4E89A

Crystal structure of rnaseh from gammaretrovirus
Total Genus 43
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
43
sequence length
157
structure length
157
Chain Sequence
PDLTDQPIPDADYTWYTDGSSFLQEGQRRAGAAVTTETEVIWARALPAGTSAQRAELIALTQALKMAEGKKLNVYTDSRYAFATAHVHGEIYRRRGLLTSEGREIKNKNEILALLKALFLPKRLSIIHCPGHQKGNSAEARGNRMADQAAREAAMKA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Hydrolase
molecule keywords RNase H
publication title Crystal structure of xenotropic murine leukaemia virus-related virus (XMRV) ribonuclease H
pubmed doi rcsb
source organism Xenotropic mulv-related virus
total genus 43
structure length 157
sequence length 157
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-03-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4e89A00
2YHBA 4FLWA 1ZBHA 1HRHA 3QEIA 2WONA 4BDYA 2P5OA 5FROA 4CF8A 5SZTA 4JRPA 3RMDA 2G8WA 1RDAA 3RRGA 4CJUA 4ZTJA 1TKTA 3OYAA 4DTPA 3U3GA 4FJGA 3OYKA 5HROA 3P1GA 1CZ9A 2A1RA 4M3WA 3V4IA 3HXMA 1LWEA 2IDOA 3TR8A 4CJPA 5I3UA 4O55A 1RT7A 1FKOA 4ICLA 1JLBA 1GOAA 4CECA 4B9TA 5C25A 3RMCA 4MQ3A 4IFYA 5CZ1A 4BE1A 3SQ2A 4FJKA 1XWLA 4I2QA 4CJ4A 3O4QA 3K5OA 3VQ4A 4CEDA 2ZD1A 1L3UA 5HRRA 4JRQA 4ELTA 2VG6A 3DOLA 3LP2A 4TSXA 3DLRA 2G8VA 4FK0A 1O1WA 1UOCA 2VWJA 2YNGA 4J2DA 4PA1A 2YNIA 3DRPA 2DY4A 2LSNA 4H4OA 4DTJA 4KHQA 1L3SA 3LALA 2NUBA 1RT6A 2B4JA 5J2NA 4Z4FA 1ZBIA 4RW6A 4E1MA 2DFFA 4OPKA 2FBYA 3PV8A 4DQRA 1BIZA 5CYMA 4CEFA 4CIEA 1YTAA 4W5TA 3V6DA 3S3MA 1TL1A 4HUFA 2OPRA 3K5LA 1LAVA 1LWFA 2OPPA 3NF6A 4CK1A 2OA8A 3OYDA 2YV0X 4BACA 2IS3A 1QS4A 1SL0A 1ZBLA 3K2PA 3IG1A 1TK8A 1YT3A 4HUEA 2OZMA 1NK5A 4BE2A 4GMJB 4H4MA 1J54A 3VQ9A 1D9FA 4M3YA 3CM5A 4EZ9A 1IO2A 1JLCA 4CJRA 2HMIA 2XY8A 3IAYA 5SWMA 3S9HA 1NK7A 1VSFA 5J2MA 2XY7A 3VQ7A 2D0BA 4M3RA 1X9MA 