1NJIO

Structure of chloramphenicol bound to the 50s ribosomal subunit
Total Genus 51
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
51
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structures of Five Antibiotics Bound at the Peptidyl Transferase Center of the Large Ribosomal Subunit
pubmed doi rcsb
molecule tags Ribosome
molecule keywords 23S ribosomal RNA
total genus 51
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2002-12-31

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
O PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1njiO00
3CMAN 4WFNL 3CF5L 1JJ2M 1NJIO 2ZJPL 4UY8O 3CMEN 1VQNN 3DLLL 4IOCL 5H1SQ 3OW2M 1W2BM 4U67L 1VQ7N 3CC2N 2QEXN 1VQKN 1QVGM 3CCLN 5GAEP 3CCRN 2ZJRL 1K8AO 5DM7L 1OVYA 4IO9L 3CPWM 3PIPL 3J7ZO 1KC8O 1ILYA 2ZJQL 1VQON 3I56N 4WFBL 1YJWN 3G71N 5MLCQ 2QA4N 3CCMN 3CD6N 3G6EN 1M1KO 3PIOL 4IOAL 1Q82O 5GADP 2OTJN 3CCUN 1VQ5N 3CCEN 1VQ8N 1S72N 3CC4N 3I55N 1VQPN 3CCSN 1KQSM 1YJNN 2OTLN 3CCJN 1YITN 1Q7YO 5GAHP 1QVFM 1VQ6N 3CCQN 5JVGL 1YIJN 3CCVN 5GAGP 5JVHL 1N8RO 1VQLN 1Q86O 4WF9L 1VQ4N 5DM6L 4WFAL 4WCEL 1KD1O 1K73O 3CC7N 1VQ9N 1YI2N 1K9MO 1YJ9N 1Q81O 1M90O 1VQMN 1YHQN 3CXCM 5HL7L 3G4SN
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3Q7CA 3A8YA 4MLHA 3VQ9A 2X74A 4RW8A 3J80O 3DOLA 5AQJA 4AHRA 4FLVA 1NGCA 4CGJA 1RTIA 2X78A 3R1XA 1JLEA 2AP1A 3V9ZA 1T6DA 3CFOA 2ITMA 4ISFA 4KTZA 4C1NI 3MN7A 2HW3A 1JLAA 2BANA 1QQMA 1SUQA 3AO3A 3DYAA 4CJPA 4CJSA 4OLAA 3D6RA 4CGFA 3WNEA 3SV4A 2A6AA 4HCBA 1ZXOA 2A1RA 2VWJA 1GLBG 4JKAA 2E2OA 1JLQA 3QNNA 2NNWA 4B9SA 4DV7K 1ESVA 4IG3A 3FFIA 3VQ5A 4F2RA 4C23A 4DSKA 5BPLA 3MN6A 5GINA 3QFPA 1WSEA 4AM7A 3QLHA 5DK5A 3D0PA 3LP3A 4WQ5C 3BY5A 3CFPA 3NDKA 2I7NA 2IAJA 3FZHA 4G1QA 4I2PA 1GLCG 1EP4A 4B9UA 4IDHA 3E9LA 1GOBA 