4ID1A

Hiv-1 integrase catalytic core domain complexed with allosteric inhibitor
Total Genus 49
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
49
sequence length
154
structure length
140
Chain Sequence
CSPGIWQLDTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAAWWAGIKQEFGIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNKKRKGGGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords Gag-Pol polyprotein
publication title Allosteric integrase inhibitor potency is determined through the inhibition of HIV-1 particle maturation.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus type 1
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
total genus 49
structure length 140
sequence length 154
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-12-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4id1A00
4Z4IA 4DTJA 3BGRA 2B6AA 3L8BA 4AH9A 2G8VA 1RDCA 5FRMA 3PV8A 4B9VA 4CJKA 2WOMA 3DOLA 3ITHA 1VSEA 4C8LA 4C8OA 3ZT3A 3DRPA 4FM1A 1XI1A 4HUEA 3L2WA 1QE1A 2Z1GA 4Y1CA 3IAYA 4DQQA 1LAWA 4CK1A 1FKOA 4O0JA 3ZT0A 4JS4A 4BWMA 1RTDA 3KLGA 4CIGA 1HPZA 3U3YA 2G8FA 3P1GA 1VSKA 1RBUA 4EZ6A 4M3YA 4CGGA 3MXJA 2IS3A 4EP5A 3I0RA 3WNHA 4KFBA 3I0SA 5SWMA 1TKXA 2Z1JA 3CM6A 4F4KA 4HUGA 2RF2A 5J2PA 2DFHA 3ZT2A 1TAUA 4NCAA 4O5BA 1CXQA 3RMDA 4I7FA 4NYFA 4CHOA 4FLUA 3U6FA 3AVHA 3SUPA 3F73A 4DSJA 4KB1A 3TABA 4DSIA 3SJJA 1EETA 2IGIA 4Z0UA 2KQ2A 3CFRA 4E3SA 3C6UA 3DLGA 1BL3A 3RRGA 3KLFA 4ELTA 4KTZA 3O3FA 4BE0A 4DLEA 2QK9A 3OJSA 2P1JA 4F8RA 1K6YA 1Q8IA 1CZBA 1UWBA 1BQNA 4FJ5A 3CG7A 4FVMA 2Y1JA 4CGDA 2KZZA 4DTUA 1NK6A 3L2UA 3LPUA 4K8XA 4FLYA 3NAEA 5J1EA 1SKRA 3OYKA 4BDPA 1J5OA 1JLCA 4LSNA 3DLKA 5HRSA 1ASVA 3KLHA 3RMAA 5DK5A 1RT4A 3NF9A 1JL2A 3ZT1A 1RNHA 2G8WA 1LW0A 4ZTJA 2ITGA 3CQ8A 1SL0A 1NKBA 1HNIA 