3VQ9A

Hiv-1 in core domain in complex with 6-fluoro-1,3-benzothiazol-2-amine
Total Genus 53
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
53
sequence length
152
structure length
142
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEFGIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGGIGGYSAGERIVDIIATDI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords POL polyprotein
publication title Parallel screening of low molecular weight fragment libraries: do differences in methodology affect hit identification?
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule tags Transferase/transferase inhibitor
total genus 53
structure length 142
sequence length 152
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-03-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3vq9A00
3K2PA 1SL0A 2HHXA 4FJJA 3SUPA 2WOMA 1BIUA 2B5JA 5HBMA 3LWMA 4DG1A 2Y1IA 4I9LA 3AVAA 1X1PA 2A1RA 1KFDA 4E3SA 1KLNA 1ASUA 1EXQA 1VSHA 4N41A 4CJUA 3S3MA 3CFOA 1HJRA 1RNHA 5HRSA 2OPQA 1L3UA 4Z4EA 3DLEA 1ASWA 3RR7A 2F8TA 3LZIA 4M3WA 1TKDA 2KQ2A 3VQQA 1RT1A 2RF2A 4B9MA 4CJ3A 3EY1A 3ULDA 4B08A 3LP3A 2YNGA 4W5QA 3BDPA 1UWBA 1ASVA 3T19A 3SYZA 2ZD1A 3HSTB 3RMBA 4QCLA 1CXQA 3MXMA 3L2WA 2IGIA 4LD0A 4I7FA 2XO7A 3QNOA 4DFPA 1NK9A 2OA8A 3CM6A 1IKVA 3G10A 1KSPA 4GVMA 4IDKA 3T3FA 2QK9A 3WNEA 3P1GA 4H4MA 1VSEA 3DI6A 3DLKA 1A5XA 4B8AB 5T7BA 4FJHA 5DMRA 3OYAA 4OKJA 4FCYA 3SV4A 1HYZA 4FW1A 2LSNA 1T05A 1SUQA 3NFAA 1JLGA 3DOLA 4HUGA 4DSIA 4DQSA 5KGXA 4KREA 4E7LA 3V81A 2A1SA 3OYLA 2YNHA 2JGUA 3ITHA 1NOZA 1S9EA 2IDOA 3VQDA 4CIFA 3OYMA 2FBYA 3VQ8A 4AHVA 4CECA 3NF6A 4MFBA 4CHOA 4M41A 3K59A 1D9DA 4J2DA 4DSEA 3TABA 4CGJA 4OLBA 1LAWA 1VSKA 1CZBA 1WN7A 2G8VA 1WSIA 4AHSA 1RBUA 4OGEA 5C42A 3I8DA 4DTJA 4DU4A 3SUQA 3RMCA 3PO5A 3KD5E 4ZTFA 1VSLA 4KHWA 2HHWA 3MEEA 2G8FA 1NJWA 3D0PA 3I0SA 4FM2A 3B6PA 4DFKA 2DTUA 4CERA 1JLFA 1BCMA 3AA3A 3V4IA 3IS9A 5J2PA 2BDPA 1XC9A 1RCHA 4H8KA 3SJJA 3G0ZA 1ZBFA 3ZSRA 4JLHA 3M8RA 1WAFA 3M8PA 3V9SA 5CYMA 2X74A 2X6SA 3KJVA 4CE9A 4QAGA 2VG5A 2DFEA 5C25A 3QEWA 4NCGA 3SCXA 3P83D 4DS5A 1ZBHA 4W5TA 3V9WA 1TGOA 4B9SA 3THVA 2Z1JA 3AO1A 3V9ZA 1CZ9A 4MQ3A 2E6MA 3MEGA 5CY4A 1RT5A 3LAMA 4KAZA 1HYSA 4EZ9A 2XY8A 3AA4A 1BHLA 2VWKA 3SQ2A 4I9QA 4CJ4A 3RMAA 4DQQA 4FJ7A 3OYKA 1TV6A 2B4JA 2P5GA 4E0DA 2P51A 3LP0A 2YHAA 3VA0A 3U3YA 3SUOA 1JLBA 1YTAA 2XY6A 1U04A 3S3NA 5D3GA 2IS3A 5KI6A 1LV5A 3LP1A 3VQ7A 3NH0A 1FKOA 1ZBUA 3PX0A 3AO2A 4BE1A 4RW7A 1HQEA 1REVA 1TAUA 3NF8A 1KVAA 4HTUA 3K5OA 3ZSVA 3DRSA 4DTUA 5J2QA 1NJYA 2I5JA 4KRFA 4KHQA 1JXEA 2DFHA 4AH9A 4FM1A 3HK2A 5JS2A 1WSHA 2HNZA 3OY9A 3NH2A 4AILC 3QETA 4CESA 3SZ2A 1SL2A 4DQRA 3OJUA 3PO4A 1WAJA 3QLHA 4HVJA 3AV9A 4OVLA 3F9KA 1JLQA 1Q9XA 4F2RA 4DSFA 4CHNA 4FZZA 3CFPA 1RDAA 3AVJA 1IO2A 3WNGA 1XI1A 4LH5A 5CYQA 4CIEA 4IG0A 1SKSA 4KTZA 4Z4CA 4DTRA 4F2SA 4FK2A 4IG3A 1RDBA 4CEQA 4CF0A 3L8BA 3QNNA 1G15A 1T03A 2P5OA 2DFFA 4Z4HA 3SV3A 1K6YA 3VQ9A 3CQ8A 4FXDA 3OYJA 4KTWA 3NGZA 4FLVA 3KKRA 1W0HA 4N56A 2D0BA 3A2FA 5HROA 4J2BA 5HRPA 3QEPA 4FVMA 1RT6A 3MXIA 1NK6A 3ZSWA 3T1AA 3RRGA 2BANA 4DQPA 5FRNA 4CJWA 1J53A 1KCFA 4O44A 4BWMA 4M45A 4DLGA 4NCBA 2HHUA 5J2MA 1YVUA 2XY7A 3AVFA 3AA2A 3QO9A 4F3OA 3ALYA 4CGIA 1CXUA 1C0TA 2YNIA 3MXJA 3TANA 2O4GA 3LANA 3KK3A 1HNIA 4KTQA 3V1QA 1HQUA 1RBRA 4RG8A 4C8MA 4DTXA 2R7YA 2XY5A 1U4BA 4KI6A 3K5MA 3QESA 1C1BA 2HMIA 1NK4A 3ZSZA 4Z4FA 2PYLA 1J9AA 3HM9A 3V1RA 3QINA 5HP1A 1RTDA 3KLIA 1J5OA 4DQIA 3ZT4A 4LY7A 3VQAA 1QSLA 2KFNA 1BIZA 3L2UA 5DK5A 3TR8A 3C6UA 3HVTA 3JYTA 1HRHA 1QTMA 3ZCMA 2QXFA 3AO3A 1UA0A 4C8OA 4Z4IA 1S1VA 3TAQA 3K57A 4B3OA 3DM2A 1QS4A 3ZSYA 4DTNA 3RMDA 3QEVA 4ZTJA 2YV0X 4LH4A 3OYEA 3RRHA 1WNSA 4LSLA 4DTSA 1JL2A 3ZT3A 4FLXA 2F96A 2B6AA 1RT4A 4FZYA 3LDSA 4KFBA 4HHTA 2HVHA 4CGDA 2P1JA 3SPYA 4W5RA 2KW4A 2OZMA 4KHYA 1CLQA 1TKTA 1X9WA 4M3XA 3HO1A 4JRQA 4JS5A 3C94A 1HMVA 4DLEA 3VQ5A 4E7HA 4FLYA 3QEIA 3SQ1A 4F3TA 2HHVA 3HP9A 1SKWA 5SWMA 3EZ5A 4E7IA 1RBTA 3DRRA 3SNNA 2G8KA 2HW3A 4BWJA 1KVCA 3ZT0A 5KRSA 