4HUEA

Structure of 5-chlorouracil modified g:u base pair
Total Genus 43
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
43
sequence length
134
structure length
134
Chain Sequence
EEIIWESLSVDVGSQGNPGIVEYKGVDTKTGEVLFEREPIPIGTNNMGEFLAIVHGLRYLKERNSRKPIYSNSQTAIKWVKDKKAKSTLVRNEETALIWKLVDEAEEWLNTHTYETPILKWQTDKWGEIKADYG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structure, stability and function of 5-chlorouracil modified A:U and G:U base pairs.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/dna
source organism Bacillus halodurans
molecule keywords Ribonuclease H
total genus 43
structure length 134
sequence length 134
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2012-11-02
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4hueA00
4I9LA 4CERA 2Z1GA 4CCHA 4DTOA 2XY8A 1J54A 4FLTA 3CFPA 4M3WA 3TWHA 1RT5A 4E7KA 1CZBA 3T3FA 3DMJA 5D3GA 4AHRA 2KZZA 2HHTA 1FKPA 3HPGA 4M3UA 1RT7A 3HJFA 3NF9A 3OS0A 1NJXA 2JLEA 1QS4A 4KO0A 2YNHA 4C8MA 4FJ5A 3TI0A 4CK2A 1CZ9A 1NK0A 2G8WA 4DSLA 4CFAA 1F21A 3AVLA 1U48A 1VSFA 2VG5A 1WNSA 4NCGA 3ZT1A 3SQ4A 3PX4A 3P5JA 3U3GA 3SV4A 4HCBA 4TSXA 1UA0A 1NJWA 4KHSA 3L2RA 1D8YA 2DFFA 1S1VA 2YHAA 1KVCA 1U45A 3RRHA 1RT2A 4DF8A 3ZT0A 3AVBA 1HPZA 3OYDA 3TAMA 5KRTA 1QTMA 3ZSOA 3KJVA 1TKXA 5J2MA 1C0TA 4FW2A 3OYGA 3V9XA 4CFCA 4CJRA 4F3OA 4FJNA 4M3ZA 1HRHA 4CEDA 5KTQA 3DLHA 3MECA 1TGOA 3DLGA 1KVAA 1IKVA 1KVBA 1ITGA 1I3AA 4IG3A 3AVJA 4DQPA 1L3TA 1BISA 3DLBA 1RT3A 2EX3A 3VQ7A 3L2VA 1S9EA 1BGXT 4OLBA 1XHXA 4Q0BA 4O5BA 3LP0A 3NH0A 3MEEA 3PO5A 1JL2A 4J2AA 4DTSA 1TKTA 3RR7A 4DTPA 4FK2A 4I7FA 3SNNA 3KLFA 1RNHA 1JLQA 1ZBUA 3V6DA 4C8KA 4FM1A 4KAZA 2E6LA 3C94A 4W5RA 4CGGA 3ZSXA 1RDCA 4JRPA 4E7HA 3V9UA 3QEPA 3S9HA 4DSEA 1HQEA 3QINA 1RTHA 3AVAA 1BHLA 3AO3A 2G8HA 