4E89A

Crystal structure of rnaseh from gammaretrovirus
Total Genus 43
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
43
sequence length
157
structure length
157
Chain Sequence
PDLTDQPIPDADYTWYTDGSSFLQEGQRRAGAAVTTETEVIWARALPAGTSAQRAELIALTQALKMAEGKKLNVYTDSRYAFATAHVHGEIYRRRGLLTSEGREIKNKNEILALLKALFLPKRLSIIHCPGHQKGNSAEARGNRMADQAAREAAMKA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule keywords RNase H
publication title Crystal structure of xenotropic murine leukaemia virus-related virus (XMRV) ribonuclease H
pubmed doi rcsb
source organism Xenotropic mulv-related virus
molecule tags Hydrolase
total genus 43
structure length 157
sequence length 157
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-03-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4e89A00
4CE9A 4B3OA 3RR8A 4FM2A 3V9ZA 1W9HA 1C0TA 3HP6A 1ZBLA 4G1QA 3EZ5A 2A1SA 4AHVA 3KK1A 3PX4A 3ZSWA 1RBRA 2X6SA 1JXEA 4CEEA 1UA0A 1CZBA 3EYZA 4FLYA 2XY5A 2G8WA 1EETA 4CFDA 4CGFA 3TANA 1C1CA 4CF0A 4FLXA 4CEFA 1WN7A 1WAJA 4OGCA 4FYDA 4CK3A 2NUBA 4ELUA 3OYFA 2KTQA 3NF9A 3ZT2A 3T3FA 1CXUA 1BI4A 4BE0A 4FLVA 3I0RA 2ETJA 1C0MA 1ASWA 4NCGA 2YNGA 4JRQA 4W5TA 2VG5A 3F9KA 3RMDA 1NJWA 1RT5A 2XRIA 3WNHA 4N41A 1ZBFA 4L8RB 3VA0A 4FJ9A 3K2PA 4CERA 3L2WA 1U45A 1RTIA 3AO1A 1NK0A 2YKNA 3NF7A 1L3SA 4QCLA 1HYSA 1VSLA 3V1RA 2W42A 1D8YA 1J54A 3OYIA 1SKWA 1HQUA 4KI6A 3ZT4A 5FROA 1TKXA 3PX6A 2ZQBA 4FJIA 1KSPA 3OYMA 3LZIA 1RTJA 3RMBA 1GOBA 1UWBA 3S3MA 3U6FA 4CJQA 1I3AA 3RMAA 4LSNA 1U04A 1BI4B 4FW2A 3F73A 3ZSVA 4CF1A 3KD5E 2F8SA 4CJSA 4B9NA 4FJHA 4CHQA 4CIFA 3ULDA 4KHSA 3PUFA 1SKSA 2YHAA 4CIEA 4CEAA 1RNHA 1J9AA 4DU1A 1QTMA 5CY4A 2HB5A 3OYNA 3SJJA 2Y1JA 1JLEA 5KTQA 1XWLA 3AVJA 3P1GA 3AVAA 3VQ9A 4CESA 1VSIA 4CEDA 1LW0A 1Q8IA 4DTRA 3TARA 2DY4A 1O1WA 