3AA3A

A52l e. coli rnase hi
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
155
structure length
155
Chain Sequence
MLKQVEIFTDGSCLGNPGPGGYGAILRYRGREKTFSAGYTRTTNNRMELMALIVALEALKEHCEVILSTDSQYVRQGITQWIHNWKKRGWKTADKKPVKNVDLWQRLDAALGQHQIKWEWVKGHAGHPENERCDELARAAAMNPTLEDTGYQVEV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Protein core adaptability: crystal structures of the cavity-filling variants of Escherichia coli RNase HI
pubmed doi rcsb
molecule keywords Ribonuclease HI
molecule tags Hydrolase
source organism Escherichia coli
total genus 48
structure length 155
sequence length 155
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2009-11-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3aa3A00
1ZBFA 2OZMA 4B9NA 4W5QA 1RT2A 4Z4HA 3TI0A 3L3UA 3HK2A 4GMJB 1A5WA 1W9HA 3VQEA 3NH0A 2XO7A 1RTIA 2P1JA 5KGWA 4FLUA 4DQIA 1S6QA 1CXUA 4KKOA 4DTUA 4KV8A 3PX4A 1LWEA 1X1PA 4CK1A 4CFCA 4OGCA 4DMNA 1D9DA 1DTTA 1S9EA 4FLXA 3PO4A 3VQ5A 4FJJA 1UA0A 2F96A 1BCMA 3TR8A 4W5OA 1S9GA 3LAKA 4CJ3A 1KVCA 4M45A 3EYZA 2B5JA 4OKJA 1REVA 4F2SA 2YNGA 1ZBUA 2HMIA 2ZE2A 2E6MA 4CJWA 3V81A 1HNVA 2IC3A 2ZD1A 2YHAA 1RTDA 4FK2A 4KI6A 2LSNA 2YV0X 2KZMA 4CFDA 3OYDA 4DQQA 1NK0A 1HJRA 1XHZA 5SWMA 1TGOA 3M8QA 4FW1A 4OPKA 3OYMA 3ZSWA 4DTMA 1Q8IA 4W5RA 2O4IA 3SUNA 1NK4A 4B9SA 1SV5A 1Q9XA 4JLHA 2XHBA 1RBRA 3UIQA 4M3TA 4FXDA 5J2QA 3ZT1A 1TKDA 2DFEA 1L5UA 4M3XA 2IAJA 1UAXA 3KIOA 4LSNA 4LD0A 3V1OA 1NJXA 1WSGA 3L3VA 1WSHA 3KLGA 4FZXC 3CQ8A 4E19A 1EX4A 1QE1A 2Z1JA 4CJLA 4BE1A 2HHTA 3AVAA 2I5JA 4EZ9A 3L2QA 4AHCA 1LAWA 4FJLA 4DLGA 5HRSA 1VSEA 3AVLA 2XY5A 5K14A 4KO0A 2A1SA 3SQ2A 4N41A 1WLJA 2IS3A 3HL8A 4B9UA 4IG0A 4FJ5A 5FRMA 4HVJA 3ULDA 3LDSA 4FLVA 3HM9A 4JRQA 2BANA 3TAEA 3NH2A 4KREA 1FXXA 4OVLA 2PZSA 4C8OA 