4E89A

Crystal structure of rnaseh from gammaretrovirus
Total Genus 43
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
43
sequence length
157
structure length
157
Chain Sequence
b'PDLTDQPIPDADYTWYTDGSSFLQEGQRRAGAAVTTETEVIWARALPAGTSAQRAELIALTQALKMAEGKKLNVYTDSRYAFATAHVHGEIYRRRGLLTSEGREIKNKNEILALLKALFLPKRLSIIHCPGHQKGNSAEARGNRMADQAAREAAMKA'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule keywords RNase H
publication title Crystal structure of xenotropic murine leukaemia virus-related virus (XMRV) ribonuclease H
pubmed doi rcsb
source organism Xenotropic mulv-related virus
molecule tags Hydrolase
total genus 43
structure length 157
sequence length 157
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-03-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4e89A00
3TR8A 4AHCA 3D0PA 1VRTA 1SL2A 2R7YA 4CGJA 3KTQA 3NGIA 1I3AA 4IBNA 4CJQA 4LY7A 3NCIA 1TKXA 4KO0A 5HRPA 1HYVA 3KLGA 3TAGA 4B8AB 3ZSZA 1RT5A 3LALA 4RW7A 4BDYA 4CF1A 2G8IA 4KI6A 1ZYQA 1BCMA 3MXIA 3DRRA 3FFIA 1VSMA 3NF7A 4CESA 4O0IA 4DF8A 4AILC 2VG6A 3OYAA 1S1UA 1I39A 4CJUA 3JYTA 4BWMA 3DI6A 3LP0A 3MEEA 4J2BA 1KCFA 3S9HA 1A5XA 4FK4A 1RBVA 1S6QA 4CJSA 3LZJA 4BE1A 3SUPA 1C0UA 4CJ4A 3DLHA 4L8RB 1QS4A 4OLBA 4CJTA 3VA0A 1ASUA 1D5AA 2PYLA 1RT7A 3HVTA 2G8VA 4QAGA 1L3SA 2IDOA 3AVAA 4JRQA 2PYJA 3NE6A 4M3TA 3PX4A 1BI4B 3SNNA 3I8DA 1BCOA 1N6QA 1UOCA 4FW1A 4OGEA 4CJFA 3H08A 3TANA 2XHBA 1KRPA 4FJIA 4KHNA 2A1SA 1RTIA 4FCYA 1RT6A 4KREA 1IKVA 3VQ8A 1J5OA 3DLKA 4IG0A 3OYIA 4IFYA 4EZ6A 1YTAA 1ZBFA 3ZSOA 3ZT0A 4M3RA 4E1NA 1HYSA 5CZ2A 4CHPA 5C25A 3NGZA 4FJMA 3RMBA 3TWHA 2IC3A 4I2PA 3AVLA 3L3UA 2Z1HA 3VA3A 4CGGA 1J9AA 5C42A 2P1JA 3LP1A 4CFDA 3DMJA 3DRPA 5CYQA 3VQPA 3AVFA 5SWMA 2E4LA 2EX3A 3ZSRA 3M8SA 4BE2A 1LWCA 5JS2A 4CK2A 1G15A 2OZMA 