4ILGB

Crystal structure of aar2p in complex with the prp8p rnaseh and jab1/mpn domains
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
252
structure length
252
Chain Sequence
AMNSSNYAELFNNDIKLFVDDTNVYRVTVHKTFEGNVATKAINGCIFTLNPKTGHLFLKIIHTSVWAGQKRLSQLAKWKTAEEVSALVRSLPKEEQPKQIIVTRKAMLDPLEVHMLDFPNIAIRPTELRLPFSAAMSIDKLSDVVMKATEPQMVLFNIYDDWLDRISSYTAFSRLTLLLRALKTNEESAKMILLSDPTITIKSYHLWPSFTDEQWITIESQMRDLILTEYGRKYNVNISALTQTEIKDIILG
Loading diagram...

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Structural basis for dual roles of Aar2p in U5 snRNP assembly.
pubmed doi rcsb
molecule keywords A1 cistron-splicing factor AAR2
molecule tags Splicing
source organism Saccharomyces cerevisiae
total genus 84
structure length 252
sequence length 252
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-12-31
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.80.40 Mainly Alpha Up-down Bundle Acyl-CoA Binding Protein Acyl-CoA Binding Protein 4ilgB02
3.30.420.230 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4ilgB01
4JKFA 4JKGB 4JK7A 4ILHA 3SBTA 4JKEA 4JKGA 3E9PA 4JKCA 3E66A 3E9OA 4JK8A 4JKAA 4JKHA 4JKBA 3SBGA 4ILGB 4JKDA 4JK9A 4ILJA 3ENBA 3E9LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2WH5A 3A5NC 4A57A 4NXNK 1NMDA 3K9KA 3SNNA 1KBLA 3V1QA 2QWNA 5AQRA 1E4FT 4E1MA 3A0IX 3LAMA 4CHNA 3TR8A 1YXQA 3EE8A 5AQZA 3RMBA 3CFRA 3IFRA 2PYJA 4F2SA 4CHYA 4BRCA 4KHWA 1XHZA 3MX5A 3KTQA 4BRGA 1RBRA 5AQNA 5AQMA 3SMSA 2GTDA 4I6MB 2O8CA 3H3OB 1KAYA 1MK7B 2RF2A 1W2BM 2BTFA 3OYLA 2KHOA 1KVBA 4CESA 1S1TA 4F3OA 2YKMA 4FLVA 2DPNA 1HYVA 2VG6A 3CC2N 1XUPO 1Y19B 3OBYA 1S9EA 2H3GX 4DTUA 4DF4A 4H4MA 4NCGA 5F0XA 4JN4A 4CHOA 4QCLA 1FW6A 3DLLL 2XY7A 5C42A 3QEPA 1XWLA 4DSEA 1T8EA 4FJ5A 3WA0A 3SBTA 1BI4B 3ENOA 3EKUA 4C8LA 2ZPYA 3KLHA 3TTFA 1YIJN 3ZETA 