4YOTA

Crystal structure of a trimeric exonuclease phoexo i from pyrococcus horikoshii ot3 at 2.15a resolution
Total Genus 61
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
61
sequence length
229
structure length
225
Chain Sequence
MRIVAADTGGAVLDESFQPVGLIATVAVLVEKPYKTSKRFLVKYADPYNYRQAIRDEIELAIELAREVSPDVIHLDSTLGGIEVRKLDESTIDALQISDRGKEIWKELSKDLQPLAKKFWEETGIEIIAIGKSSVPVRIAEIYAGIFSVKWALDNVKEKGGLLVGLPRYMEVEIKKDKIIGKSLDPREGGLYGEVKTEVPQGIKWELYPNPLVRRFMVFEITSKS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords 3-5 exonuclease PhoExo I
publication title Structural basis for substrate recognition and processive cleavage mechanisms of the trimeric exonuclease PhoExo I
pubmed doi rcsb
source organism Pyrococcus horikoshii
total genus 61
structure length 225
sequence length 229
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-03-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13680 DUF4152 Protein of unknown function (DUF4152)
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.440 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4yotA00
4YOXA 5CHIA 4YORA 4YOWA 4YOYA 4YOVA 4YOTA 4O8UA 4YOUA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1TUYA 3LP3A 4K25A 1BDGA 2HBMA 3EZ5A 2HBLA 1S72N 4WE1A 3OYAA 1EQYA 2E1YA 4FZZA 2YCHA 1IBLK 1S1UA 2F9TA 3VEVA 1N8RO 1HQUA 1HX1A 2O8EB 5M1NA 4B1YB 4CJPA 4BRFA 1NOYA 3PIOL 4E7HA 3SJHA 3TAFA 1VSIA 4CEZA 5EX5A 4CIGA 4WCEL 3MEDA 3NVMA 1EXQA 2HNZA 4A62A 3J80O 1JLBA 3ASMA 4CF0A 1CXUA 3W3DA 1WUAA 1SKRA 4AHCA 3M8SA 5AQUA 4I6MB 1EETA 4OKJA 4F9OA 1MDUB 2IVOA 4IOCL 1VAZA 3S3OA 4N56A 3AVKA 4DQQA 3JAMO 4DSEA 1TL3A 4BG8A 4FXDA 3OYJA 4BR7A 3K5NA 3A5LC 3VQAA 4CGHA 3KK2A 4IOAL 2YKMA 1NM1A 3NDKA 5D3GA 1NK6A 5FROA 1ZC6A 4LF9K 4M3YA 1S6QA 3VETA 3D2EA 4Y1DA 3OS0A 3OYEA 2UXDK 2E4LA 1J54A 2P9KB 3V6DA 3K0SA 1YITN 1U2VA 1RT4A 3CMEN 2AP1A 1QVFM 3K57A 1KAZA 2YHXA 1Z6RA 3V9WA 4FW1A 2Z1GA 1JKHA 5C12A 2E2NA 5CR4A 5BPMA 4ISGA 3F73A 5J1EA 5AQOA 4KB0A 4CGIA 5B8HA 4M42A 1IH7A 2BTFA 1GOBA 4DV2K 4YOTA 1WAFA 3V9ZA 4B9TA 4B9NA 5CZ1A 4CECA 3VERA 3THWB 1WSGA 4EAHD 2WC9A 5FPEA 2Q1NA 2ZF5O 1KAYA 2E8AA 4BY9C 2NRRA 3CQYA 1JLCA 3FZKA 4HWIA 3WT0A 