3VQ9A

Hiv-1 in core domain in complex with 6-fluoro-1,3-benzothiazol-2-amine
Total Genus 53
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
53
sequence length
152
structure length
142
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEFGIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGGIGGYSAGERIVDIIATDI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords POL polyprotein
publication title Parallel screening of low molecular weight fragment libraries: do differences in methodology affect hit identification?
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule tags Transferase/transferase inhibitor
total genus 53
structure length 142
sequence length 152
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-03-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3vq9A00
4E7LA 5EU7A 4J2DA 3TAPA 1YT3A 1S9GA 1FKOA 4E1NA 4FLUA 4DS5A 3V1RA 3ZSYA 4CFAA 4DTOA 3SI6A 3AA3A 4M3YA 4W5OA 1TAUA 1ZBUA 3ZSXA 4Y1DA 1U47A 3IG1A 3AVLA 1RT2A 3F73A 2HNZA 4O5BA 4AILC 1KVCA 3DRSA 2AJQA 4BWMA 4N56A 1KLMA 3CG7A 4CIEA 1REVA 2P51A 1I3AA 4JS5A 1ASWA 3EZ5A 2Z1HA 3CM5A 2O4IA 4CJ3A 2HHSA 3CYMA 1C0UA 4HUFA 1YTAA 1L3UA 3AO1A 4F3OA 1WAFA 2RF2A 3SQ4A 4Q5VA 1IG9A 4F2SA 3ITHA 3HPHA 3NF8A 4FJ9A 3SV3A 5JS2A 3PV8A 1NK7A 4E19A 3L2UA 4I2PA 1WAJA 4FJMA 1N5YA 2OZMA 1U48A 2PYLA 4KAZA 1G15A 2IAJA 3KKSA 1SUQA 4CFDA 3I0RA 4M42A 3PUFA 4CHNA 3KLHA 3MEEA 2XHBA 4JRPA 4CCHA 2FC0A 1BIZA 1S1UA 1VSFA 2E6MA 3AVAA 4CIGA 5HBMA 4O55A 1HRHA 4DQRA 2IGIA 5J2QA 1JLAA 2BANA 1EP4A 1XWLA 2X74A 2EHGA 2XY8A 5J1EA 2HVHA 1TK0A 4CFBA 1B9DA 4IKFA 4KV8A 4I7FA 1WSEA 4Z4CA 3RRGA 3VQ9A 1ASVA 3VN5A 4E7IA 3K58A 4RW8A 3HK2A 4Y1CA 3AVKA 4JS4A 1LAWA 5T7BA 3RTVA 4FYDA 3AA4A 4LH5A 2A1RA 1SKSA 1EKEA 4DFJA 2YNGA 3CFOA 1QHTA 2DFEA 3OYCA 1VRUA 4NCBA 3NGIA 3QLHA 3KJVA 4CEQA 1QS4A 2D5RA 1B92A 4DFKA 3SCXA 3KIOA 2IC3A 3NFAA 5J2MA 3AV9A 4DSKA 5CYQA 1J53A 1LWCA 3O4QA 4KPYA 4CHYA 4CJRA 5C25A 2VG5A 4XIUA 3S3NA 3K5MA 1A5VA 5CZ1A 3ZT2A 1GOBA 4FK4A 1HNIA 4CIFA 3NBPA 