5JLHA

Cryo-em structure of a human cytoplasmic actomyosin complex at near-atomic resolution
Total Genus 93
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
93
sequence length
374
structure length
374
Chain Sequence
EEEIAALVIDNGSGMCKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRHQGVMVGMGQKDSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEHGIVTNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPVLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNTPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVMDSGDGVTHTVPIYEGYALPHAILRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFTTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFEQEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPEALFQPSFLGMESCGIHETTFNSIMKCDVDIRKDLYANTVLSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWISKQEYDESGPSIVHRKCF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Contractile protein
molecule keywords Actin, cytoplasmic 2
publication title Cryo-EM structure of a human cytoplasmic actomyosin complex at near-atomic resolution.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 93
structure length 374
sequence length 374
chains with identical sequence B, C, D, E
ec nomenclature
pdb deposition date 2016-04-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5jlhA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5jlhA02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 5jlhA03
2A40A 2Q31A 1HJOA 3SK3A 1BWFO 1SZ2A 3D2EB 2H3GX 4H0PA 4B1WB 3U4LA 3DWLA 5AR0A 3IMXA 3FZFA 4CZLA 4CZHA 5AQMA 2D1KA 4BR0A 2Q1NA 5FPNA 3F9MA 4H0TB 2E2PA 5EOYA 3BF3A 2QWOA 5AQVA 2HF3A 4GNIA 1J6ZA 1NGIA 1IG8A 3VGKA 4PL8A 4RCHA 5JLHA 3WXLA 3MK6A 1ZXOA 3VEYA 1GLLO 1U2VB 3A5NC 4K43A 3MN5A 4L3QA 5BN9A 2D0OA 4Y0WA 2WUSA 2P9PB 3AARA 4FWMA 2CH5A 3A5LC 1WOQA 4K42A 4MLHA 4A62A 3H45C 5AQFA 5AZIB 2E88A 5KQ8A 1NGHA 2ZWHA 4AM6A 1P8ZA 3O1BA 3VESA 1LOTB 4H5VA 2IVNA 1R59O 1MA9B 3BEXA 4FWPA 1T6CA 4H5TA 4BQZA 3LDNA 4M7XA 5AQSA 3CJ1A 4ISGA 4HWIA 2KHOA 3A0IX 3CETA 1QQOA 3O8MA 3FZMA 4M63C 3UE5A 1JCGA 3LDPA 4B9QA 3VF6A 3LM2A 4IZ9A 4C23A 5KPTA 1NBWA 3FZHA 1NM1A 3W0LA 4B1XB 4GY2B 3CI5A 2P9NB 4CD3A 2EWSA 1GLCG 1DGKN 1KAYA 5FPDA 2AP1A 2FSJA 