3PIOL

Crystal structure of the synergistic antibiotic pair lankamycin and lankacidin in complex with the large ribosomal subunit
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
104
structure length
104
Chain Sequence
RRKLRTRRKVRTTTAASGRLRLSVYRSSKHIYAQIIDDSRGQTLAAASSAALKSGNKTDTAAAVGKALAAAAAEKGIKQVVFDRGSYKYHGRVKALADAAREGG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule keywords RIBOSOMAL 23S RNA
publication title Crystal structure of the synergistic antibiotic pair, lankamycin and lankacidin, in complex with the large ribosomal subunit.
pubmed doi rcsb
molecule tags Ribosome/antibiotic
total genus 16
structure length 104
sequence length 104
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-11-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
L PF00861 Ribosomal_L18p Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3pioL01
1OVYA 3I56N 3CC2N 3CCSN 4WFAL 3G6EN 1K9MO 1YIJN 5MLCQ 4UY8O 1YJWN 1Q86O 2ZJQL 5JVHL 5DM7L 3CF5L 1VQ7N 4WF9L 1VQ9N 4IO9L 1VQON 3G71N 3CXCM 1K73O 4WFNL 3DLLL 3CCMN 1K8AO 4IOCL 1VQLN 3CCLN 1KC8O 1M1KO 1VQPN 3CCQN 1KQSM 4U67L 3PIOL 2QEXN 1YI2N 1W2BM 3CMAN 3CCUN 2ZJPL 5HL7L 1VQ8N 3CC7N 3PIPL 3CD6N 5GAGP 1KD1O 5GAHP 1ILYA 3CPWM 1S72N 1YJNN 1VQ5N 3I55N 2QA4N 2OTLN 2OTJN 4IOAL 1QVGM 1Q81O 1N8RO 1VQ4N 3CMEN 3CCJN 1Q82O 5H1SQ 1VQNN 5GAEP 5JVGL 1VQKN 4WCEL 1JJ2M 1QVFM 5DM6L 3J7ZO 4WFBL 3CC4N 3OW2M 1YJ9N 1VQMN 1NJIO 2ZJRL 3CCRN 5GADP 3G4SN 3CCEN 1YHQN 1YITN 1VQ6N 1M90O 3CCVN 1Q7YO
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3CC2N 1CZ9A 1FXXA 5CHIA 4CK1A 2FF6A 4CJTA 4F2SA 3L2RA 3FLCO 3RVCA 1RT5A 1TKZA 3MN6A 1OH5A 5J1EA 1SKRA 5JICA 2Z1JA 3BY5A 3KD1E 4CGIA 2FBVA 4PQUA 4GV9A 4CBWA 4BGBA 3WUHA 2OA8A 3S9HA 4JAXA 3TABA 3TAFA 3WXLA 3PO4A 2ZJQL 2OPSA 4B3TK 1D9FA 4DV2K 2QWMA 4LFAK 4DR3K 3EN9A 3ATVA 3F9MA 