1YHQN

Crystal structure of azithromycin bound to the g2099a mutant 50s ribosomal subunit of haloarcula marismortui
Total Genus 49
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
49
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structures of MLSBK antibiotics bound to mutated large ribosomal subunits provide a structural explanation for resistance.
pubmed doi rcsb
molecule tags Ribosome
molecule keywords 23S Ribosomal RNA
total genus 49
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2005-01-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
N PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1yhqN00
1YITN 1VQLN 1S72N 4U67L 5GAEP 5JVGL 1Q82O 1VQPN 3OW2M 1NJIO 1K73O 1VQNN 3I56N 1VQMN 1W2BM 3CCUN 5DM6L 3CF5L 4IO9L 3CC7N 4WF9L 2QA4N 1KC8O 1YHQN 1K9MO 3G4SN 3CMEN 3CCLN 3CPWM 2ZJRL 3CCJN 2ZJPL 3G6EN 1Q86O 1QVFM 5GADP 3CMAN 2OTLN 1VQ5N 1YI2N 4WFNL 1Q81O 1VQ4N 5H1SQ 3CCQN 2ZJQL 3PIOL 3CCSN 1M90O 4IOCL 3CCMN 1YJWN 3PIPL 1OVYA 4WFAL 1VQON 3CC4N 1VQ6N 1KQSM 1Q7YO 4IOAL 5JVHL 3J7ZO 1JJ2M 5GAGP 1K8AO 3DLLL 1N8RO 1VQ8N 3CC2N 2OTJN 1QVGM 4WCEL 1YIJN 1VQKN 3CXCM 5HL7L 1YJ9N 1YJNN 1M1KO 3G71N 3I55N 3CD6N 3CCRN 5DM7L 1VQ9N 1ILYA 5GAHP 1VQ7N 1KD1O 3CCVN 4UY8O 2QEXN 4WFBL 3CCEN 5MLCQ
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4RTFD 5E41A 5M1KA 4FLTA 3TSQA 1Z26A 4K42A 3A8YA 2HOEA 4FLYA 3LZJA 3PO4A 3THWA 1I94K 4CBUA 2KZMA 3F9KA 1BWFO 5HLFA 4H5VA 4CJQA 4DSLA 3UE5A 2IIRA 3WUHA 2IVOA 3NH0A 4AHTA 5E84A 3P4IA 1NK6A 4OGEA 1N32K 4AHUA 3VQAA 3TSPA 5M1OA 1OH6A 1HRHA 5JS2A 3EZ5A 3RWUA 4FJHA 3WNEA 1BG3A 4OPHA 3SPZA 3S3MA 1WSEA 1YVNA 4BE2A 4FJLA 3E01A 4PKHA 3NGZA 3ATVA 4CEDA 1ATRA 4FWLA 4PA1A 2F9TA 1BCMA 4NCBA 4ELUA 1EKEA 1TAQA 4BC4A 1TV6A 1GOCA 3NMUA 4BRNA 4CGGA 3O3GA 4N56A 4DR2K 3LP1A 