4JLHA

Hiv-1 integrase catalytic core domain a128t mutant complexed with allosteric inhibitor
Total Genus 45
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
45
sequence length
154
structure length
138
Chain Sequence
CSPGIWQLDTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKTAWWAGIKQEFESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNKKRKGGGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords HIV-1 Integrase catalytic core domain
publication title The A128T Resistance Mutation Reveals Aberrant Protein Multimerization as the Primary Mechanism of Action of Allosteric HIV-1 Integrase Inhibitors.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus type 1
molecule tags Transferase/transferase inhibitor
total genus 45
structure length 138
sequence length 154
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-03-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4jlhA00
3PX4A 2YKMA 1BISA 2Q3SA 3I0SA 4IG0A 5J2MA 3THVA 1SKRA 1LAWA 1TAQA 1GOAA 1QE1A 3LDSA 2DTUA 3K5LA 4FW2A 3S3MA 1RT4A 2YHBA 4FLUA 1JL2A 1ASUA 3O4NA 3F73A 3SQ1A 4C8NA 3AO5A 4PA1A 4FJNA 3OYAA 2QXFA 3JYTA 1J54A 4CF8A 3CYMA 2G8IA 1B9FA 4FCYA 3CFPA 4KHSA 3AVLA 1VRTA 2X78A 2RKIA 1C1CA 3VQ9A 3QETA 1IO2A 2OA8A 3H08A 1RTDA 3IAYA 2HHQA 4E7KA 5FROA 1BCOA 1RCHA 3VQQA 2D5RA 5EU7A 2D0BA 2VWKA 4JRPA 1WN7A 3WNGA 4YFUA 4FLZA 4DSEA 1VSFA 1EX4A 4CJ4A 4FXDA 4DTJA 2X6SA 2KW4A 1WSEA 3QNNA 1SL1A 2HVIA 3AVMA 2HNZA 4TSXA 5C25A 3LZIA 3AVFA 4BACA 3M8PA 1TK5A 2DFEA 1S1XA 4B8AB 4CFAA 3DM2A 4KB1A 3P1GA 5DMRA 3M8RA 4OJRA 1KVBA 2D0CA 3V9SA 4LY7A 4CIEA 1YTAA 4HUGA 3OYCA 4FK0A 5JS2A 4IFVA 4CJRA 3V9XA 4CEZA 1BQNA 3LALA 4CJEA 2KFNA 2YNGA 3O3GA 1KRPA 2RPIA 4FLXA 1NJYA 3ULDA 2G8HA 1RBVA 2P5OA 3OYNA 3HT3A 4F2SA 1VSHA 3NDKA 3ITHA 4UQGA 2G8VA 4Z4CA 4C8KA 4M3TA 