3V9ZA

Crystal structure of rnase t in complex with a product ssdna (acc) with one mg in the active site
Total Genus 63
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
63
sequence length
209
structure length
209
Chain Sequence
LTGLCDRFRGFYPVVIDVETAGFNAKTDALLEIAAITLKMDEQGWLMPDTTLHFHVEPFVGANLQPEALAFNGIDPNDPDRGAVSEYEALHEIFKVVRKGIKASGCNRAIMVAHNANFDHSFMMAAAERASLKRNPFHPFATFDTAALAGLALGQTVLSKACQTAGMDFDSTQAHSALYDTERTAVLFCEIVNRWKRLGGWPLSAAEEV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords Ribonuclease T
publication title How an exonuclease decides where to stop in trimming of nucleic acids: crystal structures of RNase T-product complexes
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli
molecule tags Hydrolase/dna
total genus 63
structure length 209
sequence length 209
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.13.-:
pdb deposition date 2011-12-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00929 RNase_T Exonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3v9zA00
1BIZA 4FVMA 3MXJA 3ULDA 4I9QA 4CF9A 4RW8A 3C6UA 2E6LA 1S9EA 1CZBA 2Z1JA 4RW7A 4F3TA 1IKYA 2OZMA 4PUOA 1I3AA 3EYZA 1TK5A 1VSLA 1SV5A 4F3OA 3VQDA 4KI6A 4M3TA 2DTUA 3AVNA 4YNQA 1WSIA 3HPHA 4CECA 3AVFA 4CEDA 4OKEA 3OS2A 2LSNA 2BANA 4B8CA 3PX0A 1KLNA 3PO5A 3OYEA 2PY5A 1JLEA 2XHBA 1WN7A 2GV9A 1UWBA 3CG7A 3K5NA 1HRHA 3CFPA 2FBYA 4JRQA 3F9KA 3VQ4A 3TAGA 1XHXA 1BHLA 4LH4A 4CJKA 5SZTA 3VA0A 1HNVA 2YV0X 3LPTA 1JL2A 3QIPA 3LANA 3AO4A 1NK6A 2KZMA 1CXQA 4E7JA 1T05A 4DS4A 1XI1A 1YTUA 4OJRA 2IAJA 2YHBA 3O3GA 3TWHA 3S3NA 3CQ8A 3NF8A 4FJHA 4I2QA 4IFYA 1ITGA 2A1RA 1HYSA 4F2SA 4BWJA 2PZSA 3S3OA 2VG5A 4KO0A 4FLVA 4DF8A 1G15A 1JLFA 2BDPA 4ZTJA 4C8NA 1LW2A 1UA0A 4CF2A 3OYJA 1FKOA 1Z26A 4KRFA 4DG1A 4K8ZA 1RBVA 3VQ5A 1IKXA 3QESA 1NJYA 2Z1IA 1EKEA 2VG6A 1TV6A 