4FWMA

Crystal structure of salmonella typhimurium propionate kinase (tdcd) in complex with atp
Total Genus 139
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
139
sequence length
394
structure length
394
Chain Sequence
FPVVLVINCGSSSIKFSVLDVATCDVLMAGIADGMNTENAFLSINGDKPINLAHSNYEDALKAIAFELEKRDLTDSVALIGHRIAHGGELFTQSVIITDEIIDNIRRVSPLAPLHNYANLSGIDAARHLFPAVRQVAVFDTSFHQTLAPEAYLYGLPWEYFSSLGVRRYGFHGTSHRYVSRRAYELLDLDEKDSGLIVAHLGNGASICAVRNGQSVDTSMGMTPLEGLMMGTRSGDVDFGAMAWIAKETGQTLSDLERVVNKESGLLGISGLSSDLRVLEKAWHEGHERARLAIKTFVHRIARHIAGHAASLHRLDGIIFTGGIGENSVLIRQLVIEHLGVLGLTLDVEMNKQPNSHGERIISANPSQVICAVIPTNEEKMIALDAIHLGNVKA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords Propionate kinase
publication title Mechanistic features of Salmonella typhimurium propionate kinase (TdcD): insights from kinetic and crystallographic studies.
pubmed doi rcsb
source organism Salmonella typhimurium
molecule tags Transferase
total genus 139
structure length 394
sequence length 394
ec nomenclature ec 2.7.2.15: Propionate kinase.
pdb deposition date 2012-07-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00871 Acetate_kinase Acetokinase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4fwmA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4fwmA02
1RDWX 1TUYA 4BR4A 4DB3A 1G99A 5BRHA 3GOIA 5LJVA 2VYPA 1BG3A 3VPZA 3D2EB 3O6WA 3FGUA 5JLHA 2BUPA 1S3XA 2IVOA 4HWIA 1BOTO 1OKJA 1U2VB 3H45C 4FWRA 5AQXA 1XC3A 4BRAA 2P9LB 5F2RA 5EVZA 5BN9A 3GL1A 2V7ZA 4AM6A 3MN5A 4JNEA 4MLEA 3IMXA 2F9WA 4CBWA 4CZKA 4CZEA 1NGFA 1RFQA 1HJOA 3IDHA 3D7EO 3CJ1A 4K42A 3VF4A 4WQ5A 5AQRA 2E1YA 3MN9A 3MCPA 5KQ8A 4CD3A 5JLFA 3EL2A 4BR7A 1GLLO 3CJCA 3FZLA 4H0PA 1T6CA 4PKGA 2NZTA 2CGLA 2AA4A 2P9UA 4FPAA 4JD2B 3CQYA 2YHWA 4WQ4C 4IO8A 3R9PA 3EN9A 2Q2RA 3WEEB 1ATRA 1NLVA 4CZJA 3F9MA 3G25A 1V4TA 1BA1A 4IJNA 3C0BA 3LDLA 2AP1A 3A8YA 3QFUA 2VWBA 2HF3A 2QWQA 4CZFA 3RSEA 4A2BA 1SZ2A 2A3ZA 4PL8A 4XH5A 5AQIA 