1B9FA

Mobility of an hiv-1 integrase active site loop is correlated with catalytic activity
Total Genus 55
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
55
sequence length
155
structure length
151
Chain Sequence
CSPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEFAIPYNPQSQAVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNKKRKGYSAGERIVDIIATDIQT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title The mobility of an HIV-1 integrase active site loop is correlated with catalytic activity.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transferase
source organism Human immunodeficiency virus type 1 (clone 12)
molecule keywords PROTEIN (INTEGRASE)
total genus 55
structure length 151
sequence length 155
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1999-02-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1b9fA00
3VQ8A 4E7HA 2KQ2A 4CJ3A 2G8VA 4KI4A 4W5OA 1G15A 5HRRA 4CK2A 4CJPA 1RTIA 4CFBA 4FJJA 1ASVA 2X74A 1XWLA 4C8NA 4FLWA 1RT7A 4CJ4A 1LAWA 3G10A 3SYZA 4M3YA 1BIUA 3BDPA 2YKMA 1S1WA 4CJEA 3RMBA 1UOCA 1D5AA 2A1SA 4AILC 3QERA 1CZBA 3VQEA 4CHYA 1KFDA 3CQ8A 4IFVA 3KLGA 3HP6A 4IBNA 3OJUA 1HYSA 1BL3A 3JYTA 1TKTA 4Y1DA 2KW4A 3U6FA 3PV8A 1WSIA 3OYMA 3PY8A 1FKOA 3O3HA 1KLMA 3IG1A 2B4JA 2ZD1A 3F9KA 3RRHA 3CYMA 3LALA 2XY7A 2AJQA 3KLIA 3AVAA 2O4IA 4FXDA 1FXXA 3V9UA 3TAFA 1RDBA 4Z4FA 4CEFA 3S3NA 1U45A 1HRHA 5HLFA 4N41A 1HJRA 1VSJA 2QK9A 1VSEA 1S1UA 1NK0A 3PX4A 2F96A 3DOLA 5HRNA 4FJ9A 2D5RA 4OJRA 1RBTA 3VQPA 5CYQA 4M3ZA 1ASUA 2HHVA 2RN2A 1VK0A 2Z1HA 3PX6A 1BCOA 3C95A 5CZ1A 4DS4A 4NYFA 2X6NA 5J2PA 3NF7A 4KPYA 4CGIA 4EZ9A 3HL8A 5E41A 4RW4A 1JXBA 1BQMA 4FLXA 2YNGA 1A5WA 3AVHA 4CEEA 3S9HA 4ELUA 4Z4GA 3P1GA 4CERA 4CFCA 1BCMA 4BE1A 3QEXA 3HVRA 1X9WA 4CJSA 2IC3A 4JRPA 3V9SA 4F8RA 3S3MA 