2G8UA 5TKWA 3NFAA 3HP9A 2QEXN 2YNHA 4B08A 1DEJA 1GOAA 2AEHA 3S3OA 4HCBA 4JD2A 3J81O 4DV7K 4FLZA 4JRQA 4MO4A 1QTMA 2ZF5O 4K0KK 3ENBA 1IKYA 3PV8A 1N34K 2J0JA 4FJ8A 1WSGA 5ADXH 3L3VA 4MLEA 4A61A 5F2RA 3NH1A 2HVIA 1EO1A 4H8KA 4CBXA 3RTVA 3DLBA 1NKCA 1TAUA 2P5GA 2E1YA 5I3UA 2P9LB 1VSIA 5CZ2A 1ZBFA 4XH4A 1VBGA 4CGHA 3AVKA 1LWFA 4FSVA 3O1WA 2B6AA 1KD1O 1J6ZA 3G4SN 1E5WA 2FSKA 4JS5A 2YNFA 1N33K 4K8XA 3ITHA 4B8AB 1ASWA 2Z1HA 2D0CA 1T44A 1TKDA 3VGKA 2LBBA 4Z4IA 1QQNA 4CF2A 4FJXA 1RTIA 3CI5A 2YV0X 4DS4A 1W9HA 4H03B 1JXEA 5C2DA 3RMAA 2F7TA 3VQ4A 2YI1A 4FWNA 4FWKA 4DSLA 3C7NA 3U3GA 2W42A 2D10A 1T6CA 1TK0A 3DJCA 4B9TA 4I2QA 3A5MC 2F9TA 2RN2A 4C1NK 3FFIA 4KTWA 3K5NA 1Q18A 3DRSA 1J5OA 3O1BA 4DLEA 2E88A 3OYAA 2VCPA 3HRGA 1U49A 4KAZA 2GX9A 3O8MA 1LCUA 3TPQA 2OA8A 1ZBSA 2HBJA 3MWTA 3R8EA 4BGAA 4BQLA 4CFCA 4DQSA 2J0MA 1VQ8N 1NK9A 2ZJPL 4JLHA 3CXCM 4IO9L 2X78A 2O8BB 1K6YA 3DOKA 3ZYYX 4JKGA 4GNIA 1NJXA 4Z4GA 1H4RA 4ID1A 4YORA 5H1SQ 1ASUA 3TI0A 1RDCA 4JYAK 5AQQA 3KK1A 4CECA 2IVOA 4O0JA 3U9ZA 1RBUA 3VEXA 4K8ZA 2IS3A 1NLVA 1NM1A 4GV3A 4B9LA 3THXB 3ID8A 3SUQA 4B1XB 2Q0RA 3NF7A 2V51B 4J2BA 1N6QA 4DR1K 1TKTA 3I8BA 1BI4A 1Q81O 5HL7L 4RW6A 2WONA 2X6NA 4U67L 3OBWA 4Y1DA 3X23A 3KIOA 3MEEA 4PKHA 4AQYK 4HCCA 2ZWHA 1V4TA 2OCEA 5IWAK 2E6MA 4IDKA 3V9XA 2HMPA 4DR6K 1YITN 5BPNA 1MK9B 2WOMA 4BDYA 1L3VA 1KC7A 5JICA 3LALA 3VQ5A 2HHUA 3RSEB 3MN9A 5AQJA 4LFCK 1GLBG 1X3NA 4IJAA 2P9LA 1Q7YO 1YHQN 3QERA 4KHQA 3VQ9A 3BP8A 3SAHA 2G8KA 5IJMA 2CH5A 3SK3A 1ASVA 2HF4A 3FLCO 3B6PA 3MECA 4DR7K 4CEAA 3TAMA 3VQDA 1KRPA 4CFDA 1WBDA 4DV5K 3CMEN 3LWLA 1NOYA 3O4QA 1NK6A 4H5NA 2FBYA 1XQSC 4GKKK 1U2VA 5BR9A 3OYBA 4KB0A 4KH4A 1YTUA 1BA0A 3V1OA 4CJUA 4H5TA 5C10A 2RQ1A 2I7PA 1VSHA 5IT9O 4JEPA 2AJQA 4YOVA 2A6AA 1YF5L 4GXBA 3IKMA 2P9PB 3EZ5A 3KKRA 4JK8A 4LY7A 3PO5A 2PFUA 4DV3K 4L3QA 3I0SA 5M1OA 