2NLXA

Crystal structure of the apo e. coli xylulose kinase
Total Genus 147
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
147
sequence length
484
structure length
476
Chain Sequence
MYIGIDLGTSGVKVILLNEQGEVVAAQTEKLTVSRPHPLWSEQDPEQWWQATDRAMKALGDQHSLQDVKALGIAGQMHGATLLDAQQRVLRPAILWNDGRCAQECTLLEARVPQSRVITGNLMMPGFTAPKLLWVQRHEPEIFRQIDKVLLPKDYLRLRMTGEFASDMSDAAGTMWLDVAKRDWSDVMLQACDLSRDQMPALYEGSEITGALLPEVAKAWGMATVPVVAGGGDNAAGAVGVGMVDANQAMLSLGTSGVYFAVSEGFLSKPESAVHSFCHALPQRWHLMSVMLSAASCLDWAAKLTGLSNVPALIAAAQQADESAEPVWFLPYLSPQAKGVFFGLTHQHGPNELARAVLEGVGYALADGMDVVHACGIKPQSVTLIGGGARSEYWRQMLADISGQQLDYRTGGDVGPALGAARLAQIAANPEKSLIELLPQLPLEQSHLPDAQRYAAYQPRRETFRRLYQQLLPLMA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords Xylulose kinase
publication title Structural and kinetic studies of induced fit in xylulose kinase from Escherichia coli.
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli
molecule tags Transferase
total genus 147
structure length 476
sequence length 484
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.1.17: Xylulokinase.
pdb deposition date 2006-10-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00370 FGGY_N FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain
A PF02782 FGGY_C FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2nlxA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2nlxA01
3WXIA 4QS9A 3QBWA 4FWQA 4XH4A 2ZGZA 3CERA 1LOTB 1NMDA 1V4SA 3ATVA 1K8KB 3WXLA 2YJFA 4BVPA 2V7YA 1ZXOA 2GUPA 3U8XA 4K41A 3IDHA 2PBDA 4B1UB 4BRQA 3IMXA 5EX5A 3ZETB 2VCPA 2F9TA 3F9MA 2D1KA 5AQOA 2P9NB 2QWPA 2V52B 3DWLA 4CBUA 4HTLA 1GLJO 3LM2A 4IJAA 4BVOA 2A5XA 5F0XA 2P9NA 2I7NA 1GLFO 5EVZA 2ASOA 5BN8A 4RTFD 1QQMA 4B1ZA 4QS8A 2IVPA 5EY4A 3ZX2A 3R9PA 1Y64A 2PAVA 4JNEA 