2E1YA

Crystal structure of propionate kinase (tdcd) from salmonella typhimurium
Total Genus 135
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
135
sequence length
394
structure length
394
Chain Sequence
FPVVLVINCGSSSIKFSVLDVATCDVLMAGIADGMNTENAFLSINGDKPINLAHSNYEDALKAIAFELEKRDLTDSVALIGHRIAHGGELFTQSVIITDEIIDNIRRVSPLAPLHNYANLSGIDAARHLFPAVRQVAVFDTSFHQTLAPEAYLYGLPWEYFSSLGVRRYGFHGTSHRYVSRRAYELLDLDEKDSGLIVAHLGNGASICAVRNGQSVDTSMGMTPLEGLMMGTRSGDVDFGAMAWIAKETGQTLSDLERVVNKESGLLGISGLSSDLRVLEKAWHEGHERARLAIKTFVHRIARHIAGHAASLHRLDGIIFTGGIGENSVLIRQLVIEHLGVLGLTLDVEMNKQPNSHGERIISANPSQVICAVIPTNEEKMIALDAIHLGNVKA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule keywords Propionate kinase
publication title Crystal structures of Salmonella typhimurium propionate kinase and its complex with Ap4A: evidence for a novel Ap4A synthetic activity.
pubmed doi rcsb
source organism Salmonella typhimurium
molecule tags Transferase
total genus 135
structure length 394
sequence length 394
ec nomenclature ec 2.7.2.15: Propionate kinase.
pdb deposition date 2006-11-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00871 Acetate_kinase Acetokinase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2e1yA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2e1yA02
3R9PA 3U9DA 3QFUA 2Q0RA 5F1XA 2GELA 3R8EA 1HUXA 5AQQA 1S22A 2NLXA 2ZWHA 1LCUA 1NGHA 1V4TA 2FSKA 4H0XB 4PL7A 2P9LB 1NGDA 3F9MA 3O6WA 1ATNA 1IJJA 1T6DA 1ZXOA 2ASPA 2ZGZA 3BF1A 2ZF5O 2P9PA 3RSEA 1SZ2A 2P9NB 3VEWA 1GLLO 4CZIA 4M7XA 3WQUA 5ADXA 3U4LA 2CGLA 2PAVA 4RWTA 2QWMA 3ID8A 5AQRA 1NM1A 3I33A 2W41A 3GDQA 4WQ4A 4EHUA 3HM8A 4WQ5A 3ZEUA 3LM2A 2HMPA 4K43A 3O08A 3KVGA 4JAXA 3R6MA 5BRDA 4BRDA 1KAZA 3VERA 5EXWA 2VYPA 1Z05A 2VCPA 1C0FA 1LOTB 