1NJIO

Structure of chloramphenicol bound to the 50s ribosomal subunit
Total Genus 51
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
51
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords 23S ribosomal RNA
publication title Structures of Five Antibiotics Bound at the Peptidyl Transferase Center of the Large Ribosomal Subunit
pubmed doi rcsb
molecule tags Ribosome
total genus 51
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2002-12-31

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
O PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1njiO00
3CCRN 1VQKN 1VQLN 3CC2N 2ZJRL 1KQSM 1JJ2M 2ZJQL 1W2BM 1VQPN 1YJWN 1M1KO 5GAHP 3G4SN 5DM6L 2OTJN 1YI2N 3G71N 2QA4N 4IO9L 3CMAN 3DLLL 3PIPL 3CPWM 3CCUN 1QVGM 1Q7YO 1N8RO 1VQ7N 1VQNN 4UY8O 1QVFM 3PIOL 3I55N 1NJIO 1VQ6N 3I56N 1Q81O 1KD1O 1VQON 5JVHL 4IOAL 3OW2M 1YHQN 1VQ4N 1OVYA 1K8AO 1Q82O 1ILYA 1VQ5N 3CC7N 3CF5L 3CCMN 3CCLN 5MLCQ 3CMEN 2ZJPL 2QEXN 3CXCM 3CCQN 5DM7L 1VQMN 4WFAL 3G6EN 4WF9L 4WCEL 3CCVN 5H1SQ 3CCJN 1YIJN 1YITN 2OTLN 1VQ8N 4WFBL 5GAGP 1Q86O 5JVGL 4U67L 3CCEN 3CD6N 5GAEP 3CCSN 3J7ZO 1VQ9N 3CC4N 4IOCL 5HL7L 1YJNN 1K73O 1KC8O 4WFNL 1YJ9N 1S72N 1M90O 5GADP 1K9MO
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2P9SA 3OYGA 2KW4A 4BVOA 5CY4A 3NDKA 3NH0A 4IFVA 4JEPA 4LFAK 4N56A 4AM6A 4ZTFA 4FSVA 1ZC6A 5CYQA 2BUPA 3SK3A 4BY9C 4CCHA 4KI6A 1VRTA 1I39A 2HMIA 3OYEA 1JCFA 1X1PA 3ATUA 4NYNA 4E1MA 3PIPL 3ULDA 5T7BA 4BREA 1JLCA 1T03A 3CM5A 1BI4B 4BQLA 4KHWA 4OLBA 1ATSA 3PX6A 4KV8A 4NCGA 4BWMA 2HSTA 4IG3A 2YX6A 4C8NA 4CK1A 2IVOA 4BRQA 1KAYA 1NGIA 5BREA 4MDAA 1MWKA 2Q0UA 3EY1A 2OCEA 1SL0A 1W97L 1WOQA 2O8BA 1IKWA 4G1QA 4FPAA 5AR0A 4DSEA 4AHRA 1ZBUA 3MXMA 3JSMA 4GMJB 3NF6A 4GKJK 3DLKA 4WFAL 1U6ZA 4BRDA 2IDOA 4PL8A 4EP5A 5AJ3K 4DCHA 1P90A 2P9UA 5DMRA 4CJ7A 1VSHA 4W5QA 4DTNA 2FBVA 1WNSA 3QEWA 4H0VB 4CBWA 3HBTA 2Q0RA 4O8KA 3NHGA 3AVMA 1WN7A 4CHNA 4DTPA 