3CD6N

Co-cystal of large ribosomal subunit mutant g2616a with cc-puromycin
Total Genus 37
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
37
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords 50S ribosomal protein L2P
publication title Mutations outside the anisomycin-binding site can make ribosomes drug-resistant.
pubmed doi rcsb
molecule tags Ribosome
total genus 37
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2008-02-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
N PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3cd6N00
5DM6L 5DM7L 3PIOL 5H1SQ 1KQSM 2OTLN 1YJNN 1W2BM 1VQ5N 5MLCQ 1KC8O 2QA4N 3DLLL 1N8RO 3I56N 4UY8O 1YJ9N 1QVFM 4IO9L 1VQON 5HL7L 1YI2N 5GADP 1S72N 1VQ8N 1YITN 1VQ9N 2ZJQL 5GAGP 2ZJRL 4WFBL 4WCEL 3CCQN 3CPWM 3I55N 3CXCM 1YIJN 1VQPN 1VQKN 3CCMN 3CCJN 1Q82O 1M90O 1Q86O 4WFAL 1VQ6N 2OTJN 1YHQN 1VQ7N 3CC2N 1Q7YO 3CMAN 2QEXN 1K8AO 1Q81O 1JJ2M 3CCSN 3J7ZO 1ILYA 3CMEN 4IOCL 2ZJPL 3CD6N 5GAHP 5GAEP 1NJIO 5JVHL 3CCRN 1K9MO 3PIPL 3CCVN 1VQMN 3CC4N 3G71N 3CCLN 4IOAL 1VQNN 3G4SN 1M1KO 1OVYA 3CF5L 3OW2M 1VQ4N 1VQLN 3CCUN 1K73O 3CC7N 4WFNL 3CCEN 4U67L 3G6EN 5JVGL 1KD1O 1QVGM 1YJWN 4WF9L
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1BWFO 3C6AA 1L5UA 1RT5A 3PSIA 2R7YA 4DV0K 4OKKA 2P1JA 3DRPA 1RNHA 4I6MB 3TTFA 1RBUA 3AAPA 3V9XA 2WUSA 5F1XA 3HI0A 3E66A 3TAPA 3DLLL 1BISA 3R1XA 1XNQK 1TAQA 1TK0A 5AJ3K 1EX4A 2YNFA 3OYHA 5IWAK 4H4MA 1SKSA 3O1WA 3SLCA 1D8YA 5AQWA 1P90A 2NUBA 4NXMK 3BUZB 1NOYA 4JK9A 4H5WA 2P9SB 3ZT0A 3UKUB 2HBMA 5TKWA 4DV5K 3T1HK 3MCAB 3OS0A 5EXWA 1JJ2M 3WXKA 3JYTA 3VEXA 2GWJA 2G8FA 1ZBIA 4Z4IA 4Y1DA 1OVQA 3CETA 3D6RA 2KHOA 3HYFA 3U9DA 1MWMA 1LAVA 1R0AA 2HHHK 4GKJK 4CEFA 4IOAL 