1NJIO

Structure of chloramphenicol bound to the 50s ribosomal subunit
Total Genus 51
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
51
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structures of Five Antibiotics Bound at the Peptidyl Transferase Center of the Large Ribosomal Subunit
pubmed doi rcsb
molecule tags Ribosome
molecule keywords 23S ribosomal RNA
total genus 51
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2002-12-31

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
O PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1njiO00
4WFBL 3CXCM 4WFAL 1VQLN 3PIPL 1K73O 1QVGM 1VQ7N 1VQ9N 4UY8O 1QVFM 3DLLL 1VQ5N 5GAEP 5JVHL 1VQKN 1M90O 3G6EN 4IOCL 3CCJN 3OW2M 3CF5L 5GADP 4WCEL 3CC2N 1W2BM 1JJ2M 3CCSN 1YIJN 1VQMN 3G4SN 1ILYA 2ZJPL 1K9MO 2OTLN 3PIOL 4U67L 2QA4N 1N8RO 1S72N 2ZJRL 1KQSM 3I55N 3CC4N 1Q82O 4IOAL 1KD1O 1VQ8N 4WFNL 5DM6L 3CCQN 2OTJN 1VQNN 1OVYA 3CCUN 1NJIO 3CMAN 3CC7N 1YI2N 2ZJQL 3CCLN 1Q7YO 1KC8O 4WF9L 1Q81O 3CMEN 1VQPN 5H1SQ 3CD6N 3CCRN 5JVGL 1VQ6N 1K8AO 3J7ZO 5MLCQ 1YJWN 5GAHP 2QEXN 1VQON 4IO9L 3CCEN 1YJNN 3I56N 1M1KO 3CPWM 1VQ4N 5HL7L 3CCMN 1Q86O 5GAGP 1YITN 5DM7L 1YJ9N 1YHQN 3CCVN 3G71N
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4LSNA 3O9RA 3L4QA 4JV5K 2PY5A 5C25A 1BQMA 3LWMA 2Q0RA 3AAQA 3K59A 1RBVA 4MO4A 1QTMA 2BDPA 3VEXA 4YOUA 5JLHA 1N32K 4I6MB 1TKZA 3VEWA 1RT1A 1UOCA 3RWUA 3IRXA 3BZCA 3JAMO 1KLMA 3M1FA 4IG0A 4DU4A 4WE1A 1ILYA 2E4LA 1RDBA 3BF1A 1K9MO 3O80A 4FLZA 2NZTA 5AZIA 1LW0A 5EXWA 3TAEA 1N8RO 4OKJA 3KLIA 4Z0UA 3QESA 1KQSM 4NXMK 5EX5A 4E3SA 2AJQA 4BRGA 3GE1A 2YHBA 1NGEA 4NCAA 1C0FA 4WFNL 3CQ8A 1TAUA 5DM6L 2VWJA 4BRAA 3E1YA 2HOEA 4KH4A 4CGFA 4FZZA 3OTOK 2ZGZA 5M1KA 4BG8A 