3AO1A

Fragment-based approach to the design of ligands targeting a novel site in hiv-1 integrase
Total Genus 52
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
52
sequence length
151
structure length
141
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACDWAGIKQEDGIPSMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGGIGGYSAGERIVDIIATD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords POL polyprotein
publication title Fragment-based design of ligands targeting a novel site on the integrase enzyme of human immunodeficiency virus 1
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule tags Viral protein/transferase inhibitor
total genus 52
structure length 141
sequence length 151
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-09-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3ao1A00
3C6TA 4RW7A 3TR8A 3KLEA 1U48A 3NGYA 3IAYA 4ELTA 3KLIA 4CFBA 5HRSA 2KQ2A 4N56A 2HB5A 3ZSXA 2XRIA 3QERA 2OPPA 3D45A 3G0ZA 4W5TA 4FK0A 3C94A 2QXFA 3DOLA 5CY4A 3ULDA 4F2RA 2IAJA 3ZT2A 4CESA 1U47A 2BGGA 1RTIA 2FBYA 3VQBA 1IO2A 2FBXA 3NCIA 5JS2A 3LDSA 1NJXA 4JRQA 4CGHA 4CJSA 3SNNA 3LAKA 1WSFA 3HP6A 4E7KA 1RBRA 2HHUA 3RMBA 3B6OA 4DG1A 1A5VA 2F96A 4O4GA 3NF7A 3NFAA 3V1RA 4CEQA 4YFUA 3KIOA 4ICLA 3V81A 1RT5A 3DLKA 1BL3A 3T19A 2XY5A 4Q0BA 5FRNA 4FW2A 4M41A 1XHZA 4F2SA 2YV0X 5HRRA 2YKNA 4CJKA 1ZBUA 2VG5A 4DQQA 4CECA 3TAFA 4HCBA 1VSKA 5J2QA 3SPZA 4QCLA 1X9MA 2RKIA 5C24A 4J2DA 3AA3A 1CZBA 3OS1A 4ID1A 1KRPA 4Y1DA 1X9SA 3LZJA 3V1OA 1HQEA 3AVAA 4Z4HA 4DFJA 3HJFA 2P1JA 1QSYA 4J2AA 3AA2A 1KVAA 2E4LA 3HXMA 3S3NA 3L3UA 3V4IA 4Q5VA 4CF8A 4B9TA 4FLVA 1QE1A 4F8RA 1JXEA 4HVJA 1Q9XA 2GUIA 1W0HA 4O5BA 2A1RA 1WNSA 4IKFA 4UQGA 3ASMA 4FLUA 4H4MA 2BDPA 1U49A 3I0SA 4AHUA 3OYCA 4N41A 2D0CA 1B9DA 2F8SA 3TANA 2D0BA 