2OTJN

13-deoxytedanolide bound to the large subunit of haloarcula marismortui
Total Genus 46
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
46
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Ribosome
molecule keywords 23S ribosomal RNA
publication title The Structures of Antibiotics Bound to the E Site Region of the 50 S Ribosomal Subunit of Haloarcula marismortui: 13-Deoxytedanolide and Girodazole.
pubmed doi rcsb
total genus 46
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2007-02-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
N PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2otjN00
1W2BM 1KQSM 5GADP 2ZJPL 1Q82O 3I56N 5GAGP 1OVYA 1K8AO 3CCVN 1KD1O 5GAEP 4UY8O 3CD6N 3CCSN 1VQKN 5DM6L 3CCMN 3G6EN 2QA4N 3PIOL 3CC4N 2ZJQL 1VQ6N 4U67L 3I55N 1YITN 3CCRN 1YJNN 5H1SQ 3CXCM 1NJIO 4IOAL 4IOCL 3G4SN 3CF5L 2OTLN 3CMAN 1VQ9N 1M1KO 1Q81O 3CCLN 3PIPL 1K9MO 2ZJRL 1JJ2M 1YI2N 3CCJN 1VQPN 4WFNL 1VQ8N 1Q7YO 3CCUN 1VQ4N 1N8RO 1KC8O 5JVGL 3CC7N 5DM7L 3CMEN 1S72N 1VQLN 3CPWM 3OW2M 3G71N 3CCQN 5HL7L 1VQ5N 1YIJN 5JVHL 4WCEL 1K73O 5GAHP 1QVGM 1VQNN 5MLCQ 3DLLL 1Q86O 4WF9L 2QEXN 1VQ7N 1QVFM 4IO9L 1M90O 3CC2N 1VQMN 1VQON 3J7ZO 3CCEN 2OTJN 1YJ9N 1YHQN 4WFAL 4WFBL 1ILYA 1YJWN
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3ATVA 4C8KA 4WE1A 4IFEA 1SL1A 3AO1A 4DUZK 3KHYA 3WXJA 2Z1GA 1OVYA 3UKRA 4OPJA 1NOYA 1R59O 5GAEP 3HJFA 2PFUA 1D4XA 1XHXA 3THXB 2OYQA 3CC4N 2RE2A 2UXCK 3WNEA 3ULEA 1RDWX 2YV0X 5AQOA 4A2AA 3RMDA 5TKWA 3K2PA 1TYQB 3AO4A 3AVFA 3NGYA 4FLWA 3UKUA 3S3NA 4RWTA 3DLBA 3O4NA 4FJHA 4ELTA 2NNWA 2OPPA 4ILHA 1VAZA 3OY9A 4I7FA 3F2KA 2JLEA 1TK8A 2O8FA 4DQPA 3VA0A 4FJ9A 5AQYA 3PIPL 3RMBA 5JS1A 4MFBA 4DS5A 1JJ2M 4CJ7A 1C0TA 1U4BA 4IG3A 1S1TA 3TTDA 4KB0A 3GBTA 1ATRA 3K58A 5KPRA 2QTDA 4CJ5A 4DFPA 2IC3A 3C6TA 3MCPA 3T69A 4Q5VA 3DLKA 4CIEA 3RR7A 2HBKA 2WOMA 3P4IA 3VGKA 3SV4A 2O4GA 3M8PA 1RGIA 4BWJA 1VK0A 1SKRA 