4FWMA

Crystal structure of salmonella typhimurium propionate kinase (tdcd) in complex with atp
Total Genus 139
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
139
sequence length
394
structure length
394
Chain Sequence
FPVVLVINCGSSSIKFSVLDVATCDVLMAGIADGMNTENAFLSINGDKPINLAHSNYEDALKAIAFELEKRDLTDSVALIGHRIAHGGELFTQSVIITDEIIDNIRRVSPLAPLHNYANLSGIDAARHLFPAVRQVAVFDTSFHQTLAPEAYLYGLPWEYFSSLGVRRYGFHGTSHRYVSRRAYELLDLDEKDSGLIVAHLGNGASICAVRNGQSVDTSMGMTPLEGLMMGTRSGDVDFGAMAWIAKETGQTLSDLERVVNKESGLLGISGLSSDLRVLEKAWHEGHERARLAIKTFVHRIARHIAGHAASLHRLDGIIFTGGIGENSVLIRQLVIEHLGVLGLTLDVEMNKQPNSHGERIISANPSQVICAVIPTNEEKMIALDAIHLGNVKA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords Propionate kinase
publication title Mechanistic features of Salmonella typhimurium propionate kinase (TdcD): insights from kinetic and crystallographic studies.
pubmed doi rcsb
source organism Salmonella typhimurium
molecule tags Transferase
total genus 139
structure length 394
sequence length 394
ec nomenclature ec 2.7.2.15: Propionate kinase.
pdb deposition date 2012-07-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00871 Acetate_kinase Acetokinase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4fwmA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4fwmA02
3CIPA 2OANA 3CQXA 5AQKA 3SMPA 1QZ6A 5AQTA 1TYQA 2CGKA 3GBTA 1BDGA 4WQ5A 4CBXA 3J8AA 3U9DA 2QXLA 1TUUA 2CH6A 3VF2A 4RCHA 3IFRA 3MN5A 1HLUA 4MLHA 3H3NO 4H5WA 3ATVA 4ISGA 4RTFD 5AQNA 1ATSA 5TKYA 1DEJA 3ULEB 5AQZA 1P8ZA 2E2OA 2FXUA 2Q0RA 1RFQA 3WEEB 4BRLA 1E4FT 4QS7A 4H0OA 3AAPA 3CJ9A 3DXKB 3FR0A 5EXWA 4MO4A 2D1KA 4PKHA 4CI6A 4WQ4C 5AZIA 2V51B 4JAXA 3CJAA 1HPMA 2QWOA 2CH5A 2P9SB 3WXLA 4BR5A 3A0IX 3MN6A 2CGLA 1NGDA 3D7EO 1ZBSA 4MO5A 1TYQB 