3V1RA 4FJLA 3HO1A 3U3YA 1FXXA 3VQCA 1HQEA 2YNFA 4FW2A 1BIZA 4YNQA 2PZSA 2VWJA 4F3TA 2HHSA 1ZBIA 1NJXA 4FM2A 2RN2A 3NH1A 1RDAA 4N5SA 3BGRA 3RWUA 1EX4A 4FJ7A 2Y1JA 3DOKA 2OYQA 2XY7A 3VQ6A 3G0ZA 4CJWA 2G8FA 1C0MA 4FM1A 4CJRA 4CECA 3L2QA 4CJ5A 1FK9A 5J2NA 3KK1A 1D9FA 4B9LA 1X9WA 1BGXT 3TAEA 1HNVA 4O5BA 3P5JA 1JLFA 4CGIA 3F9KA 3V9WA 4DU1A 1S5JA 3SV3A 3MEDA 5CY4A 1SKRA 3AVHA 4KHUA 1NKBA 3TAPA 1RT1A 2Z1JA 4O0JA 2HHTA 4Z4CA 4DWIA 2OPQA 3OYKA 4LD0A 2WOMA 1SV5A 5HRSA 2YV0X 1DTQA 4Z0UA 2FBVA 3L3VA 3L2RA 4GW6A 4RG8A 2B4JA 3CFPA 3KLIA 3RRHA 4C8OA 2YKMA 5HRRA 3EYZA 3LAKA 4LSLA 4CCHA 5D3GA 2HVIA 4ZTJA 3V9XA 1D9DA 2KZMA 2HMIA 1LW0A 4AHSA 2X78A 3O3HA 4DU4A 3QESA 1Y97A 5E41A 4H8KA 3HYFA 3SV4A 2KFZA 3PO5A 4DU3A 4CJPA 4QCLA 3KKRA 4CF0A 2LSNA 4FK2A 1FKPA 1ZBUA 3DM2A 3IRXA 1S1XA 1ASWA 2BE2A 1IG9A 3QEXA 4C8LA 3C6UA 3OYLA 4FJJA 3NF9A 2BDPA 4I7FA 1VRUA 1X9MA 4FJ8A 3P1GA 3OJSA 3RMAA 1ZBLA 4DLGA 5K14A 3SI6A 4FLTA 1RTDA 4W5NA 3DOLA 2YHBA 1NJZA 2X74A 1UAXA 2I5JA 3HP6A 3WNFA 1RDBA 1NJWA 2HHQA 1EXQA 3HPHA 5DMRA 4CJEA 4CHZA 3T19A 3A2FA 4DTPA 3E01A 4KTQA 3SJJA 1TAUA 4C8NA 3B6PA 1NK8A 1L3UA 4B8CA 3ZSQA 5FRNA 2O4GA 4KV8A 2ATQA 2HNZA 2HNYA 1EKEA 4DSLA 3MAQA 2ITGA 2W42A 3LZIA 3NH0A 1BHLA 4FLZA 1W9HA 3S3MA 2AJQA 1BQNA 3SQ1A 3I0SA 3VQ5A 4CE9A 3K59A 3PUFA 1VK0A 2Z1GA 3M8RA 4CGHA 3K58A 3K5NA 3RMCA 3AO4A 1T03A 3ZT4A 1TL3A 3AVBA 3NFAA 3OJUA 3ITHA 3TABA 2HB5A 3T1AA 1BI4A 1B9FA 1KVBA 4CK1A 4BDZA 4CEEA 5DK5A 3SQ2A 4J2AA 1JLAA 3BDPA 2Y1IA 3HK2A 3HXMA 3HM9A 4BACA 4HUEA 1CLQA 2JGUA 4FLUA 4YFUA 4FLXA 2VWKA 3OYCA 5FRMA 2HHWA 3K5OA 4CJKA 1JLGA 5HP1A 4JS5A 1QQCA 1VSHA 3QO9A 1UWBA 3NDKA 4E7HA 3THVA 3SZ2A 1XC9A 4OLAA 3AVIA 5I42A 3LWLA 3CM5A 2KZZA 1FKOA 4B9NA 1C1AA 2DFHA 4DSIA 1T8EA 3AVMA 4FLVA 1NK6A 4LH4A 3SUOA 4RW9A 4O55A 3V1OA 3VQBA 4IKFA 