3NAEA 3SJHA 3SV4A 4B1VA 2WBNA 3UKRA 5JMVA 2ZJQL 1N5YA 1GLCG 4NYFA 5GINA 1CLQA 3ZT2A 2IS3A 3HT3A 1NGJA 4CW7B 3T1AA 4H8KA 2O8BA 3SNNA 1G15A 3CPEA 4DU3A 3ZSYA 3VGKA 4B1UB 4BE0A 4AHTA 3KK1A 3C6AA 4I9QA 3ZT4A 1WLJA 2W41A 4JI2K 2OANA 2UYTA 3Q7CA 5I42A 3DOKA 1QZ6A 4BR4A 3DLHA 3ENHA 1YXQA 4IEEA 1SUQA 4LH5A 3ZSXA 4IO8A 2HVHA 1TGOA 4PL8A 1U6ZA 4YORA 3MWTA 4F4KA 3EZWA 3MECA 4CGJA 3KLGA 2E20A 4DV2K 4DQRA 2XY8A 1RNHA 5LJWA 3FLCO 4TSXA 2HF3A 4QS9A 2BTFA 3AA4A 2ETJA 3ZSQA 1K73O 4KH5A 4UY8O 3CHWA 3WXMB 3QFUA 3OJSA 4KPYA 2G8IA 5GAEP 1HPMA 4HTLA 3EKSA 3ZETA 3CCJN 3I0SA 2FC0A 3HPHA 2IDOA 4DSIA 4DTJA 4CJ4A 4LFBK 1JJ2M 2HHQA 2UUAK 4E1JA 1IBMK 4IWVA 3OYIA 4EZ6A 5J2PA 2FXUA 2P5OA 4OLBA 1Q18A 4C8NA 3TR8A 4EFHA 1OKJA 2A1RA 3OVNA 4B3RK 2G8UA 1WSFA 4XIUA 3K0SA 2RKIA 2ZJRL 3SPYA 1NKCA 4E1MA 4JYAK 3TTFA 1S9EA 2NLXA 5C12A 2UXCK 1J5OA 4ID1A 3SQ1A 4O0IA 1KFSA 1EWRA 5F1XA 1WSJA 4YDUC 4M3UA 3THVA 3R3LA 5LJVA 1XMOK 3CCUN 1RFQA 4HWIA 3CC7N 4NO7A 1K6YA 3ID8A 3WNEA 4DV4K 3U9DA 1TUUA 1ASWA 4AILC 2NUBA 3P1GA 3VMFB 1TK0A 2QTDA 4RG8A 3LDQA 1NM1A 3O9QA 4CHOA 1RTJA 1VQ6N 1NKBA 4Z4EA 3M6GA 4DUZK 2P9SA 3M8RA 4B08A 5BR9A 3PX6A 5FPMA 3K58A 1L3TA 1KXPA 3QEIA 3DLBA 1YTUA 3F73A 4LFCK 2UU9K 1GOAA 3OYLA 4ZTFA 2KW4A 1WSIA 4GNIA 4Z94A 3PO5A 2GELA 3V1OA 3IFRA 2F7TA 4CJ5A 2KKZA 3MWPA 2P9KA 1RDWX 3GBTA 1YHQN 3VEZA 3AVMA 4CJVA 4WFBL 2ASMA 4QOZB 3CFOA 3WXLA 3NVKA 4JHDB 2YJEA 1RBSA 5SZTA 4FSVA 4DR5K 4O44A 4CJUA 3KK3A 2FSNA 3PV8A 2IC3A 3VOVA 2XO7A 4CBXA 4OJRA 1T6CA 4DUYK 4HCBA 1C0MA 1NGFA 3TAFA 3CF5L 3VENA 3C95A 3TSPA 1TK8A 2W42A 2BGGA 4ELTA 1NOYA 4DTRA 3AVNA 2E2OA 4CHZA 5FLXO 2E2QA 3DMJA 2ZJPL 5FROA 2RE2A 1C6VA 1T05A 1WN7A 3D7EO 2VWKA 1XHXA 3CI5A 3IAYA 4EHUA 3ZSZA 2BANA 3T19A 2VWBA 1RT4A 