4BG8A

Apo form of a putative sugar kinase mk0840 from methanopyrus kandleri (monoclinic space group)
Total Genus 100
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
100
sequence length
314
structure length
314
Chain Sequence
LTRVLGIQLGNTGTDYCVMNEDGDWEIVAREEGVFGKISCVFTLEESRRALREEIAPRVIERVRRVNPDLAVVGTIVDELGLILGPMIHEKTGVPTLAVYGDPWGAPDGDAVGAPYCVAEEYPNCVHVDVGAMAVVTPIRDGRPDFGDAVVSVGTFPLDLAARELLGKEYDEGGKKAAEGEVDENFRRELRSVDVDGKPVFGRVRGSLAPVPPEQERVLRDHIRDAGAPAEDVLRTLVELVAETIVINAAQYDMDLLVLSGGGVKNELLKRRVSELWEGDVSIFAGEELEARGLCLLGLRYLEGEPVPALPCEG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule keywords PREDICTED MOLECULAR CHAPERONE DISTANTLY RELATED TO HSP70-F O
publication title Structural Characterization of the Ribonuclease H-Like Type Askha Superfamily Kinase Mk0840 from Methanopyrus Kandleri
pubmed doi rcsb
source organism Methanopyrus kandleri
molecule tags Transferase
total genus 100
structure length 314
sequence length 314
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-03-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF03702 AnmK Anhydro-N-acetylmuramic acid kinase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4bg8A02
3.30.420.430 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4bg8A01
1GLJO 3UB5A 3HZ6A 4FO0A 4FSVA 4FL9A 3VF4A 4CBUA 4M7XA 5ELZA 1KAXA 4JNEA 3GL1A 3O1WA 4DB3A 4MLHA 4QS7A 4H0VB 4J8FA 2QWQA 1KXPA 5ADXH 3EZWA 5BPNA 3VF2A 2AP1A 2HF3A 3GG4A 4BVPA 3BF3A 4WQ5A 1T6CA 1GLEG 1X3NA 2NRHA 1LCUA 3MN7A 2F9TA 2KHOA 4ISEA 1BO5O 2UYTA 4GNIA 4B9QA 4IJNA 2OANA 1HKCA 3F9MA 3H1VX 1MDUB 3FGUA 3MK6A 4EHTA 4BRCA 1OKJA 3UKUB 1NGFA 2ZWHA 2GWJA 1C0GA 3D2EB 1JCEA 3ULEB 3LDPA 1ZC6A 2YJFA 4FWPA 3U9ZA 3ATVA 1DKGD 3VENA 5AQJA 2QWLA 1NGJA 1NMDA 3O08A 3VGKA 3L6QA 3A5MC 1T6DA 3HBTA 4FWRA 4RCHA 4YDUA 3P4IA 4CD1A 3ZETB 2A42A 3DWLA 3D2FB 2F9WA 4CZMA 2FF6A 4PKGA 2BUPA 2IIRA 4B1YB 5AFUA 3UKUA 4FPAA 4IJAA 5BRFA 4CBXA 5ADXA 5AR0A 5F0XA 3VF6A 5LJWA 3D2EA 1NGIA 4FWKA 4EAHD 2ITMA 3KZBA 3DJCA 2YJEA 2CGKA 2QWOA 3O4WA 4O8KA 1HUXA 1KAZA 2NZTA 1QHAA 3SLCA 2YHYA 1IG8A 5AQYA 4WQ4A 2PBDA 4K42A 5KPRA 1ATNA 4Z94A 3L4IA 2Q2RA 3R8EA 5JLHA 3ZETA 4FWNA 1U2VB 1TYQB 4BQLA 5BR9A 5AQXA 3D2FA 