2E20A

Crystal structure of salmonella typhimurium propionate kinase (tdcd) in complex with diadenosine tetraphosphate (ap4a)
Total Genus 136
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
136
sequence length
394
structure length
394
Chain Sequence
FPVVLVINCGSSSIKFSVLDVATCDVLMAGIADGMNTENAFLSINGDKPINLAHSNYEDALKAIAFELEKRDLTDSVALIGHRIAHGGELFTQSVIITDEIIDNIRRVSPLAPLHNYANLSGIDAARHLFPAVRQVAVFDTSFHQTLAPEAYLYGLPWEYFSSLGVRRYGFHGTSHRYVSRRAYELLDLDEKDSGLIVAHLGNGASICAVRNGQSVDTSMGMTPLEGLMMGTRSGDVDFGAMAWIAKETGQTLSDLERVVNKESGLLGISGLSSDLRVLEKAWHEGHERARLAIKTFVHRIARHIAGHAASLHRLDGIIFTGGIGENSVLIRQLVIEHLGVLGLTLDVEMNKQPNSHGERIISANPSQVICAVIPTNEEKMIALDAIHLGNVKA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Crystal structures of Salmonella typhimurium propionate kinase and its complex with Ap4A: evidence for a novel Ap4A synthetic activity.
pubmed doi rcsb
source organism Salmonella typhimurium
molecule tags Transferase
molecule keywords Propionate Kinase
total genus 136
structure length 394
sequence length 394
ec nomenclature ec 2.7.2.15: Propionate kinase.
pdb deposition date 2006-11-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00871 Acetate_kinase Acetokinase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2e20A01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2e20A02
1U2VA 1JCFA 3H45C 3GOIA 1HX1A 3O5BA 3VESA 1S22A 1IJJA 1H1VA 1BUPA 1GLLO 2IVOA 4FWKA 2DPNA 2W40A 5LJVA 1MWMA 3MK6A 4FWMA 2YJEA 4JHDB 2QM1A 3P4IA 4PKHA 4BR4A 5E84A 4A61A 1KAXA 3O08A 4C23A 5AZIA 4XH5A 5AFUA 5BRDA 3VGKA 3C0BA 5AFUH 1U2VB 2D4WA 5EOYA 3MN5A 3TPQA 4XH4A 1SAZA 2YHYA 2FLOA 3FE1A 3EO3A 3F9MA 2V51B 5AQRA 4BRLA 5AQYA 4EFHA 1QQOA 1U6ZA 3M3ZA 5BN9A 3VEXA 1NGAA 2VWBA 4EHTA 2P9LA 4FOIA 5BPNA 2V7ZA 1YXQA 