4E89A

Crystal structure of rnaseh from gammaretrovirus
Total Genus 43
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
43
sequence length
157
structure length
157
Chain Sequence
PDLTDQPIPDADYTWYTDGSSFLQEGQRRAGAAVTTETEVIWARALPAGTSAQRAELIALTQALKMAEGKKLNVYTDSRYAFATAHVHGEIYRRRGLLTSEGREIKNKNEILALLKALFLPKRLSIIHCPGHQKGNSAEARGNRMADQAAREAAMKA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule keywords RNase H
publication title Crystal structure of xenotropic murine leukaemia virus-related virus (XMRV) ribonuclease H
pubmed doi rcsb
source organism Xenotropic mulv-related virus
molecule tags Hydrolase
total genus 43
structure length 157
sequence length 157
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-03-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4e89A00
3LP3A 4IDKA 2BE2A 3LAKA 5KI6A 4LSLA 4GVMA 1SKRA 3EY1A 1EKEA 3QERA 5FRNA 1L3SA 2KW4A 5KGWA 3DLGA 4FLYA 1KFSA 4KHYA 4AHCA 2Z1GA 3LP2A 3CQ8A 1Q8IA 3A2FA 3DYAA 4DTNA 4CEAA 1WAJA 3L2QA 4DSKA 1VSEA 4CJKA 3ZT2A 3ULDA 4FLWA 2OZMA 4CEBA 5FROA 1REVA 3KK3A 3HP9A 3VQDA 4BE2A 4DLGA 4KTZA 3TWHA 5FRMA 3VQ4A 4Z4CA 4DFMA 4CFDA 4I9QA 4ID1A 4DTRA 3DLEA 3DM2A 4KRFA 3ZSWA 5K14A 3LDSA 4PUOA 5C24A 1ITGA 2HHQA 3RR8A 3AVHA 2F96A 3BGRA 1Z25A 3AA3A 2Z1IA 3M8RA 1CZ9A 4M3YA 2YNGA 1QS4A 1N6QA 4MFBA 1VSIA 3KTQA 4DQIA 3EZ5A 4E3SA 4KB0A 4O0IA 4BACA 4EZ9A 4E1MA 4B9UA 1S1TA 1YVUA 3CYMA 3TARA 2XY6A 4KPYA 3AVBA 4O5BA 3B6OA 4IBNA 2AJQA 2RKIA 4DTXA 2FBTA 3LZJA 1G15A 2E6LA 4ZTFA 4CCHA 3NH2A 4DLEA 1ASVA 1YTAA 1S1VA 4HUGA 4F2RA 4CK1A 3CFPA 5J1EA 3JSMA 3QEPA 1WSEA 4RW7A 4BDZA 1BQNA 4RW4A 1RTHA 2OPSA 1J54A 3O4NA 2EX3A 4CEQA 1HQUA 2BDPA 3D45A 2PYJA 2GV9A 4E19A 4RW8A 3HO1A 1NKCA 4CGFA 3ZT0A 1SL2A 2HHXA 1RBUA 1T05A 3NGZA 1JLFA 3K5NA 3VQ8A 1VRUA 2D0BA 1KSPA 2VWJA 