4E3SA 3AV9A 4W5QA 3AO5A 3QNOA 4IFVA 3ZSXA 4B9MA 3I0RA 1WSEA 4H4OA 3RMDA 4PY5A 4FJ9A 2XY5A 4OKKA 3VQAA 3IS9A 3ISNC 5KTQA 3OYEA 1U04A 4O44A 3HPOA 2F96A 2YNHA 2GBZA 3HL8A 4AHRA 1TK0A 4KPYA 2OPPA 4OPKA 1RBUA 2F8TA 4HCCA 1WSFA 2D0AA 3QEIA 1QSYA 4K8ZA 1RCHA 1TGOA 5T7BA 4DTRA 1KLNA 4CFCA 2HNDA 2P5GA 4GMJB 4CGFA 1S1TA 3LP2A 1K6YA 3WNGA 1YVUA 4KHQA 5FROA 3SCXA 1RT2A 2DTUA 3AVNA 4CERA 5I3UA 2O4IA 1HRHA 4W5RA 1B9DA 4N41A 3RTVA 4OKEA 4NYNA 3T3FA 2NUBA 1UA0A 1NOZA 1REVA 3ASMA 4CIFA 4KTZA 3ZT3A 1A5WA 3KLHA 4M41A 5KI6A 4CFBA 3EZ5A 2KW4A 1HJRA 3EY1A 4DSEA 1R0AA 4PWDA 2G8UA 1WSJA 4B3OA 2KTQA 2HHUA 3HJFA 3TI0A 2FBTA 1JKHA 1C6VA 3L2WA 2D0CA 3V9SA 1CZ9A 4M3WA 4Z4IA 3ZSYA 2FBYA 4CEQA 3CG7A 1CXUA 1RILA 4E7KA 1C1BA 2X6SA 4CEFA 4DQRA 4DSFA 4E1MA 3ZSWA 1ZBHA 3L2VA 3CFOA 1GOBA 4C8MA 3OYFA 4M42A 2Z1IA 1TKZA 4KRFA 4FJGA 3DLEA 2D0BA 4DSKA 2QKKA 5FDLA 4AHVA 4B9VA 3HSTB 5J2PA 1L3VA 2A1RA 1JLCA 3HPGA 3NF6A 5J2MA 3VN5A 3OYMA 4TSXA 1S9EA 1Q8IA 1SKWA 4F8RA 4KAZA 4M3XA 4BE0A 1SKSA 1NK0A 4PQUA 4J2DA 4ID1A 3SPYA 2ZD1A 4KKOA 4AH9A 1TK8A 3NGYA 3PX6A 4CEOA 3VQ9A 2IS3A 5EU7A 1ASVA 1LWEA 1LWFA 4M45A 4MQ3A 4DS5A 3M8QA 2G8KA 1RT4A 1JLEA 1JL2A 1LAVA 4HCBA 2DY4A 3F73A 1GOCA 2P51A 2X6NA 4CJLA 3L8BA 4F2RA 4CFAA 1CZBA 1WAFA 3QNNA 4B9SA 4W5TA 4KHSA 3MECA 3HP9A 1WN7A 3KK2A 3OYGA 4ICLA 4ELTA 5SZTA 2DFEA 4AHTA 4KHWA 3D45A 3LPTA 4FXDA 3NF8A 2YHAA 4AHUA 1KSPA 1N5YA 1IO2A 3AVCA 4NYFA 3OS0A 4E0DA 2HW3A 4O4GA 1U48A 3OYHA 5HRNA 1C1CA 1EP4A 2RF2A 3SUQA 4Z4GA 2BGGA 4H4MA 1RT3A 2YNGA 2KQ2A 1T7PA 4Z4HA 4CIEA 2RKIA 1DTTA 3B6OA 3V9ZA 1X9SA 1S1VA 4DTNA 1KLMA 3PV8A 4CIGA 1NK4A 5CZ1A 4HHTA 4N56A 4HUFA 3RRGA 1VSIA 3P83D 4QOZB 1J53A 3MXJA 1WAJA 4CF2A 2EHGA 4CEAA 3VQ7A 4DF4A 3UIQA 1RTHA 1XHZA 3HVRA 3O4NA 2F8SA 1WSHA 3CYMA 3OYBA 3OYJA 1ITGA 1BL3A 1QHTA 