4BG8A

Apo form of a putative sugar kinase mk0840 from methanopyrus kandleri (monoclinic space group)
Total Genus 100
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
100
sequence length
314
structure length
314
Chain Sequence
LTRVLGIQLGNTGTDYCVMNEDGDWEIVAREEGVFGKISCVFTLEESRRALREEIAPRVIERVRRVNPDLAVVGTIVDELGLILGPMIHEKTGVPTLAVYGDPWGAPDGDAVGAPYCVAEEYPNCVHVDVGAMAVVTPIRDGRPDFGDAVVSVGTFPLDLAARELLGKEYDEGGKKAAEGEVDENFRRELRSVDVDGKPVFGRVRGSLAPVPPEQERVLRDHIRDAGAPAEDVLRTLVELVAETIVINAAQYDMDLLVLSGGGVKNELLKRRVSELWEGDVSIFAGEELEARGLCLLGLRYLEGEPVPALPCEG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Transferase
molecule keywords PREDICTED MOLECULAR CHAPERONE DISTANTLY RELATED TO HSP70-F O
publication title Structural Characterization of the Ribonuclease H-Like Type Askha Superfamily Kinase Mk0840 from Methanopyrus Kandleri
pubmed doi rcsb
source organism Methanopyrus kandleri
total genus 100
structure length 314
sequence length 314
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-03-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF03702 AnmK Anhydro-N-acetylmuramic acid kinase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4bg8A02
3.30.420.430 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4bg8A01
1BU6O 3MMVA 2QWRA 3ZX2A 5AZJA 3BF1A 1Y64A 3C7NA 3TPQA 4XH5A 4K25A 5AFUA 4B1ZA 5KQ8A 1U2VB 4A2BA 4K42A 2GWKA 1BO5O 3M6GA 4YDUC 1MA9B 5EVZA 3LM2A 3H3NO 3OHRA 4A2AA 3GG4A 4EHUA 1IG8A 3EKUA 2P9KA 3VERA 1U2VA 4WYBA 3LDNA 3WQTA 4BR2A 4GNIA 3AAPA 4CBUA 4JN4A 3U4LA 2E8AA 2D0PA 3WXIA 2GTDA 4JHDB 2EWSA 1V4TA 1KAYA 4XH4A 1BUPA 2UYTA 5EOYA 3UKRA 2FLOA 4BRCA 3H1QA 4EIAA 3HSCA 1OKJA 1BWFO 4EHTA 1GLEG 3LL3A 5FPDA 1NGBA 1GLDG 3C0BA 3QB0A 3ULEB 4FWPA 5KPZA 5AQSA 2IIRA 2VWBA 5AQKA 4BVPA 3WUHA 2KHOA 3L6QA 1RGIA 4DCHA 1E4FT 1LOTB 2CGJA 2ASMA 1NGJA 1NGIA 1WUAA 4M7YA 4XEIA 2E20A 1S3XA 3ULEA 1HPMA 1K8KB 4PKHA 2D0OA 4IO8A 4BGBA 2GELA 3A5OC 3AAQA 3G25A 1YXQA 1CZAN 3H3OB 3KHYA 1BOTO 1HLUA 2H3GX 5F1XA 3CI5A 4RCHA 1HX1A 3SJHA 3M3ZA 4J8FA 3CJ1A 2IVNA 1NM1A 2A42A 2ZGYA 1G99A 4CZFA 4WQ5A 3DXMB 5KPRA 4H5RA 2Q0RA 4BGAA 2NRHA 1MDUB 1S22A 2E1YA 1XUPO 3AARA 1H1VA 4BC4A 2QWNA 3JXUA 2AP1A 3I8BA 5JMVA 3HTVA 3D2EB 