4OKJA 4I9LA 1LWFA 2HHQA 4W5TA 4KV8A 2XY6A 3RWUA 3L2VA 3SUQA 1T7PA 4DTRA 5HRPA 3SUOA 4ICLA 1J9AA 2G8FA 3WNGA 4CEQA 1NOYA 4LD0A 4CEOA 4B9LA 4FK4A 3OYNA 3K5MA 4CF0A 4FZXC 1QE1A 2RN2A 1DTTA 1TL1A 3O4NA 4FJLA 3QERA 2YKMA 2G8HA 4KTZA 3THVA 3A2FA 3WNEA 1S6PA 4CEEA 4FW1A 4DMNA 1J54A 2HHUA 1RCHA 1GOAA 1WLJA 4M3YA 3CM5A 2QKKA 3OYBA 3NF9A 4CJWA 4OPKA 1CZ9A 1KVCA 3V1QA 3RMDA 4LY7A 4FJ5A 1RTDA 2DFFA 1QSSA 1BL3A 3HP6A 3ZSXA 5KI6A 3OYKA 4J2AA 5K14A 1JKHA 2ZQBA 4DTMA 2YNFA 1S5JA 2OPQA 4DSKA 4N76A 4DTXA 3NE6A 3SQ1A 4IBNA 4CCHA 4FJNA 4BDPA 2Q3SA 1HYZA 2Y1IA 3O3FA 3SZ2A 4CJ3A 4Y1CA 1FKPA 4JS5A 1NJZA 1TKXA 1YVUA 2P5OA 1EETA 3ASMA 4IG3A 4AHCA 4DQIA 3CYMA 4F8RA 4M42A 3AVCA 4CGHA 1LAWA 1HNIA 3NH1A 5E41A 1GOCA 1NJXA 1S1WA 4OKKA 1B9DA 4CJRA 2PYJA 3NAEA 2G8IA 4HCCA 4FYDA 3F73A 4BE2A 3PX4A 1L3TA 5FRNA 3AA4A 1LV5A 4OLBA 3OYAA 4O0IA 1ZBIA 2RPIA 3ISNC 4PA1A 1VSFA 1Y97A 4JRPA 4DQPA 1TGOA 3AA3A 1FXXA 4CJPA 4DTPA 3OS0A 3NF7A 3VQ9A 3VQCA 3O3HA 3V9SA 2ETJA 4E7HA 2PYLA 4DFJA 2JGUA 4CHNA 1KTQA 3AA5X 3V9ZA 3TAMA 2B4JA 3L3VA 2A1SA 4H4OA 4CJLA 5CZ2A 2WONA 4KB0A 1TAQA 3B6OA 4Z4FA 1VSKA 3VQBA 1UOCA 1S1XA 1RT5A 1BCOA 3FFIA 4EP4A 3AV9A 1BIUA 1NK5A 3ZCMA 2I5JA 3IS9A 4MQ3A 5DK5A 1WAJA 4CJ5A 2RF2A 1NK9A 3OYHA 1LW0A 3ZSYA 3LWLA 1RBSA 1Q9YA 1VSEA 3AVLA 1HJRA 4CJTA 1C1CA 3CFOA 3C94A 3D45A 4CERA 2P1JA 3V81A 3KK3A 4E3SA 1A5XA 2O4IA 3V4IA 4KHQA 3AA2A 4KTWA 3OY9A 3LP1A 2HHXA 3RR8A 2D0AA 1JXBA 3LAMA 4FM0A 3ZSWA 4CEAA 3SPZA 3DRSA 1RDCA 4AHTA 4CGGA 1S9GA 4CIFA 3KIOA 3H08A 2XY5A 2QXFA 3HXMA 4DU3A 1RBUA 4FJGA 4RW9A 4DLEA 4DSFA 1RDBA 2QK9A 3LP2A 3OS1A 1JLQA 4DU4A 2EX3A 5KGXA 4FK2A 4C8MA 4O0JA 1WSEA 2X74A 5HBMA 1J53A 3EZ5A 3SQ2A 1S1VA 3DLKA 3V6DA 1T8EA 4CFBA 4E7KA 1L3VA 5HLFA 1FK9A 4DTOA 3AO1A 4M3UA 1NJWA 4FJXA 1F21A 2BE2A 2DFHA 2G8UA 1EX4A 2E6MA 3NBPA 4FCYA 4FLUA 4DU1A 3TARA 3T19A 2OPPA 