4JLHA

Hiv-1 integrase catalytic core domain a128t mutant complexed with allosteric inhibitor
Total Genus 45
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
45
sequence length
154
structure length
138
Chain Sequence
CSPGIWQLDTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKTAWWAGIKQEFESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNKKRKGGGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase/transferase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus type 1
publication title The A128T Resistance Mutation Reveals Aberrant Protein Multimerization as the Primary Mechanism of Action of Allosteric HIV-1 Integrase Inhibitors.
pubmed doi rcsb
molecule keywords HIV-1 Integrase catalytic core domain
total genus 45
structure length 138
sequence length 154
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-03-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4jlhA00
2RF2A 2A1RA 1B9FA 3ZT1A 1CZ9A 3AO1A 3SUOA 4FJGA 4F8RA 2P1JA 1VSFA 3RMAA 4KHYA 4CEQA 3S3MA 4W5OA 3RMCA 1BI4B 3G0ZA 3TARA 3AVBA 4F2RA 1UWBA 1VSIA 5FRNA 3IS9A 4DFPA 4IDKA 1CXQA 4Q0BA 1UAXA 1G15A 2ZE2A 4PA1A 4NCAA 3K5NA 1Z25A 3ZT0A 3OY9A 3AVKA 1SKSA 3MXIA 5HROA 3TABA 4K8ZA 2RN2A 4E7JA 1VSMA 4CIGA 4BWJA 4KTZA 1S1UA 2YKMA 4I7FA 4BDZA 3OS0A 4FLZA 4FM1A 4DQQA 4FLWA 1R0AA 4NCBA 1MU2A 3L2WA 2JGUA 1JXEA 3AA5X 1S1VA 4UQGA 4E7KA 4LY7A 3PX0A 2YNFA 4KHQA 3MEDA 2HNYA 3M8PA 3ZSYA 4M3TA 3RRHA 1HYZA 5KRTA 4DTMA 4KTQA 3RRGA 1ZBHA 3VQ6A 4HUEA 1NKCA 3DLEA 2P5GA 3VQ5A 1HNVA 3VQCA 4AHRA 3KTQA 3HO1A 4CCHA 1B92A 1UA0A 4E89A 3PX4A 4BE2A 4DU3A 3HJFA 4KREA 2HW3A 4RG8A 2HHXA 1BHLA 2YV0X 2HVHA 3IRXA 1ZYQA 4CESA 1RBRA 4Z4EA 4CFAA 3LP1A 1LWCA 3KK3A 1T05A 2Q3SA 3MECA 3NF8A 1X9WA 3OYFA 1LW0A 2XY5A 1SL2A 3L2UA 4KRFA 1QHTA 2B6AA 2FBYA 4LH4A 4C8OA 3CM6A 4CJ3A 