5CE3A

The yersinia yopo - actin complex with mgadp
Total Genus 122
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
122
sequence length
370
structure length
358
Chain Sequence
VAALVVDNGSGMCKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEHGIITNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPVLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNSPAMHVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVSHTVPIYEGYALPHAILRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFTTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFEQEMATAAASTSLEKSYELPDGQVIAIGNERFRCPEALFQPSFLGMESCGIHETVYNSIMKCDVDIRKDLYANTVMSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTIKTKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWISKEEYDESGPGIVHRKC
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords Actin
publication title The Yersinia YopO - actin complex with MgADP
rcsb
source organism Yersinia enterocolitica
molecule tags Contractile protein/transferase
total genus 122
structure length 358
sequence length 370
chains with identical sequence C
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-07-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5ce3A01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5ce3A02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 5ce3A03
3QBWA 4FWOA 2H3GX 2YJEA 4BC5A 1ATNA 1BA0A 1RGIA 3UKRA 3EO3A 3O6WA 4K41A 4F9OA 4H0TB 2QWPA 3CIPA 4HTLA 3UKRB 4RWTA 3WQUA 4JN4A 2ASPA 4I6MA 4FSVA 2D1KA 1ATRA 4I6MB 3B8AX 3VF6A 4QS9A 4EFHA 3VEVA 1T6CA 5LY3A 4BVOA 3G25A 3HTVA 3VETA 4B1ZA 1IG8A 3ID8A 4KBOA 5BN9A 4PKHA 4O8KA 1S3XA 1HPMA 2FF6A 5JMVA 3W3DA 3EL2A 1YUWA 2OANA 3D7EO 5KPRA 2WUSA 4CI6A 2V51B 1BO5O 1QQMA 2E8AA 4BRDA 3A5LC 3CJCA 4QS7A 5FPNA 3M1FA 2GELA 3MMVA 1Z05A 3F9MA 3AAQA 4GNIA 2GWKA 1RFQA 3FLCO 4CD1A 5AQRA 2A41A 3ZX0A 4CBUA 5KQDA 4JD2B 4BR0A 4CZHA 3O80A 4CZGA 3VENA 4FO0A 1C0GA 5AZIA 3VEXA 4H0PA 3VGKA 4FWKA 2QWNA 4WQ4C 4K25A 2A5XA 1JCFA 3CHWA 1MA9B 2YCHA 1NBWA 2D0OA 3A5NC 1Q18A 4RCHA 1NGGA 4H5RA 3WUHA 3BUZB 1HUXA 2P9KA 1ZXOA 2E2OA 3MN9A 5AQLA 4B1UB 2KHOA 3WXIA 2YI1A 5AZJB 3UKUA 3L4IA 1NGCA 3VEOA 3CJ1A 1BUPA 2VYPA 2CGLA 1V4TA 3BF3A 5AQYA 1NGHA 1YXQA 2I7NA 2IVOA 