5HRNA

Hiv integrase catalytic domain containing f185k mutation complexed with gsk0002
Total Genus 54
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
54
sequence length
152
structure length
148
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTIHTDNGSNFTSATVKAACWWAGIKQEFGIPYNPQSQGVVESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNKKRKGYSAGERIVDIIATDI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structural Basis for Inhibitor-Induced Aggregation of HIV Integrase.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Integrase
molecule tags Transferase/inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 54
structure length 148
sequence length 152
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2016-01-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 5hrnA00
1XWLA 3ZSWA 1EP4A 3OYDA 4CEZA 1RNHA 4TSXA 4I9QA 2VG7A 4BWMA 1ITGA 4E89A 3KK1A 2X78A 3HL8A 3OYGA 3VA0A 3KK3A 1KRPA 2OZMA 2P51A 2GV9A 4RW7A 1JLBA 4N5SA 3JYTA 3HPOA 4KI6A 2KFZA 2KQ2A 5CYQA 4C8NA 4IG3A 3QEXA 2IC3A 3EY1A 4Q0BA 1C0UA 2IDOA 3NF9A 3S9HA 1JKHA 1ZBFA 3HP6A 4Z4CA 3IG1A 3C95A 2G8HA 4FK4A 4R5PA 1CLQA 5HLFA 3SPYA 1EX4A 3HP9A 3VQ8A 1NK6A 4KHQA 4FLUA 2EX3A 4CEFA 1C0MA 1RBVA 1YTUA 1RTDA 2Z1IA 1D9DA 1WN7A 1HYSA 1KFSA 4FJLA 3ZSZA 1T8EA 4W5TA 4N56A 4KV8A 4B9UA 3A2FA 3HSTB 3AA3A 1C1BA 3KLEA 4M41A 3ULDA 3I0RA 5KI6A 4W5QA 4W5RA 1QSLA 3RMDA 4CHZA 4FLXA 4EP5A 4M45A 3IS9A 3KLFA 4Z4FA 4CHYA 1VSIA 1B92A 3NH0A 3LDSA 1S1TA 1J5OA 4F2RA 4M3XA 3ITHA 4CESA 5SWMA 2R7YA 1XI1A 4FJHA 4JRPA 2VG5A 2HHUA 1BQNA 1C6VA 1HNVA 3KTQA 4N76A 3AVCA 1Q8IA 5FDLA 4XIUA 2G8IA 5J2PA 1IKVA 4I2QA 2FBVA 1KLMA 2A1SA 3OYAA 1RDCA 3LAMA 3P5JA 4E7JA 4DQQA 1ZBLA 2HW3A 3L3UA 4CEOA 1TGOA 5I3UA 1S5JA 2PY5A 1QE1A 3KK2A 4J2DA 1TK0A 5D3GA 1JLAA 3AVJA 