1NJZA 3ZT2A 4WFAL 3TAGA 3MN7A 4RWTA 3VTHA 4DKWA 3RMDA 1U49A 4C23A 4MDBA 4FM2A 3AVBA 3H46O 3VQBA 2P9SA 3NE6A 1JL2A 2LSNA 3HOTA 4CHZA 3BY5A 1XNRK 4IFEA 3J7ZO 3FZLA 3CXCM 1LW0A 4WF9L 4CEAA 3ZSOA 3KD5E 3S3MA 5HROA 3A8YA 1IBKK 4O55A 1NK5A 1NGDA 4QCLA 4JS4A 1Z05A 3UKRA 5CY4A 4LC9B 3LDNA 3SAGA 3IMXA 4DF8A 3HZ6A 2PZSA 1RILA 3LP1A 2CGKA 1WSIA 3T19A 4KHSA 2IC3A 3ENHA 2QEXN 2GTDA 2IVPA 3FE1A 4CBWA 3D7EO 1N36K 4B3RK 3QIOA 1GLEG 5AQYA 2OA8A 2OTJN 3QEXA 3TSUA 4B1WB 3THXB 4DG1A 1HQEA 3SQ2A 3NHGA 4FW2A 1BI4A 3CM5A 1HRHA 2E2QA 4J8FA 2OYQA 4AHSA 2O8DA 1ZBSA 3TTCA 1IG8A 3WXKA 1N5YA 3U6FA 3JS6A 4DQRA 1OH6A 3AAQA 4FJKA 2D1KA 5JVHL 2FLOA 3HPGA 3D45A 1JCGA 1WLJA 3JXUA 1RDBA 4AHRA 3KVGA 3SBTA 5M1FA 4IFYA 4B1ZA 4BE2A 4KI6A 1ESVA 1TKXA 5LL6Z 4JI7K 3ENOA 4GMJB 3OA9A 5AQJA 1QHTA 5AQPA 5FPDA 4DV4K 5KTQA 5EOYA 4DFPA 3T3FA 5C2FA 3ULEB 1VSFA 3TABA 3MXIA 3O3FA 3RR8A 5TKYA 3CJ7A 3EE8A 3KIOA 3DLKA 3QFUA 1JLGA 3E9LA 4ZTJA 3WEEA 4E3SA 1LCUA 1C0FA 2D0CA 2GUIA 4JI0K 4ISEA 1NJXA 4DQIA 4IO8A 3QBXA 3L4IA 4B9MA 3HL8A 5AQMA 1RT6A 5E26A 1BO5O 4DFMA 2KFNA 2P9LA 3ZCMA 3NH0A 4ELTA 3VA0A 2O8BB 3AGKA 4L3QA 1QZ6A 3HSCA 1NMNA 2QWQA 3A5OC 1K9MO 5CYQA 3WQUA 1LWEA 1KXPA 1VQKN 2Q0RA 1BIUA 3T1HK 4I2QA 5GIPA 4JKCA 2A42A 1HKBA 5EU7A 3PX0A 3O3HA 1S1WA 3HI0A 2YNIA 4OJRA 1HPZA 1WB9A 5HP1A 1RNHA 1C0UA 4OGCA 3H3OB 5JICA 2ATQA 4NCGA 3ZYYX 3L3VA 3THYB 4O44A 4CGDA 5BN9A 1DLOA 1K6YA 3QB0A 4IKFA 1WNSA 3QNOA 3P4IA 3KKSA 4CZEA 1J6ZA 1NJWA 4XEIA 3LZJA 4H0TB 4CFAA 2G8HA 2HSTA 4ELUA 1RTJA 2BANA 4H0PA 4E1JA 3CJ1A 4J2BA 4CJVA 4DCHA 1TUUA 4OPJA 3OYNA 4DLEA 4K42A 2YI1A 4IEIA 4AM7A 4KHYA 3M8QA 3OYIA 4FZYA 3S9HA 1HNXK 1HYSA 4LFBK 3PV8A 4C8OA 3U8XA 3C0BA 3CCJN 4CW7B 1T7PA 2E1ZA 1BHLA 1X9MA 1QHAA 3WNHA 3U3YA 3PSFA 3T69A 3PX6A 1BQNA 4DU1A 1NBWA 3CCSN 1VK0A 4BR5A 1Q81O 4CVNE 3C65A 4JI1K 1N33K 1WAJA 4LY7A 3OYMA 3O9SA 4FJXA 1MU2A 5MLCQ 3M1FA 4FK4A 3SAHA 4H0VB 4CEOA 1YJWN 5AQTA 1SQKA 4IFVA 2P5GA 4FCYA 3G25A 4DV0K 2JWKA 5AQZA 3R9PA 3ZSVA 1T6CA 5M1PA 1XWLA 2F8TA 1T44A 4FLYA 4CFCA 2ITMA 5KGWA 1NKCA 5BRDA 3D2EB 3H45C 4CGJA 2HHUA 2NRWA 4H8KA 3PSIA 1DGKN 3O9QA 4O4GA 4BE1A 3AAPA 1U2VB 5F0XA 2GV9A 3CIPA 1L3VA 3ENBA 5KQDA 3DRRA 2ZGYA 3AO3A 2A3ZA 4Y1CA 