1TL1A 3RWUA 4PY5A 2IS3A 2YNFA 1Q9XA 3TAEA 1VK0A 2VG6A 1L3VA 4KB1A 2G8KA 2FBXA 5FRMA 1FXXA 3P1GA 3O3FA 1VRTA 3LANA 1HJRA 4FJ5A 3VQ8A 3S3OA 4M3RA 4HUGA 5I42A 2ITGA 3V9XA 3LALA 1ZBLA 3PO4A 4DQPA 5HRRA 2WONA 3HYFA 2GV9A 4AHCA 3OYHA 2DTUA 1JXEA 3KK3A 1DTQA 2P1JA 5HP1A 4DMNA 4NYFA 2DY4A 5KGWA 1UOCA 4CF1A 3T19A 3OVNA 4RG8A 1LWEA 3A2FA 4KTZA 1X9WA 4M3XA 1FKPA 2QXFA 4FM0A 3TWHA 2YNHA 4WE1A 1RDAA 3O3GA 2VWJA 3SUNA 2OYQA 4PUOA 3VQEA 3OYMA 4FXDA 4KHSA 3NF9A 1RNHA 3AVGA 3VQPA 1RT7A 4OJRA 3RMCA 2Z1GA 4CJWA 4F2RA 2QK9A 4FLZA 3ZSOA 4DQSA 1HQEA 2X6NA 3TAGA 4W5NA 4M3WA 3OYNA 4FCYA 3ASMA 3IS9A 2KZZA 3SUQA 4FJJA 3VQ7A 1NJYA 1BI4A 3QIPA 4E89A 3KK1A 3HVRA 3DLEA 4HHTA 4DTPA 1NK6A 3WNGA 1J5OA 4FZZA 1CLQA 1TVRA 1NJXA 3NH2A 4OLAA 3S9HA 3KKRA 4OPJA 4Z4EA 3E01A 1K6YA 4CEFA 4RW7A 3TABA 5CZ2A 3NHGA 1NOZA 3KLGA 4GMJB 1X9MA 4K8ZA 2HW3A 1CZ9A 3LP0A 1NOYA 4FJ8A 4CEEA 3DOLA 1BQMA 3DYAA 4CJSA 1KFDA 3LWLA 3MEDA 1RBVA 1IH7A 5I3UA 4Q0BA 4E0DA 1NK8A 3RR7A 4OVLA 1YVUA 2RKIA 3AVNA 3KLEA 4OLBA 2G8IA 3C6TA 3AO3A 1C6VA 4J2EA 4LD0A 1ZYQA 1RTHA 2GBZA 4QAGA 4ZHRA 4DFPA 3PO5A 4HVJA 1KSPA 2ETJA 1U45A 4B3OA 4C8KA 3M8PA 1S6PA 4KHNA 3NAEA 4Z4HA 5KRSA 3V9UA 1CZBA 4NCGA 1EXQA 3VQAA 3ZT0A 4DU4A 3U6FA 2BE2A 2Y1JA 1WSFA 3BGRA 3HVTA 3DI6A 1VSKA 1SL0A 1S1WA 2I5JA 3NGYA 4E7JA 3QNOA 4G1QA 3V1OA 4CHQA 4FZYA 5C24A 4AHTA 3AO4A 2KW4A 3B6OA 1VSLA 4CF0A 3D45A 1J54A 4KRFA 3LAMA 2F8SA 4DSEA 4ZTFA 3HP6A 4I9LA 4NCAA 1VSIA 4ICLA 2NUBA 4OKKA 1U04A 3SQ2A 1X9SA 1RDBA 3QEXA 4DF4A 4J2BA 1LW0A 4LSNA 1NJZA 2OA8A 1LV5A 3ZSVA 1VSHA 1S5JA 4YNQA 1NK5A 3LP2A 3OS1A 4KTQA 4N5SA 3C94A 4FJHA 4B9NA 1HYSA 3I0SA 4AHVA 1TK8A 3ZSRA 3NE6A 4F3TA 1C1BA 4QOZB 1RILA 4CGFA 3KLFA 3NH0A 4HCCA 4CERA 3ZT4A 3SUPA 1L3TA 4CK1A 3VQCA 3L2RA 1XI1A 2YV0X 2B4JA 4UQGA 5K14A 1F21A 1WSGA 1JXBA 3QEPA 3MXIA 4FJ7A 3OYKA 3OJUA 2PY5A 1Q8IA 3OJSA 3SJJA 3RRHA 1BL3A 1T05A 4K8XA 2DFHA 3VA0A 1BCMA 1UA0A 3SYZA 3V9ZA 1RTIA 1U4BA 3KD1E 4CEDA 3PX4A 1BQNA 3G10A 4DSLA 1JLCA 2YKNA 4KHWA 2KQ2A 4B9MA 4IFVA 2JLEA 2G8HA 4LY7A 3NDKA 