1YHQN

Crystal structure of azithromycin bound to the g2099a mutant 50s ribosomal subunit of haloarcula marismortui
Total Genus 49
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
49
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords 23S Ribosomal RNA
publication title Structures of MLSBK antibiotics bound to mutated large ribosomal subunits provide a structural explanation for resistance.
pubmed doi rcsb
molecule tags Ribosome
total genus 49
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2005-01-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
N PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1yhqN00
1S72N 5H1SQ 1YIJN 3CCVN 4WF9L 2OTJN 3I56N 4WFBL 2ZJPL 5DM7L 1K73O 1NJIO 1ILYA 3CF5L 1Q7YO 2ZJRL 1JJ2M 1YITN 3G4SN 3CPWM 1KC8O 5GAHP 1VQ4N 1K9MO 4WFAL 1VQ8N 4IOCL 3CCJN 1KQSM 3CCEN 5GAEP 1VQ5N 4IOAL 3G71N 2OTLN 1VQ9N 4WFNL 3CCSN 1VQKN 1K8AO 1VQMN 5GADP 1YJ9N 4WCEL 1M1KO 1Q81O 1N8RO 3CC2N 3CC4N 2QA4N 1YI2N 1KD1O 1QVGM 5JVHL 1VQON 4U67L 3CXCM 3J7ZO 1VQ7N 5DM6L 3CCUN 3OW2M 3DLLL 1W2BM 2ZJQL 3CD6N 3G6EN 1QVFM 3PIOL 3CCMN 1VQ6N 1OVYA 1Q82O 1VQLN 3CMEN 1VQPN 4UY8O 3CMAN 3CC7N 1M90O 1YHQN 1VQNN 5HL7L 3CCQN 4IO9L 5MLCQ 3CCLN 2QEXN 5JVGL 3CCRN 3PIPL 5GAGP 3I55N 1YJWN 1Q86O 1YJNN
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1BGXT 4FOEA 4PL8A 1VSEA 4FJIA 4Z4GA 1I39A 3DLGA 4BRKA 2F4VK 4EIAA 5FPMA 3E01A 4CBUA 2ZQBA 2IS3A 4CJUA 3NAEA 3DXMB 1K73O 3DLHA 2A1SA 1YF5L 4O0JA 1X9WA 1WSIA 3R8EA 4DV2K 3VTHA 5AFUH 1UA1A 4B9NA 3AA3A 3PX0A 1HJRA 3VQ9A 1DEJA 5AZJA 2QWMA 5KI6A 3KWIA 4BVOA 2UYTA 3A5OC 2GV9A 3CCJN 4M41A 2Q31A 3KVGA 4F4KA 4JKCA 3V1OA 4I9LA 4DTPA 3ZT4A 3LP0A 2OTLN 3J81O 1L3TA 1U04A 3ZEUA 1QSLA 2A3ZA 4I9QA 1RDBA 2HSTA 4CEAA 4LF8K 5AQWA 1L3VA 4CJRA 4MFBA 4GW6A 4ISEA 1BG3A 