1NJIO

Structure of chloramphenicol bound to the 50s ribosomal subunit
Total Genus 51
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
51
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structures of Five Antibiotics Bound at the Peptidyl Transferase Center of the Large Ribosomal Subunit
pubmed doi rcsb
molecule keywords 23S ribosomal RNA
molecule tags Ribosome
total genus 51
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2002-12-31

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
O PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1njiO00
1K8AO 1QVGM 2ZJQL 4WFBL 1VQ7N 4IOAL 3DLLL 1NJIO 3CXCM 3CC4N 1YJ9N 3CD6N 4WF9L 5JVHL 3CCUN 5DM7L 1Q81O 1Q82O 1JJ2M 4IO9L 5GADP 3G71N 1VQLN 4WFNL 1VQ9N 5GAGP 1VQ8N 3I55N 1YI2N 3CPWM 1ILYA 3CCLN 5MLCQ 3J7ZO 1YIJN 1KQSM 3CF5L 1M1KO 3CCRN 1VQ6N 3I56N 5GAEP 1YJWN 3PIPL 3CCSN 1K73O 3CC2N 1VQNN 2OTJN 1VQKN 3CCMN 1N8RO 3CMAN 2OTLN 2QA4N 1QVFM 4UY8O 1VQON 4WCEL 1YITN 1M90O 1VQ5N 3CCQN 5DM6L 4IOCL 1W2BM 3PIOL 1YHQN 1OVYA 1Q86O 4U67L 3CCVN 2QEXN 1VQMN 3CCEN 1S72N 2ZJRL 3CC7N 3OW2M 5H1SQ 3G4SN 1K9MO 4WFAL 5HL7L 1YJNN 3CMEN 1KD1O 3G6EN 2ZJPL 5GAHP 1KC8O 1Q7YO 1VQ4N 1VQPN 5JVGL 3CCJN
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2KZMA 4M3TA 4CEZA 3VQ5A 3L2UA 4JRPA 1JL2A 3IMXA 3WXKA 4BRIA 5EXWA 4GMJB 3BEXA 4NO7A 3KK2A 4K25A 4G1QA 5BR8K 4DV2K 4H0OA 4F2SA 4CD3A 2O8DA 3VEOA 3SYZA 1S3XA 5EU7A 4O4GA 1SKSA 1NGCA 2DFFA 4BDYA 4KTWA 1U4BA 4JKGA 3KKRA 2ASPA 2J4RA 4ID1A 4DR4K 1JLCA 3AO4A 4DSKA 2Q3SA 3AVBA 3S41A 2OA8A 4CK3A 1D5AA 3D6RA 1YVNA 4JI1K 5BR9A 3AA3A 4JHDA 4M3WA 1V4SA 4U7BA 4DFMA 2E2PA 4O0IA 3U8XA 3C6AA 3TAMA 3FZLA 3T1HK 2OZMA 3H3NO 3E9PA 3CIPA 3ZX3A 1ZXOA 3QNOA 2HF3A 4A57A 4AHUA 2IGIA 3VEVA 1ITGA 2RE2A 3T69A 1TL1A 3HP6A 3ATUA 1VHXA 1VQKN 