1YITN

Crystal structure of virginiamycin m and s bound to the 50s ribosomal subunit of haloarcula marismortui
Total Genus 50
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
50
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords 23S RIBOSOMAL RNA
publication title Structures of Mlsbk Antibiotics Bound to Mutated Large Ribosomal Subunits Provide a Structural Explanation for Resistance.
pubmed doi rcsb
molecule tags Ribosome/antibiotic
total genus 50
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2005-01-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
N PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1yitN00
1Q86O 2ZJRL 3DLLL 1QVFM 1YJWN 4U67L 1S72N 1Q81O 3CCLN 3CCEN 4WFAL 2OTJN 3CC2N 4IOCL 3CXCM 1K8AO 5MLCQ 1K73O 4WF9L 3CPWM 3G71N 1YIJN 1VQON 5JVHL 4IOAL 1VQMN 3CCJN 1JJ2M 3CC4N 5GAGP 5DM7L 3CMEN 2QA4N 1VQ4N 4WCEL 1ILYA 3I55N 1VQNN 1Q7YO 3PIOL 1Q82O 1QVGM 3G4SN 4WFBL 3CF5L 3PIPL 1M1KO 3CCSN 1KD1O 3CCVN 1VQ7N 1N8RO 2QEXN 1VQKN 4WFNL 3CCQN 3J7ZO 4IO9L 1YITN 3G6EN 2ZJQL 3CCRN 3CD6N 5HL7L 2OTLN 1KC8O 1KQSM 3CC7N 3CMAN 3I56N 1W2BM 5GAEP 1VQ6N 2ZJPL 1VQ9N 1VQPN 3OW2M 5JVGL 3CCUN 1YI2N 1VQLN 1VQ5N 1YJNN 1VQ8N 4UY8O 5GADP 5DM6L 1M90O 1K9MO 5H1SQ 1NJIO 3CCMN 5GAHP 1YJ9N 1OVYA 1YHQN
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3V9SA 3O80A 4JI0K 1EP4A 4IXCA 3DRSA 4LFAK 4ZTFA 4CJWA 4DR5K 3O4NA 4EP5A 4CHNA 1ITGA 1MU2A 3K2PA 1VRTA 2CH6A 3V1OA 4CD3A 3SV3A 3PLAA 2D4WA 3ULEA 4CBXA 1J53A 3SUQA 1JLFA 4BQZA 3PV8A 2GELA 2IS3A 2YJEA 5BRHA 5MLCQ 4DF8A 2F9WA 3MWPA 4CIEA 2D1KA 3LWLA 3G71N 5GIOA 3TSUA 5BPLA 4BVPA 4CHQA 5KPZA 3GBTA 4KPYA 3ZSRA 3LP2A 1SKSA 5DM7L 5KPRA 2QWRA 5HRPA 4JD2A 4RTFD 4BRHA 4JKBA 3G4SN 2IVNA 4IJAA 1HNVA 1RDWX 5CYQA 2RKIA 3TAEA 3PY8A 3OBYA 1S9EA 3KK3A 3BGRA 3OJSA 