4OPJA

Bh-rnaseh:tcda-dna complex
Total Genus 41
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
41
sequence length
133
structure length
133
Chain Sequence
EIIWESLSVDVGSQGNPGIVEYKGVDTKTGEVLFEREPIPIGTNNMGEFLAIVHGLRYLKERNSRKPIYSNSQTAIKWVKDKKAKSTLVRNEETALIWKLVDEAEEWLNTHTYETPILKWQTDKWGEIKADYG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords 5'-D(*CP*GP*CP*GP*AP*(TCY)P*TP*TP*CP*GP*CP*G)-3'
publication title Generating Crystallographic Models of DNA Dodecamers from Structures of RNase H:DNA Complexes.
pubmed doi rcsb
source organism Bacillus halodurans
molecule tags Hydrolase/dna
total genus 41
structure length 133
sequence length 133
chains with identical sequence C
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2014-02-05
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4opjA00
4CIFA 1W9HA 3DOKA 4B9SA 2KFZA 5J2PA 2OPPA 4NCBA 2IC3A 1WLJA 3TWHA 2HW3A 4CJ4A 5HBMA 4B9VA 4CESA 3NGZA 4FXDA 4FJ9A 1ZBHA 4BDPA 1J54A 4O55A 4KB1A 4C8OA 2VG5A 4NCGA 4O5BA 2G8WA 3LP2A 1HQEA 3QINA 5HROA 3L2UA 3AVNA 3M8RA 2ETJA 5CYMA 3PV8A 3MXIA 4ZTJA 1U4BA 1D9DA 2X74A 3OYDA 2RN2A 3VQ5A 4CJ5A 3EYZA 1N5YA 2DFFA 4DQQA 3O4QA 4DSLA 4F2SA 2P1JA 4KAZA 1IO2A 2XY6A 1Q8IA 3K5MA 4FZZA 2HHUA 4FJXA 4DU3A 4H4MA 1NK5A 1S1WA 2A1SA 4ZHRA 3P1GA 1YTUA 1BL3A 1I3AA 1RDAA 1TVRA 3NBPA 4KFBA 3SPYA 1L3VA 4GVMA 2OA8A 1RT5A 3OJUA 4NYFA 1KVBA 3C94A 1UA1A 1JLFA 5HRRA 2EX3A 2F96A 3A2FA 3DYAA 3RMAA 5FRNA 2OZSA 3NF9A 3LP0A 3DOLA 4LSNA 3HPHA 5K14A 1L5UA 1QHTA 4KHNA 3WNFA 1A5XA 2ATQA 3OYNA 2YKMA 1R0AA 4FLWA 3DI6A 3L2QA 3OYAA 3SNNA 4H4OA 1KVCA 3K5NA 1VK0A 3PX0A 1WSIA 3AVBA 1NK0A 2G8HA 1XHXA 4PQUA 2XHBA 1IKVA 1YTAA 3OYKA 4I9LA 2OPSA 1VSHA 1RTIA 3MEEA 1RTJA 1BISA 2AJQA 3KKSA 2XO7A 4JS4A 3IAYA 1J5OA 2HVIA 3HP9A 4FW2A 2RKIA 3NGYA 3LWMA 