2NLXA

Crystal structure of the apo e. coli xylulose kinase
Total Genus 147
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
147
sequence length
484
structure length
476
Chain Sequence
MYIGIDLGTSGVKVILLNEQGEVVAAQTEKLTVSRPHPLWSEQDPEQWWQATDRAMKALGDQHSLQDVKALGIAGQMHGATLLDAQQRVLRPAILWNDGRCAQECTLLEARVPQSRVITGNLMMPGFTAPKLLWVQRHEPEIFRQIDKVLLPKDYLRLRMTGEFASDMSDAAGTMWLDVAKRDWSDVMLQACDLSRDQMPALYEGSEITGALLPEVAKAWGMATVPVVAGGGDNAAGAVGVGMVDANQAMLSLGTSGVYFAVSEGFLSKPESAVHSFCHALPQRWHLMSVMLSAASCLDWAAKLTGLSNVPALIAAAQQADESAEPVWFLPYLSPQAKGVFFGLTHQHGPNELARAVLEGVGYALADGMDVVHACGIKPQSVTLIGGGARSEYWRQMLADISGQQLDYRTGGDVGPALGAARLAQIAANPEKSLIELLPQLPLEQSHLPDAQRYAAYQPRRETFRRLYQQLLPLMA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural and kinetic studies of induced fit in xylulose kinase from Escherichia coli.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Xylulose kinase
molecule tags Transferase
source organism Escherichia coli
total genus 147
structure length 476
sequence length 484
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.1.17: Xylulokinase.
pdb deposition date 2006-10-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00370 FGGY_N FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain
A PF02782 FGGY_C FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2nlxA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2nlxA01
4YDUC 3ULEB 2HF3A 3LDNA 4NB4A 3CJBA 5TKYA 3CJ9A 4CD3A 5AQJA 4BG9A 2V51B 4FWKA 2FF6A 3H1QA 3RSEA 4H0PA 2I7PA 4QS9A 1E4GT 2P9UA 4O5FA 2YI1A 3BEXA 4HTLA 5BR9A 3EN9A 4BVOA 3H3OB 3M1FA 4FWPA 5AQRA 2A5XA 3AY9A 4MO5A 3R6MA 1NGCA 2P9IB 5AFUH 1TUUA 5LJWA 3KHYA 3HTVA 4BRFA 1QQOA 2FSKA 3IFRA 4H5RA 1S3XA 2QWNA 1OKJA 2AP1A 2Q2RA 5B8HA 4BGAA 2HF4A 3B8AX 4PKGA 4MLHA 1NGBA 3A5NC 