5CE3A

The yersinia yopo - actin complex with mgadp
Total Genus 122
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
122
sequence length
370
structure length
358
Chain Sequence
VAALVVDNGSGMCKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEHGIITNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPVLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNSPAMHVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVSHTVPIYEGYALPHAILRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFTTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFEQEMATAAASTSLEKSYELPDGQVIAIGNERFRCPEALFQPSFLGMESCGIHETVYNSIMKCDVDIRKDLYANTVMSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTIKTKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWISKEEYDESGPGIVHRKC
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Contractile protein/transferase
molecule keywords Actin
publication title The Yersinia YopO - actin complex with MgADP
rcsb
source organism Yersinia enterocolitica
total genus 122
structure length 358
sequence length 370
chains with identical sequence C
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-07-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5ce3A01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5ce3A02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 5ce3A03
2GTDA 5AQNA 1T6CA 1U2VB 2P9KB 2Q0RA 3ZETA 4BROA 3MDQA 1NGGA 1KXPA 1ATNA 2VCPA 5AQSA 3FZKA 1GLFO 3M1FA 3O5BA 3CQYA 4BR0A 5BRDA 1BWFO 1XUPO 1HJOA 3VEOA 5EVZA 5BRHA 3I33A 3ID8A 3AY9A 1NGIA 1WUAA 3CJ1A 3SMSA 1BDGA 3O1BA 4H0XB 2E2QA 3VEXA 3FE1A 3CI5A 4A2BA 2HF3A 2H3GX 2NLXA 3EO3A 4J8FA 2V7ZA 2QM1A 3KHYA 5AFUA 3EKUA 3O08A 4Y0WA 4B1UB 3L4IA 3MN5A 3A5OC 3QFPA 5ELZA 2I7NA 1BU6O 3D2FA 3H6EA 3SMPA 4BVPA 4E1JA 5BPNA 1XQSC 5KQ8A 2V51B 5AQWA 3CHWA 3RSEA 2EWSA 5AFUH 2OANA 1GLBG 2ZWHA 2YHXA 2NZTA 2CGLA 4WQ4A 3LDPA 2GEMA 2V7YA 4QS8A 4QS9A 2E20A 5AR0A 1U6ZA 2E88A 4IJNA 4FWKA 3H45C 1IJJA 1V4SA 3CQXA 3IFRA 5JLFA 3HBTA 1LOTB 3WEEA 5AQUA 3WT0A 1NLVA 1C0GA 4JAXA 3CJBA 4FWMA 2P9IA 4FOIA 2P9LA 4HTLA 2YJFA 2P9SA 3C0BA 2A5XA 4BGBA 1H1VA 2Q31A 4DB3A 4XH1A 2QW9A 2V52B 3HTVA 3EN9A 2E2PA 4A61A 4BG9A 4FWOA 4NB4A 3VEYA 4PKGA 4ISGA 4BREA 1BOTO 1HX1A 