1E4GT 3QBXA 1WOQA 2FF6A 1BA1A 2OANA 1RFQA 1QQOA 1CZAN 1C0GA 4BG9A 1YVNA 4FWQA 3EN9A 2E8AA 3O4WA 4O5FA 4F9OA 3CI5A 1NGFA 3D2EA 2P9IB 3J8AA 3UKRB 3IMXA 3JS6A 3H46O 1K8KB 4BC3A 2J4RA 1XUPO 3VF6A 2CH5A 3O1WA 2P9SB 4M63C 4FWLA 5AQNA 2QWOA 2Q31A 4FWKA 3AARA 1Q18A 4I6MB 3QMLA 3HI0A 4B1YB 1NGAA 4EHTA 4BC4A 2IVPA 2CGKA 1J6ZA 2D0OA 5AQPA 5AQOA 3L4IA 4CZGA 3QBWA 4J8FA 3L6QA 4L3QA 2ASOA 3ATVA 4GNIA 2GUPA 1KAYA 3QDKA 4DHYA 3AAQA 3G25A 4HWIA 1V4SA 3C7NB 3CIPA 1TUYA 3UE5A 2A3ZA 1HJOA 4BR4A 4BREA 2VWBA 1BDGA 4MO5A 4CD1A 4CJ7A 4BRMA 4JHDA 4BRQA 5AFUA 3FFKB 2GTDA 1G99A 5EVZA 2V51B 4QS8A 4CD3A 3CHWA 3GG4A 3FZLA 3DXKA 1BO5O 1ZC6A 3VEZA 3A0IX 3CERA 3ZX0A 4BVOA 5AQXA 4BROA 3WT0A 1K8KA 4FL9A 1TYQB 4XH1A 2QXLA 4MLHA 5B8HA 5AQWA 2P9SA 3VF2A 3P4IA 2H3GX 4IJAA 4IXCA 4RCHA 3JXUA 4CZJA 1WUAA 1BOTO 2DPNA 1OKJA 3H1VX 3EZWA 3HSCA 3B8AX 5EY4A 4YDUC 1BU6O 4CZMA 5AZIB 2Q97A 3WQTA 3MN5A 3ULEB 4EAHD 5FPEA 5AQYA 1DKGD 1BG3A 4H0YB 1R59O 4FWSA 4FPBA 2Q1NA 4FWNA 4HTLA 3W3DA 1HKCA 5JMVA 4H5TA 4XEIA 1HX1A 1GLEG 2YHXA 4IZ9A 3O1BA 3A8YA 1NGGA 4RTFD 3DXMA 3LDOA 4BRCA 5AQTA 1U2VB 3HZ6A 3ZETA 4CZKA 2D1KA 4WYBA 3WXKA 2QWNA 2F9WA 4BRKA 1D4XA 3CQXA 5LJVA 2E1ZA 4BRNA 1QZ6A 3A5MC 1JCEA 3FR0A 3HTVA 3WXLA 2E20A 2GEMA 4XH4A 3UKUB 1ATRA 5KPTA 2V7ZA 4BR2A 2Q0UA 4BVPA 4WQ4C 2FF3B 4BRAA 3AY9A 4BQLA 4WQ5C 2CGJA 5KPRA 4B1VA 3DWLA 4IO8A 5AQZA 3SK3A 3GOIA 2IIRA 3IFRA 3CQYA 4PKIA 3VENA 2YHYA 4A2BA 4AM7A 3D2FB 5LJWA 2P9LA 4DCHA 1JCGA 3FZMA 2I7PA 2P9KB 1P8ZA 1NWKA 2FSNA 2QW9A 5E26A 5AZJB 2A5XA 3LDNA 3ZX3A 3H45C 1KAXA 4GY2B 1MA9B 2P9NA 2FSJA 2Q36A 4H5VA 4ISFA 2A6AA 3WXJA 5KPZA 3VGLA 1KXPA 3VETA 4DQ8A 2BUPA 4B1ZA 1H1VA 3LDLA 1MWMA 2YJEA 1HKBA 1DGKN 1EQYA 2A42A 4CZLA 5F0XA 5JLHA 1U2VA 3CJAA 4BGBA 3EKSA 3CETA 4IWVA 3VESA 2E1YA 3VEYA 3EO3A 