4HTUA 1R0AA 2P1JA 3NDKA 3QLHA 4CGFA 1D9DA 3RWUA 2HW3A 4EZ6A 1TKZA 3HSTB 3K57A 1VSMA 2OPRA 1NK8A 2ZE2A 3VQBA 4ELUA 1BIZA 4FJHA 2DY4A 4E1MA 3SV3A 2BGGA 4KPYA 2IGIA 3AVGA 4DSKA 3K5OA 4CJVA 2VWJA 4KRFA 2GBZA 1JL1A 3LAMA 4CGJA 3TAPA 1KCFA 4L8RB 2ZQBA 1RBSA 1SV5A 3VQDA 3M8SA 2IOCA 1UWBA 4CGIA 5C25A 4BE0A 2I5JA 1L3UA 4FJ7A 4FK0A 4CGHA 3VQ6A 4DSIA 2YNIA 4J2EA 4I2QA 5EU7A 2HHXA 4KHNA 1S1UA 4DTRA 4DU3A 1BCMA 2E4LA 5SWMA 3V81A 4GVMA 3KK1A 3MXIA 1Q9XA 4DSJA 4F3TA 3NAEA 3SYZA 3DLKA 4DLEA 1ZBHA 4DLGA 2YKMA 4PQUA 3L2WA 4CF0A 2HNYA 1X1PA 4YFUA 1NK5A 1S6QA 3O3GA 2A1RA 5HLFA 4FLVA 2G8KA 1KRPA 4JLHA 3CQ8A 4B9TA 4AHSA 2Q3SA 4H4MA 4KTQA 1JLBA 3V1OA 2RN2A 3AVKA 3K5LA 3KKRA 2XHBA 4Y1CA 3VA3A 1C1CA 1JXEA 3DRRA 1CXUA 3OJSA 4DFKA 5CZ1A 3C6UA 4XIUA 4B8AB 4E0DA 4CF1A 2P51A 4CJWA 1GOBA 3MEDA 4W5QA 1WSHA 3OY9A 3M8PA 1RT4A 4QCLA 1JLEA 1Q8IA 3ZT2A 1KSPA 4FZYA 2WOMA 5C24A 3NF8A 4N47A 4CEOA 3RRGA 1WSGA 4C8LA 1KTQA 3DLEA 4CEEA 4K8XA 2G8VA 1C1BA 4CK3A 4RW8A 4GMJB 4JRQA 3DOKA 2YKNA 4DFJA 3IAYA 3SI6A 3ZCMA 5JS1A 1VSLA 2D0BA 1VSEA 3DM2A 4CJUA 1EP4A 1KFDA 3RMDA 4ZTFA 2KTQA 4DTNA 2P5GA 3AVIA 4CK1A 4KHYA 3S3MA 4KI4A 1NOZA 1RBRA 4M3YA 4CJLA 3KLGA 3AV9A 3ZSRA 4B8CA 4WE1A 1B9DA 1NK9A 3EYZA 4Z4HA 5C42A 3ZSQA 1TK8A 3O4NA 1ZBLA 1HJRA 4HUGA 3UIQA 1TAUA 3QIOA 4B08A 2E6MA 4E7IA 3EY1A 3D45A 2ATQA 4CHPA 3QNOA 4PY5A 1BQNA 4DG1A 3D0PA 2W42A 4FJ9A 1XWLA 4OKKA 5HROA 4F4KA 4W5NA 3C6TA 3TAQA 3O3HA 1CLQA 4O0JA 1S1WA 3TAEA 1WSIA 3M8RA 1QSLA 4M42A 5KGWA 3QESA 1RT1A 4ELVA 3T19A 4DU4A 4CFDA 4B9UA 3PY8A 3NGZA 3RMBA 2O4IA 1RTDA 1B9FA 1C0MA 1FXXA 4OPJA 1NKCA 4CJQA 1SL0A 1JLAA 3OYFA 4B9LA 3NGYA 2FC0A 4ZHRA 3OYLA 4NCAA 2HHVA 4HVJA 1U47A 1IKXA 2VWKA 3ZSWA 4DTXA 2XY5A 3TABA 4K8ZA 1QE1A 3LAKA 2R7YA 4OVLA 4CIGA 1N6QA 1D9FA 4ID5A 5HP1A 4EZ9A 1VSIA 4F2SA 