4CZIA 1SQKA 4RTFD 5BPNA 3VF2A 4F9OA 3M3ZA 5E84A 3ZEUA 4IWVA 3SJHA 4BGBA 5AQHA 4BC4A 3AAPA 3ATVA 4BR2A 1BUPA 4H0OA 3LDQA 3M1FA 3GE1A 2GEMA 2YI1A 2ASOA 1BOTO 2Q0RA 4MO4A 4JHDA 5ELZA 1NGCA 1BU6O 3HSCA 2QW9A 4B1VA 2DPNA 3P4IA 2VCPA 3VGMA 3MCPA 2PBDA 1BDGA 3HM8A 3CHWA 2E8AA 3VGLA 3EZWA 1NGAA 5BRHA 3DAWA 3FLCO 3O1WA 4FPAA 5FPMA 3U9DA 1GLBG 3WXKA 3WXJA 5I9EB 2IIRA 3CERA 3WUHA 5JLFA 2GWKA 4O8KA 3A5MC 1NGEA 3LM9A 5ADXH 4ISFA 2UYTA 4BROA 2QWPA 3JS6A 3R8EA 2QXLA 4K25A 1D4XA 1YVNA 3HI0A 4WQ5A 1YXQA 4CI6A 1ATSA 3KVGA 2E2OA 1X9JA 2V7ZA 3BF1A 3H1VX 1ATRA 5AQTA 2YJFA 4CZEA 3ENHA 4PKHA 3O80A 1HX1A 4XEIA 3ID8A 4B1UB 1RDWX 1TYQA 5LJVA 3C7NB 2P9SB 3GBTA 3VEVA 3FGUA 1LCUA 3QB0A 3W3DA 2GUPA 2NRHA 5AQRA 2FXUA 4BRQA 4H5NA 1QZ5A 2V51B 3D7EO 5KPZA 3AAQA 4FL9A 3ZEUB 3MN9A 4MLEA 4IO8A 1S3XA 4BVOA 4FWSA 1OKJA 4A61A 3UKUB 2FLOA 2ZGYA 3CJBA 1CZAN 3H6EA 5F1XA 1E4GT 1E4FT 3M6GA 1RGIA 4JHDB 3KHYA 4MO5A 3CJCA 4RWTA 3SLCA 4FWRA 2P9LA 1H1VA 3FFKB 5AQUA 3LDLA 3CQXA 4JD2A 3ZETA 4BRIA 1S22A 5AQJA 1NGGA 2AA4A 3QBXA 4FWOA 4BR5A 3WQTA 2OANA 4B1ZA 5AQYA 4FWKA 1JCEA 4H0XB 4M7YA 2ASPA 4PKIA 5BPLA 4H5WA 4A2BA 5EVZA 3SMPA 1WUAA 5LY3A 4IJAA 1QQNA 3KZBA 5FPEA 4NO7A 4BRAA 4E1JA 1NGDA 4DCHA 5JMVA 1NWKA 3I33A 2YHYA 3L0QA 1Y64A 3QFUA 2E2NA 4BR9A 1X3NA 5AZJB 2P9KB 4CZFA 3C0BA 4BRNA 3RSEA 3A8YA 3JXUA 3OHRA 2QWMA 3VETA 1ATNA 3WEEA 2CGKA 4CZMA 1TYQB 2YHWA 3VOVA 3FZLA 5AQNA 4I6MA 2NZTA 4XH1A 3CIPA 3A5OC 2ZGZA 4BRLA 4IXCA 5BRFA 1XC3A 4FWNA 5ADXA 1BO5O 2QWQA 4H0VB 4EAHD 5E26A 1GLJO 1XUPO 4H5RA 3QBWA 3LL3A 5KPRA 3VEZA 4WQ5C 1QZ6A 3D2EA 3H46O 3VPZA 3GL1A 3QFPA 1YUWA 3O5BA 2GTDA 4FOEA 4CZKA 3VERA 3WT0A 1MWMA 2A6AA 2Q0UA 1ZC6A 3D2FA 4DB3A 3H3NO 3ZETB 5JICA 2P9LB 3BUZB 2P9UA 2GWJA 2Q36A 2QM1A 3QMLA 3VF4A 5AQGA 4FPBA 3BP8A 5AQOA 1K8KA 1NMDA 2HF4A 2Q97A 2J4RA 5EX5A 1X3MA 2W40A 2I7PA 1U2VA 1BA0A 1Z6RA 3ZX3A 3GG4A 2A42A 2P9PA 3O08A 5AQZA 3WXIA 5AZIA 3VENA 1GLDG 4IJNA 3IDHA 5AQIA 5AFUA 3EO3A 2BTFA 2V7YA 5AQQA 1NGBA 2IVPA 3ULEA 3IFRA 2QWLA 1YAGA 1NLVA 4EFHA 2HOEA 2E2QA 3VEOA 1SAZA 2E20A 1GLEG 3J8AA 4H03B 4CBXA 3AY9A 5F0XA 3G25A 3CQYA 4BR4A 3CJ9A 4QS7A 1KXPA 2P9NA 4PKGA 5BR9A 5AQPA 1HLUA 1Z05A 3O4WA 4BRFA 3EKSA 3QICA 3SMSA 5AFUH 4HTLA 3WQUA 3UKRA 4FWLA 5F2RA 3U8XA 4JNEA 