2KZZA 3NF9A 2KFZA 3J7ZO 3C7NA 4JV5K 3DRPA 4O5FA 4EHUA 3TU5A 3LP0A 2ZQBA 1Q18A 2Q0UA 3QLHA 4FL9A 3OYJA 3AVCA 4EHTA 3AV9A 4BE1A 4X64K 4CZFA 5HBMA 3VQBA 4OGEA 2PBDA 4B9SA 5HRSA 3AA4A 3AGKA 3MXMA 4O0IA 5J2MA 3CM6A 1HYZA 1NGEA 2UU9K 2IVPA 3MN7A 3VGKA 2HBMA 1HQUA 3TAMA 4YOUA 1BO5O 1YF5L 3DOKA 4NO7A 1HKBA 2YV0X 4LF5K 5C25A 4KHPK 3HJFA 3AO5A 3ZT2A 2A3ZA 3VEXA 3L2RA 2XHBA 4Z4EA 1M90O 3AVAA 3RMDA 4FWNA 5FLXO 4JS4A 1TK5A 3A5LC 3WQUA 2OYQA 1TGOA 3IKMA 2JGUA 1NLVA 4CEAA 5AQZA 1VSKA 1XC3A 3MWTA 2QWOA 1XMQK 4FM2A 5T7BA 1KXPA 4FLUA 1NBWA 2HHXA 3L8BA 5FROA 3LM2A 2A1RA 4DR2K 1KVCA 3LDQA 2BANA 3B6OA 1TUUA 3QNOA 4B1WB 1TKDA 2NRZA 1NJWA 2QWPA 4GV3A 3KWGA 4FSVA 2D0AA 4YY3K 2X74A 2NRHA 5F1XA 5JVHL 4CEFA 5E41A 1OH8A 1SL2A 5KPTA 3OYCA 4J2EA 3CMEN 1S3XA 1WBDA 4FJ7A 2XY5A 5D3GA 3PUFA 2X6NA 5AQPA 2VQEK 3ZCMA 3M8SA 3H45C 1VQ7N 2QEXN 4CF8A 1RBUA 2FSKA 2ASOA 1LAVA 4Z4CA 4E7KA 4KHUA 3MN6A 4DFJA 3E9LA 3L6QA 3VN5A 1T8EA 4JNEA 1KFSA 4PY5A 1RT3A 4JI2K 3RTVA 3O9QA 4KTZA 4DTXA 4OJRA 4G9ZA 3CC7N 3FZMA 2CGJA 4DUYK 4BRCA 2AP1A 3ATVA 4FJGA 4IEIA 4BRIA 4BWMA 4Z4GA 1RTJA 4B9VA 1DT9A 3QICA 5AQVA 2F7TA 1OVQA 5KTQA 1YJNN 3VETA 2XY6A 5EX5A 1U49A 1JXBA 3T19A 2QXLA 3KD1E 1P8ZA 1GOAA 1K8KB 2GWKA 1D9FA 4N5SA 3D2EB 3OYHA 3VF6A 3HSCA 3SUNA 1RDDA 1EO1A 4CHZA 3V9XA 4I2QA 1NK0A 2ZJRL 5FPNA 3F73A 3R9PA 5AR0A 1N36K 4IWVA 2A6AA 4RCHA 4JKFA 1BOTO 1S5JA 2FBXA 1VSJA 2RE2A 1CZ9A 5JLFA 4H0XB 5M1QA 4CZMA 3HOTA 4AM7A 1YTUA 4FO0A 5AQWA 4M41A 4B9MA 3NH1A 1XUPO 4FLYA 3CC2N 5C0YA 2QWMA 3ZT0A 2E5LK 2HNZA 3AVBA 2HW3A 1K8AO 4DSKA 2Q1NA 3K57A 2YNGA 4DWIA 4PQUA 4B8AB 1RT5A 3HZ6A 4GKKK 3P5JA 4C1NK 4CGGA 3DLKA 1QS4A 5AFUA 1RT2A 4B9NA 1U45A 1LWFA 3AVLA 1XHZA 1HJOA 1C1BA 4DV7K 3NDKA 4GY2B 1YAGA 3V9ZA 2Q3SA 2ZE2A 1VQKN 1U4BA 4JYAK 3U9ZA 2IVOA 1HKGA 4I6MB 2G8HA 1WAFA 