3V9ZA

Crystal structure of rnase t in complex with a product ssdna (acc) with one mg in the active site
Total Genus 63
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
63
sequence length
209
structure length
209
Chain Sequence
LTGLCDRFRGFYPVVIDVETAGFNAKTDALLEIAAITLKMDEQGWLMPDTTLHFHVEPFVGANLQPEALAFNGIDPNDPDRGAVSEYEALHEIFKVVRKGIKASGCNRAIMVAHNANFDHSFMMAAAERASLKRNPFHPFATFDTAALAGLALGQTVLSKACQTAGMDFDSTQAHSALYDTERTAVLFCEIVNRWKRLGGWPLSAAEEV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/dna
source organism Escherichia coli
publication title How an exonuclease decides where to stop in trimming of nucleic acids: crystal structures of RNase T-product complexes
pubmed doi rcsb
molecule keywords Ribonuclease T
total genus 63
structure length 209
sequence length 209
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.13.-:
pdb deposition date 2011-12-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00929 RNase_T Exonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3v9zA00
4ICLA 4Z4GA 1B92A 3HPGA 1VSFA 1SKWA 3OS2A 3RMAA 4JS4A 2F8SA 1DTQA 1WAFA 4HUEA 2D0CA 1KVBA 3DM2A 4JS5A 4KHSA 1NK8A 1Y97A 2KFNA 2HHQA 1C6VA 5J2PA 1BCMA 1C0MA 4MFBA 1S1XA 1DLOA 1S1TA 4H4MA 4BE2A 3V9WA 3SQ4A 1SKRA 2BDPA 5HRSA 1J53A 4N41A 4FLZA 3QEWA 2QK9A 2E6MA 4N56A 2HW3A 3QEIA 1S9EA 2BGGA 3DRSA 1LWCA 4FM2A 3ZSXA 2YNHA 3P83D 3HP6A 4AHTA 4CK2A 4IG0A 4IKFA 1TV6A 4LH5A 1RBVA 4F2SA 3SUQA 4HUGA 4E0DA 4DTOA 4QOZB 3HVRA 4ID5A 4LD0A 3LWLA 4E1MA 3PX0A 4PQUA 1LAWA 4AHUA 1LW0A 1TKTA 1RDBA 3L8BA 4BDYA 3CYMA 2OPSA 3HJFA 4Z4CA 3TARA 4CJPA 1NKEA 3ZT1A 4FLUA 4I7FA 4HTUA 3AVGA 1FKOA 4ZTJA 1MU2A 5EU7A 4DSJA 3CFOA 3LP2A 4FW2A 3AA2A 3E01A 3D0PA 4KB1A 4OKKA 1LWFA 2F8TA 5HP1A 4FJ5A 4NYFA 1SV5A 5CZ2A 2HNZA 3VQPA 1ZBUA 4R5PA 4FLWA 3SPYA 3LZIA 1WN7A 3ZT2A 3HXMA 4CJVA 1REVA 3CM6A 