3A5OC 4MO4A 2QWNA 3H6EA 2Q0RA 3QB0A 3EZWA 1WUAA 3EO3A 3VGKA 4BR9A 3H3NO 4BRFA 1NM1A 1DEJA 4ISFA 4DHYA 2HMPA 3UKUB 2WUSA 2GEMA 3C7NB 4BC3A 2A6AA 5AZIA 5AQJA 4CZIA 1KAZA 1D4XA 4BR0A 3A0IX 4EIAA 4BG9A 2P9SB 3VEOA 1QZ5A 2P9PA 5ELZA 1J6ZA 3WXIA 2D0OA 3H1QA 3A5MC 2GELA 4FWLA 4CBUA 1ESVA 3BP8A 4BQZA 5AQPA 3HZ6A 2QWRA 1TYQA 4H0XB 4K25A 5TKYA 3HM8A 2CH5A 5KPTA 3D2FA 3FLCO 3ZEUB 3LDQA 5AQUA 2FSNA 4XEIA 3SK3A 3EKUA 1JCEA 4YDUC 2V52B 3VGLA 3LDOA 4L3QA 4A61A 1X3NA 5AQTA 1QZ6A 4BR2A 4K41A 1JCFA 2D0PA 4B1VA 5AQKA 3OHRA 3QBWA 4MO5A 3DXKA 1BO5O 4BGAA 4A62A 1BU6O 1T6DA 3KZBA 4KBOA 1HKGA 2ZGZA 4M7YA 1JCGA 4B1ZA 4CJ7A 2P9NB 3AARA 3D2EA 5EXWA 1NGEA 1U6ZA 1MA9B 3HSCA 5FPEA 3KHYA 1U2VA 3ENOA 2V7YA 2P9LA 4M7XA 3ULEB 3QBXA 4AM7A 5EOYA 2A5XA 1ZBSA 1ATNA 3MMVA 4DQ8A 3VEXA 1DGKN 5AQOA 4BRIA 3MN7A 1XQSC 3CHWA 5AQHA 3U8XA 1Y64A 1KAYA 4NO7A 3QFPA 1MWKA 2BTFA 3BUZB 2E2QA 2UYTA 3CJAA 2P9KB 1HX1A 2VCPA 1LOTB 1GLEG 1RGIA 3FE1A 4RTFD 3SMSA 3ENHA 3CQXA 4CD1A 4IJAA 2GUPA 4WQ5C 2E20A 4JD2A 5FPDA 1TUUA 3QICA 3A5NC 1Q18A 5AQFA 3GBTA 2ASPA 4I6MB 1R59O 4H5TA 3HTVA 5AQMA 2E2PA 3WEEA 2PBDA 5AQZA 3VEVA 4FOIA 5BREA 3FZKA 4Z94A 1GLBG 2A41A 3I33A 4IWVA 2CGKA 3W3DA 4FWKA 4EFHA 5BRFA 3FZFA 4CI6A 5LJWA 5F1XA 2GWJA 4B1WB 4GNIA 4F9OA 5BRDA 1X9JA 4MLHA 1NGJA 1Z05A 4FWNA 4H0TB 4QS7A 3GG4A 2E88A 2Q0UA 3UKUA 2FSKA 4BREA 1NWKA 1BA0A 3C7NA 2FLOA 3CJBA 3CETA 3JS6A 2NRHA 3O1BA 5FPMA 2PAVA 4JHDB 2P9SA 3BEXA 4FWOA 3U9ZA 2P9IB 3SMPA 5AQQA 4BRMA 2H3GX 2FSJA 1C0FA 3DXMB 4H5VA 4CZLA 5BR9A 5AQSA 2IVNA 4A2AA 1GLFO 4FO0A 4JAXA 2I7PA 1EQYA 3HI0A 3O5BA 1K8KB 4BRNA 2NLXA 4BRDA 3ZEUA 1QQOA 1QHAA 2CH6A 4H03B 3CERA 3GDQA 2EWSA 3VERA 4BR5A 4PL7A 4K43A 2CGJA 1XUPO 4PKIA 3O08A 3VENA 1WOQA 2ASOA 5EY4A 3M3ZA 2ASMA 2E2NA 5AQLA 4PKHA 3J8AA 2FF3B 1NMDA 1GLCG 5JICA 3R8EA 2E2OA 2P9NA 1SQKA 1BWFO 2E1ZA 2YHXA 3ZX3A 1QQNA 3FZHA 4Y0WA 4CZGA 2D1KA 3IUCA 3L6QA 3M6GA 1GLJO 3MN6A 2HF4A 3CI5A 4BRGA 3LM2A 3ULEA 3WXLA 4BC4A 1E4GT 4EHTA 2QWMA 