3TAMA 3UKRA 3OYDA 1K8KA 3LP1A 3V6DA 3QERA 3ZT1A 2O8DA 1WSJA 3M1FA 3Q7CA 1JL1A 3MWTA 4O8KA 3SQ4A 3R6MA 1K8AO 4BQZA 3O3FA 3OBYA 3MCPA 4MDAA 4BVOA 3M8QA 2G8KA 1B92A 2A6AA 4JYAK 1S6PA 4AF1A 3L0QA 3ZSWA 1K6YA 1NGJA 1O1WA 1RDWX 4B3RK 1FKPA 2VG5A 3HM8A 4C1NI 1HNXK 4CEEA 3O9UA 3OYNA 3THYB 3CJ9A 4DQQA 1TUUA 4CK3A 1DT9A 1VQ4N 4DR6K 4EIAA 2R7YA 1BCOA 2RF2A 5ADXH 1VSDA 4FZZA 2ZE2A 1LW2A 5BPLA 1T7PA 3WQTA 3WXJA 2XY6A 4CEOA 4DSKA 4LSLA 1GLLO 2E2QA 2VG6A 4HCCA 2O8BB 2YNGA 1JLCA 4LF4K 5KRSA 1A5XA 1ZXOA 2E6MA 4I9QA 1H1VA 4CHZA 4BE0A 3SUPA 3C0BA 3DWLA 4UQGA 4EZ6A 2Q97A 3OTOK 3THXB 3P5JA 3CCVN 4H0XB 5EXWA 5BRDA 4WQ5A 4K42A 4E7HA 1V4TA 1ZBHA 2HHSA 4J8FA 4C8KA 3TWHA 4CJLA 3HM9A 4ILJA 2HVIA 3UKUA 3M5RA 2HVHA 4EHUA 1RTJA 3OVNA 3FZFA 3T19A 4YOUA 4E0DA 3T3FA 4YOXA 5BRFA 3O08A 2IOCA 4DCHA 3EE8A 3S3NA 2ZD1A 3U3GA 2YJEA 2P9IA 2QWRA 4Q5VA 1NGCA 1SL1A 1LWCA 3CQYA 3UIQA 1QS4A 2FC0A 4DFKA 2VQEK 4KV8A 4KTQA 3AVMA 3VQ4A 5EU7A 3PIOL 2HHVA 5BN9A 3OJSA 3DLGA 3WNFA 4JKDA 3CMAN 3P38A 4H0YB 1NKCA 1QHAA 4E19A 3SPYA 4CE9A 2W41A 1A5WA 2QA4N 5FPEA 4B9MA 2PZSA 5KRTA 3KJVA 4BVPA 3KD5E 2DTUA 3FFIA 2KZZA 1SQKA 2HHQA 4FZYA 3DOKA 3AA5X 2O8EB 1IBLK 1TUYA 5D3GA 3H1QA 3CI5A 4DR2K 1NLVA 3MN9A 2W6KA 4WCEL 3U8XA 4H4OA 5CYQA 1RBSA 3E01A 2V51B 5EY4A 4M7YA 1GLEG 2X6SA 4BR0A 2UXBK 5BR8K 1IKYA 1GOAA 3CCRN 1JCEA 1EKEA 1WOQA 1TGOA 4FOEA 2G8IA 4CEFA 1SS6A 4ZTFA 1X9SA 4EFHA 1C0UA 3L4IA 3P4IA 1NGHA 1ATNA 4CJ7A 4E1MA 3ZX3A 4FJNA 4JHDA 4IDHA 3H6EA 4YOYA 3DXKA 3C6TA 3KLGA 4ZHRA 4Z4CA 4PHTX 3SJJA 3AA2A 4DV5K 3TAGA 4CEDA 1C6VA 1UWBA 3AVBA 5MLCQ 4M41A 5EX5A 1KVCA 1ATRA 4CESA 4E7LA 4C1NK 1UAXA 4DWIA 2O4IA 2YKMA 3MXJA 1NGBA 2IIRA 1NK0A 1FW6A 4Z4HA 3RRGA 4IFEA 4A2AA 4MDBA 5AQPA 3EZ5A 3EO3A 4H5WA 3K5NA 4IKFA 3SK3A 3WNHA 4B9NA 4DSFA 1VSMA 1BISA 4JRPA 1QSSA 3CIPA 4DG1A 3S3MA 4N41A 4HUFA 1ITGA 4FLTA 3D45A 4X62K 4CEQA 