4B9QA 1GLFO 2QXLA 3A8YA 4H5NA 3GE1A 5FPDA 4GNIA 1QQMA 2FSNA 2I7NA 2PAVA 2D0OA 3DXMB 3W3DA 4WQ5C 2ZGYA 4BR7A 2E8AA 3MCPA 3LDLA 4H5WA 2BTFA 2Q97A 3HM8A 5AQKA 1T6CA 3D7EO 4MLEA 4PL8A 5AZIA 3BF1A 5BRDA 2A42A 3CJ1A 4DCHA 4BRQA 3S41A 4RWTA 2ASPA 4K25A 1NMDA 1JCGA 3F9MA 4FSVA 1C0GA 3DXKA 1K8KB 3CQYA 2NZTA 2GTDA 4KBOA 5F1XA 1BG3A 3R8EA 4LC9B 3CI5A 1U2VA 1H1VA 3M6GA 4BRLA 1EQYA 1MWMA 3ZETB 2YJFA 1YXQA 4H0YB 1NWKA 5JLFA 3ATVA 2E1ZA 1XC3A 2P9SB 3U9DA 4JD2B 1ZBSA 3SLCA 1J6ZA 3D2EB 1BUPA 1BWFO 2FXUA 3O4WA 2GELA 3A5OC 3SMPA 3UKRB 4F9OA 2CGLA 5KPRA 1ATSA 3QBWA 4QS7A 3FR0A 1NBWA 5AQIA 4B1XB 3M3ZA 4H0VB 4Y0WA 3ULEA 1KAYA 2D0PA 3AAPA 3QMLA 2ASMA 4BR0A 3FZMA 3WQTA 4K41A 3EZWA 2DPNA 2CGKA 3MN7A 5EXWA 1T44A 4XEIA 3TPQA 2WUSA 4BC3A 4EIAA 2F9TA 4H0TB 3FLCO 3TU5A 3HBTA 2EWSA 5AQFA 5FPEA 4WQ4A 3QDKA 1GLCG 3WUHA 4PL7A 1SQKA 2P9IA 5AQSA 2D4WA 3BF3A 1KAZA 4CZEA 2HMPA 3J8AA 1HUXA 5AQNA 4BRIA 4B1WB 2QWQA 5BRHA 3LM2A 1QZ6A 1NGIA 2F9WA 3AARA 3O1BA 4EAHD 3VPZA 1X3MA 3O5BA 1BOTO 3FZKA 2OANA 3DXMA 3LDOA 3LL3A 1D4XA 4CI6A 4JN4A 5BRFA 4BR4A 3R9PA 2E2QA 1NGAA 3MN9A 3MMVA 5AQXA 2IVOA 4BRNA 3UB5A 4FPAA 3ZEUB 5LY3A 2PBDA 5AQMA 4CBXA 2IVPA 3D2FA 2NLXA 3WXIA 1BA0A 4IZ9A 4CJ7A 1XQSC 1S22A 3L6QA 2FLOA 2AA4A 4BQZA 3EO3A 1WUAA 4ISFA 4JHDB 1K8KA 2D1KA 4FO0A 4B1YB 2CGJA 4EHUA 1NLVA 4CZHA 3L0QA 5KQ8A 3LDQA 3WXKA 3A5LC 3IUCA 3VEOA 4CZLA 1NGEA 2A40A 4BRKA 4CBWA 1NGHA 3QB0A 3I8BA 2ASOA 4FWMA 4IO8A 1ZXOA 3ZETA 5BPMA 1LCUA 1YUWA 4FWSA 4B1VA 4BRPA 1MWKA 2V52B 1G99A 1GLAG 2P9LA 3GBTA 3FZFA 4JD2A 3FGUA 4BGBA 3GDQA 5AQYA 1X3NA 2E20A 2E2OA 4XH5A 5BN9A 4MO4A 4BRAA 3UKRA 1GLBG 2P9NB 2ZWHA 2GWKA 2IIRA 4JNEA 3DWLA 5E84A 3UKUA 3DAWA 1WOQA 3FZHA 3WXJA 3FZLA 4O8KA 5AFUA 1HKCA 2E1YA 3GG4A 3MK6A 5EOYA 1LOTB 5ELZA 5AQUA 1V4SA 1YAGA 4FWQA 3DJCA 1SAZA 1IJJA 