5JLHA

Cryo-em structure of a human cytoplasmic actomyosin complex at near-atomic resolution
Total Genus 93
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
93
sequence length
374
structure length
374
Chain Sequence
EEEIAALVIDNGSGMCKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRHQGVMVGMGQKDSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEHGIVTNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPVLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNTPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVMDSGDGVTHTVPIYEGYALPHAILRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFTTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFEQEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPEALFQPSFLGMESCGIHETTFNSIMKCDVDIRKDLYANTVLSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWISKQEYDESGPSIVHRKCF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords Actin, cytoplasmic 2
publication title Cryo-EM structure of a human cytoplasmic actomyosin complex at near-atomic resolution.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
molecule tags Contractile protein
total genus 93
structure length 374
sequence length 374
chains with identical sequence B, C, D, E
ec nomenclature
pdb deposition date 2016-04-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5jlhA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5jlhA02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 5jlhA03
1HKGA 3QICA 1TUYA 2ZGZA 3KZBA 2ASPA 3H46O 3H3NO 3EKUA 4FOEA 2P9SB 3ATVA 4BR2A 1GLBG 2Q31A 3GL1A 4JN4A 3GG4A 3J8AA 4WYBA 4C23A 4PL8A 1YAGA 3CJBA 5AR0A 4RTFD 3G25A 1J6ZA 4FOIA 3VF2A 4BQZA 4XH5A 4RWTA 5JLFA 2VWBA 4BC3A 2QWNA 3UKRA 1D4XA 4BGBA 1HPMA 1TYQB 4FPAA 1QZ6A 2HF3A 4FWNA 3BEXA 1QQOA 1C0GA 5LJVA 3WXJA 1JCGA 3BF3A 4PKHA 3VEVA 3W3DA 1Z05A 3FZKA 1TUUA 2P9UB 1K8KB 3BF1A 3EZWA 3HM8A 4LC9B 2V7ZA 1LOTB 2A41A 2E1ZA 1JCFA 1X9JA 3IDHA 2GEMA 5AQMA 4BRAA 1HX1A 2F9WA 5KPZA 1GLEG 1DEJA 1ZBSA 4L3QA 5JICA 2P9KB 5AQJA 5BRDA 5FPNA 3TPQA 4BRMA 1JCEA 3O08A 2FLOA 3QBWA 1WOQA 3H6EA 3LDPA 2Q36A 5ADXA 2AA4A 3O1WA 3R6MA 1ATSA 3A5OC 1GLJO 2YHWA 5AQGA 3O1BA 1G99A 2VCPA 4IZ9A 4K43A 1HKBA 1HJOA 4H5NA 3SLCA 3WEEA 5AZJA 2NLXA 3LDLA 4FPBA 1QZ5A 3U9DA 