4ELTA 4DR5K 1XMOK 4KHQA 1BDGA 3ID8A 4Y1CA 3A5MC 5KQ8A 1HYVA 1IG8A 4HUGA 1VQ5N 4CBUA 1BHLA 4FJJA 5JLFA 3VQDA 2J4RA 2QW9A 1HLUA 2WOMA 1N8RO 1Z05A 1L3VA 3KLEA 2A40A 1JXEA 3LM9A 1DLOA 1RCHA 5K14A 3QETA 4NXMK 1W0HA 4H5NA 1QTMA 1W97L 1YJ9N 1NGAA 1U47A 2CH6A 4BE1A 3U9ZA 3U3YA 5AQYA 3ALYA 4GKKK 4C8LA 4FK2A 4GNIA 2Q1NA 5M1KA 4B1ZA 3HT3A 1N36K 3FGUA 4BGAA 1TKDA 2D0OA 4Y0WA 4C8OA 2HBMA 5FDLA 4F9OA 2XRIA 3RMAA 4HTLA 3M6GA 1LOTB 1YXQA 3OBWA 3OHRA 4W5OA 1D8YA 4FWKA 2DFHA 4KO0A 1T6DA 5AR0A 1RBRA 3OYHA 3TPQA 3NAEA 3VQCA 3MDQA 3WXIA 4RW7A 4CJ4A 2ATQA 3D2FB 1GOBA 1HJRA 4XH5A 3CF5L 4DF4A 4M3ZA 3SBTA 1KVAA 3JSMA 3DLLL 3LAKA 3P39A 4B1UB 1NU0A 1U49A 3P1GA 4YOVA 1S5JA 3CCQN 4BWMA 3W0LA 2FSNA 4B1XB 3HK2A 4CF0A 4BR4A 4FWMA 1NK8A 4O4GA 3NE6A 1GLDG 3RSEA 4B1WB 1QQMA 1TL3A 4CGDA 4YHHK 4JKBA 2PAVA 3HTVA 2HMPA 3JAMO 1XNRK 3ATUA 4FPBA 4FZXC 3LDSA 3ZT4A 1J5OA 3JXUA 4OPKA 1U6ZA 4OX9K 3SAGA 4ICLA 4O5BA 1X9JA 3RMBA 2BDPA 4JKCA 1VQNN 3DMJA 4BY9C 2F8TA 4DR4K 5AZIA 4IG0A 5BR9A 3NF6A 1JL2A 2UXCK 2XY7A 3GL1A 5M1PA 3I33A 3TI0A 2BTFA 3VEXA 1TKTA 2Z1HA 3C7NB 2FF3B 4DHYA 4AH9A 4CJ5A 4PUOA 1LW0A 4Z4FA 2GWKA 2KKZA 3U4LA 4CI6A 4CZMA 4FVMA 2XY5A 3RTVA 4IO8A 3KLIA 1YUWA 1IO2A 1TAUA 1HJOA 1MWMA 4OPHA 4XH1A 3D2EB 3A0IX 4JI1K 4IXCA 4DS5A 3SAFA 5AQOA 4BC5A 4BDZA 4LH4A 1X1PA 1NGEA 3EE9A 5LY3A 2KFNA 3D6RA 1QSLA 4ELUA 3WT0A 2O8CB 4FLWA 1FKOA 2RN2A 3SLCA 4GV3A 4QS9A 1KTQA 3IKMA 4IO9L 5AQLA 2E4LA 4FJ8A 3ISNC 5AZJB 2KQ2A 3ITHA 2IVPA 3ZSZA 3CCMN 2E8AA 1L3SA 3CETA 1KLMA 3LPTA 4FM2A 4OLAA 3SUQA 3CCUN 3WQUA 3SQ1A 4CFCA 4DV1K 4JKGA 4DU1A 5GAGP 4OJRA 4FO0A 3VQ6A 1YJNN 2NUBA 4O44A 1RT4A 1LWFA 3R1XA 1KFSA 4PKIA 1YAGA 3AVAA 1S22A 4YORA 1BA1A 1T44A 1Q81O 5KPZA 3ZETA 3OYAA 4OKEA 2ETJA 5KQDA 1QZ6A 4BRGA 4DR1K 1RTIA 4BRCA 1J6ZA 3OS2A 1E4GT 1QVFM 4CFBA 4B9UA 2HNYA 1HQUA 2I5JA 1MA9B 3MX2A 3L2UA 3VENA 5AQMA 