2OTJN

13-deoxytedanolide bound to the large subunit of haloarcula marismortui
Total Genus 46
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
46
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords 23S ribosomal RNA
publication title The Structures of Antibiotics Bound to the E Site Region of the 50 S Ribosomal Subunit of Haloarcula marismortui: 13-Deoxytedanolide and Girodazole.
pubmed doi rcsb
molecule tags Ribosome
total genus 46
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2007-02-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
N PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2otjN00
5GAGP 4IOCL 4UY8O 3I55N 1VQ7N 3OW2M 3CMEN 3CMAN 5GADP 2ZJRL 3G4SN 1OVYA 5GAEP 3CPWM 1JJ2M 4WF9L 5HL7L 1VQPN 1YJWN 3CCVN 1KD1O 1YHQN 1K73O 1ILYA 5DM7L 1VQLN 3CXCM 1Q82O 4IOAL 1K9MO 4WFNL 1VQ8N 1W2BM 1YIJN 4WFAL 4WFBL 1QVGM 1VQNN 1K8AO 4U67L 3J7ZO 1VQ9N 3I56N 1Q81O 3G6EN 2ZJQL 1YI2N 4WCEL 5JVGL 4IO9L 1NJIO 3DLLL 3G71N 1YJ9N 5JVHL 2ZJPL 3CF5L 3CCQN 5MLCQ 3PIPL 3CCLN 1VQKN 1VQ5N 3CCRN 1N8RO 3CCEN 1KC8O 3CC2N 1VQON 1YJNN 1YITN 5GAHP 3CCJN 1VQMN 1QVFM 3CCSN 1VQ4N 1M1KO 3CC4N 3CC7N 1VQ6N 5H1SQ 1Q7YO 1KQSM 3CCMN 3CD6N 5DM6L 1M90O 2OTJN 1Q86O 3PIOL 2QEXN 1S72N 2OTLN 2QA4N 3CCUN
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3EE8A 2YCHA 3U8XA 1D5AA 5C2DA 3AAPA 2QXFA 3IDHA 4E1JA 3C7NA 3I8DA 1HNXK 4O5FA 3I0RA 3FGUA 1XC3A 3FZHA 1NU0A 1X3MA 1TKXA 3AVMA 3DLKA 3CHWA 4F9OA 2H3GX 4A62A 1JJ2M 4E89A 3O4QA 1LV5A 5C2FA 4KV8A 5BN8A 2KKZA 4B9SA 3QFPA 4JI0K 4FOIA 3CETA 3R6MA 1S22A 3LAMA 3VETA 4FWSA 1WSJA 4DQIA 1TKZA 3U4LA 4JI2K 1NGDA 1BHLA 1HQUA 1DGKN 3HZ6A 3OYAA 2Q1NA 1OKJA 4IBNA 2ASPA 4H0OA 2UXBK 3QINA 2FSNA 4I2QA 4BY9C 1NJWA 4FJ8A 4UQGA 