4KHQA 3EO3A 3MN9A 3SQ0A 1EKEA 4RG8A 4A5BA 4DR5K 2UUAK 3VQ6A 1NK7A 2QI2A 1Z05A 2E1YA 2E6LA 3ZX2A 3GE1A 1VQNN 2NRZA 4MO5A 3GDQA 3B8AX 1NGBA 2V7YA 5C15A 2ZGZA 1ASWA 1RDUA 2E6MA 5KGWA 3VETA 1FXXA 4H5VA 4ISEA 3J8AA 1NM1A 4CJ4A 3AA4A 4CZFA 3QB0A 1VQON 4DR2K 4O5BA 1ATNA 2HHTA 4ILJA 3L2QA 4CW7B 5I9EB 4I6MB 3OYCA 3QIOA 1C0MA 5CYMA 3U9ZA 4BRFA 4C1NK 4KREA 1RT3A 3HBTA 3O3FA 4W5RA 4QCLA 3L8BA 3WNFA 3OYBA 2ZJPL 2F4VK 3MN7A 2P9UB 3J81O 4E0DA 3CCVN 3NDKA 3CCSN 4L8RB 2XHBA 4B3RK 1BISA 2JGUA 2ZJQL 1GOBA 1XUPO 3BF3A 1HPMA 3EKUA 4DV1K 2XY8A 4J2EA 3ULDA 1SL2A 5C42A 2D0BA 2D1KA 5HROA 4BRHA 1TAUA 3L2RA 1RTJA 3A0IX 4FLZA 4C23A 3A5MC 4GV3A 3CMAN 1XI1A 1T03A 4QOZB 3MX5A 3LP3A 3THYB 2J4RA 4H0PA 3HSCA 3EZWA 3FZFA 1LCUA 3FZKA 3LM2A 3SUQA 4FWPA 4JLHA 2HF3A 4BRPA 1W7AA 1YI2N 1KRPA 3D45A 4OKJA 1C1AA 5M1PA 1H1VA 2HNZA 3E66A 4BRIA 4TSXA 3ZSOA 2RN2A 3AY9A 2OA8A 3CFRA 3SAFA 1RDDA 4PQUA 2NUBA 1NGAA 1G15A 3CHWA 1JLAA 3KJVA 2Q0RA 2VQEK 4DTOA 4BC4A 2IIRA 3VEVA 1T3VA 2BDPA 5CE3A 3JXUA 2P9SA 4DCHA 3VEWA 3NH2A 4JK9A 1L3UA 1J6ZA 3SQ2A 1QVGM 3E01A 4FJKA 4K25A 4M3ZA 3P83D 1YT3A 5MLCQ 1RNHA 2HBLA 1JCGA 3D6RA 1TV6A 3D2EA 3KK3A 4O8UA 4PWDA 4Q0BA 4MQ3A 1B92A 1U2VB 3IRXA 4FJ8A 2EWSA 1JL2A 1NNEA 3A5OC 5ELZA 3BGRA 3LZJA 1YJ9N 4PL7A 3HM9A 3FZLA 3QMLA 4E7KA 1J54A 1W97L 2F96A 3EE8A 2QWPA 2IVPA 2FXUA 5GADP 3VQPA 2ASMA 4YOUA 2CH5A 5FPMA 4DTNA 4CEZA 4FJXA 4RTFD 3KLGA 5M1QA 3VA3A 4FM0A 1VSMA 4CJLA 3HT3A 3BZKA 1KVAA 3NF8A 4BR9A 4B9TA 5KRSA 4N47A 1UA0A 3M6GA 3VEOA 1NJIO 3C6AA 1RTHA 5M1FA 5GIOA 3LZIA 4O0JA 4CHOA 4O55A 4JI7K 3CETA 3O80A 4NLBA 4FJMA 4BRDA 4CGGA 1IV0A 2DFFA 1NLVA 3VQEA 1TUUA 4E1JA 3IS9A 3MCAB 1OVQA 4O5FA 4H0YB 4DSLA 3CIPA 5C10A 2HOEA 3O9TA 2FSNA 3V81A 4CJKA 1UOCA 3ZSRA 1OKJA 5LJWA 3KK2A 5E84A 4DV0K 3LDQA 1BHLA 1D5AA 5LY3A 3DOLA 3M3ZA 4ID5A 1O13A 4BDZA 4DTMA 2EX3A 2F8SA 4CEOA 1B9FA 1WSFA 2CGJA 3TPQA 1S1UA 3CJAA 3GOIA 1HLUA 1OH8A 3DXKA 2PZSA 1ZXOA 3F9MA 3MEEA 5FDLA 