3SI6A 4BDYA 3KLEA 3T3FA 1HQUA 1B9FA 4RW8A 3PX0A 3I0RA 3ZT3A 4DF4A 1TK0A 2GBZA 4UQGA 4B3OA 2D0AA 4FJHA 2JGUA 4BWMA 4CCHA 1R0AA 4F4KA 4FK2A 4CJQA 4NCBA 1RDAA 3AA4A 1SUQA 1VSLA 5CYMA 5T7BA 4CEOA 1IKWA 1S1XA 5J2MA 5CZ2A 4FJLA 1RT6A 1RT5A 1SKWA 2E4LA 3OYFA 1ZYQA 4M3UA 3HPGA 3TAGA 4K8ZA 1ZBHA 1RDDA 2GUIA 3TABA 1EXQA 3QIPA 4OPJA 1GOBA 2YKNA 1RT2A 5J2QA 4E7IA 1QSLA 3NE6A 4M42A 4L8RB 1XHXA 3AVJA 1A5XA 2HNYA 3TAMA 3VA3A 4DTSA 4F2RA 4ZTFA 3OYBA 3LWMA 5JS1A 1WSFA 3AVMA 3DLKA 4K8XA 4FK0A 2YNFA 4NCAA 4KHWA 1S1VA 3TAPA 3V1RA 4B8CA 4E7LA 4DTPA 3VN5A 2PYLA 3TAQA 3DRRA 2PY5A 3SCXA 2RPIA 4AHUA 1BI4A 4RW6A 4DFPA 4TSXA 1TK8A 4LY7A 5HBMA 3OYCA 3SQ2A 4C8LA 4FLUA 1HYVA 1JXEA 4DMNA 3D0PA 2HHTA 4AHSA 2HW3A 1Q9YA 4IDKA 2XHBA 3WNFA 4FK4A 1SL1A 4CEZA 3RMAA 1VRTA 4DU3A 4ELTA 4DFJA 4PY5A 2ATQA 1EETA 4FW2A 4M45A 4Z4HA 4I2PA 3OS2A 4B9MA 4N47A 4PUOA 1NJWA 4OLAA 1L5UA 4BE2A 4DTNA 5J2NA 3ASMA 3K5LA 2VG5A 4OKKA 4DQSA 1C0UA 4EP5A 3AVCA 1QE1A 4JLHA 4CGDA 1TGOA 4PQUA 4QOZB 4DSLA 4FJIA 2P1JA 4M3XA 1RILA 1BISA 1TK5A 1Z26A 1QQCA 1SV5A 3L2UA 4RW7A 3V6DA 1VSKA 1T8EA 3NH1A 2KFNA 3VQBA 5HRSA 4FM0A 4OKEA 1D9DA 1CLQA 3KK1A 3K57A 3C6TA 3AVNA 5I42A 2ZQBA 4R5PA 4JS4A 3K2PA 3L8BA 3HM9A 1I39A 4HUEA 1JLQA 4LH5A 4N5SA 3SPYA 1BQNA 3HP9A 3AVIA 1RCHA 1NK4A 2DFFA 4ID5A 4F3OA 4CEBA 1HNVA 3OS1A 3O3GA 2I5JA 4DFMA 1UAXA 2Z1IA 3C94A 1NOYA 3SJJA 2KZZA 4CHQA 1NJZA 1NOZA 1RT4A 1UA1A 4N76A 3KK2A 4CF9A 2X78A 2JLEA 3ZT2A 3IS9A 3M8PA 3LANA 3ZSXA 3SV4A 1KLNA 3RWUA 1RBUA 1TL1A 1S9EA 2OA8A 4B9SA 4LSLA 3NBPA 3O4NA 1BHLA 3AVBA 1SL2A 1TAQA 3LAMA 3VQCA 3NAEA 4NYNA 4DSEA 4E7KA 3RMCA 1TKZA 1WSEA 1T05A 1LWCA 1S9GA 3C6UA 3AO3A 4FYDA 2LSNA 3OYLA 3VQ9A 4OVLA 3ALYA 2VWJA 3NH0A 1WSJA 4DSKA 2Q3SA 1W0HA 4FZYA 3V1OA 1T7PA 1RDCA 1ZBUA 5SWMA 4HUFA 4J2DA 3AVGA 4G1QA 3NCIA 2P51A 3QLHA 4CF1A 