2QW9A 1DGKN 5I9EB 2QWMA 3QBXA 4ISGA 5AQPA 2CH5A 2QWRA 4FOEA 5E26A 5AZJB 2W41A 2GWJA 1ATNA 1HPMA 2YHYA 2H3GX 4FWOA 3CQXA 4XH1A 1QHAA 4GY2B 3WEEB 1C0FA 4BREA 3ZX3A 5AQOA 1JCFA 5FPMA 5BPNA 3VEWA 4BR5A 2Q1NA 3WXLA 1QQNA 4I6MB 4Z94A 1ZC6A 1MDUB 5KPZA 3QICA 1HX1A 4E1JA 4A61A 4BRDA 2IVNA 3VF6A 4H03B 3CJ7A 1U6ZA 3G25A 3GOIA 3VGMA 4IJAA 3HSCA 1GLDG 3MDQA 4DB3A 2VYPA 2UYTA 5EY4A 3A0IX 3UE5A 1QZ5A 5AQHA 3VEZA 3ZEUA 4BRGA 4FPBA 3ZX2A 3HI0A 3VOVA 1DKGD 5LJVA 4BRCA 2P9KB 4PKIA 1BU6O 3VENA 3VGLA 1TUYA 3MN5A 5AQGA 5AQLA 3LDPA 4XH4A 5AR0A 1HJOA 2ZF5O 4JHDA 3VF2A 3OHRA 4BQLA 1KAXA 1X9JA 3WT0A 1TYQB 5ADXH 1RGIA 3CIPA 3VEXA 2HOEA 4A62A 1XUPO 1ESVA 3MN6A 3I33A 2P9PB 4B1ZA 3ATUA 2BUPA 1KXPA 4L3QA 4RTFD 2CH6A 3VERA 2V7ZA 2E2NA 3FFKB 1YVNA 1HLUA 4EFHA 3CJAA 4B1UB 3BP8A 3P4IA 4FL9A 3VF4A 4A2AA 4CZFA 1Y64A 5F0XA 3C7NB 4BG8A 3EKSA 3VEYA 4H0XB 4ISEA 4CZJA 2FF3B 4BR2A 4YDUA 5AQTA 4AM7A 4BRMA 2Q0UA 5EVZA 5AQWA 5BPLA 5AQQA 1IG8A 3CETA 4NO7A 2Q36A 4H5VA 3EL2A 3VEVA 4CBUA 4EHTA 4K43A 1BDGA 2P9NA 4RCHA 3C0BA 2ZGZA 4BROA 1NM1A 3O8MA 3H45C 3HZ6A 3L4IA 1NGDA 4C23A 4BC5A 2YHWA 5KQDA 3EKUA 4DHYA 3JXUA 3RSEB 4IWVA 2GEMA 5BREA 3O08A 5FPNA 2P9UB 3ENHA 1GLJO 3ID8A 2P9SA 3WQUA 2E88A 2ITMA 5JICA 4BC2A 5CE3A 4CD1A 3D2EA 5EX5A 2QWPA 5AZJA 2A3ZA 2W40A 3O80A 3FE1A 4FWRA 3QFUA 4CZGA 4BVPA 4A2BA 5ADXA 3W0LA 3CERA 4J8FA 3ENOA 1DEJA 1Q18A 3IDHA 4WQ5A 3D2FB 3KZBA 3WEEA 4QS8A 1SZ2A 3GL1A 3JS6A 1Z05A 5JMVA 1RFQA 3H46O 4CZMA 1NGJA 3BUZB 4I6MA 4BRHA 4BR9A 3O1WA 2Q31A 3CJCA 2V7YA 1BA1A 3U8XA 1ATRA 4FWNA 2YJEA 2VWBA 3A5MC 3SJHA 1T6DA 1RDWX 1Z6RA 5AQVA 1V4TA 5F2RA 3QFPA 3H1VX 3VESA 5AZIB 3U9ZA 3H6EA 1NGFA 3LM9A 4M7XA 5BN8A 3SMSA 2P9KA 1E4FT 1MA9B 2E2PA 2P9LB 4IJNA 1GLLO 3O6WA 3H3NO 1GLEG 4M7YA 3DXKB 2KHOA 4H5TA 1HKGA 4WQ4C 2QM1A 1P8ZA 1CZAN 2YCHA 