1YITN

Crystal structure of virginiamycin m and s bound to the 50s ribosomal subunit of haloarcula marismortui
Total Genus 50
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
50
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Ribosome/antibiotic
molecule keywords 23S RIBOSOMAL RNA
publication title Structures of Mlsbk Antibiotics Bound to Mutated Large Ribosomal Subunits Provide a Structural Explanation for Resistance.
pubmed doi rcsb
total genus 50
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2005-01-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
N PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1yitN00
3CCEN 4WF9L 2OTJN 5MLCQ 2ZJQL 3CMAN 3CC7N 1Q82O 3CD6N 1VQPN 4IOAL 3G6EN 1NJIO 1QVFM 5GAEP 1YHQN 1YITN 1Q86O 1VQ7N 3CC2N 3CCLN 5DM7L 3G71N 1N8RO 1VQ8N 1KC8O 1M90O 5GADP 1VQ4N 3CF5L 3DLLL 1VQKN 3CCUN 3CCMN 3CPWM 1YJNN 4WCEL 5H1SQ 1VQNN 3CC4N 4WFBL 3I56N 1VQ6N 3CCJN 1S72N 2ZJPL 3I55N 3PIOL 1K73O 3J7ZO 3CCRN 1VQMN 1QVGM 1KD1O 1Q81O 3CCQN 3CCSN 5DM6L 1K8AO 5JVHL 4UY8O 1K9MO 5GAGP 5GAHP 3CCVN 4WFNL 1ILYA 2QA4N 1YJ9N 4IOCL 5JVGL 3PIPL 3OW2M 3CXCM 1VQLN 3G4SN 1VQ9N 1YIJN 1W2BM 1OVYA 4IO9L 2OTLN 4U67L 2ZJRL 4WFAL 1JJ2M 5HL7L 1YI2N 1Q7YO 1M1KO 2QEXN 1VQ5N 1YJWN 3CMEN 1VQON 1KQSM
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2OTJN 1V4SA 3N4PA 4H0XB 1VQPN 4N76A 3AA4A 4M63C 4Z94A 1LW2A 3CJCA 5M1FA 4UQGA 3QESA 4DR1K 1TKXA 4WYBA 4JEPA 5M1PA 2PY5A 3ZETB 3TTDA 3MN5A 4BREA 5HRSA 3SPYA 3D2FB 3NH2A 2ITGA 3CCLN 3A8YA 3VEZA 5HP1A 3G71N 2X78A 3DRRA 3E1YA 1M90O 3C6TA 3CQXA 1N36K 1WAJA 5AQVA 1XMQK 3JSMA 1KAZA 5LMUK 2VG5A 1U04A 1C1AA 1L3UA 1KTQA 3O5BA 1SV5A 2HMIA 1HRHA 3NGYA 5C15A 2QKBA 3T1YK 3M5RA 4FK2A 4ZTJA 4LFCK 1ZBIA 3K2PA 1NK0A 2OPQA 3EZ5A 5HLFA 3W3DA 3ALYA 3E9OA 3HJFA 5CZ1A 