3R8EA 5AZJA 1R59O 3ULEA 2I7PA 1KAXA 3VGLA 3H45C 4H0PA 3EKSA 5EOYA 3UB5A 3VEVA 1V4TA 3O1WA 3W3DA 2W41A 3FLCO 4WQ4A 4FSVA 1NGIA 3CJBA 2YCHA 3A5OC 4CZIA 1ATNA 3VEYA 3O8MA 2IIRA 1Z6RA 2AA4A 1NGCA 3VF2A 1E4GT 3VEWA 3JXUA 2V7ZA 4CZFA 3C7NB 3O80A 4BRGA 1XUPO 4C23A 3C7NA 2E8AA 1T6DA 4NO7A 2FLOA 2Q31A 4CD1A 4KBOA 3QDKA 1NWKA 3O08A 4F9OA 1T6CA 1IJJA 2HF4A 2D0OA 3ZEUB 4NB4A 1U2VB 3VGKA 4B1WB 1S22A 3WUHA 3CHWA 3L0QA 4DHYA 4ISEA 3ZEUA 4Y0WA 2P9IB 4H5NA 1RFQA 4CZEA 2P9LB 5AQGA 4BROA 3BF3A 1OKJA 3SLCA 4BR2A 1MDUB 2P9IA 3MN7A 4LC9B 4XEIA 2P9LA 4RCHA 2YI1A 1T44A 2NZTA 4BGAA 4BRFA 4B1VA 1U6ZA 4FOEA 3QB0A 4H03B 5AQPA 4FWLA 2CGJA 4YDUC 4DB3A 2YHWA 5FPDA 3VENA 4B1XB 3CJ7A 5AQXA 3HM8A 2FF3B 2FSJA 4I6MB 3HBTA 4BRLA 5ADXH 3TPQA 5BREA 2ZWHA 4CBWA 3MCPA 3MMVA 4H0OA 4I6MA 3VESA 4BRDA 1HKBA 3H1VX 3HZ6A 3WQTA 1GLBG 1X3NA 3ZX3A 3OHRA 3H3OB 3BF1A 3IUCA 3LL3A 5B8HA 4B1YB 2DPNA 4XH1A 2NRHA 1MWKA 2Q97A 2FF6A 1NGAA 5AQNA 5LY3A 3DXKB 3O1BA 3O6WA 3CI5A 4BC4A 3C0BA 3CJCA 3DXKA 4IJNA 3HI0A 3HSCA 3AARA 3M6GA 4BQZA 2A6AA 2QW9A 3FZLA 4H0YB 1DEJA 4BG8A 2J4RA 2D0PA 3HTVA 4BQLA 4BR5A 1HKCA 3MN6A 3SMSA 5ELZA 3UKRA 5AQTA 1DKGD 3ZX0A 5BRDA 1NGHA 3QMLA 4BR0A 3R6MA 4CD3A 3DAWA 2HOEA 1YVNA 3DJCA 3GOIA 1NGEA 1YUWA 4JHDB 2QWQA 5AQRA 2CH5A 4FWKA 3S41A 4CBXA 2IVNA 4JHDA 4K25A 3FZHA 3MK6A 4IZ9A 1BOTO 1YXQA 2E1ZA 1MWMA 1D4XA 5AZJB 3ENOA 3VF4A 4JAXA 3ULEB 2H3GX 2CGKA 4CI6A 4DCHA 2QWRA 4BRPA 4BG9A 2ASPA 1RGIA 4CZGA 4H5VA 1HLUA 3VEXA 5JLFA 4ISGA 1GLCG 1XC3A 3SJHA 1EQYA 1NM1A 4K43A 4BRNA 1HUXA 5CE3A 1QZ6A 4FPAA 2QXLA 4WQ5C 4EHTA 3I8BA 2BUPA 2GTDA 4A2AA 1WOQA 5F2RA 2P9PA 3LDOA 4BRHA 2FXUA 5AQVA 3BUZB 2D4WA 3DXMB 3TU5A 4WQ4C 2BTFA 3O5BA 3M1FA 5AFUH 4EHUA 1IG8A 5AQFA 3GDQA 3IFRA 1KXPA 1QQNA 3DXMA 3AAQA 4H0XB 3VEOA 1S3XA 2A3ZA 5KQ8A 3EO3A 4JD2B 1NGFA 