The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
93
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sequence length |
374
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structure length |
374
|
Chain Sequence |
EEEIAALVIDNGSGMCKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRHQGVMVGMGQKDSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEHGIVTNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPVLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNTPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVMDSGDGVTHTVPIYEGYALPHAILRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFTTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFEQEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPEALFQPSFLGMESCGIHETTFNSIMKCDVDIRKDLYANTVLSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWISKQEYDESGPSIVHRKCF
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Cryo-EM structure of a human cytoplasmic actomyosin complex at near-atomic resolution.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Actin, cytoplasmic 2
|
| molecule tags |
Contractile protein
|
| source organism |
Homo sapiens
|
| total genus |
93
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| structure length |
374
|
| sequence length |
374
|
| chains with identical sequence |
B, C, D, E
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2016-04-27 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00022 | Actin | Actin |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Nucleotidyltransferase; domain 5 | ||
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Nucleotidyltransferase; domain 5 | ||
| Alpha Beta | Alpha-Beta Complex | Actin; Chain A, domain 4 | Actin; Chain A, domain 4 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1ATN A; 2QW9 A; 2D4W A; 3VEO A; 1OKJ A; 3UKR A; 1WUA A; 2FSK A; 4RCH A; 3ENO A; 4CZK A; 4BG8 A; 1D4X A; 3A5L C; 3EKS A; 2IVP A; 4H03 B; 3C0B A; 4H0O A; 4KBO A; 3VEZ A; 3BF3 A; 2CH5 A; 5E84 A; 4HTL A; 5F1X A; 2WUS A; 3D2E B; 4FPA A; 3AY9 A; 1T6C A; 3WQU A; 4FWO A; 1MDU B; 4IZ9 A; 5JMV A; 3D2E A; 1GLD G; 1GLE G; 3H1Q A; 1GLL O; 5AQZ A; 2KHO A; 2W40 A; 4JHD B; 3ZX0 A; 2E2O A; 4PL8 A; 