3AO4A

Fragment-based approach to the design of ligands targeting a novel site on hiv-1 integrase
Total Genus 47
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
47
sequence length
151
structure length
139
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTGATVRAACDWAGIKQEIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGGIGGYSAGERIVDIIATD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Viral protein/transferase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
publication title Fragment-based design of ligands targeting a novel site on the integrase enzyme of human immunodeficiency virus 1
pubmed doi rcsb
molecule keywords POL polyprotein
total genus 47
structure length 139
sequence length 151
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-09-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3ao4A00
1VK0A 3CG7A 3NGZA 2KZZA 4HTUA 4CF9A 1Q8IA 3BGRA 5HRPA 3OYJA 3CFRA 1KVAA 4DFMA 2XHBA 4CJKA 4B9UA 2HHTA 1IO2A 1HYZA 2HNYA 3V9SA 2X78A 1NKCA 1JLFA 3G10A 2X74A 4CGJA 4CECA 1LWEA 4FLXA 1D5AA 1RDBA 3OYFA 3H08A 3B6OA 2QKKA 3KD5E 3L3UA 5HRSA 4O0IA 3QNNA 3SUOA 4RW7A 1FKPA 4O0JA 4CJTA 1VSEA 3KLEA 1KFSA 3D45A 3NE6A 2P51A 3DLGA 1RDAA 4AHRA 3VA0A 4NCBA 3HP9A 4RG8A 3WNEA 3LAKA 3D0PA 5J2QA 4BDYA 2HMIA 3KLGA 3ULDA 1IKXA 4KV8A 5HLFA 3NF7A 3KIOA 4ZHRA 1TK5A 1LWCA 2G8UA 4PQUA 2AJQA 1L3SA 1S1TA 1D8YA 4CESA 4CHZA 1RBUA 4N56A 1UWBA 5HROA 1UA1A 1C1BA 4CFAA 2HW3A 4CJ3A 3F9KA 4B9LA 3FFIA 1JLCA 3HXMA 3I0RA 4H4OA 4NYFA 3TARA 1ASUA 4J2AA 3OY9A 4CHNA 1S6QA 3AO5A 4CJWA 5KI6A 4OPKA 4FLUA 1NJYA 4O44A 4W5RA 3SZ2A 4E1NA 2BE2A 2XY6A 3AVGA 3QINA 4ZTJA 1JLBA 1QSSA 3RWUA 2QK9A 4W5TA 4F2RA 4B8AB 3DRSA 1RBRA 4M45A 4E1MA 2JLEA 3NH1A 5C25A 1BISA 1RDCA 3HM9A 4I2QA 3C6TA 3QEPA 4F3OA 4LY7A 3AV9A 4I7FA 3ALYA 4CK3A 