5HRNA

Hiv integrase catalytic domain containing f185k mutation complexed with gsk0002
Total Genus 54
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
54
sequence length
152
structure length
148
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTIHTDNGSNFTSATVKAACWWAGIKQEFGIPYNPQSQGVVESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNKKRKGYSAGERIVDIIATDI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structural Basis for Inhibitor-Induced Aggregation of HIV Integrase.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Integrase
molecule tags Transferase/inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 54
structure length 148
sequence length 152
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2016-01-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 5hrnA00
3RWUA 1XHZA 2D0BA 4HCCA 1A5VA 3TI0A 1VSHA 4M3WA 4FM0A 4KTZA 1XHXA 4NCGA 1JL1A 2A1SA 2VG5A 1SL1A 5KTQA 3ZT2A 4O0JA 2KZMA 3EY1A 2HVHA 3DOLA 4CF0A 2PZSA 1TK5A 2E6LA 1NK4A 4FM1A 4MFBA 3LZJA 4Y1DA 1EX4A 1U45A 4EP5A 1ZYQA 3HYFA 3L2UA 4FCYA 3RR8A 4N76A 4FLVA 4HHTA 4BDPA 3KLEA 3VQCA 4OPKA 4BE1A 3CG7A 2DTUA 1XWLA 3KKRA 3PX6A 4FJ9A 1RT4A 3L2WA 4KB0A 4DSEA 1D9DA 1KVAA 1KFSA 4DSKA 3DOKA 1RTJA 4CJFA 1EETA 3S3MA 1NK7A 3ISNC 3QNNA 2YV0X 3AVNA 1NKCA 1KSPA 4F8RA 4FZZA 5J2QA 4AH9A 4CJ4A 3NH1A 3I0SA 4EP4A 3SQ4A 1TK8A 1U48A 5FDLA 1CZ9A 4JLHA 3ZSRA 5HRNA 4FLXA 2HMIA 1YTUA 3G0ZA 2P1JA 1SUQA 4H4OA 4CJSA 4PA1A 3KKSA 1BQMA 4C8NA 4ZTJA 3PUFA 1S1WA 1WSJA 2WOMA 1T7PA 4OLAA 1WN7A 1D9FA 3TAFA 4CJVA 3HP6A 5J2NA 1LAVA 1RTIA 1WSFA 4ID1A 2PYJA 1NK8A 3NAEA 4FJIA 1FKPA 3KK1A 4KPYA 4B9SA 1EXQA 4M3XA 3QIPA 3FFIA 4EZ9A 3B6OA 3V1RA 2QK9A 3AVIA 3THVA 2P5GA 4ZTFA 4O44A 3H08A 5HP1A 2IDOA 3SI6A 4B9VA 3OYJA 3LAKA 4CGDA 1WAFA 1S1VA 4CEQA 3OYDA 