4FOE A; 4BR9 A; 4BRL A; 4CD1 A; 1JCF A; 3GL1 A; 4CZM A; 4DQ8 A; 5BRH A; 4JHD A; 2GEL A; 3VF4 A; 2FSN A; 3LDO A; 3VGL A; 3MN5 A; 2ZGY A; 4ISF A; 3EL2 A; 5KPT A; 1Q18 A; 5F0X A; 1V4T A; 2IVN A; 1S22 A; 1YVN A; 3B8A X; 4BRF A; 1ATR A; 3DWL A; 4FWS A; 1YAG A; 5AQW A; 1RDW X; 1GLA G; 5AQH A; 4DB3 A; 3ZET B; 3MCP A; 4JD2 B; 3EO3 A; 2VCP A; 4H5W A; 2IIR A; 3A5M C; 1Z05 A; 2A6A A; 3WXI A; 4DHY A; 3ZET A; 4BQL A; 1DKG D; 4JD2 A; 5AFU A; 4WQ5 A; 3O80 A; 3QBW A; 3CET A; 3SMP A; 3VET A; 5KQ8 A; 3CJC A; 3IUC A; 4H5N A; 5BRD A; 5LJW A; 1KAZ A; 2QWO A; 3CER A; 1MA9 B; 4FWP A; 4BVO A; 4JN4 A; 3FZL A; 5ELZ A; 2GEM A; 2ZF5 O; 1BOT O; 2HOE A; 3LDN A; 2ZGZ A; 1GLC G; 5ADX H; 3ZEU A; 1ESV A; 2ASO A; 3M3Z A; 3HZ6 A; 5KPR A; 4H0X B; 5AFU H; 3GG4 A; 1RGI A; 5LJV A; 3MN6 A; 3H46 O; 3UKU B; 1C0F A; 1IG8 A; 4JNE A; 5F2R A; 1QQN A; 4ISG A; 1T44 A; 2FF6 A; 3FZF A; 1T6D A; 1RFQ A; 3U9D A; 3UE5 A; 1X9J A; 4BGB A; 5BR9 A; 3O6W A; 3ID8 A; 4BC4 A; 3A5O C; 2VWB A; 3MN7 A; 3GE1 A; 3H6E A; 2YHX A; 4WQ4 A; 5BRF A; 1TUU A; 4B1X B; 2Q1N A; 3A8Y A; 2E88 A; 2A5X A; 2Q97 A; 2P9U B; 4QS7 A; 3DXK B; 4RWT A; 2EWS A; 3L0Q A; 1Y64 A; 3LDQ A; 1BWF O; 3KVG A; 5AZJ B; 2ASP A; 2P9U A; 3DXK A; 2A41 A; 5JLH A; 5KPZ A; 2P9I A; 4BGA A; 4Z94 A; 4CD3 A; 2QXL A; 4WQ5 C; 3QIC A; 5AZJ A; 4YDU A; 2A3Z A; 3H3O B; 3VER A; 4BRE A; 1HKC A; 3G25 A; 2P9P B; 3SK3 A; 4QS8 A; 4MLE A; 4K42 A; 3IDH A; 5AQU A; 4BC2 A; 5B8H A; 4H5R A; 3AAP A; 2GTD A; 2OAN A; 5JLF A; 2AA4 A; 5AQO A; 5AZI B; 3CQY A; 2YI1 A; 2FLO A; 2V52 B; 4BQZ A; 3ATV A; 4XH5 A; 2HMP A; 4PL7 A; 4XEI A; 4EIA A; 1NGD A; 1QQO A; 4K41 A; 4BRQ A; 2E8A A; 2YHY A; 1NGH A; 2DPN A; 2CH6 A; 1NM1 A; 4IXC A; 4WQ4 C; 3F9M A; 5AQS A; 3U4L A; 2A42 A; 1HUX A; 3HTV A; 4CBW A; 3DXM B; 2FSJ A; 5FPE A; 3BF1 A; 3W3D A; 1NGE A; 2P9N B; 3DJC A; 2P9S B; 3DXM A; 3MN9 A; 4AM7 A; 1QZ6 A; 5EXW A; 2D1K A; 3OHR A; 1JCE A; 3M6G A; 3EKU A; 5AQP A; 2QWQ A; 5FPD A; 3L4I A; 2F9T A; 4CBX A; 5AQL A; 4FL9 A; 4YDU C; 1SZ2 A; 2PAV A; 4HWI A; 4H5V A; 4BRM A; 1CZA N; 4B1Z A; 2NLX A; 2PBD A; 5ADX A; 3AAR A; 5AQQ A; 1NBW A; 2VYP A; 3CJB A; 4PKG A; 3O8M A; 1JCG A; 2HF4 A; 4BR2 A; 3O4W A; 3RSE B; 3WQT A; 2CGL A; 4FOI A; 3BP8 A; 3FLC O; 4CI6 A; 1NLV A; 4CZH A; 2ZWH A; 