4E89A

Crystal structure of rnaseh from gammaretrovirus
Total Genus 43
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
43
sequence length
157
structure length
157
Chain Sequence
PDLTDQPIPDADYTWYTDGSSFLQEGQRRAGAAVTTETEVIWARALPAGTSAQRAELIALTQALKMAEGKKLNVYTDSRYAFATAHVHGEIYRRRGLLTSEGREIKNKNEILALLKALFLPKRLSIIHCPGHQKGNSAEARGNRMADQAAREAAMKA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Crystal structure of xenotropic murine leukaemia virus-related virus (XMRV) ribonuclease H
pubmed doi rcsb
molecule keywords RNase H
molecule tags Hydrolase
source organism Xenotropic mulv-related virus
total genus 43
structure length 157
sequence length 157
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-03-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4e89A00
3L2WA 4Z4EA 4N76A 2YNIA 4BDZA 1HYSA 2O4IA 4CJRA 1BI4B 3M8QA 1GOAA 3HPHA 2Q3SA 4IDKA 3ZSXA 3HP6A 1ITGA 1CZ9A 1XWLA 4E1MA 2RKIA 2HHSA 4KI4A 5FDLA 4DSLA 1A5XA 3LP3A 4AHVA 2ZQBA 1NKBA 4KRFA 4EZ6A 4CFBA 2KW4A 2XRIA 1S1XA 1BQMA 3IG1A 3P5JA 2LSNA 1RT2A 4PUOA 4CGDA 1WSEA 4FJJA 4LH4A 2KFZA 3PV8A 3NFAA 4B9UA 2Z1HA 1LV5A 4KTZA 3HT3A 4B9VA 1RDAA 3LWLA 4B9MA 1BI4A 1MU2A 3V4IA 2WONA 4DQPA 3SQ1A 4FJLA 4Z4GA 1RDCA 1A5VA 1NK6A 2KZMA 3SV4A 4CFDA 1RBTA 4H4OA 4F2RA 4FJKA 4M3UA 2D5RA 4KHQA 2E4LA 4FK4A 5CZ1A 4DWIA 1I3AA 4OLAA 1S6QA 1F21A 4C8NA 1RT6A 4JRPA 1HMVA 3D0PA 4DTSA 2HNDA 1SKWA 5HRNA 3VQQA 3EZ5A 3V1OA 3K59A 2DTUA 1X9WA 1Y97A 4AHTA 1C0TA 2Y1IA 4CHYA 4CEAA 3SQ4A 4ELTA 1RCHA 4LSNA 2OZSA 4HVJA 2RPIA 1ZBLA 3HP9A 3PX6A 2KQ2A 2VG6A 1DTTA 1VRUA 2YKMA 4Z4HA 1FKOA 2B6AA 3I0RA 4BWJA 3JYTA 2F8TA 1WLJA 3C6UA 4DTOA 3AVIA 1U47A 4GW6A 1FK9A 2XY7A 3RMDA 2OA8A 3CFOA 2QKBA 1CXQA 3HPGA 1LWCA 4O4GA 2EHGA 4HUGA 3KLGA 1FXXA 1UA1A 3OJUA 5HROA 1B9FA 4DFPA 1DTQA 2YNHA 4CFCA 1KLNA 1T7PA 3LALA 5CYQA 1BHLA 4CHQA 3OYAA 1RTIA 4DU3A 3WNEA 4FK0A 4M3RA 4F8RA 4Q0BA 2XY6A 4CIEA 1T8EA 3PO4A 3KLIA 3ZT0A 4RW9A 1T05A 4OPJA 1IH7A 1S5JA 3EYZA 4DSKA 1YT3A 3V6DA 3SPZA 1N5YA 1JLCA 4JRQA 4KPYA 