4YOTA

Crystal structure of a trimeric exonuclease phoexo i from pyrococcus horikoshii ot3 at 2.15a resolution
Total Genus 61
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
61
sequence length
229
structure length
225
Chain Sequence
MRIVAADTGGAVLDESFQPVGLIATVAVLVEKPYKTSKRFLVKYADPYNYRQAIRDEIELAIELAREVSPDVIHLDSTLGGIEVRKLDESTIDALQISDRGKEIWKELSKDLQPLAKKFWEETGIEIIAIGKSSVPVRIAEIYAGIFSVKWALDNVKEKGGLLVGLPRYMEVEIKKDKIIGKSLDPREGGLYGEVKTEVPQGIKWELYPNPLVRRFMVFEITSKS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords 3-5 exonuclease PhoExo I
publication title Structural basis for substrate recognition and processive cleavage mechanisms of the trimeric exonuclease PhoExo I
pubmed doi rcsb
source organism Pyrococcus horikoshii
molecule tags Hydrolase
total genus 61
structure length 225
sequence length 229
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-03-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13680 DUF4152 Protein of unknown function (DUF4152)
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.440 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4yotA00
4YOWA 4YOXA 4YOUA 4YORA 4YOTA 4YOYA 4YOVA 5CHIA 4O8UA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2JGUA 4B3OA 4AHTA 3QBWA 3RRGA 4FK2A 4CJWA 4XH4A 1TVRA 2GUIA 2FLOA 4HVJA 3VN5A 1NGDA 1OVQA 1YUWA 3CJBA 4I7FA 1BIZA 3WXIA 2NRHA 1ZBHA 4FLZA 4RW4A 4CJSA 1VSJA 4CZGA 1K6YA 3D2EB 1N34K 3OYFA 4WQ4C 1KVCA 3M8PA 2E6MA 4ZTJA 4FJXA 3DMJA 3QICA 2D5RA 4CJ7A 1YT3A 2WOMA 1NJZA 3LANA 3DAWA 4ELUA 3QDKA 4BC4A 3C94A 2B5JA 3TWHA 3CI5A 5D3GA 3ZEUA 2D1KA 3VMFB 1VSKA 1QS4A 1TKTA 3A0IX 4CJVA 1X9WA 1BHLA 3EKUA 3MK6A 1RBTA 3QB0A 4Y1DA 1B9DA 4QAGA 4DV5K 1S3XA 1VSDA 3WXJA 1M90O 4Z4HA 4FZZA 1BGXT 2QXFA 3VEYA 3G0ZA 1S6QA 2JWKA 1J6ZA 2HF4A 1P90A 3EL2A 3Q7BA 3CXCM 3V1QA 2VQFK 2I7NA 2F8TA 4IDKA 5KTQA 3OYMA 1BU6O 4J2BA 3P31A 3BY5A 1LOTB 1KAXA 3C95A 3K9KA 4JS5A 1NOYA 1TUUA 5KRSA 3U3GA 3VF6A 4WFNL 4XH5A 3CMAN 3G25A 1HJRA 1FKOA 4DV4K 5HBMA 4DS5A 1IH7A 3BP8A 3BEXA 1IKWA 3HZ6A 4CD3A 4N47A 3HVRA 3CMEN 4QS8A 5CR4A 3BDPA 3QESA 3DXKB 3QEPA 3VF4A 3VQAA 3THVA 3D2FA 1BOTO 2EHGA 3LAKA 1CZ9A 1JCEA 4I2QA 4HUGA 3ALYA 3CQXA 1R0AA 3DLBA 