1ZBSA 3L4IA 4HWIA 2E88A 4M63C 3QBXA 1WUAA 4PL7A 2FSKA 1RDWX 4JD2A 3LDNA 5AQMA 3KVGA 2QWMA 1BO5O 5JMVA 2GWJA 3UKUA 5FPMA 1BU6O 4EFHA 4FOIA 2GWKA 1SQKA 4K42A 3FR0A 3D2FB 3VF6A 5JICA 2Q36A 1TUUA 1YAGA 1LCUA 1TYQB 3CETA 3D2FA 5AR0A 4YDUA 4QS7A 3QFUA 1TYQA 4FWOA 5TKYA 4H5WA 4MO5A 1Q18A 4J8FA 4PKGA 2P9KB 3KHYA 1BG3A 5AQYA 2Q0RA 3QFPA 1KAYA 3GE1A 5BN9A 2YHXA 4B9QA 4AM7A 4PL8A 2GEMA 1NGBA 2P9KA 3BP8A 3ATUA 1HKGA 5E84A 5FPNA 5KPRA 4CZKA 5AQWA 3CQXA 3FZFA 4A2BA 2E2QA 2YJEA 4CZMA 2E2OA 4CZLA 4H5RA 3RSEA 3SK3A 4H5TA 1KAZA 1ZC6A 4H0TB 4BC5A 3CQYA 5KPZA 1BA1A 2A40A 1J6ZA 4MLHA 1BDGA 2ASMA 5AQKA 3UKRB 4GY2B 3O4WA 5E26A 3WXJA 2IVOA 1SZ2A 2A42A 3CJ1A 4BR7A 4O5FA 2A41A 1JCEA 4BRKA 2W40A 1HX1A 3MDQA 4IXCA 3ENHA 1C0GA 4FO0A 3WQUA 3FFKB 4A61A 1K8KA 3EKUA 4CZHA 1QQOA 4M7XA 5AZIB 5AQJA 2Q0UA 2E2NA 4BRMA 4BRCA 4IO8A 3FZKA 2EWSA 1NLVA 2F9WA 4FWNA 5AZIA 4BRAA 5BPNA 4RWTA 5AFUA 2P9SB 2CGLA 5JLHA 3SMPA 3U4LA 3LDQA 1SAZA 1TUYA 3ZETA 2P9SA 2P9UB 3WXKA 3A8YA 4DQ8A 4E1JA 5LJVA 2KHOA 3A5LC 4BRIA 1X9JA 4BC3A 3W0LA 1MA9B 2P9UA 4FWRA 1P8ZA 4FPBA 3G25A 3WEEB 3GL1A 3H1QA 2VWBA 2FSNA 3WEEA 1CZAN 3ID8A 3FE1A 3EN9A 2P9PB 2Q1NA 4WQ5A 2ZF5O 2E1YA 1BUPA 1DGKN 1X3MA 3FGUA 3A0IX 1GLAG 4A62A 3VETA 4IWVA 3P4IA 5AQQA 1NGJA 5BR9A 3A5MC 1ESVA 1NBWA 3FZMA 5ADXA 3LM9A 1JCFA 3WT0A 3M3ZA 4EAHD 3U9ZA 5FPEA 4MLEA 1HPMA 3AY9A 1E4FT 3I33A 3L6QA 3D2EB 4M7YA 4Z94A 4CZJA 1XQSC 3LDLA 3H3NO 3H6EA 4BC2A 4PKHA 3D2EA 4BGBA 4L3QA 3UKUB 2QWOA 5BPLA 3GBTA 2VYPA 4ISFA 3H46O 3D7EO 2AP1A 4BR9A 3VERA 2OANA 3EL2A 3CJAA 3VEZA 2GELA 4XH5A 2HMPA 4GNIA 1GLLO 2E20A 1QHAA 4MO4A 5AQHA 5EXWA 3U9DA 4BR4A 5BRHA 3KZBA 5BPMA 3AAPA 2E2PA 4O8KA 1GLEG 5F1XA 5KQDA 1U2VA 5AQUA 5AQZA 4FWMA 5KPTA 2NLXA 2ZGYA 3CJ9A 3VPZA 1BWFO 3B8AX 2QWLA 3BEXA 2V51B 3QICA 1ATSA 4WYBA 3MN5A 4EIAA 