3OYHA 2XHBA 3V9SA 1TAUA 1KVCA 4CHZA 3OYEA 3HO1A 3SCXA 3MEGA 1J5OA 3HVTA 4DF4A 1BISA 4FVMA 4CF8A 2W42A 3DOLA 2YV0X 2IDOA 4FJ8A 2YHBA 3QINA 3E01A 4NCGA 4AHSA 3AVHA 3O4NA 4CK2A 5C42A 4BACA 4DFJA 4C8LA 1Z25A 4GMJB 3RMBA 4KAZA 4FJGA 3ZSQA 2A1RA 3RMAA 5KRSA 4BDYA 1SKRA 3QNNA 1VRTA 3U3GA 4M3XA 2A1SA 2FBYA 3RR7A 1VSKA 1Q9YA 2R7YA 4RW8A 4DSFA 3AVCA 4C8OA 1HJRA 3KK3A 3DOKA 1RT1A 4KKOA 5KTQA 4J2DA 1UAXA 1J9AA 4JS5A 4DQQA 4ZTJA 4ELVA 1TL1A 2O4GA 4AHCA 3VQ5A 4OPKA 1TKDA 3NGYA 3KK2A 4RG8A 3ZT1A 4FCYA 4KTQA 1C1AA 1RT7A 3P83D 4FJ9A 1VSIA 1JLGA 4M41A 4I7FA 4E89A 4CGIA 1ZYQA 5JS2A 4B8AB 3O4QA 2DFFA 2GBZA 4CE9A 3TAQA 1ZBIA 2G8HA 1HNIA 1S6PA 1SUQA 1S1UA 3AVGA 4JLHA 2OYQA 3P1GA 1L3SA 1EP4A 4CJTA 2ZE2A 2G8WA 1I39A 1B9DA 2VWKA 2XY8A 3G0ZA 3U3YA 2E6LA 4IFYA 3AVBA 3WNFA 3NAEA 2G8KA 3KKSA 2DFHA 2DFEA 3AA4A 3DLGA 4KHSA 1O1WA 4CEEA 3OS2A 4DTMA 4HUEA 1QSYA 3DRSA 3O3FA 4CF2A 4DLGA 1NJWA 1RNHA 2FC0A 3PX4A 4DU1A 2X6NA 1N6QA 1RT4A 3NF6A 1QS4A 4FM2A 3WNGA 3DLEA 1JLEA 3L3UA 1EX4A 4NYNA 1W9HA 4OGEA 1C0MA 3L2RA 3VA0A 3I0SA 3ZT4A 3AO3A 4CJ3A 1ASWA 3SUQA 2IC3A 3VQPA 2BE2A 5JS1A 2G8VA 4FLTA 4C8KA 1IKXA 3MECA 4CGHA 3C6TA 4BE1A 1HYVA 1VSLA 3OYIA 4BE0A 4FJIA 3ZSVA 3TANA 4DSIA 4NCBA 3IRXA 4KFBA 4M3TA 1BIUA 4DF8A 1NK4A 3NF8A 3T19A 3S9HA 3OJSA 4LD0A 3D45A 4DS5A 4M42A 1X9SA 3LZJA 3KIOA 3B6PA 1NK5A 4CF9A 4CFAA 3ZSRA 4XIUA 3CFPA 5HRRA 1KFDA 1TKTA 1SKSA 4IKFA 4I9QA 1VK0A 1U49A 4HCCA 4O55A 3HVRA 2DY4A 2VWJA 1WSIA 3CQ8A 2HMIA 3V1RA 4R5PA 3K2PA 1GOCA 1ZBUA 4L8RB 3L2VA 2FBVA 3TAPA 3SUNA 5I3UA 4FZYA 4I2QA 3DLRA 2OPSA 1TK5A 4FJMA 3HM9A 3VQDA 4ZTFA 4I2PA 4FLZA 3VQ7A 2B5JA 4IG0A 1KCFA 3AO4A 4RW4A 2OPQA 4BWMA 4W5NA 4N41A 3LWMA 1WSFA 3AVMA 4QAGA 4CIGA 2EX3A 1BGXT 1WSJA 3CFRA 3LZIA 3TAGA 1QSLA 4HHTA 2GV9A 3ZT2A 1WSHA 4EP4A 4FK2A 2HHTA 3C95A 1VSJA 4OLBA 3LDSA 3ZSWA 4OKKA 3OYDA 4DQRA 3HK2A 2KTQA 2BGGA 1EETA 3ALYA 4DTPA 3T3FA 4ELUA 1TL3A 1S9GA 1NOZA 3MEEA 4OJRA 4QOZB 3JSMA 4GVMA 1U04A 1SL0A 4FW2A 3RRGA 3ITHA 3G10A 5KRTA 1C1CA 4AHUA 2HHQA 3KJVA 1L5UA 