1IG9A 1VSEA 4KAZA 3HVTA 4TSXA 4DTPA 1QTMA 4CIEA 4FJ9A 3VQAA 3K5OA 4CHPA 4CGIA 4CFBA 4J2BA 1HRHA 2VG7A 4FJ7A 1SUQA 1WSEA 3B6PA 2OA8A 1BQMA 3U3GA 1NKBA 4DSIA 1WN7A 3KLEA 4BDYA 4CF1A 1T7PA 4CJTA 1J53A 3OYHA 4QCLA 4DSLA 3QIOA 4FJXA 1BQNA 1IKWA 1HJRA 4GVMA 5JS1A 3RR7A 4BE1A 1JL2A 3L8BA 1IH7A 1O1WA 1RDDA 4AHSA 1EX4A 4CGHA 2QK9A 4E19A 3NE6A 4CJKA 5C42A 1EKEA 3DLGA 1QS4A 3TAQA 3O3FA 3V9UA 4F3TA 4CE9A 1CLQA 2KW4A 2O4IA 1TKZA 2GUIA 4HCCA 3HP9A 4W5NA 2Z1JA 3CFPA 1B9DA 3EZ5A 3CYMA 1A5WA 4OGEA 4RW7A 3SUQA 4M3WA 1WSGA 4GMJB 1ASVA 3V1OA 3TAEA 4Z4IA 1RT4A 3ZSVA 3NH0A 4CHNA 3NDKA 4KI4A 1GOCA 2D0AA 3C94A 4LSLA 1JLEA 4Y1CA 5KTQA 3LWMA 4FJMA 2PYJA 1ZBIA 3B6OA 1D8YA 3AVNA 3NH2A 4CEEA 3NH1A 2OZMA 2ITGA 4LH5A 3NF7A 3M8QA 4DTRA 4E0DA 1NK5A 1NK6A 1DLOA 1WLJA 3RMDA 1K6YA 4FJJA 3HPGA 4JRQA 1BI4A 3HT3A 1UA1A 4RW6A 3PO4A 4Z4FA 3QNOA 1U47A 2YNIA 4CHYA 1L3TA 1NK9A 1LW2A 2HNDA 1RDBA 3LWLA 3OYLA 1RT5A 3NHGA 4RW9A 1SKWA 1YVUA 2OPPA 3DRSA 3THVA 1T8EA 3OJSA 1TL1A 4FJ8A 1XHXA 2DFHA 1HNIA 3QEIA 1Q8IA 4M3XA 3L3UA 3KLIA 3TAGA 4ZTJA 1VSDA 4XIUA 4B9UA 4B9NA 1REVA 3DOKA 4CEDA 3ZT4A 3T19A 4AILC 1BCOA 3BDPA 2HHWA 5HRNA 4FW2A 2FBTA 3NGYA 3RR8A 4DQPA 4FK0A 1VSLA 3DLRA 4Q5VA 5DMRA 5E41A 4DFMA 1QQCA 2ZD1A 4CEBA 3VA3A 3TAPA 1RBVA 1U04A 4JLHA 3TR8A 1W0HA 3CM5A 2G8FA 1KFSA 4C8LA 3V1QA 1D9DA 1KCFA 1TKDA 3DLBA 3LPTA 4I9LA 3OYDA 2HMIA 2HHSA 4B9SA 1BISA 3V6DA 1U45A 2IC3A 4FJKA 2JLEA 1NK7A 3CFRA 1X9SA 2G8WA 4DTOA 3MXMA 1LAVA 4B9VA 4CEZA 3SQ4A 4E3SA 4DTNA 2KFNA 2DY4A 3DRPA 3NGIA 2G8UA 4PUOA 3TAMA 2R7YA 1S1WA 1TVRA 3HSTB 3PX6A 1JLBA 2VG5A 4CF2A 1EETA 1TAQA 1ITGA 4FJLA 3KLGA 4LD0A 2GBZA 1FXXA 2OYQA 3QEWA 3WNGA 1C1AA 2YKNA 1XI1A 4ELVA 4F4KA 3C95A 4J2AA 4G1QA 3HXMA 3QESA 1L3SA 1KTQA 2G8IA 5HLFA 4B9TA 4EP4A 4DF8A 3M8SA 5K14A 3V1RA 3ZT2A 3S3OA 4KB1A 3OJUA 2X6SA 1Q9XA 