4MO4A 5AQVA 2P9KA 2Q1NA 2AA4A 3FGUA 4FOEA 4I6MA 3ATVA 3MCPA 3R6MA 4A2AA 4XEIA 3UKUB 3VGLA 5LJVA 1YXQA 4BVOA 2FSNA 1KAZA 2P9NA 4ISEA 2HOEA 1HLUA 4BR9A 4MO5A 5AQPA 3QB0A 2E1YA 5EOYA 3H1VX 4PKIA 3A8YA 4JN4A 1ESVA 3VEVA 4M7XA 5AQQA 3VF6A 3U9ZA 1GLCG 4F9OA 3D2EA 3MN6A 4RTFD 3VERA 4WQ5C 2A3ZA 4B1YB 4FL9A 1DGKN 3HZ6A 4FPAA 3VF4A 5E26A 2GWJA 3ULEA 5EXWA 3MMVA 1HKBA 4ISFA 4PL8A 4BQLA 4H5WA 5B8HA 3DXKB 1BA1A 1V4TA 3SLCA 1IG8A 1E4GT 4EAHD 2W40A 3VGKA 2ASMA 3EL2A 4AM6A 3ATUA 1Y64A 1ATRA 4B9QA 2Q36A 1Q18A 2CH6A 1TYQB 1NGBA 2AP1A 5KPZA 1P8ZA 3DAWA 1ZC6A 1NWKA 3SK3A 4BRFA 4BR2A 1RDWX 4CZKA 4BRQA 2A6AA 4BC3A 4CZFA 4MLEA 4H0VB 1NGCA 1NGEA 4CZEA 2QXLA 3FZHA 1BO5O 4WQ5A 1JCFA 4H0TB 4JD2A 2GUPA 5BN8A 1KAYA 4K25A 4FO0A 4LC9B 4IZ9A 3O1WA 1TUYA 4FWLA 4BGAA 4BQZA 4BR5A 2BUPA 2ZGZA 4B1VA 4CBUA 2FF3B 3CJ9A 4HWIA 3JXUA 2YCHA 4PKHA 3C7NA 3LM9A 2VYPA 3H3NO 5F2RA 4BRAA 1GLAG 4JHDA 4BRPA 1E4FT 4BRCA 4FWPA 1QZ6A 4B1ZA 1G99A 3CERA 1GLLO 2A40A 3WQTA 3JS6A 3SJHA 3UKUA 3CIPA 1JCEA 2P9UB 4IJAA 1K8KA 4XH5A 1NGFA 2A41A 2D4WA 3D7EO 5FPMA 3ZX2A 3DXMB 3IUCA 4BRLA 1DKGD 1SQKA 2QWLA 1T44A 4DQ8A 5FPDA 1HKCA 1QZ5A 2F9WA 3CJCA 1EQYA 2QWOA 2HMPA 1TUUA 3O4WA 1GLDG 5AQHA 1D4XA 4JNEA 3QMLA 4YDUC 5BREA 1HPMA 4FSVA 2P9PB 4NO7A 4BR4A 2F9TA 2NRHA 4MLHA 2UYTA 3ZETB 5AQKA 3MK6A 3VEWA 2WUSA 4RCHA 4IXCA 1NBWA 3H3OB 1BUPA 3H46O 2YHYA 4CZMA 3EKSA 2Q97A 5AQIA 5AZIA 1BG3A 3A5LC 4H5NA 4QS7A 3LDOA 3AARA 2QWMA 4H5RA 1ZBSA 4C23A 3KVGA 1QHAA 1U2VA 4FPBA 2ZGYA 3I8BA 1JCGA 2QWNA 5AQRA 2YJEA 4BRHA 1X3NA 4H5VA 5E84A 2Q2RA 1NM1A 3WXKA 4DHYA 4GNIA 2VWBA 3GBTA 2PAVA 1ATSA 4Z94A 4O8KA 1NGAA 4BRDA 1RFQA 3D2FB 3IMXA 5AQZA 4M63C 3RSEB 3GG4A 1HUXA 5AQLA 4H0PA 2BTFA 2QWRA 1R59O 3DWLA 2J4RA 3FZLA 4FWNA 5BRFA 3TU5A 2IVNA 2CGKA 1MA9B 5AZJB 4H03B 4AM7A 1S3XA 4O5FA 1QQMA 5JICA 2FXUA 3IDHA 1XC3A 4K43A 3HI0A 5EX5A 3FZMA 3P4IA 3WEEB 2Q0UA 3LL3A 3MN7A 5KPRA 5KQDA 5KPTA 3VEZA 2P9IB 5FPEA 3FR0A 2P9LB 4EFHA 2QWPA 1CZAN 1X9JA 1Z6RA 5BPLA 3ZEUB 3LM2A 5F1XA 3QBWA 3WQUA 1KAXA 1GLJO 5AQGA 3BF1A 2D0PA 4K41A 4CD3A 1C0FA 4CI6A 5F0XA 5AQFA 2P9PA 3O80A 1T6DA 3BEXA 2KHOA 1S22A 2IVOA 4I6MB 3UE5A 1NMDA 3QICA 3ZX3A 1GLEG 3BUZB 3VGMA 1RGIA 3H1QA 3GL1A 4GY2B 2P9NB 3O6WA 3DJCA 3VOVA 2W41A 4WQ4C 1SZ2A 4BC4A 