1QS4A 4W5NA 4N56A 4QAGA 1WSHA 3L2WA 3D45A 4DQIA 3QIOA 2G8KA 2IS3A 3HO1A 4O5BA 3QESA 3CM6A 4H4OA 1KVCA 1LWFA 3THVA 1NK9A 4QCLA 3LAKA 1S5JA 3ZT4A 4DFKA 2GV9A 4FJ8A 5KI6A 2EHGA 3RMDA 2G8WA 3NH2A 3V1QA 1NKEA 3QETA 4W5TA 2XO7A 3RTVA 1TAUA 1JL2A 1TKXA 3DYAA 1QTMA 1IKYA 3FFIA 1KVBA 3MECA 1J53A 1EKEA 4DU4A 2OPRA 3K5MA 3TAEA 2F8TA 1O1WA 1RNHA 3DLRA 2IDOA 5KRTA 3OVNA 3K5NA 1NKCA 4HCBA 5K14A 1CXQA 4FLVA 2E6LA 5KTQA 1IG9A 1RT1A 3I0SA 3AA2A 3HVTA 1RBRA 5DMRA 1D9FA 4CHPA 3DLBA 2P5GA 4O4GA 4FJXA 5KRSA 3JSMA 1VSFA 2YNIA 2XY5A 1U4BA 1C1BA 1D8YA 1WAFA 3PO4A 2XY6A 4M3RA 4KTWA 1HQEA 3LPTA 3AVFA 2KTQA 4EP4A 3OYJA 1XHZA 1IKXA 1DTTA 3NF9A 3L3UA 4H4MA 4CJWA 4CIFA 3OY9A 3HK2A 3LZJA 4HVJA 1IH7A 3LP3A 4CHNA 5FDLA 4B08A 1S1TA 1HMVA 1QSSA 4M41A 1U49A 4OGCA 4MFBA 2VG7A 4FJ5A 1Q8IA 1RTJA 1F21A 4PWDA 2HHXA 3OS0A 3MEGA 4CJVA 4ICLA 4CK1A 4Q5VA 1IO2A 4CGFA 3KLFA 3EYZA 4I9LA 1L3TA 1ZBIA 1BIZA 4KREA 1UA0A 5CY4A 4PA1A 4CIGA 4B9NA 3V9ZA 4EZ6A 1NK7A 4E3SA 3DRSA 1J9AA 1SL0A 2HHQA 1KRPA 4KTZA 3AO5A 3ZSQA 2Z1JA 3AO2A 1TV6A 4FJ7A 1ITGA 4DF8A 1L3SA 1EX4A 4JS5A 3MEDA 4YNQA 1C1CA 3AVKA 4LD0A 4CEDA 4CHOA 2Y1JA 3SUPA 4HCCA 3OYGA 1FK9A 1EP4A 5FRMA 1KFSA 2FBVA 4J2AA 1NK8A 3PO5A 3KK3A 4J2EA 3H08A 4DSJA 3HPHA 2HVIA 4W5QA 3F73A 4O55A 2FBTA 2WOMA 3WNGA 5C25A 3V9WA 4FVMA 4CF2A 1JL1A 1GOCA 3P5JA 4CJTA 1CZ9A 4FJKA 3KKSA 1WLJA 2VG6A 5DK5A 3TANA 3S3OA 1B9DA 1HNIA 2ITGA 3HSTB 2OYQA 4CFAA 4HTUA 1TVRA 4AHVA 3QEIA 2FC0A 4YFUA 2HHUA 1LAVA 4KHYA 3CG7A 4IG0A 3UIQA 1JLFA 4FZZA 3KTQA 2QXFA 1L3UA 4FJGA 4FLZA 4GMJB 3U3YA 1Y97A 4DTUA 4OLBA 4Q0BA 3NGIA 2OZMA 4B8AB 1J54A 3SQ1A 1SKSA 4C8OA 5HRPA 4H8KA 3MAQA 4BDZA 3DLHA 4Z0UA 4DG1A 3ISNC 4O0IA 1KTQA 1JLAA 4Z4IA 4CF0A 3LP2A 1HPZA 3V81A 3VQAA 3M8QA 2OPQA 2B6AA 2O4GA 4CECA 3OYNA 3SNNA 4B9LA 2DY4A 2G8HA 3CM5A 3K59A 4CJUA 