3L2WA 1EX4A 1XHXA 2RPIA 3OYBA 4KFBA 2OPPA 4DSFA 2XY5A 1NKEA 4O0JA 4FJNA 5CYMA 1RBTA 5C42A 1R0AA 2PYJA 2R7YA 4ZTJA 3JSMA 1TKZA 4CJTA 4FLTA 1RT1A 3AA5X 1TGOA 1QQCA 4DQQA 1RTDA 4O44A 4FW2A 3TI0A 3SPYA 3S3MA 2HMIA 1HPZA 5HRPA 2HHVA 4E7HA 3C95A 2D0CA 1KRPA 2GUIA 1JKHA 4CF9A 1SL2A 2P5GA 1SV5A 4CGGA 1C0TA 4DTJA 3AO2A 2KZMA 3SQ0A 4I2QA 1SL1A 1DTTA 4R5PA 1QSSA 4KO0A 3P5JA 4IDKA 3O4NA 5KI6A 1HNVA 2Y1IA 2E6LA 3THVA 4H8KA 2QKKA 4Z0UA 4FLWA 3RR8A 1NKBA 1VSDA 4HUEA 4CJKA 3OYFA 4FZXC 4FK0A 1NK0A 1BISA 1BHLA 1C1CA 3NF6A 4E3SA 1C0MA 3HP9A 4CJEA 3AVHA 3K5OA 4OGCA 3ZT1A 3O3HA 1DLOA 3QNNA 4H4MA 4CHOA 3MXJA 3PX6A 3VA3A 3HT3A 5KTQA 1HYVA 5E41A 3DOKA 4B9UA 1YTUA 4EP5A 3AVBA 3M8SA 2DFFA 1JLEA 3RMDA 1ZBIA 5SWMA 3V81A 3LPUA 1IKWA 5J2NA 5FRNA 5FDLA 3P83D 2X6SA 3QINA 3WNFA 4GW6A 4H4OA 3NGZA 5HROA 1L5UA 3KD5E 4RW9A 4M3UA 1Y97A 4FJIA 2FBVA 5CY4A 4C8NA 4CEZA 3OS0A 3JYTA 3T3FA 4DQIA 4N76A 4CJQA 2B5JA 4DTSA 2RN2A 2HHQA 3HM9A 3VQ6A 3L2VA 4BDYA 4Z4IA 3ALYA 4C8OA 1HMVA 2P5OA 1JL1A 4IG3A 3TANA 4B8AB 1IKVA 3V9WA 4OGEA 4CF8A 4CEBA 3SQ1A 2G8WA 2KTQA 4C8LA 3VQ5A 4CJVA 4IG0A 3L3VA 1J9AA 4RW4A 3T1AA 4CHZA 5J2PA 3ZSZA 4Z4GA 4F4KA 1KVBA 3ULDA 1Z25A 2B6AA 3ISNC 4ID1A 3RMBA 3LZIA 1WSJA 4CESA 2PZSA 2ATQA 2ZE2A 3MECA 4ELVA 1O1WA 4CJ5A 4DTRA 3TAQA 3TAFA 1UAXA 3QESA 1QSLA 1IO2A 2QKBA 1S9EA 3KLIA 3OY9A 1A5XA 1KLNA 1WSIA 4FW1A 3RMAA 1ZBHA 4CEAA 2YKMA 3WNHA 3V6DA 3H08A 1QE1A 1TAQA 4EZ9A 4CGJA 2YHBA 4AHUA 3K5NA 1FK9A 1GOAA 3TAMA 3G0ZA 3K5LA 3K2PA 1SKRA 3DLBA 4AHSA 2IOCA 3OYIA 2FBTA 3DRPA 4B8CA 2XY6A 3UIQA 4FLYA 1LW2A 4JRQA 3AVMA 4DSIA 2BDPA 4DSJA 1WNSA 3SV4A 2BGGA 5FROA 4J2AA 3AVCA 3KK2A 3ZT3A 4CGIA 1S1VA 4KHQA 1KVAA 4HCBA 3U3YA 3SPZA 1ASUA 3CQ8A 5KRTA 1CXQA 4PA1A 3DMJA 4CHPA 1SKWA 2HHWA 3ZSWA 1HYZA 1RT4A 2YNIA 3OS2A 1D9FA 4FJLA 1XHZA 4IBNA 1VSEA 3FFIA 2HNDA 4B9VA 4DU1A 3ZSQA 4BDPA 3IAYA 3LZJA 4CJUA 4W5TA 3HO1A 1D9DA 3VQBA 1BGXT 3DRRA 2G8FA 4GVMA 5HRSA 1NK4A 1RCHA 3DLHA 1RBSA 4B08A 1RT6A 3NCIA 1B9FA 1JLGA 3AA2A 3HPOA 2D0BA 1S1TA 1RBUA 4CJPA 4W5RA 