5LJWA 1JCGA 3GG4A 4JN4A 2UYTA 3VGMA 1NGGA 3CIPA 2HF3A 3MN9A 2ITMA 2CH6A 3EZWA 3RSEB 5I9EB 1HJOA 1QZ5A 3JS6A 1ATRA 5AQIA 3VOVA 4PKIA 4H0VB 1NGDA 4FWSA 1G99A 3A5NC 1GLDG 2Q2RA 2WUSA 1H1VA 4FL9A 2YHYA 4CJ7A 4BREA 1C0FA 4AM6A 5AQLA 5BRFA 5AQSA 2QM1A 2QWNA 4FWPA 3UE5A 3J8AA 1Z05A 1BA0A 3LDPA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3QBWA 4FJJA 1X9WA 2ZGZA 3CERA 3HP6A 1EX4A 1LOTB 3O9SA 4B3TK 1NMDA 2HHUA 4DSLA 1K8KB 3D0PA 1TV6A 1IBKK 4IEIA 3WNFA 3SUQA 1ZXOA 1S9EA 3L2UA 3BY5A 2RN2A 3ITHA 4LF9K 3IDHA 2PFUA 1Z26A 1S1XA 1KFDA 2F9TA 5HRPA 5AQOA 3C6HA 2P9NB 3J7YP 4BDYA 2A5XA 2QXFA 2P9NA 3LAKA 1GLFO 1QQMA 3CPWM 4DSIA 3G6EN 3CCEN 1NKEA 1JXEA 1JXBA 4DQIA 4CJRA 2HB5A 4AILC 2PAVA 4B9NA 4DTMA 4C8OA 3TWHA 1VSDA 1RDUA 3KLEA 3NGYA 1KAXA 4F4KA 4DU3A 2RPIA 5EOYA 3UB5A 1BIUA 1W0HA 4JYAK 3OVNA 3O4QA 1NGIA 2YCHA 1N5YA 5KI6A 1VQLN 3VEWA 3P5JA 5C10A 3P39A 4O55A 1DLOA 1KRPA 1T3VA 3K0SA 1VQ9N 3C7NB 2O8CA 1RT3A 3VQ6A 4FK0A 2W6KA 4C23A 3C6AA 3C7NA 3E1YA 4X64K 5J2QA 1TVRA 2RE2A 2FLOA 4FJLA 4CD1A 3K59A 3QESA 4F9OA 4Z4FA 1T6CA 2ETJA 1N32K 4HTUA 4B1WB 2ZJQL 3WUHA 2DY4A 1UA1A 5FROA 4ISEA 2HNDA 2DFEA 2P9LB 3SLCA 1U4BA 2WOMA 1FKOA 4BR2A 4K0KK 4DG1A 4M3ZA 3MN7A 4XEIA 2P9LA 4CFDA 4OVLA 2YI1A 4B1VA 4JKEA 4CJWA 4OKEA 3HXMA 4JK8A 2YKNA 3QB0A 4FWLA 3RMBA 1T8EA 1HYZA 4RG8A 1QTMA 2YHAA 3K2PA 1L5UA 3V4IA 2GUIA 5AQXA 4EZ6A 3TPQA 3JAMO 2ZWHA 3MCPA 1WNSA 2X6NA 4MFBA 3V9SA 4FLUA 3TAPA 4KH6A 1Q86O 3ZX3A 3OHRA 3BF1A 4LF8K 4CIFA 2Q97A 1NGAA 3DXKB 3RVCA 3ENBA 5J2NA 3LANA 4CEAA 5DM6L 3C0BA 3DXKA 4DTNA 1RDBA 1WSGA 2F8TA 3THWA 1O13A 5JVGL 4LSLA 3CMEN 3OYAA 2QW9A 4H0YB 1DEJA 4BG8A 2J4RA 1KLMA 2W6LA 4FJ9A 4NCGA 1KFSA 4CJ5A 5C12A 1HKCA 3DLKA 2E6LA 3SMSA 3EE9A 4DTUA 4ZTJA 5AQTA 4O4GA 1VRUA 3ZX0A 4CD3A 4PQUA 4GV9A 1CLQA 1WSFA 4BDPA 4FK4A 3TR8A 