3CFRA 5HLFA 3NF8A 3AA5X 2DFEA 3ZT1A 4DF8A 5HRNA 4KB1A 4NCGA 3V9UA 1RBTA 4KTWA 3VQAA 3NGIA 4E7LA 1JLGA 1QSYA 3OVNA 1T7PA 4IG3A 1TGOA 3RTVA 3U3YA 3ZT3A 3K5OA 1F21A 2HNDA 1UA1A 4DMNA 3DMJA 4AH9A 4FJJA 1DTQA 4FXDA 1B92A 4KREA 4E7IA 4FVMA 2KZZA 2HHWA 4B9LA 4NCAA 2RPIA 4XIUA 1NOZA 4QAGA 2R7YA 3IAYA 1VSFA 4DFJA 2X74A 3HPGA 3V1RA 4B08A 4EP4A 4FJ9A 4M42A 1RT3A 4DTOA 4FZZA 4CHOA 4FJIA 4B9VA 1S5JA 1ZBUA 4OPJA 1KTQA 1GOAA 4CF0A 3TANA 3RWUA 4GMJB 4H4OA 1BCOA 1S1UA 1WSHA 1ZBLA 2QK9A 3T19A 4F2SA 4OGEA 3SYZA 1X9WA 4Z4GA 1YT3A 1RT6A 3KKRA 2HVHA 2YNIA 1KVCA 3SJJA 1RT5A 1HNVA 3SNNA 4HUFA 5T7BA 4DSFA 1D5AA 3KK1A 4CJTA 3NCIA 4FK4A 3OY9A 2XRIA 1EETA 1VK0A 4O0JA 1D8YA 3AVIA 2HHUA 3AVLA 3SPZA 1JLBA 4DSEA 4DTPA 3CG7A 1BHLA 4C8NA 2XY5A 3G0ZA 2G8FA 4I2QA 1QHTA 5J2MA 1CXUA 3HYFA 3VQ5A 4BDPA 1FKPA 1A5XA 1RNHA 3MEEA 3O3HA 4DG1A 2VG7A 4FCYA 3C95A 5FDLA 3I8DA 4CHNA 1U45A 1QQCA 5CZ1A 4N41A 4I9LA 2FBVA 2F8TA 3KIOA 3QNOA 3KD1E 2VG6A 1LW2A 4LSNA 4IFYA 4CK3A 1GOCA 3MXMA 4FM2A 1TKDA 4E89A 1EP4A 3E01A 4DFPA 1C1AA 1SV5A 1NJYA 1S1XA 4LH5A 1BIUA 3LWLA 4KV8A 1LWFA 1BCMA 1BL3A 3RRGA 3DRSA 4OVLA 4KHSA 3OYKA 3VQPA 3NHGA 1HJRA 3KKSA 4AHSA 1XHXA 3DOLA 5KTQA 1DTTA 4CJRA 5I3UA 3KK2A 3MXIA 1D9DA 2PYLA 1C0UA 1RDAA 1L3UA 1RTDA 2I5JA 5DMRA 3ZT4A 1Q9XA 1RT2A 4FK0A 3PO4A 5CY4A 3WNHA 3AO3A 1T03A 4JS5A 1S9EA 2YHBA 3ASMA 1RILA 5I42A 5EU7A 1X9SA 4KHNA 4FW1A 1ZBFA 3PUFA 4FLUA 4JS4A 3HM9A 3QETA 3ALYA 4DU1A 2YKNA 2GUIA 3MEDA 4O44A 2HHVA 4RW6A 1L5UA 4FJKA 4ID5A 4W5NA 2P5OA 4MQ3A 4M45A 3AO2A 2G8KA 3OYHA 1WLJA 4N47A 3L2WA 2OYQA 2IGIA 1TVRA 3TAEA 3V81A 4ZTJA 4DQRA 3TABA 4F3TA 1ASUA 1B9FA 3K57A 3AVGA 1JLEA 2X78A 3V9ZA 3SCXA 1CXQA 3KLIA 1BI4B 4F3OA 3AA2A 3ZCMA 1JLAA 1VSKA 4FJNA 1RBVA 5CZ2A 3AO1A 4BE0A 4B9SA 4M3RA 3OS2A 1C1CA 2QKKA 3I0SA 1L3TA 4CERA 