4OO1J 4FWQA 3CG7A 1S3XA 1ESVA 2GELA 2QI2A 4CZGA 2CGKA 3C94A 4DU1A 1VSLA 4DHYA 3CFRA 3HRGA 3QEIA 1GLCG 4O55A 1C0UA 3P1GA 5AQIA 3CJ7A 5LY3A 2UUCK 3MX2A 1TAQA 2GV9A 1EQYA 4WFNL 4CZEA 4DV0K 3QEPA 4RWTA 1Q18A 4N41A 1JLGA 3DYAA 3UIQA 2P9KA 4PKGA 4H4OA 4PUOA 1BUPA 5BR8K 4FWMA 2HHTA 2W40A 3JS6A 4H0TB 1S5JA 3E9LA 4PL7A 3GE1A 3LPUA 3LDPA 3U9DA 3L2RA 4FJNA 1SKWA 3VMFB 5AZIB 5AQPA 2V7ZA 1K6YA 2E1ZA 4CJWA 3VQPA 1YJWN 1W7AA 3CMEN 4FWPA 5E41A 4O5FA 3WEEB 3TSPA 1HKGA 4H5TA 4CJFA 2FBXA 3C0BA 2Y1JA 1VSJA 4CJ7A 3IAYA 1IH7A 4MO5A 4AHCA 5I9EB 2VQFK 3V1OA 1ATSA 1BHLA 1EWQA 4CD3A 3GL1A 2DY4A 3O1BA 4CJLA 1IG8A 2OPRA 1Q86O 4JI8K 4GV6A 1TK8A 3J8AA 3TAQA 2PBDA 3BF3A 4LF9K 1BA0A 1ZBUA 3KK3A 4DWIA 3NVKA 2HNZA 2PFUA 4JI0K 1NMNA 4FCYA 4LFAK 3CF5L 3MEEA 4Z0UA 5I42A 4M3RA 2FXUA 1RNHA 4BVOA 1GLLO 4KH4A 4BR5A 3TI0A 4B3RK 1GLAG 4BGBA 2ZD1A 1I3AA 4QAGA 4CVNE 2QWOA 4BRHA 4G1QA 1EXQA 1S72N 1BI4B 2KZZA 4N5SA 4E0DA 3AA5X 3V9UA 3ZX3A 3QEXA 1GLBG 4AHRA 4QS8A 1ZBHA 2CH5A 3PX0A 1VRUA 1H1VA 1MWMA 4CW7B 5ADXA 4FJLA 3RVCA 3MXIA 4K0KK 3QERA 2YKNA 3CHWA 3NVMA 1XHXA 2NRTA 2D1KA 4FJKA 2NNWA 2QA4N 3VQ9A 1FW6A 4HUFA 3QEVA 4E1MA 3GBTA 1L3TA 3KLFA 3PIPL 3DOKA 4H0YB 3LPTA 3DOLA 3MN7A 1B92A 1VSFA 1RT1A 1NMDA 3OYFA 2IAJA 3LWLA 2ZJRL 4A62A 1QHAA 1ZBFA 4BRDA 2O4GA 1RBTA 4HWIA 1GLEG 4FWSA 4KH5A 2HHVA 4B3OA 2HMPA 2CGJA 3V6DA 2HB5A 4FWRA 4E7LA 3BF1A 1SKSA 3IFRA 3CQ8A 4FSVA 4EHUA 3ZSRA 2JWKA 1YHQN 2G8FA 4H0PA 4CJ5A 3O80A 4X62K 1N6QA 2A6AA 3SV3A 3SZ2A 1BL3A 3H6EA 3L2QA 4DF4A 1QZ5A 4AQYK 1XUPO 3KK2A 4C8MA 1CXQA 2J4RA 1NJYA 2XO7A 4LSLA 3U3GA 1UA0A 1BQMA 3CCUN 2QXFA 4K41A 3PX6A 4C8LA 4YDUA 3VGMA 5GIPA 1VAZA 4YOXA 1TUUA 4DV2K 2P1JA 2JGUA 4FOEA 1ZYQA 3I33A 4KKOA 2HHUA 3I0RA 5I3UA 5C42A 1GLDG 2F8TA 3SK3A 3O4WA 4CZFA 1NGJA 2ZJPL 4MLHA 1BCOA 2NRXA 3V81A 2YI1A 