AZJB 3FFKB 1R59O 5BRHA 3FZFA 2PAVA 3H1VX 5BPNA 4FWRA 1Q18A 4RTFD 5BRDA 1MA9B 1LOTB 1NGGA 1QZ5A 3WQTA 1MDUB 4M7XA 4DB3A 3EO3A 4CZEA 3O1WA 4BRAA 4JN4A 4BRFA 3LM9A 3H3NO 4ISEA 4ISGA 2PBDA 4RWTA 4XH5A 4EHTA 4CZGA 4H5TA 1BOTO 2AP1A 2VCPA 5KPZA 4PL7A 3FE1A 1QZ6A 1ESVA 1HKCA 1TYQA 4IXCA 1HLUA 1BU6O 5BRFA 4FWLA 2ZWHA 2KHOA 3HI0A 4B9QA 1J6ZA 2Q0UA 4BRKA 3MCPA 3FR0A 5AQTA 1BO5O 1MWKA 4BQLA 1Z05A 4FOIA 2VYPA 2E2OA 1KAYA 4FWPA 3BF1A 3DXKA 4MLEA 4BC3A 4FSVA 3MN6A 3WEEA 2BTFA 3M1FA 1WUAA 4M63C 3VOVA 4BQZA 1YXQA 4FO0A 3UE5A 4E1JA 3D2EB 5EY4A 5EXWA 3A5NC 3O1BA 3FZKA 4NB4A 2Q97A 3MN9A 2IVNA 3A5MC 3AARA 1NGAA 2CGLA 3SJHA 2I7NA 3HZ6A 4BGAA 4PKIA 4H5VA 4B1XB 4BR4A 2ASOA 3AAPA 1NWKA 4H0XB 4A62A 1P8ZA 5F2RA 1X3NA 4CD1A 3OHRA 4EFHA 2P9NB 1ZBSA 2HMPA 3A8YA 2A6AA 1XC3A 3O8MA 2FXUA 4BR7A 3EZWA 4FWOA 1NGHA 2GELA 5BN8A 3VEXA 3O80A 1LCUA 2QWOA 4FPAA 3D7EO 1T6CA 2Q0RA 3U4LA 4H0VB 4CZFA 5KPRA 3R8EA 4A2BA 1HJOA 5JLHA 4K41A 1QQNA 4H5NA 2UYTA 3LL3A 3FLCO 4JHDA 4BC4A 4BG9A 1GLDG 3A0IX 2J4RA 3QBXA 1OKJA 4JD2B 3CERA 5F1XA 3QMLA 2OANA 3IDHA 1YVNA 3ZETA 4CBWA 2ITMA 4BVOA 4JNEA 5LJVA 2W40A 1K8KA 2ASMA 3QFPA 4QS7A 3VEYA 2D0OA 3VGMA 3LDNA 3MN5A 1JCGA 4IJAA 4O8KA 4YDUA 2Q31A 4WQ5C 4Z94A 1HKGA 3UKUB 2Q36A 4EIAA 3BUZB 4BRNA 4WQ4C 5AQOA 3VEVA 4B1YB 1MWMA 4QS8A 1NMDA 3EKUA 4CZJA 1QHAA 5E26A 1XUPO 3VEOA 1C0FA 3CJBA 1ZC6A 2GEMA 3A5OC 3LDQA 3DWLA 5KQ8A 4BRQA 3M6GA 5E84A 2P9PB 1Z6RA 1BG3A 2P9LA 1D4XA 4MLHA 2P9IB 2QWQA 1BDGA 3ENHA 3QBWA 5AQJA 3IFRA 5LY3A 1ATRA 3H6EA 3C0BA 1T6DA 4FWMA 3VF4A 3VENA 4Y0WA 4FWNA 1GLAG 2P9KA 3L0QA 4CZHA 3I8BA 3QFUA 4H5RA 3D2FB 2P9UA 2QWRA 1WOQA 3HSCA 3C7NA 1NGFA 3ULEA 3SK3A 5AQGA 2YJFA 3VGLA 3LM2A 4CZLA 1KXPA 2ZF5O 3QICA 3U9ZA 4HTLA 1GLCG 2HF3A 4O5FA 5BREA 3HM8A 1BUPA 2FSNA 2NRHA 1BA0A 2AA4A 4ISFA 2BUPA 3DXMA 2W41A 4H0PA 1C0GA 5AQIA 