The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
30
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sequence length |
116
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structure length |
116
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Chain Sequence |
KRQVASGRAYIHASYNNTIVTITDPDGNPITWSSGGVIGYKGSRKGTPYAAQLAALDAAKKAMAYGMQSVDVIVRGTGAGREQAIRALQASGLQVKSIVDDTPVPHNGCRPKKKFR
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule keywords |
16S rRNA
|
| publication title |
The central role of protein S12 in organizing the structure of the decoding site of the ribosome.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Ribosome/antibiotic
|
| total genus |
30
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| structure length |
116
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| sequence length |
116
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2013-03-05 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| K | PF00411 | Ribosomal_S11 | Ribosomal protein S11 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Ribosomal protein S11 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4DV4 K; 4V19 S; 5A2Q O; 5LMN K; 4DR2 K; 4JI6 K; 4B3R K; 4JI4 K; 4X64 K; 4DV5 K; 1N34 K; 5BR8 K; 5IWA K; 4X65 K; 3T1H K; 2UUB K; 4DR5 K; 4LF6 K; 4OX9 K; 1XNR K; 4DV3 K; 4AQY K; 2ZM6 K; 4DV1 K; 4DV0 K; 4LF9 K; 4DR4 K; 4B3S K; 4LFC K; 1J5E K; 4NXM K; 4CW7 B; 2UXC K; 5FLX O; 4B3M K; 5LL6 Z; 4CVN E; 4DR6 K; 5IT9 O; 4DV2 K; 4DR7 K; 4DV7 K; 3T1Y K; 4JI2 K; 4JI5 K; 4JI7 K; 5LMU K; 3J80 O; 2UXB K; 5AJ3 K; 2UU9 K; 1HR0 K; 2HHH K; 4GKJ K; 4JI3 K; 3JAM O; 1IBK K; 4X66 K; 3J7Y P; 3J7A P; 1XMO K; 4GKK K; 1FJG K; 2UUA K; 4LFB K; 1N36 K; 2E5L K; 3OTO K; 4JV5 K; 4B3T K; 1IBL K; 1XMQ K; 1IBM K; 4YY3 K; 4JI0 K; 4DUY K; 2UXD K; 4JI8 K; 2UUC K; 4DV6 K; 4K0K K; 4KHP K; 2VQE K; 2VQF K; 4LF5 K; 4X62 K; 1N32 K; 4YHH K; 1N33 K; 1HNX K; 4DUZ K; 4LF7 K; 1HNW K; 2F4V K; 4DR1 K; 4JYA K; 4NXN K; 4LF4 K; 1XNQ K; 1HNZ K; 4JI1 K; 4DR3 K; 1I94 K; 3J81 O; 4LFA K; 4LF8 K; #chains in the Genus database with same CATH