3L4IA 3D2FA 2P9UB 3H46O 4DB3A 3HM8A 1GLJO 4BRIA 1NBWA 1DKGD 5EY4A 3UB5A 3HI0A 3GE1A 5ADXH 4E1JA 3BUZB 3UKUB 2NRHA 2IVOA 5KQ8A 5BR9A 4FWNA 1BO5O 3VGMA 2Q2RA 5AZJA 1XC3A 1GLBG 3O08A 4FWSA 3IMXA 3AAQA 2BTFA 3O80A 4JHDA 5AR0A 2YHWA 4FOEA 4IJNA 2YJFA 2D0OA 3TU5A 3HBTA 1OKJA 1NGHA 3ZEUA 2F9TA 2QM1A 3ZETA 3IUCA 3EZWA 3SMSA 3VGKA 1QZ5A 1T6DA 3O4WA 2CGJA 4B1YB 4WQ5C 1U2VB 2P9PB 2GWKA 3W0LA 3LDPA 1KXPA 3CJCA 5AFUA 2QW9A 1GLEG 3CHWA 3A8YA 1Z6RA 3FZMA 3MCPA 1YVNA 3VEYA 5AQJA 5FPNA 2ITMA 4C23A 3OHRA 5AZJB 3QFUA 2IVPA 3SLCA 4QS8A 3S41A 3UE5A 2E2NA 2A6AA 1S3XA 4H03B 3RSEA 4H0PA 4JHDB 5AQGA 2D4WA 3GOIA 1V4TA 1YXQA 2E1ZA 2HMPA 3M3ZA 4A2AA 2ZWHA 3QMLA 4BRAA 2QWRA 5AQVA 3W3DA 1E4GT 1Y64A 3L6QA 4FWOA 1QQNA 1YUWA 2A42A 2P9IB 5AQSA 4ISEA 5E84A 1NGGA 2P9LB 3VESA 5AQFA 2NZTA 4BR4A 5EOYA 1MWMA 3EKSA 4IWVA 4IZ9A 4BVPA 4BC5A 1MWKA 4DCHA 1HKCA 2ZGZA 4B1UB 1NGEA 5F1XA 4LC9B 4QS9A 2V7YA 3B8AX 3FGUA 5KPTA 3A5LC 4H5RA 4BC4A 3UKRB 1X3NA 4CBUA 2Q31A 1NM1A 2GUPA 3BEXA 3D2EA 2AA4A 4YDUA 3LL3A 3O1BA 1K8KB 1BG3A 4K42A 4BVOA 3GDQA 3KZBA 4M63C 3CJ1A 3VOVA 3H1VX 5F2RA 4BROA 3JS6A 4FPAA 3MK6A 3QBXA 1T6CA 3WXIA 3FZHA 4DHYA 1NWKA 3C7NA 2DPNA 1ATNA 5EVZA 4MLEA 5JICA 3CERA 5LY3A 4BC2A 5BREA 2FSNA 1RGIA 3LM2A 3L0QA 3DWLA 4BR2A 4BRDA 3DJCA 3F9MA 3MN7A 1V4SA 3LDOA 5BPMA 2V52B 2A41A 4IJAA 2ZF5O 5I9EB 1JCEA 1NMDA 5KPRA 5JLFA 5ADXA 2E1YA 4PL7A 2VWBA 1S22A 2E2PA 3H6EA 3I33A 4PKIA 1X9JA 4BG9A 1LCUA 3VGLA 4IO8A 3O6WA 2PAVA 5CE3A 3DAWA 3VEZA 4CJ7A 4B1VA 4JN4A 4BG8A 2YI1A 4CZEA 3M1FA 4HWIA 4XH5A 1HKGA 1NGBA 2A3ZA 2VYPA 4EAHD 3I8BA 1CZAN 2P9KA 5AQUA 3HSCA 3R6MA 2NLXA 3KHYA 3QFPA 4H5VA 4HTLA 3VF6A 4FWPA 3FZLA 1QQMA 4BRCA 1NGCA 5AZIB 2AP1A 3U4LA 3U8XA 3LDNA 1LOTB 2F9WA 1EQYA 4FWQA 3FZKA 1KAYA 1GLLO 1NGJA 3C0BA 5AQIA 3LM9A 1HKBA 