2OTJN

13-deoxytedanolide bound to the large subunit of haloarcula marismortui
Total Genus 46
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
46
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
b'ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords 23S ribosomal RNA
publication title The Structures of Antibiotics Bound to the E Site Region of the 50 S Ribosomal Subunit of Haloarcula marismortui: 13-Deoxytedanolide and Girodazole.
pubmed doi rcsb
molecule tags Ribosome
total genus 46
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2007-02-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
N PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2otjN00
2ZJQL 1VQKN 3CMAN 5GADP 1Q82O 1VQ7N 4IO9L 1W2BM 3CCLN 1OVYA 1VQ6N 3I56N 1M1KO 1VQPN 1S72N 1VQ4N 5DM6L 3CCSN 3CC2N 4UY8O 3CCJN 1KC8O 1VQ9N 1JJ2M 4WFBL 5DM7L 4IOCL 3CXCM 4WF9L 3CCMN 3CCUN 3CF5L 1M90O 1YIJN 1QVFM 3G4SN 3CCRN 5H1SQ 3PIPL 1VQON 3PIOL 3CD6N 4U67L 1YHQN 3DLLL 1NJIO 2QEXN 3G71N 1Q7YO 3CMEN 1QVGM 1ILYA 5HL7L 4IOAL 2OTLN 5JVGL 2ZJRL 1N8RO 1VQNN 3I55N 1KD1O 4WCEL 3CCVN 3J7ZO 5GAEP 5JVHL 3CC7N 1K9MO 2ZJPL 2OTJN 1KQSM 1VQLN 4WFAL 1VQMN 5MLCQ 3OW2M 1YJNN 3G6EN 1K73O 5GAHP 1VQ8N 3CCQN 5GAGP 3CCEN 3CPWM 1YJ9N 1YJWN 1VQ5N 1YI2N 4WFNL 1Q81O 2QA4N 1YITN 1K8AO 3CC4N 1Q86O
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4CGHA 4KHNA 1BIZA 3H46O 3I8BA 3SJHA 4DSJA 1BL3A 2KFZA 3DM2A 4GNIA 4DF8A 4BY9C 3JAMO 4KFBA 1RT7A 4DHYA 4F2SA 4IG3A 2IAJA 3QNOA 4KHSA 2B6AA 1NJWA 1J54A 4FJJA 4FW2A 4FZXC 4AILC 1C6VA 1DT9A 3LP0A 4IBNA 1U48A 2OPSA 4N41A 5JICA 2BGGA 1Y97A 4J2DA 3CJ9A 3C7NB 3LM9A 3MEEA 4DSIA 3ZEUA 3RR7A 2IOCA 1XC9A 4CJ4A 3RSEA 2R7YA 4QS8A 4A62A 2ZGZA 1RDBA 1LV5A 3HP9A 1GOBA 4RWTA 2FF3B 4IFVA 4F9OA 2YHXA 1BWFO 1G99A 1SQKA 3ZX0A 1S1VA 4PWDA 2G8VA 4Q0BA 1RBUA 4J2BA 3DLHA 2HNYA 3WUHA 5HRNA 2IC3A 1X3MA 4CJFA 1JLQA 3V9UA 1G15A 3NH2A 5KPRA 3QICA 3G71N 1C0GA 2HBJA 4ELTA 2OZMA 4BRAA 3P39A 5AQSA 3VQEA 