4FWMA

Crystal structure of salmonella typhimurium propionate kinase (tdcd) in complex with atp
Total Genus 139
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
139
sequence length
394
structure length
394
Chain Sequence
FPVVLVINCGSSSIKFSVLDVATCDVLMAGIADGMNTENAFLSINGDKPINLAHSNYEDALKAIAFELEKRDLTDSVALIGHRIAHGGELFTQSVIITDEIIDNIRRVSPLAPLHNYANLSGIDAARHLFPAVRQVAVFDTSFHQTLAPEAYLYGLPWEYFSSLGVRRYGFHGTSHRYVSRRAYELLDLDEKDSGLIVAHLGNGASICAVRNGQSVDTSMGMTPLEGLMMGTRSGDVDFGAMAWIAKETGQTLSDLERVVNKESGLLGISGLSSDLRVLEKAWHEGHERARLAIKTFVHRIARHIAGHAASLHRLDGIIFTGGIGENSVLIRQLVIEHLGVLGLTLDVEMNKQPNSHGERIISANPSQVICAVIPTNEEKMIALDAIHLGNVKA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Transferase
molecule keywords Propionate kinase
publication title Mechanistic features of Salmonella typhimurium propionate kinase (TdcD): insights from kinetic and crystallographic studies.
pubmed doi rcsb
source organism Salmonella typhimurium
total genus 139
structure length 394
sequence length 394
ec nomenclature ec 2.7.2.15: Propionate kinase.
pdb deposition date 2012-07-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00871 Acetate_kinase Acetokinase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4fwmA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4fwmA02
1CZAN 2P9NA 4BRAA 2YHYA 3WEEA 4CZLA 2E2QA 3C7NB 2Q0RA 3U8XA 1HLUA 5JICA 1NBWA 2YJFA 3I33A 2FLOA 4K42A 4LC9B 5BRDA 4JNEA 3CQYA 3BP8A 4K25A 1NGGA 3M1FA 4K41A 2E8AA 2V7YA 1RGIA 3M3ZA 3UKUB 2P9NB 3WEEB 2AP1A 1GLLO 2KHOA 2A6AA 5AQJA 1QQMA 3B8AX 1NGFA 2QXLA 1MDUB 1T6DA 1BUPA 2P9KA 5AFUA 3LM9A 4BGBA 3WQUA 3QFPA 5F2RA 4F9OA 3HM8A 4MLHA 3SLCA 3FZMA 1BWFO 1NWKA 3LDOA 4FWOA 1NM1A 4IZ9A 5AQMA 3ZX0A 3HI0A 2A42A 1GLBG 3H3NO 3O8MA 3I8BA 1OKJA 4B1UB 2HF4A 4JN4A 3ZEUA 4BG8A 3AAQA 1X3NA 2GTDA 3A5MC 2QWRA 1X3MA 4BVOA 5AQYA 3QB0A 1NGAA 1TYQA 2P9UA 3VGLA 3KHYA 1TUYA 4FPAA 3FZKA 3HBTA 2E20A 4IJNA 1BO5O 1HPMA 3ZX2A 3DXMA 5B8HA 2EWSA 3UKRB 4NB4A 4FPBA 4BRDA 1T6CA 3O80A 