1BQMA 1IG9A 1SL2A 4KPYA 4CGJA 4CHYA 1RTDA 5D3GA 1WSEA 3HPOA 3K57A 1S1UA 3K5LA 2D0AA 4KFBA 1IKWA 3WNHA 4FLTA 3V6DA 1QSYA 3K58A 1C0TA 1YVUA 2VG5A 3BGRA 3OYCA 3SQ0A 1JLBA 4FLXA 2PY5A 4FJJA 2VWKA 3L3UA 4HCBA 4O44A 1T05A 1TK0A 2P5OA 3AVIA 2E4LA 4M3RA 4DTUA 2OA8A 4KHQA 4EZ6A 1RDAA 3VQCA 3DLBA 1NJYA 3C95A 4CJFA 4B9UA 1YT3A 1DTTA 3RWUA 1G15A 4FJ8A 4J2BA 1BISA 3U3GA 3QNOA 1I3AA 2IDOA 3B6OA 4LH4A 3L2QA 3T3FA 1SL1A 1TL1A 3KLFA 2HVIA 4DWIA 4M3TA 4ELTA 3O4QA 2YKNA 3RMCA 3AO3A 5KRTA 3SI6A 4PUOA 3LALA 4GW6A 4Y1DA 2YV0X 4OLBA 2HHTA 1X9MA 3AVJA 5SZTA 4M3YA 3NF8A 4CF9A 3HPHA 4LSNA 3NH0A 3SUPA 4DF4A 3ZSVA 3OYEA 4B9MA 4BDPA 4Z0UA 4M42A 3G10A 4FW1A 4LSLA 5HROA 1U4BA 4CJKA 4IDKA 3AV9A 1NOYA 3V9XA 3MXJA 4CGFA 3TANA 4E7JA 4H4OA 3TAFA 4KV8A 1RBRA 3DLKA 1UA0A 4KI4A 2OZSA 1SL0A 1GOCA 2OPRA 1KFSA 2Y1JA 2ZE2A 3QIPA 4CIGA 2B6AA 4J2EA 1WSJA 1IKXA 4KHNA 4N5SA 4FYDA 4O4GA 3OJUA 1B9FA 1LV5A 4CCHA 2YKMA 1BQNA 4FJMA 4FJ7A 4WE1A 3TWHA 3F73A 1IH7A 4E3SA 3TAGA 2JGUA 2GBZA 4CJ3A 1RT1A 3P5JA 3VQ7A 4RW8A 4CGIA 3S3OA 3KK3A 3CQ8A 1KLNA 4K8ZA 4CJ5A 4FZZA 3ITHA 1EX4A 4CJWA 4OPJA 3EZ5A 2PYLA 1RTHA 3QIOA 4NCGA 5KGXA 3VQ8A 1HQUA 4DQPA 4F4KA 2HVHA 2OPQA 3DI6A 3RMDA 1NK6A 3V1OA 1U45A 4CJQA 4DFMA 3V9UA 3AVLA 2OZMA 3LP1A 3O3FA 1D9DA 4NCAA 2KQ2A 1RT5A 2P1JA 3ZSWA 3LP0A 5J2QA 4E7IA 2FC0A 1NJXA 4M45A 2YNFA 1VRUA 1WSGA 3DLRA 3MEGA 5CY4A 1Z26A 5FRNA 4AHSA 4HVJA 1K6YA 4Z4IA 4J2AA 2YNIA 3CFRA 3HL8A 4AHCA 1X9WA 1CXQA 4ELVA 1S5JA 1ASVA 2DTUA 2B4JA 1CZ9A 2BANA 3AO2A 3SPZA 2ZQBA 3ZSRA 4ZTFA 5HBMA 4RW9A 1NK0A 5KGWA 3AVHA 4KHWA 1W0HA 2IGIA 4W5NA 1UWBA 4GMJB 3HK2A 4DTPA 1QE1A 1VSEA 1RCHA 4AHRA 4CE9A 2QKKA 3QINA 3VA0A 1ZBLA 4CHPA 1RILA 1U47A 2G8KA 4KTZA 2DFHA 4N76A 1J5OA 5JS2A 2HHUA 3PO5A 1C1BA 2OPPA 4IG3A 4M3XA 4M3WA 1KLMA 3HVTA 4FJNA 2AJQA 1ZBIA 1IKYA 4EP4A 3U3YA 3V4IA 3LPTA 3OYLA 2G8HA 