4BG8A

Apo form of a putative sugar kinase mk0840 from methanopyrus kandleri (monoclinic space group)
Total Genus 100
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
100
sequence length
314
structure length
314
Chain Sequence
LTRVLGIQLGNTGTDYCVMNEDGDWEIVAREEGVFGKISCVFTLEESRRALREEIAPRVIERVRRVNPDLAVVGTIVDELGLILGPMIHEKTGVPTLAVYGDPWGAPDGDAVGAPYCVAEEYPNCVHVDVGAMAVVTPIRDGRPDFGDAVVSVGTFPLDLAARELLGKEYDEGGKKAAEGEVDENFRRELRSVDVDGKPVFGRVRGSLAPVPPEQERVLRDHIRDAGAPAEDVLRTLVELVAETIVINAAQYDMDLLVLSGGGVKNELLKRRVSELWEGDVSIFAGEELEARGLCLLGLRYLEGEPVPALPCEG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural Characterization of the Ribonuclease H-Like Type Askha Superfamily Kinase Mk0840 from Methanopyrus Kandleri
pubmed doi rcsb
molecule keywords PREDICTED MOLECULAR CHAPERONE DISTANTLY RELATED TO HSP70-F O
molecule tags Transferase
source organism Methanopyrus kandleri
total genus 100
structure length 314
sequence length 314
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-03-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF03702 AnmK Anhydro-N-acetylmuramic acid kinase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4bg8A02
3.30.420.430 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4bg8A01
1DGKN 3WUHA 1BA0A 4O5FA 3QB0A 4B1ZA 3O80A 5BR9A 3O8MA 1KXPA 3D2FA 2E8AA 5EOYA 2FLOA 3QBWA 3M1FA 2V52B 3FE1A 1GLFO 2FF3B 2E20A 3A0IX 4CZIA 2IVPA 2ZGYA 5B8HA 5AQRA 4M7YA 1T6CA 5AQXA 2VCPA 3HTVA 4GNIA 3CQYA 5AQKA 1P8ZA 2E1ZA 1E4GT 2FSNA 3CJCA 1Z6RA 1NM1A 3FLCO 2I7PA 3W0LA 4EIAA 4CZGA 3VOVA 3VF4A 4FWMA 3WXLA 4F9OA 2F9TA 1NGFA 3BUZB 3VEZA 5AQHA 3EKSA 3H6EA 4RCHA 1ATSA 3UKUB 1MDUB 1GLCG 3FZHA 2Q97A 3M3ZA 5I9EB 3LDQA 2I7NA 4BRQA 3VEWA 1NBWA 2Q2RA 3LDNA 3LDPA 5AQZA 5KPRA 2AP1A 2H3GX 2ZGZA 2QWMA 1NGCA 3CQXA 1QHAA 1MWKA 2P9SB 3P4IA 1S3XA 2QM1A 1DEJA 3VEVA 3BP8A 3AAPA 2YHYA 2P9IA 3MDQA 2P9IB 2ASMA 3FGUA 5AQLA 4CZMA 3R8EA 4RTFD 5CE3A 5LJWA 3GL1A 5JICA 2YHXA 