1VSMA

Asv integrase core domain in citrate buffer ph 5.0
Total Genus 52
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
52
sequence length
146
structure length
146
Chain Sequence
GLGPLQIWQTDFTLEPRMAPRSWLAVTVDTASSAIVVTQHGRVTSVAAQHHWATAIAVLGRPKAIKTDNGSCFTSKSTREWLARWGIAHTTGIPGNSQGQAMVERANRLLKDKIRVLAEGDGFMKRIPTSKQGELLAKAMYALNHF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords PROTEIN (INTEGRASE)
publication title Structural basis for inactivating mutations and pH-dependent activity of avian sarcoma virus integrase.
pubmed doi rcsb
source organism Rous sarcoma virus (strain schmidt-ruppin)
molecule tags Hydrolase
total genus 52
structure length 146
sequence length 146
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1998-09-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1vsmA00
1RT1A 5CYQA 3AVJA 1EKEA 3K5LA 3U3YA 1XHXA 1XWLA 1BQNA 4DTUA 3THVA 1A5XA 3S3MA 3HPOA 2B4JA 4HCBA 3VQEA 1Z25A 1BI4A 3DLEA 3KK2A 4HUGA 4FCYA 1X9MA 1L5UA 3K58A 4J2BA 2HHWA 4M42A 1C0MA 1LWFA 1TV6A 1QHTA 2E6LA 3P5JA 3L2QA 1T7PA 4FYDA 3AV9A 1KVBA 3NE6A 3AVBA 2Z1GA 3AO5A 1HNVA 4RG8A 4RW8A 4O55A 4CEQA 3NCIA 5EU7A 3OS1A 3QESA 1UA1A 2RF2A 3VQ8A 3KJVA 4FLYA 4DFJA 1CXQA 4O0JA 2OPRA 1W9HA 3NBPA 1RBTA 2GBZA 1UAXA 4Q5VA 3KTQA 2KW4A 3VQPA 1RILA 5FROA 4Z4HA 4RW7A 4KHQA 4FZZA 1ZBUA 4GVMA 5KRSA 4CEDA 4F3OA 4KAZA 3SUNA 3LP0A 4DTXA 2P5OA 1JLFA 3L3VA 3VQQA 4CGDA 2G8WA 1YTUA 2BE2A 2IS3A 1RT6A 4MQ3A 4E89A 4DTMA 1N6QA 3DOKA 3VQ5A 4B9NA 4FLUA 3D0PA 1RT3A 1BIUA 5HBMA 3ZT2A 1Q9XA 3OYFA 2KFNA 3LAKA 4W5OA 3MXMA 1NK4A 1EX4A 4JS4A 3OYLA 3VQ6A 1KRPA 2ATQA 3G10A 3SV3A 2VWJA 3TAEA 1FXXA 3OJUA 1L3UA 3FFIA 4I2PA 2VG6A 3WNFA 3OYGA 2P51A 3KKRA 4NYFA 3QINA 1U4BA 2HHUA 3CFOA 2XY8A 3KK3A 3K5OA 4DQSA 3HPGA 3NF6A 4BDPA 3UIQA 2OPSA 1HPZA 