1YHQN

Crystal structure of azithromycin bound to the g2099a mutant 50s ribosomal subunit of haloarcula marismortui
Total Genus 49
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
49
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
b'ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords 23S Ribosomal RNA
publication title Structures of MLSBK antibiotics bound to mutated large ribosomal subunits provide a structural explanation for resistance.
pubmed doi rcsb
molecule tags Ribosome
total genus 49
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2005-01-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
N PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1yhqN00
4IOCL 5JVHL 1VQ9N 1M1KO 3CCQN 1KC8O 1QVFM 3OW2M 2OTLN 5GAGP 4WFBL 3DLLL 1W2BM 3CMAN 2QEXN 1VQON 3PIPL 3CCEN 1KQSM 1YJ9N 1OVYA 1VQ5N 1YJNN 1KD1O 1N8RO 1VQ4N 5H1SQ 5HL7L 3CF5L 1VQPN 3G71N 3I55N 5DM7L 5MLCQ 2QA4N 1NJIO 5DM6L 5GADP 2OTJN 1VQ8N 3CCSN 3CCVN 1YIJN 1Q7YO 1JJ2M 3CPWM 5JVGL 3PIOL 4WF9L 1QVGM 3CCRN 4WFAL 3CD6N 4IOAL 1VQMN 1M90O 4IO9L 5GAHP 3CCMN 1K8AO 3CCUN 3J7ZO 1YHQN 1VQLN 1S72N 2ZJPL 1VQ7N 1Q82O 2ZJRL 5GAEP 1ILYA 4WCEL 3G4SN 3I56N 1Q86O 1YITN 3CCLN 3CMEN 3CXCM 1VQKN 3CCJN 1K73O 2ZJQL 3CC7N 3CC4N 1YI2N 4WFNL 4U67L 1YJWN 3CC2N 1VQNN 1Q81O 3G6EN 1K9MO 1VQ6N 4UY8O
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1VAZA 5BRHA 3MDQA 3ZSWA 2HMPA 2VCPA 4K41A 4CVNE 1W7AA 5E41A 4CCHA 4DR3K 1UA1A 3L6QA 4FK2A 4CE9A 4CZIA 3SLCA 4HVJA 2KTQA 4CF2A 3OYHA 4L3QA 4FK0A 4BRIA 3CCEN 4M45A 2YJEA 4HTLA 4C8MA 5KTQA 1D5AA 3VQ5A 4DKWA 1BA0A 4CZMA 1WSHA 4DWIA 1TK0A 2ZF5O 4OX9K 4X64K 3R8EA 1OH7A 3O3FA 5TKWA 5DM7L 2HHHK 4BR0A 1NOYA 1VSJA 4A62A 2I5JA 1XQSC 2PAVA 4W5QA 4M42A 1XI1A 3I0RA 5AQPA 4FOIA 4ICLA 1BHLA 2E88A 3C6HA 4FXDA 3I33A 3AVMA 