5AQGA 4BGAA 1U2VA 1U2VB 2GEMA 3BF3A 4H03B 5F2RA 1LCUA 2V7ZA 2Q0RA 1RFQA 1YUWA 5AQNA 3CJAA 4BC5A 1G99A 3I8BA 3IUCA 4WYBA 3QFUA 4BVOA 2F9WA 3BEXA 2QW9A 4FSVA 2VWBA 3WEEB 4NB4A 4CZLA 5BRFA 3A5MC 1KAXA 3O1WA 4CZHA 4BRAA 5AZJA 4BQZA 5F0XA 4H0VB 1E4FT 1XQSC 5AQOA 4M63C 1MWMA 4FOIA 2IVOA 1MA9B 3ZEUA 2A5XA 5LY3A 4BC3A 4WQ5C 3CHWA 2QWQA 4BRMA 2GUPA 4BRPA 3EZWA 3I33A 5ELZA 4EHUA 3SMPA 2NZTA 2A6AA 1NLVA 4FWOA 3WXKA 4MLHA 4QS9A 4CZKA 4WQ4C 3G25A 4JHDB 4BRHA 4H5WA 3W3DA 1V4TA 1NGIA 4IWVA 3AARA 2UYTA 1GLJO 1GLAG 4BGBA 1NWKA 2EWSA 4FPAA 5KPZA 1X3MA 1T6DA 4CI6A 1TYQB 3VEXA 3H45C 4CBWA 3CJ1A 3SLCA 4C23A 1QQMA 3DXMB 3EN9A 1BOTO 3IMXA 1S22A 3S41A 3FZFA 1C0GA 5BPLA 2Q1NA 4JD2A 1XUPO 4JD2B 3WT0A 1RGIA 4QS8A 5AQTA 3KZBA 3CJ7A 4CZJA 3GE1A 2P9PA 3BF1A 1QQNA 3CERA 5BN8A 1Q18A 3UKRB 3GBTA 2WUSA 4J8FA 3DXKA 5EVZA 3DXKB 5AQQA 4FPBA 4CZEA 3O6WA 3FR0A 3VGLA 3SK3A 4JNEA 3WXJA 2OANA 3MN7A 3U9DA 4IO8A 4XH4A 4BRLA 3DJCA 1NMDA 4CD1A 2ZF5O 2ZWHA 3A8YA 2FSKA 2HF4A 1RDWX 2FXUA 4XH1A 4BRIA 3VEYA 3O4WA 1ATNA 3FZMA 3D2EB 4WQ5A 4FO0A 1EQYA 4MO5A 4FOEA 4EFHA 4JN4A 2PAVA 2E88A 4GY2B 4MLEA 4FWPA 2ASPA 4WQ4A 5F1XA 4AM6A 4H5RA 2QXLA 3MMVA 3UKUA 4BREA 4CZFA 5E26A 4Z94A 2E1YA 2QWPA 4FL9A 5EXWA 3B8AX 2FSJA 2PBDA 5AFUH 4BR4A 4BRFA 1GLEG 5E84A 3C0BA 3L4IA 4H0XB 3FFKB 2P9NA 5ADXH 2P9NB 2P9SA 2CGJA 4YDUC 3TPQA 5AQPA 2NLXA 3SJHA 4ISGA 5FPMA 2GWJA 3GDQA 1U6ZA 2CGLA 2YI1A 4L3QA 5BREA 2DPNA 2YJFA 3HM8A 3H3NO 3VESA 2E2NA 2E2QA 5AQUA 4HWIA 3J8AA 4CJ7A 2ITMA 2IIRA 3UE5A 3CI5A 2Q31A 4FWRA 4H5NA 3RSEB 2NRHA 3HSCA 4RWTA 1BUPA 4CD3A 1K8KB 2CGKA 5KPTA 3FZLA 4H0PA 5FPNA 3LL3A 3ENHA 5AQMA 3WEEA 4DB3A 3HZ6A 3JS6A 4FWLA 2QWNA 3EO3A 1X9JA 2D0PA 4FWNA 1OKJA 3C7NB 3IFRA 3GG4A 3CETA 4KBOA 2YCHA 2P9UB 4FWSA 5AFUA 5LJVA 1HKBA 1SQKA 3FZKA 3TU5A 1GLDG 4I6MA 3VETA 1SZ2A 4I6MB 4A2AA 4BRCA 2CH5A 2VYPA 2D1KA 5KQ8A 3WQUA 3CIPA 3R9PA 4PL7A 3EL2A 4JHDA 3QBXA 3VGKA 3ENOA 3WXIA 4BC4A 5AQJA 4BRGA 1BA1A 1BWFO 4IJAA 4CBUA 3JXUA 