4BR7A 2QWRA 2VYPA 4BREA 4CZJA 4WYBA 3DJCA 4AM7A 3B8AX 4J8FA 2F9TA 4JN4A 4O5FA 4A2AA 1ESVA 4BC5A 3L4IA 3DXMA 3D2FB 2IVOA 4BG8A 3MN6A 3CJ7A 2P9UB 2V52B 1QQMA 4YDUA 1K8KB 4DHYA 1HKGA 1GLAG 4BGAA 3MN7A 5AQLA 2QWNA 2I7NA 4BRDA 4NB4A 4CD1A 1GLFO 4BRCA 4BC2A 1NGFA 4DQ8A 3R9PA 3TU5A 5EXWA 1G99A 1QHAA 2NLXA 4H0YB 5BREA 1HUXA 2Q2RA 1DKGD 4B1YB 4BRMA 2F9WA 2P9IA 3ATUA 4JAXA 2FF3B 3ULEB 2FSKA 3DXKA 3TPQA 2VWBA 5TKYA 1JCFA 3R6MA 4BRGA 1RFQA 2CGJA 3EL2A 2PAVA 1BA1A 1EQYA 3HZ6A 3MMVA 5B8HA 4KBOA 1ZBSA 2ITMA 4CBWA 3C7NA 3IUCA 3H1QA 1HPMA 2D0PA 2P9SA 1MDUB 2YCHA 2BUPA 4CJ7A 3H3OB 1MWKA 3L6QA 1DEJA 3UKRB 4XH5A 1U6ZA 1Q18A 5CE3A 1IJJA 4WQ4C 3HTVA 1C0FA 2FSNA 1TUUA 4FOIA 4K41A 4QS8A 4JD2B 5LJWA 3UKUA 5BPMA 2E1ZA 3HBTA 1XQSC 2E1YA 3MDQA 2ZF5O 4CBUA 1HKBA 3DXMB 1HKCA 2FF6A 2YJEA 3FE1A 3GDQA 4BQLA 1BG3A 2YHXA 2A5XA 5AQWA 3S41A 4CZGA 4BC3A 1T44A 5EY4A 3ZX2A 1NGJA 4BRKA 1KAXA 1KAZA 3LDOA 4PL7A 2W41A 3EN9A 2GELA 4WQ4A 1V4TA 2A3ZA 4QS9A 4EHTA 3GOIA 3VEXA 4FSVA 4BVPA 3CJAA 5KQDA 2CH6A 3U9ZA 3VEWA 3RSEB 2CGLA 3ZX0A 2P9IB 3QDKA 4XH4A 3EKUA 3WEEB 4BRPA 3FR0A 3DXKB 1TUYA 5AQKA 4EHUA 3ENOA 1C0GA 2ASMA 5AZJA 3UB5A 2P9KA 3FZKA 4I6MB 5BRDA 5AQXA 4LC9B 4BRHA 1T6DA 2HMPA 2D4WA 4YDUC 3O6WA 4FO0A 4EIAA 3I8BA 5BN8A 1V4SA 2A41A 4BG9A 4ISEA 4FWQA 4Z94A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2Q31A 5HOOA 3N4QA 1BWFO 3OW2M 3D2EB 4C1NK 3SI6A 2B6AA 4B1WB 1DT9A 3U4LA 3I8DA 4CZLA 4CEBA 5EOYA 1T8EA 1HYSA 2QWOA 2HF3A 5GAGP 4FLUA 3WNGA 4CIFA 5M1QA 1TAUA 2D0CA 4KTQA 4Z4IA 4CFAA 1GLLO 5CZ2A 3A5NC 4KI6A 4DV0K 4ILHA 4FWMA 4DQIA 2CH5A 4FJJA 4K42A 3AVNA 3H45C 3QNOA 1TV6A 1NGHA 2ZWHA 1BQNA 3EEQA 4I2PA 3VESA 4YFUA 3DLEA 2RHKA 1TKTA 1HQEA 1G15A 3BEXA 4R5PA 4M7XA 4N5SA 3CJ1A 2AJQA 4ISGA 4CGJA 4H8KA 1J5OA 3FZMA 3UE5A 1JCGA 1VQON 3LDPA 3KD5E 1UAXA 4B9QA 3FZHA 1NM1A 3W0LA 4CJLA 3SPYA 2P9NB 1LAWA 4V19S 1GLCG 5FPDA 4GV3A 2B4JA 3IS9A 4PQUA 4CZIA 1SQKA 5I42A 3DLHA 2GBZA 3PSFA 1ITGA 3SJHA 5AQHA 2EX3A 3LP0A 3AAPA 3G6EN 4MFBA 5C10A 4FLTA 1BUPA 4RW8A 4W5NA 1LWCA 4ZTJA 2O4IA 2YI1A 5HRRA 4W5QA 1BOTO 5LL6Z 3OYDA 1DTQA 4NLCA 1K73O 1N6QA 4OLAA 3MCPA 1X9MA 3CHWA 3V9UA 4DSIA 3LAKA 3G71N 3EZWA 1NGAA 1Q8IA 2PYLA 1VSJA 1QHTA 3O1WA 4CJSA 3MEGA 3NGYA 3WXKA 3WXJA 3S3MA 