2OTJN

13-deoxytedanolide bound to the large subunit of haloarcula marismortui
Total Genus 46
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
46
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords 23S ribosomal RNA
publication title The Structures of Antibiotics Bound to the E Site Region of the 50 S Ribosomal Subunit of Haloarcula marismortui: 13-Deoxytedanolide and Girodazole.
pubmed doi rcsb
molecule tags Ribosome
total genus 46
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2007-02-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
N PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2otjN00
1YJNN 1YHQN 3CCQN 1KQSM 4U67L 1VQPN 5GAEP 3CCVN 1VQ7N 1QVGM 1VQKN 1YI2N 2QA4N 3I56N 3CF5L 3PIOL 3PIPL 1YJ9N 2ZJPL 3CCUN 1JJ2M 3CCSN 1OVYA 1VQ4N 2QEXN 4WFBL 3CMAN 3J7ZO 1YITN 1Q86O 3CC4N 4IOAL 4UY8O 3CC7N 2ZJRL 3CC2N 1KC8O 1Q7YO 1YIJN 2OTLN 5JVGL 3CCEN 3CXCM 5GAGP 1M1KO 1K73O 1YJWN 3CCMN 3OW2M 1N8RO 4WCEL 5GAHP 1W2BM 1VQ9N 4IO9L 3CMEN 4IOCL 1KD1O 3G4SN 1NJIO 1K9MO 1VQ5N 2OTJN 4WF9L 1VQMN 1QVFM 1VQLN 1Q82O 3CCRN 3CCJN 2ZJQL 1VQ6N 5MLCQ 3CD6N 1ILYA 1VQNN 5H1SQ 1S72N 3CPWM 1K8AO 3CCLN 3G6EN 1M90O 3G71N 5GADP 5DM7L 5DM6L 3I55N 5HL7L 3DLLL 1Q81O 4WFNL 1VQON 5JVHL 1VQ8N 4WFAL
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2CGLA 3HZ6A 4KHPK 4PA1A 5AQRA 4M3UA 1RILA 5BN8A 1N32K 1C0GA 2A41A 4FLXA 3S3MA 3IS9A 4FO0A 4AHRA 2HHWA 1EETA 3OS0A 3GBTA 4OO1J 3I56N 5F2RA 3AO4A 4CEAA 4IFYA 5A2QO 4YOXA 4EHTA 4DR6K 3HVTA 1QQNA 2A42A 4CW7B 3F5TA 3F2KA 1RDWX 3THVA 3HXMA 1S1VA 1YT3A 4CVNE 2KW4A 1KAYA 1B92A 2HMPA 4RTFD 3CC7N 4PKIA 2ZF5O 2W42A 4FW1A 1WSGA 3OY9A 1HRHA 3NDKA 3SQ4A 3I0SA 1O1WA 4I6MA 4JK8A 1RDDA 3CXCM 3H08A 3O3FA 3P38A 1P8ZA 4MO4A 3ALYA 3CCMN 3CG7A 1C1BA 4W5RA 4IOXA 1N8RO 5GAHP 5LJVA 