1Z26A 3S9HA 3RR7A 2P5OA 1TK0A 4F8RA 4MQ3A 3AVIA 2RPIA 1EETA 2YHBA 2W42A 3CM5A 5SWMA 3OYLA 3TAGA 2DY4A 4HCBA 1NJZA 3PX0A 3K58A 4FJLA 1C0MA 3S3NA 4FJ7A 3K5LA 4ZTFA 3IRXA 5HRRA 2F96A 4LD0A 2Q3SA 3RMBA 1RT4A 3DLEA 1HNIA 4QCLA 1WN7A 4XIUA 1C0UA 4RW8A 4FJMA 1ZBHA 4FJGA 4KFBA 4IFYA 2ETJA 3QESA 1S1UA 2G8FA 3V1OA 1L5UA 4UQGA 4KTWA 3QIOA 3U6FA 2VG7A 1IKYA 2YKNA 3OYCA 1ZBUA 3S3MA 4C8LA 4FYDA 1Y97A 1YVUA 5KGWA 2Z1GA 3LPUA 1X9WA 3K5MA 1TV6A 3C94A 4FK0A 1JLQA 4K8XA 1XI1A 3EY1A 3LALA 1WLJA 1D9FA 4FW1A 3G0ZA 3IAYA 2YNIA 3ZT4A 4DSEA 4W5QA 1T03A 2HVIA 3V1QA 1R0AA 1UA0A 3NFAA 4PA1A 1RILA 3P5JA 4DWIA 1XHZA 5J2PA 3IS9A 1G15A 1Z25A 3ZSXA 3OS1A 3AVMA 4LH4A 1I3AA 5K14A 2KZMA 4CF2A 4IDKA 3TAPA 4CHPA 2EHGA 4E0DA 4CGGA 2DTUA 1TL1A 1KLMA 3VQ7A 4PY5A 2WONA 3LAMA 2LSNA 4YFUA 5J2NA 4LH5A 2Z1HA 5FRNA 2KW4A 1S1VA 3AVKA 3ZT0A 1VSHA 1EXQA 1RCHA 3AVAA 3LWLA 4DTJA 3MXIA 1T7PA 3VA3A 3HT3A 4OKKA 3OS2A 1WSIA 4FW2A 3ZT1A 1C1AA 3CFPA 1SV5A 1EP4A 3P83D 2VWKA 4CERA 1A5WA 1C1CA 4FJ9A 4PUOA 4ELTA 3KLHA 4IFVA 2HNDA 3T19A 1ZBLA 3VQ5A 2B6AA 4BDPA 5DMRA 2XRIA 1NK4A 3IG1A 3KK1A 3ZSQA 1NJWA 3P1GA 2P5GA 1WAFA 3O4NA 4C8OA 4AHVA 1GOAA 4W5OA 2OPRA 3TAQA 1U47A 3ISNC 4Z4GA 4BE1A 4CGHA 3OYAA 3RMCA 3AO1A 5JS1A 1RBVA 3VN5A 4FJHA 4CJEA 4OJRA 3VQAA 3VQCA 2F8SA 3ZSYA 1JLEA 1LAVA 4RW6A 4FM1A 1RT7A 4OPJA 4JLHA 4GMJB 1RT1A 4KHSA 1DTQA 3L2RA 3AA3A 4TSXA 3OYDA 1JXEA 1A5XA 1IH7A 3DM2A 4DTXA 2FC0A 1REVA 3NBPA 4OKEA 4RW4A 4LSLA 4E7HA 3HPHA 3LPTA 4CGIA 3NH2A 4F2SA 4QOZB 3RMDA 4CJVA 1HPZA 1S9GA 3AO3A 3NHGA 2YNHA 4CHQA 2ZD1A 4H4MA 3L2UA 2BANA 4M3XA 3LP1A 2QKBA 3ITHA 3NDKA 2F8TA 1RT5A 3AA4A 2HB5A 4WE1A 4DTMA 1BIUA 4DG1A 1YTAA 2YNFA 4CK1A 1TAUA 3PX6A 4L8RB 4KREA 1SKRA 4I9LA 5FDLA 1T8EA 1C0TA 3LZIA 4BE2A 2QXFA 3M8PA 2RKIA 4OGCA 2R7YA 1ZBFA 3MEEA 5CZ1A 5CYQA 2PZSA 4CJQA 