4FWKA 4YDUA 5EY4A 3QFPA 1QZ6A 1TYQA 3ATUA 1QZ5A 3A5OC 4BR2A 3ATVA 5AZIB 4K43A 3DXMA 4O8KA 4H5VA 4K42A 4PKHA 4B1XB 4B9QA 4EHTA 4LC9B 4IXCA 3A5NC 3VENA 3M6GA 1T44A 4HTLA 3UKRA 1ZC6A 5AQFA 1NGAA 3CJBA 3VGMA 1TUUA 2QWLA 4PL8A 2A3ZA 1BG3A 2E2OA 5JMVA 5TKYA 3ZETB 2YHWA 1NGGA 1BO5O 1WUAA 1ATRA 3VF6A 5BRHA 5BPNA 3GOIA 3O5BA 2KHOA 2D0OA 3D2EA 1HJOA 2FF6A 2HF3A 3L0QA 4PKGA 4BR7A 2CH6A 3QDKA 4K25A 2A41A 3D2FB 3U9ZA 2BUPA 3U8XA 4MO4A 3MK6A 3R6MA 4BRDA 5FPDA 1R59O 2V51B 5AQWA 3WQTA 1NGHA 3HBTA 3LM2A 3CJ9A 4NO7A 4BRKA 5FPEA 5AQYA 4H0YB 1TUYA 5AQIA 4B1WB 1ZBSA 2Q0UA 3MN5A 3KHYA 2HOEA 1DKGD 1GLLO 3O1BA 3SMSA 5JLFA 1HUXA 2W41A 3ID8A 3VF2A 3DWLA 2P9KA 4BR9A 2P9KB 1HKCA 4H5TA 4M7XA 3F9MA 4IZ9A 3H1QA 5JLHA 1BU6O 5EX5A 1Z05A 4DHYA 3ZX3A 1X3NA 3RSEA 4IJNA 4QS7A 3DAWA 4XH5A 1J6ZA 1H1VA 1K8KA 1ESVA 3EKUA 2D4WA 2J4RA 3OHRA 4FWQA 3D7EO 4BRNA 3MN9A 5BPMA 2QWOA 2YJEA 3VEOA 2BTFA 5AQSA 4H0TB 3C7NA 1NGBA 2P9LA 2P9LB 1V4SA 5BN9A 1HX1A 4BR0A 5AQVA 2P9UA 3QMLA 1CZAN 1WOQA 3ZX0A 4BVPA 1HLUA 1JCFA 3O08A 2E2PA 4JAXA 2V7YA 5ADXA 3MCPA 1GLBG 3U4LA 3KVGA 1IG8A 4EAHD 1JCGA 1LOTB 1IJJA 1BDGA 3LDOA 1ZXOA 5AZJB 3QICA 4BG8A 2Q36A 3ZEUB 4DQ8A 3H46O 2QWRA 4XEIA 3AY9A 2A40A 4BG9A 3L6QA 1KAZA 3LDLA 4A62A 4BQLA 3H3OB 5AZIA 1Y64A 2GWKA 2HMPA 5AR0A 3ZX2A 3VPZA 5BRDA 4BROA 3UB5A 1QQOA 1YAGA 4A2BA 1HKGA 1YVNA 3IDHA 4PKIA 4H0OA 2ASOA 4K41A 2GELA 1SAZA 2IVNA 3MN6A 3VERA 1KAYA 2W40A 2A42A 3LM9A 4B1UB 1NGJA 4ISFA 4ISEA 2AA4A 1C0FA 3ZETA 5KQDA 1JCEA 3ULEA 3ULEB 4B1YB 4CBXA 4AM7A 3A5LC 4DCHA 1NGDA 1XC3A 2P9PB 3AAQA 1D4XA 2GTDA 4B1VA 3H1VX 1NGEA 3HI0A 4BC2A 4Y0WA 4E1JA 1HPMA 1YXQA 4BR5A 4A61A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4M42A 1Q82O 4B1ZA 3QB0A 5BR9A 4BDPA 3FE1A 2OZMA 4M41A 3AA5X 1F21A 3G71N 4E1NA 3QEPA 2E20A 1SKWA 3A0IX 4CZIA 3HJFA 5AQRA 4M7YA 3VQBA 3K5NA 2NRXA 1P8ZA 3RR7A 4ZTFA 4CVNE 3PSFA 4AH9A 2DFFA 3W0LA 4EIAA 4CZGA 5M1QA 1KCFA 4IFEA 4FWMA 3VQPA 1L3TA 2F9TA 1NGFA 4JKHA 5KTQA 