2HMIA 4I9QA 3K57A 2RHKA 3LAMA 2F7TA 3OVNA 5AQOA 4KO0A 1RT2A 4CEAA 2RN2A 3NVKA 2ATQA 4BREA 4CIFA 2FBYA 5JLFA 3KIOA 2Y1JA 4JK7A 2Z1HA 4OVLA 3L6QA 1KCFA 1WAJA 3GE1A 3VEZA 3PX0A 4JHDA 4J2DA 3U6FA 2E88A 3SUQA 3D2FA 2YJFA 4W5QA 3FR0A 4KHUA 3SBTA 3M5RA 4UY8O 1K6YA 3ZSXA 4IFVA 1NJZA 3AAPA 2Q1NA 4A5BA 3MXJA 3WXJA 2ZGYA 1RDWX 3SAFA 3HPOA 2ITGA 3SQ4A 4KBOA 1NMDA 4C23A 5EXWA 4JKEA 3O6WA 4DFJA 4DFPA 1QSSA 4MQ3A 2P9UA 4CGJA 1X9MA 4ZHRA 1IKXA 1IBLK 1N6QA 3G4SN 4AQYK 3SJJA 5KI6A 2QWLA 2E6MA 3ZEUB 4Y1CA 3U9ZA 1YXQA 4N47A 4O44A 3U3YA 3RR8A 1LOTB 3KWIA 1XC3A 3NVMA 4RW4A 3EEQA 5LY3A 1YI2N 3LP2A 3VQ4A 1G99A 3V9WA 2GELA 1QHAA 4BR5A 4CEFA 4FJJA 3PIOL 1WSGA 4KHNA 1M90O 1JLBA 1J9AA 1KVAA 4KHQA 1TKZA 3ZT1A 3W3DA 1S9GA 4CEEA 2IOCA 1ZBHA 3I0RA 4J2AA 4B3MK 3P39A 1EX4A 2W6LA 2A41A 4NCAA 4H0YB 5GAGP 1OKJA 1K8AO 1X9WA 1GLJO 4JS4A 2G8HA 4RW8A 1RT5A 3KLFA 3C95A 3WT0A 4GVMA 3V9ZA 5FPNA 2O8EA 2FLOA 3DAWA 4QS8A 1XMOK 4C1NI 2Q31A 3J81O 4KHYA 3ISNC 1L3TA 4FLZA 2F9WA 3L2VA 3HM8A 2V52B 4M7YA 2HHUA 3QNOA 5CYQA 3DLRA 3L2UA 5BN9A 1RILA 3JAMO 4B9MA 1VQ9N 4KTZA 1SKWA 2O8DA 3AO1A 1UA0A 3OBYA 4H5RA 3TAQA 1KAZA 3J7YP 4IG3A 3LWLA 3A5OC 1HQUA 1W2BM 3THXA 4NXNK 3VQBA 1BU6O 1KVBA 3HM9A 4F3TA 4IZ9A 4F3OA 1JCEA 5AQLA 3ATUA 2UUBK 2HSTA 4EAHD 2PFUA 3G0ZA 2KHOA 1RT7A 3RMDA 1C1BA 4DQ8A 3OYBA 2VQEK 4Q5VA 3OYNA 4E7JA 4CZJA 1C6VA 2FC0A 2EX3A 4BVPA 2GBZA 4HTLA 4OJRA 3O9TA 4WE1A 3N4PA 3IMXA 3A5NC 4NYNA 4CECA 3AO2A 2WBNA 3KKRA 3JSMA 1B9DA 1S1UA 4O5BA 1JXBA 1KXPA 4C8MA 3TAPA 4HUFA 3DLEA 1DT9A 5EU7A 3VMFB 3V1RA 4B8CA 3OY9A 1FW6A 3GOIA 3KLHA 2FBTA 3NHGA 5EVZA 4O5FA 2J4RA 3D2EA 3HP6A 3CC2N 4CJWA 4CGFA 3TAGA 3DRSA 3AA3A 2F8TA 4GW6A 1RGIA 3AVBA 1NJWA 3SUPA 1IH7A 2YNIA 3I55N 5IWAK 4BY9C 2QM1A 3C6AA 4EZ6A 1NK9A 4KI6A 2WTUA 3VQEA 3LDSA 3R8EA 2GEMA 3ALYA 4LF4K 5IT9O 