4CK2A 4BDPA 4RW8A 3DLRA 5HBMA 3AVBA 3MXJA 4E7IA 3T3FA 2A1RA 4DSIA 2P5GA 1VRUA 1SL0A 4KFBA 1WSGA 3O4QA 1IG9A 1EP4A 2BANA 3TI0A 2FBXA 1TV6A 1C0MA 4OVLA 2JGUA 3OJSA 4DMNA 4OPJA 4RW4A 4FJ8A 4CEDA 4M3XA 2WOMA 1T03A 4CGGA 4DFMA 1ASVA 2YNIA 3ZSQA 4KI6A 1Z26A 1ZYQA 3C6UA 3ZSYA 4CHYA 2HHXA 1NKEA 4H8KA 4CECA 4Q5VA 4CEFA 4DWIA 1D5AA 1TL1A 1FKPA 2HNDA 1ZBFA 3NGIA 3K5NA 1SKWA 4F3OA 4K8XA 5FRNA 4F3TA 1HQUA 4ELTA 1VSEA 1QQCA 3KLEA 4DG1A 1L3SA 1Z25A 4L8RB 1S9GA 4E7LA 4I9LA 1KLNA 2KZZA 3DLHA 2DFFA 1TL3A 2PZSA 1NK8A 3NCIA 5KGWA 4DF8A 1WSIA 1RT3A 1ZBHA 2XY6A 1I3AA 3VN5A 3V6DA 4F8RA 3L3VA 3HPOA 1JXEA 1LWEA 2BGGA 1NJWA 3RR7A 2A1SA 2D0AA 2GUIA 2IS3A 3K2PA 4M3RA 3NBPA 4CE9A 3LANA 1DTTA 4CESA 1S1UA 4HVJA 4DTPA 5I42A 1RBTA 4CJ3A 4O5BA 1NKBA 3L2WA 3EY1A 4FJ9A 3DI6A 1LV5A 2ITGA 1CZBA 2OZMA 1NKCA 3KD1E 4CJTA 1S9EA 3DLEA 3ZSRA 3QERA 1R0AA 4AH9A 4IG3A 4FK4A 1WSHA 3LWMA 4ELVA 1HQEA 4KKOA 3SNNA 4FLVA 1NJXA 4NCAA 4KHQA 2P51A 1JLFA 3AO4A 1D8YA 4W5TA 3MXIA 1VSDA 4B9MA 1HYSA 5T7BA 2F8TA 4I2PA 4OGEA 1RBUA 3RMBA 4ZHRA 1DLOA 2B6AA 1WSFA 2F96A 3K58A 1Q9YA 1KFDA 3AA5X 3ALYA 4LH5A 1NJZA 1JLBA 2OPRA 1WAFA 3B6OA 4ZTJA 3P5JA 1NK5A 2Y1IA 2QK9A 4EZ9A 1LAVA 1G15A 1RDDA 3PUFA 1C1AA 1JL1A 3MECA 4OPKA 4B9UA 3M8SA 3LP3A 3PY8A 4B9SA 4FZXC 3F9KA 3LZJA 4LD0A 3K5MA 4CJSA 4G1QA 2FBTA 1CXUA 5HRRA 3EYZA 1RNHA 3KKSA 1X9SA 2ATQA 3LAKA 2RN2A 3LP0A 4LSLA 4C8MA 3C94A 4CFCA 4FM2A 1VK0A 2IC3A 3U3YA 3TAQA 1BQMA 1X1PA 1L3UA 1VSJA 4ZTFA 4DQQA 4C8OA 4CGDA 1A5XA 5D3GA 3KKRA 5I3UA 2G8UA 4DTSA 1JLAA 4HUFA 3RMDA 1BCMA 4HHTA 1QTMA 4BE1A 3OYHA 4DF4A 1T7PA 4DSKA 3V1RA 1SKSA 4FLTA 5CZ1A 3QEVA 3V81A 1BI4B 1RDAA 4FVMA 4FM0A 1UOCA 1TKZA 1W0HA 1C1BA 1BGXT 4OGCA 1SUQA 1JLGA 4OLBA 2YNHA 2I5JA 3HVRA 3O3FA 1RT6A 2IOCA 1C6VA 1RT5A 4E89A 3SQ4A 3DLKA 1B9DA 4LH4A 3VA0A 3RR8A 3L3UA 1VSLA 4KRFA 3G10A 