3AA3A

A52l e. coli rnase hi
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
155
structure length
155
Chain Sequence
MLKQVEIFTDGSCLGNPGPGGYGAILRYRGREKTFSAGYTRTTNNRMELMALIVALEALKEHCEVILSTDSQYVRQGITQWIHNWKKRGWKTADKKPVKNVDLWQRLDAALGQHQIKWEWVKGHAGHPENERCDELARAAAMNPTLEDTGYQVEV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
source organism Escherichia coli
publication title Protein core adaptability: crystal structures of the cavity-filling variants of Escherichia coli RNase HI
pubmed doi rcsb
molecule keywords Ribonuclease HI
total genus 48
structure length 155
sequence length 155
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2009-11-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3aa3A00
4AHRA 4OVLA 4RG8A 1MU2A 2GUIA 4HHTA 3KK1A 1T05A 4JS5A 3MXJA 4FJLA 4CGHA 3SUPA 5K14A 2IGIA 2KQ2A 1B9FA 4FJHA 4E7JA 3K5OA 5HRRA 2ETJA 4CFDA 4W5OA 1TKTA 1VRTA 5KTQA 4ELTA 3THVA 4FYDA 3NGIA 4Z4EA 1HYSA 4DTSA 1S6QA 1XHXA 2YNGA 3S3MA 4FM1A 3K2PA 4CIEA 3CQ8A 4DG1A 4FLUA 1L3TA 3SI6A 1YVUA 1KSPA 1DLOA 2YNHA 4DFMA 2XHBA 4BWJA 4M45A 3NHGA 1GOBA 1KCFA 1ZBLA 2KFZA 2XRIA 5CZ1A 4CECA 3V9SA 3VQBA 4E0DA 4IFVA 1QQCA 1BIUA 1RBVA 1VRUA 4CJKA 4OPJA 1CZBA 5EU7A 1TAQA 3VQEA 1WAJA 1KLNA 1LV5A 4CGJA 4BE2A 1IKYA 4EZ9A 4E7KA 3WNEA 1X1PA 5J2PA 4CF2A 3V1QA 2IOCA 4AILC 3RRGA 3WNFA 3SCXA 3DLRA 4M42A 3ZSQA 5HROA 3KLEA 3AVBA 4DTUA 4KB1A 2HW3A 3NF9A 3U3GA 4DSKA 3HP6A 4FJ7A 4LD0A 4CFBA 3HVRA 3HYFA 2BDPA 4FJGA 3VQ4A 3ZT1A 1UWBA 4PA1A 4MQ3A 4FK4A 4F8RA 2Y1IA 1HQEA 4FM0A 1TGOA 3VQAA 4CF0A 3OS2A 2D5RA 4FLWA 3S9HA 3NFAA 1A5XA 4CEOA 3SUNA 2XY6A 3CFPA 4CGFA 4DFPA 4RW9A 3I8DA 4CJLA 4CHOA 3LANA 4CJUA 4ZHRA 3DOKA 3SPZA 4ZTJA 1LAWA 5D3GA 5FRNA 1ZYQA 4E1NA 1B92A 1ITGA 2DTUA 4DQSA 2RPIA 2XY8A 3SPYA 1X9WA 3AO2A 4DMNA 4CEZA 2P5OA 2D0BA 3DLEA 3QNNA 1LW2A 