4FWNA

Crystal structure of salmonella typhimurium propionate kinase (tdcd) in complex with adenosine tetraphosphate (ap4)
Total Genus 132
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
132
sequence length
394
structure length
394
Chain Sequence
FPVVLVINCGSSSIKFSVLDVATCDVLMAGIADGMNTENAFLSINGDKPINLAHSNYEDALKAIAFELEKRDLTDSVALIGHRIAHGGELFTQSVIITDEIIDNIRRVSPLAPLHNYANLSGIDAARHLFPAVRQVAVFDTSFHQTLAPEAYLYGLPWEYFSSLGVRRYGFHGTSHRYVSRRAYELLDLDEKDSGLIVAHLGNGASICAVRNGQSVDTSMGMTPLEGLMMGTRSGDVDFGAMAWIAKETGQTLSDLERVVNKESGLLGISGLSSDLRVLEKAWHEGHERARLAIKTFVHRIARHIAGHAASLHRLDGIIFTGGIGENSVLIRQLVIEHLGVLGLTLDVEMNKQPNSHGERIISANPSQVICAVIPTNEEKMIALDAIHLGNVKA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Mechanistic features of Salmonella typhimurium propionate kinase (TdcD): insights from kinetic and crystallographic studies.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Propionate kinase
molecule tags Transferase
source organism Salmonella typhimurium
total genus 132
structure length 394
sequence length 394
ec nomenclature ec 2.7.2.15: Propionate kinase.
pdb deposition date 2012-07-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00871 Acetate_kinase Acetokinase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4fwnA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4fwnA02
2IVPA 1NGCA 3U4LA 2FF6A 3D2FA 2A5XA 2CH6A 3IFRA 1E4GT 3H45C 3LM2A 1WOQA 1ZBSA 4K42A 1C0GA 4WQ5C 5AZJB 3U8XA 4M63C 5JMVA 2D1KA 2E8AA 4H0XB 4MLEA 4FL9A 3FR0A 3JS6A 4FPBA 3DXKA 2GELA 1U2VB 2HF4A 2I7NA 3ZEUB 5I9EB 1GLDG 1SAZA 1TUUA 1YXQA 5AQVA 1BWFO 3H3OB 4BR9A 3EZWA 4WQ4C 1ATRA 3DAWA 4QS8A 5JLFA 3VGMA 3QFPA 2QWLA 2P9IA 1T44A 2CH5A 1QZ6A 3QBXA 1RDWX 3GOIA 3L4IA 4BGBA 2E88A 4FOIA 4CZFA 4ISEA 3H1VX 3D2FB 2FF3B 