3VQ7A 3WNFA 3QNOA 1N5YA 1LW0A 3AA3A 3HP6A 2BDPA 4KTWA 4OKJA 3ZSXA 2OPSA 4CEQA 3ZT3A 4N56A 1QSSA 4CEEA 1LWCA 2XO7A 3CM6A 3VQPA 2BE2A 4FLWA 3OYEA 3L2VA 4KTQA 4IBNA 2KFZA 3VQEA 2YKNA 3TAEA 1Q9XA 4H4OA 1B92A 3LPTA 3KD5E 1U45A 3SPYA 4AHSA 1TKXA 1L3VA 4Z4FA 4DTXA 4DTNA 3ZSVA 4CJVA 3AO3A 3KLIA 4F4KA 3SQ0A 3TAFA 1WNSA 3AV9A 4BE2A 1VSIA 2OZSA 1C0TA 4O0JA 1J9AA 3FFIA 3QLHA 4CJWA 4CFBA 3T19A 3KK3A 3L8BA 3QO9A 4CGFA 4CCHA 4PQUA 3NE6A 1HPZA 1S1VA 3MEEA 3G0ZA 3SV4A 4Z4HA 4FJGA 1NK6A 5HLFA 3HVTA 3NH0A 3TABA 2Z1HA 4CF1A 1TK0A 1TKDA 4FK2A 4CEOA 1QSYA 2EX3A 4OKKA 3I0RA 1D9FA 2HMIA 3QEPA 5HRPA 4M45A 5SWMA 4CJUA 3SI6A 2ZD1A 4CGHA 3ZSOA 3O3HA 4WE1A 3I8DA 5J1EA 1HMVA 4Y1DA 2PYJA 4QOZB 1BL3A 3V9WA 4E1MA 2XHBA 3HSTB 1KVCA 4B9NA 4AHTA 2HVHA 1FK9A 5HROA 1A5WA 3VQ5A 5KI6A 3K57A 1KFSA 1HYZA 3SJJA 4KREA 4CF9A 3HXMA 1U4BA 3RMCA 2ZQBA 1FKOA 3OS2A 2O4IA 4FZYA 1WAJA 3OJUA 4DFKA 1K6YA 3VQAA 1QSLA 3CM5A 3ZT0A 4DU3A 3HP9A 1XHZA 4XIUA 4NYFA 1U47A 4DFPA 3PO4A 4CEAA 4CERA 2G8WA 4FJJA 4PUOA 2PYLA 1UA0A 2JLEA 3RRGA 2P1JA 3DRPA 5C24A 3L2QA 3KTQA 2Z1GA 3NAEA 4M3YA 1CZ9A 2AJQA 4BDZA 2YHAA 1RDCA 4AHCA 3OYKA 2DY4A 3DRRA 3ISNC 3IRXA 4CIGA 2QKKA 4OLAA 1BI4A 4O44A 1D9DA 1EKEA 4CGIA 1LWFA 1L5UA 4E3SA 1UA1A 4QAGA 4N47A 1RBSA 3MAQA 4ELUA 1BHLA 3NF6A 4BWMA 2OPPA 3WNEA 1JLQA 3ASMA 1EXQA 3V9UA 4CIFA 1X9MA 1WSJA 4RW9A 4F2RA 4KHYA 1ZBUA 4DSJA 4CHZA 2RF2A 3A2FA 3V1QA 1RTIA 3OYBA 2FC0A 1GOBA 3VQCA 3JSMA 3NHGA 4Z4GA 2HHTA 3AVIA 3K59A 4CJQA 2VWJA 2HHSA 3NF7A 3LP2A 3P83D 4RW6A 3WNHA 4O0IA 3E01A 3MEGA 2Y1JA 3SUOA 4N76A 4N41A 4E7HA 2YNFA 4AILC 4QCLA 1TAUA 5SZTA 4DLGA 1IKVA 4NYNA 4W5QA 1NK0A 3IS9A 3DMJA 1RT1A 3UIQA 4FJXA 4KHUA 1REVA 5KTQA 3AVCA 4FJLA 2HHWA 1KCFA 3C6TA 3IG1A 3QIOA 3SUNA 4Z4EA 4BDYA 1HNIA 4IDKA 4CK3A 3QIPA 5J2QA 1BIZA 4E1NA 3AVNA 4DSLA 3AA2A 3AA4A 3TAMA 