1NJIO

Structure of chloramphenicol bound to the 50s ribosomal subunit
Total Genus 51
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
51
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structures of Five Antibiotics Bound at the Peptidyl Transferase Center of the Large Ribosomal Subunit
pubmed doi rcsb
molecule tags Ribosome
molecule keywords 23S ribosomal RNA
total genus 51
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2002-12-31

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
O PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1njiO00
4WF9L 1YJNN 4IO9L 1VQ9N 1KQSM 2QEXN 3J7ZO 5DM6L 1VQKN 3CCJN 3CMEN 1VQNN 2QA4N 4UY8O 3DLLL 3CPWM 3CMAN 4WFAL 2ZJRL 1N8RO 3CCUN 5H1SQ 3PIPL 1VQ6N 3OW2M 1KD1O 1VQPN 3CCQN 1VQ7N 3CCMN 4WFBL 1NJIO 3I55N 3CC7N 5DM7L 5HL7L 1KC8O 2ZJPL 4IOCL 1QVFM 1VQMN 1YI2N 2OTJN 1YJ9N 1Q82O 1K8AO 5GAEP 1VQON 4WFNL 1OVYA 1YITN 3CCEN 1YIJN 1YJWN 3G6EN 3CCRN 1JJ2M 2ZJQL 3CCLN 5JVGL 5JVHL 3G71N 4IOAL 3CC4N 3CC2N 1K73O 1VQ4N 1M1KO 5GAHP 1Q7YO 3CF5L 1QVGM 1ILYA 5GAGP 4U67L 3CCSN 4WCEL 3PIOL 5GADP 1VQ5N 3CXCM 3G4SN 1Q86O 1S72N 3I56N 1K9MO 3CD6N 1VQLN 1Q81O 1W2BM 5MLCQ 2OTLN 1M90O 1VQ8N 1YHQN 3CCVN
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1TUYA 4GV3A 3OYCA 2D4WA 1NMNA 3WXIA 1KQSM 2QEXN 4O8KA 4DV3K 1VQKN 1TUUA 3CMEN 3WNGA 4YOTA 2QA4N 1BISA 3L0QA 2BH1A 1RILA 3PY8A 1V4TA 4JKEA 4GMJB 4R79A 2G8UA 3VEVA 3ISNC 3H1QA 1YAGA 2IAJA 3C7NA 3CJ9A 5K14A 4PHTX 1SKSA 4M42A 2JWKA 3ENOA 5T7BA 3UKUB 4ISFA 1SL0A 4I9QA 4GVMA 4KRFA 2HF3A 3LP0A 1JKHA 4WFBL 4CEZA 4IFVA 1NGIA 4KI6A 3C6AA 4IEEA 4A2BA 4QS8A 1NJZA 4HUFA 1NKBA 2DFEA 3H45C 3VETA 2GWJA 5AFUA 5BN9A 4FJ9A 1J6ZA 2JLEA 3ASMA 1UWBA 3O4QA 4FWMA 2D0PA 2CGLA 4H0YB 3IG1A 1C1CA 2HNYA 4JRPA 1VQMN 1NGAA 4KFBA 4I7FA 4CJQA 4B3TK 1HNZK 5GAEP 1NM1A 1OKJA 3O9TA 4JNEA 2E88A 3EEQA 3O3FA 1WBDA 3P31A 3O8MA 2VWKA 3WXMB 2XY7A 3CCEN 2IVOA 2P9KB 4X65K 2RN2A 3OYNA 1HKBA 5LJWA 4WQ4C 