3M8PA 1ITGA 3OYDA 4DLEA 1KSPA 4DQQA 1F21A 3VQEA 4TSXA 4DTRA 4HUFA 4LY7A 1UAXA 1RDCA 1WSIA 4B8AB 3EYZA 2X74A 4ELUA 3C6UA 1KFDA 4BWJA 1HYVA 1VSIA 2RKIA 3OY9A 1HMVA 4RW4A 1N6QA 4CEFA 2EHGA 2KTQA 2DFFA 2XRIA 3M8SA 4CHOA 3DLEA 4DTNA 3DLGA 4DG1A 2QKBA 2HHSA 4PY5A 3NCIA 1T7PA 4FLYA 4QAGA 4CF8A 4OKEA 2DY4A 3WNGA 2E6LA 4DU1A 4Z4FA 1ZBHA 3NF7A 2DFEA 3ZT3A 1VRTA 4CFCA 4EP5A 3OYGA 3I8DA 3S3MA 1S1WA 2YNGA 4Z4HA 2HNDA 2I5JA 2X6NA 3NF9A 4YNQA 3VQAA 4OPKA 1NK5A 3ZCMA 4B9TA 2P5GA 1JLCA 3SQ1A 3KKSA 4E7HA 1TK8A 4CESA 3ZSZA 4CEEA 4CFDA 3KD1E 1JL1A 2ZD1A 1HNVA 3IAYA 5CZ1A 3EY1A 2Z1GA 1CLQA 1Q9YA 1LW2A 1R0AA 2YHAA 3FFIA 4RW6A 2Z1HA 4CGHA 2D5RA 4CEBA 4F3TA 3NDKA 4ZHRA 2D0BA 2R7YA 3SV3A 4BE1A 1QTMA 4FZXC 4PWDA 2GV9A 3VQ6A 3O3HA 4FK2A 1RNHA 1L3TA 1L3SA 2G8UA 4YFUA 4BE0A 1JL2A 3PO4A 3CFPA 3RRGA 3QLHA 3NBPA 4CECA 3K5NA 1KVCA 3LWMA 2FBTA 5CYMA 2VG6A 2W42A 3A2FA 4DU4A 3PUFA 4JRQA 3OVNA 3ALYA 4DSFA 1TKZA 2YHBA 4DTMA 1NK7A 1T03A 2RPIA 3LDSA 1NKCA 4I9LA 1NK9A 3RR8A 1BIZA 1J54A 4HCCA 4FJIA 4FJLA 4CFAA 1JLGA 3SNNA 1HRHA 4KAZA 1VK0A 4FJ9A 3AVBA 4IFVA 3HM9A 1HJRA 3AVMA 4KTWA 3KK1A 4DLGA 4B8CA 1X9SA 4EZ9A 3HO1A 4MQ3A 1TKDA 4M3ZA 2O4IA 3VN5A 2OYQA 4E7LA 1UA1A 1KCFA 3HP9A 4OGEA 3O4NA 3KJVA 1U48A 5DK5A 4K8XA 4M3UA 3DRRA 3OJSA 1VSHA 1GOAA 3D45A 3MEEA 3OYJA 1WNSA 4PA1A 5J2NA 1QQCA 4KRFA 4E89A 4FXDA 1NKBA 2ATQA 2IOCA 3SJJA 1ZYQA 4G1QA 1NJWA 1TK5A 3KIOA 3RR7A 2X78A 1C0UA 3I0RA 4B9SA 1L5UA 4CEZA 4OJRA 3QETA 3TABA 1HNIA 1LWEA 3SV4A 1S9GA 4XIUA 1C1AA 4C8NA 3TAPA 1BI4B 3OYMA 5I3UA 4KO0A 4CGDA 3HYFA 2FBXA 1SUQA 4CK3A 3OYAA 4FCYA 3PV8A 2NUBA 2HMIA 4CJ4A 1NJZA 1TL3A 3V9ZA 2XY6A 2HHWA 5HRRA 2WONA 4CF1A 3SZ2A 2G8WA 1O1WA 4O55A 3UIQA 1FXXA 4CF0A 3ULDA 4DSKA 4OKJA 3KKRA 1Q8IA 4CIFA 1QS4A 1TVRA 1HPZA 4W5RA 4W5OA 1RBUA 3LAKA 4F8RA 4BACA 1JLFA 4BDZA 4CFBA 3AVKA 3V81A 3AO5A 1EP4A 