1WSFA

Co-crystal structure of e.coli rnase hi active site mutant (d134a*) with mn2+
Total Genus 49
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
49
sequence length
155
structure length
155
Chain Sequence
b'MLKQVEIFTDGSCLGNPGPGGYGAILRYRGREKTFSAGYTRTTNNRMELMAAIVALEALKEHCEVILSTDSQYVRQGITQWIHNWKARGWKTADKKPVKNVDLWQRLDAALGQHQIKWEWVKGHAGHPENERCAELARAAAMNPTLEDTGYQVEV'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords Ribonuclease HI
publication title Identification of Single Mn(2+) Binding Sites Required for Activation of the Mutant Proteins of E.coli RNase HI at Glu48 and/or Asp134 by X-ray Crystallography
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli
molecule tags Hydrolase
total genus 49
structure length 155
sequence length 155
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2004-11-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1wsfA00
3LAMA 4OKJA 3PX4A 1C0UA 4DTJA 3KLIA 3WNEA 1Q9XA 3AVCA 4FJKA 4KHWA 4FJJA 2OPSA 3V6DA 4FYDA 2X6SA 4DLGA 1TAQA 1KTQA 1YT3A 2D0AA 4MFBA 3B6OA 3NGIA 3SI6A 2KZZA 3D45A 3VQ8A 3V9ZA 1REVA 5CZ1A 4FLUA 1J54A 4NCGA 3LP2A 1QSYA 3ZSQA 4F2RA 3AO1A 3SJJA 3TAMA 1WLJA 4B08A 4CGIA 4JS5A 1S6PA 1VSMA 3AA5X 4KO0A 3NBPA 3S3MA 3U3GA 1IH7A 1KFDA 4E7LA 4FJ9A 3AVMA 3CM5A 4BDYA 3K59A 1QE1A 3EZ5A 3F73A 1TK0A 1TKXA 4KHUA 3TAGA 3SQ0A 2B5JA 3HSTB 4I9QA 4ELUA 4K8ZA 1CLQA 3TANA 4RW6A 3MXIA 4NCAA 3OYEA 1BCOA 1LWFA 3V1RA 2IC3A 3D0PA 2ZQBA 2GBZA 3C94A 4NCBA 5J1EA 1TGOA 4OLAA 3T1AA 3UIQA 3K5MA 2HHWA 1NK9A 3G0ZA 1KVCA 1VSDA 2FBYA 4CJPA 3O3HA 3RRGA 1BIUA 3OYKA 4FZZA 4NYNA 1FKPA 1KSPA 1EKEA 2OZSA 1JXBA 4DSIA 3ZSXA 1A5XA 4J2AA 3IRXA 4DFJA 4DS4A 5HBMA 1C1BA 4E89A 4CJWA 4CJTA 4CJUA 4N56A 4FLWA 5K14A 1NJZA 4KI6A 1SKSA 4OJRA 4IFYA 2DTUA 2W42A 1RILA 4DU4A 4RG8A 3AA4A 3RMAA 1Q9YA 4LD0A 