3DI6A 3OYIA 4FK4A 5T7BA 1DLOA 4FZYA 3SPYA 4FM2A 3RRGA 4CFDA 3OYKA 1BQMA 1NK9A 1SUQA 4DLGA 3MEDA 4CJPA 1U04A 1WNSA 4B9NA 4DSIA 4KHYA 2FBTA 4HHTA 4OGEA 1VSKA 5J2MA 4DTPA 3K5OA 4DLEA 1QSYA 1F21A 1TGOA 4Z4IA 3L2WA 2YV0X 3LWMA 3V9ZA 1JKHA 3DLHA 4FJNA 1QQCA 3DYAA 2O4GA 4KKOA 3VQ6A 3OYMA 4FJJA 2GBZA 4HVJA 4KHUA 2XY8A 2X6SA 4DTOA 4DF8A 4KI6A 3SQ1A 4YNQA 4OVLA 1EKEA 2IS3A 1KSPA 3SQ0A 2G8HA 3MECA 3KLIA 3SUNA 4MFBA 4M3UA 1J9AA 3LZJA 4EZ6A 4M3YA 4CFCA 3AO2A 4KHQA 3QEWA 3LP0A 4Q0BA 4M3WA 1K6YA 3ZSWA 1BIZA 3HYFA 1IG9A 3UIQA 1X9MA 3ZCMA 4FLYA 2Y1IA 4FJXA 1JLAA 4DU4A 1FKOA 1SL2A 2YHAA 1HMVA 1S1WA 3MEGA 3M8SA 3JYTA 4HUFA 4FJ8A 1T05A 1EX4A 1NKBA 4B9VA 2DFEA 2Z1IA 2D0BA 4OKJA 3HVRA 4E7KA 1RTDA 4GVMA 5KTQA 4JRQA 4BDZA 4DSLA 4I2PA 4DU1A 1DTTA 1VSJA 2E4LA 4FLVA 2IAJA 3DOLA 4CIGA 2PYLA 4ICLA 4KO0A 1Q9YA 4J2EA 4Y1DA 4CGDA 3LDSA 4DF4A 3PX4A 4KB0A 4BWJA 4EP4A 3PO4A 4PWDA 1VSDA 4CHOA 3QIPA 4CJ5A 1RT6A 1W0HA 1ZYQA 4IG3A 1RT3A 5HBMA 4CHYA 3KLFA 4JS5A 1CLQA 2HHWA 3TWHA 3HJFA 2IGIA 3OYBA 3RTVA 1RTJA 1WSEA 3SV3A 4M3TA 1LWFA 2A1RA 4Z4CA 5KGXA 3ZSRA 4CK2A 1U4BA 1J5OA 1TKDA 2PYJA 1BCMA 1S9EA 4KAZA 1I39A 1QHTA 1XWLA 2RF2A 1J53A 3EZ5A 3NF8A 3L3VA 4DQRA 1NK0A 4N76A 2DFFA 2HNZA 1ASVA 3SQ2A 3AA5X 3U3GA 3OYGA 3NGIA 4I9QA 4BE0A 4CCHA 4FZZA 1W9HA 1QE1A 3KJVA 1KVCA 3MAQA 4FXDA 1BHLA 3F73A 3TANA 3CM6A 4DS5A 3C95A 2GV9A 1RTHA 3VQBA 2OZSA 1WAJA 2ATQA 2HHXA 3O4QA 2FBXA 1MU2A 4M3RA 3AVFA 3DLBA 3VQEA 3SV4A 4CJSA 3V9XA 3SI6A 1TKTA 2PY5A 4B9TA 4OLBA 2P1JA 1Q9XA 4CEZA 1L3TA 1WSFA 3VQ9A 3TABA 1RTIA 3S3OA 1SL0A 1L3VA 4KTQA 3HO1A 1HQUA 1L3UA 3MXJA 1TKZA 3NGYA 3NF9A 2B4JA 3JSMA 1JLGA 4DQSA 4N41A 4CF8A 1KVBA 1BI4B 4IBNA 3SYZA 3TI0A 2HHQA 2OPPA 3NF6A 1CXUA 1S6PA 3HSTB 4M41A 3QETA 4ELVA 1FK9A 2HHVA 4CE9A 3KD1E 1U49A 3SPZA 1XC9A 5E41A 1YT3A 2EX3A 4EP5A 3L2VA 