4YDUA 2RPIA 4A5BA 1XC3A 4BY9C 4JAXA 4N5SA 4CHZA 1HR0K 2W40A 3JSMA 3L4QA 3V9ZA 2RE2A 2RHKA 5HRSA 4WE1A 4CEQA 4LH5A 4CZHA 2O8BA 5KQDA 2CGJA 2GV9A 1GLEG 4FWOA 3JS6A 2BE2A 1NOZA 1M90O 4PWDA 5AFUA 4FJHA 2ZJRL 3V9WA 1NBWA 4FWRA 3WNFA 4YDUC 2UXBK 1LOTB 1GOBA 1J9AA 3CFOA 3AAQA 4B3RK 3MXIA 4CF8A 2NRRA 4EKUA 4IBNA 4FJLA 3VESA 4DCHA 3OA9A 3THXA 4BRPA 1JLAA 3AA4A 3CCRN 4J8FA 4DV2K 3HPOA 3QNOA 4CW7B 2ITGA 1RTJA 4E1JA 4L8RB 2QWPA 3UE5A 3O9RA 3R9PA 3T3FA 1VQ6N 1FK9A 1UA0A 5DK5A 5BRFA 3P4IA 1U4BA 4OVLA 3FZMA 3CG7A 3O3GA 5LY3A 3KLIA 1KCFA 1KLNA 4FM0A 1OH6A 3VOVA 3E01A 1ESVA 3F2KA 4GVEA 2FSNA 1UOCA 1TL1A 1NWKA 3HI0A 2VWKA 3OTOK 2FSJA 2VWJA 4IEIA 4H0TB 2HNYA 3RSEA 4DV6K 4BRIA 5JVHL 3K5MA 3OY9A 4HTUA 1HPMA 4B1YB 2G8WA 3F73A 5DM7L 4DMNA 2PAVA 1S9GA 1C6VA 1Z05A 3M8SA 4DUZK 4B9NA 4C8KA 1HUXA 2B5JA 3ZT4A 2FJ9A 4BACA 5DM6L 1S6QA 3QINA 3PX4A 3RRGA 4CK3A 3SBGA 2PBDA 1QS4A 4CF9A 1HJOA 3CETA 2G8VA 4IG0A 2F9WA 1VSDA 2HHVA 4MQ3A 3LDPA 5EVZA 4A5AA 4GV9A 5BN8A 3HPGA 3L2RA 3M5RA 4HVJA 3LP0A 3SQ2A 3O4NA 4KO0A 4B1UB 5FPNA 3NDKA 3HVTA 1VBHA 4RWTA 2KW4A 3DLRA 5AQXA 1Q9YA 4CJ7A 1WLJA 4AHVA 1T3VA 4ILGB 4LH4A 1K73O 3VETA 1QSLA 4FK4A 3AGRA 2YHYA 1FXXA 3J7YP 3FE1A 3QBXA 4DTSA 5AJ3K 3I55N 1VQ9N 2QW9A 2HVHA 1LAWA 2YHBA 3JYTA 3KD5E 1D9FA 3PZDA 4OLBA 3LL3A 1SKWA 3ZT2A 3TAFA 2E5LK 2BDPA 1MWKA 4EAHD 5BN9A 3OYMA 3SI6A 4DQ8A 3QEXA 3K2PA 4FJKA 3MN5A 1BISA 3DM2A 4QS8A 4LF8K 5JVLA 1U48A 3C65A 3QBWA 3TSUA 4NCAA 4FK2A 1VK0A 1VQPN 4F8RA 5GAGP 2P9SB 4KRFA 4H0OA 5T7BA 1IKWA 4DU3A 5C0YA 2CH6A 4FJNA 1HNWK 3VN5A 2QWLA 3IVFA 3OJUA 3FP5A 1HPZA 1TKZA 4M45A 2G8IA 5I9EB 1ACAA 3D45A 1JCGA 1NMNA 4E7JA 1YVNA 4KHYA 4J2DA 1FJGK 3T1YK 3DLKA 4PL7A 2EWSA 1J54A 4O8KA 1B9DA 5KPZA 3VQAA 2QA4N 1CZBA 1HKGA 2IAJA 4OGCA 3PVLA 4JD2B 3BUZB 3QEIA 3EPYA 2WC9A 3AY9A 1QQOA 2Z1GA 2I7NA 4RW8A 3P83D 3I56N 1SGHA 4O8UA 