2NLXA

Crystal structure of the apo e. coli xylulose kinase
Total Genus 147
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
147
sequence length
484
structure length
476
Chain Sequence
MYIGIDLGTSGVKVILLNEQGEVVAAQTEKLTVSRPHPLWSEQDPEQWWQATDRAMKALGDQHSLQDVKALGIAGQMHGATLLDAQQRVLRPAILWNDGRCAQECTLLEARVPQSRVITGNLMMPGFTAPKLLWVQRHEPEIFRQIDKVLLPKDYLRLRMTGEFASDMSDAAGTMWLDVAKRDWSDVMLQACDLSRDQMPALYEGSEITGALLPEVAKAWGMATVPVVAGGGDNAAGAVGVGMVDANQAMLSLGTSGVYFAVSEGFLSKPESAVHSFCHALPQRWHLMSVMLSAASCLDWAAKLTGLSNVPALIAAAQQADESAEPVWFLPYLSPQAKGVFFGLTHQHGPNELARAVLEGVGYALADGMDVVHACGIKPQSVTLIGGGARSEYWRQMLADISGQQLDYRTGGDVGPALGAARLAQIAANPEKSLIELLPQLPLEQSHLPDAQRYAAYQPRRETFRRLYQQLLPLMA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural and kinetic studies of induced fit in xylulose kinase from Escherichia coli.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transferase
source organism Escherichia coli
molecule keywords Xylulose kinase
total genus 147
structure length 476
sequence length 484
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.1.17: Xylulokinase.
pdb deposition date 2006-10-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00370 FGGY_N FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain
A PF02782 FGGY_C FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2nlxA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2nlxA01
2OANA 4I6MB 3ENOA 1K8KB 2ZWHA 3MN6A 2PAVA 4MLHA 2P9LB 5BPNA 3TU5A 1S22A 4DCHA 1RDWX 3EKSA 5AQPA 3GL1A 4K25A 3C0BA 2IVNA 4B1ZA 1EQYA 3DXMA 3ZEUB 4CZHA 3QFPA 3GDQA 1KAZA 5FPDA 1X9JA 5AQMA 3VEYA 3IDHA 1E4GT 1GLEG 1SQKA 2D1KA 4BGBA 1MWKA 4H5VA 4B9QA 3U9DA 1T6CA 1U2VB 5KPTA 4CD3A 4H5WA 2D0PA 3I33A 5AQNA 4IXCA 4H5RA 2QWMA 3CJ9A 1HKBA 4AM7A 2W40A 4FWMA 3SMSA 3IFRA 3BP8A 2HF3A 2Q2RA 5AQQA 1NMDA 4M7XA 4QS8A 5BPMA 3A8YA 2P9KA 3TPQA 4A2BA 1H1VA 4CZGA 2QWLA 5AQZA 2D4WA 4FWQA 4WQ4A 2E2OA 2YHXA 3G25A 4HTLA 3FZFA 4DB3A 4EHUA 1P8ZA 4BR4A 3ATVA 3GG4A 1KXPA 