3SPYA 3DLRA 2IS3A 1C1AA 4ICLA 4O44A 4PA1A 3WNEA 4UQGA 4BE1A 3SPZA 3L2UA 1TK5A 1N5YA 1ASVA 1LV5A 1IKYA 2ZD1A 1SUQA 4FLZA 4FJ8A 3SQ0A 1WLJA 3HVTA 1HMVA 4FLWA 5E41A 3HK2A 3B6PA 3LPTA 4O55A 2FBYA 3CM5A 4AH9A 1BL3A 2D5RA 4B9SA 1T8EA 3KD5E 4BWMA 1U4BA 3LP2A 1SKSA 3AA4A 4FLYA 3RTVA 4Z4GA 4E7JA 3QEVA 4J2BA 1RDDA 4O4GA 4RW6A 3TAGA 3LZJA 1IG9A 4ELTA 2KQ2A 1YVUA 4CJ4A 1JLCA 2HB5A 2G8IA 3LPUA 4R5PA 4BE2A 4FJIA 1LWCA 4IFYA 4CJTA 1NK6A 1RBUA 3DYAA 1QHTA 3K2PA 2DFHA 2RKIA 4CF9A 4DQQA 1L3SA 2YHBA 1EX4A 2Y1IA 1J53A 4IKFA 3V1RA 2G8UA 4OGEA 3VQPA 4DSFA 4OKJA 1WSEA 4C8NA 3VN5A 3ZSVA 4DTJA 1NK7A 2G8FA 3ZT3A 4JS4A 2Z1IA 2EHGA 1T05A 3OYBA 1VSHA 4NYNA 3ZSYA 3AVFA 4B9VA 3MXMA 1ZBFA 2A1SA 1IO2A 3FFIA 1XHZA 1VK0A 2VG7A 3NH1A 4DFPA 1WAJA 1ZBIA 4IFVA 4YNQA 3TARA 1XC9A 1L5UA 2OZMA 4FK4A 4BDPA 1Z26A 3KLHA 2PZSA 3JYTA 2KW4A 3QEIA 4LSLA 4M45A 1IH7A 4LSNA 4CJFA 3AO1A 1WSJA 4Z4CA 4DS4A 1TK0A 1WN7A 1J9AA 2BANA 3AVHA 3NCIA 4CHOA 3RR8A 3CFRA 1S1TA 3LWLA 5DK5A 4Z0UA 5J2NA 5J2PA 4M41A 4DQRA 4RG8A 5HRRA 4CJ5A 3WNGA 4CEZA 2KZMA 3AO5A 3ULDA 3AA3A 1NOYA 4FXDA 3LALA 1RILA 2RF2A 1QQCA 4KKOA 4EP5A 3TANA 3OYMA 3LDSA 5J2QA 4DF4A 2HHSA 4HCCA 3CM6A 4E1NA 4B3OA 2OPPA 3OYNA 4Z4FA 3DI6A 4LH5A 3QIPA 2PYJA 4KHUA 3AA2A 1UA1A 4CGDA 1A5WA 2HVHA 5FROA 4CESA 4KREA 3V9SA 5CY4A 3TR8A 4ID1A 4NCBA 4MQ3A 5CZ2A 1HYSA 4DWIA 3G0ZA 1UOCA 1VSKA 1LWEA 4W5OA 1VRTA 3DOLA 4CHZA 2O4GA 2HHUA 2LSNA 1C0UA 4AHVA 3LWMA 3HM9A 1SL2A 4FW1A 1SKWA 3LANA 4FJKA 4N76A 3SUPA 3V4IA 3SQ1A 3AO4A 4Z4EA 3EZ5A 1IKWA 1BIUA 3L3UA 4CIEA 1NKBA 3I0SA 1VSJA 4NYFA 3OS1A 3HO1A 4RW9A 2ETJA 2FBVA 4E19A 2XO7A 3NHGA 4HHTA 2D0AA 3A2FA 3H08A 3L2QA 3RMCA 1YTAA 4OKEA 1GOAA 3NFAA 2DFEA 2OYQA 4F2RA 1B92A 4RW4A 4FLXA 4LH4A 3RMAA 2PY5A 3KD1E 1EETA 4Z4IA 3SZ2A 3SCXA 4FYDA 1HQUA 4BACA 2FBTA 3G10A 