4BG8A

Apo form of a putative sugar kinase mk0840 from methanopyrus kandleri (monoclinic space group)
Total Genus 100
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
100
sequence length
314
structure length
314
Chain Sequence
LTRVLGIQLGNTGTDYCVMNEDGDWEIVAREEGVFGKISCVFTLEESRRALREEIAPRVIERVRRVNPDLAVVGTIVDELGLILGPMIHEKTGVPTLAVYGDPWGAPDGDAVGAPYCVAEEYPNCVHVDVGAMAVVTPIRDGRPDFGDAVVSVGTFPLDLAARELLGKEYDEGGKKAAEGEVDENFRRELRSVDVDGKPVFGRVRGSLAPVPPEQERVLRDHIRDAGAPAEDVLRTLVELVAETIVINAAQYDMDLLVLSGGGVKNELLKRRVSELWEGDVSIFAGEELEARGLCLLGLRYLEGEPVPALPCEG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural Characterization of the Ribonuclease H-Like Type Askha Superfamily Kinase Mk0840 from Methanopyrus Kandleri
pubmed doi rcsb
molecule keywords PREDICTED MOLECULAR CHAPERONE DISTANTLY RELATED TO HSP70-F O
molecule tags Transferase
source organism Methanopyrus kandleri
total genus 100
structure length 314
sequence length 314
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-03-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF03702 AnmK Anhydro-N-acetylmuramic acid kinase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4bg8A02
3.30.420.430 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4bg8A01
4B9QA 3KVGA 3ZEUB 3CJ7A 3QMLA 4JN4A 3VPZA 4MO5A 2D1KA 4CZEA 5F1XA 2AP1A 2YHWA 3IUCA 3U9ZA 4FL9A 1QQNA 4CBWA 1XUPO 2QWMA 5BREA 5LJWA 1SZ2A 2Q2RA 4ISFA 3O08A 3AY9A 3CIPA 4HWIA 3IMXA 1DKGD 4BRLA 3QICA 5AQLA 1LCUA 3AARA 5AQGA 1JCFA 2QWPA 2YI1A 1TUYA 3VEYA 5KQ8A 2V7ZA 4BVPA 3MMVA 1TYQA 2ASOA 1DGKN 2BTFA 1C0GA 5AQQA 1BWFO 3I33A 4A61A 4BVOA 1RGIA 5EY4A 1NGCA 3WEEA 2FSKA 3WUHA 3A0IX 2QW9A 4RTFD 4FWOA 3O8MA 2A6AA 3ULEB 4B1YB 3ENHA 2P9NB 2V51B 3EKSA 1WOQA 3VEXA 2CGJA 5ADXA 4WQ4C 3LDPA 1K8KB 3FR0A 3U4LA 5EX5A 1H1VA 1R59O 1GLDG 4I6MB 3SJHA 2VCPA 2CGLA 1EQYA 4IO8A 3LM2A 5KPRA 5AQSA 4FWMA 1MA9B 1KAXA 3WXJA 3IFRA 2YCHA 2NLXA 5LJVA 3QDKA 3A5MC 3FZFA 4C23A 3OHRA 2VYPA 3ZX2A 1DEJA 1NGBA 4CZKA 3H1QA 1JCGA 4H5NA 4WYBA 5AQKA 3GE1A 1IJJA 3FZHA 3CQXA 3LL3A 5AQTA 3H46O 2W41A 3VERA 4FWPA 2P9LA 2P9PA 3R6MA 3O6WA 1NMDA 4WQ5C 3CI5A 4A2BA 3FFKB 3QFUA 2FSNA 1X3MA 3VETA 2A3ZA 4BRQA 3AAQA 4M7YA 4XEIA 4BRGA 4Z94A 