1YITN

Crystal structure of virginiamycin m and s bound to the 50s ribosomal subunit of haloarcula marismortui
Total Genus 50
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
50
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
b'ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords 23S RIBOSOMAL RNA
publication title Structures of Mlsbk Antibiotics Bound to Mutated Large Ribosomal Subunits Provide a Structural Explanation for Resistance.
pubmed doi rcsb
molecule tags Ribosome/antibiotic
total genus 50
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2005-01-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
N PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1yitN00
1YJ9N 2ZJRL 1JJ2M 1VQPN 1ILYA 4IOCL 3G4SN 5H1SQ 5GADP 3CC7N 3G71N 3I55N 1VQLN 4UY8O 5JVHL 1VQNN 1W2BM 1M90O 3DLLL 3PIPL 4WFAL 3CCVN 3CD6N 3CC4N 1VQ8N 1QVFM 5JVGL 1M1KO 3CCMN 1VQ4N 1YI2N 1YJWN 1VQKN 1K73O 1NJIO 4WFNL 1Q7YO 3CPWM 3CF5L 3CC2N 3CMEN 3CCEN 1K9MO 1VQ9N 2QEXN 3G6EN 4WF9L 3CCJN 1VQ5N 3CCLN 1Q86O 5MLCQ 1KD1O 1VQON 4IOAL 5HL7L 1S72N 1YHQN 5GAGP 1YITN 1QVGM 1YIJN 2ZJPL 1KC8O 5GAEP 1YJNN 1KQSM 4WFBL 1N8RO 3I56N 2ZJQL 3CXCM 4IO9L 1Q81O 3CCUN 1K8AO 3OW2M 2QA4N 2OTLN 2OTJN 3J7ZO 5DM6L 5DM7L 4U67L 3PIOL 3CCQN 3CCSN 3CMAN 4WCEL 3CCRN 1VQMN 1OVYA 5GAHP 1Q82O 1VQ7N 1VQ6N
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2CGLA 4FYDA 4FJ8A 2PFUA 4FWQA 4E19A 3HO1A 1WSGA 3CFOA 3HBTA 4DQRA 2QWMA 4O8UA 2X74A 4KPYA 4C8MA 2Y1JA 1Q9XA 3H1QA 1XHXA 4CF8A 3HVRA 1SKSA 3LPUA 3GOIA 2A1SA 3DM2A 3LDOA 4DFPA 3HM9A 3R6MA 5JS2A 4BC3A 3VEYA 3WNFA 4G9ZA 4LSNA 1BIUA 3QLHA 2NNWA 3RWUA 3SYZA 3FFKB 3ZETA 2YJEA 2FBVA 4BR9A 4B1ZA 1RTJA 1HJRA 1JLBA 4A61A 4FK0A 1X9WA 3M5RA 5I9EB 3K57A 2YI1A 2Q1NA 3M8PA 2YHWA 4AILC 3ZLJA 3OVNA 1NK5A 3HP6A 1FKPA 