4J8FA 5BN8A 4QS7A 2O4GA 4IEIA 3C7NB 3CJ1A 3T69A 5LMUK 3C65A 5M1PA 2EHGA 4LF8K 3HP6A 1JLEA 3NF6A 3Q7BA 4OPJA 1RT5A 4FJIA 3CJBA 3VEVA 5KPTA 2P9IA 1C1AA 4CF0A 3L3UA 3CJAA 1NK0A 4K0KK 4G9ZA 3CMAN 3E9PA 5HRNA 3P83D 4KI4A 1OH6A 4JKGA 4HVJA 4NLCA 1LW2A 1ZBSA 3CQYA 5F0XA 4JS4A 2PYLA 3VN5A 4DSLA 2YI1A 1DGKN 4BREA 5J1EA 4M41A 3QNNA 2B5JA 2P9LB 2HBKA 1OH7A 1XMQK 5TKYA 4FYDA 1EQYA 3HOTA 2VG6A 4DV6K 1C0UA 3V1QA 3MN5A 1HRHA 4DMNA 3CETA 1HLUA 4CJEA 4IKFA 1T6DA 1D8YA 3A5NC 3IMXA 2CGKA 1HKGA 4BRNA 3HPOA 2HHVA 3M5RA 3OJUA 3DWLA 3KK7A 3CCMN 1IKWA 1NK9A 3D2FB 1HQEA 4M45A 4DFMA 1RT7A 5E41A 4DLGA 1IH7A 3G71N 4C8MA 1DTTA 4B1YB 1U49A 4R5PA 4NCGA 4FXDA 2X74A 5AQGA 3VF6A 2HHTA 4C8OA 1K8KA 3TAQA 3TAMA 1QHAA 3S3NA 2CGLA 3O4NA 3H46O 4A59A 3CC2N 2VQFK 5LMNK 4XH1A 1TL1A 4M3TA 3UE5A 3MN7A 1QSSA 3AO2A 3A5LC 3QB0A 4BGBA 5AZJB 4DTOA 3H1VX 3HM8A 1JCGA 3ZX3A 5AQFA 4FL9A 4JS5A 3AO4A 4JD2B 1ZXOA 1VHXA 4MFBA 1J54A 4KI6A 3TTDA 2QKBA 5HBMA 5CZ1A 3T1HK 2Z1HA 3KLEA 3AO5A 2OTJN 5C2FA 2FF3B 1BGXT 5LY3A 4CEEA 4FZXC 4JI7K 1RBUA 3ZSOA 3LAMA 3ZEUB 1Q7YO 3CJ7A 4WF9L 3VQ5A 4DKWA 1JLAA 3OA9A 3WXJA 4B9QA 4B9LA 3D2EA 3CD6N 3CCRN 4H0TB 1U2VA 2B6AA 4CJFA 3DXMA 4JLHA 4F3TA 4JRQA 5ADXH 3KHYA 3V4IA 1L3UA 3OS2A 3VQ6A 4CF8A 3SUQA 2G8WA 2EWSA 3QMLA 3ZT3A 3OYJA 4PL7A 3HL8A 5HL7L 3I8BA 3FFIA 4MLEA 5GAGP 4BE1A 1S1TA 5I3UA 5GIOA 1RBTA 1Z25A 3L3VA 4BQLA 4ILHA 1IBLK 4N5SA 3MN9A 5M1OA 1VQLN 4HHTA 3THYB 1SS6A 3L6QA 1FXXA 3LP1A 3UKUA 4CBUA 1KSPA 2OZMA 2I7NA 1ZBIA 3QEPA 2IVOA 3RMAA 3GDQA 1HX1A 1KVBA 5JVHL 4DV7K 5J2QA 1JLGA 5BRHA 4W5RA 3N4QA 4CZMA 1A5XA 4BROA 1SAZA 1XQSC 2OZSA 1IKXA 3FE1A 4CEOA 1A5VA 3RR7A 4OKEA 1VAZA 4O55A 3EYZA 4Z4IA 4K25A 1EKEA 4IG3A 3OS0A 1LWEA 2P9PB 4AF1A 3LDSA 2HVIA 1XWLA 1FK9A 