3AO1A

Fragment-based approach to the design of ligands targeting a novel site in hiv-1 integrase
Total Genus 52
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
52
sequence length
151
structure length
141
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACDWAGIKQEDGIPSMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGGIGGYSAGERIVDIIATD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Viral protein/transferase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
publication title Fragment-based design of ligands targeting a novel site on the integrase enzyme of human immunodeficiency virus 1
pubmed doi rcsb
molecule keywords POL polyprotein
total genus 52
structure length 141
sequence length 151
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-09-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3ao1A00
1NJYA 4E19A 4GVMA 2XHBA 3V9UA 4E7JA 4QCLA 2KFNA 4Q0BA 2IAJA 4DTUA 3IG1A 4H8KA 3TABA 3I0RA 4C8OA 4CHPA 4OLAA 4KTWA 4YNQA 1TVRA 1TKZA 4I2QA 5HRRA 3MAQA 3PUFA 1UA1A 1KRPA 1VSHA 1RTJA 3OYAA 5C25A 4IKFA 3KLIA 3O3HA 1KCFA 4DSEA 1VRTA 3AO5A 3NBPA 4O0JA 1VRUA 4FLZA 4KHYA 4B9LA 3TI0A 2OZMA 3OYCA 1RT2A 4KTQA 3PX4A 1BISA 4EP5A 2YHAA 4LSLA 3AVHA 2OPRA 1J54A 4DTPA 4DG1A 1RBSA 2YNIA 3V1QA 3SUPA 3D45A 4HCCA 4CEFA 5FROA 3L2RA 3ALYA 3K57A 4HTUA 1WN7A 4Z4FA 3TAPA 1JLAA 3NGYA 4FLXA 1Q9YA 2YHBA 2JGUA 3AA4A 4CIGA 4FLUA 1T8EA 2HHWA 3VA0A 3L3UA 1JLFA 4Z4EA 4KB0A 2KW4A 4DFJA 1T03A 3AA2A 4W5OA 3VN5A 1D9DA 3VQ5A 4CFCA 1ZBLA 4FJMA 1A5XA 1QHTA 3LANA 4CK3A 3NCIA 3E01A 4FM0A 3K5LA 1L3TA 3DLKA 1EP4A 3OYJA 1NK5A 4KV8A 3LALA 4NYNA 4Z4IA 1UA0A 3AVFA 1K6YA 1XC9A 3UIQA 1BI4B 4K8ZA 3HP6A 3L3VA 1O1WA 1SL2A 2OPPA 3RRGA 1BIZA 3NGIA 2Z1IA 3CQ8A 1QTMA 4CIFA 4M3ZA 3L2VA 3K2PA 4B9UA 2D5RA 4EP4A 3G0ZA 1CZBA 4BWJA 