4JI4K 2Q97A 4BWJA 2JWKA 1YITN 3O08A 4E7HA 3BDPA 1T44A 5TKWA 2IS3A 1YTUA 4BRAA 1TYQA 4OO1J 2V7ZA 3SNNA 4YY3K 4CCHA 4HTUA 1RTHA 1RDAA 3LWMA 1KLMA 3RMCA 1WN7A 3QMLA 4YORA 4CEQA 4IDHA 3S9HA 3AVGA 3KD5E 4K0KK 1SL2A 4CFAA 3BP8A 1HYSA 1S6PA 3CFOA 3R9PA 4BQLA 1D9DA 1W0HA 4FZYA 1LCUA 3P31A 2E2QA 4Z4CA 4LF6K 5GIPA 4OGCA 2VG7A 3ULDA 3OYFA 3HOTA 4IFEA 4FJIA 2GWKA 3HI0A 1RDDA 1ASUA 4DR1K 3KK2A 3OYGA 1NK8A 4I6MB 2XY6A 1S22A 1HYVA 2KQ2A 3P5JA 4AF1A 1SV5A 1KVCA 5LJWA 3F9MA 3O8MA 4JRPA 1FKOA 3ZSVA 3V9UA 1BI4A 3L2QA 4BC2A 2E2OA 4CEZA 1K8KB 5AQIA 3CI5A 1C0UA 2IDOA 3I8BA 5C24A 5JICA 4CGDA 1E4GT 4CJTA 4E0DA 2XHBA 4OPJA 3FZLA 3CETA 1NJXA 4YFUA 3AVCA 5JMVA 1ATNA 1RDUA 3U9DA 4CI6A 4DV0K 3MECA 4W5OA 3AV9A 4KI4A 5A2QO 3RVCA 4A59A 2UXCK 3NDKA 2HHVA 3C94A 3AVIA 4B1VA 3V1QA 1VSLA 4DUZK 1TKXA 4K8ZA 4LD0A 4OKEA 3TWHA 4R5PA 2FSKA 4H5TA 1QHTA 2JGUA 3THXB 1RBUA 4YHHK 4JLHA 4BGAA 4WFBL 1RFQA 4GKJK 1ATSA 3THYA 1VQLN 4O0IA 3QESA 4BE1A 1U45A 3T1HK 2G8UA 3WXIA 1LV5A 4E89A 4A2AA 5JVGL 2IAJA 1SL1A 1NJIO 3ZX0A 3P83D 4BRFA 1CZAN 4O8KA 4BR4A 3ZT3A 5AZIB 1VQMN 2ZF5O 2KW4A 3DM2A 5LJVA 4H0XB 3U3GA 3ZYYX 4FZZA 2CGLA 4PWDA 2RE2A 4LFCK 4DTNA 2UXBK 2HB5A 2PZSA 4PHTX 4CZGA 3OJSA 3MCPA 4XH1A 3MEGA 3EKUA 3G6EN 3O80A 4FO0A 1QVFM 2A1RA 3QIOA 3SYZA 3C65A 2OTLN 2E5LK 2NNWA 1J5OA 1WSJA 4DV7K 4BVOA 3JYTA 4M3XA 4LY7A 4BR7A 5AQHA 2YNGA 4JI0K 4A62A 2ASPA 1VSJA 4GMJB 4CFCA 2QW9A 2QKKA 4CK2A 4FSVA 3PIPL 4J8FA 1UOCA 5AQQA 1JLEA 5BREA 5E26A 1HKGA 1RDCA 3QEVA 4IOAL 1QQMA 3UKRA 4DQQA 3ZSWA 4B3SK 1WSFA 2VWBA 5LL6Z 4ELVA 5EOYA 1RT1A 4K43A 3DRRA 4YNQA 4CJ3A 2G8IA 4JYAK 2FSNA 3CFPA 3ENBA 1ZC6A 1QS4A 3VF4A 4CJFA 4RG8A 2Q0UA 4XH4A 5AQKA 3SAGA 4DB3A 4YOWA 4ZTJA 3H3OB 3ZEUA 1FJGK 1BIUA 1ZBUA 4DTXA 1EO1A 1D9FA 4CBWA 1NKCA 4KFBA 1XHZA 2VG5A 2JLEA 4FVMA 2E8AA 4FWKA 