4JHDB 2P9IA 3HM8A 1YUWA 1BG3A 4BRGA 3WXLA 4F9OA 4EIAA 3O8MA 3L0QA 1HLUA 3A5NC 4CBWA 3MMVA 4M7YA 4BRHA 3GOIA 2V7YA 1NGCA 2P9UB 3FZFA 4H0OA 2P9KB 2ZGYA 3FZHA 3FZMA 3VEOA 3RSEB 1JCFA 2GUPA 3MN6A 4BC3A 2QW9A 3CJ7A 3DXMB 3EO3A 2EWSA 3I8BA 1GLLO 3MN5A 3VGMA 3EKSA 4FWQA 1EQYA 3LM2A 2BTFA 4XH5A 1GLAG 2GELA 3WT0A 3U9DA 3U8XA 3C7NB 5BRHA 1U2VA 1TYQA 5AQMA 3UKRB 4BRNA 5AQNA 3EL2A 2IVPA 3O6WA 4PKIA 2E1YA 3ENOA 4LC9B 1HJOA 3CJCA 1YXQA 5AZIB 3WQUA 2QXLA 2FF3B 3M6GA 4IWVA 1Q18A 3WUHA 3MDQA 4JD2B 1NGHA 5EVZA 1S3XA 4L3QA 4AM7A 2IVOA 1BOTO 3AARA 5BN9A 3VEZA 5BREA 2H3GX 4B1ZA 5AQZA 1ATSA 1SQKA 3DXMA 1T44A 1RGIA 4AM6A 1BA1A 1HPMA 1KAYA 1NGGA 2VYPA 2E2QA 2AA4A 3CETA 2A6AA 3LDLA 3GDQA 4BC2A 2HOEA 1NBWA 3C7NA 3AAPA 3UKRA 1Z05A 5TKYA 3A5LC 3WEEB 2E2NA 1HKBA 5AQOA 2P9NA 3QFUA 5AZIA 1ZBSA 3IUCA 4H03B 1K8KB 4H5NA 1MWMA 4WYBA 2E88A 5CE3A 4ISFA 3LDQA 4JD2A 4O5FA 3WXJA 1WUAA 3R6MA 4K25A 4PKHA 1QQNA 3BUZB 5BRDA 3HSCA 2FLOA 2NLXA 4IO8A 5FPDA 2YHXA 1J6ZA 4DCHA 1MWKA 2ASPA 3QBXA 3VGLA 4Y0WA 4IZ9A 5E84A 2V52B 1Y64A 3I33A 4NB4A 4IXCA 3ZX2A 4BR4A 3IDHA 3JS6A 3GE1A 3QB0A 3TPQA 4XH1A 3ENHA 2ZGZA 5E26A 1DGKN 3VEYA 4PL7A 4GY2B 1E4FT 3U4LA 5EX5A 5BPMA 1GLCG 1BWFO 4A61A 1Z6RA 2D0PA 3EN9A 2A40A 3VPZA 2QWRA 3ULEA 1NGAA 1TUUA 4NO7A 5AQLA 4I6MB 2I7PA 4H5TA 4BC4A 3A0IX 3WXKA 2W41A 4BRIA 4CZFA 2HF4A 3ATUA 4EHUA 4A2AA 4BRFA 2A5XA 3H46O 2Q31A 5EXWA 4B1XB 3VOVA 2P9PB 3CI5A 4CZIA 1SZ2A 3H3OB 4CZHA 1ZXOA 1NM1A 3VEWA 3G25A 4CZLA 3AY9A 3HI0A 1RDWX 2QWNA 2FXUA 3GBTA 5KPTA 4HTLA 1GLDG 4JAXA 3SK3A 4FWSA 3QFPA 3LM9A 1QQOA 2ZF5O 5LY3A 4BRLA 1NGDA 5KQ8A 4BG8A 5AQRA 5I9EB 4RWTA 2YCHA 4BR7A 3W3DA 1WOQA 4H0XB 2GTDA 2P9PA 1GLFO 1YAGA 4BRAA 4JHDA 2A3ZA 1RFQA 1YVNA 4BRQA 1LOTB 3SMPA 2ASMA 3VERA 3A5OC 1IJJA 3CJ9A 4A2BA 4BR2A 3ZX0A 2D0OA 1XUPO 3MCPA 4ISGA 1D4XA 4H5RA 3J8AA 4CJ7A 3O1BA 2P9UA 3BP8A 3IMXA 2P9KA 3KVGA 4MO5A 2Q0UA 1BDGA 3RSEA 4FWMA 3QMLA 1BU6O 3A8YA 2E1ZA 5AQFA 4B1UB 3WQTA 1NGBA 3IFRA 2CH5A 2P9LB 5AFUH 5JLFA 4H0TB 4QS9A 3CQYA 5F1XA 2E20A 1R59O 1HX1A 5EOYA 3TU5A 4MLEA 4BR0A 2D4WA 3VEXA 3C0BA 3QDKA 3BEXA 1ATRA 4YDUC 5AQQA 2DPNA 1BUPA 2FSNA 5F2RA 5KPZA 4QS8A 5AQTA 4K43A 4H0YB 3H3NO 1NGEA 4H5WA 3ZX3A 3BF1A 1MA9B 4XEIA 4BGAA 5AQGA 5JMVA 1NLVA 