2X6NA 1S6QA 4CGHA 1L3TA 3C95A 3CG7A 2EX3A 2ETJA 1Y97A 1I3AA 3KKSA 1D5AA 1C0UA 2GV9A 4M3XA 2IOCA 4M3ZA 4RW9A 4CF2A 1GOCA 3M8SA 4CJ5A 1JLCA 3VN5A 4FZYA 1F21A 1VRTA 5C24A 4C8MA 4CJTA 2HB5A 1RT2A 3HPHA 4DSKA 4FJHA 2G8UA 4FVMA 4G1QA 4F8RA 4H4MA 4CJLA 5C42A 3KD1E 3SPZA 4JLHA 3DI6A 4M45A 1QSLA 2XY6A 1U45A 4KHNA 1L3VA 4Z0UA 3CM6A 4JRPA 4CEZA 5CYMA 2XRIA 1BL3A 1YVUA 4B9SA 4B9TA 4CJQA 4Q0BA 4NCAA 2AJQA 2Q3SA 4DTJA 4CJWA 4B9MA 1RTDA 4UQGA 1A5VA 1JLEA 4Z4FA 4FLWA 5D3GA 2DY4A 1K6YA 3ITHA 3PUFA 1J5OA 2YKNA 1SKRA 1X1PA 1LAVA 3AVIA 3L3UA 5HRSA 4E7IA 4B9LA 4F2SA 1TKZA 2P5GA 4CJEA 1G15A 5T7BA 4DWIA 3E01A 1NK5A 2YHAA 4J2AA 4AHVA 2RN2A 1JL1A 3I0SA 4LSNA 4WE1A 3AA5X 3V1RA 3ZSVA 3SQ0A 3PO4A 2QXFA 4EZ6A 4E3SA 3NH2A 3HVRA 1HYZA 1UA0A 2A1SA 1D8YA 3SQ2A 3NF9A 2KZZA 4H4OA 1CXUA 1HJRA 4CIFA 3AVMA 3OVNA 3S3NA 1IKXA 3KLFA 1LAWA 4ID5A 3ZT4A 4CEBA 4W5TA 2QK9A 3LPUA 4BACA 5JS1A 4CJSA 4DSFA 2W42A 1C0TA 3TABA 3QEVA 4KO0A 1T8EA 4B8CA 1RDDA 1SL1A 1HRHA 3WNEA 1LV5A 5KGWA 1X9WA 4E0DA 1KVCA 1TK8A 1Q9YA 3ULDA 4CF1A 1XHZA 4OGEA 3TR8A 3HSTB 3HK2A 3OS0A 3AA4A 3LZJA 2ZQBA 3SUQA 4YFUA 1WSIA 1VSEA 3QNNA 4CIEA 3AO1A 2HNDA 4OPKA 1ASVA 1S1XA 4OKJA 4KREA 2X78A 3AA2A 4FJIA 3SI6A 5C25A 4EP4A 1GOAA 4FJ5A 2WOMA 3L2VA 2ITGA 1L3SA 2GUIA 4JS5A 4HVJA 1ZBFA 4O44A 2E4LA 2YHBA 4DSIA 4LD0A 4DS4A 1S9GA 1WSHA 3AVCA 1NOYA 1TKDA 3PO5A 3OYMA 1EXQA 3OYAA 2OYQA 4FJ8A 4KI4A 2RPIA 2JGUA 1WSEA 2OPQA 4KTZA 1HYVA 1TGOA 1JKHA 3OYCA 1RDCA 2QKKA 2Z1HA 4FXDA 4CK3A 3OYEA 4I9LA 1RBRA 3HVTA 1C1AA 1WN7A 3MEDA 1D9FA 4IG0A 3DMJA 2WONA 3VA0A 3RMCA 1SUQA 3LP3A 1IKWA 4M41A 2HNZA 1ZBIA 3LAMA 1W0HA 3VA3A 5E41A 1CZ9A 3KLEA 4KPYA 3WNGA 4CJFA 1RBUA 3AO2A 3PX6A 2KFZA 2HHQA 3NFAA 2A1RA 4M3YA 1VSMA 1IG9A 3LALA 4AILC 4LY7A 3HXMA 4ELUA 4CFBA 3TARA 3QEIA 3QIPA 4PWDA 3ZSWA 3AVHA 1TAUA 4BDZA 