3FLCO 2Q36A 2VGNA 3CJAA 4LSLA 1J9AA 5AQOA 4CD3A 3CXCM 1WBBA 2QTDA 4CEQA 1VQ7N 4ICLA 3ULDA 4DV3K 3LAKA 3OW2M 4CJLA 3ISNC 4IO8A 4LH5A 2FXUA 3OY9A 4X65K 3AA5X 3F2KA 3THXA 3S9HA 4BC3A 3MEDA 3N4QA 4JI1K 2CH5A 4NCGA 2P9SA 4UY8O 3T69A 3F73A 4QS9A 3BGRA 3H3OB 4CECA 2E6LA 3SK3A 1GLEG 4BQLA 4DSFA 3VESA 5B8HA 2O4GA 1RBSA 1X1PA 3HPOA 1BL3A 3ZETA 3EE9A 3GBTA 3LP2A 1JL1A 1G15A 3BDPA 2QW9A 4QS8A 4XIUA 1GLFO 2ZWHA 4FZZA 4E1NA 3C6HA 4O55A 4M3YA 1NG9A 4ZHRA 1ZBHA 3E66A 3SQ1A 3D0PA 1X3MA 1S1UA 3UKUA 2XO7A 3NF9A 4C23A 3I56N 4B3SK 1KTQA 2FC0A 3CJ7A 4JHDB 2A6AA 4DV6K 4AHTA 1GLAG 4FWSA 2YKNA 1QHAA 2ZJRL 4B1VA 5EX5A 3C6TA 4CCHA 3MAQA 1CLQA 1YITN 1NK4A 4EZ9A 1XWLA 2F96A 4O44A 4B9LA 4M3ZA 2ZE2A 2NRZA 2X6SA 1DGKN 2HHVA 5KGXA 3CFRA 2JWKA 4FK4A 3CJ9A 1CXQA 3S3OA 4CJPA 4BC4A 3CJCA 3L8BA 3AA4A 4KHQA 2VWJA 3VF4A 4W5QA 1V4SA 4X66K 3AVHA 3CERA 4FXDA 3SUPA 1GLJO 4KTQA 1U48A 1NOZA 2O8DA 5CZ2A 4CF8A 5DM6L 4DSLA 4JS5A 3V9XA 1OH7A 3ATVA 3EYZA 3ZSYA 3EEQA 3HP6A 4DFKA 2Q3SA 3CQXA 4DS4A 4K8ZA 2CH6A 4W5NA 4FCYA 3AVCA 4CBWA 4B3TK 2W41A 4KHWA 3AGKA 3FR0A 1QQOA 1NJWA 4CIEA 2QWOA 1BDGA 4CJWA 1OVQA 1GLLO 3L2VA 1NK8A 4GKJK 1OKJA 5AQQA 4H0OA 3CYMA 2HHUA 3GDQA 3N4PA 2Z1GA 1IG9A 4LD0A 1TL1A 1DTTA 4WF9L 1Z25A 3D2EB 4B3RK 1NJYA 1RDUA 3PLAA 3BF1A 4PKHA 5DM7L 1LV5A 2UXBK 4IDKA 2OPRA 4XH4A 3J7YP 3LZJA 1X9MA 2BDPA 3HVTA 2VYPA 4W5OA 1WBDA 3TU5A 1HLUA 3RR7A 1T6DA 2BUPA 1RDDA 4F3TA 2O8CA 4JN4A 3AY9A 1HYVA 1YAGA 2Q2RA 2IGIA 1HMVA 2YHWA 3C95A 5HRNA 3WNHA 1KFDA 2VG6A 1EX4A 4ZTJA 4E89A 4IFEA 3G71N 2HHQA 2PBDA 2OPSA 1WN7A 1K8AO 4N41A 4DSKA 4Z4EA 3KD1E 4DHYA 2Q1NA 3S3MA 4FWOA 1I3AA 4M3TA 1ZBFA 3OJUA 5JS1A 1R59O 3VEVA 5D3GA 2KHOA 3TWHA 1NGFA 3RMAA 1JCEA 1QS4A 1JLQA 3VGKA 1RCHA 1CZ9A 4CE9A 3ZYYX 3ZX0A 5LL6Z 2B4JA 2YHBA 3LDSA 4V19S 1R0AA 4FJNA 1QVFM 3A0IX 1OVYA 