3KKSA 2D0OA 4DU1A 4KHUA 4NLCA 1S9GA 1EKEA 5JS2A 3SPYA 4FO0A 2QWQA 1WAFA 1ZYQA 2E20A 1N34K 4JKGA 4JI0K 4GV6A 2E5LK 5E84A 2IOCA 3OJUA 2G8IA 2D0BA 3AA4A 3P31A 1VSLA 3VN5A 2QXFA 3LP0A 4FK4A 1HR0K 2EX3A 3RTVA 4B9SA 5BR9A 3QNOA 3FZMA 1BDGA 1KD1O 1GLDG 2A40A 4LF8K 1J6ZA 3R8EA 3OYCA 4AM7A 5KTQA 2PBDA 1NK8A 1Q9XA 3C95A 5T7BA 2P5GA 5AQGA 3D7EO 3VETA 3EZWA 1NK9A 1N5YA 2NRVA 3CQ8A 1G15A 1YF5L 5MLCQ 1C0MA 3ZT3A 1U2VA 4FW1A 3J80O 4PQUA 4KTWA 4XEIA 4EAHD 1N8RO 2B6AA 4ILGB 3RSEA 5M1FA 5CR4A 4BR4A 4BC5A 1TYQB 3SQ0A 3O08A 1H1VA 1VQON 1RDDA 2GUPA 3AVHA 5EX5A 4OVLA 5M1NA 4FWOA 1VSIA 3HM9A 1S72N 4I9LA 4N5SA 4CIGA 1EXQA 4M3UA 4NYNA 2NNWA 5C25A 2X6NA 3LAKA 1VQPN 1VQKN 2O8EA 2HOEA 1GOCA 4ELVA 4ID5A 3JS6A 1GLAG 4DTUA 2FBXA 3VF2A 1KXPA 1U6ZA 4BE2A 4NCAA 5K14A 3SJHA 3HVRA 1WBBA 3MK6A 3J7ZO 2D1KA 1S1XA 1XHXA 3VEVA 1BG3A 2CH6A 4OPHA 4CEZA 5LL6Z 4PWDA 1NJIO 1EO1A 4KHPK 4FJGA 1OH5A 1XWLA 4CGGA 2CGJA 3NVMA 4BC3A 3OS1A 3ID6A 3SI6A 3SJJA 3THYA 4W5RA 1OH8A 3PLAA 4C8KA 4XH4A 1L3VA 3UB5A 4J2DA 4O55A 4BR5A 3AGRA 4CGFA 4DUZK 4F3TA 2CGLA 4CFAA 2P9IA 3Q7CA 3CCUN 3AVLA 3T1YK 1N6QA 3M6GA 1K73O 5AQUA 3B8AX 4FXDA 3GL1A 5C10A 2I7NA 5BPNA 3HJFA 2Z1IA 3A0IX 4PKGA 1IBMK 1JLFA 4DSIA 4AH9A 4BROA 1ASWA 2E2NA 4K43A 1QQCA 3DXKA 4B08A 4CFBA 2CH5A 3KK7A 4DTRA 5DM7L 2BDPA 1IKWA 3MEGA 4IKFA 4KFBA 3LP3A 1RDCA 3QESA 1P8ZA 1JXBA 1XHZA 5AZIA 4ISFA 1TKZA 4IJAA 2UUAK 1YJ9N 5M1QA 3O4WA 1JCEA 2YHAA 4DTSA 2VYPA 3JXUA 2O8CA 3D2FA 1YITN 2Q0UA 1T6CA 1NKCA 3AVKA 2NZTA 4E19A 1T44A 4FJ9A 4IZ9A 2DFEA 4JK7A 5LY3A 3NMUA 2Z1GA 5CYMA 4B9LA 4DSFA 1YUWA 3P83D 1D5AA 3MN7A 4O8UA 1QHTA 2QW9A 3D2EA 3CCSN 4FJXA 4O44A 3CMEN 4BC2A 4BDPA 1ZC6A 5AQQA 3WUHA 4JI4K 1T8EA 1BL3A 2GUIA 3ZYYX 4DU4A 1XC9A 1R59O 1WSHA 