The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
30
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sequence length |
116
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structure length |
116
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Chain Sequence |
KRQVASGRAYIHASYNNTIVTITDPDGNPITWSSGGVIGYKGSRKGTPYAAQLAALDAAKKAMAYGMQSVDVIVRGTGAGREQAIRALQASGLQVKSIVDDTPVPHNGCRPKKKFR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Ribosome/antibiotic
|
| publication title |
The central role of protein S12 in organizing the structure of the decoding site of the ribosome.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
16S rRNA
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| total genus |
30
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| structure length |
116
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| sequence length |
116
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2013-03-05 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| K | PF00411 | Ribosomal_S11 | Ribosomal protein S11 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Ribosomal protein S11 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4V19 S; 4LFB K; 2F4V K; 4GKK K; 2UUC K; 4LFA K; 4B3T K; 4LF7 K; 4X66 K; 1IBL K; 1N32 K; 1XNQ K; 4JI2 K; 1I94 K; 4CW7 B; 2VQE K; 2UUA K; 4JI5 K; 4LF4 K; 4LF8 K; 4DV3 K; 4B3S K; 4CVN E; 5FLX O; 5LMU K; 3OTO K; 4DR5 K; 1J5E K; 4X64 K; 1N36 K; 4X65 K; 3T1Y K; 2UXD K; 4DV5 K; 2HHH K; 3J7Y P; 4DUY K; 4YHH K; 4DR7 K; 5BR8 K; 4DV1 K; 2UXB K; 4X62 K; 1IBM K; 3J81 O; 3JAM O; 2VQF K; 4KHP K; 1HNZ K; 5LMN K; 5IWA K; 4DV6 K; 4DR6 K; 4DR3 K; 2UU9 K; 4AQY K; 4B3R K; 4LF5 K; 1XMQ K; 4NXM K; 2ZM6 K; 2UUB K; 4JI4 K; 4DR2 K; 1HR0 K; 1FJG K; 4JYA K; 4DV7 K; 4DV2 K; 2UXC K; 4LFC K; 4YY3 K; 4OX9 K; 3T1H K; 4JI3 K; 3J7A P; 1XMO K; 4DR4 K; 2E5L K; 1XNR K; 4GKJ K; 4JI0 K; 4NXN K; 4B3M K; 5LL6 Z; 1IBK K; 4DR1 K; 1N34 K; 3J80 O; 4JI7 K; 1N33 K; 4JI1 K; 5A2Q O; 4DV4 K; 4DUZ K; 4LF9 K; 5IT9 O; 4LF6 K; 4K0K K; 4JV5 K; 1HNW K; 5AJ3 K; 4JI6 K; 4JI8 K; 1HNX K; 4DV0 K; #chains in the Genus