4Q5VA 3LZIA 1C1BA 2D5RA 5K14A 4CF9A 3TR8A 3SYZA 2HW3A 3HVTA 3QEXA 3AVJA 4DFKA 2PZSA 4FM2A 3VQBA 4BWJA 5HRRA 4CEFA 4LSLA 4DU4A 1DTQA 3TAGA 3V1OA 4FYDA 3VQPA 4QCLA 1JLBA 3LP2A 2BE2A 1HRHA 3CFPA 1ASWA 4FM0A 3K59A 1XHZA 4FLXA 1HYZA 4KO0A 4CJRA 3KK1A 1UA1A 3CFOA 5CZ1A 3PUFA 3KLIA 3PY8A 1O1WA 2OZSA 1VSJA 3AVNA 3O4QA 4B8AB 4BE1A 1NK0A 3L2VA 4E7KA 2HHTA 4DTXA 1G15A 1TKZA 5KGXA 2XO7A 2E4LA 3ZSVA 1J9AA 3ISNC 2HMIA 3K57A 4CGJA 4FJXA 2X78A 3O4NA 1YTAA 3ZT4A 3TWHA 3UIQA 4O4GA 4CEAA 1T8EA 2X6SA 1TL1A 3DRSA 4CJTA 3NH2A 2PYLA 4CEEA 2Z1HA 4DS5A 2G8UA 5KTQA 4KTQA 4E19A 1D9DA 1KFSA 1HQUA 5DMRA 3DYAA 1RTJA 3IS9A 1DLOA 1GOBA 3LP0A 1BGXT 1C1CA 1FXXA 1TKTA 4CCHA 1NJWA 2O4GA 2WONA 3ASMA 1T7PA 2VG5A 2A1RA 4IKFA 4Z4CA 3AVFA 1W9HA 3SI6A 3QEIA 1WSJA 1KCFA 1QSSA 4CJVA 4Z4FA 3NBPA 4DFMA 3M8PA 1VSIA 3OYLA 3HVRA 1S9GA 3SPYA 4IG3A 3TAMA 1BIZA 4BDYA 3RTVA 1SL2A 4F2SA 4O44A 4ICLA 3OYIA 1QS4A 4EP4A 4WE1A 3T19A 1L3TA 1UA0A 1W0HA 3NF7A 4FJGA 1T05A 3OYCA 3OYEA 1JL1A 1IH7A 4FW2A 3DLHA 1BI4A 2XY6A 5I3UA 1B9FA 1U47A 4KHNA 3HK2A 4DFPA 4FLVA 3QETA 4O55A 3B6PA 3OYDA 3VQDA 2PYJA 2HB5A 4FZXC 3NFAA 3QIOA 1SKWA 1B9DA 3TAQA 3SV3A 3KD1E 3OYHA 2ATQA 3HP6A 3LDSA 4F3OA 2F8TA 4FW1A 3OYMA 4CF8A 1A5XA 4DTOA 3VQAA 3V4IA 1Q9XA 5HRNA 4M42A 5CZ2A 4N56A 2QKBA 1S9EA 3QERA 1NK5A 1NJXA 1REVA 1IG9A 2KTQA 3OYBA 2HHWA 3DLEA 1HYVA 4KKOA 4LH4A 1EKEA 3G10A 4ZHRA 1L3UA 2HNZA 3BDPA 4FLZA 1U45A 1VRTA 4FJNA 3DRRA 5D3GA 4DWIA 5FRNA 2XHBA 1HYSA 3VQEA 1RT5A 2VWKA 3KKRA 3KK3A 4PWDA 2ZE2A 5KI6A 2KFNA 4CJ3A 5J2QA 4PUOA 4CJQA 1BI4B 5FROA 3D45A 3WNGA 4RW8A 3PO5A 4B9LA 3HPHA 4CHQA 1N5YA 2GUIA 1J53A 2YKNA 4RW4A 5JS2A 2Q3SA 2YNHA 3I8DA 2YNIA 2FC0A 1UAXA 1S1XA 3QEPA 3K5MA 2EHGA 1SUQA 4NCBA 3AVGA 1XWLA 3V1QA 1KFDA 4PQUA 3HPOA 2FBTA 1A5VA 4W5TA 3C94A 4LY7A 3SQ0A 3MXMA 4FJKA 4KHWA 4OPJA 