3PIOL

Crystal structure of the synergistic antibiotic pair lankamycin and lankacidin in complex with the large ribosomal subunit
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
104
structure length
104
Chain Sequence
RRKLRTRRKVRTTTAASGRLRLSVYRSSKHIYAQIIDDSRGQTLAAASSAALKSGNKTDTAAAVGKALAAAAAEKGIKQVVFDRGSYKYHGRVKALADAAREGG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal structure of the synergistic antibiotic pair, lankamycin and lankacidin, in complex with the large ribosomal subunit.
pubmed doi rcsb
molecule keywords RIBOSOMAL 23S RNA
molecule tags Ribosome/antibiotic
total genus 16
structure length 104
sequence length 104
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-11-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
L PF00861 Ribosomal_L18p Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3pioL01
3CCEN 1N8RO 1KQSM 1VQ4N 3CCUN 4WFBL 1YI2N 5DM6L 1VQ7N 4U67L 3CCQN 3CF5L 1ILYA 1M1KO 1VQ5N 3G71N 4WCEL 3CCVN 3CMEN 5JVHL 3CCLN 1VQON 1YITN 2ZJRL 1KC8O 3CCJN 1Q7YO 1K8AO 3CCMN 5GAGP 4WFNL 3OW2M 4IO9L 1K9MO 2ZJPL 3I55N 3CXCM 1VQNN 3CD6N 1Q81O 3PIPL 5MLCQ 3J7ZO 4WFAL 2QEXN 1QVGM 1VQ6N 1Q82O 1M90O 3G4SN 1NJIO 2OTLN 1S72N 5GADP 1VQKN 1YJ9N 5H1SQ 1Q86O 1YJNN 4WF9L 3I56N 3CC7N 5HL7L 3CMAN 5GAHP 3CCRN 3CCSN 2QA4N 1YIJN 3CC2N 1VQ9N 5JVGL 2OTJN 5DM7L 1VQPN 2ZJQL 4IOCL 1YHQN 3G6EN 1VQLN 3CC4N 3CPWM 4UY8O 5GAEP 1QVFM 1VQMN 1KD1O 1K73O 1OVYA 3DLLL 3PIOL 4IOAL 1VQ8N 1W2BM 1JJ2M 1YJWN
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3VQQA 1GOCA 2QWRA 4NO7A 4PL8A 3NGIA 4ZTJA 1IBKK 4DSLA 1HMVA 1OVQA 3CJ1A 5EY4A 4GKJK 3ZT4A 3HVRA 4KI6A 4CD3A 3THYA 4HUFA 4CJKA 1VQ5N 2WONA 1C0TA 1WUAA 2QWOA 4EZ6A 3KIOA 3TTDA 2E5LK 1DKGD 4DV2K 2OPPA 5F0XA 3SQ0A 3CCLN 3TAMA 4FJKA 2QTDA 2YNIA 4AH9A 1JLBA 4DR4K 5FPDA 2FSNA 4WFNL 3JXUA 5I9EB 3QNNA 