5JS2A 4I7FA 1UA1A 1UA0A 1RT5A 3SV4A 1C0UA 1WSIA 2E6MA 4JS4A 1NKEA 2RF2A 5CYMA 4OGEA 1HNIA 3LP1A 5KGWA 3C6TA 3MECA 1UOCA 1J53A 2X74A 4OGCA 3AVCA 4AHUA 4DU3A 3BDPA 3LAMA 1QSSA 4KO0A 1T03A 3ZSYA 2YNIA 4RW8A 2HNYA 1BIZA 4QOZB 1BI4A 1NK0A 1G15A 4AILC 3NDKA 3DRRA 5HLFA 2FC0A 3VQ7A 3LZIA 1RBTA 5CZ2A 3OY9A 4M42A 1EP4A 3AA5X 4HUEA 4B9MA 1BQNA 1FK9A 2B6AA 4FLYA 1TVRA 3V9XA 4DTMA 3CFRA 3TWHA 3HPGA 1SKWA 2Z1JA 4CF8A 1J9AA 2XRIA 3IAYA 2ETJA 1ZBHA 3QERA 1GOCA 1Q9YA 3AA3A 4KB1A 4CCHA 4KHUA 1TKXA 2BDPA 4AHSA 4KHYA 2KTQA 3O4QA 3RR7A 3VQ8A 4DS4A 1BI4B 3VN5A 4CJWA 1U4BA 1HYSA 3E01A 4CIEA 1S5JA 3AVLA 4CJPA 5I3UA 1B92A 3AO4A 4J2AA 3NFAA 3P5JA 3P83D 1JLEA 4M45A 5FROA 4M3RA 4CEBA 3OJUA 3LP3A 3NGYA 1D8YA 1KFDA 1RT7A 4CFBA 4E7IA 4IKFA 5CYQA 1BHLA 2RN2A 3ALYA 4M3UA 3HXMA 3AVJA 3AVAA 4ID5A 1NJWA 5KRSA 1HQUA 1HYZA 2ZE2A 3SUOA 3SPZA 1VRTA 4UQGA 4O4GA 3TAEA 2IOCA 4N56A 2Q3SA 2ITGA 4FJJA 4KAZA 2PY5A 4CHNA 1KTQA 1WAJA 4IFYA 4LH4A 4CK3A 3OS2A 3SUQA 1RBVA 1JLQA 3DLGA 3QO9A 4FJMA 1JXEA 3K59A 3V9ZA 1XC9A 3VQDA 3K5OA 3KJVA 4BE2A 3PV8A 1F21A 4KV8A 1W9HA 1X1PA 4DFKA 1QSYA 4KHQA 4FZYA 4J2DA 3HO1A 1IKYA 2FBVA 3C94A 4FJXA 5HRRA 1ASVA 3V9SA 3SNNA 5SWMA 4O5BA 2G8IA 3EZ5A 1IO2A 3ASMA 4DSJA 3QNOA 2G8FA 3A2FA 3T1AA 1I3AA 1RDAA 2VWKA 1QSLA 3NF7A 2AJQA 4I9LA 4KFBA 3C6UA 3NH0A 3AO1A 2F8SA 4KI6A 3VA3A 3VQPA 3ZT0A 4JS5A 1ZBLA 2G8HA 2D5RA 3LALA 1O1WA 4B08A 4W5QA 5C25A 2I5JA 4CHZA 4C8KA 1X9MA 2D0CA 3DMJA 3OYEA 3MEDA 1TGOA 3K2PA 3O3FA 1DTTA 3OJSA 3LP2A 3OVNA 2EHGA 2HNDA 1BISA 3OYIA 1SKSA 1RT6A 2BE2A 4FJ7A 4YNQA 1KRPA 3HK2A 1MU2A 4CHQA 3SZ2A 4Z4FA 4FYDA 3TAMA 2B5JA 4W5OA 1RT3A 3KIOA 4KHWA 1HNVA 1U47A 4DU4A 3K5LA 3AO3A 3SV3A 1HRHA 2GBZA 4Z4HA 1L3UA 3DLBA 2ZD1A 3HVTA 4C8OA 2HW3A 4N5SA 3VQQA 1CLQA 2NUBA 1VSIA 1C0MA 2X6SA 3M8QA 4DTSA 2YKNA 4CFCA 