3NE6A 2IVNA 1BCOA 3FZHA 4K25A 1E3MA 1BOTO 1D4XA 3C6TA 5AZJB 3O4NA 4M3YA 1X9SA 2XO7A 1RTJA 4CFCA 1HJRA 3TAFA 1NK7A 4JI5K 3SJHA 3C95A 1EQYA 5C15A 2KTQA 1HUXA 4DTJA 2JLEA 2G8UA 4ILHA 5CHIA 4UY8O 1KVAA 1HYSA 2BUPA 4A2AA 3CF5L 1WOQA 5F2RA 3LP0A 4MQ3A 2P9PA 1RT7A 4KO0A 3JYTA 1EWRA 3EEQA 3V1RA 3VQ8A 5AQVA 1YTAA 2D4WA 3DLBA 3O5BA 2RF2A 3M1FA 1IG8A 1QQNA 4YOUA 3AAQA 4K8XA 4CF9A 3EO3A 3KK3A 2O8FA 4HWIA 4HVJA 3QBXA 3SUPA 3ZT3A 3WXMB 3L3UA 1ASVA 3LALA 4LH4A 3OYIA 1BO5O 4DTSA 3M8QA 3RRHA 1VSFA 5LMNK 1SQKA 3QO9A 4DTRA 3SZ2A 4NYNA 1OH7A 3NCIA 1TUUA 2B4JA 3CETA 2P5OA 4FVUA 3QFUA 4I7FA 3T1HK 4F3OA 4CE9A 3SAFA 2OTJN 3WNGA 1L3SA 3OYFA 1GOBA 1RTIA 4J8FA 4KHQA 3QEWA 4O5BA 3OJUA 3GE1A 1HNZK 4PL8A 3BP8A 4ILJA 3OYNA 2BE2A 4CHPA 5E84A 4KTZA 5FPNA 4CGIA 5AQWA 3ZSWA 3CQXA 2YHBA 2E2QA 2VGNA 4CZMA 1LAVA 3SK3A 4KHNA 3CG7A 2VWJA 5KPZA 4WE1A 4CEEA 1BDGA 4JKFA 1IG9A 1CXQA 4GKJK 3HRGA 3WXJA 3VQCA 1VQMN 2A42A 3CJ1A 4DUYK 3HSTB 4DSKA 1VSMA 2W40A 1JKHA 3K5NA 2D0BA 1C0GA 5HRSA 4CZHA 2QEXN 1BIZA 2BH1A 4RWTA 1NLVA 3TAGA 3SMPA 2HVIA 4NYFA 3LDQA 4Y1CA 1VQKN 4X62K 2VG7A 3NMUA 1IBMK 3QINA 2OYQA 3WXKA 4EZ9A 4DQ8A 4E1JA 5LJVA 2HHWA 1X9JA 1ZBUA 3OYEA 3M5RA 3PIPL 4FPBA 4IOXA 1FK9A 3OYBA 3S3MA 3VQ4A 3K5MA 1XNQK 4FVMA 4CK2A 3ID8A 4YY3K 2F8SA 4G9ZA 2Q1NA 4WQ5A 1ZBHA 2EX3A 1BUPA 4DR7K 3FGUA 3A0IX 1WSHA 1TK0A 3VETA 4IWVA 5AQQA 2HBMA 3TTDA 2VQEK 1EXQA 3L2WA 3AY9A 3I33A 3L6QA 1JLQA 4Z94A 4DU1A 3S3OA 4TSXA 3LDSA 1XQSC 4N5SA 3H08A 4BGBA 4X66K 3HP9A 4L3QA 3UKUB 1ASUA 5BPLA 4JRPA 3O3HA 3GBTA 2G8VA 1HQUA 4ISFA 4OX9K 2AP1A 3HM9A 5SZTA 2UUBK 2HBKA 2HMPA 4WFBL 4MO4A 3V9XA 5BRHA 2E2PA 3CCSN 1IKVA 2YNIA 3DLHA 3PY8A 4DQRA 3HVRA 1TAQA 3U6FA 1KD1O 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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