4B3TK 4M3YA 4BROA 1WSFA 2ZQBA 3QIOA 3VENA 5J2QA 3T69A 1GLBG 3J7ZO 5D3GA 3C6HA 2JWLA 2AP1A 4CEZA 5CE3A 4N76A 3L0QA 4DV7K 3T7ZA 3K58A 1YJNN 3O9SA 4A2AA 3BZKA 1SKRA 2O8DA 1K73O 4I2PA 3THXA 2Q1NA 5GAHP 4FJHA 3KK1A 2HBMA 1FW6A 2FF6A 3CCEN 4JKAA 3CPWM 4YFUA 2P9SA 1WSIA 1W7AA 4FLZA 4B3SK 3NH1A 5F1XA 1HKBA 4CEBA 3H45C 3HXMA 3C95A 1VRUA 4KB1A 4M7XA 4CZFA 3NGYA 2I7PA 3AO1A 3R8EA 1QSYA 1RT3A 4PKHA 2A5XA 3D2EB 3MEDA 2XY8A 2KFNA 3MWPA 3DXMB 3QB0A 2XRIA 4JS4A 1IBMK 1YTUA 4WE1A 4BRPA 4CEAA 3O5BA 1TAUA 3K9KA 4DLEA 4B3OA 3MN6A 3AA2A 2AJQA 2O4GA 1NJZA 3CC2N 1HUXA 5J1EA 3D6RA 1NGFA 1R59O 2XO7A 3WT0A 5I3UA 4PL8A 1U45A 1EQYA 4K8ZA 5C12A 3OYGA 4LF9K 3AV9A 4FOEA 4RW4A 3WQTA 5AZIB 4FJMA 3U8XA 5AQIA 4CZIA 4BRDA 1TVRA 1TK8A 2P5OA 1ZXOA 4KB0A 3HVRA 4DSLA 4MLHA 1SUQA 3SMPA 5JMVA 5C2DA 3ZLJA 2D5RA 1E3MA 4LF7K 1NM1A 2VWBA 3DRSA 3FR0A 4H8KA 3O1BA 5I42A 4FK4A 1DEJA 1BDGA 1P90A 4B9LA 5FRMA 1SKWA 4I9QA 1D8YA 3IAYA 3VMFB 3C94A 4YDUC 1A5XA 4FJLA 2QWPA 4PA1A 1S6PA 4RCHA 5JVGL 4NB4A 3DAWA 4IEEA 3HSTB 3THYA 4N5SA 1LW2A 4JKDA 3HOSA 2PAVA 1IV0A 1QZ5A 4N47A 4X66K 3SV3A 4AHSA 2HHSA 2KW4A 1NKEA 2G8KA 4WFAL 1VQMN 4LY7A 3SAFA 4DV5K 1N36K 3DXKA 1VK0A 1S9EA 2FC0A 1NGGA 4JRQA 4JI6K 2Q31A 2FBXA 4GKJK 3CHWA 4R79A 3KIOA 3V9WA 4HTUA 4B9MA 3HYFA 4J2AA 3LZIA 1WSEA 4JD2A 2QA4N 3QFUA 3OBWA 2CGJA 3ULDA 4CGDA 4OVLA 4CIGA 4B8CA 3D45A 4M3XA 1TK5A 4BRMA 1KAXA 1GLEG 2Q97A 1L3UA 2Z1HA 4GV6A 3UKRA 2A3ZA 3THVA 4MO4A 4HUFA 4FLTA 4K42A 4JYAK 1MU2A 1ASWA 4O55A 3SUPA 2QW9A 5AQKA 4H5VA 4O8UA 2YV0X 3T3FA 1J6ZA 1MWKA 4BR9A 3OYCA 5FPEA 4GV9A 3ID6A 1SV5A 1UAXA 3ALYA 4M3ZA 3WQUA 1S1UA 2GELA 1JXEA 1QSSA 4PHTX 4K43A 4B9VA 2GX9A 3CCUN 2ZE2A 1K8KB 3CF5L 5AQUA 2W6LA 3BP8A 2F7TA 3OHRA 2FBVA 4Z94A 2VWKA 3ULEA 5KTQA 3L2QA 3B8AX 1UOCA 3OVNA 2HHHK 1VSKA 2FLOA 3OYFA 3AO4A 4FL9A 3RR8A 4BGAA 1WNSA 4J8FA 4RW9A 3GOIA 5TKYA 3NH0A 1J5OA 3QFPA 2F9WA 3C6UA 4CF1A 4X62K 4DUZK 4BRFA 1REVA 4CJKA 1BISA 4M3UA 2PYLA 4L3QA 1VSEA 4FVMA 1DTQA 1U2VA 3I0SA 2D0PA 