2OTJN

13-deoxytedanolide bound to the large subunit of haloarcula marismortui
Total Genus 46
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
46
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title The Structures of Antibiotics Bound to the E Site Region of the 50 S Ribosomal Subunit of Haloarcula marismortui: 13-Deoxytedanolide and Girodazole.
pubmed doi rcsb
molecule tags Ribosome
molecule keywords 23S ribosomal RNA
total genus 46
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2007-02-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
N PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2otjN00
1S72N 5HL7L 1N8RO 1QVFM 1VQ4N 3CCQN 3CCLN 4WFNL 1YJWN 3CD6N 3CF5L 1VQMN 2QA4N 3DLLL 1VQLN 1VQ8N 1Q81O 3CC2N 5GAHP 1K8AO 3I55N 3CXCM 3CMAN 1K73O 4WF9L 1M90O 5GAGP 1Q7YO 1YJNN 1VQ5N 2ZJPL 1KQSM 3OW2M 3I56N 5MLCQ 1ILYA 3CCVN 1YJ9N 1VQNN 3CPWM 1YI2N 4UY8O 4IOAL 3CCMN 4WCEL 1KD1O 1NJIO 1OVYA 1QVGM 5H1SQ 4WFAL 2OTLN 1VQKN 4WFBL 1YHQN 4IO9L 3G71N 3PIOL 5GAEP 1VQ7N 1Q86O 3CC7N 3J7ZO 4U67L 1YITN 1VQPN 3CCUN 1M1KO 3G4SN 1VQON 1KC8O 3CCRN 3CCEN 3CMEN 3CC4N 2OTJN 5JVHL 5DM7L 1Q82O 1K9MO 1JJ2M 1VQ9N 3CCJN 2ZJQL 1VQ6N 3G6EN 5GADP 2QEXN 1YIJN 2ZJRL 5DM6L 1W2BM 4IOCL 5JVGL 3PIPL 3CCSN
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1RDWX 1RDAA 2YKNA 4FO0A 3VPZA 1N8RO 3CCQN 3ZSQA 1S5JA 1XNRK 1TKXA 2FF6A 3C0BA 4J2EA 4KHQA 3OYKA 5BN8A 2PYLA 5EXWA 3TARA 3VTHA 1I94K 1MDUB 3CFOA 3TAGA 3J81O 3EY1A 3MEGA 3PX6A 1RTIA 3QEXA 1W0HA 3OBYA 4OPJA 3CQ8A 4H5TA 3VF2A 1TL1A 3DJCA 1REVA 5KI6A 3RSEB 1S22A 4DQRA 4FK0A 4DF4A 3RMDA 1D9DA 3ZSWA 3K0SA 4DQ8A 4I9QA 4C8MA 4YFUA 3VGMA 1VAZA 3LDPA 4BRAA 3BF3A 4WQ5C 4BC4A 2E8AA 2P9KA 3V4IA 1GLAG 1EKEA 3HJFA 4PQUA 