2XO7A 2HB5A 4DS4A 4KI6A 4EZ6A 2Q3SA 1NK9A 1L3SA 1I39A 3LDSA 1Z26A 3M8RA 1D5AA 2YHAA 4HTUA 1NJWA 3D0PA 4YFUA 3HXMA 3LP3A 3VQDA 3QERA 3CM6A 3QEIA 3MXMA 2KFZA 1ZBFA 4M45A 4AH9A 4CK3A 1W0HA 4CGDA 3VQ4A 1WSHA 3DM2A 4DTMA 1XC9A 2HNYA 3HPGA 1WN7A 1RT5A 4CFCA 3OYLA 1RBRA 4M3TA 1W9HA 4CGHA 4OPKA 2LSNA 3EYZA 3CFRA 4DLGA 3QIOA 3PY8A 3IRXA 4M3ZA 4ELTA 4BE2A 3DLRA 3QETA 1BI4B 3L2QA 4KTWA 2VWKA 4LH4A 2A1SA 2D0AA 3MEGA 2ZQBA 5SZTA 1QSYA 5HLFA 2KFNA 4DLEA 5DK5A 3VQQA 5JS1A 3DLKA 2EX3A 4FJGA 1JLFA 1RT3A 4NYNA 5HRNA 4JLHA 4CEOA 3LAKA 3LWMA 4KHYA 4DG1A 3ZCMA 2HHXA 3LP1A 1D8YA 3PX0A 2FBYA 3CFPA 4F8RA 3HJFA 1GOCA 1JLQA 1S6QA 4L8RB 3WNEA 4BWJA 3QO9A 3L8BA 4DFMA 2Z1JA 3C6UA 2O4GA 4CJFA 4CF2A 1Q9YA 4FM1A 2OZSA 3U3GA 4M41A 1BIUA 4C8MA 1RDCA 1RTJA 3SZ2A 1TK5A 3AVFA 2XRIA 4CECA 3OYGA 3OYEA 4CJ4A 3SUOA 4RW6A 3SNNA 4FK2A 3DLGA 4KKOA 4PWDA 1KFSA 4MQ3A 2HHUA 1IKYA 3MAQA 1TKDA 5DMRA 2E4LA 1VSMA 4FLXA 4FJXA 4DTXA 1UWBA 3AVIA 3L3UA 4IFYA 4W5QA 1JL2A 3OYJA 1TKTA 4FLVA 1KCFA 1RDDA 4Z4FA 4O4GA 1X1PA 4EP4A 4CJLA 1U49A 1QTMA 3I8DA 4OKJA 3QEVA 4CK2A 4KHUA 4I9QA 4TSXA 1A5WA 4FVMA 2OPRA 4E7KA 2F96A 4DF8A 3KTQA 3AVJA 4N41A 4AHRA 2IDOA 3TARA 4N47A 3M8QA 4FJKA 3V1QA 2F8TA 4B9TA 4BACA 5KGXA 4LSLA 1T8EA 4KB0A 1VSJA 2JGUA 2G8VA 1CXUA 4DTUA 3V4IA 2OPQA 4B9LA 1ITGA 4BDZA 4ELUA 1EETA 3F9KA 2XY7A 4CE9A 4QCLA 1N6QA 2HHTA 4FM2A 1LAVA 3LPTA 2VG7A 4E1MA 4OKEA 1HQUA 3OYDA 3B6PA 1KTQA 3NH1A 4ID5A 3K57A 2Z1IA 5D3GA 4B9SA 1TL3A 3V9SA 3QEWA 2X78A 3BDPA 3HSTB 1BCOA 3NF7A 3HL8A 1NKCA 4KREA 1MU2A 1TV6A 1WLJA 4MFBA 3OYAA 2HVIA 2OPSA 3TR8A 1IKXA 1T03A 1T7PA 3EY1A 4DU3A 3AO5A 4DWIA 4PQUA 3K59A 4O0IA 1LWFA 2W42A 1S1XA 1UA1A 4KI4A 1C1AA 2ZD1A 2G8UA 1JLBA 2WOMA 4BE0A 4BE1A 1TKXA 4DTNA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2F4VK 3TAPA 4CW7B 4DTOA 1LCUA 3SI6A 2E20A 4I6MA 5M1QA 1U47A 4KH6A 2HNZA 3VPZA 4WCEL 1Q81O 4OX9K 4K42A 1NGGA 5EY4A 1I3AA 3T1HK 1ASWA 5AQMA 3EZ5A 4JAXA 2P9LA 1SQKA 1KAYA 4A5BA 3CYMA 1C0UA 4HUFA 1ZXOA 5AQRA 2RF2A 3SQ4A 4F2SA 5JVHL 3NF8A 