1S1TA 3CM6A 3K59A 1QQNA 1ESVA 2ITGA 4OO1J 2LSNA 3P31A 2B6AA 4YOXA 1TV6A 1V4SA 4E19A 4J2DA 2FXUA 1LWEA 1J54A 3F9KA 1D9DA 5HRPA 4IKFA 1CZBA 4EHUA 3TAQA 2HNYA 2PYJA 2Q3SA 3KVGA 3J81O 2UXCK 5ELZA 4M3UA 2A5XA 3B8AX 4KHQA 4BRQA 3ZSQA 4B3TK 1SV5A 2DFEA 1NKEA 4CIGA 3TSQA 3IAYA 2O8DA 2VWBA 2YHAA 4E0DA 1K8KA 3CFOA 1SL2A 1VSDA 3AVNA 3OYMA 4DV0K 5IWAK 2WC9A 1S1VA 4B9QA 3ZETA 4Z4FA 4IFEA 4CBUA 5KPZA 4QOZB 1GLJO 4B1XB 3CI5A 3RMDA 1NK5A 4UY8O 4NLCA 3I55N 4CZHA 4KFBA 3OW2M 1T6CA 5AQIA 4B9NA 2NRVA 4KRFA 3VQEA 3VQAA 4BC2A 4OVLA 3K5OA 4E7JA 4QAGA 3ID6A 2HMIA 3QLHA 1E4GT 2HBJA 1UOCA 2XY5A 1I39A 3ALYA 4JK8A 3GDQA 5GIOA 1RBTA 2RPIA 1Q8IA 2KW4A 2W6KA 4CHYA 2VYPA 4DF8A 1VQLN 3S41A 2GELA 2AP1A 3WQTA 3CXCM 1Q82O 4JI3K 4IOAL 1DLOA 1Q9XA 2D1KA 2CGKA 1XNRK 3HK2A 4DV5K 4KB0A 3DM2A 1LWCA 2YHXA 3VQ7A 3NVMA 1RT5A 3G6EN 4DTJA 1TYQA 4FLWA 3SYZA 4I9LA 2FBTA 3LPUA 3VQBA 5FPEA 4B1UB 4CBXA 1VSKA 3L0QA 3K2PA 2P9SA 3UKUB 3QIOA 1WSHA 3H08A 4B1ZA 3SNNA 4B1WB 3HI0A 3H46O 1Z25A 4BVOA 2HOEA 3J7YP 4JRPA 4CK2A 3L8BA 3TTCA 5GAHP 2BUPA 5E41A 1BL3A 3M8PA 3CJ9A 3PO5A 1NKCA 2O8BA 4LF8K 4BC3A 3ENOA 3HSCA 3IMXA 3FZMA 3EEQA 2D4WA 5DM6L 1NK8A 2JGUA 4O0JA 3FZKA 3OVNA 4DQQA 1JLGA 4LY7A 4CEZA 4W5TA 5CZ1A 3H1QA 4H5TA 4DFMA 4CIEA 1WB9A 3M6GA 3MEDA 3BGRA 3CMEN 3QEVA 3CYMA 3VF2A 5GADP 4BR9A 5F1XA 2ZJRL 1ZBLA 3SV4A 1FW6A 3AO2A 2O8FA 3J8AA 4WF9L 4M41A 4JK9A 3CQYA 2HW3A 5AQWA 1HNZK 5M1OA 1NK4A 3NGYA 4CECA 3UKRB 4JV5K 1YXQA 2F9TA 2W40A 4AM7A 3ISNC 4K41A 3CFPA 1HRHA 5CYMA 1VQ8N 1NGFA 4XIUA 4CF8A 5HRSA 5CHIA 1NOYA 1HYSA 3DAWA 3QNNA 1NK0A 3E01A 1ATRA 1B9DA 1NM1A 1WNSA 2CH6A 2A40A 4PWDA 1VSJA 4A61A 4WE1A 2EWSA 1S1WA 4A2BA 4FJ5A 2FBVA 1WBBA 1WSGA 3EY1A 1TGOA 3C65A 1BI4A 3OHRA 2G8HA 5M1PA 1ZXOA 1LOTB 1ATNA 4CBWA 