The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
30
|
sequence length |
116
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structure length |
116
|
Chain Sequence |
KRQVASGRAYIHASYNNTIVTITDPDGNPITWSSGGVIGYKGSRKGTPYAAQLAALDAAKKAMAYGMQSVDVIVRGTGAGREQAIRALQASGLQVKSIVDDTPVPHNGCRPKKKFR
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
The central role of protein S12 in organizing the structure of the decoding site of the ribosome.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Ribosome/antibiotic
|
| molecule keywords |
16S rRNA
|
| total genus |
30
|
| structure length |
116
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| sequence length |
116
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2013-03-05 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| K | PF00411 | Ribosomal_S11 | Ribosomal protein S11 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Ribosomal protein S11 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4B3R K; 2VQE K; 4DV1 K; 1IBM K; 4X66 K; 4JI6 K; 4JI3 K; 4LF8 K; 2F4V K; 4JI7 K; 4DUZ K; 4V19 S; 4K0K K; 1N36 K; 4DV5 K; 4LFA K; 4LF6 K; 4YHH K; 5AJ3 K; 1N32 K; 4B3T K; 4DR1 K; 4X65 K; 1HNZ K; 1XMQ K; 5IWA K; 4GKJ K; 3OTO K; 3T1H K; 4DV4 K; 4X64 K; 5BR8 K; 1XNQ K; 2UXD K; 4LFC K; 4DR2 K; 5LL6 Z; 4JI5 K; 4LF9 K; 5IT9 O; 2VQF K; 2UXB K; 1J5E K; 4DV3 K; 2UXC K; 4B3S K; 4YY3 K; 3J80 O; 1FJG K; 4AQY K; 5LMN K; 2E5L K; 4LF5 K; 4NXN K; 4JV5 K; 1I94 K; 4X62 K; 4LF4 K; 4DR4 K; 2UUA K; 4DR6 K; 4JI2 K; 4JI0 K; 4JYA K; 2UUB K; 1IBK K; 4JI4 K; 4DV6 K; 4GKK K; 1IBL K; 1HNW K; 4B3M K; 4CVN E; 4OX9 K; 4DR7 K; 4DV2 K; 4LFB K; 1XMO K; 2UU9 K; 1N34 K; 5FLX O; 4JI1 K; 4JI8 K; 5A2Q O; 2UUC K; 4NXM K; 4LF7 K; 2ZM6 K; 4DUY K; 1XNR K; 1HNX K; 2HHH K; 3J7Y P; 1HR0 K; 3J81 O; 4DR5 K; 3T1Y K; 5LMU K; 3J7A P; 4DR3 K; 4KHP K; 4CW7 B; 4DV0 K; 3JAM O; 1N33 K; 4DV7 K; #chains in the Genus database with same CATH topology 4E7K A; 1T3V A; 4LF8 K; 3LM9 A; 3TAP A; 1R0A A; 4KI6 A; 3DLK A; 4CEZ A; 3ZSR A; 4E3S A; 3P39 A; 4YNQ A; 2QI2 A; 4Z4H A; 4BDZ A; 