1VSMA

Asv integrase core domain in citrate buffer ph 5.0
Total Genus 52
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
52
sequence length
146
structure length
146
Chain Sequence
GLGPLQIWQTDFTLEPRMAPRSWLAVTVDTASSAIVVTQHGRVTSVAAQHHWATAIAVLGRPKAIKTDNGSCFTSKSTREWLARWGIAHTTGIPGNSQGQAMVERANRLLKDKIRVLAEGDGFMKRIPTSKQGELLAKAMYALNHF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
source organism Rous sarcoma virus (strain schmidt-ruppin)
publication title Structural basis for inactivating mutations and pH-dependent activity of avian sarcoma virus integrase.
pubmed doi rcsb
molecule keywords PROTEIN (INTEGRASE)
total genus 52
structure length 146
sequence length 146
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1998-09-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1vsmA00
4LSLA 5DMRA 4E89A 4N56A 2OPPA 4EZ9A 2YHBA 4I2PA 5HP1A 4KPYA 2XY6A 4DSEA 1RT7A 4ICLA 4KTZA 3NCIA 3DRRA 5T7BA 2KFNA 1BCOA 2RPIA 1CZ9A 3NBPA 3VQAA 4CF8A 1TAUA 2P51A 2KW4A 1IKVA 1HYVA 4GVMA 2ITGA 4JS5A 3V9ZA 3HSTB 1KRPA 4PUOA 1JLBA 4O55A 5HRNA 1NK8A 1QHTA 3RR7A 4O44A 1YVUA 4B9NA 3CQ8A 3EZ5A 3VQ6A 1KVAA 2G8IA 3DOLA 4LH4A 4BDPA 1BISA 1Q9YA 2YV0X 1LV5A 3KD5E 1TV6A 2BE2A 4ELUA 2P1JA 1L3SA 4RW4A 4CJ4A 5E41A 2A1SA 4CHNA 2G8FA 3VQBA 1D9DA 4E1MA 4AHRA 4OKJA 1GOBA 4B9LA 4F4KA 1LW2A 1IKYA 4FJ9A 1XHXA 3HT3A 2PYJA 3AO4A 2P5GA 3NFAA 2D0CA 4EP4A 2QKKA 3LALA 1SV5A 2D0BA 4CGDA 3L2WA 4Z4FA 2VG6A 4O5BA 4KB1A 3NH1A 4DLEA 3TAFA 1BQNA 2XY8A 1KTQA 1RT1A 4CHPA 2YNGA 4BACA 4CJKA 2XY7A 1FXXA 4C8NA 2DFEA 4AHSA 1WLJA 3LWMA 2HHSA 3NHGA 3U6FA 1EP4A 1NJXA 4FJKA 4CEQA 4DSKA 2OPSA 1TKTA 3V1OA 4O0IA 3NH0A 3V9SA 4F3OA 1C1BA 1VRUA 2IGIA 2PYLA 1XI1A 4MFBA 3OYDA 1IG9A 3S3NA 3KTQA 3S9HA 1SKRA 3JYTA 1S6QA 1IO2A 1W9HA 1EKEA 2HB5A 2ZD1A 3MEGA 4DFMA 