4FWNA

Crystal structure of salmonella typhimurium propionate kinase (tdcd) in complex with adenosine tetraphosphate (ap4)
Total Genus 132
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
132
sequence length
394
structure length
394
Chain Sequence
FPVVLVINCGSSSIKFSVLDVATCDVLMAGIADGMNTENAFLSINGDKPINLAHSNYEDALKAIAFELEKRDLTDSVALIGHRIAHGGELFTQSVIITDEIIDNIRRVSPLAPLHNYANLSGIDAARHLFPAVRQVAVFDTSFHQTLAPEAYLYGLPWEYFSSLGVRRYGFHGTSHRYVSRRAYELLDLDEKDSGLIVAHLGNGASICAVRNGQSVDTSMGMTPLEGLMMGTRSGDVDFGAMAWIAKETGQTLSDLERVVNKESGLLGISGLSSDLRVLEKAWHEGHERARLAIKTFVHRIARHIAGHAASLHRLDGIIFTGGIGENSVLIRQLVIEHLGVLGLTLDVEMNKQPNSHGERIISANPSQVICAVIPTNEEKMIALDAIHLGNVKA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule keywords Propionate kinase
publication title Mechanistic features of Salmonella typhimurium propionate kinase (TdcD): insights from kinetic and crystallographic studies.
pubmed doi rcsb
source organism Salmonella typhimurium
molecule tags Transferase
total genus 132
structure length 394
sequence length 394
ec nomenclature ec 2.7.2.15: Propionate kinase.
pdb deposition date 2012-07-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00871 Acetate_kinase Acetokinase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4fwnA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4fwnA02
4BC2A 3UKRA 1C0FA 2QM1A 4JD2A 3A5MC 5AQNA 3MN6A 4FWPA 2A42A 1D4XA 2QWOA 1BWFO 3TPQA 4HTLA 3WXIA 2ASPA 4MLHA 5BN9A 3GE1A 4A62A 4EHUA 4FWMA 1QZ6A 1R59O 3SLCA 4B1VA 2IIRA 5I9EB 5AZIA 4B1UB 3VEWA 3H1QA 4L3QA 4FWKA 4PKHA 4CD1A 3SMSA 4H0YB 3L4IA 3VEYA 3VESA 4EIAA 1Q18A 2QW9A 3FR0A 3M6GA 4C23A 5AQVA 5ADXA 5F1XA 5KPZA 4GNIA 3VEVA 1NGAA 2ZF5O 4BREA 1GLBG 4IWVA 3W0LA 3DJCA 4CZMA 4DHYA 1NM1A 2P9KB 3A8YA 2YCHA 1YXQA 2P9NB 