3AO5A

Fragment-based approach to the design of ligands targeting a novel site on hiv-1 integrase
Total Genus 49
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
49
sequence length
152
structure length
135
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTGATVRAACDWAGIKQESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGGYSAGERIVDIIATDI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Viral protein/transferase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
publication title Fragment-based design of ligands targeting a novel site on the integrase enzyme of human immunodeficiency virus 1
pubmed doi rcsb
molecule keywords POL polyprotein
total genus 49
structure length 135
sequence length 152
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-09-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3ao5A00
2A1RA 3LDSA 3NF6A 4Y1DA 3RRGA 1YT3A 3HO1A 1QE1A 3DLKA 4F2RA 1VSLA 4BDPA 4I9LA 4DTXA 3T3FA 3IG1A 3P83D 4FYDA 1WLJA 2XY8A 1QQCA 1EXQA 4B8CA 2Z1HA 3NH1A 3SUPA 1QHTA 4OGCA 3HVTA 3QETA 1L3SA 3DRPA 1RT2A 4OKEA 4FK0A 5KGWA 3NBPA 4LH5A 3VQ5A 4DTRA 3O3FA 1LW2A 3DLHA 1RDAA 2WOMA 2VWJA 2PYLA 3L2QA 3QEVA 4KAZA 4FLWA 1KFSA 4EP5A 3CM6A 1NOYA 1NK4A 1LV5A 2Y1JA 3KJVA 4FXDA 1D9FA 1UAXA 2QKBA 2B6AA 4M42A 2F8TA 4ICLA 4CHYA 2G8KA 2XY5A 4CF1A 2I5JA 4HUFA 3KLFA 4Z0UA 1X9SA 3HM9A 3MAQA 3P5JA 3O3HA 3U3GA 2G8UA 4M3WA 4DQPA 2VWKA 3M8PA 4DF8A 3SV3A 4B9MA 3VQ8A 1B9DA 3PO5A 4DS4A 1U45A 4IFYA 4QCLA 4LY7A 3SQ0A 3ZSVA 4AILC 1NJWA 3HK2A 4DTNA 4NCAA 5C25A 3OYCA 3NAEA 4CEAA 3JSMA 2KW4A 2Z1IA 4CFDA 4E89A 3D0PA 3VQPA 1JL1A 4FZZA 3K5LA 1QS4A 4E7IA 4PA1A 2HHWA 1FK9A 4ID1A 4KTQA 2HHVA 4CEZA 3M8RA 1BGXT 4KHUA 2YNFA 2X74A 3F9KA 1EX4A 3IAYA 4CGJA 3ZSYA 1DLOA 1RBTA 1RT4A 3AA3A 4FM2A 1S1TA 3PO4A 4H8KA 4FW2A 3TR8A 4CJEA 3HPOA 3M8SA 1KCFA 3G0ZA 3RMAA 3RWUA 1HYVA 2FBTA 3K57A 3OYAA 1BHLA 1U47A 4KTWA 5CZ2A 4N47A 5HROA 4F2SA 4RW6A 4B08A 4BE0A 2XRIA 4RG8A 4CJLA 1BIUA 1O1WA 3OS1A 4AHTA 2X6SA 2ATQA 1XHXA 3P1GA 3CFRA 2OPQA 1T03A 2VG5A 1IH7A 3AV9A 4E7HA 1UA0A 4J2BA 4AHVA 5J2NA 3RRHA 3TANA 1RDCA 4W5OA 1U4BA 4FJKA 2PYJA 3PX0A 