3CHWA 3CJ7A 4FPBA 3LDLA 4LC9B 2FSJA 4FWKA 4B1ZA 1V4SA 2HF4A 3O4WA 2QXLA 3SMPA 5I9EB 4I6MA 3SMSA 2YI1A 1NGEA 2NZTA 4HWIA 5AQFA 1HUXA 4BC5A 4IWVA 5BPLA 2H3GX 3O5BA 2E2QA 3ENOA 3AAQA 3U8XA 3UKRB 4PKHA 3HTVA 1U2VA 2V51B 2V52B 1RGIA 5AQZA 4PL8A 3RSEA 3CQYA 4DCHA 2E2PA 5ADXA 3AY9A 5JICA 3W3DA 2A3ZA 4KBOA 5B8HA 3BF3A 1TYQB 2ASPA 5AZIA 1GLLO 4FWSA 5BR9A 5AQYA 4K42A 3ZEUA 1NBWA 2V7ZA 1U6ZA 3BEXA 3DAWA 3LDOA 2QWPA 4BRPA 3H46O 4WQ4A 3R6MA 4B1UB 3FZLA 3DJCA 2P9SA 5AQKA 2HOEA 1GLBG 4CZIA 3M3ZA 2NLXA 1V4TA 4IJNA 3VF2A 3J8AA 3KHYA 3VPZA 3WEEB 4DQ8A 1TUUA 1GLFO 2GWKA 4JAXA 4BRMA 4MO4A 5AZJA 3KVGA 3O08A 5AQNA 5BN9A 1YAGA 2V7YA 4NO7A 3VESA 4A2AA 4CJ7A 2E20A 3H3OB 1X3MA 2E2NA 2IVOA 5AQPA 4BRHA 3MMVA 1DKGD 1QQMA 3R9PA 4BROA 3CJAA 3MN7A 1SZ2A 5ADXH 1S3XA 2CGJA 1Y64A 4CD3A 5F0XA 2F9TA 5FPEA 3I33A 2P9IA 3QDKA 2A40A 3LDPA 3WXLA 3G25A 2CH5A 5TKYA 3ZX3A 4H0TB 3ATVA 2ZGZA 3VERA 4H0YB 3EKSA 3B8AX 2F9WA 3GDQA 5EOYA 4CZKA 3TPQA 2FF3B 5EX5A 4BR0A 3MDQA 4A61A 5AQRA 3WXIA 5AR0A 1DGKN 2FSKA 3WQUA 2YJEA 1YUWA 1ATNA 1TUYA 2VWBA 2D0PA 1HX1A 3CQXA 3GBTA 3IMXA 4K25A 3WUHA 3EN9A 2QWMA 3HBTA 4BC2A 1JCEA 3L6QA 1JCFA 1E4FT 3BP8A 1SAZA 4BRGA 3MK6A 4JHDB 2QWNA 4H0OA 3H1QA 4H03B 2Q1NA 3U9DA 1KAXA 3GG4A 1NGBA 3A5LC 4WYBA 3D2EA 2IIRA 3VEZA 3ZETB 1HPMA 4FL9A 1S22A 1K8KB 3TU5A 3GOIA 1NGDA 3UB5A 5AQQA 4EAHD 3FGUA 4CBXA 4B1VA 4FWQA 3VGKA 2CGKA 2E88A 2GWJA 3FZMA 3CJ1A 3UKRA 4CBUA 1XQSC 4YDUC 3VF6A 2EWSA 3QB0A 2CH6A 2P9NA 1BWFO 2WUSA 4M7YA 3KZBA 4BR9A 1DEJA 3L4IA 1HKBA 1EQYA 1QQOA 1NGCA 2QM1A 3CETA 4AM7A 5AQUA 3CJ9A 2P9LB 1GLEG 3WT0A 5FPDA 5FPMA 4QS9A 1X9JA 3VEWA 2QW9A 3CIPA 5KQDA 5AQHA 5AQMA 4JD2A 4BG8A 1ZXOA 2P9KB 2IVPA 1H1VA 2E8AA 3WXJA 4XEIA 4XH1A 5AQWA 1NGJA 3WXKA 2P9UB 5ELZA 4BRIA 4WQ5A 3C7NB 4L3QA 2GUPA 2FF6A 3EL2A 4J8FA 3ULEB 3UKUA 2A41A 4BR2A 5FPNA 5AQSA 