2YNFA 4JS5A 2AA4A 5JVGL 3N4QA 2WC9A 3EYZA 1KCFA 2IDOA 4WF9L 1J53A 5J2PA 4Z4IA 5I42A 4ZTJA 1QZ5A 4KBOA 5GAHP 3JYTA 4CBWA 3DRSA 2HSTA 3TTCA 1EX4A 1VK0A 3GBTA 2XY7A 3SUNA 1D8YA 1S1XA 1S72N 2E5LK 3LM9A 4XIUA 1RDDA 4ILHA 2HHXA 4BRGA 3H08A 1NK7A 4PQUA 3KD1E 4JK7A 1TK5A 4CJRA 4E19A 4KH6A 4DV5K 5JS1A 4GKKK 3TTFA 1S1UA 3QICA 4HCCA 4MQ3A 2ASMA 1DLOA 3VQEA 3CQXA 3CXCM 4BC4A 3VQCA 3K57A 3CCJN 4BWMA 4B9MA 3LAMA 2Q3SA 4BC3A 3G6EN 4AHTA 1JL1A 1OH6A 4JEPA 4B3TK 4CERA 4AILC 2HHSA 3IDHA 2P9NA 3ID8A 3OTOK 4B9UA 2KLAA 4H4MA 1XHXA 5AQFA 2QWNA 3K5LA 4Y1DA 4FLVA 4RW7A 1QS4A 3V9UA 3VQ7A 3WNGA 4EIAA 4CHNA 2UXCK 4FW2A 3NFAA 2ATQA 3J81O 2HBJA 5M1FA 3OYMA 3CYMA 2FBVA 3LP1A 4Z4GA 1NK0A 1KVBA 3TAEA 3E9OA 4M7YA 2E1ZA 3G71N 1IJJA 1NGFA 1S6QA 3DRRA 4KTWA 5MLCQ 1NKEA 4FJHA 4M3WA 3OYAA 3J8AA 4ISFA 2DPNA 3RMCA 1E4FT 5CR4A 3NH2A 4HHTA 3HJFA 4YDUC 4DTPA 4BC2A 5LMUK 3VA0A 4GV6A 4FJMA 4KFBA 2YJFA 3Q7BA 3CD6N 2UUAK 3ISNC 4MLEA 5AQJA 5LL6Z 4CJFA 5F1XA 1CZAN 2QW9A 3OYEA 4KHYA 4XH5A 3OYIA 1TUUA 3LZJA 4AHUA 1ZBLA 3DLRA 3PY8A 3SJHA 1YTUA 1ATNA 4OO1J 4AHCA 1JLFA 3J7AP 1WBBA 5ELZA 3WEEA 4DV1K 3A2FA 4JKHA 1X9MA 1ITGA 2YHXA 3O9RA 1NGDA 4W5RA 3A8YA 2P9PB 4DR7K 3LPUA 2ZJQL 4CESA 1YI2N 3LDLA 4WFNL 1SKWA 3RR7A 2XRIA 4LFAK 3DI6A 1VRTA 2D0BA 2P9KB 3RRGA 1VQ6N 2CGKA 4UQGA 2A1RA 1U2VA 2O8DA 4KHSA 2YCHA 3FE1A 1BDGA 2X6SA 4R5PA 4IDKA 5CZ2A 1RBVA 5CY4A 3C65A 1DKGD 3CHWA 3HM9A 3OYFA 3LL3A 3VETA 4IEEA 3C6TA 3BDPA 1Z26A 1BA1A 1GOAA 4DV3K 4JI0K 1CZ9A 4DQSA 2AJQA 3NH1A 3D7EO 4OVLA 4JKFA 1BOTO 3D45A 3VQ8A 1VQPN 3O08A 3VGMA 3GG4A 4BR9A 4E3SA 1C0MA 1XNRK 3WXMB 1UOCA 4AF1A 5M1NA 4FM2A 2RF2A 4CK3A 3E01A 5AQTA 1VQ8N 3DRPA 3WEEB 2YHBA 1BO5O 2ZGYA 3SK3A 3PIOL 3V9XA 2JWKA 3MX2A 4CFAA 4WFAL 2NRXA 3AO1A 4CEOA 1RTHA 1KLNA 1TL3A 2F8TA 1XMQK 4LSNA 1LOTB 4AQYK 5HP1A 4BY9C 4HUGA 