3V81A 1S9EA 1YVUA 3OY9A 1RTHA 2YKNA 4CHPA 2F8SA 1BCMA 3ZCMA 4EP5A 3LP2A 3MXIA 4YNQA 3M8RA 1D9DA 4E1NA 1YTAA 1HQUA 1NKEA 1LWEA 3K57A 1QHTA 1S1WA 4FLYA 1JKHA 4AHRA 4DSJA 4F4KA 4FYDA 1A5WA 2VG5A 4DMNA 2BANA 1JXBA 1TK0A 3SNNA 3HL8A 2D0BA 5HLFA 4CHOA 1KRPA 3AA3A 4I9LA 3NBPA 4UQGA 3OYGA 2XY5A 4FJNA 3OYBA 4QCLA 1CXUA 1RBUA 1Z26A 4FJ7A 4CEDA 3L2UA 4O0JA 1SV5A 4E7IA 4B9LA 3IS9A 5EU7A 4RW7A 4W5OA 1J54A 4M45A 4DTRA 3SUPA 2P5OA 3DI6A 3QEVA 4CF0A 1CLQA 1TAQA 2F96A 4CEFA 1U4BA 1ZBHA 1FKPA 1IO2A 2JGUA 4CJQA 3DRPA 3O3HA 2PY5A 4LY7A 1WSGA 5SWMA 1R0AA 1RTJA 1L3VA 4DLEA 1RILA 4KB0A 4WE1A 3NGZA 4J2AA 4KHUA 2QK9A 3RR8A 3SYZA 1W0HA 2WOMA 1JLAA 1VSFA 3MEDA 4LSLA 4Q5VA 3S3NA 2Y1JA 4CJUA 4RW6A 1UWBA 5CZ2A 3RMCA 1TVRA 2ETJA 3M8PA 4CEBA 2PYJA 4CK3A 3WNHA 2X78A 3VQEA 4DG1A 3MAQA 4E0DA 2RN2A 4CERA 4CJ4A 3PX0A 4FJ5A 2X6SA 3HSTB 3PY8A 1NJXA 3U6FA 4CJLA 3THVA 1IKVA 1VSEA 3K5NA 2OPRA 1HQEA 3TI0A 3QERA 1S1TA 3A2FA 1C0UA 4TSXA 3UIQA 3QNOA 4CJFA 3NGIA 1JL1A 3CM5A 3AA5X 4CF1A 1BQNA 1LW0A 3AA2A 3AVLA 3F9KA 3OYJA 1TKXA 3LANA 4J2BA 2BDPA 2IOCA 1TK8A 1WAFA 2D0AA 1KFSA 3NE6A 4FXDA 3NH0A 3HYFA 4CECA 4K8XA 1RBSA 3LPUA 4CEZA 3HXMA 4HUFA 1IKYA 1ZBFA 3MXMA 4B08A 4AILC 3C94A 4FLWA 2YNFA 3VQCA 1G15A 3I8DA 3AV9A 4DTNA 4FLVA 4IBNA 3ULDA 3SI6A 4FJXA 4OGCA 2HHUA 2PYLA 4KHWA 1HYZA 1HNVA 3VQBA 3DLBA 3DLKA 2Z1JA 4N56A 3H08A 1NJZA 4Z4FA 3S3OA 3SZ2A 4Z4IA 1BIZA 4F3TA 2VG7A 4FZZA 4KHYA 3HJFA 1X1PA 3QETA 4DTJA 1HPZA 2ATQA 3KD1E 3KLEA 3V9ZA 2HHVA 4CEQA 5HP1A 1KVBA 2IAJA 2IGIA 5J2QA 2P51A 3OYLA 4E3SA 1DLOA 1LAWA 4E7HA 3HPOA 2HNYA 1XI1A 3K5LA 2OZMA 1KTQA 4KTWA 4CESA 3L8BA 1NK9A 3QEPA 4CHNA 1BCOA 2Z1IA 1Q9XA 4F3OA 4HCBA 2X74A 3T1AA 3NF9A 5C24A 4FW1A 4OVLA 3SJJA 3FFIA 4B9SA 1RDDA 4ICLA 5FROA 5HRPA 2YHAA 3BGRA 5DK5A 3QESA 4N47A 1RTDA 3RTVA 1X9MA 3V1QA 5C25A 1EXQA 5DMRA 1LAVA 4BDPA 3NF7A 4OKJA 4MFBA 3OYCA 3KK1A 3AVKA 4FM0A 1S1VA 3SUOA 1VSHA 2KFNA 4LH5A 3K5MA 1Q8IA 4CJEA 1WAJA 3DLHA 5SZTA 1D8YA 3LAMA 2KZZA 3AO1A 1JXEA 2HB5A 1VSDA 2ITGA 3AVJA 4OKEA 1B92A 