3KD1E 1RT2A 4H8KA 3ZSQA 4JRPA 3HL8A 4CJ3A 4DQSA 2KZMA 3ZSVA 4IKFA 3LP3A 1RT5A 4IDKA 1HQUA 2Z1JA 4B9MA 1HMVA 2HW3A 3DLGA 4CIFA 3ZSXA 3AVMA 1VSDA 3I0SA 1NK0A 4OJRA 4CECA 4DLGA 1HNVA 4OKEA 2HHWA 5K14A 4GW6A 4DQPA 3DI6A 1L3TA 4I9LA 1FK9A 4KHUA 3VQDA 3IG1A 1UA0A 4QOZB 4AHUA 4Q0BA 1C0MA 1S6PA 1U47A 2HVIA 1NOYA 4CEDA 1U45A 4KKOA 4EP5A 2XO7A 4FM1A 1SKWA 1KFSA 4HTUA 1BIUA 3CFOA 5CYMA 3LPUA 1O1WA 4CHYA 4I7FA 5KRTA 2D0AA 1NK6A 5HRSA 3AVBA 1VSIA 3V6DA 3O4NA 3OS2A 1D8YA 4C8LA 4ELTA 4FJ5A 4M42A 4FJIA 3QO9A 2E4LA 4NCBA 4Y1CA 1S1XA 3IAYA 3IRXA 3LZIA 1JL2A 4ZTFA 4KAZA 1HYZA 3G0ZA 5DK5A 3QNOA 4W5RA 1T8EA 3DLHA 4B9SA 3V1RA 4CGGA 3KK3A 4KHWA 4FLZA 3B6PA 1NKEA 4M3YA 1EX4A 1RDDA 2FBTA 2HHVA 3OYKA 4M3TA 3ZSWA 2ATQA 3K5LA 4PY5A 5C25A 2HVHA 1IKXA 1CZBA 4DG1A 2W42A 4ELVA 4OPJA 1BI4A 3AO5A 1U49A 3KKRA 3WNGA 1S1VA 3VQ8A 1IKWA 4J2BA 5J2NA 4E1NA 1VSFA 4CHOA 1SL1A 2FC0A 3CG7A 3BGRA 4G1QA 1RT3A 3ZSZA 3RMBA 3QESA 2Q3SA 3LDSA 1LWCA 5C24A 3U3GA 3AV9A 4DTXA 4HCCA 3KLIA 1LW0A 1U04A 5FRNA 4Z4GA 4CF0A 1D5AA 1TAQA 1B9DA 1WNSA 1WSGA 2A1RA 4DFPA 4OLBA 1WAJA 3L2UA 3PO5A 4DF4A 4O0JA 1QSSA 1SKSA 1YT3A 1QS4A 3SCXA 2X78A 1HYSA 4DWIA 3C94A 4CJEA 3HP6A 3QEWA 2O4IA 1LWEA 1NK4A 2BDPA 3WNEA 3PY8A 4DSJA 4WE1A 1CLQA 3LWLA 3K5MA 3OVNA 4CIGA 1T7PA 3SUNA 4ID5A 4B08A 2WONA 2PZSA 1J5OA 4FJXA 2PY5A 3HP9A 3SV3A 1C1CA 4CFBA 3ZT4A 4N5SA 3ASMA 3RWUA 1TGOA 1IH7A 3C6TA 4YNQA 3KLGA 5HROA 4QCLA 4AHVA 3AVLA 3ZSYA 1NK5A 3SYZA 1UAXA 5HRRA 1DTTA 3HM9A 1TK8A 1Z25A 1WN7A 3O3HA 4J2AA 2VG5A 4KTWA 2QK9A 3QIOA 3AVFA 3QETA 3MEEA 4Z4HA 5J2QA 2D5RA 4B9UA 4B8CA 3L3UA 4DTPA 3RMAA 4DQIA 4FLYA 3V9XA 2HHXA 2YNFA 3AVIA 1KSPA 4W5NA 2YNIA 3HVTA 4CJSA 3NF7A 4OPKA 2FBXA 3TAEA 4CEFA 2EHGA 4PA1A 2ZQBA 4OLAA 3VQEA 2KQ2A 2OA8A 4DSIA 3L2RA 4FLXA 3AO3A 3V81A 4N47A 3QEXA 3NDKA 1RDAA 