3PO4A 4BR7A 3HJFA 3OJSA 1RBUA 3J7YP 1NM1A 5BPMA 4CBWA 3CI5A 5AFUA 3O9TA 5EY4A 5GINA 1NG9A 4C8OA 1TYQB 2BGGA 4ZTFA 4BRCA 3QEPA 2B4JA 4CJQA 3KHYA 1QSYA 3I8DA 3O1BA 4KV8A 4JKEA 5IWAK 1NGJA 3E66A 4U67L 2KHOA 5JICA 3UKUA 1S72N 3ZSVA 2G8IA 3VQ8A 3BY5A 1A5VA 1S1TA 1W7AA 1DTQA 3N4PA 3AGRA 3ZSQA 4CJVA 3RR7A 1TV6A 3P5JA 5C2DA 2DFHA 3CQXA 2ATQA 3L4IA 3A2FA 5A2QO 4JS5A 1ASVA 1BUPA 4CK1A 3HRGA 3ZCMA 3DLBA 3NBPA 4B3RK 4B9VA 4C8KA 3UE5A 2Z1GA 2BTFA 3QEXA 3ASMA 4AF1A 1KLMA 4FWOA 4BGBA 2YNFA 2E6MA 3G10A 1Q82O 3DXKA 1SL0A 2F9WA 4JYAK 2G8HA 3T1YK 5LJVA 3WXLA 3V1QA 4WFNL 5BN8A 4DQ8A 5AQLA 4CGDA 1VSKA 4IEIA 2D5RA 4FVUA 3JSMA 1YI2N 1TKXA 4C8MA 3BZCA 1KAZA 3C7NB 4CHOA 4PA1A 5AQPA 3QERA 4BE0A 1W97L 4CJ5A 4E1JA 4YOTA 3HOSA 3BZKA 1N8RO 1J9AA 4FPAA 4FW2A 1RT2A 4B8CA 5BRHA 5C10A 3HTVA 4WE1A 1HRHA 4FWLA 3O4NA 4CERA 4FJIA 1X3MA 5IT9O 3KK3A 2KZZA 4OKJA 4LH5A 1KCFA 3ZETB 1X9SA 1H1VA 1ZBUA 4CZJA 3K0SA 3CJBA 3OW2M 4AHCA 1U48A 5AQGA 1QS4A 1N36K 3A8YA 1S1WA 2FBYA 1YJNN 4NXMK 4DG1A 2IVNA 1ATSA 3KKSA 1XHXA 1NJXA 4N56A 1NK8A 2NRRA 2FBVA 4C1NI 3VQBA 1SS6A 4HHTA 3L2QA 1VSEA 3GOIA 3VEXA 2HBMA 2WTUA 1U47A 1K8AO 4A62A 2X78A 4BC2A 2ZJQL 2ETJA 2ZGZA 3HL8A 3MN6A 1NJIO 5FRNA 2UUCK 3CC4N 2O8DB 3DAWA 2WC9A 3J80O 4A5AA 1KVCA 1GLJO 3O3GA 1SV5A 5ADXH 4JKGB 3M5RA 4FWPA 1JJ2M 3CHWA 5AQRA 3CERA 4JKAA 1JXBA 4BVOA 1HJRA 3FFIA 2W41A 3LDNA 4B9TA 2BUPA 3KLIA 4JNEA 1O13A 3J8AA 1B9FA 1JCEA 3QETA 1VSDA 4JHDB 4QOZB 3TI0A 3L3VA 5J2QA 3QB0A 4E7LA 1RT7A 2H3GX 3AGKA 4I9LA 2YNIA 3I8BA 3EEQA 5ADXA 3KD1E 4KTZA 3RMAA 4DR5K 1HNIA 3J7ZO 3DM2A 4FJGA 1IO2A 5C15A 3DMJA 5J1EA 4I2PA 3CCRN 2VWJA 4ISEA 1IBKK 4ID5A 4MDBA 3SUNA 1G15A 1YVUA 5SWMA 5T7BA 4CGGA 1I94K 2YCHA 4KH5A 4CK2A 1EO1A 2FF3B 3LM9A 4KTQA 1FKOA 1IBLK 5F0XA 2RHKA 4JKBA 3QICA 2WOMA 3TARA 2RN2A 3OYGA 1J53A 