4BRAA 1P8ZA 1ATNA 4FWRA 5AQQA 1DKGD 3JS6A 2FXUA 5BRFA 3C7NA 3QBXA 4EHTA 4PKGA 1TYQA 5FPEA 2P9LA 2WUSA 2D0PA 3WXJA 5AZJA 3DWLA 4BRHA 4B1YB 3QMLA 1U2VA 3HM8A 2P9UA 2YJFA 5EY4A 4CZGA 3H45C 3H3NO 3HBTA 4FWSA 4FPBA 3QBWA 3VPZA 4FSVA 3VF2A 2CGKA 3H6EA 4O8KA 3ZX0A 4FO0A 3VERA 1NGFA 5TKYA 3WEEA 4CD3A 5KQ8A 4FOIA 5KPRA 3CJ1A 1Y64A 4K41A 4ISFA 4MLEA 2P9PB 1NGGA 3DXMA 3VEXA 4Y0WA 4FPAA 2VCPA 5AQOA 5AQRA 3D2FA 1JCFA 1YUWA 3IMXA 2NLXA 1HKBA 1GLCG 3MN7A 5LJVA 4ISGA 5F0XA 3LDQA 3LM2A 4BQLA 5LJWA 4FWNA 4JHDA 1OKJA 3KZBA 3GG4A 2YJEA 3O6WA 2Q0RA 1TUUA 5LY3A 1V4SA 2OANA 4H5TA 5EX5A 4WQ4C 1T6DA 2A41A 2FF6A 1IG8A 1HX1A 3CHWA 3VOVA 1NGBA 1HLUA 3UKUA 2GUPA 1KXPA 5E84A 5BPMA 5AQXA 2D0OA 4XH4A 5FPMA 3VGKA 2GELA 3VENA 3FZFA 4CI6A 2A6AA 3CETA 3ENOA 3B8AX 3FFKB 4AM6A 1ZXOA 4NB4A 1YVNA 2FSKA 2YHYA 1G99A 2Q31A 4RTFD 3RSEA 4BRDA 2IVPA 3I33A 3O1BA 1NGCA 2IVOA 1SAZA 5AQWA 3FLCO 4H0VB 3W3DA 3CERA 3CI5A 3A5NC 4BR0A 3IFRA 5BPNA 3BF3A 4BR9A 4RCHA 3U4LA 1NLVA 3BEXA 1LOTB 1HJOA 4PL8A 5EVZA 1ESVA 4H0TB 3CJ7A 3I8BA 3VETA 4B1ZA 1GLEG 1C0GA 4BRGA 2HF3A 3ATVA 4BRIA 3HSCA 1BA0A 2E8AA 2HOEA 3VF4A 3MK6A 4MO4A 1K8KA 3M1FA 1KAXA 2CGLA 4I6MB 1NGEA 5AFUA 3VEZA 2E1YA 3FE1A 2W40A 3GDQA 4FWLA 5BREA 5EXWA 4FWQA 4B9QA 4YDUC 5E26A 3U9DA 2A40A 5JLHA 5AQGA 1HUXA 1QZ5A 3O5BA 3ZEUB 3EL2A 2D4WA 2ZGZA 1NGJA 2P9IA 2F9WA 3ZX2A 2ZGYA 3MDQA 2Q2RA 1NGHA 3LDOA 4GY2B 2FSNA 4PKIA 4BR7A 1BUPA 3WXKA 3L0QA 1BG3A 2D1KA 3J8AA 5AQKA 3RSEB 2BUPA 3OHRA 3LDLA 5AQSA 1DEJA 2P9SB 4JAXA 2CH5A 1XUPO 3UKRB 5F2RA 3ULEA 4JD2B 3ZETB 1RDWX 3EN9A 3O08A 2GWKA 1SZ2A 5BRHA 1Z6RA 1ZC6A 3AARA 3HZ6A 3O1WA 3VGLA 1E4GT 1X9JA 2FSJA 2QWPA 3F9MA 3D7EO 3R9PA 4HWIA 3U9ZA 3A5OC 4BRMA 4BVPA 5AQHA 1HKCA 2E2NA 3R6MA 5AZIB 3DXKA 3FZHA 3ZETA 2V51B 1IJJA 1K8KB 2HMPA 3LDPA 5FPNA 3R8EA 