4FWMA

Crystal structure of salmonella typhimurium propionate kinase (tdcd) in complex with atp
Total Genus 139
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
139
sequence length
394
structure length
394
Chain Sequence
b'FPVVLVINCGSSSIKFSVLDVATCDVLMAGIADGMNTENAFLSINGDKPINLAHSNYEDALKAIAFELEKRDLTDSVALIGHRIAHGGELFTQSVIITDEIIDNIRRVSPLAPLHNYANLSGIDAARHLFPAVRQVAVFDTSFHQTLAPEAYLYGLPWEYFSSLGVRRYGFHGTSHRYVSRRAYELLDLDEKDSGLIVAHLGNGASICAVRNGQSVDTSMGMTPLEGLMMGTRSGDVDFGAMAWIAKETGQTLSDLERVVNKESGLLGISGLSSDLRVLEKAWHEGHERARLAIKTFVHRIARHIAGHAASLHRLDGIIFTGGIGENSVLIRQLVIEHLGVLGLTLDVEMNKQPNSHGERIISANPSQVICAVIPTNEEKMIALDAIHLGNVKA'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords Propionate kinase
molecule tags Transferase
source organism Salmonella typhimurium
publication title Mechanistic features of Salmonella typhimurium propionate kinase (TdcD): insights from kinetic and crystallographic studies.
pubmed doi rcsb
total genus 139
structure length 394
sequence length 394
ec nomenclature ec 2.7.2.15: Propionate kinase.
pdb deposition date 2012-07-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00871 Acetate_kinase Acetokinase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4fwmA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4fwmA02
4CZGA 3IUCA 1Z6RA 1X3MA 3H45C 4BRAA 1KXPA 4FWPA 3A5OC 2P9KB 3A5LC 4K25A 4Z94A 3UE5A 1BG3A 4FWLA 5B8HA 3MDQA 2H3GX 4F9OA 1IJJA 3VPZA 2IVPA 2EWSA 4CBWA 5BPLA 3OHRA 1BUPA 2FF3B 1ZC6A 1IG8A 3HBTA 2FF6A 1SAZA 5AR0A 2GTDA 1HUXA 4B1VA 1BOTO 1HKGA 3DXMB 3DXKB 5BPMA 2DPNA 2J4RA 2F9TA 4DQ8A 5AZJB 1Y64A 4B1ZA 1G99A 4NO7A 3TU5A 4BR4A 5EXWA 5AFUH 2VWBA 2Q1NA 4XH4A 3ZETB 3H46O 2Q36A 4CI6A 2HF4A 3O8MA 3FR0A 3ATUA 4FO0A 5F2RA 4E1JA 3EKSA 4B1WB 4BR5A 