4CF9A 1GOAA 3AVJA 3OYJA 4CHZA 3HPOA 1RDBA 4NYNA 3AA2A 3OYGA 3AVHA 3LZJA 4BE2A 3KKSA 4DSFA 1XHZA 4F2SA 1EETA 3P1GA 3SJJA 5KGWA 1UOCA 3OJSA 2O4GA 3G10A 3QEVA 1RT4A 2DY4A 3DLKA 4FJHA 3M8QA 1HQEA 3DOKA 1K6YA 3V9UA 2R7YA 3TI0A 1QTMA 2BGGA 4M3UA 4CIEA 3NGIA 1N5YA 1C6VA 1L5UA 3DLBA 4PWDA 2RKIA 4CEOA 5D3GA 2IDOA 1RBVA 3NF6A 3WNFA 4KHSA 5KI6A 2OPQA 3V1QA 4FK4A 3DRPA 2Z1IA 4OVLA 1R0AA 4TSXA 4CF2A 3TAGA 2DFFA 2IAJA 4AH9A 1RBTA 4IG3A 4EZ6A 4LSNA 3NGZA 1X9SA 3NAEA 3OYNA 1BCMA 1CXQA 1RTJA 1ASVA 3RTVA 1RTIA 1RT6A 2HNYA 1NJWA 1SUQA 4CFDA 3T1AA 4BWJA 4CERA 5HRPA 4O4GA 4CFCA 2VWJA 4M3ZA 2Z1HA 3OYCA 3S3MA 1BIZA 3LAKA 4DF8A 4DS5A 3QNNA 1J9AA 2JLEA 4H4OA 1X9WA 1TK5A 1QSLA 1HNIA 2X74A 3O3GA 3TR8A 1NJYA 3MECA 4J2DA 2G8UA 2OPRA 4HVJA 3MXMA 3CM6A 1MU2A 1WSHA 3NF9A 3OYEA 4CJLA 4FK0A 4CHQA 3ZT0A 1J54A 3TAQA 4F3TA 2Z1GA 3ZT1A 1TKXA 3AVNA 1A5WA 3OS1A 1LAWA 3MEDA 4FW1A 4FW2A 4KB0A 4L8RB 4KHYA 3ALYA 1X9MA 3SV4A 5KTQA 2FBYA 2OZSA 1KLNA 1KFDA 4NCAA 2YNHA 1REVA 4ZHRA 3NH2A 2X6NA 2JGUA 2P5OA 1ASWA 2HNDA 2E6MA 1DTQA 3V4IA 1C1AA 4M45A 2ZE2A 4RW8A 1RDCA 3SUQA 4CF1A 1N6QA 4CJUA 4CJFA 4RW6A 4FLWA 4NCGA 3K5OA 4CK3A 4FM0A 1A5VA 4CJRA 1VSKA 3PUFA 4DS4A 4PQUA 1KCFA 4DTOA 1JXBA 4KI6A 3ZT2A 4YFUA 1VSJA 2KZZA 4CJQA 3CYMA 4FK2A 4DU4A 3I0RA 2DTUA 4CESA 3O4QA 3A2FA 4FM2A 3VQQA 3SQ1A 1WSFA 3AA3A 4RW9A 4E7IA 3TAPA 4ZTJA 1W0HA 3AVAA 3VQ9A 3K5NA 2G8WA 1RBRA 4K8ZA 1NJZA 3RRGA 3RRHA 3OYIA 1SL0A 3L3VA 4LD0A 2G8VA 1ZYQA 1VSLA 3K59A 5FROA 4CEEA 1ZBFA 3IS9A 3D45A 3SPYA 3OYFA 4CJTA 4LH5A 1U48A 1UA1A 2AJQA 1KVCA 2FBVA 3DM2A 4H4MA 4M41A 1EXQA 1TKZA 5KRSA 4DTMA 1HJRA 4HHTA 3AA5X 5JS2A 1L3VA 3AO2A 4BE0A 3L8BA 1VSHA 4DFKA 1JKHA 4FZZA 3D0PA 5JS1A 1WAFA 3VQPA 4HUGA 4OGCA 4FJLA 2LSNA 3QEPA 3AO1A 3DYAA 4KO0A 3VQ7A 4KTQA 1BL3A 4AILC 1TL1A 1D9FA 1JLEA 