4M45A 1BO5O 4EP5A 1NJZA 2I5JA 4CGIA 5GIOA 2FC0A 1C0GA 3TPQA 2QKKA 3OYCA 1JXBA 3C6AA 3CYMA 4NXMK 3KKSA 3O9SA 4FWLA 2YV0X 5LMNK 4DS4A 4OLAA 4Z4FA 3QDKA 4JKBA 4KTQA 4AHUA 4KHSA 3OJUA 3P39A 3WXIA 3PSIA 1J53A 3F9KA 1C0TA 3VPZA 4DV1K 5FPMA 4DSLA 3AO1A 3A5LC 1QQCA 4JKCA 3ZSOA 1SS6A 4CZIA 1NKEA 2PYLA 3RMCA 4JD2A 1G15A 3QIPA 1JXEA 4DQPA 3CMAN 3CD6N 4Z4CA 1WSJA 1RDBA 5KQDA 4CZMA 1LW0A 3P38A 1KVCA 4FLZA 4O44A 4OGCA 1X9MA 2VGNA 2RHKA 4ELUA 5AQKA 4FK0A 3RRHA 2IC3A 4B1XB 3C6HA 1WUAA 2D0AA 1OH6A 3LAMA 1KCFA 4HTUA 3HK2A 3CPEA 4O4GA 1LWCA 3DJCA 3F73A 3ID8A 4FW2A 4XEIA 3THWB 2P9LA 4MO4A 1C0FA 3SAFA 3OS2A 4CK3A 3VQ4A 1NGGA 4KPYA 4CEZA 1YJNN 4CESA 1ATNA 3M8SA 5M1KA 4IFVA 1VSKA 4RW7A 4CEFA 1HPMA 4ISEA 5AQXA 2E6LA 4JRQA 2G8KA 1I94K 3K5MA 3CC4N 4BC2A 4O5BA 3CCJN 1BQNA 3VF4A 3LP3A 3AGKA 4LC9B 4JYAK 1RBVA 4CERA 2W6LA 3WNHA 2QWRA 3CCRN 4KO0A 3V4IA 3AVGA 3CFOA 4H0OA 3WXLA 3CFPA 3CCQN 3ULDA 4XIUA 4Q5VA 1J9AA 1K9MO 3CCVN 2YJEA 3PUFA 5F1XA 4H8KA 3NCIA 2RKIA 3AVBA 3UKRB 3TANA 1RT2A 4DV5K 4PQUA 1X3MA 1SL1A 3H1VX 4B1WB 1VQLN 4C1NK 2P5OA 4O8KA 1RDWX 3J7AP 2E8AA 5BPNA 4MDBA 3D2EA 3G25A 3SAGA 5HL7L 4IBNA 5F2RA 4KBOA 4AM7A 1VQ5N 4BG9A 4K42A 1DTTA 4H5NA 4GV3A 3MX5A 2VWJA 3VQBA 4CFDA 5MLCQ 1HKCA 3CC7N 3VESA 4QCLA 5AQMA 3ULEA 5J1EA 5JICA 4OPHA 4GV9A 4BR0A 3HVTA 4CHNA 3O9TA 2OYQA 3VENA 3AVLA 4DTPA 4FZYA 4B1VA 4DR5K 1YVNA 3J7YP 4CJSA 3U8XA 3SQ1A 1QZ6A 4FJIA 2X6SA 4FLYA 1JL2A 3RWUA 2KKZA 1ASVA 4Y1CA 5IT9O 3UKUB 3S41A 3F5TA 2XHBA 1W0HA 1LWFA 2W41A 4JI5K 3CCMN 4DSEA 2E5LK 4JLHA 3OYKA 3BZKA 3AVIA 1DKGD 1JLBA 3ZSZA 5H1SQ 4BY9C 1MDUB 3WQUA 4CI6A 3F2KA 3S3OA 1YVUA 4J8FA 1KXPA 2FBVA 4CEEA 3O3FA 2ZGZA 3C65A 4IZ9A 1X9SA 4DUYK 4CBWA 2YX6A 4EP4A 2CH6A 2UYTA 4HVJA 2HBJA 2ATQA 1HKBA 4CIEA 2HOEA 2BUPA 4YOTA 3IDHA 4GVMA 4CJUA 5FRNA 2ASPA 1NGEA 3C7NB 