3UKRA 3WEEB 3AARA 2E88A 2D1KA 1R59O 5JICA 4QS9A 1K8KA 3VEVA 3FZHA 4DCHA 5F1XA 3JS6A 3H1VX 5AQKA 3S41A 2ASMA 3ENHA 2ASPA 5BN8A 4Y0WA 2ZGZA 1QZ6A 3EZWA 2WUSA 3M1FA 5KPTA 2QXLA 4IZ9A 1X3NA 4WQ4A 2P9NA 1LOTB 2PBDA 4H5NA 5AFUA 4BREA 1QQNA 1ZXOA 3WEEA 2ZWHA 2VYPA 1NGAA 5BR9A 4WQ4C 3VEYA 4YDUA 5AQYA 4EHUA 3FLCO 1C0FA 2V51B 2NLXA 4GNIA 4BRHA 1GLAG 4BRMA 3GDQA 5AQXA 1HX1A 2ASOA 4BR2A 2HMPA 5JLFA 3H3OB 3QFUA 5AQOA 3VF4A 1BA0A 3QMLA 4FPBA 4BRCA 3C7NA 1ATSA 1TUUA 3MN7A 4FPAA 1HJOA 2QWOA 2D0PA 4WQ5C 2QWLA 2E1ZA 4EHTA 2A6AA 4CZKA 1JCEA 4JAXA 3D2EB 4BR0A 2I7PA 4BC5A 3BP8A 4BC2A 2ZF5O 1RGIA 1S3XA 4ISGA 3QB0A 5F0XA 1NGIA 2GWKA 3O08A 4B1YB 4CZIA 4FWNA 3VESA 3O1BA 3SLCA 2A3ZA 4KBOA 1NGHA 1EQYA 4H0PA 4H5RA 1GLCG 3TPQA 2P9KA 3HSCA 1JCGA 2V52B 4FWSA 4IXCA 5TKYA 4H5WA 3ULEB 4BC4A 3EL2A 4EAHD 4I6MA 4BGAA 4B9QA 4CD3A 4CZFA 4FWRA 3FFKB 4EFHA 1ATNA 2ITMA 4H0TB 4BRIA 3QFPA 3LM9A 3BF1A 3LDNA 1U2VB 5AQFA 3ZX3A 1TYQB 3CQYA 4HTLA 3UKUA 3VENA 3IDHA 2BUPA 1NM1A 2BTFA 3LM2A 3U9DA 4BRLA 2PAVA 1T6CA 1MA9B 4J8FA 4MLHA 2P9NB 5AZIA 3CIPA 1XUPO 3MN9A 4JD2A 3CJ7A 2AP1A 3VF2A 5JLHA 3FGUA 1GLBG 2P9PA 3R8EA 5EVZA 1V4SA 2GELA 2YI1A 3FZKA 1E4GT 1KAYA 1MDUB 4BVPA 3ZEUA 3CJAA 3BUZB 1E4FT 1YUWA 4BG9A 4BRKA 1GLFO 3CI5A 4B1UB 2E2NA 2QWNA 3ATVA 1K8KB 3D2FA 2IIRA 4PL7A 1BDGA 1NGJA 3VEOA 4PKGA 2P9LB 4BROA 1QQOA 2E2OA 2FLOA 4FOEA 3UKRB 3LDQA 1JCFA 1V4TA 5FPNA 1U2VA 3MK6A 3GOIA 5CE3A 1GLJO 3IFRA 5FPDA 1QQMA 2A40A 2HF3A 3ID8A 1OKJA 4I6MB 4DHYA 5BRFA 4BVOA 5ELZA 4FWOA 4MO4A 4GY2B 3VGKA 3B8AX 2D0OA 4FWQA 1NLVA 3EN9A 3J8AA 4WYBA 1Q18A 2Q31A 1C0GA 3ENOA 5BREA 5BRHA 3GL1A 2YCHA 1DEJA 2Q0UA 3VGMA 2W40A 3WQTA 1H1VA 5LJWA 5E84A 5AQTA 4EIAA 1ESVA 4HWIA 4M7YA 3JXUA 3O5BA 4YDUC 1DKGD 5EOYA 1HLUA 1NBWA 3AAPA 3FZLA 4PL8A 4A62A 2KHOA 4BC3A 