5BRDA 3U4LA 5AQZA 2BTFA 4FL9A 2UYTA 3CJBA 1X9JA 2HMPA 3WEEB 1WOQA 1KXPA 3HI0A 5BPLA 2VWBA 1JCEA 5BR9A 3HBTA 4BQLA 2PBDA 5AQPA 2E2NA 3MK6A 3HM8A 3O08A 3LM2A 4CZIA 4XH1A 2P9SB 3O1WA 2EWSA 2QWMA 5AQHA 3VEWA 2ASOA 5FPDA 2AP1A 1LCUA 2P9NB 2FSKA 3H45C 4M7YA 3FZHA 3FFKB 4EIAA 5EY4A 1NGIA 2DPNA 3I8BA 5KPZA 4AM6A 2A3ZA 2P9PA 1IJJA 4H0XB 2GEMA 2ZWHA 4DHYA 3CJ9A 2ZGZA 3GL1A 1ZBSA 3MN7A 3WT0A 1NMDA 3RSEA 3UB5A 4BRMA 1U2VB 2AA4A 3RSEB 1OKJA 5AQKA 3TU5A 3U9DA 4A62A 1MWMA 4HWIA 2Q31A 5JLFA 4PKIA 1D4XA 2NRHA 3D2FA 3U9ZA 5AQNA 3H6EA 3D2FB 5BPMA 2P9LB 4BR9A 5LJVA 3MN5A 1RDWX 3ENHA 3FE1A 4B1XB 2ITMA 3SJHA 4ISGA 4BRNA 3SMSA 5AQMA 2ZGYA 2FLOA 3H3OB 3VESA 4B9QA 1HLUA 4IZ9A 2Q97A 1NGAA 5BRFA 2IVNA 4BGBA 4XH5A 3MDQA 4J8FA 1HX1A 2E2PA 4FWLA 4NO7A 3SMPA 3DAWA 2QW9A 2QM1A 2E1YA 1BU6O 2YJFA 1KAZA 4BRLA 1GLFO 3QBXA 2J4RA 4FWNA 4JD2A 3QMLA 3EKSA 1DKGD 4IO8A 1U6ZA 3QFUA 3R9PA 2CH5A 3KZBA 3A0IX 3VGLA 3H1QA 1ESVA 2BUPA 3ZEUB 5KPTA 3JS6A 3LDNA 2GUPA 3VERA 2ASMA 1SZ2A 5AFUA 3QDKA 4WQ5A 1R59O 1MWKA 2IIRA 3VF2A 5EX5A 1NGBA 2E1ZA 4DB3A 4CD3A 3HZ6A 3CQYA 3GG4A 4PKGA 1QZ6A 5AZJA 1BG3A 4FOEA 3UE5A 4YDUA 4GY2B 4PL8A 3ZX3A 4BRFA 3FGUA 4BRHA 5AQXA 3QICA 3AAPA 5AQFA 2CH6A 4H0VB 3DXKA 3FR0A 5AQIA 1S22A 5BREA 5AQUA 3DXKB 3LDPA 1BWFO 1XQSC 5FPMA 3ZX2A 3FZKA 2P9UB 3S41A 1GLCG 3D2EA 3WEEA 4AM7A 4BRIA 3WXLA 3D2EB 3DJCA 4FPAA 5BN8A 2V7YA 1LOTB 2ZF5O 3L6QA 2P9IB 3H3NO 5F0XA 4CZJA 4H5VA 2QWQA 1BOTO 5AQVA 5ELZA 2QWLA 1ZC6A 4BROA 3MCPA 2QWRA 2I7PA 5LJWA 5JLHA 3SLCA 2QWOA 3BF1A 4H5TA 2D0PA 2P9SA 3VPZA 2YHXA 4BR4A 4WYBA 2E88A 2W40A 2V7ZA 3EKUA 4IWVA 4H5WA 3J8AA 3LM9A 2P9NA 3GBTA 3LDOA 3EN9A 1MDUB 1KAXA 3IMXA 1HJOA 4JAXA 1P8ZA 3CETA 2FSNA 2FXUA 4BR2A 1GLDG 4FPBA 2IVPA 3AARA 1SAZA 3U8XA 5AQJA 1NGDA 3W0LA 2E20A 5EVZA 1U2VA 4LC9B 3GOIA 3ENOA 5BRHA 2A40A 3EZWA 3LDQA 2QXLA 4A2AA 3WXKA 1XC3A 1BDGA 5ADXH 1C0FA 3I33A 3C7NA 2VCPA 2Q1NA 5AQTA 3C7NB 4NB4A 2P9LA 3IFRA 3ATVA 1GLBG 1GLAG 3A8YA 4XEIA 3VEZA 1NGJA 4BRPA 4MLHA 4H03B 4H0OA 2V52B 5AQSA 4M63C 4BREA 1BA1A 2PAVA 2NZTA 1QQNA 3KVGA 5ADXA 2Q0UA 4BG9A 3CI5A 2Q2RA 4FOIA 2GTDA 1YVNA 3FZFA 4WQ5C 5F1XA 1NLVA 4CBXA 4M7XA 4XH4A 5AQGA 3QFPA 3TPQA 5B8HA 2D4WA 4K42A 3O8MA 5AFUH 4BVPA 1GLEG 4CJ7A 1DGKN 4YDUC 5AQQA 4PL7A 