3D2FB 3WXJA 3H45C 1JCFA 3FE1A 4FWKA 3ATUA 3GL1A 3MDQA 1KAZA 3AY9A 3SJHA 1HJOA 4YDUC 4CD1A 1NGFA 1R59O 2UYTA 3FFKB 2V7ZA 2A40A 1NGIA 2Q1NA 3SK3A 1WUAA 2GWJA 4F9OA 5AQLA 3VEOA 5BN8A 4PKGA 1WOQA 2HF3A 4RWTA 4CZFA 3WQTA 3ZX2A 2W40A 2E2QA 3FZFA 1RDWX 4BQZA 2P9KB 4NO7A 5FPMA 1BA1A 5ELZA 1SAZA 5AQYA 5KQDA 4Y0WA 4KBOA 1J6ZA 3CJBA 4FPBA 4GY2B 3ZEUB 4B1XB 3QB0A 3CQYA 3ZETB 4BRKA 5BRDA 2HOEA 1U6ZA 3TPQA 1ZC6A 2FF6A 3H1QA 3LDLA 4BRHA 4JNEA 3CETA 2IIRA 4AM7A 4O8KA 5AQRA 4BRNA 2P9NA 4BGBA 5AQMA 2QWLA 3ENOA 1Z05A 4FWRA 3CI5A 3ULEA 4BQLA 3BF1A 3HTVA 2VCPA 3A5MC 4L3QA 3WQUA 3VEVA 5JMVA 2QWMA 3DXKA 4B1ZA 3RSEB 2EWSA 4A2BA 4JD2A 3QICA 3DXMA 4BRMA 4H0VB 3VETA 5BRFA 3BP8A 1QQOA 2H3GX 4O5FA 4CZLA 3BF3A 4I6MA 4H0TB 2P9UA 3P4IA 2E8AA 1GLDG 4H5NA 1GLCG 4CZGA 3O8MA 1BUPA 2FSJA 1SZ2A 1G99A 2GTDA 1C0GA 1BWFO 4EIAA 3MMVA 4GNIA 3UKUA 3QBWA 2HF4A 2ZGYA 5KPZA 1GLAG 2I7NA 3ZX3A 1MDUB 1XUPO 2P9NB 4XH1A 5LJWA 5F0XA 3GG4A 2Q0UA 4EHUA 3A5OC 2ASOA 4BRPA 1T44A 4K43A 1XQSC 3D2EB 1ATRA 3U9ZA 1YAGA 5JLHA 5EX5A 4CD3A 1ESVA 4JD2B 3DXMB 3ID8A 3LDQA 1JCGA 4K25A 2I7PA 2FSKA 4XH4A 4AM6A 1BA0A 4I6MB 1U2VA 3C7NB 2P9PA 2YCHA 1KAXA 3VEWA 2PBDA 5BPNA 3HZ6A 4IXCA 5LJVA 1NLVA 4H0YB 4H0XB 2YHXA 3VF4A 3FLCO 3VEXA 3O5BA 1C0FA 5BRHA 3ENHA 4FL9A 3KVGA 4WYBA 4B9QA 2YJEA 4BGAA 1DGKN 5FPDA 1H1VA 1HUXA 1NGAA 3AARA 1BU6O 4BRFA 1D4XA 5AQQA 2GEMA 2QWPA 2J4RA 3EN9A 2BUPA 3R9PA 4BRQA 5AQOA 3VENA 2Q36A 4FWMA 1MA9B 4BR9A 5AQHA 4BR0A 4K41A 2QWQA 3ZX0A 2FF3B 3EO3A 3M6GA 5E26A 3CJ7A 4A61A 4CZIA 1HX1A 1IG8A 2P9IA 3G25A 3MN9A 2P9LA 4BRGA 3EKUA 4M7XA 2ASPA 3WT0A 3A5NC 4WQ4A 4BR7A 4FWLA 2E88A 2E20A 2D0PA 1ZXOA 5B8HA 3JXUA 5AFUH 4CZKA 2YHYA 3UKRA 3VPZA 4PL8A 2A5XA 4BREA 1IJJA 3QDKA 1SQKA 4CZHA 5FPEA 4BC3A 4EHTA 5AQXA 5BN9A 2Q97A 2IVNA 1K8KA 3O1WA 