topology 3VGM A; 4WF9 L; 2VWJ A; 2OA8 A; 1IKV A; 1X3M A; 1W0H A; 1IG9 A; 5AQN A; 4JS4 A; 4FL9 A; 3RVC A; 4FVU A; 4JAX A; 3NF6 A; 3DLH A; 1E4F T; 1EWR A; 5BRF A; 2E20 A; 3HST B; 4BAC A; 3ZYY X; 3L4Q A; 3VEN A; 3QEI A; 3F2K A; 4E3S A; 1C1B A; 4YOW A; 4Y0W A; 3U4L A; 4OO1 J; 1VAZ A; 3LAL A; 5DMR A; 2NRZ A; 4A2B A; 1VQM N; 5AQG A; 4B9M A; 3DRS A; 1VQL N; 4JNE A; 4DKW A; 1NG9 A; 1NK8 A; 4CZF A; 4E7I A; 4H0T B; 2Q36 A; 5JMV A; 1VQP N; 1YJW N; 4PY5 A; 1HNV A; 3WNE A; 3NDK A; 1SUQ A; 4BRE A; 4DV2 K; 2P5O A; 3SMS A; 1YT3 A; 4KH5 A; 2GTD A; 2FXU A; 3MEG A; 5CE3 A; 4EHT A; 4E7J A; 1VQ7 N; 3OYI A; 5AFU A; 4GKJ K; 1HYZ A; 4DTM A; 4KO0 A; 3CER A; 4BR7 A; 2HBK A; 3B6P A; 3FZK A; 4MLH A; 1D8Y A; 3HBT A; 2E6M A; 5HRN A; 1RIL A; 4DFM A; 1NK9 A; 2FSJ A; 3VTI A; 3KJV A; 4O0J A; 1IBM K; 2D0A A; 3WXK A; 2W40 A; 3KKS A; 4B1U B; 4DU4 A; 3D2E B; 5AQI A; 3LPT A; 4DSF A; 3DWL A; 4FWQ A; 4FWN A; 4DF8 A; 4JEP A; 1N33 K; 1HNX K; 4H0Y B; 2VYP A; 4JHD B; 3I8B A; 2I7N A; 1M90 O; 5BRD A; 5AR0 A; 1VSI A; 3WXI A; 4A61 A; 3CFO A; 4B1Y B; 2DTU A; 1BG3 A; 1HYV A; 1JL2 A; 5F1X A; 3EZ5 A; 3SPY A; 1YTA A; 4FPB A; 4AH9 A; 5I3U A; 4JN4 A; 1IG8 A; 1VRU A; 3IFR A; 3L2R A; 1JXB A; 2YNF A; 2A1S A; 4UY8 O; 5DM6 L; 3KLG A; 1JL1 A; 5AQX A; 3KK3 A; 4FW2 A; 4CZI A; 3AVC A; 1Z05 A; 3EKU A; 2UUB K; 2YHA A; 1NMD A; 3HZ6 A; 4WFB L; 3NGY A; 3EYZ A; 3K5M A; 4DV1 K; 2V7Z A; 3IG1 A; 4ZTF A; 3MXI A; 2NZT A; 3TSQ A; 1Q18 A; 3EE8 A; 2JWL A; 3RRG A; 3KK7 A; 2A40 A; 2VG7 A; 2ZWH A; 4WE1 A; 5AQU A; 2BH1 A; 2E2N A; 2VWK A; 2FBY A; 5CYQ A; 4FLT A; 1UA0 A; 4YOT A; 2KKZ A; 4O8K A; 1GOA A; 4B1X B; 4JKB A; 1C0F A; 4WYB A; 5IT9 O; 4O5B A; 3ZET A; 2GEL A; 2R7Y A; 2KFN A; 4CF9 A; 4M3Y A; 3VET A; 3TAP A; 3CF5 L; 1HMV A; 1VQ5 N; 3SJH A; 3MXM A; 4JI3 K; 4DU3 A; 3I55 N; 3O9R A; 4KHQ A; 4DG1 A; 4BRP A; 4FWK A; 4KB0 A; 1X1P A; 3JS6 A; 1XMQ K; 4BE2 A; 5JLF A; 1MA9 B; 4BRI A; 1DEJ A; 1NGC A; 3GE1 A; 1NK5 A; 1QTM A; 3U3Y A; 4BRN A; 3L8B A; 3RMA A; 3FZH A; 3AAR A; 3VTH A; 3U9D A; 4E0D A; 4H5W A; 1DGK N; 1TUY A; 3QIN A; 2KFZ A; 2HHV A; 1KVA A; 5JVG L; 2F4V K; 4E89 A; 2D1K A; 4CD3 A; 3H3O B; 