4FJXA 4OLBA 4FK2A 1U49A 1C1CA 4DLGA 1JLCA 2VG6A 3KLIA 4C8KA 4CJSA 1HQEA 1S1WA 3LZJA 4FJ5A 4HCBA 3AVLA 3L2UA 1VSJA 3LPUA 1NJZA 3QESA 1WLJA 4DLEA 3V1QA 1Q9XA 4M3TA 4KTZA 2XY7A 4NCBA 3SPZA 1RT2A 1SL0A 5KTQA 5KGXA 4DG1A 4RW8A 3KKSA 1C1AA 4CIFA 4GW6A 3O3GA 5HRSA 3K59A 4E7HA 3DLRA 4DTUA 4DQRA 4DTJA 4YFUA 2X6NA 1KVAA 4CJTA 2OPRA 3WNHA 3LP0A 4CJLA 4FLVA 1HJRA 3VQ6A 4B8CA 4CJ3A 3K5LA 4F2SA 5FRNA 3HK2A 1HQUA 4IFVA 3T19A 3DI6A 3P83D 4FVMA 3QEWA 1U47A 3AVFA 1KVCA 2D0CA 2BANA 1QTMA 3RMCA 4B9TA 2XO7A 1NK8A 4N41A 4B8AB 4CF9A 2E6MA 4B3OA 3TI0A 1TAUA 1BISA 3LALA 3OJUA 1VRTA 3DLHA 4DTOA 4MQ3A 3OVNA 5JS1A 3VN5A 1BIZA 1QS4A 1LW0A 1VSKA 3EYZA 3NF6A 4M3UA 3OS2A 4ZHRA 1RT6A 4PUOA 1J54A 4JS4A 1JL1A 4CJUA 1I39A 1WSJA 1WSIA 3TAPA 3UIQA 4KI4A 1GOCA 3ZSRA 1TKXA 1NJXA 3WNFA 2BGGA 4J2AA 4CHQA 3WNEA 3NH2A 4FK0A 2KFNA 3MXIA 3SJJA 5E41A 1QQCA 2D0BA 3OJSA 3QNOA 1RTIA 1K6YA 1X9SA 1FKPA 1CXUA 3ZSQA 4OKKA 1TV6A 1RT3A 3AO1A 4J2EA 4O4GA 3RRHA 4DSJA 3D45A 1L3VA 1NOYA 3AVGA 3VQ5A 4M3ZA 3ZCMA 4J2BA 1SKWA 4GVMA 3PO5A 1W0HA 4QAGA 3VQDA 1BHLA 4I7FA 3AVBA 5HBMA 1FK9A 1R0AA 1TKZA 1G15A 4IDKA 1DTQA 1KSPA 3G0ZA 3OYKA 5FRMA 2FBXA 1VSDA 4F3OA 4FXDA 3VQBA 1TKTA 2FC0A 1HPZA 3KIOA 5HRPA 3EZ5A 2HNDA 1HYVA 4DTNA 3AVIA 2XY5A 1VSEA 1D9FA 3HM9A 1UA1A 5CZ1A 4JLHA 1X9MA 2HHWA 2AJQA 1J9AA 4CGIA 2X6SA 4DSFA 4AHTA 4DSEA 4LSLA 2HHTA 4OJRA 3KJVA 4AHSA 4WE1A 4EZ9A 1LWEA 3QIOA 4CHPA 1VRUA 4YNQA 4L8RB 3VQQA 4CJQA 4FZYA 2I5JA 2VWJA 2PYJA 4FM0A 4DU3A 4AHVA 2A1RA 5CY4A 4CF8A 4FLYA 3QNNA 2WONA 3V1RA 3V9XA 4AILC 4QOZB 1JLEA 5KRTA 1JL2A 1GOAA 3PX4A 2QKKA 3SQ1A 4E7IA 1EXQA 1ASWA 2D5RA 4CGGA 3HJFA 2D0AA 3AO4A 1RBUA 2DTUA 3L2QA 3CG7A 1BI4B 1S1XA 1BGXT 4CGJA 3DRRA 1TAQA 3K5NA 2Y1IA 1TKDA 2HVIA 1WSHA 4DTRA 3V81A 2KZMA 4RG8A 3L2VA 3LPTA 4DQSA 2NUBA 1BCMA 3TARA 4KREA 