3EKSA 3H6EA 4EP5A 4BY9C 2Q97A 3TAQA 3M3ZA 5I9EB 1RILA 1NBWA 1C0MA 3LDPA 3V9UA 3NDKA 3SQ0A 2PYLA 2Z1IA 2ZGZA 3DRPA 2QWMA 4FJGA 3OYCA 4AHRA 3OYEA 1QHAA 3ASMA 4N76A 1SL0A 2QM1A 3DMJA 2Z1HA 3JSMA 4FM0A 1TK5A 3FGUA 1NK6A 4CZMA 1KFDA 4RTFD 1HNVA 2O8FA 5JICA 1U47A 1ZBUA 4BGAA 3D0PA 3BF3A 1IBMK 3VTHA 4ID1A 3T1HK 3EYZA 1LCUA 2HB5A 2Q0RA 1EWQA 4FJ7A 4EZ9A 4WYBA 1WLJA 4JRPA 3O1WA 4LD0A 1TV6A 2F96A 2PYJA 1K9MO 1HNZK 1MWMA 3CF5L 4BACA 2BDPA 1T3VA 2QI2A 3AO5A 3CHWA 2QWQA 4B08A 2GUPA 5GINA 4A5AA 3I0SA 1J5OA 1EWRA 4LF5K 2A6AA 2O4IA 3QIPA 4FWOA 3WXKA 4W5NA 4FVMA 4CZKA 3V1RA 1HPZA 3SV4A 4FCYA 1NWKA 3NAEA 4ZHRA 3M8RA 4RG8A 4FPAA 5KPZA 3CG7A 1X3MA 1HR0K 2B4JA 1D8YA 4CJ5A 3H45C 1C0UA 4C23A 4F2RA 4CF0A 3DXMB 3EN9A 1S22A 3B6PA 3FZFA 2Z1GA 4M3YA 4WF9L 1NK4A 1RGIA 1N32K 4PY5A 2P9PA 1QQNA 3AVHA 4UY8O 5BN8A 1B9FA 2QEXN 5J2MA 1TK0A 3JAMO 3OW2M 1HYSA 3SUNA 3DXKA 3FR0A 5FROA 4JNEA 3OYKA 5E41A 4XH4A 3TSQA 1NMDA 1JL1A 4KAZA 2FSKA 4CJEA 1G15A 1RDWX 4XH1A 1XWLA 3VEYA 5CZ1A 4MQ3A 1ATNA 3FZMA 5GAEP 1UA0A 3D2EB 4QCLA 1QE1A 3K5OA 1D5AA 4JN4A 3UIQA 4FM2A 4GY2B 1VQ5N 4E0DA 2ZJQL 3RWUA 2QXLA 4BREA 5E26A 4B9UA 1BL3A 1VAZA 3WNHA 4CJQA 3RMDA 2NRVA 4C8OA 1BIZA 4BR4A 4O55A 1NKCA 4J2EA 1X9WA 2NRTA 5E84A 3THYA 1LAVA 1X1PA 1TKZA 2P9NA 5FPMA 5C10A 1N36K 4L3QA 4MDAA 2QXFA 2E2NA 4DV3K 4B9VA 1TKDA 4CK2A 2HHVA 2E5LK 2YV0X 3CI5A 2GV9A 1BQMA 4IFVA 3TSUA 3HSCA 3QEXA 1K8KB 1VHXA 2CGKA 5KPTA 3FZLA 1HMVA 3PSIA 5AQMA 4DB3A 4A59A 3DI6A 3IRXA 4GVMA 3DOLA 3EO3A 1I3AA 4FWNA 1OKJA 3C7NB 3IFRA 4Q0BA 3OY9A 4DV7K 3OS0A 5JS1A 4JI1K 1KLNA 4KHUA 3KLFA 1S1XA 2DFEA 3NCIA 2VYPA 3G4SN 5KQ8A 5HP1A 5HRSA 3ZCMA 3NBPA 3R9PA 4PL7A 1BIUA 2D0BA 3EL2A 3THXA 3KIOA 4FJ8A 3QBXA 3ENOA 1JLCA 4BC4A 4W5OA 2UUCK 3K0SA 2E6MA 4CBUA 4YY3K 2GX9A 5CYQA 4KHNA 1NK7A 1RTHA 2HBMA 1GOAA 4A57A 3ATUA 1QZ5A 4CEFA 4BR2A 3V9SA 3ATVA 4K43A 4H5VA 4K42A 4PKHA 3RMAA 1OH7A 4IXCA 3DLHA 2HMIA 1T44A 4HTLA 4KFBA 3PO5A 1ZC6A 3CJBA 3TTCA 4DQPA 1BO5O 1N33K 