2HMP A; 4NLC A; 3VF2 A; 1XNQ K; 3NF9 A; 5JS1 A; 3QBW A; 1RTI A; 1WB9 A; 4LF8 K; 3U8X A; 4OPH A; 1VSJ A; 2P1J A; 5E84 A; 5ADX H; 2OPR A; 5FDL A; 4IDH A; 2WTU A; 2HBM A; 1VQ9 N; 4JD2 A; 1RTD A; 2GUP A; 1TL1 A; 4IBN A; 5BR8 K; 3OYK A; 1FW6 A; 4BRM A; 5F0X A; 2P9P A; 4OVL A; 3QNO A; 3UKR A; 4L8R B; 4FWO A; 2ZF5 O; 3MCA B; 4CJW A; 2D0P A; 4DR4 K; 3CJB A; 3HPO A; 4QS9 A; 1FKP A; 4DQQ A; 3QEV A; 1VQ4 N; 1NJY A; 1RT2 A; 1RNH A; 1X9J A; 3L2W A; 3UKU A; 2E6L A; 5LL6 Z; 4CVN E; 4LSL A; 4XH5 A; 3KLI A; 1K73 O; 2O8C A; 4IOX A; 3VEZ A; 3HRG A; 5GAH P; 4IO9 L; 4JKG B; 5GAG P; 3S41 A; 1ZBH A; 3CM5 A; 1BCM A; 2W41 A; 4FWP A; 4DCH A; 1BQM A; 2A42 A; 4ISF A; 3TAB A; 1QQN A; 4H0O A; 4M3U A; 3CMA N; 4DTU A; 4KH6 A; 4HCB A; 3E1Y A; 4F3O A; 4BRQ A; 4BRF A; 2NRT A; 4UQG A; 1S72 N; 1KQS M; 5KRS A; 4Z4C A; 3VOV A; 4DV6 K; 1JLE A; 2HHS A; 2QTD A; 4HUG A; 4WQ4 A; 4KAZ A; 1IJJ A; 3AVM A; 4DFJ A; 2XY6 A; 1YIJ N; 4K43 A; 5BPL A; 4OPK A; 2AJQ A; 2AP1 A; 1NJW A; 3M8R A; 2FC0 A; 3V81 A; 3BUZ B; 3H6E A; 1B9F A; 1W2B M; 3NGZ A; 3K9J A; 4CJS A; 1VQN N; 3U9Z A; 1C0U A; 1JXE A; 1VSL A; 3CXC M; 1L3V A; 5K14 A; 5CR4 A; 1CXQ A; 4AM7 A; 4LF4 K; 3HPH A; 2QWN A; 4B9S A; 3O4Q A; 2O8E B; 4AHT A; 1VSK A; 3ID8 A; 4JKD A; 3AA3 A; 5C42 A; 3FR0 A; 4Z4G A; 3DOL A; 3KK1 A; 3S3M A; 2O8F A; 3T1H K; 5KPZ A; 3MX5 A; 2CGK A; 4F3T A; 4CJR A; 3K5L A; 4CHZ A; 1BGX T; 1F21 A; 4E1J A; 3LP2 A; 1LAV A; 4MO4 A; 3G6E N; 3DXK A; 1ESV A; 2NRR A; 3A5M C; 4JKH A; 4CK1 A; 2O8B B; 1I39 A; 2CGJ A; 4ILJ A; 1GLD G; 3PO4 A; 1R59 O; 3IMX A; 3L0Q A; 4Z94 A; 3SI6 A; 5FLX O; 4B3M K; 4M3R A; 3THW B; 3TAF A; 3TSU A; 4RG8 A; 3GDQ A; 1TK5 A; 3VF6 A; 2BAN A; 2EWS A; 3AAQ A; 2RE2 A; 1HNI A; 4A57 A; 1SAZ A; 2A5X A; 3VF4 A; 3V1R A; 2QA4 N; 3QIO A; 3O3G A; 1OH5 A; 3T7Z A; 3LM9 A; 4JRQ A; 2F9T A; 4HHT A; 3TWH A; 1HR0 K; 1SQK A; 1NK4 A; 1LWC A; 3MEE A; 3SQ0 A; 2GX9 A; 4FM1 A; 1WSF A; 4KB1 A; 2YKM A; 3CCV N; 4GY2 B; 1KAY A; 3R6M A; 1U2V B; 1S1W A; 4K42 A; 4C8O A; 3AA5 X; 2VQE K; 3VQ7 A; 3CCR N; 2ZGZ A; 4WFA L; 1U47 A; 1S3X A; 3AVH A; 2VQF K; 3VEV A; 3OYD A; 3SMP A; 3DLL L; 3OS2 A; 3LPU A; 2XY5 A; 