3SPYA 1JL1A 3AO2A 1T7PA 4BE0A 4CF9A 2OPSA 1S1WA 4FM1A 1JLQA 5HRPA 3TWHA 1VSHA 3V9XA 1NK0A 2AJQA 3U3YA 1LWCA 1UAXA 3NH2A 1R0AA 3AA5X 4EP4A 4E7IA 3V9SA 1L3TA 3AA4A 3SUOA 1QE1A 2JGUA 2R7YA 5EU7A 3PO4A 3FFIA 3JYTA 4FJ8A 4DU3A 3C94A 3S3NA 4Q5VA 3CG7A 3TABA 4ZTFA 4RW4A 1I3AA 3LWMA 4AH9A 3HT3A 3ZSVA 4DSEA 2YKMA 4KPYA 2HHSA 1VSKA 4I9QA 3HK2A 1LV5A 1CLQA 1QSLA 1KCFA 3AVGA 4N5SA 2FBXA 1HQEA 2ZQBA 4DSFA 4M3XA 5KRSA 3HPOA 4HUGA 3QNOA 2KTQA 3ZT4A 4Z4EA 4CCHA 1FKPA 1XHXA 3G0ZA 1ZBFA 4W5QA 4CEOA 2WOMA 2OYQA 3L3UA 4FLVA 2DTUA 1RBUA 2IOCA 2FBVA 3DLBA 2W42A 3LP1A 1UA0A 3ZT3A 3NF8A 3TANA 3QIPA 3KLGA 3PX4A 3UIQA 3SQ4A 4E7KA 1WSHA 4FJ9A 4FJHA 4CHQA 4FCYA 3TI0A 4FJIA 3L2RA 2KFNA 3AVIA 4F2SA 1VSEA 4Z0UA 3I0RA 1JL2A 3HP6A 4QOZB 1NKEA 3OYGA 3CYMA 1WSJA 2D0AA 1B9DA 3MEDA 4KTZA 3VN5A 1EETA 1XHZA 1J5OA 3ZSWA 3DI6A 3I0SA 3ZT2A 4FLYA 4ELUA 3K5MA 2KQ2A 2HHTA 3TAEA 4PWDA 1RT1A 4FYDA 1K6YA 3AVCA 3CFOA 1SUQA 3L3VA 3KLHA 3WNGA 4DFMA 1JLAA 1WSIA 1WLJA 1QHTA 3LPUA 4EP5A 4DQSA 5HLFA 1IG9A 2XHBA 4FJJA 3HVRA 3VA3A 4DFJA 4ID1A 4GVMA 3OYMA 3BGRA 4J2AA 3U6FA 3M8RA 4DQQA 4ID5A 3OYIA 4IKFA 5KGXA 3OJSA 2O4GA 4JLHA 4LY7A 5KI6A 4CK2A 3CFPA 4CERA 3AVHA 5HBMA 4RW9A 3ASMA 3V1OA 1RILA 1TV6A 1RT4A 3ZSZA 4E7JA 1S1VA 3SUQA 3SUNA 4ELVA 4B3OA 2HHXA 1JXBA 4KHWA 1C1AA 3OYFA 1NK9A 3G10A 4CESA 3MEEA 1IKYA 1SL2A 3I8DA 3HVTA 4DLGA 2G8UA 2QKBA 1SL1A 3QLHA 3SZ2A 3EYZA 4O4GA 2XY5A 1X9WA 4CEQA 3VQ5A 1TKZA 2YNFA 3LPTA 3JSMA 4FJLA 5DK5A 1TL3A 4B8AB 1IKXA 4CEAA 1TKXA 4I2PA 4FZZA 1S9EA 3HO1A 3DLKA 3OYLA 3SQ0A 4M3TA 1HNVA 4CGJA 4AHSA 3QEWA 3BDPA 3RWUA 2VG5A 3OYEA 3L2QA 1CXUA 1KVAA 1HPZA 4CJKA 2XY6A 4F8RA 3HPHA 2D0CA 3PO5A 1MU2A 4YNQA 1U48A 4B9MA 2VG7A 3MXIA 3K5NA 1HQUA 3LDSA 1U4BA 2KFZA 3LP0A 4E7HA 3VQAA 4FZXC 4KI6A 3AVBA 1BHLA 4O0IA 2RF2A 3KJVA 4FJ5A 