1LAWA 2D0CA 4C8MA 3T1AA 3TAMA 3VQ4A 3L8BA 1QS4A 4CEEA 2VG6A 4AHTA 4CEFA 3L2QA 4KB1A 4HUEA 4BWMA 4CEAA 3RRHA 3O3HA 4B8CA 4K8ZA 1TL3A 4O55A 2FBVA 3HPOA 3O3FA 3LP2A 3QNOA 4DFJA 2OYQA 5KRTA 4CFBA 2XO7A 2BDPA 4FVMA 1ASWA 3ZT3A 5D3GA 3U3YA 3NAEA 3PUFA 3OS0A 3OYNA 3VQPA 3KKSA 4N47A 3V9UA 4AH9A 3CYMA 1RNHA 5HRNA 4HCCA 1RDDA 4CJUA 4DU3A 3KTQA 3AVNA 3VQQA 3OJSA 1WSJA 4IKFA 3WNGA 4CEBA 1IKWA 2KFZA 5HP1A 3AVCA 2FBYA 4DS4A 4GW6A 1ZBIA 4FCYA 1TVRA 4DSFA 1WSHA 3LANA 4QAGA 3MXMA 5C42A 1HYSA 1RT2A 3DOKA 2IOCA 1BCOA 4CF0A 3PO5A 4CIFA 5FROA 4Z4EA 1YTUA 1BL3A 1VRUA 3I0SA 3OYHA 3ASMA 4CIEA 4B9SA 2BGGA 4BACA 4KPYA 2HHUA 3HVTA 1VRTA 3CQ8A 1X1PA 3QLHA 4OLAA 1BGXT 3PV8A 2Y1JA 1JL1A 4CJLA 1VSFA 4O5BA 3E01A 1J54A 2D5RA 1O1WA 4CF1A 4M3ZA 4HUGA 3SUPA 4H8KA 3SCXA 3HK2A 3V9WA 2G8KA 3KK3A 2E6LA 1UOCA 3VQDA 2KFNA 3VQ8A 4CJFA 5KRSA 1JL2A 5CY4A 1KCFA 1XHXA 1N5YA 1GOBA 2HHSA 1NK7A 2G8IA 3AVBA 3AO4A 1FXXA 1VSIA 3K57A 1WSGA 3DRPA 4G1QA 4AHUA 3TR8A 1HNVA 3PY8A 4JRPA 3T3FA 3RR8A 4AILC 4CEQA 4N5SA 1VSMA 3I8DA 3B6PA 4NCGA 1B9DA 1VSLA 2ZE2A 1NOZA 3DRRA 2IC3A 1LW0A 3BDPA 5I3UA 4DSJA 3HL8A 3WNHA 1HQEA 4Z4HA 1NJXA 4Z4FA 4ID1A 3QEVA 2YNGA 4Q5VA 3NH0A 4FZXC 4F3TA 1ITGA 3ZSZA 4EZ9A 3V6DA 4B9MA 2I5JA 3CFOA 4B08A 4CJRA 4IG0A 4CEDA 2GUIA 4R5PA 2XY7A 1LV5A 3V81A 4FJIA 4E7JA 2X6NA 3AVLA 2OZMA 3TAFA 1D9DA 1GOCA 4CJ4A 4M42A 3QEXA 4DTNA 3SJJA 3EYZA 3SQ4A 1NK6A 3DLKA 1B92A 2YKMA 4DFPA 4DMNA 1X9SA 2OPQA 3QERA 3K5NA 3NCIA 1BQNA 1HYVA 1UAXA 3OVNA 1TAQA 3O3GA 4Y1CA 3V4IA 2ZQBA 3SUQA 1KTQA 2DFHA 2D0AA 3KK2A 3M8QA 4FLZA 2RN2A 1CZBA 1CZ9A 4Z0UA 3V1RA 4KHNA 3A2FA 3ZT2A 4DQIA 4DQPA 2B5JA 3TAEA 1NOYA 1U48A 1IKVA 2KTQA 4FJ5A 3ZSVA 4CEOA 3WNFA 4CGFA 1LW2A 3DLRA 3HP6A 4FK2A 2ITGA 1HJRA 4F4KA 5CYMA 4KHWA 3K2PA 4FLWA 4C8NA 3M8RA 1KRPA 1U45A 4E3SA 1RBSA 2Z1JA 4AHSA 