4FWNA

Crystal structure of salmonella typhimurium propionate kinase (tdcd) in complex with adenosine tetraphosphate (ap4)
Total Genus 132
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
132
sequence length
394
structure length
394
Chain Sequence
FPVVLVINCGSSSIKFSVLDVATCDVLMAGIADGMNTENAFLSINGDKPINLAHSNYEDALKAIAFELEKRDLTDSVALIGHRIAHGGELFTQSVIITDEIIDNIRRVSPLAPLHNYANLSGIDAARHLFPAVRQVAVFDTSFHQTLAPEAYLYGLPWEYFSSLGVRRYGFHGTSHRYVSRRAYELLDLDEKDSGLIVAHLGNGASICAVRNGQSVDTSMGMTPLEGLMMGTRSGDVDFGAMAWIAKETGQTLSDLERVVNKESGLLGISGLSSDLRVLEKAWHEGHERARLAIKTFVHRIARHIAGHAASLHRLDGIIFTGGIGENSVLIRQLVIEHLGVLGLTLDVEMNKQPNSHGERIISANPSQVICAVIPTNEEKMIALDAIHLGNVKA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords Propionate kinase
publication title Mechanistic features of Salmonella typhimurium propionate kinase (TdcD): insights from kinetic and crystallographic studies.
pubmed doi rcsb
source organism Salmonella typhimurium
molecule tags Transferase
total genus 132
structure length 394
sequence length 394
ec nomenclature ec 2.7.2.15: Propionate kinase.
pdb deposition date 2012-07-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00871 Acetate_kinase Acetokinase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4fwnA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4fwnA02
2ASMA 2E2NA 3ZX2A 2Q0RA 1E4FT 3UKUA 2P9SB 4EIAA 4H5VA 5B8HA 2GWKA 2IVNA 1V4SA 3CJAA 4CZEA 4IJAA 4E1JA 1QZ6A 3KVGA 2KHOA 2E20A 4BRFA 4BRHA 4H0TB 3ZETB 3BF3A 3C7NA 3DXKA 4LC9B 4PKIA 3M3ZA 4BG9A 2HOEA 3ATUA 1U2VA 2GTDA 1R59O 1NGAA 2P9PB 3FZLA 3S41A 3UKRA 3D2FB 1ZXOA 4O8KA 4BRNA 4CZIA 4GNIA 3M1FA 2QWLA 4FWMA 3VEYA 3B8AX 2ASPA 2ZGYA 5AQUA 1E4GT 3AAQA 5AQHA 3KZBA 5AQWA 3BF1A 3H3OB 1K8KA 4M63C 1GLEG 1ESVA 1Q18A 3AARA 1H1VA 