1EQYA 1BOTO 1T6CA 1MA9B 2BTFA 2H3GX 3FZFA 4FWQA 4B1YB 1ATNA 3VF4A 3ID8A 4CBWA 4ISGA 1HKCA 3SJHA 3RSEB 5KPRA 1R59O 4EAHD 4KBOA 4BROA 2QWMA 4HWIA 3I33A 3MDQA 5EVZA 3WUHA 4BRPA 1NGCA 3AAPA 1XC3A 5AZIB 3O8MA 1HUXA 3L0QA 2QW9A 3O4WA 4ISEA 2P9LA 2IVPA 4IJNA 4I6MB 3FFKB 2CH6A 3UKUA 2P9PA 3UB5A 3JS6A 3SMSA 3ZEUA 2DPNA 2YCHA 4BRHA 4QS8A 1YVNA 4H0VB 2FSJA 2Q97A 4H0TB 2NRHA 2P9NA 1NGHA 3MN7A 4NB4A 5LY3A 5AQKA 2E88A 3DXMA 1ESVA 3MK6A 3MMVA 1NGAA 4BGAA 4WQ5C 3ZETB 2FSNA 3IFRA 3FZMA 2QXLA 3CJCA 1YUWA 2QWOA 4FWMA 5AQVA 1X3MA 2FXUA 3LDQA 3WXIA 2GWKA 3VETA 4BVPA 2P9SA 2BUPA 4BC4A 1WUAA 1GLLO 3ENOA 3JXUA 1KAXA 3VGKA 1HLUA 1MWMA 4FWRA 5KQDA 3VENA 3H1VX 3QMLA 2W41A 4BR9A 3A5MC 1MDUB 2GTDA 1RFQA 3VGMA 3FZHA 5TKYA 2WUSA 3CJAA 5EX5A 3EKSA 3SMPA 4BRIA 5F1XA 1CZAN 4PKGA 2ZF5O 4BR7A 1TYQA 1QHAA 4H0OA 5E26A 5AQLA 5BPMA 4BG8A 2CGJA 5BN8A 2V52B 5CE3A 2P9UA 1K8KA 4H5TA 1Y64A 5AQIA 2ASMA 4MLEA 4FWLA 1NMDA 3D2FB 1QQNA 2E2QA 2D0OA 1BG3A 1NGBA 2W40A 4FWKA 3VEOA 2P9KA 1XUPO 3DXKB 3TU5A 3M6GA 4BRFA 4H0PA 3IMXA 2KHOA 4J8FA 2ASOA 4PKIA 4CZJA 4XH1A 3HBTA 3WXLA 5BR9A 2GELA 4BRKA 3VOVA 4O8KA 2D0PA 3FE1A 2A3ZA 4DQ8A 4EHTA 3VEZA 1NGDA 1U2VA 4Z94A 1Z6RA 4CI6A 4AM7A 5I9EB 1BUPA 4CZKA 4EFHA 2OANA 4B1XB 4K41A 4Y0WA 4JD2A 1IJJA 5KQ8A 3A0IX 3RSEA 4K25A 4EIAA 3VESA 2QWPA 4BR4A 4XEIA 5AQQA 5AQUA 4DHYA 5ADXH 5AZIA 3S41A 2HOEA 5AQXA 3ATUA 1KXPA 4BC5A 1MWKA 3DJCA 4CZMA 5JLHA 3MN6A 1S22A 4H0YB 4H03B 1ATRA 4O5FA 3BP8A 3GOIA 1V4SA 5BRFA 3L4IA 1E4GT 2UYTA 4B1UB 3AARA 5AQFA 3U9ZA 5F0XA 4A62A 2I7NA 1BO5O 5AQTA 3CJ7A 4A2BA 4BRNA 2FF3B 4ISFA 2V51B 3P4IA 2E2NA 1BA1A 3ZX0A 3KHYA 2GWJA 4XH4A 4WQ4A 2F9TA 4WQ5A 4CZEA 2E2PA 3D2EB 4JHDB 2FF6A 2ZWHA 4BVOA 3U4LA 4MO5A 3KVGA 3I8BA 4FO0A 2E20A 5AQYA 2YHXA 4WQ4C 1X3NA 1NM1A 4HTLA 5F2RA 3A5NC 4DCHA 4CBXA 1BWFO 2CGKA 4IO8A 3VF6A 4MLHA 5AQNA 3VERA 2IVNA 2FSKA 3DAWA 3CETA 1NBWA 2P9IB 1QQMA 3CHWA 4CJ7A 3QB0A 5KPTA 2Q2RA 2VYPA 5AQOA 4YDUC 3B8AX 4H5RA 3SK3A 4BR5A 2YJFA 4H0XB 3HZ6A 3VPZA 3FLCO 2YI1A 3C0BA 2A5XA 2CH5A 2P9LB 4CZGA 3CQYA 2QWLA 3U8XA 4MO4A 3W0LA 4A61A 4BREA 5EXWA 3ZEUB 1S3XA 4CZFA 3ULEB 3WQUA 2A6AA 2EWSA 1IG8A 4B1VA 2IVOA 4GNIA 2E8AA 4M7XA 1NGIA 2Q0UA 4BRGA 3DXKA 1KAYA 3BUZB 3QFPA 3H3OB 3M3ZA 5E84A 3AY9A 1GLCG 4BRDA 1OKJA 3GDQA 5EY4A 3WXKA 4FL9A 