4QAGA 3VN5A 5EY4A 4KHWA 2P9PA 1VQ6N 1WSJA 2BH1A 3B6PA 1RTJA 3NVKA 3RRHA 5J2MA 3QEIA 4B1XB 3DLGA 4CGGA 4ZHRA 1Q86O 4E1NA 3KLFA 4OKEA 1HLUA 3PO5A 1XWLA 4BREA 2F96A 5TKYA 2G8KA 4FPBA 3VQAA 5ELZA 1OH5A 4HTUA 3NVMA 4NCAA 1T3VA 3MEEA 5E41A 4PY5A 5AQYA 3CMAN 4Z4GA 2QWQA 4K25A 3WQTA 4CESA 2VYPA 1NBWA 3L3UA 4CF8A 2FLOA 3SBTA 4IFYA 3WQUA 5BPNA 2KZMA 1Y64A 2EX3A 3ZSQA 4LC9B 4NXNK 1I94K 3EE8A 4AHTA 4FLTA 2KZZA 2HHQA 1YVUA 4FJJA 2NRZA 3KKRA 2WBNA 3J7AP 2J4RA 1CXUA 2NRTA 4R5PA 3O4QA 3OYMA 3KVGA 5AQIA 2GEMA 1NGIA 4H5TA 4K8ZA 4JNEA 1NJYA 1OVYA 3VF2A 5DMRA 3NH2A 4CF0A 3PIPL 5GIOA 3I33A 1BA0A 2DFHA 2E20A 4BRIA 4G9ZA 1HR0K 3K5LA 3HT3A 4KREA 4KHNA 1E4GT 3F73A 3ZT0A 1KXPA 4DTOA 1QSYA 2YJFA 4GMJB 4ILHA 1KVAA 4LY7A 4IOAL 3ENBA 1YTAA 3PX6A 2GWJA 4AHCA 4WQ4C 3S3OA 2ZGYA 3BGRA 3C6UA 4FZYA 1VQPN 4CHPA 1JLCA 4KTWA 1NKBA 2QM1A 3TR8A 2RKIA 2P9LB 3W3DA 4X65K 4IFVA 2RN2A 4FWKA 4YHHK 1BG3A 3CCQN 1TUYA 4OVLA 1YUWA 3ZSXA 3HRGA 3TARA 3K9JA 1S6PA 2KKZA 4JLHA 5AQGA 4BC2A 3OYDA 3O8MA 1V4TA 3VEVA 4YOXA 3KD5E 4LF4K 3VPZA 1C0MA 4GY2B 3D7EO 4BGAA 1VQMN 3ENHA 2HHUA 3TABA 2DTUA 1BI4A 3OBYA 4LSNA 2KLAA 3H3OB 4FWLA 4GNIA 1QS4A 2Z1GA 4CEEA 1T05A 5B8HA 5J2PA 3RMBA 1YAGA 3VQCA 3SQ0A 5AQVA 1ZYQA 4HUGA 5J1EA 1JLFA 3CJ9A 4CEOA 1NK9A 1HJOA 2UUCK 3A5LC 5HLFA 1GLEG 5BREA 3RRGA 4O55A 2B4JA 2RHKA 4CJEA 3GBTA 1HNXK 4JKEA 2X6SA 1RDUA 4C8OA 3AVAA 2YKNA 1HYZA 4DSIA 1SKWA 3HZ6A 3OJUA 3HVRA 2DFEA 2Y1JA 3BP8A 2QK9A 2ATQA 2QWMA 3SNNA 1W97L 1LAWA 4DTSA 4FWSA 2O4IA 4Q0BA 1HKGA 3SMSA 1IH7A 4FWPA 4F3OA 3L2UA 4F8RA 1MWMA 4A59A 2FBTA 4EHTA 4Z0UA 1GLFO 3O5BA 1S3XA 4EHUA 2XY8A 1RT3A 3CG7A 2UXDK 5AFUA 4FO0A 2I5JA 3THWB 4BRNA 3LWLA 3VF6A 1HNWK 1ITGA 2YI1A 3HP6A 4CIFA 3NF7A 5HRPA 3D2EA 4UQGA 4Z4EA 3D2EB 2YHBA 5ADXH 3TI0A 1VSEA 4ILGB 2YX6A 1ZBSA 5AQLA 