1WSFA

Co-crystal structure of e.coli rnase hi active site mutant (d134a*) with mn2+
Total Genus 49
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
49
sequence length
155
structure length
155
Chain Sequence
MLKQVEIFTDGSCLGNPGPGGYGAILRYRGREKTFSAGYTRTTNNRMELMAAIVALEALKEHCEVILSTDSQYVRQGITQWIHNWKARGWKTADKKPVKNVDLWQRLDAALGQHQIKWEWVKGHAGHPENERCAELARAAAMNPTLEDTGYQVEV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords Ribonuclease HI
publication title Identification of Single Mn(2+) Binding Sites Required for Activation of the Mutant Proteins of E.coli RNase HI at Glu48 and/or Asp134 by X-ray Crystallography
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli
molecule tags Hydrolase
total genus 49
structure length 155
sequence length 155
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2004-11-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1wsfA00
1BHLA 4FLWA 2ZD1A 2G8UA 1IG9A 3ZSZA 3QEVA 1C1BA 1L5UA 1S9GA 1HYZA 3TAPA 1LWCA 3MAQA 4CJRA 2D0AA 2G8WA 1ZBIA 4O44A 4PY5A 3TAEA 2F96A 3MEGA 1JLGA 4IG0A 2O4GA 2RF2A 3CG7A 1IKXA 3RMBA 1WSGA 4ZTFA 4B9VA 4EZ6A 3AVKA 1NKCA 1Q9XA 4CGJA 1JXEA 3SUQA 3K5OA 3P5JA 1Q9YA 2YHAA 4CJUA 3OYHA 1QE1A 4CHNA 1QTMA 2ETJA 3AO4A 1UWBA 1X1PA 4FJGA 1GOCA 1KTQA 1VSIA 3PUFA 4OKKA 1YVUA 4RW9A 1JL2A 1NJWA 4FJIA 4W5OA 3DOKA 1D8YA 3LAMA 4EP5A 4FJLA 2GUIA 3LP0A 3AVJA 4KB0A 3MEEA 3CFPA 3I0SA 5T7BA 1L3TA 5CZ1A 1ASUA 4DG1A 4KPYA 5FRMA 1S1VA 4OGCA 2XY6A 4CF2A 4KTWA 3K59A 4KHNA 3B6OA 1IO2A 2DY4A 3I0RA 3RRHA 3M8PA 1BI4A 2ZQBA 3THVA 1VSFA 3VQDA 4FLVA 1KVCA 3V9WA 4PQUA 3LP3A 3NCIA 4DQSA 3ZSRA 3AO1A 2B6AA 4BDPA 4B9LA 2HNDA 2Y1IA 4FJKA 3V1OA 1T8EA 4AHSA 2G8IA 4B3OA 2YKNA 1VSJA 4FLZA 3VQ4A 4QCLA 1HQEA 1RDBA 1RT3A 3SYZA 2HVIA 3L3VA 2GV9A 3SQ4A 4FJHA 4ELUA 1RTJA 3JSMA 1S5JA 5HRNA 3JYTA 