1ZXOA 2E8AA 2J4RA 4J8FA 3FZMA 2FXUA 3VGMA 4BRKA 1V4SA 3JXUA 3B8AX 4DCHA 1KAXA 3ZETB 5EX5A 4QS8A 3ID8A 3R6MA 2D4WA 5F0XA 4BRLA 3WXKA 3FFKB 3WT0A 4BRHA 5BPNA 4BVPA 3I8BA 4BG8A 1SAZA 1E4FT 2HOEA 5AZJB 4CZHA 4HTLA 4I6MA 3LDNA 2ITMA 1HPMA 4O8KA 2ZWHA 3VETA 3UKRB 3H46O 4BGBA 4BRQA 1HKCA 3MK6A 4ISEA 3H3OB 2W40A 3MDQA 4FSVA 1Z6RA 2YI1A 4RWTA 3VF6A 3W0LA 5KPRA 4EAHD 3UE5A 3ATVA 3O8MA 4QS9A 3AAQA 1IJJA 4BC2A 3S41A 4FOEA 1S22A 2Q97A 3SJHA 3WQUA 4B1YB 3LDPA 3UB5A 1YAGA 4IXCA 3P4IA 1NGAA 1MDUB 3VEYA 3VESA 1LCUA 3VEWA 4H0OA 2GWKA 3O80A 2QWPA 2W41A 3HBTA 4XH1A 4CZMA 1YUWA 4JHDA 1BUPA 3TU5A 3KVGA 1NGIA 2ZGYA 3EKSA 4NB4A 1KXPA 2P9IA 5B8HA 1H1VA 2DPNA 1HUXA 3DXMA 2OANA 1X3MA 1NGDA 1DKGD 4WQ4A 4BRPA 5BPLA 4O5FA 1BDGA 5KQDA 5E84A 3ZX2A 1K8KA 2A40A 5ADXA 3AAPA 5AQVA 4FWSA 3QMLA 5CE3A 5E26A 3BF1A 3DWLA 4B1XB 4BROA 2P9UB 4JN4A 4FWPA 2Q36A 1GLDG 3L4IA 2ZF5O 4H5NA 3LL3A 2QWLA 3QDKA 2Q31A 1YXQA 3ATUA 3VF2A 2A42A 2YCHA 4IZ9A 2Q1NA 4BRCA 4B1UB 1T44A 2GTDA 1YVNA 4RCHA 3VOVA 3RSEB 5LY3A 4GY2B 5KPZA 2IIRA 4FWQA 5AR0A 5AFUA 1NGBA 5AQGA 3GE1A 2I7NA 3ZX0A 3U9DA 3DJCA 4H0YB 3SLCA 4FWMA 3WUHA 1ATSA 1HKBA 4FPBA 3TPQA 4C23A 3O1WA 4B9QA 2QM1A 3A5LC 2KHOA 5FPNA 4LC9B 1NGGA 4M63C 5AZIB 5ADXH 4E1JA 1NGHA 4XH4A 4H0VB 4H5WA 2YHYA 4H5RA 2QW9A 2YJFA 1IG8A 1CZAN 3CJ9A 2P9PB 3ZETA 5AQNA 5AQYA 3IFRA 2V51B 3WQTA 4YDUA 2F9TA 3L0QA 4BC5A 4BVOA 2QXLA 4EHUA 1TYQB 3DAWA 5AQWA 5AZJA 4WYBA 3D2FB 3WXJA 2P9KA 5AFUH 3M1FA 5BN8A 1NGCA 1HLUA 1MWMA 4BQLA 4CBXA 5I9EB 1C0GA 3CIPA 3UKRA 1NBWA 2QWOA 2FF6A 2YJEA 4ISGA 4FL9A 3VEZA 5BPMA 1ZC6A 3U4LA 1QQMA 3O4WA 3DXKB 2IVPA 5JMVA 3H1VX 3AY9A 3LM9A 3FR0A 3BF3A 1GLAG 1P8ZA 3CJ7A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4BR4A 4CJLA 5BRHA 4E1NA 3TAPA 1BG3A 3VPZA 3NF8A 3CF5L 4WFBL 1OKJA 1U2VB 4FWRA 5AQXA 4Z4GA 5F2RA 4DSKA 5EVZA 3GL1A 3MN5A 3F9KA 3D0PA 3THVA 4CBWA 3O3FA 1VHXA 2RHKA 3KTQA 3ZT1A 3IDHA 4FJ7A 3CJ1A 3HXMA 3CQ8A 4IDHA 1HNWK 1RBSA 3EE8A 2OCEA 3MN9A 3MCPA 