5KGWA 3T1AA 4AHCA 1BGXT 1N6QA 3KKSA 4PQUA 3IS9A 4DTNA 3D45A 3SJJA 4HCBA 4JS5A 1BI4A 5CYQA 2E6LA 3AVLA 1HJRA 2P1JA 1EKEA 1GOBA 3LZJA 3K57A 2VWKA 2XO7A 3TAFA 4NCBA 4W5OA 4G1QA 4O44A 3QESA 3HP9A 3O3GA 1KFDA 1TAUA 5KRTA 2GV9A 4MFBA 1X1PA 3OS2A 1RDCA 4CHZA 3ALYA 1IKWA 2ATQA 4N56A 4KREA 4FW1A 1VSLA 1NK4A 1RNHA 3KLIA 3AVKA 4AHTA 1Z25A 1RTHA 3OYCA 4B08A 3OYBA 3O3HA 1BIUA 4OPJA 2DFEA 3L8BA 3AVAA 3H08A 1T8EA 1U47A 1RDBA 5J2PA 1QQCA 3V9ZA 4F3TA 5T7BA 2IGIA 5FRMA 1S1UA 2G8KA 1L5UA 4QAGA 2IC3A 4FK2A 1RTIA 4CGFA 4E3SA 4KTQA 1DLOA 3K59A 1XI1A 1KSPA 2BDPA 1S6PA 4CJTA 3QEPA 3VQCA 3A2FA 4KHSA 2HHQA 2G8HA 4O0JA 4CFDA 4K8ZA 3THVA 2Y1JA 1JLFA 4CFBA 3DLGA 3PY8A 1TKDA 4JS4A 4N76A 4DU1A 3B6OA 4DTRA 1CZBA 1W0HA 5D3GA 1TGOA 4CGIA 3DOKA 3C6TA 1VRTA 1FK9A 2IAJA 3M8QA 4BDZA 4DTUA 1TK0A 4HCCA 3V1RA 4KHUA 5E41A 1JKHA 4B9VA 4NCGA 3HPGA 3MXJA 1RCHA 3CFRA 4KRFA 3SV3A 3AO5A 2Z1GA 4K8XA 3WNEA 3P5JA 1ZYQA 3E01A 4CHPA 4M41A 3ZT1A 3V9WA 1B9FA 4CHOA 4CGGA 3T19A 4FJ7A 1YTUA 4HHTA 4FLTA 2QXFA 1T05A 1C1BA 2Y1IA 5C42A 1KLMA 3F9KA 3WNFA 1WAJA 3VQPA 4CJWA 2ETJA 4DWIA 2HVIA 1NK6A 2BE2A 4M3ZA 4M45A 4DS5A 2RKIA 4KTWA 3WNHA 1RBSA 3RTVA 1NJYA 3OJUA 1NJWA 1A5VA 3RR7A 2F8TA 1SV5A 3AO1A 4CJFA 1N5YA 2KZMA 3SUPA 1EXQA 3DM2A 2PYLA 3DYAA 2ITGA 1BCOA 4AHRA 4DFKA 3ULDA 4E1NA 4CFAA 1QSYA 4F4KA 4DSJA 4Q0BA 3SYZA 4B9SA 1VSMA 2HNZA 4F3OA 2HNYA 4IBNA 4CF1A 3F73A 3RRHA 1RDDA 1TK5A 4C8MA 4AHVA 4DTMA 4W5NA 1J9AA 4OKJA 3LZIA 3PUFA 4FM0A 3ZT0A 1Q8IA 4AHUA 3V1QA 2HHUA 2D5RA 3NGIA 3L2WA 1TVRA 3QIOA 3S3OA 2PYJA 1SKSA 2GBZA 1NJXA 1S6QA 4QCLA 1WN7A 3NGZA 2B5JA 3L2VA 3SPZA 4M42A 4OLAA 4B9LA 4DLEA 3HJFA 1VK0A 1B92A 3NGYA 3OYJA 3KLFA 3NCIA 1HNIA 1ITGA 1U45A 4AILC 1JLGA 4B9NA 4CGDA 2YHAA 4KAZA 4KB0A 3NAEA 4B9UA 1UA1A 4CIGA 2P51A 3D0PA 2B6AA 4DQPA 5HRNA 3VQQA 