4C8NA 3B6OA 1NJWA 1C1BA 3D45A 3MECA 4LSNA 1NK4A 4I2PA 3K59A 3VQ9A 3DRSA 4ID1A 2VWJA 4CF1A 3TWHA 1RBTA 4DS4A 3HK2A 1VSJA 2B5JA 1NKBA 3KD1E 4FJIA 2OPPA 1JLGA 4N5SA 4RW6A 1U4BA 4BDPA 1WSFA 1TKDA 4OLBA 3LAKA 1EP4A 1JLAA 4E7IA 4CEBA 3S3OA 4I2QA 4OPKA 3AVFA 2HVHA 1DTQA 3VA3A 4O0JA 4FZZA 1CLQA 1ASUA 3T19A 4FLYA 1Z26A 1JLQA 3HJFA 4MFBA 1UA0A 2ZE2A 1XHZA 1NK9A 1NOZA 4KTQA 3C6UA 3TAEA 1KTQA 3SJJA 4CGIA 3HM9A 1O1WA 1TL3A 2Z1GA 4HCBA 1KVAA 3LP3A 3VQCA 3HPOA 3U3YA 4NCBA 3AA3A 4H8KA 1RDCA 3OS0A 4DF4A 2VWKA 4KTWA 4AHUA 4CJPA 3OYJA 3KLFA 3HSTB 3V81A 1NK6A 3QIPA 4OGEA 3AVAA 4CEAA 1T03A 4BDZA 3PX4A 3OYNA 2QXFA 2IDOA 4DTPA 3VQ6A 1XI1A 1VSHA 4FLZA 3QEXA 3TAQA 3AVKA 4CK3A 2OZSA 1CXUA 3DLGA 3G0ZA 4DU3A 3AV9A 3AVNA 4CERA 1K6YA 2VG6A 4ZTFA 3KLHA 2HHQA 3V1RA 4LH4A 1SV5A 4RW4A 3ZSXA 3OYCA 3KK3A 1UAXA 1QHTA 1RT1A 3DLKA 4Z4HA 1IKWA 1RDAA 2NUBA 5CYMA 5C25A 3V1OA 3G10A 1VSFA 3TAMA 4JLHA 3RRHA 2BANA 1NJXA 5KRSA 4M3WA 3ZSWA 3DOLA 3NGZA 1X9SA 4KHYA 4E89A 4H4MA 4B9MA 4FK2A 3L2VA 4M3TA 4B9SA 1JL2A 5FDLA 3NH0A 1NKCA 3OS1A 3RTVA 3AVIA 3AO3A 4DTRA 4CJQA 4Q5VA 4DTXA 4G1QA 4CHPA 1RDBA 3DRPA 3L2RA 4FZXC 3HPHA 3OYHA 4HUFA 3QETA 1U48A 4FJ5A 1BHLA 4Z0UA 4CHNA 1WNSA 2HHVA 3PO4A 1Z25A 4R5PA 2KTQA 3ITHA 4AHSA 1LAVA 3PX6A 3C95A 3LP1A 4KFBA 4GMJB 2GBZA 1HNIA 1J5OA 4I7FA 2EX3A 3H08A 3ISNC 5DK5A 3KKSA 2DFFA 1C0UA 4FW2A 4EP5A 1TK5A 2WONA 1IG9A 1TK8A 4QOZB 5KGWA 4HTUA 1RDDA 1ZBUA 1U49A 3LAMA 2ZD1A 2OA8A 4J2BA 1YT3A 2B4JA 3O4QA 3HL8A 3LP2A 4C8OA 1S9EA 1U04A 1RT7A 1Q9XA 3QINA 4JRQA 3K57A 4DQQA 4DLEA 4KB0A 1HMVA 4B8CA 3HO1A 2B6AA 3OJUA 4B9TA 5T7BA 1J9AA 1ASWA 2FC0A 3C94A 4Y1DA 3SYZA 3TABA 3ZT2A 3HXMA 1RT6A 1ASVA 3PY8A 4E7LA 4FZYA 1FKPA 1VSLA 1A5WA 4KHWA 3RR7A 2YKMA 4LY7A 5SWMA 2OZMA 2Z1JA 2G8HA 5HBMA 4DSEA 4AHVA 4NYNA 4KHUA 4RW8A 3MEGA 1L3VA 2EHGA 1EX4A 2DFEA 