1U48A 1NKEA 1HQUA 3M8QA 3MEDA 3DLBA 5KGWA 4CE9A 3NGYA 2P5GA 3QO9A 2YHBA 4FVMA 4E19A 1J5OA 3O4NA 3RR7A 4DTRA 2NUBA 4I2PA 1QSLA 3QEWA 4B8AB 4M45A 4CHOA 3VA3A 3AVAA 5HP1A 3KLGA 3AVHA 3HPHA 3AO3A 4TSXA 1ZBFA 4CEQA 3QIOA 4CGJA 4N41A 5CY4A 3THVA 1NJXA 3I0SA 4XIUA 2P5OA 1T8EA 2DFHA 1QS4A 3M8PA 3L2RA 3HP6A 4F4KA 2HW3A 1RT2A 3EYZA 4AH9A 1T03A 2G8VA 1XI1A 2KTQA 4DSLA 3TR8A 2HHXA 1FKOA 1NK8A 1SL1A 3RMDA 1VSLA 3NDKA 2HHUA 2PZSA 5C42A 4FJ8A 1L5UA 3HP9A 3P83D 4BWJA 5SZTA 2E6LA 4QAGA 4FJXA 4CJLA 4C8LA 5EU7A 4B9LA 1JKHA 3AO2A 4EZ6A 4Z4IA 4RW8A 4CHNA 4B9MA 4PWDA 1XWLA 4CFDA 2ZE2A 2QK9A 4L8RB 4ZTJA 2HVHA 2XY7A 3ZSVA 3SUOA 3MEGA 2QXFA 3LP1A 4BE0A 3KD1E 3VQ9A 1TKTA 3PO5A 2IAJA 1RBSA 1JLQA 1VK0A 4IBNA 3JSMA 4DQQA 1KRPA 4DSKA 4KB0A 1RBUA 4C8OA 2E6MA 3PUFA 2G8KA 3VQ6A 4DQSA 4B3OA 4CFCA 4CK1A 3O3GA 1FXXA 4C8MA 4F8RA 4FZYA 5I3UA 1EETA 2HHSA 4Z0UA 4DLEA 2VWJA 3LAKA 3OJSA 4GMJB 4MQ3A 3TWHA 4AHRA 1BQNA 3C6UA 3RR8A 3OYDA 4E7KA 2IDOA 2A1SA 1J9AA 4O44A 4Z4HA 4IKFA 4M3YA 4CGDA 4B8CA 4CGHA 1N6QA 3AVBA 4GW6A 3KLHA 1RDAA 4HCBA 1VRTA 3LDSA 4FM0A 1TAUA 1IO2A 2G8HA 1JLAA 4M41A 1ASUA 3OYIA 3L2UA 1L3UA 1X1PA 3LPTA 4DTOA 2Z1HA 4HCCA 1EXQA 4E0DA 3AV9A 3P5JA 1RBTA 1WSEA 2Z1JA 4CJRA 3L8BA 2D0BA 4Y1DA 4N5SA 3SQ4A 3C6TA 3OYLA 2RPIA 1TK8A 1LV5A 4PUOA 3V81A 3AVKA 3HK2A 3LANA 3QIPA 5KGXA 3QEPA 2KFNA 1EP4A 2RN2A 4DTPA 2VG5A 2HHTA 1WAJA 1A5VA 4JRPA 1HPZA 1B9FA 1KVAA 3MECA 2P51A 2KW4A 1KLNA 1WSHA 3AA2A 1WSFA 4FJMA 4CCHA 3AA3A 3LZIA 1Y97A 1LW2A 1HYSA 1BGXT 4JLHA 3MXJA 1JL1A 4FLVA 2ZD1A 4CK2A 4QCLA 1O1WA 1FK9A 4FW2A 1D5AA 2F96A 3ZT2A 4AHUA 3SZ2A 4LY7A 1ZYQA 1HNVA 4I2QA 3MAQA 3NH1A 3NH2A 3K57A 3BDPA 3L2WA 4DSEA 2ATQA 4CERA 1W0HA 1ZBHA 4DF8A 2OZMA 1HYZA 3KLFA 2O4GA 4E7HA 2IGIA 3AVFA 3L2VA 4CGGA 2F8TA 4CESA 2X74A 2DY4A 3DOLA 1NOYA 1SUQA 2KFZA 4IFVA 2XHBA 