3EEQA 3MEDA 4DTUA 1CZBA 4YOUA 5BRHA 3GOIA 1S6QA 1RDUA 3KWIA 2ETJA 1KVBA 2P1JA 2KZMA 1W2BM 1LWCA 3AVLA 2HF3A 4JEPA 4N5SA 2XO7A 3QDKA 3CM5A 4K25A 3U9ZA 3R6MA 1VQ4N 5HLFA 4B3RK 2E6LA 4ELTA 2HVIA 1NGHA 3LM2A 4FK0A 1WSHA 2ZE2A 1NJYA 3VQ5A 1U4BA 1W97L 1JLEA 1TUYA 4B1WB 3N4PA 1Z26A 3AVGA 4JS4A 4X65K 2W41A 3ID8A 1Q81O 3DWLA 2G8UA 2P9KA 3D45A 4U7BA 1VSMA 3SAHA 3S9HA 3F9MA 1NG9A 4CJVA 1BU6O 3OYLA 3ZX3A 3ZSQA 4CHPA 4IJNA 2O8CA 4IO9L 1JL2A 4FZXC 2Z1JA 1J6ZA 1H1VA 3L3UA 3I56N 1VQ7N 1T05A 3SCXA 4WE1A 5K14A 1TL1A 5BPMA 3ZT1A 5GAHP 2G8VA 2O8FB 4DV5K 3DOKA 2KFZA 1QTMA 5GIOA 1V4SA 1HX1A 3EZ5A 4N41A 4U67L 4JS5A 2P9UA 3KLHA 1VQ6N 3ZX0A 4BVPA 3O08A 5FLXO 4BE2A 4RW4A 5IWAK 2HHQA 3P83D 5CR4A 3HXMA 3BY5A 3U4LA 3OBYA 4CEEA 3KVGA 3OBWA 4CJ4A 4KI4A 1IJJA 3MECA 4GKKK 1A5VA 1DT9A 3LDOA 4GV3A 4EZ6A 4BG8A 4YFUA 2YNHA 4DQ8A 3H46O 4DTPA 4FJHA 1U48A 2G8HA 2QWRA 2BE2A 2A40A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 3CME N;  5AQS A;  2XY7 A;  3C7N A;  3E01 A;  2P9L A;  4YOT A;  1QVF M;  1WSJ A;  1WOQ A;  3AVN A;  4O8U A;  4FLU A;  3NF7 A;  3NVM A;  5BR8 K;  2V7Y A;  1LAW A;  4DSF A;  2FC0 A;  4BE1 A;  3MCP A;  3OYB A;  3HST B;  4DR4 K;  3K5M A;  3FFI A;  1LOT B;  1JXE A;  2HW3 A;  1BDG A;  3VMF B;  5LMU K;  4JV5 K;  3S3M A;  4WFA L;  1JLA A;  4EP4 A;  1BI4 B;  3L6Q A;  1KAZ A;  3I0R A;  3ZX2 A;  4Z4I A;  1XMO K;  5M1F A;  4H8K A;  4KH4 A;  3PLA A;  3UB5 A;  4CGF A;  4A2B A;  3P5J A;  4KI6 A;  2IVN A;  1KVC A;  2JWL A;  1S72 N;  3SPY A;  4AHT A;  3SAG A;  1JLF A;  5M1O A;  2F4V K;  3VQD A;  3LM9 A;  4IEE A;  2AA4 A;  1NKE A;  3OS2 A;  4LF9 K;  1ASW A;  1HYZ A;  3ULE A;  4HUE A;  1U04 A;  5DM7 L;  1KD1 O;  3A5L C;  4MFB A;  4FJ9 A;  3CMA N;  5C2F A;  3QER A;  1KRP A;  3H1V X;  2RN2 A;  3RMB A;  1N8R O;  2DY4 A;  5M1N A;  5M1K A;  1XNQ K;  1HPM A;  4BR5 A;  3L2Q A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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