2FBTA 2G8VA 3SQ2A 3QESA 1RDDA 3IG1A 3QETA 3U3YA 1S1UA 4FVMA 1NJXA 2HHSA 4IDKA 1KCFA 3QINA 3AA2A 1YT3A 2YNFA 3T3FA 3JSMA 1BCMA 1LWEA 2GUIA 3OS0A 5I42A 4KHSA 4I2PA 4M3TA 3SQ0A 1C1CA 1YTAA 4IG0A 3OYHA 3DYAA 4DF8A 2YNGA 1BGXT 3OYMA 4B9LA 3VQAA 4LY7A 3ULDA 4B8AB 1QE1A 1HJRA 1NOZA 3ZSOA 1JL2A 3CM6A 4O0IA 1IKWA 5C24A 3K5NA 3TAGA 3TABA 1T05A 4B3OA 4CEFA 2KW4A 3NF6A 1NOYA 2YNHA 1RCHA 5KRTA 3L3VA 3MXJA 5HRPA 1TKZA 3LDSA 3QEIA 3S9HA 5J1EA 3NBPA 1R0AA 2QKKA 3RRGA 4FK2A 4E89A 4E7KA 4OJRA 4K8ZA 4DSFA 4AHRA 1Q9XA 1JLFA 4TSXA 4CJLA 3UIQA 2OPQA 2XY8A 3V1OA 4FXDA 4FLZA 4Z4GA 3ZSWA 1WSHA 3OYGA 1NJZA 3OYNA 5EU7A 3F73A 4FLUA 5T7BA 1SKRA 2G8WA 3WNFA 1WSEA 2LSNA 1JLCA 1VSLA 4O55A 1B9DA 3D45A 4FW1A 3ZT1A 3U6FA 2P5OA 1Q8IA 4F2SA 1GOAA 1Z25A 4HUFA 1IKXA 4H8KA 4OVLA 3K5MA 1N5YA 4FJKA 3AVGA 3LANA 1NKBA 1ZBIA 4HUGA 2X6NA 4DQRA 4CEZA 3HPHA 1A5WA 4OPJA 3F9KA 4BDZA 4J2BA 3WNHA 3MXIA 4EZ6A 4DU1A 2Z1HA 2IAJA 4GMJB 1Y97A 2JGUA 2HB5A 1J54A 1RT1A 1L3SA 2E4LA 4B9UA 4FK4A 3TANA 1FKOA 3OYKA 3HM9A 3DLEA 3HSTB 4DF4A 3NHGA 4RW9A 4CFDA 4DWIA 4OKJA 4AHVA 4B9NA 4Z4EA 5CY4A 3SQ1A 1N6QA 3RMDA 3AVKA 4LSNA 5D3GA 4CK2A 1S9GA 1UAXA 2BGGA 5JS1A 4J2EA 2KFZA 4DQSA 4ZHRA 2DY4A 4FJNA 4CF2A 3V9UA 1SL2A 4CJRA 3OYFA 3ZCMA 3L8BA 3QLHA 1Z26A 3SUNA 3RMCA 3AV9A 1LV5A 4ELUA 2QKBA 4C8LA 3DLRA 4CECA 5C42A 3AA4A 1J5OA 3PY8A 1RDBA 2HHXA 3OYCA 3CFPA 2B4JA 4L8RB 3BGRA 3KLHA 4CEDA 2Y1IA 4W5TA 3AO5A 5DK5A 4E0DA 4WE1A 4MQ3A 3KLFA 2KFNA 1S1XA 3TAQA 4KHNA 2FBXA 3ITHA 4OKKA 4CJEA 3RMBA 3OYLA 3QEPA 1LW2A 1W0HA 4CGIA 4DTXA 3SUPA 4F3TA 3MEGA 4BACA 1S6QA 4QCLA 1NK6A 4DTJA 1TAUA 2XHBA 4CERA 4BDYA 4Y1CA 4K8XA 4DLEA 3TAPA 2F8TA 4XIUA 1DTQA 2X78A 3MXMA 4Z0UA 1U49A 3K57A 1L5UA 5SZTA 1L3TA 1S1TA 4JRPA 1RTDA 4M3YA 2R7YA 4CJQA 3KK3A 4GW6A 1C0TA 3HT3A 2OA8A 1KLNA 3NE6A 1TL3A 