1C1BA 3PUFA 3EZ5A 5SWMA 4CHQA 3RRHA 2PY5A 4DQPA 4M3UA 4F8RA 4PA1A 4CF0A 3AA3A 3DLHA 4KHUA 4DMNA 1REVA 4CGJA 3OY9A 3TR8A 4E7JA 1JL2A 3SUNA 1TKZA 1SV5A 2IGIA 3VQCA 4CJPA 3WNHA 4EP5A 1IG9A 4CFCA 4ZTFA 3JYTA 3HM9A 5KGWA 1VRUA 4CHZA 4DTOA 4O44A 3AVHA 3TAMA 3RMDA 1LV5A 4B9NA 2HHXA 1L3TA 2HHSA 3B6OA 1D9FA 3BDPA 1C0TA 1ZBFA 1NK4A 3LDSA 5FROA 4CEAA 3SYZA 4J2AA 3ISNC 1SKWA 4FK0A 1GOBA 1RBVA 4CK3A 5KGXA 1S1XA 4I2PA 4FVMA 2E4LA 4LY7A 4CJQA 4DF8A 3ZT0A 3K5LA 3QESA 4IKFA 1CLQA 4AH9A 1JLEA 3DLEA 3HXMA 1B9DA 1MU2A 4CK2A 1I39A 4DG1A 3MXJA 5C42A 1Q9YA 3SUQA 3NHGA 1S9EA 4FCYA 1NK6A 4FLXA 1Q9XA 4Z4GA 1JLBA 3P83D 3V1OA 3MAQA 5HRSA 4DTSA 3TAFA 3SQ2A 3QEXA 2KTQA 4CERA 2VWKA 3AVAA 3KKRA 3SQ1A 4IFVA 4KI4A 4DF4A 2P51A 3ZSXA 4XIUA 1UAXA 2FBTA 3KLEA 3HP6A 4JRQA 1ZYQA 2GUIA 3IRXA 3MEDA 3LWLA 1ITGA 4ID1A 5I42A 1TK5A 1BQNA 1VSFA 1Z25A 2EHGA 5D3GA 3OYCA 1VSJA 1KTQA 3ZSZA 4CJTA 4L8RB 3ZSVA 4OPJA 3LAKA 4LSLA 1KSPA 2YKNA 4DFKA 2F8SA 1C1AA 1HRHA 4CJEA 2Q3SA 4RW8A 3HPGA 3VQAA 3QNOA 4AILC 3TI0A 4CF1A 4IG0A 4RW7A 3D0PA 1NOYA 4M3TA 3AVCA 3DLKA 3EY1A 4FZXC 2YHAA 1C0UA 2B6AA 3AV9A 2HNDA 2JGUA 1TL3A 1ASWA 4I9QA 1C1CA 4CHYA 4W5RA 3TAGA 2OYQA 2E6MA 3S3OA 3RMBA 3AVGA 1IKWA 4CFDA 4CK1A 4FLVA 3C95A 3ALYA 4AHTA 3ZSQA 3CG7A 2DTUA 1IH7A 3O4NA 3ZCMA 1KRPA 1KLNA 2E6LA 4DTNA 3L8BA 3K58A 3SV4A 4FJKA 3HK2A 4CHOA 2WOMA 1FK9A 1Y97A 3VQ6A 4CJ3A 1S5JA 3WNEA 3LP3A 4FYDA 4E89A 4BE1A 3LANA 1RBSA 3L3UA 4FLZA 1SKSA 1GOCA 4KREA 4EZ9A 1BIUA 1WN7A 4CEFA 4B8CA 1LW2A 1LAWA 2IDOA 3TAPA 1FKPA 4DWIA 3DRSA 3PY8A 2XY7A 1RDDA 4IFYA 4KHYA 1CZBA 1A5VA 2ITGA 3ASMA 4B8AB 4HCBA 2OPQA 4FLYA 4RW6A 1XI1A 5J2QA 4IG3A 3I8DA 4Z4CA 4M42A 2B4JA 3AO2A 5CY4A 1X9WA 1RT3A 4DU1A 2HMIA 1S1TA 4FK2A 1SUQA 3SZ2A 4BACA 4MFBA 1U04A 4DFPA 3RMCA 4K8XA 3TABA 4E1NA 4OGEA 1S6PA 1NK8A 4O0IA 3V9WA 