1WSGA 1BL3A 3HVRA 4CIGA 4DSIA 3MEEA 4FJNA 2RF2A 3ZSXA 4O0IA 1Z26A 3ISNC 3QERA 4IBNA 2E6LA 4FW2A 4K8ZA 1RT7A 3ZT0A 1BQMA 5K14A 1B9FA 4C8OA 1T05A 1O1WA 2YKMA 3IRXA 3MXJA 4LSNA 3NBPA 1UA0A 4FJMA 1TVRA 2XRIA 3QINA 2HHQA 4DSLA 4AHCA 3DOLA 2Y1JA 2GBZA 4M3YA 4GMJB 4C8MA 4BE2A 3LANA 4B9NA 4K8XA 2O4GA 5SZTA 3OY9A 3HYFA 4DTSA 4DF8A 4KHWA 5CYMA 1A5XA 3AVAA 2Z1JA 4DMNA 4HCCA 4ZTJA 4CCHA 1NKCA 4RW9A 2Z1HA 4DFMA 2HVHA 2F96A 1HRHA 4FLTA 4CERA 3C94A 3ZT1A 3HT3A 1NJYA 2O4IA 3QEVA 2HB5A 2Z1GA 3AA2A 3RMAA 3LWLA 2HHVA 3V9SA 3TANA 1KLNA 1RT5A 3AO2A 5C25A 3S3MA 3B6PA 1RTJA 2EHGA 5DK5A 3TAMA 3RR8A 1BCOA 3L3VA 4CFAA 3L2RA 3LWMA 5J2NA 1KTQA 1NK5A 2F8SA 3NGIA 4FYDA 2YKNA 5JS2A 1Q9YA 4PQUA 3KLHA 4DWIA 4OGCA 1WNSA 1VSHA 1TK8A 5FROA 4FJ8A 4F4KA 2YNIA 3AO5A 2QK9A 2OA8A 1KFDA 5KGWA 3OYMA 4HUFA 3U6FA 1XC9A 1L3SA 3BDPA 1CXQA 3O3HA 2G8UA 1LWCA 1NK7A 2FBYA 1L3UA 3OYLA 1RBRA 3NFAA 1ASUA 1NK0A 4FM2A 2JLEA 1SKSA 4B9MA 4RW4A 4B08A 3K5MA 3M8QA 3DLKA 3VQ9A 3AVKA 4DFJA 4BDPA 3M8PA 5T7BA 3LZIA 4DS4A 1SKRA 2BDPA 1Z25A 3V9ZA 1HMVA 2G8FA 2ATQA 2WOMA 4RW6A 3SQ0A 3SI6A 1Y97A 3LP2A 2PYLA 4FCYA 1IH7A 4OGEA 1TK5A 1J53A 3TAEA 4ELUA 4W5NA 1JXEA 4CF1A 4DTPA 4CGHA 1BIUA 3AV9A 1L3TA 2DFFA 3OYJA 4OPKA 2HHXA 3SV3A 1GOBA 3OS0A 2W42A 4CHNA 4ID1A 4CIEA 2OPQA 1HYZA 3L2WA 3CYMA 3RMBA 3V9UA 1SL1A 3O4NA 1JXBA 2XY6A 4F8RA 4DU4A 3ALYA 3TAQA 1LAVA 2QKBA 1FKOA 1WSEA 4BWJA 4BDZA 1C0TA 1MU2A 4E3SA 3PY8A 4KHNA 3VQCA 2G8KA 1SUQA 2KTQA 4FJ7A 3LP1A 4DF4A 3THVA 3BGRA 3L8BA 1RDBA 3OYFA 4FJGA 4FLZA 2ETJA 2RKIA 4KTWA 1T03A 4EZ6A 4KTQA 5C24A 2HNZA 4H8KA 3AVHA 4O0JA 3KD1E 3OYCA 1XHXA 4OVLA 4B9SA 3IAYA 3NCIA 4KHSA 5J2QA 4ELTA 1L5UA 4W5OA 3CM5A 3ZSOA 4NYFA 3KLGA 3VQPA 4KAZA 4DS5A 4FLWA 3ZSYA 5CZ2A 4HUEA 1RBTA 5KRSA 4CE9A 1FXXA 3AO3A 3F9KA 1REVA 3I0SA 2OPPA 2E4LA 4CFDA 