2D5RA 3THWA 1QHAA 4A61A 4DB3A 4CJ7A 3H45C 2HBKA 2OPPA 4CFCA 3MWPA 3TAGA 2ZJPL 1VQ7N 2H3GX 4BVPA 4BRNA 1NMDA 4PKIA 1RT3A 4CGIA 3NVKA 2O8CA 1NKCA 3CJBA 4WCEL 2O8FA 5M1QA 4PL8A 4KB0A 2FSKA 4F2SA 4BGBA 4ELTA 1RFQA 2HBLA 4O0IA 4NCBA 1K73O 3KKRA 3ZX0A 1NGJA 3PX0A 1S9EA 4FWMA 3QIPA 5C25A 4MO4A 1JXBA 5AZIB 3VEOA 5SZTA 2PY5A 4CK1A 3HPGA 3NF9A 2V7ZA 4LY7A 4Z0UA 3T1YK 3LP3A 3J7YP 3OYNA 3OW2M 5AQSA 2IS3A 4C8OA 4ELUA 2A40A 2QEXN 1RT7A 5JICA 1O1WA 1BI4A 1KXPA 4ID5A 2HNDA 3F9KA 3THWB 4DLGA 4YOYA 1IV0A 4IO8A 1TKDA 2ZM6K 3FR0A 3BY5A 3CFOA 2G8HA 3ZSRA 2UYTA 1RBTA 1NGEA 3V1RA 4ID1A 2JWLA 3CM6A 1NGAA 1U04A 4F3TA 4KH5A 2O8CB 4IZ9A 4H0XB 5AQKA 3NAEA 4C23A 1J6ZA 4Y1CA 2KKZA 5C2DA 4RCHA 1WSJA 2WTUA 4CZEA 2E2QA 3KK1A 2NRRA 3CCSN 3CCVN 4H0OA 3MK6A 4BDPA 2QWPA 4M3ZA 3AY9A 2KFZA 1UAXA 2F4VK 3MEDA 2HF4A 3UKRA 3MCAB 4BRQA 3THXA 4M3YA 4FK4A 3ALYA 1ZXOA 2HBMA 5HRSA 1BQMA 1SL1A 4JI3K 2QK9A 1TVRA 5FPNA 1BCOA 2RHKA 4EZ9A 3M8PA 2VGMA 3HVTA 1QTMA 5KRTA 3MECA 3ATUA 4BRLA 3OJUA 4CZLA 4JI7K 4FJGA 1X3NA 5E84A 5SWMA 2KHOA 4Y0WA 5AQWA 5AQQA 3SMSA 3T1HK 2D4WA 1BI4B 2OPSA 4FWPA 4DU1A 4I7FA 2F9WA 3UKUB 5HRNA 4I2QA 3G4SN 3F5TA 1JXEA 1NMNA 3VQ6A 4BR2A 1S6PA 4A5AA 1T6DA 4CEFA 3LDQA 3V9ZA 2HF3A 4BQZA 4GV9A 4DUYK 3T1AA 3LPTA 1L3VA 3CI5A 1TKXA 3G0ZA 2FLOA 3FZMA 4QOZB 3ZT2A 1BU6O 4DR2K 2Q0UA 3W3DA 4IOCL 4CJEA 3KIOA 4PL7A 3NE6A 2CGJA 2GELA 3CCQN 3FGUA 1TYQA 3ENHA 3UKRB 4AM7A 4E7HA 1O13A 3M8SA 3O4NA 3HL8A 3QDKA 4DFMA 3AVIA 2Z1JA 1N33K 2YNHA 4I9LA 3E9PA 4I9QA 3O5BA 5ADXH 5AQIA 4ZTFA 4GVEA 1TK8A 2O4GA 1IBLK 4BGAA 1ATSA 4CFDA 1NK5A 1SKRA 2EX3A 5AFUH 4CJLA 1QSYA 2Z1GA 4YDUA 1FK9A 4M3RA 4A2BA 4F9OA 1YVNA 1T44A 4OPJA 4C1NK 4LH4A 4CZHA 1HMVA 3WNFA 1GLCG 1HJRA 1NKBA 1NJWA 4DF8A 2YX6A 2HVIA 1E3MA 3U3GA 4RW9A 1FW6A 5B8HA 4I2PA 1DT9A 1NK8A 3HZ6A 2CH5A 3QETA 5C24A 