1NJIO

Structure of chloramphenicol bound to the 50s ribosomal subunit
Total Genus 51
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
51
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Ribosome
publication title Structures of Five Antibiotics Bound at the Peptidyl Transferase Center of the Large Ribosomal Subunit
pubmed doi rcsb
molecule keywords 23S ribosomal RNA
total genus 51
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2002-12-31

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
O PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1njiO00
3CXCM 3CCMN 1K9MO 1S72N 2QEXN 4UY8O 3CCEN 1JJ2M 3G4SN 1VQNN 1VQ7N 3CC4N 2OTLN 3J7ZO 3CCVN 4IOAL 4WFAL 5JVHL 1VQ6N 1KC8O 5GAGP 5HL7L 1KQSM 1YJWN 2ZJPL 5JVGL 4U67L 1VQ8N 3CCUN 1QVFM 1YIJN 5MLCQ 5DM6L 3G6EN 5DM7L 3PIPL 1NJIO 1ILYA 5GAEP 1VQKN 3CC2N 1YITN 1K73O 4IOCL 1Q7YO 1K8AO 1VQON 1VQLN 3CMAN 3I56N 3CPWM 3PIOL 4WCEL 3CCQN 1YJ9N 1YI2N 5GAHP 3CCSN 1Q86O 1Q81O 1M1KO 3DLLL 3G71N 1VQPN 3CF5L 1VQ4N 4WFNL 3CD6N 3CC7N 1QVGM 1VQ9N 2OTJN 1W2BM 1KD1O 2ZJRL 4IO9L 3I55N 1M90O 4WF9L 3CCLN 5H1SQ 1N8RO 3OW2M 1VQ5N 3CCRN 3CMEN 2QA4N 5GADP 2ZJQL 3CCJN 1Q82O 1YJNN 1YHQN 4WFBL 1VQMN 1OVYA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3CCMN 3ZEUB 2DFFA 1RCHA 3GL1A 4EZ9A 3WQTA 4KHPK 1JL2A 4BWJA 1L3VA 4FO0A 1N36K 4DF8A 1ESVA 3NGIA 1XMOK 4EFHA 3CQYA 3CYMA 4F4KA 4BRHA 1UOCA 1HNXK 2P9LB 4EHUA 3C7NB 3CFPA 2F4VK 2XO7A 3HBTA 3MECA 2YHAA 4N76A 1VRUA 3QO9A 3V4IA 4FJ8A 3CQXA 4M3ZA 3RMDA 1S1XA 4CZKA 2DTUA 4I6MA 1Y64A 3HSCA 1YXQA 4BQLA 5FRNA 1RDBA 4A5AA 1Q9YA 3DXMA 4B3OA 3QEVA 1DKGD 3NBPA 3PX0A 4BC4A 4F2RA 1EX4A 1N32K 3ISNC 4LF6K 4KV8A 1JLCA 2HHUA 2Z1IA 1HYZA 1VSFA 3AO1A 1D9FA 1BI4A 3AVCA 