5C24A 2HHXA 4KPYA 3QLHA 4PWDA 1KVBA 4ELUA 1YTUA 4F2RA 1T7PA 1REVA 4Q0BA 1S1TA 4B8AB 4DTMA 1QSLA 2PYJA 1U45A 3F73A 4CF9A 3BDPA 2HHTA 4PQUA 3RMCA 1Q9YA 2OYQA 3EZ5A 4OGCA 3NF6A 3TAGA 1KFSA 2G8VA 3OYFA 4NCAA 2YKNA 2DFHA 3OJSA 3AA4A 3V9WA 4M3ZA 1C1AA 1JLFA 2X6NA 4Z4CA 2G8UA 3V9UA 1EKEA 3VN5A 1J54A 1N5YA 1WSEA 4PY5A 3I0RA 4L8RB 3RMAA 1HRHA 1BGXT 4O4GA 2P51A 2XY7A 3V4IA 3LALA 3TAFA 1IH7A 2FBVA 3AVJA 3B6PA 1WSJA 3TR8A 4CGGA 5J2MA 2RF2A 1LWFA 4O5BA 1UA1A 3JSMA 1NK7A 1QSSA 4FJXA 2BGGA 4CJVA 3LWLA 4M3XA 3NH1A 5HLFA 4DTJA 5HRPA 3LDSA 1S9GA 1X9MA 1TK0A 2AJQA 3JYTA 4KHSA 3CG7A 3SQ2A 3KD5E 2YV0X 2IAJA 1R0AA 1JL1A 2YNFA 1C1CA 3IS9A 3OYIA 4C8KA 4QAGA 1I39A 1XWLA 1TKZA 4DQIA 4IFYA 3U6FA 4BE0A 2FBTA 1VSDA 4KO0A 5JS2A 3K5NA 4PUOA 3MEEA 3IRXA 3O4NA 2IC3A 2G8FA 1B9DA 4HVJA 4OJRA 4CJEA 4DTOA 1XC9A 4FJJA 3OYBA 4BDYA 4DSFA 1ZBHA 3DI6A 4CJTA 3NH2A 1BL3A 3SQ1A 3MXIA 3RR8A 1TAUA 3OYLA 3LWMA 5SZTA 3AO1A 4F4KA 3OYKA 1U47A 1G15A 3E01A 3I0SA 3TAPA 1BQMA 4UQGA 2G8WA 3K5LA 1RBUA 4E19A 3P5JA 3L3UA 4XIUA 1IKVA 2X6SA 2I5JA 3QERA 1NK0A 3DLBA 1RT3A 1BCMA 4CJSA 4JRPA 1RT4A 4FCYA 5E41A 4O0IA 2OPQA 1RCHA 3VQ7A 4BE1A 4KHQA 5C42A 1EETA 1L3UA 4NCGA 1WN7A 1FK9A 3ASMA 2GV9A 3KLGA 4EP4A 4M3RA 3KJVA 1HJRA 3TARA 4DSJA 3LPTA 4ICLA 4CJ3A 1D9DA 4Z4IA 2F96A 4AHCA 2YNIA 2QK9A 1VSKA 1BIZA 2VG7A 4TSXA 5KI6A 4KTZA 1LWCA 1WSHA 1SKSA 4FK0A 2F8SA 3HP9A 1WAFA 3LP0A 3AVGA 3KK2A 4B08A 2R7YA 4W5NA 3L2WA 1S1VA 2OPRA 5J2NA 4FLXA 3QEPA 3TANA 1NOYA 2KFNA 2WOMA 3ALYA 4CK1A 3A2FA 4CJ4A 4FLVA 3MXMA 4DQPA 4Z4GA 3NE6A 1S1UA 1SKWA 2E4LA 3ZT3A 4CCHA 4CF8A 4ELVA 2KW4A 2ZQBA 3L2UA 1NK8A 1NJZA 4FJKA 2HHUA 2HHWA 4N56A 3QNOA 5HP1A 3OYDA 3ZSRA 3NF7A 4E3SA 4FXDA 2HNYA 4CJ5A 1TL1A 1BISA 3O3GA 1FKOA 4I9LA 1BI4A 4HUGA 1QTMA 4B9UA 3IG1A 1S1XA 4Y1CA 1BCOA 4F3TA 3SV3A 3O3FA 1L5UA 1C6VA 2YHAA 2A1RA 