5EX5A 1VSHA 1UWBA 4FL9A 1QQNA 4M42A 1T03A 3UKUB 1T6DA 1BHLA 2HBMA 5FDLA 4DR7K 3QFUA 1VHXA 3MDQA 5AQZA 3KZBA 4M41A 4CFDA 1VRUA 2DY4A 3UB5A 4FJXA 3RSEA 1BGXT 3HP9A 4C8NA 5C42A 1BQNA 3TSUA 3QIPA 3HL8A 2VYPA 1QZ6A 1YHQN 1BDGA 3CQYA 1G15A 3CIPA 1CXQA 1L3VA 3WEEA 3O4NA 4DV1K 2ZJRL 2ASMA 3M3ZA 2E6LA 3ULEB 3V4IA 3HSCA 1Y97A 4CFBA 3SQ2A 3PO5A 3D45A 4H5NA 4IKFA 3WXKA 4CIGA 4FWSA 4YOUA 3LDLA 2IC3A 1DKGD 4DQSA 2NZTA 1XWLA 2HVIA 4W5RA 4F4KA 4DQIA 1WAFA 1O13A 1HX1A 4H0TB 1U2VB 1NOZA 1RT3A 3NFAA 3CHWA 4B9TA 4FM1A 1H1VA 1ZYQA 3O9QA 4DV6K 3SBGA 3OYCA 2HF3A 4DF4A 3F2KA 2ZD1A 1X3MA 4FOEA 1CXUA 1QVGM 4K8XA 3DLBA 1NU0A 4BROA 4F9OA 5HL7L 4G1QA 1KLNA 3T1AA 4DQRA 2GV9A 2YX6A 1BA1A 4AH9A 4CGHA 4YDUC 3HO1A 4GY2B 3WNHA 1W97L 4MO5A 3QNNA 1NLVA 3CJ1A 4B9NA 4GV6A 3H1VX 4Z4GA 3AVMA 3LP3A 3KLIA 4CJ5A 2O8FB 2VWJA 5AQYA 3SAHA 3QDKA 4B1YB 3UIQA 3M8SA 3OYDA 1TAUA 3THWB 3TI0A 4KV8A 1SAZA 4XIUA 3RRHA 3CCEN 3ASMA 3HOSA 3U4LA 2NRZA 3ENOA 4JAXA 3VN5A 1D8YA 2RPIA 3CG7A 3M8RA 4KH5A 5GAEP 2I7NA 1LAWA 3SK3A 4KHSA 3LPUA 3QFPA 4JI7K 4KTWA 1TUYA 3MEEA 4H5WA 4JS5A 4E1MA 1LAVA 3C7NA 4FWOA 1U4BA 1U49A 4CIEA 2HNYA 4OKJA 3TAMA 2BTFA 2OA8A 3D6RA 2KFZA 4NO7A 3ZT0A 5I3UA 4AM6A 1ZBSA 1IG9A 5BPNA 1OVQA 3L2WA 5C0YA 4DG1A 3EY1A 4H0VB 4KH4A 5H1SQ 1VQ4N 3KLGA 1X3NA 3W0LA 1NGHA 3IAYA 2QXLA 2BH1A 3MK6A 3NF8A 2HF4A 2OCEA 4FK4A 3D0PA 1A5XA 2WOMA 4JN4A 1X1PA 4BQZA 3A2FA 2Q2RA 3ID8A 1VQ6N 5AZJB 2Z1IA 3E9PA 2WONA 4K25A 3A5MC 4CHYA 4BDZA 4CHOA 4FPAA 5HROA 4B3TK 4CJUA 1RCHA 3NF9A 2OTJN 1U2VA 4E1JA 2XO7A 4ISEA 4DU3A 1XQSC 4H03B 3QO9A 4FWMA 3MN9A 3OYLA 3RR7A 4JKBA 3CM6A 1JL2A 3NH1A 1ZBLA 1JLCA 3VF6A 4RW7A 3O9RA 1L3UA 3B6PA 4DQPA 4DV3K 3CD6N 1S1VA 4CF0A 1S1XA 5HP1A 4JV5K 2HMPA 4AHCA 3ULEA 4DTJA 3MEDA 3BZCA 1KD1O 2XY5A 2O4IA 1JLFA 2GUIA 4M63C 1NKEA 3OHRA 4FJKA 1OH7A 