3V4IA 1LW0A 1RT1A 1U04A 3TR8A 3HSTB 3IS9A 1LWEA 3K5LA 4E1NA 1L3VA 2ZQBA 3F73A 3UIQA 3SQ0A 4FJ5A 3QIPA 5E41A 1KLNA 4CJUA 1C1BA 4J2DA 5C42A 3ZSZA 1IH7A 1RTIA 3V1OA 1HPZA 5C25A 4BWJA 4CEOA 3OYMA 1IG9A 1JXBA 2XO7A 4B3OA 2A1RA 2FBYA 4UQGA 4CJVA 1IO2A 4CJ3A 1TAQA 4PQUA 1K6YA 4HUEA 2IOCA 3KLEA 3L2UA 4DU4A 3KLHA 2O4GA 3EYZA 1QE1A 2PY5A 1KLMA 4WE1A 4CJQA 3L2VA 4B9NA 4FJ7A 2DY4A 3JYTA 1NK4A 4ELTA 1U49A 3AVCA 4DTUA 1QTMA 2YKMA 2JLEA 4CFCA 3H08A 4ZHRA 3V6DA 5D3GA 1HYZA 5DK5A 3VQBA 4CGJA 4DSIA 1JL2A 3NDKA 1LAWA 1A5VA 3OJUA 4BDYA 4BWMA 4YFUA 3U6FA 1S9GA 3TAQA 2OPRA 4RW9A 3VQ7A 4EZ6A 3C6TA 4CGIA 3SUOA 3OJSA 2D5RA 3U3GA 3K59A 3HXMA 3G10A 3BDPA 2NUBA 3QEVA 3THVA 2A1SA 3HT3A 3NH1A 2OA8A 3SZ2A 3PX4A 1VSLA 1IKVA 1IKYA 3C94A 3HP6A 3HK2A 3OYBA 3ZSOA 4FM0A 1VSMA 2RN2A 4DSJA 4LH4A 1ZBIA 4QOZB 1LAVA 3NE6A 1C0TA 1RCHA 4CGDA 1TKZA 1VSDA 1J9AA 4EP5A 3FFIA 3MXJA 1EXQA 1S6PA 2W42A 3SQ1A 5HRSA 5HRPA 4FZXC 3VQ9A 1KRPA 1WSIA 2OPPA 3C6UA 1C6VA 1RT4A 4DQPA 1YTUA 1Y97A 3DLRA 3DLBA 4J2AA 1HYVA 4CIFA 4FJLA 4JLHA 2KZMA 4C8KA 4GW6A 5HBMA 2HHTA 1JKHA 3MECA 3VQEA 4CEDA 1RT7A 2QKBA 3PX6A 3M8PA 3MEGA 3OYDA 3TAGA 2OZSA 3SV4A 2OPQA 1NK9A 2P1JA 3OYCA 1KFDA 4Z4IA 4B9MA 3ZSQA 4O4GA 3HPOA 3NF6A 4FJHA 3NGYA 4W5QA 4E7HA 2B5JA 3DI6A 3NFAA 3SUQA 2XHBA 3P1GA 4FZYA 2BGGA 3ZSRA 4CF2A 1I39A 3S3NA 3DRPA 1TL3A 3AVJA 3IRXA 3CFOA 1BQMA 4NYFA 4W5TA 5HRRA 3RMBA 4OLBA 4AHTA 3OYNA 4AHRA 5J2NA 4Q0BA 1HNIA 1BI4A 5CYMA 1ZBHA 2P51A 1Z26A 5KGXA 1I3AA 3O4QA 4FJMA 3B6PA 3I0RA 3NF7A 3RR7A 4PY5A 1SUQA 3RRHA 3QESA 2F8SA 1KVAA 2DTUA 1JXEA 2G8HA 1NK6A 2YHAA 2YNFA 4KHUA 1T8EA 4BE1A 1X1PA 4I7FA 3NH0A 3WNGA 1CZBA 1NK8A 1RBRA 3SQ2A 2O4IA 3HVTA 4CF1A 4CESA 3AVAA 4CHYA 4KFBA 4CIGA 4JRPA 1NJZA 3HPHA 4NYNA 3OYJA 2KQ2A 4OPKA 4KI4A 1NK5A 2HHSA 5KRTA 4C8MA 4FJ8A 3WNEA 