4FWSA 1X9JA 1HKBA 1QHAA 3A5NC 4ISEA 4PL7A 3MN9A 5JLHA 3QBWA 3QMLA 3WXJA 5KQDA 5LY3A 1TYQB 2P9UB 3VESA 2YI1A 3A5LC 5AZJB 3LM2A 1ZXOA 5EY4A 3GOIA 5AZIB 1T44A 3DXMB 2Q36A 3D2EB 3QBXA 3A5OC 4EFHA 1KAYA 1S22A 3CJBA 4BR5A 2ZGZA 2GELA 4FWLA 3VOVA 2D1KA 4BRFA 3QDKA 4MLEA 1WOQA 3FGUA 4CI6A 4HTLA 2OANA 3ENOA 1SQKA 2CH6A 5AQGA 5AR0A 2IVNA 2WUSA 2AA4A 3ATUA 4WQ4C 4BRLA 4BR0A 5CE3A 1NGIA 2NLXA 3QFUA 3ID8A 4BREA 1NMDA 4RWTA 4L3QA 3VF2A 3EZWA 2QW9A 3DAWA 1Y64A 4JD2A 1JCFA 2FSNA 1ESVA 2J4RA 2VWBA 5JMVA 4H0XB 4BR7A 4WQ4A 5EOYA 3MN6A 4FWMA 5TKYA 5AQKA 3BEXA 1HX1A 4RCHA 1JCGA 5BPMA 5E84A 4GNIA 3DWLA 3GBTA 4A2AA 2I7NA 3H46O 3FR0A 3O4WA 5F1XA 1HJOA 2E1ZA 4BC2A 4XH4A 1BDGA 3EKSA 1DGKN 1V4TA 3WQTA 2E2PA 1U2VA 1XC3A 1K8KB 4I6MA 2GWKA 4IO8A 2D4WA 2V7ZA 3MCPA 3HTVA 4H0YB 4CBWA 4PL8A 3IDHA 1YVNA 3LDPA 3WXIA 5AQUA 4BRCA 4CBXA 5KPTA 4MO5A 5KPZA 3IFRA 2IVOA 3CJAA 1GLFO 3VGMA 2Q31A 3ZETA 5AQHA 3EO3A 1U2VB 1BA0A 1NGDA 4H5NA 4BC4A 1RDWX 2QWQA 3ATVA 4BQLA 1KAZA 3LDQA 4M63C 1MA9B 2ITMA 5FPEA 2QWOA 5AQIA 3CJ1A 1BG3A 4AM6A 2YCHA 1MWKA 2P9KB 4A62A 3FE1A 4B1VA 3GG4A 5AQSA 3VEWA 4BQZA 3FLCO 4A61A 1Z6RA 3M6GA 3VENA 5ELZA 3O1BA 2VYPA 1HUXA 4PKGA 1MWMA 5E26A 1J6ZA 1GLCG 2GUPA 1SAZA 4EIAA 3KZBA 1NGCA 2DPNA 2YHXA 1G99A 5BRFA 4RTFD 3VF4A 4PKHA 3LDNA 3ZEUB 1SZ2A 4PKIA 3H1VX 3W0LA 1GLJO 2HMPA 3U4LA 1QZ5A 3R8EA 5AQNA 3CJ7A 5EX5A 2E88A 4BRNA 1JCEA 4H5VA 3MN7A 3R9PA 4EHTA 3JS6A 3WT0A 4CBUA 2HF3A 4KBOA 5EVZA 5LJVA 3IMXA 4QS8A 4CD1A 3RSEA 2Q1NA 3MK6A 2UYTA 4H0OA 3W3DA 1ZBSA 3J8AA 1LOTB 5AQOA 4DQ8A 3ULEA 1IJJA 2P9LA 2CGLA 2FF6A 3WXLA 3BF3A 3CERA 2E2OA 1NGEA 2E1YA 4BR9A 4E1JA 2P9IA 3FFKB 4JAXA 3RSEB 3TPQA 4DCHA 4A2BA 3SK3A 3VEOA 2QWLA 3HZ6A 3VEYA 5BPNA 4CJ7A 4B1XB 1QQOA 3ULEB 4IXCA 4XH1A 4BGAA 2A41A 3P4IA 4BR2A 2P9LB 1Q18A 3TU5A 4XH5A 4JHDA 4BRMA 3QICA 1V4SA 5FPDA 3AAPA 3SMPA 4K43A 2P9IB 2QWPA 3IUCA 5BN8A 2P9SA 3MN5A 3S41A 4FOEA 2W40A 2D0PA 1ATRA 1HKCA 3FZFA 3MDQA 2Q2RA 2Q97A 4ISFA 3O5BA 4B9QA 2V51B 4BRHA 2GWJA 4JD2B 3C7NA 1DKGD 