2ITGA 1KLMA 1TV6A 4RW7A 1WSEA 4KTZA 1MU2A 2YKMA 4B8CA 3P1GA 3ZCMA 4CERA 1QQCA 1TKXA 1HQUA 5SZTA 4UQGA 3V81A 1SKWA 3DMJA 1BISA 1RBTA 4Z0UA 2X6SA 1JKHA 4ELTA 1TAQA 1R0AA 3QO9A 3TANA 3LZIA 3ASMA 1G15A 4AHCA 3SQ2A 1RT4A 2XY8A 2IC3A 1DTQA 3B6PA 4CF9A 3OYLA 4E7JA 4DTRA 5HRPA 4OLBA 4MQ3A 3AVMA 1RNHA 1A5VA 4KI4A 1CLQA 2XRIA 2VWJA 3KK2A 3WNFA 3KTQA 4DTOA 2VG6A 4M3WA 1NK6A 3E01A 2YNHA 3P83D 4W5QA 2QK9A 3VQQA 4M3ZA 1VSDA 4C8LA 1J9AA 1Z25A 3OYKA 1WSIA 3NGYA 3KLIA 1C6VA 2ZE2A 3OYIA 1RILA 2VG7A 1W9HA 3K2PA 4I7FA 3OJSA 4DQRA 1S6QA 4CFCA 3DLHA 1S9EA 1BCOA 1JLAA 1FXXA 4Z4EA 3ZSWA 1FK9A 3DM2A 3MXMA 1NKBA 5FRNA 1XHXA 2LSNA 1F21A 3DLKA 4QOZB 1NK7A 2Z1GA 2X78A 3U3YA 1NKEA 2HHVA 3O4NA 4J2EA 1VSHA 4RW6A 3VQ7A 1ZBLA 1RTIA 3SZ2A 3OYNA 4I2QA 1SKRA 4Z4IA 3VQ5A 1C0TA 3BGRA 4JRPA 4K8ZA 1CXUA 1XI1A 3HYFA 3RMAA 1FKOA 1LV5A 3OJUA 1J5OA 4ID5A 3CQ8A 3DLEA 4E1NA 4ZHRA 3SV4A 4YNQA 1TK8A 4LH4A 5C25A 4OVLA 3HPHA 4CHOA 4NCBA 4HVJA 3AA4A 3S3MA 4CIGA 4KRFA 4IDKA 2HHSA 5FROA 1O1WA 4KTQA 2OZSA 1GOAA 4DSKA 3MEDA 4E7IA 4N76A 4DFMA 3LAKA 4FLUA 4LSNA 4HTUA 3QINA 3LP2A 4DS4A 4K8XA 1HPZA 1FKPA 4DQQA 3OYMA 4Q5VA 1JLCA 2BANA 4FYDA 4N56A 4BE1A 5CYQA 1YTUA 2IOCA 4TSXA 3AVCA 4CJ5A 4J2BA 4N5SA 4DFJA 1HRHA 5J2NA 4B9UA 1N5YA 4DSJA 4FJNA 2YNFA 5JS2A 4DTPA 3VQAA 3SUNA 4O55A 3LWMA 3DOLA 1RTHA 4CHPA 2RPIA 5J2QA 3V6DA 1C0MA 1TKDA 1NOYA 1U04A 4AHRA 4FM1A 4F4KA 4C8KA 3HPOA 4CGFA 4HUGA 4DQIA 3L3UA 4GVMA 3V9ZA 1BIUA 3DLGA 3MECA 4CGIA 4CESA 4OKJA 3SJJA 3O3FA 1IKVA 3V1RA 1HJRA 3KD1E 4J2AA 4KV8A 2B5JA 4E3SA 3CM6A 1XC9A 5CY4A 4CGHA 1RBVA 5SWMA 2KW4A 4CEBA 1JLQA 4FM2A 3NDKA 1UOCA 1RT5A 2OZMA 2QXFA 3AA2A 4MFBA 3AVBA 3HT3A 3SUOA 5KGWA 3I8DA 3QEPA 1RDAA 2A1RA 1QSYA 1LW0A 1QHTA 2B4JA 4RG8A 3KD5E 4OGEA 3RMDA 2G8KA 1JXBA 2QKBA 3RWUA 4B9SA 4F8RA 3VQ6A 1U49A 4CEQA 1JLBA 1VSLA 1BQNA 