5JVHL 2E2PA 3G71N 5JLFA 4PL8A 2NRWA 3IDHA 1V4SA 4CE9A 2YJEA 4G1QA 4DQSA 3K59A 5EVZA 3IFRA 5FRNA 4DKWA 5HRRA 4MLHA 3WEEA 1NU0A 3L2VA 1KAXA 3VEYA 3PY8A 1NJYA 1TAUA 2VWKA 2O4GA 4A57A 3L4IA 4N47A 1TUUA 1CZAN 4KH5A 1D9FA 1SL0A 1DKGD 2ZQBA 1SKRA 1JKHA 4V19S 5FROA 3MX5A 2J4RA 3P5JA 5FPEA 3HP6A 3BP8A 2BE2A 5EU7A 1T05A 3MX2A 1IBLK 3SQ2A 4JAXA 4AHVA 4FZYA 4DR3K 1TV6A 4IG3A 5C15A 3L8BA 4B9TA 3LZIA 1KAZA 4PKHA 1VK0A 1KC8O 3FZHA 5F2RA 3S9HA 3VQ6A 3TAFA 2YKMA 3PSFA 2W42A 1QVFM 4KAZA 3ENOA 3LDOA 3HPGA 2VGNA 4B9UA 4UQGA 1C0TA 2Q31A 3RMDA 3O9QA 3M5RA 5C42A 1HQEA 2QI2A 2IVOA 4DUYK 1A5VA 2D5RA 2IVPA 4WCEL 3RVCA 1LCUA 3FE1A 1S9EA 2ZGZA 3NAEA 2KZMA 4GY2B 3WXLA 3CCJN 3K5LA 1VQ6N 3N4PA 3RMBA 3QIOA 3OYGA 4M3WA 3H08A 1WB9A 5C12A 4PUOA 3H6EA 4QS9A 1BGXT 4FLWA 1IV0A 3AVCA 3THXA 3BGRA 4CHQA 3KWIA 1XI1A 4KO0A 5SZTA 4DR4K 3FGUA 4ID1A 4DSLA 4IOCL 4H0TB 3TU5A 2P5OA 2HF4A 3HPOA 4FLTA 2WONA 2XRIA 4K41A 4B1XB 2UYTA 3TARA 4FYDA 2A3ZA 4O4GA 1M1KO 4FWSA 1YTAA 1RT4A 3O5BA 4NCBA 2YV0X 4JEPA 3LPTA 5AQXA 1GLJO 3KVGA 3F73A 3VOVA 1KVCA 1VQ4N 5BPLA 3NFAA 4CVNE 2RKIA 3TPQA 4FWMA 4B1ZA 1RFQA 3HRGA 3VENA 5HP1A 1FK9A 4Z4FA 1HYSA 2WFBA 4CHZA 4DFJA 3KHYA 4C1NK 4QAGA 3KD1E 3QLHA 3KIOA 4WYBA 4BR2A 4QS7A 1XC3A 4FJIA 3E01A 4I6MA 1S6QA 2KKZA 4JKFA 4BC4A 3OYMA 3G25A 1SUQA 3RMCA 2Q3SA 3VERA 3ATUA 1I94K 1VQ5N 4JI3K 4CJVA 4BWJA 1KLMA 2OANA 1TUYA 4WQ4C 1D4XA 4UY8O 4BRFA 1C0GA 3ATVA 3CQXA 4BGBA 5HL7L 3G0ZA 5I9EB 3TSUA 2YHBA 1VQ8N 2WC9A 1XMQK 4MO4A 3D45A 1HPMA 5AQIA 4EP4A 4Y0WA 4RW7A 3SUQA 3CM6A 4DSEA 3V9UA 2RHKA 4BG8A 1QS4A 5E41A 2P9SA 4JI6K 1Q82O 4F3OA 3UKUA 3CPEA 3AO5A 3A8YA 2OTJN 1NGGA 4CZEA 3AVMA 1FJGK 5ELZA 4M63C 3CMAN 2YCHA 1IH7A 2GWKA 1J9AA 2Q2RA 4KHYA 3NF9A 2A1RA 2G8WA 5DK5A 4OJRA 