4ICLA 2AJQA 3VF4A 1IJJA 5I9EB 3SQ1A 5IT9O 5HRSA 1R0AA 5AJ3K 1XMOK 1RDDA 2FF6A 4DF4A 2QWNA 1TK0A 3VA0A 1Q7YO 4EP4A 5TKWA 4BRMA 1HYVA 2GUPA 1C6VA 1RBRA 1NGHA 1HQEA 4O5FA 2A42A 4H5WA 3LAMA 2YHYA 2B5JA 1CZAN 4FW2A 3HM9A 4FJNA 4E3SA 3RTVA 4DQ8A 5CE3A 2UYTA 1BUPA 2Z1JA 3L8BA 3VEXA 1NG9A 3A5NC 3ZT3A 1JXBA 4K0KK 2P9IB 3G4SN 3EKUA 3VTIA 4KHPK 2Y1IA 1EETA 1L3TA 2O8FB 2HMPA 4CHYA 4JKHA 4GKJK 4KI6A 4DHYA 5CZ1A 4CE9A 1QQCA 2OA8A 4B3RK 4JRQA 4Q5VA 2JWKA 1U4BA 1NGJA 1JCGA 4N56A 4EZ6A 5E26A 5C2DA 1KAYA 1J6ZA 3H08A 4B8CA 3LZIA 2FC0A 4H0PA 4EZ9A 1NK6A 3BEXA 4DTRA 4A62A 3O4WA 4I7FA 3AVHA 2KHOA 4CFCA 3HJFA 5KRSA 1IBMK 5K14A 4DU1A 1LW0A 3ZYYX 1EXQA 1NNEA 3DAWA 1IO2A 2PYJA 4FK4A 1DTTA 4IDKA 5AR0A 4FM0A 4PL7A 2P9PB 1RBSA 5LMUK 4CEZA 3R3LA 2CH5A 3T1AA 5LMNK 4ZTFA 5AQNA 5BN8A 3ZETB 4CBXA 3SV3A 4FXDA 5EXWA 5AZIA 2P9KB 3AGKA 4A57A 3VEZA 1NK7A 2OPRA 4CF2A 1OH8A 3SYZA 3MEDA 3TAFA 4PL8A 3I0SA 3ZT4A 4OKJA 1SV5A 1L5UA 2OCEA 4B9LA 4CBUA 3VQEA 4AHSA 4M3XA 3O08A 1WOQA 3MCPA 1Q9YA 4IKFA 2NRXA 3TAMA 2Q2RA 1U6ZA 1NMNA 1TK8A 4PHTX 2QKKA 4LF5K 3C6HA 4BR4A 1S22A 4RW7A 1TUUA 3AVMA 3H3NO 2ITGA 4XH5A 4FWQA 1EQYA 1A5VA 2WONA 2E4LA 3AARA 4HWIA 3CXCM 4BRFA 4E89A 4BE0A 1RT2A 2HNDA 3EEQA 1WLJA 2LSNA 4DB3A 2O8DA 2PZSA 4CF1A 5AQMA 3MMVA 3P83D 4H8KA 3CMEN 2GV9A 1VQNN 2FSKA 1HKBA 4IZ9A 2D5RA 4IOCL 3TAEA 2XRIA 1W2BM 3H1QA 3TAGA 3DXMA 2ZD1A 4KFBA 4LH5A 4FL9A 2D1KA 1FK9A 4R79A 4CK2A 1MDUB 4LFBK 2F9TA 2QKBA 4FJ7A 3ZSOA 4E7IA 4CJKA 4FJ9A 3ZEUB 5M1FA 1VSJA 4DU4A 3SAGA 3IDHA 4DR1K 3KLEA 2F9WA 1FJGK 4QS8A 1NJWA 4MFBA 5HP1A 4BRQA 4DS4A 3HSCA 1QZ6A 4CJRA 3G25A 3OYIA 4E7HA 4BG8A 1SAZA 3AVLA 1CZ9A 4CJWA 1MWKA 3ATUA 2NUBA 4BR2A 1OKJA 2O8CB 4CZIA 3BUZB 1TYQB 4CJVA 4DQQA 1XNRK 3VQDA 2P9NB 3QEWA 3ULDA 4GVEA 3CC4N 2VG5A 1ASWA 3LM9A 1Z26A 1N32K 3VQ8A 