5DMRA 3DMJA 3HSTB 3P83D 4LSNA 3DLEA 4CHYA 5KTQA 3QEVA 2QK9A 1T03A 4N47A 2PY5A 1RBRA 1VSJA 2OPQA 1X9SA 4CK3A 1XC9A 3NFAA 4IG3A 3RR8A 3CQ8A 1NKBA 1S1TA 1VSIA 1GOCA 1RBTA 3B6PA 4CE9A 1C0MA 4RW8A 4DG1A 4DF8A 4PUOA 2KZZA 1C0TA 4IG0A 3QO9A 2Q3SA 1IKVA 4BWJA 1Q9YA 3TAPA 2RN2A 4LH5A 4Z4CA 3KTQA 3OS0A 5J2QA 4FW2A 3VQ6A 1L3VA 4CJVA 1SKWA 3LP3A 1NOYA 4BWMA 4RW7A 1KVCA 5FDLA 1DTQA 1EX4A 4W5RA 4PY5A 3NF9A 2RPIA 3QETA 4F2RA 2O4IA 4OKEA 1JXEA 3AV9A 3AVMA 4J2EA 4CJQA 1KLNA 1LW2A 3AO4A 1RTDA 3LWLA 4IDKA 3PX6A 4DFPA 3ZSRA 3ZCMA 1LW0A 1REVA 1Z26A 3HYFA 3IRXA 3EY1A 3AA2A 3NF7A 3SV4A 3L2UA 4DF4A 4CJLA 1D5AA 1HYZA 4LSLA 3NBPA 1NK8A 4RG8A 3NDKA 1HMVA 4OLBA 4Y1CA 1W9HA 2HHWA 4YFUA 3RMAA 5I42A 4DS4A 5FRNA 3DRSA 4FJNA 2Z1IA 3M8SA 3OS1A 1VRUA 1IH7A 1A5WA 2JLEA 3MECA 3NH0A 3KLEA 4R5PA 2PZSA 4KI4A 3DRRA 2DFHA 1YVUA 1D8YA 1G15A 2E6MA 2HNDA 1Y97A 1I39A 4Z4IA 4CJSA 4LH4A 3SNNA 3MXMA 5K14A 3HM9A 5HP1A 4C8LA 3KD5E 3KK2A 1KTQA 4CJEA 4DMNA 1C6VA 4FXDA 4HVJA 1F21A 1WNSA 2Z1HA 3K58A 2HVHA 1WAFA 4FVMA 1BI4B 2FBTA 3V9UA 3AA3A 4N41A 5HRSA 1FXXA 4Y1DA 1ASWA 4C8NA 1D9DA 1QSSA 1C0UA 2XRIA 3HL8A 3OYHA 3V81A 4DU4A 2EHGA 4CF2A 1LAWA 2A1SA 1CXQA 3VQDA 4ZHRA 2HB5A 4Z4GA 3QEXA 1S9GA 2Z1JA 4FZYA 4CEZA 1RT3A 3ZSOA 2HW3A 4HTUA 2FC0A 3T3FA 4KHNA 4DSIA 1HYVA 4M3UA 4GW6A 3SI6A 2BANA 3VQEA 2KW4A 1VSDA 1RT2A 3C6UA 3NE6A 2QKKA 2X74A 2GUIA 1NKCA 4CEEA 3AO3A 4I7FA 4FJMA 1HYSA 1UWBA 4CGHA 5J1EA 2G8FA 3CM6A 1NJZA 4C8KA 4KHYA 1WSEA 4OVLA 3VA0A 3KIOA 5JS1A 1BQMA 1RT5A 4CF0A 2EX3A 4Z4HA 1U49A 2YKNA 4IFVA 4KB1A 4I9LA 3LAMA 4XIUA 1KFSA 4KFBA 3ZSYA 3O3FA 5JS2A 3OYNA 5CY4A 3TAGA 3QINA 3KK3A 4FM2A 1S5JA 2ZE2A 3KD1E 1JLEA 3NHGA 1KRPA 3MEGA 3ISNC 4FJXA 4NYNA 3OY9A 3AVFA 2X6SA 1Q9XA 4DSKA 4FLXA 4BDPA 4E0DA 3VQ8A 4B8CA 2BGGA 1RBVA 4FK4A 1RTJA 1J53A 4CIFA 