1WSFA

Co-crystal structure of e.coli rnase hi active site mutant (d134a*) with mn2+
Total Genus 49
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
49
sequence length
155
structure length
155
Chain Sequence
MLKQVEIFTDGSCLGNPGPGGYGAILRYRGREKTFSAGYTRTTNNRMELMAAIVALEALKEHCEVILSTDSQYVRQGITQWIHNWKARGWKTADKKPVKNVDLWQRLDAALGQHQIKWEWVKGHAGHPENERCAELARAAAMNPTLEDTGYQVEV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
source organism Escherichia coli
publication title Identification of Single Mn(2+) Binding Sites Required for Activation of the Mutant Proteins of E.coli RNase HI at Glu48 and/or Asp134 by X-ray Crystallography
pubmed doi rcsb
molecule keywords Ribonuclease HI
total genus 49
structure length 155
sequence length 155
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2004-11-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1wsfA00
3DLBA 3KK1A 3TAFA 1FXXA 4CEFA 5SWMA 5JS2A 3MEGA 3VQPA 4ELUA 3VQDA 1HQEA 3VQ8A 3IAYA 4HVJA 1JLCA 3T3FA 1IKYA 3HPOA 1SV5A 3O3FA 4DU4A 4QOZB 3CM5A 4BE1A 1X1PA 1WN7A 2GV9A 3CFOA 4LH5A 4J2AA 1R0AA 4FJMA 4FJLA 5FRMA 1IKXA 2G8IA 2NUBA 3C94A 1LWFA 1CZBA 1HRHA 4CEQA 4JRPA 4Z4FA 3M8RA 3I8DA 3OYNA 4FLWA 3HVTA 3SUOA 2OPQA 1I3AA 5FDLA 1NJYA 3OS0A 1KCFA 1VSMA 4MQ3A 4FVMA 4KREA 5HBMA 4KTZA 4FM1A 4CGGA 3OYEA 3KTQA 1L5UA 3SPZA 3M8SA 1RT2A 4C8NA 1NJXA 2YHBA 1BI4B 4CGIA 3L2QA 3LWLA 4CIGA 4CJFA 4OKKA 4FLVA 1T7PA 4BE2A 4NCAA 4JRQA 1WSGA 4Z4IA 3T1AA 1GOBA 3A2FA 4O4GA 4CHOA 4E7LA 1RTHA 1VSLA 4FJNA 1TAQA 4FLUA 2PZSA 2RKIA 1KVBA 1LWEA 4CERA 4DSJA 1LAWA 1GOCA 2D0BA 4I9QA 3QEXA 2OA8A 1C0TA 3B6PA 1WSFA 2QXFA 5I42A 4OKEA 3OYJA 2Y1IA 2DFFA 4FJIA 4KPYA 3QEIA 4DS5A 1J9AA 4O0JA 4RG8A 1B9FA 1TKZA 4BWJA 5K14A 2HVHA 4CHQA 3S3MA 4CJPA 2KFNA 4OGCA 1NOYA 1RCHA 3NF6A 4O0IA 3V9SA 1W9HA 2Y1JA 