3MEGA 2HMIA 2X74A 3DM2A 2RN2A 1KVBA 4OLAA 3DRPA 4FW1A 3RTVA 4CGDA 3DLBA 1LAWA 4CGFA 3DMJA 5EU7A 1NKEA 1N6QA 2F8TA 1QSYA 3LP3A 3OYEA 3G10A 4CEBA 1D8YA 1RBSA 2DFEA 2LSNA 4FM1A 1RTHA 1LW2A 1W9HA 1NKBA 4Z4GA 3RR7A 4CF2A 4KO0A 4CFBA 2IOCA 3K5OA 3SQ2A 4M42A 1SL2A 3PX0A 3MEDA 4CK3A 3QETA 3B6OA 3AVMA 3ZT4A 3TWHA 3HO1A 3NDKA 4M3WA 4HHTA 4E0DA 3ASMA 3M8RA 4OKEA 2PZSA 4PWDA 1RT1A 2VWKA 3V4IA 2OZSA 3RWUA 1U45A 1VSLA 3K2PA 4O44A 1XHZA 3SCXA 1QSSA 2KZZA 3FFIA 2IGIA 2XHBA 4DU1A 1S1UA 1UOCA 2HNYA 4CJWA 2HHSA 4AHUA 3VQ7A 1YVUA 4FJJA 4Z4IA 4AH9A 3TR8A 4E1NA 3LAKA 4ID5A 3SUOA 4CK1A 2B6AA 1S1VA 1IKXA 5HRRA 4DSKA 5HP1A 3CM6A 2ZD1A 5J2MA 1SV5A 3H08A 4CJKA 4HTUA 1S9EA 3QLHA 1WSFA 3HPHA 3P1GA 4CEEA 2BE2A 3JSMA 5C42A 1S6PA 1TL3A 3SZ2A 4FJIA 4Z4HA 3SUNA 4CEAA 1VK0A 3SUPA 1RCHA 3V1OA 2GUIA 4E19A 2YNFA 1IO2A 4CEQA 3OYIA 2OYQA 3DLGA 2IS3A 4CJEA 5J1EA 2P5OA 4KHYA 4LD0A 3TAFA 4OKJA 2ITGA 5I42A 3ZT3A 1NJWA 4BE0A 4CJRA 3DLEA 3WNGA 3M8SA 1LWFA 4I9LA 2B5JA 4E1MA 3OYBA 3NHGA 4E7LA 4NCAA 1I3AA 4CJPA 3HXMA 4BDYA 1ZYQA 1NOZA 4DTXA 4M3RA 1U48A 2P5GA 1ZBIA 4PY5A 3O3FA 4Y1DA 3NGZA 3U3YA 2DY4A 2JGUA 4CJFA 5HROA 4CEDA 3HVTA 3OS1A 1JLQA 1LV5A 4KPYA 3CFPA 4E7KA 4B9VA 2YNGA 3MXMA 2DFHA 4CECA 4KB0A 2G8WA 2G8VA 4EP4A 1CZBA 1JLGA 3I8DA 1EETA 1U4BA 3CFRA 4DFPA 4KB1A 3CQ8A 3ZSVA 4QCLA 1A5WA 1UAXA 4DQPA 5DMRA 3PO4A 3DOKA 3PUFA 3NAEA 1HNIA 2YHAA 4AHRA 1RT4A 2KW4A 3C6TA 1ASVA 3NE6A 3SQ4A 3VQEA 1X1PA 4LH5A 1F21A 4JRQA 2ZQBA 1EKEA 2B4JA 3U3GA 4LH4A 3K57A 3OYHA 3SNNA 3QIPA 4CJ4A 4IG0A 4NYNA 1ZBHA 3F73A 1YTAA 3NF8A 1VSFA 3NF7A 4BE1A 3SV4A 3TAGA 4LY7A 4CK2A 1NK4A 4CFCA 3C6UA 3PX6A 1IKYA 3KKRA 3ZT2A 3OYNA 2QXFA 4N47A 2FBTA 3SYZA 4MFBA 1JLFA 4Z4EA 3AVNA 4KFBA 3DYAA 4JS5A 4UQGA 1IG9A 2Q3SA 4IFYA 1RILA 1U04A 4CJ5A 4CHOA 3E01A 3DRSA 3KD5E 1YT3A 4H4MA 