4FW1A 3DLRA 5M1KA 1B9DA 3TAFA 3FGUA 4CJ7A 4A62A 2KKZA 2UXDK 3KLFA 3WQTA 2VYPA 3MX2A 1W2BM 3PO5A 3AA2A 3ZETA 4B9TA 4WE1A 3TSQA 3F9MA 4ID1A 4K25A 1VQ5N 5HOOA 5C2DA 1RFQA 3HPHA 1XC9A 3C6HA 2UUAK 3VQ9A 1JXEA 1BGXT 3RSEA 4F3OA 4FJLA 1NJIO 1X9JA 4O8UA 3IUCA 3CCMN 2D0PA 3VMFB 4CW7B 2BGGA 4FZXC 3UKUB 1U04A 2KQ2A 2CH5A 5CZ2A 4CE9A 4BVOA 2NLXA 2WUSA 1VSFA 1G15A 1B9FA 1ZBUA 4CEOA 3D45A 4LSNA 4OKKA 3QEIA 3J80O 3ZX2A 3LZJA 1VK0A 5I3UA 3L2VA 1S72N 1QSYA 2FBVA 4AHRA 1UWBA 4JKGA 1NGIA 2HOEA 3R3LA 1VSHA 4HUGA 2ASMA 4A61A 3OYAA 4B3SK 1T7PA 4AF1A 3WNFA 1BI4A 3NVMA 3KWIA 4HUEA 2HMIA 4M7YA 4IOAL 3KLEA 2OCEA 4CF0A 3VF2A 2BH1A 2D5RA 2RHKA 1LCUA 1L3UA 3TTDA 2P9UA 4DKWA 3D0PA 4NYFA 3O9TA 2NRTA 2UUCK 1ZBHA 1JKHA 4WQ5C 3E9PA 4GVEA 3JSMA 4FLXA 4H0VB 3CCSN 3ENBA 1RT7A 4DQRA 2O8CB 4HVJA 3WXIA 4LH5A 2QWQA 2HBJA 1HUXA 3QEXA 3FFIA 2HF3A 3DLBA 4XH4A 3TWHA 1IJJA 1K6YA 3CJ9A 3S9HA 4CK1A 2NRRA 3I56N 1FJGK 1GLEG 4FOIA 4Z4IA 3WEEA 3U8XA 1Z26A 1B92A 2KW4A 4M3YA 2O8EB 1C0MA 4IBNA 4I2PA 2P9SB 1NGJA 3KLIA 3OBWA 1ASUA 1BCMA 1JCGA 4DU3A 2KHOA 3H08A 5GAHP 3DJCA 3HRGA 3CJ7A 3QIPA 1P90A 1HJRA 1MA9B 1IG9A 5CR4A 3G25A 4KAZA 4JK8A 3I8DA 3SAFA 2O4IA 1GLFO 1C6VA 2YCHA 4K8XA 3ZSOA 3LDNA 4DV1K 1RT1A 4CF1A 1NK4A 3LAKA 2E6LA 3RMAA 4C8LA 3LAMA 3O5BA 2O4GA 3AVHA 3I0RA 3ZSQA 5EU7A 4DR3K 2O8DA 3OY9A 2YHBA 3J8AA 4B3OA 4OKJA 3V4IA 3QDKA 4C8MA 4JI3K 3K5LA 2NRVA 1ZBLA 1IV0A 2DTUA 4BE2A 3H3OB 2G8WA 3HPGA 1L3SA 4FLWA 2PYJA 3EZWA 1SKWA 1BL3A 2QM1A 2YHWA 4F2RA 3L4QA 2BDPA 4DQIA 2F4VK 4FJ5A 3UKRA 4JN4A 4E0DA 5C42A 4Y0WA 1NGCA 4BRLA 4EFHA 1IG8A 4QS8A 4CZIA 3RWUA 1JLGA 2OZSA 3LDPA 1WB9A 2I7PA 2HNYA 4OO1J 4F8RA 2FC0A 3MXJA 4JI1K 1C1CA 5J1EA 3QEWA 3AA5X 1KLNA 2Z1IA 1NJYA 4R5PA 2YKMA 1WSIA 3KHYA 4FWMA 4B1XB 1X1PA 3SI6A 3C65A 3ULEB 4HCCA 1LOTB 2E6MA 4OVLA 2P9IA 1DEJA 