3BUZB 4CZMA 1TV6A 3ENBA 4PUOA 3WXJA 3SZ2A 4B1UB 2E1YA 4FOIA 1WAJA 3QLHA 1WBBA 3K57A 1B9FA 5C12A 1KVAA 3J7ZO 4GV3A 3L6QA 5E26A 2F96A 3KKRA 1V4TA 1XUPO 3WQTA 3HP6A 4DSKA 1J9AA 1RDWX 1JLGA 3KLIA 3HOSA 3SAFA 3FZLA 3PY8A 2A3ZA 4GY2B 4B3MK 3QO9A 4JHDB 2QA4N 1Z05A 4OPHA 2V7YA 2QW9A 4KFBA 4BGBA 4Z4GA 3CQYA 3WXIA 3C94A 4CZFA 2QWLA 1XMOK 3NE6A 1HKGA 1XHXA 2W6KA 3DLRA 4H5WA 5CYQA 4JKEA 4CEZA 4BGAA 2D0AA 3HM8A 3ENHA 2PFUA 1NGAA 1N33K 2JLEA 4BG8A 4DQPA 3THWB 2KLAA 4W5RA 2NRRA 3H1QA 3VF4A 4IOAL 4E89A 4FOEA 3P31A 3VQ8A 1HYZA 4YORA 4I9QA 3FGUA 4OKKA 4CHOA 4E1JA 5DM6L 3V1QA 1BIZA 1XNRK 1HNVA 4U67L 2BTFA 3HPHA 2IOCA 1U4BA 2YJFA 3LP0A 4J2DA 1KAXA 3OS0A 2UXBK 4RW7A 5LY3A 2Y1JA 3O80A 2O8DA 4FM2A 2YNGA 4BRPA 3ALYA 2PBDA 2HVIA 4CFBA 5KRTA 1KC8O 1RBVA 4JI2K 4LF8K 1BU6O 3VGMA 4YOVA 5ELZA 3LDSA 3OW2M 2OZSA 3CM6A 4IO9L 2FSJA 4PHTX 1WSHA 4BR2A 1NK4A 4OGCA 4CECA 2QWMA 3KLHA 4FZYA 3RSEA 3OYLA 2W42A 4CEAA 5MLCQ 1NGCA 4DSIA 4FLZA 4B9TA 3L2RA 4LFBK 4FJLA 2RN2A 5GADP 4M3XA 2HHHK 1MA9B 1XHZA 3TAGA 5LJWA 1QS4A 3VQEA 5T7BA 3RMAA 3NF7A 4AILC 2G8VA 4CK1A 1VSEA 4CGJA 4EP4A 4DR5K 4GV9A 4FLUA 4DFKA 3KJVA 3MK6A 3P5JA 4JS4A 4H0YB 4NCGA 4AHTA 4KTZA 3V1RA 2HF3A 5J2NA 4IO8A 4BREA 4R79A 1QZ6A 4H0OA 4PA1A 4H5TA 4UY8O 1NJWA 4EHUA 4KI4A 2IIRA 1XI1A 4JKDA 3D2FA 1XNQK 3L8BA 4LSNA 4HCCA 4B8AB 4IFEA 2B5JA 3EEQA 4CJWA 2RE2A 5JMVA 4IEEA 4WFBL 2D0PA 3IRXA 1QTMA 1HX1A 4B3SK 3L2QA 1RBUA 3E9PA 2YI1A 1C1CA 3SAGA 3IUCA 3FZHA 5KPZA 5BRHA 4ELUA 1C1BA 1L3TA 1HJRA 2V51B 1NK0A 3AVMA 1HNWK 3DRSA 4E0DA 1NGEA 3T1HK 2RF2A 4FYDA 2YHXA 2WOMA 2HBKA 5AQZA 2P9KA 3F2KA 1ESVA 2BUPA 4CHPA 3GOIA 1LWEA 4H5VA 1RTHA 5BR8K 1E3MA 4B9LA 4FO0A 4JD2A 3OYBA 1JXEA 1NGBA 3L3UA 3OYIA 5JLHA 1R59O 4Q5VA 5J2QA 4BRQA 2IAJA 4DU1A 4IG3A 5HRNA 4FZXC 2ZE2A 1S1WA 1SUQA 3CD6N 2DPNA 3PIPL 3P39A 2QEXN 3B6OA 3NGZA 5F2RA 3DRPA 5CE3A 1VQ6N 