3V1OA 1ZYQA 1IG9A 3D0PA 4IOAL 4E1MA 4JI6K 3NH0A 5IT9O 1NK8A 2I7PA 2E2OA 2HHHK 1REVA 4AHCA 4FWKA 4FWMA 4OGCA 3VEXA 1BI4B 3NMUA 3WQTA 1EX4A 4EHTA 4LF5K 4FOIA 4KKOA 1JLCA 3CG7A 4BRLA 3E1YA 1MWKA 1SS6A 2P9PB 4LD0A 3VA3A 2HNYA 4KHSA 3QO9A 3RMBA 3MWPA 4LFBK 3RSEA 1HNWK 3UKRA 4DQQA 3OYAA 5JICA 4FWNA 4W5NA 4FK4A 4DF8A 2GWJA 3DYAA 2JWLA 3MN9A 5AQJA 3CCEN 4CCHA 4CF8A 4H5VA 2VGNA 1SQKA 2Q0UA 2PY5A 1BCMA 1VSIA 4BE2A 4DR7K 4BG8A 5K14A 1T44A 3FZKA 4J8FA 4DTPA 2CGJA 4DR5K 4FJKA 1WUAA 3QIOA 4CEFA 2Q0RA 1KXPA 4JI2K 1S5JA 1Z25A 1YJ9N 1NGFA 5AQGA 4CZMA 1LWCA 4PL7A 2PFUA 4RCHA 3HBTA 3OS0A 5CZ2A 4Z0UA 4LFCK 3AVAA 3P4IA 4E1JA 1C1AA 3CD6N 3TSUA 1B92A 3D45A 4YOXA 5FPDA 4C8NA 1T8EA 3MECA 3EZWA 2RPIA 4CW7B 4IJNA 1VQ8N 5FPMA 2VWBA 3BZCA 3P38A 2G8KA 1HKGA 4M41A 1ASUA 2GWKA 3THXA 3E9OA 4F2RA 2YNHA 3LP2A 1RT1A 2QWRA 2HHTA 2HNZA 4DU3A 5BR8K 3FZMA 2AA4A 3T1HK 4CJKA 2XY7A 4IFVA 1ZXOA 3SBGA 3KWGA 4FM0A 1TK8A 2GELA 2Q36A 3AAQA 1RT4A 3NBPA 2OCEA 3TAMA 1S1XA 3M8RA 3CCLN 1D9DA 5AQNA 4CD1A 3O6WA 1VQON 1DTQA 4M3TA 4LSNA 4BQLA 1RTIA 1FW6A 4FJ8A 4YFUA 3SI6A 4QS9A 3ISNC 4E7LA 2A40A 4W5OA 2A1RA 1Q7YO 3HOTA 4CBWA 3ZETA 5C0YA 4B1YB 2QKKA 5JVGL 3EY1A 4A61A 3TSQA 3HT3A 4LC9B 3PSIA 5C42A 4N5SA 1ATNA 1RTJA 1WNSA 5C24A 4IEEA 1VRTA 4A2BA 5EXWA 3IG1A 2OTJN 2RE2A 5AQFA 3NH1A 3SBTA 3G10A 3KIOA 5KGXA 4X62K 4FW2A 1RT7A 3THYB 1A5VA 1I39A 5BREA 2F8SA 3SQ1A 1NGIA 2R7YA 2F9WA 3AVJA 5BN8A 2GBZA 1J5EK 2X74A 2OPSA 4Z4IA 1VK0A 5ADXH 4XIUA 2D0CA 4KRFA 4YOVA 1L5UA 4M45A 1XNQK 5AQMA 5KI6A 2PZSA 3WNFA 3O08A 1KSPA 3MAQA 3DLGA 1NJIO 3SUOA 4B8CA 5BR9A 5KPRA 2YX6A 2A6AA 1WLJA 3OY9A 2F96A 4ISGA 2KQ2A 3OYLA 1RILA 1EO1A 3TPQA 1CXQA 4O8UA 3CETA 3WNHA 1SL0A 5F1XA 2KTQA 4JKCA 4A62A 2UU9K 2O8FA 3VA0A 1EKEA 4YY3K 1EP4A 3O9UA 1GOAA 4CZKA 3KK3A 4ISEA 3SLCA 3EZ5A 3VQ8A 4CIGA 3L4QA 3TARA 3LZIA 3AY9A 4CZFA 1P8ZA 3VQ9A 4HTLA 3UKUA 1YI2N 2FBVA 2O8BB 3A2FA 5C25A 3M3ZA 1HMVA 4OX9K 3CCMN 1NG9A 4B1XB 4O5BA 3NHGA 3NDKA 2YKMA 4CZLA 4EHUA 4JNEA 2E2QA 1NK4A 3OA9A 3VQ6A 3H46O 1SUQA 1KAZA 3PUFA 1NGBA 1TAUA 4DTNA 4FLXA 4NCGA 4R5PA 4CFCA 4EP5A 1KLNA 4GW6A 4CBXA 2P9KB 1YXQA 2G8IA 3NF7A 4DSFA 2ZM6K 4BREA 5AQIA 4IJAA 3HO1A 1BQNA 3CQYA 4KV8A 1TL3A 4MFBA 1WAFA 3OYKA 4G1QA 