1TAUA 5JVGL 3N4QA 2PFUA 3O9RA 4B3RK 3V1OA 3M8SA 4FZZA 3L2VA 4RG8A 3S41A 1U4BA 3GL1A 3FR0A 3THXB 1NGJA 1JLFA 4BQLA 3VF4A 2EWSA 1XNQK 4X66K 3FZMA 3PUFA 3PIOL 4M3XA 1S9EA 1I39A 4CGDA 3G4SN 3K5NA 2ASPA 1RTDA 4KI4A 1VSLA 3AVKA 2P9SB 2KZZA 3VESA 3W3DA 4Z4IA 3KJVA 3QDKA 1BGXT 1Z25A 3MMVA 2D0OA 4ELUA 4CF2A 4FLWA 2Z1JA 3OYJA 4B9VA 4O44A 4X62K 4BRHA 4AHCA 4JYAK 4O5BA 5KI6A 2CGKA 1VAZA 3THXA 2JWLA 4NLCA 3ULDA 1Y64A 4H5NA 4CVNE 4B9TA 5AQOA 5C10A 2GV9A 4YOYA 2IS3A 3VQ9A 2O8FB 2FLOA 3VA3A 5C2FA 5C24A 3HRGA 3RSEB 1KFSA 3SMSA 3G0ZA 3KVGA 2AJQA 4BRPA 4BGBA 1RDAA 4CF1A 3HM8A 1NGCA 4OKKA 4DV2K 2NNWA 4Z4GA 2O8CB 4Q0BA 4FCYA 1A5XA 1IG9A 3DJCA 2V52B 4IG0A 4BACA 2QM1A 1MDUB 1LW2A 2YHAA 5IT9O 1HYVA 4JHDB 3QNNA 1W9HA 1QSSA 2HHXA 3SV3A 3VMFB 4FM2A 3MEEA 1EO1A 3MK6A 4BG8A 1BA1A 4JK7A 3ULEB 3VQEA 1EXQA 4CEBA 5BRHA 1LWEA 3FGUA 4A59A 4G1QA 4OPJA 1WSJA 1I94K 1J5EK 1BCOA 2B5JA 3G6EN 2FBYA 3IUCA 4LD0A 1RDCA 4JS5A 4DV1K 4FJKA 4FLTA 4M7XA 4EIAA 2W42A 3FZHA 3T1AA 4DTJA 4LF4K 1WLJA 3VTHA 1RNHA 2HBJA 4CZFA 3CG7A 5J2PA 2O4IA 2HNDA 4OGCA 3DXMB 3TARA 1Q86O 4KTWA 2FF3B 4J2AA 2VG7A 2XY5A 1W2BM 5EVZA 3WXJA 4FWNA 1VQ8N 2IGIA 2ITMA 4NYNA 4DSFA 1RBSA 4DSKA 4U7BA 3MX5A 4WF9L 4CZIA 3DI6A 5CYQA 2YNGA 4AHRA 3VA0A 2QK9A 1WBBA 3R1XA 4BE2A 1K8KA 2D0BA 2OPQA 1L3TA 3CI5A 1YVUA 3K57A 3O3HA 3TSPA 3DLLL 4M3RA 4FJJA 4DTOA 4FJ7A 1NGBA 4BREA 2O8DB 4AHUA 4XIUA 1DTQA 4CK1A 3KLFA 2BTFA 1UA1A 2WONA 1U2VB 4CJUA 1EX4A 3SK3A 1NK8A 3RSEA 4EAHD 4FW1A 4BRCA 3A0IX 3H6EA 1TK0A 5JS1A 2P9PA 2QI2A 3SAFA 2YNIA 1OVQA 3KD1E 3A5LC 1EWQA 1VRTA 4DU4A 1KFDA 4HUEA 3CPEA 1K8KB 3KK1A 5DK5A 3VEOA 3L3UA 4E7LA 4CZKA 3K58A 1JL1A 1HPMA 4LY7A 2VGNA 4N56A 1P90A 3WXLA 3LP3A 4CIEA 3A2FA 1BIUA 4M3WA 2P9IA 1WSIA 3U6FA 4FJHA 1IH7A 1HRHA 1RDBA 3VEXA 3ZYYX 3LDQA 4BWJA 3J80O 4JKGA 1KAZA 3PSIA 5HRPA 1YTUA 4FM1A 3QFPA 2FBXA 2X74A 3K9JA 2Q0UA 3UIQA 1Q7YO 1S1WA 3OYIA 4FWOA 4U67L 1TKXA 4AH9A 2Y1JA 1S3XA 3D6RA 2G8HA 2RE2A 3GOIA 3I56N 2RKIA 