1BA1A 2ZJPL 3ZLJA 3DLEA 1NK6A 3L2WA 3C7NB 2H3GX 3VESA 4BG9A 4C1NI 5KPTA 3JAMO 4ZTJA 1U48A 4RW8A 3KLFA 3ZSXA 4K25A 1ZBFA 4CK3A 2Y1IA 4U7BA 4FJNA 4XIUA 4IDHA 1XMOK 1GOAA 1IKYA 3O3HA 3FZLA 1X9MA 3RWUA 4FLVA 3LDNA 1CXUA 4ILHA 1SQKA 1U47A 4JS4A 1V4TA 5IT9O 4O0IA 2FF3B 3IUCA 4F2SA 1RT1A 4N56A 5C0YA 1EWQA 3HO1A 4FL9A 4L3QA 4E7HA 3GOIA 3OVNA 1TGOA 2A6AA 2G8KA 4LF4K 4O5FA 2XY8A 4YOTA 2HBKA 3S41A 4BRLA 2PY5A 3OBWA 3EKUA 1ZBSA 5B8HA 4FJ8A 4DTOA 4DTPA 5AQKA 4CJLA 4FJ5A 4CF2A 3OTOK 4I7FA 3MXIA 1TYQA 4DV4K 4B3TK 3LDSA 4A59A 4O5BA 1IO2A 1X3MA 4MFBA 1RTJA 3OYEA 3NDKA 4C8NA 4BREA 3VQAA 3LDLA 4BQLA 1UA0A 4IJNA 2W6LA 3AAQA 4IO9L 1FKOA 2G8HA 2PZSA 1DGKN 4GNIA 2IC3A 1YAGA 4GV9A 1JLAA 3SBTA 4DFPA 3TI0A 3DRSA 3CJBA 2NRRA 2GV9A 5KI6A 4GV3A 3LAMA 3SNNA 3O9SA 1NK5A 5J2MA 4X64K 1YIJN 1A5WA 3SCXA 5CHIA 3CCMN 1E3MA 2FSNA 4B1VA 3B6OA 2HHUA 5TKYA 2FF6A 3QNNA 4YOYA 3F9KA 1Q7YO 3SMPA 3IRXA 4FM2A 3KLGA 1JL1A 4G9ZA 2YI1A 4CF9A 4CGJA 3QMLA 4W5NA 2HNZA 4CF8A 3DLRA 2OPRA 2ASOA 3VTHA 1C0FA 1J54A 5HRNA 3B6PA 3PIPL 4CD3A 3DM2A 4DV3K 3GG4A 3H1QA 3CCLN 1LV5A 4CZGA 2HMPA 1WSJA 4B3RK 2P9KB 1G99A 1U45A 3V1QA 1JLCA 3DOLA 4DFKA 3AVJA 4H03B 3TR8A 5I3UA 1Z25A 4CJ3A 4BR0A 4HCCA 1ATRA 3C65A 3O3FA 1DTTA 4AQYK 1NJXA 2HNDA 3MXMA 3S3OA 2IAJA 4FWLA 1UOCA 3K0SA 2EHGA 3ZEUB 1QHAA 3A2FA 4EZ6A 2YHYA 3R6MA 4DTXA 1C1CA 2D4WA 1N33K 4K8XA 2F9WA 2ZF5O 3QDKA 4YOXA 3MN9A 1MU2A 3F9MA 4OGEA 4LFBK 3O6WA 3CJ7A 2KTQA 3QEXA 2XY7A 1TL3A 5GINA 4CD1A 3OYDA 3A5LC 4RW6A 4OKJA 5FLXO 4CJSA 4EP5A 4RW4A 4JK8A 3NF7A 3ENBA 1WSGA 1NMDA 5FPDA 1B9DA 1QZ6A 2YNIA 1GLBG 3ZSQA 2DY4A 1BIZA 3LDPA 4OX9K 3I8DA 3LL3A 4NB4A 2W40A 4F4KA 4HHTA 3VMFB 1HX1A 1NNEA 1RDBA 4LF6K 2HVIA 3AGKA 3FLCO 3ALYA 3MDQA 4CIEA 4K42A 3HSTB 3SZ2A 