1NOYA 1VSHA 4W5OA 1XI1A 3QIOA 1NJWA 4M41A 3OYLA 4CK2A 2G8VA 1U47A 3CM5A 2YV0X 4KHWA 2Z1JA 4CGHA 4CHPA 1U4BA 2FBXA 3NF9A 3P83D 1W9HA 2VWKA 4ELUA 4CHZA 4C8OA 4Z4FA 3SUNA 1S6QA 3K5MA 1UA0A 3PY8A 4CJWA 3QNNA 3RMCA 4Q5VA 1ZYQA 3PO5A 4B9TA 1C0MA 3SV3A 4ELVA 4IKFA 2G8WA 2VG5A 4FW2A 1MU2A 3ISNC 1B9DA 2X6SA 2DFHA 2Y1JA 1HRHA 4CECA 4KI6A 3V9SA 4OLAA 2LSNA 3AO4A 3SPYA 4CGGA 3S3MA 2B6AA 4FM1A 1TK0A 3KD5E 3SUPA 4Z0UA 1NK0A 3OYAA 3O3GA 3SI6A 2XY7A 1DLOA 4AHVA 4KAZA 3NAEA 3V9WA 2KTQA 1QSLA 3KJVA 3DOKA 1HMVA 3T1AA 3OS1A 3D0PA 3L2RA 3OYFA 5KRSA 1NKBA 3DLHA 4DWIA 1TK8A 5CYQA 4F4KA 4CEFA 3V9XA 3IG1A 3VQQA 5J2PA 4TSXA 1N5YA 4B8AB 1XC9A 2P5GA 2HNZA 3ZSVA 4K8XA 1R0AA 1JL1A 3AO5A 4CJSA 3V1QA 4J2BA 4OKEA 3K58A 1EX4A 1J53A 3HVRA 3PV8A 3KLFA 1Q9YA 4CJLA 3S9HA 4CJ5A 3OYIA 3SQ4A 4Y1DA 3LAMA 2E4LA 5J2QA 2ZE2A 4KKOA 4LD0A 1WN7A 3AVFA 3TAMA 3MAQA 4CF9A 2GBZA 2G8IA 4IFVA 2Q3SA 3VN5A 3HL8A 2Z1HA 3QO9A 3T3FA 3VQCA 2G8UA 1A5WA 2B4JA 1SL0A 3LANA 3P5JA 4E0DA 4J2EA 4NCBA 4N76A 5JS2A 2IAJA 2KFNA 1JLCA 4Z4HA 2RF2A 1RDCA 1UWBA 2BANA 4OGCA 4CHQA 3QEWA 4FJXA 3DRRA 4DTMA 3L3VA 2ETJA 4KO0A 1NJXA 4AHUA 4FK2A 1CLQA 4PA1A 1ASWA 3CM6A 2PZSA 2IDOA 2YNHA 4FLZA 4CJEA 3QEXA 2X6NA 3VA0A 4H4MA 4B8CA 1BGXT 4OJRA 1HYSA 4KHQA 3O3FA 3VA3A 1NK7A 1VRTA 4DQQA 1GOBA 4I2PA 2Y1IA 3VQ6A 1X9MA 1LV5A 3M8SA 1WSFA 3OS0A 4R5PA 3AV9A 5HP1A 1TL1A 1RTJA 4M3UA 2WONA 1SKWA 2XY8A 3HJFA 3ZSYA 4DTSA 3LPUA 5SWMA 1UOCA 4Z4EA 3QLHA 3TAPA 3LWMA 1IKXA 3L8BA 4CF8A 1J5OA 4F8RA 4PWDA 2KFZA 1TKTA 1KVBA 5SZTA 3LALA 2EHGA 1U48A 3AA4A 3QEIA 4HVJA 1KCFA 3S3OA 2HB5A 4DQSA 2HW3A 3TAFA 1WAFA 4CJ4A 4HCCA 4W5RA 1RDBA 1W0HA 4HHTA 4Y1CA 2IC3A 1WNSA 3F9KA 3OYGA 2JGUA 2DFFA 4FLTA 4L8RB 4N5SA 4M3XA 1TV6A 5JS1A 4DTJA 1UAXA 2ATQA 3OYEA 4HCBA 3ZSXA 1RDDA 1BIZA 4M3WA 2IS3A 3AVMA 4OKKA 1BISA 