2D1KA 3VETA 2GWKA 3CJ7A 4KBOA 3WXJA 4WYBA 3L0QA 3BP8A 3CETA 5CE3A 3KZBA 2ASOA 2ZF5O 4EIAA 4L3QA 3WXIA 3D2EB 3BF3A 5AQJA 3O8MA 2CH5A 3ULEB 3QBXA 3A5NC 3UKRB 1LCUA 5JLHA 3FZFA 3J8AA 3QFUA 3R9PA 4RWTA 2E2OA 5BR9A 4DCHA 3A0IX 5BPMA 3ENOA 3L6QA 3VESA 4PL7A 2HF4A 3UB5A 5AQMA 2QWQA 3VF2A 1NGDA 1HKGA 3LDLA 4BRNA 1DEJA 2FLOA 2ASPA 3TPQA 4BRGA 3GOIA 5AZJA 4BR7A 3DXKA 1NGHA 3WUHA 3CJAA 1WOQA 4FWQA 1YAGA 3FFKB 4EHTA 2CGJA 1YVNA 4EHUA 5FPNA 1QQNA 4B1WB 1TYQA 2FF6A 4BG8A 4CZJA 4CD1A 4K42A 3R8EA 1SAZA 3LDNA 4CBWA 3HM8A 4JD2B 4CJ7A 4CZIA 1MDUB 4CZHA 1MWKA 4XH4A 3S41A 3AAPA 3ZX0A 1Z05A 2YI1A 3B8AX 5TKYA 4A62A 3W3DA 3ZEUA 3GE1A 3WXLA 3ENHA 4BRMA 3GDQA 4BRKA 2ITMA 4FWRA 4YDUA 3C7NB 4CBXA 3FLCO 3U9DA 2PBDA 4JHDB 2FSKA 3M6GA 3A5MC 5AQYA 3U4LA 3OHRA 2YHWA 2GELA 5BN9A 3VENA 1NGJA 4BC5A 1YUWA 5AQXA 5JMVA 1K8KB 4BC2A 4IWVA 4M7YA 5LY3A 1MWMA 5AQOA 4CZGA 2D0OA 4H0YB 2FSJA 4CZLA 3F9MA 5AQTA 2DPNA 3W0LA 3MN9A 5ADXA 3AAQA 2P9UA 5LJWA 4BRIA 2E1ZA 1ZXOA 2I7PA 3U8XA 2A42A 3DXMA 1OKJA 3M3ZA 2IVPA 1QQOA 4H5TA 2E2NA 4B1XB 2E8AA 2P9SB 3QDKA 3HSCA 3UKRA 3EZWA 3VPZA 5ADXH 1BA0A 4IO8A 2IIRA 4H0OA 1J6ZA 1X3MA 4FWSA 5AZIB 5EY4A 5I9EB 3LDQA 3G25A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2DY4A 3CPEA 1VQLN 2P9KB 2Q0RA 3TAPA 4OKKA 1YT3A 4CFDA 1RBTA 4BROA 3NH2A 1OH6A 1MU2A 1NGGA 2O8BA 3HL8A 4EZ9A 1Q9XA 3SUOA 1HNZK 4FZZA 4LD0A 3LALA 2XY7A 2D0BA 5EVZA 3Q7CA 3PY8A 5BRHA 4DSLA 1KVAA 3AY9A 4CF1A 3SUNA 3O1BA 1QVGM 3L8BA 3WNHA 2OPRA 3SBGA 3CI5A 1RT2A 1LWCA 3QO9A 1HQUA 3QIPA 3EKUA 3U3GA 3O08A 1EWQA 3TSQA 4B1UB 3MN5A 3N4QA 5ELZA 5DK5A 3AVIA 3D2FA 4O55A 3SMPA 3T69A 4E1JA 3E66A 1UA0A 2WBNA 5AQWA 1BGXT 3HVTA 4JI8K 4LFCK 3NGIA 3K58A 4KHNA 4WF9L 3NCIA 1BISA 3ENBA 4CGJA 5EU7A 4CGGA 4WQ4A 3IS9A 1JKHA 4QS8A 3QNNA 4CEBA 3J7AP 4DV5K 3LPTA 2AJQA 1C1AA 4CFAA 2YV0X 4IFEA 1L3VA 3IFRA 2WTUA 1RBVA 1C0GA 4X64K 4FXDA 1VQ8N 2KW4A 3C0BA 4PA1A 1RTDA 2A5XA 4F2SA 4BGBA 5JVHL 3ZT3A 2VGMA 4XH1A 2HNZA 4DTUA 2NNWA 2E2PA 4A61A 4FWOA 4NB4A 3P38A 4KTZA 4DR3K 4FJMA 5AQVA 2A1SA 4B3MK 2FBXA 3FGUA 3ATVA 3R6MA 4QCLA 3EE9A 3DOKA 4C8OA 3QEVA 3WXMB 2KQ2A 1IKWA 2P9NA 2PYJA 1BIZA 1QHTA 5GIPA 3PSIA 4BWJA 2O8DA 3QEWA 2E1YA 4Q5VA 4M3YA 1WSIA 3HPGA 5EOYA 1ASUA 3C6AA 2WOMA 3A8YA 2X6NA 