4F2SA 1TL3A 4DQPA 3NHGA 3O3GA 1KLMA 2IAJA 3C6UA 3HSTB 3IRXA 4O5BA 5EU7A 3NDKA 3CFPA 4Z4CA 4CECA 4NYFA 3KJVA 3QERA 3TAEA 2G8VA 4KHWA 3C95A 2DY4A 2RF2A 3L8BA 1ASWA 3DLRA 3U6FA 1C0MA 4I7FA 3AVFA 2G8KA 3I0SA 3SV4A 4L8RB 5JS1A 3ZSXA 4NYNA 1VSDA 2IS3A 3VN5A 4FLTA 1D9FA 4KB1A 3KLEA 3KLGA 1WSIA 3DOKA 2OYQA 4O44A 3V9ZA 2RPIA 1VK0A 3WNFA 3HP6A 3V9UA 1XWLA 1SKWA 3AVBA 3MEDA 3SUQA 3AVHA 3OYCA 3FFIA 1LWCA 4FYDA 4H4OA 1FKOA 4LSLA 4GMJB 2HHWA 2BE2A 3LP1A 2B4JA 1X9MA 3DYAA 1IKVA 3ZSVA 1NOZA 3RMBA 1LW2A 3LZIA 4CJSA 1O1WA 4BWMA 2VG5A 3CYMA 3D45A 1UAXA 4E1MA 2EHGA 1Q8IA 1WNSA 3SUNA 4PY5A 4TSXA 1UOCA 4AH9A 1D9DA 3LPUA 3PX0A 3KKRA 2OPPA 4DTRA 4F4KA 4KAZA 4CF9A 3L2RA 4OVLA 4CFBA 1S9EA 4ELVA 3VQBA 4EP4A 4E7KA 4B3OA 3NAEA 1W0HA 3DOLA 1BI4A 4CJVA 3ZT4A 1RBVA 4LH4A 3HVRA 4CEEA 3DLEA 1NK5A 1CXQA 3AA3A 3QLHA 3HK2A 2OZSA 5CYQA 4CEAA 1IO2A 3ASMA 3LP0A 4DSKA 5KTQA 4Y1CA 3I0RA 2BANA 2GBZA 4AILC 4CGFA 3SQ4A 2ZD1A 1A5VA 1DLOA 1JLAA 3OJSA 1ZBUA 3SI6A 1SL2A 5C42A 3AVGA 3AO2A 2XY5A 1RBTA 4CIFA 1Z26A 4F3OA 1ZBIA 1JXBA 4Q5VA 2PY5A 2QKKA 4OPKA 2Q3SA 3O4QA 4M42A 4FJXA 2YHAA 1JL2A 4OPJA 1SKRA 3OYAA 3PX4A 4DTSA 3ITHA 4DF8A 2HHTA 5C24A 2R7YA 4FLXA 4KO0A 4E1NA 5HLFA 4K8ZA 1JLEA 4RW4A 4Z0UA 3WNHA 4QAGA 4CJ4A 3IG1A 5HRRA 4M3UA 3QO9A 1NK4A 1JKHA 1RBRA 4OJRA 3U3GA 4FJ8A 2IGIA 3K5OA 1U45A 1BQNA 2HHSA 4H4MA 3ULDA 3RR7A 1WSHA 2F8SA 2BGGA 1NK8A 1U49A 4FJHA 3L2WA 4B9VA 4K8XA 4DSIA 3OYLA 4CJTA 3QEVA 3SQ2A 1VSJA 1WSEA 3HL8A 3VQEA 3OYDA 1N5YA 3KD5E 3UIQA 4QCLA 3PY8A 4IBNA 3NF9A 1S5JA 3QEWA 2DTUA 5SZTA 1S1WA 1VRTA 4CCHA 4YNQA 4DU1A 3V81A 4BDZA 3AVIA 4IFYA 1SL0A 1ITGA 4PUOA 2YNHA 3VA0A 5J2QA 1FK9A 3OY9A 3RMCA 4B9MA 1SKSA 1TKDA 2OPRA 4CK3A 2AJQA 4Z4HA 4XIUA 1NK0A 3NBPA 2HNDA 4FW1A 3OJUA 4DTOA 2YKNA 3L2VA 3OS1A 4KHQA 1DTQA 1EP4A 1QS4A 1S6PA 3ZCMA 4CHNA 4FK2A 