3UKUB 1EWQA 2BH1A 3ENOA 4AM7A 4B3OA 1KAXA 1ZBSA 2YV0X 4RW7A 3OYLA 4BDPA 2Z1IA 1OH7A 3AAQA 4M7YA 4B9LA 3THVA 4Z4HA 4CIFA 2A40A 4FLUA 2ZF5O 3OS0A 4YOYA 4GV9A 5JLFA 3CJCA 1WB9A 5HRRA 1EKEA 5F2RA 2FLOA 3ZSYA 3ITHA 1KSPA 4CECA 2JWLA 4QS9A 1T7PA 4BR2A 5I3UA 3WXMB 4FZZA 3QO9A 3K5MA 3V4IA 2D0CA 1Z25A 4HUFA 3MCAB 4DR6K 1QQNA 1TKTA 2ITMA 3DXKB 4EZ6A 2HNZA 4JI5K 5E26A 2Y1IA 4W5NA 1BQMA 3LDPA 1WN7A 1QQOA 2YX6A 3LZJA 1EETA 1ZYQA 3H3OB 4PQUA 1WSGA 2JWKA 5EVZA 3PV8A 1SAZA 1VQ9N 4H0VB 4M3UA 4JKDA 4IZ9A 1R0AA 5FLXO 3MECA 4CJFA 2O8FB 4QCLA 3CPWM 4KI6A 2VWBA 4DV6K 3K9KA 2YHWA 3M8RA 1KQSM 4FPBA 2IC3A 3O9SA 2NLXA 4DTMA 3FGUA 1VQ6N 4HCBA 3OYEA 3BUZB 4ZTJA 4ILHA 3IG1A 2GX9A 3AVFA 2ASMA 3NFAA 1B9DA 1T05A 4KHQA 4CJ7A 4B1YB 4V19S 4XIUA 2XO7A 3ZEUA 2E2QA 4GNIA 2Q36A 1GLLO 4ZHRA 4OVLA 4DHYA 3O3FA 2UUAK 4EAHD 4CJTA 4C8NA 2QM1A 4KO0A 4BREA 3SAFA 1VSHA 1ESVA 3KK1A 1NGDA 2QWOA 1SL2A 3K57A 1FW6A 4CJKA 4CZMA 3FZFA 4L8RB 4CHQA 2UXCK 4BVPA 3CYMA 1VQMN 2E2OA 4RCHA 4E89A 1HYVA 3LPUA 4H0YB 3VQDA 3TU5A 3ZT4A 1T6DA 4CF8A 3G4SN 4RW6A 2ZD1A 3O08A 5LL6Z 4DSIA 1NMNA 1XC9A 4IG0A 1E3MA 3VPZA 2HHSA 4MLEA 3L8BA 3OTOK 2PBDA 4LY7A 4X65K 2KW4A 2YJFA 4K42A 2HHUA 4FJNA 2NNWA 3MEDA 1D8YA 1YJ9N 5HRPA 3DI6A 3WNFA 1KVAA 2KFNA 1WUAA 4ILGB 4BRKA 2IDOA 3NF9A 1Q9YA 3MXMA 1KTQA 5GADP 5AQVA 4B3TK 4AHTA 3MAQA 3ZX2A 4FLYA 3VQPA 4KAZA 4JK9A 5GAGP 2ZQBA 4CD1A 2P9NA 4EP4A 4KHUA 2VG5A 4CF9A 5CYMA 5MLCQ 1KRPA 3K58A 1LCUA 5M1QA 3TSQA 1NK7A 3H6EA 4FWSA 1LWEA 4CJEA 3ISNC 4BRPA 2Y1JA 3PIPL 5JMVA 4JK8A 3FZKA 4FK0A 4MQ3A 4IBNA 3CMAN 2ZE2A 3DLRA 1RCHA 3O1WA 4CEFA 4JD2A 4H03B 3VA0A 2IIRA 1M90O 4WQ5A 3DJCA 2UXDK 4OX9K 5AQWA 4E19A 5HROA 4O5FA 4FWMA 1FK9A 2YJEA 4GW6A 1ATNA 1XUPO 1U45A 4W5RA 4GV3A 1MDUB 3HVRA 2P51A 2HHQA 3CFPA 3CC7N 2W6KA 1BG3A 4CEEA 2E5LK 2HNYA 4PWDA 4OGEA 