5AQFA 4HTUA 1K73O 3ZSWA 4FOIA 3ZSQA 4CJFA 3P5JA 4HCBA 2BE2A 2IGIA 1S1XA 2OPQA 3DM2A 4JEPA 1A5WA 4WF9L 4BRKA 3K9KA 4DF8A 4DTJA 2G8WA 1VQMN 1RBRA 2IVOA 4ISFA 4FPAA 4DV4K 1S1VA 1GLJO 2FBXA 2IOCA 3I0SA 3NGIA 1CZAN 4FM1A 4FK4A 1C0UA 4BR4A 4M3TA 4OO1J 3E1YA 3DLGA 4KBOA 3I8BA 1LV5A 3QFPA 2O8BA 3LDLA 1TK0A 4CI6A 3S3MA 2D0OA 4V19S 4CZHA 4CFDA 4YOTA 3OYGA 1Y97A 3PIOL 4DR3K 1RT1A 2D4WA 2E2NA 5E26A 1NOZA 3IMXA 2P9KB 3L3UA 4I9QA 1YUWA 4Z4FA 4BE2A 1J5OA 3AVNA 1NJYA 1WB9A 2KLAA 4CERA 1P8ZA 4B1XB 2UXDK 4IDKA 1VQ9N 4HWIA 4B9MA 4CHYA 3SQ4A 1CZBA 3A5LC 3FGUA 4FZXC 4LFCK 1T44A 2P9NB 2Q3SA 1TKTA 3H45C 1NGIA 2BTFA 1EX4A 5CZ1A 3LWLA 5HRNA 4DTPA 4CJEA 5FROA 2VG5A 4R5PA 1KLNA 2G8UA 3R1XA 3ZLJA 4DQIA 2Q0UA 2D0CA 4JYAK 3V1RA 5JVGL 1N36K 3NMUA 2FC0A 2ZGYA 4M41A 4JD2B 2D0AA 3ENBA 4FWMA 2UUBK 4OGEA 4JAXA 1RT2A 4LF7K 5AZJB 3GL1A 4RW9A 4CEQA 3WQTA 4IBNA 4FYDA 4IOXA 4B3TK 4JKDA 3VF6A 2FBTA 4M42A 3O3HA 4B9LA 3O9SA 4BY9C 3LDOA 4A57A 3MECA 5BRHA 4HHTA 4RCHA 1RFQA 4DSEA 1ILYA 4M63C 3AO5A 3VN5A 3I33A 3G25A 4BR7A 4HVJA 3HL8A 2YJFA 2FLOA 2IVNA 3ATUA 4GVEA 4JKGB 2YHBA 1NMNA 3OYLA 3O6WA 2G8FA 1HYVA 1BG3A 3TAPA 1MWMA 2PYLA 3EKSA 4FLXA 4K8ZA 4CK2A 3QERA 4FVMA 1HNZK 1BA0A 5J2QA 1X1PA 2ASPA 3HSTB 3ZYYX 1JLCA 4QAGA 5AQZA 2YKNA 3O9UA 2PAVA 3QBWA 1RDCA 3SYZA 4IWVA 4BDPA 3TAEA 3MX2A 1BO5O 3SBGA 4CD3A 1FJGK 5SZTA 2ZJRL 2P9PB 1ZC6A 4C8MA 2V51B 4CHQA 4FLTA 3HYFA 1QSSA 1D9FA 3PSIA 3K57A 1S5JA 2JWLA 3CG7A 2O4IA 4H0XB 3PX4A 4HUGA 3QEWA 4BG8A 4GVMA 3TANA 1SS6A 4OJRA 5GINA 4X62K 3KWIA 3HXMA 1K8KB 3SQ1A 1YVNA 4FJNA 2GUIA 2AJQA 1MDUB 3PX6A 4KI6A 1QQMA 3EL2A 2UUCK 4KHPK 4JKBA 2HF4A 3LL3A 2P9LA 3T7ZA 4YDUC 4E1MA 4AHCA 4HCCA 3CPEA 2QWRA 1VQ7N 2WFBA 4WQ4C 4CBUA 1V4TA 4Z4IA 5AJ3K 3ALYA 1IO2A 3A5NC 4DQSA 3L4QA 4CEDA 2ZD1A 3EEQA 2HVIA 3V1QA 4PA1A 2HNYA 1KQSM 3CJ1A 2Z1IA 4YY3K 4KB1A 2NRWA 3FE1A 3LANA 1K8AO 4FJJA 3CYMA 2OZMA 3VQ7A 3AO2A 4O8KA 1U6ZA 1L3TA 3BEXA 3G6EN 1E4GT 2YNFA 4KFBA 3J7AP 