2DFFA 3HP9A 4Z4EA 5C24A 3MECA 4AHSA 1R0AA 1IKVA 3U3GA 1YVUA 3C6TA 2XRIA 4J2AA 1Q9YA 4YNQA 1RT6A 4R5PA 4L8RB 2X74A 1L5UA 1VSMA 4B08A 1TVRA 4M3XA 2HHVA 3NF8A 3AVLA 5CYMA 3ZSOA 3VQ8A 4DTPA 3PX0A 4FJ7A 1XHXA 4RW9A 2YKMA 4CGIA 4N41A 1LWFA 1RDAA 3OVNA 1RT1A 4KHQA 1Z26A 4E1MA 5FDLA 4IFVA 1J54A 1FK9A 4AHCA 3IRXA 1GOAA 1NK7A 5SZTA 4B9MA 3P5JA 4MQ3A 1QHTA 3VQ5A 3OS0A 3WNEA 4CJ4A 4GMJB 5HP1A 4DQPA 4KAZA 3L3UA 3O3HA 4DQSA 2E6LA 1L3SA 1IKXA 4CHPA 1FKPA 4E89A 3QEVA 3JSMA 4E7IA 3AA5X 4J2DA 3ULDA 3ZSQA 4YFUA 1KTQA 4GW6A 4ZTFA 3E01A 2G8KA 4FLTA 1ZBLA 3NCIA 3FFIA 1B92A 1BQMA 1MU2A 4C8KA 3OYFA 1ZBIA 3V81A 3KJVA 1CLQA 1EP4A 4ID1A 2IAJA 3S3NA 2P5GA 3AO2A 3AVBA 4AHUA 2OZMA 4J2BA 4ID5A 4FJIA 1RBSA 4C8NA 4I9QA 1YTUA 1ZBUA 4FXDA 3RMBA 4CFCA 4EZ9A 4B9SA 4I2QA 2LSNA 1JLFA 3SUNA 3F9KA 1WN7A 4G1QA 1RBRA 1NKEA 3OY9A 5KRTA 3RWUA 4OLAA 4F3TA 4GVMA 3S9HA 2NUBA 3NH1A 3EYZA 3V1RA 3TI0A 2FBYA 3LANA 1C0MA 3MXIA 1S1TA 2XY8A 3G0ZA 3QO9A 4NCGA 3TAEA 2PY5A 3QINA 3HO1A 1EX4A 4CJ5A 2Z1IA 1QQCA 3LP1A 3T1AA 3SV4A 4M3WA 1NJZA 1HQEA 3VQ9A 4FJ8A 3AO1A 3HSTB 4DF8A 1D9FA 1EXQA 2YHAA 4CESA 2HNYA 3HL8A 1VSHA 4CGHA 4BDZA 5J2NA 1TK8A 1KLNA 4FK2A 3ZCMA 4FZZA 3O3GA 4CEDA 5HLFA 1WAFA 4Z4GA 4B9UA 1JKHA 3S3MA 1HJRA 5CYQA 1LWEA 4CE9A 3V9WA 4KREA 3LPTA 3DOKA 1SL1A 1WNSA 3HYFA 3K5LA 4DLGA 1T03A 4M41A 4M45A 1SKSA 4DMNA 1HMVA 5CY4A 1QSLA 3OYJA 5EU7A 2VG6A 4ELVA 4DFJA 1RCHA 4OPKA 4BACA 4FCYA 2EX3A 3KLEA 3AA2A 3RR7A 3A2FA 3JYTA 4UQGA 4FJHA 3MAQA 2D0AA 3DLRA 2ZQBA 3TAPA 4FK4A 1CZ9A 3K58A 1KRPA 2YV0X 2DY4A 3AA4A 4FZYA 2E6MA 3AVCA 2RN2A 3DMJA 4IG0A 4CEBA 4CF0A 3K2PA 1JLGA 1ZBHA 4CHNA 3OYNA 3CYMA 1RBVA 3SCXA 4Z4HA 1TK5A 4KHUA 3TANA 4B8CA 4CF2A 4DTNA 4QAGA 2OPSA 1BCOA 3EZ5A 4HUFA 4OKKA 3TARA 3AO5A 2ZD1A 3THVA 4FJMA 2DTUA 3VA3A 4ELUA 2RKIA 1KSPA 4LD0A 3IG1A 1C0TA 