4LC9B 3P4IA 5BRDA 4BR7A 4FSVA 3VF6A 1NGFA 1NMDA 3CJ9A 4O8KA 5AQNA 2E20A 3M3ZA 3CJBA 3A5NC 1D4XA 3UB5A 3ZX2A 1J6ZA 4CD1A 3R9PA 4BRQA 2GEMA 2P9IA 4FL9A 1BO5O 1HPMA 3CJ1A 4BQZA 3GE1A 4JHDB 2P9PB 4XEIA 2IVNA 5AQWA 1MWMA 3LDPA 1DGKN 3HI0A 3VOVA 3H3NO 5AQVA 4IO8A 1GLEG 4XH5A 3VEZA 4IJAA 3FZFA 3VEWA 2A5XA 5BPNA 5I9EB 3O1WA 5ADXH 1RFQA 3H6EA 1GLLO 5AQSA 5KPRA 2UYTA 1P8ZA 1ZBSA 4QS7A 3SMPA 3CHWA 2FSJA 1NWKA 1Z05A 4H5VA 5AQJA 1QZ5A 2D4WA 4K43A 3SJHA 1T6DA 3WXJA 2V7ZA 4O5FA 2P9UB 2E2QA 1QHAA 3GBTA 4MO5A 1TUYA 2GWJA 3O6WA 3CETA 4H0YB 4WQ5A 5AZJA 2OANA 5AQLA 4C23A 4CZEA 3DJCA 3MCPA 1YXQA 5E26A 4IWVA 5AQHA 3KVGA 2P9UA 4M7XA 4CBXA 1NGGA 4JD2B 2AA4A 2NZTA 5AZIB 2CH6A 2QWMA 3HTVA 3QDKA 2YJEA 4XH1A 3O4WA 1BU6O 4H5TA 5AQMA 4A61A 2F9WA 2E8AA 2QW9A 3I33A 1NGBA 3DWLA 2A42A 4H0VB 2YHYA 2P9SB 3SMSA 1XQSC 3WXIA 4K42A 5AQUA 1WOQA 3W3DA 3IMXA 4CZJA 2CH5A 2YHWA 4AM7A 4BRFA 2Q2RA 2VCPA 1WUAA 3ZETA 3SK3A 3R6MA 4CZHA 2I7NA 4MLEA 4RWTA 2E2PA 3C0BA 1SZ2A 4JHDA 4BRGA 1LCUA 5AQZA 4JN4A 3ZX0A 3VEXA 2P9IB 1S22A 2ZGYA 4M63C 4RTFD 2FSNA 2GUPA 3W0LA 1GLDG 2P9SA 4CZLA 3DXMA 1X9JA 2V7YA 3O80A 3U9ZA 4AM6A 3H1QA 5AQIA 2YHXA 2A41A 3EKUA 4K41A 3WUHA 3LDOA 1BWFO 4CJ7A 5AQGA 3D2FB 5KQDA 3GG4A 4FWKA 3FZMA 4BQLA 5KQ8A 4H03B 4BR9A 4DB3A 4A2AA 1XC3A 3DAWA 3A5MC 4ISFA 3AAQA 2Q97A 5AQQA 1U6ZA 3CQXA 3CJCA 3VETA 2Q0RA 4BGBA 4A2BA 2FXUA 4PKIA 2YJFA 3U4LA 5JMVA 2QM1A 4IJNA 4CBUA 4H0OA 3WXKA 3UKUB 1TYQA 2W41A 4PKHA 3MN5A 4CZMA 1SQKA 4ISEA 5AQPA 3I8BA 2FSKA 3HZ6A 5FPEA 5FPMA 3LL3A 1MWKA 3VERA 3G25A 2QWRA 4B1XB 2P9LA 3EO3A 1KAZA 3RSEB 5AQRA 3WT0A 1YVNA 1NGDA 3VGLA 3A8YA 5LY3A 2HOEA 1NGCA 3WXLA 2E1YA 3L0QA 3HM8A 4BRNA 3MMVA 3ZEUB 1ATRA 3F9MA 1YAGA 1RDWX 5KPZA 3FE1A 4BRPA 3DXKA 3U8XA 5EX5A 3L4IA 3A0IX 3AY9A 4FOIA 4QS8A 1BA1A 4RCHA 