4EFHA 1Q18A 3WXKA 4CBWA 2W41A 3R8EA 5AQPA 2QWNA 1BOTO 4J8FA 4FSVA 1TUYA 2FLOA 1X3MA 4NB4A 3VERA 2ASMA 2GELA 4ISFA 4B1WB 4XEIA 4H5TA 3WEEA 3IDHA 3H3OB 4DQ8A 1QHAA 3WUHA 5AQWA 4FO0A 4Z94A 5BPLA 1GLFO 2KHOA 4CZMA 3EL2A 4FOIA 2WUSA 4M7YA 4CZJA 4A62A 2P9SA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2OANA 1UA0A 3OYIA 1TYQA 1BDGA 4WQ5A 1XHXA 2QXLA 1TUUA 1HNVA 3QIPA 3SUNA 4A59A 2CH6A 4PQUA 4Z0UA 3DMJA 4DSJA 2YNFA 3MN5A 4MLHA 4FM1A 3H3NO 3VA0A 1B9FA 3D0PA 4B9VA 3HVRA 3TTFA 2HBJA 5GAHP 4ISGA 1QHTA 1ATSA 3I0RA 4NLCA 2Z1GA 3VQPA 2ZJQL 4XIUA 1Q7YO 3MWPA 3AAPA 4FJKA 1EKEA 2KW4A 5AZIA 3MXJA 4JAXA 4NCBA 4KHNA 4KFBA 2QWOA 2CH5A 3ASMA 3L2UA 2P9SB 1R0AA 4E1NA 4M3ZA 1OVYA 1TYQB 3D2FA 4KTZA 3LWMA 4HTUA 3OYAA 1P90A 1DKGD 3SV4A 3GE1A 3KLHA 3LP2A 4FWNA 4W5RA 3THWB 3O9TA 4B3OA 5C25A 4CGJA 3O08A 3AVGA 3TAMA 4YHHK 1WBBA 5FDLA 1KTQA 2OPPA 3DRRA 2YHWA 1LAVA 1VRTA 2X74A 4DSEA 3L3VA 3OS2A 3NGZA 4DR7K 4LF7K 3IUCA 3EZWA 3VGKA 3O4WA 2CGJA 4FYDA 1F21A 2HHXA 1L3UA 4B1YB 3O9UA 3E9PA 1U2VB 4FLWA 1HNIA 1Q81O 3W0LA 3K59A 3LDPA 2IGIA 3QIOA 3CJCA 5JVGL 2QW9A 1GLEG 3NVMA 3NCIA 2QA4N 1YVNA 3VEYA 1YJ9N 2GUIA 3NGYA 4CF8A 1NNEA 4C23A 3OHRA 2IDOA 2A6AA 4DV5K 3WNEA 1OH5A 3AVCA 4JKAA 1FJGK 4HHTA 1VQ5N 2PYLA 3RSEA 4M3XA 1RT5A 3M8RA 1V4TA 2HMPA 4R5PA 1N33K 2P5OA 1WB9A 1RBUA 1WSJA 3TR8A 3WNGA 3HP9A 1NK8A 5HOOA 1Y64A 4N41A 3RR7A 4JI1K 4CCHA 5E84A 1T03A 1WSEA 5IT9O 2Z1IA 3O4QA 2XRIA 3CG7A 4IZ9A 4IWVA 2HHWA 4BVPA 3AO5A 4I2PA 4DCHA 2VGNA 1NGEA 2V7YA 1BISA 4DF8A 5KPTA 3A5LC 4BC4A 1LWFA 4CIGA 3EEQA 4HUGA 3PIPL 4B3SK 4CEOA 4AHVA 3VQ9A 4LH4A 4FLYA 1GOBA 3CD6N 3KZBA 3CJ1A 3HM9A 4GW6A 2VG7A 1X1PA 1HQUA 3ZT3A 3RMDA 4B08A 1T6CA 4JK7A 2KZMA 2YX6A 2Y1IA 1ATNA 4FLTA 4MLEA 4CEAA 1U45A 3AO4A 3CERA 5LY3A 4M3UA 2ZD1A 3L2VA 4JV5K 4ID5A 