4M3TA 2KZMA 1YTAA 2G8IA 1C1AA 1X1PA 2BDPA 4CJLA 2PZSA 4DQPA 4I9QA 2HB5A 2HNDA 1XC9A 4E1NA 1GOAA 2D0BA 4I7FA 4CEAA 1B92A 3QEPA 4J2BA 1C0MA 2OPPA 4Z4CA 4FLTA 3MXMA 4FZXC 4DWIA 4ZTJA 1TL3A 3QNNA 3O3FA 2QKKA 3DRPA 2PYJA 2A1RA 4CEQA 4E7JA 1T03A 2KFZA 2HHSA 3AO1A 4FCYA 4KHUA 3B6OA 2IOCA 4WE1A 4FM1A 3BGRA 2P5OA 1QSYA 4DTXA 2ZE2A 3QNOA 3ZT1A 2HNZA 3SPZA 3L2QA 4KHNA 3KLHA 1RBSA 3VQ5A 1NK5A 1S6QA 1ZBFA 3QO9A 4HHTA 4CESA 2BANA 3LDSA 3T19A 4FM2A 4IFYA 1FKPA 4RW9A 3SUOA 1VRUA 3WNHA 3NF6A 4DTOA 3TARA 1IKVA 4DTRA 1BI4B 3DLEA 1A5VA 4JRQA 4CE9A 4C8KA 3OYIA 1WNSA 1LWEA 2VWKA 3SUNA 3LP1A 1BGXT 3AA5X 4KO0A 3ZSWA 3TWHA 2BGGA 2W42A 1UWBA 3DM2A 3RRGA 3OJSA 1QHTA 3K5OA 2XY8A 4DSIA 4KTQA 2OPSA 3MXIA 1C0TA 1I3AA 4CJRA 1W9HA 2NUBA 4GW6A 3CFOA 3HPOA 4KB1A 3QEVA 4BACA 1ASWA 4DLGA 3EZ5A 1S6PA 2FBXA 3M8SA 2HMIA 4E0DA 1VSHA 4B9TA 4O44A 4XIUA 4DLEA 3TR8A 4Y1CA 4DS5A 3CFPA 3LZIA 2YV0X 4CGHA 3DI6A 3KKRA 3HYFA 2HVHA 1YVUA 1RTDA 1X9MA 1TKDA 3KJVA 2R7YA 3QEWA 3OYKA 1REVA 2YNHA 2YHBA 3RR8A 3ZSOA 3O4QA 4W5RA 4CHZA 4B9VA 3AVLA 4M3WA 4KAZA 3G0ZA 2YHAA 3OYHA 1XI1A 2DFHA 2E6MA 4FLYA 3SQ0A 1KSPA 1LV5A 1JLGA 2OZSA 4KKOA 3ZSVA 4KRFA 3K58A 5EU7A 3SZ2A 1U47A 4F2SA 4LSNA 4DU1A 3KD5E 2X6SA 3DLGA 3L2VA 1X9SA 3VQ4A 4BE0A 1KCFA 2BE2A 5FROA 4CFDA 2F8SA 4KHSA 1U04A 3NFAA 1LW2A 3B6PA 4I2QA 4AH9A 3KD1E 3ULDA 4KV8A 4CGJA 4OKJA 3DMJA 4OPKA 4BWJA 3LWLA 4KI6A 3SQ4A 5HP1A 4BDPA 3NGZA 1WAJA 4FJNA 2DTUA 5C24A 1VSDA 1HYZA 1YT3A 1NK6A 1VSIA 3E01A 3HXMA 5I3UA 4IKFA 1SKRA 2B5JA 2G8UA 1Q9XA 4DSFA 4OGEA 5FRNA 4IG3A 3WNEA 1J5OA 3RR7A 4CF8A 1MU2A 3IRXA 3QINA 5KGXA 4CK3A 1RT3A 3P83D 1JLEA 3V9XA 1VSMA 3LPUA 3ZT0A 4DQRA 4DTMA 1NJXA 2HHWA 2RKIA 5J1EA 3NHGA 4DTJA 3ZSYA 5JS2A 2QKBA 3SUQA 2IAJA 3MXJA 3ZSRA 1ZBLA 4O0JA 2ETJA 1N5YA 3VQDA 3L3VA 4C8MA 3ITHA 3ZCMA 4E89A 2WONA 2D0CA 