4H0YB 4E7JA 2PZSA 2J4RA 1NGAA 4RTFD 1Y97A 4B9MA 5KQDA 2P9PA 2G8IA 3O1WA 4FJHA 3JXUA 4LFBK 2A42A 1ASUA 2JWLA 2F8TA 3QMLA 1KQSM 2YJFA 3NBPA 2P1JA 3CJ1A 4B08A 3LL3A 1J54A 3ULEA 1S1VA 2QI2A 1D5AA 4WQ4A 3VQCA 3OJUA 4CFDA 4ID5A 1VSIA 2W6LA 3B6PA 4JRPA 5LMUK 1MA9B 3HVTA 4MO5A 3OYKA 1D9DA 5LJVA 1LW0A 4JI8K 1C0GA 5C10A 5BR8K 3ASMA 3A5LC 1LWFA 1DGKN 5FPMA 2WTUA 3O9UA 1V4SA 1KCFA 3K5OA 3WXLA 1QE1A 3RWUA 4KAZA 3DWLA 3ZSQA 4F3TA 4OKKA 5M1QA 1QZ5A 2OPSA 1NNEA 4AHVA 1Z05A 3BGRA 3DLEA 5E41A 2F7TA 4GY2B 3VQ4A 4DSIA 5HRSA 3G0ZA 2QWPA 5M1KA 3F2KA 4H8KA 4JHDB 1VQ4N 4I2QA 3K5MA 5AQJA 5FROA 2XY7A 2Q2RA 4JI3K 3ZYYX 4DV3K 4LH5A 3CMEN 4KO0A 3EE9A 5JMVA 3LZJA 3D7EO 4R5PA 3CXCM 4HUFA 2O8FA 1UOCA 3TAQA 1HJOA 4DV1K 3S3NA 4CE9A 1IKVA 4E1JA 3OYDA 1CZAN 4FZYA 3LDLA 3CCVN 4DR5K 1GLLO 2DFHA 3CCJN 5HRPA 2V52B 4BR0A 5AQYA 2UXDK 2RPIA 3L2WA 3DXMA 3HRGA 3AO3A 3Q7CA 4FWNA 4B1UB 5J1EA 5KPRA 1HYSA 4A2BA 3H08A 4W5NA 4C1NI 3THYA 3QEIA 2NNWA 3UE5A 3O08A 1ZBHA 4JLHA 4NLBA 1RDDA 3IG1A 3LP2A 4IKFA 3M3ZA 3QINA 2OPQA 3K58A 3U3GA 1XMOK 2NRTA 4HTUA 3I0RA 5C24A 4FLVA 2YJEA 2KHOA 4CD1A 3VQ9A 2WC9A 2HHXA 4CFAA 4O4GA 4J2AA 5AFUA 4FLZA 1VQKN 3B6OA 4E19A 3O3FA 3P5JA 1I94K 4BGAA 3LAKA 4CEAA 3L2RA 3WT0A 5ADXH 3ZSYA 3HZ6A 3TAFA 3EN9A 3ZSVA 2HBLA 4B8AB 3AA4A 4CK2A 3A5OC 3L2QA 4ELUA 4Z4EA 4EZ9A 4KH6A 1HNWK 2E2OA 4JKDA 5AZJA 4DTJA 1NJZA 1LAWA 1N5YA 3KLEA 3NF9A 2IVNA 2PAVA 3LP3A 4PKHA 3EEQA 3RMBA 3DM2A 3HP9A 1N8RO 3ID8A 3FE1A 4K8ZA 5HBMA 3NF8A 4KTWA 4M7YA 1RNHA 3N4PA 4OPAA 2NZTA 4LD0A 4KHNA 3D0PA 3F73A 5FPEA 3RMCA 4B3TK 1S3XA 1GLAG 1N33K 3TABA 3O9SA 1KD1O 4FJIA 4A5BA 2R7YA 4QOZB 4IOAL 3SUPA 4E7LA 2NRVA 2G8WA 1HKCA 3KD1E 4DTXA 1W0HA 2YNGA 1Q82O 2P51A 3BZCA 1IKXA 3A5NC 4H5TA 4CJSA 3QEVA 4BC2A 3ISNC 1R59O 2E1YA 1BG3A 1EWQA 3WEEA 2VWBA 3AVGA 1VQMN 1YVUA 4CHOA 1X9MA 3ZX3A 5IWAK 4W5TA 4WCEL 4GKKK 3P31A 4JD2A 3MDQA 1SKSA 5C25A 1SZ2A 5GAGP 1WBBA 3TPQA 3WXKA 3TAPA 3ENHA 4AHCA 