4DTN A; 4RW4 A; 2Q2R A; 1HKB A; 3P4I A; 1NGB A; 1ZBF A; 3DLG A; 3WEE A; 3VQB A; 1LOT B; 2Z1G A; 5E26 A; 3SK3 A; 3DAW A; 4B8A B; 4CHY A; 3K0S A; 3EEQ A; 2ZJQ L; 4C23 A; 2YHX A; 3I33 A; 2UYT A; 4CJK A; 2XY8 A; 3ITH A; 2QW9 A; 4C8M A; 3ZLJ A; 4IFY A; 5SZT A; 4DV4 K; 4FJJ A; 2P9L A; 1OVQ A; 1ZBU A; 4ZTJ A; 4JI4 K; 4HUE A; 3VA3 A; 3DOK A; 3AGR A; 5SWM A; 5AZJ A; 4M3Z A; 3CQ8 A; 4IOA L; 2A1R A; 2LSN A; 3F9K A; 3TTD A; 3PSI A; 3ENH A; 4IKF A; 5M1F A; 3QFP A; 2Y1I A; 2Q0R A; 2PYJ A; 4PUO A; 3T3F A; 3OBW A; 4CGI A; 3PIP L; 2YHY A; 1HPM A; 1JLC A; 3ULE B; 3M3Z A; 3K58 A; 3VA0 A; 3WQT A; 4ELT A; 4W5N A; 1N8R O; 4CJE A; 1RDW X; 2Q1N A; 4K41 A; 5H1S Q; 1RTJ A; 3QNN A; 4CJQ A; 3TAR A; 3CFP A; 3F73 A; 3VEX A; 3VQ6 A; 4DHY A; 4M45 A; 4CJV A; 4KHU A; 1QZ6 A; 1BWF O; 4QCL A; 2P9S A; 1T6D A; 3RR7 A; 1KAX A; 5M1Q A; 4GKK K; 1FJG K; 1K6Y A; 3NF8 A; 1ASW A; 4QOZ B; 1RT6 A; 4B3T K; 1IBL K; 3NHG A; 1BL3 A; 2PYL A; 1R0A A; 3D2F B; 3C7N A; 3CET A; 4CFC A; 3DLE A; 3LWL A; 4J2D A; 3T69 A; 5F2R A; 4Z4H A; 1GLE G; 2F8S A; 3QET A; 2B6A A; 3VQD A; 5CY4 A; 2DFE A; 2CH6 A; 4N56 A; 4FLV A; 1N5Y A; 3MX2 A; 1RBS A; 4BRL A; 4L3Q A; 4HCC A; 3V9X A; 3LL3 A; 4BDY A; 2IVO A; 4O44 A; 1S1X A; 3HJF A; 1TGO A; 3ULD A; 4CD1 A; 3ZSY A; 3DI6 A; 1HUX A; 1OH6 A; 1WSJ A; 3CJ1 A; 2P9N B; 1NU0 A; 1NMN A; 3KKR A; 4MDA A; 4BC5 A; 4ISE A; 3FLC O; 2EX3 A; 5AQK A; 5IWA K; 3CYM A; 5AQM A; 1YAG A; 3NH2 A; 3OYN A; 4OKK A; 1ATN A; 1XNR K; 3HL8 A; 1YJ9 N; 3VEY A; 4BRD A; 3QO9 A; 1NKE A; 1K9M O; 2ZJR L; 4FSV A; 5HLF A; 1TL3 A; 2OPS A; 1J5E K; 3NE6 A; 4NXM K; 3GL1 A; 2HHT A; 3R9P A; 4LD0 A; 5AQH A; 1T8E A; 4O55 A; 4OKJ A; 2OCE A; 1MWM A; 2JGU A; 2PY5 A; 2QWQ A; 1WSI A; 1SKS A; 4OLA A; 1TKT A; 4RCH A; 4CEE A; 1JCE A; 2W6L A; 2YX6 A; 2D0B A; 1NK7 A; 3HYF A; 3WUH A; 2P9K A; 3TAQ A; 5J1E A; 1CLQ A; 3PIO L; 4I9Q A; 4FCY A; 3AA2 A; 1WOQ A; 3EN9 A; 3TTF A; 2DFF A; 1TKZ A; 5LMU K; 3EL2 A; 2RPI A; 4HVJ A; 2KLA A; 4B9L A; 3VMF B; 4JKC A; 1YIT N; 3TSP A; 3TTC A; 1XMO K; 2QWO A; 1S6Q A; 1EQY A; 3AVJ A; 5BPM A; 2E2O A; 4JV5 K; 4AHS A; 3L2V A; 4BWJ A; 2UXD K; 4HUF A; 1S22 A; 2ZJP L; 