2QWPA 3QICA 5ADXA 3KHYA 3RSEA 3MN6A 3L6QA 2NRHA 4BRDA 2CGKA 2CGJA 3BEXA 3D2EA 1KAXA 3QBWA 2CGLA 1T44A 4BG8A 4L3QA 3QBXA 4H0XB 1HKBA 3BF3A 4JNEA 1HKCA 5EY4A 2IVOA 3CERA 3D7EO 2QWQA 3KZBA 1CZAN 3LDLA 3C7NB 3WQUA 5LJVA 1NGEA 4NB4A 4FWMA 3M6GA 5BN9A 3ULEA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3IUCA 3H45C 1WAFA 5K14A 1VQPN 1L5UA 3A5OC 3A5LC 1LV5A 4F9OA 1IJJA 4CBWA 4Y1DA 1IG8A 4PUOA 1ZBLA 1OVQA 3NBPA 3K9JA 2GTDA 1VQON 1ILYA 4NLBA 3THWA 1BI4A 5BPMA 3MWTA 4C8NA 2F9TA 5AZJB 4JK7A 1EWQA 1QTMA 3OTOK 4X66K 4BR4A 5KI6A 3ZT3A 1JLQA 2Q1NA 4XH4A 3DRRA 1W9HA 5CYQA 2Q36A 2HF4A 4KH6A 3O8MA 4E1JA 1TGOA 3KLHA 3SUPA 1EKEA 4DR5K 4B1WB 3H08A 3L2QA 3OBWA 1D9DA 4CJTA 3AVGA 3MX2A 3M8SA 3KJVA 1R59O 2O8FA 5JVGL 1YJWN 1EWRA 4KI4A 4B9NA 2OZMA 5M1QA 2BH1A 3AO2A 4FLZA 4CEAA 3PO4A 1GOAA 2ASMA 2P1JA 1VQLN 2FBYA 3CD6N 4LF9K 4YOYA 1QZ6A 4KHNA 3M1FA 4N76A 3N4QA 1YT3A 4CEFA 2PBDA 3PUFA 3P1GA 4BREA 3LAKA 1VQMN 4FJNA 3NF6A 3CXCM 2ZWHA 4CJ4A 2VYPA 3F73A 2BANA 3FLCO 1WSFA 2V51B 3QEWA 2VQFK 3ZT0A 4DF4A 3OBYA 2UU9K 2HHQA 4B9SA 1F21A 3AVIA 4E3SA 3SPYA 3IKMA 3H3OB 3QFUA 1OH8A 4JI6K 2NRTA 3QMLA 4FPBA 1NOYA 3RVCA 3ZCMA 2QI2A 4ELVA 3V1QA 3C7NA 4FPAA 4J2BA 1HJOA 1YITN 2QWOA 3TSPA 4WQ5C 3SI6A 4GVEA 3L2UA 5M1OA 4DS5A 4IKFA 1JLAA 1TKZA 2Y1JA 3D2EB 2I7PA 4BC2A 4CF1A 4DR1K 4GV6A 1NGIA 2GWKA 4CZIA 1QVGM 3OS1A 3SLCA 3QEPA 1TAQA 2A3ZA 2NRZA 1NGHA 4H0PA 4CK1A 5DM6L 1C1AA 2F8SA 3AO1A 1ASWA 1RT1A 4FWSA 4KPYA 2UXDK 2ZJPL 4BE1A 4KTQA 1QVFM 2ITGA 2OPRA 3S3MA 4LF5K 2OA8A 4B9QA 4FWRA 3FFKB 1ATNA 4IOCL 4H0TB 2YV0X 3TAGA 2HVIA 5J2MA 2IC3A 4IG0A 3NMUA 5AQFA 4M3XA 4ILJA 4LF8K 3ZSQA 3ZT2A 3IDHA 1NM1A 4AHSA 3O4NA 4BRLA 3QNOA 2P9NB 1XUPO 4F2RA 3FGUA 2P9PA 3R8EA 3LP0A 2DFHA 2YI1A 3NF9A 1XWLA 4DU1A 2GX9A 4BRKA 4CJPA 1BHLA 4IEIA 2YNFA 