3RSE A; 1GLB G; 4XH1 A; 2P9L B; 2ITM A; 3WXK A; 5KQD A; 1BUP A; 2QWM A; 2YHW A; 3R6M A; 5CE3 A; 2I7N A; 2P9L A; 2QWP A; 1U2V B; 3ULE B; 4B1W B; 3AAQ A; 3JXU A; 2E2N A; 3EZW A; 5EX5 A; 5BPM A; 3CJ9 A; 3FZM A; 3VES A; 1U2V A; 2HF3 A; 3ULE A; 1HJO A; 1BG3 A; 3MMV A; 5JIC A; 1Z6R A; 4CBU A; 3BUZ B; 3CJ1 A; 3L6Q A; 4FO0 A; 4J8F A; 1KAY A; 2D0O A; 1GLF O; 4MO4 A; 3QDK A; 3MK6 A; 1TYQ B; 5AQN A; 1SAZ A; 4IJN A; 3MDQ A; 3UKU A; 2H3G X; 4FWN A; 4BRG A; 5EY4 A; 3P4I A; 4BRC A; 5FPM A; 1TYQ A; 3HBT A; 4CJ7 A; 2ASM A; 3LDL A; 3VEY A; 3FFK B; 5AQY A; 4BG9 A; 5I9E B; 2Q31 A; 3QBX A; 4CZF A; 3A5N C; 2E1Z A; 1E4F T; 3WXJ A; 1C0G A; 2V7Z A; 4EHT A; 5AQI A; 3M1F A; 4H0T B; 3FR0 A; 3SLC A; 3W0L A; 1HPM A; 1K8K B; 4CZJ A; 3C7N B; 4LC9 B; 1K8K A; 4CZI A; 3SMS A; 5AQX A; 4EHU A; 4A2A A; 1QQM A; 5EOY A; 2E2P A; 3GBT A; 2W41 A; 4Y0W A; 3KZB A; 1TUY A; 3LL3 A; 3FGU A; 2P9P A; 4WYB A; 4BRA A; 3QML A; 3HSC A; 3VF6 A; 1NGG A; 2Q36 A; 2F9W A; 4BR7 A; 5AQG A; 5AQR A; 1EQY A; 2GWK A; 4I6M B; 4M63 C; 1J6Z A; 5AZI A; 3CHW A; 2CGJ A; 3R8E A; 3U8X A; 1QHA A; 4RTF D; 4I6M A; 4DCH A; 3LDP A; 3O1B A; 4GY2 B; 4FSV A; 4K43 A; 3UKR B; 1NGJ A; 3VGK A; 2GWJ A; 4FPB A; 5TKY A; 3QFU A; 4M7Y A; 1QZ5 A; 1HX1 A; 2QWN A; 5E26 A; 1DEJ A; 3WT0 A; 3ZX3 A; 1NGC A; 2BTF A; 1ATS A; 3CQX A; 4BR0 A; 5LY3 A; 2QWL A; 3WUH A; 3A0I X; 1XC3 A; 5AQJ A; 2Q0R A; 3GDQ A; 3LM9 A; 4L3Q A; 1YUW A; 1NGI A; 3HI0 A; 5AQV A; 4A2B A; 4FWQ A; 4H0Y B; 1V4S A; 4BRD A; 2P9N A; 3WXL A; 3WEE B; 2P9S A; 3VF2 A; 2YJF A; 3H1V X; 3TU5 A; 1WOQ A; 1IJJ A; 3VGM A; 3WEE A; 4CZG A; 1BU6 O; 3CIP A; 1NGB A; 3QFP A; 1S3X A; 3TPQ A; 5EVZ A; 2BUP A; 3CI5 A; 4IWV A; 1E4G T; 2UYT A; 3HM8 A; 2Q2R A; 4PKH A; 4F9O A; 4NB4 A; 2E1Y A; 4IO8 A; 4MLH A; 5AQM A; 5BPL A; 2YJE A; 3LM2 A; 3U9Z A; 1KAX A; 4QS9 A; 4AM6 A; 4C23 A; 4GNI A; 3VEN A; 4BR5 A; 2FXU A; 4BRH A; 4BC5 A; 3KHY A; 2NRH A; 1LCU A; 3GOI A; 1HLU A; 1BO5 O; 5AQF A; 1MWK A; 3UB5 A; 2CGK A; 4EAH D; 1H1V A; 1G99 A; 2I7P A; 1DGK N; 4FWL A; 3DAW A; 3EN9 A; 5FPN A; 4BRO A; 4BRK A; 4BR4 A; 3O5B A; 4O5F A; 3FE1 A; 1XUP O; 1U6Z A; 3JS6 A; 1P8Z A; 1ZBS A; 3QB0 A; 2Q0U A; 4E1J A; 2AP1 A; 3IFR A; 3ZEU B; 1XQS C; 1X3M A; 2E20 A; 4BRI A; 1YXQ A; 1R59 O; 2P9K B; 3SJH A; 1HKG