3KLFA 3SQ0A 4YOTA 2HNZA 4CJ3A 2G8UA 2HBKA 3HP9A 3CMAN 3Q7CA 3B6OA 4BRQA 1M90O 3OBYA 1T3VA 1X9JA 4BRMA 5HL7L 2ZGYA 3PSFA 3SAHA 3CCQN 4DQRA 5LY3A 4YOYA 3P31A 5FPNA 1TKDA 3K0SA 2CGKA 1Q86O 1XI1A 4DQQA 2X6NA 3A5NC 1HUXA 5AR0A 4A57A 2YI1A 2NRHA 3CCVN 5J2QA 1IBLK 1YTAA 2OYQA 4JKGB 2BE2A 2WUSA 2QWRA 4ELVA 4AHSA 4JI6K 4DUZK 3AARA 3D6RA 1IH7A 3TTDA 3K5NA 2Q97A 2E88A 4BROA 4Y1DA 4EP4A 2IAJA 3MN6A 4K43A 4CHZA 4DR2K 4C8KA 3L6QA 1SUQA 5SWMA 4BRFA 4OLBA 5C12A 1NJXA 4K41A 1C1AA 1NWKA 4BG9A 3CCEN 4F3OA 1T03A 5AQRA 3LPTA 1RT3A 3K5OA 4C1NK 4M63C 3VQ5A 1VQ9N 1LOTB 4KH4A 3ZSXA 2P9LB 5KGWA 3VA3A 3E1YA 4FWNA 1J5EK 3L2QA 4FK0A 4E3SA 1N8RO 3K57A 1RBUA 5JLHA 3DXKB 3L0QA 3VF6A 2P5OA 3NCIA 4FJ7A 3BP8A 3LPUA 2XY7A 4RWTA 1S3XA 2VG5A 3TAEA 1ASWA 4M7XA 5KTQA 3H6EA 3FFIA 4GKKK 2HBMA 1ASVA 4B8AB 1RT2A 1VQLN 3CMEN 4OX9K 3T3FA 1DKGD 4AM6A 3VQ7A 1TGOA 3HYFA 2VQFK 1VQNN 4B1WB 2P9NA 4IG0A 3SAGA 4IO9L 5HRSA 1IKYA 3MX2A 4KHSA 4O0IA 5IT9O 2YX6A 1RT7A 4Z0UA 3L4QA 1RDAA 4BG8A 3H45C 2OPPA 3TAQA 3O6WA 3HRGA 4Z4IA 5H1SQ 3OS2A 4CK3A 3P83D 5ADXH 2EHGA 4I6MA 2DFFA 4CEEA 4LH4A 1A5XA 1WSHA 4WFBL 3O08A 5GIPA 2E2QA 4JRPA 1HYZA 1TV6A 3WNGA 4XH1A 3MMVA 1NJIO 1ILYA 3HK2A 5AQIA 3RTVA 4CHYA 2E1YA 4NO7A 3KLHA 3CPWM 3SBGA 2QXLA 3OYAA 4BRCA 5GAHP 4JK9A 3AVFA 2YKMA 4KRFA 3HPHA 3EE8A 1XC3A 4AQYK 4DSJA 4H4OA 4LFCK 5EXWA 3OYHA 4WFAL 2NRVA 1GLCG 1BIUA 4B1UB 3SV3A 3BZKA 3VQ4A 2OCEA 3ZT2A 1ZBUA 1I94K 2UXCK 4UQGA 1UA0A 4GMJB 4EHUA 3C0BA 1E4GT 1YTUA 1SZ2A 1K6YA 3DYAA 4G1QA 3SPYA 1BUPA 1L3SA 2FBXA 1D9FA 3D2FA 1SQKA 1U45A 2YJFA 1HPZA 3LDPA 3M6GA 5BRHA 3JSMA 5EOYA 2O8BA 3AGRA 4IG3A 3NH2A 4PUOA 4I2QA 1NNEA 2F9TA 3OVNA 5E84A 4ELUA 3KK3A 3WXKA 3TTFA 5AZIB 2XY5A 1KAXA 1HNXK 2OPQA 1TAQA 5LMNK 4DFMA 4JD2A 1VQ6N 4CGJA 2P9KB 1S1VA 1Y97A 3PO5A 1C0TA 3EKUA 1BI4A 1WUAA 3DLKA 