1DTQA 5CZ2A 1NOZA 3VQ9A 4AHSA 1DLOA 3V9UA 3HYFA 1GOBA 1WSHA 2D5RA 1WSGA 1RT7A 4GVMA 4CEFA 4IBNA 5KRTA 2XHBA 1SL1A 2HMIA 3SI6A 3KKRA 4DTMA 1ZYQA 4AHCA 2DFEA 4CGFA 3QNOA 4M3TA 1CLQA 1HYZA 3LP0A 2XO7A 1BCOA 4KFBA 4W5QA 4DLEA 2HW3A 4DU3A 1IH7A 4CIFA 1C0TA 3ZSZA 5D3GA 4FW1A 3LZIA 3VQAA 5FROA 1U04A 1JL1A 1RT3A 3FFIA 4O0IA 3L2QA 2X6NA 5SWMA 3SV4A 4N76A 4KI6A 3IS9A 4F3TA 3AVNA 4B9UA 3MECA 1RNHA 4H4OA 1JLFA 4AHTA 1SL2A 1LAWA 2X6SA 4DFKA 1D5AA 1VSJA 3RRHA 1RDCA 3MEGA 2Z1JA 4BE2A 4PQUA 4XIUA 4CJEA 4CIGA 4CK3A 1YTAA 4DF4A 2OYQA 3DRPA 4J2EA 4FJKA 2OZMA 3DYAA 3O3HA 1NJYA 3UIQA 3SUNA 4LSNA 3LALA 4ZHRA 1TL3A 3LWLA 3VA3A 3PV8A 3U6FA 3PX6A 2G8WA 1R0AA 1VRUA 1K6YA 4Z4FA 4Z4IA 1RDAA 1WSJA 1L5UA 4QAGA 4KTWA 3RWUA 1HNIA 1S1UA 4CHQA 3SQ0A 4DWIA 1QSLA 4FJHA 2E6MA 1RILA 3T1AA 1C0MA 4OGEA 4HCCA 3TAEA 3K5LA 3G10A 3L8BA 2QKBA 3KTQA 1JKHA 3K5MA 1T05A 1UOCA 4HUEA 3L3VA 4DSJA 4FVMA 4KAZA 1L3UA 2LSNA 3TAMA 3K57A 3ZSYA 2EX3A 4CEDA 4AH9A 3HPOA 4CIEA 2XY7A 4CCHA 4CEZA 3DOKA 2PY5A 4LY7A 4BWMA 2VG7A 3I0RA 4FM2A 1QSSA 4C8NA 1J53A 3P5JA 3ZSQA 3ZT4A 1JLQA 3VQ8A 3I8DA 4DU1A 5HLFA 1KVCA 5C25A 5C42A 3V9SA 2O4IA 3IRXA 1RT2A 3IG1A 3V9WA 3CYMA 5FDLA 1C1BA 1T03A 3HL8A 4RW4A 1KLNA 3K5NA 3BDPA 1HMVA 3LANA 2FC0A 3PY8A 5K14A 3THVA 1MU2A 3DLHA 3AA4A 4QOZB 4CEEA 1G15A 4CFCA 3V9ZA 4DFPA 1GOAA 2I5JA 5KTQA 2FBVA 3CM5A 4K8ZA 2DTUA 1WSIA 4RW8A 3RRGA 2OZSA 4OLBA 5DMRA 4KB1A 2KFZA 4JS4A 4CEAA 1NJWA 3VQ7A 4LH4A 3NDKA 1TK5A 3OJUA 4CJPA 4JLHA 3QEXA 4KREA 3MEDA 2KZZA 2ITGA 3ZT0A 4DTSA 2HNZA 1BQMA 4DTXA 4ZTJA 1IKXA 2B5JA 1RCHA 2YNFA 5KGWA 1KSPA 2HVIA 1NK0A 3WNFA 4JS5A 1XC9A 1KVBA 1SKWA 1ZBFA 3AO1A 3AVFA 5J2PA 4BE1A 2HVHA 3SZ2A 1BQNA 1VK0A 3KD1E 3OYJA 2JGUA 3HT3A 3OYLA 2VWKA 4CHPA 4E1MA 1TK0A 4R5PA 1RBVA 3ZCMA 3M8QA 3EYZA 1TKDA 5CZ1A 4ELVA 1IKWA 2HNDA 1WN7A 