4BRHA 4H0PA 3AAQA 1JCEA 2BUPA 3DAWA 3DJCA 4BC2A 4BRKA 2A40A 2FSJA 2WUSA 3A0IX 3GL1A 2FSKA 3ATVA 2Q1NA 1T44A 4F9OA 3AY9A 2NZTA 5EVZA 3DXMB 2E8AA 3RSEA 3ZETB 2GUPA 5AQLA 2FSNA 3VETA 1QQMA 4EIAA 1NGBA 4B1WB 1QHAA 3EKSA 1NGEA 2HF3A 3IFRA 1X3MA 2QWQA 1IG8A 3CQXA 3IMXA 4MLEA 2P9NB 2P9IB 1JCGA 1C0FA 5BRFA 3LDQA 5KPRA 1MA9B 5AZJB 4EHUA 3DXKB 4YDUC 3GE1A 4BQLA 4XEIA 3VERA 3QMLA 3C7NA 1RDWX 5AQHA 1BA0A 1HLUA 2J4RA 5AQOA 3UKUA 2GWJA 5AQQA 3U9DA 5E26A 4IJAA 2E88A 4DB3A 2F9WA 1YUWA 4HTLA 3IUCA 5AQGA 5AQUA 3O80A 1D4XA 2P9KA 5LY3A 1ZBSA 3HBTA 2QWOA 3M6GA 1GLFO 4IO8A 4H0TB 2E20A 1S3XA 4RTFD 3HTVA 2E2OA 2P9PA 3H3NO 3CI5A 2KHOA 2ASMA 2FF3B 3ZX2A 1XQSC 1HKCA 5BPLA 2ZF5O 2YI1A 1X9JA 3JXUA 2I7PA 1DGKN 2IVNA 3J8AA 4XH1A 4H03B 4B1VA 5KPTA 3A5OC 5TKYA 3L0QA 4H0YB 3MN7A 2P9LB 3CJ9A 5FPMA 2QWLA 3VENA 3U8XA 1ESVA 4B1YB 3MN6A 3L6QA 4BRDA 2F9TA 3D2FB 4B9QA 3LDNA 1QQNA 2FF6A 2ASPA 4ISFA 3HI0A 2D0OA 4H5WA 2IIRA 3D2EB 2E2NA 2P9IA 1OKJA 2BTFA 2GEMA 2Q97A 4CZGA 2D0PA 4CI6A 3O1BA 4BR5A 3QBXA 3KZBA 5AZIB 2GWKA 3VF6A 4BC5A 3FZLA 1GLJO 3H1VX 3FZMA 4L3QA 5ADXH 3CJCA 2CH6A 1TUUA 3M1FA 3VGLA 5F2RA 3VOVA 4FPAA 3GDQA 1C0GA 3A5LC 3KHYA 5AQWA 2P9KB 2GTDA 4H0VB 3EL2A 1QZ5A 1RGIA 3UE5A 3WEEA 3VF2A 4BROA 3JS6A 3VF4A 1QZ6A 3W0LA 1DKGD 1KAYA 3CJBA 2YHXA 4QS9A 2YHWA 3FGUA 3VPZA 5AZJA 2A42A 1T6CA 4BQZA 1XUPO 4M7XA 3O4WA 3QBWA 3SLCA 3FR0A 2E1YA 4WYBA 3MMVA 5BREA 1HPMA 3OHRA 4CZIA 4B1ZA 1E4GT 2QWMA 5F0XA 4IWVA 1BA1A 3H3OB 3CJAA 1X3NA 4JNEA 4EAHD 2A6AA 4HWIA 4H5VA 1ZC6A 1KXPA 1WUAA 2A3ZA 3EKUA 3MN9A 4BG8A 5I9EB 2Q2RA 5AQMA 3QFPA 3MDQA 2E2QA 3BUZB 5AQSA 3WEEB 5AQFA 3H6EA 2PBDA 3WXIA 4CZKA 3UB5A 3ATUA 3D2FA 1NMDA 1NGCA 3FZFA 3ZEUB 2A41A 2Q0RA 2NLXA 1K8KB 1BDGA 4CBUA 3ZETA 3ENOA 5AQIA 3IDHA 1ATSA 1BWFO 2HMPA 3BEXA 1MWKA 4WQ5C 3ID8A 3ZX0A 