1OKJA 1TUUA 1QQOA 4BR0A 3CJBA 3LDLA 4FO0A 2YHXA 4B1WB 2IVNA 2P9SB 3C7NA 4AM7A 4CZHA 3P4IA 5AQJA 2E2QA 4H5RA 4MLEA 1MWMA 3EO3A 3VEOA 1D4XA 4JD2A 1HJOA 2A41A 4O5FA 4H0XB 1U2VA 3D7EO 3G25A 4MO4A 1NGHA 1IG8A 1GLFO 2D0OA 1NM1A 1YXQA 2DPNA 2PBDA 3GDQA 4B1XB 4BQZA 3ZETA 3MN5A 4FWQA 1YVNA 2P9KA 1HX1A 5EOYA 4JHDB 4BREA 4CI6A 2FXUA 3R8EA 4CBXA 4FWNA 1T6CA 2QWQA 4IXCA 5FPNA 3UKUB 3WXKA 2Q97A 5EXWA 4BC5A 3WXIA 5B8HA 2YJEA 2ASPA 5AZJB 5E26A 4B1ZA 2A5XA 1U6ZA 3DXKA 5KQDA 4BRIA 1NGEA 3D2EA 1RFQA 1V4TA 4H0PA 3SMSA 5AFUA 3DXMA 3GOIA 3FZMA 4BR7A 1T6DA 4JNEA 4JAXA 4K41A 2E2NA 3UKRA 4NB4A 3KZBA 4GNIA 3L4IA 4O8KA 4A62A 4BC2A 2E20A 2Q36A 1SQKA 5AQOA 1BO5O 3DAWA 3RSEA 3BEXA 1HKBA 5JMVA 5AQVA 2ZWHA 4BR5A 1ATNA 3BP8A 5BPLA 4H03B 3LDQA 2ASMA 2CH5A 2BUPA 3A8YA 4WQ4A 3U9DA 3CETA 1BUPA 4H0YB 2E2OA 2NRHA 3R9PA 1T44A 2GUPA 5AQFA 3C7NB 4BGBA 5ADXH 1ZXOA 2QWRA 3FGUA 1QZ6A 3S41A 2E88A 5AR0A 3ATUA 3HI0A 3VF4A 3H3NO 3M1FA 3O5BA 3M3ZA 2CGKA 5I9EB 1BU6O 1BOTO 1NGJA 4FWRA 2Q0UA 2AA4A 5JICA 1XC3A 3D2FB 1HKGA 3CJCA 3HZ6A 3TU5A 4XH5A 4FPAA 5JLFA 3WXLA 3W3DA 5E84A 5F2RA 3F9MA 3J8AA 2QM1A 4BROA 4IJNA 3QBXA 5EVZA 3ENOA 1NGFA 1GLLO 5AZIA 2D0PA 2HOEA 3O1BA 3VEVA 4WQ5A 3DXKB 2P9IB 2FF6A 3IDHA 3EL2A 3UE5A 3MCPA 4CZMA 4BQLA 4XH4A 3DXMB 1J6ZA 3O4WA 3ZX3A 4FOEA 4MLHA 4XH1A 3AAPA 3GL1A 4EAHD 4HTLA 5BPMA 3I8BA 3ZEUA 4BRAA 2IIRA 1NBWA 4CZLA 4B1UB 1CZAN 4H0OA 2GEMA 4IJAA 3GBTA 2P9UA 2UYTA 4FPBA 3JS6A 4B1VA 4PL7A 2ITMA 5BN8A 1WUAA 3LM9A 2YHYA 3H45C 5BRDA 4EFHA 4BR2A 4FSVA 1TYQB 2D4WA 1ATSA 3O80A 5FPMA 2HF4A 4PKGA 3EZWA 5LY3A 3VGKA 3FE1A 5KPTA 3HTVA 1NGAA 3O1WA 5ELZA 3LDNA 4CZJA 5JLHA 3H6EA 3WEEB 2FF3B 1ATRA 1GLAG 1G99A 3ZX0A 3A5NC 1KXPA 5AQZA 3FZKA 5AQWA 4AM6A 3ID8A 3CJAA 3SK3A 3BF3A 2E1ZA 4DQ8A 1YUWA 1ZBSA 3EN9A 3MN7A 4BG8A 2ZF5O 3ULEA 3H3OB 2E1YA 1QQMA 5BRHA 1MDUB 2P9NA 5FPDA 3MN6A 5AQXA 4GY2B 4NO7A 5AFUH 2V7YA 4M63C 4BRFA 3CJ1A 2ZGZA 4BRCA 4YDUC 1K8KA 2HF3A 4QS7A 3WT0A 4BC4A 4I6MA 4CBUA 4BRKA 1KAYA 3VESA 1X9JA 4DHYA 4BR9A 1Z6RA 3WQTA 1V4SA 1P8ZA 1NWKA 2IVPA 3MN9A 3MDQA 1NGGA 3M6GA 3B8AX 1YAGA 3C0BA 2A42A 4ISEA 4PL8A 3HSCA 2P9LB 4K43A 2P9PB 4BR4A 1JCEA 4DB3A 2F9WA 3JXUA 2J4RA 2P9UB 4FWLA 1MWKA 3VGLA 4EIAA 1S3XA 2IVOA 4H5TA 1QZ5A 