3CETA 1G99A 3F9MA 4B1YB 2QXLA 3LM9A 2IVOA 3D2EA 4XH5A 3MCPA 4XEIA 2E8AA 2Q97A 4BRQA 3VENA 3FGUA 4H0VB 1Z6RA 2FSKA 2IIRA 4AM7A 1BUPA 3R8EA 5AQSA 3QBWA 5BN8A 1TYQA 3DAWA 4WQ4C 5KQ8A 4CZGA 3O8MA 1NGGA 3CERA 3IDHA 1SQKA 4IJNA 4BVOA 4CD3A 5AQZA 4CD1A 1HX1A 3SMPA 5LY3A 3VERA 4BRCA 1GLDG 4B1ZA 4NO7A 3JXUA 3RSEA 3ID8A 4XH1A 5AFUA 2P9NB 2CH6A 1SAZA 5F2RA 3VF4A 4JD2A 3CHWA 5KPRA 2I7PA 1ZC6A 3SJHA 2W41A 4JHDB 1WOQA 4BGBA 4RCHA 4JAXA 2F9WA 3CQYA 3LDPA 3MN6A 1YVNA 4K42A 3GOIA 4CZLA 4IO8A 4FWPA 4QS8A 2ZWHA 4H0YB 1BO5O 3ATVA 4K25A 3VF2A 5AZIB 4BGAA 1NGBA 2PBDA 2VYPA 4CBWA 1V4TA 2A3ZA 4BRLA 1SZ2A 5F0XA 3A5OC 3H6EA 1QQOA 4H5WA 1XC3A 4B1WB 4FPAA 2J4RA 4FWRA 2F9TA 4BVPA 4CZHA 2A40A 4H03B 1NGDA 5AQKA 2YJEA 1Z05A 1KAZA 3WQTA 3QFUA 3VESA 4BRKA 5I9EB 3CJCA 3CQXA 3GG4A 3IFRA 1KXPA 2P9SA 2VWBA 3O08A 3WEEA 4FWKA 2H3GX 3UE5A 3VEXA 3AY9A 3O1BA 3R9PA 5JMVA 4ISGA 3L4IA 2Q36A 5EVZA 4BRIA 2A42A 4CZKA 1BWFO 5JLFA 4H5NA 3U8XA 3A5NC 5AR0A 4BR9A 4MO4A 2AA4A 1ATSA 1MDUB 4EHUA 2P9LA 3DWLA 4O5FA 3ENHA 1S22A 2FF3B 2P9KA 4DHYA 3VEVA 2HF3A 2ZGZA 3HBTA 1NLVA 3QMLA 3H45C 3LL3A 3M6GA 3BP8A 5AQNA 3WXIA 4BROA 3H46O 5AQLA 4FWLA 1P8ZA 5BPLA 3FZMA 1GLAG 1T44A 3HI0A 4M7XA 4B1VA 2D0OA 3P4IA 5AQOA 3H1VX 3ENOA 3FZKA 3VGMA 4BR5A 2FLOA 2Q2RA 2BUPA 2E2OA 5E26A 2E2QA 3VETA 3ZEUB 2VCPA 1RFQA 3DXMA 1JCEA 3UKUB 1HLUA 2A41A 3CJBA 3D7EO 4BR0A 3UB5A 2E1YA 4KBOA 5BRFA 2IVPA 4BR2A 5LJWA 1NM1A 2DPNA 1QQNA 3EL2A 4CBXA 5EXWA 3SLCA 3WXKA 3C7NB 4AM6A 4B1XB 3DXKB 2HMPA 4Z94A 3LDLA 3VF6A 4WYBA 4Y0WA 3VGKA 1GLCG 1U2VB 1DEJA 1HJOA 1GLJO 4CZJA 5CE3A 3UKRB 3ZX3A 4BC5A 4BC4A 3FFKB 4A61A 1NGCA 5BREA 2QWOA 3HM8A 3U9DA 1C0GA 1U6ZA 3ULEA 1S3XA 5TKYA 4WQ4A 1BOTO 4PKGA 1NGJA 2D4WA 4MLEA 2QWRA 1NGFA 4FSVA 4PKHA 4BC2A 2P9IA 4YDUC 2CH5A 4CZMA 4DQ8A 3A0IX 1TUYA 