3IAYA 1RT1A 2WONA 3HP9A 2IGIA 4LH5A 1IH7A 4FW1A 4RW8A 4CF8A 3EZ5A 1TAUA 3OYEA 4ID1A 1U48A 4KHUA 3ITHA 4M41A 4DLGA 1EKEA 1WNSA 4FJ9A 2KFNA 4C8MA 3IRXA 3HPGA 1XWLA 3ZSOA 4DF8A 3QLHA 3QNOA 3SQ0A 2DTUA 1C1CA 4DU3A 3V4IA 4OKEA 3PY8A 1WSJA 4CE9A 4FJMA 3VN5A 1SUQA 2QKKA 3SPZA 1RT7A 1TVRA 3AVLA 4BDYA 4DU1A 4DFKA 4J2DA 1VSMA 2WOMA 1NOZA 3HK2A 2D0CA 3L2VA 3ULDA 2EHGA 3T3FA 3TABA 3NF8A 3S3NA 4KO0A 1RT6A 2VG5A 3DI6A 4KHWA 5FDLA 4KREA 3L2RA 2OA8A 3RRGA 3MXIA 4KHYA 4OPKA 1UAXA 2KZZA 3C6TA 4QAGA 1LAWA 5HROA 1CZBA 4DSEA 3KLHA 3PX4A 1QS4A 3LPUA 4BACA 1TKZA 4FJ8A 4E0DA 4CF1A 3SV3A 1RBSA 1JLEA 3HXMA 1KCFA 3LALA 1VRTA 1T05A 3OS0A 4CJVA 2Z1IA 3K5MA 5HRRA 3AVNA 1HMVA 4W5TA 3L2QA 1KSPA 1ITGA 1RBUA 2DFHA 3EY1A 3NGZA 3ZSYA 3VQEA 4M3UA 3SQ1A 1S1UA 1VRUA 3C94A 5HBMA 4CFDA 3ZT3A 4CJLA 4ICLA 4CHZA 4KKOA 3HJFA 3FFIA 3NE6A 3LDSA 1S6PA 2P5OA 5KI6A 1CXQA 2E4LA 5I42A 3ZSVA 1KLNA 4CECA 2YNGA 4R5PA 4O5BA 4XIUA 4HCBA 4IG3A 3WNGA 3AVAA 3O4QA 3KKSA 4CEDA 2IAJA 3OYFA 4JS5A 4M42A 3DRPA 3BDPA 4O4GA 1I3AA 2OPSA 3RTVA 3NAEA 1K6YA 4E7KA 3VQ8A 1VSKA 3HO1A 3L2UA 4CFAA 1KVBA 3NF6A 3HP6A 4NCAA 4CJ4A 2R7YA 1LAVA 4ZTJA 3PX0A 2HHUA 4CEEA 4IBNA 2HVHA 4CF0A 3NFAA 4OJRA 1J54A 3LANA 4FZYA 4HUFA 2P51A 1HYVA 5E41A 3O3GA 3RMCA 5HLFA 4ELVA 3NF9A 5KRSA 4AHUA 3D0PA 2P5GA 1X9MA 3TAFA 1IKWA 3F9KA 4DS5A 1U45A 3KJVA 1SL2A 1C0UA 3KIOA 1L3VA 1WLJA 1QSSA 1NK4A 2PY5A 1NK0A 4DTXA 3PO4A 2D0BA 4C8NA 2Z1JA 4CJKA 3TR8A 1LWFA 4FZXC 1D9FA 4KHQA 3AVFA 2Z1HA 4F2SA 2HNZA 3SUPA 4B9TA 3EYZA 3DYAA 2KFZA 3QIOA 1TL3A 3OYDA 4BE2A 1J53A 1SL0A 4DTSA 1Q8IA 4FCYA 2BGGA 1BCMA 1GOBA 1S1WA 1C1AA 1W0HA 5C42A 3VQBA 5J2PA 2RKIA 2A1SA 4M3XA 2FBVA 1WSHA 4CEOA 1IKYA 3OYCA 4DTJA 1HNIA 5KTQA 1D9DA 4GMJB 4PA1A 4M3RA 4OPJA 3QEXA 4CHQA 3KK1A 5I3UA 4DU4A 4CJFA 3HVRA 3SPYA 2F8SA 3SI6A 1JLFA 3U6FA 3KKRA 