3EY1A 4FPAA 1D8YA 1QSYA 1K8KA 1D9DA 2PYLA 1UOCA 5BN8A 2GX9A 2F8SA 1BHLA 2D4WA 5LJVA 3QINA 2G8VA 4Y1CA 1TKZA 2HHTA 2QKKA 3CETA 3C6AA 3I8DA 1HPMA 3NGIA 4CJVA 2KQ2A 4LFBK 1E4FT 3VEZA 5EVZA 2W42A 4PL7A 3P4IA 1E3MA 1FW6A 4FJHA 4A2BA 2ASPA 3SQ2A 4OJRA 2NRWA 4BE0A 2E5LK 2FBTA 3I33A 2G8IA 4KHNA 3ID8A 3G0ZA 5AQPA 5I42A 3HJFA 3IFRA 2O8FA 4IBNA 2OANA 4DFJA 3NGZA 1JJ2M 1BO5O 1LCUA 3TSUA 3ATUA 4K8XA 2J4RA 1NGBA 4FLXA 1ZYQA 3OHRA 1HYSA 4W5TA 4H4MA 3OYKA 1K9MO 1VAZA 4MDAA 3VQQA 3MEEA 4DTJA 2PZSA 4B9VA 1NMDA 4HUFA 3K5LA 4KHYA 3WT0A 1WAFA 3DI6A 2JGUA 3S3NA 3JAMO 3O4NA 4IOAL 1B9FA 1RTIA 4AHUA 3K9KA 3ZCMA 4YHHK 4ILHA 4CGIA 4FZXC 1CZBA 3C7NA 4CZLA 3DOLA 3ZLJA 2BGGA 1WNSA 3HXMA 1WOQA 4NLBA 4CK1A 3M8SA 1ZXOA 3O9TA 4CF1A 3M8QA 3W3DA 4H0VB 4B9QA 2RE2A 3DLLL 4B9UA 4JI0K 4I2PA 1WSFA 1KXPA 3NVKA 2E1ZA 2VWBA 1SL2A 3L2WA 3WEEB 3B8AX 1KAYA 1C0FA 4ZTFA 3PX4A 1HX1A 3NDKA 3OYMA 2VQEK 1DLOA 4CK2A 4CJTA 5J2NA 5JICA 4FO0A 1NGDA 1N32K 4FLVA 1WSEA 3FGUA 2A5XA 3O9SA 4FVMA 3ZSQA 3TTCA 5EU7A 3L3VA 1HQUA 5CE3A 2I7NA 1IJJA 2P9PB 4H0TB 1C0MA 4PQUA 1ASUA 3ZX3A 3AVAA 2BANA 4JKDA 4CZEA 1KRPA 3UIQA 4CVNE 4A5BA 2WOMA 4B1YB 2NNWA 2KZZA 2PFUA 4DTUA 4JS4A 1TL3A 3CG7A 4JKEA 1RILA 4FSVA 4L3QA 3DLRA 2OZSA 1WSGA 4IXCA 4BR9A 2WC9A 3K59A 3RMBA 4BDPA 5HLFA 3H08A 1Q9YA 2WTUA 3JXUA 3RSEB 4DU1A 3THYB 2HW3A 2GWKA 3ITHA 2HHXA 1F21A 1VQ4N 3V9SA 3ID6A 4JKHA 3SPZA 4CGDA 4NLCA 2KW4A 2RF2A 1JCFA 2RN2A 4DF4A 1W97L 4B9SA 2HBJA 2KFZA 3MX5A 4AHVA 4KH6A 4BDZA 4J2DA 4H0XB 4FJXA 1VSKA 3PSIA 4X64K 2GWJA 1HR0K 3CIPA 4NXMK 2HNDA 4EHTA 4DV1K 3AVNA 4DTSA 4DR5K 4CJ4A 3T1AA 1VRTA 1KVCA 1JL2A 1EETA 4IJAA 2D0BA 1TAUA 3IS9A 2FLOA 3Q7BA 3VEWA 1RTHA 4DU3A 3P38A 3SQ4A 2B6AA 3A5MC 3NF6A 4CGFA 3BEXA 3CCUN 1ZC6A 3H1QA 3OYDA 4JKAA 4O8UA 3NGYA 4GY2B 5FROA 3THWB 1FKOA 3U9ZA 1IG8A 