1ATSA 1MDUB 1S3XA 2E88A 2AA4A 3AY9A 1U6ZA 2VWBA 3WXLA 4BRPA 4IJAA 1SQKA 3U8XA 2H3GX 2ASOA 4FL9A 2NRHA 3MCPA 1GLAG 4DCHA 2J4RA 2QXLA 4E1JA 4DQ8A 1H1VA 3LDNA 3O8MA 3AAPA 3BUZB 2IVNA 4AM7A 1JCEA 2A5XA 1NGDA 3EZWA 3IDHA 4BRFA 3VF6A 3M3ZA 4M7YA 4NO7A 5AR0A 4JN4A 1HKGA 4XH5A 5ADXH 5JICA 3C7NB 3DAWA 1TYQB 2HF4A 4QS9A 2E2QA 2P9LB 3A0IX 3ID8A 4BC5A 2YHXA 2V52B 4H03B 5AQIA 5AZJB 4M63C 2NZTA 4F9OA 5AQLA 1WUAA 2P9KA 3JXUA 1NMDA 1U2VB 5ELZA 4BR5A 2P9UB 2I7PA 2V7YA 2P9NA 3HTVA 5AQPA 4DB3A 4CBWA 2EWSA 5FPDA 1NGIA 5BRDA 4PL7A 3G25A 4CZEA 4A2AA 1BU6O 4CZHA 5KQDA 3KVGA 2I7NA 4BG9A 3MMVA 2PBDA 3VEOA 3EKSA 4QS8A 3QFPA 3WEEB 2Q97A 1X3NA 1RGIA 2UYTA 2BTFA 3D2EA 2F9TA 4BGBA 4BR4A 1EQYA 1XQSC 4WQ4A 3DXMB 3ZX3A 3WUHA 3D2FB 5B8HA 3MN5A 4H5NA 2ITMA 3FZMA 4FWOA 2YI1A 5BR9A 4JHDB 4CBUA 1XC3A 1KAYA 4CBXA 3QICA 3A5LC 3SJHA 4CZFA 4WYBA 2ZWHA 2AP1A 3BP8A 4CZKA 2P9PA 1JCGA 4WQ5C 1V4TA 5AQZA 4K43A 1T44A 3TU5A 3UKUB 4BRNA 3SMPA 3CJ9A 4K25A 4BROA 4H5WA 5JMVA 1ZBSA 4IO8A 1QQMA 4IXCA 4K42A 4LC9B 5AQFA 4QS7A 3QB0A 4J8FA 1J6ZA 1GLFO 3CJCA 4O5FA 3H46O 1NWKA 2GTDA 3KHYA 3ENHA 3LL3A 4CJ7A 2FF3B 1QQNA 1RFQA 1GLJO 2A3ZA 4FOEA 3WT0A 4XEIA 5AQMA 1T6CA 3GOIA 3CJAA 4XH1A 4H0OA 2E1ZA 3HI0A 1GLDG 3GBTA 1E4FT 2GEMA 1DGKN 1QQOA 1ATRA 4BRCA 3GL1A 1QHAA 3FGUA 3O4WA 3P4IA 3CIPA 4BC4A 4CZJA 5BPLA 3D2EB 4H5VA 4YDUA 4BR2A 1X3MA 4KBOA 2QWQA 1BDGA 2DPNA 4BQZA 5AQJA 4WQ5A 5BN8A 2ASMA 3BF1A 4ISEA 4A2BA 2E2PA 1MWMA 2QWMA 5AQUA 4RWTA 2QWNA 1Z05A 3WQUA 4JNEA 2GWJA 5EOYA 2W41A 4BG8A 4BC3A 3WQTA 1NBWA 5AQTA 1YAGA 1BA1A 3L6QA 2QWRA 3H3OB 4CZIA 3FZKA 4H0XB 4BRQA 2P9IB 2QWLA 2FLOA 4I6MA 5AFUH 3CQXA 4B1XB 4Z94A 2Q1NA 3MN9A 3UB5A 2CH6A 3QDKA 1KAZA 4CZLA 1TUYA 4MO5A 3IUCA 4BGAA 2E2OA 4M7XA 1WOQA 1MA9B 3AAQA 1BOTO 5KPTA 1CZAN 3ZEUA 3CJBA 5JLFA 3EKUA 