1JJ2M 2QWNA 2IIRA 3V81A 1A5VA 4FW2A 1UA0A 3S9HA 3ZSOA 2FLOA 3AVLA 1KC8O 1JCFA 4E1NA 4YOTA 5HRRA 3J7ZO 3PIPL 2HF3A 1SV5A 3OA9A 5FDLA 4FWOA 1UOCA 4GY2B 3B8AX 4A5AA 2D0OA 4M3YA 1NLVA 3K0SA 1XNQK 2WC9A 5BRHA 3GL1A 2RN2A 1DEJA 2Q0UA 3NGIA 4DTJA 5FRNA 3U3GA 3CMEN 3EE8A 4OPAA 5LJWA 5E84A 3SQ0A 4DSIA 1ESVA 2NRXA 2D5RA 3O5BA 1U04A 3KIOA 5I3UA 4NXNK 4A62A 2XY5A 3HK2A 1M90O 3T19A 3VMFB 1VAZA 3AGRA 4NCGA 2E20A 4MDAA 1D4XA 3ZX2A 3T1AA 4BRQA 1SKSA 2VQEK 3T69A 1OH7A 4OPKA 1OVYA 4CJSA 3CJ1A 3DM2A 4CJFA 4JLHA 4BQZA 4W5RA 4BE2A 2P9PB 4IBNA 2HNZA 4XEIA 5SWMA 1W97L 4HHTA 2B4JA 3UIQA 4TSXA 1DGKN 3VOVA 3H3NO 5AJ3K 4IO8A 1FKPA 3O9TA 4IJAA 4AHRA 3SUQA 4CIFA 3OYBA 3HOSA 1DLOA 1RFQA 3H6EA 4KTZA 3OYLA 5KPRA 2UYTA 1YI2N 1T3VA 4QS7A 3CHWA 2FBTA 2FSJA 4F2SA 4DR6K 1RTJA 4I7FA 1T6DA 3E9PA 4B3SK 3WXJA 1HPZA 1JLCA 2E2QA 3GBTA 1NU0A 1L3VA 2YNIA 1TUYA 1NK7A 4H0YB 4I2PA 1N33K 3LP3A 4DU4A 3MCPA 1YXQA 5AQHA 4LF7K 4I9LA 2HNYA 3VA3A 5JS2A 4PA1A 4JD2B 4B9TA 4LSNA 2AA4A 3TI0A 2UUAK 4FJ9A 3DLEA 1D8YA 3L3VA 3R3LA 2HHXA 2A42A 1X9WA 1XQSC 4K42A 5GINA 1WOQA 1WNSA 5FRMA 3ZSVA 3HPOA 2YHWA 4FZYA 2Q2RA 1WUAA 4BWMA 3OYKA 3HP9A 5EU7A 3G4SN 3BDPA 3ZETA 3SK3A 4FK2A 1JL2A 1S9GA 4IFYA 3C0BA 2DY4A 2JWKA 4JHDA 4KB1A 1WSJA 1QSYA 4RW9A 4CFAA 1UAXA 3AVKA 3SUNA 3QIPA 2P9IB 3S3OA 1S22A 4CERA 2P9SA 2EHGA 2V7YA 3U9ZA 1HYZA 4GVMA 3H1QA 2VG7A 1S1TA 3WUHA 3LDOA 1Q9XA 3WNFA 4FVUA 4DV7K 3ZYYX 5KQ8A 4BQLA 3FZMA 2RKIA 3VQ5A 4BR9A 4YORA 5FLXO 3A5MC 2Q97A 3BY5A 4YHHK 4JRQA 3JAMO 1U6ZA 4DR7K 2Q0RA 1IBLK 1IO2A 4A2BA 1RBTA 1IBKK 2DFEA 1NK9A 3VQQA 4CK2A 1B9FA 2QM1A 1RDCA 3SV3A 4JK9A 5SZTA 4H0OA 1D5AA 4HUGA 4Z4IA 1TYQA 3K9KA 3SPZA 1SQKA 3J81O 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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