database with same CATH topology 3OYC A; 4OJR A; 4DMN A; 4BY9 C; 3AVN A; 4JD2 B; 3F5T A; 3HVR A; 1XHZ A; 3DI6 A; 4H0P A; 3SUN A; 2IVO A; 4FW2 A; 4KV8 A; 1HLU A; 1HPM A; 3WT0 A; 4FWK A; 4M3R A; 5AZJ A; 3ZSW A; 4FLU A; 5HRO A; 1LWC A; 3AVG A; 3R3L A; 3LAN A; 4XEI A; 3SCX A; 3CCE N; 3A5M C; 4CEE A; 4DHY A; 3MEC A; 4CGF A; 2HNY A; 3K58 A; 2CGK A; 2G8H A; 3O4Q A; 2ZGY A; 4LSN A; 3VQC A; 1MWK A; 2RPI A; 4IEI A; 1C1A A; 5CYQ A; 4WFA L; 4CFB A; 5AQM A; 2CH5 A; 5BN9 A; 1BA1 A; 1GLE G; 4BVP A; 4BRM A; 1V4S A; 3WEE A; 1EO1 A; 1CZ9 A; 4H0Y B; 4PL8 A; 3A0I X; 1VQK N; 2W40 A; 1QVF M; 4DSI A; 4K8X A; 4C1N K; 3UKU B; 4KBO A; 5HRR A; 4A61 A; 3IRX A; 4FM1 A; 2HVI A; 5C15 A; 2KTQ A; 2HMP A; 5M1Q A; 1L3V A; 3ZLJ A; 2P51 A; 4G1Q A; 4CZG A; 4DV7 K; 3SNN A; 4CIE A; 3M8R A; 3RMB A; 3KIO A; 3KD1 E; 3TSP A; 3SQ1 A; 3QBX A; 4FOI A; 1DLO A; 3AAP A; 1B9F A; 4FJG A; 3T1H K; 1VSE A; 1TK0 A; 2P5O A; 4E0D A; 3C6H A; 2KFZ A; 1NJW A; 3HST B; 3K5L A; 4JRQ A; 4ZTF A; 5LL6 Z; 3CFO A; 1UWB A; 3MX5 A; 4QCL A; 3ZT3 A; 1P8Z A; 4JI7 K; 2OCE A; 3SUO A; 1RTJ A; 3THW A; 1Q81 O; 1VQ8 N; 2VWK A; 3DLE A; 4DSL A; 4Y1C A; 1M90 O; 1OH6 A; 3MEE A; 4CJK A; 3DOK A; 4W5R A; 3VEO A; 2HF3 A; 3WXL A; 3G71 N; 4CHZ A; 4CK1 A; 4JV5 K; 2HHX A; 4BWM A; 3NMU A; 1QTM A; 5AQH A; 3G10 A; 5CR4 A; 4LC9 B; 3OVN A; 3O1W A; 5AZI B; 1RDD A; 2GEL A; 5HRS A; 4B1Y B; 3DOL A; 1ZBI A; 1ATN A; 4CHP A; 2E8A A; 3VES A; 4BDY A; 2F7T A; 2O4I A; 4MO5 A; 4CD3 A; 1WNS A; 1QSY A; 2IDO A; 4FYD A; 2HHT A; 3CC4 N; 3FZM A; 1SL2 A; 4KB1 A; 3D0P A; 3ID6 A; 4FK2 A; 5AQY A; 1T03 A; 4DU1 A; 3T1Y K; 3L8B A; 3NAE A; 3NGI A; 3TWH A; 4ZHR A; 4DUY K; 3VQB A; 1ZBL A; 5DK5 A; 4CJE A; 1HRH A; 3M8Q A; 2JGU A; 2HBL A; 2UXB K; 1UAX A; 4IG0 A; 4JKH A; 2Q31 A; 2QA4 N; 4M3Y A; 3ZSX A; 3AVC A; 3WXJ A; 1RCH A; 3MXM A; 4M3U A; 1T7P A; 3H45 C; 2BDP A; 1NGJ A; 3CJA A; 4E89 A; 3O08 A; 3K0S A; 3I55 N; 1X9S A; 4H5N A; 1WLJ A; 1J6Z A; 4QS9 A; 4Y0W A; 3OA9 A; 2BTF A; 3AY9 A; 3EEQ A; 3QDK A; 1WSH A; 3MAQ A; 4YOW A; 5T7B A; 1Q86 O; 1QSS A; 2ZGZ A; 1C6V A; 1IV0 A; 4CZH A; 4JN4 A; 2O8D A; 3M8S A; 3UB5 A; 5AQU A; 3QET A; 5HP1 A; 3NVK