3MXMA 3QERA 4CF8A 4IDKA 4DTOA 3KLEA 1SL0A 4DQSA 1JL1A 5HROA 3SPZA 1JLQA 3K57A 4FJKA 3VQ4A 3RR7A 4DSJA 4Q5VA 3ZT1A 3LDSA 4E19A 4MFBA 3AA2A 3NHGA 4FM0A 3OYNA 1HYZA 5CYMA 3C94A 4CEZA 4KFBA 4CK3A 3U6FA 2HVHA 3O3GA 3ULDA 1BISA 3HT3A 4NCGA 4DTMA 3QETA 4KB0A 3S3NA 4OPJA 4BWJA 5KGWA 3V1QA 3RR8A 1TV6A 3DYAA 1LW2A 4RW8A 1WSIA 1Q9YA 3ALYA 1VSFA 3V6DA 4Z4EA 2KFNA 3KK3A 3MEGA 3ZSVA 4FLWA 3OY9A 4NCAA 4E7JA 3NBPA 1CXQA 1MU2A 3AA4A 3TAFA 4HUGA 1C0TA 4F3OA 4R5PA 4JS4A 4FJ5A 1YTUA 2QKBA 1TL1A 3LPUA 4CHYA 4N47A 5HLFA 4EP4A 3S3OA 1WLJA 1Z26A 2PY5A 3OVNA 1UA1A 4E7LA 1JXEA 1L3TA 3V81A 5KRTA 3DLGA 4CEBA 2D5RA 3LANA 3V4IA 4JLHA 1NK7A 1TK5A 4WE1A 4DG1A 1DLOA 1O1WA 3CM6A 1BQMA 1VSEA 4CHOA 4Z4FA 4CJVA 3AO3A 4FZYA 1VSKA 1LV5A 4CEDA 4B08A 1TVRA 2ZE2A 4RW4A 1U47A 2ZQBA 5KRSA 4DTSA 4PUOA 1KFSA 3IAYA 1F21A 4KHYA 3AVJA 3K5MA 3CFRA 4F4KA 1BIUA 2IOCA 3TAMA 1RDCA 4CF9A 3C95A 4I2QA 1QSLA 1LAWA 2FC0A 1HNIA 4DS4A 4DQIA 2XY6A 4OVLA 4EP5A 4FK0A 1VSLA 1S9GA 1QE1A 3WNEA 3OS1A 4KB1A 3OS2A 4ELUA 3DLBA 1JXBA 3DLRA 2B6AA 2WONA 2HHVA 1RBTA 2DFFA 3AVGA 3LP3A 2QK9A 2Q3SA 4XIUA 3SUNA 4GVMA 4LH5A 3QIOA 3ZT2A 1IKXA 1YT3A 1NK5A 1NKEA 3O4QA 1WSGA 3WNHA 4M3YA 2VG7A 4DMNA 1RBSA 1XWLA 4FZXC 1JLBA 3C6TA 2ETJA 3QEPA 3KLFA 3NH2A 3TARA 2B5JA 3QLHA 3OYDA 3ZCMA 1B92A 2XO7A 3M8PA 1NK9A 4DQPA 4FJHA 3SYZA 2VG5A 1NJYA 3KD1E 4FLYA 4DTUA 4E7IA 5J1EA 1HQUA 3SQ4A 1NKCA 3KD5E 4K8XA 4I9LA 4Y1CA 3U3GA 3KJVA 4EZ9A 4Q0BA 1KTQA 2GUIA 2YKNA 1XHXA 3O3FA 2G8HA 1D8YA 4OKJA 3LAMA 3LWMA 1X1PA 3JSMA 4CJ3A 4BDPA 2E6LA 1QSSA 1HPZA 3VQDA 4DFPA 1IKWA 1IKYA 3AA3A 2IAJA 4I9QA 2OZSA 4CHNA 1HMVA 3SQ0A 1L5UA 4ELVA 4CGDA 4FYDA 3VQEA 4J2EA 1TAQA 2XY8A 2GV9A 3V9UA 2FBXA 2RPIA 4IG3A 4FJXA 4FVMA 1RTJA 1TKTA 4CHQA 3KIOA 4DLEA 4DTXA 3QEWA 1U49A 3TAQA 4KTWA 1W0HA 3CQ8A 4DFMA 2XRIA 4OJRA 