5FPEA 1ZBSA 3ALYA 4L8RB 3F9KA 4I7FA 4RW8A 3SYZA 1C1BA 2HBLA 2I7PA 3OBWA 3T1YK 3EZWA 3LP1A 3E9OA 3MCPA 4DSEA 2FBVA 2YHYA 5HRPA 4WQ5C 1S1TA 3CCLN 5LJWA 4CESA 2GBZA 3CCRN 4FM0A 4KAZA 3KWGA 3AVMA 2QWLA 2PAVA 2ASOA 3TAFA 1S72N 4QCLA 4IFYA 1Q18A 4O8KA 2O8EA 4YY3K 1U2VA 4JD2B 3HSCA 2EX3A 1TKXA 1TUYA 3ZT1A 2QWNA 2ZJPL 4JKFA 1C0GA 1NJZA 1K8KB 3SUOA 3QIOA 3OYJA 4AF1A 3VEYA 4M7YA 4H5VA 4WYBA 2H3GX 3VTIA 3LDQA 1VSJA 4CZHA 3KK2A 2PY5A 3FE1A 4NCAA 1HNVA 4OPJA 3WXLA 3MEGA 5I3UA 4JI5K 3ENOA 4IOCL 4BE2A 3O9RA 4YOVA 3KLEA 3C65A 4R5PA 3AO5A 3TI0A 4QOZB 1VQMN 2D5RA 4LY7A 5SZTA 4JAXA 1L5UA 4OLAA 1QQCA 1FJGK 1RBRA 3ENHA 2Y1JA 3O4WA 4KH5A 3L2UA 1CZAN 4OKKA 2X78A 3AVJA 1OH8A 4FL9A 2HHHK 2YNFA 3GOIA 3VETA 1SS6A 3CD6N 4YDUC 4FWPA 1TK5A 1MDUB 3NF8A 4C8OA 2Z1HA 2ATQA 1A5WA 4FZYA 1HKGA 4IJNA 1D5AA 3KJVA 3VN5A 1V4TA 1IBMK 4JLHA 4DQIA 2AA4A 3QICA 5AZJB 4LF9K 4PY5A 2P5GA 1J5OA 1NLVA 1BCOA 3I55N 1T6CA 3THVA 3QEXA 2P9IA 1QTMA 3IDHA 1IBKK 5F1XA 3LWLA 3FZKA 1NGGA 2E8AA 2P51A 4H0PA 4BR2A 1YIJN 1SKWA 2UU9K 3KK7A 3MDQA 3ZEUB 1NKCA 3VOVA 4JV5K 2E4LA 3WNEA 4CHNA 2NRRA 3T19A 1N34K 4C8NA 1KLNA 3B6PA 4CF9A 5CYMA 3CF5L 1Q7YO 4JI2K 5M1PA 4KREA 1YUWA 4FJ8A 3HBTA 3O5BA 1BOTO 2FSKA 1SKSA 3NF7A 4M3XA 2BTFA 3KKRA 2FSJA 1KCFA 4ID5A 4KBOA 3ENBA 2HNYA 3NE6A 2W6LA 3FZHA 1U4BA 4KO0A 2ETJA 4ISFA 3THXB 2W6KA 4PKGA 4CZKA 1U47A 2P9SB 4OPAA 3PX6A 4IFVA 4M3UA 4DV0K 4GVMA 1TKTA 4MO5A 5GADP 1YJ9N 4CJEA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1S72 N;  5H1S Q;  1YIJ N;  3CCV N;  4WF9 L;  2OTJ N;  3I56 N;  4WFB L;  2ZJP L;  5DM7 L;  1K73 O;  1NJI O;  1ILY A;  3CF5 L;  1Q7Y O;  2ZJR L;  1JJ2 M;  1YIT N;  3G4S N;  3CPW M;  1KC8 O;  5GAH P;  1VQ4 N;  1K9M O;  4WFA L;  1VQ8 N;  4IOC L;  3CCJ N;  1KQS M;  3CCE N;  5GAE P;  1VQ5 N;  4IOA L;  3G71 N;  