4C8LA 4M3TA 4CEEA 4K8ZA 3RMAA 2D0CA 1LWCA 4KTQA 1O1WA 3DLKA 3RMDA 4FYDA 4ICLA 4DS5A 3TI0A 3L3UA 1QSSA 4G1QA 4E7KA 1FK9A 3LPTA 4QCLA 4IG0A 1S1WA 4CEZA 1XWLA 2FC0A 3LZIA 2QXFA 1VSJA 4CE9A 4CJPA 1TKXA 1XHZA 4M3ZA 3ITHA 3M8QA 4CJFA 4CFAA 3LP0A 2E6MA 4OKJA 2D0AA 5HROA 4DSLA 1JLQA 2WOMA 3AVNA 4N56A 1FKOA 2ZD1A 4H8KA 4DS4A 2ITGA 3NBPA 4YNQA 3KLGA 4CFBA 4FJGA 4FLXA 3AVKA 3LP1A 1D9FA 3WNFA 1IKWA 1FXXA 1WSJA 4JRQA 1RBSA 4LY7A 4DFKA 1SL1A 1TAUA 1TK5A 4RG8A 2HNYA 4FLVA 2HMIA 3K2PA 3QINA 4CIEA 4E7JA 4AILC 1WSGA 4DU3A 3PX0A 4DF4A 4HTUA 1SKSA 1HQEA 1NKEA 4O55A 2HVIA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2AA4A 4IDKA 3SMPA 1HPMA 4GVMA 3BF1A 3U8XA 4KHYA 4BROA 4FSVA 3VEWA 4AHCA 1EO1A 1Q8IA 5GIPA 1WAJA 4DSKA 5FROA 3HP9A 4X64K 1T3VA 3KWGA 5IT9O 5AQZA 4Z4CA 4CFDA 2ZGYA 4DTRA 3DLEA 4GV9A 5C24A 2F96A 4BY9C 1N6QA 3BY5A 4KB0A 4E1MA 1C0FA 3S41A 3AVBA 2FBTA 2FLOA 3WXMB 1G15A 4CCHA 1NGBA 2CGKA 3NH2A 4JKGA 1OVYA 1YTAA 4XH5A 5EVZA 5J1EA 1WSEA 4GKKK 3CCRN 3D45A 2GV9A 1T05A 1VRUA 2FSJA 1KSPA 4DR6K 5AQHA 2P9KA 4CZFA 5JICA 3NVKA 3AA5X 5AFUH 3ZT1A 4DF8A 5HRNA 2UUCK 4KB1A 3V9UA 4RCHA 3OVNA 4DB3A 1JCGA 3RTVA 3K5OA 1UA1A 3VETA 4AH9A 1DTQA 3D2FB 4FVMA 3C7NA 1NOZA 4BC4A 4QAGA 5GAHP 1VSFA 2X74A 4B08A 4DV4K 2UUAK 1X3MA 4M42A 3DJCA 4ILHA 5M1KA 2E2NA 4M7YA 4A61A 2A5XA 1KTQA 4CF0A 2UXBK 5AQGA 1ZBLA 2QK9A 3T19A 2UYTA 4F2SA 4OGEA 4BQZA 2Q31A 4Z4GA 1YT3A 3KKRA 1Z05A 1HNVA 4LF6K 4G9ZA 2XRIA 4O0JA 1IG8A 4LF8K 2XY5A 3G0ZA 2G8FA 2OCEA 5J2MA 2O8EA 1CXUA 2YHWA 2BUPA 3WEEB 1FKPA 4FOEA 4DG1A 3E1YA 3P39A 4CHNA 4N41A 2FBVA 2F8TA 5JVHL 3VMFB 4ISEA 4JNEA 4CK3A 5KPZA 1YJNN 1SV5A 4JK7A 5C15A 2GUPA 3EE8A 1BIUA 3LWLA 1BCMA 3RRGA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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