3SJHA 1BA1A 4FLUA 2I7PA 1G15A 1Q86O 2Z1IA 4IOAL 2CH5A 2I5JA 4JRPA 2UUCK 4XH4A 4YDUC 3J7YP 3AAPA 3QO9A 4KTQA 2PBDA 3P1GA 4DF8A 1NOYA 2QWLA 4CEEA 4CIFA 1NKBA 3VERA 1W7AA 1BCOA 4BRPA 3JS6A 2E88A 1ZXOA 2CGKA 4DR3K 4FJHA 1C0MA 4PKIA 4DTPA 4J2AA 5AQTA 4LFBK 1SZ2A 3W3DA 5FLXO 3CXCM 3AA4A 3AVIA 1C1BA 1F21A 2FSNA 2G8WA 1YUWA 4KTZA 4O44A 1DTQA 1XUPO 2IVPA 4CZGA 2OTJN 1SV5A 3K58A 4U67L 4X64K 2YHBA 3CG7A 4AHCA 4KB1A 2QTDA 3HT3A 4KHNA 3SLCA 3V6DA 2NRRA 1X9SA 2YNIA 4H4MA 2NRHA 4CFAA 1CZAN 2D4WA 1NK6A 4FLVA 4B1XB 3VEZA 4JAXA 2X78A 4H0PA 2O8CB 4YOWA 3AO1A 3NGZA 5KQDA 2KFNA 1JXEA 4K8ZA 1SL2A 4HCCA 4H8KA 3QFUA 2KTQA 1TK8A 2BDPA 1K8KB 3QDKA 2UUBK 2D1KA 2V51B 3OYMA 5M1QA 1IBKK 1RT2A 2GEMA 3QNOA 2OPQA 3RTVA 2Q3SA 4DSJA 5JVGL 4DLGA 3OJSA 5BN8A 2OANA 4WYBA 2QWNA 4JKGB 4PQUA 5BPMA 3KK2A 4OLBA 2O4IA 1N32K 3FZFA 5AZJA 4U7BA 3L2UA 3K5MA 3NDKA 4B1VA 3KKSA 2DFFA 4YOUA 4DTSA 3OYIA 1VHXA 3O80A 3LP0A 2DY4A 2OA8A 3E66A 4QS8A 4DFMA 4DR4K 4JI0K 1IH7A 4BRDA 2XO7A 4C1NI 5GAGP 1YITN 4E1JA 4I7FA 4FOEA 3THWB 4JEPA 2HF3A 3OA9A 4ICLA 1WBDA 3TWHA 4CJ5A 4YOTA 3O4QA 2O8DB 4DU1A 4W5OA 4CK2A 3EYZA 3ASMA 1DT9A 5BRFA 4XIUA 3P39A 3VGLA 5FPEA 4M3XA 4DMNA 3TANA 4JK8A 1K8AO 4IZ9A 4BR5A 4CJTA 3ZSXA 1IJJA 4BACA 1P8ZA 5BRDA 2B6AA 4CZJA 3PUFA 3CMAN 4QS9A 1VQMN 4JI7K 3CQ8A 3P83D 1OH7A 1VQ6N 1WAFA 5AQNA 4BR4A 3BY5A 4CF1A 2DTUA 4XH5A 1NMNA 5BR8K 3FZHA 2DFHA 1JJ2M 1VQPN 4DS4A 4FVUA 1HNXK 2KW4A 3RMBA 4FJ9A 4CCHA 1IKXA 3VQPA 2QKKA 2HMPA 1C0GA 1WBBA 2F9WA 2DFEA 3LDPA 4G1QA 1S1WA 1ATNA 1XI1A 3O3GA 4FZZA 3WT0A 4MLHA 4AHRA 3DLLL 1KAYA 1YAGA 1QQNA 3AVHA 1Y97A 1S1TA 3TSQA 1WB9A 3ZX3A 1NMDA 3THVA 3VQBA 2YCHA 1B92A 1ZBLA 4E89A 3WEEB 1T44A 4PHTX 5KRTA 1VSMA 5AFUH 1XMQK 3O5BA 4DSEA 4DFJA 4FLTA 2FC0A 3VQ7A 1T03A 1CXQA 3LAMA 2P51A 3MWTA 2NRTA 1NK0A 4F2RA 3SAHA 1X9MA 2OYQA 