3SQ0A 1VQ5N 2YNGA 1EX4A 3O9TA 4TSXA 4CZJA 3DLHA 5E26A 4B1WB 3AU4A 3HJFA 2KLAA 5JS1A 4W5RA 4XIUA 4DTPA 1EF1A 1TYQA 4ZTFA 4CCHA 4BR0A 1IKVA 3VF2A 4CK2A 1C0GA 4HHTA 3UKUA 3NH0A 4BC3A 2YJEA 5C15A 5J2NA 4RW7A 3KLGA 3CF5L 1IBLK 1GLJO 4LF7K 5KTQA 4DSKA 3OYEA 1IBKK 3WEEA 5AQKA 4DV1K 2QWQA 1K9MO 4LSNA 3K58A 5LMUK 3AVMA 3WNGA 4CJLA 3CC4N 1ZC6A 2OZSA 3AA2A 2FBVA 3TAQA 3WXIA 1SV5A 4OO1J 4BC2A 4JRPA 3MMVA 1RDAA 5AQOA 2R82A 4CJRA 5BPLA 3PX0A 3U6FA 4OGEA 4BR9A 4NY0A 4HWIA 4EHTA 1VQLN 2EMSA 4LD0A 3ZX0A 2O8FB 4IOXA 4CEEA 1BWFO 3OYFA 3DLEA 1RDDA 2W6KA 3ZSQA 3SLCA 1KVCA 3NVMA 3FR0A 3VA0A 3VQ6A 1IKXA 3CYMA 3LDSA 4JKGB 4FZXC 3L4IA 5EU7A 3VENA 3FZFA 4YNQA 1JLGA 3TABA 1T6DA 3H45C 4FO0A 3C6AA 5GADP 5HBMA 5M1KA 3HL8A 3HO1A 4JKAA 1LW2A 2KZZA 1IG8A 3PSIA 4UY8O 2P9SA 4E3SA 1RTDA 1R59O 3AO3A 1N32K 4R5PA 4JKFA 4BRFA 1SL0A 3AVFA 3AVJA 4CZIA 3L2WA 1NNEA 4OKEA 3QDKA 2Q1NA 2QI2A 3AVBA 1YI2N 4FLTA 4KH5A 2DFFA 1YAGA 2AP1A 3Q7BA 4CGIA 2ATQA 3FLVA 3MEGA 4FWQA 1D8YA 1ZYQA 4O44A 3CQYA 4DFKA 2E1ZA 3OS0A 5HROA 3FZHA 3VQBA 1ITGA 5AFUH 3BY5A 3HYFA 2ZGZA 4J2EA 3AA5X 4FJ7A 1MIZB 4YY3K 4ZRJA 4WQ5A 1VSJA 1YVUA 3R6MA 4B9MA 3ISNC 3VEOA 4DKWA 1NK8A 5JLFA 2CB8A 4IJNA 3QLHA 1RBVA 4M63C 3CCSN 4X62K 5CY4A 1BQMA 3U7DA 1XMQK 4CFAA 2O4IA 3C6UA 2A1RA 3DXMB 3C6HA 3WXKA 4NYNA 2IOCA 1DKGD 1W7AA 2GWKA 3NGYA 4M3YA 2ZQBA 3B6OA 1K8KA 3ZX2A 2D2QA 4DV4K 1TKXA 4AM7A 4KI6A 2VWBA 3T1HK 3D2EA 1KAZA 4I9QA 4BC4A 4WQ5C 1HLUA 1RBSA 2IDOA 3GDQA 1U2VB 4DR2K 1KVAA 4H0VB 4B8CA 5E84A 2D4WA 4OKKA 1BO5O 1XHXA 4CZEA 3O3HA 4IFEA 3AVNA 5GIPA 2OPRA 1VQ4N 3J80O 3NHGA 4JK7A 5E41A 4B9QA 1WOQA 1RDWX 3MWPA 3QFUA 2VQEK 1U45A 1XC9A 4EP4A 3BF1A 4EFHA 3ZSWA 1U47A 1MWMA 3LM9A 4B3TK 3JAMO 3K5OA 4CZFA 3MN7A 3BZKA 4V19S 2F96A 2O8FA 5LJWA 3VQCA 2ZM6K 4OJRA 4MO5A 1KXPA 3THYB 3HBTA 3VF4A 2YHAA 2P1JA 1E3MA 5C2FA 1EXQA 4LFAK 4C8NA 