3HZ6A 2P9UA 1K8KB 1XUPO 3MMVA 3QFPA 3WXLA 2YI1A 1X3MA 1NBWA 3D2EB 3CJ1A 5AQJA 1IJJA 1C0FA 3J8AA 1EQYA 1HKBA 4GY2B 3W3DA 2WUSA 1TYQB 5ELZA 4XH4A 4BRGA 3VPZA 2ZF5O 4A2AA 2NRHA 2CGKA 1NGIA 3VEZA 3O80A 4I6MB 3FR0A 3HTVA 2FSJA 3RSEB 2E1ZA 2Q31A 3VEOA 1JCFA 4JD2B 1J6ZA 3O1WA 1NGHA 1IG8A 1GLLO 2A6AA 3U9ZA 5KPTA 5AQTA 5AZJB 2EWSA 3CI5A 2D1KA 3LDNA 4QS9A 5AQIA 4HTLA 4BQZA 2GELA 3MN9A 3ZETA 3IUCA 1ATRA 4WQ5C 3A5MC 1NGEA 3O6WA 4K41A 2QWPA 3KHYA 4CJ7A 4BC3A 1DKGD 4B9QA 3QDKA 1QHAA 3VGLA 2P9PA 3O5BA 3OHRA 4IWVA 5AFUH 4F9OA 3D2FA 4A2BA 2ITMA 4FL9A 3CJ9A 5E84A 4BRAA 1Y64A 3LDOA 4MO5A 4C23A 4RWTA 1BU6O 1MA9B 1OKJA 1QQMA 5FPEA 2QWQA 5AQXA 5EY4A 4DCHA 5ADXH 2E2PA 5EX5A 1X3NA 2QM1A 4JNEA 3ZX0A 4BQLA 2YCHA 1CZAN 3HSCA 3U4LA 2V52B 3WEEB 2YHWA 4IZ9A 4CBUA 2V7ZA 3WXJA 5KQDA 1T6CA 3TPQA 3QICA 5FPNA 3VOVA 4FWQA 1D4XA 4M7YA 3WQUA 3R6MA 2NZTA 4BG8A 3MN7A 4CZFA 2ASOA 2BTFA 1YUWA 4BR4A 2V7YA 1ZBSA 5AQFA 2P9LB 2P9NA 3BEXA 5AQMA 4RTFD 1X9JA 1BG3A 2P9KB 5BRHA 3DJCA 3EZWA 2I7NA 4JHDA 4A62A 4EHTA 2QW9A 3EN9A 3LM2A 4FWOA 5AQRA 2FXUA 2Q1NA 5AQYA 2PAVA 3I8BA 1HPMA 1WUAA 2GWJA 3H1QA 1LOTB 3L6QA 1DGKN 2AP1A 2YHYA 3EO3A 3WT0A 5LJVA 4H0OA 5AZIA 4JN4A 5JLHA 4PL8A 1JCGA 4H0XB 3A8YA 2NLXA 4MLHA 3SMSA 3FZFA 2D0PA 2QWMA 3DXMB 3BUZB 2GEMA 3AAPA 4I6MA 3FLCO 2CGJA 5KPZA 2E88A 3EKSA 4ISEA 4YDUA 3GE1A 4FWSA 3WUHA 2YHXA 5AQPA 1ATNA 4BRDA 1HUXA 3FE1A 2CGLA 1YXQA 3C0BA 3W0LA 4EAHD 5BN9A 3JS6A 1NWKA 1NMDA 2UYTA 5AZJA 4NB4A 4BREA 4H5RA 3SK3A 1RDWX 5ADXA 1KAYA 3MDQA 2Q0UA 4QS7A 4IXCA 4FOIA 2FF6A 1HKGA 1GLBG 2GUPA 3I33A 1GLFO 5AQVA 3ULEB 3L0QA 1KAXA 2HF4A 3H3NO 1BA0A 2P9IB 3GBTA 5BR9A 3O4WA 3IMXA 2P9UB 3MK6A 1RGIA 1YAGA 1BDGA 1TUUA 3CJ7A 4CI6A 1QZ5A 1T6DA 3VEWA 4PL7A 2QWNA 4BRPA 3GL1A 4L3QA 5FPDA 4HWIA 1XQSC 2FSNA 4FO0A 3GDQA 