A; 4BC3 A; 4B1U B; 4CZL A; 3BEX A; 3VEV A; 4O8K A; 2P9K A; 3D2F B; 4K25 A; 1NMD A; 1ZXO A; 2E2Q A; 4NO7 A; 1HKB A; 4CZE A; 3VEW A; 1BA0 A; 3D2F A; 3O1W A; 1BA1 A; 2FF3 B; 4BRN A; 4FWM A; 4B1V A; 4A61 A; 4B9Q A; 3VOV A; 4B1Y B; 4BRP A; 2J4R A; 4A62 A; 4FWR A; 5BN9 A; 1NWK A; 3J8A A; 3FZH A; 3FZK A; 3D7E O; 2D0P A; 4FWK A; 4ISE A; 4BVP A; 3C7N A; 4MO5 A; 2V7Y A; 1MWM A; 4XH4 A; 1BDG A; 1GLJ O; 5BPN A; 1SQK A; 3S41 A; 5BRE A; 1LOT B; 4IJA A; 5BN8 A; 2A40 A; 3VPZ A; 2P9I B; 4EFH A; 4JAX A; 3H45 C; 3I33 A; 4H0V B; 1KXP A; 2V51 B; 3IMX A; 3ZX2 A; 1ZC6 A; 3VEX A; 3ATU A; 2QWR A; 1X3N A; 4M7X A; 5AQT A; 4H5T A; 4PKI A; 2IVO A; 3I8B A; 3CJ7 A; 3H3N O; 5AR0 A; 2QM1 A; 5AQK A; 2NZT A; 2YCH A; 1NGF A; 3ENH A; 4H0P A; 3O08 A; 3R9P A; 3CJA A; 1NGA A; 2GUP A; #chains in the Genus database with same CATH topology 5HRR A; 2QW9 A; 3DLG A; 1WLJ A; 1WUA A; 4LH5 A; 4RCH A; 1K6Y A; 3ENO A; 3A5L C; 3ZSR A; 4KBO A; 3OYJ A; 4CK2 A; 3KTQ A; 3BF3 A; 1BI4 B; 3VTH A; 2NUB A; 3OY9 A; 3AGK A; 4M3Z A; 5E84 A; 4HTL A; 3D2E B; 1BI4 A; 3VQ4 A; 4NYF A; 4U7B A; 2HHQ A; 3D6R A; 4FWO A; 1S1V A; 4IZ9 A; 1S1T A; 4JKA A; 3RR8 A; 4DR3 K; 3D2E A; 4CEO A; 4CF1 A; 4WF9 L; 1GLE G; 4H8K A; 4TSX A; 3SNN A; 3UIQ A; 2ZM6 K; 1D8Y A; 3G6E N; 3LAN A; 3PSF A; 2E2O A; 3O3G A; 4YOW A; 4BR9 A; 4V19 S; 4CD1 A; 4KFB A; 1JCF A; 3GL1 A; 2GEL A; 1WNS A; 4GV9 A; 3VF4 A; 3F2K A; 1LV5 A; 1GOB A; 2ZGY A; 1SL0 A; 4HCC A; 5J2P A; 1NK5 A; 3B8A X; 1KCF A; 4FWS A; 5C2F A; 5JVH L; 1GLA G; 3AV9 A; 2X74 A; 1WSH A; 3HXM A; 2OPQ A; 2A6A A; 4BQL A; 3TAF A; 4HTU A; 3IAY A; 4WQ5 A; 3QBW A; 1U48 A; 1JLF A; 2KZZ A; 3CER A; 1MA9 B; 1VQP N; 4FWP A; 3VMF B; 3VQ5 A; 3EE9 A; 3VQ8 A; 3HJF A; 4O0I A; 3LDN A; 4DWI A; 3CYM A; 5ADX H; 4NYN A; 4CK3 A; 1B9F A; 3CXC M; 3LZJ A; 3ALY A; 4ILG B; 4CGD A; 3BZK A; 4LSL A; 5M1N A; 4DR5 K; 3A2F A; 3CC2 N; 1IBL K; 3TSU A; 5LJV A; 3MN6 A; 4FJM A; 3CF5 L; 1S9E A; 1DT9 A; 1FKP A; 1VSD A; 2Y1J A; 5F2R A; 1T44 A; 3ID6 A; 1RFQ A; 3U9D A; 5BR9 A; 4DSJ A; 2VWB A; 1KRP A; 4FLX A; 2Q1N A; 1EXQ A; 2E88 A; 2A5X A; 3RMB A; 1IKX A; 2Q97 A; 3QET A; 1NKC A; 2EX3 A; 3KVG A; 2NRT A; 3U3Y A; 3PLA A; 4FJI A; 2A41 A; 2P9I A; 1RDA A; 4MDB A; 3K2P A; 4OKE A; 4BGA A; 2QXL A; 4WQ5 C; 4CF2 A; 