A; 5AQL A; 1JLA A; 1NBW A; 1YXQ A; 3KLE A; 4H0T B; 1TKT A; 1XUP O; 1X3N A; 1D5A A; 2GV9 A; 4ZTJ A; 1O13 A; 3CCU N; 4DFP A; 1RGI A; 4CEB A; 3GBT A; 3CIP A; 2G8U A; 4CF9 A; 1N34 K; 3J80 O; 4N47 A; 5CZ1 A; 3F73 A; 2E88 A; 1J5O A; 2FBV A; 4BC3 A; 4KRF A; 4CZF A; 1S9E A; 4CZE A; 4DQS A; 5AZJ B; 4BG8 A; 3V1O A; 1VQN N; 4KB0 A; 3SLC A; 3OS2 A; 4A2B A; 2G8I A; 1ASU A; 1RT1 A; 3VOV A; 1YTA A; 1U2V B; 3WUH A; 5AQS A; 3CQX A; 3DLB A; 1TK5 A; 1KAY A; 4FLW A; 4FWR A; 4CJU A; 3V9W A; 3RRH A; 4YDU A; 3BP8 A; 1NMD A; 3L0Q A; 2QI2 A; 3VER A; 2HB5 A; 3TR8 A; 3HXM A; 1N32 K; 1NKE A; 1I94 K; 1DT9 A; 2QK9 A; 2YHX A; 3CFP A; 3LP2 A; 1WBB A; 3WEE B; 2FBX A; 3AO2 A; 4GMJ B; 4W5N A; 3ULE A; 3QER A; 1NOY A; 3C94 A; 1YVN A; 4JNE A; 4GV6 A; 3VGL A; 4PQU A; 2OTJ N; 3AO3 A; 3D2F A; 4FM0 A; 1GOC A; 1W97 L; 4CES A; 1I3A A; 3JSM A; 5KQD A; 1VSM A; 1VSF A; 2UXD K; 3BY5 A; 2D4W A; 5AQN A; 3QML A; 1RT6 A; 3SAH A; 3HSC A; 2XRI A; 5JLF A; 1TAU A; 5E41 A; 4BRF A; 1T6D A; 1BIS A; 3FZK A; 1UOC A; 3EL2 A; 2J4R A; 4NCA A; 1ASW A; 1SAZ A; 2DFE A; 3M3Z A; 2DFF A; 4FK4 A; 4B3R K; 3RTV A; 4BE0 A; 1J9A A; 3LDP A; 4H0X B; 2ZM6 K; 4KH4 A; 4JK9 A; 4JLH A; 3THW B; 1NG9 A; 3SV3 A; 1D9F A; 3V9X A; 3PX4 A; 1JCE A; 4A57 A; 3G0Z A; 1BIU A; 1IH7 A; 5HLF A; 2XY8 A; 3SQ0 A; 4M45 A; 1BQN A; 4CJ5 A; 1VRT A; 2EWS A; 2IVP A; 4CF0 A; 4HTU A; 1S1W A; 3THX A; 3E9L A; 3RR7 A; 5EVZ A; 3CQ8 A; 5E84 A; 2Q0U A; 4NXN K; 3IUC A; 4BRI A; 4CJT A; 5KPT A; 2RN2 A; 3JYT A; 4FLV A; 1RBT A; 4QS8 A; 1YUW A; 4RW7 A; 1RBS A; 4PL7 A; 3ZCM A; 4BC2 A; 1WSG A; 3CF5 L; 3VQ9 A; 3OS0 A; 1ESV A; 4FJ7 A; 5AQZ A; 1C1B A; 2X74 A; 4M3W A; 3U3G A; 3DWL A; 4CED A; 4M41 A; 2E20 A; 2F8S A; 3SZ2 A; 3ATV A; 2VGN A; 1EWQ A; 4FWO A; 3VPZ A; 1SUQ A; 4KHN A; 1JXB A; 2GX9 A; 3TAN A; 2A5X A; 3L3V A; 3GL1 A; 1HNV A; 5M1K A; 3QEP A; 3VMF B; 4CJL A; 4KFB A; 3E9P A; 3OHR A; 1GLJ O; 3OY9 A; 4RTF D; 3MEG A; 2VCP A; 4YDU C; 3AAQ A; 3HI0 A; 3ZSR A; 4CEC A; 3LDO A; 3CM5 A; 5C25 A; 1J54 A; 5CZ2 A; 4HVJ A; 3V4I A; 1CXQ A; 3L2U A; 1IJJ A; 2PYJ A; 2DY4 A; 4FJ5 A; 1HKC A; 2XO7 A; 2O8D B; 1KXP A; 3THV A; 2YKN A; 4H03 B; 5HOO A; 5I42 