4E7HA 3S3MA 2QWOA 3F9MA 4K25A 4BRKA 4E89A 5B8HA 1OKJA 1S5JA 5GINA 2D5RA 1YJWN 3TSQA 1Z6RA 4BVPA 2OTLN 1IH7A 1Q82O 1C1AA 2NRHA 3ZSYA 2IVPA 1NGGA 4OPKA 4BRNA 5BRDA 3IAYA 4IWVA 3OYCA 3F9KA 3LPTA 3VQ7A 3EO3A 2D0PA 3CCUN 3OYKA 2V7YA 2ZD1A 1L5UA 2UU9K 1RBTA 1HQEA 1NI2A 3KLFA 3PSFA 4FLYA 1RDUA 5JLHA 4GW6A 2YKNA 3UKRB 5DMRA 3UIQA 3GOIA 2XO7A 1TVRA 4E7IA 4CGJA 3CMAN 3QESA 4O4GA 1CZ9A 4AHSA 4BWJA 3QNNA 3THWB 1GLDG 1VRTA 2COPA 1GLFO 4KHSA 4JI5K 1P8ZA 4JKEA 2ASOA 1ATNA 1QVGM 4C23A 4WFNL 3CCEN 3HK2A 1G15A 3VQEA 1S1WA 2UXCK 3O4WA 3CJ1A 3A8YA 4CJSA 2DFEA 4YOXA 4HUGA 2HE7A 2YX6A 3AO5A 3G6EN 2F8SA 2Q31A 4B3OA 1HNVA 2FBXA 2E4LA 4FZYA 1TGOA 4FVUA 4CIEA 5HRNA 4ISEA 2P9KB 1MDUB 3CJAA 4ZTJA 1X9JA 1L3TA 3K57A 1QHAA 1VQKN 3QEWA 2IIRA 1MIXA 3DXMA 4C8OA 4YOTA 4N47A 1N5YA 3PX6A 1FKOA 4E0DA 1GLCG 4CIGA 2DTUA 3SUNA 4H0XB 3RWUA 4CGFA 4NXMK 3K9JA 4MFBA 3AVCA 4JKDA 5KQ8A 1Z26A 2UUCK 4LF6K 3HSCA 1C0TA 3BGRA 4CGDA 4CFBA 1C0UA 1EETA 3BF3A 2UUBK 4DU1A 2ZJQL 2QWMA 3AO4A 3OYIA 3KWGA 1KSPA 3O80A 4CHPA 3ZT0A 1VSFA 2JWKA 2OPQA 3PY8A 2HOEA 1BL3A 2IVNA 4HDOA 2OPPA 3IS9A 3CM5A 2FF3B 4DSFA 5CYMA 2BANA 3NAEA 5M1FA 3QFPA 4CF1A 3LWMA 1SZ2A 4K41A 3OS1A 4DSIA 1J53A 4CJEA 3THVA 4R79A 5D3GA 3MEDA 3SJHA 3THYA 2D0BA 3LP3A 1P90A 1WUAA 4KH6A 4DSJA 1BIUA 4CZGA 1T7PA 2YNIA 3SCXA 3L2VA 1DTTA 2LSNA 4KKOA 3N4QA 1NK4A 1GOCA 3MCPA 4CERA 4OPJA 4GVMA 4M41A 1NVLA 3WQTA 3DYAA 4JI4K 1QSYA 4DQPA 3LDQA 1RT2A 3SAFA 4CJVA 3L6QA 1X3MA 3NGZA 3ZDTA 3NGIA 3CQXA 5KRTA 3G25A 4CBWA 5FLXO 4CJWA 2XHBA 4ZHRA 5HRPA 1HNZK 5AZIA 4IEEA 1BA1A 1TUYA 3IDHA 3ZSOA 2E2PA 3M8QA 1HBKA 3UKRA 3O3FA 3R3LA 3IRXA 2D0AA 4AHCA 2P5OA 2QWRA 4BRLA 3DOLA 1NGAA 2P9IB 4ILHA 4RCHA 1Q9XA 4CEFA 3THWA 3AGKA 1J19A 1BCMA 1SS6A 3D2FB 3DAWA 3SYZA 4Z4EA 1BG3A 2I1JA 2D11A 4NLCA 4A2BA 1MU2A 4YOYA 5LMNK 4H5RA 3BZCA 2P9UA 4IOAL 3VQ8A 3NVKA 4A59A 