3AO5A

Fragment-based approach to the design of ligands targeting a novel site on hiv-1 integrase
Total Genus 49
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
49
sequence length
152
structure length
135
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTGATVRAACDWAGIKQESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGGYSAGERIVDIIATDI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords POL polyprotein
publication title Fragment-based design of ligands targeting a novel site on the integrase enzyme of human immunodeficiency virus 1
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule tags Viral protein/transferase inhibitor
total genus 49
structure length 135
sequence length 152
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-09-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3ao5A00
3KKSA 1C1CA 4DSJA 1HYZA 3HPOA 4FJMA 1WSGA 1TAUA 3VA0A 1JXEA 4E3SA 3V1QA 1S6PA 2IDOA 2XY7A 3QEPA 1YTAA 1Z25A 2OPRA 4DTPA 1HYVA 3AVJA 4AHRA 4J2AA 2VG5A 4E7JA 1B9FA 1XHZA 3DRSA 3LDSA 1KVAA 4CFCA 3KTQA 1QQCA 2FBYA 1UAXA 2VG7A 4DTSA 4E0DA 4CHOA 3OJSA 3THVA 4B9TA 2PYJA 4M45A 1RDBA 1NKEA 3DOLA 3VQAA 3PO5A 2XY8A 3DOKA 1I3AA 3ZSQA 1NK6A 4IFVA 3K57A 1VSFA 5C24A 4ICLA 3LAKA 4M3WA 1DTTA 3VQQA 2YNFA 4PA1A 1MU2A 2I5JA 4CIFA 3ALYA 4FLUA 1D8YA 4F8RA 1RCHA 3JYTA 3AVKA 4CJLA 4C8MA 5FDLA 4AHVA 3SPYA 2KTQA 3PY8A 3I0RA 3AVNA 4OKJA 3VQCA 4CJKA 3K5OA 3KD1E 5HRPA 4DQIA 2ZE2A 1GOCA 3VQDA 4B8AB 4FJLA 3ZT1A 1HYSA 4CEZA 3L2WA 3NH2A 4CJFA 4G1QA 4M3UA 2NUBA 1UA0A 3MXJA 5SZTA 4KO0A 2XO7A 1XHXA 2Q3SA 3SV3A 3AVHA 3KK3A 4DSFA 3SCXA 1G15A 1ZBLA 1NK0A 1L3TA 4F3TA 1WAJA 5J2MA 4HCBA 4FJ7A 1BHLA 1HJRA 1U04A 4CK2A 3QEVA 1X9MA 1VSMA 4LH4A 3HVTA 2DTUA 3ZSWA 1HNIA 3VQ9A 4CEQA 1KFSA 2OYQA 4CEDA 4OPJA 2HHUA 2JLEA 1ZBIA 3CFOA 