1WLJA 3ZT3A 3AVBA 4JRQA 2VG7A 4RW4A 3JYTA 3RRHA 1VRUA 4M41A 3B6PA 1DLOA 4OLBA 2YKMA 3WNGA 1CXUA 1TKTA 1ZBUA 4Z4CA 4CF9A 4KTWA 3EYZA 1VSDA 3MAQA 4E7HA 1CZBA 4FJLA 1KLMA 1TAQA 2KZZA 1ITGA 2IS3A 4KTQA 3ZSVA 1RTHA 3QEVA 2A1RA 2OZSA 4FJGA 2KQ2A 3L2VA 4E19A 4N47A 1ZBFA 4RG8A 1BCOA 2Y1JA 3M8RA 1RBRA 4G1QA 1JKHA 3KLGA 3AVFA 2YHBA 3NF8A 4DS5A 3V6DA 1LW0A 3TARA 1JLAA 3VQ6A 1BIUA 2ATQA 3G10A 1SL0A 3PO4A 2O4GA 4LSLA 1JLGA 3DLKA 4DMNA 1LWCA 2VG6A 4KRFA 1RBSA 4CEEA 3L2RA 4B9TA 4DTOA 1C1AA 2OPRA 2Z1GA 4IG3A 4YFUA 4I2QA 4NCBA 3KD1E 4F4KA 4OKEA 4CHOA 3O3HA 4C8MA 1NK5A 4DLGA 1KVCA 2HHQA 4AHTA 4FJHA 2XY5A 1JXBA 4HVJA 1ASUA 2HHVA 1VSFA 5DMRA 3S3NA 4NCAA 3ZT4A 2HHWA 3SPYA 3IS9A 2HHTA 4KI4A 3RTVA 4E3SA 4CGHA 4DTPA 4PUOA 1X9SA 1QQCA 1EKEA 2QXFA 2DFFA 3VQBA 5KI6A 1RDCA 3QEXA 4GVMA 4RW6A 4B8CA 3I8DA 3L2QA 3CQ8A 1IG9A 2P51A 2OPPA 3TR8A 1QS4A 1I39A 3DM2A 2Z1IA 4IFVA 2RPIA 4DFMA 2DFEA 4DQIA 1S9EA 4HTUA 2FBYA 3C95A 3QIOA 3K58A 1LAWA 1UWBA 4CIFA 4FJ8A 4CIGA 2XY7A 2OZMA 1QHTA 4CFAA 1VK0A 4E7JA 1NK9A 5K14A 3AO2A 4Q5VA 3KD5E 2W42A 4E7LA 2DFHA 4CGFA 3DRSA 1TV6A 4HCBA 3P1GA 4PWDA 3OYBA 3HVRA 1RBUA 2G8UA 3O3GA 4DTNA 4BE0A 3DI6A 4DQQA 4DSIA 3SJJA 4FJ5A 2O4IA 1C6VA 4AHCA 4R5PA 1WNSA 1RT2A 4E1NA 4CJKA 5CZ1A 4DTRA 3SCXA 4W5NA 4CEAA 4CGJA 1BL3A 2ZQBA 1VSMA 2JLEA 4FLWA 2HHUA 3LP0A 1B9FA 4CE9A 4F2RA 4FM2A 3O4NA 4E1MA 2GV9A 4H4MA 3RMAA 3AVHA 4CJUA 2G8KA 4DFJA 4DQPA 3D0PA 4PY5A 3MEEA 1RILA 5KGXA 4IBNA 4QAGA 3V4IA 2VWJA 1LWFA 3HPOA 3V1QA 3NH2A 4PQUA 1VSKA 2XO7A 3NF9A 5J2MA 4ELTA 4CJ5A 2PYLA 4DFPA 3V81A 5HBMA 3LWMA 4DSLA 2HVIA 1XI1A 1WSGA 3SYZA 3DLHA 4KREA 5HROA 1RNHA 2HNZA 1K6YA 3ZSXA 4LH5A 3T19A 3NGIA 2OYQA 1X9WA 3PX4A 4CESA 3ZSQA 3AVMA 4N41A 3HP9A 4BWMA 1D5AA 4NYNA 3VQ9A 2BANA 4M3ZA 4LD0A 2RKIA 1A5XA 1REVA 3LPTA 4FLTA 3PO5A 2IC3A 