2VWB A; 1X9M A; 3DM2 A; 4FJL A; 4NLC A; 1VK0 A; 1BWF O; 4IZ9 A; 4O5F A; 3L3V A; 3E1Y A; 4DKW A; 5SZT A; 3S3M A; 1RDW X; 1JXB A; 2EX3 A; 1LV5 A; 4KBO A; 4FJM A; 4AHU A; 1KVC A; 3ZSZ A; 4N41 A; 3NGY A; 3V1O A; 3CCL N; 4C23 A; 4EHU A; 4E0D A; 4KHS A; 3V9Z A; 4O0J A; 2A6A A; 3KHY A; 4DG1 A; 4J2A A; 1D4X A; 1S1X A; 3DLB A; 1YIT N; 4H03 B; 1ZBF A; 3AO3 A; 4B3S K; 3B6O A; 2H3G X; 3TR8 A; 4FWM A; 2PZS A; 5DK5 A; 4FLZ A; 3T7Z A; 1TK8 A; 3WEE B; 4RW9 A; 4B1V A; 3TAB A; 3U9Z A; 3NDK A; 1T44 A; 3DMJ A; 5ADX A; 4NYF A; 3ZT2 A; 2BTF A; 4EZ6 A; 4CFD A; 3I0R A; 4KHW A; 3NF9 A; 4B3O A; 1Z05 A; 3ZET A; 1D5A A; 1RT4 A; 3VF4 A; 4KPY A; 2GX9 A; 2ZJR L; 4ELV A; 5C2D A; 2A40 A; 3CET A; 4OPK A; 1MU2 A; 3HYF A; 2B4J A; 2DPN A; 3CJA A; 3WUH A; 3CCR N; 1NJX A; 1KFS A; 4FLW A; 2E8A A; 4IDK A; 4IDH A; 4EZ9 A; 4KRF A; 3DLR A; 4M3W A; 4DCH A; 1BGX T; 2P9P B; 4IOA L; 4IBN A; 4BRH A; 3DI6 A; 3A5O C; 3QIN A; 3CM6 A; 1GLF O; 3GOI A; 4CW7 B; 1BU6 O; 3FGU A; 4DFK A; 3CPE A; 2VWJ A; 3DLL L; 1JLF A; 3AVF A; 5BRE A; 3LP1 A; 5I42 A; 2D1K A; 1H1V A; 4B1Z A; 3O8M A; 3ALY A; 1NOY A; 2HBL A; 1OH8 A; 4O4G A; 3MN5 A; 3VOV A; 4RTF D; 4M45 A; 4B1Y B; 2O8B B; 3CC7 N; 1VSI A; 4CZM A; 3O1W A; 1BO5 O; 4JHD B; 2GBZ A; 1P90 A; 3VQ5 A; 2X78 A; 1S1U A; 1UAX A; 1TKX A; 3OTO K; 4KH5 A; 1C1C A; 4KFB A; 2AJQ A; 1YAG A; 3CM5 A; 1S72 N; 1NG9 A; 2GEM A; 5HRR A; 3BP8 A; 2YCH A; 3IDH A; 4HCC A; 3NH1 A; 1YIJ N; 4FOI A; 2B6A A; 1P8Z A; 3AA3 A; 3OW2 M; 1Q7Y O; 3M8S A; 5FRM A; 4DQ8 A; 4YY3 K; 1RTJ A; 2QTD A; 2HF4 A; 3KD5 E; 1DEJ A; 4CHO A; 1EWR A; 3AO4 A; 1VSD A; 3K57 A; 4KO0 A; 1Q81 O; 2YHY A; 3C7N A; 3ZSW A; 3QEI A; 3OYL A; 4KAZ A; 4DR4 K; 3CJC A; 1W9H A; 3ID6 A; 4BR0 A; 1JXE A; 3CD6 N; 3VEX A; 4NCA A; 3O1B A; 4A5A A; 4WQ5 A; 4XEI A; 1NGE A; 2J4R A; 2IS3 A; 3ITH A; 3OBY A; 3CQY A; 4CHN A; 4B3M K; 1KSP A; 1FK9 A; 4CJF A; 3VN5 A; 3A5N C; 3AVL A; 3AVM A; 1Q9Y A; 3CJ9 A; 4HUE A; 4H0X B; 4DQP A; 4XH5 A; 4B9M A; 2HNZ A; 2UUC K; 3I0S A; 4LF7 K; 3C94 A; 3RSE A; 1DT9 A; 3PLA A; 1K8K A; 3BY5 A; 3R6M A; 4JRQ A; 3J7Z O; 1KRP A; 3P1G A; 3ID8 A; 1SUQ A; 3MX2 A; 4IFE A; 4FM1 A; 4OVL A; 5AQX A; 1BI4 B; 3L2R A; 3D2F B; 3WNE A; 4DSK A; 4FVM A; 1G99 A; 3GG4 A; 3CCE N; 2P5G A; 1NOZ A; 3KK2 A; 3U9D A; 1IBM K; 2F4V K; 2O8F B; 1EX4 A; 2W42 A; 2HMI A; 2GV9 A; 3A5L C; 2VG5 A; 3N4Q A; 1WSF A; 4NLB A; 3TWH A; 3MEG A; 1S9E A; 1QSY A; 3RMA A; 4N47 A; 4O55 A; 1NGB A; 4HVJ A; 5KTQ A; 2V7Y A; 3KLE A; 4YOT A; 1RDC A; 2BAN A; 4DSI A; 1SL1 A; 4OLB A; 3MCP A; 1KQS M; 4IEE A; 3AO2 A; 2IVP A; 2FBV A; 4H4M A; 2KFN A; 3DLG A; 3LAM A; 5CY4 A; 2PBD A; 3SJJ A; 1IKV A; 5GIN A; 2QKB A; 1YHQ N; 2HMP A; 4L8R B; 4DSE A; 3KZB A; 4YOU A; 4LH4 A; 4YOR A; 2E2P A; 4BRF A; 3OS1 A; 2XO7 A; 3KWG A; 5C10 A; 4M3Y A; 4CER A; 4HWI A; 2OPP A; 3CMA N; 3THY B; 2Q3S A; 2Z1H A; 1SZ2 A; 2QA4 N; 4QCL A; 1QVG M; 4DTR A; 2HHW A; 3CHW A; 4BRL A; 1SS6 A; 2YNI A; 4AIL C; 4CJS A; 2IAJ A; 2NRR A; 3VGK A; 1VHX A; 3R1X A; 4HTU A; 2O8D A; 4KV8 A; 3SJH A; 1C0U A; 4JHD A; 2FC0 A; 5E26 A; 4UQG A; 3O9Q A; 4FWR A; 2LSN A; 2O8B A; 3O9S A; 2I7N A; 3NH0 A; 1MWM A; 3L4Q A; 5AQO A; 3MMV A; 3V1Q A; 1WOQ A; 2W6K A; 3AVB A; 5JS2 A; 3U6F A; 5EU7 A; 4BRO A; 2KLA A; 3VMF B; 4CK1 A; 4EIA A; 5J2M A; 4A57 A; 4PHT X; 2G8U A; 3CI5 A; 4FJX A; 1NK0 A; 4H4O A; 1KD1 O; 3NF6 A; 1YJ9 N; 4DV1 K; 5GIO A; 1GLC G; 5AQT A; 4CZK A; 4JI3 K; 1O1W A; 4LSL A; 4BR4 A; 1BUP A; 3Q7B A; 4L3Q A; 3CFP A; 3PY8 A; 3UKR B; 4AHV A; 3K0S A; 3OY9 A; 3ENH A; 2RKI A; 2A41 A; 1NGA A; 4M3T A; 5AQU A; 1OVY A; 1U2V A; 4CK2 A; 3AA4 A; 4LY7 A; 4YOX A; 3H1Q A; 5HRP A; 4GKJ K; 3C6U A; 4I2P A; 1S22 A; 1JLC A; 3DRS A; 2IC3 A; 3TU5 A; 2YI1 A; 2YNF A; 3AVJ A; 1NGI A; 4J2E A; 1ATN A; 3DLE A; 3ULE A; 4C1N I; 3VGL A; 4DF8 A; 1J6Z A; 1FKO A; 4QAG A; 2F7T A; 4RW4 A; 4U7B A; 3MEC A; 1W0H A; 4BG8 A; 3QEW A; 1RDU A; 1KVA A; 4M3U A; 3LAL A; 2E5L K; 5AQQ A; 3HI0 A; 1NKB A; 2O8F A; 2HNY A; 4LF4 K; 1T05 A; 5AZJ A; 1IKW A; 1BOT O; 1HJR A; 1WBB A; 4FL9 A; 2DTU A; 2E6M A; 2Z1G A; 3WNG A; 5JLH A; 1OH5 A; 4E19 A; 2PYL A; 3KK3 A; 3UIQ A; 1KC8 O; 2BGG A; 4CJW A; 3AVA A; 1KAZ A; 3ZSY A; 3O4W A; 4YOV A; 4IO8 A; 4DR7 K; 2P9I A; 3OS0 A; 4ELU A; 1NWK A; 4WFN L; 4F9O