4FK4A 3G0ZA 1ASVA 3OYJA 2HHWA 1KFSA 1KRPA 1TKTA 2EX3A 4CJPA 3A2FA 1NK5A 1WN7A 4NYNA 4B08A 4CJ3A 3M8SA 3K5LA 1VSEA 2D5RA 4KAZA 4KHSA 1ZBHA 3CYMA 3V9SA 3AO5A 3HM9A 1L3SA 4M3TA 2OPQA 4DWIA 2I5JA 1U4BA 1Z26A 2YV0X 1NK9A 3VQPA 1BL3A 4B9NA 4EZ9A 1EX4A 4N41A 4B9MA 4KFBA 2GBZA 3T19A 4CIEA 3D45A 2JLEA 3L2WA 3WNEA 1BIZA 4FJJA 2NUBA 1SV5A 4BE0A 1NJYA 2HHQA 3L8BA 3AA3A 4M45A 1TGOA 4JLHA 1REVA 4O0IA 1ASWA 1UA1A 1NK8A 4FK0A 5J2MA 4BWJA 3ZSQA 3C6UA 3PX6A 2PYLA 1S1XA 1S1TA 3ALYA 3AV9A 5EU7A 4CHYA 2O4IA 2YNIA 4LSLA 1KFDA 2Q3SA 4Z4CA 3VA3A 4CJQA 2DFFA 3M8RA 3OY9A 3QNNA 2ATQA 4FLXA 1ZYQA 1N6QA 1BI4B 2E6LA 2OPPA 3QEWA 4C8OA 4OLAA 2HW3A 2FBYA 1HNVA 1EXQA 1BQMA 1JL1A 2IS3A 1A5XA 5DK5A 3DLRA 1RCHA 1ZBFA 3OS2A 4DF4A 1A5WA 3HVTA 4JS4A 4CK1A 4DSFA 2PYJA 2Y1JA 1WAJA 4G1QA 1RDDA 2FBXA 4RW4A 4CCHA 4E19A 1UA0A 4KI6A 4W5RA 3AO2A 4IKFA 2YHBA 3LPTA 3HSTB 4NCGA 1VK0A 3TARA 1U47A 3AO3A 4CGDA 4E89A 3DRRA 1DLOA 4CGGA 3NH1A 1HYSA 2W42A 1RT2A 3IG1A 4HCCA 3K57A 3NH2A 4H4MA 1ZBUA 3ISNC 1SKSA 3QEIA 3LWLA 3U3GA 2RN2A 4IFVA 3DRSA 4DQPA 3WNHA 3AA5X 1CZ9A 3AVHA 3PO5A 3CFRA 4HHTA 2KQ2A 3V9XA 5C24A 1QSLA 3NGIA 4E7HA 4CIFA 3RR7A 4CJTA 2G8HA 4B8AB 4DLEA 4FJXA 1BGXT 4E1MA 3HL8A 4GW6A 1B92A 1TK5A 2G8VA 3KLGA 2XHBA 3RR8A 4CJWA 2G8FA 4FVMA 3PV8A 2P1JA 3NBPA 3NH0A 3TWHA 3LP1A 2OYQA 2KTQA 3K58A 4DTUA 1DTTA 1RDCA 3K5NA 4BDZA 4FLYA 3QERA 3KLEA 4H8KA 1EP4A 4N47A 4CK3A 3S3OA 4DTMA 1X9WA 2E6MA 4FW2A 4LY7A 3V1QA 1NJZA 4IFYA 4KB1A 4Z4FA 2FC0A 4WE1A 2AJQA 4FLTA 4CEFA 3QETA 3KLFA 3QESA 4Z4GA 2FBTA 1RBRA 4Q0BA 5J1EA 2OPRA 3CM5A 4NYFA 1B9DA 4DFPA 4CK2A 4JRQA 4I2PA 4F3TA 3F73A 4FXDA 1NJXA 4AHVA 3OVNA 3VQ9A 4PWDA 2BE2A 3TI0A 1B9FA 3AVGA 4W5NA 2DFEA 4F3OA 4YFUA 3VQCA 1I39A 3MXJA 5KGXA 3TAMA 4FM0A 3UIQA 1Y97A 4Z4HA 2BDPA 4H4OA 4CEAA 3ZT0A 5HP1A 1L3UA 2JGUA 3S9HA 3OYGA 3SNNA 