4JKDA 4BC3A 5KQ8A 5HBMA 3ALYA 3CCJN 4DFPA 5SWMA 5J2NA 2NZTA 3IAYA 4M63C 3D2FB 5GIPA 5HRRA 2V51B 2W6KA 3Q7BA 1YIJN 4FJLA 1NU0A 2IOCA 4ILJA 5I3UA 3ZT1A 1VQLN 4BVPA 1VQ4N 3T7ZA 3NF8A 1HRHA 4Y1DA 2G8WA 3MN5A 1S1XA 1VQ9N 1YI2N 4BWMA 1VK0A 3HVTA 4BRDA 1BHLA 4E1JA 3FLCO 1YJ9N 2P5OA 3OA9A 4JI8K 4FZXC 3O1BA 5KPTA 1TK5A 4WFNL 1DT9A 4J2BA 4B1WB 3RR7A 4DTMA 3O9TA 3LL3A 4A2AA 3L2RA 3B8AX 1VSIA 3AVIA 4RTFD 4M3YA 3VGKA 1OH6A 3OW2M 4JKGA 1FW6A 4U67L 4CF9A 4IOXA 3VGMA 2HHVA 2XY6A 1N5YA 4MO5A 2OPSA 4CJLA 3DMJA 1VAZA 4E1MA 2E6MA 2HHWA 4KHYA 4ZTJA 2V7ZA 3V1QA 4MO4A 2HVIA 4CVNE 4N47A 4CBWA 3OYCA 4OKKA 3K2PA 1DEJA 4ISGA 4H5NA 4DFKA 1XNQK 4DV3K 3J7ZO 3CJAA 3HO1A 1UA1A 3O6WA 1DLOA 3UKRB 1X9SA 4FK0A 3ID6A 4CCHA 4FWMA 4X66K 3CFRA 2YCHA 3VTHA 2RE2A 4B1VA 4KKOA 5JICA 2BDPA 1NGDA 3QIOA 1JCFA 3K57A 4HUEA 1NOYA 3SBGA 1T6CA 1N33K 1JXEA 1VSKA 3CIPA 1C0GA 3J8AA 5CHIA 4BE1A 5LJVA 1OVQA 1BDGA 4KI4A 4FJHA 3CQXA 2FSJA 3QDKA 4FJMA 5J2QA 3H46O 2RF2A 3PY8A 1WN7A 3CQYA 4QS7A 5AQTA 1C1AA 5BRFA 5FDLA 3L6QA 4FWNA 3RVCA 3OBWA 3DOKA 3PSIA 1KD1O 1NOZA 2YJEA 2VCPA 3CC7N 3MXJA 1QSSA 2HNZA 3LDQA 4EAHD 4L8RB 4FVMA 3QEPA 1IKWA 4JV5K 1HNZK 1Y97A 1M90O 1BISA 3S9HA 3VQPA 2D0OA 1JJ2M 4HTLA 1HPMA 2WTUA 3SMPA 2IDOA 4AHUA 3V9WA 4Y0WA 2O8EB 3A5MC 2HHTA 3IG1A 4CJFA 2W41A 3DLLL 4B9QA 3NH1A 3JS6A 2YV0X 4F2SA 5M1NA 1X1PA 1Q18A 5C12A 1Z25A 3TANA 2HHXA 5AQUA 4O4GA 3CPEA 2UUBK 3V9XA 1QHAA 5AZJB 3KLGA 2GX9A 4ELVA 3DLBA 1S5JA 3O9RA 5CYMA 5FPEA 1L3SA 3R8EA 4N76A 3AVFA 3LWMA 4DR4K 5BR8K 4FLZA 1WUAA 4XIUA 3WEEB 1P8ZA 1YT3A 5AQSA 4A2BA 4WFBL 1YJWN 1RCHA 3DXKB 2QTDA 3SPYA 4QS9A 4FLWA 1FKOA 3RMDA 2BE2A 4DTXA 4M3UA 4J2EA 1TKXA 3MCAB 4YOTA 2ZGZA 3DRPA 5LJWA 3PLAA 3WNGA 2A5XA 4FYDA 3PUFA 3E01A 3I55N 2ETJA 3KK1A 2G8UA 4KH5A 1O13A 4BC5A 3OTOK 1GOAA 4OO1J 2F8SA 