3VF4A 3V4IA 4JI2K 2Z1JA 2VCPA 3KLHA 3LZIA 4LH4A 1HYVA 4M3YA 1HQUA 2GV9A 1YJNN 4E0DA 1UA0A 1LAWA 1HNIA 1N36K 3F2KA 2YNFA 2VWJA 3SJJA 1ASVA 1U2VA 2AA4A 3G25A 3LDLA 3DXKA 3ATVA 1HNWK 5GIOA 2D0AA 5LY3A 4KAZA 4DF4A 3AARA 3MAQA 2FF3B 1BQNA 3LAKA 2PY5A 2IDOA 1WNSA 1VQ7N 1LWCA 2OZSA 1LAVA 1Q8IA 4M3TA 3SUPA 3C65A 3F9KA 3TAMA 2HHSA 5AQKA 2YHAA 4NXNK 3IUCA 3OYNA 1FW6A 2GELA 3ZT4A 4B1UB 5ADXA 2NUBA 2H3GX 1NGEA 3C7NA 4FSVA 4JLHA 3TAPA 5HBMA 2W6LA 3THXA 1U48A 3L2QA 4YNQA 5CY4A 4GY2B 4B1WB 4B8AB 3HK2A 4LF7K 3FR0A 4CD1A 1CXUA 2ZF5O 1Q7YO 3CPWM 3TTFA 3U3GA 1K9MO 1TUUA 2ZE2A 2Z1GA 1MA9B 3SV4A 4XH1A 2HF4A 5AQMA 1DKGD 2YJFA 3N4QA 1S9GA 3G6EN 4Z4IA 4BRGA 3OYLA 3DXMA 1SKWA 2XY7A 4I9QA 4TSXA 4Z4GA 5C10A 2O8BB 4J2DA 3VTIA 1S22A 2ETJA 3OS1A 3VEVA 3SUNA 4Z94A 3U3YA 1WSFA 1S1VA 4KI4A 2WFBA 1B9DA 1YIJN 1UAXA 3AVLA 4KBOA 4DQQA 2NLXA 3KD5E 4LSLA 1YXQA 4LY7A 2FF6A 3ZEUB 2ITGA 2P9NB 4H5WA 3F9MA 4A62A 3H45C 4WQ4A 3DRRA 5DM6L 1J6ZA 3QMLA 2PAVA 4WCEL 4GNIA 3VN5A 4BRAA 4IFEA 3B8AX 1HKGA 4AF1A 3D2EA 4NO7A 4FCYA 3ZX0A 4J8FA 3SBTA 1BA0A 4IO8A 1X1PA 3PX6A 4E7KA 2Q2RA 3BEXA 5M1NA 4B9UA 3SPYA 4CFBA 3P38A 4CEDA 1TYQB 1S3XA 3PLAA 2F4VK 2VQFK 2KZZA 2FSJA 1GLJO 2XHBA 3SAGA 1M90O 3SCXA 2BE2A 4LFAK 1IKYA 3TSUA 3PV8A 2P9KB 1HNZK 4ISEA 3H6EA 3OY9A 3OJUA 3QEWA 1QVFM 4FWOA 1MU2A 1M1KO 5AQXA 1NGDA 3CCMN 1VQ4N 4A5BA 1VSLA 1WSIA 1T8EA 1RT1A 2ATQA 5LMUK 2P9LB 4F9OA 3T3FA 4WQ5C 3DLBA 3CMEN 4BC2A 1NNEA 3TTCA 4W5RA 4N41A 4IG3A 4JS4A 3KLGA 5I3UA 3WXMB 4AHUA 4CJUA 1EKEA 4JI5K 4JI6K 5AQUA 3QEXA 4CEOA 4LF9K 1L3SA 1RCHA 5BR9A 3CCLN 1IV0A 5KPTA 2EHGA 1WSHA 1N33K 4K43A 3PX4A 3KK7A 3LANA 2XY5A 4CHZA 3GBTA 4Y0WA 2OPRA 4CJ7A 3M3ZA 1YT3A 4FM0A 3D0PA 4WQ4C 5EX5A 1BUPA 3LM9A 4EHTA 1S1UA 3HVTA 1QHAA 3D2FA 5JICA 1BCMA 3UKUB 1KCFA 5KPRA 1VRUA 4HHTA 2NRWA 3BZKA 3W0LA 4AQYK 4H5VA 