3KJVA 1IKYA 3HPGA 4DTJA 1KFDA 3NH0A 3TARA 4CGDA 3CQ8A 4DTOA 4K8XA 4E7LA 1N6QA 4KHYA 4CJ4A 4QCLA 4KTWA 3HXMA 3QNOA 1JLAA 2YNGA 4CJVA 3AA4A 1S1XA 1RTIA 1RBSA 4O55A 1NK5A 4DU4A 1BI4B 3KK1A 3KD5E 2EHGA 4PY5A 5JS1A 1WNSA 4AH9A 3ZT3A 2Z1HA 3LP1A 4CIGA 3NGZA 3SPZA 2P5GA 3ZSYA 4B9NA 3QLHA 3O3FA 4O4GA 2IS3A 1QTMA 1A5VA 4KHNA 4CJ3A 3MEDA 1X1PA 3VQ8A 1U45A 4FZXC 5DMRA 3V4IA 4FLZA 1CZ9A 5KGWA 3K5NA 3SV4A 2G8WA 2B6AA 3RRHA 1QS4A 4ZTFA 1ASVA 1JLCA 1W0HA 5KGXA 3ZCMA 1Q9YA 4B9UA 1WLJA 3NF6A 4LSNA 4B9SA 3ASMA 5KRTA 2G8KA 3U3GA 3ZSXA 4EP4A 3IG1A 4FJKA 4FJXA 1WSJA 1TK8A 1EXQA 1J5OA 1LWEA 2X6NA 4HUFA 1R0AA 3U6FA 3B6PA 1LAVA 4JLHA 2QXFA 3DLEA 3KIOA 1A5WA 1NK8A 4B08A 1JLGA 1SV5A 3V1OA 4FJHA 3HPHA 3L2RA 3SUOA 4CJTA 3HM9A 4F3OA 5CZ1A 3UIQA 1L3SA 3S3OA 4CJSA 1S1UA 2HVIA 1EETA 2YNIA 3OYCA 2F8TA 1QE1A 1VSJA 1HQEA 3DRPA 3P1GA 3V81A 1U48A 4Z4IA 3BGRA 1KSPA 2HB5A 5KI6A 4FJGA 3MEGA 5KTQA 3NF8A 1UOCA 2XY6A 2B5JA 1L5UA 5FRNA 4DQSA 3AVGA 4ELTA 4OVLA 1NKBA 4FJ8A 4FLWA 3L3UA 4BWMA 3I8DA 3RMDA 1NKCA 3AA3A 4H4OA 1IKVA 1GOAA 4J2EA 4RW6A 3EY1A 4OKEA 3L2UA 1JLEA 4KI6A 4F2RA 4CJEA 2KFNA 1RDCA 3OYKA 3NE6A 1LWCA 2HNZA 4NYFA 4CESA 4O0IA 3KLIA 1L3VA 4IG3A 3OYBA 2D0AA 4OPKA 3K5LA 4NCAA 4DQRA 2DFEA 3OYJA 2X74A 3DLBA 1RT1A 4M3TA 3TABA 1RT2A 3VQEA 4W5TA 1B92A 1ZBUA 4CGGA 4CFDA 4FLVA 3MECA 1BI4A 5FROA 4JRQA 3AVFA 2FBXA 2OA8A 3AO1A 2PYLA 1D5AA 3MXMA 4RW4A 1NJWA 2HMIA 1CZBA 1VK0A 4B3OA 4FVMA 3SUNA 1NJYA 4KTQA 1NOZA 3EZ5A 4IDKA 1EKEA 3OYNA 2GUIA 2G8FA 1HQUA 3PV8A 5I42A 4ELUA 4M41A 4CF1A 1C0MA 4RW9A 1FKOA 1BQNA 3C6UA 4DWIA 4HUEA 3TAGA 4DTRA 3HSTB 1C6VA 1RDDA 2F96A 2KZMA 3K59A 5E41A 3HP6A 3VN5A 2PZSA 1J9AA 3RWUA 4CCHA 3OYFA 3PX4A 2HHVA 1TK0A 3AO5A 1RBVA 4CGFA 1T8EA 3RTVA 2DY4A 1BL3A 3S9HA 2Y1JA 4GVMA 4CGHA 1JL1A 4O0JA 4Q0BA 3CYMA 2B4JA 4BDYA 3T19A 