4EP5A 3CM5A 5M1PA 3CJBA 4AH9A 3SBGA 3L6QA 1VRTA 3ZX0A 1GLCG 4YDUA 3O9QA 2WUSA 2ZE2A 3UB5A 3RMBA 1D9FA 1NWKA 1RDBA 4M63C 1JL2A 1IKWA 4DKWA 3HOTA 1WUAA 1RT3A 4CGHA 3AO1A 4JD2A 5F0XA 4ZHRA 4DLEA 3O4QA 3RR7A 5M1KA 1S9EA 1BGXT 1HR0K 4KTZA 5JICA 2ZGYA 1WSGA 4KHPK 4WQ4A 1NGHA 1I39A 2P5OA 3CCUN 1C0UA 3EE8A 4H8KA 4J2BA 5JLFA 3EKSA 3SZ2A 4F3OA 1EWRA 2CH5A 3JAMO 2HMPA 4DSIA 4I2QA 1EXQA 3AVAA 2E88A 4Y1CA 2XY6A 4CGFA 4M3UA 4JK7A 5DM6L 4BRNA 1WAJA 3MN5A 2HF3A 4BR0A 4K8ZA 3JSMA 1RT1A 3SQ1A 4E1JA 5EX5A 3TPQA 4BDPA 1RGIA 1J53A 2OANA 2OYQA 1HNWK 3AO4A 3KLIA 1NGEA 1VSLA 3CERA 4ILGB 2P5GA 1RBTA 4FJNA 2P9UA 1RT6A 5CY4A 2G8FA 3GOIA 4GV3A 3MN6A 4A61A 2Z1IA 3L8BA 4C1NK 4DSKA 3TR8A 4DV3K 3CMAN 4O5BA 2VGNA 3VETA 2UUCK 5LMUK 4Z4FA 3QNOA 3VEXA 1DLOA 2JGUA 4FJ5A 2O8DB 3QDKA 4JI6K 3AVNA 3DXKA 4B3MK 2IGIA 3AGKA 1RT5A 4W5NA 3DLRA 4AHVA 4JD2B 4PKGA 1HYSA 3OYLA 1WOQA 5AQSA 4AF1A 3IMXA 4IO8A 4IFYA 5AZIA 1S9GA 3DRRA 3O1BA 4N5SA 4KHWA 2WTUA 3RMAA 4B9LA 4IOAL 4H03B 3SUOA 1T6CA 3QO9A 1JLCA 4IWVA 4IG3A 2D0BA 5DK5A 3O9SA 4YOTA 1NK7A 4DTXA 2P51A 4BE0A 3THWB 3AO5A 4JKCA 3THWA 3G71N 3NVKA 4FZXC 4NYNA 1VQ7N 3SQ0A 4B8AB 4IKFA 4CJRA 1JLQA 4DR2K 4CHZA 1NK8A 2YJFA 4DHYA 1S3XA 1YUWA 3DYAA 4DLGA 2DY4A 1O13A 3O3FA 2KZMA 5M1QA 2O8EA 4B3SK 2D0AA 2Z1JA 1C1BA 3EN9A 1V4TA 2W6LA 3LDSA 4CJ4A 5KQ8A 4CERA 4C8KA 5AQNA 4CJ7A 2HHSA 1QQCA 1KVCA 3NGIA 4FJGA 4AHTA 4CZFA 3AV9A 1NJWA 1WSEA 2O4GA 3A5NC 3U3YA 3OYGA 4IEIA 2P9IA 3QETA 3AGRA 3TSQA 3L0QA 1S1UA 2QXLA 1VQ4N 3BZKA 1V4SA 3SBTA 2D4WA 4YOXA 3H6EA 4NXMK 1CZBA 3LL3A 4FJ7A 4RG8A 3WNGA 3UIQA 4ELVA 4CJEA 1X9WA 3ATVA 2I7PA 4N56A 3GE1A 3DOKA 3THVA 2QTDA 5GAHP 4XH4A 4DQSA 4JV5K 3RR8A 3AARA 1W7AA 3BEXA 2WONA 4W5TA 5HRPA 5KRSA 5KPRA 3P83D 4Y1DA 4M3RA 4CEQA 1T44A 