1RCHA 3G0ZA 2OZSA 4AM6A 4Y0WA 2Q3SA 3SPYA 3EE9A 3D0PA 5CHIA 4X64K 2NRHA 1K9MO 2DTUA 1VQMN 3E1YA 1FJGK 3KLGA 1OKJA 2YHYA 1S1TA 1SAZA 1DTQA 1FKPA 4JKEA 1JLGA 3UKRA 4CFAA 3E66A 2P9PA 3PX6A 3QBXA 1DLOA 1TK5A 2HMIA 3H1VX 3LP0A 2F9WA 4DF8A 4IJNA 4CZJA 3AY9A 4IFVA 3T3FA 4WFNL 5KPTA 4O8KA 2NRZA 3E9LA 4XH1A 1LV5A 4IBNA 2IGIA 2ZGYA 5JMVA 2BDPA 4FJKA 1S1XA 2CH5A 4EZ9A 3CJ7A 3NCIA 3LDOA 3DLEA 3UKUA 3U3YA 4FJ9A 4BGBA 5GAEP 1K6YA 3WT0A 3THWB 4H0XB 2PYLA 4W5TA 5AQXA 5KI6A 4JYAK 2FBYA 1JLEA 3AA3A 1J54A 3H6EA 4DTMA 4OLBA 1RT6A 1ZBUA 4QS7A 3AVMA 1VSFA 1OVYA 1RT1A 2QEXN 4FWNA 3ZEUB 1TKZA 1X9JA 2O8BA 1WBBA 3S41A 4EIAA 2Z1HA 3AO5A 4E89A 1KFDA 4QCLA 1RTHA 3EO3A 4IKFA 4BQZA 1OH7A 2E6LA 2W40A 1OH5A 4NB4A 1Z25A 3K5MA 2OZMA 1UA1A 1A5VA 3UIQA 4JRPA 1Q7YO 4GV6A 3SPZA 3SBTA 4DSLA 4O55A 4PY5A 1NWKA 1D5AA 5M1FA 3KD1E 3HJFA 3IAYA 2HBKA 1Q8IA 2Q1NA 1RT4A 4B3RK 3K5LA 2HNZA 4R5PA 2Q31A 1KD1O 3A8YA 4B8AB 3ZLJA 3O80A 1X3MA 4CERA 3ZETA 2HHUA 4C8LA 3LAMA 2DFHA 3OYDA 2VYPA 2GX9A 1IO2A 2YX6A 3DOLA 1GOBA 4DQPA 4JHDB 1NJXA 1YAGA 3DRRA 3LZIA 1RTDA 3J8AA 1TK0A 3DAWA 5GADP 1TYQA 4I6MB 4PKGA 4BRMA 4M7YA 4FK2A 3AARA 2E88A 4B9MA 1BU6O 2X74A 1SZ2A 4RW9A 4CZEA 4XH5A 4LFAK 3NH0A 3CI5A 1TKTA 4CECA 2RF2A 4DQSA 4IDKA 1T6DA 2HF4A 1YUWA 4ELUA 4IJAA 3NH2A 4FJGA 3ATVA 4FXDA 1NGJA 1RT5A 1X3NA 3MN7A 4B8CA 2ATQA 2D5RA 3B8AX 5J2MA 2VGMA 4C8OA 3QMLA 3HM8A 3ITHA 4LH4A 1XI1A 3MK6A 1HNVA 2KFZA 1WSFA 4H4OA 3TSUA 3MAQA 2A40A 4A62A 4K42A 1N34K 4KHWA 4GVEA 3OYMA 1GOCA 4G9ZA 2NRWA 3FZLA 2HNYA 5BR9A 5M1NA 3VEWA 1KTQA 4BRPA 5AZJB 3UKUB 3V6DA 1C1CA 5KPZA 4CGDA 4ELTA 2E5LK 1FKOA 1TAQA 1S6PA 4YOTA 4EZ6A 3VQEA 3BGRA 1RDCA 4BY9C 4Z94A 4CGHA 2KTQA 4FVMA 1HKGA 3OBWA 3M1FA 3CJ9A 4CJSA 3FE1A 4B9TA 4LD0A 3AVIA 1QVFM 3OHRA 3CCRN 5K14A 2WONA 1JLCA 5D3GA 2HBMA 4B9LA 1QS4A 