3TSUA 1QSYA 5SZTA 3T1YK 4ZTJA 4LFCK 1YJNN 4F3OA 4H0TB 3C7NB 4JKFA 3UE5A 4AHUA 2Z1IA 1X9JA 4HVJA 2OA8A 3LDNA 4JI6K 4DF4A 5JS1A 3VQ9A 2E1ZA 1VQ4N 3LPTA 3FFKB 4IEIA 5AZIB 3ATVA 4JS4A 1U4BA 4Q5VA 3NF9A 3HVTA 3BP8A 1NGHA 1Q86O 4B9LA 1JLQA 4FW2A 3MCAB 1WBDA 4K0KK 2D0OA 4X66K 2OTLN 4CFDA 5AQNA 4J2BA 4DFKA 2YI1A 3ZSWA 4PL7A 4CFCA 2YHWA 3CIPA 4I6MB 2OPRA 1D9FA 4FLTA 5CR4A 1NLVA 3CMAN 4HWIA 2VCPA 1TK5A 4OKEA 5ADXH 1XUPO 2E8AA 4H5WA 1DEJA 1QQCA 3M8SA 3QFUA 1FKOA 3MEGA 1W0HA 3LP2A 1N33K 2ATQA 3RR7A 2F7TA 2J4RA 1XQSC 5C12A 4F2SA 4R79A 1WUAA 1HPZA 4ISEA 2KFNA 2D0AA 1RTDA 3A5LC 4FVUA 1YIJN 3VEWA 2QWPA 2PYLA 1QQMA 4BQZA 3KLGA 3WNHA 4FJHA 2VG7A 2HSTA 3IRXA 1K8AO 1BOTO 4DS5A 3QEIA 3LP0A 4HTLA 4WQ5A 4FZXC 1K8KB 5CE3A 4CEBA 1WAJA 5JVGL 3QMLA 2DY4A 3ZETB 4TSXA 1JKHA 2KZMA 2Z1JA 1RT6A 1RTIA 3HVRA 3E9PA 4CJLA 2D0CA 1C1CA 3CC2N 4DUZK 5LL6Z 4IO8A 3PX6A 5AQVA 1BIUA 1XWLA 3CCJN 3QO9A 3TAFA 1HKGA 5AQGA 2XY8A 3O3HA 1T8EA 3EKUA 1NOZA 5C25A 4BDYA 4BACA 1KAXA 2YNHA 1RBRA 3Q7CA 1NGBA 5J1EA 4NCBA 3CD6N 4BDPA 3AVHA 4JNEA 3LALA 4NYFA 4XH4A 3PIOL 2O8EB 3O4NA 5B8HA 2XRIA 1XNQK 5CZ2A 5BPMA 4PHTX 4CI6A 4DQSA 1NK6A 1X3NA 4Y0WA 4HUFA 5AFUH 4CJSA 1EWRA 4RTFD 4BGBA 4KTQA 4G1QA 1EXQA 3SAFA 3ZSYA 2RN2A 4CJFA 1KFDA 2G8VA 5JLFA 2A1SA 1LCUA 4DWIA 4DTPA 4C8KA 3RMBA 5HOOA 4DFJA 3VQ8A 5C42A 4OGCA 2V7ZA 3IS9A 3UKUA 3VESA 3VGLA 4CZIA 5GINA 1EX4A 2I7PA 3VQ4A 1IKXA 2BE2A 4A5AA 4DR7K 3TTDA 5DM7L 2X74A 4M7XA 5TKYA 2YJEA 4N5SA 3TAPA 2UUAK 1W2BM 1NGAA 3U9DA 4WFAL 2HHTA 1VHXA 5M1NA 4H8KA 4BRDA 3F5TA 4DSEA 1MA9B 5AZJB 1ATSA 4OPAA 3WXJA 4CHPA 5ADXA 5FRMA 4H5RA 3D45A 4CHZA 3NH2A 4N56A 1QSSA 4DV2K 3E66A 4RCHA 4LF4K 4OKJA 5AQPA 5KRTA 2O8CB 1BA1A 4YHHK 3OBWA 4BR7A 4EZ9A 1NMNA 3PIPL 3WNFA 1VQKN 4BDZA 3FZLA 