3SAFA 2FBYA 3HPHA 3IRXA 2VQFK 3OYEA 3VQ4A 1D5AA 3EN9A 4J2AA 4FOEA 1KVCA 4DS5A 4FM1A 3RSEB 1EWRA 4C8LA 5JVGL 4XH4A 1ZBLA 4IJNA 3DJCA 3SUNA 3CETA 3KWIA 4H03B 3OJSA 1UA0A 4CZLA 5IWAK 4A5AA 4E19A 4WFAL 1HYSA 4M3TA 1SZ2A 2IIRA 1S1VA 2YNHA 4IG0A 3AO1A 2ASMA 3QEVA 1RILA 3SQ2A 1TGOA 2ASPA 3OYKA 3L0QA 4BRPA 3HXMA 4M45A 3ZCMA 1JLBA 5C0YA 3ZSYA 4BVOA 4CERA 4FJ5A 2OYQA 2HHSA 4H0TB 3SUOA 3ENOA 4IWVA 1I3AA 4FWOA 3E9OA 1TKZA 4AH9A 1ATRA 3EKSA 4GKKK 2WUSA 1P90A 3G10A 4OPKA 4WQ4A 3ULEB 1BU6O 2P9SB 5JS2A 2WFBA 3AAPA 2R7YA 3EZWA 3T69A 5GAEP 4CW7B 2F7TA 3QIPA 5CR4A 1NKCA 3MDQA 2Z1HA 1WSHA 4IO9L 5FPNA 3N4QA 1E3MA 3G0ZA 1ILYA 3THYA 4DR5K 2BUPA 3QICA 4IO8A 1RT7A 3LANA 5MLCQ 2P1JA 3OS1A 3NMUA 1TKTA 2P9SA 3EO3A 1T8EA 2ZWHA 1KAXA 3AGRA 2E2PA 1RDCA 3SCXA 4CJ4A 3TSQA 3E66A 1NGGA 2FXUA 3C6TA 2Q0UA 3U3GA 4GVMA 3SJHA 1BCMA 1WAJA 4FM2A 3L4IA 3H1VX 4JYAK 2CH6A 4MQ3A 5AQHA 3AO5A 1V4SA 4BDZA 1BGXT 4CGDA 4JS4A 3LDLA 4Y1CA 4KHQA 3LP0A 4JKBA 1NWKA 3MK6A 2P9UB 4FSVA 3SAHA 3OYGA 3U6FA 3GE1A 3WNHA 4DQPA 1RBTA 4J8FA 2PFUA 3QEXA 3MWPA 1GLDG 2Q0RA 3HBTA 1J5OA 4BDYA 2VWKA 4A61A 4DR6K 4FLYA 1EKEA 1X9WA 4O0IA 4CHNA 2P51A 4Z4FA 4IEIA 3DLHA 3ZSVA 1RFQA 2I7PA 3BF3A 4KHSA 1N6QA 4JD2B 1NJIO 4XH1A 2XO7A 2NLXA 4FJGA 4B3TK 4JKFA 4JHDB 4MDAA 1K8KA 3NF9A 1LCUA 3HPGA 4BR5A 1B9FA 4CI6A 3C65A 4X64K 1GOCA 1D4XA 4GV6A 3CI5A 3KLHA 1VQKN 1T44A 5EVZA 4BRCA 2PYLA 1WBDA 4CZJA 2QXLA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3CMA N;  4WFN L;  3CF5 L;  1JJ2 M;  1NJI O;  2ZJP L;  4UY8 O;  3CME N;  1VQN N;  3DLL L;  4IOC L;  5H1S Q;  3OW2 M;  1W2B M;  4U67 L;  1VQ7 N;  3CC2 N;  2QEX N;  1VQK N;  1QVG M;  3CCL N;  5GAE P;  3CCR N;  2ZJR L;  1K8A O;  5DM7 L;  1OVY A;  4IO9 L;  3CPW M;  3PIP L;  3J7Z O;  1KC8 O;  1ILY A;  2ZJQ L;  1VQO N;  