3VEWA 4H5NA 3WEEA 3C7NA 4BG9A 3FLCO 5JICA 4BG8A 4BRKA 2KHOA 2NLXA 3H6EA 2P9PB 4MO4A 2W41A 1BDGA 3AY9A 1QHAA 1SZ2A 3EKSA 3SLCA 4JD2A 3GBTA 2Q97A 3ZETA 4BROA 5AFUH 2YHWA 2CGJA 1GLCG 5AQIA 1HKGA 1RFQA 2HOEA 4DHYA 2GUPA 5KPTA 4FO0A 1JCEA 1CZAN 4HWIA 4B1WB 2P9IB 2V52B 3ATVA 4BRNA 2E20A 4B1YB 3CJ7A 1KAXA 3MK6A 3O80A 2GWKA 3VF6A 3BEXA 3WQTA 5TKYA 4O5FA 2GWJA 3ENHA 4CBWA 1MWMA 4BRGA 1S22A 3I8BA 4K25A 1LOTB 3WEEB 3C7NB 4FWPA 2DPNA 2J4RA 4BRMA 2FSJA 4Y0WA 4BR0A 5AQLA 1ESVA 4BREA 2YJFA 1BUPA 3ULEA 2CGLA 4B1UB 4CZHA 3QMLA 2UYTA 4YDUC 5AQGA 4BRAA 3IMXA 5FPDA 4JD2B 3VESA 4CJ7A 3QFUA 2E1YA 3VEZA 2QWMA 3BF3A 3ZX3A 3H3NO 4MLHA 3VF2A 4A61A 4H0YB 4NO7A 1NLVA 1EQYA 4H0VB 4FWSA 1HJOA 3HSCA 1QQNA 5AQOA 1GLBG 4KBOA 3FZKA 4ISFA 1DKGD 3EKUA 4K43A 4BQZA 5AQUA 3FZFA 3VENA 2ITMA 2OANA 2VYPA 3CJBA 3MMVA 1V4SA 2Q1NA 4FSVA 5AR0A 1LCUA 4A62A 2P9NA 1IJJA 4A2BA 3B8AX 3ULEB 5AQQA 1NMDA 1HUXA 1IG8A 4BGAA 3HZ6A 5JLHA 1C0FA 5BPMA 2GEMA 2ASOA 2PAVA 3A5MC 3EO3A 3KHYA 4HTLA 4F9OA 3AARA 1G99A 2VWBA 3WQUA 5B8HA 3D7EO 3MN5A 4B1VA 2H3GX 5AQPA 1KAZA 3A5LC 3S41A 4AM7A 4DCHA 1XC3A 3W3DA 1E4FT 3VEYA 4XEIA 4FWLA 4BVPA 2YHXA 1OKJA 3FFKB 2Q2RA 3CIPA 2ZF5O 5EY4A 4I6MA 1K8KA 4JHDB 3VEOA 2P9NB 5F1XA 4ISGA 3H1QA 5AZIA 2QWPA 1V4TA 3C0BA 1X3NA 3A5NC 1HPMA 5BPLA 1YAGA 3ZX2A 3VERA 4PL8A 3CERA 2QW9A 5LJVA 1NGAA 1MA9B 4IJNA 3R8EA 4BRLA 2A41A 3EL2A 2A6AA 5ADXA 4EHUA 2QWRA 1DEJA 5F0XA 4H5RA 3SJHA 5E84A 3BF1A 4B9QA 4LC9B 1TYQA 3BP8A 3RSEA 4BC2A 3FZMA 3QBWA 3DXKB 3O4WA 3BUZB 1NGDA 2I7PA 4I6MB 5KPZA 1K8KB 5CE3A 2BUPA 1HKCA 3D2EA 3GDQA 2D0OA 5ELZA 5AQNA 5EX5A 4PKHA 1J6ZA 3VPZA 3VGKA 5BREA 3VOVA 2BTFA 3CQYA 2P9KA 5AZIB 3IDHA 3QICA 1NBWA 2D0PA 2ZWHA 3P4IA 5AQTA 5KQDA 4PKIA 2Q31A 4BRHA 4DB3A 4CZJA 2E2PA 3LDNA 2P9UA 3SMSA 3VEXA 4L3QA 4MO5A 2ZGYA 