2HBKA 1C0FA 2YNHA 2IVPA 2LSNA 1OVQA 2FBTA 3CETA 1EXQA 3LDOA 4OJRA 3HTVA 4YOYA 3SAFA 4FJ5A 2FLOA 2O8CA 4DTUA 4CF8A 3AVJA 4JI2K 3VN5A 4DSJA 4GNIA 3NVMA 3CJ9A 4BWJA 4FJLA 3EKUA 1SL1A 3SAHA 5SZTA 4Z4CA 3H46O 1YT3A 4E7IA 3M8QA 1SV5A 1K8KA 2UUCK 4MQ3A 3DMJA 1HX1A 2QWOA 4FM1A 3NMUA 2QKBA 2YCHA 4FJXA 4KHUA 1WAJA 1ZXOA 3TU5A 1C6VA 3ALYA 1NGEA 3EL2A 2Z1JA 3CQXA 2HHWA 3HM8A 3AVHA 4C8OA 1VQ7N 3U9ZA 5HRNA 1IH7A 4JKEA 4XH5A 3TAGA 3O5BA 5C15A 3I56N 1IBKK 4BRKA 2KZMA 1XWLA 3O4NA 2JLEA 1VSFA 1BIZA 4JKGA 5CE3A 4BROA 1T44A 2G8VA 3V1OA 4X62K 1K8AO 3OA9A 1UAXA 4FJ7A 4BRIA 1BA1A 5JS2A 1QZ6A 3SJJA 3VPZA 4EHUA 4JKAA 4H0XB 2O8EB 1JLBA 3LP0A 4CEBA 2X74A 4U7BA 2UXBK 3LPTA 1JLGA 4KKOA 3TTDA 4YY3K 1GLBG 3SUNA 2OTLN 1RTIA 2F8SA 1GLDG 3KKSA 4PWDA 1BGXT 5C2FA 2WBNA 4FJGA 2ITGA 3THXB 4LSLA 3UKUA 4CGIA 4A61A 3R9PA 1QQNA 3K5LA 4DR6K 5AZIA 3KKRA 3FZLA 3CQ8A 1T05A 2DFFA 3AGRA 5KPTA 1J6ZA 4OPHA 5CR4A 4DUYK 1FK9A 3VQQA 1A5VA 1YJ9N 4Y1DA 3U9DA 2BTFA 5AQQA 5AQWA 3H6EA 4DF4A 2DPNA 4DQRA 2E6MA 2GUIA 4DB3A 3DYAA 4ISFA 4CZFA 4AHTA 3V9SA 2A40A 4IJNA 4YOVA 5M1PA 1I3AA 2I5JA 1RT3A 3VEVA 1JKHA 5DM6L 2BH1A 1YVNA 1YAGA 4CJ3A 3HVRA 2E1ZA 2HW3A 4J2DA 3MN7A 5AQNA 3CPWM 2YHXA 2OANA 1Z26A 1HPMA 4BR2A 4CJFA 3ZEUB 1NG9A 2F4VK 2W40A 5E26A 4CIEA 2ZM6K 1TAQA 4JI7K 1L3SA 1D8YA 4K8XA 3J7YP 1A5XA 3O4WA 1QHTA 4BR4A 4CF2A 3C7NB 1QVFM 1VSKA 3QESA 4CGDA 3CFPA 3K9JA 3PX0A 1J9AA 4RW4A 1DKGD 4DQQA 5JVHL 2OYQA 1XC9A 3J7AP 1Q9XA 3L2VA 2XO7A 1RT4A 5FRMA 5BRFA 4FJ9A 1OVYA 3AA3A 3AV9A 3HM9A 1VHXA 3QFUA 1YXQA 3S3MA 1NM1A 1TUYA 2QEXN 1LWCA 1LV5A 2BDPA 1NBWA 1IG8A 3U6FA 1WAFA 3MCAB 1RBRA 4TSXA 1O13A 5JLHA 2Q1NA 2KTQA 2O8DB 2GBZA 2GEMA 5EX5A 4CZHA 4C8MA 1NK0A 4N5SA 4MLEA 3H3NO 5ADXA 3AO5A 1WSFA 1BQMA 2FXUA 4DHYA 4CJKA 3C6AA 3PUFA 3VMFB 4AILC 1TGOA 4JS4A 3SV3A 5J2QA 1VQ9N 5HL7L 4OPKA 1L3UA 4IJAA 4DFKA 3WQUA 3QLHA 2CH5A 4HCBA 4LC9B 2KFZA 3KTQA 3NVKA 4XH4A 1XHZA 4W5RA 3RVCA 3TTCA 5SWMA 3MEDA 