4PL7A 3DJCA 4CHQA 3OW2M 5FRNA 1ASUA 4I2QA 3MN5A 3NBPA 1SL2A 1RTHA 3MEGA 4ID5A 3AO3A 1C0TA 1FJGK 1RBTA 1YITN 5E84A 2I7PA 4H5VA 4DUZK 1Q7YO 4A5AA 2O8DB 1NGIA 2EWSA 2PYJA 1TAQA 3HSCA 1HQEA 1JCGA 3VA0A 1K9MO 3RRHA 1SAZA 4JKHA 1YIJN 2OZSA 3LDNA 2BGGA 3FE1A 1OH6A 3SZ2A 3OYCA 2E2NA 1VSFA 3VERA 1J9AA 1Q86O 1XHXA 1KCFA 4BRFA 2HMIA 4DTJA 3HI0A 5KTQA 1GLJO 4CZJA 3VTHA 1VQ9N 1TK0A 3MMVA 4FJKA 3NHGA 5EVZA 5AQUA 3VQ5A 3O9QA 2IDOA 4JI8K 1M1KO 4CF1A 1KAZA 1S1VA 1RBVA 4CHYA 4B9LA 1NK4A 3FR0A 3TTFA 1C1CA 3HPGA 1C1BA 5HRNA 5J2PA 3K5OA 4FXDA 1ZBFA 3H3OB 3OYLA 4KAZA 4K8ZA 4DU4A 3LDPA 4JI4K 1ILYA 4XIUA 5AJ3K 3VN5A 3TAPA 2P1JA 5CYMA 2OTLN 5J2QA 4CGJA 3AO5A 1T05A 3V1QA 4KB1A 3V9ZA 4KB0A 4H0PA 1DEJA 4KFBA 4QS7A 3K57A 5I3UA 3C6AA 1TVRA 3G10A 5KGWA 2KHOA 4CCHA 2QK9A 3LDLA 5HLFA 2P9UA 2YJFA 4DKWA 4FWLA 4OPJA 1VQKN 3QLHA 4B8CA 3DYAA 1GLAG 2RKIA 4EZ9A 1XNQK 3LDQA 3FZHA 3UKUB 3ENBA 4FWOA 2P9NA 1RNHA 4BRDA 2IC3A 5LL6Z 4O8UA 4DV0K 2G8HA 3CPEA 5BRHA 1JXBA 1T03A 1RT1A 2QWNA 4E3SA 2P9IB 3ENHA 3L3VA 2UUCK 1N5YA 4OLBA 4MLEA 1JLFA 4CD1A 3WXKA 3PX4A 3CCSN 4A61A 3FFKB 3DOLA 3HXMA 4JI3K 3CFOA 3SV3A 3VETA 2E5LK 4DF8A 2Z1GA 4DTPA 4B9SA 3CFRA 1RT7A 1IKWA 3VQAA 3GG4A 4CECA 1ZBSA 2WBNA 1HKGA 2NRTA 4DQIA 5JS1A 4GW6A 2VGMA 5EOYA 4WQ4A 4WFNL 2CGLA 2E2OA 3NF8A 4CIFA 4FM0A 2AJQA 3UB5A 4IOCL 3MCAB 1RILA 1NGFA 1G15A 3VF2A 4B1VA 2P9SB 3QNOA 2VG7A 4KHPK 2D1KA 1BG3A 5AQIA 4A62A 3SMPA 4I9LA 3CM6A 3V1OA 1N32K 3H08A 1VSHA 5GAHP 1S72N 2HHTA 4I6MA 3HYFA 1WSHA 4CZEA 4RTFD 3SMSA 1RT6A 3I0SA 1HRHA 3NH2A 4QCLA 3THWA 1E4FT 3QEXA 1F21A 1O13A 1KXPA 1QVGM 4K41A 2HHHK 3F73A 4DFMA 4BG8A 2A41A 3EKUA 4CGFA 2P9LA 1S1TA 4JHDB 2Y1IA 1Z6RA 3QFUA 5JVGL 2KFZA 3DXKB 4TSXA 4OGCA 4MO4A 4LF6K 1RDUA 5FPMA 5GIOA 2P5OA 3IAYA 1Q18A 3CC4N 1RTDA 4JI7K 3AGRA 4CJWA 2IGIA 3BUZB 2Q0UA 4JK8A 1HNVA 1VQMN 3ZT0A 1BQNA 3F9KA 1NK9A 