3AVNA 3E1YA 4FVUA 3ZT4A 2DFEA 4L8RB 3HPHA 3KJVA 1QQOA 3DXMA 2CGJA 1CZBA 4CE9A 4Z4FA 3CFRA 4WQ4A 5F2RA 5FRMA 5KPRA 2D1KA 3CF5L 4DTSA 1NMNA 2HHXA 2QTDA 3AGKA 4KKOA 4A61A 2HHWA 1S3XA 3SV3A 5LMUK 3VQ9A 2UXDK 1RT4A 3WXMB 2O8EB 1NGCA 2QWMA 1HUXA 5K14A 3QERA 1N36K 2D0PA 5AQMA 3DWLA 4MLEA 1GLFO 2HNDA 4M3UA 1DTQA 1HKCA 5BPLA 1TK0A 5KGWA 3S41A 1DLOA 3O9SA 4M3TA 4I7FA 4CHZA 1QTMA 4DKWA 4FWRA 4BR9A 1ASVA 3AO5A 4B3RK 4JD2B 2P1JA 1N34K 5C25A 2NRXA 1XHXA 1FXXA 2ZWHA 1Q7YO 5SWMA 2YHBA 2X78A 2G8FA 2D4WA 2ZGZA 2P9PB 3LZIA 1QSYA 3WNFA 1NGEA 2H3GX 4ILGB 1TUUA 3J8AA 1EWRA 4MLHA 3F73A 3QINA 2DFFA 2DFHA 3HJFA 3SQ0A 4AHVA 3EYZA 5AQRA 2ZM6K 4KPYA 1S1TA 1JKHA 2QWQA 2HHQA 3RRGA 4JRQA 2FF3B 1S1WA 4CJLA 2P9UB 3RMBA 1YT3A 1T8EA 4FJNA 5FRNA 1BQMA 1YVUA 5HRRA 3CQ8A 2X6NA 3H46O 2P9IB 1UAXA 3QBWA 3AGRA 4NYFA 3PV8A 3ZCMA 4LF9K 4QS7A 1IKVA 1YF5L 2OPSA 4BG8A 1VQPN 4BR2A 1T3VA 1U04A 4BRIA 3D7EO 3LDQA 3Q7CA 4JI1K 3VQDA 5I9EB 3E66A 4PL8A 3SPYA 2UUCK 3DXMB 3FLCO 2YI1A 5CR4A 2OYQA 3K0SA 5AQWA 3OYHA 3TARA 3HK2A 3DXKA 1LWCA 3CYMA 1NK7A 3MN5A 2A1SA 2PYJA 4OX9K 3OYAA 2BE2A 3QEPA 1KRPA 1VQ5N 1E3MA 1VAZA 5AQPA 1TVRA 1TGOA 4KB1A 4GV3A 1EXQA 2RKIA 4HUEA 4IEEA 3CCQN 4FWNA 2E1ZA 1C1CA 4YOVA 4FLUA 1CZ9A 3NGIA 3L3UA 2OZSA 3SI6A 1TK8A 4CJVA 1CLQA 1YJWN 5KPZA 1OVYA 3DRPA 1NK5A 3V1OA 1L3SA 1IBKK 1HPZA 1KTQA 2YKNA 3K5NA 2Q0RA 1WLJA 3P1GA 3MWTA 3SV4A 3VGKA 3SMSA 1K8KA 3KK3A 1NGGA 3BUZB 3M8QA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1YIT N;  1VQL N;  1S72 N;  4U67 L;  5GAE P;  5JVG L;  1Q82 O;  1VQP N;  3OW2 M;  1NJI O;  1K73 O;  1VQN N;  3I56 N;  1VQM N;  1W2B M;  3CCU N;  5DM6 L;  3CF5 L;  4IO9 L;  3CC7 N;  4WF9 L;  2QA4 N;  1KC8 O;  1YHQ N;  1K9M O;  3G4S N;  3CME N;  3CCL N;  3CPW M;  2ZJR L;  3CCJ N;  2ZJP L;  3G6E N;  1Q86 O;  