1Q82O 2A42A 5I42A 4M3UA 1ZYQA 4FJMA 3I0RA 1S9EA 5EX5A 1RT1A 4IKFA 4HCBA 1CXQA 5FLXO 4CJRA 3VEXA 4B1YB 2HBJA 4DTNA 3CPEA 3M8RA 5FRMA 5AQHA 2RHKA 3DLBA 3G25A 3OJSA 3ULEB 4F3TA 3R8EA 4CF2A 1HR0K 1U2VB 3BF1A 4DSFA 4DV3K 1YIJN 4E3SA 3VEZA 1TK8A 1IO2A 3QETA 4FJHA 4FJXA 2XRIA 2AP1A 5FPMA 5F1XA 5BPLA 3AO4A 4O44A 1TK0A 4Z94A 4CHYA 1RILA 3DMJA 3L2WA 3OYHA 3VF2A 3NCIA 1J5OA 4PWDA 4EFHA 3WNHA 4BE0A 3DLKA 3AA3A 4CJFA 3O4QA 1S6QA 4IWVA 1KFSA 3FR0A 4AQYK 4KHYA 3CJCA 3NBPA 3VQAA 4OKJA 1N32K 2X74A 4B3TK 3CCEN 1YAGA 4A61A 3BGRA 3NVKA 1VQ4N 4DCHA 1NKBA 1BQNA 3H08A 5KGXA 1A5WA 4CZGA 4FSVA 3DXMA 2I5JA 1SAZA 4BE2A 2F8TA 4DU4A 4LFCK 3PSIA 4DV5K 4L8RB 1TKXA 4IJAA 3AVLA 4YOYA 3G71N 3HZ6A 2QXLA 3TAQA 3AY9A 4IG0A 1N34K 2O8CA 3F9KA 4W5TA 1BI4A 3AGRA 4FJGA 1S9GA 5CYMA 3EN9A 3RRGA 4CEDA 4OPAA 4JK8A 3AO5A 4YDUA 4FLTA 1EETA 2JGUA 4C8NA 2UU9K 4PQUA 4JS5A 4ISGA 4JV5K 2DFHA 3K5LA 1MWKA 4IXCA 4CEFA 4O0IA 1BA0A 4O5FA 1Q81O 3QIPA 4DV1K 1DEJA 2O8EB 1T44A 1MU2A 4JI4K 5BR9A 3EE9A 4W5QA 2P9NB 3FZKA 3QBXA 1UAXA 4NYFA 4M3ZA 4KTQA 4DR6K 4C8OA 2QWNA 3RTVA 4A62A 4Z4IA 5C0YA 4CIGA 4FK2A 2PY5A 1S1XA 3QNOA 3SJHA 3K5MA 2V52B 3VQCA 4CBWA 4RTFD 3CCSN 1JKHA 3DXKB 2ASPA 1NK9A 4FK0A 5FDLA 4B08A 3AVJA 2VGMA 4GNIA 3MAQA 4JKHA 3G6EN 4AM6A 4MQ3A 4A57A 4FWRA 1VQMN 4HVJA 1VRTA 1W0HA 3ZT1A 4ZHRA 1KD1O 1NGDA 1WOQA 4AM7A 4Z4HA 3IG1A 1ZBSA 1YJWN 4RW6A 1IV0A 5J2MA 3NGYA 3VEWA 3RR8A 5JS2A 3O3GA 1X9WA 3ZEUA 1K8KA 2Q36A 4WQ5A 1RT3A 3K2PA 4C8LA 3DLHA 4IDHA 3VGKA 2WBNA 5FROA 3FLCO 1Q8IA 2Q2RA 3QICA 1KAYA 4NYNA 4C1NK 2P1JA 2VG5A 3D2EB 4HUGA 2FBVA 3DI6A 1NGJA 3K58A 3CMEN 2P9LA 1JLEA 4F4KA 3SMPA 4HWIA 4CK3A 3DOKA 2QKKA 1QSLA 4CD1A 1X3NA 3C0BA 1Q7YO 3V9WA 2IVPA 5GAGP 2HBMA 1K9MO 2UXCK 3VERA 3PSFA 2KHOA 4BRLA 5BRDA 1BCOA 3M3ZA 5HOOA 1O1WA 4CJLA 4U7BA 1HNXK 2P9UB 4FZZA 3WQUA 3NH0A 3PV8A 3SNNA 3O6WA 3WXLA 