5KPRA 1D4XA 4CZFA 4CZGA 5KQ8A 4FWNA 2ZGYA 4H5TA 3CJCA 2FF3B 3C0BA 3CHWA 1BU6O 3WUHA 2QWNA 4FO0A 2P9SB 3FZLA 5FPNA 3O6WA 5I9EB 1XQSC 3L4IA 1WUAA 1IG8A 5AFUH 5AQPA 5BN9A 1BA1A 2P9PA 3UKUA 2IVPA 3GDQA 5AQLA 4BG9A 1ATNA 4BR4A 3VERA 1GLDG 1YXQA 1NGBA 3CQXA 1U6ZA 4M7XA 3H1QA 1GLEG 2ZF5O 1DEJA 3A0IX 3JXUA 2BTFA 3DXKA 2NRHA 1ATSA 5ADXA 3CETA 2ASMA 3H3OB 3L6QA 3VEVA 1QQNA 4I6MB 1KAXA 2ASOA 3OHRA 3UB5A 4QS7A 5LJWA 4BVPA 1S3XA 2QWMA 2P9PB 4ISGA 1E4FT 5AQVA 2FXUA 5AQXA 4CZEA 3D7EO 4FOIA 3U9ZA 1KXPA 4YDUC 3SMSA 3VF6A 4BRPA 5BREA 3GE1A 4IJAA 4BC5A 2A5XA 3DXKB 4DHYA 3WXKA 1GLAG 4BRGA 2CGJA 3ZETB 4C23A 4YDUA 3UE5A 3GL1A 4EAHD 4MO4A 4Y0WA 5AQFA 3L0QA 3CJ9A 4BRIA 5FPMA 3ZX3A 4WQ5C 1LCUA 2YJEA 1EQYA 3UKRA 3VGKA 4BRKA 4M7YA 4CZMA 4H03B 5F0XA 2F9TA 4HWIA 4CD3A 4BRQA 3U9DA 2ZWHA 4H5RA 4WQ5A 3AARA 3H6EA 4H0VB 4J8FA 2D0OA 5BRHA 5JLFA 3LDLA 3VPZA 2QM1A 3DJCA 5AZJA 3VEXA 4FWPA 2CH5A 3O1WA 5AZIA 3BUZB 3EL2A 3EKUA 1NGHA 4FSVA 4EHUA 3D2EA 5BPLA 4BC3A 3D2FA 3O08A 4B1YB 1HKGA 3VEZA 2PAVA 1YUWA 1H1VA 1C0FA 3BF1A 4Z94A 4GY2B 4H0TB 3HSCA 2I7PA 2F9WA 3CIPA 4FWRA 5AQZA 4CZIA 4DB3A 4H0PA 1R59O 3MMVA 1C0GA 2GEMA 4FWKA 4BROA 2H3GX 1P8ZA 5EXWA 5BR9A 3FZHA 4B1WB 4O5FA 1NLVA 3D2FB 3H45C 1ZC6A 1Z05A 4NO7A 4B1ZA 3EN9A 2Q0UA 3A8YA 2W41A 1NGJA 5AQTA 4XEIA 2A3ZA 3AY9A 3R6MA 2ASPA 4O8KA 4AM7A 4FL9A 1TUUA 3G25A 2HOEA 4QS9A 2FSKA 2NZTA 2V52B 5AQWA 4CZKA 2YHWA 2FSJA 3SJHA 3VETA 4CZHA 4CZJA 3F9MA 3CI5A 1BOTO 4JHDB 3LL3A 1XUPO 5AQRA 5AQQA 2VCPA 2E2NA 4IWVA 3KVGA 4WYBA 2IIRA 3ENHA 4H5WA 2A40A 1E4GT 2CGKA 1YAGA 1RFQA 1QZ6A 4FWQA 2PBDA 1K8KA 5ADXH 2BUPA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2P9NA 4I2QA 4PUOA 3CCEN 2HBJA 2Q0RA 3I8DA 3SZ2A 2W42A 1LWFA 5BRDA 1GOAA 3KKSA 4A57A 4IFVA 4CGJA 4Z4IA 1XC9A 1RTHA 4YHHK 3HP9A 4RW4A 3UKUB 4CJWA 2P9NB 2YV0X 4WFNL 1GLLO 4HHTA 1CXUA 1NJIO 1N8RO 1HJRA 4CJKA 3LWLA 4KV8A 3NHGA 1MDUB 2NRZA 4UY8O 5AFUA 1TGOA 4BGBA 3WQUA 4J2EA 4FVUA 3TSQA 1EO1A 4IZ9A 5AQMA 3ZX0A 5J1EA 1GLBG 3O8MA 3SAFA 3KLGA 