4CF2A 1REVA 3MXJA 1K6YA 4CEQA 3NBPA 4FM0A 1LAVA 3IRXA 2F8SA 4FVMA 3OYIA 2HHWA 2IDOA 4CEAA 2HHQA 4FZZA 2GUIA 1W9HA 1NJYA 1NJZA 3SUNA 1RT6A 4E3SA 4H4OA 1RDAA 3VQ5A 1EXQA 1O1WA 2F8TA 3SUQA 2P5OA 1Y97A 3OYEA 1TKDA 1U04A 1MU2A 5CYMA 1X9WA 5HRSA 3QO9A 1U49A 1S1XA 5FDLA 2YNFA 3F9KA 2DTUA 2QKBA 1LW0A 2WONA 2XY7A 3E01A 1HNVA 5SZTA 3AA5X 1BQMA 1S6PA 4N56A 3SQ2A 4FJXA 4DQSA 3L3VA 4LY7A 1EKEA 3OYJA 2OPSA 4G1QA 1BCOA 3HT3A 3ISNC 4Y1DA 4FLUA 3QEXA 2B6AA 1TL3A 4MFBA 4CHQA 4CJKA 2IAJA 3OYHA 1NK4A 1KFSA 2QK9A 3LP3A 2D0CA 2F96A 3NH2A 1HYVA 2HNDA 3QERA 1KLMA 3BGRA 3KIOA 4DMNA 1C6VA 2KFNA 4IDKA 4CHYA 2OA8A 3CFOA 3DRSA 3OS2A 3O4QA 4E7LA 2YNGA 4IG0A 5HBMA 2Z1JA 4M3XA 3LZIA 1HNIA 2HMIA 3K5NA 4QOZB 3JSMA 3I0RA 4H8KA 1UAXA 5KRSA 4JS5A 2HVIA 3PV8A 3HL8A 4RW7A 2OZSA 5FRNA 3NE6A 1JLFA 4EP4A 1T03A 1RBTA 1JXBA 5DMRA 4KFBA 4AILC 4Q5VA 1L3VA 4FCYA 1LWFA 3LP1A 3NF6A 1G15A 3TAFA 3KLIA 2Z1HA 1QSYA 3F73A 3PX6A 4CJPA 4KTWA 3HP9A 4FJJA 3QEWA 1RCHA 1DLOA 4CE9A 5CYQA 4CIFA 3O3FA 1A5XA 2Y1JA 2XY6A 3MEGA 3K58A 3OYKA 3AVMA 4DTUA 2BDPA 1LW2A 5I3UA 1BI4A 4QAGA 4KI6A 3ITHA 3S3OA 3PUFA 1T7PA 3PO4A 3B6OA 1SKRA 3VQ8A 5FRMA 3AO2A 4BWJA 4OPKA 3DRPA 2X74A 3L8BA 4AHTA 4HUEA 3IS9A 4OJRA 1NKEA 4FZXC 4M3RA 1JLGA 2OPQA 4E89A 3KK3A 3ALYA 1RDBA 1S9GA 3CG7A 1TV6A 3SUOA 4PUOA 3KK2A 3AVNA 4KTZA 2HNZA 4KHWA 3VA0A 1W0HA 3CYMA 1CXQA 3OYCA 1I39A 1ASUA 1Z25A 2RPIA 2X78A 3OVNA 5KI6A 4W5TA 4DTMA 5I42A 3WNHA 1VSDA 3HPHA 4CHNA 4B9NA 1DTTA 4BDZA 1TL1A 1SL1A 4DQIA 1TAQA 3PX0A 3K5MA 3BDPA 5T7BA 4KB1A 4DU1A 3QNNA 4N41A 3NGIA 3U3YA 5JS2A 4CEFA 1DTQA 3VQ9A 3ZT4A 2KFZA 1TVRA 2XRIA 4ZTJA 4O0IA 2BE2A 5HRPA 3MAQA 1BI4B 3S3NA 3V9WA 3WNFA 2ITGA 3V9ZA 2AJQA 1A5VA 4PWDA 1S5JA 4OLAA 3THVA 1WSFA 4FJMA 1X9MA 2QXFA 3NF7A 3KLEA 2X6SA 4I2PA 4FJGA 1X9SA 2YV0X 3HYFA 