2NLXA

Crystal structure of the apo e. coli xylulose kinase
Total Genus 147
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
147
sequence length
484
structure length
476
Chain Sequence
MYIGIDLGTSGVKVILLNEQGEVVAAQTEKLTVSRPHPLWSEQDPEQWWQATDRAMKALGDQHSLQDVKALGIAGQMHGATLLDAQQRVLRPAILWNDGRCAQECTLLEARVPQSRVITGNLMMPGFTAPKLLWVQRHEPEIFRQIDKVLLPKDYLRLRMTGEFASDMSDAAGTMWLDVAKRDWSDVMLQACDLSRDQMPALYEGSEITGALLPEVAKAWGMATVPVVAGGGDNAAGAVGVGMVDANQAMLSLGTSGVYFAVSEGFLSKPESAVHSFCHALPQRWHLMSVMLSAASCLDWAAKLTGLSNVPALIAAAQQADESAEPVWFLPYLSPQAKGVFFGLTHQHGPNELARAVLEGVGYALADGMDVVHACGIKPQSVTLIGGGARSEYWRQMLADISGQQLDYRTGGDVGPALGAARLAQIAANPEKSLIELLPQLPLEQSHLPDAQRYAAYQPRRETFRRLYQQLLPLMA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Structural and kinetic studies of induced fit in xylulose kinase from Escherichia coli.
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli
molecule tags Transferase
molecule keywords Xylulose kinase
total genus 147
structure length 476
sequence length 484
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.1.17: Xylulokinase.
pdb deposition date 2006-10-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00370 FGGY_N FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain
A PF02782 FGGY_C FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2nlxA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2nlxA01
2D4WA 3MN6A 4FO0A 4PKHA 5F2RA 3FLCO 3IMXA 4I6MB 3VETA 4A61A 4CD3A 1NGBA 3M6GA 2GWKA 4BR0A 1YXQA 2QWPA 4FOIA 3CETA 3O08A 5AZIB 2CH5A 4FWQA 2UYTA 5FPMA 4I6MA 2A42A 3FR0A 3MN7A 5FPDA 1EQYA 1QHAA 1X3NA 2E2QA 3HZ6A 1GLCG 2E20A 3VERA 2AA4A 1YAGA 3W0LA 4BR7A 3L0QA 3SK3A 1NGFA 3A8YA 2FF3B 3LM9A 4CZIA 1U2VB 3IUCA 5KPRA 2J4RA 3B8AX 3VESA 3FZFA 3AAPA 5AQZA 2ASMA 1RGIA 2HOEA 4GNIA 