1TAQA 2AP1A 3BF3A 5AFUA 3ZYYX 1SZ2A 3VQ6A 5AQSA 4E0DA 1D9DA 4JKAA 3EL2A 1M1KO 3HVTA 4CZIA 1GLDG 3OS0A 1XNRK 3MWTA 1S3XA 3AARA 4FJIA 4DSFA 3IFRA 3SUQA 4RW8A 4BE0A 4DR5K 1O1WA 1HPZA 1T6CA 5AQNA 4CJ5A 4IXCA 4BR2A 4EP5A 3MX2A 3LDQA 2BANA 3EE8A 4JI7K 2QA4N 2XHBA 1W97L 1KVCA 1EETA 4BG8A 3WEEB 4NLBA 1I3AA 4CJQA 3FZMA 4DQQA 1NM1A 1OH6A 5C15A 4YOVA 2A41A 4B3MK 2QEXN 4JHDA 3VENA 2V7ZA 1TUUA 3AO5A 1VQNN 4X65K 2OTLN 1A5WA 2QTDA 4YOXA 3VQ8A 3SMSA 5ADXA 3BP8A 3PSIA 1IJJA 3KK3A 3NH1A 4ELVA 3VN5A 3KKSA 4H8KA 4JN4A 1JLFA 5FDLA 1JLEA 3QBXA 1JCFA 3LWMA 2YV0X 1CXQA 3CJ7A 4BRAA 4J2EA 2E2PA 1NK7A 1S1WA 2V52B 2UU9K 5AQWA 3ZSXA 1LAVA 3TAGA 4H5WA 3D2EB 4FWOA 3OYKA 1BUPA 4MFBA 1HJRA 4QS7A 5JLFA 1J54A 3D45A 4B3RK 4W5NA 3OYFA 1VSDA 4O5BA 5EX5A 3BUZB 4KHYA 4H5TA 3R9PA 3DOKA 4LSNA 1T05A 3SJHA 4DV5K 1X9MA 3OS2A 4H4MA 1WSGA 3H3NO 1DT9A 5HBMA 4JKEA 1Q81O 3PUFA 5AZIB 3AGRA 3HL8A 2D1KA 4DF4A 1NJZA 1U2VB 3AAQA 3VQ5A 3CD6N 4OPJA 4K8ZA 3KHYA 5AZJB 3UB5A 3UE5A 5SWMA 4YOYA 3HPHA 1KD1O 2X6NA 5FPMA 3WNEA 1ZBSA 3TAPA 4KKOA 3EKUA 1FW6A 5GADP 4M3XA 2B5JA 3CJCA 4KPYA 3G25A 1RT3A 4DV7K 5BPMA 3DXKA 4Z0UA 2OYQA 3KK7A 3I0SA 3HK2A 5KRSA 3K9JA 4XH5A 2WOMA 1S72N 2OZMA 1NWKA 2G8FA 4JKFA 2O8FA 1OH8A 5CY4A 3RSEB 4FW2A 4JD2B 1NOYA 1HYVA 3PX6A 2UUBK 4A62A 1VQ7N 2BH1A 2E1ZA 1KVBA 4ID1A 3VGLA 3SI6A 2A6AA 4BDYA 4PL8A 2LSNA 1JLQA 1QE1A 1VSEA 1XUPO 1MU2A 4J2AA 4F8RA 2XY8A 4B1UB 5AQOA 4CESA 1TK0A 3CC2N 3CFOA 5FPNA 1QSYA 2QKBA 3AO2A 1K6YA 3EZWA 4OKJA 2A3ZA 3L2UA 1HQEA 2UXBK 4JYAK 3B8AX 5JMVA 3KK1A 2HF3A 4LFAK 4AHVA 2IIRA 1RDWX 3E9PA 2HBKA 1HNIA 2YJEA 2FSKA 4FOEA 3P83D 1YJ9N 2EX3A 3H1QA 4W5RA 3ZETA 4KHQA 3ZT4A 5BN8A 3ATUA 4YORA 1J9AA 2G8HA 5AFUH 2E8AA 4XH1A 3CCSN 5AQLA 4AHCA 4CJTA 3ID8A 1I94K 