A; 3TI0 A; 3O3G A; 3KWI A; 4UY8 O; 4KH5 A; 2E6L A; 4KTQ A; 4H5V A; 1KLN A; 3ENB A; 3TAG A; 4HWI A; 3V9Z A; 1JLB A; 3LZI A; 5FRO A; 4OKJ A; 2BAN A; 2ZJR L; 1HNI A; 4C8K A; 1N6Q A; 2GEM A; 4YY3 K; 2E4L A; 3C65 A; 4IDH A; 1NGG A; 1S5J A; 4DTJ A; 4BWJ A; 1XMO K; 5I9E B; 5JIC A; 4TSX A; 3BF1 A; 1C0M A; 1TAQ A; 4HCB A; 4DR1 K; 3KHY A; 1VQP N; 2P9U A; 5JMV A; 4CJS A; 3MN9 A; 2KZZ A; 5C24 A; 1JJ2 M; 1ATR A; 3HBT A; 5DM7 L; 4I6M A; 4FW1 A; 1VQ9 N; 3M6G A; 3QFU A; 4B1Z A; 4BGA A; 2QWM A; 5M1N A; 2F8T A; 3VQ8 A; 1KSP A; 4LF6 K; 3IMX A; 4FWN A; 3ULE B; 1OH5 A; 4DTM A; 4DFK A; 1W9H A; 2NRZ A; 4ILH A; 2YHA A; 3VN5 A; 2KKZ A; 1KD1 O; 3ITH A; 4V19 S; 3PSF A; 1B92 A; 4CEO A; 5B8H A; 5FPE A; 2VQE K; 3MCP A; 4H5W A; 2GWK A; 3W0L A; 3IAY A; 2BE2 A; 5KI6 A; 3CJ9 A; 1SL0 A; 4F2R A; 3WQT A; 4N5S A; 3CPW M; 4OLB A; 4X65 K; 3MN6 A; 5KGW A; 1RBR A; 3ZEU A; 2NRR A; 3S41 A; 3CXC M; 4DV1 K; 4DTN A; 1YJ9 N; 2QWO A; 1HYZ A; 4RW8 A; 3TAF A; 2ATQ A; 4BG9 A; 4C8N A; 3FFK B; 4R5P A; 4FWL A; 3OJS A; 1X3M A; 1BI4 A; 2PBD A; 3THX B; 4ELV A; 2Q36 A; 3D45 A; 5F1X A; 5CHI A; 4AQY K; 1SKR A; 3ZSO A; 3QO9 A; 5EXW A; 2OA8 A; 4KTZ A; 3QBW A; 4BRP A; 4CJ3 A; 1BOT O; 3LAM A; 4WQ4 A; 2IAJ A; 3UE5 A; 2HND A; 1IKV A; 4YOT A; 4CER A; 1M1K O; 4E7L A; 4IBN A; 1U49 A; 4AF1 A; 1FXX A; 4C8O A; 1BA0 A; 2F96 A; 4WE1 A; 3TTD A; 3GE1 A; 3VEY A; 2PAV A; 4RG8 A; 1ZBH A; 1BQM A; 3ID8 A; 3VQ4 A; 5C2D A; 1NJI O; 1JLC A; 4IFE A; 4DV4 K; 2QTD A; 1TKD A; 3MDQ A; 2VGM A; 2YHB A; 4OKE A; 3AGK A; 3CHW A; 3AVB A; 3NF9 A; 1JL1 A; 1NK6 A; 1DGK N; 3B6O A; 1VHX A; 1GOB A; 1N5Y A; 5CYM A; 3LM9 A; 2XY7 A; 3RMA A; 3L2Q A; 5H1S Q; 4N41 A; 4MDA A; 4LF7 K; 1Q18 A; 1YTU A; 2Q0R A; 2YHY A; 3DRR A; 1Q7Y O; 1TKX A; 2HW3 A; 5EU7 A; 4KI4 A; 3J8A A; 2NUB A; 3QEV A; 4IO9 L; 3WQU A; 4CVN E; 4F8R A; 3FR0 A; 3A8Y A; 1BG3 A; 1CZA N; 3SI6 A; 3VF2 A; 1NGF A; 4Q5V A; 4JKF A; 4FVU A; 1U47 A; 4CZI A; 5AQF A; 4PWD A; 2KQ2 A; 4FZX C; 3DAW A; 4LSL A; 1HKG A; 4DTR A; 4H0O A; 3VQQ A; 5JS1 A; 5JVG L; 2A42 A; 1X9M A; 1KLM A; 3NGZ A; 1K6Y A; 3NF8 A; 4BR2 A; 3TAP A; 2A1S A; 3R8E A; 5F0X A; 3S9H A; 3DLL L; 2ZJQ L; 3CCM