A; 2D4W A; 4BRG A; 3TTF A; 5AQM A; 4CBU A; 4K41 A; 4JRP A; 3L0Q A; 4BY9 C; 5F1X A; 3T19 A; 4DSL A; 1HNX K; 1L3V A; 3VQ4 A; 3HTV A; 4CGG A; 3LM2 A; 1QE1 A; 3SYZ A; 4DR5 K; 3QBX A; 2G8V A; 5AQG A; 4BRP A; 3UB5 A; 3C7N B; 4J2B A; 4FLY A; 1NNE A; 5AQN A; 1D8Y A; 4CGD A; 1S3X A; 3L2V A; 4JLH A; 3OVN A; 3VQD A; 5AQR A; 4IJA A; 5AQJ A; 2QWQ A; 3DYA A; 1J5O A; 4UY8 O; 4FM0 A; 1BI4 A; 4G1Q A; 5HL7 L; 4FWN A; 4C8L A; 1HNV A; 3G4S N; 1S5J A; 5HRS A; 4CI6 A; 3QIC A; 1XUP O; 3WT0 A; 5GAD P; 3E66 A; 4BRE A; 4C8O A; 4CZI A; 4H0Y B; 1Z26 A; 3HBT A; 4JI5 K; 4LF9 K; 3VEW A; 1VQ9 N; 2XY8 A; 3U3G A; 3NF8 A; 2OA8 A; 4CJL A; 1BA1 A; 1RDB A; 4LH5 A; 3EE9 A; 4PKH A; 1YVU A; 5LY3 A; 5CR4 A; 1NLV A; 3FR0 A; 3M8P A; 3LDQ A; 3SLC A; 4DTP A; 4W5R A; 1KAX A; 3EE8 A; 5AR0 A; 4CEF A; 4LF5 K; 2VCP A; 3DLH A; 3SQ0 A; 4PY5 A; 3UKR A; 2FXU A; 2KTQ A; 4B9Q A; 4XH1 A; 3NFA A; 3OYI A; 3V4I A; 2UUB K; 2W6L A; 5C42 A; 2G8W A; 4WQ4 C; 5LJV A; 2RHK A; 1TVR A; 2D0B A; 3OYF A; 3IFR A; 3BUZ B; 1C6V A; 3HVR A; 3B8A X; 1A5W A; 1JLA A; 1HPM A; 4QS8 A; 3ZYY X; 1Y64 A; 4DQI A; 1GLD G; 3VF6 A; 1TKD A; 4H5N A; 4CJ4 A; 3MN9 A; 3VPZ A; 4CEQ A; 4JI1 K; 1C0G A; 1HX1 A; 3LAN A; 1QHA A; 4CEA A; 4BGB A; 3I55 N; 1V4S A; 1T03 A; 1CLQ A; 4JD2 B; 3KWI A; 3O6W A; 4CJR A; 2WTU A; 3VET A; 2O8E B; 3OS2 A; 3J7A P; 1DTQ A; 3LDS A; 4YFU A; 3TTD A; 3CCS N; 1CZA N; 1HKB A; 3PSF A; 3VQ8 A; 3CCU N; 4BWJ A; 3WEE A; 5JVH L; 2V52 B; 3D2E B; 4FO0 A; 4OPJ A; 1NK5 A; 1D9D A; 4JI6 K; 2VG6 A; 3O9U A; 3CC4 N; 2GUI A; 4J2D A; 1GLJ O; 4LFA K; 3L3U A; 3TAE A; 5BPL A; 1REV A; 1JKH A; 1QZ5 A; 1BIS A; 2HHV A; 4FWQ A; 4N5S A; 1K8K B; 1RT2 A; 3NF7 A; 1HUX A; 3RRH A; 1XC9 A; 3AVH A; 3QFU A; 4IG3 A; 1VQK N; 1LWE A; 3K2P A; 5FPE A; 5H1S Q; 3QO9 A; 3LAK A; 3VQP A; 4OKE A; 4KH4 A; 1LCU A; 4I6M A; 1I3A A; 3OYE A; 1DKG D; 2P9I B; 3BEX A; 3QEP A; 2ASO A; 1RCH A; 5FDL A; 1NGF A; 2QKK A; 1Z6R A; 3EYZ A; 5HLF A; 2YKN A; 2BUP A; 2QWP A; 4JV5 K; 3EZW A; 3IS9 A; 4GV6 A; 1S9G A; 3WNH A; 1SAZ A; 4BRI A; 4DV6 K; 3HPO A; 3ENO A; 4K42 A; 4DFJ A; 3PSI A; 3VTH A; 4J8F A; 5D3G A; 2VG7 