3ZT2A 4YNQA 3SNNA 4JRQA 5JENA 3WNHA 4J2AA 3ZSXA 4FYDA 3K5LA 2A1RA 2QXLA 2NRRA 1B92A 1C1BA 5CYMA 2HHWA 3RMCA 3EE9A 1ATSA 4I9LA 4OPAA 3J7YP 4F4KA 3HL8A 4LF9K 1VQ5N 1ZBLA 3ENHA 4LD0A 1N32K 1QQCA 4CERA 5HRSA 2F7TA 4KHNA 1BHLA 1HX1A 1VRTA 5JS2A 2P9SB 3PLAA 3PUFA 1VQ7N 1LCUA 3WNFA 4DTRA 2FBXA 2FXUA 4M3XA 3D7EO 4FL9A 3ZEUB 4OKKA 1Q82O 4BE7B 3MN9A 4A61A 4NXMK 1YTAA 2OZMA 3H6EA 3K57A 1VK0A 5F1XA 3QIPA 3HM9A 2VWKA 4FJGA 3KHYA 3T1HK 3SLCA 4FWRA 3FFKB 3HRGA 4E0DA 3QBXA 4OO1J 3WQTA 2OANA 1IBKK 2HHUA 5AQYA 1YITN 4KB0A 4FJ7A 4H0XB 4M7YA 4YORA 2PYJA 2D5RA 4PKIA 3O3FA 1K9MO 4KI4A 1IKWA 5EVZA 1CXQA 5LY3A 4E19A 1VQKN 4IJAA 4KH5A 5FPEA 4NO7A 4DR1K 4XJXA 5JMVA 3I33A 2UUAK 3MWPA 4A5BA 5FLXO 2ATQA 1ZBHA 3KIOA 3TSQA 4OKEA 4CZFA 4CEAA 4DV5K 1W9HA 2QWMA 4B3SK 4FJ9A 3VETA 3WEEA 1FK9A 1TYQB 2YHWA 4OGCA 1YJ9N 2HBLA 2BE2A 5CZ1A 4IOAL 4I6MA 3U3GA 3SBGA 3MCAB 4KHPK 4IXCA 1RT7A 3HP9A 4H0VB 1FW6A 1XUPO 2QI2A 4DR7K 3QBWA 3VEZA 3OY9A 3D2EA 4OPHA 1NOYA 1KLNA 1YF5L 2KLAA 2XY5A 4LF7K 4YHHK 5KGWA 1ZC6A 3D2FA 3L2RA 4M42A 3AO2A 4M45A 1EETA 2GWJA 3PSIA 2Q36A 2DTUA 2QM1A 3VF4A 2O8FB 4ELTA 4FPBA 4DTPA 3V9WA 5GAHP 3OYGA 5EX5A 1X3MA 1IKVA 2W40A 2I7PA 5KRTA 1YVUA 1JL1A 2HVHA 4DSKA 3O4QA 2RE2A 3GG4A 2A42A 4DU3A 4IEEA 3WXIA 4DF4A 1C1AA 4O4GA 4K8XA 1JLEA 3IDHA 5AFUA 3CPWM 4X62K 4FLWA 2VQEK 4C8LA 5J2MA 1NGBA 1NU0A 4PA1A 1S1TA 1KVAA 2HOEA 3SQ4A 5JS1A 4AH9A 1GLEG 4KH4A 4H03B 3AY9A 4QS7A 1NK4A 2P9NA 5BR9A 4KHWA 4CESA 4DR2K 4BRFA 3CFPA 4E7JA 4HTLA 2GV9A 3UKRA 4FWLA 1L3SA 3TARA 4BR7A 3OYNA 4ELVA 1DTTA 3AVIA 1EKEA 3KLGA 4O5FA 1RTDA 4DFMA 4FJLA 1IH7A 5LMUK 3NVMA 3L4IA 3DXMA 4JKDA 3OYJA 1RT4A 1QQMA 4YDUA 4DHYA 1GLAG 2HNZA 3ID6A 4BGAA 3MN7A 4DLGA 1U49A 4DTNA 1C6VA 3R9PA 3TU5A 4LF5K 3OYCA 3QEWA 1G99A 2ZJQL 4H0YB 5BREA 1U48A 1YI2N 2Q2RA 4E1NA 4KHYA 2VGMA 2FBTA 4DU4A 1UA1A 4KTWA 1F21A 1EX4A 3ITHA 4DTMA 1X9SA 3TPQA 3L2QA 1SL1A 3BY5A 1ILYA 4G9ZA 2D0BA 1BA1A 1EQYA 3T69A 4KBOA 2YKNA 3ZT3A 3V1QA 1T7PA 1TKXA 1HPMA 2W42A 2P9SA 2HHHK 2Q3SA 4Z4HA 3K0SA 3CCQN 3R1XA 1BL3A 1A5WA 2BUPA 1S9GA 3H3OB 4QOZB 3L6QA 2Z1IA 4PWDA 2O4GA 4PY5A 3NF7A 1Q18A 4H4MA 1IJJA 4CCHA 3L3UA 1VQ8N 5M1PA 1TUUA 4FOIA 4JD2B 4RW6A 5LJWA 4IG3A 1XQSC 1O1WA 2E1YA 3MDQA 1HKBA 3AVMA 4E72A 1FXXA 2YJEA 5J2PA 