2XO7A 3ULDA 1DKGD 1KVAA 1YJNN 3RRHA 2PY5A 1NMNA 4CHYA 5F1XA 1C0FA 2DPNA 4FLXA 2KW4A 3ENOA 3C6UA 1HYVA 2GEMA 1RBUA 1X9MA 1YI2N 4Z4EA 1ZBSA 4E1NA 2NRTA 4DTSA 4LF4K 1SL0A 4WCEL 4EHUA 3EZWA 1DTQA 4EFHA 3O8MA 1KAZA 2W6KA 1NLVA 2RKIA 4DS4A 4BRCA 4KBOA 4FCYA 4I9LA 1JL1A 3PIOL 1NGDA 1NK4A 4FPBA 4K42A 4LH5A 3VA0A 3W0LA 3OS1A 3VQQA 5CYQA 3MEDA 3V1QA 4CJUA 1KRPA 4FWMA 4M7XA 5BN9A 1YVUA 3ZEUA 1WSFA 1XQSC 1TUUA 4FOEA 3CCJN 3V6DA 4ILHA 4CJWA 3DOLA 3EKUA 2ITMA 1RBRA 2QM1A 1S1XA 4H0YB 3K58A 5HBMA 4HHTA 4E7IA 2KZZA 4CF8A 1U49A 1QHTA 3CQYA 1BQNA 1XMQK 4B9MA 3ZT2A 3HM9A 3WEEB 3SAGA 2IVOA 2IDOA 3VQ5A 4ELUA 5KPZA 2HNYA 1Z05A 3DAWA 3S9HA 1RDCA 4BRIA 1FW6A 3HRGA 3D2EA 4CGGA 4DTRA 1K8AO 3LDNA 4AHSA 3CXCM 2A5XA 1ATNA 2VWKA 3LAMA 4DR4K 1BU6O 5IWAK 5T7BA 3WQUA 2JWLA 3FZFA 1A5VA 3HOSA 3OW2M 3MXJA 1Q18A 4DFPA 4FWLA 4W5RA 1R0AA 4M42A 2G8IA 1KVBA 4GMJB 3DWLA 2E2QA 1VSEA 2IVPA 4LF5K 4CJPA 3U8XA 1ILYA 4MLEA 5AQHA 3CPWM 1FKPA 3FZKA 4YORA 4KFBA 4CJ5A 3TWHA 2V52B 3H46O 2ASMA 2VWJA 1QQMA 5BPNA 4O8KA 2KLAA 3IG1A 1NU0A 1QTMA 3WT0A 2XY8A 3ASMA 3P1GA 1N6QA 4A59A 3DLHA 2G8KA 3LDOA 3K5MA 3NH2A 2OZSA 1LAWA 4U67L 3WXJA 5C10A 2QWOA 1YITN 4KHUA 1XNQK 2EWSA 4OJRA 4FJ8A 5M1NA 4QS9A 3MEEA 3SV3A 3CCEN 3T7ZA 4BDZA 4PUOA 2F7TA 5J1EA 3M8RA 1C0GA 4B1XB 4I7FA 3OYNA 3FR0A 4CGDA 1TAQA 2ZJQL 1C6VA 2A6AA 4FM1A 4CEBA 2XRIA 4KHNA 2NRVA 2GELA 1W2BM 1C0TA 4GVEA 1RBSA 1VSDA 1S6QA 1BDGA 2ZM6K 1GLFO 2NRRA 4AQYK 3KKRA 3DRPA 1HNIA 4IXCA 3QB0A 2VCPA 4KI6A 3TAMA 3RTVA 4B9QA 3CF5L 3LWLA 3KD5E 1NGAA 1HNVA 2F9WA 1KFDA 4O8UA 3VEVA 4WQ5A 3CC2N 2YNGA 5CYMA 4PHTX 2PFUA 3THYA 3S3NA 3EL2A 3UKUA 4BREA 3UKUB 3E9LA 4CJVA 5GAGP 1MWKA 1Q9XA 2V7YA 3KLEA 4Z4HA 3D7EO 3LP1A 4JK9A 4NXNK 3H1VX 3EE9A 5JMVA 1F21A 3KWGA 4DR5K 3C6TA 