4J2BA 4FJMA 1S22A 5IWAK 4QOZB 4XH5A 2QWNA 3NHGA 3AVKA 1IKYA 1G99A 2F9WA 3DM2A 4XH1A 4BRQA 4IOCL 1NGDA 3AAQA 4CF2A 3ATUA 5LL6Z 2QXLA 1HJOA 2JWLA 3LZJA 4IXCA 4DR3K 3CXCM 3J80O 1X9WA 4I6MA 2ZWHA 3SBTA 3PSFA 2HW3A 1JCFA 1X9JA 3MWTA 4C8NA 3AARA 4LY7A 4BVPA 3RRGA 2RPIA 1IBMK 3BUZB 4YOVA 3MCPA 3VF6A 1QQOA 3LM9A 2P9IA 1JCEA 1XI1A 1TYQA 2XY6A 4KFBA 2VWBA 3VTIA 1BWFO 4EIAA 4BQLA 4BRAA 4YOYA 4GW6A 2NRHA 3OS1A 2E2OA 4CEBA 5EY4A 4AF1A 3THYA 3ZCMA 3BEXA 3A2FA 1WSEA 2Q31A 2P9SB 2ZGYA 1RDAA 1BISA 4HUEA 4CJ4A 3VQCA 5DM7L 4E7KA 1KFSA 5FPNA 3VGLA 3FZFA 1RT7A 4LF5K 3QFUA 3KK7A 1NG9A 2ASMA 1Z26A 4DTSA 3K5LA 1NK8A 4B8AB 1VQKN 5LJWA 2IS3A 1RGIA 3H46O 4R5PA 1NK7A 4FPAA 3NMUA 4BC5A 4C8OA 4FM0A 2ETJA 5AQTA 2BDPA 4I9QA 1T6DA 3OYHA 3T19A 2O8EA 4E89A 4W5OA 3KLIA 5FLXO 3R6MA 1JLQA 1ZBLA 1E3MA 4CZKA 1VQMN 3AO5A 3SPZA 5AQHA 3I8BA 3TAEA 4BR4A 4A2AA 3CETA 3OJSA 3KD5E 4E7JA 2F4VK 1Q81O 2G8VA 3EO3A 2B4JA 5DM6L 5GINA 4IFEA 1LCUA 2Z1GA 2EX3A 3RR8A 2P9KB 3IKMA 1HMVA 3K5NA 1BA1A 4KHQA 3CIPA 1YJ9N 3A5NC 5KGWA 3TSQA 1RBUA 3HYFA 4CFCA 3LP2A 3C95A 4FJXA 2O8BB 3IRXA 1VK0A 3IMXA 1LWEA 1TAUA 2HBLA 1EWRA 3WXMB 3MK6A 4DS5A 1IKXA 3HBTA 4BROA 5C12A 3SUPA 5AQNA 1T8EA 2DTUA 4NLBA 3VQDA 4CHQA 3NDKA 4FJHA 4DV4K 3MMVA 4CF1A 2IDOA 5KRSA 4FJ7A 1SL2A 4JI7K 4E3SA 3MECA 4IDKA 1NJIO 3TAMA 4MQ3A 2HHHK 4EAHD 1RBSA 1RTJA 1VSDA 5LJVA 4DTOA 4X64K 3ENOA 3CQYA 1S1XA 2Q36A 1Y64A 2GUIA 4FL9A 4FPBA 1VSMA 4A5BA 1HUXA 3DI6A 3KZBA 4H03B 4OKEA 3AO4A 1YAGA 1BDGA 4CJ3A 2NRVA 3VA3A 3ZX2A 5CR4A 4DU3A 5AFUA 4X65K 1D4XA 1XC9A 1NKBA 3NH0A 4CEQA 1SQKA 3NF7A 2V51B 4BRIA 1HNZK 3NH1A 4ISFA 1TL1A 2Q1NA 4DB3A 2FF6A 3L0QA 1HPZA 4G9ZA 1V4TA 3PLAA 3LDSA 3DXMB 4JI4K 2H3GX 3T1HK 4J2DA 1TUYA 3O9UA 4F2SA 2ZM6K 1IKWA 1QVGM 2EHGA 3LANA 1U2VB 2HBMA 4U7BA 1JLCA 2E1YA 4JHDA 3OYMA 3OVNA 3CCSN 