4K0K K; 3HVR A; 1LWF A; 4RW9 A; 3A5O C; 2P9U B; 3TR8 A; 2YKN A; 3H46 O; 3SZ2 A; 3C94 A; 3C95 A; 4CEF A; 3O3F A; 4X62 K; 1VQO N; 4DTR A; 2KQ2 A; 1QQC A; 1TK8 A; 4DSK A; 3O08 A; 3OYH A; 4EFH A; 2WBN A; 1NGF A; 3A2F A; 1D4X A; 3THX A; 3SAG A; 5EVZ A; 2HBJ A; 4CFA A; 3ZX3 A; 2GBZ A; 3HPG A; 1HLU A; 1VRT A; 5D3G A; 1TYQ A; 2YV0 X; 1UA1 A; 1SZ2 A; 1QE1 A; 2O8D B; 1Q8I A; 4K8X A; 3UE5 A; 3A5N C; 4CBW A; 3ZT1 A; 4PQU A; 5LJW A; 4DS4 A; 3S3N A; 2YI1 A; 3WXM B; 3SQ2 A; 4FJH A; 4X64 K; 4H4M A; 4DQ8 A; 1TUU A; 3MDQ A; 3M8S A; 1YTU A; 3T1A A; 4QAG A; 4FJI A; 3QBX A; 3NH1 A; 4LF6 K; 2Q31 A; 3D45 A; 3I56 N; 3VQ4 A; 3UB5 A; 4CFD A; 3NGI A; 5MLC Q; 4YFU A; 3CJA A; 2GV9 A; 3IDH A; 1LWE A; 1BA0 A; 3AY9 A; 3TAE A; 4JKE A; 3LZJ A; 4BDZ A; 4HWI A; 2G8H A; 3O9T A; 4FO0 A; 4BR5 A; 3MED A; 5KQD A; 3P5J A; 2IS3 A; 3KHY A; 1P90 A; 4CF2 A; 4FXD A; 3LAN A; 2Y1J A; 1WLJ A; 2NRV A; 4CZE A; 4CHQ A; 2OTJ N; 2P9I A; 4FJ5 A; 2HHQ A; 4DV7 K; 2FF6 A; 1LCU A; 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4KKO A; 3D2E A; 3RR8 A; 2JLE A; 1RFQ A; 4PKG A; 2HHH K; 1VSE A; 1Q7Y O; 4BG8 A; 4X66 K; 3J7A P; 5CHI A; 4JHD A; 1YHQ N; 2I5J A; 2AA4 A; 4OJR A; 3S9H A; 1L3T A; 4N41 A; 5ADX A; 2WOM A; 3HXM A; 1GOC A; 2V51 B; 3WNH A; 3SAF A; 2HHX A; 5JIC A; 4OLB A; 3OA9 A; 3IKM A; 1RDD A; 4W5T A; 3SUN A; 5BPN A; 3OYA A; 3DJC A; 1GLJ O; 4AF1 A; 3ZX2 A; 2J4R A; 4B1Z A; 3VEO A; 1RDC A; 5GAE P; 3T19 A; 3CCM N; 5HRO A; 1LAW A; 4IFV A; 3NVK A; 4AHV A; 3EY1 A; 2B4J A; 4NXN K; 4KHY A; 1QS4 A; 1X3N A; 3P38 A; 4JLH A; 3GG4 A; 1HYS A; 3M1F A; 4FK2 A; 1OH7 A; 1NLV A; 4CJ3 A; 2QKB A; 1P8Z A; 4KRF A; 2HVH A; 2IC3 A; 3FZM A; 3D0P A; 1QZ5 A; 4LY7 A; 1FXX A; 3HO1 A; 3NBP A; 4Y1C A; 4EZ6 A; 2F7T A; 2E8A A; 3CPE A; 4OX9 K; 2YNH A; 3ASM A; 5AZJ B; 4CJT A; 3DM2 A; 3EE9 A; 2D4W A; 3AO4 A; 2HW3 A; 1RBT A; 1HX1 A; 3P31 A; 1NWK A; 4CGJ A; 3NMU A; 2ETJ A; 3R3L A; 1G99 A; 3RWU A; 2E2Q A; 4IG0 A; 4MLE A; 4Q0B A; 1K8K B; 4FVM A; 2BUP A; 3R8E A; 3DLK A; 1BO5 O; 2FF3 B; 2E4L A; 3MCP A; 4O4G A; 4CZL A; 5KGX A; 4FJX A; 1BU6 O; 1RBV A; 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