3AVKA 3VQBA 1I39A 4MQ3A 3VA3A 1NKCA 4DTNA 5CY4A 3L2UA 1ITGA 1MU2A 1FKPA 1F21A 3HPGA 2IDOA 1IH7A 1EP4A 4B08A 3QEIA 3DOLA 1ZYQA 1NKBA 4CF9A 3VQ4A 4CJKA 5C42A 3U3YA 1RDDA 3SJJA 1TL1A 2IGIA 4DG1A 1XHXA 5HLFA 3AVIA 1NJZA 2RKIA 4DF8A 2PYJA 4B9TA 3ZT2A 1VSFA 2BE2A 4FJGA 4DF4A 4KHWA 1ZBIA 3BDPA 1NOYA 2WONA 3QIOA 4OJRA 4J2DA 3AVJA 1JLCA 4Z0UA 5I42A 4Z4GA 3KK1A 1JLFA 4DS5A 4FLWA 1B9DA 2EHGA 2G8HA 1XWLA 3TAFA 1U49A 4FK0A 4KHQA 1ASVA 1TKZA 2RF2A 1TAQA 3K5OA 3JSMA 3HYFA 2ITGA 1WAJA 3SUOA 4FJXA 4BDZA 4ELTA 3K5LA 5JS1A 3DRPA 1I3AA 2VG6A 3IG1A 2FC0A 3SV4A 1A5XA 4E7KA 3ZCMA 2E4LA 1WN7A 2GBZA 3OYJA 5C25A 3LWMA 4MFBA 4OKKA 4CHNA 4F3OA 4J2AA 4E0DA 4OLBA 4H8KA 5J2MA 3OJSA 4E7IA 4FCYA 1N6QA 3WNGA 2PY5A 3AVHA 4DSIA 3O3GA 3S3MA 4DSKA 4O44A 1S1WA 2RPIA 3C6UA 3F73A 5HRNA 4DFJA 2HB5A 2G8WA 4FJHA 2HVIA 4CGJA 1LW0A 4CJEA 4CEZA 3NGIA 4FZZA 2P5GA 3KK2A 3CM5A 1X9SA 3O3HA 2YKNA 3OS0A 1TK5A 2ATQA 3ZSYA 4DSFA 1D5AA 5FDLA 3LWLA 2HNYA 5E41A 4FJ7A 2XRIA 3B6OA 3L2VA 1JXBA 1RBSA 1S1VA 3NE6A 1B9FA 3QNOA 4CGIA 4DTPA 1S6PA 5HRRA 1K6YA 2Y1IA 4OLAA 1KLNA 4RW8A 3ALYA 3SNNA 1R0AA 3O4QA 1SKSA 5CYMA 4HCCA 1WSEA 1G15A 5CZ1A 3T1AA 4CEDA 4FZYA 4HCBA 1UA1A 3OYEA 3LP2A 1U48A 1IO2A 4I2PA 4H4OA 5HP1A 1RBUA 4IBNA 4CERA 2DFHA 4C8NA 4CF2A 3PX0A 4ZTJA 1RILA 3T19A 3WNHA 3KJVA 1VRTA 4NYNA 1TL3A 3AVNA 1VK0A 4FLYA 4ZHRA 4DFPA 1KFSA 3HSTB 2HHQA 3NF7A 1U04A 4M3RA 2WOMA 1KFDA 3HT3A 4CF0A 3NHGA 4DTRA 1NK5A 3LPUA 2RN2A 1BGXT 3KTQA 1WSIA 4B8CA 2OA8A 4DQRA 3AO5A 4HUGA 2D0CA 1KCFA 4E1NA 1QSLA 1X9WA 1NJYA 3CFOA 3V9UA 2OPQA 1SL0A 2DFFA 2XY7A 2PYLA 1TK0A 3KLIA 3QIPA 5CZ2A 4L8RB 1BL3A 2XY8A 3AO3A 3M8RA 4CK3A 2QKBA 1BI4B 3G0ZA 3S9HA 5D3GA 1TK8A 4CEBA 1KLMA 1TAUA 5C24A 4CHZA 1QS4A 4EP4A 4KB1A 2OPPA 3U3GA 3K58A 4F2RA 3ZSXA 4J2BA 1RBVA 2HNZA 1HMVA 