3S9HA 3L2WA 3THVA 1EETA 4I2PA 3AVGA 1JXBA 4UQGA 1SKWA 4CGIA 3DLBA 4OVLA 1L3UA 3HPOA 2RPIA 4CHYA 1SKRA 1RILA 1GOAA 4JS5A 1HYZA 3HT3A 2B6AA 4EZ9A 4O44A 4HCBA 4F8RA 4F2SA 4M3XA 4N5SA 3ITHA 3SZ2A 4DU4A 1Z25A 5J2NA 2G8KA 4M3WA 4CF8A 4H4MA 4BE1A 3S3MA 4DFPA 3EZ5A 4E3SA 1RBUA 3K5MA 3V9WA 2G8IA 4PWDA 1LWEA 3IRXA 2G8UA 4F3TA 4DTRA 4C8KA 1VSKA 2ITGA 3P5JA 4AHCA 3QETA 1NK6A 1D9FA 5K14A 4B8AB 1QQCA 4CIEA 4LSNA 3QEVA 4IDKA 4HVJA 4XIUA 2A1RA 3SV4A 5HLFA 1RDBA 1BL3A 1RT4A 3LZIA 4FZYA 4M42A 4OLBA 4O55A 3ZSZA 3OYEA 4B8CA 2ETJA 3ZSQA 4CJ3A 3C6TA 4W5QA 4DS5A 3QEXA 4DSIA 4RW7A 4CGHA 4CJEA 1TK0A 1WAJA 4KHQA 4OKEA 3DLGA 4AHTA 1SL0A 4CEDA 3V81A 1L3SA 3CFPA 1SUQA 1WSEA 1XWLA 3MECA 4DF8A 3JYTA 4FJ7A 2YNGA 2VG5A 3NHGA 3TWHA 2XY6A 1X9WA 5E41A 4DU3A 3ZSRA 3OYNA 3NAEA 2Y1JA 4W5NA 1RDAA 1QS4A 2X6NA 2FBVA 5D3GA 3QIPA 4CK1A 2YV0X 3OYFA 1X9SA 4CF9A 1JLGA 1SL1A 3AVCA 3DOKA 5JS1A 3V9ZA 4FJHA 2RN2A 3V1RA 1REVA 2G8VA 2HW3A 3LP2A 1D5AA 4LH4A 4HUFA 4BDZA 1NJXA 3LPUA 3C6UA 3CG7A 3MEGA 3SUNA 1D8YA 2OPQA 3MXIA 4DSLA 3CFRA 1VSFA 4DTNA 4I9QA 2HB5A 3AV9A 3AO2A 3VQCA 1B9DA 2LSNA 3ZT0A 1TAQA 2O4IA 1TKXA 1KVCA 2G8HA 4OGEA 1UAXA 5DK5A 3DRPA 1HMVA 1Q8IA 2PZSA 1HJRA 4BE0A 1HNVA 4BACA 4M3RA 3QIOA 3AA5X 2YNFA 1YVUA 3U6FA 3ASMA 4RW9A 1J5OA 1UWBA 1S1UA 3MXJA 3DLHA 1TAUA 3NH2A 4CEQA 1EXQA 1NKCA 4ID1A 1TV6A 1Y97A 3DLEA 2FBTA 1HRHA 2DFFA 1RDDA 3AVLA 4CERA 3ISNC 3NDKA 2PY5A 2I5JA 3A2FA 4CEZA 4KREA 3OVNA 1RDCA 1QSSA 3KK2A 1ASUA 1JLQA 3VQ9A 1CXQA 4CJVA 3QNNA 4FK4A 1YTUA 3RMCA 4FJJA 1DTTA 3PX6A 1KFDA 1I3AA 1NOZA 3HYFA 2OZSA 1NK9A 2OA8A 4L8RB 2P5GA 1KVBA 4NYFA 2XY8A 3O4NA 3HJFA 1IG9A 4FZZA 3OS2A 1S6QA 4CHNA 3HP9A 4CHZA 5FRNA 4BDYA 4CJRA 3K5NA 4TSXA 2O4GA 1NKEA 1VSJA 4LY7A 3WNGA 1IKVA 1JL1A 1MU2A 5JS2A 1S1TA 3HVTA 3P1GA 1XHXA 4CGFA 3TAMA 2QKBA 4DQQA 1C1AA 