3AO1A 1KAZA 4B3MK 1NK9A 5DMRA 2IVOA 3THYA 4BRDA 3IRXA 3VF4A 1EWRA 3MEDA 4NXNK 3HP6A 3NHGA 4LF4K 3OYKA 5KPRA 4CEOA 3QFUA 3RSEA 3HO1A 3OYIA 1ASWA 4JKDA 3OS1A 2E20A 4PWDA 3VQ5A 4CFDA 3ZETB 4KB1A 4LF6K 1T44A 1Y64A 3A5LC 4JI4K 3CETA 3P83D 3CQXA 4IG3A 4O8UA 3AO2A 2IAJA 4ISEA 3QICA 2PY5A 5JICA 3C6AA 5ADXA 3UB5A 1IG8A 4O5BA 1TYQB 1IBMK 2KZMA 2WBNA 4HWIA 5AFUA 5J1EA 1L3VA 2UU9K 1GLFO 3VPZA 2D0BA 5M1PA 4N76A 2EX3A 4UY8O 3KIOA 1S3XA 5CYQA 4A59A 3AVCA 4CBXA 4QS8A 1YIJN 3HSTB 1HYSA 2YJEA 1V4TA 3A0IX 4AHUA 3CCEN 4NO7A 5LMNK 3LWMA 2NRVA 4KV8A 1RBUA 2OYQA 2FSKA 5AZIA 3D6RA 5IT9O 1VQ9N 2BE2A 2AJQA 4AQYK 4DF4A 3NF7A 3L2UA 3RR7A 4IOCL 1HMVA 2HNDA 3LP2A 2WOMA 4E1MA 4BC2A 3BY5A 4H0PA 3NGZA 3SI6A 3HOSA 1LW0A 2WTUA 3O9UA 3NVKA 2CH6A 3DOKA 4H5RA 4BRAA 3VN5A 3KLHA 3KJVA 4F4KA 3DLBA 4CEBA 2QKKA 3WNFA 3HBTA 2QWQA 2VWBA 3AGRA 4BE0A 3GOIA 3BEXA 4FWQA 1EKEA 1J6ZA 3J80O 4M42A 1JLAA 1KAXA 5B8HA 4F3TA 2XY5A 2ZM6K 3SLCA 3CJBA 5C0YA 2WC9A 1NJWA 1X1PA 3O4NA 3SAHA 3HI0A 1XC3A 5KRSA 1DEJA 2FLOA 4CIGA 1L5UA 4FJNA 2HVIA 1U48A 2DFEA 3R3LA 5ELZA 2GELA 3HPGA 4BWMA 4J2DA 2XO7A 4MDBA 2E4LA 4GV3A 3VQCA 4DV0K 3R9PA 3ATUA 4YY3K 3RRHA 4FWSA 4Z4CA 3NGYA 5KQDA 1VK0A 1HKCA 2YV0X 3OYCA 3CCUN 4FJMA 2ASOA 1JCGA 5BPNA 5FPDA 3TTDA 3THYB 4JK7A 1I94K 4HCCA 2AA4A 1JL1A 3L2QA 1RT7A 3V1QA 2ZJRL 2BH1A 1MWMA 3RSEB 4E1NA 4IG0A 1JCEA 4W5OA 5AQIA 3BP8A 1RBTA 5EX5A 1U45A 3NVMA 2KQ2A 1L3SA 4HUGA 3L2VA 1BI4A 3AVLA 3QNNA 3MCAB 3CFRA 1NGFA 1G99A 3A5OC 1LCUA 1IG9A 4O44A 4OX9K 3AGKA 4W5QA 3G4SN 1MA9B 2IVNA 4G1QA 4I2PA 3VQDA 1VQ5N 1BCMA 4WF9L 3V9WA 1CXUA 2YKMA 4MO5A 2RPIA 3ID6A 3DRSA 4RCHA 5AQKA 2RHKA 5MLCQ 1RDUA 4JI8K 2PBDA 3TANA 4JI2K 3ZSOA 3ZT4A 3SJJA 1BHLA 3I33A 1SKSA 4A57A 3CCLN 3DYAA 4DR1K 1NKCA 3JYTA 4I9QA 5HRPA 3VETA 4BC5A 2G8VA 4CHQA 4BACA 4FL9A 4GVMA 4FLWA 