4KV8A 5C10A 1KVBA 3OHRA 1NJWA 2NLXA 4DTMA 1JLEA 2E2QA 4FJGA 1T7PA 1N5YA 1JLFA 4YY3K 3QNNA 1C1CA 5JVGL 2Q0RA 3EYZA 1TKZA 2OPSA 3KLHA 4DSKA 2NUBA 1U45A 1S9GA 1EX4A 3TSUA 1KLMA 1GOAA 3TAFA 3G4SN 3L6QA 4OKJA 3EZWA 1HNXK 3ZEUA 1T3VA 4FLWA 1WAFA 4N47A 4YDUC 3VQQA 2XRIA 3A5OC 1YT3A 4DFJA 3RSEA 4BE2A 3RMDA 1SZ2A 4DSIA 4FLUA 2BGGA 4NYNA 3HO1A 1FK9A 4FLXA 4FYDA 3QB0A 5AZJA 4FLVA 4BE0A 4B9MA 1CXUA 1QQNA 4BRPA 4FM2A 5ADXH 1N33K 4OLBA 5FDLA 1J6ZA 3M8QA 3CC2N 5KQ8A 3DWLA 3O08A 1RTHA 3WXKA 4M42A 1IKVA 3LDOA 1SKRA 1QSLA 3U4LA 2P9PB 5HOOA 4PHTX 2QW9A 4OPAA 4GKKK 1BIZA 4IEIA 4DV3K 3LM2A 4B9TA 3KJVA 3VQ6A 2A3ZA 5C2DA 3O3GA 4FJ5A 4JKGA 1Z05A 3KD1E 3V1QA 2AA4A 1E4FT 4BG8A 3HM8A 2AJQA 4DQRA 4DTXA 1NGHA 2YHXA 4GKJK 1N34K 1TK0A 1GOBA 3JXUA 1RTIA 3U6FA 5D3GA 4K43A 1JKHA 4M7XA 4CZLA 1DEJA 4UY8O 4JRPA 3JYTA 4OVLA 4W5RA 4JK8A 2DPNA 5TKWA 2D0CA 2VG7A 4GMJB 5AQZA 2X74A 4RTFD 1NK4A 4DU4A 3PO5A 3A0IX 3HM9A 4IOXA 3R1XA 3TARA 4KAZA 4CE9A 3LDNA 4FJ8A 3WNFA 4JD2B 4CGFA 1NGIA 3MWPA 4FJ9A 4B9UA 1WSHA 1WBDA 1YI2N 3DXKB 5FPDA 4FK4A 3U9ZA 5BRDA 4DUZK 3O4NA 1FXXA 5DMRA 4DFKA 4FWKA 2F7TA 3HOTA 3L8BA 3TABA 1XMOK 1WLJA 1NNEA 1WSFA 1GOCA 4NLCA 3NF9A 3V9WA 4B9NA 3DMJA 4CEOA 4OKKA 1KRPA 1YITN 2OCEA 1QTMA 2P9LB 3Q7CA 3LALA 3OA9A 4LH5A 3U3YA 4BACA 1R0AA 3AV9A 1CZBA 1XNRK 3CI5A 3EL2A 3KIOA 4CBUA 4DV6K 1EP4A 2HF3A 4E7HA 1RDUA 3HP6A 3B8AX 5E84A 4I2QA 1T03A 3VEWA 3KTQA 2GEMA 2HF4A 3M8RA 3S3MA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3CCE N;  4WF9 L;  2OTJ N;  5MLC Q;  2ZJQ L;  3CMA N;  3CC7 N;  1Q82 O;  3CD6 N;  1VQP N;  4IOA L;  3G6E N;  1NJI O;  1QVF M;  5GAE P;  1YHQ N;  1YIT N;  1Q86 O;  1VQ7 N;  3CC2 N;  3CCL N;  5DM7 L;  3G71 N;  1N8R O;  1VQ8 N;  1KC8 O;  1M90 O;  5GAD P;  1VQ4 N;  3CF5 L;  3DLL L;  1VQK N;  3CCU N;  3CCM N;  