1BGXT 1WSFA 1NK4A 1RT6A 1UOCA 3F9KA 3AA3A 3NHGA 3PX4A 1NOZA 4DS4A 3NF6A 4CK1A 1EKEA 4CJTA 3K59A 1RT2A 1WLJA 3KLIA 4AILC 3KLHA 4F2RA 3KLGA 3HSTB 3G0ZA 3HT3A 3QEPA 3RTVA 1J9AA 4E7KA 1BL3A 5KTQA 3PX6A 1ASWA 1JKHA 2VWJA 3AVNA 3L2RA 3ZSOA 5KI6A 1S6PA 4AH9A 4FJHA 3V1QA 4FM0A 2IAJA 1IKVA 4GVMA 3AVFA 4I2QA 1BHLA 2Z1JA 2G8FA 1XI1A 3P1GA 3K2PA 3T1AA 3DMJA 3TR8A 3L2UA 3L3VA 3M8QA 4KKOA 3I0SA 3ZSYA 4B08A 4DTSA 3AA5X 3DLHA 2KZMA 2ETJA 4KREA 4RG8A 3SUNA 3VQ9A 4CHNA 1U49A 3VQQA 3OYNA 4FJKA 4KB0A 1JXEA 4CEAA 1ASUA 2FBYA 1I39A 2Q3SA 2PYJA 4L8RB 4C8OA 4FZYA 1LAVA 1XC9A 3TAQA 5FDLA 4BWMA 5KRSA 5J1EA 4NYNA 2XO7A 2XY7A 5DMRA 3WNFA 4DU3A 2X6SA 3OYFA 2G8IA 3NAEA 3OYHA 1VSDA 1SKSA 2P51A 4FK4A 4CJRA 1QHTA 4OGCA 1RT7A 3NGYA 4O0IA 4DSIA 4IBNA 1B9DA 5K14A 2XY5A 3KD5E 3SUOA 4E19A 4KHYA 3LANA 2G8VA 2B5JA 1CZBA 3LP3A 1W9HA 3S9HA 5SWMA 4DSEA 1EXQA 3T19A 1JXBA 1JLAA 3ISNC 1L3UA 4UQGA 4C8MA 3OS0A 4C8LA 1BIUA 3K5OA 3TAMA 1D8YA 1YTUA 5I42A 1FK9A 2LSNA 4W5TA 3DYAA 3OS1A 3LZJA 3JYTA 3QERA 4DQRA 4CJLA 1VSLA 3VQ5A 4I9QA 2Y1IA 1C1CA 4FK0A 4W5QA 3JSMA 2ITGA 3H08A 2EX3A 3S3NA 4C8KA 3NFAA 1TGOA 4O5BA 3RRHA 1IO2A 3AVAA 3L2VA 1KTQA 3U6FA 1Q9XA 5FROA 1A5VA 1YTAA 2O4GA 3OYIA 3KTQA 4B9LA 3ZT4A 1T8EA 1RBTA 1JLEA 4FJGA 4DTJA 4J2DA 2HB5A 2A1RA 3IG1A 3M8RA 5JS1A 4NCBA 4KTQA 3SQ2A 2BE2A 3PY8A 1RT3A 4Z4EA 1CXUA 3TI0A 2FBVA 4KI6A 4Y1CA 4B9VA 3QESA 4Q5VA 1KRPA 4M41A 1KVAA 1RTJA 3DOKA 1RT4A 1BCOA 2VG7A 3IRXA 5C42A 3L2WA 3V1RA 4JRPA 2XY8A 4OVLA 3QEVA 5C24A 4F3OA 3QNNA 4CJUA 4QCLA 3B6PA 2F96A 3AO1A 3SCXA 4CERA 5T7BA 4I2PA 4DFPA 2KZZA 1L3VA 3LPUA 3AVCA 4B3OA 2KFZA 1EETA 3CG7A 2QXFA 3QO9A 4CIEA 4E1NA 3O3GA 5HLFA 3SYZA 1D5AA 1TAQA 5HRPA 1QSLA 3MXMA 1Z25A 3C94A 3IS9A 1U04A 3WNEA 4FM1A 3V9SA 4H8KA 4ID1A 2WOMA 3TAEA 3OYBA 3NGIA 3AO4A 1XHXA 4DFJA 1GOBA 1WAJA 4CEQA 3DRPA 4CGGA 2HHXA 2KW4A 1S6QA 