3L2UA 4HTUA 1SL1A 4FJNA 5JS1A 3KKSA 4PA1A 1KVCA 2G8WA 4RW6A 4LSNA 5C24A 4DFKA 4DTJA 4ID5A 4B9UA 4DFJA 4JRPA 4N76A 1SUQA 4KI4A 4C8KA 1A5VA 1QTMA 3AO2A 1S1WA 2YNIA 1XI1A 4B9TA 3G10A 4E89A 3AVKA 4Y1DA 1WNSA 5J2QA 1GOAA 1Z25A 3NAEA 4M3UA 3QIPA 4W5OA 1TKDA 2OA8A 3AO1A 4G1QA 1U4BA 4ZTFA 2BANA 3QINA 2P5OA 3K2PA 4FZZA 2OPSA 4UQGA 1KVAA 1NOYA 1S6PA 1U45A 2OPRA 3PO4A 3VQQA 3PY8A 2QXFA 4HVJA 4OGCA 3IG1A 3PX0A 4M3ZA 2E6MA 3DRSA 2IGIA 2JLEA 1RNHA 1J54A 3QEVA 1IH7A 2HHXA 1Q9XA 3AA5X 4DQQA 1VSJA 4ZHRA 1T05A 1RDDA 1KFDA 4NCBA 1EETA 4F2SA 3K5LA 5HBMA 1VSDA 5KGXA 1RBRA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3KTQA 4ISFA 4CGJA 4IBNA 4LY7A 1EQYA 1TKXA 4DR1K 3KLGA 3TAGA 3ZSZA 2E1ZA 4CF1A 4JHDB 1BCMA 2O8BB 4IWVA 3FFIA 1VSMA 3NF7A 3OHRA 4DF8A 4CJUA 4A59A 1MWKA 4FO0A 4U67L 2YX6A 3MEEA 4J2BA 4L3QA 3MN5A 3CC4N 1S6QA 4CJSA 4BE1A 4DR6K 4L8RB 4K42A 1ASUA 3WXLA 3HVTA 4WQ5A 1L3SA 2IDOA 3AVAA 3PX4A 1N6QA 1UOCA 4FW1A 2HF4A 4CJFA 3H08A 3RVCA 4LFBK 2WC9A 3UKRA 1NWKA 2A1SA 2F9TA 4KREA 3DLKA 3H45C 5JLHA 4IFYA 2FSKA 3TSPA 1YTAA 4EZ6A 3PLAA 4DV6K 3P4IA 3NGZA 2IC3A 5AQZA 2Z1HA 4KH4A 5CYQA 3AVFA 3T1YK 3ZSRA 1LWCA 3D7EO 3TU5A 2OZMA 4FJLA 4EHUA 3HO1A 1QHAA 2NRWA 4YNQA 2VWJA 1IBLK 1ZBIA 4FM2A 1JCFA 3FGUA 3NH1A 3O80A 2QWPA 1HX1A 4GV6A 2Y1JA 3EKSA 4YOVA 1C0MA 3IKMA 3R8EA 1D9FA 1X9WA 3MX5A 3HRGA 5BPMA 3F9KA 3MEDA 4KHUA 3TSQA 5F0XA 2HHTA 1VQ9N 3CF5L 4DV0K 3AARA 4IXCA 5BN8A 4CBXA 2P9KB 4CCHA 3LAKA 1ATRA 4H5NA 4ZTJA 3V9XA 3O08A 2KZMA 3DJCA 5BR9A 3O3HA 3QESA 5EX5A 3HYFA 3SV4A 3PO5A 4DU3A 3JXUA 2WFBA 4FK2A 1FKPA 1ASWA 3QEXA 3C7NA 3C6UA 3DAWA 3U9DA 1K73O 4I7FA 3CCEN 3OJSA 4K43A 1ZBLA 3SI6A 2X74A 1TYQA 3WNFA 2VYPA 5M1OA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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