2NZTA 2E1ZA 4BRCA 1BG3A 1ZC6A 3FGUA 4E1JA 1TYQB 3UB5A 4RTFD 1Y64A 2Q0RA 3VGLA 3A8YA 3L0QA 1TUYA 4CD1A 1BO5O 3RSEB 3OHRA 4H0TB 4O8KA 1HLUA 2FXUA 3ATUA 4FOEA 4NB4A 3ZETB 4CBXA 4H5VA 3UKUA 3D2EB 3W0LA 4K41A 2F9WA 2P9LA 4JAXA 4M7YA 1NM1A 2P9KB 3LDQA 5FPMA 1YUWA 4IWVA 4RWTA 2IVNA 2AA4A 4AM6A 4CZKA 4BVOA 3UKRA 2QXLA 4FWQA 4B1XB 5AQHA 5BN8A 3O1WA 2ZGZA 3LM9A 5EVZA 2P9UB 3VEVA 1RGIA 4GNIA 3MN7A 3M6GA 3IUCA 1HKBA 4EAHD 1QZ5A 1SQKA 3O1BA 5AFUA 2E2OA 5AQRA 2YJEA 5LJWA 2FLOA 2FSNA 2P9SA 3O6WA 4M7XA 5BR9A 1Z6RA 4CBUA 1MDUB 4XH1A 5KPRA 4PL7A 4BR4A 1ATSA 1NGFA 1NGIA 2CGKA 3CHWA 3J8AA 4H0OA 3EN9A 4FWNA 2V51B 1DGKN 3WUHA 1WUAA 1NGJA 1X3MA 3CJ9A 4CZGA 2E2QA 4IZ9A 4BRFA 3CJ1A 1BOTO 2V7YA 4JNEA 4DQ8A 1QQOA 2Q36A 1U6ZA 4J8FA 1JCGA 2P9SB 4BRDA 3FZHA 4JN4A 3G25A 1BA1A 4WQ5A 1BU6O 4IO8A 4FWRA 1S3XA 2A40A 4BR7A 5BN9A 3UE5A 3LL3A 3CJAA 4IXCA 2P9PA 1NGEA 5BPNA 1XUPO 2QWNA 2GTDA 3WXKA 4WQ4A 3KZBA 1QQMA 3AAPA 5F2RA 4BC3A 5FPNA 3O5BA 5EXWA 2A42A 4EFHA 3ZX0A 1ZXOA 3VF4A 3LDOA 5KQ8A 2IIRA 4BC5A 1GLEG 4CZLA 3CI5A 3L6QA 1XQSC 1GLFO 3JXUA 4H5TA 3U9ZA 2QWQA 3DJCA 2HF3A 5AQYA 2EWSA 1GLAG 5AQMA 4IJAA 4BRIA 5BRDA 3MN6A 3A0IX 5BRFA 1KAYA 3GL1A 2Q0UA 1NGHA 4QS7A 1NWKA 2QM1A 2HMPA 3ID8A 4FWKA 4CD3A 3H46O 2AP1A 3WXLA 4FPAA 5AQKA 3TU5A 3CQXA 3FE1A 1Z05A 2E2NA 2A3ZA 3SK3A 4EIAA 1NGGA 5AQFA 5BRHA 5AQXA 1R59O 4QS9A 2QWOA 4FWOA 1JCFA 3VETA 3QDKA 2D4WA 3I33A 2F9TA 2NRHA 4XH4A 3MDQA 3A5OC 4RCHA 3KVGA 1YVNA 3R9PA 1BA0A 4YDUA 3M1FA 4BR2A 5AQZA 4Z94A 2W40A 1KXPA 3SMPA 4C23A 4H03B 3TPQA 4FWMA 3O08A 1P8ZA 3DWLA 3QB0A 5AQWA 1H1VA 3HI0A 5FPEA 1GLJO 1GLLO 5EOYA 4H0PA 2WUSA 5AQSA 1MWKA 2YI1A 3DXMA 4CZMA 3LDPA 4BC4A 3CETA 4GY2B 4BR5A 4H5WA 2VCPA 3WXJA 4CZIA 5AZJA 5E26A 5LY3A 3UKUB 3HBTA 4CI6A 2P9LB 3O8MA 3LDLA 3FZLA 1T6CA 3AAQA 3F9MA 1U2VA 