2F8TA 3AVMA 2UUBK 3L4IA 2GEMA 4DV5K 1WNSA 1XNRK 1N5YA 3L2WA 2LSNA 1X9WA 4LFCK 4Y0WA 1RDUA 1REVA 1IV0A 2EHGA 3O3GA 3OJSA 2CH5A 4CESA 4UQGA 2PYJA 3DWLA 4CJ7A 3KLEA 4HTUA 4GVEA 5HRSA 4B3SK 4CF0A 4LFAK 3GG4A 3OYLA 1W0HA 2HF4A 4FJGA 4H03B 5F1XA 3K5OA 2KQ2A 3QEWA 4WE1A 3NHGA 1HLUA 2HBKA 4CIFA 3NH1A 3KLHA 3CFPA 1TKDA 3DXKA 2HMPA 3HSTB 4RW6A 3ITHA 1EKEA 3AO1A 4BR5A 4CIGA 3V9XA 3E1YA 4BE1A 3MEDA 2P9PB 3NGZA 1QVFM 1RT6A 3VQCA 4DV4K 4M3YA 3NGIA 2WBNA 4CECA 1NOYA 2OZMA 3SUPA 1IBLK 1R59O 4BC5A 4KHSA 1Q82O 4FPBA 3SLCA 3IMXA 2P9UA 3A8YA 1ITGA 2D1KA 4CJTA 4LC9B 3PO5A 3P4IA 1D9FA 1J53A 3G10A 4N76A 3AA4A 3BY5A 3ZETA 3AAQA 1BQNA 1TL1A 2F9WA 1F21A 4RW8A 4DV7K 1WSFA 3VGKA 1NK5A 4KHPK 2ZF5O 2YX6A 4Q5VA 2UYTA 3HSCA 5BPNA 1HNIA 3CCSN 2QWLA 1UOCA 2IIRA 2PBDA 5J1EA 5AQKA 3B6OA 4O55A 5FRNA 1X9MA 1NKEA 3RMBA 3CD6N 4CGHA 5M1OA 4N5SA 2VQFK 1VSMA 1KVCA 1SUQA 2G8FA 3HP9A 1JCEA 1RGIA 3DXMA 1X1PA 1WUAA 4GV6A 1YJNN 1BWFO 4CEQA 3P83D 2KFZA 1NGGA 1EETA 4CJFA 4M63C 4H5WA 1E4FT 2GX9A 2KLAA 1BI4A 4YOUA 3VQ8A 4OJRA 4BROA 4DV6K 5J2QA 2YKMA 3EZ5A 2KTQA 4K43A 4LSLA 3ZT1A 4HTLA 4JD2A 1N34K 1QZ6A 4IJNA 4AM7A 3WXKA 1C0TA 3AO3A 1SAZA 3UKUA 3HOSA 3PX4A 3L3VA 4AHVA 4FWPA 5AQIA 1NJIO 3ATUA 2P9NA 2A42A 4H5VA 3CQ8A 3TWHA 3V4IA 2OCEA 2D0AA 4V19S 3OYKA 5FLXO 3SQ2A 3UE5A 1HQUA 3ZT2A 2QXFA 2ZWHA 1T6DA 1GLCG 4KTZA 2ZGYA 4CJEA 5M1FA 3THYA 2O8DA 3AARA 3HPHA 4CZEA 4IDKA 3RWUA 4MFBA 5LY3A 3NGYA 5FRMA 3IFRA 4DSEA 4IFYA 1RBRA 5C15A 5AQRA 1KVAA 1SZ2A 3GBTA 3S3MA 3OYFA 2FBVA 4FLZA 4DUZK 2E20A 2ZJQL 5AQWA 2Q1NA 3MX2A 5EX5A 3CC4N 4FVMA 2QKBA 2IVPA 3SYZA 1SQKA 5BRFA 3CM5A 3PSFA 3A5MC 3AO4A 3DLRA 3O9UA 4JKBA 1K73O 1OH7A 4N41A 1TYQB 3OY9A 3CF5L 3I8DA 3LDOA 1IKWA 2ATQA 1RT7A 3QINA 2IC3A 3RVCA 4F2RA 2YHXA 1VQ5N 4FK2A 4BC2A 4KBOA 4XEIA 3CJCA 1JLAA 4B3OA 3GDQA 3NF6A 4FK4A 3NMUA 4JV5K 1RCHA 1RT3A 3W0LA 5AQVA 2P9NB 4KV8A 4RCHA 4FW2A 3QIPA 5GINA 2KW4A 3KLGA 5E84A 1NWKA 4BVPA 4DR6K 3O1BA 1NGFA 3L2RA 3HXMA 3VTIA 