3SCXA 2F8TA 4M3YA 4DMNA 3G10A 2HMIA 3OYAA 4EP4A 3NHGA 4L8RB 3OS1A 1KVAA 2XY5A 2XY7A 2HHXA 2KZMA 4O0JA 4DSLA 4BWMA 5KRTA 3KK3A 4DSIA 1EETA 2X6NA 4AHTA 4CJSA 4CFBA 1T7PA 5D3GA 1TL1A 5K14A 1YTAA 4I9QA 3V9UA 4Y1CA 3QIPA 4PUOA 1WAFA 4Y1DA 1LWEA 3T1AA 1T03A 3TAGA 3ZT2A 5HRSA 3ZT1A 1X9SA 1YT3A 3ZT4A 3H08A 1LW2A 4AH9A 3NF7A 4FJ7A 3CFOA 5CZ2A 4AILC 2PZSA 4CEZA 3TAQA 1WSFA 4FZZA 2IDOA 2VWKA 3VA0A 5JS1A 3M8QA 1RTDA 3O3HA 2HB5A 3IS9A 4HUEA 4DTNA 1SL1A 5CYMA 3DLBA 4F2RA 2X74A 4LD0A 3ZSXA 5DMRA 2XO7A 2HHTA 2HNYA 3OYBA 3LZJA 4E7LA 1D5AA 3AVIA 4I9LA 4CJEA 1XHZA 4FK2A 4FJ5A 1TK0A 3C95A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1FJGK 2ZD1A 4IWVA 1HYZA 1ZBIA 4JYAK 4CJRA 4ILHA 4O44A 3C65A 3MEGA 3CG7A 1WSGA 4B9VA 2P9PB 3SUQA 3LM9A 3K5OA 2W6LA 3L4QA 4JI0K 4CJUA 3TTFA 3QB0A 1QVGM 2ETJA 3AO4A 2UUCK 1KTQA 4OKKA 1NJWA 4W5OA 1V4TA 3LAMA 2GUIA 3AVJA 4KB0A 5T7BA 5GAGP 1XNQK 3ZETB 3N4PA 2XY6A 4KTWA 3K59A 4LF4K 4KHNA 3B6OA 2NRTA 1BI4A 2ZQBA 3THVA 5M1FA 3FZLA 3PLAA 2P9UA 3LP3A 1WOQA 2B6AA 2HNDA 4BRKA 5EXWA 4FJKA 2NLXA 4GV9A 2YKNA 1HQEA 3SYZA 3L3VA 1RTJA 2F9WA 1OH7A 1TV6A 4RW7A 5LJWA 3DLLL 3QBWA 3P1GA 5SZTA 1QQCA 4YHHK 1WBBA 4UQGA 2X6SA 1DT9A 1JKHA 4ELTA 4CZIA 4JN4A 1RDUA 2IIRA 4AHCA 2NRRA 4E7JA 2IC3A 1DTQA 3SK3A 1A5VA 2XRIA 3WNFA 2WFBA 3BZCA 3P83D 2QK9A 3VQQA 1QVFM 4ISFA 1J9AA 1Z25A 3CQXA 3L0QA 1C6VA 3KWIA 3LL3A 3W0LA 1RILA 1G99A 4BR0A 1BCOA 1JLAA 4MDBA 4FWLA 1FK9A 3O4WA 2Q36A 4JK8A 4BR5A 2A41A 1NKEA 2HHVA 3O4NA 3C7NB 3O80A 1WB9A 3OYNA 1ZC6A 4I2QA 3EKUA 4JD2B 1C0TA 3CCQN 3U9DA 1OH6A 4ZHRA 5IWAK 1T6CA 3H1VX 2NRZA 3Q7BA 3EEQA 1TUUA 3O6WA 4IDKA 3SMPA 4GKKK 2OZSA 5F2RA 4I6MB 3LAKA 4KBOA 3A8YA 4LSNA 3EKSA 1T3VA 5LMUK 3D6RA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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