1NGBA 4WYBA 3ZEUA 5ADXH 3CJCA 3ENOA 3UKRB 4B1ZA 3GE1A 3R6MA 2ASMA 4JHDA 3WXIA 2YCHA 3M3ZA 5AQJA 1T6DA 1X9JA 4BRQA 2V7ZA 3U9DA 4CZEA 1ATNA 1D4XA 3MCPA 1HX1A 4XH5A 4A2AA 1Q18A 2ASPA 3HTVA 3MN9A 3WT0A 4BRPA 4EHTA 2IVOA 3GG4A 2PBDA 4BQLA 2YHYA 2FSKA 4PKGA 3HM8A 3DXMB
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3DLKA 2VG5A 3DLLL 2A5XA 4YOXA 3IFRA 2O8FA 3AO1A 1NU0A 2QK9A 1WOQA 5AZJB 5JVGL 3U8XA 4FZZA 4M63C 2D1KA 1RTJA 4FL9A 3FR0A 4GVEA 3WNEA 3DXKA 2GELA 1U2VB 4CK3A 1SAZA 3K0SA 3THXB 1TUUA 1ITGA 4BR9A 4WQ4C 3K58A 1JJ2M 1EKEA 4LF6K 3VGMA 1GOBA 4FJGA 2CH5A 1QZ6A 3QBXA 3E66A 4EP4A 3GOIA 4HTUA 2P5GA 3G4SN 3H1VX 1NOYA 3MWTA 2X78A 4O44A 4BWMA 4H5NA 3ALYA 5D3GA 5JICA 2KKZA 3DRPA 3SAHA 2KHOA 3THWB 4CECA 2E6LA 3ZCMA 2W41A 4AHSA 3SLCA 5JVHL 4JD2A 3ZETA 3P1GA 1Q9YA 1JLBA 4HHTA 1TKDA 1NOZA 1VAZA 2GUPA 1QSLA 4B1WB 2P9IB 2V52B 3ATVA 3OJUA 2AJQA 2G8WA 3CJ7A 2GWKA 2Z1IA 4CF8A 3V4IA 3RR8A 1XHZA 2WC9A 4KTQA 4IDHA 2GWJA 4DFPA 1S22A 3I8BA 3C7NB 4CGIA 2DPNA 2J4RA 2HHSA 1BQNA 5GAHP 1CXQA 2Z1HA 4BREA 2YJFA 2F8SA 4CF9A 4CIFA 4FVUA 3CC4N 4TSXA 3VESA 5M1NA 4CJ7A 3HL8A 3CCEN 2FC0A 2E1YA 3U6FA 2XY6A 1BIUA 1TV6A 3OA9A 1S9EA 3OS0A 2O8DB 3TAQA 2JLEA 3HSCA 1IBLK 3AVKA 3V9UA 5AQOA 4ISFA 3S3NA 1BI4B 2RF2A 3HK2A 3EKUA 4DR5K 4CFCA 5AQUA 3FZFA 4Z4IA 1J5EK 1O13A 4FJ7A 1VSHA 1S1WA 5AR0A 2F8TA 4A62A 2P9NA 4FJ9A 1IJJA 4IBNA 1DT9A 3ULEB 5AQQA 3F9KA 1NMDA 4CGDA 1U48A 4B9VA 3J81O 1N33K 1ZBUA 4MDBA 1NJIO 2GBZA 3O4QA 3A5MC 3EO3A 3KHYA 1NJWA 5HL7L 2YNHA 1VSIA 3SNNA 4B1VA 4B3SK 1QE1A 2HHVA 1LWCA 4E1MA 3KIOA 3W3DA 1E4FT 3C6AA 3NDKA 4C1NI 3ZLJA 2FBVA 3FFKB 2X74A 3QEIA 4AF1A 1J5OA 2O8EB 3CG7A 4I6MA 3ZT0A 4JI1K 3KLEA 1JLAA 4IG3A 5HP1A 5J2MA 2DFFA 3CXCM 4OPJA 4Z4GA 1L3VA 1V4TA 1SS6A 1X3NA 3KJVA 3A5NC 1HPMA 5CYMA 3SZ2A 1OH5A 