3VQ6A 4MQ3A 1IKYA 4FM1A 4MFBA 2Z1JA 4DS5A 1J53A 3OY9A 1F21A 3DOLA 1DTQA 3NFAA 3OYJA 4KHWA 4Y1CA 5KRSA 4DTOA 4FJ7A 3SV3A 3S9HA 3HK2A 3VQ4A 3SQ2A 3DYAA 3DLGA 3NF9A 5CYMA 4AHUA 3CFRA 3QESA 1RT2A 2W42A 4CJPA 2XY5A 1XWLA 3HPHA 4PY5A 4DU1A 3KLFA 1W9HA 4CF2A 3K5OA 2IAJA 1S1TA 4IKFA 1UWBA 3OS0A 4I9QA 1C0UA 1ZBLA 4DQIA 4OKEA 4J2AA 4BWJA 3QEWA 3DRSA 3U6FA 3PO5A 3ZSWA 1QS4A 4JS4A 4DLEA 3QEXA 1YVUA 2VG5A 1I39A 1S6PA 2EHGA 1IKXA 2FBYA 3AO1A 3DOKA 4R5PA 4KPYA 2ZE2A 4B9LA 3AVGA 4I2QA 4FW1A 4E7JA 2F8SA 1GOCA 4HTUA 4CJFA 3LPUA 3ZT1A 4AHVA 5HRSA 1EETA 3AVHA 3KJVA 3RRHA 2XY7A 4DQSA 4CHNA 3PX0A 1U49A 4DQPA 4HCCA 2ETJA 3NF8A 1NK9A 2KZMA 1UAXA 1VSMA 4B9TA 2HB5A 3QINA 1T05A 2XRIA 4W5NA 4K8ZA 4Q0BA 4HCBA 4H4MA 2NUBA 4M3ZA 4FYDA 1HJRA 5E41A 3MXMA 4KAZA 1YTUA 5FDLA 4NCBA 4HUEA 4CGJA 4GW6A 2GV9A 3AVAA 3HPGA 4CK1A 3HO1A 2B5JA 4DTMA 4J2BA 2QKBA 2DFHA 3PV8A 1JLEA 1TGOA 5FRMA 1WLJA 4EP4A 3V9ZA 1J5OA 3HJFA 3B6PA 3ZT4A 4FJMA 5K14A 1KVAA 3VA3A 3SCXA 4M3UA 3TR8A 4JS5A 3TAGA 3TANA 4DSFA 1ITGA 3EZ5A 3LAMA 3AVJA 1ASWA 2OPQA 3D0PA 4E0DA 1RBRA 1JKHA 2VG6A 2IGIA 1CXQA 5J2NA 1MU2A 2VG7A 5CY4A 3KLHA 1XC9A 1NK7A 3OYMA 1S1WA 2E6LA 3OYFA 1CLQA 3TARA 4Z4IA 3ZT2A 1HRHA 3ZCMA 3OYGA 1T8EA 1U48A 1NK4A 4EP5A 3S3OA 4FJHA 4IFYA 4NCGA 5CYQA 2Z1IA 3S3NA 4FJIA 1NOYA 3OVNA 1RTHA 4O4GA 3TAPA 1O1WA 3RWUA 2G8KA 3VQBA 4B08A 3HYFA 1N6QA 4CFDA 2HW3A 4B9VA 4CHPA 4BE0A 1SL2A 1L3TA 2O4GA 4YNQA 4CHQA 1NOZA 2X74A 3CQ8A 3SYZA 4CJKA 5HRNA 2G8FA 3MEDA 1KLMA 3SPZA 1KTQA 4KO0A 4B8CA 4LSNA 4ICLA 1XI1A 3D45A 3NGYA 5CZ2A 4M3WA 3CG7A 2KTQA 3NH2A 3NGZA 5KGXA 3OYDA 3V4IA 2GBZA 3LWLA 4FJ5A 1X9WA 4E19A 4N5SA 2WONA 3T1AA 3L2UA 3RTVA 4ID5A 2HHVA 3DLBA 3PX6A 3ZSZA 2E4LA 1RILA 4Z0UA 2HNYA 3V1OA 1U04A 4CHOA 2B4JA 4I7FA 4JRQA 1SV5A 3RMAA 4KI4A 4FZZA 3U3GA 4W5OA 4M42A 4O55A 2E6MA 3AO2A 4RW7A 2FBVA 