3C95A 4KHQA 4CJ3A 4KV8A 4BDYA 3SJJA 2GV9A 1LAWA 3P83D 1RTIA 3HVRA 2X6NA 3ZSZA 5HRNA 1FK9A 4CF8A 1RBVA 2VG6A 3U6FA 2PYLA 2NUBA 4CECA 5K14A 4N5SA 1J5OA 3VQAA 3QETA 3HP6A 3V1QA 1Q9YA 4IBNA 3VQQA 4LD0A 4OGCA 1ZYQA 2IC3A 4HUFA 4C8OA 4M3TA 4F8RA 3VQ4A 4I9QA 3VQEA 3P1GA 4AHUA 3HPOA 4J2DA 4KB0A 3KTQA 3IG1A 3AVCA 4CJEA 4CFBA 1GOCA 1KLNA 2JGUA 4FJLA 1YTUA 3OJUA 1VRUA 3T1AA 3HXMA 2B5JA 4CJSA 1XI1A 2FBXA 1FKOA 4GW6A 3OYAA 4B9MA 2B4JA 4FM2A 1ASWA 5KGXA 4AHCA 1HYZA 4CEBA 3VQCA 4DFMA 1RTJA 3ASMA 1YT3A 5J1EA 1WAFA 1QSSA 3M8QA 1D5AA 3I8DA 3K59A 3KKSA 1JKHA 4DS5A 2QKKA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5AQJA 2ASMA 4FLTA 4E7KA 5LL6Z 3HPGA 5BRDA 3OS0A 1QS4A 4DV3K 4X62K 3DLLL 3E1YA 4JV5K 1F21A 1U48A 4JHDB 3MDQA 4BROA 5AQGA 4TSXA 4KHSA 1P90A 4BRIA 2YHAA 1WBDA 2PAVA 4WQ4A 3ZT0A 3AGRA 3M6GA 1QTMA 3SAHA 4CFCA 5CHIA 1QZ5A 4F3OA 4CEDA 3O9TA 1ITGA 1Z05A 1BISA 3DLBA 1RT3A 1SQKA 3VQ7A 1BGXT 1XHXA 2GUPA 3NH0A 3MEEA 4KH6A 4J2AA 2FF3B 4DTSA 1OVQA 3RR7A 4DTPA 4I7FA 3SNNA 1RNHA 4DR4K 5IT9O 2GTDA 1BO5O 3C94A 4W5RA 3WXIA 1RDCA 3V9UA 4DV1K 3H3OB 2VGMA 3AO3A 3AVAA 4Z94A 3Q7BA 2P1JA 3TPQA 2HW3A 1FJGK 3K57A 2OPRA 1YJNN 1BIZA 4FJHA 3E9OA 1DGKN 3ZX3A 4DSKA 4FOIA 4CJVA 4KRFA 3LAMA 4CGJA 1I94K 1E4GT 4L8RB 4PKGA 3BDPA 3T69A 2IOCA 1UWBA 4H0VB 3VEXA 2YNIA 4DTRA 4DU3A 5SWMA 2ZJRL 3N4PA 4PQUA 1NK5A 1X1PA 3O3GA 2CGLA 2G8KA 2P9LA 2D1KA 4H4MA 4KTQA 2UYTA 1JLBA 2WFBA 2HOEA 3K5LA 4O5FA 3KKRA 5A2QO 4DFKA 1CXUA 1NGBA 3C6UA 4XIUA 4B8AB 2P51A 4BR4A 3J7AP 4BG9A 2YCHA 5LMUK 4A62A 3ZT2A 4FZYA 5C24A 1KAYA 1KTQA 3MX5A 4CEEA 2ZM6K 4GMJB 3SI6A 4JD2A 2D0BA 4CJUA 4ZTFA 3GOIA 4KI4A 4DR1K 3TSPA 4CD1A 5LJWA 4M3YA 5LMNK 3ZSRA 3EKSA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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