3EYZA 3J80O 3V9UA 2QKKA 3AAQA 1N34K 2GTDA 4B9VA 4BVOA 3MEDA 1RT4A 2Y1IA 1NGAA 2HHWA 4FJ5A 1HNIA 3K57A 2O8FB 4F2SA 2P9UA 3VGLA 2OPRA 4FPAA 3FZKA 4IJNA 4W5NA 2E6MA 1M90O 4DU1A 1HPMA 3ZX2A 5IWAK 3DXMA 3NF6A 2EWSA 1BQNA 1IKWA 4BRDA 2QI2A 2G8HA 3G4SN 1D9FA 1X9JA 4E1MA 1HKBA 3A5NC 4ISEA 1BL3A 3C6UA 5JLHA 4JI1K 3QBWA 4U7BA 2NUBA 2P9UB 3VESA 2UUBK 2YI1A 3NH0A 4IFEA 1Y97A 4M3XA 4LH5A 1L5UA 2OPSA 4DUZK 4LFAK 3LP2A 3DXMB 2Q36A 3D2EB 3SBGA 1JXBA 1RT3A 4NLCA 3TTCA 4BR5A 4CGDA 3O9QA 1J5EK 4FWLA 1NJYA 1OVYA 3CG7A 5CY4A 4BWJA 3MCAB 3J7YP 4BDPA 3IKMA 3ZYYX 2YKMA 4DR7K 5AR0A 3AVNA 4BR0A 4CF2A 4RWTA 4L3QA 3C6HA 1REVA 3EZWA 3AGRA 3OYCA 3NH1A 4GV6A 4JI6K 1ESVA 5TKWA 2KKZA 5JMVA 4BR7A 3DRPA 5C12A 5AQKA 1KD1O 4ZTFA 1JCGA 1RBVA 1RDAA 1X9MA 4N41A 2BH1A 4KAZA 2PYJA 4CEOA 3V4IA 3B6OA 4W5RA 1LV5A 3AVFA 2P51A 4J2DA 5F1XA 4JKEA 4BDYA 4C8OA 5KGWA 3LP0A 2XY7A 3ZSVA 2D0CA 4XH4A 3VQ6A 2OYQA 4UQGA 1DGKN 1V4TA 3NF9A 1K8KB 1ZBIA 1X1PA 1HNWK 5GAHP 3OYGA 3LDPA 5AQUA 3JSMA 4JKFA 1N32K 5FRNA 5M1NA 4OKEA 4KI6A 2KZMA 4AHSA 1NK8A 3OYDA 1DTQA 3KK1A 2ZE2A 4H5NA 1RDWX 2QWQA 3S3MA 4PHTX 1RNHA 2B4JA 1YJNN 4XIUA 2ITMA 4DSEA 5FPEA 4BDZA 3H08A 4JI3K 2YCHA 1SL1A 1MWKA 4A62A 4B1VA 2YNGA 2YNFA 3GG4A 4C1NI 1U4BA 3PSFA 4CF9A 5C25A 1WSEA 3G6EN 4CHZA 2GUPA 2VG7A 3K5NA 4FLVA 4O44A 1S1UA 2YHXA 4LD0A 4E7IA 1QHTA 5BRFA 3E1YA 2FBXA 4LF5K 3OYAA 2GBZA 3AVAA 1CZ9A 3SV3A 4JKGA 4DFPA 4PQUA 4O55A 1IKXA 3HVRA 2IOCA 3R8EA 3AGKA 5FROA 3WT0A 5LJVA 3MWPA 4QS8A 3O9TA 3QLHA 3MX5A 4JK9A 3RSEA 2Q1NA 4DLGA 2YNIA 4M3RA 1EP4A 2D0BA 4DG1A 4E7HA 1T05A 4DQ8A 3ULEA 5AJ3K 1IJJA 2CGLA 3CYMA 2O8EA 1JLQA 3WXLA 3E01A 5C2DA 5MLCQ 1VRUA 2VQEK 2E1YA 5CZ1A 4BR9A 3LPUA 4E1JA 3ASMA 1OH6A 3RSEB 3TPQA 3RR8A 4A2BA 1RT1A 3VEOA 2QWLA 3CC2N 4FJ9A 2O8DB 4CJ7A 4DR2K 4BE1A 3VA0A 3ULEB 3P4IA 3HP6A 2O8EB 3UIQA 1CZBA 4JHDA 1VQ8N 1V4SA 5J2NA 3AAPA 3SMPA 3TR8A 3NF7A 5FLXO 4DFJA 3IUCA 2P9SA 4FOEA 2W40A 2D0PA 4FM2A 4CF0A 4IKFA 4ISFA 4QOZB 4B9QA 3PX4A 3OYHA 4BRHA 1FXXA 2I5JA 3ZT1A 1OVQA 