1BIZA

Hiv-1 integrase core domain
Total Genus 46
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
46
sequence length
155
structure length
147
Chain Sequence
VDSSPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEFGGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNKKRKGGIGGYSAGERIVDIIATDI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Three new structures of the core domain of HIV-1 integrase: an active site that binds magnesium.
pubmed doi rcsb
molecule keywords HIV-1 INTEGRASE
molecule tags Dna integration
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 46
structure length 147
sequence length 155
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1998-06-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1bizA00
3O4QA 4CF1A 4CF9A 3WNFA 3O3HA 3M8SA 4DFPA 3L3UA 4FJMA 4F4KA 4DTPA 1X9MA 1NK4A 3ITHA 1VK0A 3DLEA 1BISA 4G1QA 4CHQA 4M3XA 5J1EA 1T05A 4HUFA 5C24A 4RW9A 3CM5A 1HRHA 3BGRA 1L3TA 1LV5A 4B9VA 4FJ8A 1QSYA 3KD1E 3ALYA 4DSKA 1QQCA 3HVTA 3IG1A 3VN5A 3L2QA 4H8KA 2XO7A 4F3OA 4FJ7A 1IH7A 3MEDA 3AO1A 1REVA 2IDOA 4CK1A 2X74A 1XHZA 4B8CA 3PX0A 4F3TA 1TKTA 3QNNA 1D8YA 3MXJA 1KRPA 2F8TA 3NDKA 4KREA 4W5QA 2GUIA 3AVAA 4CECA 1HMVA 1HQEA 4Z4HA 3NGZA 3QO9A 3SPYA 1IKYA 3SUPA 1SUQA 1JKHA 4NCAA 3QIOA 4K8ZA 4CEZA 2Y1JA 1BI4B 4E19A 2KFNA 2IOCA 3U3YA 3HSTB 4B3OA 2G8VA 4M42A 4BE1A 2Q3SA 4DLGA 4KFBA 4OKKA 4FM2A 1NKBA 1UA1A 2E6LA 2YNIA 4RW4A 3C6TA 4DFJA 4MFBA 4Y1DA 4I7FA 4ELTA 1MU2A 3KJVA 4DQIA 3V1QA 3M8RA 4C8KA 1NK9A 2HHWA 4E7KA 4CJVA 3AO4A 1VSLA 4GW6A 4ELUA 1HQUA 4CJLA 1TGOA 3V81A 4O44A 1HYVA 1TV6A 4O5BA 3ZT3A 4AHRA 4HTUA 1SKWA 1N5YA 1KFSA 1SKSA 3WNGA 3VQBA 3AA2A 4KTZA 1VSEA 1BQNA 3AA3A 3LP2A 5E41A 4NYNA 3L2WA 1U48A 4CGIA 4CF8A 1NK5A 4E89A 3OYDA 1O1WA 1RT7A 4AILC 2G8WA 