1XWLA 4JS5A 3V9SA 1IKYA 2KQ2A 1CXQA 3CYMA 1KFDA 3E01A 1UA0A 1TKTA 3P5JA 1RT6A 4EP4A 1X9MA 1TK0A 3RTVA 4N47A 3OYGA 3S3NA 4FJMA 1EP4A 3ZT1A 4KHSA 1RDBA 1UWBA 3M8SA 1S1UA 1LWEA 4NYNA 3NFAA 5HRNA 1HYVA 2W42A 3CQ8A 3QEIA 1RTHA 1UOCA 1BGXT 1QTMA 1NKEA 1NOZA 4DTPA 3SUOA 4CGIA 3HVTA 1VSMA 4QAGA 2QXFA 1S9GA 4KTWA 1EXQA 4ICLA 1RDCA 3VQEA 3S9HA 2IOCA 2Z1HA 4RW4A 3T19A 3NH0A 3F73A 5KRSA 4JRPA 1KFSA 1HMVA 5FDLA 4KHQA 2QKKA 3RR8A 3KTQA 5KI6A 3C6TA 4B08A 4J2EA 1J53A 4G1QA 2RPIA 1JXEA 2HB5A 4E19A 3QETA 2P5OA 2KZZA 3HL8A 4C8KA 3CM5A 3L3VA 3KIOA 4W5TA 4CCHA 1SL0A 3RRGA 4FJJA 4FLTA 3V81A 2NUBA 1X9SA 3NDKA 4CEOA 1WSJA 4N76A 3VQ9A 2IAJA 3DRRA 5DK5A 4M3YA 4KB0A 1HNVA 3AO3A 1QSYA 4F2RA 1CZ9A 2BANA 4CHPA 1DTQA 4AHRA 3NF6A 1KVAA 3SQ4A 3AVIA 4DSJA 1BQMA 2BGGA 1WNSA 1C0MA 4WE1A 1JXBA 2XRIA 3KK1A 3I0RA 4BDYA 2G8VA 3PO4A 4DSIA 3SCXA 3SPZA 4HUGA 2HNZA 3KJVA 1TGOA 4OKKA 1LW0A 3SV3A 5HP1A 1LWFA 4Z4IA 1RT2A 4CJKA 3NCIA 3NF7A 1BI4B 3OYLA 1SL2A 1QE1A 3S3MA 4KKOA 3NH2A 4Q0BA 2DFEA 4AHVA 3NH1A 4B9UA 4O0JA 1VSDA 4KPYA 5C24A 3M8QA 3VN5A 3PX4A 4DSEA 4IBNA 3KD5E 4QCLA 3AVKA 4DFMA 1RILA 2IS3A 1T05A 3NGIA 1WSHA 2Z1IA 4HUEA 3VQ4A 3HVRA 3VQPA 4FJLA 3JSMA 4CGGA 1NK9A 4Y1DA 5HRPA 2HNYA 3ULDA 4AHCA 5EU7A 2KFNA 2XY5A 4E3SA 2I5JA 4LH5A 3V4IA 2O4GA 1WAJA 4FJGA 4M3XA 3PX6A 3K57A 4BWMA 5E41A 5T7BA 1W0HA 5KRTA 4FK4A 3CFRA 3T3FA 1YT3A 1X1PA 3VQDA 4LD0A 4HTUA 2P5GA 2X78A 2FBYA 4CIGA 4CGDA 4CJUA 1HQUA 3OS0A 4DS4A 3SQ0A 2PYJA 3UIQA 4H8KA 2DFHA 3SJJA 4W5OA 1DLOA 3THVA 1NJYA 1T7PA 4ELTA 1HYZA 1WSEA 4HUFA 3G10A 3QNNA 4O4GA 4CEEA 2ZD1A 2OPRA 4B3OA 2G8IA 4CEQA 3HSTB 3QEVA 2DY4A 2GBZA 1RBUA 1D8YA 3DLGA 3U3YA 4FJIA 3F9KA 3SI6A 1ZBLA 4K8ZA 1TKXA 1BCOA 3H08A 1T8EA 1S6QA 3OS2A 2HHQA 4ID5A 2PZSA 4FJNA 3SUPA 4J2BA 2D0CA 3O3GA 3HO1A 3AA2A 2VG6A 1WAFA 1T03A 