1VSLA 4AHTA 3DMJA 4AHUA 3LZJA 1TKXA 3DLGA 4CGFA 4W5TA 1T8EA 3D0PA 3VQDA 1BIZA 1JKHA 3V9WA 3A2FA 4ELUA 3VQ8A 4N76A 1KVBA 3HVRA 4JS4A 3QO9A 1KRPA 4AH9A 4E7HA 4KAZA 4CIFA 2HHVA 2KW4A 5DK5A 4NYFA 3ZSOA 2HHWA 4I7FA 2NUBA 2B4JA 3SUQA 3SPZA 2DY4A 4KTQA 1WSFA 4E7JA 3OVNA 2ETJA 3TARA 1BISA 2X74A 4CFBA 3MEDA 4Z4IA 5HRPA 3OYLA 3CG7A 2VG5A 3NGZA 1BI4A 4R5PA 4NCAA 4BACA 4PWDA 4FJ9A 3KK3A 4PQUA 1CZBA 1DTQA 4KHSA 4N56A 1CZ9A 1RT6A 4O0JA 3OYFA 1Q9YA 3DLBA 2FBTA 3O4NA 3DLRA 3DM2A 3NFAA 4CGHA 1BQNA 1FKOA 4Z4FA 1BHLA 3KKRA 3QESA 3AO4A 3V1QA 4O0IA 3VA0A 3LP0A 3TABA 3OYIA 1S5JA 3BGRA 4CEEA 3TANA 4Q0BA 3HP6A 3VQAA 3S3NA 3OYAA 4FW2A 4C8KA 3PX6A 4H4MA 1WNSA 1J53A 2HHXA 1VSHA 2VWJA 4IG3A 3MXJA 3QEVA 1KTQA 1VSJA 1T05A 4IDKA 1J5OA 2D0AA 3D45A 4FYDA 5T7BA 3ZT0A 4CEFA 3P1GA 3DLHA 4XIUA 3AO1A 4CJ5A 1J9AA 2R7YA 3OYGA 2OZSA 1JXEA 4I9QA 3RR7A 5FRNA 1L3SA 3MEEA 4F3TA 2BDPA 4AHSA 3HXMA 2Q3SA 4FM2A 3QLHA 1C1AA 3OJUA 4KPYA 3ZT3A 1JLQA 4GVMA 1JL2A 2DTUA 3RRHA 3I8DA 2QK9A 1IKXA 2G8VA 1RCHA 4FK4A 1LAVA 1ZBHA 1Z25A 3KLEA 1S1TA 3OS1A 1SKRA 2EX3A 1SUQA 4AILC 1IKYA 4CHOA 5KRTA 3HPOA 4WE1A 3EY1A 1ZBLA 1UWBA 3HVTA 1CXQA 3P83D 2G8FA 3RMAA 4JRPA 3I0SA 2G8KA 3WNFA 3MAQA 2AJQA 4FJKA 2QKKA 1EXQA 2X6SA 3NBPA 3NDKA 4JS5A 2G8IA 3AVCA 3L2WA 1YVUA 1S1XA 1RDBA 3VQ6A 2X6NA 3RTVA 3I0RA 3NF6A 4HUEA 1XI1A 1RT7A 2VWKA 4DU3A 4IFVA 1NJWA 3SQ4A 3EZ5A 2FBVA 3C95A 4E3SA 2YNFA 3CM6A 1TKTA 3AVMA 3O3FA 4DWIA 1NKEA 1YTUA 1RT1A 4FJ8A 4CIGA 3IRXA 4IFYA 3LAMA 5SZTA 4CJFA 1SL2A 1GOAA 1RTJA 4CJSA 3LP1A 4KI4A 3ZSQA 3KD5E 3V6DA 4CJQA 3SCXA 3QERA 3WNEA 4KHYA 3NAEA 1RT3A 4OKEA 1L3TA 1Z26A 3IS9A 3V9ZA 1LV5A 3K59A 4BWJA 3S3OA 3QEPA 1YT3A 3HPHA 3THVA 3P5JA 1BCOA 1JL1A 1RNHA 4HHTA 2Z1IA 3HJFA 4KHUA 2F8TA 2GV9A 3DLEA 3OYKA 1ASWA 4FLZA 1QSSA 1S1UA 1HRHA 4DTJA 