2NZTA 1NGCA 1Z6RA 3O8MA 3IUCA 3OHRA 1HLUA 5AQJA 5JICA 3H3NO 2P9UB 2AA4A 3FZKA 1S3XA 4KBOA 2E2NA 3EKUA 3CJ1A 3CJ9A 4B1WB 5FPNA 4CZFA 3SMSA 4H0PA 5AFUH 2I7NA 3UKUA 4PKGA 1ESVA 2BTFA 3D7EO 3VOVA 4K25A 1XQSC 4H03B 1ZBSA 5BRFA 1T44A 2E2QA 3QFPA 2E2PA 4NB4A 4B1XB 1BWFO 1NGBA 4H0OA 1NMDA 3I8BA 5BN8A 1U6ZA 2IVNA 5AR0A 2P9PB 3D2FA 4FO0A 2P9IA 3UKRA 1GLDG 2D0PA 2A40A 1X3MA 3LM9A 4NO7A 2ITMA 1IG8A 3MN6A 2QWRA 2YI1A 4BRPA 1RGIA 4H5RA 3A5LC 3UB5A 2NRHA 5AQIA 4BC5A 1GLJO 2D4WA 2FXUA 5AQSA 3KHYA 3ZEUB 4BRHA 4I6MA 1GLAG 4AM6A 2QM1A 3U8XA 4FWPA 3VGMA 2YJFA 4BRGA 3FE1A 3MK6A 3MMVA 2CH6A 2YCHA 4LC9B 4CZEA 5BN9A 3SMPA 4H5NA 5AQGA 5ADXH 3VGKA 3BEXA 3H6EA 4BR0A 5AQFA 3FLCO 1NGJA 5KQ8A 1RDWX 1GLFO 5EOYA 4BR5A 1NGEA 3A5OC 4FPAA 3C7NA 1DEJA 4MLEA 5TKYA 2V52B 3BUZB 4FWRA 1SQKA 3D2EB 2W40A 3L0QA 4FOIA 5FPDA 5BREA 2FLOA 4JN4A 4BC2A 3DAWA 4B1UB 5BRHA 2YHWA 3FGUA 4CBWA 4FWMA 5EX5A 4K42A 3W0LA 1QZ5A 4C23A 2GWJA 1BA0A 3BF3A 3DJCA 4QS7A 5CE3A 4MO4A 1NBWA 4H0TB 4K41A 3IDHA 3WXIA 1X9JA 3CJ7A 3HBTA 1TYQA 5BPLA 1X3NA 4DB3A 5F2RA 1ATSA 1NLVA 3A5NC 3VEVA 3LL3A 4QS9A 3MDQA 2PBDA 3U9ZA 1BUPA 2E88A 3CJBA 3M1FA 3LDPA 4PL8A 4FOEA 4PKHA 3TPQA 1GLCG 2QWQA 5LY3A 1SAZA 3MN7A 4A2AA 2HF4A 4H0VB 1T6CA 3QB0A 3AAPA 5AZIA 4BRLA 3ULEA 5AQMA 2QWPA 3KZBA 3SJHA 5KQDA 4CBXA 5AQKA 3FZHA 3FZFA 2KHOA 4JD2B 3GE1A 4EFHA 3LDQA 3M3ZA 4JHDB 5AQHA 3WEEB 4EIAA 3M6GA 4BRIA 1XC3A 4Y0WA 3SLCA 4CZHA 5I9EB 2F9TA 4FSVA 4O8KA 3DXKB 4CI6A 2E2OA 3QICA 1NGIA 4CBUA 3CJCA 3C0BA 1HKGA 2A41A 2IVOA 3GBTA 4Z94A 5E84A 2HF3A 3O5BA 1Y64A 2HOEA 4BQZA 5AQUA 3VEOA 5BPMA 1HPMA 1JCFA 3H3OB 5BR9A 2Q2RA 3ZX2A 1TUUA 2ZGYA 1GLBG 3H1QA 3ENOA 2ASMA 1QHAA 5BPNA 5FPMA 1QQMA 4IJNA 4M7YA 3RSEB 4BR7A 2EWSA 4BR9A 1YUWA 4JNEA 2QWLA 3MN9A 2P9KA 3DXMB 2UYTA 5AZJA 4ISGA 4BRFA 