4FJKA 3KLHA 1RTHA 3EY1A 4BACA 2XO7A 3TAPA 1NK8A 4PY5A 4DS5A 4Z4GA 4M3ZA 3TAQA 1S6QA 3VA3A 4AHSA 4E1NA 2W42A 1RBTA 4CGFA 4ID5A 4HCBA 3DOKA 1RT6A 4CJUA 4CJSA 3V9WA 1BISA 4KFBA 1X1PA 2F96A 1SL1A 3QIOA 1KVAA 4H8KA 4F4KA 1A5WA 1MU2A 3NH2A 1ASVA 2ATQA 3HP9A 1CXUA 3AO3A 5CZ1A 3LPUA 3ZT0A 3U6FA 3DM2A 4HTUA 3AVJA 4HUGA 4MFBA 4ZHRA 1JLGA 1NK4A 4UQGA 3KTQA 4DTSA 1R0AA 4DFPA 5CYQA 2E4LA 3MEGA 1VSJA 5FDLA 1ZBUA 3OYCA 1U04A 1KFSA 3UIQA 4PQUA 4CGJA 2HNZA 2YNGA 3G0ZA 2OZSA 2KTQA 2B5JA 3KD5E 3HYFA 5HRRA 4FZYA 2KFNA 1REVA 3NF6A 2G8KA 3B6PA 3TI0A 4CK1A 3V1OA 2NUBA 3OJUA 1QSLA 1QS4A 3P83D 1TAUA 4E0DA 4HUFA 2IGIA 3LP3A 4FJIA 1B92A 3QO9A 4B9UA 4FJ7A 2IOCA 1D8YA 1KVBA 3C95A 1HMVA 4IDKA 3ZSQA 1GOBA 1RDAA 1B9FA 2D5RA 1LWCA 1Q8IA 1ZBLA 1XHZA 4Z4EA 2X78A 3QNOA 4DSJA 3OYMA 2KZZA 4HHTA 1HPZA 1QHTA 3KLEA 5C42A 5HRNA 3NCIA 2HW3A 3P1GA 1WSJA 2B6AA 2AJQA 3OVNA 4J2BA 4TSXA 1DLOA 3TABA 1TKDA 3MAQA 3PUFA 3KJVA 2FBXA 1NOZA 1QTMA 3HJFA 3S9HA 5EU7A 4RG8A 1S1TA 3NFAA 3SNNA 1WNSA 3DLBA 3PX6A 4NYFA 3DRPA 1RT3A 1JLCA 1RT7A 3U3GA 4C8KA 3RR7A 4BDYA 3V9UA 3AVGA 3PY8A 5J2NA 1TKTA 2YNIA 4FJJA 5D3GA 2ZE2A 4W5RA 1QQCA 4DSIA 4LSNA 2HHWA 3V9XA 1KFDA 4JLHA 4CJEA 1VRUA 3ZT1A 3MEDA 1TVRA 4B8AB 4BE1A 4E7IA 3SUPA 3MEEA 3ZT4A 5KRTA 4R5PA 4BWMA 4I2PA 2Z1GA 2RKIA 5CYMA 3ZT3A 4E7LA 4G1QA 1D9DA 4E1MA 3RMCA 4CIGA 1NKEA 2ITGA 2KQ2A 4CESA 2HHSA 3TAFA 4FXDA 4B9MA 2HNYA 1BQMA 2FC0A 4OGCA 3M8SA 1U48A 4M3XA 4C8OA 4EZ9A 3LP0A 3SJJA 3NGYA 2F8SA 4EZ6A 1D9FA 3OYGA 4FLWA 4CK3A 1RILA 2X6NA 4CFDA 3WNFA 5I42A 2JLEA 3LWMA 1NKCA 4NCAA 2KFZA 4QAGA 1C1AA 4OPJA 2VG7A 3LAKA 4CFAA 4GW6A 3DOLA 5KGWA 3OYDA 3TR8A 1C0UA 1XWLA 4BE0A 4FM2A 3RTVA 3ZSZA 5J1EA 1RTJA 4NCBA 1SL0A 3L3UA 1U47A 1N6QA 3CM6A 4CHPA 2XY7A 4JS4A 5HRSA 1S1UA 3OYIA 1IH7A 4B9TA 1ZYQA 4DTUA 3K5OA 3DI6A 4ELVA 3KLGA 3SV4A 5KTQA 2HVHA 3RRGA 1IO2A 4AHUA 