3RRHA 4W5TA 3AO1A 1ZBIA 4CF1A 3AVNA 1TKTA 4ICLA 1NK0A 1L3VA 1WNSA 3KK3A 3AVBA 1B92A 4C8NA 4DU1A 4CJWA 4DSKA 1HPZA 1U04A 3L2QA 3TAGA 3NH0A 4FJ8A 4KI4A 3AVJA 5J2PA 2HNZA 3KK1A 4DFKA 1NJWA 2NUBA 3CM5A 1IKXA 1BCOA 3AVKA 3LAMA 4O4GA 2YNHA 3S3OA 2OYQA 1U47A 2KTQA 4N56A 2HHUA 3DYAA 3OYLA 3LWMA 4R5PA 1A5WA 3V6DA 3QEIA 4KI6A 3OYDA 4DTJA 3TAFA 3VQDA 4BDPA 5CYMA 3PX0A 4FZXC 3CYMA 2B5JA 3NF7A 3ZSWA 3ZT4A 5CZ2A 4E1NA 3OYMA 3F73A 4AILC 3KTQA 4IG3A 4AHUA 4CEBA 3AO4A 1WSHA 3LP3A 3D0PA 4KHWA 2KZZA 1LWFA 2Y1IA 2YKMA 3WNEA 1IO2A 3ZT3A 3KLGA 1I39A 4ELUA 2JLEA 3NF8A 2FBXA 2EHGA 4M45A 4J2AA 4ID5A 4KFBA 3QESA 2FC0A 1TGOA 1UOCA 1VSEA 4B3OA 3LP0A 4Z4GA 3RR7A 3QO9A 3HVRA 4KPYA 3M8SA 3VQ6A 2X6SA 3HO1A 4W5RA 3VQPA 4CJKA 1HNIA 1WSGA 4CHQA 5SWMA 2R7YA 4DTOA 1VSLA 4E7HA 1HQEA 2IC3A 1BHLA 3FFIA 2BE2A 2EX3A 4I9LA 1LW0A 5CZ1A 3QLHA 4O0IA 1Q9XA 1LAWA 3OS0A 4HUEA 1A5VA 5HBMA 4FJ9A 3ZSVA 1F21A 3VQ7A 2BGGA 1W0HA 2F8TA 3TR8A 5KRTA 1DLOA 3KKRA 4CJFA 4CECA 1B9FA 1JLBA 4CK2A 4RW4A 1QSLA 4B9SA 4FJXA 2KZMA 1LV5A 2P51A 3RR8A 1KLMA 5T7BA 1S6PA 4FYDA 1HQUA 1VK0A 4CCHA 4FK2A 1JKHA 3IAYA 3SQ1A 5HRNA 1U45A 3ZT1A 3PO4A 1R0AA 4GMJB 4IFVA 3RWUA 2HHXA 2HHVA 2HNDA 3T19A 1G15A 4CF2A 2Z1GA 2HHTA 4PUOA 1C0TA 1U49A 2ZD1A 3CM6A 3QINA 3DM2A 1C0MA 4OGCA 4CJPA 3SPYA 1TKDA 4LD0A 3SUQA 4E7KA 5C24A 3VQEA 1LW2A 1JL2A 3OS1A 2D0BA 3S3NA 1RT3A 1X9MA 3HL8A 3SQ2A 3SQ0A 4B9MA 1WSFA 2GBZA 2Z1JA 2XO7A 3SUOA 1NK7A 4MFBA 4KAZA 3SYZA 3RMAA 2ZQBA 3LP1A 3SI6A 1NJZA 3IS9A 3VQAA 1Z26A 2KQ2A 4B9VA 4CFBA 4K8XA 3VQ4A 4YFUA 4FK0A 2HVHA 1ASWA 4DFMA 4ZHRA 4JRPA 3PY8A 3AVAA 4CJ5A 1RCHA 4Y1CA 4Z4CA 1S1VA 3K58A 4H4OA 3MXMA 4LH5A 4Z0UA 4RG8A 3L2UA 5KI6A 4KTZA 4NCBA 3WNFA 4CESA 1U4BA 4AHSA 1JLCA 1HYVA 1ZYQA 4CGDA 1WSJA 2QXFA 1KFSA 4DTSA 3TARA 4DSJA 4DMNA 2E6LA 2DFEA 1YTAA 2VWJA 5KTQA 4ZTJA 