4JLHA 3PX0A 4M3RA 1RTDA 3F73A 3JSMA 1I39A 3SQ4A 2OYQA 4Z4EA 3L2QA 2BANA 3RMDA 1WSIA 1KLMA 2E6LA 4GMJB 4IFVA 3ITHA 4MQ3A 3LP2A 4C8MA 4CK1A 2G8HA 2OZMA 1NKBA 3BDPA 4AHCA 1Z26A 2IC3A 2XRIA 2YKNA 4E3SA 1ITGA 3DLEA 5EU7A 3PX4A 3SUOA 3TANA 3K57A 1JLCA 4E7LA 1S1TA 4BWMA 3ULDA 5FDLA 4LY7A 2B5JA 4W5OA 3VN5A 1VSMA 3VQ5A 4CJVA 4W5QA 4DU3A 1ZBUA 4KI4A 4J2EA 2HMIA 2YHAA 4FVMA 4CK2A 1LWFA 4JRQA 3KK1A 1ZBIA 4CGHA 5I42A 1YTUA 1X1PA 3VQCA 3DMJA 4FCYA 3LP1A 5CZ1A 4OGEA 2XHBA 1FKPA 1NKCA 3LANA 3NF8A 4BE1A 4DTSA 1KVBA 4DQRA 4KFBA 2HNZA 5CZ2A 3OJUA 1S1UA 3QERA 4RG8A 4FJGA 1ASUA 3UIQA 4N41A 1G15A 3H08A 1S5JA 4FZXC 3O3FA 3RR8A 3QIPA 3VA3A 2G8KA 1QE1A 5C42A 3KLHA 1T05A 4Y1DA 4HCBA 1RCHA 4DTRA 1XC9A 3WNHA 4FJNA 4IFYA 3CM5A 4BDYA 1BQMA 3MXJA 1TVRA 4CGFA 4DTNA 4C8KA 1Q8IA 3AVKA 4F8RA 1Y97A 3HJFA 1RTHA 4C8OA 1GOCA 1JLAA 3SNNA 3HK2A 3C6UA 3I8DA 1NOZA 3VA0A 4NYFA 1S9EA 1SL2A 5I3UA 3TWHA 1U4BA 4R5PA 1QSYA 5J2PA 1JLFA 5CY4A 3OYLA 3PO4A 4E0DA 3ZSRA 1TL3A 5J1EA 3S3OA 5HLFA 2GV9A 3OYMA 2IS3A 4F2RA 4I2QA 2GBZA 3ZSOA 3L2VA 1HPZA 4Z4IA 3M8RA 1NK7A 1C0UA 2RF2A 3DRSA 3K2PA 1F21A 2XY5A 4CEZA 4KRFA 2HHQA 3C95A 3SPZA 4DMNA 1RILA 3T19A 5CYQA 4CJWA 2ETJA 3MAQA 3E01A 2F8SA 2KFZA 4KHQA 1QQCA 3QINA 2I5JA 3SZ2A 3ZCMA 1YTAA 4CFAA 1WSEA 1JL1A 3HO1A 3TAMA 3MXIA 1T03A 4UQGA 1VSEA 1LAVA 2WOMA 4DSLA 3T3FA 4ID1A 1Q9XA 4CEBA 3HPHA 4Z4CA 2F96A 1TK0A 4KHNA 3VQ4A 1C0TA 1HRHA 4XIUA 5SWMA 3KK2A 3P5JA 3PV8A 4B3OA 3DLRA 2HHTA 3SQ0A 4FJ8A 1DLOA 3PX6A 1RBSA 1L3UA 1XWLA 2Y1JA 3OYAA 1BHLA 3OY9A 3M8SA 4B8AB 2KTQA 3F9KA 4FXDA 3KJVA 4K8XA 3OYHA 1FKOA 3V9WA 4FZYA 2RN2A 2Y1IA 4FLUA 4IBNA 3AVGA 3SQ2A 4E7JA 4FJMA 4CE9A 3QEIA 1TKDA 2EX3A 2F8TA 1A5XA 1RNHA 4HUFA 3OS0A 3HXMA 4HUEA 3THVA 4CEAA 3KLFA 3KLEA 3HPGA 3EY1A 4FLTA 3TARA 3EYZA 1B92A 1UWBA 3LPTA 3KIOA 2IOCA 