1HYVA 1C1CA 4OKEA 1VSIA 4OJRA 3TAMA 2E4LA 1B9DA 4M3UA 3NAEA 4XIUA 1EETA 5J1EA 3B6OA 3QIPA 4FJ5A 2HB5A 1IH7A 2FBTA 2IAJA 3SPZA 1O1WA 4O4GA 4KKOA 4CEDA 3KLGA 2RKIA 4FJLA 4J2AA 4M3ZA 2KFZA 3K5NA 3NDKA 1KVBA 1BI4A 4O5BA 4FLWA 1NOYA 4C8KA 4QOZB 3SUNA 2HNYA 3IG1A 1BQMA 3NGIA 1XHZA 4BACA 4CEFA 4DS4A 4CEZA 3NGYA 3L3UA 2HVIA 3M8QA 4CHYA 3OYDA 1S1TA 5I3UA 1YTUA 3CM5A 1BQNA 4AHTA 4E1MA 4I2PA 1S1XA 3OVNA 3HVRA 4DSJA 3VA3A 3OYFA 4DU1A 3DLHA 1JLEA 4CHZA 1N6QA 3UIQA 1WLJA 2GUIA 3U3GA 1TL3A 1RT3A 3PY8A 1J54A 3AVHA 4CF1A 5KGWA 1JL1A 1RBSA 3AVGA 3LPUA 4BDPA 4FLTA 3VQ6A 2XHBA 3IRXA 4BDZA 3HJFA 4FJGA 2HNDA 1NJXA 3NCIA 4ID5A 4O0JA 1IKWA 4CJVA 2AJQA 4CJFA 4GW6A 3VQEA 3AVLA 4FLZA 4DU3A 2GBZA 4IFVA 4I2QA 3QERA 1KFSA 3K58A 2HHQA 4FK0A 1C1AA 3HXMA 2DY4A 1LAVA 1YT3A 4IFYA 4N47A 2X78A 2G8IA 1S6PA 3PX4A 1U45A 1QSYA 1ZBIA 2EHGA 2XRIA 4G1QA 1GOAA 3OS1A 1RBVA 4WE1A 1D8YA 4E89A 4PUOA 3AVNA 1Y97A 3AVKA 3OYBA 3KK1A 3OYGA 2ETJA 3FFIA 3K5LA 2Q3SA 1FXXA 4M3RA 4ELVA 1DLOA 3VN5A 4AHRA 1GOCA 2Z1HA 2G8UA 3ASMA 5CZ1A 1I3AA 3AVBA 3WNFA 4IBNA 4CJQA 1NK5A 1VK0A 3HP6A 1QHTA 3ZSXA 1ITGA 1IKXA 5HRNA 1NJZA 2ATQA 1JXBA 1S6QA 1RTJA 1TVRA 3CYMA 3DYAA 4CF9A 4RW4A 2YKNA 4HUFA 4DF4A 1X9MA 4B9TA 2ITGA 2X6NA 3OJSA 2O4IA 4UQGA 4HCCA 1A5WA 1F21A 3ZSOA 4CJSA 3O3HA 3AVMA 1RT2A 3HPGA 4PY5A 4CFAA 3SQ0A 4IKFA 2ZE2A 2OPPA 1S1WA 1TK5A 3ISNC 1UAXA 4PA1A 3OYCA 2OPRA 3QIOA 4ICLA 4NYFA 3NH1A 5EU7A 4R5PA 2Z1IA 1WSGA 3HPHA 1BCOA 4E19A 4HUEA 4O55A 3LP2A 2OPSA 3O3FA 3HT3A 1WSJA 3L2VA 2YHBA 3MECA 3LAKA 2Z1GA 2IC3A 4CCHA 1NK8A 1LW0A 5KRTA 4DSKA 4CJLA 1TKXA 4CJ5A 5KTQA 4KB0A 3L2QA 1JKHA 4OGCA 1B9FA 3O3GA 2OZSA 4CJPA 2FBVA 1SV5A 1RT7A 3ZSQA 4CEAA 4BE2A 3AVIA 4BE0A 3PX6A 2QKBA 4L8RB 2ZQBA 4CK2A 4B9LA 3TAGA 4FJKA 4W5NA 1MU2A 3HL8A 4DFMA 1Q8IA 4KI4A 5JS1A 3PUFA 4TSXA 2IOCA 1I39A 3VQBA 4O0IA 1WSFA 4JRPA 2D0CA 1KRPA 4FM0A 3KTQA 5I42A 4DTOA 4B9UA 4CJKA 4ZHRA 4NCAA 3S3OA 1QQCA 1DTTA 3KIOA 3OS0A 1UA1A 3E01A 4H4OA 5K14A 1S1UA 1ZBLA 5SZTA 4E7JA 4KHSA 3O4NA 