3G4SN 5C2DA 1BIZA 2WOMA 3JSMA 3FR0A 3JS6A 1KFDA 3LM2A 1VSJA 1NK7A 1GLDG 3QIPA 4C1NI 2GEMA 4BR9A 3T7ZA 1QQMA 3AO1A 1UA1A 4RW4A 4B9NA 1JCEA 3VF4A 1HNXK 2VYPA 3QICA 4BDPA 4JK7A 4KHPK 4FLXA 4H0PA 3TSQA 4AQYK 1DKGD 1HNWK 2Y1IA 3O8MA 4DSFA 2KQ2A 3DRPA 3V81A 4PKHA 5HRPA 4W5OA 1G99A 2E88A 2DFEA 4DR1K 1T3VA 2VCPA 3IDHA 2O8CA 2O8FB 3G0ZA 4F3OA 2FBTA 4CJTA 1UA0A 4N47A 2G8VA 3MX2A 1U48A 4M7XA 4WQ4A 2HB5A 4PY5A 4FPBA 3CPWM 1QE1A 4CJPA 5KRSA 1U4BA 2NRHA 2Q31A 1YVNA 3FZKA 2ZWHA 4FJXA 1YVUA 1Q86O 4ELUA 2E1YA 4ISGA 2WONA 4BR2A 2Q97A 1WNSA 2YNGA 4PKIA 4JKHA 1SKWA 2D4WA 4KKOA 1DLOA 4WFAL 3H08A 4BACA 2YNFA 3L8BA 1GLBG 2DFHA 3HPGA 3KVGA 3THWA 3LP0A 1IBKK 2PYJA 3LAKA 3L0QA 4JI5K 4MO5A 1LOTB 3G6EN 4IOCL 1ATNA 2AP1A 3EZ5A 2NRXA 3PX4A 2NRTA 4Q0BA 4W5TA 4CCHA 3KJVA 3EKUA 1QHTA 4FWNA 4J2AA 1N33K 4RTFD 1VQMN 4FJMA 2YJFA 4X65K 4BR5A 4CHQA 3SAFA 1BIUA 2GUPA 3EE8A 3SI6A 4DSKA 2G8KA 3S41A 4M3YA 4OPKA 1JXEA 3OYNA 3I55N 2QWLA 4HCCA 1EXQA 4CBWA 4DV1K 2BE2A 5B8HA 1LAWA 3KTQA 4O4GA 1EETA 1CZAN 3MXMA 3OYGA 1KAZA 3RMCA 1S1UA 3MEDA 2PZSA 1YUWA 1CZBA 1TV6A 2JWKA 3A2FA 4O5FA 5JS2A 4CI6A 5C10A 1S5JA 3QO9A 3OYEA 1JKHA 1HUXA 1VSLA 2YHAA 3FZMA 4JKFA 4GV9A 4WYBA 3OBYA 4FO0A 1NJXA 3LALA 2P5GA 4LSLA 3C6HA 4CVNE 4BRCA 4H03B 4YOTA 4K8XA 2XHBA 3O1BA 1YJWN 1O13A 2ATQA 1L3VA 3TABA 1EWQA 1VSHA 4EAHD 3KKRA 1MWMA 4CK1A 3SZ2A 2HHHK 1YJNN 4C8KA 1W9HA 3DXMB 3VQEA 3BUZB 4CZIA 3ENBA 4FM0A 2F96A 3D45A 4DG1A 3NMUA 3K57A 4ILJA 2UUCK 3F9MA 4O8KA 2ITMA 2O8DB 1TVRA 4H5TA 3WT0A 1X1PA 3QLHA 4H5RA 3CJ9A 4CJKA 3LWLA 4CHYA 1NMDA 3PLAA 3PY8A 2P9NB 2NRWA 4A2BA 3AVCA 3V9UA 1S3XA 3NHGA 1OVQA 3DJCA 4RW6A 1M90O 1QSLA 4YFUA 4DV0K 5F2RA 3VQ8A 3LDOA 2O8EB 3P5JA 3KWIA 2YHYA 3HI0A 4CEFA 1NMNA 4DB3A 3H1QA 3PO4A 