2Q97A 2QWMA 2E2OA 4DQ8A 5AZJB 4BRPA 4H0PA 1C0FA 2IVNA 1X3MA 3FLCO 5AQWA 1V4SA 4PL8A 4EFHA 2P9LA 3LDNA 5FPNA 2V7ZA 2VCPA 5AQVA 3DAWA 3VETA 3KHYA 1XC3A 3ZEUB 3FZLA 4WQ4C 1TUYA 4BRMA 2P9SB 3WEEA 4E1JA 3FE1A 4XH4A 3LL3A 4B1VA 1U6ZA 2Q36A 5KQDA 4CD3A 4FOIA 1K8KA 4FWLA 4JN4A 1SAZA 5FPEA 2Q0RA 1X9JA 4CZGA 4CZJA 3OHRA 5FPMA 4MO4A 3FFKB 3D7EO 3SMSA 3H6EA 3M1FA 3VESA 5AZJA 5BPLA 3LDOA 4H5VA 4BGBA 1QZ6A 4BRDA 4K41A 4CZKA 3UE5A 1HKGA 4FOEA 2P9IB 3FR0A 3MN9A 3EKUA 2E2PA 1G99A 3M3ZA 2YHWA 2W40A 3CJ1A 5BN8A 3CJAA 2CH6A 3ZEUA 2HMPA 5JICA 4BQZA 1H1VA 2P9SA 4BG9A 5AQSA 3CIPA 4B1WB 3CJBA 5B8HA 3O80A 3QICA 5LJVA 2FSKA 2Q1NA 3H45C 3WXIA 2I7NA 2FSJA 2E8AA 3CQXA 1QQMA 2ASOA 2PAVA 5AQUA 4BREA 5AQKA 3S41A 1S22A 4I6MA 3FZKA 4M63C 5EY4A 4BROA 4A62A 1XQSC 2D1KA 2GWKA 3CERA 4BR9A 5AQHA 3DXKB 3HTVA 3QBWA 3SJHA 3AAQA 3B8AX 3R9PA 4KBOA 3W0LA 4FWOA 1V4TA 5AQIA 4WQ5C 3O5BA 4C23A 1DEJA 4BRKA 2VWBA 1JCGA 4CZEA 4BVOA 1GLBG 2CGJA 3CHWA 3VEVA 2WUSA 3JXUA 1QZ5A 4CI6A 1BA0A 1P8ZA 4DHYA 3ID8A 4RTFD 2V51B 3H1QA 1NWKA 1E4GT 1ESVA 1CZAN 2QM1A 4HWIA 4FPBA 4BC5A 4BR5A 2CGLA 2YI1A 2QWPA 2GEMA 3DXKA 2A41A 2P9NB 5AQPA 2J4RA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3LAMA 3UB5A 4KRFA 4N5SA 3K5MA 1KAXA 4JNEA 1B9DA 3O1WA 4DFPA 1YIJN 4J8FA 1LWEA 4DG1A 3VF2A 1KCFA 3MECA 3TSUA 5C12A 5C25A 3BF3A 4WQ5A 3HVRA 3QEXA 5EU7A 2G8VA 3MN7A 4ISEA 3HP9A 5CZ1A 4IJNA 1MDUB 2WONA 1VSKA 4BRCA 1OKJA 3NHGA 3V81A 3O9UA 1NGFA 2WOMA 3RMAA 3TTFA 4A5BA 4DQIA 4E19A 1XI1A 3QERA 1K9MO 3OVNA 4CIGA 1NK0A 2I5JA 4M3XA 4O55A 4FWPA 4OX9K 1HR0K 2QWLA 3EE8A 1NMDA 3O08A 3OBWA 3VGKA 4Z4HA 2O8DB 4CEFA 4CF1A 4FWRA 1O1WA 4YDUA 3THXB 3OA9A 2HHTA 2IGIA 4LF4K 4DTRA 5J2QA 1VSLA 5HL7L 3MXIA 4CBXA 5AR0A 5LMNK 3OS2A 1C1CA 3D2EA 4IO9L 4DS4A 3HP6A 4F3TA 3O4WA 1BIUA 2BGGA 1QHAA 3OYGA 5HROA 3O3GA 1RT5A 4B9NA 4C8LA 1ATNA 4CEZA 2RE2A 3R8EA 4BY9C 3KK3A 3ZETA 3NBPA 4IOCL 3LZIA 1HYZA 3TAFA 1YJWN 1W0HA 4CEBA 4ELTA 3SQ1A 3ZYYX 1HLUA 4CBWA 4FVUA 4DTXA 3LP3A 1WAJA 3TSQA 2O4GA 4DQSA 3N4QA 2ZGYA 3FZHA 1KFDA 5CZ2A 3RSEB 3DRSA 1JCFA 3MN6A 3EO3A 1GLLO 2F7TA 3EKSA 1VRTA 4KHNA 2BTFA 1W2BM 1KLNA 3ZT1A 1VQKN 3U9DA 3U8XA 1YJNN 3C7NB 4FZYA 1U2VA 1KLMA 5AQMA 3OYAA 1XHZA 2EHGA 2KFZA 3HL8A 2E1YA 5JVGL 