1FK9A 2X78A 3V1RA 2HHUA 2IOCA 3DOKA 1IG9A 3KLHA 1L3UA 1VSKA 4ID1A 4CJPA 3ZT4A 2Y1JA 3CYMA 3SZ2A 4B9LA 4KHNA 4KB0A 3E01A 3VQ9A 4CESA 3NF8A 4CHYA 3VQCA 2OPRA 3C6TA 3QETA 3RRGA 1WAFA 3OYCA 5EU7A 2KQ2A 1NOZA 4BDYA 2OYQA 3G10A 1EETA 4KTWA 3F9KA 3ZSZA 1JLAA 1LWFA 4PY5A 4DFMA 2YKMA 4DS4A 3IAYA 4FM1A 5J2NA 4CCHA 3K5MA 4DU4A 3V9XA 3TAPA 3NH1A 2Z1HA 4I2QA 3AVBA 1VSIA 4ID5A 3VN5A 2KZZA 1RTHA 4DFKA 4CECA 4FJMA 3ISNC 2HVHA 3AA3A 1NK8A 4BDPA 1W0HA 1GOCA 3C94A 4Z4EA 4DU1A 4QCLA 4DQSA 1J54A 3M8PA 4CJ4A 4GW6A 4FLTA 3RMBA 4RW4A 2KFZA 2E6LA 4CE9A 4FJIA 1RDCA 1Y97A 1RDAA 4AHRA 5J1EA 3OY9A 1U4BA 1U47A 3ZSRA 1C1CA 3AV9A 1X9MA 2YNHA 4CIEA 4RG8A 4CEAA 3AA4A 3TWHA 3DRSA 4RW9A 3VQPA 1N5YA 3KD1E 1HYZA 3TAGA 4O5BA 3PO5A 4N5SA 2HW3A 3DYAA 3LP3A 2VG7A 5KI6A 3ZSVA 4RW7A 1JLBA 3PY8A 1KVAA 4CK2A 1NK6A 4M3ZA 4B3OA 1CLQA 1TV6A 1BIUA 2O4GA 3QEWA 4DTXA 4CJUA 4Y1DA 4ICLA 4YNQA 4OPJA 4FJNA 4PUOA 4N47A 4DQPA 1QTMA 2KTQA 3KKSA 1LWCA 3LALA 2F8SA 1HQEA 3TAQA 1C0UA 1QQCA 2Z1GA 1HYVA 3NF9A 4CGGA 1GOBA 1JLGA 4OGEA 3VQQA 3SYZA 4EP5A 1SKWA 1SL1A 2KFNA 3LANA 3OYNA 3MEGA 2XY6A 5J2PA 3PV8A 1VSDA 3AVGA 3K2PA 4F8RA 4CF1A 1D9FA 4KFBA 5FROA 3KLFA 1L3VA 3NGYA 4BWMA 4FVMA 5KGXA 3RWUA 4IKFA 1VSMA 4CGDA 1KSPA 3OYHA 3DLKA 3SI6A 1DLOA 4EZ6A 4KRFA 1C1BA 1C6VA 4NCGA 4CFAA 4Y1CA 5CYQA 3B6PA 4G1QA 4HUFA 4QAGA 4B8AB 3QNNA 1HPZA 4O4GA 4O55A 2YHBA 3U6FA 3RR8A 1O1WA 3V4IA 2BGGA 3DRRA 1TVRA 3MECA 4CEOA 3RMDA 3TAMA 4HTUA 1WSJA 3OYBA 3DI6A 4PA1A 3AA5X 2JGUA 4M41A 4Z4CA 4LH4A 3SPYA 4NCBA 1HQUA 4UQGA 4C8MA 5KRSA 4BE2A 4DTOA 1QSYA 4Q5VA 1T03A 3LPTA 2W42A 1IKWA 3HP9A 2D0BA 3T3FA 1HNIA 3SV3A 4BE0A 4LY7A 1RT5A 1BQMA 3K57A 4J2EA 1EKEA 4DSLA 4RW6A 2JLEA 3JYTA 4K8XA 3L2RA 4B9VA 4LSLA 4ELVA 1RT4A 5DMRA 2ZQBA 4M3UA 3CFRA 3ITHA 4W5NA 1U45A 4CJVA 3SUPA 