3VQ6A 4MQ3A 2AJQA 3K59A 1GOBA 1ASWA 1RILA 4CJSA 2GUIA 4CEEA 4FLTA 1TKZA 1C6VA 2OPPA 4KI4A 1JLAA 2P1JA 4EP4A 4DSIA 4W5QA 1ZBUA 3L2RA 4M3RA 3SCXA 4L8RB 1DTTA 2E6LA 4TSXA 1T05A 4DTSA 4MFBA 1REVA 4DTMA 4FK4A 3LAKA 5T7BA 4KB0A 3SQ1A 1ZBIA 2HNYA 1KFDA 4B9NA 3AVMA 3ITHA 5HRRA 4CIEA 3OYKA 1QSYA 1IKXA 1TAUA 4YNQA 1JXBA 3AVFA 2BANA 3QIPA 4EZ6A 4NYNA 4GMJB 3ZSQA 4XIUA 3ZSOA 4EZ9A 1FKOA 3HL8A 1X9MA 4HHTA 4C8LA 3RMCA 1QTMA 5HP1A 1FKPA 4IBNA 3K58A 4O55A 3LP3A 4DWIA 2KZMA 3SYZA 3NGIA 2YHBA 3QLHA 5HRPA 4DLGA 3PV8A 4HCBA 2ZQBA 2GV9A 1NK5A 3AVBA 3V4IA 1S6PA 3ZSXA 3MECA 2XY6A 3L3VA 3E01A 4O5BA 4CERA 4CJ3A 3ULDA 2HHQA 1QSLA 3RTVA 4FLZA 2WONA 1CZ9A 4CECA 1X9WA 1TKDA 2DFHA 5HRSA 4DQQA 2QKKA 1TV6A 3HSTB 2XY7A 1S9EA 2X78A 3OVNA 4GVMA 4CJ4A 3L2VA 3SUNA 4NYFA 3DI6A 3S3NA 1LWCA 1RTIA 3QEWA 1XC9A 4KRFA 3TWHA 3K5OA 3SV4A 1NJYA 4E0DA 3QO9A 2XO7A 3B6PA 1KLNA 1IO2A 3IS9A 3K2PA 1XI1A 4FZYA 4B9TA 3HPGA 2ZD1A 1G15A 3AA2A 2OPSA 1KLMA 4JS5A 3C6TA 4Z4HA 3SQ2A 1VSEA 4N5SA 1LW0A 4M3YA 1NKBA 1RTHA 3AVLA 3KLEA 1TKXA 1S5JA 3DMJA 1SKSA 1U48A 1BISA 3CM5A 2O4GA 4OGEA 4BWJA 4FJ8A 1LAWA 5FROA 3SJJA 3ISNC 4C8KA 3OS2A 4IG3A 4FJHA 3ZSRA 2F96A 2YNGA 3NH2A 4J2DA 1TVRA 4CHPA 1RT5A 3V1RA 3HYFA 2EHGA 1BCOA 3MEDA 4CJ5A 4AHUA 1TKTA 4BE2A 2IC3A 1RDDA 3KK1A 4FZXC 1RT3A 3C95A 4PQUA 2DFFA 1IKWA 1LWEA 3KK2A 4FJGA 4B9VA 1Q8IA 4CJTA 4E19A 3OYBA 4O0JA 1HQEA 2F8SA 4BDZA 1BL3A 1SV5A 4CJFA 3IRXA 3NFAA 3LALA 3K5NA 1SL0A 2JGUA 3NGYA 5CZ1A 2OYQA 4DU1A 1JL2A 1HYSA 2HVIA 4FJ7A 4CEQA 4OJRA 2RPIA 4KHNA 2VG6A 4KFBA 5FRMA 4CK3A 1LAVA 3C6UA 4I2PA 5DMRA 2KTQA 3S3OA 1EP4A 3SNNA 1KVAA 2YNHA 3AVAA 1T8EA 3O3GA 3OYFA 1I39A 1BIZA 4C8NA 1Z25A 3HP6A 4E7JA 3AVCA 2XHBA 4E1MA 4KHQA 1ITGA 3QEXA 2B5JA 3TAGA 4DSJA 4DSKA 4Z4CA 4NCBA 1SL2A 1WSIA 3KKRA 3ZSWA 2Q3SA 4KTZA 3RR7A 3VQDA 1JXEA 1UOCA 3NHGA 5SWMA 1U49A 1VSIA 1EKEA 3LP2A 1CXQA 3NF9A 2FBXA 5FDLA 2LSNA 2ETJA 3OYLA 4IG0A 3WNFA 4K8XA 3AVKA 4OPJA 1JLCA 4B3OA 1BI4A 1TAQA 5DK5A 4CEFA 4LSLA 4BE1A 1NK0A 3L3UA 4J2EA 3OYEA 3THVA 1CZBA 1RBSA 4F3OA 4F8RA 1GOCA 5I42A 3AVIA 4Z4GA 4IDKA 4HCCA 3KTQA 4LH4A 2GBZA 3T19A 4DTOA 4ZTFA 5HRNA 2BDPA 3VA3A 