3BGRA 2PY5A 1C0UA 4FJIA 2VG7A 4FJ9A 5C24A 2BE2A 4GMJB 2YNFA 4CEBA 4CK3A 3F73A 3SQ4A 2PYJA 1XHXA 4CEEA 3PV8A 1HPZA 4CFDA 1L3VA 3EYZA 4FLUA 4M42A 4M3TA 3HPOA 1LWEA 3OS2A 3OYIA 4JS4A 3ZT1A 2HHSA 2RN2A 1L5UA 4KHNA 1RTIA 4DTPA 1L3SA 4NYNA 2G8HA 1X9SA 2E6LA 3LZJA 3NF9A 1A5VA 4CGHA 1D9FA 3KK2A 2WONA 3KLHA 1TK8A 3AA5X 1LWFA 1BL3A 4DWIA 2QKKA 3NE6A 4E1NA 2KTQA 4Z4GA 1LWCA 3H08A 3L3VA 1VSDA 3NF7A 4Z0UA 3VQCA 1IG9A 4B9VA 4OLAA 1D5AA 1S9GA 5J2NA 1U49A 4FJMA 2Y1JA 2G8WA 1NKCA 1BI4B 3U6FA 1VSJA 1TAQA 3MEDA 3O4QA 4KO0A 1C6VA 1RILA 3V9XA 4FW2A 3JSMA 5CZ2A 1RDDA 1JLAA 1XWLA 1ZYQA 4B9NA 4C8NA 1R0AA 3I0RA 4FJNA 3DLBA 1VSFA 3KLFA 3TAEA 4CHPA 1QE1A 3KLEA 1HNVA 3RWUA 4ELTA 1IKYA 3V9UA 3KD1E 4KHUA 1S5JA 4DFJA 1NK0A 4W5OA 2PZSA 4CF2A 3LPTA 2VWJA 1BISA 4AHCA 4N5SA 4ELUA 2FBXA 2HHTA 4Q5VA 4Q0BA 4CFCA 4OPJA 4FZXC 3CFRA 1EX4A 1GOBA 3DRPA 4RW8A 5HLFA 4EP5A 3VQPA 1TL1A 1RTHA 3D45A 4F8RA 4RW6A 3OYHA 4ID1A 4KV8A 1QSSA 3L2RA 4BDYA 3RTVA 2KZZA 3C6TA 4DMNA 5FROA 4DTMA 3AO4A 3TAFA 4FK4A 1FKPA 4Y1DA 4EP4A 4OPKA 3TARA 4Y1CA 2OYQA 1W9HA 2RPIA 1VRUA 3LALA 5HRRA 5FDLA 1KTQA 3SI6A 3TI0A 1BGXT 1U48A 1TKZA 3RR8A 4N76A 3V6DA 3P5JA 4OKKA 1JLCA 1B92A 1Z25A 3NBPA 3VQ4A 4CIGA 2D5RA 4CK1A 2D0AA 4CJRA 1NKBA 1WSEA 1TK0A 3AO5A 4CEOA 3S9HA 1EP4A 2YKMA 4YFUA 3KKSA 4E7KA 1NK7A 2NUBA 1L3TA 4F4KA 4KPYA 2BGGA 2F8SA 1VSMA 1C0MA 1U47A 1RDCA 4AHUA 4CJTA 4EZ6A 3WNHA 3IAYA 3DLGA 3OYNA 4DF8A 1NKEA 5FRMA 4CGGA 3V1OA 2W42A 2VG6A 3TWHA 3QEXA 1T7PA 4FJXA 1Q9YA 3HYFA 1VRTA 1T8EA 1UOCA 1SL1A 4HCBA 5E41A 3TAPA 4CFBA 4K8ZA 4CGFA 4FJ8A 4RW9A 4K8XA 2EX3A 3LWLA 4DSLA 4J2EA 4CF8A 1N5YA 4YNQA 4B8CA 3CG7A 2KZMA 3ZT2A 3DOKA 3NHGA 3M8SA 1DTQA 1SKRA 4KB1A 2GV9A 2JLEA 2FC0A 3DMJA 3C95A 4M3YA 1EKEA 1Z26A 3DLRA 4LSNA 4CHQA 1LW2A 4CJEA 1FK9A 1KLMA 3MAQA 4PQUA 4C8LA 4FYDA 3AVCA 4PWDA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4XEIA 1OH5A 2HHXA 5AQZA 2IVOA 3QMLA 1VAZA 3AVAA 1X1PA 3CJBA 5AQLA 1KLNA 4QS7A 4CJUA 3S3MA 1RNHA 1L3UA 3RR7A 4M3WA 