1IKXA 4AHUA 1HPZA 3VA0A 2VWJA 1B9FA 1JKHA 1BI4A 3OS1A 2G8FA 3HPOA 4YFUA 4DSKA 3ZT3A 3ZSRA 3KLHA 1NJXA 3BGRA 4KTQA 1YVUA 1RTDA 2FC0A 1VSKA 4Z4EA 1ZBUA 1VSLA 3HT3A 4RW9A 3QEPA 2G8KA 3AVJA 4E1MA 3M8PA 3HJFA 3QO9A 4F3TA 3AO4A 3NAEA 1O1WA 4N5SA 2HVHA 3VQBA 4DQSA 2Y1JA 1HNIA 2XY8A 4LH4A 5C25A 4E7KA 2PYLA 4YNQA 3RR7A 4CF8A 4BWJA 4CJSA 5SZTA 3MXMA 1U48A 3U6FA 4CJVA 3ITHA 1J9AA 1NKBA 4FJ5A 1RCHA 3ZSOA 4CE9A 2YHBA 1HJRA 3K5OA 3IG1A 4OKJA 3ZSWA 4DLEA 4DLGA 4DQRA 4TSXA 5HLFA 4OLAA 4CJWA 4DTRA 4EZ6A 5J2MA 4I2QA 3DLBA 4CJLA 4HVJA 3LZJA 4I7FA 1L3SA 3VQ7A 4CGHA 3AVMA 2JLEA 3DM2A 1TK8A 4FM0A 2B5JA 5JS2A 1N6QA 3OYFA 4MQ3A 4B9MA 4HCCA 2WONA 4KHWA 3C6UA 4CGFA 1QSLA 4OLBA 4J2DA 1G15A 2R7YA 5JS1A 1JLQA 4Y1CA 1VSEA 4DTXA 1TL1A 3OYBA 1RT7A 3OYHA 4M3WA 4AHSA 3OYEA 1SL1A 4W5QA 3V1RA 1S1VA 2FBXA 4KO0A 4OVLA 3OYJA 4Q5VA 3VA3A 4B9TA 3OJSA 1A5WA 1SKRA 4F4KA 3ZSYA 2BE2A 1KLMA 4KI6A 2D5RA 4KV8A 2F8TA 3LPTA 1U47A 1WSFA 1CXUA 1B92A 4DFJA 3T1AA 5CYQA 4CJFA 2KW4A 5J1EA 4PY5A 4E7HA 2X6SA 1JLGA 1JL1A 3OYIA 4FW1A 5KTQA 4DU4A 2YNIA 4ELVA 3QEWA 5FRMA 1RT1A 2RF2A 1VSIA 3U3GA 3ZT2A 4FZYA 3LAMA 5I3UA 3KLIA 3IS9A 4DTUA 4M3ZA 3OVNA 3TAEA 3LPUA 5CZ1A 1LAVA 4M3RA 3O3FA 1D5AA 4CHNA 3RWUA 4N56A 4FM1A 4BE2A 1VRTA 3K59A 3V9ZA 2YNHA 1ASVA 2YNGA 3DRPA 3DLRA 4GMJB 3G0ZA 3V9UA 3KD1E 4F3OA 4CFBA 4FJ8A 1ZBIA 3AA4A 3CM6A 1KCFA 4CEZA 1Z26A 2HHVA 2FBVA 3L2VA 3AO1A 1QS4A 3KLGA 2BDPA 1RBTA 3KK3A 1F21A 4FM2A 2D0AA 4Z4HA 4QOZB 1TV6A 1JLCA 5CZ2A 4DTMA 4NCAA 3TARA 4JLHA 3LZIA 4BE0A 4Z0UA 4CECA 1TKDA 4N41A 2Z1GA 3LALA 5DMRA 1BIZA 2QKBA 4UQGA 1U49A 4E7LA 4RG8A 1XC9A 4HHTA 3TAQA 4CIEA 1QSSA 4FJHA 4B9LA 1L3UA 2G8UA 4OKEA 4OPKA 1GOAA 3AO5A 4Z4FA 4KTZA 1RNHA 1WSGA 4E7IA 4DTJA 3MEGA 3QIOA 4DS5A 4FJ7A 1TAUA 1RBRA 3B6PA 3NF8A 2LSNA 3O3HA 2VG7A 3FFIA 4FLUA 4CEBA 