3HM8A 3FZLA 4BRDA 4Y0WA 4H5VA 3U8XA 1Z05A 1QHAA 4QS9A 4KBOA 1Q18A 4JD2B 3VEWA 4F9OA 4CD1A 3UB5A 5CE3A 2Q1NA 1GLCG 3CJ9A 1NGIA 1U2VB 2A40A 2P9SA 5F0XA 2V52B 3WQUA 1GLJO 1RDWX 2E2PA 1HPMA 3ZETB 3ATVA 2P9KB 2GWKA 2QXLA 3VENA 1E4FT 4CD3A 1GLBG 2QWLA 2Q0RA 3QB0A 2H3GX 4FWKA 4BGAA 1Y64A 4CZGA 4BG9A 1X3NA 2QWOA 3EKUA 1NLVA 5FPEA 4EHTA 3DWLA 4JHDA 1E4GT 2NZTA 3D2EB 3LDOA 5AQUA 3UKUA 2F9TA 5AZJA 2FLOA 3UKRB 3KHYA 2E8AA 2VWBA 4PKIA 5TKYA 2I7NA 5KPZA 1ZC6A 4RCHA 2ZGYA 4M7XA 4FOIA 2GELA 2GTDA 1C0FA 1HKCA 1GLEG 4L3QA 4DCHA 3H1VX 3RSEB 5BN9A 3QFPA 4K42A 2HMPA 3BF1A 3W0LA 3CQYA 4FWSA 4BRNA 2GWJA 4A2AA 3VOVA 3L6QA 4J8FA 1LOTB 1XQSC 3CERA 4PKHA 4K25A 3VGMA 1SAZA 3L0QA 3CHWA 3DJCA 4IWVA 2FSJA 5AQHA 4BC3A 3BUZB 3A5OC 4H5WA 2I7PA 3GG4A 4YDUA 1BA1A 3VEZA 5BR9A 4RWTA 1KAZA 3HBTA 5AQMA 3TPQA 1HLUA 2W40A 5BRFA 3SLCA 1BG3A 2WUSA 1BDGA 5BPNA 5AQIA 5AQYA 3VF6A 1ESVA 4H0TB 4EHUA 4IZ9A 5AQNA 3MK6A 2CH6A 4BRMA 4CZIA 3D2FA 2KHOA 4CJ7A 4E1JA 1HUXA 4H0VB 2OANA 5AQRA 1S22A 5AZIB 4QS8A 4BRPA 4BRHA 4CZFA 1NGDA 3VF2A 5AQPA 1BA0A 4ISGA 3A5LC 4LC9B 2EWSA 3SMPA 3QBWA 2QWNA 3FLCO 2YJFA 2Q31A 2PAVA 2P9IA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3AO2A 1I3AA 1K6YA 3NBPA 4CJ5A 4JN4A 4IOAL 3L2RA 3O9TA 1JXBA 1M1KO 3U9ZA 2O8FA 4FL9A 4F8RA 1QQNA 4CJ3A 4HCBA 5BREA 2NRTA 5LJWA 2Q2RA 3RRHA 4B9NA 1SS6A 1B92A 3O08A 3CIPA 4HWIA 3ID6A 1Q9YA 4E1NA 5AQGA 2QWPA 2YI1A 2BGGA 3MMVA 4BE1A 2OTJN 2BTFA 3VQ7A 5AQQA 1FKPA 3I33A 3AA5X 2ZJRL 4LF6K 2G8IA 3MX2A 3WEEA 1UOCA 3A0IX 2QW9A 5M1QA 1IH7A 1WSGA 4FLZA 2V51B 2VGNA 3EKSA 3TAFA 3F9KA 4B9MA 1WOQA 1JLFA 2QTDA 2G8KA 1NK0A 3AO3A 3LDPA 1IBLK 1Q7YO 4W5RA 3U4LA 4M3YA 4I6MB 3A2FA 1UWBA 3KTQA 4CEFA 5FROA 4ELVA 3MXJA 5AQSA 3SV4A 4NYNA 4N47A 4I2PA 4YY3K 4B3MK 2YCHA 3LP1A 3OYIA 3QDKA 1T8EA 5D3GA 2KW4A 3OS2A 3OHRA 5CYQA 1NGBA 4H5NA 4WYBA 3CC2N 2HNZA 2HHUA 3CQXA 1L3SA 3NMUA 3CFOA 4FWPA 2P9LA 2P9PA 3R6MA 4OKKA 4Z4IA 1NMDA 1W97L 4FLWA 3CI5A 2ZD1A 3MXMA 5HRPA 3PV8A 1X3MA 3VETA 2A3ZA 1K9MO 3SAFA 4Q0BA 3KD5E 1QQOA 5LL6Z 2P9SB 1TKTA 2GBZA 2E2QA 4MLEA 3EO3A 4JD2A 4GKJK 1HJOA 4ILJA 1S5JA 3P83D 4H0XB 1U2VA 4DSLA 3D7EO 3G25A 1RDUA 3AVKA 3SV3A 1T3VA 4BQZA 1O13A 4OPJA 4JKGA 3J7AP 3MN5A 3TAPA 1SUQA 2FXUA 