3SV4A 1UA0A 2W42A 4CJKA 3MX5A 3GDQA 3T1HK 1WNSA 3AAPA 1EP4A 3TSQA 2P9KA 2D5RA 4GKJK 3ZLJA 5SZTA 4LF7K 3TU5A 4MQ3A 3ZT2A 1UA1A 3L2WA 4FJXA 4OGEA 3AV9A 4X66K 4DFJA 4YOTA 4IZ9A 2E2PA 4JI6K 5C25A 3CJ1A 4CIEA 3G0ZA 5KI6A 2WTUA 2RPIA 1ATSA 2YV0X 5AQQA 4B9VA 1TL1A 5JVHL 3P83D 1BGXT 4C8MA 3WEEA 3AVCA 1P90A 2CH5A 4FK0A 2DFEA 1JLEA 4BRPA 5GIPA 3L3UA 2BH1A 3G71N 1RBUA 2ASMA 3VQEA 4FYDA 4X65K 4B3OA 2HNZA 2X6NA 4CJEA 3HVRA 1VSEA 3V9WA 3LP3A 3KLHA 5HRRA 3SI6A 1X3MA 5M1FA 1S1UA 3J80O 2F9TA 5HRSA 4FM1A 2QXLA 3AO2A 3DLKA 4AHVA 3OYEA 3BGRA 2HF3A 3JYTA 1ZBLA 3VESA 1JLAA 1RT2A 3I55N 4BRIA 5ADXA 1JCFA 1IBKK 3AVFA 4E7KA 4QS8A 4OPAA 5BN8A 3ULEA 2VGNA 3O3HA 1NGGA 1V4SA 4HCBA 1VRTA 3ENOA 2ITMA 4F3TA 5SWMA 3LPUA 1U48A 3LALA 4NB4A 4IWVA 4DSLA 2GV9A 2A42A 4L3QA 2HF4A 1NKEA 4KHSA 3PX6A 3MEDA 4B08A 2D4WA 1LCUA 4FJ7A 2FSJA 3KKRA 1QSYA 4GV6A 1LV5A 3VQBA 4DQRA 4F3OA 1NJIO 4NLBA 3D7EO 3MN7A 3RWUA 3VF4A 5AQVA 3NGIA 4PL8A 1RDCA 4BR7A 2P51A 4IJAA 3CCEN 3DLEA 4BRKA 5I42A 1SL0A 1VQ6N 1BU6O 4J2AA 3K9JA 3A5LC 1BI4A 1RDDA 3AVGA 4DTMA 3TAQA 2ZGZA 4CZHA 4WFAL 3O5BA 2P5GA 3CHWA 3NFAA 2P9PA 2WUSA 4H0VB 3AY9A 1SKSA 4MO5A 3OYJA 1FK9A 3KWGA 3RSEB 3T1AA 4MLHA 4ISFA 2EX3A 2JLEA 5HRPA 3FZMA 3VQPA 1IG9A 2ASOA 2HOEA 4KTZA 4FLYA 3AAQA 1VSKA 4BROA 4WF9L 1XMQK 2HB5A 2YNHA 4E1JA 4YDUC 3E66A 4DQ8A 4A59A 3PSIA 4Z94A 1VQLN 2QWLA 4A57A 1YTUA 2F4VK 1VQPN 1Z25A 3AVKA 3BEXA 4IBNA 4BQLA 5AZIB 5KPTA 4A5BA 4AILC 1IBMK 3OYIA 2GWJA 3VEVA 4LSNA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
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 1OVY A;  3I56 N;  3CC2 N;  3CCS N;  4WFA L;  3G6E N;  1K9M O;  1YIJ N;  5MLC Q;  4UY8 O;  1YJW N;  1Q86 O;  2ZJQ L;  5JVH L;  5DM7 L;  3CF5 L;  1VQ7 N;  4WF9 L;  1VQ9 N;  4IO9 L;  1VQO N;  3G71 N;  3CXC M;  1K73 O;  4WFN L;  3DLL L;  3CCM N;  1K8A O;  4IOC L;  