3KTQA 2E6MA 1D5AA 1NOYA 3IAYA 3QEXA 1JLQA 3NHGA 2D0CA 4CEOA 3OYFA 3TWHA 3V9XA 1NKCA 4B3OA 5KGWA 3TAFA 4C8MA 2GUIA 4E7KA 1NJYA 4M3YA 4FM1A 4CCHA 3AO2A 2YNGA 2ZD1A 3F73A 4Z0UA 3ZT3A 3OS0A 1LWFA 3TR8A 5J2PA 1XC9A 3LP0A 5HRSA 3VQ8A 3O3GA 1L3UA 3EY1A 3BDPA 1JL2A 1IKWA 1KVAA 4DS4A 3TABA 1SL2A 3VQ6A 2P5GA 4K8ZA 4CJPA 1C6VA 1RT5A 3AO5A 4O44A 4N5SA 5J2MA 5KI6A 1RT3A 2PZSA 4KB1A 1K6YA 4H4MA 4H8KA 4NCAA 2HW3A 3DRRA 2HHXA 3B6OA 2HHWA 4CJ5A 4CJVA 5FRMA 4Y1CA 1U45A 4ID1A 4G1QA 4M3WA 4PQUA 4IG3A 4J2EA 1RBRA 3NH2A 4DTUA 4W5RA 3NH1A 1XHXA 4B9TA 2OPPA 1L3TA 4KHNA 3RWUA 1QQCA 3MXJA 3OVNA 4O0IA 2RF2A 1TKZA 2JLEA 3OYNA 4DTXA 1QE1A 3NCIA 1U48A 4KREA 4E19A 3AVFA 4PWDA 1GOBA 4CJSA 4PY5A 1WN7A 4FLUA 3KD5E 2Z1GA 4CK1A 1T03A 1TV6A 1NK0A 1LW2A 2B4JA 3S3MA 3AVNA 1XHZA 2FBXA 4NYFA 2NUBA 5J1EA 4HTUA 4ZHRA 4JS4A 4DSEA 3AVAA 4O5BA 3SQ2A 3OS1A 4DFKA 3CYMA 5FRNA 4W5QA 3M8SA 3V9WA 1NK8A 1KLMA 4YFUA 3V9UA 5E41A 3DMJA 3OYKA 1ASVA 1VSMA 3VA3A 4FLXA 2HVIA 3KLFA 1ASUA 3SQ0A 4DFMA 3LP1A 3VQAA 3ZSZA 1RDBA 5CYMA 3K58A 3ZSYA 4CGFA 3VQ4A 4EZ9A 1EKEA 3K5OA 4IFVA 5HBMA 4E7JA 1UOCA 3TARA 3PO5A 5I42A 2XO7A 1RBVA 2FBTA 3LPTA 3ASMA 1TGOA 3QLHA 1REVA 4CIFA 1SL1A 5T7BA 3QIPA 3ZSOA 4B9NA 1KSPA 1CZBA 4B8CA 4CJKA 3QIOA 1QTMA 2G8FA 5J2NA 3OYMA 1UA0A 4KI6A 2AJQA 2HNZA 4KV8A 1NK7A 2G8UA 1JLFA 3DM2A 4AH9A 4DU4A 2IS3A 3QO9A 3CM6A 4CGGA 4Z4CA 4PA1A 5KGXA 3TAEA 3SPYA 3LAKA 3DYAA 1IG9A 3ISNC 1J53A 3QEWA 4ID5A 1WNSA 3CG7A 4F2SA 4DQIA 4W5TA 3QEIA 1QSSA 3L3VA 4MQ3A 3VQ9A 1HRHA 3PUFA 4Y1DA 4CGJA 4FZXC 5CY4A 2QKKA 1BL3A 2P1JA 3KKRA 2I5JA 5K14A 3SV3A 2G8IA 3KLHA 4FJHA 3L2QA 4BE2A 4DQSA 1JLBA 1C1BA 2QXFA 3NDKA 4E7LA 3TAMA 1D9FA 3VN5A 4M3ZA 1YTUA 5D3GA 2HVHA 3RRHA 4KO0A 4CJWA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3EO3A 2YNIA 4CJRA 3M8QA 4IDKA 4IEEA 1XWLA 3O1BA 2HHSA 4KI4A 4DSLA 3LP3A 1NGAA 5AQKA 1M1KO 1BQMA 3EKSA 2V51B 2CGKA 3CCUN 2D0PA 1JCGA 4H5RA 3H6EA 5EXWA 4B1WB 2HSTA 4B9UA 3BUZB 4B9VA 4DQPA 2WONA 3MK6A 1RDCA 4FJKA 5BRHA 1RBTA 4F2RA 3BF3A 4DWIA 