2OTL N;  1VQ9 N;  4WFN L;  3CCS N;  1VQK N;  1K8A O;  1VQM N;  5GAD P;  1YJ9 N;  4WCE L;  1M1K O;  1Q81 O;  1N8R O;  3CC2 N;  3CC4 N;  2QA4 N;  1YI2 N;  1KD1 O;  1QVG M;  5JVH L;  1VQO N;  4U67 L;  3CXC M;  3J7Z O;  1VQ7 N;  5DM6 L;  3CCU N;  3OW2 M;  3DLL L;  1W2B M;  2ZJQ L;  3CD6 N;  3G6E N;  1QVF M;  3PIO L;  3CCM N;  1VQ6 N;  1OVY A;  1Q82 O;  1VQL N;  3CME N;  1VQP N;  4UY8 O;  3CMA N;  3CC7 N;  1M90 O;  1YHQ N;  1VQN N;  5HL7 L;  3CCQ N;  4IO9 L;  5MLC Q;  3CCL N;  2QEX N;  5JVG L;  3CCR N;  3PIP L;  5GAG P;  3I55 N;  1YJW N;  1Q86 O;  1YJN N; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 1BGX T;  4FOE A;  4PL8 A;  1VSE A;  4FJI A;  4Z4G A;  1I39 A;  3DLG A;  4BRK A;  2F4V K;  4EIA A;  5FPM A;  3E01 A;  4CBU A;  2ZQB A;  2IS3 A;  4CJU A;  3NAE A;  3DXM B;  1K73 O;  3DLH A;  2A1S A;  1YF5 L;  4O0J A;  1X9W A;  1WSI A;  3R8E A;  4DV2 K;  3VTH A;  5AFU H;  1UA1 A;  4B9N A;  3AA3 A;  3PX0 A;  1HJR A;  3VQ9 A;  1DEJ A;  5AZJ A;  2QWM A;  5KI6 A;  3KWI A;  4BVO A;  2UYT A;  3A5O C;  2GV9 A;  3CCJ N;  4M41 A;  2Q31 A;  3KVG A;  4F4K A;  4JKC A;  3V1O A;  4I9L A;  4DTP A;  3ZT4 A;  3LP0 A;  2OTL N;  3J81 O;  1L3T A;  1U04 A;  3ZEU A;  1QSL A;  2A3Z A;  4I9Q A;  1RDB A;  2HST A;  4CEA A;  4LF8 K;  5AQW A;  1L3V A;  4CJR A;  4MFB A;  4GW6 A;  4ISE A;  1BG3 A;  3FLC O;  2Q36 A;  2VGN A;  3CJA A;  4LSL A;  1J9A A;  5AQO A;  4CD3 A;  3CXC M;  1WBB A;  2QTD A;  4CEQ A;  1VQ7 N;  4ICL A;  3ULD A;  4DV3 K;  3LAK A;  3OW2 M;  4CJL A;  3ISN C;  4IO8 A;  4LH5 A;  2FXU A;  3OY9 A;  4X65 K;  3AA5 X;  3F2K A;  3THX A;  3S9H A;  4BC3 A;  3MED A;  3N4Q A;  4JI1 K;  2CH5 A;  4NCG A;  2P9S A;  4UY8 O; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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