3K5OA 1GLFO 1RTDA 3U8XA 4E7HA 3ZSOA 1KTQA 3SBTA 2ZQBA 1TKZA 3TTCA 4ELTA 1U48A 1KLMA 3EL2A 3HYFA 2R7YA 5AR0A 2VG6A 4DF8A 1VQ9N 1TYQB 1VSKA 3OYCA 2OTJN 1I39A 3SBGA 3JS6A 5AZJB 2HHWA 4E7JA 1YHQN 1XQSC 1HRHA 3VQBA 2NRWA 3TWHA 2ZF5O 3BZCA 3C65A 4KREA 1OVYA 1YUWA 3J80O 4O8KA 4DV4K 3HRGA 3ID6A 3KD1E 2IDOA 4JHDA 1FK9A 4CGGA 2PYLA 3I0SA 2ATQA 3M1FA 1YF5L 3GG4A 4CJSA 1YI2N 3ATUA 3WNEA 2BANA 3FZFA 3KLGA 2P9PA 1CZAN 3DM2A 3ZETA 3H3OB 4LF6K 2F9TA 4DTMA 1TUYA 4F8RA 1U04A 4W5OA 4YNQA 3THWA 3W0LA 1UWBA 3V9XA 5M1QA 2E2QA 1RT4A 1XWLA 3CCVN 1RT7A 4DQRA 2ZJRL 3HXMA 5ADXH 4CZJA 2XO7A 1U6ZA 2CH6A 3VESA 4DV7K 1IKWA 1TVRA 4BRFA 3CJ9A 3QEXA 1Q9XA 2HHTA 4DR2K 2UYTA 1VK0A 4H0XB 5LMUK 2AJQA 1IH7A 3VENA 1NK8A 3JSMA 3HPGA 4GKKK 3FFKB 3TU5A 3O5BA 5GINA 2GWJA 2YNFA 3R6MA 1S72N 3U9DA 3PX6A 3CIPA 3U6FA 3QFUA 3NAEA 3VQ6A 5KGWA 4FM1A 1DLOA 1YJNN 3CC7N 1RT5A 4GW6A 4DS5A 4Z4EA 1ITGA 4PKGA 3VGLA 3LZJA 1UA1A 5AQSA 2HMIA 1LWCA 2HB5A 2KZMA 3UKUA 1CXUA 2O8BB 3BY5A 4IOCL 1HPMA 1ZC6A 2KQ2A 4DSJA 1SQKA 4QS7A 4LF7K 5C24A 2GUPA 3OYJA 1IG9A 5BPNA 1C0MA 2W6LA 3QERA 3RRHA 4H0PA 4C23A 4YDUC 3MX5A 2HNZA 1EO1A 4DTOA 3CHWA 1HLUA 4DQQA 2F4VK 5AQPA 3LDNA 5SZTA 3KK2A 1D8YA 3A8YA 3J8AA 3O9TA 4A5BA 1SZ2A 3TAFA 1ZBIA 1RT2A 4MO5A 4CEBA 1QQMA 4CF1A 1VQ7N 3CFOA 3IMXA 1GLAG 1VRUA 3H45C 3O4WA 1H1VA 5HRRA 4H5RA 5C10A 4CZHA 4O8UA 1NJYA 4Y1CA 3VA3A 4DLEA 3TR8A 3VEYA 4BR9A 2IVOA 4FXDA 1NK6A 2BDPA 2A1RA 1TKDA 2KFZA 3QMLA 1LAVA 3OJUA 3MXMA 1JXBA 1VQON 3NF8A 4DTSA 1D4XA 1T6CA 4XIUA 1FKPA 1LWFA 3VOVA 4GV6A 4MO4A 3AAPA 3LP2A 1BA1A 1QZ5A 3HI0A 1KLNA 2OYQA 4E7KA 2XY7A 2ZJPL 1HYVA 3ZT3A 3AVKA 3KVGA 4BWMA 1SKWA 2F9WA 4KPYA 4FJJA 3CQXA 4BVPA 4X64K 3O1BA 3KWGA 3T69A 3H46O 4CGIA 3THXA 2G8KA 5KPRA 2BE2A 4B1VA 1NWKA 5EOYA 1ASUA 4C1NI 4CEQA 1J5EK 5H1SQ 3S41A 3RVCA 3WXKA 1RNHA 1OH8A 4WQ5C 4CF8A 4R5PA 5HP1A 3BDPA 3V81A 