3AA2A 1LW0A 3P83D 4FXDA 4CFDA 3AV9A 3KLIA 5E41A 1VSFA 4FM0A 3KKSA 3LALA 2KZZA 2FBYA 1BL3A 1D5AA 1S1TA 3DLHA 3ZSWA 4AHVA 4CJRA 3JSMA 4J2DA 3CG7A 3VQ4A 4DMNA 3TAPA 1RBUA 1JLGA 4CF2A 3AO1A 3U3YA 2XHBA 3V6DA 1T05A 3LP2A 2EX3A 4B9NA 4HCBA 1BCOA 4M41A 4B9UA 3V1QA 2F96A 1L3VA 1HYVA 4H8KA 2KZMA 2YNFA 3DLKA 4IG0A 4I2PA 4UQGA 1X9SA 1SL1A 2I5JA 1S9GA 3AO4A 1S1VA 4F3TA 2Z1GA 4CHZA 1ZBLA 2XO7A 1QSLA 1A5XA 4CF1A 4CJQA 1BHLA 4M45A 4CFAA 2XY6A 4E3SA 2A1RA 1RT3A 4M3YA 4DFKA 3HM9A 3M8QA 4CJEA 3DRPA 1RT5A 4F8RA 3RTVA 3AO5A 4N76A 2WOMA 3ZSRA 1JLQA 4W5NA 4DLEA 1RILA 3TABA 3ZT3A 3MXIA 4KRFA 3L2UA 2E6MA 2GUIA 2A1SA 3AVLA 3ZSQA 3K5LA 1RT7A 4FLYA 4CGDA 4DTUA 3NFAA 4PA1A 3DM2A 4JS4A 2OPSA 4IFVA 4KHSA 1C1BA 1BIUA 1HYZA 1RT6A 2KTQA 4FZYA 3AVJA 4O55A 4CJ5A 2Z1JA 1QHTA 2BDPA 2KW4A 4EZ9A 1N6QA 3SCXA 5FRNA 4HUFA 1BCMA 4DFPA 2F8TA 1IG9A 4ZTJA 5KI6A 4DS4A 4DTJA 2HHXA 4E7HA 4E19A 2PYJA 3DRSA 4BACA 4FK0A 2HHQA 4E7JA 3V9XA 1HNIA 5KRSA 2VG7A 4N47A 1J5OA 1YT3A 2YNIA 5KGXA 4RW8A 4AHTA 1ASVA 4NCBA 3HXMA 3NGIA 3P1GA 3S3OA 3WNEA 1QE1A 4DQRA 2VG6A 1XI1A 4M3WA 4G1QA 4BE0A 4YFUA 4PQUA 1U47A 1WAJA 1RNHA 1RDDA 3AVKA 4W5RA 4CGHA 5HRNA 1KLNA 4OLBA 4N56A 4KHYA 1IH7A 4CEZA 4CJUA 3K5NA 3SJJA 3DMJA 2ITGA 2IOCA 2HNZA 2YKMA 5J2PA 1RT4A 3RMAA 3OYHA 1U04A 1WLJA 3LAMA 3SQ1A 3KD1E 1L3UA 3VQ9A 3VQCA 1X9WA 4LY7A 1J53A 1TAUA 2O4GA 1WSJA 5I3UA 2XRIA 3ISNC 1L3SA 1QTMA 3BDPA 2P5OA 3L3VA 3HPGA 3KLFA 2G8UA 3CQ8A 4J2BA 3NCIA 3VQQA 3SZ2A 1MU2A 5KGWA 3OVNA 3L3UA 3QESA 4B9SA 5C25A 3SNNA 4DQIA 4KI6A 3EZ5A 3LWMA 1UA1A 3EYZA 4N41A 1VRUA 1A5WA 3AVNA 4CHYA 3SPYA 3K5MA 1C6VA 3AVCA 3ALYA 3LDSA 1BISA 3F9KA 1TL1A 1YVUA 3NE6A 1KSPA 4E0DA 4DQSA 2IDOA 4B9LA 2HVIA 4CEDA 4CF0A 4FJJA 1VSKA 3D0PA 3K58A 4FJGA 3QNOA 3MAQA 3OYIA 3ZSZA 4KB0A 3OYKA 1NKCA 2VWKA 3K2PA 3O3HA 1KFSA 5CZ2A 3WNGA 