4EP5A 2ZD1A 3EL2A 1TVRA 2ZJPL 4NYFA 4DSEA 2P5GA 3CJCA 1T6CA 2PZSA 4B3OA 3OYGA 3K2PA 3D6RA 4RW7A 3AVJA 3R9PA 4CIGA 3NBPA 1TKZA 1KSPA 1NLVA 1NJYA 3ZT2A 1BA1A 1S1WA 3MX5A 1U49A 2VWBA 4CZFA 1SZ2A 4ILJA 3L8BA 4JEPA 2A3ZA 3AVLA 2QI2A 2WOMA 5KTQA 1RT4A 4BACA 3PO4A 3OYKA 1BQMA 4MO4A 2NRXA 3QB0A 5FRMA 3VGKA 3OYIA 3PIOL 4BRFA 4I7FA 1EKEA 1I39A 4DHYA 3SUOA 1KFDA 4OX9K 2WUSA 1FW6A 3C7NB 4JKEA 2OZSA 1WLJA 4KHQA 3HVTA 1BHLA 4BR0A 3HOTA 2Z1IA 3VEOA 1UAXA 3AVKA 4YOTA 1QZ5A 2OPQA 4IOAL 1DTQA 3SAGA 4CGGA 4M45A 3P31A 1I3AA 3ID6A 3KD1E 1ESVA 3BP8A 4BQZA 2QWRA 1L3SA 4K25A 3LP2A 4O0JA 4B9VA 1RNHA 3O9QA 3FLCO 3ZEUB 1J54A 3LDQA 3SK3A 5HLFA 1JCEA 4IEEA 4YDUC 4M3YA 4FK4A 1WBDA 1SL2A 1GOAA 4A61A 4JI8K 1X3NA 1NK4A 4ILHA 3TTDA 4K41A 2EHGA 3OYDA 5AQKA 2W6LA 4C8KA 3OHRA 3THXB 1X1PA 3PIPL 3NHGA 3U6FA 1BU6O 1T6DA 3KZBA 4DSJA 2HHWA 4B1ZA 1HKGA 1JCGA 2WFBA 1K9MO 3Q7BA 1J5EK 2P9NB 1YIJN 3E66A 4CJFA 2QKKA 2B4JA 4GV3A 4B9SA 2F8TA 3AVGA 4KHPK 2V7YA 5CY4A 3OYEA 3CM5A 4CHZA 4C8OA 2QXFA 1VSIA 3G71N 3QBXA 3AVHA 3KWIA 3RR8A 4HCBA 3VQCA 1DGKN 1UA1A 1XQSC 1BL3A 3CHWA 4FLWA 3QFPA 2BTFA 1RT2A 1WAJA 5DMRA 3CJAA 4OPHA 4W5RA 1RGIA 4RTFD 2OTJN 3NDKA 1DTTA 2GUPA 4FLVA 2E20A 3KKRA 1Q18A 2Q3SA 2ASPA 4I6MB 3I0RA 2E2PA 5AQMA 3WEEA 4J2EA 5AQZA 3OBYA 4Z94A 4DTRA 1GLBG 3ZSXA 2P5OA 3W3DA 4FWKA 4EFHA 4HCCA 4CI6A 4O8UA 5LJWA 5D3GA 3KLGA 2D0CA 3C65A 4F9OA 1KC8O 4H0TB 1Z05A 4FWNA 1EWQA 3GG4A 2E88A 5SWMA 4CJ4A 3UKUA 5AJ3K 1XHXA 3JYTA 4FJIA 3JS6A 3DI6A 1VSDA 3Q7CA 3QNNA 3ZSZA 4BDPA 2P9SA 3T19A 3BEXA 4CFBA 3SMPA 5AQQA 2XHBA 2H3GX 1A5VA 1JXBA 1RTIA 2XO7A 4H5VA 4CZLA 5BR9A 2YHAA 1YHQN 4JAXA 5FROA 2O8FA 2XY8A 4B9MA 1QHAA 4H03B 3HK2A 2EWSA 3AGKA 4ELUA 2CGJA 1TV6A 2X6NA 3VENA 1U04A 5EY4A 3M3ZA 1P90A 4BE1A 4CEZA 1IKWA 1TKTA 1NMDA 3OYCA 4B3TK 1BCOA 5GAGP 2E2OA 4WCEL 4CVNE 2YHXA 3V1RA 5J2QA 2IS3A 3FZHA 3IUCA 1HNIA 3L6QA 3PO5A 1SKSA 3NF9A 3V9XA 2HF4A 4CF0A 3CI5A 1NJXA 3NMUA 4E7HA 2HBMA 3TTCA 1E4GT 2O8EA 2HHHK 2UXBK 4J8FA 1QSYA 