1HKBA 5C10A 4B9TA 3C6HA 2UUCK 3PX0A 5C15A 1GOBA 4BR0A 3QNOA 4M3ZA 3AVFA 2P5OA 2QI2A 2BTFA 2FBYA 5CY4A 4BR4A 4FJGA 1CXQA 3VQQA 3OYBA 3E9LA 3QDKA 1IBMK 1C0GA 4CJKA 3OBYA 1BQNA 2NRHA 3LDSA 4BWJA 1KQSM 2Q97A 1Z6RA 3PUFA 2GTDA 2HBKA 2ETJA 4FWOA 3HSTB 4OKKA 5TKWA 3NBPA 2QEXN 5KTQA 1YVNA 3ZSZA 4JD2A 1ZBSA 4M3WA 2IVPA 4CGDA 3MAQA 1SKSA 3DLHA 5AQQA 1U47A 4JKHA 4JAXA 4DR2K 3FZFA 5FRNA 3Q7BA 3PO4A 4GVMA 3NFAA 2P5GA 4F8RA 5AQKA 3OYJA 2VWJA 1NGEA 3KD1E 4N41A 3AO5A 1KAZA 3VF6A 3HPGA 4A5BA 3ZT4A 4CESA 5HL7L 4K25A 2ITMA 4M7YA 3MX5A 4LH5A 3PY8A 2RE2A 2ZD1A 4FM1A 4JI7K 4DFPA 4YOUA 3TI0A 3SI6A 1JLEA 2HBLA 3O9UA 4B3MK 2KQ2A 4RW9A 3DLRA 4FOEA 3KLHA 2DTUA 1VRUA 2HNZA 1L3TA 1TL3A 5AFUA 1W7AA 4C1NI 4CJ4A 4H5NA 4CE9A 4KKOA 1NGCA 4DSKA 4QS8A 1UA0A 3QBWA 5HRNA 3MXMA 1O13A 5AZIA 2O4IA 3A5NC 3DLGA 4DR1K 2Y1JA 1TL1A 4CZFA 2P9KB 2VGNA 2X78A 4B3RK 1YI2N 1C1AA 1UA1A 1B92A 1CZAN 3U9ZA 3VEOA 4LF9K 4B8CA 5JVHL 3PSFA 3AA5X 1MWMA 4GW6A 4I6MA 2E4LA 3ENBA 4CJ3A 2G8FA 1DTTA 5AQHA 3V9SA 3UB5A 4LF5K 5FROA 3H45C 4JKGA 2YV0X 4FL9A 4AHVA 3SJHA 3MK6A 1MWKA 2I5JA 3RVCA 4CJEA 3A8YA 3LDQA 1T6DA 3OYCA 1IJJA 1CZ9A 3DYAA 4M45A 2HHXA 4IG3A 3SAHA 2G8IA 2Z1GA 4W5RA 4WQ4C 1BIZA 3P38A 1HMVA 1L3UA 5K14A 3BF3A 2IDOA 1WSIA 2NRXA 4ID5A 4OPJA 4CJVA 5AR0A 3MN9A 4FK4A 4CIFA 4OPHA 3HO1A 1VQ7N 1LW0A 1QHAA 1EKEA 1L5UA 1DT9A 4JKBA 4CEQA 3A0IX 1TK8A 4U7BA 5KRSA 1DTQA 4YY3K 1QE1A 4FJKA 3AARA 2HF4A 1SQKA 1D4XA 2PAVA 1O1WA 4FWQA 3PX4A 3P1GA 1IV0A 3HM8A 1RT7A 4B1YB 5LMUK 2F96A 2UXDK 4CF2A 1ILYA 4B1VA 3L3UA 4MDAA 2QTDA 4ZHRA 1KVBA 1TAQA 1RT2A 3FR0A 3MWPA 5BPNA 4YOVA 3GL1A 1SAZA 3ATUA 5AQTA 1BO5O 4Z0UA 3WEEA 2W42A 4ELVA 1JCEA 3KWIA 4EP5A 2E6MA 3SBTA 2Q36A 4DLEA 3J7ZO 2RHKA 5BREA 2WONA 4Y1CA 3L2RA 3C6UA 1WN7A 4JKAA 