4N56A 3HPOA 2E6LA 3G71N 3DLLL 2H3GX 2O8CA 5LY3A 1QZ5A 4JS5A 3O9SA 1TKZA 4DCHA 3QIPA 4B3SK 3VESA 1TKDA 1HX1A 4B1YB 4EZ6A 3ULEB 1S9GA 4CCHA 3ZSZA 3DRRA 2QWOA 2YKMA 4CGFA 2E20A 4RG8A 1FK9A 3VQAA 3SJJA 1X9JA 4AM6A 2ZJRL 3VQEA 3NGYA 3I55N 4O0IA 4JKGA 2D0PA 3VF2A 1WAJA 2A42A 3KTQA 3K5MA 1Q8IA 2ZJQL 4WFBL 5E26A 4LY7A 1ATRA 1U45A 5M1FA 1IH7A 4I9QA 4M3UA 4HUFA 4CJUA 1K8KA 4FW1A 5E41A 1U48A 3LL3A 3MDQA 1KCFA 4HTLA 2YX6A 2P9KB 4H0VB 3VTHA 1JJ2M 4DG1A 4PL7A 2CGJA 2HNZA 4PKIA 1WSIA 4B9SA 3A8YA 2GTDA 4OGCA 4DS5A 3T1YK 4DR1K 2OANA 4JNEA 5ADXH 4GKKK 1RT4A 2VG7A 4DLEA 5AQFA 3NCIA 3OYAA 4ILHA 4U67L 1VQ8N 3CCUN 2BUPA 1N5YA 5AQIA 2G8KA 5DM6L 4DSLA 4N41A 3G6EN 5ELZA 4LF8K 3HXMA 1CXUA 5GAEP 1VQKN 2P9SB 4B9TA 1B9FA 5KPZA 1NGGA 5HROA 2P51A 1XC3A 4NLCA 4YOUA 1YF5L 3AVNA 4A59A 2HW3A 4BR0A 1VQON 3L6QA 2ZGZA 3GG4A 3FFIA 4JI1K 3W0LA 3A5OC 3I56N 2FBXA 1E4GT 3RMCA 3LZIA 3MMVA 4IFYA 3J81O 5AJ3K 4H03B 4C1NI 2HHVA 3M3ZA 3NH2A 1HNWK 3WUHA 4GV3A 1IO2A 3JS6A 3U4LA 3HYFA 4YY3K 1VQPN 5HRRA 3AVFA 5HRPA 3HT3A 1QQMA 3ZLJA 4NCGA 4M41A 4JV5K 2P1JA 3KLIA 1SKWA 3C0BA 4DTUA 1WSFA 3THYB 2I5JA 4WF9L 3A5LC 2O8DA 2CGLA 4KH4A 4DR7K 3CMEN 3CCRN 1MDUB 5F2RA 4JKDA 2W42A 1D8YA 1QQNA 4LF4K 1SAZA 4I2PA 1IG9A 4A57A 5FPDA 1GLCG 4F2SA 3M8RA 3QEIA 3BDPA 1NG9A 4CJVA 4DQSA 4LF5K 3ZEUA 4BY9C 3L8BA 4AM7A 3RWUA 4C8LA 1TKTA 4CD1A 3Q7CA 1ASWA 4CJPA 3EKSA 4X64K 1L3SA 1U47A 4GKJK 1JLAA 2P9IB 1RDAA 3WXMB 5EXWA 2B4JA 4M63C 3V9ZA 4B9UA 3DLRA 1VRTA 3ZT1A 4FSVA 1TL3A 3KK2A 4RW9A 4E7IA 4OPKA 3OY9A 3E9OA 3VQPA 3C7NA 1HRHA 4G1QA 4B3TK 2W6LA 3V6DA 4CIEA 3HPGA 4H0YB 2XY7A 4FVMA 3AVMA 4NCBA 1K73O 2E5LK 4FWQA 4DV0K 1TKXA 1IKYA 2A1SA 4ICLA 5C2DA 4CBUA 3L2WA 3HZ6A 4WQ4A 5CR4A 3OA9A 3EE9A 4DU3A 3H08A 3QFPA 3SPYA 