4DLGA 3IUCA 3CERA 4E3SA 3J7AP 2HNDA 3R1XA 4CIEA 3L2RA 5J2PA 1E3MA 3SQ2A 4B8AB 3V4IA 4OPKA 3L0QA 2UUCK 4ILGB 4F3TA 1SL2A 3CHWA 1Z6RA 2YNGA 3AO1A 4X66K 3L2WA 2G8FA 4RW9A 2D0OA 3BF3A 1BDGA 4KH6A 1JL2A 1KCFA 3E9LA 2J4RA 3LL3A 4DU4A 4LH5A 4CFAA 2ZF5O 3QMLA 1RBRA 1VQMN 4PA1A 1HPZA 3EO3A 4EAHD 3CC7N 1HJOA 3WXLA 2XY5A 3HYFA 4WQ5C 3TAFA 2KLAA 2BGGA 3SPZA 2IOCA 5CYMA 4FJLA 4GKJK 2O8DB 4M42A 5GAEP 4GNIA 3CIPA 4PY5A 4CEEA 3ULEB 1NGHA 3VQCA 1TKXA 4HHTA 4DUZK 1O1WA 3RRHA 4Z4CA 3WQUA 3LAMA 4JLHA 4M3WA 4YORA 2YHYA 2XHBA 5AZJB 2VQEK 3AA2A 4RG8A 1JXEA 4HCBA 4CE9A 1VAZA 1MDUB 4B1UB 5JS1A 4GKKK 4RW6A 4JYAK 4CGDA 3S9HA 4OLAA 3RWUA 3AVIA 1NK6A 4FK0A 3ID6A 2Z1IA 3PX6A 4HWIA 3GE1A 4BRHA 4Z94A 5I42A 2HMPA 2VG6A 4JRPA 2Z1HA 3UB5A 3SUPA 5SWMA 4CFDA 4DR6K 3K9JA 1JLBA 3RR7A 2P9NA 2VCPA 1EWQA 1KAYA 2PYJA 2QKBA 3MX2A 4KH4A 3MX5A 4AILC 1C0FA 3JXUA 4BC3A 1GLFO 3C65A 4IZ9A 3K58A 3H1VX 5KQDA 4JI3K 1IKYA 4WF9L 3ZSZA 4JI5K 4AHRA 4IBNA 3I8DA 2QXLA 3AVLA 3OBWA 3SK3A 1NM1A 4CJ5A 4KTZA 3T19A 1NJYA 3C6HA 3DOLA 4CEDA 4WE1A 1JCGA 1X9SA 3ZEUB 4E7IA 3IFRA 4B1VA 4YDUC 3AVFA 4W5TA 1BL3A 3BZKA 3SUQA 3V9WA 2P9IA 3CCUN 1Q9XA 4EZ9A 5FRNA 3V9ZA 1TAQA 5CZ1A 4LF7K 5BRFA 2ZD1A 1UA1A 1NJXA 4GVMA 3V6DA 4JN4A 3M6GA 2E5LK 4KTWA 1QVFM 4K25A 3LPUA 4NO7A 2D0BA 3O9QA 2E2NA 3SJJA 3AVCA 4JK7A 2FF3B 4FXDA 3AARA 1J54A 4NB4A 2G8WA 4DUYK 4I6MA 1CXUA 5BPLA 3SCXA 2QK9A 1ASWA 4ID5A 5AQYA 3IMXA 3SV3A 2OTLN 1IKXA 3CJ9A 4DV1K 1FK9A 2CGLA 2G8VA 3DLLL 3ZT1A 4MO4A 3E01A 4B9SA 3D2FB 3FZLA 5DM7L 4BRGA 4BQZA 4I9QA 5AQOA 2GUPA 4BWJA 1NK9A 2RN2A 3PX0A 4CJEA 1VQ9N 3AVKA 3VQ5A 3KVGA 3L4IA 4RW8A 3JAMO 4B9UA 4DV0K 4K43A 5LMUK 4FWLA 4BRKA 4K41A 1NK0A 2GEMA 3QEXA 4B9MA 4B08A 2NRWA 4FWQA 4X65K 4OPHA 3OS2A 4N56A 1RT3A 4FJMA 1YVNA 1JLGA 3TAQA 2A41A 2Z1GA 2FBYA 3DJCA 4KTQA 3IKMA 3WXKA 3VTHA 3DM2A 1GOCA 5KQ8A 4K0KK 3TANA 1HYSA 3KD1E 4JD2A 3TABA 2O4IA 4DTRA 2BDPA 4H4OA 4DTOA 3P5JA 3RSEB 1NMNA 1L3UA 3TU5A 3UKRB 4B9TA 4A59A 1K8KA 5AFUH 3EE8A 4N76A 3OYHA 1IG8A 3PX4A 4FL9A 2D4WA 3DLRA 1RDCA 3QFPA 4O0IA 2DTUA 1S6PA 4JHDA 2IS3A 3SUNA 4M63C 3ZSQA 3RR8A 1WSFA 1RT2A 3S3MA 2ZJRL 1TUYA 5FDLA 1TKDA 1DEJA 2UXCK 3OVNA 3P39A 3WXMB 2ATQA 3N4QA 2W41A 1U2VA 4QOZB 4FWOA 5EY4A 