4ID1A 5F0XA 2FXUA 4OO1J 4JLHA 5EVZA 4DKWA 2BDPA 5LMNK 2O8CA 4M45A 4LSLA 4BR4A 4ID5A 3SPZA 2HF4A 1WBDA 1KFSA 2YJFA 4BRCA 3CYMA 3H08A 5BRDA 4LF8K 2VQEK 4A61A 2D0OA 1VAZA 3OS1A 1C0FA 5AR0A 3TSQA 5IWAK 3RWUA 3O08A 1B9DA 2E2PA 2OPRA 1SAZA 1V4SA 3AVKA 4KREA 4CI6A 3RMAA 4DS4A 2DFEA 1JCEA 2EHGA 2HVHA 1XI1A 1NLVA 5KPTA 4C8OA 4JKGA 4JKBA 4K8XA 4CEOA 4RW7A 1TYQB 3VQAA 4BC5A 2KZZA 4DG1A 3MX2A 4U7BA 2Z1JA 1KVAA 4CEFA 4DQ8A 4KPYA 2G8FA 1U6ZA 4BRHA 1N6QA 4DV1K 3QERA 3CM6A 1O1WA 4I6MB 5AQGA 1VSFA 3KLHA 4CJWA 3C6AA 4NYNA 5ADXH 3LDSA 3KLEA 5C42A 4DSKA 3J7YP 1QVFM 4MQ3A 5CZ1A 2BTFA 3ZT3A 4CGJA 2VGNA 3V9XA 3D2FA 1BA1A 3BF1A 4DQRA 2Q0RA 4CZEA 4DUYK 1BUPA 1WUAA 4EZ9A 3GDQA 3EE9A 1KVBA 1FKOA 2F96A 3AVLA 1N32K 1HPZA 2QEXN 4DTJA 4FZYA 1NGDA 1QQMA 1ATNA 4ZHRA 2HF3A 3TTCA 2QK9A 4Y0WA 3TSUA 3MXIA 5LMUK 5IT9O 2QWNA 4JKHA 3UB5A 3VQ6A 2HMPA 4XH1A 4FWPA 2PFUA 3EZ5A 3VESA 4WQ4C 3UIQA 2HB5A 1X9WA 4H03B 4B1YB 4GKKK 4G9ZA 3FE1A 3FZKA 5B8HA 3OBYA 1RCHA 1SZ2A 4CECA 3MDQA 4B1VA 1L3VA 1RILA 4BACA 4CBUA 4A2BA 4JNEA 2WUSA 1KAZA 1NGAA 3AA5X 1Q81O 4JI5K 2XHBA 4NCAA 4BRGA 2FSJA 3SBTA 2VQFK 4ISFA 1RDCA 5E84A 3M6GA 3QBWA 4JK7A 3CMAN 4KHPK 1NOZA 5GADP 5CY4A 4H5RA 4C23A 4AM7A 3VQ8A 3EO3A 1JL2A 4BR0A 3TARA 1RT1A 1GLFO 2QKBA 3VPZA 2G8WA 1T03A 3ZEUB 1C0UA 3B6OA 5F2RA 4F3TA 1S72N 3ZSOA 5T7BA 3V4IA 3ENBA 3LL3A 2NZTA 4UY8O 5EXWA 1KC8O 1NMDA 3AA3A 3LALA 2ZM6K 3WNGA 3VQ9A 3A2FA 4AHUA 3EL2A 2IIRA 4AHVA 4W5QA 1IKXA 4CJVA 4CZKA 1VHXA 3OY9A 4H5TA 4HCCA 3G4SN 2YHYA 4CERA 2BUPA 4CZHA 4JI8K 2YI1A 2KLAA 3AVCA 1H1VA 1Z6RA 3ID8A 3EY1A 2JWKA 1NJIO 3A5LC 4CE9A 3F73A 4LFAK 3NMUA 1WN7A 1JLCA 3EZWA 5LL6Z 4DR5K 1MWMA 4M3TA 4H5WA 3OYMA 5HRPA 1EWRA 2QTDA 3VQ7A 5CHIA 2W41A 3TR8A 4OLBA 1TUUA 1QQCA 2QI2A 3NF8A 1NK7A 5AQFA 3H6EA 2NRTA 3SK3A 4O4GA 2OTJN 2O8DB 1N33K 3THXB 4KHYA 3THWA 1CZ9A 3G6EN 4BDYA 5DK5A 4GV3A 1RDAA 3VF4A 3LDQA 4DV3K 4CJLA 3BGRA 4DU1A 3LP2A 1A5VA 2P9SB 4JKEA 1BQMA 4IFEA 1YITN 4LF6K 1SL0A 1BGXT 4FJ8A 3E9PA 4OKJA 3SUNA 