2CGKA 1NKEA 3P5JA 3OVNA 3ISNC 4NCBA 4AHSA 2VGNA 4KH5A 5E26A 2YI1A 1HLUA 5AZIB 5BR8K 3K58A 3P4IA 4H4MA 3ULEA 4O4GA 3E9PA 3V1OA 5AQFA 1R59O 3RMBA 2A1RA 4IZ9A 4M3RA 4LH5A 4H5WA 3LDSA 2VG7A 1BQMA 3PLAA 4ZHRA 1NBWA 3O9QA 4DR3K 3PX4A 2QXFA 4FJ8A 4LC9B 5AQZA 1KCFA 3PIOL 5C10A 1N6QA 1T7PA 3IFRA 1WB9A 5GINA 1ZBSA 4DU1A 4DU3A 3QERA 3MXJA 3OYEA 2R7YA 3HRGA 2HBLA 3EKSA 3Q7BA 3QEIA 4Z4IA 2XY7A 5EXWA 1FXXA 2QM1A 4DMNA 1D8YA 3PSFA 4DSKA 1BDGA 3PO4A 1YVNA 3K2PA 5KTQA 4CK1A 3OYJA 4Z0UA 2YHXA 1WSJA 3VF2A 4IOAL 3MXIA 2D1KA 4CJ3A 1GLBG 1NK7A 2GBZA 1WSIA 4OGCA 3VQ7A 2KZZA 3J81O 1T3VA 2VG6A 1BA0A 5GAGP 4BR4A 2I7PA 3I8DA 4M3YA 4HTLA 3OJUA 4B1YB 4F8RA 3LM2A 1SV5A 4LFBK 3GE1A 1ATRA 3TAFA 1ITGA 2YKNA 2FC0A 1GLEG 5LMUK 4DTSA 3ENOA 3MN9A 1HQUA 2KLAA 3SUPA 4HUFA 1O13A 1VHXA 5AQGA 4GY2B 5J2NA 3OYNA 4DB3A 3S3NA 4W5NA 3CJ1A 1HJRA 3VEVA 4JI6K 3T19A 2ZJQL 3CD6N 2YHWA 4C8KA 4EP5A 4H5TA 4DFMA 2X6NA 3L4QA 5SZTA 5J2PA 3SUNA 4NLCA 1S72N 3VQ9A 3V4IA 2P9LB 3LDPA 4B9NA 4A2AA 3ZT0A 1DTTA 4B1ZA 5AR0A 3L0QA 4IEEA 4JD2A 3DLHA 4M63C 4DQ8A 1BI4B 4CIFA 4E7JA 1HJOA 4V19S 2HB5A 1SL1A 3BF1A 3AA4A 4ICLA 5CY4A 4AHCA 4OPKA 4DUYK 1TKXA 3CCQN 2RE2A 4BROA 4CHNA 2P9SB 3C7NA 3HVRA 4Z4GA 3VENA 1ZBHA 1OVQA 4BRIA 1QVGM 3D2FA 2V7ZA 4B9QA 3CF5L 2O8DA 1Q18A 2GEMA 5AQPA 3KD5E 1KFSA 4YOWA 3NE6A 5LL6Z 4CJKA 2Q36A 3M6GA 1GLDG 2VQEK 5M1QA 1VQ4N 3NGIA 1I39A 4RWTA 4BVOA 2G8KA 3DLRA 5DK5A 2GWKA 2F9TA 3CPEA 2BUPA 4CZHA 1E4GT 4CJ4A 4IWVA 1NJZA 3OYGA 4FPBA 3FLCO 4MQ3A 3TPQA 3NFAA 1RNHA 1J53A 4JRQA 4M3WA 4Z4HA 2V51B 3ULEB 2PYJA 3A5NC 5JVGL 3KK1A 3SUOA 4DTRA 3SMSA 3QIPA 4E3SA 2FBXA 3L6QA 1WBDA 1TUYA 4BG8A 1IV0A 4X62K 1X9MA 4DV7K 4IXCA 3OS2A 4KBOA 2Y1IA 5BPMA 4DUZK 3UE5A 1QSSA 5AQQA 2E1YA 4DS5A 1R0AA 1NGAA 3SZ2A 1GLJO 2Z1IA 3JS6A 5GIOA 1NM1A 2IIRA 4FVUA 4EAHD 5BRFA 