3FZKA 4EHTA 2GUPA 3DJCA 3UB5A 2FSJA 1DGKN 3FFKB 2GEMA 2FLOA 4CJ7A 1DEJA 1HPMA 4BR2A 3UKUB 4XH4A 5KQDA 4MO4A 3BF3A 2QWNA 2Q31A 5F1XA 1JCGA 2P9SB 2HF4A 5AQTA 4JHDB 4CZJA 3F9MA 1CZAN 1C0FA 2FSKA 3LDPA 3H1VX 4B1XB 3VF2A 3H45C 2FSNA 3GOIA 4BRDA 2E8AA 4MO5A 4BC3A 4BQLA 3L4IA 3I8BA 2P9NA 2P9IB 5AQOA 3VF4A 1BA0A 4O5FA 4QS7A 4CZKA 3O1WA 3QICA 2CH5A 3RSEA 3FZHA 1HUXA 2FF6A 1NGHA 2I7NA 3CJBA 5AQLA 3DWLA 4IJAA 4K42A 3FZLA 2E2NA 2QWRA 4BR0A 3UKRA 4Y0WA 1KAYA 2YI1A 5F0XA 2Q36A 2I7PA 4BRQA 2WUSA 1J6ZA 2CGKA 3LDOA 2BTFA 3O08A 2ITMA 4BC4A 1JCFA 3DAWA 5AQYA 5JLFA 4RCHA 4L3QA 3KHYA 4FO0A 4FL9A 3W0LA 3ZEUA 1Z6RA 5AQGA 5AQRA 3O6WA 4BC5A 1QZ6A 3R9PA 2E1ZA 1YVNA 5AQFA 1SZ2A 1IJJA 4H5NA 2P9UB 3ZX3A 1E4FT 4EFHA 5TKYA 1BG3A 2NRHA 1QHAA 4FWPA 3C7NB 2E88A 1Q18A 3IMXA 1BWFO 4CZIA 3IUCA 4BQZA 4H03B 4EAHD 3HBTA 2IVOA 3DXKB 2AP1A 2V7ZA 5EY4A 1QZ5A 5JICA 3MN5A 3BUZB 2GWKA 1C0GA 3VGMA 3WXLA 3H6EA 1U6ZA 3EN9A 2A41A 4H5TA 1NM1A 2F9TA 3U9ZA 2A6AA 1S3XA 3M3ZA 4FWLA 3CJAA 1NGBA 3ENHA 4M7YA 1BU6O 2ASOA 4NB4A 2BUPA 3GBTA 2EWSA 1MA9B 5AZIB 5BPLA 4A62A 1G99A 4PL7A 5BR9A 4CI6A 2VCPA 3A5MC 3FZMA 4IZ9A 3UKUA 2F9WA 3VF6A 4BROA 2GELA 4B1YB 1HJOA 1BOTO 3A5OC 1KAXA 3CHWA 3VGKA 4CZEA 3HZ6A 2D0OA 2KHOA 1T6DA 4BRGA 3A5NC 4FPAA 2W41A 3CJ1A 4GY2B 3ULEA 4BRNA 4BRHA 4F9OA 4O8KA 3MCPA 4IO8A 4H0OA 2IIRA 4BVOA 3WEEB 1ZC6A 4BRIA 3VEWA 4BREA 5BRHA 3D2FA 1HKGA 3CETA 5ELZA 1NWKA 3LM2A 3O8MA 3AY9A 4ISGA 4DHYA 5EOYA 1NGJA 2CGLA 3DXMB 3VEZA 2CH6A 1BA1A 4H0XB 4BRAA 1TUUA 1D4XA 4ISEA 5E84A 3A5LC 3KZBA 5EX5A 3VETA 4BG9A 1XUPO 1X3MA 2A3ZA 2YHYA 1ATRA 3KVGA 5EXWA 5FPNA 4BGAA 1Z05A 3VEXA 1MWMA 5AFUA 5AZJB 2P9PB 3QB0A 1V4SA 3EZWA 3JXUA 4FWKA 4K41A 4YDUC 5AQSA 1NLVA 4ISFA 4BRKA 3QDKA 2YCHA 3J8AA 1NGIA 1ESVA 1XC3A 3MDQA 1WOQA 1LCUA 3MN9A 3MK6A 3FR0A 4LC9B 4JNEA 3CJCA 4AM6A 3CJ7A 5KPZA 3EL2A 1BO5O 4GNIA 4FWSA 3GE1A 2P9UA 4CD1A 2FXUA 4I6MA 4NO7A 3QBXA 4QS9A 4JD2B 1K8KA 2Q0RA 1LOTB 2QWQA 2QM1A 4PKHA 2P9LA 4H0VB 3VESA 3C7NA 1ZBSA 1HKCA 4IJNA 1GLCG 