4J2EA 1TVRA 1VK0A 1F21A 4CHZA 2O4IA 3LPUA 4DLGA 4B3OA 3HT3A 3QEWA 2HNZA 3AVCA 3DMJA 3KKRA 1EXQA 4IG0A 2XO7A 3LZJA 4CJRA 3VA0A 4DU4A 3SUOA 2KZMA 1SKRA 1W0HA 3VQDA 1LW0A 3WNGA 3P83D 3MEDA 4M3YA 3QO9A 2HB5A 4YFUA 2A1SA 1RTJA 3TI0A 1D5AA 1DTTA 1HNVA 3ZSOA 1JLBA 1NJYA 3L3VA 1TKXA 3FFIA 3VQ5A 4BWMA 3OYEA 3M8SA 1HYVA 1W9HA 2FBYA 2D0AA 4LSLA 3ZT4A 4N47A 2W42A 3ZSVA 4DWIA 1ZBIA 4HCCA 4GVMA 5FROA 1J53A 4LH5A 5J1EA 2PYLA 2Z1HA 3OVNA 4CEFA 1RTDA 4CHYA 4FM2A 1JLEA 3C6TA 3NDKA 5CZ2A 4KRFA 1WLJA 5CYQA 3ZCMA 4DFJA 2HHSA 3KLIA 1RBRA 4B9VA 4K8XA 4KV8A 5JS1A 1NK5A 3F9KA 4IBNA 3T1AA 3AO5A 4CK2A 3K5MA 2E6LA 4RW7A 3ZSZA 3QEIA 4C8LA 4FJMA 2ITGA 1VSIA 2BE2A 1KRPA 4CESA 3QEVA 4GW6A 4FW1A 2JGUA 1S6PA 3EY1A 2HVIA 3CYMA 4J2DA 3SZ2A 3DYAA 2G8KA 1WSIA 4I9QA 3AA2A 4E1MA 3M8RA 2X78A 2D0CA 3QESA 4EZ6A 4KREA 4DS5A 2RKIA 3OY9A 1TV6A 3VQ8A 3RMBA 4N76A 4FLTA 3CFOA 5CY4A 4M41A 2Q3SA 1RILA 4CGDA 4IG3A 4Z4FA 2KZZA 4CJFA 2YHBA 2F8TA 3KTQA 4E7HA 1QE1A 1N6QA 4FJ8A 4KAZA 1KVCA 1UOCA 4KKOA 3NCIA 3NGYA 3DRRA 4C8MA 3DM2A 2JLEA 4FJ9A 1JLCA 1S1WA 4KI6A 2XY5A 3ZSYA 4CE9A 4M3UA 3WNHA 3ZT0A 5DMRA 4DTNA 5KRTA 5J2QA 3V6DA 2ATQA 4OKKA 3OYAA 2X74A 5HRSA 3L8BA 3SUQA 1KLMA 2O4GA 3AA5X 3T3FA 4HUEA 3ULDA 1RNHA 4IDKA 3CFRA 1IO2A 3V9XA 4AHTA 3D0PA 4N41A 3AVLA 4W5TA 3HVTA 3IAYA 1L3SA 3PX0A 4K8ZA 1NKEA 1A5VA 2P1JA 3S3NA 3PV8A 4IKFA 1IKXA 4H4OA 4FVMA 1LWEA 3M8PA 4AH9A 4CEDA 3SQ4A 3RWUA 2Z1IA 3AVMA 3NF8A 3DLHA 5FRMA 2Y1JA 3QIOA 2HNDA 4CEQA 2DY4A 1YTAA 5I42A 1CZ9A 1JXBA 4CFAA 5HRNA 3BGRA 1HYZA 3EYZA 1CXQA 3SNNA 1T8EA 5I3UA 1I3AA 2HMIA 3CM6A 4CEEA 2PY5A 1WSGA 2VG5A 1VSMA 4DSIA 4JS4A 4DSLA 3VQQA 4CHQA 3LZIA 3M8QA 1FXXA 1ZBFA 4W5RA 4FJNA 4B9LA 3SV4A 3OYMA 1JXEA 4DU1A 4CFCA 1BQNA 1S5JA 4KI4A 1KFDA 3HPGA 1Q8IA 3K58A 2RN2A 3MAQA 1JKHA 3KIOA 4CJWA 1D8YA 3NBPA 3OYGA 1BI4B 3CM5A 