1MDUB 5ELZA 3MCPA 5AQLA 3ZETB 3ENHA 2V7YA 3WUHA 1E4FT 4JD2A 3WEEA 1YXQA 1QQNA 3VEXA 1MWKA 4E1JA 2GWKA 3EL2A 5AQVA 4FWOA 3VPZA 4A61A 5JLFA 2AP1A 4ISEA 1YAGA 4B9QA 2WUSA 4YDUA 4A62A 3TU5A 3GL1A 4BG8A 3O80A 3S41A 4H5WA 2P9UA 3ATUA 3VF4A 4BGAA 3BP8A 4XH5A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3E1YA 3I8DA 2W6KA 1JL1A 4CIGA 2Q0RA 4M41A 2GELA 1HUXA 1S22A 1LCUA 1NGHA 1V4TA 2A1SA 2FSKA 4PL7A 2KZZA 1T3VA 2P9LB 1IJJA 3TTCA 4CIFA 1JXEA 3G10A 4KH6A 2X78A 5M1FA 3CCLN 2ASPA 4O4GA 4AHUA 2F4VK 2VWJA 2B4JA 1TK0A 3TSPA 2KLAA 4CZIA 1NNEA 1YF5L 2ZD1A 3U4LA 3KK2A 1NJXA 3ID8A 1J9AA 1NM1A 3VQ9A 2W41A 3NE6A 3ISNC 4WQ4A 4CERA 1X1PA 3KK3A 4BACA 3O08A 4FJXA 4ZTJA 3OJSA 1RILA 1VSEA 4JEPA 4FVMA 3QETA 1D8YA 1LAWA 2VCPA 3QBXA 2IDOA 2UXBK 2FF6A 1BA1A 2ATQA 2PY5A 3O9RA 1CZAN 3OYNA 1C0GA 1U04A 4BG9A 4O55A 4FWQA 5HOOA 1EKEA 4GMJB 4CHQA 2OA8A 2WC9A 4KH4A 3D2EA 3LPTA 5KI6A 2HBJA 1U45A 3IMXA 1RCHA 4FJKA 3BDPA 1ZBUA 4FZYA 3G6EN 4JKFA 4CHPA 4M63C 5AQNA 2Q31A 3HP9A 4E7JA 4FWKA 5C24A 3HI0A 4CCHA 4M42A 3VQPA 2W6LA 1NGAA 4JKAA 4BC4A 5TKWA 5HRRA 1LV5A 2CGKA 1J6ZA 2YNFA 2D0OA 4I2PA 3L4IA 3QBWA 4HVJA 2B5JA 5JS2A 2NRRA 5HRNA 4GNIA 4DHYA 3G25A 4CJTA 1TUYA 3UE5A 1HJOA 3AVHA 2O8FA 4DU1A 5J2PA 3AO4A 2RE2A 5GINA 2VWBA 3KD1E 4B08A 3NFAA 4MO5A 1OH6A 4CEAA 4CD1A 3SAHA 4BRMA 4JHDA 3O9QA 5AFUA 3FFKB 1J5OA 2GTDA 2G8HA 3DRSA 3IS9A 5SWMA 3T1YK 4F4KA 4E7HA 4AHVA 3GG4A 3FZLA 1X9WA 1ZC6A 3O9UA 3CERA 3ZX0A 4BROA 3WT0A 1K8KA 2E6MA 3QERA 2Z1HA 1JKHA 4DSKA 2HNDA 3HXMA 5B8HA 3CM6A 3AO1A 3CF5L 4ZTFA 4E7KA 2YNGA 1WAFA 4B3MK 2X74A 4W5QA 4OPHA 4A59A 3KJVA 1S1WA 3TABA 1OKJA 5GAEP 1B92A 3HSCA 4R79A 1BU6O 2HVIA 2OCEA 3N4PA 4CF9A 4EAHD 4OPAA 1BCMA 1BG3A 4H0YB 1R59O 4FWSA 5JVGL 2Q1NA 4FJ5A 4XEIA 4KH5A 4KHUA 1UOCA 3O1BA 4FJMA 1RDBA 