2IC3A 4AHRA 3AVHA 4DF4A 4WE1A 3TAEA 4N41A 4KTQA 1NK0A 3HO1A 3VQ8A 4W5OA 3I8DA 1Z25A 1W9HA 1VRTA 3NDKA 3T3FA 4CK2A 3NGIA 4FLXA 1ASUA 1QSYA 3SYZA 2DFEA 2YKNA 3AO5A 1X9WA 1X9MA 1EXQA 1T03A 3KLFA 1UAXA 1HYVA 1HQEA 1I39A 2G8WA 4KHUA 1C6VA 4CJVA 2WOMA 1KCFA 4XIUA 3K5LA 4N47A 1CLQA 2D0CA 2OYQA 2HHVA 1WSHA 4KHNA 4O55A 3K57A 4FLTA 3VN5A 4N56A 4M45A 2G8VA 2XRIA 5KRSA 4CF1A 5HP1A 3DLGA 4M3WA 2IDOA 1VSMA 3KKRA 3L2RA 1Q9XA 3SPYA 3E01A 3RMAA 4ID1A 4E19A 4FJ9A 3QETA 4BDZA 3HSTB 4AH9A 2HB5A 3AVIA 4NYNA 3IAYA 1ZBHA 4M3RA 3AVMA 4H4MA 1SKRA 1LAVA 3AVKA 4FK0A 4CHOA 1VSIA 3U3YA 3K58A 3S3MA 3HK2A 3IG1A 3QLHA 3QEIA 3ZSVA 4W5QA 4B9NA 4CJ4A 3HPGA 5SWMA 4HUEA 4HVJA 4DLGA 1BGXT 2YHAA 4KB1A 4LSLA 4O44A 3M8RA 1X9SA 2IS3A 5T7BA 4CJFA 4DTNA 4DFKA 1IG9A 4RW6A 4I7FA 3T1AA 3OYLA 1KSPA 3QEWA 3KD1E 4CJQA 1W0HA 4ELUA 1BI4B 3LZIA 2EHGA 3JYTA 5FROA 4FW2A 4RW4A 3HL8A 2X6SA 1SKSA 3LZJA 4CHZA 2HHTA 4EP5A 3MXIA 1KLMA 4CIEA 3DLRA 1RT1A 4CF8A 1A5VA 3ZSRA 3OJSA 4FLYA 3TANA 5JS2A 1BQNA 4CEBA 1NK7A 2O4GA 3JSMA 3VQEA 4J2DA 4IG0A 1YTAA 4K8XA 2GBZA 4Z4CA 4FJMA 1VSDA 3AVBA 1TKZA 4N5SA 3DYAA 4ELTA 1BI4A 2Z1HA 1BCMA 3HVTA 4Z4HA 4Q5VA 4B9VA 3AVAA 3M8QA 1SL2A 1KRPA 4DSLA 4DWIA 4KHWA 1SUQA 3OYFA 1VSHA 3L2WA 4GMJB 1L3SA 1U49A 2OPRA 3KK2A 3QNNA 4OVLA 3I0SA 3L8BA 4FZZA 2FBVA 3BGRA 4Z0UA 5J2QA 4DQRA 3VQQA 3ZSOA 4W5NA 2HMIA 2Y1JA 3ITHA 3HPOA 4YFUA 1TK0A 1ASWA 1WSFA 4Q0BA 4C8LA 2HVIA 4DSEA 4OGEA 1RT2A 4L8RB 1VK0A 3IRXA 3BDPA 1L5UA 4Y1DA 4OLAA 1J5OA 2BGGA 3DRRA 2VWJA 2OA8A 3HT3A 1LWEA 1HQUA 3NGZA 3ALYA 3ZT2A 1ZBFA 3DMJA 3NH0A 4DQQA 1XC9A 1RT4A 3VQAA 4M41A 3VQ7A 4O5BA 1TL3A 1JLBA 1IKVA 4F2RA 4LH5A 4J2EA 4O4GA 3SUNA 3SCXA 3CFRA 4CHQA 1N5YA 2ZD1A 4AHVA 3HM9A 3MXMA 3RMBA 1JXEA 2DY4A 4ZTFA 4CE9A 4DTJA 2R7YA 3QEXA 4IFVA 5J2PA 3QEVA 4KKOA 5DMRA 2P51A 3VQPA 1RDDA 3SQ0A 5C24A 1K6YA 4Z4IA 4CEZA 3M8PA 