4B1WB 3DXKB 3JS6A 4XH4A 3CJCA 3GL1A 1RFQA 5AFUA 4BGBA 5AQLA 4K43A 2YHYA 1NLVA 2ZGYA 4PKGA 4IO8A 1BA1A 2FLOA 5EVZA 1KAZA 4BRCA 2A5XA 3DXMB 3JXUA 2I7PA 3S41A 3ID8A 4BRDA 5BPMA 4GNIA 2A42A 3P4IA 5CE3A 4BVPA 3SLCA 4CZMA 2GTDA 4BRLA 4EHUA 1IJJA 1GLJO 1NM1A 5AQVA 4I6MB 1NGIA 2P9PA 3W0LA 3ZX2A 5KPTA 1U2VB 4FOEA 3RSEB 4IZ9A 4H5WA 3F9MA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1WBBA 4K8ZA 3SQ0A 4HHTA 5JMVA 3B6OA 2Q2RA 4CJKA 4B3RK 1VQ7N 1IG8A 4B3SK 3SZ2A 2YCHA 3THWA 4CGDA 1RTJA 2P9SB 3C95A 3O6WA 4OPHA 3EZ5A 1G99A 2YHXA 2VG7A 4DV4K 3V1RA 3QIOA 3LP0A 1ATSA 1RCHA 1RDWX 2O8DB 1IV0A 5AZJB 1R59O 5BRHA 2HBKA 5BPNA 4CGJA 4RW9A 1TKXA 1W97L 1S72N 3PSFA 1YITN 3NDKA 1LOTB 1NGGA 2QA4N 1QZ5A 4CHZA 4M7XA 3DM2A 3TABA 4CZEA 3CCQN 4DSKA 5D3GA 1IKXA 3DLHA 4JN4A 4RW6A 2ZE2A 5C24A 3IAYA 3H3NO 4B08A 1VSKA 3O4QA 1VHXA 4KI4A 4XH5A 4EHTA 1S9GA 2AP1A 3LP1A 5HRPA 1QZ6A 3OVNA 3NBPA 4FLVA 1TK0A 4IXCA 4GVEA 4DQRA 2BE2A 3WNFA 3RR7A 4Q0BA 2KHOA 3CYMA 4FLTA 1J6ZA 4CEZA 4DFJA 3FR0A 5AQTA 3V81A 5KGXA 1Z05A 1OVYA 4LSNA 4FOIA 4EZ9A 4FJKA 3BF1A 2UUCK 4M3TA 3SNNA 1XMQK 4FSVA 2YNIA 3WEEA 4KHWA 4YOXA 4BQZA 3UE5A 2Y1IA 5EY4A 4AHVA 3T7ZA 1F21A 4OGEA 3E01A 1NGAA 1C0MA 2HNYA 1OH5A 3QEWA 4DG1A 4BR4A 3I55N 4A62A 2JGUA 1A5VA 5F2RA 3CD6N 2R7YA 4FJGA 1JLGA 1ZBSA 5CYMA 3ULDA 4BR7A 4KHYA 3EZWA 4QOZB 2Z1GA 3DRPA 5C42A 3K57A 1TKTA 3V9UA 4WFAL 3K5OA 4FPAA 1D9FA 3BZKA 4H0VB 1WSGA 1KQSM 1NJYA 4A2BA 4YOUA 4K41A 1QQNA 3J7AP 2YNHA 4Z4FA 2UYTA 3LL3A 3OJSA 4E0DA 4PHTX 2HBJA 2G8VA 4QAGA 3V9WA 4M42A 1OKJA 4HCBA 4KHNA 3MEGA 4DWIA 3QMLA 1KFSA 2Q3SA 2ITMA 3SPZA 3AA4A 5FRMA 2ASMA 2DFEA 3QFPA 2D0OA 3VGMA 2O8FA 3LAKA 4YDUA 4CF2A 2BANA 4FK4A 1HKGA 2Q36A 4EIAA 4WQ4C 4DU3A 4B1YB 4U7BA 4QS8A 1NMDA 3EKUA 1NJXA 4KB1A 4JI6K 1QHAA 5HOOA 5E26A 1XUPO 2G8HA 4B8AB 2O8BA 4W5TA 5C10A 4U67L 