3I56 N;  4WFB L;  1YJW N;  3G71 N;  5MLC Q;  2QA4 N;  3CCM N;  3CD6 N;  3G6E N;  1M1K O;  3PIO L;  4IOA L;  1Q82 O;  5GAD P;  2OTJ N;  3CCU N;  1VQ5 N;  3CCE N;  1VQ8 N;  1S72 N;  3CC4 N;  3I55 N;  1VQP N;  3CCS N;  1KQS M;  1YJN N;  2OTL N;  3CCJ N;  1YIT N;  1Q7Y O;  5GAH P;  1QVF M;  1VQ6 N;  3CCQ N;  5JVG L;  1YIJ N;  3CCV N;  5GAG P;  5JVH L;  1N8R O;  1VQL N;  1Q86 O;  4WF9 L;  1VQ4 N;  5DM6 L;  4WFA L;  4WCE L;  1KD1 O;  1K73 O;  3CC7 N;  1VQ9 N;  1YI2 N;  1K9M O;  1YJ9 N;  1Q81 O;  1M90 O;  1VQM N;  1YHQ N;  3CXC M;  5HL7 L;  3G4S N; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 3Q7C A;  3A8Y A;  4MLH A;  3VQ9 A;  2X74 A;  4RW8 A;  3J80 O;  3DOL A;  5AQJ A;  4AHR A;  4FLV A;  1NGC A;  4CGJ A;  1RTI A;  2X78 A;  3R1X A;  1JLE A;  2AP1 A;  3V9Z A;  1T6D A;  3CFO A;  2ITM A;  4ISF A;  4KTZ A;  4C1N I;  3MN7 A;  2HW3 A;  1JLA A;  2BAN A;  1QQM A;  1SUQ A;  3AO3 A;  3DYA A;  4CJP A;  4CJS A;  4OLA A;  3D6R A;  4CGF A;  3WNE A;  3SV4 A;  2A6A A;  4HCB A;  1ZXO A;  2A1R A;  2VWJ A;  1GLB G;  4JKA A;  2E2O A;  1JLQ A;  3QNN A;  2NNW A;  4B9S A;  4DV7 K;  1ESV A;  4IG3 A;  3FFI A;  3VQ5 A;  4F2R A;  4C23 A;  4DSK A;  5BPL A;  3MN6 A;  5GIN A;  3QFP A;  1WSE A;  4AM7 A;  3QLH A;  5DK5 A;  3D0P A;  3LP3 A;  4WQ5 C;  3BY5 A;  3CFP A;  3NDK A;  2I7N A;  2IAJ A;  3FZH A;  4G1Q A;  4I2P A;  1GLC G;  1EP4 A;  4B9U A;  4IDH A;  3E9L A;  1GOB A;  4QAG A;  3VN5 A;  5EY4 A;  4KHW A;  2P9P A;  1VQ6 N;  1WSJ A;  2BH1 A;  3B6P A;  1RTJ A;  3NVK A;  3RRH A;  5J2M A;  3QEI A;  4B1X B;  3DLG A;  4CGG A;  4ZHR A;  1Q86 O;  4E1N A;  3KLF A;  4OKE A;  1HLU A;  3PO5 A;  1XWL A;  4BRE A;  2F96 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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