4IXCA 2QWOA 4PKHA 1TYQA 3IMXA 2FSJA 3VGKA 4WYBA 2VCPA 1U2VB 2A6AA 2YHXA 4JAXA 2P9PA 4FOIA 3CHWA 3UKUB 3ZX0A 2QWLA 2NRHA 4M63C 3AAQA 1R59O 4K42A 3C7NA 2A41A 4BC4A 3KVGA 4H0OA 5AQZA 4CZKA 1HKBA 5JLHA 1JCEA 4HWIA 2Q0RA 3SK3A 5KPTA 1BO5O 1NGGA 2GUPA 3U4LA 4CZIA 2J4RA 4DQ8A 4FWLA 3VETA 4AM6A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4YDUC 3ULEB 2HF3A 2HNZA 3HPHA 1D9DA 2E6LA 3TSQA 3LDNA 2WONA 1VQ8N 4CD3A 3TWHA 2QA4N 4BG9A 4J2EA 5J2MA 3LAKA 4H0PA 3U3GA 3QERA 1UA1A 4QS9A 4QCLA 5I42A 4KRFA 1ASWA 3O3FA 4MO5A 4YOTA 1TKDA 4WFAL 5FRNA 3C65A 2P9IB 5AFUH 3KHYA 1IKYA 3HTVA 2QWNA 2AP1A 3NDKA 2EHGA 1HJRA 2HF4A 4DQIA 3RR7A 3DYAA 4MLHA 3T7ZA 4DF4A 2QKBA 1N36K 1KLNA 3V9UA 2QXLA 4C8MA 1GOAA 4H5NA 4GNIA 1IBLK 3NE6A 3MXJA 1VQLN 2FBYA 1U45A 1TK0A 2ZGYA 4ZHRA 3MCPA 4H5WA 1NK9A 4FJ7A 3NH2A 1VSFA 3D7EO 4E19A 1X9MA 3WNEA 3BF1A 5BRDA 4DV0K 3QIOA 3S41A 3OYCA 1HNWK 4DSFA 1CXUA 1IO2A 5CZ1A 4FSVA 5I3UA 3C6AA 4IEIA 3OY9A 4CHZA 1RTDA 3DXKA 3CPEA 3S3MA 3CQYA 4X65K 1UA0A 2NZTA 3V9WA 1RTJA 3VQBA 1NNEA 4RW7A 4M3WA 1HNVA 3CI5A 2XRIA 3NFAA 1H1VA 3M6GA 2AJQA 1MWMA 3F2KA 2XY5A 3ZETB 1YXQA 3MAQA 4NCBA 1JLEA 1NWKA 5DM6L 3CCSN 2P9SB 3U9DA 3VQ4A 4FM0A 1ZBSA 3SLCA 1J6ZA 3IKMA 3A5OC 3SMPA 4CGGA 4DV1K 4DQPA 1ATSA 2IS3A 4O44A 3N4PA 4Y0WA 1K6YA 1KAYA 4LFCK 4BR0A 3WQTA 2D0CA 1VSKA 2DPNA 2CGKA 3OJSA 5EXWA 3TPQA 3V81A 2RE2A 1M1KO 4DV4K 4JK9A 4DWIA 3TU5A 2HNYA 1SKWA 4CFCA 3T3FA 4E7LA 3QDKA 1BIZA 1GLCG 3WUHA 4PL7A 2HHHK 5D3GA 4JKEA 5DMRA 4Y1CA 4HCBA 1QE1A 4CZEA 2HMPA 2HBLA 3MEEA 3AV9A 3SPZA 4B1WB 4IG0A 2QWQA 3G10A 5BRHA 3LM2A 4YORA 2IGIA 2F9WA 3AARA 2A1SA 2P5GA 3FFIA 2GUIA 1OH6A 3O5BA 2BDPA 1I94K 3DXMA 3LL3A 5J2PA 1Q81O 2F7TA 3CCVN 1DLOA 1VSMA 4DMNA 4BR4A 3CCLN 1J9AA 3KLFA 2IVPA 2ZD1A 3D2FA 3SQ1A 4J2BA 1JJ2M 3CCEN 5HRPA 2HVIA 2JWLA 3EO3A 