3C6HA 1D5AA 3O3HA 4JN4A 5MLCQ 1GLJO 1OH5A 3MN7A 4JKAA 4FXDA 4DFKA 2YHAA 2YNHA 3LP0A 3OJSA 1NNEA 1UWBA 1HNXK 4CZEA 2YHYA 4PKIA 3RSEA 1G15A 2D5RA 4OKJA 3TTFA 4PA1A 3E66A 4JRPA 3AA5X 1U2VB 3BZCA 3TI0A 3TAPA 3G10A 3NHGA 3A8YA 4MO4A 1Q86O 1HPMA 3ZX3A 3VQ7A 4FWKA 2F8SA 4B1VA 1ZBUA 1KFSA 2HOEA 4DWIA 2CGLA 1KC8O 3L4IA 4CJ3A 3VEOA 3FFIA 4BROA 3MX5A 2GV9A 1DT9A 2FBTA 3VERA 3ZYYX 1E4FT 1NOYA 4BWMA 1VQ6N 1ZBLA 4JKDA 5F2RA 4LY7A 4O55A 4BY9C 3A0IX 4CVNE 5HROA 1NK9A 1EP4A 3D45A 4AHRA 4MDBA 2E2NA 3PIPL 2QWMA 3MXMA 2KQ2A 3LDLA 3M8SA 3TTDA 1K6YA 5HRNA 3BY5A 3V1OA 3OS0A 3CIPA 5AQOA 1Y64A 1NGFA 2D1KA 2HBKA 4IBNA 1KAYA 2KFNA 3NVMA 2GBZA 3CM6A 3H3OB 5FRMA 4KPYA 2Q1NA 1JLBA 4LH4A 3KVGA 4DUYK 2O8FB 1TUYA 4JKBA 3TABA 3T1AA 3FZHA 3ZEUB 3SV4A 4G9ZA 4CEAA 4H0XB 3MCPA 1UA1A 1KQSM 2VQFK 4KH5A 3ID6A 4E7JA 3SQ4A 3FE1A 3DXKB 2JLEA 2HHUA 2EX3A 3HSCA 3ZSRA 2PYJA 4FJKA 3WEEA 3T1YK 4EAHD 3VQAA 4CIFA 3FZLA 3OYMA 1WLJA 4C23A 4ZTFA 4DTNA 4RW6A 1BL3A 2HHVA 2QI2A 2HB5A 3KHYA 4LFAK 2HF4A 4AHUA 1JCGA 3KK7A 4O0JA 3MMVA 4GV6A 1H1VA 1VSFA 1GOBA 2W40A 1QQOA 4BRPA 4BACA 3L4QA 3VQ8A 5M1OA 1TK5A 3QEWA 1QSLA 3KLHA 1U6ZA 4BC3A 2JWKA 2ETJA 1BI4A 3VESA 4DF8A 2RE2A 2ITGA 3WXIA 2O8BB 4N76A 2ASPA 2XY5A 4Y0WA 3IS9A 4W5QA 3NCIA 1Q82O 2D0OA 4PWDA 1YVNA 1IV0A 2ATQA 1N34K 3ITHA 2DFHA 4OPAA 4B3TK 2HBMA 4DUZK 2QK9A 4PL8A 1ZC6A 1YIJN 2O8CA 1U48A 5LY3A 4Z4GA 1HX1A 5I42A 3F5TA 1RBVA 3M8QA 1BISA 5E41A 3SQ2A 1TV6A 5AFUA 4DV6K 3QIOA 3CHWA 3LP3A 3R6MA 4WFNL 1XI1A 3CD6N 1Q9YA 4H4MA 3GDQA 2G8HA 2VGMA 2IVNA 3M5RA 3O9RA 4O5FA 1RNHA 4M3ZA 4JI3K 3UKRA 5GIPA 1ATRA 3AAPA 3P39A 5EOYA 4B8CA 5DMRA 1JCEA 1C1AA 1JCFA 1VHXA 4EP4A 3H3NO 5AQGA 1WBBA 2UXCK 2IC3A 3MWTA 5ELZA 2G8WA 1LWCA 3IKMA 3AVMA 2CH6A 3OYJA 4XH1A 4LF7K 4CBWA 