2D0CA 2VGMA 3D7EO 3C95A 1SZ2A 4YOTA 3T1HK 4BC2A 4I9QA 4OPKA 3T7ZA 3OYGA 2HHTA 2E88A 3RVCA 3DLGA 4BACA 3ITHA 3CI5A 3SNNA 1NKBA 2QWNA 1FKPA 4ISFA 4CGFA 4G1QA 4A57A 1KAYA 3QETA 4JD2B 1JLQA 3QNNA 2HVHA 3EZ5A 1ESVA 2PYLA 3SCXA 1QHTA 1FKOA 2R7YA 4PA1A 1OH7A 3CIPA 5AQQA 3DXMA 2YX6A 2YI1A 4CERA 1QVFM 4AHSA 3KLHA 2VWBA 3ZSXA 1SS6A 3C7NB 3MXIA 1C0TA 4GV9A 1A5XA 4FXDA 5JS1A 2WOMA 4YORA 2QKKA 2P9NB 1NGGA 5AQFA 2OTJN 3ISNC 4BRPA 4CIFA 3O1BA 3CXCM 2GWJA 1U6ZA 3HVRA 3VF4A 5BRFA 3KIOA 3CPWM 2WFBA 4FWPA 2GBZA 1HPZA 3CCJN 4K0KK 5GAGP 3I0SA 4H5TA 5AFUH 4FJIA 1L5UA 3D2FA 1SQKA 3MEDA 1BG3A 4IOXA 4BGBA 2IDOA 3ZT4A 4ZHRA 4IZ9A 2DY4A 2UXCK 2GTDA 3LPTA 2HNDA 2ZD1A 1QQOA 3AVFA 3ID6A 2Z1GA 4CZJA 3BDPA 3LWMA 3AAQA 4MDBA 1E4FT 3L3VA 3THXA 4LF8K 4RW6A 3VQEA 2ZJQL 1NGHA 2QXFA 5CZ1A 3O4WA 5A2QO 3V9WA 4M3TA 2V7YA 3N4QA 4CHYA 2O8FA 3R6MA 3K5MA 3VQPA 3SAGA 3VEOA 1QE1A 3BP8A 5M1PA 5GIPA 3TAQA 4JKDA 3F9KA 2FXUA 3C6AA 3EE9A 1TL1A 3K5OA 1N5YA 1RTDA 4ID5A 1VAZA 5LL6Z 4CZHA 3RMBA 1BIZA 3AARA 3K58A 3OVNA 2HHQA 4KHQA 2OANA 3O3GA 3O4QA 5CY4A 4AILC 3ZT3A 5DM6L 3ID8A 3OYNA 2YNHA 1HYSA 5E84A 1XNQK 1DTQA 1YT3A 3KK1A 3VQDA 3OYBA 3L0QA 4LC9B 1NK6A 1RBSA 1REVA 3NVKA 2JLEA 4ELUA 1OKJA 3JS6A 3LALA 3G0ZA 4JI5K 3THVA 4H5WA 4YDUA 2E20A 1JLAA 3SAHA 5JLHA 4ILHA 2VWJA 2W40A 1ASVA 4E1JA 4DSLA 2DFHA 5HRNA 1RDUA 4YNQA 4CFAA 4ILGB 3AVJA 4HCBA 3OYDA 2HBLA 1EXQA 2ETJA 5M1OA 1MWKA 3V6DA 4IOCL 3E66A 4FK2A 4YOVA 4CECA 5JMVA 2P9PA 4BROA 2AA4A 4JK7A 2PAVA 3P38A 3PX4A 4DB3A 1NJXA 1YIJN 3DLEA 3Q7BA 5KGXA 4FYDA 5B8HA 4FJNA 2HVIA 1ATSA 3U4LA 4TSXA 4CHPA 4BWJA 4CK3A 4H0PA 4C23A 4K41A 4A5BA 4Z4HA 5EXWA 4JAXA 3JYTA 4DSFA 3AVNA 4H5VA 4CJUA 3EE8A 1XWLA 1LWCA 3PX6A 3OYFA 4CEZA 4BG9A 1EX4A 3H46O 4BC3A 3VQ8A 5KQ8A 3QESA 3V1RA 4PWDA 3O3FA 1SUQA 3MN5A 4KTWA 4J2DA 3SZ2A 4CEBA 