4CBXA 1Z25A 5J2QA 4ZTFA 3S3NA 1NMNA 2Q97A 2X6NA 1NK6A 1M90O 1J53A 4O0JA 2ASPA 3IG1A 5E26A 3CPEA 3OA9A 2WBNA 3O9SA 3HPOA 4JK9A 3DXKA 3V9UA 4FJXA 4QOZB 4H0PA 1VQ9N 3GOIA 5C0YA 3TSQA 4BR7A 3MWPA 3THWA 1X9WA 1QQCA 3BY5A 1BCMA 4OGEA 2X78A 1A5XA 2BANA 4DV1K 5J2MA 3K9KA 4KTQA 4LFAK 2O8BB 3T1YK 5BPLA 4DQPA 3LDQA 4DV2K 3RMBA 2A1RA 2W42A 4KHQA 4DSFA 4H0YB 4IDHA 3WNEA 3R9PA 1T44A 3C7NB 1RBRA 3PSFA 2QWRA 1SKSA 4NCAA 3FGUA 3F2KA 4CGIA 2O4IA 2O8CB 4NCBA 4LF9K 2P51A 4CVNE 2CGKA 4ID5A 1FW6A 2XHBA 1BOTO 3TSPA 2AA4A 1JLGA 3D2FB 1BL3A 3CJCA 3HZ6A 4XH5A 4CFBA 4DR2K 3NGZA 3WXLA 3BGRA 3CM5A 4EP4A 2E4LA 4RG8A 4Z4HA 1NG9A 1RT3A 4DMNA 1S1VA 5KGWA 5EVZA 2FBVA 2QKKA 1NGFA 1GLLO 2KKZA 5CR4A 3HOTA 4WQ5A 1T7PA 3IDHA 1VSIA 1RT4A 4BQLA 1Q8IA 3HJFA 4CEOA 3OS0A 1ZBFA 4XH1A 3TWHA 5M1NA 4JI3K 1KCFA 2OZMA 2ITGA 3ZEUA 4A59A 3R1XA 4CZLA 3CCSN 5FDLA 3SYZA 1CZAN 4H0OA 2GEMA 4IJAA 4KB0A 3WNGA 3TABA 3ENBA 3JS6A 2ITMA 5BN8A 3E9PA 5C42A 2F8SA 2GV9A 4BWMA 1NJYA 1TYQB 2D4WA 1W9HA 3TR8A 5HRSA 3NFAA 5KPTA 3AVMA 4DTUA 5JLHA 5ELZA 5DM7L 4DUYK 4E19A 4FM1A 2FF3B 4JRQA 4DUZK 4N56A 1EO1A 1GLAG 4CHYA 3O3HA 1KXPA 3V9WA 3P1GA 5AQWA 3SBTA 3CJAA 3K5MA 3BF3A 2RKIA 3CCRN 1U49A 1ZBSA 3DRPA 4UY8O 3ULEA 2P9NA 4RW7A 4GY2B 4NO7A 5AFUH 2QKBA 2V7YA 5GIPA 4BRFA 3EE9A 1VQLN 3L4QA 3TTCA 3DRRA 2KFZA 1K8KA 3HT3A 3T7ZA 4KHWA 3PUFA 3AVNA 1KAYA 1DLOA 3NF8A 1JLBA 4DSEA 1VSLA 3O4QA 4JKBA 3HSTB 3VQAA 4FJGA 2FBTA 3AO1A 4KAZA 1P8ZA 2IVPA 1KRPA 4LY7A 1S9EA 3SUOA 2A42A 4IOXA 3HSCA 3MEGA 2BE2A 4DB3A 3T1AA 3QEXA 2P9UB 4M3RA 2P1JA 3VGLA 1S3XA 1HJRA 1IKVA 4MFBA 3HM8A 3FZLA 4H5VA 2Y1IA 3AGRA 4M45A 5TKWA 1QHAA 2JGUA 4G1QA 5CHIA 4QS9A 1C1AA 1Q18A 5J2PA 3VEWA 4CD1A 3UB5A 2YKNA 3OYFA 1QVFM 2GUIA 2A40A 4IO9L 4CJEA 5F0XA 3R3LA 3WQUA 3VA0A 2Z1JA 2E2PA 1GOCA 4DFPA 1TKXA 4ID1A 3VENA 4AQYK 4CF0A 3QB0A 1KLNA 3NGYA 4DR1K 2PYLA 1LW0A 5FPEA 4EHTA 4C8LA 1TL3A 4M3WA 3AO4A 2NZTA 3D2EB 2FC0A 3SZ2A 1DT9A 4KREA 3NE6A 2EX3A 5AZJA 1N6QA 2FLOA 3ASMA 4PKIA 4JI6K 2DY4A 2O8DB 4B9VA 1ZC6A 2HNDA 3CCMN 1JLCA 1CXQA 2GTDA 1KQSM 1C0FA 2D0BA 3H1VX 1BQNA 5BN9A 4FJ8A 1TGOA 3QFPA 4CEAA 4DTRA 2HMPA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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