2HMIA 1QSSA 3F73A 3LP3A 1S6QA 3TWHA 4FK4A 3VQ7A 3LANA 4AHCA 3AVAA 3OYFA 5DMRA 1VSEA 4FJ9A 2FBVA 4DTMA 4B08A 1XHXA 3NF7A 3KK2A 3TI0A 4C8MA 4CE9A 1Q9YA 3TAGA 1QSYA 4RW9A 1FKPA 4DTPA 1EKEA 3VQ5A 1LAVA 3NF8A 4DSFA 3RR8A 3V1OA 3RRHA 3C6TA 1Z25A 3TR8A 2D0CA 4M3TA 2O4IA 1HQUA 3QIOA 1EXQA 4OGEA 2HHUA 1VSIA 4W5OA 3V1RA 1RT1A 3RWUA 4I2QA 5D3GA 2D0AA 3CM6A 2ZQBA 4RW7A 1NK6A 1KVCA 5HROA 2QKBA 4DTNA 3K57A 1NK9A 1RBSA 1CXUA 2B6AA 1VSHA 4ZHRA 4AHSA 3TAQA 4ELTA 2X78A 2X6SA 2XY8A 1F21A 3ZSYA 1TVRA 2HB5A 5HRPA 4NCGA 3MXJA 1ZBHA 3MECA 3AO3A 2DFEA 1HMVA 3IS9A 1BGXT 4EZ6A 3VA3A 4DQQA 5J2NA 1KVAA 3QIPA 2X6NA 4BDPA 2P51A 5HRSA 4C8KA 3HYFA 4CJWA 3CFRA 4CEBA 2G8FA 3DI6A 3O4NA 4E89A 4CIEA 4CJKA 4BDYA 4E7IA 4R5PA 1NJWA 3TAMA 3LPTA 4ICLA 3VQ6A 3PV8A 3DRRA 4FLZA 1LV5A 1Q9XA 1KRPA 4IKFA 4KHUA 3PUFA 1C0UA 3ZT1A 2HHVA 1XHZA 3V4IA 2KQ2A 3K59A 3RMDA 1U48A 4W5TA 4HUGA 4Q0BA 1NK7A 2X74A 3NH2A 4LD0A 4GVMA 1DTTA 2ATQA 2P1JA 4KFBA 3OS2A 1TV6A 5CZ1A 4KTQA 3BGRA 3H08A 3V9WA 5J1EA 4DSLA 3LAKA 4IG3A 4DG1A 4C8LA 3PX6A 1KFDA 1RTDA 2Z1IA 4ID1A 4DFJA 2WONA 4OKJA 4WE1A 4CK1A 1JLFA 4B8AB 3OYMA 3HJFA 2YV0X 3OYGA 1S1XA 4B8CA 1ZYQA 5HP1A 3HP9A 2OZMA 5CY4A 4CK2A 3HT3A 4DFMA 4CFCA 1U4BA 1KTQA 2D5RA 1ZBFA 4LSNA 1RDBA 3AA4A 4DTXA 2LSNA 3AA5X 1JLBA 1ASUA 3SQ0A 1YTUA 3G10A 4EP5A 4HTUA 1CLQA 4AHUA 4M3ZA 1TKXA 2JLEA 2KFZA 3RRGA 1B9DA 3HO1A 5CYMA 4I9LA 2ETJA 1C1CA 4B9TA 4FJ5A 4C8OA 2HNYA 2HW3A 1UA0A 2P5GA 5T7BA 4ID5A 2JGUA 3MEEA 4DU3A 3SUPA 2RN2A 4CESA 1TK8A 4DF4A 1TKTA 2E4LA 1NKBA 2FC0A 2W42A 3B6OA 4CHPA 1RDCA 3E01A 4KHNA 1IKWA 4GW6A 3G0ZA 3ZSOA 1JXEA 5DK5A 4M3RA 3HPHA 2G8WA 3ZT2A 1HYSA 4FZXC 1UWBA 1XC9A 3NGZA 1T8EA 2ZE2A 1YTAA 4N5SA 1HJRA 4FJKA 4CJLA 1L3TA 4JLHA 1HPZA 3KK3A 4PWDA 4FCYA 5J2MA 4Y1DA 4JS5A 4KV8A 3NGYA 4FM2A 1NKEA 1WAFA 4W5QA 1BQMA 3S3NA 3PO5A 