4QAGA 4H0TB 3IS9A 4M3RA 3SV4A 2W42A 4F2SA 5AJ3K 4DR1K 2V7ZA 1HYVA 3SJHA 1EKEA 1RT4A 3N4PA 3RR8A 4RW9A 2ITGA 2P1JA 4BR0A 5C10A 3V81A 4C8KA 4CEDA 2A42A 1EWRA 4MO5A 4BR2A 5C12A 3OJUA 5BN8A 4M3WA 4JKAA 4CZLA 1NNEA 4OPJA 4KB1A 4CESA 2UUBK 4GV6A 1BA0A 1S1TA 3LL3A 1BCOA 4AHTA 2ZF5O 4YOYA 4DTPA 1YHQN 2X6SA 3SQ0A 1LW2A 3OHRA 1VSMA 4FK4A 3A2FA 2HHHK 1NOZA 1XQSC 1W97L 1NK7A 3TANA 3K59A 3MN9A 3S41A 4DR6K 3MCAB 1GOBA 4M42A 4PL8A 4H5RA 4LD0A 3SK3A 1D4XA 3K9JA 3CQ8A 4DTMA 3SQ1A 1JLCA 3BF3A 1ATNA 4H4OA 4N41A 1RDCA 5AQYA 5AQTA 4IG3A 3E1YA 4M7XA 3P4IA 4A2AA 3CYMA 5AZJA 1VQON 4W5NA 1J5OA 3H3NO 3S3OA 2QTDA 3KKRA 5DMRA 1VQMN 3QB0A 4CJSA 2GX9A 4CJQA 4DV3K 3P39A 3ZSWA 1FW6A 1G99A 1HPMA 1WSGA 2ITMA 3RSEB 1TKXA 4EZ9A 3B8AX 1VHXA 4E1NA 4DTSA 3ZEUA 4JHDA 4WFBL 1TAQA 3CF5L 4WQ4C 4M3UA 4O0JA 3THWB 4N56A 3JXUA 4KO0A 1M1KO 1Q8IA 1KD1O 1N8RO 1CZAN 3QFPA 3H1VX 4NXMK 1SV5A 3MDQA 3SPZA 3G10A 3QBXA 1ZBIA 4E7IA 2A41A 2IC3A 2CGLA 3BZKA 5LJVA 2FBTA 1Z25A 4CJPA 1MWMA 4NLCA 4LFBK 4B1VA 4DFPA 1Q9YA 3SQ2A 1T44A 1BU6O 3NGZA 2O8BA 4CI6A 4JKGB 4E7JA 1KRPA 3OA9A 5AQKA 5HP1A 1VQ9N 4X65K 1TK0A 3KD5E 3HP9A 3OYMA 3TABA 4FJHA 3HOSA 3AAPA 1ATRA 1YVUA 2OPQA 1T05A 1D9DA 3L2UA 4KHSA 3MEEA 3VQQA 3EL2A 1YJ9N 3AVKA 1IO2A 1OVYA 1N32K 1WSEA 1WAJA 3O3HA 1OH5A 2A5XA 3EN9A 3NFAA 4FLVA 2YNFA 3MEGA 1LWEA 4FM0A 3IMXA 3AY9A 1S1UA 1X9MA 1K8KA 4DTUA 1U2VA 1HNWK 2F96A 4F3TA 1NU0A 3D2EA 4PKHA 3KJVA 3LM9A 3TAGA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1Q86 O;  2ZJR L;  3DLL L;  1QVF M;  1YJW N;  4U67 L;  1S72 N;  1Q81 O;  3CCL N;  3CCE N;  4WFA L;  2OTJ N;  3CC2 N;  4IOC L;  3CXC M;  1K8A O;  5MLC Q;  1K73 O;  4WF9 L;  3CPW M;  3G71 N;  1YIJ N;  1VQO N;  5JVH L;  4IOA L;  1VQM N;  3CCJ N;  1JJ2 M;  3CC4 N;  5GAG P;  5DM7 L;  3CME N;  2QA4 N;  1VQ4 N;  