3V9XA 1LW0A 1U4BA 4MFBA 3KD5E 3MXJA 1JLAA 4F4KA 1TGOA 4EP5A 3CM6A 1FKPA 1LV5A 1YT3A 3TAGA 3OYNA 4FM1A 4M42A 3T3FA 1C0UA 1U45A 1F21A 1LWEA 1NKEA 1XWLA 1QHTA 3OS2A 2BANA 4FJGA 1RBSA 3F9KA 3E01A 1RBTA 1UA0A 4AHVA 4W5OA 1RTHA 4I9QA 4B3OA 5HRNA 3TAQA 1TKZA 1WAJA 1Z25A 4E19A 5I3UA 3AO5A 4IDKA 1KFSA 3NGZA 4M45A 1ITGA 4C8KA 5CYMA 1TAQA 1TL1A 1S1VA 4O55A 4FJNA 1LWCA 4FCYA 1BHLA 1HJRA 5J1EA 3CFRA 4KHSA 4DQPA 2KZMA 4E7IA 4Z4EA 4HHTA 1S1TA 4OPKA 2G8KA 3DRSA 1B92A 3A2FA 4NYNA 4FZXC 2Z1GA 3DLGA 3LP3A 2YNIA 4CJTA 2Y1IA 1RT6A 4I2PA 4DSEA 4CK1A 4CE9A 3OVNA 1FXXA 2ATQA 3O3GA 3BGRA 1JLGA 2P51A 4TSXA 4YNQA 1XI1A 4CF9A 1HPZA 4FLZA 5KRSA 1LAVA 2OA8A 1GOCA 3MAQA 3S3MA 1SL0A 3V1QA 3RR8A 1VSMA 3PO4A 4E7HA 3VQ4A 1ASWA 5CYQA 1RT4A 1Q9YA 2G8HA 4M3RA 4FJLA 1JLEA 1KFDA 1EXQA 4BDPA 3OYGA 3KK2A 4FJ5A 5KI6A 3WNGA 4OPJA 1N6QA 1Y97A 3MEEA 4AILC 3NF8A 1EKEA 1S6QA 1X1PA 2O4GA 4CJQA 5J2NA 4E7LA 3LWMA 3TABA 2PZSA 2ZE2A 4NCGA 1BISA 4CGGA 1S9GA 4C8OA 4IFYA 4B9NA 4FJ7A 4M3ZA 3QNNA 4FZYA 4B9VA 4NCBA 4G1QA 4HTUA 3HK2A 1D9FA 1TKXA 1CXUA 4KHYA 1SV5A 3B6PA 4B08A 4DSKA 2BE2A 4DSIA 1L3SA 4B9LA 1ZBHA 2KW4A 1QTMA 3SQ2A 3NF6A 4RW6A 1I39A 1UAXA 3RMAA 3OYKA 1J5OA 1RDDA 3HPGA 4BDZA 3NH2A 3QEWA 3DM2A 2P5OA 4M3YA 1J54A 3QIPA 4Z0UA 1CZ9A 1NJZA 1NOYA 4O44A 3M8RA 4CHYA 1EP4A 3OJSA 1ASVA 1VSEA 4BDYA 3LP2A 4CF1A 4E7JA 3OYEA 1BGXT 3RMDA 4OVLA 4GW6A 4CJLA 1S1WA 3O4NA 3OS0A 4PWDA 1BI4B 4KKOA 2OPQA 4CJWA 3AVMA 5E41A 3L2RA 3QO9A 3EY1A 3SUQA 1D8YA 3QEPA 2G8IA 3HSTB 3VQPA 1Z26A 4CK2A 2GBZA 1ZBLA 4I9LA 4DTPA 1VSLA 1NKBA 1HYVA 3QESA 3AVIA 3AVKA 4K8XA 4CJ4A 2B4JA 3HO1A 1HYSA 2A1SA 4PY5A 4DTUA 3JSMA 1TAUA 2WOMA 4E1NA 1JXBA 2EHGA 1QQCA 4ID5A 4DQSA 3PX0A 5HROA 1NK5A 3SQ1A 3QETA 5HP1A 3C6UA 4KTQA 4DTNA 3AO3A 4J2BA 3DMJA 4KI4A 3U3GA 4Z4CA 3TARA 4Y1CA 4DTRA 4FJXA 