3PV8A 2QK9A 5CZ2A 3I8DA 5FRMA 4FJJA 4CEQA 5KGWA 4DTRA 4RW8A 4N56A 1EETA 4KHNA 4KRFA 1LWCA 3OYBA 3NGIA 3AVJA 3G0ZA 3LAKA 3M8QA 5DK5A 2G8FA 4Z4GA 4Z0UA 1G15A 3B6OA 3F9KA 1D9FA 4ZTFA 2D0CA 3PO4A 1EXQA 3AVIA 4RG8A 3TABA 4CGGA 2XY6A 3LP3A 1HYZA 1GOCA 3LWLA 1KLNA 4YNQA 1KVBA 1YT3A 4B9SA 3HK2A 3OVNA 3WNHA 2IS3A 3SV3A 5CYQA 4FCYA 3K5LA 4FZYA 3V9UA 1JLCA 1C1BA 1S1UA 2DFHA 3TAMA 3DI6A 3V9SA 1NJZA 4CEEA 3O3GA 3SI6A 4QAGA 4B9TA 3HPGA 3U6FA 4KPYA 3BDPA 2Z1JA 3HM9A 3AVKA 4E7HA 4KHQA 3T3FA 3KTQA 3ZT4A 4CF2A 1HPZA 3VQDA 3OYNA 1TKXA 1WSIA 3S9HA 3ISNC 3QINA 4CHNA 3G10A 4CJ3A 2HB5A 4FJGA 3OYEA 2HMIA 1ASVA 2D0AA 4F8RA 4OGCA 2ZE2A 4FW2A 4DSLA 3K5MA 3F73A 3K5OA 5J2NA 1BCOA 1NOZA 4ZHRA 4CGFA 4LD0A 3MAQA 4IBNA 3DRRA 4FLYA 3AA4A 4IG0A 4LY7A 2OYQA 4KAZA 2GV9A 4O4GA 4LSNA 1NKEA 2YNGA 4AHCA 4JRQA 2PY5A 1RNHA 1LAVA 5CYMA 4DSIA 2WOMA 2WONA 3K58A 3TI0A 4W5RA 1VSFA 4CJSA 1TAUA 2D0BA 4CFAA 3V9XA 3OS1A 4C8NA 1VSDA 4BDYA 3V1OA 3SNNA 4DTUA 1QSSA 1GOAA 2YKNA 3CG7A 1KTQA 1LWFA 2R7YA 4DU4A 1BIZA 1ZBFA 4O0JA 1TKDA 5I42A 2HHQA 2FBTA 5HLFA 3WNEA 1IO2A 1Q9XA 1X1PA 1RBUA 3NH1A 3AVCA 2OPPA 3QESA 4C8LA 2VWKA 1J5OA 4CHZA 4CJKA 2EHGA 4NCGA 3HT3A 3SV4A 4XIUA 1RTDA 2X78A 1DLOA 3C94A 4FM0A 1BIUA 1S1VA 4DWIA 4E1MA 4O55A 4E0DA 1JLEA 1LW0A 1RILA 3K5NA 3ZSWA 1YVUA 4CF0A 1NKCA 3RRHA 3LDSA 2OPRA 3SJJA 1WSFA 3KD5E 2HHUA 1CLQA 1L3VA 5HRRA 3LZIA 2FBYA 4Z4IA 1L3SA 3RR8A 1UAXA 2B5JA 4EP4A 3HVRA 2W42A 3TAFA 2HHSA 1BHLA 4M3YA 3SUOA 4M3ZA 4LSLA 3AO2A 5SZTA 3SQ4A 3VQ7A 4LH4A 3P1GA 4CEFA 3AVHA 5JS2A 4DQRA 2XY8A 4PUOA 2HVIA 5FROA 3C95A 5C25A 3KK1A 3QERA 3QETA 4FJLA 1NK7A 4BWJA 1F21A 4E7IA 3ZSYA 4Q0BA 3ZSZA 1NK6A 1CZBA 4CHPA 3VQEA 3A2FA 3IRXA 4OGEA 4CJEA 4HUGA 4FJ5A 1S1WA 3TAQA 1N6QA 2YNHA 2HVHA 1B92A 1VRUA 2IAJA 3S3NA 4J2DA 4CJFA 3QNOA 3L2UA 