2QKKA 3NHGA 4CJKA 3VQ7A 2DFFA 4N5SA 4DFMA 3L2VA 4M3XA 2XHBA 3MXJA 1BHLA 1EX4A 2XY6A 4HUGA 2HW3A 3C6TA 5D3GA 1BCMA 1HQEA 3QINA 4H8KA 3DMJA 3L8BA 4FK0A 4KFBA 3L3UA 2I5JA 2KQ2A 1KVBA 4CJUA 4HHTA 4DG1A 3C94A 3P83D 3OJUA 4Z4IA 2DFHA 2ATQA 2IAJA 3OYDA 3RWUA 1YTUA 1U47A 4KV8A 3VQQA 3TAGA 4E89A 2YKMA 4NCAA 1LW2A 1F21A 1X9SA 5FDLA 2EX3A 1HRHA 2Z1GA 4RW4A 2YHBA 4I9LA 4FJMA 1RILA 4E7JA 3QEPA 1U49A 1RDBA 2D5RA 3M8QA 1JLGA 1S1VA 1YT3A 3NH2A 2D0AA 4R5PA 1S1UA 4CJFA 3HPOA 4DLGA 3RRGA 4M3RA 1WSGA 2QKBA 3TR8A 1C6VA 3AO2A 3D45A 2OZMA 4BDYA 4IG0A 2HHSA 4GW6A 5J2PA 1SL0A 1RDAA 2HVIA 4I2QA 5C24A 4ZTFA 3OYHA 4E1NA 2B4JA 4J2BA 2LSNA 1TK5A 1UAXA 1VSJA 1WNSA 1QSSA 2PYLA 3AVGA 4F8RA 4FXDA 1NK6A 1BGXT 2RF2A 3NF8A 5CYMA 1DTTA 2HHTA 4WE1A 4CHPA 4CJVA 2HHUA 3ZCMA 4FZXC 1TGOA 3AA3A 4E7HA 2QK9A 2E4LA 3PY8A 1Q9XA 2G8VA 5J2MA 4RG8A 4KTQA 4KB1A 1N5YA 3HL8A 3S9HA 3QEWA 4M45A 1I39A 1JLBA 2IDOA 3SNNA 4AHCA 3AVNA 3L2QA 3A2FA 3NFAA 3SZ2A 3VQ6A 4CFAA 4Z4CA 2BDPA 4E19A 3RTVA 2PY5A 2JGUA 4CEOA 3OYCA 1ZBIA 3LAMA 1ZBHA 1KCFA 4Y1DA 4FLZA 4AH9A 5HRPA 4N47A 2A1RA 3ZSOA 1NKBA 1RBUA 4B8CA 1T05A 4FJ8A 1BIUA 1NK8A 4CHOA 4F2SA 2HHWA 1IKXA 4O4GA 4DQSA 1L3VA 1JLFA 4DTMA 1EKEA 2IGIA 3WNGA 5EU7A 2OZSA 4ELVA 4OLAA 4DFPA 5HP1A 3HP9A 3MEGA 1VSFA 3ZSRA 4IDKA 1L3UA 1QE1A 2B6AA 4PUOA 5C25A 3DLHA 1Y97A 1TL3A 2FBYA 3DRPA 4CFCA 1LAWA 1X1PA 1UA1A 1JLQA 3O3FA 4IBNA 4BACA 4FK4A 3S3NA 4Z4FA 3VQ5A 1JLAA 3SUOA 3HM9A 2QXFA 1KLNA 4OKEA 3DLBA 3BGRA 3IAYA 2HHVA 3AA5X 3V1OA 4F2RA 4B9TA 4KPYA 5I3UA 3S3OA 1TVRA 3O3HA 4OPKA 1RT3A 4CEQA 1RBSA 2BANA 2Z1IA 1D9DA 2ITGA 3LZJA 4BE1A 2IS3A 1WSIA 4HUEA 3AO4A 1NKCA 3V1QA 3KLEA 3BDPA 1DTQA 3RR7A 4BDPA 3MXMA 3VQCA 5HRRA 3K5NA 1TK8A 4OJRA 2GUIA 2Y1IA 4CK1A 2OPSA 2Q3SA 4FVMA 4HVJA 3TAQA 1TKDA 3I0SA 1ASVA 4CJTA 3T19A 1JL2A 