3HPGA 1KFDA 4DTUA 1SKSA 2G8VA 1KLNA 1S1XA 2VG5A 5JS2A 5SZTA 2OA8A 4LSNA 4DFKA 4KI4A 4FM0A 1HRHA 4E7LA 4C8KA 3SNNA 1B9FA 3ZSOA 3LP3A 4DTSA 1TKXA 1TK8A 1QTMA 2OPSA 4DTRA 1N6QA 4B3OA 3OJUA 4ID5A 4W5NA 2E6MA 3DMJA 1JXBA 2IDOA 5J1EA 3OYEA 3C6UA 5CZ2A 1QSLA 4KRFA 4JS4A 2G8WA 2NUBA 4J2BA 4O4GA 1BI4A 3THVA 4FLTA 4NCAA 2HVHA 1RBTA 2WOMA 5I42A 5EU7A 1NK5A 4ELUA 4DQQA 2XY5A 3AA2A 4E89A 2JGUA 4RW9A 3K59A 4E7IA 1A5VA 2KQ2A 1CXQA 3QEIA 2VWJA 2A1SA 3QO9A 5FRMA 1SKWA 4DSKA 3AVJA 2O4IA 1C6VA 1S5JA 3RMAA 5C24A 3KKRA 1NK8A 1SL1A 4AHCA 4J2DA 4E19A 4FJKA 5DK5A 3AVHA 4NYNA 4KTZA 1NKEA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3NGZA 1Q8IA 3K0SA 2VWBA 5JVGL 4ISGA 1D5AA 3L4IA 3QNNA 4RW7A 4O5FA 2VGNA 4CJTA 4JKGB 1OH7A 4BRIA 3LDQA 3SK3A 3D45A 3OBYA 1VQ6N 4FL9A 5C2FA 4BG9A 4BDYA 3ULDA 2AJQA 3NF7A 4KH4A 1D8YA 3IUCA 4BRDA 1UA1A 3ENHA 1JLCA 3HXMA 1DEJA 4IJNA 1ASUA 3OY9A 4DV7K 4B3SK 2WC9A 3AO5A 1NGJA 3THXA 1WBBA 4O44A 2XY6A 4JAXA 1QSSA 4EAHD 2KKZA 4BREA 5H1SQ 3DRSA 3MWTA 5M1KA 5BR8K 4U7BA 3NH1A 2JLEA 3R9PA 4F3OA 2YJEA 2EWSA 2JWKA 5M1OA 3BF3A 3RR7A 1EETA 2YHBA 5SWMA 3NVKA 4HCBA 1NJZA 3UKUA 3VERA 3K58A 4FJLA 4FJ7A 3K5LA 2F96A 1K8AO 2Q3SA 3DLEA 4QCLA 1WN7A 4DV4K 1DGKN 4CBXA 1C0UA 4BRMA 3H6EA 4FJGA 2GWJA 3CJAA 3V1OA 4UQGA 4KTWA 3QIOA 3U6FA 2VG7A 1IKYA 4FYDA 1Y97A 4KH6A 5KGWA 4FK0A 5AZIB 1XI1A 3EY1A 3LALA 1D9FA 3G0ZA 3IAYA 3ZT4A 3FE1A 1T6DA 2A6AA 4PA1A 1XHZA 1Z25A 3ZSXA 2KZMA 3TAPA 2EHGA 3E1YA 3VGLA 3VQ7A 2LSNA 4DV1K 3PIPL 2KW4A 1S1VA 4ILHA 3LDPA 3ZT0A 4X64K 1EXQA 3P39A 4OKKA 1WSIA 1Y64A 1EP4A 4PUOA 4FJ9A 1E4GT 2RHKA 3KLHA 4ELTA 4IFVA 4JK8A 3VQ5A 2B6AA 5DMRA 1NK4A 2P5GA 3P1GA 3ATUA 4C8OA 3M6GA 4BRGA 3ISNC 4L3QA 4BE1A 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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