3DYAA 4Y1DA 3NGZA 3M8QA 4LH5A 3ZSYA 1S9EA 3EYZA 3L2RA 4DFMA 4KB1A 4B9UA 5SZTA 3DLHA 4OLAA 3OYHA 3DRPA 1A5WA 3LANA 4IFYA 4AH9A 5HRNA 3KLHA 2OA8A 1BISA 2Y1JA 4BDYA 4L8RB 2F8SA 2HHVA 4KTWA 1C6VA 4CFAA 1FK9A 4N76A 1KFSA 4Y1CA 4DSJA 3OYJA 1VSDA 2D5RA 4K8ZA 4CFDA 4KHUA 3OS2A 4DSEA 3SQ4A 4CHOA 4OGCA 2PY5A 3EY1A 4DU1A 3NHGA 3AVKA 4BWJA 3MAQA 3U6FA 1GOBA 1WSJA 2IC3A 4DU4A 1D9DA 2R7YA 1JL2A 4C8NA 3HP6A 3O3GA 4PUOA 3CYMA 3ZCMA 5HRPA 2HVIA 3C6UA 4FJXA 1S1WA 3TAPA 1QS4A 1S1VA 1HQEA 1JXEA 3V6DA 4F4KA 3SPYA 3U3GA 1RT4A 4E7LA 4DTPA 1S5JA 3ZSXA 3JSMA 3QNOA 3KLGA 3PV8A 2QKBA 3V9WA 3V81A 1WAFA 4FLXA 1J54A 4ICLA 4FM2A 1R0AA 3ZT1A 5I3UA 3A2FA 4M3RA 1NJYA 3BDPA 1WLJA 2FBVA 1B9FA 2FC0A 3B6PA 1LWEA 2YNGA 3DRRA 4CK2A 4ZHRA 3KIOA 4O5BA 4Z4CA 2E6MA 1S6PA 2YV0X 2Y1IA 3T3FA 1N5YA 4C8KA 3SNNA 1O1WA 3MXJA 4DTRA 3IAYA 2G8IA 4CEFA 2HW3A 2PYLA 4FJ9A 3SZ2A 3MEGA 4KI6A 3K59A 5HLFA 4B08A 1WNSA 2P1JA 4DQRA 3AVNA 3I0RA 3M8PA 4CESA 3KD5E 4CJ4A 3HP9A 1YT3A 1MU2A 3LPTA 4RW6A 3ZSQA 4CHYA 1NK6A 4FJKA 4PA1A 3TANA 4BWMA 3QERA 3VQ9A 3OY9A 2NUBA 3RMBA 3SJJA 5SWMA 3OYKA 3RR7A 4ELTA 4E7HA 2D0AA 1T03A 1JLQA 3O4NA 3L2WA 1RBVA 3F9KA 4KB0A 4DF8A 1JLGA 2XY5A 4BE1A 1UOCA 3HO1A 5KTQA 3LZIA 3NH0A 1NJWA 3NH1A 3VQAA 2VWKA 4F2RA 4N47A 5CZ2A 1BQMA 1ASWA 3B6OA 4XIUA 3KLIA 1NJXA 4E1MA 4CEAA 3TWHA 4FZXC 3TAFA 5J2PA 4DTNA 3AO3A 1S1TA 3V9XA 4DTSA 4CF9A 4GW6A 4FLVA 4DU3A 1RTJA 3DOLA 3PX4A 4CGIA 1YTAA 4TSXA 2RKIA 1UWBA 1TK0A 1NK0A 4Z4GA 1EETA 1TVRA 3ZSRA 4DSLA 3AA3A 1ZBHA 2VG5A 4CFCA 4N56A 3M8RA 5J2NA 3RMAA 5CZ1A 2YKMA 4AHCA 1NK7A 4CCHA 3RR8A 1FKPA 2PZSA 3L8BA 2FBXA 2I5JA 3V4IA 1ASUA 3P83D 4E7JA 1QE1A 4DFPA 4CJUA 1NKBA 1HNIA 3C6TA 3DM2A 5HRRA 4AHRA 4JRQA 2X74A 5J2MA 1KCFA 1LW2A 2OZSA 4J2EA 1NOZA 4F3TA 3DLRA 4FJ7A 3TAQA 4EP5A 1DTQA 3ALYA 3ZT3A 4FM0A 3LWMA 