2P9PB 2Q36A 3O80A 1LCUA 3FZHA 2GUIA 4YDUA 2ZWHA 3TAEA 1QHTA 1RFQA 1KFDA 1BL3A 2QWRA 4CEFA 3IDHA 1X3NA 1EP4A 1BU6O 2DPNA 4DMNA 3I8DA 2O8BB 1GOAA 4FLVA 5FROA 3KD1E 1S1TA 5JLHA 1QVGM 1UWBA 4FLXA 1NBWA 3RR8A 3ZSQA 1UAXA 2J4RA 2HHHK 4JKBA 3OTOK 3QB0A 3VPZA 3O5BA 1EKEA 1Q9XA 3MXJA 3SAFA 1NJXA 5AQYA 3AVBA 3LDSA 4M7YA 4CJ7A 5CHIA 1HLUA 2P9NB 2FBTA 4IDHA 1RGIA 4V19S 1BA0A 4L3QA 1IBMK 2P9UB 1C0TA 1K9MO 3WEEA 3NH0A 2WC9A 2F96A 3QLHA 1VHXA 1WSEA 2QWLA 4BACA 3M8QA 3U9DA 2D4WA 2ITMA 4B9MA 2KQ2A 2RE2A 4WFAL 4AHUA 2QXFA 1TYQB 2P5GA 1JLGA 4B1ZA 4RTFD 4ILJA 3J80O 3SUNA 2YHBA 4W5OA 1JXEA 4KI4A 1QVFM 2RPIA 3OVNA 2QM1A 3UKUB 5K14A 5JS1A 3NVKA 4BRIA 4BE1A 3VA3A 3K9KA 5J2PA 1NJIO 4HUGA 3SV3A 2DY4A 1TV6A 4JI6K 1FKOA 4MDAA 3EZ5A 5C12A 2FXUA 4DSEA 1RT5A 4Q5VA 2YJFA 3KIOA 1QSSA 3O3GA 4NXNK 2FSNA 4CGGA 4W5QA 3M6GA 2PZSA 2KTQA 1RT6A 5A2QO 3D2EA 4MLHA 1BG3A 3ZSWA 4KRFA 1N34K 3OJUA 1KAXA 1NGHA 4YOWA 5AR0A 3HJFA 4FWKA 4NO7A 5BRDA 1NGJA 1VSIA 4CJLA 3C65A 4E7KA 4WQ4C 1XI1A 4CFCA 4CGDA 1YT3A 2UUCK 3K5LA 4YDUC 4CJ3A 2F7TA 3O08A 3MN7A 3TSPA 1JXBA 5AZIA 4FK2A 1JCEA 2NRWA 1U2VA 3S3MA 4FLYA 3O4WA 1BOTO 1L5UA 3DLKA 3S9HA 3NE6A 4CHYA 2Q0UA 4XIUA 4IO9L 5AZJA 1YVUA 4DR6K 3GDQA 2ETJA 2KHOA 3WXJA 5I42A 4Y0WA 4DFKA 1EQYA 5KQ8A 3LZJA 4Z4HA 5KGXA 2G8UA 1C6VA 4BC3A 4IFVA 5J2NA 2W41A 3WNGA 2A40A 1X9WA 4H0XB 5C24A 3OYBA 4JRQA 3HP6A 1YAGA 1OH7A 1EWRA 3ASMA 1NK6A 2HF4A 1LW2A 1L3UA 4HUEA 2Q0RA 1Z26A 1T6DA 1VAZA 3RSEA 4JD2A 2FBYA 1VQ6N 2I7NA 5AQHA 2DFEA 2NRXA 3F9KA 1GLEG 4X62K 3TARA 2UXDK 3ZSVA 4EHTA 3BEXA 3ZSYA 4FYDA 3CJAA 5J2MA 4DHYA 4WQ5A 4CK1A 3FLCO 3F5TA 5EOYA 3L2RA 3TSUA 3WXLA 3D2FB 1OVQA 3P4IA 4BRFA 5GIOA 4IOXA 2BE2A 3B6OA 1XHXA 4ISGA 4CHNA 1YITN 2QI2A 3SQ1A 3L4QA 4KB1A 4IOCL 