4BG8A

Apo form of a putative sugar kinase mk0840 from methanopyrus kandleri (monoclinic space group)
Total Genus 100
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
100
sequence length
314
structure length
314
Chain Sequence
b'LTRVLGIQLGNTGTDYCVMNEDGDWEIVAREEGVFGKISCVFTLEESRRALREEIAPRVIERVRRVNPDLAVVGTIVDELGLILGPMIHEKTGVPTLAVYGDPWGAPDGDAVGAPYCVAEEYPNCVHVDVGAMAVVTPIRDGRPDFGDAVVSVGTFPLDLAARELLGKEYDEGGKKAAEGEVDENFRRELRSVDVDGKPVFGRVRGSLAPVPPEQERVLRDHIRDAGAPAEDVLRTLVELVAETIVINAAQYDMDLLVLSGGGVKNELLKRRVSELWEGDVSIFAGEELEARGLCLLGLRYLEGEPVPALPCEG'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords PREDICTED MOLECULAR CHAPERONE DISTANTLY RELATED TO HSP70-F O
publication title Structural Characterization of the Ribonuclease H-Like Type Askha Superfamily Kinase Mk0840 from Methanopyrus Kandleri
pubmed doi rcsb
source organism Methanopyrus kandleri
molecule tags Transferase
total genus 100
structure length 314
sequence length 314
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-03-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF03702 AnmK Anhydro-N-acetylmuramic acid kinase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4bg8A02
3.30.420.430 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4bg8A01
2E2QA 3QFUA 3C7NA 4EHTA 3M3ZA 5LJVA 3VEYA 5EVZA 1JCGA 4BRNA 1HLUA 2E88A 4M63C 4LC9B 5AFUH 3TU5A 1TYQB 1KAZA 5JICA 4B1VA 3ZX3A 1NGCA 3FZFA 4H5NA 5AQQA 3HZ6A 1D4XA 2ASPA 3A8YA 4BRPA 4FWPA 3WEEA 4BG9A 4BROA 3D2FA 4K25A 3ZEUA 1MWKA 1ZBSA 1QZ5A 1QQMA 1R59O 4KBOA 4WQ4C 4BQLA 1BO5O 4EIAA 2BTFA 1P8ZA 5EX5A 4AM7A 2ASOA 3MN7A 5AFUA 4CZMA 1H1VA 3CJ1A 3EL2A 4K41A 4CI6A 3LDNA 4H5VA 4AM6A 3GL1A 2P9IA 4FWOA 2J4RA 2IVPA 3VEOA 2ZGYA 4DQ8A 2FSJA 4DHYA 3VESA 5BPLA 1K8KB 2H3GX 4CBWA 1EQYA 5AQTA 4ISGA 3A5MC 3DXKB 4PKHA 1C0GA 4CZJA 1IJJA 2V52B 5AZIA 3LM9A 1MWMA 3U8XA 3VGLA 1KAXA 3IFRA 3DWLA 5E26A 3CETA 4XH4A 4CBXA 3UKRA 3MN5A 3IMXA 5AQLA 1QHAA 4BRAA 3UKUA 4XH1A 3L4IA 3QB0A 2FXUA 2D0PA 3U9DA 3GOIA 5ADXH 5JLFA 4WQ5C 4FWKA 4DCHA 1T6DA 2Q97A 4H0PA 4I6MA 1NGEA 2Q0UA 5CE3A 2HMPA 4XH5A 4RTFD 4BRHA 3FR0A 3AAPA 2CGKA 4B1XB 3FZLA 3JS6A 3O4WA 3MCPA 4FOEA 1GLJO 4JN4A 1NGJA 1X3MA 3WQUA 2QWMA 3DXMB 5B8HA 