1QTMA 2D0BA 2YNIA 1BHLA 3RTVA 1QQCA 3ZSZA 3ZSOA 4OKEA 3H08A 4CHZA 1U48A 4DLGA 4HHTA 3SUPA 4I7FA 3CFPA 4DTOA 3CFRA 2HHSA 1RNHA 3AO4A 3QEWA 3SQ1A 4DQPA 4CGFA 1C1CA 3NDKA 4DLEA 4E7KA 1NJZA 2Z1IA 4CJ3A 1VSKA 3IRXA 4GMJB 3VQ7A 1IH7A 5CY4A 4N5SA 3HT3A 3RRGA 1ZYQA 4C8LA 2ZD1A 4KRFA 2O4GA 2HMIA 5KGXA 5J2QA 3WNHA 2XY7A 3DLGA 4K8XA 4FK0A 3S3OA 2FBTA 3OYDA 4FK4A 4YNQA 1XI1A 4CJKA 1FKOA 1U47A 4FJGA 3T1AA 1BGXT 1TKTA 3IS9A 3V9ZA 3EZ5A 3G0ZA 1RDAA 2JLEA 3OYIA 4FK2A 1JXBA 3V1OA 4KHYA 1VK0A 2B6AA 4IKFA 3MECA 1SKWA 5I42A 2IDOA 2ZE2A 2LSNA 3NF7A 1B92A 3DLBA 2KZMA 4LH4A 2BANA 4DMNA 4HTUA 2DFHA 4I9QA 4QCLA 1WSFA 3SCXA 3PX0A 3AVAA 3DRSA 2G8KA 4RW4A 4NYNA 3VQ4A 2XHBA 1BI4B 1U49A 4IFVA 4LSLA 3TI0A 1ITGA 4KTQA 4HCCA 3OJSA 4Z4IA 4CJVA 3O3HA 1T05A 2BDPA 4C8OA 5FRNA 1VSHA 3NAEA 4EZ9A 3VQDA 3V9SA 4R5PA 4Z4EA 1WAJA 3D45A 3ASMA 3MXIA 4DFKA 4FM1A 4ZTJA 5FRMA 4B9VA 3QETA 3RWUA 2IAJA 3AVLA 3VQBA 4FJMA 4OVLA 3QEPA 1CLQA 1BCMA 4HUEA 3MEEA 2HHXA 1TK5A 4FLZA 1KFDA 3K2PA 1VSFA 3V9UA 4IDKA 3O3FA 2IGIA 4AHTA 2YNFA 1QSSA 2Z1JA 1X9SA 4NCGA 4M3UA 2FBYA 3TAMA 3V1QA 4B8AB 1VSLA 4ID1A 1I39A 1SV5A 4CERA 1NKCA 2B5JA 4FW2A 4AHSA 1Q8IA 1RBSA 1BCOA 1LWCA 1VRUA 3NF8A 3QLHA 4KKOA 4CEOA 5K14A 3QEXA 1NKEA 4FJLA 4PQUA 3HM9A 1TL3A 3LP1A 4KV8A 5DK5A 3T19A 3SYZA 1NK9A 1J9AA 3AVFA 3K57A 2F96A 2HHTA 4DQQA 3I8DA 2VG7A 4E1NA 3K5NA 4FW1A 3CQ8A 1ZBLA 1WSGA 2BGGA 5KI6A 1KTQA 4CE9A 1IKYA 1IKVA 4CJPA 5FDLA 4KFBA 2OPPA 3S9HA 2DFFA 3SUOA 1B9DA 4QAGA 2PYJA 4FLTA 3CM5A 1QSYA 1KLNA 1HYSA 2G8FA 1KVAA 3QIOA 1SL2A 2G8VA 3LP2A 4PY5A 1SL0A 4CJRA 3HL8A 2HVHA 4M3TA 3L2UA 1C1BA 3O4QA 4H8KA 4W5RA 1DTTA 4J2DA 4W5QA 4O4GA 1KSPA 3PY8A 3JYTA 3C94A 1LW0A 4DQIA 4FJNA 4OKKA 4FJJA 4NCBA 5J1EA 1TKXA 4B3OA 4CHPA 1VSIA 1RT7A 3F73A 1JLAA 2D0CA 1RCHA 4CHQA 5HROA 1RTIA 5KRTA 3OYBA 