1OH5A 3AVCA 3MCPA 4K0KK 5JLHA 4BC3A 5GAHP 3V9WA 1P90A 4B1WB 4YORA 4DSFA 4KREA 3EYZA 3PSFA 4IG3A 4FJ5A 4H0TB 4CGJA 4BC5A 5J2NA 2YNHA 4IFYA 2YNGA 2QWPA 3QFUA 1U49A 2V7ZA 3ZSWA 2GEMA 4FVMA 3IUCA 2HHVA 3I33A 1J6ZA 4B9QA 1WBDA 2ZM6K 3NH0A 4CFCA 3MN9A 1VK0A 2PZSA 3O5BA 5C24A 2OCEA 3THXB 1N6QA 5HLFA 1HKBA 3B8AX 4G9ZA 5BRFA 3OS2A 5CZ1A 2P9LA 3V9UA 1NJYA 3JS6A 5KRTA 4K43A 2DY4A 4BRHA 3LWLA 3ID6A 4DSEA 4CZEA 3HPHA 1ILYA 4FLTA 5HRSA 4AM6A 1DKGD 1YIJN 3THYA 4XEIA 3EKUA 3WT0A 4B1VA 3LAMA 4FM0A 4F8RA 3TANA 4OJRA 1L3TA 4EHTA 3ZEUB 2UYTA 3U3GA 4FJ8A 4LSNA 5M1PA 1VSLA 4CEOA 2CH5A 1RTHA 2CGKA 4NXNK 2NRXA 4DTSA 1NJZA 3T19A 3PX6A 4OLAA 3OYNA 4ELUA 1E4GT 5TKYA 1BO5O 1GLAG 3FE1A 4FWKA 2HW3A 4ICLA 5M1FA 3C6HA 2HB5A 3IAYA 1GOAA 1OVYA 2F9TA 2YHAA 3CJ9A 1WLJA 2VG7A 3QEWA 3LL3A 4AHRA 3R9PA 1XMQK 1J54A 3C65A 2GBZA 1T6CA 1RNHA 4FWQA 4QS7A 1NJWA 3PY8A 4M3ZA 4KH4A 4LD0A 3I0SA 3PUFA 4L3QA 2V52B 4J2EA 5FROA 3D2FA 2D0BA 3EO3A 5JVGL 1LV5A 1WAFA 5AQQA 1UWBA 1VAZA 3KLHA 4PY5A 2YHBA 1NOZA 4YY3K 1RFQA 1ASUA 4DFJA 3THWB 5KTQA 4DQRA 1RTJA 4LH4A 3D7EO 3OVNA 1UA1A 4PL7A 4W5OA 4FJMA 1IKVA 5JVHL 4A5BA 3L2RA 3C94A 3VTIA 4DV7K 5I9EB 2A3ZA 3L6QA 3VF4A 3SI6A 1RBRA 3SBTA 1K6YA 3I0RA 3BDPA 1NBWA 4Z4FA 4H5RA 2P9NB 4HUGA 1L3SA 1UAXA 1HQUA 1TVRA 4YFUA 1NK5A 3B6OA 3ZSRA 4DR3K 3EE8A 3HYFA 3CG7A 3RR8A 3VQ7A 1VSIA 4DKWA 1Z05A 3O4QA 4WYBA 2HF4A 1KVBA 1BIUA 3T3FA 1GOBA 4E7IA 3VENA 4DV5K 4PKIA 4CGHA 4CHPA 1CZ9A 1YUWA 4Y0WA 2HHHK 4JD2B 1VQNN 2I5JA 3K5OA 4RW8A 2OANA 4DFKA 2G8FA 4BRFA 1QVFM 3OYDA 4BRMA 3NMUA 3V6DA 4B9UA 1T8EA 2OPRA 2NRWA 3CETA 4FL9A 3FFKB 4FJHA 3VN5A 4KHWA 1D4XA 3V9SA 3AA5X 3E9LA 4IOCL 2O8FA 4EIAA 3DOKA 4CVNE 1BL3A 2ZGYA 3V9ZA 3M8SA 4NLBA 1O1WA 2WUSA 3OBWA 1N5YA 3D45A 3FR0A 3LANA 3VTHA 4KH6A 1LW2A 3FZHA 3R3LA 3DWLA 3F9KA 5KPZA 3SZ2A 