2E6MA 4RW8A 3O4NA 4C8OA 1WAFA 3V9UA 4FLTA 3DOKA 2VG6A 3DLKA 3DOLA 3NBPA 2GV9A 1JLCA 4LD0A 3CM6A 1WSFA 3DYAA 2P5OA 1L3TA 4FJXA 4W5NA 3NGIA 5DK5A 3QLHA 3OVNA 1S5JA 4DS4A 2FC0A 5E41A 3QETA 3DLRA 3M8RA 4DMNA 4DU3A 4CK2A 3CFOA 1TKTA 1HYZA 4F4KA 3PV8A 3DRRA 5C42A 2YNFA 1RCHA 4CGDA 1K6YA 1HNIA 1XI1A 3NF6A 2JLEA 1A5WA 3QEXA 1QS4A 4K8ZA 2KZZA 4B8AB 2VG7A 3U3GA 3OJSA 3KLIA 4ELTA 3IS9A 3KLGA 3VQPA 4PY5A 2G8IA 4B9UA 1RT1A 1ASUA 1B92A 1S1WA 5HROA 1C1BA 3B6OA 2O4IA 3HJFA 3TAEA 1RDCA 3AV9A 3NGYA 1NJYA 4O5BA 1KLMA 2BGGA 4KHUA 4IG3A 3C95A 3TAFA 5J2NA 4EZ6A 1YTAA 3VQBA 4N56A 3H08A 5KI6A 3NCIA 2YNIA 1BIZA 2XY7A 4FJNA 3RMCA 5KGXA 3AO3A 4KHQA 1WSHA 3E01A 2ZE2A 3HPHA 3O3GA 4JRPA 3V9WA 3QNOA 1TL1A 1C1AA 1XHZA 3L2UA 4ID1A 4Q0BA 4EP4A 4KREA 3ZT3A 3SQ0A 1DLOA 1NKEA 4OGEA 1EXQA 1R0AA 3SUPA 4DSJA 2IOCA 1WSJA 3D0PA 1C0UA 4AHSA 3QERA 5KRTA 4OKKA 4FM0A 4F3TA 4TSXA 3CYMA 4JS5A 1TV6A 1IKYA 1J5OA 4O0JA 2PYJA 4CJ5A 3VQ4A 1RTDA 3K57A 2FBVA 1IO2A 4M41A 4ICLA 3JYTA 1NK5A 3M8SA 1RBVA 1HJRA 4BE2A 1J53A 2OPQA 2RKIA 4DLEA 4E7LA 3AVMA 1RDDA 3G10A 3ISNC 3SYZA 3SPYA 3SPZA 4DF4A 2ZD1A 1NK4A 1UOCA 4M3TA 3O4QA 5J2QA 3MAQA 4Z4HA 1IG9A 2YNHA 4CHNA 3OYEA 4DTPA 3WNFA 3P5JA 3OYBA 1L5UA 3SV3A 3LPTA 4AILC 4CGJA 1VSEA 2OPRA 2P5GA 4RW7A 2Z1HA 4M42A 1S1XA 3ZSXA 2D0CA 2R7YA 4FJ7A 4W5OA 4C8KA 1D5AA 4Y1CA 1JXBA 4FCYA 1VSKA 4DSLA 4M3ZA 1BISA 2P51A 3V6DA 3K5MA 3VQ8A 3NH0A 4E3SA 4DTSA 1VSDA 4HCBA 5JS1A 3RRHA 3NGZA 3SQ1A 1SL2A 4FZYA 3MEEA 4E7KA 5DMRA 5HBMA 2XO7A 5I42A 4OLBA 2KFZA 5CZ2A 1REVA 4BWJA 3NAEA 1HMVA 4MFBA 4IFVA 4HTUA 4FJ5A 1LWCA 3NH1A 5HLFA 4DSEA 4CFBA 3C6UA 4DS5A 3LPUA 4LSLA 3EY1A 4J2DA 1TKZA 4FJKA 4OVLA 2HNYA 3OYJA 3KKRA 5FRMA 2VWKA 1LV5A 4CEZA 3SQ2A 2KZMA 4XIUA 4ID5A 4DWIA 4CHZA 2YV0X 4FLWA 4DFJA 2RPIA 3LWLA 3TAPA 5CZ1A 5SZTA 4Z0UA 