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 1GLD G;  1SKR A;  3NGI A;  1KVB A;  3T1Y K;  5AQQ A;  4DLE A;  4JYA K;  3KTQ A;  3SAF A;  2YKM A;  3P39 A;  3MXM A;  4EFH A;  1NLV A;  3U3Y A;  5FRN A;  2E2Q A;  2PZS A;  3CCJ N;  4JS4 A;  2F4V K;  4IBN A;  4LH5 A;  1VSE A;  3G25 A;  3CQY A;  4BR4 A;  3CJ9 A;  3O3H A;  4PKG A;  1NNE A;  3VQ6 A;  3LWL A;  5HP1 A;  3RRG A;  3QIC A;  4EP5 A;  5E41 A;  4KAZ A;  1NK0 A;  3WQU A;  5F2R A;  2YNH A;  4JNE A;  4E1M A;  4BWJ A;  2O8E A;  2QWR A;  4FLY A;  3B8A X;  4J8F A;  4RW4 A;  4OJR A;  3OS2 A;  2X6S A;  4KV8 A;  4J2B A;  3M5R A;  3L3V A;  3E66 A;  4YOY A;  1LWE A;  2DFE A;  2IVO A;  3MN6 A;  2G8H A;  4CEC A;  2V52 B;  2HHS A;  3C95 A;  2FBY A;  3TAB A;  1RNH A;  1K8K B;  1HKG A;  4RW7 A;  1QE1 A;  4W5O A;  4FJ5 A;  4JK8 A;  4GV9 A;  3VQQ A;  1SUQ A;  1GLF O;  1HNI A;  1VAZ A;  4BRC A;  4CFC A;  4DQP A;  4DR4 K;  1T3V A;  4CJ3 A;  3Q7C A;  4BRM A;  2F9W A;  2P9I A;  3ATU A;  5EU7 A;  3ULE B;  4CJU A;  2FSK A;  3MX5 A;  1Q81 O;  2VWB A;  5TKY A;  3TTD A;  4HHT A;  1JCF A;  1L3T A;  5M1K A;  1B9D A;  1S9E A;  2QK9 A;  3HZ6 A;  3MMV A;  4YOV A;  1S1V A;  4CIE A;  2HHX A;  4HCC A;  5C24 A;  4CFB A;  4BE1 A;  1MDU B;  3SUQ A;  3AVB A;  4CJ7 A;  4CJ5 A;  1DEJ A;  3G4S N;  2HHQ A;  1U6Z A;  2E5L K;  5CE3 A;  2HVI A;  4DSE A;  1UOC A;  3HTV A;  3J80 O;  4K41 A;  4JKB A;  4CGF A;  5C25 A;  1A5X A;  2E1Z A;  1SL0 A;  5KGX A;  2XO7 A;  4CBU A;  4U7B A;  1XC9 A;  4CEF A;  3AVK A;  3SUN A;  1VSH A;  2Z1J A;  2ZQB A;  4FJ8 A;  2YHX A;  2A5X A;  3ZSY A;  5EY4 A;  1D5A A;  1W0H A;  2X6N A;  2JGU A;  3S3N A;  4O44 A;  2A3Z A;  2DFH A;  4FVM A;  2QKK A;  2OCE A;  4QS9 A;  1JLQ A;  3VEX A;  2BAN A;  3CJA A;  3C94 A;  3ZYY X;  4RW9 A;  3LP2 A;  2CGL A;  3ZX0 A;  1WBD A;  3L2U A;  1S72 N;  3L2V A;  4JI5 K;  1D8Y A;  1NK7 A;  3PX4 A;  3DRR A;  4DR5 K;  3PX6 A;  3WEE B;  4EHU A;  3ENO A;  5K14 A;  5LMN K;  2ASM A;  4JKG A;  5AZJ A;  2P9K A;  4I6M B;  3OJS A;  2HMP A;  5GIN A;  1S1W A;  3CF5 L;  4FM2 A;  3OS1 A;  5BN8 A;  1V4S A;  3NH2 A;  4ISE A;  4DFJ A;  4Q5V A;  4DWI A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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