4WCE L;  1ILY A;  3I55 N;  1VQN N;  1Q7Y O;  3PIO L;  1Q82 O;  1QVG M;  3G4S N;  4WFB L;  3CF5 L;  3PIP L;  1M1K O;  3CCS N;  1KD1 O;  3CCV N;  1VQ7 N;  1N8R O;  2QEX N;  1VQK N;  4WFN L;  3CCQ N;  3J7Z O;  4IO9 L;  1YIT N;  3G6E N;  2ZJQ L;  3CCR N;  3CD6 N;  5HL7 L;  2OTL N;  1KC8 O;  1KQS M;  3CC7 N;  3CMA N;  3I56 N;  1W2B M;  5GAE P;  1VQ6 N;  2ZJP L;  1VQ9 N;  1VQP N;  3OW2 M;  5JVG L;  3CCU N;  1YI2 N;  1VQL N;  1VQ5 N;  1YJN N;  1VQ8 N;  4UY8 O;  5GAD P;  5DM6 L;  1M90 O;  1K9M O;  5H1S Q;  1NJI O;  3CCM N;  5GAH P;  1YJ9 N;  1OVY A;  1YHQ N; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 3V9S A;  3O80 A;  4JI0 K;  1EP4 A;  4IXC A;  3DRS A;  4LFA K;  4ZTF A;  4CJW A;  4DR5 K;  3O4N A;  4EP5 A;  4CHN A;  1ITG A;  1MU2 A;  3K2P A;  1VRT A;  2CH6 A;  3V1O A;  4CD3 A;  3SV3 A;  3PLA A;  2D4W A;  3ULE A;  4CBX A;  1J53 A;  3SUQ A;  1JLF A;  4BQZ A;  3PV8 A;  2GEL A;  2IS3 A;  2YJE A;  5BRH A;  5MLC Q;  4DF8 A;  2F9W A;  3MWP A;  4CIE A;  2D1K A;  3LWL A;  3G71 N;  5GIO A;  3TSU A;  5BPL A;  4BVP A;  4CHQ A;  5KPZ A;  3GBT A;  4KPY A;  3ZSR A;  3LP2 A;  1SKS A;  5DM7 L;  5KPR A;  2QWR A;  5HRP A;  4JD2 A;  4RTF D;  4BRH A;  4JKB A;  3G4S N;  2IVN A;  4IJA A;  1HNV A;  1RDW X;  5CYQ A;  2RKI A;  3TAE A;  3PY8 A;  3OBY A;  1S9E A;  3KK3 A;  3BGR A;  3OJS A;  2KZZ A;  3NF9 A;  2KFZ A;  3J7Z O;  3C7N A;  4JV5 K;  3DRP A;  4O5F A;  4EHU A;  3TU5 A;  3LP0 A;  2ZQB A;  1Q18 A;  2Q0U A;  3QLH A;  4FL9 A;  3OYJ A;  3AVC A;  4EHT A;  3AV9 A;  4BE1 A;  4X64 K;  4CZF A;  5HBM A;  3VQB A;  4OGE A;  2PBD A;  4B9S A;  5HRS A;  3AA4 A;  3AGK A;  3MXM A;  4O0I A;  5J2M A;  3CM6 A;  1HYZ A;  1NGE A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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