1EP4A 4J2BA 3HO1A 4DS5A 1I3AA 3ZSVA 4DLEA 3RWUA 3AVNA 2RN2A 3EY1A 2E4LA 1NK0A 1WSHA 4I9QA 4KHWA 5C42A 1C1CA 4FJHA 3HP9A 1JXBA 1ZBHA 1LAWA 4DQQA 2O4GA 1WSEA 4CESA 4MQ3A 4J2AA 4JS5A 4FLZA 4DF4A 5HP1A 1X9SA 3LP0A 1YTAA 4CE9A 4CIGA 3OY9A 1QSLA 1EKEA 3QEXA 3O4NA 3SQ2A 1ZYQA 3S3MA 4AHSA 2HHVA 1VRTA 3LP1A 4OKEA 1WNSA 4OJRA 1W0HA 3DYAA 4IFYA 3V1RA 3VQ8A 4DTJA 2KZZA 4FVMA 2PYJA 4NYFA 1HNIA 1QTMA 1VSHA 3ZSQA 4E3SA 5I3UA 3KLGA 1JXEA 3DOLA 4FJNA 4OLBA 1IKWA 4PWDA 1KSPA 2I5JA 2BE2A 1NOYA 4CIFA 1JLAA 4FLVA 3TAGA 3OYMA 3OJSA 3V4IA 4N47A 4OPJA 4BACA 1CZ9A 3LALA 2QKBA 1U4BA 1SL0A 3IAYA 3NGYA 1IKXA 3L2VA 3QIPA 5JS1A 3OYHA 5KRTA 1JLGA 1RDAA 4CHOA 2DFEA 3L3VA 5J2PA 2RF2A 3VQCA 3DLBA 1GOBA 4KO0A 3MECA 3L8BA 2DY4A 1UWBA 3TARA 1QS4A 1RT3A 1S9GA 4ID5A 1JL2A 4AHUA 3SYZA 2BDPA 1TK0A 4KB1A 2VG6A 3TANA 3OYIA 4BE2A 4FK4A 3EYZA 3HL8A 5HRPA 5D3GA 1VSKA 3RMDA 1DTTA 3VQ4A 1U04A 1WN7A 1Q8IA 3AVLA 3L2RA 4BE0A 4EP5A 3RMCA 4M3UA 1S5JA 3ZT0A 1RDBA 1K6YA 2YV0X 4HHTA 1T7PA 1RT5A 2X6SA 2Z1GA 3P83D 4JS4A 2B6AA 3K59A 1JLFA 4M3RA 3QEPA 4R5PA 3CFPA 2G8UA 3KK3A 4CEBA 4I2PA 1D5AA 2RKIA 4CERA 3QEVA 3NCIA 3KKSA 1RT4A 2EX3A 2VWJA 1ZBLA 3RRGA 3SCXA 2XY5A 1DTQA 1XI1A 3DLKA 4L8RB 3S3OA 2Z1HA 1IKVA 1WAJA 4JRPA 4CHYA 3SQ1A 1EX4A 4CJWA 4Q5VA 4DS4A 3RR7A 4FK2A 1TL3A 3MEGA 1WLJA 4ICLA 3OYKA 3ULDA 4IKFA 4KHUA 2AJQA 3VQQA 1BGXT 2IGIA 4M45A 3PUFA 1SL1A 5HBMA 3CFRA 2A1RA 1JLBA 4CEOA 4FLTA 3DM2A 2KW4A 4B08A 1TAQA 1A5XA 4BDZA 3AO3A 3NF9A 1W9HA 2YHAA 3VQPA 2Y1IA 2P5GA 4FLXA 3AVGA 1CXUA 4EZ6A 4O0IA 4B9LA 1RBRA 1HJRA 3LZJA 5K14A 4CEAA 4W5TA 3V9WA 1RTHA 4FJXA 3SZ2A 4FYDA 4CJPA 2XY7A 3NF6A 4N76A 2P5OA 4NCBA 2KFZA 2P1JA 2VG5A 3T1AA 2F8SA 1S6QA 2P51A 5KRSA 1HYSA 1B9DA 3CQ8A 4RW7A 1VSJA 1BQMA 3ZT2A 3JYTA 2FC0A 4HUEA 1VSMA 3H08A 2JGUA 4N5SA 5DMRA 