2LSNA 3O9QA 4GNIA 4EHTA 4E7IA 2EHGA 2A40A 3KZBA 4YOXA 3CQ8A 3LDSA 2GV9A 3LAMA 3DAWA 3KD5E 5LL6Z 2XY6A 3W0LA 1TKZA 3V1OA 2FBVA 4CE9A 4FSVA 3VPZA 4YOYA 1VSEA 3WQUA 5HOOA 4FOEA 3ENHA 3VEZA 1X9MA 3AVAA 4CFCA 3EYZA 4DFJA 1QHTA 4CK1A 1BU6O 3FZMA 3ZT0A 5I3UA 1BI4B 3D2EB 3HPGA 3AA2A 3DMJA 3RWUA 2E88A 1Y64A 1S72N 1VQLN 1J9AA 5K14A 4B8AB 3SAGA 3LWMA 3H1VX 3TSUA 1TL3A 5C25A 2BANA 4DLEA 2W41A 4XIUA 2HMPA 3OS2A 4F3OA 2KZMA 2KFNA 3RVCA 5ADXA 5BR8K 1HNWK 2E8AA 2YJEA 4DSFA 2ZM6K 4PKIA 1NGHA 2ITGA 5TKYA 1FK9A 4PHTX 3KTQA 4K42A 4MDAA 4FLVA 4FW1A 1JLEA 4LFAK 2ZQBA 3NHGA 1BQMA 4IO8A 1LAWA 1QHAA 3JYTA 3P39A 2BH1A 4CF2A 3W3DA 1YHQN 2A6AA 3ID6A 5LJVA 3C0BA 4CIFA 1NK0A 3AVMA 4BR5A 5AQLA 2QM1A 3MMVA 3ZCMA 3C95A 3KWGA 3TAFA 2A3ZA 4AF1A 5BN8A 1C6VA 1EXQA 4A2BA 3BY5A 5LMNK 2VWBA 2ZF5O 4DTUA 1NK4A 1BGXT 1RCHA 4CJTA 4IKFA 1HJRA 2QKBA 4FJLA 3LDNA 4JI4K 3AVHA 3DLEA 3MK6A 4ID1A 3DLRA 4J2BA 3S3OA 1SZ2A 4A5AA 2OTLN 4LF5K 3BP8A 4C1NI 3NH1A 3MDQA 3MXIA 2YX6A 4K41A 1IKVA 2GELA 4JRPA 1U45A 4JI8K 4KHSA 4AM6A 4O4GA 4OKKA 1T7PA 3DXKB 4FJIA 5D3GA 1VQPN 3OHRA 4FCYA 4AILC 3CCUN 4EIAA 3MXJA 1VQ4N 3O1BA 4B3SK 2UYTA 4B9UA 2O8EA 3PX0A 3JAMO 1TL1A 3L4IA 4F3TA 4FPBA 1NK9A 1RBVA 3O1WA 1QSYA 1I39A 4CCHA 5AQKA 1VSLA 2GUPA 3SUNA 4BACA 2OZSA 2E1ZA 3SPZA 1BL3A 4XH4A 1YTUA 3O8MA 4PKGA 4BVPA 1U48A 3V9UA 1IKXA 1A5XA 2E20A 4B9QA 1NG9A 4DR4K 5CYQA 1RBUA 4Y1DA 1EETA 5EVZA 5AZIA 2HBMA 1OH5A 4XH1A 1Q86O 3NVMA 3WEEA 1KAZA 1MU2A 1S9GA 3SI6A 4IJNA 2QEXN 2RHKA 2GX9A 3LDPA 1W9HA 1BUPA 2WUSA 1YTAA 3T1YK 1QZ6A 4Z94A 4Y1CA 4F2RA 1S9EA 3EE9A 4FO0A 3EN9A 4WFBL 1W0HA 5KGXA 3RSEA 3HP9A 2B5JA 4BRGA 1W2BM 1D9DA 4M3YA 4KRFA 3VENA 4DTSA 4AHSA 4CZEA 2GEMA 4EP4A 4LH4A 4Z0UA 4M3RA 1BIZA 2HHUA 1V4SA 4KTZA 4CJPA 4GMJB 1NK8A 2NRTA 3P1GA 3THXA 4LF8K 5AQPA 3D2FA 4JN4A 4KAZA 1T05A 5FPDA 1S22A 4FJGA 2E2OA 3VQ4A 4DB3A 5H1SQ 2DPNA 4GV9A 3U3YA 2DY4A 1TYQA 3DRSA 4FWSA 3SUOA 4NCAA 1RTIA 1RBTA 5IT9O 4DR1K 5B8HA 