1HPZA 5AZIB 1QQCA 2FF3B 3DOLA 4Q5VA 1X9WA 3AVJA 4KREA 4LFBK 3SUQA 3TR8A 4L3QA 3VQAA 2FC0A 4NYNA 1UAXA 4RW6A 3E9OA 3BDPA 3V9XA 1RDAA 4N47A 4AM6A 3PUFA 1BA1A 1HPMA 5HRSA 1NGGA 1IKYA 4FM1A 1BQMA 2A6AA 1EO1A 4FCYA 1NBWA 1FXXA 3MAQA 4DSJA 1Z05A 1TKXA 1BCMA 3A5LC 3SBTA 1YF5L 2E2NA 1HKBA 1NOZA 2QA4N 1J53A 4H03B 1K8KB 2KFNA 4WYBA 5CE3A 4C8NA 3LDQA 3WXJA 3MEGA 1TGOA 1WUAA 3AA5X 3R6MA 4K25A 4OJRA 3U3YA 2FLOA 4DV5K 4K8XA 3VTIA 2G8UA 4K8ZA 4DCHA 1TAQA 4NLBA 2Y1JA 3OYBA 2KQ2A 3QB0A 4DTOA 5A2QO 5C42A 1VSHA 1VHXA 4HUGA 3ENHA 2IAJA 2OPRA 5E26A 1VQON 2O8BA 3U4LA 2HBJA 3WNFA 5BPMA 4X66K 1UWBA 4ILHA 5GAGP 4F4KA 4AHRA 2QWRA 1IBMK 5AQLA 4I6MB 4BC4A 3A0IX 4O4GA 4CJTA 4CF2A 1SL1A 4BRIA 3K9JA 3OJSA 3ATUA 3C6TA 4A2AA 3NCIA 1S9EA 1WSJA 1QS4A 2P9PB 4CZIA 1SZ2A 3O9QA 3AO1A 5C24A 4FJJA 5T7BA 2OPQA 3VEWA 3HOSA 3MCAB 4MQ3A 4MDAA 4EP5A 4NCAA 2QWNA 4DU4A 3OTOK 2JLEA 4E1NA 4ILGB 3IS9A 4BACA 4WFBL 1S1TA 1VQPN 1RBRA 1NGDA 4BG8A 5AQRA 4J2AA 5I9EB 3ENBA 2Z1JA 2YCHA 4H0XB 4OO1J 4CGFA 4JV5K 5SZTA 1QVGM 2E5LK 1MU2A 1Q7YO 4KV8A 1J54A 1KRPA 2GX9A 3HJFA 3A5OC 4E7KA 4A2BA 3PIPL 1XUPO 4ISGA 4C8MA 3J8AA 3KVGA 1BDGA 3CCQN 3T1YK 3RMCA 1BU6O 4LF7K 3NMUA 1NGBA 5M1KA 2P9LB 4H0TB 5CYMA 4RW9A 3CC7N 3CQYA 3M8SA 5F1XA 3LALA 3TU5A 4BR0A 1K6YA 5DMRA 3C0BA 1OH8A 1IH7A 4YOTA 3HYFA 1ATRA 4DSEA 1BUPA 4CEOA 4H0YB 3H3NO 4YOWA 1WN7A 3ZX3A 1DTQA 5M1PA 1XC9A 3AO5A 2Q97A 1SL2A 4CJ5A 4H0PA 1C0FA 3FLCO 1U49A 2WC9A 4EFHA 4DFJA 2O8CB 3T1HK 1NMNA 5FPNA 1D8YA 2VCPA 4PUOA 1HNZK 1XC3A 4WQ4C 4KI6A 1TUYA 3MWTA 5KQDA 4FOIA 1BI4B 1YITN 5CY4A 1YTAA 4CE9A 5FPEA 3RTVA 3SYZA 4CZGA 2G8IA 1WBBA 3IAYA 4Z4IA 3NVMA 3D7EO 3L3VA 5AZJA 3AO2A 3SNNA 1NK4A 1YT3A 4JKFA 3OYKA 3TARA 3ITHA 1IKVA 1NK5A 3ZEUA 2HMPA 5JICA 5KRTA 4CECA 1ASWA 1H1VA 4M3RA 2X6SA 3CIPA 3O80A 2HBMA 3P83D 5LJVA 2FSJA 4DQRA 2VG5A 3CQXA 3NH1A 1QQMA 3HPOA 1JKHA 2YHAA 2ASOA 3TI0A 5C2DA 5AQKA 1JXBA 4KH4A 3OYEA 1HNIA 1Z26A 4A62A 1X9MA 4DV1K 1HMVA 4CJVA 2GWKA 3CERA 3C6HA 3QO9A 5AQHA 1M1KO 2R7YA 1VSJA 4KBOA 4ID5A 4BE1A 5AQIA 4CJSA 1O13A 4BVOA 4KTWA 3VEVA 3CHWA 4U67L 1QZ5A 3VQEA 4RTFD 4JKCA 1G15A 1DT9A 1ESVA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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