1Q82O 4OJRA 1EO1A 4BR5A 4I7FA 4ELVA 1NJYA 4PUOA 1EWQA 4YDUC 1HPZA 3ZSRA 3AVGA 3J7AP 3RMDA 1I3AA 3RR8A 4FWPA 2G8IA 1NK4A 3TSQA 1YXQA 3VEZA 1MWKA 1CZAN 1EX4A 4DV5K 1D4XA 1QZ5A 1TUUA 4A5AA 3PV8A 4BC4A 1JKHA 5HRSA 5KGXA 1E3MA 2XRIA 3RVCA 3K5OA 5C25A 2O8CA 3C65A 4K8XA 2IDOA 4E1JA 3FZHA 3P1GA 1QHTA 4DLGA 4DTOA 4CD3A 3KZBA 4CGGA 3T7ZA 3H3OB 2G8WA 3DI6A 3KKSA 3W0LA 2X78A 3WXJA 1D9DA 3WXMB 5HRNA 2ZJPL 4MLHA 3B6OA 1TGOA 3T69A 2B5JA 1XNRK 4FLVA 1DKGD 1C0UA 2GUIA 4WFBL 3L4IA 3J7ZO 1RBSA 2HF3A 3ENBA 4NYNA 1HX1A 3BZKA 3MDQA 4JD2B 3AO3A 4LSNA 1NGIA 1IBKK 2QWMA 2QWOA 3ZT2A 5TKYA 2I5JA 1NK6A 4WQ4C 2QI2A 4FWOA 4OKKA 4KRFA 5AQHA 4Z4EA 4NXMK 3UKRB 3RTVA 2D0OA 1HNIA 2P9PB 4BR9A 4C1NK 4H0VB 3C7NB 3SQ2A 3PX0A 2RKIA 3CERA 3GG4A 3IG1A 4AH9A 5C12A 1M1KO 3O9TA 3DXMA 3SK3A 1W7AA 1YJWN 5AQLA 3QEPA 3D2FB 3BUZB 3NBPA 3NF8A 5AQTA 3SV4A 4E0DA 1KLMA 1NK0A 5EU7A 1C0TA 4BRFA 1ZBLA 1B9DA 3PO5A 3Q7CA 2YJFA 3K0SA 4IFEA 1W9HA 3RMCA 4C8NA 4LF7K 1T6CA 2YNFA 4JN4A 2XY6A 4Y1CA 3C95A 4CF1A 1K8AO 3F73A 3MXMA 4ZTJA 2OPSA 2UXCK 5AQNA 3ZX3A 4Q0BA 5E84A 3W3DA 1JLBA 4CZIA 3FR0A 3TR8A 3ZSWA 3S3OA 2B4JA 4FCYA 3OBYA 4BRGA 1VQON 1VQ8N 3ID8A 3O9SA 2O8BB 1ZC6A 4A5BA 4WE1A 3FZFA 3WXKA 3RWUA 2D0PA 1LWFA 1WAFA 4CHYA 2VQFK 1VQPN 3CQ8A 1XHZA 1VRUA 3VQ8A 4FWMA 1IKVA 4YFUA 2AP1A 4JAXA 3WNEA 1VSJA 2EWSA 3VQ6A 1YJ9N 1N5YA 1QZ6A 1HUXA 4WYBA 4DV6K 3AAQA 3BF3A 4FZZA 3CM6A 2HBJA 1YITN 3GDQA 3CHWA 1OH6A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1YJN N;  1YHQ N;  3CCQ N;  1KQS M;  4U67 L;  1VQP N;  5GAE P;  3CCV N;  1VQ7 N;  1QVG M;  1VQK N;  1YI2 N;  2QA4 N;  3I56 N;  3CF5 L;  3PIO L;  3PIP L;  1YJ9 N;  2ZJP L;  3CCU N;  1JJ2 M;  3CCS N;  1OVY A;  1VQ4 N;  2QEX N;  4WFB L;  3CMA N;  3J7Z O;  1YIT N;  1Q86 O;  3CC4 N;  4IOA L;  4UY8 O;  3CC7 N;  2ZJR