4IDKA 3RTVA 1UA1A 2Z1IA 3LZJA 2KQ2A 1HMVA 3QEIA 4O0IA 1TKDA 3VQ5A 5J2QA 3SQ1A 3ALYA 1WAFA 4CF8A 1WSGA 1VSJA 2OYQA 1L3SA 3OYBA 2R7YA 1T7PA 3K5NA 3QESA 2EX3A 3K2PA 3VN5A 2DFFA 5J2NA 1HJRA 1LAVA 1VSHA 2YHAA 3CFOA 4ZHRA 2EHGA 1NK7A 1QTMA 1S6QA 4CEOA 5HRRA 1S1UA 4KHSA 1HQEA 3AO5A 4HTUA 2ETJA 3B6PA 2Y1IA 4ZTFA 1X9WA 1HRHA 3ZT3A 2XRIA 3KIOA 4KKOA 4CK3A 4CFAA 4QOZB 4W5NA 1U47A 4LSNA 5CYMA 4Q5VA 3TABA 1NJYA 4KHQA 1RT6A 4Z4CA 4BDPA 1WN7A 1BQMA 4I9LA 1QQCA 5CYQA 3KK1A 3O3FA 1YTUA 3V9SA 4CEAA 4B9VA 2BGGA 2ITGA 1RNHA 5JS1A 3ASMA 3DI6A 4E3SA 5HLFA 4KTWA 4FM1A 3SUPA 3TI0A 2FC0A 4CJQA 1D8YA 3TAEA 5DMRA 3NF7A 1LWCA 1RCHA 4PA1A 3DLRA 4H8KA 4M3TA 1VSKA 5KRSA 1IG9A 4J2BA 4LSLA 1Z26A 4FK2A 4Q0BA 4RW7A 3SPZA 2XY6A 4FZXC 3AVNA 1TL1A 3U6FA 3IAYA 1CZ9A 1EX4A 2LSNA 3NF8A 4KREA 4AHSA 3LALA 3VQAA 2FBXA 3VQ7A 3KK3A 1YVUA 1NK6A 4CJSA 4YNQA 2X6NA 1SKWA 1MU2A 4CIGA 1RTJA 4M3WA 4CJVA 4M3RA 5HROA 4M3UA 1ZBIA 4FK4A 4DSJA 3K5OA 3QNNA 3HYFA 4CF1A 4R5PA 1U49A 3M8SA 3L2QA 3S3OA 1B92A 3P1GA 3NAEA 1W9HA 2OPQA 3OS1A 4IG0A 1NK5A 3CG7A 3SCXA 3KTQA 2G8IA 1U04A 3LWMA 4E1NA 2HNZA 1RDDA 1VRUA 4E7JA 3AVGA 1BIZA 1IKYA 1RT1A 3HL8A 5KI6A 2YNGA 1N5YA 4ELVA 2HNDA 3VQEA 3ZT1A 2HHQA 1VSIA 3KLEA 2Q3SA 2QKBA 4YFUA 4FJIA 3MEEA 2B4JA 1U45A 3CFPA 2YNHA 2DFEA 3VQCA 3PX6A 1K6YA 2G8FA 1NKCA 1WNSA 2JLEA 4LH5A 1B9DA 3O4QA 4DTNA 4FXDA 1IKWA 3AO4A 1T05A 2KZMA 1C1AA 4BE1A 3V4IA 4B9NA 4FK0A 3ZT4A 3VQBA 2XO7A 5HRPA 2A1RA 1SL0A 1S1WA 4E1MA 4DU3A 3HVRA 2GV9A 1RT5A 3V9XA 2AJQA 4CJ3A 4KB1A 4GVMA 1XHZA 4ID5A 1KFSA 2OA8A 5FRMA 3ZCMA 3DRPA 2O4IA 3ZSZA 1QHTA 1ASVA 2YKMA 1RTIA 3NGZA 3VA0A 3PV8A 3K58A 4CJEA 3WNHA 3S9HA 2VG7A 4DTUA 3SUNA 3RMBA 2F8SA 3K5LA 3TAFA 2IS3A 1S5JA 3CYMA 3U3YA 4DFMA 3V1OA 3KK2A 3ZSYA 5T7BA 2HHVA 3QLHA 3V9UA 3AVIA 1S1VA 3ZSRA 3DLKA 4EP4A 4BACA 3HPOA 5KRTA 4FJ5A 