3ASMA 1X1PA 5C25A 3OYKA 4JLHA 1ZBFA 2JLEA 3VQ4A 1HYSA 1RTIA 1XWLA 4DFKA 2A1SA 4FLVA 3NGZA 1JLQA 1XHZA 3K5MA 4DF8A 1S1VA 2GUIA 1N5YA 1HQEA 4O0JA 4CEOA 1HYZA 4DSLA 3MEDA 1A5XA 5CYQA 5FRMA 4OLAA 3ZT0A 4CF2A 4FVMA 3LAMA 3NH1A 3KLEA 1WSHA 2XHBA 2Z1IA 3BDPA 4CJEA 1VSJA 3NE6A 4N47A 3VA3A 3VQBA 1RBSA 2RF2A 3CM5A 4CJSA 5E41A 1BI4A 4CHQA 3MAQA 4CHZA 4DQIA 5J2MA 2HHVA 1TAUA 2IC3A 4IFYA 1RDDA 4AHVA 4B9NA 1TKXA 3RMBA 3DOLA 4KHUA 3NH2A 3VQDA 1A5WA 4DTXA 3THVA 1VSMA 1FKPA 4DMNA 1D9FA 3MXIA 2RN2A 3MECA 4RW7A 3ZSQA 2HNYA 5HRNA 4HHTA 1QSSA 4Q0BA 3QEXA 3KK2A 3AA4A 4CEDA 4DS5A 4FJXA 3C6TA 1VSKA 2PZSA 4DQSA 2IS3A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4ICLA 5C2FA 4Z4GA 3HPGA 1SKWA 4JAXA 2F8SA 1H1VA 3MK6A 2D0CA 3DM2A 1NK8A 1NGFA 5J2PA 4BE2A 3V9WA 3CMEN 4N56A 2UYTA 4GV6A 4FM2A 5E26A 5B8HA 4LF7K 4KH4A 3HP6A 4AHTA 3O6WA 1U2VB 4IG0A 1TV6A 4M7YA 4YDUC 4H5WA 3MX5A 2YX6A 4ID5A 1W97L 3D2FB 3BF3A 3PX0A 4LFBK 1LAWA 4BDYA 4Z4CA 3TARA 2YHYA 2QWMA 4I7FA 4FWRA 2NNWA 3ID6A 3H6EA 4F9OA 4H0PA 3AA2A 3BP8A 1LWFA 5AQGA 4B1ZA 4FLWA 5CZ2A 5JVHL 3ZLJA 1WN7A 3ZT2A 1SL2A 4CGJA 4CBUA 2FF3B 1YJNN 1WSEA 3HPOA 3H1VX 1S1UA 2D0AA 3CCSN 3K58A 1YVUA 4JV5K 2VWKA 4O44A 1WOQA 1T05A 1GLDG 1TK0A 2E4LA 3U9ZA 3WXLA 4DTUA 4DR7K 1KXPA 4WFAL 3DLBA 4EZ6A 3L6QA 1QQNA 4B9UA 3RWUA 3FZLA 2HSTA 4J2BA 1BISA 3U3GA 3QNOA 1I3AA 2IDOA 1SL1A 1TL1A 3KLFA 3O4QA 3AO3A 5KRTA 2E2NA 4Y0WA 5AQUA 3CJ1A 2YV0X 2HHTA 1X9MA 3AVJA 4M3YA 4LSNA 4X65K 4B9MA 4M42A 4FW1A 4LSLA 5AQZA 5BRFA 1NOYA 3V9XA 4J8FA 4CGFA 3TAFA 4KV8A 3ENBA 2OPRA 2ZE2A 1IKXA 4A2BA 1NJIO 2GX9A 4LF4K 4KHNA 4JK7A 4O4GA 4WQ5A 1HKGA 2AP1A 1IH7A 2GBZA 3DXMB 3S3OA 1ZBIA 3KK3A 4K8ZA 3ITHA 4ISEA 3MCAB 2KKZA 2GELA 3LDNA 3QIOA 4DQPA 3VQ8A 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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