3MEEA 3U3GA 5SZTA 3OYAA 4CJKA 1JKHA 1LW0A 5KGWA 3OYDA 3M8RA 4CJ5A 3A2FA 2Z1GA 2IGIA 4ID1A 3ZSZA 2EX3A 3EY1A 1WN7A 4KFBA 3NDKA 4HUGA 4RG8A 3VA0A 2Y1IA 1L3VA 2XRIA 1DLOA 1NKBA 3LP0A 1RTHA 4KB0A 4LH4A 3VQ7A 4AHRA 4AHCA 2RF2A 4E19A 4ELVA 3TI0A 4CIEA 4DQQA 5HROA 2G8FA 3NGYA 2FBYA 1WSGA 4CGGA 4E1MA 1NJYA 1N6QA 3SV3A 5D3GA 1KVAA 4FW1A 1Z25A 4AHTA 4FJMA 1DTQA 3IAYA 4NCGA 1JLBA 3V4IA 4ZHRA 3CFRA 1U48A 3NF8A 4F3TA 3AO4A 3KIOA 3T1AA 3VQQA 5C42A 4B9UA 4KHQA 2DFEA 3DOKA 4Z4EA 1JLCA 3PUFA 3L2RA 1C6VA 1YTUA 1K6YA 3AV9A 3I8DA 1CXUA 4MQ3A 1RBVA 4GVMA 4CJFA 3HJFA 3OYEA 3VQ6A 3HT3A 3AA3A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4E7HA 4W5OA 3PSFA 4U67L 2YX6A 1RTIA 4CJPA 2X74A 2RHKA 4DUYK 1LAWA 2NNWA 4CJEA 1D5AA 3QERA 4CHYA 3CQ8A 4IFVA 4JNEA 3AGKA 1BL3A 1VQ7N 3R1XA 4YHHK 3AGRA 1J5EK 2YI1A 3E9OA 3CYMA 2AJQA 4FXDA 1FXXA 1KC8O 1TUUA 4A57A 1U45A 1HRHA 2QK9A 1HJRA 1VSEA 1NK0A 2F96A 5HRNA 3H1QA 1RBTA 4OJRA 3VQPA 4B1XB 3LDQA 1VK0A 3MX2A 3THXB 4BR4A 1VQ5N 1BCOA 3FZKA 2X6NA 4FWSA 4WQ5C 3CCQN 5E41A 4MDBA 4RW4A 4DQ8A 4BRMA 2I7PA 1BQMA 3S9HA 3CETA 1S3XA 4CERA 1BCMA 4CFCA 1O13A 3QEXA 4FJHA 4BRHA 2FF6A 3I0RA 3ZT3A 3J7ZO 4CD1A 4UQGA 4DF4A 3C65A 4DV0K 4CCHA 1R0AA 4F4KA 4NCBA 1NG9A 3CC2N 4CZEA 1VSLA 4CEOA 1S1XA 4CZFA 5J2MA 2RE2A 4M3UA 1ZXOA 2Q1NA 1RDDA 5EXWA 3TABA 3QIPA 4OPJA 3PIPL 1GOBA 2YKNA 1RT2A 3C6AA 5LL6Z 1QQMA 1VQ6N 3NE6A 4L8RB 1XHXA 3AVJA 3NVKA 3F5TA 5AR0A 3LWMA 2YHWA 3AVMA 4AM7A 3DLKA 5BRFA 3SAFA 2YNFA 1S1VA 3V1RA 4E7LA 4DTPA 3VN5A 3DRRA 5AQKA 2PY5A 3BUZB 1T44A 4V19S 1W7AA 4C8LA 4C1NI 3CF5L 4CD3A 3CQYA 4BVPA 4LFAK 4IDKA 2ZGYA 4CEZA 2QTDA 2E2OA 3RMAA 1VQ4N 1IJJA 4DB3A 1CZAN 4ELTA 4Z4HA 4BQLA 3EL2A 4N47A 3EKSA 3O4WA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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