3VA0A 4JRQA 2HVHA 3V6DA 1RBTA 2YNFA 4E1NA 1NK8A 1IO2A 3AV9A 1WSEA 2IOCA 2VG7A 2IDOA 4W5OA 4JS5A 4KI6A 5C42A 4K8ZA 2BANA 4M3UA 4CK2A 3V9ZA 3QNOA 1TAQA 3SPZA 2HHXA 2XY7A 1WSGA 1TK0A 4DG1A 2IC3A 3QNNA 4B9NA 4KHSA 2O4IA 2OA8A 1X9WA 3V9XA 2DFEA 4AHVA 1TKDA 4CGFA 4DU3A 1RDDA 3ZSRA 1X1PA 4CHYA 4KTWA 4CJWA 4CEOA 4HCCA 4TSXA 3KIOA 4CJSA 2G8IA 3NGIA 1ITGA 4CJLA 1WLJA 3HJFA 4KRFA 4DU1A 4I2PA 4FJJA 3OS2A 2KFZA 1DTTA 1VRUA 2HVIA 4NYNA 3H08A 3AVMA 1ZBFA 2OPPA 3RRHA 2F8SA 2W42A 1JLEA 3V9SA 3NF6A 3RMCA 2YHBA 5KRSA 4FLWA 2OYQA 4J2EA 4W5QA 2OPQA 3L2QA 4N47A 1A5WA 1HNVA 3QESA 3M8QA 4B3OA 1WSIA 2D0CA 1LWCA 5J2MA 3CM5A 2HHUA 1VSLA 1WAJA 1LW2A 1VK0A 4CIEA 4CIFA 5E41A 4CJFA 2QXFA 3SZ2A 3V9UA 4DSKA 2D0BA 3AO4A 1RDBA 1TL3A 4HTUA 3AVIA 4CJEA 4OKEA 4E7LA 3MEDA 2G8HA 3QLHA 3P83D 1Y97A 5KGWA 3C95A 4PY5A 1RT2A 4CFDA 1UOCA 3NE6A 1RT3A 4H4MA 4H8KA 4CEZA 3NHGA 1NK4A 1NKCA 3AO3A 4N76A 1X9MA 1NK9A 3HXMA 4HHTA 3K5OA 3SNNA 3ZSWA 1LV5A 4M3ZA 4CK3A 4FJLA 4W5RA 4E7HA 2Y1IA 1LAVA 1NOYA 3SUOA 1JLQA 1F21A 3PX4A 4OLBA 4RW7A 5I42A 3SQ1A 1BHLA 1TGOA 3KKSA 3S3OA 4W5NA 3ZSZA 2GBZA 1KLMA 1ZYQA 4E0DA 1C0UA 1BCMA 2VWJA 1WSFA 4CEQA 2BGGA 3VQ7A 4RG8A 5HROA 1RILA 1BIUA 1RTHA 1U49A 2B5JA 1S1WA 3KK2A 1KVCA 3WNFA 3EY1A 1NOZA 1GOCA 2F96A 1Z25A 2RPIA 2X6NA 3HPGA 4AHTA 4XIUA 4KHYA 4B9TA 3DM2A 4Y1DA 4DSFA 1CXUA 3VQCA 4CFBA 4KPYA 3DI6A 4HCBA 5JS1A 3M8RA 1SV5A 4LH5A 4JRPA 1IKWA 3T3FA 1D8YA 4C8MA 4FJ9A 3SQ4A 2BDPA 4DTSA 3LAKA 3MEGA 3PX6A 3OS1A 3KTQA 1XC9A 1IKYA 2A1SA 3LZJA 4CECA 2HHQA 4OGEA 2GV9A 2XY5A 2FBXA 3DLBA 4RW6A 2FBVA 5T7BA 2B4JA 1N6QA 4KV8A 1TV6A 2OPRA 1QSYA 1JXBA 4AILC 3QIPA 2P51A 4DTRA 3PO4A 4M3RA 4DS4A 1I3AA 3LWMA 4DSEA 3LP3A 3NDKA 3VN5A 4IDKA 3TAFA 3AVKA 2YNGA 4CFAA 3OYAA 1RT7A 1NJYA 1U04A 4CJPA 2P5OA 4M3TA 3NGZA 4IBNA 4N5SA 3K5NA 4OJRA 1S5JA 