4FM1A 2YNHA 1WAFA 1IKWA 1WSGA 2FBTA 3I0RA 3WNHA 5C25A 3NHGA 1C1BA 3K59A 1UA1A 1C0MA 4KI4A 1U4BA 3LALA 4B08A 4CHYA 3DLHA 1NKBA 1U45A 3PV8A 4B3OA 1D5AA 3QEPA 1JL1A 4E89A 3D0PA 1YT3A 1SKWA 2D0BA 2KW4A 3KKSA 1EP4A 5JS1A 3HVRA 3VQ6A 3QINA 5J2MA 3DLEA 4FLZA 2OPSA 3L2UA 2P5GA 5I3UA 4NCGA 1C0TA 2QKBA 4KREA 4DFMA 3LDSA 1RBRA 3SI6A 4B9SA 3AO2A 3G10A 4IKFA 5HROA 2XY8A 5FRMA 4QCLA 4CGDA 3KK1A 1RTIA 3L2QA 1O1WA 4DQSA 4QOZB 3KLIA 4GVMA 4KHYA 2HNDA 3C6TA 3O4QA 4KPYA 3V1RA 3MECA 4CFCA 1JLAA 4KHSA 2F8TA 4CEFA 1L3UA 4CGIA 3P5JA 2VWKA 3SQ4A 1DTQA 3RRHA 1TK8A 3PO4A 4KAZA 3SV3A 4AILC 3K2PA 2GUIA 5CY4A 4PWDA 1RNHA 4FJ8A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2ZF5O 3MXJA 4RW8A 3C6UA 2D1KA 2Z1JA 3THXA 4OPAA 4OPHA 1VSLA 1EO1A 1KAZA 2DTUA 3AVNA 4BRPA 4FWQA 4OX9K 4OKEA 4CZKA 3OYEA 3WXKA 2GV9A 3K5NA 1XHZA 1HRHA 2FBYA 4GVEA 4JRQA 1XHXA 4LH4A 2VGMA 3AO4A 5BR8K 5FPNA 5GINA 1WUAA 5JLHA 4ILJA 5M1FA 4IFYA 1Q86O 4JI8K 3VEZA 4BWJA 2PZSA 1V4SA 5JVGL 3VEOA 5M1PA 4FLVA 4H5TA 3THWB 4ZTJA 1NJIO 3OYJA 4DG1A 1RBVA 5GAHP 1NJYA 5AQLA 3QESA 4OKJA 1LWFA 3QBWA 2HHQA 5AQGA 4DTRA 5HRPA 3SUOA 4ICLA 2G8FA 3WNGA 3THWA 4CEQA 4B9LA 3K5MA 4CF0A 1QE1A 1DGKN 2HF4A 3CCEN 1J54A 4M3YA 2QKKA 3OYBA 4DV1K 4CJWA 4V19S 4IOCL 3O8MA 2JWLA 3RMDA 1IBMK 1ATSA 1BL3A 3OYKA 2YNFA 4DTXA 5BPNA 1SQKA 2UYTA 3U4LA 3LL3A 4Y1CA 1NJZA 4YOTA 1TKXA 3ASMA 4IG3A 4DQIA 3CYMA 4M42A 3AVCA 2HOEA 5E41A 1NJXA 1S1WA 1VQNN 2PYJA 4B3MK 1HUXA 3F73A 1L3TA 2HBKA 4OLBA 4O8UA 1LV5A 3CCRN 5FRNA 4DR2K 1VSFA 3M3ZA 1QVFM 4E7HA 5AQWA 3V9SA 4DFJA 4CHNA 5FPEA 3ZETB 5TKWA 3B8AX 5CZ2A 3MCAB 1QQMA 2AP1A 3WQTA 3H3NO 3EKUA 2KLAA 1Q82O 5C2DA 3FFIA 2CH5A 1BIUA 4IEEA 3RSEB 2I5JA 3IS9A 4MQ3A 3WXMB 1WAJA 4CZIA 1VSEA 3ZETA 4I6MB 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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