1S5JA 3LP1A 4CEBA 3QEIA 2HHUA 4M41A 3VQDA 3BGRA 1JLCA 5C42A 4W5RA 3BDPA 3HM9A 4J2DA 4DQRA 4EZ6A 1A5VA 4DTRA 3KK1A 4CJLA 3KLGA 5HP1A 1Q8IA 3L2RA 4FLYA 1XHXA 3C95A 4KV8A 2X6NA 4KHNA 4PWDA 1ZBIA 4ID1A 4JLHA 2KQ2A 1HYVA 3SZ2A 1Y97A 3CFOA 4KB0A 2YV0X 5KRTA 1JXBA 4FJKA 5DK5A 4CF0A 4KTZA 1LW2A 3KK2A 1RDBA 1VSKA 3KIOA 1FXXA 2R7YA 4DS4A 4DU4A 1IKWA 4B3OA 1BIUA 1TK8A 4CJ5A 2PY5A 4J2EA 4GVMA 3OS1A 2LSNA 2OYQA 1YT3A 4DFJA 3M8QA 4GMJB 3TWHA 1RT7A 1KSPA 3SUPA 5JS1A 1TVRA 1IH7A 3OYLA 2XY8A 3SUQA 4C8LA 4AHRA 5J2PA 4DTUA 1HNVA 3OYIA 3AVKA 4RG8A 1TKTA 1S6QA 1QHTA 3VQ8A 1RTJA 3HL8A 3NH1A 2IDOA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3PX4A 2Q3SA 3RSEA 2DTUA 4FW2A 2E8AA 1ASUA 3AO5A 2WBNA 3OYAA 1J54A 3CYMA 2F9TA 1B9FA 5ELZA 4FCYA 3CFPA 5CHIA 5AFUH 2RKIA 1C1CA 3CJBA 4FWSA 4I6MA 1E4GT 3OTOK 4E7KA 2YHYA 5FROA 3VF6A 3VQQA 5EU7A 2ZWHA 3O1BA 1WN7A 2UUCK 3O5BA 1VSFA 2HBLA 2HVIA 1NMNA 3ID6A 3SAGA 2DFEA 3CCQN 4CZLA 4J8FA 1NGHA 3DM2A 4KB1A 3CI5A 3M8RA 2O8EB 1BU6O 3L0QA 5GAGP 3V9SA 4MLHA 5C0YA 3O9UA 3EO3A 4CVNE 4CJEA 2YNGA 3ENOA 2P5OA 2E2QA 3NDKA 3ITHA 2G8VA 4C8KA 4CK2A 4DSIA 4RW8A 3JS6A 4GVEA 4OPAA 1VRUA 1SL0A 2F4VK 2NRRA 2FBXA 3W3DA 4WYBA 1VQ6N 1S72N 1T03A 4DFMA 1ASVA 2YNIA 4JEPA 4PKHA 1Z26A 4KI6A 2NNWA 4Q5VA 1TL1A 4K43A 2HNDA 1ZBFA 1HNXK 4F3TA 4M7XA 1O13A 2WFBA 4DG1A 4DUYK 2KZZA 1RGIA 2DFFA 2PZSA 5KGWA 1WSIA 5BRDA 1V4TA 4NXNK 3HPOA 1NJWA 3RR7A 4DCHA 2A1SA 4LFBK 3NBPA 1DTTA 1S1UA 2QTDA 1NKBA 4O5BA 3L2WA 3CETA 3ZLJA 3D2EB 1S9EA 4IG3A 4FK4A 4KKOA 1NJXA 3FZHA 4NCAA 4W5TA 3MXIA 1VSDA 2F8TA 1GLDG 4I2PA 4OGEA 1WBBA 1RBUA 1DLOA 2B6AA 1ATRA 2E5LK 1WSFA 2F96A 3CC7N 1Q9YA 2O8EA 1JLBA 3WQUA 2OPRA 1NK5A 1RDDA 1XNRK 1JL1A 3MECA 3PY8A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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