3DRSA 3C6UA 1RTIA 4E7JA 1D9DA 4J2EA 3NH0A 4CK2A 4DSEA 3CM6A 4AHVA 3OYGA 4IG3A 4CFBA 2E6MA 2HNDA 3OYLA 1RT1A 2G8HA 3FFIA 2G8IA 3ZSRA 4AHTA 3ASMA 4N41A 3EZ5A 3DMJA 1BI4A 4DFKA 4CJQA 3IS9A 3ZSOA 4C8OA 3HJFA 3I0RA 2F96A 4CK3A 4AH9A 1A5VA 1U45A 4KB0A 3DOKA 1S1TA 1KCFA 1S6PA 3HPHA 3AVMA 1ASWA 3HP6A 1L5UA 4DQPA 4HCCA 4IDKA 1TVRA 4CCHA 1J53A 1KVCA 2ZD1A 3HYFA 2ZQBA 2YHBA 3ZCMA 4CJ5A 4GVMA 4E1NA 5SWMA 4Z4CA 1JL1A 1J54A 1JLQA 3DLHA 5J2QA 3MXIA 5KGXA 1KVAA 3D0PA 4I2QA 3AV9A 1QE1A 2QXFA 3HPOA 4Z4EA 4DF8A 3AVBA 1FK9A 3OYAA 1Z25A 4F2SA 3VQAA 1U47A 3ZT1A 4CEDA 1WSGA 3V6DA 1R0AA 1TKZA 2OPSA 3NF8A 4RW6A 4FJIA 4FK0A 3QEWA 4ZTJA 4ELVA 2D5RA 1IG9A 4FJ9A 1J9AA 1SKRA 3NFAA 2G8KA 4W5NA 3NF7A 1RBSA 1XHXA 4JLHA 3TAPA 4DFMA 3SQ0A 2PZSA 3KIOA 2XRIA 4CJTA 1T8EA 4H4OA 4KHSA 4FLWA 3VQ5A 3PX6A 2OA8A 4UQGA 3PO5A 3K2PA 4LH5A 2FBVA 3VQ6A 1RBVA 2HHTA 1LW2A 3PX4A 3I0SA 3OYFA 3K57A 3O3FA 3TWHA 3NE6A 2NUBA 1ZBUA 3NHGA 3CYMA 1VSIA 1YTUA 4CGDA 1RCHA 4KKOA 3KLFA 3E01A 4FJKA 1WSJA 2KQ2A 3DRPA 4DU3A 4B9NA 4QCLA 3SPZA 1C0TA 3QLHA 3UIQA 1FKPA 4EZ9A 2X6NA 4DSFA 4B9MA 4KTQA 4E7LA 5CY4A 1S1XA 2ETJA 4C8MA 1TL1A 4M41A 3KLEA 1RDDA 2XHBA 3LANA 4FM1A 2KZMA 3NH2A 3PY8A 4HCBA 4OVLA 4CJRA 3LWMA 4KI4A 3LAMA 3TAEA 2YNFA 4GMJB 3KLIA 1S9EA 5HROA 3THVA 2YKMA 2DTUA 4CIEA 4CJUA 1Q9YA 4DQSA 1RBTA 1TK8A 3M8PA 1C1AA 3AO5A 4FZZA 4M3WA 4M3TA 4OPKA 4I9LA 1ITGA 3NAEA 4DU1A 1C0MA 1NK8A 2QKKA 4KV8A 4BWMA 1NJYA 2HNZA 3KK2A 4IFVA 3OYCA 5KTQA 2BGGA 2HHXA 1UOCA 5HRNA 4FLUA 1TK5A 3LPTA 1T03A 2OPQA 1Y97A 4CGJA 4F2RA 3RMAA 3T19A 3VQ9A 2OZMA 2DFFA 2GBZA 5HRSA 4DSJA 4DMNA 5EU7A 1RT2A 1B9FA 1ASUA 4BDPA 4PQUA 1ZBIA 3OYJA 3D45A 3JSMA 4FXDA 2B4JA 3DLGA 4Z4FA 4QOZB 1NJXA 2PYLA 4CGHA 1RDCA 1L3UA 4PY5A 4DG1A 4H4MA 2HW3A 4PA1A 2RPIA 3MXMA 1BCMA 2HNYA 4KI6A 3ZSXA 3V9ZA 