5BPMA 3MN5A 3EKUA 4BR7A 5JICA 1MWMA 4FOEA 1MWKA 4EFHA 4DB3A 2A5XA 3A5LC 4H0PA 2OANA 4FWNA 3TU5A 5BPNA 5AQGA 5AQQA 5FPMA 3LDQA 3QB0A 4J8FA 4WQ5A 1BA1A 1HKCA 3FZHA 3G25A 4FPBA 2YJFA 3QBXA 5F1XA 3CIPA 4ISFA 4K43A 5EOYA 4BRMA 5BRDA 2V51B 4B1UB 2W40A 1LCUA 3ZEUA 4H5TA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2ASMA 2O4GA 3ZX2A 4CESA 1GOBA 2Q0RA 5J2QA 4LF8K 4H5VA 2B6AA 2HB5A 2GWKA 2IVNA 1V4SA 4WFAL 3HPHA 4E1JA 2KHOA 4BRHA 4H0TB 3ZETB 3C7NA 5TKWA 3OYCA 2F7TA 4LC9B 2B4JA 4BG9A 2HOEA 4KB1A 2GTDA 3THWB 2NRZA 2HHVA 1NGAA 3MX5A 4CJUA 3FZLA 3KK7A 3D2FB 4BRNA 1WSEA 4N56A 3IKMA 3VEYA 3OYNA 5AQUA 3KLEA 3AAQA 3I0RA 5KGWA 3KZBA 3BF1A 3H3OB 3KK2A 4M63C 2X6NA 3AARA 4WCEL 1G99A 3F9MA 4NYNA 1ASUA 2E8AA 5C25A 4DTOA 2OPPA 4BRQA 3RMCA 3AA3A 4DV0K 3FGUA 1Z6RA 4CEEA 4AM7A 1BUPA 1S1WA 3MEEA 5AQSA 3OS2A 1VQON 1NGGA 3TTCA 5J2NA 4IJNA 4CD3A 4J2DA 5AQZA 4E7KA 3TAQA 1M90O 1ITGA 3K57A 2G8IA 3VERA 4B1ZA 3K5MA 4M3RA 2KFZA 3ID8A 4FVMA 3S3MA 1SV5A 2D5RA 4GVMA 3I55N 1ZC6A 2W41A 3OS0A 3AVCA 1LV5A 3O3HA 4CK2A 2IDOA 3THYB 2F9WA 2ZJPL 2HHSA 3HSTB 1BI4B 1YJ9N 4WFNL 3ZSWA 4DF8A 1U48A 4CZLA 4IO8A 3IAYA 4QS8A 2ZWHA 1BO5O 2ZQBA 3ATVA 4BGAA 1RBSA 2PBDA 1W2BM 3VN5A 4BRLA 4CJPA 3KD1E 3A5OC 3H6EA 2ZJRL 1QQOA 5CY4A 4H5WA 4FPAA 5GINA 1VRUA 4BVPA 2QKBA 4MQ3A 3NFAA 3AGKA 3WQTA 5I9EB 1D5AA 3CQXA 1D9FA 3KLHA 1KXPA 3SNNA 4O44A 5DMRA 4CHYA 1QTMA 5EU7A 4FWKA 5C2FA 4FJ8A 3R9PA 3DRPA 3K58A 3L4IA 2Q36A 4BRIA 4OGEA 4JI7K 4CJTA 3D45A 2O8EA 5AR0A 4MO4A 1OVYA 1S5JA 3HO1A 4A59A 4BDYA 4B9SA 4C8LA 1WSFA 2P9KA 1UWBA 3R3LA 4DHYA 2OCEA 4AHRA 1VQ7N 4Z4GA 2G8VA 2XY7A 3QMLA 4CHOA 3CCRN 3M6GA 3BP8A 3VQ6A 2G8FA 1IBLK 4BROA 1O1WA 1QSYA 1P8ZA 3FZMA 1T44A 2D0OA 3P4IA 5AQOA 3H1VX 4CJ5A 3CCEN 3FZKA 3VGMA 4X64K 3DLBA 5IWAK 5E26A 1C1AA 4FJKA 4JKGA 4CHPA 