1VQL N;  3CCL N;  1KC8 O;  1M1K O;  1VQP N;  3CCQ N;  1KQS M;  4U67 L;  3PIO L;  2QEX N;  1YI2 N;  1W2B M;  3CMA N;  3CCU N;  2ZJP L;  5HL7 L;  1VQ8 N;  3CC7 N;  3PIP L;  3CD6 N;  5GAG P;  1KD1 O;  5GAH P;  1ILY A;  3CPW M;  1S72 N;  1YJN N;  1VQ5 N;  3I55 N;  2QA4 N;  2OTL N;  2OTJ N;  4IOA L;  1QVG M;  1Q81 O;  1N8R O;  1VQ4 N;  3CME N;  3CCJ N;  1Q82 O;  5H1S Q;  1VQN N;  5GAE P;  5JVG L;  1VQK N;  4WCE L;  1JJ2 M;  1QVF M;  5DM6 L;  3J7Z O;  4WFB L;  3CC4 N;  3OW2 M;  1YJ9 N;  1VQM N;  1NJI O;  2ZJR L;  3CCR N;  5GAD P;  3G4S N;  3CCE N;  1YHQ N;  1YIT N;  1VQ6 N;  1M90 O;  3CCV N;  1Q7Y O; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 3CC2 N;  1CZ9 A;  1FXX A;  5CHI A;  4CK1 A;  2FF6 A;  4CJT A;  4F2S A;  3L2R A;  3FLC O;  3RVC A;  1RT5 A;  1TKZ A;  3MN6 A;  1OH5 A;  5J1E A;  1SKR A;  5JIC A;  2Z1J A;  3BY5 A;  3KD1 E;  4CGI A;  2FBV A;  4PQU A;  4GV9 A;  4CBW A;  4BGB A;  3WUH A;  2OA8 A;  3S9H A;  4JAX A;  3TAB A;  3TAF A;  3WXL A;  3PO4 A;  2ZJQ L;  2OPS A;  4B3T K;  1D9F A;  4DV2 K;  2QWM A;  4LFA K;  4DR3 K;  3EN9 A;  3ATV A;  3F9M A;  3TAM A;  3UKR A;  3OYD A;  1K8K A;  3LP1 A;  3V6D A;  3QER A;  3ZT1 A;  2O8D A;  1WSJ A;  3M1F A;  3Q7C A;  1JL1 A;  3MWT A;  4O8K A;  3SQ4 A;  3R6M A;  1K8A O;  4BQZ A;  3O3F A;  3OBY A;  3MCP A;  4MDA A;  4BVO A;  3M8Q A;  2G8K A;  1B92 A;  2A6A A;  4JYA K;  1S6P A;  4AF1 A;  3L0Q A;  3ZSW A;  1K6Y A;  1NGJ A;  1O1W A;  1RDW X;  4B3R K;  1FKP A;  2VG5 A;  3HM8 A;  4C1N I;  1HNX K;  4CEE A;  3O9U A;  3OYN A;  3THY B;  3CJ9 A;  4DQQ A;  1TUU A;  4CK3 A;  1DT9 A;  1VQ4 N;  4DR6 K;  4EIA A;  2R7Y A;  1BCO A;  2RF2 A;  5ADX H;  1VSD A;  4FZZ A;  2ZE2 A;  1LW2 A;  5BPL A;  1T7P A;  3WQT A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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