4N5SA 3KLFA 1C1AA 1REVA 1KLMA 3SQ4A 4CHZA 1NK4A 3DLRA 4CJFA 3NGIA 4RW9A 1TVRA 1VSIA 4CFAA 4DFMA 3ITHA 2G8UA 1TKTA 3NBPA 4KHWA 4DQIA 4IG3A 1TV6A 4B8CA 4EZ9A 1JL2A 4NYFA 2PYJA 4KRFA 4KHQA 4FK2A 5SZTA 3VN5A 3S9HA 4PUOA 2VWJA 1YVUA 1BI4A 2NUBA 4FZZA 2OPSA 5J2MA 4CJ3A 1VSHA 2DFHA 3CFOA 4CHNA 4FJ8A 3RMCA 1HNVA 1S6PA 3CQ8A 3L2UA 2HHQA 4FYDA 4H8KA 3K58A 2RPIA 1NK9A 4F3OA 2IGIA 4L8RB 4M3XA 2GV9A 3TWHA 1YTUA 4W5RA 2D0AA 2HHWA 3QEIA 3V6DA 1SKSA 4KHUA 3VQ6A 4W5NA 1IKYA 2B6AA 3SCXA 1WSEA 2YHAA 4DS4A 2G8FA 4DQRA 3U3YA 4EZ6A 3NF9A 1NKCA 3H08A 4BWJA 1J9AA 3ZT3A 3LAMA 3KK3A 2IDOA 3NHGA 3P83D 1S5JA 5JS1A 2F8TA 2XY8A 3RTVA 4OGCA 4DSLA 4KO0A 1QS4A 3ZSRA 3ZSOA 4CGIA 4E3SA 4Z4GA 1RTDA 4DF8A 4N47A 4FK4A 4OJRA 3ZSVA 1CXQA 3OYHA 4BE0A 3OYIA 4M3WA 3EZ5A 3L2VA 4KPYA 1NK6A 3MXMA 3AVJA 2HHXA 2G8VA 1RT1A 2VG6A 3SPYA 3HVRA 3ISNC 2YHBA 3NE6A 4FLWA 3P1GA 3HP9A 1VSFA 1O1WA 4PA1A 2R7YA 3KKSA 3CFPA 1UA1A 4CJ5A 3VQ5A 4I7FA 4AHRA 1B9FA 5EU7A 2YKMA 4LD0A 4CEBA 1S1XA 4IG0A 4CF0A 4I2QA 2P5GA 1DTTA 3M8PA 4CJRA 2QK9A 3VA0A 1WLJA 5KGXA 1FK9A 1A5XA 1EX4A 3ALYA 3KK1A 4LSLA 3K5OA 1ASUA 1ZBIA 3OY9A 5DK5A 3SUPA 4CGJA 4C8LA 1T7PA 4CFDA 5I42A 5HRPA 1JLCA 3C95A 3K59A 4DTJA 2DY4A 2HNYA 4E89A 4DS5A 1JLBA 2KFNA 1LWFA 4LH5A 1BIZA 3LPTA 4CJVA 3NAEA 1Q8IA 3HM9A 3QEVA 1X9WA 4CHOA 3PO5A 1C1CA 5HBMA 3L2WA 3SUOA 3AVLA 3F73A 2JLEA 4IFVA 2IS3A 4FJIA 1BIUA 2Z1IA 3HVTA 3WNEA 4CGDA 3OYMA 2XY6A 4NCAA 3QLHA 1KTQA 4BACA 4KHNA 1KCFA 3VQDA 3M8SA 1NK8A 2HHTA 1EETA 1C6VA 2ZD1A 1VRTA 2IC3A 3LP1A 3QINA 3VQQA 3WNHA 3CG7A 3ZSWA 2W42A 1S9EA 1A5WA 2RF2A 2WONA 3AA5X 4FLYA 4ZTFA 1IG9A 3AVBA 4E0DA 4CJUA 2Z1HA 4OLAA 4CEOA 1IKVA 3VQCA 4EP4A 2PYLA 4DTOA 3AVGA 4RG8A 1SUQA 2Y1JA 1BCMA 4ELUA 2YNGA 2RN2A 4DSFA 4FJMA 1XHXA 3DRRA 2HHVA 4KB0A 4FXDA 1SKRA 4FJJA 2DFFA 1FKOA 4KV8A 4M3UA 