5AQTA 5ADXA 3H45C 4H0XB 1IJJA 1X3MA 3KHYA 3JS6A 5KPTA 3D2EB 5E26A 4CZJA 3CJ1A 3FE1A 3O1BA 3UKUA 3QBWA 1S22A 2KHOA 3LDNA 1WOQA 3M3ZA 4FWMA 4FPBA 3QDKA 4IXCA 3R8EA 1H1VA 1NGIA 2V52B 3EKUA 1SQKA 1V4TA 2P9UA 3LDLA 3QFPA 5JICA 3O6WA 3WQUA 3HBTA 1V4SA 3SMSA 2AP1A 3BF3A 2Q0UA 4BR9A 2IVOA 5AQGA 4PKGA 5AZJB 4BRAA 3ZEUA 4EFHA 1ZBSA 2P9SA 1NWKA 1Q18A 3ZX2A 5BREA 5BPMA 2FXUA 3DXMB 5BRFA 4FWLA 4BGBA 1KAXA 1HUXA 4B1UB 1U6ZA 4RCHA 4WQ4C 3EZWA 3P4IA 4XEIA 2PAVA 2H3GX 3QICA 4JN4A 4O8KA 4XH1A 2D0OA 1ZC6A 3CJ7A 5LY3A 3D2FA 1MA9B 1JCGA 3DJCA 2FLOA 1BA0A 2Q97A 3C0BA 3EN9A 3I8BA 1OKJA 5B8HA 4QS9A 2V7YA 3A5NC 1KAYA 5AQOA 2FSNA 5EY4A 2V7ZA 2YHXA 4EHTA 4H5WA 3U9ZA 3VF6A 5F0XA 3C7NA 3VF2A 1BOTO 3A5LC 5AQIA 3QFUA 1NGAA 1MWKA 5KQ8A 2ZF5O 2QXLA 3U9DA 1HLUA 4MLEA 2DPNA 4NB4A 2D1KA 3VOVA 1RFQA 4E1JA 3SLCA 3HSCA 1NM1A 3QMLA 4H0TB 4FOEA 2CGLA 2QWMA 2YCHA 5FPNA 3BEXA 4BRCA 2QWRA 4CZMA 2P9UB 4BRKA 3DXKA 4KBOA 5JMVA 5AQVA 4BC5A 2Q31A 4PL7A 4BREA 3VGLA 2CH6A 1NGEA 3O4WA 3MK6A 2YJFA 1HKBA 1BU6O 1K8KA 4CZFA 2P9SB 4EHUA 4AM6A 3ZEUB 3R6MA 2GWJA 3GL1A 4BR5A 3C7NB 2ASOA 4Y0WA 3CHWA 2HF3A 3F9MA 1T6DA 4MLHA 2YI1A 5F1XA 3UE5A 4BROA 1HJOA 3DAWA 1WUAA 3L4IA 2GELA 4RWTA 1Y64A 1BO5O 1HPMA 4FWNA 1E4FT 4B1XB 1R59O 3MN5A 3KZBA 4PKIA 3HM8A 4LC9B 4EIAA 1QZ6A 4BRGA 2BTFA 1BUPA 2E2NA 5AQNA 4EAHD 4Z94A 4YDUA 3A5OC 2QWNA 4CI6A 1X9JA 1GLLO 5AQJA 5EOYA 4BVPA 4BGAA 3RSEB 1HKGA 2E2OA 3FZKA 3TPQA 4BQZA 4BRIA 3WEEB 4RTFD 4BR2A 2IIRA 2P9NA 4B1YB 1HKCA 1GLAG 1JCEA 2VWBA 1HX1A 5EX5A 3BP8A 3FZMA 5CE3A 3M1FA 2EWSA 3AARA 3H3NO 3J8AA 2ZWHA 4FPAA 4JAXA 2CGJA 3O8MA 2ZGYA 3ZETB 1GLBG 3IDHA 5AQMA 3WXJA 1LOTB 4A2BA 1ATNA 3S41A 4BRDA 4IWVA 3OHRA 2P9LB 3ULEA 1GLFO 5AZIA 3WXLA 5KQDA 4B1VA 3UKRB 2QWOA 4B9QA 3A0IX 5LJWA 5LJVA 2NRHA 2W40A 2A40A 1TYQB 4MO5A 1NBWA 1P8ZA 