3S41A 5FPNA 1GLDG 2UYTA 4GY2B 5EX5A 3U9ZA 1XC3A 2CH5A 2E2PA 4A2AA 3ULEA 5AQNA 5AQPA 5KQ8A 1NGHA 2Q0UA 4BRIA 3RSEB 2HF4A 4FWNA 3ULEB 5AQJA 5FPEA 4AM6A 4A62A 4QS7A 3LDOA 5FPDA 2IVPA 4O8KA 1DEJA 4H0OA 4BVPA 1NWKA 1Z05A 3I8BA 1GLCG 4CZMA 4Z94A 3UKUB 1HKGA 3FZHA 2YCHA 4FSVA 4GNIA 3CIPA 2D1KA 3EN9A 4CZJA 1BO5O 1YVNA 3DXKA 4H0XB 3VEVA 4BRQA 4WQ4C 4CJ7A 3O8MA 4FWQA 4FWRA 3WQUA 3CERA 1TYQB 4FWOA 4PKIA 2I7NA 2HOEA 5B8HA 1G99A 2P9PB 1BG3A 4FO0A 1V4TA 4Y0WA 1LCUA 4CZHA 2V52B 3A8YA 3WQTA 3DWLA 4QS8A 4IJNA 3HZ6A 2QWPA 3O1WA 3A5MC 4FL9A 3QICA 5ELZA 3O6WA 4M7YA 3SJHA 4O5FA 3WUHA 1GLAG 3VGMA 3FZKA 3G25A 2ZWHA 1R59O 4BGAA 2W41A 4BG9A 3WXJA 4DQ8A 2ASOA 4BRPA 4MLHA 4AM7A 4CZFA 3CQYA 4BRGA 3FLCO 3ZEUA 4BC4A 1HJOA 1NGJA 3LL3A 2QXLA 4KBOA 5JLHA 4BRMA 4BC3A 3U4LA 2OANA 4ISGA 3R6MA 2NRHA 4BRCA 2P9SB 3AARA 1T6DA 4LC9B 4FWSA 4BR0A 1SQKA 3HSCA 3BF3A 4IXCA 1YAGA 1EQYA 2P9UA 3B8AX 4B1UB 2ITMA 4BRFA 4FOEA 4CD1A 4J8FA 4CZEA 3SK3A 3GBTA 2CGKA 4B1XB 1WOQA 4K25A 3ZX3A 4K42A 5AQVA 1CZAN 3R8EA 1Q18A 4E1JA 1GLBG 2QWNA 2A5XA 4CBWA 3GG4A 3AAPA 5AQKA 2CGJA 3A5NC 4BRNA 4M63C 2VCPA 4H5NA 1NGDA 4JAXA 4BR9A 2P9NA 4IZ9A 1ATRA 4FWPA 5KQDA 3QB0A 4CBXA 3R9PA 1Z6RA 5EXWA 2FXUA 5BRHA 3TU5A 1ZXOA 5AQXA 3I33A 1J6ZA 4A2BA 3CETA 4DCHA 1NM1A 5LJWA 2VYPA 4JHDA 3UKRA 4PL7A 1KAZA 3WT0A 2EWSA 4CZLA 1Y64A 4WQ5A 3H1QA 3QFUA 3SMPA 3BF1A 1ATNA 1E4FT 1RFQA 4K41A 2V7YA 3ENHA 3FFKB 4MO4A 4BVOA 2YJFA 3WXKA 4RCHA 2E1ZA 2ZGZA 3UKRB 1V4SA 5JLFA 3MCPA 5F1XA 2P9UB 4JD2B 1NGFA 2QW9A 4BR7A 3CJ1A 4BRAA 2PAVA 2AA4A 4I6MA 4CD3A 4MO5A 1HUXA 5BR9A 5AQZA 3WXLA 4H5RA 3BP8A 4YDUA 1GLEG 3CJ7A 4WQ4A 5ADXA 1BU6O 2ZGYA 1SZ2A 2CGLA 3SMSA 5CE3A 3VEOA 4BREA 1HKBA 3VEZA 2GELA 4PL8A 4JN4A 5BPMA 5JMVA 1MDUB 5EY4A 3QDKA 3W3DA 1NLVA 3LDLA 4FPBA 3VEYA 4DHYA 5JICA 1NGGA 