4KO0A 1T05A 5J2QA 1GOBA 4Q5VA 3OYIA 1RBTA 3MEDA 5DMRA 3LZJA 1TK5A 2AJQA 1N5YA 5I3UA 4FLYA 1CLQA 4FJLA 1ZBHA 1NKBA 2OPSA 1SV5A 2RKIA 1RT1A 3QEWA 3ULDA 3TANA 3ZSXA 5HROA 3HPGA 4I7FA 4IG0A 4C8MA 3ZSOA 5C42A 2IGIA 1C6VA 4CF0A 3OYGA 2KFZA 2BANA 3OJSA 3KLFA 2PYJA 4DWIA 4MQ3A 2YKNA 1RTIA 3SJJA 5CYQA 3BDPA 3HK2A 4FJ5A 1FXXA 1S1XA 1YT3A 1S9GA 3DI6A 3DLRA 5HRPA 4E0DA 4AHVA 4M3YA 1S9EA 2IDOA 3CFOA 4CJLA 3KJVA 2XY5A 4HUGA 4FJNA 1RBVA 4FVMA 4QAGA 1WAFA 3M8RA 4J2EA 4M3TA 4FJKA 4FJIA 2HVIA 5FDLA 4CGJA 3HM9A 3PO5A 3P83D 3LAKA 3AVMA 4WE1A 4E7IA 1J53A 3K5OA 3M8PA 3V4IA 3PV8A 1XI1A 3QERA 1JLEA 4M41A 3K59A 4HHTA 1QSYA 3LWLA 4ELVA 1RT5A 2IS3A 4FW2A 4AHRA 4IBNA 4OKJA 4N76A 2P1JA 1HYSA 3NH1A 3C95A 2DY4A 4E1MA 3EYZA 3SNNA 3NGZA 4KHSA 5FRMA 1FKPA 2XRIA 5I42A 1TL1A 3OJUA 3NFAA 1NOYA 4Z4HA 1RTHA 4CJSA 3M8QA 1CZ9A 3NF9A 4NCGA 5SZTA 1RT6A 1SKSA 2P5OA 4DQPA 3BGRA 4CFAA 1KTQA 2B4JA 1FKOA 2D0CA 4DLGA 1VSMA 2QKKA 3RMDA 5HRSA 1ZBFA 4KB1A 5EU7A 4E89A 5KGWA 3SV3A 4ZTFA 1KSPA 4F3OA 4B08A 4F4KA 4N41A 2GV9A 1WSIA 3VQ8A 3VQQA 4JRQA 1DTQA 3KLEA 3DMJA 3L8BA 4OJRA 2DFHA 3AO3A 3C94A 4CEEA 4FM2A 3LDSA 4F2RA 2E4LA 1N6QA 1ZBUA 2X78A 4DLEA 1IKYA 1RNHA 1WLJA 4CJQA 4FM1A 3QNOA 3HPHA 3I8DA 3V9SA 3KIOA 1S1WA 4DQSA 2W42A 2ZE2A 4EZ6A 3O4QA 2HHQA 4PQUA 4FJGA 3VQBA 3OYHA 3ZSYA 1BQNA 3B6OA 3OYBA 2X74A 4IFYA 3OY9A 1LWCA 2G8FA 2WOMA 3ZT2A 4FLTA 2VG7A 1BI4A 2IOCA 3NF6A 4FLWA 4DS4A 4DTMA 4ELTA 2DTUA 4GW6A 1BIUA 5J2MA 1L5UA 4PY5A 2F96A 3B6PA 4FW1A 1TL3A 2XY7A 1T7PA 3LPTA 4CJTA 3NE6A 2G8WA 2Q3SA 4CJUA 3H08A 1ITGA 2D0AA 3I0SA 4CE9A 1S5JA 4CGGA 4CHOA 1J9AA 1RTDA 4QOZB 1BGXT 3O3FA 3SQ4A 3TAQA 4AH9A 2E6MA 4J2BA 4KHUA 3U3GA 2FBYA 1NK4A 4M3UA 4RW6A 3VA3A 1BQMA 4FLVA 3G10A 5KRSA 2GUIA 3MEEA 4KKOA 4JS4A 1EKEA 1RBRA 1XHZA 4C8LA 1FK9A 4OPKA 3U3YA 2VG6A 3O3GA 4BWMA 