1GOAA 1QHTA 3HSTB 4I2PA 4CJLA 4CJWA 4EP5A 1B9DA 3LAKA 4W5QA 3MXIA 4FK2A 1U4BA 3IG1A 4DTOA 3QEVA 3KLHA 3UIQA 4FLUA 4OPJA 4O0IA 1SUQA 1IKVA 1LWEA 2OPPA 5HRSA 4C8LA 5KGWA 3ZSYA 4DTUA 1TAUA 3K5OA 4DQPA 3WNEA 4B08A 4CJEA 3V4IA 2KFNA 1FK9A 1KRPA 1S1TA 4H4OA 3OY9A 2F96A 4Z4EA 4KB0A 4CJ3A 4DTNA 4KRFA 3AVCA 3OYGA 4Q5VA 1A5XA 1S9GA 1T03A 2XY8A 3ITHA 2WOMA 3AA4A 2B5JA 3AO5A 1BL3A 3LALA 3DI6A 4H4MA 4CIGA 3TAMA 4J2AA 5FRNA 1Z26A 2P1JA 3KTQA 4KO0A 4KHNA 4LY7A 4DF8A 3QNNA 4ZTJA 2X78A 3LDSA 3U3YA 5K14A 4DTXA 1FKOA 3IRXA 4F3OA 4CJRA 3DRSA 1A5VA 3AVLA 3ZSZA 2HVHA 1SKRA 1EP4A 2FBXA 3I8DA 3OYKA 1HNVA 1TAQA 2E6LA 2WONA 1WLJA 3OS0A 3VA3A 3V81A 1BCOA 2KW4A 3AA2A 2AJQA 3LANA 4O55A 3DLEA 4FJLA 2G8HA 1S6PA 2DFEA 4O44A 4JS4A 2HMIA 2BE2A 3PO5A 3SQ4A 3OS2A 4B9VA 1W0HA 4PWDA 4CEBA 1WSEA 1S6QA 4ZHRA 4LH5A 4CECA 3QIOA 3AVHA 1U48A 1VK0A 3ALYA 4AHTA 2OYQA 1HPZA 3OS1A 2OA8A 4GVMA 3AVFA 1FKPA 1YVUA 4Z4GA 3QO9A 1NOYA 3LP0A 4M3YA 4DFKA 4PQUA 4KTZA 4GMJB 3L2RA 4CGHA 2PZSA 4QOZB 4B9MA 2Z1JA 4NCBA 3TI0A 3KK2A 4HCCA 3CFPA 1VSHA 1KTQA 4KHWA 3AVBA 1RT6A 3T1AA 4CF9A 3HYFA 5HRNA 3G0ZA 4KI4A 1T7PA 1RT2A 1T8EA 4DTJA 4DSFA 3SI6A 3NDKA 1N6QA 2IC3A 3M8PA 1IH7A 1KVCA 1LAVA 2HNDA 3LP1A 3HPGA 3MECA 4C8NA 5J1EA 5KRSA 3SCXA 4BWMA 3ZSQA 3LP2A 3DM2A 2X74A 1NK9A 3HO1A 4NYFA 1CXQA 1TK0A 1LWFA 1G15A 1XHXA 3QEIA 1NOZA 3PO4A 3HVTA 3QESA 4PA1A 3B6PA 3LWMA 4CF8A 4KTWA 4RW6A 4K8XA 3HVRA 1QSYA 4YNQA 3KD1E 2X6NA 1VRUA 3VQEA 4E7IA 3MEDA 3VQDA 3KK3A 5CYQA 4CHYA 4E1MA 1S9EA 2EHGA 1D9FA 3KKSA 3ZT1A 3VQAA 4KHYA 3HXMA 2VWJA 4CCHA 4CJ4A 1X9MA 1KVAA 2O4GA 3OYLA 4FJJA 4M3UA 4DSKA 1BQMA 1ZBUA 4EZ9A 1SV5A 2FBTA 4J2EA 2GBZA 1X9WA 3CM5A 1RBTA 1QQCA 4DQRA 3V9XA 1B9FA 1CLQA 1FXXA 1JKHA 3KLFA 4FZZA 4C8MA 4E0DA 4FJGA 1ZYQA 4OKJA 1SL1A 1QSLA 4CJPA 4IKFA 1JL1A 3VN5A 4JLHA 