2NRZA 3MN7A 3HM8A 4JRPA 2O8FA 2ZJQL 5BREA 2OZSA 3QNNA 1Z05A 3F9MA 1Q82O 2DFFA 4IWVA 4DB3A 3H1QA 3AGKA 3O3FA 3NFAA 2HHUA 4Y1CA 1S1WA 1XQSC 1X9SA 4J2EA 1IKVA 3SBGA 1CLQA 2OPPA 3ZSQA 1WAJA 5SZTA 2WBNA 4EHUA 3TABA 4FM1A 1VQ4N 3CERA 1NGEA 1HNXK 3EYZA 3TAGA 3KWIA 2HSTA 2WONA 1JLGA 2HW3A 1NK0A 3AVBA 4OPJA 3KVGA 3CXCM 1D5AA 2QWQA 3ZX3A 1S3XA 2NRWA 3L2VA 1YIJN 3NE6A 2PY5A 1QTMA 3O9RA 3CCRN 1TUYA 3PIPL 2UYTA 4FOIA 5AQMA 1I94K 3HK2A 4KHUA 1BOTO 3K5NA 4B1WB 4JI3K 4B9UA 4PQUA 2E6MA 3VTIA 5AQYA 4BQZA 4CZGA 2YNHA 2V7YA 2B4JA 1ITGA 2XY7A 1D9FA 3THYB 4R5PA 1I3AA 1N8RO 3EN9A 4DTSA 2RPIA 3AO3A 3C6TA 4DV6K 4JI4K 1FJGK 4FLWA 5JVHL 1LW0A 2EWSA 1KQSM 4FZZA 3DXKB 4JHDA 5LJWA 1VSJA 1D9DA 4DR7K 4KTQA 4PKGA 3OS0A 1T7PA 1IJJA 4H0TB 2ZF5O 5HP1A 5AQWA 3BDPA 5AJ3K 1LAWA 2W40A 4JD2B 3PX0A 1CZBA 4C1NI 4FXDA 3QMLA 1YJ9N 1VQ5N 3AVFA 2D0CA 4HHTA 4HWIA 1VSMA 5JS1A 3O4QA 3ZYYX 4CJPA 3CJAA 3J80O 3RRHA 3QETA 4M41A 2UXBK 3UKRB 3DLGA 1L3TA 4DTRA 5HOOA 4IDKA 4RTFD 5J2MA 3FZMA 1NNEA 2O8EA 4CJRA 4IO9L 2KQ2A 3U6FA 3J7AP 3VEOA 4ELVA 3R3LA 4BVPA 1VSIA 2F9TA 3V6DA 4IFYA 5JLFA 2W6KA 3PSIA 1KTQA 2AA4A 4OLAA 3P4IA 4DSFA 1WB9A 2RF2A 3HTVA 5DM6L 1NKCA 3DLKA 4PL7A 2A41A 4CHYA 3K5OA 2UXDK 5KGXA 3K5LA 4MDAA 1YTAA 3AAPA 1HMVA 4FLUA 3ULEB 2P9UA 2A1RA 4M3RA 4AHRA 3LP3A 2O8BA 2YX6A 2D1KA 3DLBA 2D0AA 4LFBK 3MWTA 1YT3A 4K25A 4AHCA 3NDKA 1NKBA 2KHOA 4QS7A 3JS6A 1WSHA 5BPNA 3DRPA 4OGCA 5AQPA 4E1JA 3MK6A 5BRHA 4FJ9A 1U2VB 1GOCA 3FZHA 3EKSA 1T6DA 3AVJA 3CFPA 1SS6A 1QQNA 3PO5A 4F4KA 2V7ZA 1NGIA 4QAGA 3CCVN 1DTTA 5TKWA 4CGIA 1IO2A 3JSMA 3TI0A 2O8CB 4IXCA 3LDLA 3O80A 1S22A 4FYDA 2Y1JA 3OYBA 4KRFA 5AQVA 3OW2M 5DMRA 2OA8A 4A5AA 3OYHA 2Q2RA 3VEVA 3ZETA 2HMIA 1GLLO 2E1ZA 1HKCA 4BQLA 5GAGP 3RMCA 1YAGA 4BDPA 3LP1A 5KRTA 1KRPA 2YKMA 5C25A 3IKMA 3UE5A 2Z1IA 3P38A 4DTXA 3VF6A 3CQXA 1DLOA 1EWQA 3LM2A 4CFCA 2D0BA 3DOKA 4FJ7A 3K2PA 4CJTA 4JKGB 3VQBA 3CCLN 2P5GA 3DLEA 1K6YA 3G10A 2GEMA 2NUBA 1VQPN 1Q9XA 3WXIA 3SAGA 5M1NA 3AARA 3HPOA 2V52B 