3QINA 4DWIA 4FZZA 4Z4EA 3AVMA 4HUEA 1G15A 1D8YA 2QK9A 1SUQA 3S9HA 3SYZA 4IDKA 2FBXA 2E6LA 3TANA 2XY7A 3QNNA 1C1AA 3QEPA 3LZJA 5FROA 1EETA 1J54A 1BIZA 4FW2A 4HHTA 4HCCA 1RTIA 1RTJA 1Y97A 4AHRA 4DLGA 4RW6A 3VQAA 3JYTA 1T03A 4OLAA 2Z1HA 1JL1A 4FJ7A 1QQCA 3P5JA 3KIOA 2IC3A 2FBTA 1B92A 1CZ9A 4J2EA 4DSEA 4CF8A 1TK5A 2PYLA 3EY1A 4F2RA 3PO4A 2G8HA 3THVA 4KTWA 3OYBA 3QETA 4CEOA 3MXMA 4CGJA 1GOAA 1TGOA 5KRTA 2B5JA 3NH0A 3DLGA 1NJZA 3T19A 4KI4A 4KKOA 3TARA 3KLHA 1RDAA 1EX4A 4ZTFA 4MFBA 1I39A 3M8PA 1TK0A 1REVA 2VWJA 3SV3A 3ZT0A 1HNVA 2YNGA 4M3XA 1K6YA 4CJ3A 2DFHA 1S1UA 3NH1A 4Z4GA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3TAFA 5SWMA 2UXBK 2QM1A 1JLCA 5LJWA 3O80A 1SV5A 2CGKA 4BE1A 4KH4A 4J2AA 2I7PA 2G8IA 3I8DA 3TTCA 4KREA 4MQ3A 3MN6A 4BRHA 3SLCA 3SPZA 3M8SA 4B3TK 3SK3A 1E4FT 4YOXA 4H5TA 1BI4B 3OBYA 3L2QA 4BE2A 1WSGA 1JCGA 4CHOA 2FF3B 3UKUA 1Q86O 4CERA 3QEXA 3B6PA 4DV2K 4CZIA 2Y1IA 1NWKA 1NG9A 4DS5A 4JD2B 2NLXA 4BWJA 2HVHA 1HJOA 4CJPA 1IBMK 1RCHA 4BRFA 3V9SA 2Y1JA 1O13A 3CCQN 4O5BA 3T7ZA 4CECA 4G9ZA 2DY4A 3DLRA 3U6FA 1C0MA 5ADXH 5M1NA 4JK8A 2IS3A 1BUPA 5I9EB 4EHUA 4O44A 1VK0A 4EAHD 3SUQA 3FFIA 4FYDA 4H4OA 1FKOA 3R6MA 2VYPA 2B4JA 3ZSVA 1NOZA 3LZIA 3A5NC 1O1WA 4CJSA 2EHGA 3FR0A 1Q8IA 4NLCA 1WNSA 3MMVA 4DR7K 1HX1A 3ID6A 3IUCA 3KKRA 2E1ZA 4CF9A 4LF6K 4BRGA 1VQ9N 5C0YA 3O9SA 2P9SB 1BI4A 4YORA 3CI5A 3FZMA 3AA3A 4JKFA 2HF3A 1IO2A 3ZX3A 5KTQA 4Y1CA 2W41A 2YJFA 2BANA 4AILC 1DLOA 2NRRA 3OJSA 5JLHA 5HOOA 4I6MA 2ZF5O 3J7YP 1YI2N 3BP8A 1Z26A 4BGAA 3KVGA 1VQON 2PY5A 4JD2A 3CC4N 4LF5K 3O4QA 2A40A 2Q36A 3SAFA 1NM1A 1C0GA 3ITHA 4DTSA 4DF8A 3CCRN 4FLXA 1W97L 4KO0A 4YOVA 2ZJQL 2W40A 3QO9A 1JKHA 2P9KA 4IFEA 4PL7A 1WSHA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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