4H0YB 2FLOA 5AQVA 2CH6A 5ADXA 4NO7A 3WUHA 2PBDA 2FSNA 2P9LA 3H6EA 3M6GA 4BR9A 3ENHA 2I7PA 3LDQA 3ATUA 1GLLO 4BREA 2E1YA 2ZGZA 1YUWA 2IVNA 2E8AA 4A2BA 4CZLA 3A5NC 3ULEB 4FWNA 5AZJA 4WQ4A 3QDKA 3ZETA 4CZEA 3U4LA 2A42A 2W41A 2FF6A 3FGUA 1BU6O 5AQNA 5AQXA 3S41A 3KZBA 2Q1NA 1WUAA 1E4FT 4BG8A 5AQFA 1NGHA 1NGIA 1ATRA 3FZKA 3QBXA 1YAGA 1QQNA 1BUPA 4JHDB 1ZC6A 4CZHA 3A5OC 5BRHA 4BR7A 1Z6RA 5I9EB 3CI5A 4FPBA 3GE1A 3O8MA 4L3QA 1MA9B 4BGBA 3R6MA 3W3DA 2I7NA 3D2EB 4M7YA 3H1QA 1HJOA 4YDUC 4IJNA 1SZ2A 1X9JA 2V7ZA 1KXPA 4BRGA 3O6WA 5AQGA 1BOTO 1BWFO 3CIPA 4FWRA 4PL7A 3CQXA 1NGAA 1NBWA 2GUPA 4B1UB 3FE1A 4WQ5A 3CJ7A 3EZWA 3O5BA 4A2AA 2P9PA 4BRFA 1K8KA 4JAXA 3FLCO 4BRIA 1NGFA 5BR9A 4ISEA 3RSEB 3GBTA 3DXKA 2V51B 3O1WA 2BUPA 2P9PB 4C23A 1NMDA 1LOTB 4FWMA 1Y64A 2F9WA 1KAYA 3DJCA 5KPZA 2ASMA 1U2VB 4BC4A 3SMPA 3VPZA 2P9SB 3MDQA 4CBUA 5EOYA 2YHWA 1RFQA 3TPQA 3WXJA 4BRLA 1XQSC 3UE5A 1XUPO 2E2NA 3MMVA 4PKGA 1OKJA 4CJ7A 1NWKA 1U6ZA 1S3XA 2VCPA 3UB5A 1S22A 3C0BA 1DEJA 1DKGD 2IIRA 3ZX0A 2YHYA 1IG8A 1NM1A 2D1KA 4EHUA 1GLAG 2NZTA 3VGKA 4H0TB 2HF4A 1YXQA 3DXMA 3FZHA 5KPRA 2W40A 2A40A 3W0LA 4DB3A 4CZFA 1HKCA 2YJEA 4CZIA 4M7XA 1ZXOA 4O5FA 5AQUA 2HOEA 3H3NO 5AQKA 4BVPA 4H0OA 4B1ZA 2Q36A 4BRQA 3OHRA 4RCHA 4EAHD 5AR0A 1NGBA 1C0FA 3AARA 5TKYA 3SJHA 3EO3A 3HBTA 3R8EA 1BG3A 4RWTA 4F9OA 4BC2A 5FPMA 3ULEA 3B8AX 4YDUA 2D0OA 3QMLA 1DGKN 3MK6A 4FOIA 2GELA 2A5XA 2CH5A 2A6AA 4HTLA 3BUZB 4JNEA 4CZGA 3WXLA 2AP1A 4Y0WA 5AQPA 3VF4A 4H0VB 5AQWA 3O08A 2QWLA 4B1YB 3BEXA 4JHDA 1V4TA 3SK3A 1SAZA 2CGJA 5F0XA 4MO5A 2AA4A 2VWBA 3VENA 3AY9A 3M1FA 4CD3A 2OANA 3IDHA 4H0XB 5BREA 3ENOA 1GLBG 4H03B 3MN6A 4IZ9A 2PAVA 2EWSA 3CJBA 3CJAA 3D2EA 4JD2B 5FPNA 4O8KA 2P9UB 4MLHA 2Q0RA 2P9NB 1E4GT 2P9KB 1BA1A 2F9TA 5BN8A 2QW9A 4H5TA 1TUUA 3BF1A 5ELZA 3O1BA 1CZAN 3U9ZA 3L0QA 4NB4A 4XEIA 4BR0A 4J8FA 3WXKA 4B9QA 3IUCA 3LL3A 2YJFA 2QWQA 4BR2A 1T44A 1GLEG 5FPEA 3LDLA 3VGMA 2QWPA 2A3ZA 2ITMA 3VERA 4A62A 2QWOA 3QFPA 5AQHA 3VF6A 4BRCA 3VEZA 4BR5A 3RSEA 4MO4A 4K43A 3I8BA 4BC3A 1QZ6A 1GLCG 2UYTA 3O80A 4IO8A 3ATVA 3LDPA 5AQOA 5JMVA 2YCHA 1HKGA 2IVOA 5AQYA 5EY4A 2E2PA 3DAWA 3WEEB 1BDGA 3C7NB 3QBWA 5LY3A 4E1JA 5AQIA 3VEWA 1RGIA 3BF3A 2Q2RA 1U2VA 2P9SA 2ZF5O 1WOQA 2GTDA 