1HKCA 2Q0UA 3L2QA 2EX3A 4DFKA 4FOEA 1BA0A 4CD1A 1Y97A 3RSEB 3OYHA 2D0BA 2YX6A 4FK4A 4BDZA 3O08A 4IXCA 5ADXA 4FM1A 3SAGA 4FWPA 4CJSA 2HSTA 1NWKA 1MDUB 3BY5A 4X64K 4IOAL 4A5AA 1WAFA 3S9HA 5BN9A 1V4SA 4WQ4C 4CZFA 3AA2A 1O1WA 4CF1A 3E01A 1VSMA 4LF5K 3JXUA 4F2RA 3VEYA 2OA8A 4B9UA 5AQNA 4JI4K 1LV5A 3VQQA 2G8FA 5M1QA 3VQ4A 1HQUA 3FZHA 1NK6A 4E19A 5AQZA 1RTDA 5MLCQ 3V9ZA 4FJNA 3SYZA 1WB9A 1HYZA 5EY4A 5GAHP 3QBXA 4LH4A 3SCXA 2O4IA 1I3AA 3SPZA 3VGLA 3VETA 1BISA 3THXB 1M1KO 1X9WA 1GLAG 3VA0A 3GOIA 4AM7A 3SAHA 1S1WA 3ALYA 2FBXA 2CGJA 5KQDA 4CFDA 3L2RA 3U3GA 2QXLA 3J8AA 1BCMA 1H1VA 2IVNA 3VEOA 5KI6A 5M1FA 5CZ2A 1OH8A 3OW2M 3J80O 4M42A 4WCEL 3FZFA 4YOVA 3MCPA 4YOYA 3O5BA 2UUBK 4PWDA 3LDLA 4KHNA 3SUNA 3SQ4A 1RBRA 4DCHA 1C1BA 3B8AX 4H0YB 3SBTA 4GY2B 2ITGA 2YKNA 2QWRA 4K42A 2E8AA 3PUFA 4MDAA 4U67L 3TI0A 3P31A 1BDGA 5AQTA 2F9WA 3EO3A 4A57A 4HTUA 4B9MA 3LANA 2KFZA 4KB0A 3KZBA 3ZSRA 4NYNA 3OYAA 3U9ZA 4CF2A 3T3FA 2YKMA 4BRPA 3ZCMA 1SZ2A 5KGWA 4GVMA 4JI8K 1VQNN 3WXKA 5BRFA 4DTXA 3EN9A 3RRHA 4M3XA 4FVMA 2HNZA 3M8QA 4QCLA 3K5MA 1T7PA 2KLAA 4FPAA 4KTQA 1TYQA 1D4XA 3KLHA 4KH6A 1TK5A 2E1ZA 4ISFA 5AZIB 4BRMA 1L5UA 3HTVA 1RDUA 3AO3A 1BI4A 2QWOA 4IO9L 1T8EA 2Q2RA 1ZYQA 1HJRA 3L4IA 4DFPA 1HPZA 1KAXA 1NGBA 4IJNA 2Q1NA 2NRZA 2QI2A 4M63C 2YV0X 3V9XA 5H1SQ 4E89A 4DS5A 1V4TA 3UKRB 2E2PA 2NRVA 4ISEA 1ATSA 2RHKA 2KFNA 3BZKA 5AR0A 4PQUA 3J81O 2O8BB 3EEQA 1SL2A 3NE6A 3CIPA 4JRPA 3RRGA 4EP5A 3OYDA 3V9SA 5J2NA 3W3DA 4FJ5A 3CFRA 1QZ5A 4N56A 4LF7K 2QWQA 4FWKA 2PFUA 3H45C 5K14A 4Z4GA 2HMPA 3TAGA 4U7BA 1N6QA 3DOLA 1W97L 4CECA 2ASPA 4RWTA 4XH5A 4FLWA 1NK5A 4B9VA 4I2PA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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