3CI5A 4FWRA 2YJFA 3ZETB 3BEXA 3M6GA 4B1VA 3AAPA 3ID8A 4BRMA 4RWTA 3O5BA 4Z94A 3HSCA 3MN7A 2CGJA 3AAQA 3CIPA 4BR5A 5E26A 1NGCA 1U2VA 2UYTA 4H0PA 2ASPA 3D2EB 2HMPA 4B1UB 2AA4A 4PL8A 5AQKA 3EO3A 2H3GX 3M1FA 4WQ5A 3VPZA 4EIAA 5LJWA 2E1YA 3H3OB 5KPRA 2Q97A 4BRLA 2YHWA 5AQHA 3WQUA 2ZF5O 2NLXA 4BRCA 3WUHA 2P9NB 5AZIA 1NGAA 1NGGA 4BRPA 5CE3A 4FSVA 4XH1A 3RSEB 3FGUA 3R8EA 1SAZA 3WXKA 3LM9A 1XQSC 4RTFD 5FPEA 2QW9A 3WEEA 1T44A 5AQJA 3UKRB 4A2AA 4YDUA 4CZFA 3L6QA 1MDUB 4K43A 4CBUA 3WQTA 4BR9A 4XH5A 3HTVA 1RFQA 5B8HA 2V51B 4H0TB 1GLAG 2V52B 5KQ8A 1ATSA 1YUWA 3LL3A 1TYQB 3H1QA 4BRFA 2A5XA 5EVZA 1R59O 3JS6A 3SLCA 1BUPA 2P9SA 4FOIA 4JHDA 5AZJA 2P9PA 1GLBG 5I9EB 3O80A 3HM8A 4C23A 4JN4A 4DQ8A 4CBXA 4MLEA 5FPMA 1X3NA 2A40A 4WQ5C 1YAGA 3SMPA 3EKUA 3H3NO 4JAXA 1QQOA 5JMVA 2P9IA 3A0IX 5LY3A 1NBWA 4FWOA 1HLUA 3W3DA 1BDGA 3UE5A 1ZXOA 2E2QA 2ZGYA 3VGLA 2QXLA 1NGDA 1IG8A 1TUYA 3WXJA 2GTDA 1OKJA 2Q0UA 5BRFA 4BG8A 4XEIA 2ZGZA 2NZTA 3FE1A 3QBWA 4JD2A 1Y64A 2YJEA 5F2RA 2IVPA 5BN9A 4M63C 4FWNA 3SK3A 1GLLO 2VYPA 4J8FA 3VEVA 3U8XA 1V4TA 1YXQA 3HI0A 3OHRA 1QQNA 2PBDA 3ZETA 3R6MA 3P4IA 4HWIA 2DPNA 5AR0A 3QFUA 3ZX0A 1GLFO 5AQUA 4H0YB 3VERA 2P9KB 3LDNA 4CZLA 3ULEB 3D2EA 3LDQA 3CQYA 5BRDA 4WYBA 3AARA 2QWOA 3QMLA 4PKGA 3FLCO 3VEOA 3WXIA 5BREA 1WUAA 3BF1A 1NGEA 1RGIA 3D2FB 4PKIA 5AFUH 3H46O 1JCEA 5AQVA 2FF3B 2ASMA 3VOVA 3VENA 2HOEA 1HX1A 3DXKA 1DKGD 5ADXA 3WT0A 3ZX2A 3CERA 3CQXA 2J4RA 5AQIA 4FOEA 2Q1NA 3O1BA 3O4WA 5JLHA 3S41A 4B1WB 4WQ4C 4BVPA 2VWBA 4FPBA 2A42A 3D7EO 4KBOA 3SJHA 3ATUA 2V7YA 3U4LA 5BN8A 2GWJA 3B8AX 4A61A 3MMVA 2E20A 5LJVA 1NGFA 4IWVA 1TYQA 5AQWA 1ATNA 4CZMA 1QQMA 2E2PA 4E1JA 2QWPA 4BC2A 5AQXA 1GLJO 4CBWA 1GLDG 3L0QA 3LDLA 5ADXH 4BR7A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4I6MB 3V6DA 3CCUN 2UUCK 2W6LA 3VQ7A 3J81O 1LV5A 4ZTJA 4LD0A 1KAZA 2IOCA 2YHBA 5AQMA 3VEYA 1RT6A 3IDHA 1E4GT 1SQKA 4CEBA 3RMDA 1P90A 2D1KA 4JKDA 4FJHA 3AO3A 4B9QA 3U9DA 1T6CA 1T03A 1GOBA 1IG9A 1OH8A 1EETA 2QK9A 4JI6K 1QVGM 3ZT0A 2KKZA 1EKEA 3OYCA 4IXCA 1XMQK 2DTUA 5CYMA 2GBZA 4JKGB 1C1AA 4FWMA 4CHYA 4DV6K 3L8BA 2OTLN 5AQQA 5BPMA 1IH7A 3DRRA 5AQZA 1S72N 4DTUA 4LF4K 3G25A 4FLUA 3L2RA 4EHUA 5E41A 3KIOA 3RMBA 1RT1A 3ATVA 3CPEA 3GG4A 4HHTA 4LFBK 3P38A 3WNFA 3DJCA 5GAHP 4DR2K 3ZYYX 1KVBA 1KQSM 2VQEK 5KGWA 2VGMA 1DGKN 3WXMB 4B3SK 2FLOA 1TL3A 4F2SA 1VQMN 3EYZA 3BF3A 2QWNA 2WFBA 1VQ7N 3IRXA 4BE2A 3JYTA 5AQTA 4JHDB 4CJ4A 2HW3A 1KRPA 3LDPA 3H1VX 4B1XB 1RTIA 1L5UA 3H45C 3I8BA 2P9NA 3VF4A 1VSIA 2GUIA 3P5JA 4I9LA 4CZKA 2B5JA 4CECA 3ZLJA 4CJLA 2FF6A 4Z4CA 1GOCA 1NGHA 4DV4K 2WBNA 4K42A 1NK5A 2QXFA 2O8BA 1N32K 2EHGA 1L3TA 1OH7A 4GMJB 2NUBA 3KWGA 1J6ZA 1ZBUA 2CGKA 2BTFA 4YOYA 4CJSA 4H4OA 4BC4A 3DAWA 4CIGA 5JLFA 3KD1E 1Q9XA 2BGGA 4KTQA 4FL9A 3SAHA 5FRNA 4DV7K 4J2AA 4BDPA 4NXMK 5GIPA 2E1ZA 1WAJA 5AQFA 3VTHA 3OYKA 1NK6A 1SZ2A 3CG7A 1B9FA 3QIOA 4FJNA 4PHTX 4HCCA 3OVNA 3IMXA 4CZIA 4CIFA 2HHSA 4H03B 2GV9A 1HNVA 4FCYA 1C1CA 2IVOA 1EWQA 2V7ZA 3NVMA 3N4QA 1I94K 3MN5A 3BUZB 2GWKA 3HVTA 3NF6A 4ILGB 4IEIA 4HUEA 2Z1GA 3VGMA 3VQCA 4FJ8A 4OO1J 1NK7A 3H6EA 1U6ZA 2QTDA 5GADP 4Q5VA 4KI4A 4FYDA 1NM1A 2F9TA 5D3GA 4DR6K 3M3ZA 5SWMA 2ATQA 2HHVA 3F2KA 1NGBA 2YKNA 4YOUA 2ASOA 1YTAA 1MA9B 1BI4A 5C12A 4CI6A 3UKUA 4BROA 4B3TK 2GELA 3VGKA 4FLWA 1RNHA 3HZ6A 2D0OA 3I56N 2W41A 3ULEA 4JEPA 1WNSA 4O8KA 2I5JA 3AO2A 4DTJA 4H0OA 4YOTA 4DU1A 5KRTA 2UXDK 1D8YA 4CERA 2ZJPL 3NF9A 3D2FA 2W42A 4DS4A 1NWKA 4CF9A 4C8KA 1NGJA 4H8KA 3OYEA 4A59A 1LAWA 1TUUA 1HJRA 1VSDA 3AVFA 3NMUA 2VQFK 4N56A 2A3ZA 3KVGA 2YHYA 1ATRA 5FPNA 1WBDA 5AFUA 4R5PA 3I0RA 5J1EA 3JXUA 4FWKA 4N5SA 3SV3A 4KTWA 1NLVA 1RT3A 1HR0K 2P5OA 4C1NI 3J8AA 4NYFA 2E6LA 3A2FA 4MDAA 1SUQA 3CCVN 2ZJRL 3MN9A 3MK6A 3FR0A 5CZ2A 3CJCA 3CJ7A 3T1HK 1XNQK 5M1QA 4LF6K 1BO5O 4FLXA 4FWSA 3GE1A 2P9UA 4O8UA 2D0CA 4J2EA 3O4QA 1N6QA 4DF8A 5M1NA 4JD2B 4K8ZA 1M90O 4PKHA 1FK9A 3R3LA 4H0VB 3ZSOA 1NJZA 4IJNA 1KVAA 1K8AO 4CEFA 1L3SA 1RILA 3OYNA 2UUAK 3NBPA 3M6GA 4LSNA 1UA0A 4L8RB 1BQNA 4LF9K 4BRMA 