1DTTA 4DTSA 3SQ1A 4J2BA 4OGEA 4E19A 1BCMA 4KV8A 2YNHA 4EZ6A 4CHNA 3TAMA 1C1CA 2F96A 4CJ5A 3QERA 3C95A 4KKOA 4UQGA 2F8SA 4DTXA 4CFCA 4OKKA 3KKRA 3PX0A 1NOZA 3LAKA 3AVNA 1S1XA 4E89A 1BISA 1WSFA 4KO0A 3EZ5A 3DLHA 3TAQA 4NCAA 1U04A 2G8IA 1BL3A 4DSLA 1WSGA 2X6NA 4O5BA 1KVBA 2OZSA 3TARA 5CZ2A 4CEBA 1EP4A 2P5GA 4C8OA 4DTOA 1A5XA 1TAQA 4E7LA 1ZBUA 4FLUA 4LD0A 4L8RB 3OVNA 2X78A 4DQIA 3M8PA 3LANA 3ZSQA 3QNNA 1ASUA 3ITHA 3RMBA 1QTMA 4OGCA 3AVJA 3NH1A 4NYFA 5C24A 3ZSXA 3MAQA 4FLZA 3SCXA 4CJ3A 2E4LA 4OJRA 4H8KA 3VQBA 3KK1A 3O4NA 1SKRA 4WE1A 2I5JA 1ASVA 2HHVA 1BQNA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1VQKN 1ZBHA 3D7EO 3QEIA 5SZTA 3RMDA 2FSKA 3RRGA 3OYAA 1QQMA 3U3GA 4JK9A 5A2QO 3M1FA 1CZ9A 3GE1A 2A1RA 3WEEB 1LWEA 4BG8A 2IDOA 4O55A 4ICLA 1JLBA 3RMCA 3G71N 5CZ1A 4I2QA 4CJ4A 3DOLA 3LP2A 3L6QA 2G8VA 4B1VA 2VWJA 4J2DA 1HKGA 4PA1A 2LSNA 4DTJA 4KHQA 3I33A 4BROA 4AQYK 3M5RA 3LL3A 2FBYA 1VQ6N 3I8BA 5CYMA 3T69A 4CIEA 2OPRA 3K5LA 4KH5A 3WXMB 4BACA 3HI0A 1YT3A 2OZMA 4LF5K 1Q86O 3B8AX 4KH4A 5E26A 3CM5A 3A5NC 4EZ9A 2HMIA 2GUPA 3IAYA 3AAQA 3VQ7A 1EO1A 1JL1A 3A5OC 1JLQA 3V9XA 1NK0A 5M1QA 3L4IA 2D0OA 1LWCA 4E7IA 1L3TA 2HF4A 5EU7A 4DR6K 3PO4A 3JYTA 4FJ8A 3CCVN 3CPEA 2HBMA 3CG7A 4BR4A 1I3AA 2HOEA 3HT3A 4I9QA 3CCQN 1LV5A 2WFBA 1CLQA 1KCFA 2P9LB 2VQFK 4M3XA 4HUGA 4Z4EA 5BR8K 1ZBFA 4CEOA 2WOMA 2DTUA 3L3UA 2FBVA 3DLBA 3NF8A 4YOVA 3UIQA 5JICA 4JKEA 1WSHA 2ASPA 2EWSA 4FCYA 4FJIA 1U2VB 3TSPA 1V4SA 3L2RA 4F2SA 1VSEA 3I0RA 4QOZB 4KTZA 5GAEP 3G25A 3ZT2A 4FLYA 3I0SA 1O13A 4M7XA 3TAEA 3FZLA 4PWDA 3L3VA 2H3GX 1WSIA 1VQON 3R1XA 4WYBA 3GL1A 3LPUA 5HLFA 1IG9A 3HVRA 3BGRA 1SQKA 4LY7A 2O8EA 3CFPA 5AFUA 4CERA 4FPAA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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