4XH1A 4DB3A 1T6CA 3DJCA 1DEJA 2F9WA 4BR7A 2P9UA 3GBTA 4H0YB 5F2RA 4EFHA 3DXMA 4HWIA 4BRPA 4QS7A 5BPLA 3W3DA 2P9IA 3VENA 4FWSA 1U6ZA 2ASPA 4BRIA 1SQKA 1R59O 3O80A 3FZKA 4FWMA 5AQUA 2PAVA 3LM9A 5BPMA 3UB5A 3VGLA 3WXLA 3EL2A 3DAWA 1V4SA 4WQ4A 1NGHA 3BP8A 4CBWA 2YHYA 4EAHD 3R6MA 4CZIA 4BRAA 4NB4A 3RSEA 2OANA 2P9LA 5B8HA 4BG8A 2FSNA 3A8YA 4DQ8A 4RWTA 1QQNA 4QS9A 1QQOA 1QZ5A 3QFUA 2FF3B 5AZJB 4DHYA 4ISEA 4E1JA 3ATVA 1NLVA 3C7NB 4BQLA 4CZMA 3SMSA 3O1BA 1JCGA 4FOEA 4BRDA 4BR9A 5AQGA 4BR5A 4B1WB 2GEMA 3BF3A 3W0LA 4FOIA 1HKGA 3VETA 3FR0A 2V7YA 1QHAA 3FZHA 3IFRA 5AQFA 3SMPA 5BRDA 2P9KB 3B8AX 4BVOA 1TUUA 2E1ZA 4F9OA 4IJAA 2Q97A 4M63C 4YDUA 5AZIB 1NGAA 3ENOA 5JLHA 1X3MA 1GLCG 2WUSA 5JLFA 1SAZA 2CH6A 3A5MC 5FPEA 2V7ZA 3LDQA 4ISGA 4CI6A 1BA0A 4BG9A 3VEOA 3EO3A 4H0OA 5BRHA 3UKRB 2P9SA 5AZIA 2P9NA 3QDKA 1NBWA 3LDLA 4O8KA 1TYQA 4B1YB 3R9PA 3CIPA 2HOEA 3FGUA 4C23A 4CZGA 3FFKB 2QWLA 1HKCA 5BN9A 1T44A 5BN8A 3VPZA 4IXCA 2E2NA 3ATUA 3A5NC 3O8MA 1BA1A 4H0XB 4Z94A 2A41A 1X9JA 4MO4A 2QWQA 4Y0WA 5LY3A 5EY4A 4L3QA 1ZXOA 1HKBA 2FXUA 3LDPA 3ZX3A 1X3NA 1GLAG 2HF3A 2ZWHA 2I7PA 1QQMA 5AQLA 3SLCA 2NZTA 4H5WA 2QWMA 4CZKA 2D4WA 1J6ZA 3BEXA 3CJ7A 3VF4A 3HBTA 1ZC6A 4IZ9A 5BRFA 3VGKA 3TU5A 3IMXA 4H0VB 3VEYA 2Q36A 4PL8A 3QICA 3CJAA 3O4WA 2E2QA 2I7NA 3CJBA 5AQTA 3WQUA 2V51B 4BC3A 4BRKA 4KBOA 4BRHA 4FWOA 3ZX0A 2P9UB 3A0IX 2P9IB 3H46O 3MN5A 1KXPA 3QBXA 4JD2A 3MN6A 3VGMA 2GWJA 2DPNA 2Q31A 4FPBA 4H5VA 3MN9A 3O6WA 3WEEB 1KAZA 5AQPA 5ELZA 3UKUB 4IJNA 1TUYA 3RSEB 1MWKA 1MWMA 3FLCO 4CD3A 2P9LB 4QS8A 2V52B 1Z05A 3ZEUB 5EX5A 5I9EB 5FPNA 3MCPA 3WEEA 2BTFA 4FO0A 1WOQA 5LJWA 4BRGA 3D2FA 2NLXA 3ENHA 3UKUA 2VYPA 2IVOA 4B1XB 4PKGA 4FWNA 1NGFA 3VEXA 3ZEUA 5AR0A 1NMDA 2ZGZA 4A62A 5ADXH 1HUXA 4JAXA 4IWVA 2F9TA 2QWPA 3QBWA 3S41A 3WT0A 3BUZB 4H03B 1C0FA 3I33A 3ZETA 3P4IA 2FSKA 4B1UB 1GLLO 1ATSA 2HF4A 3D7EO 1JCFA 4BC2A 5BREA 4H0TB 4BRFA 2GUPA 1Q18A 5F0XA 1ZBSA 2P9SB 2FF6A 5AQMA 1XQSC 4FSVA 3GDQA 4AM6A 2YCHA 5ADXA 2P9NB 2J4RA 3FZFA 4FWLA 3F9MA 3VF2A 2CGKA 1EQYA 2QW9A 1TYQB 2E88A 4JNEA 3GE1A 3AY9A 1ESVA 1T6DA 4B1VA 1JCEA 2Q0UA 2QXLA 1NGCA 2HMPA 3CETA 3SK3A 4CJ7A 4CD1A 3UE5A 4FWRA 2YI1A 3WXJA 3FE1A 5AQXA 3MK6A 5AQQA 4FPAA 3H6EA 3CQYA 1E4GT 