4C8NA 1RT6A 2HNDA 3MWTA 3K59A 2DTUA 1C0TA 3SQ4A 2F9TA 1RCHA 4ELTA 4IO9L 4B9LA 3PX6A 1FKOA 4NXMK 4K25A 2Q2RA 2QKBA 3PSFA 4O4GA 3D6RA 5AQVA 1B9FA 3FFKB 4BR5A 2E1YA 1GLCG 4CHQA 1BHLA 4NLCA 1M90O 3VERA 1T8EA 3ZT0A 2YHXA 3UE5A 1T05A 4DSKA 1Q18A 4DV7K 3DXMB 2QWOA 4BRDA 3SCXA 4BG8A 3HVTA 4FVMA 3CCRN 2YV0X 2IDOA 4FJ8A 4DHYA 3QINA 3AVHA 3O4NA 4YY3K 4DFJA 4H5WA 4FWOA 5AFUA 2A1RA 3RMAA 4BDYA 3QNNA 3U3GA 4M3XA 1DT9A 1TYQB 4C1NI 3VF4A 4MDBA 2CGJA 3VOVA 2HF4A 3TSQA 4J2DA 4ZTJA 4AHCA 3VQ5A 3NGYA 4RG8A 4WF9L 4FCYA 5BPNA 4KTQA 2QWMA 4DV1K 2QM1A 5DM6L 2W6LA 3CC2N 2DFFA 1ZBIA 3TAQA 1GLBG 3AVGA 4JLHA 2OYQA 3P1GA 2D4WA 4BRNA 3U3YA 3AVBA 3NAEA 3U9DA 1WBBA 2GEMA 4CEEA 4CZHA 2F9WA 1K8KA 1QSYA 2WTUA 2QWLA 2FC0A 1N6QA 1QS4A 2O8BA 3L3UA 1C0MA 3VA0A 4RTFD 3ZT4A 3CF5L 4FPAA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3EO3 A;  2YNI A;  4CJR A;  3M8Q A;  4IDK A;  4IEE A;  1XWL A;  3O1B A;  2HHS A;  4KI4 A;  4DSL A;  3LP3 A;  1NGA A;  5AQK A;  1M1K O;  1BQM A;  3EKS A;  2V51 B;  2CGK A;  3CCU N;  2D0P A;  1JCG A;  4H5R A;  3H6E A;  5EXW A;  4B1W B;  2HST A;  4B9U A;  3BUZ B;  4B9V A;  4DQP A;  2WON A;  3MK6 A;  1RDC A;  4FJK A;  5BRH A;  1RBT A;  4F2R A;  3BF3 A;  4DWI A;  4C8N A;  1RT6 A;  2HND A;  3MWT A;  3K59 A;  2DTU A;  1C0T A;  3SQ4 A;  2F9T A;  1RCH A;  4ELT A;  4IO9 L;  4B9L A;  3PX6 A;  1FKO A;  4NXM K;  4K25 A;  2Q2R A;  2QKB A;  3PSF A;  4O4G A;  3D6R A;  5AQV A;  1B9F A;  3FFK B;  4BR5 A;  2E1Y A;  1GLC G;  4CHQ A;  1BHL A;  4NLC A;  1M90 O;  3VER A;  1T8E A;  3ZT0 A;  2YHX A;  3UE5 A;  1T05 A;  4DSK A;  1Q18 A;  4DV7 K;  3DXM B;  2QWO A;  4BRD A;  3SCX A;  4BG8 A;  3HVT A;  4FVM A;  3CCR N;  2YV0 X;  2IDO A;  4FJ8 A;  4DHY A;  3QIN A;  3AVH A;  3O4N A;  4YY3 K;  4DFJ A;  4H5W A;  4FWO A;  5AFU A;  2A1R A;  3RMA A;  4BDY A;  3QNN A;  3U3G A;  4M3X A;  1DT9 A;  1TYQ B;  4C1N I;  3VF4 A;  4MDB A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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