3EKUA 2A41A 2NLXA 4FWQA 4CD1A 5FPDA 3GDQA 3HI0A 5AQMA 1J6ZA 4FPAA 4IXCA 2GWKA 2QM1A 3CJCA 2WUSA 3WT0A 1ESVA 1YVNA 4H5WA 2YHXA 3SMSA 3D2FB 2HF3A 5LJWA 2GWJA 2V7YA 4PL8A 1NGDA 4A61A 3ZEUB 2CGLA 1V4SA 4BR4A 5AQRA 1SQKA 3VEXA 1HUXA 3WXIA 5BPNA 3A5LC 4QS8A 3SLCA 3LDOA 1ATNA 2P9IB 4FO0A 1GLDG 2E2OA 4CZKA 5BRFA 3H3OB 2KHOA 3D7EO 3G25A 3VETA 4FWSA 3JXUA 4EFHA 1NGGA 1TUYA 1Q18A 3HSCA 1GLFO 1X3NA 3EN9A 5BRDA 3CHWA 4FWLA 3I33A 1XC3A 3QICA 3FFKB 2YI1A 4BGAA 5JLHA 3HM8A 2VYPA 5AZIB 4BC5A 3CERA 1HPMA 1Z05A 3KVGA 3ID8A 1T6CA 2QWNA 3F9MA 5E84A 5KQDA 2QWRA 3HTVA 5EXWA 3UKRB 3H45C 2E1ZA 2FSKA 5KPTA 3A0IX 4QS7A 3CJ9A 4Z94A 3FZMA 3UKUB 4MLEA 5AQJA 1MDUB 2E20A 5F1XA 3ZETB 3L6QA 2DPNA 5F2RA 5AQSA 1JCFA 4JD2A 4I6MB 2P9UA 3H1VX 2FF3B 2P9NA 2P9KA 1QQOA 3J8AA 1G99A 3CQYA 4B1WB 3ZX2A 3KHYA 2NRHA 5KQ8A 1HX1A 5BN9A 4K42A 2Q31A 4BRKA 4GNIA 4BRMA 3VF2A 2ZWHA 4IJAA 4GY2B 2QXLA 3AAQA 3H46O 3R9PA 3WQTA 4WYBA 1LCUA 2P9LB 3LM2A 4ISFA 4BQZA 4FL9A 1ATSA 3GG4A 5AQZA 4PKIA 4IWVA 2D4WA 3P4IA 1JCEA 3EKSA 2GEMA 1BA0A 3MN9A 1HKBA 3VOVA 4H5RA 4FSVA 4QS9A 4BVOA 3VEVA 1TYQA 3BP8A 5AZJB 1NLVA 1RDWX 4BRDA 4HWIA 5BPMA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4EHTA 3M3ZA 1S1VA 4CEQA 3O3GA 5M1KA 5CZ1A 2E88A 3OVNA 3C6AA 4M63C 3OYIA 3HPHA 3J7ZO 3MAQA 3F73A 2YNFA 2Z1IA 1YTAA 4C1NK 3DYAA 4AHTA 5AQQA 4JKHA 4DTRA 4CGDA 3QEXA 2IC3A 2JWKA 3RRGA 3C65A 2W42A 1ZBSA 4DQIA 4BQLA 1QQMA 3MEDA 3AO4A 4EIAA 2BTFA 1P8ZA 3KLHA 5EX5A 1RDDA 4AM7A 3WNEA 5E41A 4FJ8A 3DRRA 1C1BA 1DT9A 3EL2A 4H4MA 4CJPA 3BY5A 4H5VA 3CQ8A 4LSLA 1KRPA 3THYB 4CJ4A 4DSKA 3GL1A 2P9IA 4FWOA 1K8AO 3K9KA 3VEOA 4CJWA 3O3HA 3OYAA 4DHYA 1TVRA 3VESA 2ZJQL 2E6LA 4CBWA 1U48A 4W5TA 3CYMA 1WSFA 2V52B 2QI2A 3U8XA 3VGLA 1KAXA 3DWLA 5C42A 3CETA 1SKWA 2O8FB 3MEGA 4CBXA 3UKRA 1NJYA 5KGXA 1B9DA 3A2FA 2FC0A 2XRIA 3IMXA 4BRAA 2DFHA 4QOZB 2FXUA 3U9DA 4DV1K 3CCVN 3SJJA 5KTQA 2PYLA 4JI4K 3P38A 3CCEN 1L3UA 2Q97A 4IFVA 1NGEA 3K5LA 1GOBA 3G71N 1TKZA 3CCLN 4BRHA 1Q7YO 3SV3A 5DMRA 1GLJO 1JLAA 3THXA 1NGJA 2G8HA 3DXMB 3K57A 4DKWA 3D0PA 4H0YB 1VHXA 2FLOA 1TL1A 5AQVA 1NU0A 3S9HA 4LFBK 3HSTB 3CG7A 3TAMA 3ASMA 4DR7K 3LDQA 3DMJA 3OY9A 2E8AA 2O8EA 2OCEA 4E7IA 3QDKA 1A5VA 1ITGA 3ZT4A 4F3TA 3DLEA 4FJKA 