4DTMA 4BE2A 4FLXA 2VWKA 1A5WA 1TL3A 3MXMA 1C1CA 1IKXA 1WSJA 2OPRA 4W5OA 4OVLA 3OYMA 2G8UA 1DLOA 3OYAA 1X9SA 1NK0A 5JS2A 1JL2A 4KFBA 4O55A 2BANA 1S9GA 3QERA 5I42A 4AHCA 4HUGA 4CECA 2PY5A 2Y1JA 4DQPA 2PYJA 3DOKA 3OJUA 1DTTA 4BWMA 1G15A 4CEBA 3IS9A 3IG1A 4FLTA 1GOBA 3DRSA 1F21A 4O5BA 2WOMA 3QETA 1XC9A 1QSSA 1SV5A 4KAZA 4CFBA 4KPYA 3VQPA 1Z25A 2I5JA 4PY5A 3RMCA 2D0CA 2X78A 2RKIA 3SQ2A 1UAXA 3NHGA 3DM2A 4N47A 4DFPA 4DWIA 1S1TA 4HUFA 3QINA 4F2SA 4I7FA 4M3XA 2HVIA 4WE1A 4FCYA 1D9FA 1RBVA 3H08A 3M8RA 4ICLA 1HYVA 1HNIA 4OKKA 1SKRA 4K8XA 2IOCA 1NOZA 1VSEA 4OGCA 4B9UA 2YNIA 1C0TA 4LH4A 1C6VA 3DRRA 3HJFA 3SV4A 3TAQA 2BE2A 4J2DA 2VG6A 1RT3A 2GUIA 1BHLA 4FLYA 3KKRA 4Y1CA 2D5RA 3AVLA 3DLHA 4N76A 3OYJA 3RWUA 3SPYA 1J53A 4EP5A 2HMIA 3ZSOA 3OVNA 4CJFA 4OPJA 4FM2A 1SL2A 4DS5A 5J2MA 4F3TA 3HVTA 5KTQA 3KJVA 4DQRA 1TK5A 1JXEA 4CEEA 1L3VA 4KTQA 1BI4B 1NJWA 4B9TA 1UA0A 1Q8IA 1X9MA 1TVRA 3DMJA 1IKVA 4O4GA 4FJHA 4H4MA 3SYZA 3NF6A 4W5TA 1BISA 4DG1A 3OYGA 1RDCA 3NCIA 3NF9A 3VQQA 1D9DA 2P1JA 3LP0A 3KKSA 5SWMA 4FW1A 2HNYA 3T19A 4OPKA 3HXMA 4DU1A 4DF4A 3NFAA 4FJGA 4F3OA 3PO4A 3AVJA 1C0MA 1TKZA 5FROA 3HO1A 1ZBUA 5E41A 4KI4A 4HUEA 2QKKA 4AILC 1TV6A 3PX0A 5C24A 1S9EA 1GOAA 1ZBLA 1CXUA 3LP3A 1LWEA 1ASWA 4BDZA 3I8DA 1JLFA 1WSIA 1DTQA 1JLGA 3OY9A 1CXQA 4W5QA 4JRQA 3VQ4A 4KV8A 4DTXA 3CM6A 2YV0X 4CGFA 2YNFA 4CHYA 1UWBA 4B9SA 5CZ2A 3E01A 4FJNA 4M42A 2FBTA 4DSFA 3A2FA 2JGUA 5J2PA 4HHTA 3FFIA 3KD5E 2Z1GA 1LW0A 3I0RA 3L3VA 3NE6A 3OYCA 3OS2A 3L3UA 3WNFA 3OYFA 1S1XA 1KCFA 3OYHA 1NK4A 3TAPA 4O0JA 3WNGA 4CHPA 4CJ5A 4FJ7A 2G8WA 3TARA 2XY5A 2B6AA 1I3AA 4J2EA 4NYFA 3CFRA 3ZSWA 4AHVA 1RT4A 2PYLA 4CIFA 3EY1A 5D3GA 4Z4FA 1R0AA 1BL3A 4DMNA 1RBRA 4H4OA 1RTHA 2OPPA 4ID1A 4CF9A 3QEXA 1U4BA 2WONA 3ISNC 2HB5A 3DYAA 4OLBA 3C95A 1LAWA 2YKNA 3ITHA 5FDLA 4JS4A 3JYTA 