3CPW M;  1YJN N;  4WCE L;  5H1S Q;  1VQN N;  3CC4 N;  4WFB L;  3I56 N;  1VQ6 N;  3CCJ N;  1S72 N;  2ZJP L;  3I55 N;  3PIO L;  1K73 O;  3J7Z O;  3CCR N;  1VQM N;  1QVG M;  1KD1 O;  1Q81 O;  3CCQ N;  3CCS N;  5DM6 L;  1K8A O;  5JVH L;  4UY8 O;  1K9M O;  5GAG P;  5GAH P;  3CCV N;  4WFN L;  1ILY A;  2QA4 N;  1YJ9 N;  4IOC L;  5JVG L;  3PIP L;  3OW2 M;  3CXC M;  1VQL N;  3G4S N;  1VQ9 N;  1YIJ N;  1W2B M;  1OVY A;  4IO9 L;  2OTL N;  4U67 L;  2ZJR L;  4WFA L;  1JJ2 M;  5HL7 L;  1YI2 N;  1Q7Y O;  1M1K O;  2QEX N;  1VQ5 N;  1YJW N;  3CME N;  1VQO N;  1KQS M; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 2OTJ N;  1V4S A;  3N4P A;  4H0X B;  1VQP N;  4N76 A;  3AA4 A;  4M63 C;  4Z94 A;  1LW2 A;  3CJC A;  5M1F A;  4UQG A;  3QES A;  4DR1 K;  1TKX A;  4WYB A;  4JEP A;  5M1P A;  2PY5 A;  3ZET B;  3TTD A;  3MN5 A;  4BRE A;  5HRS A;  3SPY A;  3D2F B;  3NH2 A;  2ITG A;  3CCL N;  3A8Y A;  3VEZ A;  5HP1 A;  3G71 N;  2X78 A;  3DRR A;  3E1Y A;  1M90 O;  3C6T A;  3CQX A;  1N36 K;  1WAJ A;  5AQV A;  1XMQ K;  3JSM A;  1KAZ A;  5LMU K;  2VG5 A;  1U04 A;  1C1A A;  1L3U A;  1KTQ A;  3O5B A;  1SV5 A;  2HMI A;  1HRH A;  3NGY A;  5C15 A;  2QKB A;  3T1Y K;  3M5R A;  4FK2 A;  4ZTJ A;  4LFC K;  1ZBI A;  3K2P A;  1NK0 A;  2OPQ A;  3EZ5 A;  5HLF A;  3W3D A;  3ALY A;  3E9O A;  3HJF A;  5CZ1 A;  4OO1 J;  4FWQ A;  3CG7 A;  1S3X A;  1ESV A;  2GEL A;  2QI2 A;  4CZG A;  2CGK A;  3C94 A;  4DU1 A;  1VSL A;  4DHY A;  3CFR A;  3HRG A;  3QEI A;  1GLC G;  4O55 A;  1C0U A;  3P1G A;  5AQI A;  3CJ7 A;  5LY3 A;  2UUC K;  3MX2 A;  1TAQ A;  2GV9 A;  1EQY A;  4WFN L;  4CZE A;  4DV0 K;  3QEP A;  4RWT A;  1Q18 A;  4N41 A;  1JLG A;  3DYA A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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