4B1WB 3SUOA 4JAXA 3IAYA 4LSLA 1VQLN 5BN9A 4KKOA 5AQXA 1TYQB 1FKOA 4E7KA 4FPAA 1Q82O 5GIOA 2JLEA 3E66A 4CIEA 1WAJA 4B9QA 1MDUB 4O44A 4LFBK 4M3TA 4B9VA 5KQDA 1ZBHA 1P90A 3SBTA 2XY5A 1CZBA 2OANA 3TAMA 5KRSA 2OZMA 2GBZA 4FYDA 3PV8A 1N32K 4KTQA 4HUFA 5C42A 4J8FA 4K8XA 2IGIA 4DTOA 2RKIA 4JI1K 4DV4K 3ZLJA 1QZ6A 2B4JA 4JI6K 2D0OA 3O1BA 1BGXT 1Z05A 4IJAA 3C6AA 3S9HA 2ASPA 4GY2B 1IG8A 3EO3A 3FZFA 1RBRA 3L4IA 4YHHK 4MO5A 1BWFO 5AQRA 1N5YA 4JHDB 1S3XA 1YUWA 3TWHA 3L3VA 1QQCA 3EE8A 1HRHA 4FPBA 1B9FA 2NRWA 3MN9A 2PZSA 3MEGA 2RPIA 3IKMA 3QERA 1YJNN 1XWLA 1N36K 5HL7L 4BVOA 1P8ZA 2FSJA 3NH0A 3O1WA 3HPHA 3T7ZA 1U4BA 1HPZA 4DCHA 3AA3A 4H5WA 3KJVA 1K8KA 5DM6L 1XC3A 4NO7A 4CZJA 3HO1A 3AA5X 1IH7A 4H0TB 1T8EA 4H0PA 1Z6RA 4FJIA 1MWMA 5J2MA 3PX6A 1HUXA 5KI6A 2A6AA 3VENA 3P4IA 3QNOA 1NJZA 2Y1IA 2A42A 5LMNK 4YORA 2P9IA 1IKYA 1JL2A 4JK9A 4DQ8A 1MU2A 3ZX3A 1KAZA 4CJSA 3VN5A 3ZT1A 2P9UB 4V19S 2BGGA 3L2VA 1QHTA 3HTVA 1GLFO 3PUFA 4FWOA 3TPQA 4CHOA 3DOKA 3I8DA 4KI4A 3CIPA 3TSUA 4FVMA 4E1JA 1N6QA 2KZZA 3VA3A 3VTIA 3VF6A 3OYKA 3QEIA 1UA0A 3I56N 1L3UA 3TR8A 1GLDG 1YITN 3M8RA 1VQKN 3L8BA 3AGRA 1RNHA 4H8KA 3CCLN 4OGCA 4JKAA 5HOOA 4DTSA 4CF9A 4EHTA 3CC7N 1K8KB 4U67L 1YTAA 2VYPA 4CEDA 3H1QA 4OKKA 1W9HA 5I3UA 2XY6A 3WQTA 4CIFA 1F21A 4YOTA 4W5TA 2QWLA 3U6FA 4YOWA 4FJ5A 3V1QA 3DXMA 3BF1A 3C6UA 4IWVA 2PBDA 5EXWA 4KB1A 4DSKA 4KI6A 1W2BM 4OPHA 5GINA 2P9IB 3SMPA 4DS4A 4JN4A 4E1MA 3PIPL 4H5NA 2IVOA 5AQZA 4KHQA 2AP1A 2OPRA 1MWKA 3AVLA 1KRPA 1XMOK 3MN6A 4O8KA 4FWRA 3NGIA 3KZBA 4H5RA 3EEQA 4I6MA 4JKDA 4CBUA 1N34K 4N5SA 4B3OA 4W5NA 3BEXA 1BIZA 3DOLA 3A5OC 1HJOA 4DR1K 2W6KA 1WUAA 2HHVA 4CJKA 1ESVA 1I39A 1LWEA 5M1KA 3K5MA 4FW1A 3SAFA 3JSMA 3FZHA 3D2EB 4M41A 4LF5K 1YXQA 2PFUA 5C12A 5JMVA 5M1OA 3THYA 1REVA 4JI4K 3O8MA 2FF3B 2X74A 4PY5A 2YHAA 2P9PA 1U6ZA 