4E1JA 4EHTA 5AQOA 4BRAA 4BRCA 4C23A 3R6MA 3WQTA 4JNEA 3FZLA 3ZETA 4EHUA 2HF3A 5FPEA 3ZETB 4FWMA 5E84A 1EQYA 3BEXA 3OHRA 2CGJA 3VEYA 3ZEUA 3H46O 1HKGA 4MO5A 3R8EA 4CZEA 1SQKA 3DWLA 4BR5A 4BQZA 3ULEA 3CJAA 4RTFD 3ULEB 4FWPA 5BPNA 4H5NA 1X3MA 4QS8A 4BC3A 4B1VA 1J6ZA 1KAYA 2F9TA 4FWQA 4MLEA 1TUUA 2A42A 1WUAA 5AZIB 4ISEA 2YHYA 4BRQA 3VF4A 1Z6RA 4A2BA 5AR0A 1E4GT 1GLJO 4FWRA 4Z94A 2P9UA 4MO4A 1NM1A 1QQOA 4H0YB 3M3ZA 1QZ5A 3JXUA 3IUCA 5CE3A 2Q36A 3BP8A 3CQXA 4CZKA 2P9KB 4BRGA 2NLXA 3HSCA 3QB0A 1K8KA 1HKCA 5EXWA 1K8KB 2P9IA 3LDLA 4IJAA 3UKUB 5I9EB 1T6DA 4EAHD 3O1BA 1ATSA 4CZLA 4A61A 1NGFA 3DXMA 4B1WB 4Y0WA 4DCHA 3DXMB 1XUPO 4IXCA 4JHDA 4WQ4A 2E2QA 2FSJA 3H1VX 4K43A 1JCGA 2HF4A 4JHDB 3M6GA 5TKYA 1YAGA 2GWJA 3VOVA 2FF3B 1NGEA 3LL3A 5E26A 1T44A 1Y64A 4BR7A 4ISFA 3CERA 1X3NA 2W41A 3A5MC 2F9WA 4CBWA 3VGMA 5KQ8A 1H1VA 2CGKA 3ATUA 4FWSA 3KHYA 3FZMA 1GLLO 2A6AA 1G99A 1NWKA 1CZAN 1HKBA 3O5BA 3A5OC 2HOEA 3MN6A 3WXJA 2YHWA 3L0QA 3AY9A 4B1YB 4BC2A 4L3QA 1DEJA 1QHAA 4BC4A 5JICA 1TUYA 3GDQA 1V4SA 3CJ7A 3O4WA 3P4IA 4IJNA 3GE1A 4O5FA 4BG8A 4BRKA 2Q0RA 4DQ8A 5F2RA 1E4FT 4BGAA 1TYQA 2P9PB 4CZFA 1TYQB 5AQWA 3IDHA 3C0BA 4CZMA 3SK3A 5EOYA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4FWOA 4BC5A 1Q86O 4H0TB 1TVRA 2QKBA 4DV5K 2ASPA 3SQ4A 4FSVA 2D1KA 3DI6A 1RTDA 3B8AX 2XY8A 4Z4IA 3VF6A 3OS1A 2YV0X 2WFBA 5CY4A 2B6AA 5HRRA 4O8KA 4JS4A 2FF6A 5JMVA 2P51A 1YUWA 4AHUA 4CEAA 1VQ8N 4YOXA 4DLGA 3ZSVA 3L3UA 3A5LC 4WCEL 3P5JA 2O8FA 5T7BA 2ATQA 2GELA 2BGGA 3AAQA 4Q5VA 4GNIA 1QVGM 4PA1A 4CD1A 3NF8A 2WBNA 1N6QA 4ELTA 1ZBHA 5KQDA 3CPEA 3CFOA 4KTWA 4BR0A 4DV2K 3O80A 1JLGA 2D0CA 4FO0A 4F4KA 3PV8A 3KK2A 2ITGA 3CHWA 3TABA 1NBWA 1Q18A 3WUHA 4IDKA 3TSPA 3CCRN 4JV5K 3M8RA 3WNHA 1RBVA 1ZXOA 4CF8A 3MN9A 3THYB 4B1UB 3F73A 4LF9K 3VQQA 3JSMA 2A1SA 3MXJA 1BUPA 2VYPA 1VSIA 3BF3A 1D5AA 4CHNA 2WONA 4AHVA 3SNNA 1NGHA 2I7NA 4CGFA 2HMIA 4CHZA 2RPIA 3AO5A 3CJBA 3SUOA 3WEEB 3E1YA 3PO4A 5J2NA 3R3LA 3CC2N 3NF9A 1U49A 4F3TA 4KB0A 3QEWA 3LP0A 3OYBA 5AQPA 3TANA 5J1EA 4OJRA 4OKKA 4CZIA 2P9SB 1TL1A 4HUEA 4NCGA 2QWMA 4FJMA 4M3TA 4DTSA 2P9NB 2P5GA 3NH2A 5HRPA 3FFKB 4EIAA 5EY4A 4ID1A 1N33K 1HYSA 4DUZK 1NGIA 2DPNA 3I8BA 4CEBA 2A3ZA 2P9PA 2OTLN 5HRNA 2GEMA 3BZCA 3HM9A 4OPJA 