3AVFA 3QEIA 4OLAA 1SV5A 3U3GA 3RMBA 2Z1IA 3SUNA 1BL3A 3NBPA 4W5OA 4DTOA 2O4IA 1FXXA 1RT6A 3HXMA 4WE1A 4B9UA 1NJWA 2JLEA 1XC9A 4KHYA 2VG7A 1XWLA 3DLRA 1KFDA 3B6PA 4OKJA 5KI6A 4B8AB 1CXQA 4CFCA 1C6VA 2ATQA 3CFOA 4YFUA 3RTVA 4Y1CA 4DTXA 4FZXC 3OJUA 4DTNA 2A1SA 3OS2A 2ITGA 5FDLA 4KTWA 3VA3A 1A5WA 1LWEA 5CZ1A 3VA0A 1Z26A 1I39A 4DTSA 1QHTA 4FW1A 1SL2A 1UA0A 1HNVA 4ID1A 5J2MA 2KTQA 3TR8A 1KLMA 2LSNA 3LPUA 4TSXA 4DTMA 1X9WA 1U49A 2BANA 3AA5X 3P5JA 1FKOA 3OS0A 3MEEA 1C0UA 5T7BA 1RTJA 1WAFA 4HVJA 3KLHA 3SUQA 5FRNA 4CFDA 2IC3A 3KKRA 4CJ4A 2OZSA 2FBXA 4K8XA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4CF9A 3WNFA 4H0TB 3L3UA 4DV6K 4K0KK 3ITHA 3TPQA 4EHUA 3CM5A 3HI0A 5LJVA 1QSYA 3KD1E 1QQCA 1HPMA 3L2QA 2XO7A 1REVA 2IDOA 2YHWA 2X74A 3UKUB 4B8CA 4JAXA 1D8YA 3MXJA 1KRPA 5GAEP 1JCFA 1HQEA 4K8ZA 5KPZA 1J6ZA 2IOCA 3WT0A 3CI5A 2Q3SA 4HWIA 4OKKA 4DUZK 4IFEA 4I7FA 4ELTA 4BRDA 4DQIA 3V1QA 1NGBA 3D2EB 1N33K 4GW6A 2IVOA 2QWQA 4ELUA 4JHDA 4O44A 4O5BA 3O9SA 3ZT3A 4CI6A 1KFSA 1N5YA 3WNGA 3VQBA 5GINA 3AAQA 4NYNA 3MWTA 2IVNA 4CGIA 2G8WA 1RT7A 5KGWA 4O8KA 4RW8A 1EETA 3NGIA 1OH5A 3LAKA 4B1ZA 5DK5A 2G8FA 4EFHA 1D9FA 3UKRB 3AVIA 5BR8K 3LP3A 1HYZA 4BR2A 2KKZA 4FZYA 3J80O 1JLCA 4JKFA 4KH5A 1O13A 3O3GA 3SI6A 5EY4A 4B9TA 3HPGA 3BDPA 2Z1JA 3T3FA 2WTUA 3ZT4A 2F4VK 4BRGA 3OYEA 4IZ9A 4OGCA 4DR3K 3E1YA 4DSLA 4ILJA 4CJ7A 5J2NA 1NOZA 4LD0A 3MAQA 3MX5A 4X65K 4IG0A 4LY7A 3TSUA 4JK8A 3AY9A 4KAZA 2D4WA 2YNGA 4JI7K 5E26A 1KXPA 1RNHA 4DSIA 2UXBK 3K58A 4FWKA 4W5RA 1BG3A 5AQSA 2E2QA 4BDYA 3BZKA 3T1YK 1QSSA 3CG7A 1YJ9N 1C0FA 4BR4A 1BIZA 1ZBFA 4O0JA 1TKDA 3VEOA 4JI5K 2HHQA 2FBTA 4U7BA 3HSCA 2HF4A 1J5OA 3HT3A 4AM7A 4NCGA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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