2AA4A 1ATRA 4B3SK 1NOYA 3CJ7A 4K8XA 4JAXA 4O44A 4LFBK 2HSTA 1SZ2A 3LDSA 3DLKA 4E0DA 4IOXA 2W40A 2A1RA 1BDGA 1R59O 4PHTX 4B3MK 4XH5A 3HT3A 1C0TA 3AVAA 3CFRA 3S3NA 1HNXK 4OO1J 4IOAL 5F1XA 1QHTA 1HR0K 4EHUA 1RDUA 2ASOA 5K14A 1XNRK 3MEEA 1EXQA 1EX4A 1HUXA 3DLEA 2EX3A 3QIPA 1F21A 2Z1JA 2D1KA 3KLEA 1NGIA 3MXIA 2P9LB 4CJWA 3H45C 2Q1NA 5KGWA 4B9SA 2NZTA 3NGZA 5AQIA 4CJ4A 3TWHA 2VWKA 3TR8A 3WQUA 4BR0A 2WONA 3ZYYX 1X1PA 3OYKA 1S6PA 3NVMA 1VQLN 2D0PA 3QBXA 3AVNA 3EE9A 4FLZA 5FRMA 1S1VA 3DLHA 3VF2A 1DT9A 3AO5A 3VQEA 2FXUA 4KHSA 3THYB 3FZMA 1BCOA 5AQJA 4N47A 1X9WA 4LSLA 2QKBA 4WQ5C 2XY5A 3E9OA 4BR9A 4PUOA 4ELVA 2WFBA 3EZWA 1KFSA 1RT5A 3J81O 2FSKA 3KD5E 4FYDA 4MLHA 3WNGA 3I56N 3GG4A 1C0MA 4O5BA 1S6QA 2X6NA 1EWRA 3OA9A 1TAQA 4DS4A 4DR7K 3L2WA 1U2VA 4KHYA 3BGRA 3P4IA 4O55A 2QWRA 3C95A 4BROA 4WCEL 4DV0K 3M8QA 5EOYA 3NGIA 3IDHA 3SK3A 3AVMA 1KAYA 4NB4A 2NRTA 4CFBA 4CIGA 3T1AA 5J2PA 3HSCA 4MFBA 5AJ3K 2EWSA 2VYPA 3QDKA 3K59A 2HBLA 1DGKN 3BF3A 2D0AA 4MDAA 4Z4IA 2YI1A 3MXJA 3ZT0A 3RRGA 1HNWK 5AQMA 3E1YA 1RT3A 3D2FB 1KD1O 3F5TA 4CEDA 1JLBA 1VQPN 4EP5A 1TK0A 3HZ6A 4H8KA 4FM2A 1XC3A 1NK4A 3ATVA 1D9DA 1NGAA 4Z94A 1VQ7N 2E20A 3WXJA 3NF8A 2P9IA 3QINA 3QEVA 4FZYA 2G8KA 2XY8A 5AQHA 1BISA 5M1NA 3LPTA 4KFBA 4BDZA 1LW0A 1IKWA 4NCAA 3HSTB 3UKRA 3H1VX 3GL1A 3VETA 4H0XB 2CGLA 1CXUA 2E1ZA 4DQSA 3SLCA 5AQUA 1J5EK 4CBXA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
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 1K8A O;  1QVG M;  2ZJQ L;  4WFB L;  1VQ7 N;  4IOA L;  3DLL L;  1NJI O;  3CXC M;  3CC4 N;  1YJ9 N;  3CD6 N;  4WF9 L;  5JVH L;  3CCU N;  5DM7 L;  1Q81 O;  1Q82 O;  1JJ2 M;  4IO9 L;  5GAD P;  3G71 N;  1VQL N;  4WFN L;  1VQ9 N;  5GAG P;  1VQ8 N;  3I55 N;  1YI2 N;  3CPW M;  1ILY A;  3CCL N;  5MLC Q;  3J7Z O;  1YIJ N;  1KQS M;  3CF5 L;  1M1K O;  3CCR N;  1VQ6 N;  3I56 N;  5GAE P;  1YJW N;  3PIP L;  3CCS N;  1K73 O;  3CC2 N;  1VQN N;  2OTJ N;  1VQK N;  3CCM N;  1N8R O;  3CMA N;  2OTL N;  2QA4 N;  1QVF M;  4UY8 O;  1VQO N;  4WCE L;  1YIT N;  1M90 O;  1VQ5 N;  3CCQ N;  5DM6 L;  4IOC L;  1W2B M;  3PIO L;  1YHQ N;  1OVY A;  1Q86 O;  4U67 L;  3CCV N;  2QEX N;  1VQM N;  3CCE N;  1S72 N;  2ZJR L;  3CC7 N;  3OW2 M;  5H1S Q;  3G4S N;  1K9M O;  4WFA L;  5HL7 L;  1YJN N;  3CME N;  1KD1 O;  3G6E N;  2ZJP L;  5GAH P;  1KC8 O;  1Q7Y O;  1VQ4 N;  1VQP N;  5JVG L;  3CCJ N; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 2KZM A;  4M3T A;  4CEZ A;  3VQ5 A;  3L2U A;  4JRP A;  1JL2 A;  3IMX A;  3WXK A;  4BRI A;  5EXW A;  4GMJ B;  3BEX A;  4NO7 A;  3KK2 A;  4K25 A;  4G1Q A;  5BR8 K;  4DV2 K;  4H0O A;  4F2S A;  4CD3 A;  2O8D A;  3VEO A;  3SYZ A;  1S3X A;  5EU7 A;  4O4G A;  1SKS A;  1NGC A;  2DFF A;  4BDY A;  4KTW A;  1U4B A;  4JKG A;  3KKR A;  2ASP A;  2J4R A;  4ID1 A;  4DR4 K;  1JLC A;  3AO4 A;  4DSK A;  2Q3S A;  3AVB A;  3S41 A;  2OA8 A;  4CK3 A;  1D5A A;  3D6R A;  1YVN A;  4JI1 K;  5BR9 A;  3AA3 A;  4JHD A;  4M3W A;  1V4S A;  4U7B A;  4DFM A;  2E2P A;  4O0I A;  3U8X A;  3C6A A;  3TAM A;  3FZL A;  3T1H K;  2OZM A;  3H3N O;  3E9P A;  3CIP A;  3ZX3 A;  1ZXO A;  3QNO A;  2HF3 A;  4A57 A;  4AHU A;  2IGI A;  3VEV A;  1ITG A;  2RE2 A;  3T69 A;  1TL1 A;  3HP6 A;  3ATU A;  1VHX A;  1VQK N;  3PO4 A;  4BR7 A;  3HJF A;  3OJS A;  1RBU A;  3J7Y P;  1NM1 A;  5BPM A;  4CBW A;  3CI5 A;  5AFU A;  3O9T A;  5EY4 A;  5GIN A;  1NG9 A;  4C8O A;  1TYQ B;  2BGG A;  4ZTF A;  4BRC A;  3QEP A;  2B4J A;  4CJQ A;  3KHY A;  1QSY A;  3I8D A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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