1UOCA 2FBXA 4E1MA 2YNIA 3RMCA 4CF8A 4C8LA 4QOZB 3NCIA 3PUFA 3OS2A 4YFUA 1C0TA 3M8SA 3AA2A 1LW2A 2HNDA 4CJTA 3L8BA 2G8UA 2A1RA 4F4KA 4M42A 3ASMA 4TSXA 1T7PA 4E7LA 3LZIA 4DSJA 1ASUA 3AO2A 3AVFA 4E89A 1IKVA 1NK7A 1YTAA 1B92A 4K8ZA 2FBYA 5JS2A 3VQ7A 4DLEA 4CHPA 2P5OA 3QINA 4B9MA 4LH5A 2QXFA 3SQ1A 5HROA 3K5NA 5I3UA 1A5VA 1NK9A 4M3WA 4CHQA 5HBMA 1HYSA 1JLEA 3CFPA 1XC9A 1D8YA 4M3YA 2OPSA 4DTSA 4FM0A 1RBTA 2P51A 2D5RA 4CJRA 5KTQA 3QEXA 4I9LA 4KTZA 1C0MA 3MXIA 4DSEA 3SQ0A 3HO1A 3MXMA 2B6AA 2HHSA 1QHTA 4CEQA 2GUIA 3V9SA 4AHVA 1VRUA 3H08A 3FFIA 4ZTFA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2OZMA 4W5QA 3TI0A 4GV9A 5AQQA 1HKCA 1W9HA 3O9TA 2P1JA 4FLUA 4K42A 3PX4A 1LWEA 4CK1A 1D9DA 3D2FA 1S9EA 3PO4A 5AQSA 3VQ5A 1YJWN 4FJJA 1BCMA 4QS9A 4ISGA 1REVA 1I94K 3K9KA 1DGKN 2E6MA 1XUPO 2IC3A 4FK2A 2KZMA 1RTDA 2ASMA 3OYDA 4GY2B 5SWMA 4W5RA 3VETA 3SUNA 1BOTO 3L6QA 2XHBA 4BRHA 4NLBA 3UIQA 5J2QA 3ZT1A 5BPMA 3V1OA 3L3VA 3KLGA 5E84A 4E19A 1QE1A 2E2NA 3AVAA 3BY5A 4CBUA 4NXNK 4EZ9A 3L2QA 1FJGK 1NGDA 5HRSA 1VSEA 3TSQA 3AVLA 5K14A 4UY8O 2IS3A 5FRMA 3EE8A 4IWVA 4LF7K 3TAEA 3C6HA 1BG3A 4JHDB 3VQBA 4MQ3A 5CY4A 4H0VB 3L2UA 1FKPA 2YJEA 1X3NA 2FXUA 5LY3A 2YI1A 1YITN 4EHTA 3VQ4A 3J7AP 2Q31A 2IGIA 5HLFA 4WFBL 3KK7A 1VSFA 4FJGA 4LF4K 3C7NB 3O8MA 3KK1A 5AQHA 2G8HA 1XWLA 3TAFA 4KHQA 3K5OA 3KZBA 4NXMK 3SUOA 4FJXA 3MMVA 4M7YA 3DRPA 3SV4A 3ZCMA 4KH6A 4OKKA 4J2AA 3OJSA 4E7IA 4GNIA 4DSIA 3AGKA 2RPIA 2NRZA 4DFJA 4BG9A 4CGJA 3WQUA 4CJEA 4B3MK 1KAXA 4JI7K 1TK5A 4IJAA 4H5VA 2HNYA 4FJ7A 3VERA 1RBSA 1S1VA 4BC2A 3NE6A 3QNOA 5HRRA 4JKEA 2ITMA 5JLFA 3GDQA 3O4QA 3G6EN 1SKSA 4FZYA 4CEDA 1UA1A 1IO2A 3TU5A 5AQVA 1RILA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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