2EX3A 1NJYA 1TKDA 4DG1A 3I0RA 4CF1A 3VQ4A 3CFOA 3LPUA 4FW2A 3NCIA 4FK0A 4Z4IA 3KTQA 5FRMA 1IKVA 1L3VA 3CYMA 3VA0A 2IGIA 4CHYA 3NGZA 3HL8A 1VSEA 4ICLA 3U3GA 1C1BA 1HQEA 3KLIA 4CJ3A 4DTUA 3M8SA 1YVUA 5J2PA 1TK0A 2WONA 1GOBA 3VQEA 3OS1A 3OYAA 1FXXA 1VSJA 1KVBA 1TL1A 3CM5A 3KK2A 4CJTA 3ZSZA 5HRSA 4KKOA 1ASWA 1SV5A 3L3UA 1S6PA 3M8PA 4BWJA 4ELVA 4F3OA 3V9WA 1T8EA 1QTMA 1CXQA 3WNEA 3LWLA 5FRNA 4CEOA 4CHPA 1HMVA 2XY6A 1HYVA 1IH7A 3IRXA 3VQ5A 4CK1A 2YHAA 4W5RA 4RW7A 5E41A 4NYFA 2D0AA 4CGGA 4I9QA 4Q0BA 3QEWA 3S3OA 1JLBA 3DRPA 3HJFA 1HPZA 3PX0A 4FZXC 1U04A 2F96A 2OPSA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1SQKA 4J8FA 2P9UB 4HCCA 1A5VA 1VSHA 4FM0A 4WF9L 4GKKK 4R79A 1SL1A 2QWPA 3THYB 3CCRN 3DOLA 4NLBA 4A2BA 3HBTA 4IO8A 3AY9A 5BREA 1ZYQA 3RR8A 3HYFA 4JI7K 4N76A 1OVYA 2VGMA 4FLVA 4BDPA 2DTUA 1GLAG 4BRGA 4KB0A 4DQ8A 4DSEA 1D9DA 1KFSA 5AQYA 2NRVA 2QM1A 4LF5K 1RTJA 4B1VA 1Q18A 2QI2A 2YV0X 2I7NA 1TK8A 2VYPA 1U48A 5FDLA 1MA9B 2I7PA 3G0ZA 2P1JA 3KKSA 3PUFA 4CD3A 1T7PA 4OLAA 3CJ9A 4CJVA 1LAVA 1WSFA 1N34K 3V1RA 3THWA 2QK9A 1EQYA 2IDOA 4B9VA 3DXKA 1S1VA 4CEQA 5JS2A 1UA1A 3FE1A 1UA0A 3H3OB 2A6AA 4YY3K 1NKEA 5EX5A 1TYQA 4BR9A 1Y64A 3MECA 4OGCA 2X74A 4AHUA 3BDPA 3LAMA 2IVNA 2YNIA 4RW8A 4NLCA 1NK0A 1ZXOA 4LF9K 3LZIA 3J7ZO 1RBTA 3M1FA 4HUEA 3LM9A 4JKGB 1BQNA 3I8BA 4DTMA 3CFRA 4JKEA 2QA4N 1SKWA 4KHUA 2BDPA 4AHSA 2KTQA 3KZBA 1X3MA 3VQ8A 1NGFA 3O9RA 1B92A 3P5JA 4M45A 5FROA 3OJUA 3LP3A 3NGYA 2CGLA 3IKMA 4CFBA 1RT7A 5KPRA 4NO7A 5CYQA 3VPZA 1BHLA 2RN2A 3AVAA 4ID5A 1D4XA 3SPZA 4UQGA 3DAWA 3TAEA 4N56A 2PY5A 4CK3A 1WAJA 3DLGA 3QO9A 1HNZK 5AQFA 3K59A 3V9ZA 3VQDA 3K5OA 3PV8A 4WQ4A 1NGCA 4KV8A 4KHQA 1X1PA 2FBVA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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