5J2MA 4LY7A 4YY3K 4Z94A 1WSEA 3CIPA 3CMEN 5E26A 1NGCA 2ASPA 4FK2A 2Q3SA 3S3NA 2H3GX 3SUNA 2E1YA 1HNWK 3H3OB 3VQQA 3PX6A 4CE9A 5AQHA 2P9NB 3L3UA 2O4IA 2FC0A 1NGGA 4CJWA 4FSVA 4HVJA 4DU4A 1BHLA 2LSNA 3U3GA 4HUGA 3NH0A 1XWLA 3NF8A 3K5LA 3KD5E 2O8BB 5FPEA 3WEEA 4ILHA 4ELUA 4EZ9A 3HP9A 3L6QA 1UA1A 4K43A 4WFAL 1KVCA 5B8HA 3HOTA 2V51B 1GLAG 3VQPA 2V52B 1F21A 4FVUA 3PUFA 4DS5A 1S1WA 4JKAA 3JS6A 1NK9A 1BUPA 3V9WA 2NRRA 4F3TA 2IAJA 5I9EB 5IT9O 4FJ7A 4C23A 4CBXA 3QESA 1IKYA 4W5TA 1VSHA 1QSLA 4WQ5C 1YAGA 1Q81O 4IOAL 4KREA 3SMPA 2WONA 2VWKA 5LY3A 4BACA 4FWOA 3UIQA 2E2QA 2ZGYA 3L4QA 1I3AA 1IG8A 4KTZA 1WSFA 4G9ZA 1LW0A 5HRNA 4BG8A 4WFBL 1JJ2M 5F2RA 2YJEA 3KLHA 2VYPA 2QKKA 1LWEA 4IOCL 4CCHA 4DKWA 3MWTA 3U8XA 4FM0A 1QQNA 4CEZA 3OBYA 3D45A 3ZETA 1BI4B 4DUZK 3R6MA 4CFBA 2DPNA 3OYDA 3K59A 1TGOA 3QFUA 4E0DA 1L3UA 4H0YB 4U67L 4JI8K 2YNFA 4CZLA 3ISNC 3ULEB 1QSYA 1TAUA 3AO1A 1JLCA 4DTRA 2QWOA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 4FWN A;  4J8F A;  4BDZ A;  1V4T A;  4FZY A;  1YXQ A;  3HI0 A;  3OHR A;  4BWJ A;  1TKZ A;  2OTJ N;  4FLZ A;  3ZT1 A;  4FJL A;  4HWI A;  5HOO A;  4NXN K;  5AR0 A;  3BGR A;  4DSK A;  1BIZ A;  3VER A;  3OJU A;  1K73 O;  4GV3 A;  2IC3 A;  2DFH A;  3CQY A;  4JKB A;  5BRD A;  1VQP N;  4LFC K;  1RBT A;  2OCE A;  4E19 A;  3ZSX A;  2XY5 A;  1RGI A;  4PKI A;  3G71 N;  3VOV A;  2ASM A;  4X66 K;  3VEN A;  1J53 A;  1DKG D;  3KLE A;  3CER A;  1J5O A;  4JKE A;  1VSF A;  4LF8 K;  1BGX T;  2OZS A;  3O1B A;  3O4W A;  3VQE A;  5JLH A;  1UWB A;  4WQ4 C;  3L3V A;  3V9S A;  3MWP A;  3THY B;  3AVC A;  4Y1C A;  4B8A B;  3SJH A;  4UQG A;  4GVM A;  3TAB A;  4JS5 A;  3QNO A;  3G10 A;  5LJV A;  1NGF A;  1UOC A;  3K5N A;  3SUP A;  3VQ6 A;  2EX3 A;  4CJF A;  1QTM A;  3QEX A;  1ATN A;  3LP1 A;  4J2B A;  1I39 A;  4BC2 A;  5AQX A;  4KRF A;  1L3V A;  1S1V A;  1C0M A;  2JGU A;  4O0J A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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