1CXUA 1GOCA 3TAEA 4DTXA 4OPJA 3KLHA 4DQIA 4PA1A 4DQRA 1IH7A 3ZCMA 3JSMA 4KRFA 3F9KA 4G1QA 1KVAA 4DSFA 5HP1A 3T3FA 4E7LA 4CEAA 2BDPA 2WONA 4FXDA 2HMIA 3HXMA 1X1PA 2PYLA 3EY1A 3DOLA 3AA3A 4B9NA 2Z1HA 4J2DA 2F8SA 1QE1A 4NCAA 1W9HA 1TK8A 4Y1DA 2A1SA 2RF2A 3DRSA 1VSDA 3SPZA 1RT7A 1C1CA 4N47A 3SCXA 1EX4A 4FCYA 1VSIA 5KGXA 1JXEA 4CEOA 4CFDA 5CY4A 2HNYA 3V9XA 4BE2A 3KKSA 3KD5E 4KHNA 3OYKA 3RTVA 3QEPA 3HSTB 3WNHA 3T1AA 3V1OA 1NK8A 2ATQA 1C0UA 5J1EA 2QK9A 1IKWA 4RW8A 1U48A 4B9TA 1LAVA 4CJ4A 4DF4A 1ASVA 4OKKA 1KLNA 1C1BA 1BCMA 3KD1E 2HHSA 4O5BA 3AVIA 3RMBA 4JLHA 3DRRA 2VWKA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3TSUA 1GLFO 2QWQA 2XHBA 4BC2A 3I0RA 4CZMA 1TKZA 3PUFA 2O8BA 3D2FB 5FPEA 3H3NO 1BWFO 2OZMA 3C6AA 4KTQA 3PX4A 4CZFA 1BISA 2YHAA 3AVHA 1J54A 1W7AA 3SUPA 2VGNA 5FROA 3K57A 1WN7A 1TYQB 1JLAA 3NGYA 3BF3A 4FLUA 1T8EA 4WFAL 4KB0A 5E84A 4NLBA 4FJMA 3VN5A 1D9DA 2Q2RA 3E01A 2RHKA 1L3TA 2UUBK 1EP4A 3VEWA 3OYJA 2EWSA 1Q18A 4KV8A 1NK5A 4JAXA 2YJEA 1JJ2M 4Z4IA 4K8ZA 1K6YA 3TTCA 1XC9A 4BGBA 3HP6A 2OPPA 4CIFA 3ENHA 2D5RA 4EP4A 3G0ZA 4GY2B 5JLFA 3S9HA 3L2WA 3THVA 4I2PA 1JXBA 2FSJA 1U2VB 4CHYA 1EWRA 1SKRA 3THXA 3D6RA 4FVUA 4BR0A 4M3WA 1NG9A 1KAZA 4K42A 4BG8A 2HF4A 3K9KA 2E8AA 4C8KA 5F1XA 1VSKA 2ITGA 3P5JA 5AQMA 5K14A 3G71N 5AQUA 3QEVA 4IDKA 4MDAA 5HLFA 1RT4A 2J4RA 4OLBA 3KK7A 2ETJA 3H45C 3C6TA 3QEXA 1RDUA 4RW7A 3EO3A 2BUPA 3UKRA 4AHTA 3SAHA 4DF8A 2YNGA 4JHDA 2VG5A 4CJ7A 5E41A 3L4IA 3ZSRA 3OYNA 1RDAA 2ZWHA 3NVMA 2X6NA 3QIPA 3OYFA 3AVCA 3DOKA 1OH8A 3V9ZA 3V1RA 3L0QA 3LP2A 1D5AA 4LH4A 4HUFA 3LPUA 5GINA 1D8YA 2OPQA 4WQ4C 3IMXA 3AV9A 3VPZA 3THYB 4BRHA 3J81O 2G8HA 1HUXA 3MDQA 3TSPA 1O13A 3DRPA 1T6DA 3O9UA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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