4W5QA 1C0TA 4WE1A 2LSNA 1QSYA 5KGXA 2E6MA 4O55A 3VQPA 4DQRA 2G8IA 1D9FA 1SL2A 1C0MA 1RTIA 1RTHA 1Y97A 1GOAA 4B9NA 4KHNA 1RBSA 4OKJA 4J2AA 1VSEA 4NYFA 4DF8A 4CIGA 4YNQA 3PO5A 1SL1A 1RT5A 3AVHA 2QKKA 2PZSA 4F2SA 4CIFA 2IS3A 3NAEA 2QKBA 1QS4A 4BACA 2FBXA 4ID5A 2P5GA 1HQUA 4OKEA 1SL0A 3AO4A 4DFKA 4OLAA 3SQ0A 1SUQA 1HPZA 1RT2A 3RMDA 3V9ZA 4O44A 4F3OA 2OPSA 3UIQA 3L2QA 1GOCA 3P1GA 4QCLA 3O3HA 3PUFA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3CJ1A 2VYPA 4H5VA 5AZJA 4A5BA 4HHTA 4H0XB 4CGHA 3SUPA 4CJ7A 5K14A 1B9FA 3K5OA 5JICA 2ETJA 3R9PA 4W5OA 4FWKA 3I55N 4ELTA 2PBDA 4FYDA 3VF2A 4DTSA 1HYSA 1NJIO 4A2BA 3PSIA 2HSTA 3K2PA 3CQ8A 1DEJA 4FLUA 1L3TA 3SI6A 4PL8A 4H5NA 3O4WA 3SAFA 4BR5A 2HBMA 3NHGA 1GOBA 3KWIA 1KCFA 4DQ8A 1ZBLA 2KFZA 3WUHA 3PLAA 3V9SA 4E1JA 3VQBA 4E0DA 1QQCA 1BIUA 1VRUA 4CJKA 1WB9A 1CZBA 1K9MO 1TAQA 3CCRN 5AR0A 3O9RA 3UE5A 5AQFA 3WNEA 3V1QA 1VQLN 3A0IX 3WNFA 3DLRA 5HROA 3FFKB 3HVRA 3M3ZA 3TTFA 1UWBA 4FK4A 4F8RA 1HQEA 4FM0A 3TSPA 5M1FA 3VQAA 3CCUN 1S22A 3E9PA 3JS6A 4JKHA 4CBUA 4RW9A 4ZTJA 3SPZA 4JYAK 4M7YA 1LAWA 4E1NA 3GL1A 2VGMA 1ITGA 2KHOA 4JEPA 3AO2A 2P5OA 3QNNA 3THXA 2UXDK 3CC7N 3DRSA 2VWJA 4CF1A 1OH7A 1RBTA 2AP1A 4DS4A 2OPPA 3CIPA 2ZJPL 3LDNA 1P8ZA 2O8EA 3R8EA 4CEBA 4I2QA 4GV9A 3T19A 4FLYA 4PKIA 4MFBA 4KH5A 2VCPA 3TAEA 3SJJA 1OH8A 3HI0A 3ID6A 3WEEB 3M5RA 3WXLA 3LP3A 1NGCA 3LM9A 1RDCA 5BPNA 4DF4A 1HKCA 4KTWA 4AHUA 4X66K 1XMOK 1NK6A 1YJWN 3WXMB 3OYNA 1QVFM 3AVKA 3AVNA 4CERA 3K0SA 2UXCK 3V1RA 4PKGA 1SV5A 1YJNN 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 4ICL A;  2YNI A;  5AQL A;  1VSK A;  4FK0 A;  3AVG A;  2OPR A;  3TAN A;  2WOM A;  3CC2 N;  3A2F A;  3MXM A;  2F9T A;  1S1U A;  3F2K A;  4CF8 A;  4ELV A;  4DKW A;  2ZQB A;  3FLC O;  1NK8 A;  2ZGY A;  2UUB K;  3ZLJ A;  2QWO A;  4E3S A;  5EY4 