2FXUA 4CCHA 2O4GA 4X65K 3KIOA 4DCHA 2FBVA 1R0AA 5HRSA 1SKRA 1KAXA 1LW2A 1VSFA 2ZJQL 5EX5A 4KFBA 1T8EA 1Q9YA 4LD0A 3NF6A 1C0UA 4BVPA 4FVMA 4CK2A 3I8BA 4DLGA 1FK9A 4DU1A 3J7AP 3H46O 1FJGK 3HSTB 4BRQA 1HKCA 2GUIA 1WN7A 3MDQA 4FJ5A 3PX0A 4FSVA 3PSIA 1NJZA 3NFAA 4RWTA 3EYZA 3W0LA 1Z26A 3HP9A 1LV5A 3EY1A 1B9FA 3ZSOA 3UE5A 5HOOA 1IJJA 4ID1A 4FM1A 1DLOA 4B9NA 4FOEA 4X64K 4M3RA 1EO1A 3ZSWA 1YAGA 3T69A 3P4IA 3K5LA 1NGAA 1MDUB 3AO3A 3VEWA 4CEEA 2G8FA 4LFBK 4DQPA 4XH1A 3HBTA 4FK0A 3VQDA 4JHDA 2ZGYA 4NB4A 3AA4A 3VQQA 3CCEN 4OPAA 2OPPA 5GINA 3L2WA 5I3UA 1RTDA 2QKBA 4LY7A 3U3YA 4CEOA 3CCQN 4BRPA 4O5FA 4BWJA 3SBTA 4F3OA 1KLMA 4JRQA 1S5JA 5E84A 1K8KA 3OYFA 4B9TA 3P39A 1HYZA 3DM2A 3BF1A 4OJRA 3DWLA 3KLEA 4B1XB 4BROA 4FXDA 4ZTJA 3ITHA 4DSLA 3UIQA 4H5NA 2HB5A 4CEBA 5KRSA 1YXQA 3P5JA 2Z1GA 1T05A 2UUCK 3HT3A 4MFBA 3VOVA 5LY3A 4GY2B 3GE1A 3ZX0A 2F8SA 2UXDK 3VQ4A 3SLCA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 3LPT A;  2ZF5 O;  3O9U A;  4JKD A;  1VSJ A;  3QIO A;  2QWL A;  2E4L A;  3ATU A;  1ASU A;  2A42 A;  3P1G A;  3SNN A;  2Q1N A;  4DU4 A;  4AIL C;  2R7Y A;  2KQ2 A;  1YVN A;  1HRH A;  4DTU A;  3K57 A;  1K73 O;  2IOC A;  2HNY A;  5AQG A;  3HOS A;  4KB1 A;  4H0Y B;  4CJR A;  1S9G A;  5BR8 K;  3E9O A;  4FWM A;  1I94 K;  4LFA K;  4CJV A;  2KLA A;  2QM1 A;  1JXE A;  4O55 A;  3AVC A;  4YOU A;  5AZI B;  1IKX A;  4H0V B;  3OW2 M;  4H5W A;  4DR6 K;  4JV5 K;  4PA1 A;  1IG8 A;  1CZA N;  3AO4 A;  5HRO A;  3C6U A;  2OZM A;  4YDU A;  3R3L A;  2F9T A;  3L0Q A;  3SPY A;  2IC3 A;  4PUO A;  4MDB A;  2XY5 A;  2YNG A;  1VQO N;  3D2F B;  3M8S A;  4B9L A;  3M1F A;  5BN8 A;  4CBX A;  1HLU A;  1C6V A;  4BQL A;  3MEE A;  3CC7 N;  4FJL A;  1K6Y A;  1D5A A;  4FL9 A;  5BPM A;  3M8Q A;  3U3G A;  1KCF A;  2IVP A;  5JMV A;  4FZZ A;  2RE2 A;  3RMB A;  4LF7 K;  1GLA G;  2YKN A;  3MCA B; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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