2OPS A; 2F7T A; 4YDU A; 1RBR A; 4DSI A; 3LAM A; 1O13 A; 1BIU A; 4NLC A; 1HKC A; 3G25 A; 2P9P B; 4QS8 A; 4MLE A; 4K42 A; 5B8H A; 4ELT A; 3VQP A; 3SYZ A; 3C94 A; 5JLF A; 4DUY K; 3T1H K; 4KH4 A; 3TSP A; 3KLI A; 1Y97 A; 4X65 K; 3HYF A; 4CE9 A; 3ATV A; 4F3T A; 3E01 A; 4FJK A; 1HNZ K; 4K41 A; 4CED A; 4CJE A; 3NHG A; 3U6F A; 4DTM A; 1NGH A; 4YOY A; 1EP4 A; 1EKE A; 1YTA A; 1WB9 A; 1NM1 A; 4F2S A; 4IXC A; 3F9M A; 5AQS A; 3U4L A; 3L2Q A; 5JVG L; 2G8I A; 2YX6 A; 5FPE A; 4PQU A; 3TTD A; 3DRP A; 4FJ8 A; 1I94 K; 2YKM A; 3W3D A; 2P9N B; 3TAQ A; 3OJU A; 3CC4 N; 3MN9 A; 2D1K A; 3DMJ A; 1JCE A; 2QWQ A; 5FPD A; 5AQL A; 2RE2 A; 4YDU C; 1SZ2 A; 4BRM A; 4CJ5 A; 3ZT4 A; 3F73 A; 5HRS A; 1SKS A; 1HNV A; 4B8C A; 1NBW A; 2VYP A; 3F5T A; 1KVB A; 3O8M A; 1JCG A; 2ZQB A; 3I56 N; 4BR2 A; 3DRR A; 1BHL A; 3WQT A; 3BP8 A; 3OJS A; 1NLV A; 5M1Q A; 4Z4H A; 4KI6 A; 2KFN A; 4XH1 A; 2P9L B; 2NNW A; 3J7A P; 3DOL A; 5J2M A; 2YHW A; 3C65 A; 2P9L A; 3VA0 A; 3ULE B; 4B3O A; 4CW7 B; 3AAQ A; 2E2N A; 3EZW A; 5GAG P; 4DTN A; 4CJF A; 3FZM A; 5C12 A; 3ULE A; 3OYD A; 1HJO A; 3K5L A; 2OYQ A; 1YJN N; 4JEP A; 1WSF A; 2HVH A; 3WNG A; 1B92 A; 1HYS A; 3L6Q A; 3D0P A; 4J8F A; 1VQ7 N; 5KI6 A; 2P5G A; 4MO4 A; 3MK6 A; 4A59 A; 3UKU A; 1QTM A; 1HJR A; 2FC0 A; 4BRC A; 5LMU K; 3MX5 A; 3LDL A; 2OZS A; 3CMA N; 3VEY A; 4KHS A; 1L3U A; 3B6O A; 3QNO A; 1LWF A; 3CCS N; 2VGM A; 4N41 A; 3RMA A; 4FW1 A; 4H0T B; 1EWR A; 2E6L A; 3AVF A; 5E41 A; 4FJ7 A; 4CZI A; 1W7A A; 2OTL N; 4RW6 A; 3KJV A; 3SMS A; 2P1J A; 4A2A A; 2VQE K; 3KLH A; 2DTU A; 3THX B; 3GBT A; 2W41 A; 4Y0W A; 3KZB A; 1TUY A; 4Y1D A; 3HSC A; 1WSJ A; 3THX A; 3VF6 A; 4X64 K; 1NGG A; 4BR7 A; 1NJZ A; 3CC7 N; 2GWK A; 1RDC A; 4I6M B; 5AZI A; 3R8E A; 3U8X A; 4FJG A; 1YT3 A; 3SAG A; 4F8R A; 1UWB A; 4I6M A; 4J2A A; 4GY2 B; 1S9G A; 3G71 N; 4W5Q A; 2G8V A; 1E3M A; 2HHI A; 4M7Y A; 1QZ5 A; 3THW B; 5E26 A; 3T1Y K; 1YIJ N; 3PY8 A; 1VRU A; 1ATS A; 5HBM A; 4BR0 A; 4JI1 K; 3OYA A; 4B9T A; 3THW A; 2ETJ A; 4IO9 L; 3A0I X; 1RTI A; 3EEQ A; 3DLK A; 3LM9 A; 4L3Q A; 3QER A; 4A2B A; 2UUB K; 1YVU A; 1V4S A; 4FJX A; 3WEE B; 5JEN A; 1Q7Y O; 1KC8 O; 3MWP A; 1WOQ A; 4FW2 A; 3P1G A; 3C6H A; 3WEE A; 1REV A; 5CZ1 A; 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