3OYHA 4DV4K 4IFVA 3E9OA 5AQIA 2QA4N 3WXIA 4DTXA 3FZLA 4C23A 4B9VA 4OLAA 4DTUA 2G8VA 1HUXA 5LL6Z 4CEAA 5J2MA 4MO5A 4LF6K 2FXUA 4CJRA 4PWDA 2ZQBA 3L8BA 3ZSOA 2V7ZA 4FK4A 4K25A 4PKHA 1SL0A 3O9SA 3ZETB 3BUZB 1YJ9N 3CFRA 4B3TK 3DI6A 3J7AP 3L0QA 2KZMA 2F8TA 5JLHA 2P5OA 3C6AA 5GADP 3LM2A 4KREA 1NOZA 3K9JA 5GIPA 1HPMA 2HHHK 3M8SA 1BWFO 3A2FA 4FZYA 3ULEA 3ZT2A 3EE9A 4ZTJA 3F73A 3LPTA 3EE8A 1FKOA 1CLQA 3VA0A 2O8FB 3BGRA 5AR0A 4MQ3A 4OO1J 3KJVA 3CCVN 3CM5A 4EAHD 2KFZA 4I2QA 2FBYA 3FE1A 2KQ2A 4EZ9A 4JKDA 4EP4A 1U47A 3AV9A 3QB0A 1YJWN 3M8QA 4CHPA 4LD0A 4CECA 4CEFA 4DSFA 4FJXA 2HBJA 2ASPA 4DKWA 4BGBA 2KLAA 1BO5O 3VA3A 1VQ5N 5AQQA 2ASMA 4FM2A 4AHVA 4CBWA 1A5WA 1KVAA 3VF2A 1KFDA 3CYMA 1QHTA 1HLUA 3UKRA 1HX1A 4M7YA 3D6RA 2NRVA 4BR2A 4JKBA 3O4WA 1TL3A 1SQKA 2YKMA 4HCBA 1Z26A 3PY8A 2BGGA 3TAQA 2HNDA 3AO3A 1U04A 3I8BA 1JL1A 4GKKK 4I6MB 3AO4A 1WAJA 1IBLK 3AGKA 4FJMA 1YTUA 3THYB 1R0AA 3MK6A 4HUFA 4ILHA 5BPNA 1DTTA 1QSLA 3KTQA 2JGUA 1SL1A 4XEIA 4E7IA 3CM6A 3VQAA 1E4GT 3DLKA 4FJIA 4RG8A 5GAHP 4CBUA 1Q82O 1D9DA 3H08A 3NAEA 4NLCA 3P5JA 4FWSA 2EWSA 2E2QA 2E1ZA 1TVRA 4LF8K 3SQ4A 1MWMA 1TKZA 3MX2A 3I55N 3RMCA 1VQLN 4BG8A 3RR7A 3I33A 1NGJA 3TARA 2CH6A 3G0ZA 2QWQA 1LW2A 1KAZA 4BDYA 2F96A 4C8NA 3Q7CA 3JXUA 3HJFA 4Y1CA 2HHWA 2W41A 3RSEB 3CPEA 1VQ8N 4CF9A 4YORA 5CZ1A 3AVCA 1ZBUA 4OPKA 1W9HA 4ISFA 4YOXA 3A0IX 3WUHA 3ENOA 1NJXA 3VESA 4GKJK 3F5TA 1NJIO 3NMUA 2QWPA 2A42A 3HPOA 1NJYA 3AVAA 1XMOK 2BTFA 1L3UA 1JLCA 5BREA 2E4LA 4DTNA 1U45A 1HR0K 4H5RA 3KLEA 1KLMA 3ZSRA 3FZKA 3HSCA 3HTVA 4JRQA 2VG6A 4F4KA 5MLCQ 3MX5A 1KD1O 2WTUA 3VEOA 4OKKA 4DHYA 4DQPA 3QIPA 5IT9O 3MN9A 1LV5A 5D3GA 3ZSZA 4OX9K 2X6SA 3K9KA 1OH8A 2D5RA 3OYFA 5C12A 1TL1A 3JYTA 3I8DA 4DTOA 1D5AA 2AJQA 1NKEA 5B8HA 1BU6O 4CF0A 1RDDA 1RT6A 3C6HA 4EP5A 5CR4A 2HHQA 4C8OA 4B08A 4IO9L 