1LCUA 3O08A 2P9PB 4BRQA 4LC9B 4NO7A 3H45C 1DKGD 4HTLA 3EKSA 5AQHA 5AQOA 3FZMA 4CZHA 2FSJA 4CBXA 2W41A 3KZBA 3DXKB 5FPMA 4MO5A 1RFQA 3J8AA 1GLJO 2P9PA 4B9QA 4BC5A 3A5LC 3QFPA 2VCPA 4MLHA 3MN7A 1BG3A 3O5BA 2Q1NA 3O1WA 4FWKA 5AQIA 2YJEA 4JHDA 1C0GA 3HM8A 3DXKA 4JD2B 2Q2RA 1IJJA 1KAXA 4BRLA 4CZEA 2PBDA 3IUCA 4BREA 4O5FA 1NGEA 2A6AA 2YHXA 3VF6A 2W40A 1YVNA 3EN9A 4BR0A 3VESA 2D1KA 2ITMA 5KPTA 3CJCA 4K43A 5TKYA 1HJOA 3L4IA 2CGLA 3VEWA 4M7XA 2YJFA 4BRNA 1BDGA 3WXKA 3D2FB 4FWQA 3CQXA 5AQYA 1P8ZA 1XC3A 1K8KA 4WQ5C 5E84A 4BR4A 2CH5A 1NGGA 2QM1A 3VEVA 4GY2B 3HI0A 3FZLA 3H1VX 5EXWA 4H5NA 4H5TA 4BQZA 5JICA 2AA4A 2ZF5O 2A5XA 3LDOA 1D4XA 3L0QA 2E2PA 1GLFO 4BROA 4PL7A 3U8XA 3MDQA 1SZ2A 3ZETB 3CERA 1NWKA 3GL1A 3CJ9A 2E2OA 1DGKN 5KQDA 3VOVA 1NGDA 1RDWX 4RTFD 4WQ4C 5AQWA 3D2EA 5CE3A 1ATNA 3JS6A 4FL9A 5AQNA 4MLEA 3HZ6A 1Z6RA 3GOIA 3KVGA 5AFUH 5AQRA 3QMLA 3IDHA 3U9ZA 1ATRA 3M1FA 5BR9A 4CZLA 2BUPA 3VEZA 5LJVA 5AQVA 1GLBG 4I6MB 2IVPA 2YHWA 4ISFA 1YUWA 3U9DA 2QWOA 4K41A 3R8EA 5E26A 4H0PA 5AQJA 3EZWA 4PKIA 5AQZA 3DWLA 5BPNA 4A61A 2A3ZA 2A40A 3CHWA 3ID8A 1YAGA 4AM7A 4I6MA 1QZ6A 4BRMA 4CZJA 2ASOA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1RT3A 3WXMB 2KLAA 3BF1A 1IG9A 1SKWA 3OS0A 3VQ5A 1JXBA 4FJKA 4JLHA 5KQ8A 5D3GA 5C2DA 4IFVA 3LANA 4M3TA 1BO5O 3M6GA 3D0PA 1RT6A 5EVZA 3LPTA 4B8CA 3EKUA 4FJXA 3K9JA 4HUFA 1BI4B 1JLGA 1HMVA 3ZSRA 3NGZA 3TSUA 4E1NA 3OJSA 1KQSM 3WXIA 1NJWA 1EETA 2EWSA 4XH4A 2UXBK 1BUPA 1W0HA 4BRCA 3OY9A 4YY3K 5FPDA 1NGBA 2OYQA 4FWPA 5KPZA 2F4VK 4CGGA 2XY6A 3WUHA 3TANA 3WNFA 1RGIA 2HHVA 3KKSA 1VQ9N 2ASMA 1NGIA 2NNWA 4XEIA 3ZT4A 2E20A 4FM0A 1FKOA 4KHNA 3ITHA 4PKHA 1Z26A 3RMBA 2D0OA 3O9QA 4IO8A 2BANA 3H3OB 3V9WA 1U48A 4LF8K 5F1XA 2VG5A 3CI5A 3THVA 4M42A 3SJHA 4JS5A 3M3ZA 1JLQA 4B9MA 5DMRA 4CZFA 3DXMB 4QCLA 3DM2A 1QE1A 4H5RA 2Q0RA 3SI6A 2NRHA 1MDUB 3NGYA 1XUPO 1N8RO 4DR4K 4H8KA 1H1VA 4BC4A 3HTVA 5H1SQ 3KD5E 1BCOA 3DJCA 3MXMA 2F9WA 2P9UA 3QINA 3AVJA 1KLNA 2P9IA 3MXJA 1HPZA 3VENA 1BCMA 4FWSA 2ASPA 1SQKA 4DSLA 1R59O 3ZT0A 3O80A 3FZKA 2RE2A 3LM9A 2P5GA 1LAVA 5BPMA 3VGLA 3EL2A 5SZTA 3IS9A 4BWMA 1WSHA 4ID5A 4BRAA 1O13A 2KQ2A 4CEDA 2RN2A 5M1FA 2QI2A 4DQ8A 3OYLA 3QFUA 4CGDA 4E1JA 3SAHA 4CZMA 3O1BA 