3FFIA 4AHUA 1GOCA 1VRTA 1XC9A 1RT4A 1IKWA 4DQQA 1NJXA 4CGIA 3HK2A 4AHRA 4YFUA 2DTUA 4LH4A 3TWHA 1NK7A 1NJZA 1Q9YA 3L3VA 3KJVA 3SV4A 1CZ9A 3LP3A 2D0BA 4HUFA 3V9SA 3JSMA 3CFRA 3AVKA 2HHQA 1BQNA 1RT7A 4CGGA 4B9SA 4M3WA 3CQ8A 3TABA 2G8UA 4BDZA 4CF2A 1MU2A 2F8TA 3THVA 3ASMA 5T7BA 3HT3A 4B9LA 1VSMA 3NE6A 4RW9A 4DSIA 1ITGA 4QAGA 4I7FA 1RTHA 3K58A 4W5RA 2G8FA 4DQIA 4I9QA 1HYVA 1Z25A 4KKOA 3AVIA 4NYNA 3PX0A 3K5LA 4IFYA 3SUNA 4MQ3A 4FM1A 3CG7A 2RN2A 4FW1A 3OYAA 1KFSA 2G8KA 2HHXA 3QIPA 4DU4A 4KAZA 3SUQA 3ZT0A 3K59A 4N76A 5SWMA 4UQGA 5JS2A 2HNZA 3DLGA 3KIOA 1KFDA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3PSIA 3JXUA 4JKGB 2FSKA 1W9HA 1C0TA 1JCEA 3HP6A 3KK7A 5AZJA 3PX4A 1RBRA 3G4SN 4FLYA 1G99A 4CFDA 3TANA 4CF0A 2ASMA 4FLXA 1R59O 1WAJA 2IIRA 3R6MA 5AQNA 5AFUH 2KTQA 4IOAL 3T3FA 5DM7L 1S22A 4BE0A 2ETJA 2YNGA 5C2DA 3RMDA 1P90A 1RT5A 3WNHA 4BRLA 4N41A 4L8RB 2IVNA 3K2PA 3L2WA 1U45A 3AO1A 3MWTA 1NK0A 4LF9K 4K42A 3AAQA 4KI6A 5FROA 5AQGA 3TTFA 3PX6A 4FJIA 3ZYYX 4DV0K 5BR8K 3S3MA 3O1BA 4BRKA 3J7ZO 1U04A 1BI4B 4FW2A 3ZSVA 4CF1A 3KD5E 4JHDA 4DV2K 5GINA 4FJHA 3ULDA 3PUFA 2YHAA 3M5RA 3VEOA 5KTQA 1XWLA 2F7TA 3AVAA 1LW0A 3CI5A 3VF4A 2YJEA 4GKJK 4DFMA 3L2VA 1BHLA 1EX4A 5BRHA 5AQJA 3D2FB 3L3UA 1KVBA 3MCAB 3UKRA 4HHTA 4BQLA 1U2VB 2EWSA 3ATUA 3VQQA 3TAGA 3PIOL 2O8DA 4JK9A 4E89A 2ZGYA 1LW2A 1F21A 3QBXA 3G71N 1X9JA 3QEPA 1JLGA 4FSVA 1Z05A 5LL6Z 4EHTA 4R5PA 4CJFA 5M1QA 3RRGA 1WSGA 2QW9A 4YDUC 3D45A 2OZMA 2HSTA 3HZ6A 2HVIA 5I9EB 3J80O 4ZTFA 3CMEN 2B4JA 2LSNA 4PKIA 5BN8A 1QSSA 3AVGA 1BGXT 2O8CB 2HHTA 5BPMA 2HHUA 4X66K 1GLFO 2QK9A 3FZMA 3EE8A 4AM7A 5J2MA 4RG8A 4U67L 4BC4A 1N5YA 1JLBA 3QMLA 3AVNA 5E26A 3CQYA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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