1YIJN 1VQMN 3CJ9A 1IBMK 1XMQK 5C24A 4CFDA 2IS3A 4BRMA 3T7ZA 1RBTA 4W5RA 1NK8A 4FVMA 3DRSA 5MLCQ 3NF6A 3TU5A 1MWMA 1S9EA 4CK3A 2HBLA 3TAFA 2NRHA 1VSJA 3SAHA 3NDKA 1C0TA 2Z1JA 2YNGA 3DLHA 3FE1A 1S6PA 3MCAB 3VQAA 2HW3A 4B1XB 4CF9A 4KB1A 3K57A 2ZGYA 3QLHA 1SL2A 4F3OA 3CCVN 3Q7CA 2ZJPL 5KTQA 4E0DA 2IVNA 1RTJA 3ZSZA 3RMBA 3PSFA 4GKKK 3MDQA 4HTUA 4JKBA 4JKDA 1X9MA 3SV4A 5E41A 2E1YA 4B9NA 1YITN 1IKVA 1NMNA 3HOSA 3QMLA 4DFMA 3EKSA 5KGXA 1U6ZA 3I0RA 3R9PA 4CJQA 3CG7A 3KZBA 1FKOA 3AGKA 3VGLA 3HP6A 2BUPA 5KPTA 4KI6A 3JS6A 3LDNA 2G8IA 5AFUA 3QDKA 4WQ5A 1MWKA 3NGZA 2E1ZA 5C25A 4DB3A 1J54A 4FJ7A 4I9LA 2VG5A 4MDAA 4JI6K 3SYZA 1X9SA 3P1GA 5KI6A 3MECA 3HOTA 3THXB 4DQIA 4PL8A 3ZX3A 4BRFA 2DFEA 3OVNA 4BRHA 1ZBUA 3PY8A 2VG7A 3LPTA 5AQFA 2KFNA 4CEDA 3LDPA 4DG1A 4BE2A 2YNFA 4DR6K 3OYHA 3S41A 4E72A 3WEEA 4AM7A 2Y1JA 4KPYA 3RMCA 3D2EB 1JLAA 4IEIA 2V7YA 1VSDA 1LOTB 2ZF5O 1XNRK 1K9MO 5F0XA 1BOTO 4EP4A 4BROA 3MCPA 4B9UA 5JLHA 1QVFM 4DR3K 4BDZA 1ZBIA 2Z1HA 3DLGA 5I3UA 2P9SA 3BY5A 3CCUN 5D3GA 3EKUA 4H5WA 5GAHP 3MEEA 2P9NA 3GBTA 3LDOA 3M8QA 1MDUB 1KAXA 3NVKA 4DSEA 4JAXA 3AGRA 3V6DA 2FSNA 4O8UA 4KREA 1NJYA 4DMNA 3V9XA 1S1UA 4HCCA 2IVPA 3AARA 1A5XA 3U8XA 3H08A 1NKBA 5EVZA 4YHHK 3CYGA 2EHGA 4DTUA 4K0KK 3P31A 1C0FA 2Z1IA 4AH9A 3C7NA 4KHQA 5AQTA 2A1RA 4NB4A 2E6LA 2KTQA 4NLCA 1EWQA 2C1GA 1OH8A 3DLBA 4XEIA 2OTJN 3OJSA 1JL1A 2FBVA 4BRPA 1WLJA 4I2PA 1YI2N 2YNIA 4H0OA 1T3VA 4DR1K 4BREA 2WOMA 2WTUA 3CCMN 3KWGA 2Q0UA 3CI5A 4I2QA 2G8UA 3THWB 4HCBA 1YVNA 4WQ5C 3EZ5A 1NLVA 1BQMA 3IRXA 3IS9A 4B9MA 1BISA 4OKEA 3TTFA 2D4WA 4K42A 2NRVA 1B9FA 1DGKN 3OBYA 4E1JA 3SCXA 2UXCK 2YHBA 4IOAL 2HF3A 4FLVA 2QA4N 1EP4A 3OHRA 4GV6A 3ENBA 4ID5A 3H46O 2FBXA 4MO5A 4LH4A 5C2FA 3ALYA 1LW2A 4O55A 4BR5A 4Z4EA 1EXQA 3O9QA 4BQZA 3UIQA 1YTAA 1XNQK 3VTIA 2ETJA 4LF7K 4QS8A 4FJ8A 4B1VA 2KZMA 1WSHA 3LANA 1WUAA 4ISEA 4DU3A 2YHYA 3OYMA 1RBSA 3DRPA 1WSIA 1QZ5A 3QNNA 4CZKA 3TARA 3QB0A 1HKCA 2HSTA 2IDOA 4EP5A 5EXWA 4IJAA 3UKUB 4OO1J 1JLCA 3Q7BA 5SWMA 4HUGA 1NU0A 4CJSA 2DFFA 4TSXA 3ISNC 4JRQA 1A5WA 4JHDA 2O8DB 4CJ5A 4FM0A 3M6GA 2OPRA 3VOVA 2FF3B 1T05A 4UY8O 4ISFA 3CERA 3VQEA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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