4FOEA 1TKZA 5LMNK 2HHSA 5IT9O 2RHKA 1YITN 5AQGA 1FXXA 4M3RA 4FOIA 1CXUA 2V7YA 1JL2A 1S1WA 3OBWA 4AHCA 3C6TA 1RT4A 4ILGB 4K8ZA 2O8DB 3FZHA 3T69A 5AQFA 1R0AA 1VQON 3PSFA 4M3XA 3SUQA 3B8AX 2OZSA 3CMEN 4MFBA 1TUUA 4CESA 4KI6A 2P1JA 3E9LA 4M63C 4DV7K 3UIQA 4YDUA 4R5PA 1NGAA 3ENOA 4M3ZA 3MX2A 1RTHA 1YTAA 3Q7CA 1GLCG 2WUSA 4CE9A 1RBSA 1SAZA 3Q7BA 2QKBA 3EO3A 4DR3K 4G1QA 5K14A 3BZKA 1ZBLA 3O9UA 3LDLA 4FW2A 4KHYA 3PSIA 3TI0A 3OS2A 3FGUA 4C23A 4CZGA 3FFKB 1HRHA 5BN9A 3RVCA 3J7AP 3ATUA 1BA1A 3AO2A 4Z94A 4ZHRA 3VQEA 4L3QA 1ZXOA 3ZX3A 1X3NA 3KK7A 1S1XA 4FZZA 3SJJA 4DV6K 5GADP 5KGWA 4FLXA 3ZT1A 3CXCM 4IZ9A 4DU3A 5BRFA 3KJVA 3O3FA 4KREA 3TU5A 2YNIA 2XY5A 5J2PA 1HYZA 1C0UA 1S6QA 4JS4A 3DLKA 4KBOA 4CK1A 4KV8A 1ASUA 4B9TA 1WLJA 2XHBA 5M1PA 3H46O 4JI2K 4DTXA 5C42A 4FK0A 4H5VA 3NH0A 1KAZA 3U6FA 3WNHA 1TAQA 4N56A 5HLFA 4EZ9A 4CJLA 3LZIA 4Z4EA 3UKUB 3QESA 2O4IA 1TUYA 3RSEB 4DQPA 3JYTA 5EX5A 2NRTA 2IGIA 3LAKA 4PWDA 4LFCK 2NLXA 5C0YA 1XC9A 4L8RB 3NDKA 5DM7L 2O8FB 4FW1A 2IVOA 4B1XB 4PKGA 4HCCA 2YKMA 3VEXA 1RBVA 1WSEA 2O8CA 3ZEUA 4O5BA 3K5NA 3RMDA 3SV4A 5CY4A 4A62A 1UOCA 3MWTA 3S3MA 4QAGA 4JAXA 3QEIA 4FJ7A 2QWPA 4E1MA 4DTJA 1J5OA 4KFBA 1BIUA 1C0FA 3ZETA 3P4IA 3WNGA 1VSEA 3N4QA 4E7JA 3QERA 1ATSA 1C0MA 5HBMA 2IAJA 3VQBA 5HRRA 5BREA 4JK9A 3RWUA 4LF7K 1W9HA 3RR8A 2FF6A 4AM6A 3O4NA 4JKCA 3HP9A 1XNQK 2P9NB 3FZFA 3OJUA 4JKGA 1NJXA 2W6KA 4AHRA 4JNEA 1ESVA 3AY9A 2Q0UA 2HMPA 1NJZA 1ASWA 3QNNA 1IKYA 1REVA 3TSQA 4FWRA 4KB0A 3C65A 3OVNA 2G8KA 3VQ9A 3FE1A 3MEEA 3QETA 1U45A 3H6EA 3O4QA 1ZBFA 2A1RA 4NO7A 1QQCA 4HTLA 2FSJA 4CBXA 2GBZA 3KZBA 3DXKB 3TTFA 3NF6A 2P9PA 4B9QA 4DWIA 4BC5A 3A5LC 3QFPA 4MLHA 1WBBA 2PYLA 4X65K 3MN7A 4X62K 1L3SA 1N32K 3O9TA 4B3SK 1KVBA 2WBNA 1C0GA 3HM8A 3RRHA 4FJMA 2Q2RA 4LY7A 4GV9A 1JLFA 3F73A 3VF6A 3S9HA 4C8NA 4GVEA 4FM2A 3VESA 2VG6A 2D1KA 3L4QA 4F2SA 4JRQA 2HB5A 4W5NA 1VQ4N 3HOTA 4AH9A 5DK5A 3L4IA 3ZSVA 1ZBIA 1HQEA 1KTQA 4BRNA 3THXA 2YNFA 3KKRA 3VQ8A 4KHQA 3AVAA 3HYFA 2CH5A 4O4GA 1NU0A 3LP1A 4GY2B 2F96A 3K57A 4AQYK 3CCVN 4BQZA 5JICA 3OYCA 1J9AA 4F2RA 3ZT2A 4PL7A 2OPSA 2DTUA 1J5EK 5M1OA 3MAQA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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