3LPUA 4CHQA 4M3ZA 4Z4EA 4CF0A 1ITGA 2XY8A 3T3FA 3QEVA 3F9KA 4IG3A 1GOCA 1BCMA 5HRSA 3SUQA 4EZ9A 1RT7A 4CHZA 4C8NA 4CEFA 3OS0A 1JLEA 4CJ4A 1NKBA 4KRFA 3HT3A 3OYNA 3LWLA 4E7IA 1XHXA 4KHNA 3V9WA 3DLEA 3CQ8A 1JLBA 1UOCA 4C8KA 1L3TA 4CEZA 3HPGA 4KTZA 4DTSA 1JLCA 1I39A 4OKEA 4W5RA 3ZT0A 1CZBA 4CF2A 5FRNA 4KHYA 3PY8A 4UQGA 4ELTA 1YTAA 3RRHA 3V1QA 4DQIA 3DLGA 5C25A 3G10A 3HM9A 4RW9A 1RDBA 3NH0A 4CJKA 4CIEA 5DK5A 3VQDA 4PQUA 2FBVA 4FLZA 4Z4GA 1RTDA 2E4LA 4CEDA 1KVBA 2RF2A 4RW4A 1BI4A 3BGRA 3ULDA 3SV3A 4DFKA 3S3NA 4FJLA 3QNOA 4OGEA 2BDPA 4HVJA 3SNNA 5HRNA 4G1QA 4AHTA 1VSFA 1KLMA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5BREA 4DTJA 3M3ZA 1Q7YO 3V6DA 4FYDA 1TAQA 3SI6A 1N32K 3VQ8A 3V9ZA 1REVA 5CZ1A 4CD1A 3DAWA 1QSYA 1OH8A 5JLFA 3G25A 3EO3A 1S6PA 3U3GA 3AVMA 3CM5A 3VOVA 1QE1A 1U2VB 3EZ5A 4KHUA 1TKXA 3TAGA 4I9QA 2B5JA 3F9MA 5F1XA 5JLHA 5IWAK 4NCAA 4RW6A 3MXIA 3V1RA 5CHIA 5FLXO 3D0PA 1QQMA 1JCEA 1TGOA 2WC9A 1NK9A 4JV5K 3C0BA 1ATRA 4XH5A 1KSPA 5ELZA 1A5XA 4J2AA 4DFJA 3VTHA 4CJWA 4CJTA 2QWMA 4GV3A 4IFYA 2DTUA 3WXLA 3AA4A 4LD0A 1U48A 2O8EB 3TTFA 4FWSA 1HX1A 3VTIA 3ZX2A 4K42A 4FVMA 4DTRA 2NUBA 4CHOA 3SAHA 5HP1A 3KLGA 4JI4K 1ZBFA 2QI2A 5M1KA 2UUCK 2P5OA 4BVPA 4F4KA 1RT2A 2G8VA 4DSLA 1IBLK 2VWBA 2KHOA 1SL1A 4FWOA 3RMDA 1XC3A 3D2EA 5C42A 5GINA 4BWJA 2QW9A 2E2NA 3CJCA 3QMLA 2WTUA 4EZ6A 4Z4IA 4RW8A 4CFDA 2W41A 4BC4A 2HVHA 3P4IA 3ZSVA 2QXFA 4BE0A 1JCGA 3C6AA 3S41A 1JLQA 3JSMA 5EXWA 2A40A 4WQ4A 2E6MA 4DQSA 2D0OA 1YJWN 1FXXA 4F8RA 3B8AX 1EETA 2VWJA 4GMJB 1NLVA 3RR8A 3MN6A 2IDOA 2A1SA 1J9AA 4IKFA 4YDUA 4XH4A 1N6QA 4GW6A 3KLHA 4HCBA 3O9UA 3LDSA 2IVPA 2G8HA 3L2UA 3O6WA 3AV9A 1OH6A 3VF6A 1RBTA 4CJRA 4CZGA 3A5OC 3SQ4A 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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