4JHDB 4B1YB 2CGJA 3Q7BA 4CZHA 4WF9L 3SAHA 4PUOA 3SUPA 4E1NA 4CZLA 4X62K 2B6AA 5SZTA 3EY1A 3G4SN 3ZSWA 1NJZA 3DM2A 5GADP 4IO8A 1RILA 2Z1JA 3NF6A 5BPMA 1YUWA 4BRPA 5C2FA 2OTJN 1VQKN 1G99A 1U47A 1QQCA 3SQ2A 1RNHA 3VQ6A 1TV6A 4QOZB 4GKKK 4XH5A 1JXBA 1HNXK 4BRAA 3AO1A 2ZWHA 3L2WA 3ZSYA 2GWKA 1U49A 2IIRA 5GINA 1Q8IA 3CXCM 5E84A 1KLMA 2HW3A 1GOBA 3WXJA 4FVMA 4OO1J 1VQ5N 1RT7A 3MK6A 1WBDA 5ELZA 4FWQA 1SV5A 2QW9A 3PO5A 1DGKN 4B3RK 2OPQA 3EE8A 4CJVA 4C1NI 4TSXA 4IDKA 2YHYA 3QNNA 4FLXA 3ZX3A 4CJ4A 5AQOA 4U67L 3J7AP 4BWJA 5FPMA 4KTZA 5BPNA 1BCOA 3TAPA 3L2UA 3SYZA 2Q1NA 1U4BA 3WXLA 4F8RA 4Z94A 5KPZA 4E1JA 4A61A 3QO9A 2XY6A 1W2BM 4H03B 1U6ZA 3VGMA 4IJAA 2O8DB 3HSCA 3MDQA 4DB3A 5EY4A 2UYTA 3A0IX 1BHLA 1QZ5A 4BE0A 2ITGA 4JI8K 5AQHA 4OVLA 3ZEUA 5HOOA 4BRGA 4AHCA 3HXMA 3H08A 4BRCA 1TUYA 4RW8A 5AQLA 3LDPA 4XH4A 4W5RA 2ZF5O 3VF2A 4W5TA 4OX9K 4YNQA 3JSMA 2YKMA 3BY5A 4M3RA 4Z4CA 4HUGA 2HOEA 3CCRN 4Z4IA 4I9LA 3I33A 4JI6K 3LPTA 3AVAA 1KXPA 2E2NA 4ILJA 3T19A 5JVHL 1HLUA 2VG5A 4EFHA 3OYIA 2UXCK 3BP8A 5JS2A 5F0XA 3PX6A 4DTXA 4DTUA 4BRMA 3DLKA 2Q0UA 5DK5A 5AQQA 1IG8A 4JI4K 4CBUA 1VSIA 3RMCA 4K43A 1BDGA 3F73A 1C0TA 1BISA 4RCHA 4CJLA 3KKSA 3JYTA 4BY9C 3HZ6A 3L4IA 3MWTA 4C23A 4HHTA 3E1YA 1DTQA 2FBTA 3PV8A 2DFEA 3JXUA 2F8SA 1S72N 2GEMA 3ZT1A 3QEXA 3RR8A 4PWDA 5C25A 1L3UA 4OLBA 4DV7K 2P9SA 3M8PA 3THXA 1HMVA 4BC2A 1CZBA 5EX5A 3VQDA 2QWPA 4JKCA 5AZJA 3L2RA 3AO3A 1RT6A 3V9SA 1L5UA 2JWKA 4CEFA 4A2BA 4J8FA 3ENOA 1DEJA 1JLAA 1HQEA 1EX4A 3V1RA 1NOYA 3JS6A 1Z05A 1G15A 3CM6A 4DUZK 5JMVA 4CK3A 4FJGA 3LWLA 3T1HK 1VSLA 1N33K 3O1WA 2Y1JA 3THWA 3HPOA 2F96A 2V7YA 3JAMO 1RT2A 3OS1A 3SJHA 3A5MC 4CK1A 4LF6K 1UWBA 1Z6RA 4H8KA 5EU7A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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