4DFMA 5AQNA 2Q1NA 3G6EN 1NGIA 1M90O 4E7LA 1WLJA 4M3RA 1BIZA 1NOZA 3C95A 5BRHA 4CEEA 1Z6RA 2YNHA 3AO5A 4KB1A 3BZKA 4L3QA 3W3DA 3LP3A 4H8KA 3K59A 3H1QA 4IG0A 4IDKA 2XY5A 4BRGA 1LW0A 4O0IA 5H1SQ 1S1UA 2QK9A 4JKGA 3D45A 4FWRA 3SQ1A 4B1UB 3FE1A 2NRWA 1ZBLA 4FJHA 3EZWA 3E9OA 4AF1A 3NH2A 3LDSA 4A2AA 1VSHA 1K8KA 3HYFA 4JAXA 2GX9A 5BR9A 4AHVA 4FJGA 3S3NA 4CFBA 1T03A 1B92A 1EWRA 1RTHA 1IBMK 2G8FA 5HROA 1ZBFA 3OYNA 1T05A 2YHBA 1SKRA 3NMUA 2P9SB 1W2BM 2YHWA 3RVCA 3ZSRA 1YJNN 3KLEA 3QEWA 3UE5A 3PSFA 4CF9A 2E2NA 3MMVA 1OKJA 1S3XA 3VQEA 1IG9A 4FJJA 3TSPA 3C0BA 1NG9A 1LWEA 1DKGD 2IIRA 3LAKA 2YHYA 2D1KA 1HRHA 3V1OA 2NZTA 3VQ6A 3V9SA 2HBLA 1T7PA 3NE6A 1YXQA 5KPRA 1HQUA 3AVHA 1XI1A 2A40A 3E1YA 4M42A 1HKCA 3O9UA 4CZIA 4OPKA 1U45A 3DRPA 3H3NO 4H0OA 4MQ3A 4YOVA 2Q36A 4DTXA 4BRQA 3OHRA 4RCHA 4WFNL 4CFCA 3TTFA 5M1QA 2HHTA 3EO3A 3HBTA 3HPOA 2E5LK 2ZJRL 4WFBL 5FPMA 4YDUA 4YOYA 5CZ2A 1R0AA 1N6QA 3P31A 4BY9C 4HTLA 4FLVA 3RR8A 3WXLA 2B4JA 1JLCA 3L2UA 3V9XA 2QWLA 4B1YB 3LP2A 1VQMN 3SK3A 2CGJA 5FRNA 4CESA 4FLYA 3IDHA 3ENOA 2XY7A 1BI4B 4IZ9A 2EWSA 4MLHA 2P9NB 2P9KB 2RHKA 1VSEA 3M8PA 4FLXA 1BA1A 3ZCMA 1T8EA 4BR0A 1RT4A 2IAJA 3IRXA 3SAGA 3CCMN 4DR5K 3IUCA 1YF5L 1KVBA 2KTQA 4J2DA 5FDLA 3VGMA 5I42A 3NFAA 4JKDA 3QFPA 5AQHA 3VF6A 4CE9A 4DLEA 4DSFA 4XIUA 1U4BA 4IO8A 1SL0A 1RT7A 1HYZA 4DTNA 2YCHA 5T7BA 4RW6A 4CFDA 3WEEB 1BDGA 3L8BA 4F3OA 1Q8IA 2O8DB 4E1JA 2O8BA 5J2PA 5GIPA 3S3OA 1WN7A 3EKUA 2A41A 1GOAA 3SAFA 3HI0A 3OBYA 5LMUK 1VQNN 3TI0A 1EXQA 2B5JA 3CJCA 4CJFA 1YVNA 4H5WA 3O9RA 3QINA 3SMSA 5SZTA 1S72N 3HO1A 2GWJA 4PL8A 4C1NI 5D3GA 1XWLA 3L4QA 3VEXA 4B3MK 3VN5A 1HUXA 3WXIA 3HJFA 5BPNA 2HHXA 4KB0A 3OTOK 4JKBA 4FO0A 3E9PA 1W7AA 1UWBA 5GIOA 4X62K 3VETA 4GVEA 3JXUA 4WCEL 3HSCA 1TUYA 1Q18A 1GLFO 1KCFA 1P90A 4FWLA 1TK0A 2JWLA 3I33A 4JK7A 4HUEA 1RDAA 1NKEA 4B9MA 4LF5K 4M3TA 2VYPA 5AZIB 1WSIA 3KJVA 3PY8A 5HRNA 1Q81O 3NDKA 3VQPA 1NOYA 4FM0A 4FVUA 5E84A 3THVA 3KD5E 2E1ZA 4FJMA 3P83D 4F8RA 4Z94A 4CJQA 3FZMA 3VQBA 2RPIA 5AQJA 1MDUB 3HM9A 3KLGA 3AVKA 3QNOA 3L6QA 3T7ZA 2Y1IA 5AQSA 2YX6A 3AVFA 4I6MB 3E01A 4LFAK 3QERA 5JS2A 4PY5A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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