1FKOA 4CHNA 1MA9B 4LY7A 2A6AA 1NK9A 2QWRA 3QEXA 4H5RA 3SJHA 3OW2M 3BP8A 3RSEA 3KLIA 3BUZB 2I7PA 5GIOA 3H08A 2BUPA 5AQNA 1RT1A 1VSJA 5ELZA 4PKHA 5E41A 1J6ZA 1KRPA 3VGKA 5BREA 3VOVA 4FM1A 3CQYA 3K57A 1S6QA 2QI2A 3IDHA 1VQPN 4CEDA 5KI6A 3QICA 2D0PA 3HP9A 4PKIA 4M3XA 4BRHA 2E2PA 3LDNA 2YHAA 3K9JA 1IBMK 3C94A 1KCFA 3THYB 4I2PA 2NZTA 3AVAA 3VQAA 3VQBA 2D0BA 5C24A 3LZIA 3AVIA 3DYAA 4RTFD 2Q0RA 4ZTJA 4O8KA 4M45A 1KFSA 4DWIA 3HP6A 4KHWA 4QCLA 4FJMA 3EYZA 3NGIA 3AVJA 3D2EB 4K41A 3RTVA 4JAXA 4M3YA 3DRSA 1VQ6N 3K5NA 4RWTA 3JYTA 4AM6A 3IS9A 4Z4EA 4BVOA 4FWQA 5JS2A 4B1XB 3J80O 2YKNA 3LM9A 3MEEA 3VEVA 1RGIA 3MN7A 4GKJK 1HNXK 4DSKA 4FJIA 2G8UA 4F2RA 1EETA 1YITN 1K8AO 1SQKA 5LJWA 1IG9A 2FSNA 3O6WA 5IWAK 5BR9A 1Z6RA 2KFZA 4CBUA 1TK5A 3M8SA 4LF9K 5C2FA 3L3VA 1NGFA 1TK0A 4CJVA 4OLBA 4H0OA 4LF5K 3AVNA 4L8RB 4CZGA 3CJ1A 4EZ6A 2FBTA 1A5XA 1BOTO 2G8HA 4JNEA 1N6QA 2YX6A 3SAFA 1YJNN 2QTDA 4E3SA 4YOWA 1RILA 5M1QA 4FJLA 3F5TA 1SUQA 4I9LA 1TVRA 5JS1A 3EZ5A 1BU6O 4IO8A 4KKOA 1UA1A 1JLCA 1JXEA 3VQ9A 5BN9A 2HNDA 4C8NA 1S1UA 4FJ5A 2ZQBA 3K2PA 2RE2A 4GW6A 4F4KA 5HBMA 2P9PA 1NGEA 5GINA 1KVCA 1QQMA 1IO2A 5F2RA 4AHRA 4BC3A 3QESA 3O5BA 1NK5A 5EXWA 3AVCA 1ZXOA 3VF4A 4WCEL 5KQ8A 1Z25A 4BC5A 4DTNA 4NLCA 3CI5A 3U9ZA 1GLFO 3JXUA 4JS4A 3TWHA 1NK8A 4DTXA 3DJCA 4XIUA 5AQYA 4JI2K 3J7ZO 4NCAA 3TAPA 4IJAA 1N5YA 1KD1O 2VWJA 1NKBA 5BRFA 2HB5A 4DKWA 4YY3K 1JXBA 1XHXA 2HMPA 5FLXO 3OY9A 3ID8A 3QINA 1HRHA 2OPPA 3H46O 3U3GA 4FPAA 5AQKA 3CQXA 4N47A 1UA0A 2A3ZA 3G10A 3OYLA 1LV5A 3NH0A 3HT3A 3SQ2A 4FWOA 3QDKA 4JKGA 4M3ZA 1GOCA 3NCIA 3NF9A 3HYFA 3PIOL 2NRHA 1S1TA 3MDQA 3OVNA 3KVGA 3VTHA 3TARA 3R1XA 5A2QO 1OVYA 1W2BM 2W40A 1KXPA 3SMPA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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