4EHUA 4OKEA 1K8AO 2X6NA 3CJ1A 3O3HA 3DXMB 3IRXA 2P9KA 2WUSA 4M63C 3R1XA 5AFUA 3WQUA 1WOQA 3VF4A 3A0IX 1EWQA 1HKCA 5EU7A 4C8NA 4IFYA 3RMDA 1C0TA 2ITGA 4O5BA 4A5BA 4B1VA 3K2PA 1LWFA 2QKBA 4I6MB 2VWJA 4KRFA 3CJAA 3S3OA 3JS6A 1JCEA 4C8KA 1NOZA 4GVMA 3IS9A 2DFEA 4LF4K 1EWRA 1VQNN 2YNIA 4EFHA 1NWKA 4EZ6A 4H5VA 4H4OA 3HI0A 4IOXA 4E7LA 1NU0A 3CJ7A 2WFBA 1A5XA 5AQLA 4DF4A 1ZC6A 1RTIA 5IWAK 3HP6A 2GWJA 2V51B 3SV4A 4MFBA 3THYB 2OZSA 4DSLA 4ZHRA 4OJRA 5GAGP 2VGNA 2O4IA 4LH5A 3KTQA 2BDPA 3C0BA 4AHRA 2W42A 4BR5A 3K5NA 3THVA 1KLMA 3AO5A 3IFRA 5AQOA 2NNWA 4LF9K 1IBKK 4B3SK 4CJPA 4BRKA 3O4WA 2UUCK 2Q36A 3NF8A 3AGKA 4O8UA 3VQDA 3B6PA 3OYCA 5BPLA 3K58A 3DLKA 4CHZA 3N4PA 4JKCA 3QEWA 3ZSVA 4E7IA 4Z94A 4ILJA 3I0SA 4J2BA 5EY4A 3MMVA 3FLCO 4B1UB 3KK3A 5BRFA 1Q9YA 2LSNA 1TUYA 4CJQA 3CPWM 1NNEA 2BANA 3DLGA 3FZKA 1KFDA 1Y97A 3BZCA 4QS7A 5AQNA 3RMBA 3KLGA 2G8IA 1M90O 1JLGA 1EKEA 3D2FB 1BG3A 3CCUN 1SUQA 2NRHA 1WSIA 3CETA 3NF7A 5AZIA 1JLCA 3OS0A 1J9AA 3TAQA 3F73A 2ASOA 4PUOA 1G15A 3OY9A 3EL2A 2P5GA 1S1TA 1DTQA 3HK2A 3SPYA 1SKSA 1TGOA 3C94A 1NK4A 1XUPO 4WE1A 1T7PA 2D0PA 3QINA 3H3OB 4F3OA 3SQ4A 1QSLA 1CLQA 2VQEK 3LP0A 4DFJA 3CPEA 4WQ5C 4FZZA 3F9MA 3SZ2A 3VEYA 3AARA 1B9DA 5HROA 4JKBA 2E2NA 4FLZA 4MLHA 3ZCMA 1JCGA 1IG9A 3KLHA 1W97L 4BE0A 1VQ9N 1CXUA 3KWIA 3KLFA 1RDWX 2OYQA 2Q31A 1LW0A 4N41A 1LWCA 3DLLL 3LWMA 3CMAN 4C1NI 4CEQA 5BREA 5KPRA 1RCHA 3AO3A 1DTTA 3QNNA 4KO0A 4CEAA 1S1VA 3QEVA 1HNWK 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4IOC L;  5JVH L;  1VQ9 N;  1M1K O;  3CCQ N;  1KC8 O;  1QVF M;  3OW2 M;  2OTL N;  5GAG P;  4WFB L;  3DLL L;  1W2B M;  3CMA N;  2QEX N;  1VQO N;  3PIP L;  3CCE N;  1KQS M;  1YJ9 N;  1OVY A;  1VQ5 N;  1YJN N;  1KD1 O;  1N8R O;  1VQ4 N;  5H1S Q;  5HL7 L;  3CF5 L;  1VQP N;  3G71 N;  3I55 N;  5DM7 L;  