4O0IA 1JLGA 3SV4A 4B9MA 3IAYA 5CZ1A 2PZSA 3LZJA 4E1MA 3K59A 2E6LA 3K5LA 1RNHA 4FM2A 3ZSRA 4DMNA 3RWUA 1RDAA 1SL1A 4MQ3A 2Z1HA 3RMBA 5KRSA 1A5XA 3OYMA 5CZ2A 4CIFA 4FCYA 3KLFA 1SL0A 3QEVA 4DSEA 4FJNA 4O44A 4CFDA 4OPJA 4CJFA 1L3UA 3QLHA 1RT7A 1JKHA 3VQ8A 3U6FA 5J2QA 2ZQBA 2GV9A 1CZBA 4FW1A 1S9GA 4ID5A 4CEAA 1DTQA 4CJRA 1VRUA 2B4JA 2D0CA 2HHQA 3AO5A 3WNHA 3LANA 4CFCA 4Z4CA 2PY5A 4N47A 3DRRA 2BGGA 3SQ1A 4CF8A 3L2QA 3OVNA 4CEFA 1C6VA 1TAUA 4M41A 4CJ5A 4M3YA 3M8RA 4NYFA 3OYJA 1C0MA 2OPQA 4DSKA 4FK2A 2KZZA 1BGXT 2FBXA 3LPUA 2XHBA 4AHTA 3QERA 3DI6A 1LV5A 2EX3A 4CK2A 4CJEA 4AHUA 3QETA 3I0SA 3SUNA 3OS2A 3L3VA 3NBPA 4AHCA 3OYCA 4OKEA 4O55A 2IAJA 4OVLA 4FXDA 2KTQA 4CJSA 1J9AA 1Y97A 1C1BA 4PWDA 1GOAA 1YT3A 3SYZA 4I2QA 5C24A 4CJVA 3O3HA 2HNZA 3DOLA 3LAMA 3KK2A 2AJQA 3HVRA 3AVGA 4HUFA 4DQRA 3SJJA 1RT3A 2LSNA 1JLAA 1HQEA 1WSJA 3NFAA 3ZCMA 4CGFA 2VWJA 3VA0A 2XY6A 3I0RA 2X6NA 3CQ8A 4OLAA 4H8KA 2E6MA 3V81A 2F96A 3K57A 1XC9A 4Z4GA 1TKXA 4BWMA 3MAQA 5CY4A 4HCBA 3HPHA 1S1TA 2ETJA 3C6TA 3A2FA 4DQSA 3KKSA 3ZSQA 4DTJA 4FYDA 3PO5A 4RW8A 2PYLA 3LDSA 3VQBA 2BDPA 2NUBA 4NCGA 2WONA 4CERA 3SQ0A 3VN5A 2XO7A 4N76A 1SV5A 3KIOA 4OKJA 1N5YA 3AVCA 3UIQA 5J2PA 5SWMA 3P83D 4DU1A 1I3AA 2B5JA 2G8VA 3DLKA 5CYMA 1QE1A 4FLYA 2Y1IA 2KQ2A 3ZSXA 4GW6A 1QSSA 4DG1A 4DQIA 1RTHA 4KTWA 5SZTA 4JRPA 1TGOA 1RTDA 2VG6A 4FZZA 4BACA 3SUPA 4BE0A 3D0PA 1S1XA 2Y1JA 1NOYA 1NOZA 1I39A 3PUFA 2Z1GA 3AVLA 1RBUA 4IG3A 4M3RA 2IS3A 2KZMA 4I9QA 1RBSA 2O4GA 4CJUA 1GOBA 2D5RA 1TKTA 3FFIA 4CF9A 4O4GA 3SI6A 4ICLA 4MFBA 1JXBA 3ULDA 4DFJA 1IKVA 4EZ9A 3BGRA 1RTIA 4DFKA 4FJIA 1WAJA 3F9KA 5DK5A 3AVAA 2G8HA 4PQUA 3QNNA 1RCHA 1S9EA 3O4NA 2OZSA 2ATQA 3NAEA 1IKYA 1VSJA 3SPZA 1QSYA 3H08A 4DLGA 4IFVA 4OLBA 2P5OA 4FK4A 4H4MA 3O4QA 1VSHA 1NKEA 2HVIA 3CG7A 4IKFA 3DLHA 3D45A 3WNEA 3TWHA 1DTTA 