4BVOA 1QZ5A 2E88A 3ZX3A 4MO4A 4BRQA 4HWIA 3GBTA 4QS7A 2F9TA 5EXWA 5BR9A 2IVPA 2QW9A 2E2PA 3HI0A 3ZETA 4BRMA 4JD2B 2Q0RA 1TUUA 3EO3A 5AQRA 1JCFA 4H0VB 1BG3A 5BPNA 1K8KB 2Q2RA 2PBDA 4XH5A 3U8XA 3WXKA 1G99A 4JHDB 2E8AA 5AFUH 3HTVA 5BPLA 3UKRA 2HF4A 1Z05A 3ULEB 4BRHA 3LDOA 3TU5A 5ADXH 3CJCA 4WQ4A 2A6AA 4M7YA 3SMPA 2A41A 4H0YB 3MN9A 2QWLA 1BDGA 2CGKA 4IZ9A 2W41A 5JLHA 2P9PB 3D2FB 4H5TA 4FWKA 5AQQA 1ATSA 3CQXA 2YHYA 5AQLA 2E1YA 3GE1A 1GLJO 4BG9A 3R9PA 5BN8A 3WT0A 4CZKA 3FGUA 3FFKB 3ID8A 3LDQA 3CJAA 4A2AA 4C23A 3VEWA 4H5RA 2NZTA 4BRNA 3CERA 4H03B 4JHDA 5AR0A 4BC4A 4GY2B 2Q36A 3IFRA 5JLFA 3CIPA 1NGCA 4JNEA 1ESVA 3EL2A 5AQFA 2E1ZA 1QQNA 3WEEA 2P9IB 4ISEA 5BRHA 4FWSA 3KVGA 1DGKN 1IG8A 1DEJA 2FSKA 1BWFO 3WXIA 2OANA 3UKUB 4FWPA 3D2EA 1S3XA 4HTLA 3O5BA 1XC3A 2I7NA 1C0FA 3AY9A 2GUPA 2FF6A 1MDUB 1KXPA 1NGGA 5AQUA 3CQYA 1TUYA 3VEZA 4CD1A 2P9KA 4DHYA 2P9IA 3VPZA 5I9EB 3BF1A 2VYPA 4CJ7A 3RSEA 4H0OA 2GTDA 1GLDG 3MCPA 3O1WA 4DB3A 1NMDA 1RDWX 4BQLA 3VGKA 1CZAN 3MMVA 3LM2A 3W3DA 4WQ5A 3EKSA 4IJNA 1E4GT 5AQYA 4FWRA 3VGMA 3H6EA 4ISFA 3LDPA 4O5FA 3CJBA 3FZLA 1QQMA 3GG4A 1NGHA 5BN9A 4CBWA 4H5NA 1LCUA 5EVZA 4BRLA 3JXUA 1NGJA 2NLXA 1SZ2A 2ZGZA 4CZHA 5AQPA 2F9WA 3VEXA 5AQWA 4L3QA 3SJHA 1Z6RA 2I7PA 5FPEA 2P9NB 4BG8A 4PL8A 2Q1NA 4WYBA 5AZJA 3DXKB 2QM1A 3WQTA 1XQSC 4DQ8A 3GDQA 4H0PA 4DCHA 5E84A 3I33A 4K43A 3H1QA 5AQHA 1T6CA 2WUSA 1ATRA 3QB0A 4WQ5C 3LL3A 3ENHA 2A3ZA 3G25A 5AFUA 2ASPA 1U2VA 3DWLA 3L6QA 4CBUA 3BUZB 4FSVA 2HMPA 4IO8A 5AQSA 2VCPA 3O80A 3U4LA 4BRPA 5TKYA 2A5XA 1BA1A 2ITMA 4F9OA 4K42A 2P9PA 3VENA 1GLEG 1T44A 3VEOA 3QBXA 3VF4A 3D7EO 4ISGA 2YJEA 1NLVA 4M7XA 4BRFA 1YUWA 2P9KB 4BC3A 4BR4A 4CZGA 1ZXOA 3ENOA 3ATVA 3UB5A 3A5MC 2IVNA 5BRDA 1QQOA 4JD2A 3H46O 4NO7A 4J8FA 1C0GA 4M63C 4AM7A 4H5VA 1SAZA 3ZX0A 1NGDA 3ATUA 