A;  2HNY A;  4CW7 B;  1QTM A;  4B9U A;  1BI4 A;  1S1X A;  4IJN A;  2D0P A;  4FPA A;  3O3F A;  1L5U A;  2YHA A;  4DV0 K;  2VWB A;  4LF7 K;  4J2E A;  1TVR A;  5AQT A;  1VK0 A;  4CHZ A;  5GIP A;  3KKR A;  3LZJ A;  3WNG A;  3OHR A;  3MED A;  4XH1 A;  4ISE A;  4YFU A;  2WBN A;  3TI0 A;  3DXM A;  3T7Z A;  3SAH A;  1JLB A;  4AM6 A;  1NJY A;  3VET A;  5AQR A;  3WQT A;  1W9H A;  3H3N O;  3D2E A;  2W42 A;  2BTF A;  2V7Z A;  4OPH A;  4JKE A;  5FRO A;  4LH5 A;  4CEF A;  3C6T A;  3NDK A;  2HHS A;  1RBR A;  3U9D A;  3F9K A;  3TTD A;  3FZF A;  3CJC A;  2RHK A;  2E6L A;  4RW7 A;  4C8L A;  3CQX A;  1VQ5 N;  2JWK A;  1VSI A;  2BE2 A;  3LDQ A;  1WBD A;  2Q31 A;  4CES A;  3QEV A;  3CYM A;  4CZI A;  4J2D A;  4FWN A;  2V52 B;  2X78 A;  5DM7 L;  4EZ6 A;  4KRE A;  4JN4 A;  3QML A;  1SAZ A;  3SK3 A;  4FLT A;  3CFO A;  5CY4 A;  4B1Y B;  2W41 A;  4YOX A;  4IG3 A;  1QE1 A;  1XMQ K;  1KVC A;  1UOC A;  3A5M C;  2A3Z A;  4DTN A;  1MDU B;  2ATQ A;  5EXW A;  2X74 A;  3C6H A;  5M1N A;  5GAD P;  2O4G A;  3ULD A;  3SMS A;  4IDK A;  3MN5 A;  3V9X A;  2CGJ A;  4AHT A;  3AVL A;  4B3T K;  1NKE A;  2O8F A;  4H4O A;  1LWE A;  4CED A;  2Z1I A;  3AVM A;  3WT0 A;  1P90 A;  4GVE A;  1N36 K;  2HND A;  5HRN A;  3BGR A;  4BRN A;  3JXU A;  4CEE A;  2HBJ A;  4NXN K;  3VQQ A;  1SZ2 A;  3CPE A;  1YIJ N;  1JXE A;  4WYB A;  4CFC A;  3U8X A;  1N34 K;  3NMU A;  2RN2 A;  2PAV A;  2QWR A;  2HMP A;  4CJW A;  1D8Y A;  1YIT N;  1O13 A;  3WEE A;  1BI4 B;  4JKG B;  3ZEU B;  3VQP A;  3A5L C;  1SL2 A;  4NB4 A;  3OBY A;  4XH4 A;  1QHA A;  1RT5 A;  2PZS A;  2UUC K;  1HQU A;  1VQ9 N;  3SQ0 A;  3SMP A;  3RMD A;  2OPS A;  4M63 C;  1GOC A;  5AJ3 K;  4K41 A;  4WCE L;  4LC9 B; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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