1G15A 2ITGA 1X9MA 1RCHA 4I6MB 4M45A 3WEEA 4K0KK 3CI5A 2HF4A 4PKIA 3E9LA 4FVUA 3MMVA 4GVEA 1Y64A 1J54A 3VEOA 4CHQA 4CEOA 5KQ8A 3IS9A 4KRFA 2IVNA 3C7NB 1F21A 4FLWA 3HJFA 3E01A 1BUPA 4KO0A 3H1VX 2HNDA 3QEVA 4LF9K 3VETA 3VN5A 3ULEA 4B9VA 4CZLA 2E6LA 4M7YA 3KLEA 1OKJA 2QM1A 3OS1A 4OPKA 5AQTA 1C1AA 3MXIA 1WSJA 3ZT0A 1BOTO 3CETA 3E66A 4CIFA 1GLBG 1IKXA 3BZKA 3UE5A 1Y97A 1EX4A 2CGLA 1JCFA 2GWKA 3MX2A 3MECA 1L3VA 3O4NA 3TABA 1QQOA 1EWRA 4N41A 2RKIA 3CQ8A 3E1YA 3SV3A 1A5VA 1YVUA 1YTUA 3V1OA 3CCJN 4MDAA 2OZMA 3WT0A 4C8MA 1ATSA 5FPEA 4YFUA 3SUPA 2D0OA 3I55N 1NU0A 2BH1A 4CVNE 4CJEA 2EX3A 5C42A 1WB9A 1BDGA 1M90O 1KVCA 4TSXA 4LF4K 2Q0UA 2A5XA 1DTQA 4I2PA 2NRZA 4M41A 3U3YA 5M1OA 4CW7B 4K41A 5BN9A 3A5OC 3V9UA 1JL1A 5AQQA 3VMFB 3V6DA 1LV5A 1IKVA 2VWKA 4CERA 3DYAA 4K8ZA 4BC4A 3CFPA 3M5RA 4DMNA 3B8AX 4CF9A 4DR7K 3S3NA 1WBDA 4PKHA 4CBUA 2O8EA 4NCBA 3MWTA 3VQ4A 2FSKA 2P9NA 1SKRA 1HUXA 2GELA 4DF4A 4KHWA 1EXQA 4X65K 5BN8A 4ISFA 4W5NA 1B9DA 4DTUA 3AO2A 3UKRA 1JLCA 4FW1A 1RDAA 3NFAA 3DXKA 4HTLA 4JAXA 3DAWA 2CGKA 4BR5A 1ZBFA 3RMBA 2P9IB 4NXMK 4BRIA 1KSPA 4JK7A 4DU3A 4FWMA 4KTWA 3LALA 3LPUA 1RDBA 2NRHA 4M3YA 2VG7A 1NOZA 4A59A 3H3NO 4Y0WA 1NGFA 4FLYA 2PAVA 5CZ2A 3PO5A 2UXDK 4M63C 3QDKA 4BWJA 4BRDA 3ZX0A 2E2PA 3I33A 2YX6A 2HW3A 3MEDA 4AHVA 2QXFA 3M8SA 4LF5K 3SPZA 4ISEA 4B9SA 4CZIA 1NMNA 3EZWA 3ZSVA 3QESA 1OH6A 1YITN 5JS1A 3LWMA 4IFVA 1ZBLA 3T7ZA 3AA4A 4DUYK 4DTJA 4PL7A 1RBSA 4CJQA 4RWTA 2FLOA 4JYAK 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
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 3CCE N;  1N8R O;  1KQS M;  1VQ4 N;  3CCU N;  4WFB L;  1YI2 N;  5DM6 L;  1VQ7 N;  4U67 L;  3CCQ N;  3CF5 L;  1ILY A;  1M1K O;  1VQ5 N;  3G71 N;  4WCE L;  3CCV N;  3CME N;  5JVH L;  3CCL N;  1VQO N;  1YIT N;  2ZJR L;  1KC8 O;  3CCJ N;  1Q7Y O;  1K8A O;  3CCM N;  5GAG