4OGCA 4DF8A 2V7ZA 3EYZA 3EO3A 2HVHA 2HNZA 2O4IA 3VENA 2P9NB 1KFSA 1GOCA 1E3MA 4JV5K 4IXCA 3C95A 4MFBA 4JNEA 4DUZK 4CEOA 3H3OB 3G10A 3HT3A 4B1XB 1G99A 4YDUA 2NRZA 4JK9A 4FWPA 1HKGA 4C1NK 3ZSOA 3RSEB 1L3VA 3AAPA 5AQMA 2G8HA 4DQPA 3CI5A 3BDPA 4NCBA 2YHAA 5B8HA 1TUUA 3DLRA 2HF4A 2FBYA 3LDQA 1VQ6N 1RT5A 4E7HA 3GE1A 1XUPO 4M41A 2D0OA 2Z1GA 5AQPA 4DR7K 3L6QA 1YHQN 1GLFO 4C8KA 3FZKA 1BI4A 4KTQA 3HPHA 5AQGA 2XY8A 1NLVA 1FKPA 4ZHRA 5KGXA 3KVGA 3O9RA 1S1UA 4K41A 3QETA 2ZGYA 2HB5A 4CJUA 1KTQA 5DM7L 3CCQN 4C8LA 1XC3A 3IUCA 3G6EN 4MDBA 1JLEA 1LW2A 3QICA 1ASVA 2QXLA 1LAVA 2DFEA 3MEEA 4WQ5A 4PQUA 2CGLA 4Z4GA 3QDKA 1X3NA 5BPNA 3HI0A 3CD6N 3D6RA 2PBDA 1X9SA 1J53A 4CJEA 3I0SA 3O9TA 2YNIA 2RHKA 4ISEA 4WE1A 2OZSA 2ATQA 4YDUC 2KQ2A 4O0IA 3TAEA 3OYCA 2CGJA 3DI6A 1YJNN 4OPJA 1K73O 1KC8O 1KAXA 4JK8A 3UKRB 2FF3B 1RGIA 2E4LA 4K42A 1HQEA 1SL2A 1S1TA 2DY4A 4DTRA 3VEYA 3THWB 3LDPA 2YKMA 5EOYA 3ENOA 4CJVA 3R1XA 3SQ0A 1RDWX 1YJWN 1M1KO 3DXKB 4KBOA 2ZF5O 1GLJO 4FJKA 2E88A 1HJRA 1MDUB 4ZTJA 4IO9L 3TANA 2FBXA 2E8AA 3AVKA 3WXMB 1SS6A 3GBTA 3MN9A 3U8XA 3T1HK 4ICLA 3WXJA 3TSPA 3KD5E 1RFQA 1VQNN 1B9FA 3VGMA 5GIPA 1JLAA 3EZ5A 1BCMA 1S5JA 4CF9A 3I55N 3VA0A 2FSJA 3L0QA 4M3XA 1FJGK 1BHLA 2G8FA 4KB0A 1CZBA 1HNVA 1U45A 4DQ8A 1S22A 1OH6A 3A2FA 3RMDA 3VF2A 5K14A 4KHSA 1N32K 1NGJA 3ZT0A 3ZX0A 3VQPA 3O4QA 2ZJPL 4E1NA 3FZFA 4YORA 2HMPA 4FVUA 4KH4A 3AVAA 5IT9O 3M5RA 1QSLA 2YNFA 4LF5K 4JN4A 4CZLA 2YV0X 5M1FA 3AA5X 4FJMA 2V51B 3HP6A 4JHDA 2NRWA 4CZJA 2XY6A 1Q86O 3DOKA 4BR5A 4J2BA 1T6CA 4B9SA 3DRPA 3V9ZA 4XH1A 4I7FA 4CJLA 3C94A 4DQSA 1BL3A 4CGFA 2NUBA 3NGYA 4DS5A 3OYJA 1OH7A 3MN5A 4M3WA 4ILHA 1KVBA 4FWOA 2A41A 3QNOA 1M90O 1ZBLA 3AVBA 3VOVA 4HCCA 1JJ2M 4M3ZA 4L8RB 3BZKA 1BA0A 4WQ4C 4Z0UA 2B6AA 3MECA 2D0BA 3AVLA 5HRRA 4XIUA 2WUSA 1JXEA 2D1KA 2GV9A 5BRHA 1OH5A 1IKYA 2YHYA 2XY5A 3M8PA 3QBWA 1QHAA 2ZD1A 3CHWA 5EY4A 4CJ4A 3OS0A 1E4GT 4CD3A 4NXNK 2FC0A 4DV5K 3ZETB 