3O80A 4QS7A 4BC2A 4BG9A 3R8EA 5BN9A 2Q1NA 2PAVA 4IWVA 4H5VA 1NGEA 3M1FA 1SAZA 5BPNA 3C7NB 4FWPA 2PBDA 5BRHA 2CGLA 4K42A 2V7YA 3D7EO 5AFUA 4RCHA 3ENHA 3GBTA 4M63C 3O5BA 1RGIA 5AFUH 1ZXOA 1NGGA 3CI5A 4PL7A 4CZIA 4FWOA 4JNEA 3WT0A 4JAXA 3CERA 4NO7A 3O6WA 4B1ZA 3LM9A 4IXCA 4GY2B 5FPEA 3GE1A 1E4FT 1NWKA 1SQKA 1T6DA 3QBXA 5EOYA 2ITMA 4CD1A 2E1YA 2E2OA 3LDNA 5AQPA 5AQHA 3EO3A 3VEWA 1DGKN 3CIPA 3LM2A 3QDKA 4CZHA 4F9OA 4CD3A 2HMPA 1LCUA 3VEXA 2ZGYA 3UKRB 2A42A 3ZX2A 4I6MA 4IJAA 3LL3A 4BRLA 3UE5A 2A40A 4H5WA 2D1KA 4BRQA 5AQSA 5FPDA 1RDWX 3WQTA 3HI0A 3D2EA 4JHDA 2QM1A 5B8HA 1DKGD 2QWRA 4E1JA 3MN9A 3ZETA 3EN9A 1U2VB 1C0FA 1XQSC 4BR0A 1GLDG 3VGLA 2IIRA 2GUPA 2HF4A 4EHUA 4FWSA 3MCPA 4JD2B 2P9IA 3FZLA 2AP1A 1YXQA 3ZX3A 1NLVA 2YHYA 3FR0A 3MN5A 5AQRA 1NGJA 1U6ZA 4QS9A 5AQZA 3CQXA 4FSVA 3CJ9A 1P8ZA 4M7YA 2J4RA 3IUCA 1NGFA 3L6QA 3WEEB 3A5LC 5AQWA 3H45C 5AZJB 3EL2A 3AAQA 4YDUA 5ELZA 4CZLA 3ULEA 4AM6A 5BREA 3DWLA 1SZ2A 2D4WA 3A8YA 5FPMA 3R9PA 3CJ1A 4BQLA 5BPLA 3VEYA 2NZTA 4DB3A 3HSCA 3QFUA 1BU6O 1BA0A 1GLAG 3LDOA 5LJWA 3H1QA 4A2AA 4B1WB 3OHRA 3UKUB 2P9PB 3D2FA 2QWQA 3C7NA 1BDGA 1GLFO 1ZC6A 4BRCA 4CBUA 3HTVA 1Q18A 1KAZA 3FGUA 2P9NB 2YJEA 1V4TA 3F9MA 3DXMB 1H1VA 2I7PA 5JMVA 2Q0RA 1T44A 4B9QA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3HP6A 3KZBA 1SKRA 3H46O 3HSTB 4H4OA 3VA0A 3RRHA 1LV5A 3AVFA 2Q3SA 4FOEA 2I5JA 4YFUA 4JN4A 1S5JA 3CJBA 5LMNK 3QEPA 2AJQA 5C2DA 3G25A 4BE0A 4FOIA 4BQZA 1OVYA 3KIOA 1LWCA 1HPMA 2IC3A 4FPAA 2HF3A 4FWNA 3BEXA 1QQOA 3KLGA 4J2AA 1JCGA 5HL7L 1Z05A 3FZKA 1K8KB 4CEZA 1VSLA 4LC9B 2A41A 2E1ZA 4I7FA 3IDHA 4KI4A 4GV9A 4CEFA 1WBDA 1NK6A 1GLEG 4AILC 3KD5E 1ZBSA 5BRDA 1L3UA 1JCEA 1J53A 3CCVN 3E9PA 3H6EA 1BISA 1VSIA 3K9JA 2Q36A 3LDPA 3O1WA 4CJKA 3AA5X 3DLKA 1G99A 3DRRA 2HHUA 1HJOA 4H5NA 3WEEA 4B3TK 4IFYA 3DLHA 3LDLA 2G8KA 1WN7A 2BTFA 2OPSA 3FZFA 1CXUA 3BDPA 2ZQBA 2YKNA 2FBTA 3NFAA 1C0TA 1R59O 4KBOA 3KD1E 3I56N 1WB9A 3I33A 3WUHA 1BGXT 3AAPA 2BE2A 3O4WA 1RILA 3VQ4A 4Z4GA 3NH0A 4IJNA 2CH6A 2EX3A 2D0AA 4M3XA 3UB5A 3T7ZA 4E89A 3HT3A 2DPNA 3HK2A 4ICLA 3T3FA 2VG5A 2OZSA 4JKCA 2BDPA 3DLBA 4BECA 4HUGA 1BIZA 2FSJA 4DS4A 2Q97A 4NB4A 2HHVA 3TTCA 2F4VK 5CZ1A 5AQKA 3DXMA 3MK6A 1ILYA 4BGAA 1K73O 1A5WA 3FZMA 1T03A 2QXLA 3CJCA 5AQVA 5DMRA 1X3MA 1KQSM 