5MLC Q;  2QA4 N;  1NJI O;  5DM6 L;  5GAD P;  2OTJ N;  1VQ8 N;  3CCS N;  3CCV N;  1YIJ N;  1Q7Y O;  1JJ2 M;  3CPW M;  5JVG L;  3PIO L;  4WF9 L;  1QVG M;  3CCR N;  4WFA L;  3CD6 N;  4IOA L;  1VQM N;  1M90 O;  4IO9 L;  5GAH P;  3CCM N;  1K8A O;  3CCU N;  3J7Z O;  1YHQ N;  1VQL N;  1S72 N;  2ZJP L;  1VQ7 N;  1Q82 O;  2ZJR L;  5GAE P;  1ILY A;  4WCE L;  3G4S N;  3I56 N;  1Q86 O;  1YIT N;  3CCL N;  3CME N;  3CXC M;  1VQK N;  3CCJ N;  1K73 O;  2ZJQ L;  3CC7 N;  3CC4 N;  1YI2 N;  4WFN L;  4U67 L;  1YJW N;  3CC2 N;  1VQN N;  1Q81 O;  3G6E N;  1K9M O;  1VQ6 N;  4UY8 O; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 1VAZ A;  5BRH A;  3MDQ A;  3ZSW A;  2HMP A;  2VCP A;  4K41 A;  4CVN E;  1W7A A;  5E41 A;  4CCH A;  4DR3 K;  1UA1 A;  3L6Q A;  4FK2 A;  4CE9 A;  4CZI A;  3SLC A;  4HVJ A;  2KTQ A;  4CF2 A;  3OYH A;  4L3Q A;  4FK0 A;  4BRI A;  3CCE N;  4M45 A;  2YJE A;  4HTL A;  4C8M A;  5KTQ A;  1D5A A;  3VQ5 A;  4DKW A;  1BA0 A;  4CZM A;  1WSH A;  4DWI A;  1TK0 A;  2ZF5 O;  4OX9 K;  4X64 K;  3R8E A;  1OH7 A;  3O3F A;  5TKW A;  5DM7 L;  2HHH K;  4BR0 A;  1NOY A;  1VSJ A;  4A62 A;  2I5J A;  1XQS C;  2PAV A;  4W5Q A;  4M42 A;  1XI1 A;  3I0R A;  5AQP A;  4FOI A;  4ICL A;  1BHL A;  2E88 A;  3C6H A;  4FXD A;  3I33 A;  3AVM A;  2YNF A;  4JS5 A;  2AA4 A;  5JVG L;  3N4Q A;  2WC9 A;  3EYZ A;  1KCF A;  2IDO A;  4WF9 L;  1J53 A;  5J2P A;  4Z4I A;  5I42 A;  4ZTJ A;  1QZ5 A;  4KBO A;  5GAH P;  3JYT A;  4CBW A;  3DRS A;  2HST A;  3TTC A;  1EX4 A;  1VK0 A;  3GBT A;  2XY7 A;  3SUN A;  1D8Y A;  1S1X A;  1S72 N;  2E5L K;  3LM9 A;  4XIU A;  1RDD A;  4ILH A;  2HHX A;  4BRG A;  3H08 A;  1NK7 A;  4PQU A;  3KD1 E;  4JK7 A;  1TK5 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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