2G8VA 4BRCA 1HUXA 4H0PA 2GELA 4B1YB 1I39A 3QEIA 3A5MC 4JI7K 4YDUC 3ZSWA 1EWRA 4LF7K 3V1OA 2A1SA 2YNHA 3KLEA 2KW4A 3AA2A 1HJOA 1X1PA 3L0QA 1YVUA 3ZSOA 3ZCMA 4AHTA 4FOIA 1YXQA 4FVMA 2OA8A 3THWB 4IFVA 1RDUA 3QFUA 4H4OA 3NF6A 4X62K 1N32K 1OH6A 1S6PA 3CI5A 1EETA 4KHSA 3CG7A 4CEOA 3AV9A 5BRFA 1F21A 4LSNA 4B9NA 2Y1JA 2Q36A 4CEBA 2QKKA 3DLKA 2VWBA 4J8FA 4FCYA 4BRIA 2QWMA 3ZT1A 4CESA 1UA1A 3DMJA 4JKBA 2QWRA 4A2AA 1XQSC 3O80A 2QWOA 3VEWA 4B8AB 3MN5A 1CZBA 1N36K 4IXCA 3C0BA 1BCOA 2RN2A 4IFYA 3ZETB 3ZSYA 4IEEA 3VQDA 1VSHA 1IG8A 1NK4A 4FJ7A 4FWPA 1DEJA 4OO1J 1WSFA 3CFOA 3I56N 1U4BA 1QTMA 1T7PA 5M1KA 1W97L 2HHQA 4CK2A 2E8AA 1WSIA 2NRTA 2BGGA 2OCEA 5LJVA 4YOUA 3SV3A 4X66K 4RW9A 3W0LA 4CEAA 4HUGA 5J2PA 5AQYA 1GLLO 4KHNA 3U9ZA 1HNVA 3GBTA 4CEQA 4B9MA 2E1ZA 1QE1A 1IBKK 5HROA 1K8KB 5HOOA 4JS5A 2V7ZA 3VEOA 4CBWA 1KCFA 3H45C 4BRAA 3TTDA 5CE3A 5GAHP 3L6QA 1BU6O 4J2EA 1RDWX 4R79A 3V9ZA 4WQ4A 5KRTA 3J81O 4ISEA 3O8MA 2FLOA 2E1YA 1HNIA 1NGDA 1GLCG 3CC4N 4BWMA 3O9UA 1U49A 4CIFA 3DAWA 3SUNA 5AFUH 1JLEA 1NGFA 4E1MA 1X9SA 4WE1A 1NGCA 3L2UA 2F9TA 3EZ5A 3QEPA 1NOZA 3L3UA 4W5OA 5AFUA 3F2KA 3SPZA 3LANA 3OYBA 1RTDA 5AQVA 4R5PA 4CEEA 3U3YA 2QM1A 1RT6A 1VAZA 1LW2A 2E4LA 3ZX0A 4KI6A 3KLHA 1MDUB 1TKDA 1JLGA 2F4VK 4YORA 2WOMA 4WQ5C 3HSCA 3VQ7A 3I8BA 1TKTA 3OY9A 1QVGM 4M45A 1YJWN 4WF9L 3DJCA 4FW2A 4RWTA 1QQOA 3QETA 4KB0A 1LWCA 4DQQA 4FWNA 4JKEA 5H1SQ 3VGKA 3NGZA 5AQJA 3NVKA 2E2OA 4CGDA 4CCHA 2P9UB 5AQZA 4E7KA 2KQ2A 1J5EK 4KRFA 1RILA 2HBLA 4YOWA 5EY4A 4LD0A 4LSLA 3DLHA 4B9QA 2Z1HA 1RT3A 4XH5A 1JCFA 1YI2N 3ISNC 4NO7A 3L4QA 4JKDA 3DYAA 2HHSA 3V9WA 3T3FA 2AJQA 3FFIA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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