1KLNA 2F8SA 4JS4A 2HHQA 4CJWA 4TSXA 1RT4A 5HLFA 3NGIA 4H4MA 1JL2A 1UWBA 1K6YA 1ITGA 4DMNA 1HMVA 2IC3A 2XRIA 1VSHA 1LAWA 4OKKA 4CHPA 4DF8A 3DM2A 4CJUA 4CHNA 1SL1A 4B9VA 4HCCA 2FBVA 1Y97A 3M8RA 4ZHRA 3OS0A 3LZIA 4CECA 4OLAA 1NK4A 3DLHA 3OYGA 4B9MA 2BGGA 2G8IA 4PQUA 3CG7A 3KLFA 1X9SA 1T03A 4KRFA 2AJQA 3QEWA 4CGJA 2BANA 1RTJA 4O5BA 5HP1A 1T7PA 3NF9A 4L8RB 3VQ7A 1DTQA 4N56A 3OYHA 4FZZA 2DFFA 5C42A 4BE2A 3G0ZA 4CJ5A 4Z4HA 3JSMA 4AHCA 2HW3A 2OZSA 4YFUA 1ZYQA 3LP3A 1DLOA 1FXXA 1QHTA 3AVIA 4BDPA 3SUPA 3ZT2A 3TAEA 3V6DA 4J2DA 4KHQA 3TAMA 3RR8A 1RT6A 1BCMA 3DI6A 1ASWA 4CHQA 5KRSA 3K5MA 1KTQA 3KLHA 1C0UA 2YHAA 3DRRA 5I3UA 1J53A 2X6SA 2QKKA 3IAYA 1N5YA 4EZ6A 4KB1A 4FW2A 3CFRA 2OPSA 4FJJA 1Z26A 3VQPA 3OS2A 4K8ZA 4KI4A 4CF9A 3VQ5A 1VSIA 3CM5A 3L2QA 3EYZA 2Z1GA 5FRMA 4CHZA 1VSDA 2ETJA 3LPTA 2P51A 2EX3A 1J54A 4FLXA 2YHBA 3ZT4A 1C0TA 4UQGA 3TWHA 4DS5A 3P5JA 2O4GA 2KQ2A 1T05A 4C8OA 3TI0A 1ASUA 3SNNA 2G8HA 3ZSRA 4KHWA 1ZBHA 4FK4A 1CLQA 4OGCA 4N5SA 2RKIA 3RMBA 1TGOA 5CY4A 4KHUA 1HPZA 1JKHA 3L2VA 3NFAA 1SKRA 4W5QA 4ELVA 2HNDA 3L3VA 4W5RA 2D0CA 4Y1CA 5HRNA 1GOBA 3HT3A 1TK5A 2JGUA 4FXDA 3AO3A 3KK2A 1IG9A 2E6MA 3SQ2A 3ULDA 2D5RA 4CGIA 3K2PA 4CJQA 1VSKA 4ZTJA 4CFBA 4DF4A 2P5OA 1REVA 1RT3A 2RF2A 3AO4A 3C95A 3FFIA 4CEFA 2KFZA 3IS9A 3QNNA 4R5PA 1SUQA 3VQ4A 3ZSVA 3CFPA 3PUFA 4N76A 3OVNA 2GBZA 4F4KA 4DFJA 1S1WA 3A2FA 4Q5VA 2G8UA 4B9LA 2YKNA 1RTHA 1S1TA 4I7FA 4JS5A 2BDPA 2VWJA 1RBUA 3E01A 3QEIA 2FC0A 4FCYA 2RN2A 3OYLA 1X9WA 3LPUA 3AA2A 3ISNC 2OPPA 2VWKA 1Q8IA 3LP2A 4BACA 3MAQA 4Z4GA 1TKZA 3V9SA 1YVUA 1F21A 4E7HA 4M42A 2HHTA 1TL1A 2WOMA 3O4NA 4YNQA 4DSLA 3WNFA 3NAEA 1U4BA 4FJIA 1EP4A 1I39A 4IKFA 4DSEA 4AILC 3DLGA 3SQ1A 1RILA 3DLKA 2PY5A 3OYIA 3K58A 3V9XA 5CYQA 4O44A 3NCIA 4OGEA 4FM0A 4Z4FA 2E4LA 1VRUA 5HBMA 4PWDA 4DFKA 