4IJAA 2P9LA 1D4XA 2BUPA 3DXMA 1TYQA 3MDQA 2FSJA 3H1VX 2QWQA 5ELZA 1MWMA 5AQKA 4CBXA 4CZEA 4B1WB 4YDUC 2YHWA 4FWOA 3WUHA 3CJ9A 4XH4A 4K25A 4FL9A 4QS8A 3FZHA 1KAZA 3AAQA 2GEMA 4BC2A 1J6ZA 1XUPO 3H3OB 4A62A 4K41A 3VEYA 4CZLA 2D0PA 5AQXA 3GOIA 2V51B 1DKGD 1YVNA 3VEVA 5KPZA 4B1ZA 3CI5A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2D4WA 3SZ2A 4PKHA 1ZBFA 4CD3A 1NGBA 4B8CA 1VAZA 2QWPA 5AZIB 2KW4A 2QA4N 2CH5A 2UXDK 4RG8A 2OPSA 5CY4A 1C0UA 3FR0A 3ZSWA 4LSLA 1EQYA 3THWB 4PWDA 3L3VA 3TTCA 1GLCG 1YT3A 4JS5A 2QEXN 3ITHA 3SK3A 3ENBA 4M3ZA 1EX4A 1C6VA 3B8AX 1CZBA 4IG3A 2NRZA 2HOEA 1RGIA 4EP4A 5ADXA 4H0XB 1VQON 1IJJA 3FFIA 4CHYA 4OKEA 4CZJA 1X1PA 3FE1A 1X9WA 1S22A 2E6MA 3CFRA 4IXCA 3QDKA 3KD1E 1N8RO 2YV0X 1RT7A 1NGIA 1Q86O 3JAMO 4ID5A 2P9UA 5JICA 1KVAA 3BZKA 3V1OA 3WQUA 4W5QA 4OGCA 1YF5L 1NKBA 1GOCA 4BR9A 2IVOA 5AQGA 4PKGA 3CCQN 1NWKA 5BPMA 2PY5A 3DXMB 1WAJA 4BGBA 1FK9A 4M3TA 3PX0A 3P4IA 3LP1A 3SAFA 4ELTA 4O8KA 3QICA 4XH1A 4DR6K 3D45A 2BH1A 1FKPA 3CJ7A 3SQ1A 3D2FA 2WOMA 1B92A 2FLOA 2Q97A 3ZT0A 4CFBA 5B8HA 3A5NC 4K0KK 3DM2A 1BI4B 2FSNA 1SKRA 2AJQA 1IG9A 1YJNN 1WSGA 4EHTA 3VQ4A 4UY8O 3KKSA 2DFHA 4ELVA 1CXQA 4H5WA 3U9ZA 3VF6A 5F0XA 1XI1A 3A5LC 4DKWA 3L2UA 5AQIA 3WNHA 3QFUA 5HRRA 1MWKA 2QXLA 1HLUA 1TKDA 1YHQN 3AO4A 4YHHK 4NB4A 3RVCA 1KFSA 4DUYK 2Y1IA 4IOCL 3CF5L 4CK1A 3QMLA 3MWPA 2BGGA 5FPNA 1WNSA 4BRCA 3PSIA 1LAWA 3M8RA 4CJRA 5JMVA 4EZ6A 5AQVA 4BC5A 4B8AB 2CH6A 1FXXA 3MK6A 3BZCA 4CHQA 4HUFA 1VSIA 4JI1K 2P9SB 4E7JA 4DTJA 5M1FA 3C7NB 2ASOA 4G9ZA 3ZSQA 3CHWA 3RWUA 4JI5K 4DV7K 2YI1A 5F1XA 4IKFA 3UE5A 4O0IA 1Q81O 4NCBA 3L4IA 2GELA 4RWTA 1Y64A 4BE0A 3AVGA 4B1XB 3HM8A 3AO3A 3CMAN 4BRGA 4EAHD 4B9LA 4FLYA 4C1NI 1J53A 3HOSA 5HBMA 4DR3K 1X9JA 1GLLO 4K8ZA 3E9OA 5EOYA 2VG7A 1W9HA 1J5OA 1HKGA 4CJFA 4BQZA 1NU0A 