L;  3CC2 N;  1KC8 O;  1Q7Y O;  1YIJ N;  2OTL N;  5JVG L;  3CCE N;  3CXC M;  5GAG P;  1M1K O;  1K73 O;  1YJW N;  3CCM N;  3OW2 M;  1N8R O;  4WCE L;  5GAH P;  1W2B M;  1VQ9 N;  4IO9 L;  3CME N;  4IOC L;  1KD1 O;  3G4S N;  1NJI O;  1K9M O;  1VQ5 N;  2OTJ N;  4WF9 L;  1VQM N;  1QVF M;  1VQL N;  1Q82 O;  3CCR N;  3CCJ N;  2ZJQ L;  1VQ6 N;  5MLC Q;  3CD6 N;  1ILY A;  1VQN N;  5H1S Q;  1S72 N;  3CPW M;  1K8A O;  3CCL N;  3G6E N;  1M90 O;  3G71 N;  5GAD P;  5DM7 L;  5DM6 L;  3I55 N;  5HL7 L;  3DLL L;  1Q81 O;  4WFN L;  1VQO N;  5JVH L;  1VQ8 N;  4WFA L; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 2CGL A;  3HZ6 A;  4KHP K;  4PA1 A;  5AQR A;  4M3U A;  1RIL A;  5BN8 A;  1N32 K;  1C0G A;  2A41 A;  4FLX A;  3S3M A;  3IS9 A;  4FO0 A;  4AHR A;  2HHW A;  1EET A;  3OS0 A;  3GBT A;  4OO1 J;  3I56 N;  5F2R A;  3AO4 A;  4CEA A;  4IFY A;  5A2Q O;  4YOX A;  4EHT A;  4DR6 K;  3HVT A;  1QQN A;  2A42 A;  4CW7 B;  3F5T A;  3F2K A;  1RDW X;  3THV A;  3HXM A;  1S1V A;  1YT3 A;  4CVN E;  2KW4 A;  1KAY A;  1B92 A;  2HMP A;  4RTF D;  3CC7 N;  4PKI A;  2ZF5 O;  2W42 A;  4FW1 A;  1WSG A;  3OY9 A;  1HRH A;  3NDK A;  3SQ4 A;  3I0S A;  1O1W A;  4I6M A;  4JK8 A;  1RDD A;  3CXC M;  3H08 A;  3O3F A;  3P38 A;  1P8Z A;  4MO4 A;  3ALY A;  3CCM N;  3CG7 A;  1C1B A;  4W5R A;  4IOX A;  1N8R O;  5GAH P;  5LJV A;  1RCH A;  3G0Z A;  2OZS A;  4AM6 A;  4Y0W A;  2Q3S A;  3SPY A;  3EE9 A;  3D0P A;  5CHI A;  4X64 K;  2NRH A;  1K9M O;  2DTU A;  1VQM N;  3E1Y A;  1FJG K;  3KLG A;  1OKJ A;  2YHY A;  1S1T A;  1SAZ A;  1DTQ A;  1FKP A;  4JKE A;  1JLG A;  3UKR A;  4CFA A;  3E66 A;  2P9P A;  3PX6 A;  3QBX A;  1DLO A;  1TK5 A;  2HMI A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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