4ZHRA 4HUGA 1IKXA 1WSFA 3QIPA 3OYNA 3MXJA 4KHNA 4FLTA 3NCIA 1HMVA 3AVMA 4DS5A 5FROA 4W5RA 1NJXA 2HHVA 3EYZA 3V9ZA 1YTAA 4AH9A 3P5JA 3LALA 4FVMA 3QO9A 2E4LA 1BL3A 3KKRA 3P1GA 3QINA 5J2MA 3QEXA 3SCXA 4CEOA 1ZBLA 1JLFA 4CGJA 4DWIA 1ASWA 4Y1DA 3HL8A 2YNHA 3PV8A 1BCMA 5KGWA 5HRPA 4WE1A 4RW4A 3OYAA 1U48A 1LWEA 3VQQA 4B9LA 4DTUA 3VQPA 5I42A 3TAFA 3MEGA 3AA3A 1RT6A 1C0UA 2QXFA 4CGGA 2FBVA 2IOCA 4CF0A 3T1AA 3AA2A 3S9HA 4F2SA 4QAGA 1NK8A 1QSLA 1WNSA 4YNQA 1T03A 3KD5E 4M3UA 2KFZA 4HHTA 4KPYA 3AV9A 4B8CA 1VSKA 1XWLA 1HQUA 5HRRA 3NGZA 1XHZA 4PY5A 1LAWA 3E01A 3HP6A 3F73A 4ID1A 2WOMA 3K5MA 1U4BA 1FKPA 4IFYA 4CJQA 4KB0A 1EP4A 1S6PA 3ZSWA 4B08A 4CHZA 4DS4A 5CYQA 4FLXA 1RDCA 1NJYA 2BE2A 1C1CA 5J1EA 3C6UA 5KGXA 1A5VA 5T7BA 2Z1IA 3DYAA 1D5AA 4ELUA 3VQ4A 1N6QA 4W5QA 4KV8A 1RTJA 2P51A 3EY1A 3KD1E 4H4OA 4KO0A 1KVAA 1RT1A 2YHAA 3K58A 3KJVA 2QKKA 3OYGA 2VWKA 3QEPA 3SNNA 4KHUA 1KSPA 4KI6A 1KVCA 3NF6A 3AA4A 4M42A 1J54A 4E7HA 4CK3A 2OPSA 4M3ZA 3AO2A 4C8NA 4HVJA 4J2EA 5HRSA 4EZ6A 3AVIA 1NK4A 3TANA 1D9FA 4N56A 4CJPA 2X78A 4M45A 2F8TA 4DTSA 2DFEA 2RKIA 1JLQA 3JSMA 4N5SA 4O0JA 1LWFA 3ALYA 1BIZA 3AVHA 3LP3A 1WSIA 4K8XA 1HYVA 1VRTA 3AVFA 3S3NA 3AO4A 2DFFA 3K2PA 3V9SA 2F8SA 4BDPA 1HPZA 1KLNA 1JL1A 4KKOA 2BANA 1SKRA 4KHWA 4DSFA 1WAFA 1EXQA 4IBNA 4KFBA 4CGDA 3AO3A 3SPYA 4CJ4A 4CK1A 4FJHA 4L8RB 1FK9A 1UOCA 2IGIA 3ITHA 3ZT3A 1NJZA 1HYSA 4Z0UA 3ZSZA 3L2RA 4JS4A 1RBTA 3L2VA 4W5TA 5J2NA 4FZXC 3CFOA 3TI0A 1KRPA 3LAKA 3OYBA 3KLHA 4ZTFA 1J5OA 1NK0A 5HP1A 5HBMA 1Q9YA 1W9HA 1X1PA 3SZ2A 1KVBA 2YNGA 4E7IA 2G8KA 1ZBFA 2QKBA 3ASMA 4Z4HA 2D0BA 4FLUA 2HHUA 1L3VA 4JS5A 2OPRA 4DF4A 1TL3A 2EHGA 1ASUA 4B8AB 1IO2A 4IG0A 3T3FA 1TK5A 4CHOA 2XY8A 3G10A 5FDLA 1BIUA 3ISNC 4CECA 4CHQA 4YFUA 3HM9A 3JYTA 4FM0A 3RTVA 1VK0A 1U49A 3VQDA 1X9MA 1L5UA 5C25A 3SV3A 4LSNA 1RILA 3V9WA 