3QFUA 1S22A 5AQYA 3ULEB 4IJNA 1HPMA 4BVOA 2E20A 2Q36A 3FZLA 3O80A 3LM9A 4BRLA 4IZ9A 3VGMA 3S41A 3H1VX 3C0BA 3SK3A 4EFHA 4B1WB 4H0PA 4EAHD 1LCUA 1GLLO 2Q0UA 4A61A 3CQYA 2PAVA 4BRKA 2YHWA 3UE5A 4H5RA 2VYPA 3ATUA 2V7ZA 3EO3A 2P9SA 3DXKB 1BO5O 2CGJA 5CE3A 2KHOA 1MWKA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3OA9A 1WSGA 4KI6A 3QESA 2OCEA 4FWPA 1D4XA 3BZCA 1C6VA 4ELTA 4MLHA 1NU0A 3GE1A 4A62A 2G8IA 1BIZA 3SLCA 4FLXA 4DF4A 4DTJA 2O8EB 1D9DA 4HTUA 5AZIA 3VEWA 4L3QA 4BE1A 4PKHA 3QNNA 4CD1A 4L8RB 4FW2A 3L4IA 3K5NA 3NMUA 1IKVA 1CZBA 3FR0A 4JRPA 1VSHA 4C23A 5AQVA 1BL3A 5KPZA 4BREA 4RW8A 5HP1A 3V6DA 3DJCA 4B3SK 4DHYA 4DV0K 1J5EK 3A8YA 3CPEA 5JS1A 2DFHA 3T1AA 1P8ZA 1N8RO 5AQQA 1DKGD 2FXUA 3V9WA 3C7NA 3QBXA 2YHAA 1BI4B 2P9LA 2D0PA 3HPGA 4I9LA 4ZHRA 3WXJA 1YVUA 4JI8K 4B1YB 1Z25A 3O3FA 3HM8A 4DSIA 4HUEA 3SJJA 3KTQA 4J2DA 3H45C 1L3SA 4FWSA 4FPBA 2P5GA 1LAVA 5GIPA 4F3OA 2CGKA 3CCRN 3ID6A 3AVKA 1RBSA 5BR8K 4Z4HA 1NGFA 3R1XA 3AV9A 4I9QA 5TKYA 5KQ8A 4FOIA 3J81O 1CXQA 1Y64A 3ZT2A 2X74A 1QQCA 5C15A 4CJRA 1NGGA 3E01A 4OPJA 3DXMA 3VEXA 4Y0WA 2O8FA 1S1VA 4WFBL 3LDSA 2Z1GA 1TL3A 2IS3A 4B08A 5F0XA 5LJWA 1WBBA 4KHWA 1REVA 3O6WA 4OLAA 2Q0RA 1SKSA 4GKJK 5LY3A 4X66K 4AQYK 4H5TA 5EX5A 1WSEA 2GBZA 1IG8A 4DU3A 1C0MA 3AA2A 5KTQA 3VOVA 1NGBA 1JLFA 3UKUA 4F8RA 3SAHA 5E84A 5AQXA 3TSUA 4XH4A 5FPMA 4QCLA 2RKIA 3VGKA 2GELA 2QA4N 3AO2A 3NCIA 4KO0A 3ENOA 1Q7YO 4AM6A 4KHUA 4DSKA 1HR0K 1T8EA 4FK4A 3O1BA 1SL0A 1NGCA 3QERA 2IVOA 1SAZA 1X1PA 4H0VB 3ZT0A 3CCSN 3CERA 3A5NC 3I0RA 4BR0A 3NF7A 3CCLN 4ELVA 3BF3A 3EYZA 3RMCA 3TAPA 4IBNA 3SQ1A 3U4LA 2VG6A 3AO4A 1QTMA 4PL8A 5EVZA 1LV5A 1VQ9N 4B9UA 4IFVA 1JLEA 3V9XA 1X9WA 2O4IA 1C0GA 3AGKA 2ZE2A 4CF0A 2HF3A 1F21A 1BA0A 3M8PA 3TSQA 3PLAA 1Q82O 2HOEA 3VF4A 3TAQA 4WCEL 5AFUA 