1Q7YO 3D6RA 4ZHRA 1LW0A 3IS9A 4LD0A 2UUAK 3R3LA 4O0JA 4LC9B 1OKJA 4A2BA 3MEEA 2IVNA 4HVJA 3CJ1A 3J7YP 1REVA 1QZ6A 1KAZA 2JLEA 1T7PA 1YI2N 3B6PA 4DR3K 3F9MA 3VF6A 2HBLA 4CEBA 3AA4A 3HO1A 4FK4A 4U7BA 5BRHA 1ASUA 4BVOA 4NCAA 2JGUA 1BIZA 1GLAG 4CE9A 1MA9B 1VK0A 3M5RA 5CYMA 4E1JA 4DV6K 4BR7A 3E66A 4M42A 3ULEA 1NMNA 1BO5O 2O4GA 5JS2A 3V9SA 2OCEA 2BTFA 3NGZA 2YI1A 5M1KA 2NUBA 4E19A 5C0YA 1C0FA 1T03A 3QBWA 3VETA 2KFZA 1IKVA 3SBGA 5AQXA 3LAKA 3ZSOA 1BIUA 1HNZK 2NRRA 3KJVA 2YCHA 1VQMN 5M1PA 1R0AA 1E4FT 1RTJA 3SCXA 4R5PA 2R7YA 1TVRA 4CERA 3LM2A 4H0OA 3SAGA 1LAWA 3P5JA 4OKEA 1LWCA 1ZBUA 5AQJA 4M3RA 2HSTA 2IOCA 3OYLA 2P9KA 1HKBA 4OLAA 1ASVA 2HNYA 5J1EA 2YNGA 4FL9A 3MN6A 3HOSA 4KI6A 4IJAA 3OYMA 3DRSA 3M8PA 4DTRA 1SL2A 4CFAA 4G9ZA 5LMUK 1NMDA 4F9OA 3EYZA 3AVGA 4LSLA 4M3YA 1WSJA 2Q2RA 4KHNA 4FK0A 4IO8A 4CJWA 3FE1A 1Z25A 4CZMA 1WAFA 2OPQA 5HP1A 4WQ5C 1F21A 2VCPA 2E2QA 2X6SA 5KGWA 4CZGA 2NRHA 2P9SA 3O9QA 1NNEA 4R79A 3BF1A 1T44A 3KLFA 3SV4A 4OX9K 1ZYQA 1C1BA 4KTQA 3AAPA 4BRCA 4JS4A 4KHWA 3R1XA 4B9NA 1HQUA 3T3FA 3CM5A 2YNFA 1X9SA 3DWLA 5GAHP 5M1QA 3KWGA 4FJJA 4FPBA 4GW6A 3AY9A 4DQIA 2CH5A 2D0CA 2YNHA 4DKWA 2PFUA 1X1PA 3TAQA 4NYFA 1DEJA 4IWVA 3TPQA 1CZ9A 2ZQBA 5CZ1A 4CFDA 3TWHA 3V9XA 2KZMA 4OKKA 4FXDA 1S9EA 4LF9K 3LP1A 3NF8A 4CEZA 2Y1IA 5LJVA 3O1BA 2OZSA 2ATQA 3RTVA 3ITHA 3ZT3A 3MWPA 1KFSA 3VEXA 4A61A 3VEOA 3VEYA 3THYA 3I0RA 1ITGA 4HHTA 1QSLA 5CZ2A 1T3VA 4JRPA 3VQ4A 4KREA 3MK6A 4O44A 4AHTA 3QNOA 4A5BA 1RDUA 1C0UA 3BGRA 4K25A 3M8SA 1FKPA 3CHWA 4NXMK 4CEDA 4BG9A 2VGMA 5B8HA 1KC8O 3O8MA 2ZJPL 4LFCK 1BCOA 4CZEA 4FJ5A 4A2AA 4Y1CA 2P9IA 4DTPA 1NGEA 4Z4FA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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