1TK0A 4F3OA 4CJWA 1S5JA 4NYNA 3VQ9A 4C8MA 3OYIA 3AVJA 1NJWA 5FRMA 1KLMA 2I5JA 3I8DA 4KHSA 3DMJA 4OJRA 4DLEA 4AHVA 1ZBUA 3MEEA 4OGCA 2HHTA 3LZIA 4OKKA 5EU7A 1KFDA 4DU4A 5KI6A 4EP5A 1YTUA 3WNFA 3LP0A 5D3GA 4DSJA 1TV6A 1RT2A 4ELTA 4FLVA 4J2DA 4C8KA 4N41A 3OS1A 1S6QA 1CXUA 1Z26A 3LP2A 2IDOA 2YHBA 4O5BA 2A1SA 5JS2A 3O3GA 2HB5A 3IG1A 3KK1A 2W42A 3NF9A 3PY8A 1FKOA 3VQEA 4E1NA 3U3YA 1WSHA 1F21A 4CJLA 1TK8A 5I3UA 3DM2A 3VQ7A 3HPOA 1JLCA 3OYEA 4FZYA 3V4IA 4DTXA 2FC0A 3HK2A 4B3OA 3V9XA 3SQ2A 4R5PA 3HYFA 4OPKA 2XRIA 3ZSOA 4HTUA 4E7LA 4QOZB 4FJ5A 1C0TA 2RPIA 3OYKA 2XY7A 2X74A 2DTUA 4I2PA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3GG4A 3O4WA 3SUOA 2QWMA 4FJGA 3RMAA 3OHRA 3S3MA 4W5OA 3RMCA 1BI4B 3G0ZA 4F2RA 1G15A 3O9SA 3K5NA 3ZT0A 3GBTA 4PKHA 4E7JA 1BOTO 2QWRA 1VSMA 4CIGA 4BDZA 4FLZA 4DV4K 3FR0A 1R0AA 2IVOA 1MU2A 5IT9O 1HKCA 3L2WA 3AA5X 1S1VA 2F8SA 3MEDA 2HNYA 4IO8A 4MDAA 4K42A 3ULEA 4FO0A 1XMOK 1NKCA 4AHRA 3HO1A 2HOEA 1B92A 2KLAA 2HHXA 4RG8A 1BHLA 2Q1NA 2YV0X 4BG8A 2HVHA 4DV1K 3IRXA 1ZYQA 3KK3A 1LWCA 3I33A 1OVYA 4A2BA 5HOOA 3L2UA 1RGIA 4LH4A 4CJ3A 2ZF5O 1VSEA 3PLAA 4CZKA 3VQAA 3EKSA 4J2BA 1HRHA 2VG7A 2QWPA 3JS6A 1WSEA 3B6PA 3E9OA 1BDGA 1NGHA 4DSIA 4CVNE 2A41A 4DSLA 4BRCA 4JKCA 4GVMA 4PKIA 5JS1A 2FSJA 4BE1A 4K0KK 2ASOA 3CCSN 4AHSA 4CGHA 2QK9A 4CJKA 5C42A 4DV5K 1QS4A 4F3TA 4NB4A 2GUIA 4HCCA 1B9DA 1U6ZA 3EZ5A 3LL3A 1A5WA 4OGEA 2O8BB 3SUQA 4GMJB 1ASVA 3V1OA 1VHXA 1RT4A 3NH0A 4CHNA 4LC9B 1IG8A 4Y1CA 1IV0A 3B6OA 3P38A 2OZMA 3M8QA 2PAVA 4E0DA 1NK6A 3RMDA 1K6YA 5KPTA 4JRQA 3RVCA 2P9SB 1U47A 2YNIA 3OA9A 4CHYA 1X9JA 1LW2A 3CJ9A 2Q2RA 2CH6A 5AQHA 3SMPA 3TTDA 1HNIA 1HNZK 3KLIA 1VSDA 4XIUA 3BUZB 1NMDA 5KQDA 3BDPA 4YDUA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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