2OZMA 2GUPA 1X9MA 2GBZA 1TYQB 1RCHA 5KRSA 1E4GT 1RILA 5KI6A 4BE0A 3QMLA 4KBOA 2P9KA 1QQCA 3ATVA 4PUOA 3TANA 4WQ4A 3T19A 3RRHA 3UKUB 3CCJN 3LAKA 1KFSA 4DB3A 1ZBIA 5TKYA 3TWHA 1KQSM 4BDZA 1WB9A 1SL1A 3LANA 3CPWM 3QIOA 4JI6K 3K0SA 1YJNN 2EHGA 1CLQA 3QICA 4NYFA 2NNWA 3WEEB 3DMJA 2HSTA 1QSSA 5KGXA 1GC6A 2CQUA 3CJBA 5BR8K 4LF9K 3OYDA 3VMFB 3SPYA 2GWJA 4KFBA 2OYQA 2Q3SA 5BRHA 3H3NO 3W3DA 3E9OA 4BE2A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4JKF A;  4JKG B;  4JK7 A;  4ILH A;  3SBT A;  4JKE A;  4JKG A;  3E9P A;  4JKC A;  3E66 A;  3E9O A;  4JK8 A;  4JKA A;  4JKH A;  4JKB A;  3SBG A;  4ILG B;  4JKD A;  4JK9 A;  4ILJ A;  3ENB A;  3E9L A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 2WH5 A;  3A5N C;  4A57 A;  4NXN K;  1NMD A;  3K9K A;  3SNN A;  1KBL A;  3V1Q A;  2QWN A;  5AQR A;  1E4F T;  4E1M A;  3A0I X;  3LAM A;  4CHN A;  3TR8 A;  1YXQ A;  3EE8 A;  5AQZ A;  3RMB A;  3CFR A;  3IFR A;  2PYJ A;  4F2S A;  4CHY A;  4BRC A;  4KHW A;  1XHZ A;  3MX5 A;  3KTQ A;  4BRG A;  1RBR A;  5AQN A;  5AQM A;  3SMS A;  2GTD A;  4I6M B;  2O8C A;  3H3O B;  1KAY A;  1MK7 B;  2RF2 A;  1W2B M;  2BTF A;  3OYL A;  2KHO A;  1KVB A;  4CES A;  1S1T A;  4F3O A;  2YKM A;  4FLV A;  2DPN A;  1HYV A;  2VG6 A;  3CC2 N;  1XUP O;  1Y19 B;  3OBY A;  1S9E A;  2H3G X;  4DTU A;  4DF4 A;  4H4M A;  4NCG A;  5F0X A;  4JN4 A;  4CHO A;  4QCL A;  1FW6 A;  3DLL L;  2XY7 A;  5C42 A;  3QEP A;  1XWL A;  4DSE A;  1T8E A;  4FJ5 A;  3WA0 A;  3SBT A;  1BI4 B;  3ENO A;  3EKU A;  4C8L A;  2ZPY A;  3KLH A;  3TTF A;  1YIJ N;  3ZET A;  2G8U A;  5TKW A;  3NFA A;  3HP9 A;  2QEX N;  2YNH A;  4B08 A;  1DEJ A;  1GOA A;  2AEH A;  3S3O A;  4HCB A;  4JD2 A;  3J81 O;  4DV7 K;  4FLZ A;  4JRQ A;  4MO4 A;  1QTM A;  2ZF5 O;  4K0K K;  3ENB A; 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