4CHNA 1SKSA 1DLOA 4IBNA 1CZBA 4HUFA 2HNYA 4BE0A 2O4IA 2XO7A 5HP1A 1J53A 4CIGA 3TAGA 4ZTFA 1RDBA 1IO2A 4OPJA 1REVA 3IG1A 1HMVA 3LDSA 2YNHA 3BGRA 3HYFA 4DS5A 4W5NA 4AHUA 4CF0A 2F8TA 4OJRA 4BE2A 3OYNA 1RTHA 4M3WA 1NK8A 3ISNC 5JS2A 4O0IA 3KK1A 4DG1A 1U04A 2KQ2A 4DF4A 4KHWA 2DTUA 3RRHA 4CGGA 4N41A 4QOZB 5DMRA 3DLKA 3VQCA 2EHGA 4I2QA 1S1UA 3SV4A 3NGIA 2OZMA 1TL1A 4CK1A 3ZT0A 4ELVA 2DFEA 3LWLA 1RT5A 4KHSA 4E19A 3HJFA 2KTQA 4CGJA 4OLBA 2G8HA 4CEEA 1JLBA 1VSJA 3QO9A 3P1GA 3K5MA 3RMDA 3NGYA 4MFBA 4CF8A 2X6SA 1XC9A 4IG3A 1KLMA 1Z26A 3AVGA 4CECA 1BIZA 1TAQA 1EP4A 1HQUA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5CYQA 1EKEA 3K5LA 1BQNA 3THVA 2D1KA 3VQEA 4FCYA 1L5UA 5FLXO 2HHWA 3FZLA 1T7PA 3L2QA 3AV9A 3NE6A 4YORA 4O55A 3MDQA 3P39A 5EU7A 1UA1A 1VHXA 3LDQA 1CXQA 1VQ9N 3MWPA 5CR4A 1RBTA 4Z4HA 1ZBUA 4CZLA 4F3OA 3VQQA 2F7TA 2G8WA 2BE2A 3FZFA 1RT6A 3QFUA 4B9NA 3SBTA 5HBMA 3RSEB 2CGJA 3LAKA 4PKIA 3OYLA 3QMLA 1IJJA 3H1VX 5GIOA 2PFUA 4BR0A 3LDPA 3QINA 5GAHP 3KK3A 4A2BA 3HPGA 3NF6A 3UIQA 1HPZA 5C2DA 4JKAA 3C95A 3CG7A 3RVCA 3CCUN 3PIPL 2IOCA 4AM7A 1FW6A 3CHWA 4CZMA 1VRTA 2Q31A 3WQTA 1RT2A 3EE9A 1Z05A 3KD1E 2XY6A 1L3VA 3TTFA 4JKHA 3CM6A 5AZIB 5CYMA 4B9SA 4B9TA 4JNEA 3ZEUB 5JVGL 2IVOA 2DY4A 3MCAB 1J5OA 1ESVA 4Z94A 1SKRA 3IDHA 3AVIA 4B9LA 1TKZA 1G15A 5T7BA 4CBWA 1X3MA 2YHAA 2RN2A 3PO4A 4A5AA 4B1UB 3HVRA 1HYZA 2A1SA 2E20A 3SQ2A 2KZZA 3E9PA 4PKHA 4DQ8A 4ID5A 5FPMA 1BWFO 4DSFA 1C0TA 4YHHK 1LOTB 3BZKA 2A40A 4B8CA 1KVCA 1RDWX 4ILGB 1XHZA 2IIRA 2E2OA 5AQZA 4OGEA 3OS0A 3LZJA 3O08A 4FWKA 1TYQA 1VSEA 3TTCA 1I94K 4EAHD 1TUUA 3U8XA 2QWPA 2QW9A 2X78A 1GOAA 4FJ5A 2WOMA 1J6ZA 4O44A 4I6MA 4DS4A 4BRDA 4BRIA 1NOYA 1TKDA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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