3CFRA 4B9VA 3AA4A 1J53A 1BGXT 2X6SA 3SUPA 4B9TA 4E19A 3ZT3A 5J2MA 3U3YA 1JLGA 1I3AA 3LAMA 3QLHA 2QKBA 1JLQA 4M3XA 4QAGA 2VWKA 3HVRA 1WSJA 2GUIA 4DU1A 4CGJA 3RMCA 4KV8A 4E7KA 4DTJA 3LP0A 2NUBA 4DQQA 5KGXA 2QXFA 4JS4A 1ZBLA 3M8PA 4CCHA 4DTUA 4KREA 2YKMA 3ISNC 2HHUA 3OYBA 5HBMA 1S9GA 4CJ5A 3B6OA 4W5TA 3P83D 4CJPA 4FLVA 1NK9A 3K58A 4FJJA 5SZTA 2VG7A 3AVCA 4BDZA 4AHTA 3NE6A 3FFIA 4CGIA 2DFHA 3TABA 1CXUA 1B9FA 1S1WA 4N76A 1VK0A 4E7HA 5FRMA 2B6AA 1BI4B 2B4JA 4RW7A 1ZBHA 4FYDA 4Z0UA 4Q5VA 4I9QA 4FJ7A 3CFPA 3NGYA 4DFJA 1JXEA 3HYFA 1VRTA 3SI6A 4OKKA 1RBUA 4IG0A 4M3WA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2D1KA 5HP1A 3BF1A 5AZIA 4LC9B 3L4QA 1XQSC 4KTZA 3WXKA 5E26A 3NVMA 2P9IA 1IBMK 4FVUA 4O55A 4O44A 4R79A 2W41A 3CCVN 1Q86O 1KVAA 5CR4A 3TTFA 4BDPA 3I8BA 3C65A 1VQKN 4RW4A 5E41A 2A1SA 2YHWA 3VQBA 1D9DA 4H0TB 4JKEA 1GOBA 4M7XA 3CC2N 2A41A 3EL2A 4WQ4A 3OBWA 4IO8A 1X3NA 1S3XA 2P9PB 2XY8A 4DV7K 4CHPA 2YNGA 4BACA 1OH8A 4AHSA 4C8NA 3LWMA 1WLJA 3O80A 3ULEB 3CD6N 4O0IA 2P9SA 4CBWA 1TUYA 4IO9L 1IG9A 4MFBA 2NRHA 3S3NA 3SMSA 3UKRB 1SKRA 2GWKA 2YHYA 1W9HA 3H3NO 2ZD1A 4DFMA 3ZSQA 1NGDA 4CJ3A 4IKFA 3BP8A 4IDKA 4GV3A 1VAZA 4WYBA 4PKIA 4BRNA 2P9UA 1NK0A 5C2FA 4CECA 1HNVA 2HHWA 3MN5A 4GW6A 1L3TA 1FK9A 3IG1A 4QOZB 4HTLA 2WUSA 1U47A 4JKCA 1U6ZA 1NOYA 4CEDA 1KFSA 1RGIA 3HTVA 4CHYA 4I7FA 2D0AA 3V6DA 1D8YA 4FJ5A 4M42A 3CJ7A 1I94K 4ZTFA 1JL2A 3VGLA 3G0ZA 3QNOA 3CC7N 4KHWA 3V1RA 4CGGA 2BTFA 1NKEA 3W0LA 2HHVA 2ATQA 3K5LA 4PY5A 2HVHA 1IKXA 3C7NA 1BI4A 3AO5A 3KKRA 3ZLJA 3VQ8A 2JWKA 4CHOA 2FC0A 3CG7A 4G1QA 3CPEA 3EKUA 4HCCA 3O9QA 4CZJA 1D5AA 1WNSA 3RVCA 3O1BA 2Q31A 3MCPA 3PO5A 1QSSA 4JI2K 4BRIA 2X78A 5E84A 1HYSA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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