1NJWA 3KKSA 2AJQA 1BCMA 1JCEA 4DKWA 4J2BA 3D7EO 4BR0A 3LWMA 3AVHA 2E1YA 3LP1A 5HRSA 1TKTA 1NM1A 1FK9A 3V9UA 4AQYK 1HJRA 3C7NB 4AM6A 4CFDA 5KI6A 3THXA 1TKZA 5HRRA 2ZJQL 1VQ8N 1IKXA 4TSXA 3ZT2A 1GLCG 1T05A 2NUBA 2KQ2A 3RMDA 1HJOA 3HVRA 4CEFA 4CZJA 1QS4A 1KCFA 4BC4A 1Q9XA 4DR1K 3C6TA 5TKYA 1BOTO 4AHCA 5M1PA 4FJXA 4FSVA 4MDBA 3E9LA 1T8EA 3QIPA 2F4VK 1OH8A 2P9UA 2NRVA 1UA1A 1XUPO 4FK0A 3LPUA 1HYVA 1NBWA 1SKRA 1C0FA 3AA5X 4OLBA 4CIFA 1HKBA 4FK4A 3T7ZA 3PX4A 3VEZA 4I6MB 4ID5A 4F2RA 3FR0A 3HTVA 4JEPA 3G0ZA 2FBTA 5CZ1A 3G4SN 1TKXA 4CJSA 1EWRA 1J6ZA 3O1WA 4J2AA 1XC9A 3RR8A 4GVEA 3TANA 1GLLO 3QEXA 1L3TA 5AZJB 1IBMK 2EWSA 5LMUK 1QVGM 1RILA 5AQIA 4BQZA 2IGIA 3IUCA 1JLEA 2RKIA 3NGYA 3OY9A 1BCOA 2FBYA 3LWLA 2HW3A 4DS4A 5J1EA 3AO1A 3JSMA 3M8SA 1QE1A 3VGLA 4R79A 3V6DA 2HHWA 5LL6Z 3ZSZA 3CJ9A 3KK3A 4ZTFA 2E4LA 1Y64A 3T3FA 3C94A 4M3TA 3J80O 1VAZA 2P5OA 4E19A 5AQXA 3HVTA 4X66K 3PO5A 2WONA 4YHHK 3AVLA 4BE0A 4BQLA 4GW6A 4DFKA 1CZAN 4IFEA 2YHBA 4FJ9A 3H08A 4CBUA 4DSFA 4EZ6A 3CCMN 5IT9O 1WLJA 1LAVA 1A5VA 3QICA 2UU9K 4JI6K 1SKWA 4N47A 3DOKA 1XMOK 4M7YA 1JLAA 1NKCA 4CZFA 2YKNA 1HNIA 4YOXA 3SZ2A 3CMEN 1YUWA 4JLHA 1YTUA 3NBPA 1ZBSA 4JK7A 3AO2A 5AQFA 3SV4A 2P9NA 3V1RA 4U7BA 3HOTA 5AQMA 2P9KB 3P5JA 5BRHA 4DR2K 3EZWA 4N76A 4LD0A 3ZSVA 3MXIA 4A62A 1Q82O 5M1FA 2D0CA 3DMJA 1WN7A 3C6AA 3KIOA 1VQKN 4FW1A 3I8BA 3TAMA 1JLGA 1HPMA 1QHTA 3HXMA 2HHHK 2GWJA 4KHUA 3H1QA 1OH6A 4LF9K 3L6QA 3D0PA 1YITN 4E1NA 2HHXA 3KLFA 5I42A 4JN4A 5JLHA 4IDHA 1JCGA 1NK5A 4JYAK 3RRGA 1B9DA 4JI8K 4G9ZA 4KTWA 3CPEA 2GEMA 4FLVA 3AAPA 3FLCO 5KPZA 4B9TA 4E3SA 5AQPA 1ATNA 3RR7A 3CM6A 4I7FA 1YXQA 4CJ3A 1HNZK 3K2PA 3LZJA 3KLGA 3THXB 5BN9A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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