2IAJA 3U9DA 4DQSA 5AQZA 3VQ5A 1HYSA 1NU0A 1RBTA 3ISNC 1JLFA 2B5JA 3NFAA 4FPBA 4OJRA 1J54A 4CHNA 4HTUA 3EO3A 1X9JA 2WC9A 5CHIA 3CCSN 1BI4B 4N56A 4M45A 4BRQA 3QBXA 4CZHA 4F8RA 1GLDG 3MCPA 2PZSA 4KH6A 3S3OA 3C6TA 2HOEA 5C0YA 4CGJA 4LC9B 4BWJA 2HW3A 4PL8A 1BG3A 4DWIA 4OKJA 1VSHA 1RGIA 3NHGA 4DTJA 3JAMO 3R8EA 4DR1K 1JKHA 1Z25A 3QINA 5HLFA 2QWRA 4H5TA 1ZC6A 1TAUA 3VGMA 1HYZA 1JLAA 3T1YK 4B3MK 2PYJA 5EY4A 5BN9A 4NLBA 3TAGA 2G8IA 4JKFA 2FBTA 5JS1A 1VSDA 3VQ4A 1QQMA 1K8KA 5EXWA 4FWLA 3CJ7A 5AQPA 3LDQA 4B8CA 2IS3A 3OYEA 3ENBA 5M1FA 3KK1A 4H0YB 2E2OA 4K0KK 2KKZA 1KSPA 4JI4K 4FK2A 4O5BA 3MN5A 4BVPA 2HB5A 5F0XA 5F2RA 4DSLA 5JLFA 4M42A 2HHUA 3L3VA 4DS5A 3AA2A 4WF9L 4M3UA 2BH1A 4BY9C 4CJSA 1NLVA 1L5UA 3VQ9A 3LZJA 4IDKA 2A5XA 2NRZA 4NXMK 3CHWA 3WXLA 3A5OC 3NCIA 2O8EB 1I94K 3K59A 1JCGA 1RBSA 3NH1A 4CFCA 4B3RK 4FJ7A 4JK9A 1KC8O 3KLFA 1KQSM 4B1YB 4OGCA 3HZ6A 2HHXA 3RR8A 3L2WA 3THWA 3EEQA 1RTDA 4QS7A 3U4LA 2D0CA 3EKUA 1L3VA 3O3HA 1S6PA 5KPZA 3OW2M 3BF3A 3KIOA 3DAWA 1EETA 2P9IB 5AQJA 5TKYA 4O0IA 5KI6A 4BR0A 1LWFA 3NGIA 5I42A 4FJKA 1J5OA 1RT4A 1HJOA 4DV0K 3AY9A 3TU5A 2ZD1A 4L3QA 1YTAA 2YNHA 5A2QO 2IC3A 1SUQA 4DV5K 3G4SN 3MDQA 2RKIA 4CEBA 3VOVA 3OS0A 4CGHA 5AFUA 1EP4A 2GUPA 4L8RB 4A5AA 3M1FA 4X62K 3NF9A 5JVHL 4A57A 3HM8A 3HOSA 4DLEA 4FWKA 3QNNA 1O13A 1CZBA 1T6DA 3VENA 4YFUA 4DV3K 3S41A 3K5NA 4CJVA 1NK4A 3CJAA 4IXCA 3CD6N 4FJ5A 4F3TA 3QEVA 1K6YA 1IBMK 4DR5K 1RT3A 4CZLA 2WUSA 3FZMA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1YJ9 N;  2ZJR L;  1JJ2 M;  1VQP N;  1ILY A;  4IOC L;  3G4S N;  5H1S Q;  5GAD P;  3CC7 N;  3G71 N;  3I55 N;  1VQL N;  4UY8 O;  5JVH L;  1VQN N;  1W2B M;  1M90 O;  3DLL L;  3PIP L;  4WFA L;  3CCV N;  3CD6 N;  3CC4 N;  1VQ8 N;  1QVF M;  5JVG L;  1M1K O;  3CCM N;  1VQ4 N;  1YI2 N;  1YJW N;  1VQK N;  