3OW2M 4M7XA 3G10A 3V81A 1NOYA 1GLCG 1WB9A 4FL9A 1DGKN 3TAGA 4FPAA 5GIOA 4JKDA 1HR0K 3MMVA 2OA8A 1HKBA 4ISFA 1ASWA 2FBVA 1GOCA 1BA1A 4RG8A 3A2FA 1Y64A 3T7ZA 1ATRA 1HNVA 3VQAA 1Q18A 2WONA 2AP1A 2KTQA 2KZMA 3DLLL 3V9ZA 2VGNA 3HOSA 1ZBIA 3VTHA 4BDYA 3OYGA 4JK8A 4GVEA 4DR1K 4BR2A 3SPZA 2O8FA 1RDWX 4BRQA 4CZFA 2Q3SA 4MLEA 4H0VB 3S5TA 2ITGA 3FZHA 1NMNA 1JCFA 3OYLA 3NVMA 4JD2A 2GUPA 5BN8A 1KAYA 2UUAK 2NRRA 4IZ9A 1YJNN 1TUYA 4BGAA 1G15A 5HRPA 4BR5A 1J54A 1CZBA 1SS6A 2ZGZA 2FF3B 3T1AA 1KFSA 1W7AA 4NYNA 5GADP 2VYPA 1FK9A 5F2RA 3I8DA 1SL2A 1GLAG 4YOTA 1SL1A 3EY1A 4N5SA 1QZ6A 3V1RA 5T7BA 3JS6A 1T05A 3SJHA 5A2QO 3CIPA 1TKDA 2G8VA 3V4IA 4U7BA 4XH5A 3ULDA 3RTVA 3O9RA 5FPMA 4NXMK 3QESA 3DXMB 4M3UA 3LP1A 4CIEA 3D0PA 1SQKA 2QWLA 4LSNA 4YOXA 1EQYA 1S6QA 3SQ4A 1S1UA 4CF9A 1NK7A 1TUUA 3AO3A 1HNIA 3O4WA 4MDAA 4JNEA 1KLMA 1RDUA 3PV8A 4NO7A 2F9TA 1L3UA 4MLHA 3SYZA 1BCMA 1TKZA 3SQ2A 2D0CA 4ICLA 1DTTA 4IXCA 4X62K 3RRHA 2Q97A 3MX5A 3AARA 2QWMA 4GMJB 4LH4A 2DTUA 4C23A 4JS5A 1U49A 1U2VA 4B08A 4JLHA 3I8BA 4IDKA 3WNGA 3WNFA 5AQRA 3SUQA 4BY9C 4BRHA 2Z1GA 4CEZA 5E84A 2Q2RA 3NF6A 3RMBA 3V6DA 2G8IA 3SNNA 2VWBA 1RT4A 5IWAK 2OPPA 4KV8A 1NJZA 2IC3A 2G8HA 1Z26A 3HRGA 4CIGA 4ILJA 3RSEB 1IKXA 3GG4A 4JI3K 4H0PA 1NK0A 2BTFA 1NK9A 1R59O 4DQRA 2YHBA 3THXA 4CCHA 5CYMA 2B4JA 1KC8O 4LF8K 4CJWA 5AZJB 3ZT2A 2XHBA 1QQMA 3L3VA 3IDHA 1B9FA 1XC3A 3M5RA 3RMAA 3HI0A 1EWRA 3WEEB 3MN7A 1ZBFA 2IAJA 4O0JA 5K14A 5KQDA 4CK1A 3VEZA 5M1KA 5JS1A 4E7HA 2HSTA 5BPLA 2HHXA 5AQGA 4NCBA 1TGOA 1C0FA 4CI6A 3R1XA 5F0XA 1VSFA 3AVMA 3QINA 1T6DA 4FLTA 3AVLA 1S22A 4JKAA 4CGIA 4CJ4A 4J2DA 4FM2A 3QICA 1KQSM 3ZX3A 2Z1HA 3H1QA 2IGIA 3GL1A 4DV1K 4DFPA 3K5OA 1C1CA 3DLRA 2R7YA 4FVMA 3F5TA 1A5WA 3VETA 2GWKA 3CJ7A 3VQ7A 3KKRA 4PQUA 2HBLA 5CE3A 4B3OA 2O8EA 5GAHP 4EIAA 4E3SA 3D2EB 4CJTA 3ZCMA 5AQJA 4CEQA 3L4QA 4UQGA 4Y1CA 4DTXA 3O8MA 3HK2A 2CH5A 4KPYA 2VG7A 3ULEB 4FJJA 3KIOA 3QBXA 3A5NC 2GUIA 1DLOA 2F4VK 3OYKA 1RT3A 3FZFA 1N6QA 1WAJA 3C65A 1XHZA 4DV6K 4CJUA 4K8ZA 3CCMN 2HF4A 3DLHA 5AQMA 2QWQA 4YORA 2HNDA 3VF2A 2HHSA 4BRNA 1DEJA 3OYAA 2ZJQL 2A1RA 4E89A 3TPQA 3K5NA 4RW6A 1YAGA 2RKIA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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