2E1YA 3EZ5A 4AHSA 1LWEA 4PQUA 2BE2A 3ZSQA 2GUIA 1FKOA 4B9QA 4YDUC 2A40A 2Y1JA 3P38A 4RG8A 1BQMA 4RW4A 2KW4A 3EL2A 3NGIA 2ZGZA 2B4JA 2P9IA 1OH5A 4B3MK 4EP4A 4YHHK 1JXBA 3RMAA 1NGHA 5C10A 3ZSZA 3LWMA 2WBNA 2A1RA 1HMVA 1BUPA 3WXKA 1N36K 1BG3A 5AQKA 3RSEB 1Q8IA 4B9LA 3UIQA 5J2PA 2HNZA 4DTOA 1L3UA 4CCHA 4FK0A 4UY8O 4AF1A 3NF6A 4YOTA 3UKRB 4ILGB 3ZETB 1Q9YA 2VG5A 3EN9A 1NK8A 2GWKA 5BRHA 4LFAK 3O4NA 1Z6RA 3O1WA 2FSJA 3DLHA 4KPYA 3U9ZA 1RT3A 4DV4K 1WSHA 1FXXA 3VA0A 3MCAB 4M41A 1M1KO 3DXKA 3HSTB 1TKZA 3ZETA 3QEPA 2G8VA 5J1EA 3DLKA 1W2BM 5FPNA 4DUYK 2QKKA 4YOVA 2AA4A 2WC9A 2YKMA 2VWBA 3MX2A 4BRPA 1HPZA 4PHTX 1DTQA 3VN5A 1NKCA 3P83D 2O8EA 3MCPA 1S5JA 1LAWA 1H1VA 4MDAA 4BRFA 3EZWA 4B9TA 1ASVA 4M7YA 5AR0A 5JICA 5KRTA 3DAWA 1T7PA 2UUAK 1RTIA 4Z4CA 2E2QA 4DWIA 3HL8A 3A0IX 4BC5A 3NBPA 4DR7K 5AZJB 3QLHA 4DR1K 1EXQA 1WUAA 3JXUA 1U2VB 4M3ZA 1G15A 2D0AA 5JS2A 5FPDA 3C94A 4OKJA 5BRDA 4PL7A 5J2MA 1BU6O 1BI4A 4CZHA 4WF9L 3KVGA 3PO4A 3KLIA 3WEEB 1XC9A 1X9SA 4OPAA 2BTFA 3D2EA 2F9TA 3LAKA 1EQYA 4IDHA 2HHXA 3J80O 3PX0A 3SZ2A 4FWOA 5BR9A 4JHDB 1KAYA 5C12A 4DTUA 3QICA 1NJWA 4WYBA 1KVBA 4YOYA 2E5LK 4CJ3A 1Q81O 1W0HA 2IGIA 1RTJA 1S1TA 4FJ8A 3L2QA 4WQ5C 1T44A 1NJYA 4B9NA 1QHTA 1J9AA 4BRNA 4BROA 5JMVA 2G8WA 3AO5A 1JLQA 1RT6A 5CYQA 4NYFA 4LC9B 1DT9A 3WNGA 3DOKA 2ZM6K 3LWLA 1WBDA 3CM6A 4OKKA 4LF9K 2GTDA 3KHYA 5MLCQ 3ENHA 3K9JA 3LL3A 1OH6A 4CJTA 2ZJRL 4B8AB 4CEFA 4NXMK 5SWMA 1O1WA 5M1QA 4XEIA 5FLXO 4FJJA 4GVMA 5AQMA 1WNSA 1NK4A 4Z4FA 1UOCA 3OBYA 2E1ZA 4WFNL 1GLDG 5HL7L 3GBTA 4CHQA 4DV5K 4BRCA 4OGEA 4CGHA 4OPHA 3F9KA 3CIPA 3CC2N 3DI6A 4DSJA 3PSIA 1VQ8N 1NK7A 2X6SA 5FRMA 4YDUA 4BR2A 2VQFK 1GOAA 1NJZA 3BF1A 2E2PA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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