2HVHA 1VSEA 4DLGA 4DQIA 4MO5A 3B8AX 4F4KA 4JK8A 1RTHA 3UKRB 1KCFA 2ZD1A 2GTDA 4CFBA 2DTUA 1DEJA 3VQQA 4FSVA 5CZ2A 4RWTA 3NVKA 1C0UA 4JI1K 4CZHA 5AQUA 1KSPA 3TTCA 3PIPL 1ZC6A 4RW4A 1VQPN 4CFCA 4FL9A 5M1NA 4RTFD 3I0SA 2P51A 3WNFA 4C8NA 2NRTA 3BUZB 4E1NA 3FZKA 3KK3A 2UUAK 4KH5A 4FXDA 1KC8O 4PUOA 1MWMA 1GLLO 2ZJPL 1NGHA 1NK9A 1LAVA 3K59A 4HWIA 5KRTA 1X3MA 3RMCA 4CK2A 3VQPA 3ZSQA 1T03A 2HHVA 1RT5A 2VYPA 1KXPA 3OYMA 3CM6A 3MXIA 1DGKN 3HOTA 3SJJA 2F7TA 1C1AA 1VRUA 3AA5X 4XH5A 2OPRA 1VSIA 4YORA 4CK3A 1XHZA 3O6WA 2YKNA 3M8PA 3F9MA 4NCBA 3QIOA 1HKCA 5LL6Z 4FLUA 1NK4A 5JS2A 2XO7A 4GKJK 5A2QO 3DLKA 1VQ4N 4FLXA 3EZWA 1KAXA 4H0VB 4H0OA 4KH4A 2YHBA 1T7PA 1ILYA 4WCEL 1NMDA 2AA4A 1SV5A 4GV9A 3ID8A 4DMNA 4LF6K 3D7EO 4CHNA 1GLFO 1NK7A 3SQ4A 2PY5A 3T19A 1S1XA 3RRGA 4M3TA 1XMOK 5E26A 3ZT0A 1LW0A 1NG9A 4HHTA 4A5AA 4MO4A 2VG6A 1RBUA 4EZ9A 4DKWA 5AQMA 4OO1J 4OPHA 3H1VX 1ESVA 4ELTA 1CZAN 4HCCA 3K5MA 4LF9K 2O8EB 4EP5A 2HHSA 2J4RA 3TAPA 4C1NK 4KH6A 4FWSA 4KREA 4CHOA 4DFMA 2Y1IA 2H3GX 4BG9A 4CJPA 3SQ1A 3OYDA 2HMIA 3NE6A 2ZQBA 3R6MA 2YV0X 4CI6A 1S1VA 3CJ7A 1QQCA 4ICLA 4FM0A 3EKUA 4O8UA 5FPDA 1V4SA 4JD2B 2YHWA 4J2EA 2I5JA 4OPAA 5E41A 5HL7L 5HLFA 3WNHA 1N6QA 3F5TA 2DFFA 3QBXA 3P38A 4KB0A 2E8AA 2X6SA 1U04A 5HRNA 4L3QA 5M1KA 3OA9A 1HNWK 1BHLA 2GBZA 5M1QA 1EQYA 3O1WA 4QS7A 3LP2A 4ID1A 4BRAA 5KQ8A 1VK0A 2P9IB 5LJVA 1S1TA 4LH4A 3KD5E 4F9OA 3LDNA 4FOEA 1R0AA 3EE9A 2NRHA 3E01A 3ENBA 3CCRN 3ZSRA 2Q31A 2O8FA 4Z4CA 2HBMA 3IKMA 2YCHA 4H5RA 3KZBA 3U3GA 3TABA 4K8ZA 5GAHP 1HYSA 3QEXA 4FJXA 1W7AA 1O13A 4K0KK 3V9SA 4KHNA 2GUIA 1ZBHA 4I9LA 1J54A 2FC0A 3MN9A 1HNXK 1YTAA 3OYAA 4XH1A 4CFAA 2HHQA 1MA9B 1LV5A 4IXCA 3RMDA 2P9LA 3HO1A 3UKRA 1ATRA 2ASMA 4AILC 1K6YA 4DTUA 2O8CA 3C6TA 2UXBK 4MLEA 4K42A 4I2PA 1ZBSA 1L5UA 4BR0A 1C0MA 2BGGA 5KPZA 3TSUA 3AVHA 3TAQA 4CJ4A 3ZSOA 3CERA 3MXJA 3OHRA 5HROA 4BRNA 2FSJA 1TYQA 4ZTFA 4FJLA 4N47A 4FVUA 4GKKK 5JICA 3SCXA 1IJJA 4DTSA 5BRDA 4WFAL 4CHZA 3QLHA 1BU6O 