4FJGA 1CZAN 3KK7A 4CESA 1KXPA 3CCJN 3ATVA 3LDOA 4BR5A 3VEXA 4FWSA 1SL2A 1OKJA 3HZ6A 1TKZA 3ZSZA 2OYQA 2RHKA 4KV8A 2RKIA 1B9FA 3D2FB 1WLJA 2PBDA 4CJSA 1JLFA 3ZX2A 1IBLK 1WBBA 2OANA 1VQON 4OX9K 1KSPA 3FLCO 2A1SA 3DRRA 3IMXA 2ZD1A 2QWLA 3HL8A 2YNIA 4HCBA 3V9ZA 3QBXA 4H4OA 4W5NA 4V19S 2VG7A 1Q7YO 3K0SA 4CEEA 4CD1A 4B1XB 4IOAL 1NK4A 4AHTA 5KQ8A 4XEIA 1VQNN 3PSFA 4O0JA 1ZBLA 2Q3SA 3CG7A 3N4QA 1ZBUA 3MXMA 5JS2A 3VF2A 1FKPA 4FW1A 3SLCA 4E0DA 5JLHA 3L2WA 1RBTA 1WSGA 1HX1A 3QINA 4ELUA 4C8KA 4DQIA 1S6QA 4KHWA 4MFBA 5BR8K 3QO9A 1HYSA 1OH6A 4JK9A 4KI6A 3AA4A 1NK5A 1Z26A 4DFMA 4O0IA 1ESVA 2HBKA 1C1BA 4CCHA 3A5NC 1IKYA 2E2OA 4DTPA 5E41A 3CI5A 2VWJA 1S1TA 3OS2A 4CHPA 3BUZB 4GMJB 4CFBA 1ZYQA 3NF6A 2ZWHA 3VQDA 4YY3K 2VCPA 1ZBIA 3AAQA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4CGH A;  4KHN A;  1BIZ A;  3H46 O;  3I8B A;  3SJH A;  4DSJ A;  1BL3 A;  2KFZ A;  3DM2 A;  4GNI A;  4DF8 A;  4BY9 C;  3JAM O;  4KFB A;  1RT7 A;  4DHY A;  4F2S A;  4IG3 A;  2IAJ A;  3QNO A;  4KHS A;  2B6A A;  1NJW A;  1J54 A;  4FJJ A;  4FW2 A;  4FZX C;  4AIL C;  1C6V A;  1DT9 A;  3LP0 A;  4IBN A;  1U48 A;  2OPS A;  4N41 A;  5JIC A;  2BGG A;  1Y97 A;  4J2D A;  3CJ9 A;  3C7N B;  3LM9 A;  3MEE A;  4DSI A;  3ZEU A;  3RR7 A;  2IOC A;  1XC9 A;  4CJ4 A;  3RSE A;  2R7Y A;  4QS8 A;  4A62 A;  2ZGZ A;  1RDB A;  1LV5 A;  3HP9 A;  1GOB A;  4RWT A;  2FF3 B;  4IFV A;  4F9O A;  2YHX A;  1BWF O;  1G99 A;  1SQK A;  3ZX0 A;  1S1V A;  4PWD A;  2G8V A;  4Q0B A;  1RBU A;  4J2B A;  3DLH A;  2HNY A;  3WUH A;  5HRN A;  2IC3 A;  1X3M A;  4CJF A;  1JLQ A;  3V9U A;  1G15 A;  3NH2 A;  5KPR A;  3QIC A;  3G71 N;  1C0G A;  2HBJ A;  4ELT A;  2OZM A;  4BRA A;  3P39 A;  5AQS A;  3VQE A;  4B3T K;  4M3Y A;  4BRO A;  1WSF A;  2ZQB A;  3QIO A;  3VEN A;  5J2Q A;  3T69 A;  1GLB G;  3J7Z O;  5D3G A;  3C6H A;  2JWL A;  2AP1 A;  4CEZ A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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