1K73 O;  1NJI O;  4WFN L;  1Q7Y O;  3CPW M;  3CF5 L;  3CC2 N;  3CME N;  3CCE N;  1K9M O;  1VQ9 N;  2QEX N;  3G6E N;  4WF9 L;  3CCJ N;  1VQ5 N;  3CCL N;  1Q86 O;  5MLC Q;  1KD1 O;  1VQO N;  4IOA L;  5HL7 L;  1S72 N;  1YHQ N;  5GAG P;  1YIT N;  1QVG M;  1YIJ N;  2ZJP L;  1KC8 O;  5GAE P;  1YJN N;  1KQS M;  4WFB L;  1N8R O;  3I56 N;  2ZJQ L;  3CXC M;  4IO9 L;  1Q81 O;  3CCU N;  1K8A O;  3OW2 M;  2QA4 N;  2OTL N;  2OTJ N;  3J7Z O;  5DM6 L;  5DM7 L;  4U67 L;  3PIO L;  3CCQ N;  3CCS N;  3CMA N;  4WCE L;  3CCR N;  1VQM N;  1OVY A;  5GAH P;  1Q82 O;  1VQ7 N;  1VQ6 N; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 2CGL A;  4FYD A;  4FJ8 A;  2PFU A;  4FWQ A;  4E19 A;  3HO1 A;  1WSG A;  3CFO A;  3HBT A;  4DQR A;  2QWM A;  4O8U A;  2X74 A;  4KPY A;  4C8M A;  2Y1J A;  1Q9X A;  3H1Q A;  1XHX A;  4CF8 A;  3HVR A;  1SKS A;  3LPU A;  3GOI A;  2A1S A;  3DM2 A;  3LDO A;  4DFP A;  3HM9 A;  3R6M A;  5JS2 A;  4BC3 A;  3VEY A;  3WNF A;  4G9Z A;  4LSN A;  1BIU A;  3QLH A;  2NNW A;  3RWU A;  3SYZ A;  3FFK B;  3ZET A;  2YJE A;  2FBV A;  4BR9 A;  4B1Z A;  1RTJ A;  1HJR A;  1JLB A;  4A61 A;  4FK0 A;  1X9W A;  3M5R A;  5I9E B;  3K57 A;  2YI1 A;  2Q1N A;  3M8P A;  2YHW A;  4AIL C;  3ZLJ A;  3OVN A;  1NK5 A;  3HP6 A;  1FKP A;  3SJH A;  1BA1 A;  4FLU A;  2I7P A;  1G15 A;  1Q86 O;  2Z1I A;  4IOA L;  2CH5 A;  2I5J A;  4JRP A;  2UUC K;  4XH4 A;  4YDU C;  3J7Y P;  3AAP A;  3QO9 A;  4KTQ A;  2PBD A;  3P1G A;  4DF8 A;  1NOY A;  2QWL A;  4CEE A;  4CIF A;  1NKB A;  3VER A;  1W7A A;  1BCO A;  4BRP A;  3JS6 A;  2E88 A;  1ZXO A;  2CGK A;  4DR3 K;  4FJH A;  1C0M A;  4PKI A;  4DTP A;  4J2A A;  5AQT A;  4LFB K;  1SZ2 A;  3W3D A;  5FLX O; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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