4JNEA 1G15A 3OYGA 3RRGA 4OPKA 1KVCA 4B08A 1M90O 4GW6A 4A5BA 3TAPA 2O8CB 1SL1A 5GADP 3OBWA 2Z1JA 3SCXA 4FZXC 3K58A 4BR2A 4BR0A 5JLFA 3AVLA 1KSPA 5LMNK 2A40A 5BREA 2ZWHA 3M6GA 2ITGA 4N76A 4RW7A 1TK0A 4DTNA 2ZJRL 4YDUA 5GAGP 2VGNA 4BROA 4EHUA 4M7YA 2XO7A 1Q7YO 2Q97A 3GOIA 4FJMA 1M1KO 1YAGA 1EKEA 1NOZA 1SKSA 2P9SB 2QK9A 1HJRA 3VQEA 4Q5VA 5CHIA 5HL7L 4FVMA 2NNWA 3CERA 1C0TA 5BPNA 2WFBA 4Z4EA 3WXMB 5FPMA 3J7AP 3QEPA 2E2PA 4RG8A 3TI0A 4FK2A 4KH5A 5BRFA 1BA1A 1B9FA 2QWMA 4O8KA 1P8ZA 5FRMA 4E7KA 3CJCA 3I8DA 3BDPA 4CFBA 3ZX0A 1B92A 4Z4HA 3O1WA 5C0YA 3VQ7A 1O1WA 1YJNN 3OW2M 4CHQA 1VQ5N 3C6HA 1HPMA 3OVNA 4AHUA 5A2QO 3L2QA 3OHRA 1BI4B 1RTHA 3HM8A 1VQNN 3CC2N 2O8DB 3KK3A 1VSJA 3MX5A 4HUFA 4DR3K 2QWPA 3H1QA 3SUQA 4CJWA 2QI2A 3J81O 5DK5A 4YOVA 1NK0A 1YF5L 4DTJA 5AFUA 1IKXA 4AHTA 4N5SA 4B1UB 3QERA 3VQ8A 3D0PA 5AQIA 3FZMA 5I3UA 4AQYK 3FLCO 1QSLA 1UOCA 1NWKA 2HHSA 3L3UA 4RTFD 1HKCA 3K9JA 3P1GA 1W9HA 3VMFB 3MDQA 2X6NA 4YOWA 3AVGA 4KHQA 2QWNA 4I7FA 3AVNA 1NNEA 4DTPA 2ZGZA 3F9MA 4DUZK 3MAQA 4PL7A 1OH8A 1ITGA 4R79A 3P83D 5T7BA 1E3MA 1RFQA 4ID1A 3WEEB 1C1CA 3SI6A 1XNQK 1T3VA 2BGGA 2FXUA 3IDHA 4AILC 4QS8A 3RMCA 2HOEA 3IAYA 3EO3A 2P9LB 2NLXA 2O8BA 4M3RA 1ASVA 1JXEA 3CI5A 4KHUA 3F2KA 1DT9A 4J2AA 4OGEA 1XUPO 3QNNA 4DV7K 4Z4FA 4CHPA 1TL1A 3O4QA 3J7YP 4J2DA 3MN6A 1IKVA 2KFZA 1YHQN 1BISA 2E88A 3NGIA 4JI4K 3CJAA 1XI1A 3VF4A 4IJNA 3IUCA 4OX9K 1S3XA 3MWTA 2F96A 4DTMA 1IO2A 4I9LA 3SK3A 3G4SN 1WBDA 4FPBA 1C0GA 1VSDA 4BVOA 3OTOK 2YNHA 4BRQA 4CJQA 3O80A 1CLQA 2F9WA 1BQMA 4FLXA 1HNVA 3P5JA 4FWNA 4PKGA 2RHKA 3A0IX 3DOLA 3VF2A 3SQ0A 4IOXA 1TGOA 4KAZA 4DQ8A 2HF3A 4DSJA 1GLBG 2GWJA 4DUYK 4DU3A 3HBTA 3SQ1A 2HMPA 1RT2A 4B3MK 1GLDG 4W5RA 3MX2A 1ATSA 1T03A 1S9EA 3THVA 3EKUA 1KC8O 4F3TA 1VQLN 2AA4A 1VQMN 2KTQA 1QQNA 2OZMA 5BN8A 2P9UA 4DTUA 1SUQA 4CEFA 3W0LA 1TVRA 1IKWA 4KH6A 3DXKA 1S9GA 2YJEA 4RCHA 4YOYA 1K73O 2V51B 1HYZA 2Q31A 1K8KA 4X64K 1X9SA 1C0MA 2O8FA 4FJ7A 4Z4IA 4W5OA 3EL2A 1KAXA 4HCBA 1Q8IA 1NU0A 3MMVA 4CHNA 3EZWA 3P39A 1ZBHA 4DR5K 4H5TA 3MXJA 1FKPA 4MDAA 4BRCA 3L2UA 4IZ9A 3KLIA 3GG4A 4CJTA 1NGAA 2A1RA 2G8VA 3MN9A 1VQ9N 1P90A 4CZKA 5LY3A 4FM1A 5EXWA 2HHWA 3CJ9A 1VHXA 3HOSA 4CESA 3N4QA 4UY8O 