4JI6K 1NG9A 3DWLA 5KRSA 5JVHL 4DLGA 1L3SA 3F9MA 4HVJA 4M3TA 1TAQA 3VQQA 3VQ6A 4DSKA 1N32K 2BANA 4IJAA 1JCEA 5KPRA 2O8CB 3SNNA 3B6PA 4KHSA 2OTJN 4LFBK 3P1GA 2HNYA 3RTVA 3QLHA 4PKIA 1X9JA 3NVKA 2DY4A 1FKOA 3VGLA 3KK1A 4O0IA 2PAVA 3DAWA 3VEZA 1HNXK 2NRVA 4BG8A 1RTIA 3KIOA 1HKGA 1NGBA 4DR3K 3CYMA 3DRPA 3HSCA 3PO5A 4PWDA 2R7YA 3N4PA 2D0AA 3C95A 1QQMA 1NGCA 3U8XA 4NCAA 4FWQA 1ZBHA 4O8UA 1GLLO 1NGJA 3C0BA 4RW6A 5HRPA 1JCFA 3C6UA 3DRSA 1XWLA 3LALA 4KH5A 1L3VA 3AY9A 3ALYA 5MLCQ 4CD1A 1VAZA 1W97L 1M1KO 1JLBA 2V7ZA 4KI4A 2UUAK 4ILGB 1IKWA 2GWJA 4F9OA 3OA9A 1GOCA 1WOQA 3LP3A 3TANA 4CZFA 3WQTA 4DTMA 1T7PA 4BQZA 1WSIA 3LP0A 4B3MK 1S1TA 3S3NA 4FZXC 1B92A 3CCEN 5AQYA 1YVUA 4PY5A 4KH6A 4J2EA 1NJYA 5BRDA 1Z25A 4DQQA 3KLIA 3VQCA 3H1QA 2FF6A 4WE1A 2PYJA 3MEDA 1K9MO 4I9LA 3KKRA 3KTQA 4KI6A 4ILHA 4BGBA 5CY4A 1TKDA 2A1SA 4FWRA 4CEBA 4LFAK 2DTUA 3LPUA 2F8TA 4B1ZA 3DXKA 3U6FA 3V4IA 3F2KA 1JL2A 2EWSA 4DV0K 3DXMA 3IKMA 3RMBA 4LF8K 3TAEA 3HRGA 1ZYQA 1M90O 2NUBA 5FROA 1X9WA 3BF3A 4I6MA 2E8AA 5GADP 3IS9A 3O8MA 4HCBA 4EZ9A 3QEIA 3DYAA 4DF4A 3MXIA 4GV9A 3V81A 4FJHA 2ZGYA 3E1YA 2QKKA 4Y1DA 4MDAA 5JS1A 2IOCA 5F0XA 3TABA 4BRPA 3ZT1A 4JYAK 1U49A 2XY5A 2X78A 4CD3A 3OYEA 1ESVA 3QEVA 3DXMB 3ID8A 1JCGA 2HHVA 4K25A 4AM6A 4I6MB 4A5BA 1EWRA 1HYVA 1ZBIA 2YCHA 3HYFA 1NJIO 3HZ6A 1J5OA 4IXCA 5LJVA 1KLMA 2YHXA 4JKEA 5JS2A 4DTPA 2NRZA 2YJEA 1DGKN 3NBPA 1HUXA 1BU6O 1D4XA 4DSIA 5AQQA 4BY9C 3M8SA 2BUPA 3LP1A 3VQBA 3R9PA 4LFCK 3AVKA 4WFAL 3NF6A 4K41A 5E26A 4CGGA 4E0DA 4CK3A 2P9IA 4CFBA 3MN9A 4JRQA 3L3UA 3OYFA 3CCJN 1DT9A 4DV2K 1LW0A 5GINA 1D9DA 2XHBA 3I0SA 4Y1CA 1ZXOA 3AO3A 1N6QA 3ZSWA 3UKRA 3P31A 4B8CA 4PL8A 4IO9L 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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