N; 2KFN A; 3S3M A; 2P9U B; 4HUF A; 3H08 A; 4JI4 K; 5GIO A; 1FJG K; 4MLE A; 1LAV A; 4FSV A; 1A5V A; 1TYQ A; 1E4G T; 5E26 A; 5CY4 A; 1C0U A; 4I6M B; 1E3M A; 3CPE A; 3A5O C; 3VA0 A; 3NH2 A; 2HBM A; 3EE8 A; 2W6K A; 3CYM A; 1Q8I A; 3I8B A; 3KZB A; 3F9M A; 2CH6 A; 4I2P A; 1LW2 A; 4ILG B; 4WQ4 C; 5AQX A; 4KHW A; 4MO4 A; 2RHK A; 3K2P A; 5A2Q O; 3PSI A; 5C2F A; 4LF9 K; 1VQ4 N; 4IZ9 A; 3M8P A; 5J2N A; 3AV9 A; 3CMA N; 4JI6 K; 4A5B A; 1ASV A; 4YFU A; 1TVR A; 1QQC A; 5C42 A; 1U6Z A; 3PO5 A; 2Z1H A; 4IOA L; 2UUC K; 4CGH A; 3OS1 A; 4YNQ A; 3ZEU B; 1IBL K; 2WOM A; 3BZK A; 5FDL A; 1FKP A; 2HHQ A; 2Q2R A; 4K41 A; 4DF8 A; 2QEX N; 5M1O A; 3LWL A; 4GV9 A; 4MQ3 A; 4CGG A; 2ASP A; 3LZJ A; 4DR5 K; 1BI4 B; 3EY1 A; 4ELT A; 1Z26 A; 4DG1 A; 3C6A A; 5BRF A; 5KTQ A; 3SUP A; 1LWE A; 4MDB A; 4FWQ A; 2HNZ A; 1EQY A; 2OZM A; 1MU2 A; 3OBW A; 4FLX A; 5C12 A; 4G9Z A; 1VSI A; 4M3T A; 5BR8 K; 1Z25 A; 1KVB A; 4WCE L; 2I5J A; 4C8L A; 3U9Z A; 1YJN N; 4KHU A; 4BR0 A; 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2I7P A; 3L2V A; 4WFB L; 3OYJ A; 4CGD A; 4DV5 K; 3TAE A; 2KLA A; 2HHH K; 1TYQ B; 1YJW N; 4CJP A; 3KK3 A; 3O9U A; 4CJW A; 4U67 L; 1VSL A; 1IBM K; 5M1P A; 5FRM A; 3SAF A; 4JK7 A; 3N4P A; 4CJF A; 1Y64 A; 3AVI A; 1LCU A; 1KQS M; 3M1F A; 4FJM A; 2FSN A; 3BF3 A; 2UU9 K; 4UQG A; 1KVC A; 1SV5 A; 3ISN C; 1R59 O; 4CBU A; 4Z94 A; 4J2B A; 4RW9 A; 2Q1N A; 3WNF A; 2FBY A; 4B8A B; 1R0A A; 1VQ6 N; 3D6R A; 3FLC O; 3FGU A; 3WNG A; 3M5R A; 1EX4 A; 1NGH A; 4KRE A; 4DR4 K; 1WB9 A; 3MK6 A; 4LD0 A; 5HL7 L; 1A5W A; 4FM2 A; 4B9S A; 4IFY A; 4DSF A; 1YHQ N; 1YAG A; 2GBZ A; 2VWB A; 3L3U A; 3NGY A; 3HT3 A; 3AA2 A; 3ZX2 A; 1NK5 A; 1NGB A; 3C6U A; 3CER A; 3PX6 A; 5AFU H; 3B8A X; 5JLH A; 2JWK A; 1DTQ A; 1JLF A; 4OLA A; 3SV4 A; 3ZSV A; 1NGE A; 4FJI A; 3QEX A; 3VQP A; 3A5L C; 1T05 A; 3ZSY A; 1KFS A; 4RW4 A; 3B6P A; 1RT5 A; 2BGG A; 3EO3 A; 3Q7C A; 4CW7 B; 4DS5 A; 3VQ6 A; 4H5T A; 5BPL A; 4LF4 K; 2NLX A; 3I8D A; 4B3S K; 3JXU A; 4FWP A; 2QKK A; 4FVM A; 3QNO A; 4BRD A; 1U04 A; 3DM2 A; 1ZYQ A; 2G8W A; 4E7I A; 3PO4 A; 2I7N A; 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