5AQRA 4IDHA 3ZSRA 1U6ZA 2FBTA 4KBOA 3J7YP 1JLQA 2IC3A 3CJ1A 1SKWA 1XC9A 3QEIA 2E1YA 1HLUA 3EE9A 4OKJA 1VQ6N 5E84A 1VSEA 5AR0A 4BRCA 1NKBA 3HP9A 2E6LA 3OYGA 3R9PA 4NYFA 3O4WA 3KLEA 2V7YA 5HL7L 5GINA 3EN9A 4RTFD 3ZSWA 5M1FA 3RMDA 3CJAA 3MN6A 5BRHA 1D5AA 4IXCA 3DWLA 1RGIA 1Q8IA 1T3VA 1QZ5A 4FLWA 3THXB 3KHYA 1UAXA 1XWLA 2YNFA 3CJ7A 3QERA 4AHSA 1HKCA 3KK2A 3LALA 5AQXA 1UWBA 4IO8A 3AA4A 4JKBA 4CHOA 3QINA 4B3SK 3B6OA 2HHXA 5ELZA 1JLFA 3J7ZO 3DLHA 2YHXA 5FLXO 3F2KA 4DR1K 1WSEA 5KPTA 2ZGYA 3AGKA 3LM9A 5AQSA 4A5BA 3AVHA 1HNXK 2BTFA 4ICLA 1X3NA 2YHAA 5AQUA 3ZSVA 3I56N 3CM6A 1XHXA 5GIPA 2FBXA 3QNOA 3ZETB 3NGIA 4CHQA 1N36K 3DRSA 4LF9K 5M1PA 5LJVA 3D6RA 4BACA 5HOOA 5DM6L 3DXMA 1E4FT 4YNQA 4AHVA 1N33K 3GDQA 1V4SA 3AVBA 4Y1CA 4IG3A 1JJ2M 2D0PA 4V19S 2HVHA 4CJ4A 3H1QA 1OH7A 4JKDA 5T7BA 4F8RA 4U7BA 1RT5A 3NGZA 4KO0A 2HHQA 3ZT3A 2NRRA 3C6UA 2IVNA 4ZHRA 3C7NA 3I33A 2I5JA 4H5WA 3KK7A 5M1KA 3L3VA 2AP1A 2UYTA 4OVLA 2QA4N 4E1NA 3DLEA 1XUPO 3PY8A 4KI4A 2VG7A 1HNZK 3VQ7A 4CHNA 5GIOA 1WSIA 3ZSXA 4DG1A 2DFFA 5A2QO 3CFOA 4JV5K 1Z26A 4KPYA 3IDHA 3PO4A 1EETA 3E66A 3WT0A 3ATVA 4H03B 4B1WB 4CK2A 4CECA 2E4LA 1BO5O 4FLTA 2GV9A 3N4PA 1S1VA 4ZTFA 4MLHA 4OPAA 1WBDA 3K5OA 4B3MK 1RTDA 1ZBSA 2P9PA 3HM8A 4C23A 5J2MA 5AQKA 4PHTX 1QSLA 4FJGA 2B6AA 2O8FB 4CGHA 1NOZA 1VSMA 2A3ZA 3ITHA 4H0VB 4YOWA 3NF9A 1F21A 1Q81O 4W5QA 3VQEA 4DHYA 1D8YA 1EQYA 1BIUA 1VQ5N 1T6CA 3C6AA 3VQBA 2UUBK 5GAGP 5E26A 2FXUA 5I9EB 4H8KA 2E20A 3MEGA 3L2UA 4ELVA 1GOBA 1RDWX 3UKUB 3KLFA 1I94K 3K5MA 1KQSM 2AJQA 3ZCMA 4H4MA 4E19A 2OPPA 4BRAA 4FYDA 2YHWA 3L8BA 4OPJA 1WSGA 1RCHA 1S22A 5HRNA 1VQ4N 4DQIA 3LP3A 1S9GA 2A5XA 3R6MA 3V9UA 2YKNA 2EX3A 1ATRA 3I8BA 3HK2A 4DKWA 4M3YA 3M1FA 2IIRA 4FJHA 4YOYA 1C0TA 2JLEA 5J1EA 2Q2RA 1E4GT 3VEWA 1IBKK 3TAEA 4FWSA 2G8UA 4BRDA 1C1CA 1A5WA 1LAVA 4RW7A 3VESA 3ZT0A 2HHVA 4ISFA 3MN5A 1W97L 1NU0A 4AQYK 1DKGD 4CZHA 5JS2A 3GL1A 4B3TK 3VETA 4BG9A 2YJEA 1KTQA 4JKEA 4L8RB 2QWLA 4DFMA 4L3QA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4YOW A;  4YOX A;  4YOU A;  4YOR A;  4YOT A;  4YOY A;  4YOV A;  5CHI A;  4O8U A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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