2Q36A 1VSLA 1UWBA 5E84A 1JLQA 5F2RA 1RBSA 3NAEA 2QWNA 4FCYA 1JCEA 3ATVA 1H1VA 4DV0K 4EHTA 2VCPA 4B1ZA 4I6MB 4UY8O 1BU6O 5LJWA 1HMVA 4FO0A 1Y64A 3SJHA 2B5JA 4FZXC 1RDAA 4NB4A 3QERA 2A1RA 2BE2A 3FZMA 4J8FA 4CEZA 3QBXA 3PX4A 3AVCA 2ITMA 1SAZA 4I9QA 1U49A 4CZMA 4W5OA 3HPOA 3OBYA 4JRQA 4BR9A 3QIPA 3VEOA 3SPZA 1TKZA 3OVNA 3H1QA 4DSFA 1HKBA 4LFCK 5BR9A 1N34K 2OA8A 5FPDA 3T19A 1U2VB 3KZBA 2P9LB 4DKWA 4AH9A 1YTUA 1VQ8N 4CGJA 4DFMA 1D9FA 1MU2A 3DRSA 1U4BA 4CJQA 3WUHA 4DSLA 4DLEA 1LWEA 1SUQA 4EZ6A 4CHZA 1BIUA 4E89A 2X78A 2VG5A 4BRLA 1T8EA 2I7NA 3VGKA 4I2PA 3VTIA 3AO1A 4B1YB 4CZIA 3L2UA 1X9WA 2ASMA 3S41A 1RT1A 3WNEA 3V1QA 4AHUA 1NGFA 2VG7A 3WQTA 3OYIA 3CCRN 5AQVA 1TYQB 2E6LA 1JL2A 5CYMA 3CPEA 3VQAA 4ISGA 4CI6A 3TSQA 4CBXA 2ZJQL 2Y1JA 4B1WB 4IFEA 2Z1IA 4QCLA 4RW7A 2HHTA 2FF6A 5HP1A 3G25A 4N47A 5C12A 3C65A 4CESA 3DAWA 1WSIA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3CCR N;  1VQK N;  1VQL N;  3CC2 N;  2ZJR L;  1KQS M;  1JJ2 M;  2ZJQ L;  1W2B M;  1VQP N;  1YJW N;  1M1K O;  5GAH P;  3G4S N;  5DM6 L;  2OTJ N;  1YI2 N;  3G71 N;  2QA4 N;  4IO9 L;  3CMA N;  3DLL L;  3PIP L;  3CPW M;  3CCU N;  1QVG M;  1Q7Y O;  1N8R O;  1VQ7 N;  1VQN N;  4UY8 O;  1QVF M;  3PIO L;  3I55 N;  1NJI O;  1VQ6 N;  3I56 N;  1Q81 O;  1KD1 O;  1VQO N;  5JVH L;  4IOA L;  3OW2 M;  1YHQ N;  1VQ4 N;  1OVY A;  1K8A O;  1Q82 O;  1ILY A;  1VQ5 N;  3CC7 N;  3CF5 L;  3CCM N;  3CCL N;  5MLC Q;  3CME N;  2ZJP L;  2QEX N;  3CXC M;  3CCQ N;  5DM7 L;  1VQM N;  4WFA L;  3G6E N;  4WF9 L;  4WCE L;  3CCV N;  5H1S Q;  3CCJ N;  1YIJ N;  1YIT N;  2OTL N;  1VQ8 N;  4WFB L;  5GAG P;  1Q86 O;  5JVG L;  4U67 L;  3CCE N;  3CD6 N;  5GAE P;  3CCS N;  3J7Z O;  1VQ9 N;  3CC4 N;  4IOC L;  5HL7 L;  1YJN N;  1K73 O;  1KC8 O;  4WFN L;  1YJ9 N;  1S72 N;  1M90 O;  5GAD P;  1K9M O; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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