4I9QA 5J1EA 3NHGA 1LW2A 1VSEA 4OJRA 4DSKA 4DTXA 4CF8A 4KKOA 3SQ0A 1A5XA 4FJ5A 2QK9A 1RT7A 3MEEA 4ID1A 3OY9A 4DLEA 4DTNA 1SL2A 3SUQA 2HVHA 1IO2A 1RDAA 1IH7A 3NGYA 3KLGA 4LY7A 4RG8A 3MXIA 3ZSZA 2E6LA 1LV5A 3WNGA 4CEOA 4DFPA 4NYNA 1SKSA 3DLRA 4CIEA 1U49A 2HHWA 1KRPA 1ZBFA 1BIUA 1S1VA 1YT3A 5HRRA 4DU1A 2Y1IA 3LALA 1NJXA 2LSNA 1EX4A 4CEBA 3NDKA 4IFYA 3M8SA 3AVBA 1RTDA 1JXBA 2HHSA 4NCGA 3QESA 1CXUA 1UA1A 4KV8A 1TVRA 1SKWA 1FK9A 2ATQA 2O4IA 3RR7A 2QKBA 4LH5A 3VA3A 4FJNA 3HO1A 1WAFA 3M8PA 4HTUA 1TV6A 4GW6A 1LW0A 4CEAA 1TL3A 4IBNA 5JS2A 2YNHA 4E19A 3V1RA 4M3ZA 2ZD1A 1C1BA 2G8VA 4RW7A 2XHBA 4DQPA 4Y1DA 2VG6A 1FKPA 2OPQA 4CK3A 3PX0A 4I9LA 3LWMA 1XI1A 3HL8A 5HRSA 2HHXA 3LAMA 3C94A 5J2QA 1IKXA 4FLTA 3TANA 3F9KA 4DS4A 1C1AA 3OJUA 2ITGA 3AA5X 2A1SA 4KPYA 5DK5A 4C8LA 3S3MA 5EU7A 4AHSA 1NOYA 4QOZB 4KAZA 2DFHA 3ZSOA 3KKRA 2A1RA 3OYAA 1WSFA 4KB0A 4FW1A 4E7KA 2D0BA 5CZ2A 3L8BA 3OYDA 4DQQA 3QINA 2FBTA 4F2SA 1S6QA 2GV9A 4E89A 4EZ9A 1TKXA 3IRXA 3T1AA 2Z1IA 1B9DA 4BE0A 1U47A 1D9DA 1QSLA 3NF7A 4CF2A 4W5OA 3TAFA 4C8KA 4KREA 4LD0A 4AHTA 2IAJA 1W9HA 5K14A 4W5NA 1RBTA 3HP9A 4E1MA 4ID5A 1TKTA 4HHTA 2YV0X 4CK1A 3P83D 4XIUA 3BDPA 4DTMA 4FK2A 1BISA 3HYFA 1D9FA 1BIZA 3DYAA 1S9EA 3AVMA 4NCBA 3LZJA 3C6TA 4M3RA 4EP5A 1SL0A 4N41A 3TAQA 4HVJA 4Z4EA 3PX6A 4DTUA 3NBPA 1HRHA 4BDZA 2OZMA 3HK2A 3WNHA 4CF0A 1KCFA 4E7IA 3SQ4A 4PUOA 1VRTA 3LWLA 5CYMA 3TAPA 1IKWA 3OYEA 3HJFA 4DG1A 3D0PA 3PO4A 4KHSA 4CEEA 3SZ2A 4B8CA 3SJJA 2Z1JA 5C25A 4I2PA 3LANA 3HVRA 4BE1A 3V9ZA 1VSLA 3TR8A 1HNVA 1WSEA 1CXQA 3M8QA 4CFAA 2P1JA 3NH1A 4KFBA 3QIPA 4Z0UA 3G10A 4DSIA 4OLBA 4CERA 4FLYA 1RT5A 3V9UA 4IG0A 3ZT0A 1S5JA 4FJ9A 3RMAA 3SI6A 4C8NA 4DLGA 1RBRA 3CM6A 4MFBA 3B6OA 4BWJA 1YTUA 1TKDA 4JRPA 3LP0A 4HUGA 3V9WA 3QETA 2R7YA 4RW8A 3QEXA 3I0SA 1L3UA 3S3NA 3AVCA 1JLFA 