1QVF M;  5GAD P;  3CMA N;  2OTL N;  1VQ5 N;  1YI2 N;  4WFN L;  1Q81 O;  1VQ4 N;  5H1S Q;  3CCQ N;  2ZJQ L;  3PIO L;  3CCS N;  1M90 O;  4IOC L;  3CCM N;  1YJW N;  3PIP L;  1OVY A;  4WFA L;  1VQO N;  3CC4 N;  1VQ6 N;  1KQS M;  1Q7Y O;  4IOA L;  5JVH L;  3J7Z O;  1JJ2 M;  5GAG P;  1K8A O;  3DLL L;  1N8R O;  1VQ8 N;  3CC2 N;  2OTJ N;  1QVG M;  4WCE L;  1YIJ N;  1VQK N;  3CXC M;  5HL7 L;  1YJ9 N;  1YJN N;  1M1K O;  3G71 N;  3I55 N;  3CD6 N;  3CCR N;  5DM7 L;  1VQ9 N;  1ILY A;  5GAH P;  1VQ7 N;  1KD1 O;  3CCV N;  4UY8 O;  2QEX N;  4WFB L;  3CCE N;  5MLC Q; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 4RTF D;  5E41 A;  5M1K A;  4FLT A;  3TSQ A;  1Z26 A;  4K42 A;  3A8Y A;  2HOE A;  4FLY A;  3LZJ A;  3PO4 A;  3THW A;  1I94 K;  4CBU A;  2KZM A;  3F9K A;  1BWF O;  5HLF A;  4H5V A;  4CJQ A;  4DSL A;  3UE5 A;  2IIR A;  3WUH A;  2IVO A;  3NH0 A;  4AHT A;  5E84 A;  3P4I A;  1NK6 A;  4OGE A;  1N32 K;  4AHU A;  3VQA A;  3TSP A;  5M1O A;  1OH6 A;  1HRH A;  5JS2 A;  3EZ5 A;  3RWU A;  4FJH A;  3WNE A;  1BG3 A;  4OPH A;  3SPZ A;  3S3M A;  1WSE A;  1YVN A;  4BE2 A;  4FJL A;  3E01 A;  4PKH A;  3NGZ A;  3ATV A;  4CED A;  1ATR A;  4FWL A;  4PA1 A;  2F9T A;  1BCM A;  4NCB A;  4ELU A;  1EKE A;  1TAQ A;  4BC4 A;  1TV6 A;  1GOC A;  3NMU A;  4BRN A;  4CGG A;  3O3G A;  4N56 A;  4DR2 K;  3LP1 A;  2HMI A;  4I9Q A;  3K57 A;  2RHK A;  3LAM A;  2F7T A;  3OVN A;  5AQO A;  4KO0 A;  1RT2 A;  4CEA A;  2RN2 A;  3NVK A;  2ATQ A;  4BRE A;  4CIF A;  2FBY A;  5JLF A;  3KIO A;  2Y1J A;  4JK7 A;  2Z1H A;  4OVL A;  3L6Q A;  1KCF A;  1WAJ A;  3GE1 A;  3VEZ A;  3PX0 A;  4JHD A;  4J2D A;  3U6F A;  2E88 A;  3SUQ A;  3D2F A;  2YJF A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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