P;  4WFN L;  3OW2 M;  4IO9 L;  1K9M O;  2ZJP L;  3I55 N;  3CXC M;  1VQN N;  3CD6 N;  1Q81 O;  3PIP L;  5MLC Q;  3J7Z O;  4WFA L;  2QEX N;  1QVG M;  1VQ6 N;  1Q82 O;  1M90 O;  3G4S N;  1NJI O;  2OTL N;  1S72 N;  5GAD P;  1VQK N;  1YJ9 N;  5H1S Q;  1Q86 O;  1YJN N;  4WF9 L;  3I56 N;  3CC7 N;  5HL7 L;  3CMA N;  5GAH P;  3CCR N;  3CCS N;  2QA4 N;  1YIJ N;  3CC2 N;  1VQ9 N;  5JVG L;  2OTJ N;  5DM7 L;  1VQP N;  2ZJQ L;  4IOC L;  1YHQ N;  3G6E N;  1VQL N;  3CC4 N;  3CPW M;  4UY8 O;  5GAE P;  1QVF M;  1VQM N;  1KD1 O;  1K73 O;  1OVY A;  3DLL L;  3PIO L;  4IOA L;  1VQ8 N;  1W2B M;  1JJ2 M;  1YJW N; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 3VQQ A;  1GOC A;  2QWR A;  4NO7 A;  4PL8 A;  3NGI A;  4ZTJ A;  1IBK K;  4DSL A;  1HMV A;  1OVQ A;  3CJ1 A;  5EY4 A;  4GKJ K;  3ZT4 A;  3HVR A;  4KI6 A;  4CD3 A;  3THY A;  4HUF A;  4CJK A;  1VQ5 N;  2WON A;  1C0T A;  1WUA A;  2QWO A;  4EZ6 A;  3KIO A;  3TTD A;  2E5L K;  1DKG D;  4DV2 K;  2OPP A;  5F0X A;  3SQ0 A;  3CCL N;  3TAM A;  4FJK A;  2QTD A;  2YNI A;  4AH9 A;  1JLB A;  4DR4 K;  5FPD A;  2FSN A;  4WFN L;  3JXU A;  5I9E B;  3QNN A;  3BUZ B;  4CZM A;  1TV6 A;  3ENB A;  4PUO A;  3WXJ A;  3SZ2 A;  4B1U B;  2E1Y A;  4FOI A;  1WAJ A;  3QLH A;  1WBB A;  3K57 A;  1B9F A;  5C12 A;  1KVA A;  3J7Z O;  4GV3 A;  3L6Q A;  5E26 A;  2F96 A;  3KKR A;  1V4T A;  1XUP O;  3WQT A;  3HP6 A;  4DSK A;  1J9A A;  1RDW X;  1JLG A;  3KLI A;  3HOS A;  3SAF A;  3FZL A;  3PY8 A;  2A3Z A;  4GY2 B;  4B3M K;  3QO9 A;  4JHD B;  2QA4 N;  1Z05 A;  4OPH A;  2V7Y A;  2QW9 A;  4KFB A;  4BGB A;  4Z4G A;  3CQY A;  3WXI A;  3C94 A;  4CZF A;  2QWL A;  1XMO K;  3NE6 A;  1HKG A;  1XHX A;  2W6K A;  3DLR A;  4H5W A;  5CYQ A;  4JKE A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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