1NJZA 4OJRA 2OZMA 3CFOA 1ASUA 4GW6A 3VQ8A 4CF9A 2YV0X 1NK7A 3OYMA 1XHZA 3K2PA 4IDKA 2Y1IA 1FXXA 2YNFA 4ELUA 3KLFA 1HYSA 3QIPA 2A1RA 3QLHA 3AVFA 1RT4A 3V1QA 1K6YA 3WNGA 2QK9A 1NJWA 2Z1JA 4M41A 4R5PA 1TAQA 1NKCA 3L2RA 1QQCA 3I0SA 1DTTA 4C8LA 3QERA 5J2NA 3CFPA 1FKOA 3AA5X 1LWCA 3HYFA 1C6VA 4CJRA 4E0DA 2HHWA 3KK2A 2D0BA 1U45A 1BHLA 3VQQA 1EX4A 4DSFA 1BCMA 3LP1A 3L2WA 4CF2A 4DQIA 4KRFA 2GV9A 3V6DA 2KZMA 1EKEA 3TANA 4C8MA 2ZQBA 4CEDA 3DMJA 4CFAA 2O4IA 2HHTA 3ZT4A 3D45A 4OGCA 1JLAA 2ZE2A 3PO5A 4PWDA 3V9XA 3NE6A 4C8NA 3MECA 4PUOA 4M45A 4BDZA 4W5NA 3AVLA 2X6NA 1EETA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1E4FT 2OPPA 4BRPA 4NCBA 1WLJA 5HBMA 2PAVA 4B9VA 4CESA 4FOEA 4FJ9A 4KB1A 4C8OA 2VG5A 4O5BA 4WCEL 4BC3A 5CYMA 4B1UB 1HNXK 2AA4A 3OBWA 2X74A 2RN2A 4F2SA 3HSCA 2DFFA 3O4QA 2P9KA 2XY6A 1Q8IA 4BRFA 2HHUA 3IUCA 1ILYA 2YHYA 1BL3A 2BTFA 1EWRA 2D0PA 1BA0A 1UA1A 4JI5K 5HRRA 4WFAL 3WQUA 2OZSA 3LP0A 3SAGA 5AZIB 5K14A 3HPHA 2DPNA 2W40A 3TSUA 2QWMA 1MA9B 2G8HA 5LL6Z 2XHBA 3OYKA 1VQ7N 5KPZA 3O9SA 5GIPA 1RTIA 1RTJA 1BISA 2AJQA 4BRLA 2XO7A 4JS4A 2HVIA 3HP9A 5AQUA 3NGYA 5FPEA 3PUFA 1ATRA 3BY5A 2Q1NA 4A57A 4F8RA 3NVKA 3DLHA 4KHUA 1REVA 4BRNA 5E26A 4E7JA 2O8DB 3WNHA 3HM9A 2FSNA 1VRUA 4CHZA 3OTOK 4O44A 4DTOA 3TAMA 3RMDA 2HHXA 1L3TA 2HHSA 3LM9A 2VWBA 1V4TA 3SYZA 3CC7N 1YITN 1RBVA 5KGXA 1S1XA 4I2PA 2E4LA 3QESA 5FPDA 1O13A 1JLEA 2ASOA 3HXMA 1NGDA 2UU9K 4DG1A 1I39A 3SUQA 4DB3A 1S9EA 1XUPO 1Q9XA 5AQHA 5BR8K 2NZTA 1W2BM 3MAQA 3TAFA 4CI6A 3KKRA 3SQ1A 4H5VA 4XIUA 4IEIA 1OH7A 1UAXA 4JRQA 4OPHA 5I42A 2EHGA 1T3VA 1BOTO 3OYCA 1VSJA 1KTQA 3ZSZA 2FF6A 4CJTA 4L8RB 3N4QA 4OPJA 4LSLA 2YKNA 3ID6A 4DFKA 2F8SA 2DY4A 4AILC 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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