3MXMA 1QE1A 4IKFA 2P5OA 3OW2M 3OYHA 3DRPA 1JLBA 4CHYA 1KLMA 3HVTA 4BR7A 2QWNA 2YHYA 3VF2A 5CE3A 2HHTA 4E1MA 4W5QA 1YXQA 4CCHA 5KPRA 3DXKB 5C2DA 2D5RA 2FXUA 4OKJA 3OYBA 1RTJA 4LSNA 1JLGA 2Q97A 1JLEA 3H3NO 2JGUA 1ATNA 5I3UA 1ATSA 4BE0A 3TAGA 2W6LA 2F96A 1QQOA 4DQQA 2A3ZA 1ZBLA 1BA0A 4M3UA 1Q8IA 4MDBA 3EO3A 4OGEA 3K0SA 4OKEA 4E7KA 1Z6RA 2BDPA 4BC3A 4JKDA 3DYAA 3PX6A 2Q2RA 4B9NA 5BPMA 4CZGA 5C12A 1HQEA 3TAMA 4GNIA 2A1RA 2HB5A 5JVHL 3CJ1A 4BY9C 3TI0A 1G15A 4FWQA 3VF6A 1WSEA 5C0YA 2E5LK 4JK9A 3RTVA 1NJWA 2P9KA 3ZSYA 5JMVA 2W6KA 1BL3A 4FJ8A 4R5PA 1OH6A 2O4GA 2O8BB 1NU0A 4DQPA 2QXLA 3ZT4A 3IAYA 5AZIA 1VQLN 4H5TA 2Q36A 4KHYA 1TAQA 1W97L 3SNNA 3M8RA 3OTOK 3C6UA 4OX9K 1BO5O 4DQ8A 1RT4A 3NVMA 4IO9L 4CJRA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1TUY A;  4GV3 A;  3OYC A;  2D4W A;  1NMN A;  3WXI A;  1KQS M;  2QEX N;  4O8K A;  4DV3 K;  1VQK N;  1TUU A;  3CME N;  3WNG A;  4YOT A;  2QA4 N;  1BIS A;  3L0Q A;  2BH1 A;  1RIL A;  3PY8 A;  1V4T A;  4JKE A;  4GMJ B;  4R79 A;  2G8U A;  3VEV A;  3ISN C;  3H1Q A;  1YAG A;  2IAJ A;  3C7N A;  3CJ9 A;  5K14 A;  4PHT X;  1SKS A;  4M42 A;  2JWK A;  3ENO A;  5T7B A;  3UKU B;  4ISF A;  1SL0 A;  4I9Q A;  4GVM A;  4KRF A;  2HF3 A;  3LP0 A;  1JKH A;  4WFB L;  4CEZ A;  4IFV A;  1NGI A;  4KI6 A;  3C6A A;  4IEE A;  4A2B A;  4QS8 A;  1NJZ A;  4HUF A;  1NKB A;  2DFE A;  3H45 C;  3VET A;  2GWJ A;  5AFU A;  5BN9 A;  4FJ9 A;  1J6Z A;  2JLE A;  3ASM A;  1UWB A;  3O4Q A;  4FWM A;  2D0P A;  2CGL A;  4H0Y B;  3IG1 A;  1C1C A;  2HNY A;  4JRP A;  1VQM N;  1NGA A;  4KFB A;  4I7F A;  4CJQ A;  4B3T K;  1HNZ K;  5GAE P;  1NM1 A;  1OKJ A;  3O9T A;  4JNE A;  2E88 A;  3EEQ A;  3O3F A;  1WBD A;  3P31 A;  3O8M A;  2VWK A;  3WXM B;  2XY7 A;  3CCE N;  2IVO A;  2P9K B;  4X65 K;  2RN2 A;  3OYN A;  1HKB A;  5LJW A;  4WQ4 C;  1TAU A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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