A; 1ZBH A; 4FJK A; 4DQQ A; 3THW B; 4OX9 K; 3I8B A; 1VRT A; 2GTD A; 3VA0 A; 4FW1 A; 1ASV A; 1NM1 A; 5K14 A; 1RTD A; 1W2B M; 2FF6 A; 5HP1 A; 1BG3 A; 4IXC A; 2KFZ A; 5FLX O; 3ULE B; 4H5T A; 1RDD A; 3L4I A; 3MN7 A; 2E88 A; 2HHH K; 4PL7 A; 2E1Z A; 4EFH A; 3OYC A; 4F2R A; 4JK8 A; 4YDU C; 1YF5 L; 4RW7 A; 3EZ5 A; 3E01 A; 4I6M B; 4OO1 J; 1VQ6 N; 3L6Q A; 2O4I A; 3OJS A; 5C15 A; 2JWK A; 1XC3 A; 4CF0 A; 2ITG A; 3HZ6 A; 2YNH A; 3JAM O; 4G9Z A; 4BQZ A; 3MED A; 4RG8 A; 1TL3 A; 5KPZ A; 3MDQ A; 4CED A; 2A3Z A; 4K0K K; 1N36 K; 1SV5 A; 1B9D A; 3HPG A; 1SKS A; 4HUG A; 3L2W A; 4CF1 A; 1JL1 A; 1N32 K; 2KZZ A; 4DR1 K; 1JJ2 M; 1KAY A; 3V1R A; 1GLE G; 4ISF A; 1G15 A; 2QWM A; 2CGJ A; 1N5Y A; 1B92 A; 4GNI A; 3RR8 A; 4GV9 A; 1NGJ A; 4MO5 A; 2HND A; 3U4L A; 3V9W A; 2KW4 A; 3THX A; 3HSC A; 2YV0 X; 1QSL A; 1T7P A; 4IWV A; 3H1V X; 4CFB A; 3MN6 A; 4HHT A; 2W41 A; 3CG7 A; 5BPM A; 4E1M A; 1L3S A; 2P5O A; 3JXU A; 3FE1 A; 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1VQ4 N; 1J53 A; 1HJO A; 2ZD1 A; 3W3D A; 3K5M A; 3IG1 A; 4JKG A; 4DHY A; 3CF5 L; 1YXQ A; 2CGK A; 4Z4F A; 4B9U A; 1J5E K; 3RSE B; 5J2Q A; 2FBY A; 1TL1 A; 1WBD A; 2A1S A; 3NVK A; 3RR7 A; 1BA0 A; 5JIC A; 3ZT0 A; 4BR5 A; 4E1J A; 3GDQ A; 1Q9X A; 4FPB A; 1OH7 A; 3V6D A; 3CFO A; 5EXW A; 3K5L A; 1BCM A; 4K8Z A; 1EET A; 2ITM A; 2Q2R A; 4BC5 A; 3CQ8 A; 1NKE A; 2E2N A; 1BIZ A; 3WXI A; 2QK9 A; 3H08 A; 4MLH A; 1RT1 A; 3H3N O; 3ZX0 A; 1VRU A; 4FZX C; 3SMP A; 2JGU A; 3V9U A; 4DUY K; 4DLE A; 5BPN A; 1LWC A; 2HHT A; 1WSI A; 1EP4 A; 1IG9 A; 1HR0 K; 4OLA A; 2F9T A; 4W5T A; 2BDP A; 3LDN A; 1SKW A; 4FJJ A; 4AM6 A; 4CGH A; 1U4B A; 2O8D B; 3OYK A; 1HRH A; 3OYD A; 2IOC A; 5J1E A; 2GEL A; 3OYN A; 3L2U A; 4X66 K; 4ISG A; 3PO5 A; 3LPT A; 4KTQ A; 1QS4 A; 4Y1C A; 1TAQ A; 3UE5 A; 3TSU A; 1QZ6 A; 5AJ3 K; 3VA3 A; 3OYM A; 4A59 A; 4CJ5 A; 1RNH A; 3FFK B; 5AQS A; 4Z4I A; 1KTQ A; 2Q31 A; 2I5J A; 3SNN A; 4I7F A; 3T1H K; 4YOY A; 4HUF A; 5GAH P; 3DJC A; 4DR2 K; 5LL6 Z; 3LZI A; 4DS4 A; 5DMR A; 1NGH A; 2P9N B; 5AQV A; 1TV6 A; 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