4Y1CA 3RRGA 4DFKA 1RDAA 3HPGA 3VQAA 4HVJA 2P1JA 2XY8A 4OPJA 3NGYA 4KKOA 1NK9A 3S3NA 4DQIA 1B9DA 3CFOA 1N5YA 4FJ9A 1ZBUA 3QO9A 4Q5VA 1DLOA 3MECA 1UWBA 4CJVA 2YNHA 4I2PA 4PA1A 3PV8A 4G1QA 2YV0X 2YHBA 4BACA 4O55A 4ELVA 4HUGA 3MAQA 4FZXC 2OPSA 4NCGA 3VQ4A 3D0PA 1DTTA 3SUQA 4CF0A 1TL1A 1S9GA 3TABA 4C8LA 3V6DA 4F3TA 1WAJA 1A5VA 3T1AA 1VSMA 3O4QA 1BI4A 1IKWA 4O5BA 3S3OA 4KHUA 1T7PA 3V9WA 2IAJA 2RPIA 3K58A 3QEPA 3AA5X 1X9WA 4DTMA 1RDDA 4H4OA 4Z0UA 3QEIA 4B9LA 4KRFA 4ICLA 2ZE2A 4IKFA 3NH1A 4FJKA 4FZZA 1QHTA 1S6QA 3T3FA 1WAFA 1KCFA 4ZTFA 3AA4A 1D5AA 1CZ9A 5HRNA 3VA3A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1XWLA 3BF1A 4LF9K 4FWOA 5LL6Z 2EWSA 1HPMA 3I56N 4E89A 1IG8A 4RW7A 4N5SA 1JJ2M 3MDQA 1VAZA 5ADXA 3MK6A 5AQYA 4IFEA 1EWRA 2IDOA 3S9HA 1ZBFA 1X3NA 4Z4CA 4FK4A 2G8HA 4H0OA 3HTVA 3SAGA 3PIOL 2WBNA 4FLUA 1Q82O 4YY3K 1WN7A 3ZSZA 3HOSA 2A42A 1NGIA 2HF3A 3AA3A 4M41A 5AQKA 3ULDA 2A6AA 3I0RA 5KI6A 5F1XA 3J8AA 3A5NC 1GLAG 4CHZA 4FLXA 3IS9A 3MN7A 3NH0A 1S1TA 4F2RA 4FJHA 2KLAA 2HSTA 5SWMA 4JRPA 3KTQA 4N76A 3VGLA 1Q8IA 1TUUA 5AQSA 4I2QA 1KLMA 1RDCA 5I3UA 2O8BB 3KK2A 3N4QA 1TK0A 5D3GA 4FK2A 1U49A 4DLGA 4Z94A 1S1WA 4FOEA 4BRCA 5M1FA 1C0FA 4FJ5A 3AVLA 1VQ9N 1NJZA 1WLJA 1Q9XA 2XY7A 1SL0A 4AF1A 1RDUA 3K59A 4DTUA 2HF4A 4E7HA 4YFUA 4CZFA 2O8DA 4WQ5A 5AQJA 3DI6A 4FVMA 1U47A 3AVFA 1KVCA 1IJJA 2NNWA 4JK7A 2XO7A 4B8AB 1Q18A 1TAUA 3LALA 3OJUA 4DTOA 2ZF5O 4MQ3A 4BGAA 1NM1A 1BIZA 5AQQA 1LW0A 1VSKA 2E1ZA 3NF6A 3CCUN 3VEWA 1WSJA 2DPNA 4IO9L 1TKXA 2BGGA 4J2AA 3WNEA 3NH2A 2KFNA 2NRZA 4WFNL 3ZSQA 1RT3A 4J2EA 3RRHA 4DUZK 3VQ5A 3ZCMA 4J2BA 3C6HA 1HKGA 3PO5A 3VQDA 1BHLA 4I7FA 5HBMA 3J7YP 1FK9A 4BRQA 4B1ZA 5LJWA 1KSPA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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