5J1EA 2E4LA 1VSMA 1VQKN 2HBKA 1U2VB 4CZKA 4WYBA 2QWNA 3NVKA 2Z1JA 4BRKA 3CCQN 4J2DA 2P1JA 1QZ6A 1QSLA 1JCEA 4YOUA 3WXLA 2E20A 2GEMA 3KLEA 3UKUB 3E9OA 5KPTA 3KWGA 4M3WA 3SI6A 4IOAL 2I5JA 2PYJA 1X9MA 4WQ5C 3DLHA 4DV7K 3FFIA 4NCBA 1VQ6N 4E1NA 2BDPA 3SK3A 3IFRA 3OYAA 2P5OA 4CEBA 1W9HA 3RTVA 2P9LA 1OH5A 5C0YA 1JCGA 3FZMA 4FJJA 1NWKA 4KTQA 1TKTA 3BY5A 4CF1A 1KAXA 2JLEA 4PHTX 1LW2A 1MA9B 4YY3K 2FSJA 2Q36A 4ISFA 3BGRA 4U7BA 3VGLA 4A5AA 1KXPA 2BUPA 3ZT0A 4CGHA 3HP6A 1O13A 3DOKA 3SPYA 3EKSA 4BDPA 1KFDA 3O8MA 5LMNK 3IUCA 3IRXA 2P9UB 1WN7A 2IOCA 3CJ1A 3IKMA 1VQMN 4IDKA 4JKCA 3QIPA 4DV5K 4JI2K 3CC2N 3LP1A 5IT9O 1ESVA 3D7EO 4WE1A 1XQSC 4H03B 1ZBSA 4W5RA 4B3RK 1LWFA 1T44A 2E2QA 4WFAL 4NB4A 3MAQA 4WF9L 3I8BA 3PV8A 1S1TA 3K5MA 4CEFA 5SZTA 1K8AO 3VQ5A 4KKOA 3HSTB 4B9LA 5EU7A 2A40A 4ID5A 3MXIA 1IG8A 3OYIA 2VGNA 3SUPA 2GBZA 4CESA 3SQ0A 1IBLK 3KKSA 3SPZA 2G8IA 5AQIA 2D4WA 2QM1A 4FWPA 5HBMA 2VG7A 4PY5A 4CJ3A 4DR4K 3QNNA 4LC9B 4H5NA 3WXMB 1XNRK 4FCYA 3DRPA 4DFPA 1N32K 4DU3A 5AQFA 1KC8O 2NRTA 5KQ8A 3J7YP 1RDWX 1GLFO 1HPZA 1DTQA 1BQNA 3A5OC 4AF1A 2WFBA 4FPAA 4DR5K 1DEJA 4MLEA 3BUZB 4B9NA 3P5JA 4N76A 4C1NK 3DLKA 2G8VA 4FOIA 4JN4A 3DAWA 4B1UB 4CEEA 5HRSA 2D0BA 3FGUA 4DS5A 3VN5A 4FWMA 4KRFA 4K42A 4Y1CA 3SUQA 5CE3A 3SQ2A 3IDHA 3WXIA 3K57A 3CJ7A 4H4MA 4I9LA 5BR8K 5F2RA 1L3UA 1ATSA 2YKMA 3LL3A 4QS9A 4DV0K 1YT3A 1BL3A 1QSYA 4F8RA 1WSFA 3LDPA 2ETJA 3S3MA 5I3UA 4FOEA 1EWQA 3TPQA 4YFUA 3C94A 2HMIA 3MN7A 4LFAK 2HF4A 1QS4A 4LD0A 2OTJN 3AAPA 3V6DA 1K9MO 3KLIA 5GAGP 1KVCA 3KZBA 4CBXA 3F2KA 4DG1A 2KHOA 4JD2B 3GE1A 3ZT3A 4C8KA 3K2PA 2PZSA 5I42A 1XC3A 4CVNE 4FW1A 2O8CB 5I9EB 1CXUA 4NCGA 4FSVA 4O0JA 4ILHA 1Z25A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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