2NRZA 5GAHP 3O3FA 3TAMA 3ZSVA 2HHHK 4B9VA 1O13A 5E41A 5KQ8A 4X64K 1YIJN 1JL1A 3M6GA 5J2NA 3S3OA 2YNGA 3CG7A 3JAMO 1KLNA 1D4XA 2QWQA 3E66A 1BDGA 3OYEA 4LF8K 5AQJA 3AA5X 5J1EA 1T6DA 3PIPL 1SL0A 4BACA 3QERA 4CZHA 5M1PA 4CFAA 3HPHA 1WOQA 5C0YA 4FZYA 2WOMA 1NGFA 4NLBA 3BDPA 5AQGA 3VGLA 5CZ2A 1BI4B 4LF5K 1KXPA 1RBVA 1C1BA 2ZF5O 4YOWA 1GLCG 3T1YK 3LWLA 5BREA 4KAZA 2HHSA 1BA0A 3DXMA 2BGGA 3CJ7A 4FPBA 4HUFA 3V9ZA 4IOAL 4KTZA 4CGHA 3QEXA 4FWKA 2F96A 3HJFA 1OH8A 3K5MA 2QXLA 3SMPA 2VWJA 4I6MA 3SMSA 2GV9A 2YI1A 5AQFA 1HUXA 2I5JA 4X65K 3U8XA 1RGIA 4DCHA 3T1AA 2G8IA 3OYLA 1TGOA 3HL8A 2ASPA 4FWSA 4DSEA 4JYAK 4KTWA 1IKVA 1ZBLA 5DM6L 3LDOA 1JLEA 5JS1A 1RILA 4WQ4A 4YOVA 4OO1J 1WSHA 2P9SA 1NK9A 4CEEA 1GLBG 3HO1A 3M3ZA 1V4TA 4IJNA 3AO2A 3VPZA 2JWLA 2B6AA 3P83D 2O8DA 5AZJA 3RRGA 3PUFA 1OVQA 5BN9A 4DTOA 3H08A 3TTCA 3TSPA 3CC2N 3DLRA 3NF8A 2E20A 3H3OB 2IVOA 3O9SA 1DKGD 1Y97A 3CJAA 3DLBA 2CGJA 1Y64A 1UWBA 3I8DA 4DR3K 3CCUN 3QDKA 2KZMA 5LMUK 2A40A 3LDPA 3LPUA 3WXLA 5TKYA 3ZX3A 1S1TA 4V19S 2F9WA 2O4GA 3DRSA 4CZKA 2DFHA 2FF3B 2JWKA 1DGKN 3KK1A 2UXCK 2FSKA 5EU7A 3WQUA 3J7ZO 4A57A 2YJEA 1WSFA 2VWBA 3IMXA 4B9UA 3WNGA 5AJ3K 1E4FT 3BP8A 3P1GA 4C1NK 4B9SA 4BRGA 1C1CA 2KTQA 4JHDB 2QWNA 4H0OA 4H03B 1JJ2M 2ZM6K 2VQEK 3RMCA 1KAXA 4JI4K 3A5LC 2XY6A 1N34K 2HHWA 1QVGM 2HHTA 1RTHA 3OJUA 4LF7K 1S22A 2OPSA 1K8KB 3AVJA 3PLAA 5GIOA 3OS2A 2HNZA 3UB5A 4FVUA 2DTUA 4EAHD 3FGUA 4CK3A 3ZT0A 3VGKA 5M1FA 3FZMA 1XQSC 3J7YP 4DUZK 5CY4A 3ZCMA 4O44A 1NOZA 2YX6A 3QO9A 1K6YA 3DLGA 3L4IA 3TTFA 1EQYA 4UY8O 1TAUA 1ASUA 2HMIA 3ZT2A 1N36K 4FM1A 1BCMA 1YHQN 2P1JA 4ID5A 1Q9YA 2D0AA 5HL7L 1J5EK 4OKJA 3KD1E 4KFBA 2UXDK 1TL3A 1U45A 3WT0A 1E3MA 2NRRA 2NRTA 1K9MO 3CF5L 2F7TA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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