5HBMA 2I5JA 4QOZB 4DTMA 3ZSXA 1S6QA 1S1VA 3L3VA 4KB0A 1C1AA 3RR8A 4FK0A 3B6OA 3L2RA 1VSFA 4DQRA 4JLHA 4E7JA 4IFYA 3D0PA 3AA3A 1RTIA 3HT3A 4PA1A 2QKKA 1ASUA 2JGUA 3VQ6A 4CF1A 4Q0BA 2R7YA 4CJUA 1S6PA 1L3VA 4OGCA 1QTMA 3KD5E 1JXEA 3VQ4A 2AJQA 3ZSYA 1U48A 3SQ2A 2JLEA 4OKJA 1WSHA 3VQQA 4DQIA 3NGYA 3LAMA 1I39A 1KVAA 4CHZA 1S1UA 4HVJA 1U4BA 5C25A 4F2RA 3OJUA 4DF4A 4AHRA 3HM9A 4CERA 4H4OA 3M8SA 3SUQA 1C6VA 4DSLA 2HNDA 2KW4A 4BE2A 1D5AA 1X9SA 3ALYA 2ETJA 3MEEA 2HHSA 1KVBA 3LWLA 4I9LA 4MFBA 4O0IA 3OYGA 3QEWA 4KI4A 2KZMA 3LALA 1BISA 1JLAA 1YT3A 4OVLA 3AVAA 3NH0A 1VSDA 5HRPA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5EVZA 2B6AA 2G8VA 4QS8A 1W2BM 3ZT3A 3BUZB 1G99A 2QWPA 3IAYA 4YOUA 1FKOA 4O0JA 3ZT0A 4FOIA 1TYQA 1OH5A 2D0OA 4H0PA 4DQ8A 3HBTA 3RSEB 4M3YA 4CGGA 2ASPA 3I0RA 3WNHA 4PL8A 3I0SA 3CI5A 1TKXA 4XEIA 1BA1A 1QQOA 4F4KA 4B1VA 4BROA 5AQKA 1CXQA 4O8KA 4CHOA 4FLUA 3ID6A 3TTDA 1KXPA 4DSJA 4DSIA 4BR7A 5C2FA 4DLEA 3OJSA 1SZ2A 4YOVA 4NLBA 5BN9A 2P9IB 4BGAA 2KZZA 4K8XA 3CD6N 3KHYA 4NXMK 3NAEA 4BDPA 3VOVA 2O8DB 3DLKA 3O1BA 2UXDK 1RT4A 1HJOA 1JL2A 2D5RA 4BRFA 3HVTA 4NB4A 3QEXA 3J80O 3AVJA 5BRFA 4X66K 3VQBA 4BWJA 3CCUN 2A5XA 4LSLA 3TAGA 1DTQA 1YUWA 2BTFA 1KC8O 4GV3A 2BE2A 3CFPA 4FM0A 1XHZA 4FLXA 2NNWA 5CZ1A 1DKGD 4BE1A 4EIAA 3D6RA 2HHTA 4DTXA 2XO7A 4BR9A 1J9AA 2E2NA 3ISNC 4M63C 4MLHA 3SLCA 3VEVA 3GL1A 2X78A 4JKFA 3O4NA 2VQEK 3UIQA 2NRHA 2D0PA 1TL1A 5GADP 4DS5A 2O8FA 1KFSA 1EO1A 3C65A 3Q7BA 4WCEL 1HQUA 3DYAA 1GOBA 3LP0A 4MLEA 1NGDA 4JI5K 2O4GA 2QM1A 2VG5A 2A1RA 2O8BA 4OPAA 3SI6A 3NBPA 3M8PA 3OYLA 1HLUA 3D2FB 3F5TA 4IXCA 4R79A 1KAYA 4IG3A 1FW6A 4FWQA 3RTVA 1LCUA 4F2SA 4LF4K 3VEOA 1QS4A 4EP4A 1L3TA 4U7BA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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