2O8DB 3QESA 4H5WA 3ZSZA 1J5EK 1S1WA 4KO0A 1XWLA 4JHDB 3OYJA 4B9NA 2FF6A 3OYMA 3OYKA 1HQUA 4NB4A 3TI0A 1HMVA 3VOVA 4BGBA 2QK9A 3RMCA 4DSJA 2V7ZA 4EFHA 1ZBIA 4DU3A 3CMEN 3U3GA 3C7NB 5BR9A 1R0AA 2RPIA 3LP2A 5M1OA 4DG1A 2YHYA 3AA3A 2HHVA 3ZETB 4BRNA 3SCXA 1GOAA 4J2AA 4LFBK 3K0SA 2OCEA 2ATQA 4KH6A 1QS4A 4I9LA 2Z1JA 2E2PA 4OLAA 4RW7A 4LC9B 1YAGA 3AVBA 1QQNA 5AQVA 2VG7A 2G8HA 2OPRA 1ITGA 3DLLL 4AHVA 1UAXA 4K0KK 4NYFA 1QVFM 4CIGA 4IO9L 2PBDA 2D5RA 3B6OA 1JCEA 4O0IA 2V52B 5EX5A 3U8XA 3R3LA 2KTQA 4CHNA 3RRHA 3FFIA 4BROA 1S6QA 2O8CB 4BE1A 2UU9K 2KQ2A 4I6MA 1DTQA 5BRDA 3UB5A 3CJBA 1EWRA 2CGLA 4DU1A 4J2DA 1BCOA 4YHHK 4DFKA 3V6DA 1IBLK 4FWLA 4QS9A 3ZX0A 4CF1A 3L2WA 5EU7A 1KCFA 3KKSA 4E89A 3H6EA 2P9UA 3TSQA 3SV3A 4DKWA 1CZ9A 2NLXA 4IXCA 3ZEUB 4DR7K 1LW0A 3IG1A 3OS1A 4JK8A 3NAEA 3HK2A 4U67L 3AVJA 3A2FA 4CGJA 2HVHA 4AQYK 4U7BA 3GG4A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 4OX9 K;  4YNQ A;  2ASO A;  5HRR A;  1NKC A;  2YHA A;  1NBW A;  3O4Q A;  4H0O A;  1K9M O;  4Z4E A;  3THW A;  1WAJ A;  5CZ2 A;  2VQF K;  3JS6 A;  2F7T A;  5AQR A;  4NCG A;  3AA5 X;  4JKE A;  3B6P A;  4A61 A;  3WXK A;  1XMO K;  3T1H K;  3KLH A;  2VGN A;  4CJU A;  5IWA K;  5DM7 L;  4BE0 A;  2W42 A;  4DSI A;  1WN7 A;  2YNH A;  4FZZ A;  3E9O A;  4CFB A;  2QXL A;  1CXQ A;  3VES A;  3QEV A;  3VTH A;  3CJ7 A;  1N6Q A;  4N41 A;  3WNG A;  1IBK K;  1BDG A;  4PY5 A;  3T19 A;  3DYA A;  5AZI B;  4JKC A;  4ISG A;  3SK3 A;  4DMN A;  3MEG A;  4DUY K;  1WBB A;  3WEE B;  1SUQ A;  1G99 A;  3FFK B;  2FSK A;  3CM6 A;  1QQO A;  2IS3 A;  4H4M A;  3NF7 A;  4CJV A;  5C12 A;  2BGG A;  1ZBH A;  1VRT A;  2AP1 A;  4BC5 A;  2W40 A;  1L3V A;  2A42 A;  4CVN E;  1RT4 A;  3VGL A;  2GTD A;  3PLA A;  4EAH D;  1GLF O;  4E19 A;  2B6A A;  3RSE B;  2HBJ A;  1JLB A;  1T6C A;  4WFA L;  3KLE A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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