3C7NB 2QWRA 2H3GX 4FWLA 3H46O 3VEWA 1NBWA 5AR0A 3CHWA 2Q36A 3D7EO 4BGBA 4RWTA 1K8KA 4NB4A 5KPZA 1TYQA 1LOTB 4NO7A 3L4IA 3D2EA 4BR2A 5BN8A 1P8ZA 3HM8A 4H5TA 1TUYA 4K43A 4ISEA 4JD2A 5AQTA 2Q31A 3LM9A 1BOTO 3KVGA 2AP1A 4PKGA 1NGIA 2P9SA 3LM2A 4I6MB 3LDPA 3EZWA 3DXMA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1TKZA 3SBTA 2WTUA 1DTQA 3TAPA 3VESA 3OYIA 3CCMN 1N32K 1GLLO 2OYQA 3SUPA 1NJYA 3OYAA 2DPNA 2HHWA 5LJVA 3DRPA 5GADP 4JHDB 2YHBA 4U7BA 4BR4A 5E84A 1KAXA 5AFUA 5C2DA 1HPZA 1L3TA 3F73A 2HW3A 5BRDA 1VRTA 3MN5A 4XH4A 1IBMK 2WONA 3AO1A 3OJSA 3EO3A 2PY5A 2B6AA 1U47A 5AQYA 3ALYA 1BI4A 4FVUA 4BE0A 4B9MA 3CXCM 1I39A 4EHTA 4M3YA 4CJTA 5BPNA 4NLBA 4H0PA 3DJCA 1UA1A 3OVNA 3LWLA 3WXMB 4KI4A 3QNOA 2D5RA 1YHQN 4J2AA 2KKZA 3WNGA 1LW0A 1KVBA 2Q1NA 1SV5A 2GV9A 1UWBA 3THXB 3RSEA 2P1JA 1WN7A 3V1QA 1QQMA 4AHRA 4X65K 4N41A 1NGEA 1IH7A 2HF3A 2QWQA 2IGIA 4DTXA 3LP2A 3AVMA 3O3HA 3KK2A 3OJUA 4CGFA 5BRFA 3HJFA 4JKFA 1NOYA 3TAQA 4M41A 4EHUA 3DXKB 4YDUC 4IKFA 3QERA 4E7HA 3VERA 1HLUA 4FM0A 2J4RA 5AQOA 1JL2A 3IG1A 3U9DA 1RNHA 2E88A 4IJAA 4HTLA 3AO5A 3IUCA 5AQGA 3HBTA 1X9SA 2QKKA 4IO8A 4Z4FA 2E20A 4E1MA 2B5JA 2P9PA 3H3NO 3HXMA 3CI5A 4Z4EA 2ASMA 1N34K 1HKCA 2YI1A 4LFCK 2I7PA 2GBZA 3LDSA 5SWMA 2IVNA 5HL7L 1R0AA 4H03B 5KPTA 3A5OC 3AO2A 3L0QA 5TKYA 3AGKA 4J2BA 1B9DA 2FBTA 1O1WA 3CM5A 4HCCA 3WNEA 3CCLN 3R1XA 3RRGA 5KRTA 4IOAL 3MEEA 2P9IA 1OKJA 3KLFA 3LPTA 3O1BA 1WNSA 4BDYA 3QBXA 1RT7A 2GWKA 4J2DA 3K2PA 3FZLA 4YY3K 4JLHA 3H1VX 3ZT3A 2CH6A 1TUUA 3MX5A 5AJ3K 1TL1A 4WCEL 1FKOA 2VWJA 1RGIA 4KO0A 2VWKA 1QE1A 4BE1A 3N4QA 1KAYA 1UAXA 3QEPA 3FGUA 4I2QA 4B08A 1NKBA 1HJRA 4GVMA 1RTIA 2A42A 4F2SA 1LAVA 1VRUA 1XUPO 2HB5A 1J54A 4FZXC 4O0JA 4GV9A 3ZT4A 3CC7N 1TK5A 4CIFA 3THYA 2QWMA 1VQ8N 1KQSM 1X3NA 4E89A 4H5VA 1ZC6A 