4G1QA 1BCOA 2VG6A 3NF8A 3VQ6A 1YVUA 4YOUA 4LFAK 1R59O 5J2MA 2G8WA 3VGKA 2O8CA 3ZEUA 4CEDA 3CFPA 2J4RA 2VG5A 2NRTA 4H03B 4KHNA 4CJ7A 5M1QA 1NJIO 1QQCA 4O0JA 2E6MA 2RF2A 1WOQA 4MLHA 3VGLA 1U6ZA 2WOMA 1Q9YA 3RR7A 3QETA 4B3OA 2YNGA 1BA0A 4NYFA 1QTMA 3ID6A 4KHPK 5HRNA 3SJJA 4B3SK 3RRHA 1NGHA 2KZMA 3KJVA 4M3TA 3VN5A 4DTRA 4JRPA 1NK7A 3VEYA 1Z26A 4X65K 5J2NA 2P1JA 3VF6A 4R5PA 1ZBFA 3VESA 4CGGA 4A59A 3O3GA 4PWDA 4H4OA 3HM9A 3VQDA 4FLVA 3O9TA 2E5LK 3TARA 4IO9L 3TTDA 4W5QA 3Q7CA 4KH4A 1VQ7N 4IWVA 3AARA 3DLEA 4OKKA 5GINA 5HOOA 3VEXA 4I2PA 4XH1A 1DTTA 4OKEA 4NLCA 4B9SA 4DV3K 2CGJA 3G71N 3EKSA 4IXCA 4J2EA 1NLVA 1ZBIA 1HKGA 4F4KA 3T1YK 2YHAA 3NCIA 2FC0A 3JSMA 4KKOA 3OJUA 2UXCK 4KTQA 3KHYA 5GIOA 4JI5K 4KV8A 5ELZA 5AR0A 1Q82O 4N41A 5C15A 3TAQA 4FPAA 3RMBA 4WYBA 1X9JA 3ZX3A 2YJFA 3LALA 3SZ2A 1C1BA 4PQUA 2ASOA 3SNNA 4M3XA 2W6KA 2GELA 3KLHA 1N32K 1W0HA 5KRSA 5H1SQ 3S3NA 4CZJA 1ZXOA 3ISNC 1TAQA 1J53A 4H5VA 3L6QA 3H6EA 4IEEA 3ZX2A 1VRUA 2HBJA 2VWBA 5E84A 2QKKA 1RBRA 1VSMA 1IV0A 3DLBA 4DMNA 1QVGM 3TWHA 3UIQA 4FJJA 2NRZA 2GBZA 3L2WA 4BREA 4KO0A 4BRDA 4DSLA 3DLLL 3SMPA 1U48A 2O4IA 4JKFA 4FWMA 5AJ3K 4MLEA 4N47A 2HHXA 3CM6A 3F9KA 1W97L 2ASMA 2AJQA 3RSEA 2OPSA 2ZM6K 4BC5A 4C1NI 1SV5A 4FJ8A 1JLEA 2P9NA 4W5NA 3U3GA 5ADXH 1JXBA 3QO9A 1NGJA 4E7LA 1QSYA 1KRPA 3T1AA 4CJ5A 3ZETA 2G8IA 1A5WA 2YHYA 3KKRA 1VSEA 1WBBA 3CCRN 2QWRA 2FSKA 2NRHA 3U9DA 3LDSA 3O08A 3BP8A 4LF4K 4E0DA 4NB4A 5AQWA 3HYFA 3TSQA 2QWLA 4E7IA 4B8CA 3OY9A 2UUBK 3ZLJA 4CBXA 4X66K 3RVCA 2YNFA 2HHQA 3G10A 2RN2A 2BH1A 1NGIA 3K5MA 1RTIA 3AVIA 4H0OA 1LV5A 2DFEA 1CZAN 4JK9A 3QFPA 5F1XA 3AVMA 3H3NO 5KGXA 2DY4A 2Q2RA 4LSNA 4JHDA 4B1VA 2I7PA 2KW4A 5FDLA 4ILHA 1JJ2M 3TAEA 3EE9A 1RT3A 3HPOA 4DS4A 2D4WA 3L4QA 4DR6K 1C6VA 4JLHA 4BWJA 3WNEA 2P51A 3OS1A 2IDOA 4M7XA 5GAEP 3HT3A 4MQ3A 2GX9A 1UA1A 3DAWA 2YX6A 4FWRA 3DYAA 4C8KA 2EWSA 3K5OA 2PFUA 3VQ4A 1T6DA 4BRLA 5HLFA 3I33A 1LW2A 3DLGA 3CCQN 4FLWA 2UUAK 4JKBA 4DHYA 1WN7A 3G0ZA 3EYZA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4YOX A;  5CHI A;  4YOR A;  4YOW A;  4YOY A;  4YOV A;  4YOT A;  4O8U A;  4YOU A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 1TUY A;  3LP3 A;  4K25 A;  