3D45A 4H8KA 4QAGA 2W42A 1XC9A 3AVAA 1WN7A 3SYZA 1NK7A 3ITHA 5J2NA 3QERA 1BCOA 1NK9A 4Z4CA 1BQMA 4CHYA 4M3YA 4J2BA 4GMJB 4DFMA 1NJZA 2X78A 1KLMA 1QSYA 4FZYA 1BGXT 3QIOA 4N47A 1JLQA 3T3FA 4WE1A 4FYDA 4LSLA 1WSHA 3O3HA 4AHUA 2HNYA 1O1WA 2YKMA 2KW4A 3WNEA 4FM1A 1Q9XA 1QSSA 4FK0A 2ZQBA 5HROA 3U3YA 3RRGA 4E1NA 1LWFA 4CJPA 1KVCA 5T7BA 2WONA 3VQ6A 4FM2A 3KLEA 3OS1A 3DMJA 4CE9A 1S9GA 2IGIA 5J2PA 1KVBA 1TAQA 4MQ3A 3AVLA 3OYMA 3F73A 1RNHA 2BE2A 3O3GA 2XY5A 5SWMA 4M3XA 1WSIA 2IOCA 3H08A 1XWLA 2RPIA 4I2QA 4KTZA 2KZZA 5D3GA 3AO2A 3O4QA 4CJRA 3AV9A 3RMCA 4DU3A 1JLBA 3VQBA 3QO9A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1HYZA 1TAUA 4R79A 3TSQA 1S6PA 2IDOA 2XY7A 1YTAA 4MO5A 4JI1K 3AVJA 4E7JA 1B9FA 3F9MA 1RDUA 2FBYA 4DTSA 4E0DA 3OJSA 4ILHA 4M45A 1U2VB 1I3AA 4EHUA 1NK6A 3J7AP 1VQMN 1VQPN 3ID6A 1MU2A 3AVKA 4AHVA 1HX1A 4ISGA 5I9EB 4JI7K 3K5OA 4FVUA 3MN7A 1GOCA 4B8AB 3ZT1A 4BROA 4CEZA 4NXNK 3NH2A 4GY2B 3MX5A 3QBWA 4DV2K 3MXJA 4KO0A 4DSFA 3CPEA 3SV3A 4QS7A 1L3TA 3R9PA 1HJRA 4CK2A 1VSMA 3ZSWA 4CEQA 4K0KK 2O8BA 2JLEA 2QWMA 3CQYA 1IKYA 5AQVA 4A2BA 4JI3K 1KFDA 4CGDA 3CQ8A 4KHYA 5LY3A 4KTWA 4K42A 3VEXA 3QNOA 3R8EA 1JLAA 1K9MO 4CJVA 4PY5A 4O55A 4ILJA 5JS1A 3E9OA 4KH6A 1WNSA 3LP1A 4BVOA 4YDUC 4CIGA 4DKWA 3CF5L 4H0XB 3QLHA 3O3FA 4O4GA 3IKMA 4KHNA 3OW2M 1YJWN 4FZXC 3B8AX 3K5NA 4H5VA 2P9SB 1ASVA 5DM6L 5KGXA 3ZCMA 1WLJA 3NF6A 4FWPA 2G8KA 3ZSXA 4FJXA 1ZXOA 4HUFA 3VEWA 3B6PA 1LAVA 3DWLA 1MWMA 1NK8A 4CJTA 3HM9A 5CZ1A 3UIQA 1ATRA 3OYCA 1QE1A 1HQEA 3P1GA 1KSPA 2HB5A 1UOCA 4OVLA 5BN8A 1KXPA 3AA3A 5CHIA 1YITN 2AP1A 1LWCA 4WQ5A 3OYBA 2D0AA 4CZMA 4NCAA 2HMPA 2DFEA 2X74A 1NWKA 1VQ6N 3CHWA 1RDWX 1R59O 5BR9A 3MECA 5B8HA 2OA8A 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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