1HRHA 4B9SA 3QIOA 3KLGA 1RTJA 1UWBA 3K2PA 2ZQBA 2E6LA 3O4QA 3OYFA 2OPRA 4HUFA 4CERA 3JYTA 3TI0A 3LPUA 3AVHA 1L3VA 4B9MA 5FRMA 3O3FA 4OKKA 1LW2A 2AJQA 1I3AA 3SJJA 4CF2A 4JRPA 1RDBA 4HUGA 4FLXA 1HQUA 1T8EA 3AO2A 4FLTA 4GMJB 3MXIA 3S3OA 4MQ3A 3NH1A 2FBTA 3ZT1A 1VSDA 3NH0A 3AV9A 3OYBA 1TK8A 3D0PA 3DI6A 1N5YA 2ETJA 1WAFA 3OYAA 2YNHA 4WE1A 3PX4A 2HHSA 3AVCA 1L3TA 3AO4A 3PUFA 1W9HA 3KLHA 4DLGA 3HPHA 2QKKA 3DLBA 1D9DA 3OYDA 4C8MA 5T7BA 4DU4A 4O0JA 3VQEA 1NK7A 3DLEA 4OKEA 2Q3SA 4DMNA 3TAPA 2KTQA 1RBUA 2X78A 4FM0A 3SYZA 3RR7A 2X74A 4FJ9A 4OKJA 3KJVA 3SV3A 2IOCA 4KTZA 4B8AB
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2P9IB 3KLEA 4B1XB 3QICA 3BZCA 2XRIA 2QWRA 1NGGA 2OPPA 3D45A 2O8EB 5BPNA 3ULDA 2BTFA 3NVKA 4XEIA 3ZT2A 4H03B 1U47A 4JNEA 3VQBA 2BGGA 4CGHA 5KPZA 5BREA 1RBRA 2HHUA 1GLDG 2QWOA 4DG1A 2F96A 4O4GA 3NF7A 3V1RA 2QI2A 3VPZA 4O8KA 2XY5A 3A0IX 3P4IA 3KWGA 1XHZA 5AQGA 4IXCA 1VSKA 5J2QA 3SPZA 4QCLA 4C1NI 4J2DA 2UXCK 3OS1A 3KVGA 4BRCA 3TTCA 5BRHA 1QSYA 4J2AA 3AA2A 4FWQA 3HTVA 3L3UA 3A5MC 4B9TA 4DKWA 4F8RA 4BRDA 2GUIA 5AQLA 4DR2K 3DJCA 3LM9A 4IKFA 2AP1A 1NG9A 1U49A 3I0SA 2D0CA 3CCVN 2CGJA 3G6EN 2D0BA 3TANA 1DTQA 3WEEB 3T1YK 3HYFA 2XHBA 4LFBK 3ATUA 1SL1A 4M3TA 1DGKN 3KKRA 4DR7K 4AF1A 4B9QA 1VAZA 1K8KB 2HW3A 1YITN 1NGEA 1IBMK 5KQDA 3VEVA 4I6MA 1H1VA 3SMSA 4O0IA 5SWMA 3SV4A 4X66K 3FE1A 4BE2A 4WFAL 4CJEA 4BY9C 2OYQA 3DRPA 2KHOA 4BRIA 3CJ1A 1T6CA 2WFBA 3LALA 3LWLA 1XMQK 3ZX3A 3PV8A 2FF6A 1VRUA 1K6YA 3DLLL 1R0AA 5EVZA 1RDAA 4FO0A 4QAGA 4KTWA 3RWUA 3SAGA 4MDBA 1QSLA 2E6MA 3T1AA 1C0MA 3I56N 4YDUC 1D4XA 1JKHA 3ATVA 4FWKA 4FVMA 3J8AA 4FL9A 1IBLK 4CEDA 2OANA 5GINA 4JHDA 2V7ZA 4DU1A 4FPAA 1KVCA 3DXMB 5E26A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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