4O55A 3ZEUB 3SQ2A 2O8EA 3S3OA 4G9ZA 4L8RB 2JWKA 4E7LA 1S1XA 4C8MA 2QW9A 1UAXA 4HCBA 2UYTA 3H1VX 4CEFA 3RRHA 3SUQA 3VEXA 4BRFA 3HL8A 1N8RO 4OGEA 1KCFA 2Z1HA 3O1WA 3ASMA 3KTQA 3AV9A 2IGIA 3DRRA 4CJRA 4HUEA 1EETA 5BRHA 5J2PA 4PA1A 1IBKK 5HBMA 3O1BA 1SZ2A 1QVFM 4X64K 2GWKA 4CEEA 3BUZB 3QERA 4CZLA 3S9HA 5H1SQ 4CZKA 4DMNA 4F2RA 1EO1A 3J80O 1ITGA 2F8SA 3ZT3A 2RF2A 3LANA 1BDGA 4CK1A 4OX9K 1NGJA 2EHGA 2IVOA 4AHRA 1HX1A 2VWKA 1LWFA 4DU1A 4LD0A 4IG0A 3TR8A 4KH5A 2WFBA 3T1AA 1RGIA 4DKWA 4YDUC 2UU9K 4LC9B 4BRAA 2FC0A 3WXIA 3MMVA 3CJCA 5AZJA 3O5BA 4WYBA 4O5BA 3KJVA 3PLAA 3V6DA 4CJWA 1XI1A 2BH1A 2E20A 1NKBA 4YOYA 3SUOA 2HHUA 2ASMA 4CZEA 4CHQA 1ZBIA 1Z26A 3VPZA 2HVHA 3LWMA 3B6OA 2O8CA 2E88A 2GUIA 4BWMA 2JLEA 3ZSVA 3B6PA 3CCVN 1KD1O 5AQYA 1U6ZA 3A5OC 1KLNA 3EL2A 2W41A 5EY4A 4FJJA 3VEVA 2IAJA 4GKJK 3AVJA 3L2QA 4CJQA 3K9KA 2GWJA 4Z4HA 2E2NA 4DSIA 5AQLA 1SS6A 3OJSA 4KPYA 2A41A 4X62K 1RDDA 1VQNN 4FJ9A 3PSIA 2CGLA 2V52B 1Q81O 4PKIA 2XY7A 3AA3A 5EXWA 3KKRA 3TU5A 2VQFK 1S1UA 1NJYA 4WCEL 4CK3A 4J8FA 1XHXA 3DXKB 4CHNA 2ZE2A 2QWNA 1SL0A 1HYVA 3O9TA 3NAEA 1GLLO 5FPDA 4F3TA 4EP4A 3M8QA 3ZSXA 5EU7A 4JD2B 2QM1A 2HHSA 3RR8A 3P83D 3G0ZA 2QKBA 1VQON 3UIQA 5KPTA 4CJTA 2V7YA 4LF7K 3AVGA 3KK7A 4JK7A 5BR9A 3DJCA 2X6NA 4FM2A 3C6AA 3L4QA 2VG5A 4KHSA 1X1PA 3T19A 3D2EB 1BISA 4J2EA 4DSFA 3DRSA 3GBTA 1JLFA 3DXMA 1JCFA 3OS1A 2I7NA 1RBSA 3O9QA 3O8MA 3O4WA 1W9HA 3VTIA 3SPZA 3CCUN 3ZSRA 3OJUA 4JI8K 2F9WA 1W97L 2E2OA 3VENA 4B9VA 3L6QA 2RKIA 3HJFA 2HVIA 2P9KA 3DWLA 4FLYA 1T7PA 4DR5K 3V81A 1HNWK 4XH5A 3EZWA 3U6FA 1OVYA 3CJ1A 3HPHA 1QSLA 4ELUA 4LFBK 3A2FA 3CPWM 4FLUA 4JEPA 1HQEA 1IG8A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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