4F4KA 3E01A 5KGXA 3KWIA 3NBPA 1KLMA 4HVJA 4ISGA 1RCHA 1UAXA 1S6PA 3KLGA 5HOOA 1ASUA 1GLEG 1KTQA 4CBXA 3RVCA 1YJ9N 1ATSA 3F9KA 3PX0A 4CE9A 2NRHA 1EO1A 2E6LA 4DV2K 3A5MC 2B4JA 4ISFA 2E2PA 4A62A 3TAEA 4CEFA 4K41A 3RMCA 2IIRA 1IG9A 1JLFA 1T03A 4B08A 1KD1O 3VOVA 2QWQA 5C25A 1OVYA 2E20A 5KGWA 2H3GX 3TANA 4DQIA 2F8TA 1KSPA 3F9MA 2NNWA 3CC7N 5FPDA 5AZIB 3QNNA 4B9TA 2O8EB 5C15A 1VK0A 3C94A 1SS6A 5BPLA 1N36K 3LP2A 5FDLA 1CLQA 3G4SN 4H0VB 1LWEA 2DFEA 3HBTA 4FJIA 3SK3A 3ZETA 4CHQA 4FPAA 3DM2A 1BG3A 3SUPA 3SPZA 3SCXA 1WAFA 4H0TB 3SJHA 1NK0A 4H5NA 4CZIA 3UE5A 1X9JA 1HQUA 3WNEA 4DV0K 4FLWA 1D8YA 5J2MA 1FJGK 3KIOA 1FK9A 1BWFO 4CFBA 2Q31A 2W41A 4CGIA 4N47A 3OHRA 1YJWN 3CFRA 3OS2A 2ASOA 1VRUA 4DSJA 4B9NA 1R59O 1KAXA 4CJKA 3ZT0A 4DCHA 2QA4N 2R7YA 3V1RA 1LCUA 1VQLN 2YKMA 3P4IA 3WNHA 5KQDA 3QERA 3VGKA 3H1QA 2P9LB 4GKJK 1E3MA 3MX2A 3HL8A 3AA2A 4FZZA 4E1MA 4WF9L 1HKCA 1K73O 2QKKA 1L3SA 1J6ZA 4KKOA 4KHSA 3M8PA 1U45A 1NK5A 4BG9A 4ISEA 3SMPA 3ENHA 3LANA 3M1FA 2HBJA 2OPSA 1P90A 2CGKA 4NLBA 1L5UA 1IJJA 1MWMA 1B9FA 1NJYA 1DTTA 2FSJA 4IFEA 2RN2A 1SKRA 4NCGA 1EQYA 5CZ1A 3DLGA 3AO2A 3K57A 4MLHA 1T6DA 3KJVA 3HVRA 3CETA 5FPNA 2D0PA 4IDKA 5AQPA 1RDDA 2HVHA 4KTWA 5KPTA 3VA3A 3B6OA 2HHWA 3I8BA 2FBYA 3Q7CA 4AILC 3BP8A 2O8FA 5GAEP 3AA4A 4CZLA 3N4QA 2VQEK 3AVFA 3K5OA 4KI4A 4M3XA 1NOZA 3E9PA 3QBWA 1VQON 3HSTB 1LOTB 2BUPA 4LF8K 4PY5A 5AQUA 2HSTA 4FLZA 1VSJA 2E2OA 3DXMA 4BRLA 4YNQA 4CF1A 1NKEA 1JLAA 4X62K 4CJFA 1BOTO 4JI0K 4CGJA 4FK4A 3ZX2A 4YOYA 2Q2RA 1JLEA 3O4NA 2E5LK 3OA9A 4B9VA 4CZGA 1J54A 1RDUA 5BRFA 4YHHK 3QMLA 5C42A 2IAJA 2P9KB 1P8ZA 1YF5L 4CF2A 2YHXA 1WBDA 2B6AA 3ZCMA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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