1KXPA 3ZSZA 3C6UA 1CLQA 1KSPA 3ZSWA 1BHLA 1VQKN 4EP4A 4ZHRA 4N56A 3TWHA 3CC2N 2ZJPL 4HUGA 1TL3A 4G9ZA 3MAQA 4DTMA 5AQSA 3NH0A 2ETJA 4CEBA 5AQFA 4W5OA 4OPJA 1BISA 1NMDA 3FZFA 3NBPA 2Q0RA 4DS5A 3PLAA 4DTUA 3ZETA 1CXQA 3ENOA 3I8DA 4YOVA 3THXA 1HQEA 3BEXA 1I94K 3HO1A 1IV0A 2UYTA 5EX5A 4LH5A 1XC3A 4O4GA 3TAEA 1B9FA 2Q0UA 3P31A 3RSEB 4BRIA 2HF4A 4YOYA 4KH6A 4LF8K 4CJPA 3CFRA 5KGXA 4KREA 3TAFA 4H0OA 1Z05A 1GLCG 3O4NA 1S6QA 5KTQA 4KHQA 1KCFA 3CIPA 3EN9A 3DXKA 3VEVA 3WQUA 2FBYA 3CERA 4CK2A 3VQ8A 2Z1IA 3MWTA 2PYJA 3NF8A 1NU0A 4A5BA 4DR4K 3S3MA 1WSGA 1V4TA 1T8EA 4CZHA 4GV6A 2WBNA 2QI2A 3WQTA 3SUNA 1KFDA 2UXCK 3HZ6A 3T3FA 1WAJA 4C1NI 3O1WA 1L3UA 1X9MA 3A5MC 4FL9A 2O8DA 3O6WA 3OS2A 3SJHA 4O5FA 1OH7A 1GLAG 3FZKA 2BE2A 2F8TA 3KLGA 4FJ5A 2A1SA 2W41A 4BG9A 3G4SN 3HM9A 1NJWA 3ZEUA 3AV9A 3J81O 1NGJA 4JI0K 4KH4A 5HP1A 5JLHA 4BRMA 4BC3A 4DQSA 2OANA 1UOCA 4JKDA 3HRGA 3SV4A 1BI4B 2DFEA 5A2QO 2HHUA 1Q86O 3HSCA 1D9DA 3BF3A 4DR1K 1YAGA 3B8AX 4CZEA 2JWLA 4C8MA 3SYZA 3U3GA 3L3UA 3RRHA 3LPUA 3H08A 4I7FA 4JKHA 2XRIA 4CBWA 3KLEA 4CE9A 4NYFA 2VCPA 4H5NA 3ULDA 1NGDA 4FJLA 3IAYA 4M3ZA 4JAXA 1TGOA 3V1RA 4FM2A 4IZ9A 1EXQA 4DF8A 1S5JA 4DR7K 2X78A 4JS4A 3R9PA 3TTFA 5C12A 4DTRA 4IFVA 2FXUA 1EP4A 1IBLK 4CFDA 3JSMA 4A2BA 3UKRA 4FLTA 4F2RA 5C24A 2O8FB 4PHTX 1Y64A 1DLOA 4HUFA 3AVIA 1KC8O 3V4IA 4CF2A 3CFPA 5LMUK 4LH4A 4CGIA 4JKGA 5HROA 3KD5E 3J7ZO 3MCPA 3K5MA 3ZT1A 2PYLA 1A5XA 2QW9A 2YV0X 1NKCA 5JS1A 1XNQK 4E7KA 2PAVA 3LANA 2AA4A 1KFSA 4CD3A 4RG8A 4Y1CA 4HTUA 4H4MA 1NJXA 4UY8O 4KHYA 1ASUA 1ZBFA 3SMSA 1RT5A 1ZYQA 4DSEA 2GELA 3HSTB 5HRRA 3LP0A 1MDUB 1NK6A 5EY4A 1NLVA 3LDLA 4FPBA 1RT6A 4CHZA 2O4GA 4KH5A 2H3GX 4M3UA 5K14A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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