4FJ9A 1E4FT 1WAJA 3Q7BA 1N5YA 4YOWA 4FJMA 1WBBA 4M42A 2QWPA 3I0RA 2QWOA 3U9DA 5HBMA 3VEVA 4BR7A 1JLAA 2NRZA 3CF5L 2XY8A 4IOCL 2YI1A 3EE8A 4KV8A 3BP8A 4H0TB 3VQ9A 3VN5A 3K58A 3HK2A 1LAWA 5B8HA 4LH5A 2D1KA 5EVZA 5KQ8A 4DFJA 3ENBA 4YDUC 1QHTA 5AQYA 1E3MA 1VRUA 2D5RA 4DFKA 3PSFA 3KIOA 1JCFA 3H1VX 1LWCA 1VQMN 4CHYA 5C25A 4XIUA 1A5VA 4WFAL 1L3VA 2FBXA 3KVGA 1VRTA 4B3RK 4K43A 1WBDA 3VQ8A 1ZBLA 4DQPA 2WONA 2GV9A 4AHCA 2P9SB 1JXEA 3ATVA 2P1JA 3SK3A 4DMNA 5HP1A 5KGWA 1UOCA 2UXBK 4M3XA 3LDPA 2QXFA 4FVUA 1RDAA 1HUXA 3C0BA 3NF9A 1RNHA 1X3NA 2QWNA 3CIPA 4FLZA 4C23A 3KWGA 4DQSA 2NZTA 3F5TA 4W5NA 3ASMA 1YUWA 1JCGA 3VQ7A 1NJYA 3HVRA 5E84A 4HHTA 4DTPA 1CLQA 4OLAA 4B1ZA 1EQYA 2VWBA 4OPJA 4CEFA 1QVGM 3KLGA 1X9MA 3LP0A 1BQMA 3AAQA 4CJSA 4DUZK 5I3UA 4FOEA 3KLEA 2G8IA 4LC9B 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2F4V K;  3TAP A;  4CW7 B;  4DTO A;  1LCU A;  3SI6 A;  2E20 A;  4I6M A;  5M1Q A;  1U47 A;  4KH6 A;  2HNZ A;  3VPZ A;  4WCE L;  1Q81 O;  4OX9 K;  4K42 A;  1NGG A;  5EY4 A;  1I3A A;  3T1H K;  1ASW A;  5AQM A;  3EZ5 A;  4JAX A;  2P9L A;  1SQK A;  1KAY A;  4A5B A;  3CYM A;  1C0U A;  4HUF A;  1ZXO A;  5AQR A;  2RF2 A;  3SQ4 A;  4F2S A;  5JVH L;  3NF8 A;  4FJ9 A;  1E4F T;  1WAJ A;  3Q7B A;  1N5Y A;  4YOW A;  4FJM A;  1WBB A;  4M42 A;  2QWP A;  3I0R A;  2QWO A;  3U9D A;  5HBM A;  3VEV A;  4BR7 A;  1JLA A;  2NRZ A;  3CF5 L;  2XY8 A;  4IOC L;  2YI1 A;  3EE8 A;  4KV8 A;  3BP8 A;  4H0T B;  3VQ9 A;  3VN5 A;  3K58 A;  3HK2 A;  1LAW A;  5B8H A;  4LH5 A;  2D1K A;  5EVZ A;  5KQ8 A;  4DFJ A;  3ENB A;  4YDU C;  1QHT A;  5AQY A;  1E3M A;  1VRU A;  2D5R A;  4DFK A;  3PSF A;  3KIO A;  1JCF A;  3H1V X;  1LWC A;  1VQM N;  4CHY A;  5C25 A;  4XIU A;  1A5V A;  4WFA L;  1L3V A;  2FBX A;  3KVG A;  1VRT A;  4B3R K;  4K43 A;  1WBD A;  3VQ8 A;  1ZBL A;  4DQP A;  2WON A;  2GV9 A;  4AHC A;  2P9S B;  1JXE A;  3ATV A;  2P1J A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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