4CZGA 4C8MA 2UXCK 4KKOA 4A5BA 4U67L 3G10A 4I9LA 1BU6O 2ZQBA 3AV9A 4B3OA 1NOZA 2P9SB 1UA0A 3O6WA 3L4IA 3K0SA 1XMQK 5AFUH 1WLJA 4JV5K 4CFCA 5BN9A 2E5LK 1ZBHA 4W5TA 1KTQA 4LH4A 4BR4A 2Y1JA 3VERA 1GLDG 1NGBA 4DR6K 1C1CA 4Z4FA 4CCHA 3KLIA 3HOSA 2NRHA 1ATSA 4Q0BA 3RTVA 4DTNA 3CETA 1JLFA 2X6SA 1HNXK 1QQNA 1T7PA 4ELTA 3OHRA 4QS7A 1S3XA 2A1SA 1E4FT 5AQXA 3VTHA 1A5VA 4FOIA 4BRPA 4NCBA 3DMJA 3GE1A 1W2BM 4MQ3A 4BRGA 1IH7A 1EXQA 3SQ0A 4J2BA 4YDUA 1C1BA 1KVAA 3QEPA 3GL1A 1VK0A 4F3OA 1C0MA 4WQ5C 3SI6A 3VGKA 3D6RA 1VRTA 4CD3A 4BRQA 1D8YA 2ZWHA 3TAPA 3AARA 4JI7K 2Z1JA 2D0OA 3QNOA 1I94K 3LANA 3LDLA 5DM7L 4F8RA 3CFRA 5AZJA 3VEXA 4FCYA 3AVGA 2G8FA 1E3MA 1VAZA 1RT5A 4C8NA 4KTWA 1S9GA 3BUZB 4M42A 3EKUA 2P5OA 1NGHA 1TL3A 4IEIA 3D2FA 3O08A 1K73O 2KQ2A 3AA5X 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1CZA N;  2P9N A;  4BRA A;  2YHY A;  3WEE A;  4CZL A;  2E2Q A;  3C7N B;  2Q0R A;  3U8X A;  1HLU A;  5JIC A;  1NBW A;  2YJF A;  3I33 A;  2FLO A;  4K42 A;  4LC9 B;  5BRD A;  4JNE A;  3CQY A;  3BP8 A;  4K25 A;  1NGG A;  3M1F A;  4K41 A;  2E8A A;  2V7Y A;  1RGI A;  3M3Z A;  3UKU B;  2P9N B;  3WEE B;  2AP1 A;  1GLL O;  2KHO A;  2A6A A;  5AQJ A;  1QQM A;  3B8A X;  1NGF A;  2QXL A;  1MDU B;  1T6D A;  1BUP A;  2P9K A;  5AFU A;  3LM9 A;  4BGB A;  3WQU A;  3QFP A;  5F2R A;  4F9O A;  3HM8 A;  4MLH A;  3SLC A;  3FZM A;  1BWF O;  1NWK A;  3LDO A;  4FWO A;  1NM1 A;  4IZ9 A;  5AQM A;  3ZX0 A;  3HI0 A;  2A42 A;  1GLB G;  3H3N O;  3O8M A;  3I8B A;  1OKJ A;  4B1U B;  2HF4 A;  4JN4 A;  3ZEU A;  4BG8 A;  3AAQ A;  1X3N A;  2GTD A;  3A5M C;  2QWR A;  1X3M A;  4BVO A;  5AQY A;  3QB0 A;  1NGA A;  1TYQ A;  2P9U A;  3VGL A;  3KHY A;  1TUY A;  4FPA A;  3FZK A;  3HBT A;  2E20 A;  4IJN A;  1BO5 O;  1HPM A;  3ZX2 A;  3DXM A;  5B8H A;  2EWS A;  3UKR B;  4NB4 A;  4FPB A;  4BRD A;  1T6C A;  3O80 A;  4FWS A;  1X9J A;  1HKB A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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