3I55N 4B9MA 3ULDA 5LMUK 1J5EK 3CCQN 3H1VX 4CBXA 3CCLN 4W5QA 1BUPA 3BDPA 3SYZA 3FFKB 3RMBA 4LF7K 1CXQA 4FWPA 3L2WA 3WXIA 5BREA 4I7FA 4NO7A 2XO7A 3QNOA 3IKMA 4IDKA 3WNEA 3P1GA 4H4MA 3DI6A 1Q7YO 3AARA 4OPHA 2LSNA 5BR9A 3KWGA 4KREA 4BRPA 3V81A 4MO5A 3OYLA 2JGUA 3DAWA 3VQDA 4FWOA 4M41A 3GBTA 3J8AA 1ATRA 4CGJA 1LAWA 1CZBA 5I9EB 2G8VA 4AHSA 4OGEA 3KD5E 4KHWA 4XH4A 1Q81O 3MEEA 3B6PA 1JLFA 3O9SA 1XC9A 3SJJA 3SLCA 4JLHA 3M8PA 5CYMA 2QWNA 2X6SA 4CE9A 3KJVA 2VG5A 4B9SA 2GTDA 3AO1A 4CZMA 3R3LA 3EEQA 1CZ9A 3ZEUA 2Q0RA 5CY4A 3I56N 2QWQA 1HYSA 3E66A 3P31A 2XY8A 3AA4A 4I9QA 3RMAA 4FJ7A 3ZETB 4CJ7A 1TV6A 3OBYA 4BR2A 3D7EO 1JLBA 2F4VK 1YTAA 4XH5A 2IS3A 3VQ7A 4IOAL 4B3SK 1HJOA 2W41A 5AZJA 4BE1A 1GLLO 5BRDA 4BG9A 3A5MC 1KVAA 4HTUA 3K5OA 3ZSVA 5AZJB 2I5JA 4KHQA 1TYQA 3M6GA 4H5VA 2DFHA 3FZLA 5AQFA 4CZJA 4FM1A 1JCFA 3NH2A 1KAYA 4C1NK 4AILC 4CESA 1SL2A 4BY9C 4CW7B 4F2RA 5LJWA 3C7NB 3WNGA 1P90A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 1TAQ A;  1HR0 K;  3JSM A;  3DJC A;  1ZYQ A;  4B9N A;  3SMP A;  4JI5 K;  4FJN A;  2O8F A;  3QB0 A;  3V9U A;  5KPZ A;  4YOY A;  3LPT A;  3VER A;  4CFC A;  4FZX C;  1GOB A;  1TUU A;  3O9T A;  3VQP A;  3D45 A;  4ID1 A;  4KV8 A;  4JNE A;  2KZZ A;  3C6T A;  2GEL A;  4DTM A;  2NZT A;  3L4I A;  3AO4 A;  4EP4 A;  3VF4 A;  3AAQ A;  5IWA K;  4AM6 A;  2A40 A;  3B8A X;  2GEM A;  3SI6 A;  3CMA N;  1Z05 A;  1U48 A;  1TKZ A;  3V6D A;  3P5J A;  3T1H K;  1B92 A;  1Z25 A;  3VQ4 A;  4DCH A;  3A5O C;  4CJR A;  1IBM K;  1BOT O;  4CEO A;  2YKM A;  4YFU A;  1NK7 A;  1L3T A;  4F4K A;  4BG8 A;  2AP1 A;  4DF8 A;  1NKE A;  1T7P A;  4FPA A;  2ASO A;  2VG6 A;  3O1B A;  2ZGZ A;  2NLX A;  4BC5 A;  4CGF A;  1T3V A;  4B8C A;  3O4W A;  3UB5 A;  3ZT2 A;  4JKG B;  2E1Y A;  4DQ8 A;  3C95 A;  3A8Y A;  3RSE A;  1FK9 A;  3UKU A;  3ULE A;  2P9U B;  4C8L A;  4IFE A;  3KWI A;  3JXU A;  4PWD A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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