3WXIA 2GWKA 2VQEK 3BY5A 2BUPA 1F21A 1N8RO 1EETA 1JLEA 1GLLO 3QLHA 1KAXA 3NH2A 1UA0A 1QE1A 4FWRA 4JI3K 2HHIA 4KTQA 4AHTA 2W41A 3HPGA 1JLGA 1MDUB 4QCLA 1VRUA 2FBVA 3EKSA 2JWKA 4CF8A 1S6QA 4PKGA 1ZYQA 4DTRA 4JI0K 2ZF5O 4H0OA 3CC7N 1SUQA 4FJ7A 2CGJA 1ZBFA 3OS0A 1OVQA 1IBKK 3CPWM 5CE3A 1XMQK 2P9UA 1KVCA 4J2DA 4IEEA 3AO5A 5CZ2A 1N33K 1KC8O 3DOKA 4AF1A 2D0OA 4CEOA 4DR2K 4FWKA 3VEOA 4LY7A 4E1MA 4FK0A 1T3VA 3HBTA 5BR9A 2GELA 4BRKA 3G0ZA 3NVKA 1XMOK 4CGDA 4FJJA 3AVMA 1U2VA 4JKBA 5CY4A 4M42A 1WLJA 4CJUA 3KKSA 4CZKA 4EFHA 1W0HA 2YKMA 1VSMA 1IJJA 3F2KA 3A0IX 2WBNA 4E19A 4EIAA 4DTSA 5KGXA 4CF1A 5ADXH 2DY4A 4FM1A 1EKEA 4CZMA 1RT7A 2RE2A 3TAPA 3MN6A 1NK9A 3D6RA 4H0YB 1KLNA 2FBXA 1ATRA 3TARA 1JLBA 4A59A 3VQPA 1D9FA 1B9FA 1W7AA 4OKKA 4CJSA 1HJRA 3K58A 4DQIA 4DFPA 3PIOL 1RBRA 3NE6A 5AQTA 4BRNA 3ZSZA 4JK8A 4C1NK 1LAWA 2FF3B 2HHTA 4DLEA 4ISFA 4FLUA 3P4IA 3ZX0A 1TKXA 4XH4A 4WQ4A 3DRSA 4DTXA 3EEQA 4JHDB 3ENBA 3ZCMA 4MO5A 3KVGA 2EHGA 3LANA 4FCYA 5DK5A 3O3HA 4E7KA 2VGNA 4HTLA 3TAMA 1OH6A 4CBXA 3VF6A 3KLFA 2IVNA 1WSGA 3SUOA 4CJ7A 4DV3K 2HNZA 1J9AA 4B3OA 4YDUC 4H5RA 3OYEA 1VQON 3OBYA 5GADP 1S1UA 3C0BA 3SV3A 3O9RA 3OYAA 2P9LB 1S1VA 4E1NA 2QWLA 2IDOA 5SWMA 4BREA 4NCBA 3ZEUB 4JK7A 2ZM6K 3F9KA 4CK1A 5JVHL 4WF9L 3WQUA 4CEDA 4DLGA 2B4JA 4CFAA 2EWSA 1IG8A 1FK9A 4IFVA 4M7XA 1YTUA 3BUZB 4BWMA 1XNRK 5E84A 2KZMA 3WXKA 4BC2A 4BG9A 5BN9A 3EY1A 4IWVA 3K5NA 1VSDA 4FWPA 1B9DA 2CGLA 4K42A 1U48A 4PA1A 4RCHA 3ENHA 1YI2N 3O5BA 3RMDA 2HBKA 4CZIA 1G15A 1TAQA 4FWOA 3OYBA 3O6WA 3CCJN 3KK7A 4B1ZA 1VSJA 3LM9A 3CCQN 4JYAK 2NRVA 3LAMA 1RBSA 4KTZA 3OW2M 4NLCA 4NYNA 4CHZA 4FZZA 3G71N 3J80O 4JI6K 4C1NI 3OYCA 4PHTX 1YJ9N 4HTUA 4KO0A 4AHUA 1LCUA 2ZGYA 3Q7BA 3J7YP 3AO4A 1HNXK 3AVLA 4H5WA 1J5EK 5AQSA 5FPDA 1RDWX 1W97L 2ZJRL 3A2FA 3SI6A 3ZSVA 4Z4IA 5KI6A 4QOZB 1U47A 4KB0A 1P90A 4CIFA 4BE7B 1GLDG 1JXEA 3C94A 1KSPA 2IIRA 5SZTA 1Q9YA 3ULDA 4FWSA 2LSNA 2F96A 1Q8IA 4LSLA 3MCPA 5JVGL 3ZX3A 4DV6K 4GV3A 3CJ9A 1P8ZA 4JKDA 3WEEB 3OYGA 3EL2A 4IOCL 5ELZA 1JJ2M 4M41A 1KCFA 2O4GA 4AM6A 3TTDA 1A5VA 3CJ1A 5BPLA 4CVNE 1IBMK 3KLIA 3VEYA 1K9MO 4RG8A 4FLZA 1CZBA 1GLAG 3LDOA 4WFAL 4FLYA 4FLTA 3ZYYX 1FW6A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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