3NVMA 4BR2A 3O3GA 4B1YB 1TAQA 2FC0A 2VWBA 4CEDA 3FZMA 5CE3A 4A59A 2YHAA 3M1FA 3AARA 3QLHA 3H3NO 2ZWHA 3AA3A 4B3RK 3NF8A 3MAQA 2ZGYA 1JXEA 3NE6A 5J2QA 1RDBA 5C15A 3S41A 4M3UA 3LP0A 3OVNA 4F2SA 3HVRA 4IWVA 3QEPA 3OHRA 3OA9A 1Q7YO 4I9LA 1F21A 3WXLA 4B1VA 1N6QA 3UKRB 3G4SN 3CCMN 3RRHA 4R79A 3QIPA 1JLEA 1NK0A 1KLMA 2O8CA 1WLJA 3WXMB 2A40A 2DFEA 1VQPN 1NBWA 3O9UA 3SAGA 3ZX3A 4Q5VA 2XHBA 1IKXA 4MO4A 4JI7K 2IC3A 4DQIA 1IKWA 3HO1A 3AVJA 5BR9A 1NOYA 2R7YA 5K14A 4JD2B 3NFAA 3CG7A 4KFBA 2OPPA 1BHLA 4H0VB 2F96A 4CGJA 2OZSA 1G99A 3OYJA 2E8AA 4IDHA 5BPLA 3CPEA 3UKRA 3CCJN 4BRHA 1EXQA 3TU5A 5ADXH 4I9QA 3THXB 4LF4K 4HTUA 4M7YA 3AVHA 3SMPA 2A41A 2HVHA 1JLCA 4LF6K 3MXIA 2W41A 4DSLA 5JLHA 1ILYA 2O4IA 5AQQA 1ATSA 2UXCK 4DSFA 2HVIA 4NYFA 4BG9A 3ZLJA 4NXMK 3SV3A 3MEGA 3QINA 4CZKA 3FGUA 4NCGA 4DU4A 3CJAA 3J81O 3VEWA 4H5RA 4YOXA 2NZTA 1VQKN 2BANA 1JLGA 4GY2B 4FJLA 3CIPA 5KRSA 2I5JA 4DV3K 5C2DA 3EL2A 4BE1A 5AQFA 4NLBA 3OJUA 1EWRA 3WEEA 2OPQA 4IFEA 3HPHA 1NK8A 4DR7K 4ISEA 4BWJA 4WF9L 2RE2A 4FWPA 4GV6A 4HTLA 1VRUA 1XMQK 3N4QA 3TWHA 2GUPA 5M1KA 2FBYA 4CE9A 3RMBA 2OPRA 1TUYA 4CD1A 4X64K 4DF8A 2VYPA 3DMJA 3V9SA 4H0OA 2YKMA 2GTDA 3DLGA 1HNIA 3O1WA 4DB3A 3MXJA 3OYLA 4DWIA 1NMDA 4OLAA 1CXUA 1RDWX 4BQLA 4CCHA 3JYTA 2HHHK 4F3TA 4FW1A 3PY8A 4KHSA 4WQ5A 1HQEA 1RBVA 4CJTA 4FWRA 3LDPA 2WONA 4O5FA 2W42A 4DS4A 1S1TA 1LCUA 4KHYA 3JXUA 2G8KA 1NJXA 2PZSA 1NGJA 1SZ2A 3VQQA 3V1QA 3T1AA 1TGOA 5FPEA 4OJRA 4A57A 1RT1A 4JI2K 4HVJA 1HNXK 1N33K 3S3OA 2IGIA 5GAHP 2IOCA 3PX6A 1N5YA 1S1UA 4DCHA 4Y1DA 2XY7A 3K9KA 4ILHA 3H1QA 4DMNA 3OYHA 1QTMA 4DU3A 4DV2K 4HUGA 2XY5A 2Z1GA 3O4NA 1U2VA 3SYZA 4DR2K 1C0MA 4CBUA 3LPTA 3ASMA 3O80A 2ITMA 4AH9A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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