1BDG A;  2HBM A;  3EZ5 A;  2HBL A;  1S72 N;  4WE1 A;  3OYA A;  1EQY A;  2E1Y A;  4FZZ A;  2YCH A;  1IBL K;  1S1U A;  2F9T A;  3VEV A;  1N8R O;  1HQU A;  1HX1 A;  2O8E B;  5M1N A;  4B1Y B;  4CJP A;  4BRF A;  1NOY A;  3PIO L;  4E7H A;  3SJH A;  3TAF A;  1VSI A;  4CEZ A;  5EX5 A;  4CIG A;  4WCE L;  3MED A;  3NVM A;  1EXQ A;  2HNZ A;  4A62 A;  3J80 O;  1JLB A;  3ASM A;  4CF0 A;  1CXU A;  3W3D A;  1WUA A;  1SKR A;  4AHC A;  3M8S A;  5AQU A;  4I6M B;  1EET A;  4OKJ A;  4F9O A;  1MDU B;  2IVO A;  4IOC L;  1VAZ A;  3S3O A;  4N56 A;  3AVK A;  4DQQ A;  3JAM O;  4DSE A;  1TL3 A;  4BG8 A;  4FXD A;  3OYJ A;  4BR7 A;  3K5N A;  3A5L C;  3VQA A;  4CGH A;  3KK2 A;  4IOA L;  2YKM A;  1NM1 A;  3NDK A;  5D3G A;  1NK6 A;  5FRO A;  1ZC6 A;  4LF9 K;  4M3Y A;  1S6Q A;  3VET A;  3D2E A;  4Y1D A;  3OS0 A;  3OYE A;  2UXD K;  2E4L A;  1J54 A;  2P9K B;  3V6D A;  3K0S A;  1YIT N;  1U2V A;  1RT4 A;  3CME N;  2AP1 A;  1QVF M;  3K57 A;  1KAZ A;  2YHX A;  1Z6R A;  3V9W A;  4FW1 A;  2Z1G A;  1JKH A;  5C12 A;  2E2N A;  5CR4 A;  5BPM A;  4ISG A;  3F73 A;  5J1E A;  5AQO A;  4KB0 A;  4CGI A;  5B8H A;  4M42 A;  1IH7 A;  2BTF A;  1GOB A;  4DV2 K;  4YOT A;  1WAF A;  3V9Z A;  4B9T A;  4B9N A;  5CZ1 A;  4CEC A;  3VER A;  3THW B;  1WSG A;  4EAH D;  2WC9 A;  5FPE A;  2Q1N A;  2ZF5 O;  1KAY A;  2E8A A;  4BY9 C;  2NRR A;  3CQY A;  1JLC A;  3FZK A;  4HWI A;  3WT0 A;  1NJZ A;  3ZT2 A;  4WFA L;  3TAG A;  3MN7 A;  4RWT A;  3VTH A;  4DKW A;  3RMD A;  1U49 A;  4C23 A;  4MDB A;  4FM2 A;  3AVB A;  3H46 O;  3VQB A;  2P9S A;  3NE6 A;  1JL2 A;  2LSN A;  3HOT A;  4CHZ A;  3BY5 A;  1XNR K;  4IFE A;  3J7Z O;  3FZL A;  3CXC M;  1LW0 A;  4WF9 L;  4CEA A;  3ZSO A;  3KD5 E;  3S3M A;  5HRO A;  3A8Y A;  1IBK K;  4O55 A;  1NK5 A;  1NGD A;  4QCL A;  4JS4 A;  1Z05 A;  3UKR A;  5CY4 A;  4LC9 B;  3LDN A;  3SAG A;  3IMX A;  4DF8 A;  3HZ6 A;  2PZS A;  1RIL A;  3LP1 A;  2CGK A;  1WSI A;  3T19 A;  4KHS A;  2IC3 A;  3ENH A;  2QEX N;  2GTD A;  2IVP A;  3FE1 A;  4CBW A;  3D7E O;  1N36 K;  4B3R K;  3QIO A;  1GLE G;  5AQY A;  2OA8 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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