1C1CA 3AA4A 5J1EA 2Y1IA 1WSGA 2RKIA 4OVLA 1C0UA 1B9FA 2D5RA 4CJPA 4M3XA 4M3UA 1RNHA 5CYQA 1VSKA 3KKSA 4JLHA 4RW9A 2Z1GA 3VQAA 3ZCMA 4CHZA 4HVJA 4O0IA 1TK8A 2E6MA 1NKEA 2KQ2A 1N5YA 4FM1A 1A5XA 2E4LA 3QNOA 3HXMA 3HPHA 4M45A 5HBMA 2W42A 4RW7A 3DM2A 1Q9YA 1U04A 5J2QA 2DY4A 3ZT4A 1QSSA 3WNGA 1S6QA 1RBRA 3FFIA 4CFCA 3NDKA 5CYMA 5C42A 4DMNA 3KD1E 1F21A 4H4OA 4B9LA 3OYNA 3SUQA 2YKMA 5JS2A 1RBVA 1DTQA 3HVRA 3UIQA 4CGHA 1D8YA 4Y1CA 1NK7A 4Q0BA 4GW6A 4O4GA 4CEOA 3OY9A 3PY8A 1IG9A 3AO3A 3AO4A 4HUGA 1NJXA 2HHSA 4FW1A 1VSJA 3AVJA 1JLFA 3NCIA 4DG1A 4F4KA 2IS3A 5HLFA 4KHSA 4FVMA 1J54A 3C94A 4CHQA 4B8AB 3V6DA 1D5AA 3VQ7A 4FM0A 4CGDA 3AO1A 4CIGA 1W9HA 2PZSA 4Z4EA 4DQSA 4R5PA 3QEIA 1I3AA 2YKNA 4OKJA 1NJZA 1S9GA 2RF2A 5SZTA 3I0SA 1UWBA 3CFPA 4DLEA 1VK0A 3U6FA 4FK2A 1SKRA 2VG7A 3TAMA 1RDBA 1WSJA 4Q5VA 4B9SA 2P5GA 1RCHA 1VRUA 1HRHA 3TAQA 3DOLA 2QXFA 1SUQA 4UQGA 1Y97A 4DU4A 3HP9A 2G8VA 3NF7A 4WE1A 2OZMA 4DFKA 3HT3A 4DQIA 1WN7A 4JRPA 4DFMA 3V9SA 1ZBFA 4FJ5A 3TARA 2QK9A 3DLBA 2HHUA 1L5UA 1GOAA 1KSPA 1HJRA 4LSNA 2YNIA 3A2FA 3ALYA 4CESA 4FJIA 3V1OA 1VSDA 4CJVA 3OS0A 3D45A 3KK3A 4RW8A 3V9WA 2G8FA 2KZZA 4JRQA 4DU3A 4CK2A 1HNVA 3I8DA 3RMBA 4KHWA 3DOKA 3VQQA 3KLGA 3EYZA 2ITGA 4BDYA 4E7KA 1TK5A 4KB1A 3OYDA 4DFPA 2FC0A 1KVBA 3MXMA 1J9AA 1BCMA 1C0MA 3DLRA 4FJXA 3SUOA 5K14A 1ZBLA 2B4JA 2D0BA 1W0HA 1WAJA 4CJQA 1NK6A 3QNNA 3TI0A 1NKCA 2HHTA 4AHCA 4ELTA 4CJUA 4E1NA 4CF0A 3KIOA 3LP0A 4OPKA 4KO0A 1BQNA 5KRTA 1XWLA 3SZ2A 3MXJA 4HTUA 5D3GA 5FRNA 1NOZA 4CGGA 2HHXA 4FCYA 1IKYA 1ASVA 3ZT0A 3VQCA 2R7YA 3O4QA 3L2WA 1HYZA 4CE9A 4DSLA 1KRPA 4I9QA 4FJNA 3LANA 1CLQA 3VQBA 4CHOA 3DRSA 3JYTA 4DTJA 2ZE2A 4OLAA 4RW4A 3OYGA 3QESA 1D9DA 1L3UA 4BWMA 4H4MA 4DF4A 1T7PA 4IKFA 4M3TA 3QIOA 4FJ9A 2G8IA 1X1PA 4I2QA 3T1AA 1R0AA 4AHSA 4W5RA 4CFAA 3EY1A 4FLVA 2HVHA 4C8MA 4AH9A 2HNZA 3BGRA 3LZJA 4DFJA 2JLEA 3RR8A 4K8ZA 4OKKA 3V81A 3ASMA 3O4NA 2Z1JA 3F73A 2BGGA 4KV8A 3OJUA 4CIFA 1S1WA 4KKOA 3DYAA 1C1BA 1BQMA 3U3YA 1RTDA 1NK9A 4CJKA 4YFUA 2IAJA 3LWMA 3S3MA 2HNDA 3TABA 2G8WA 2FBVA 3VQ9A 4ELUA 3TAFA 4FJLA 3HJFA 2G8HA 3PX6A 1HNIA 1RBUA 1KVCA 3KLIA 5C24A 4FLUA 3B6OA 1Z26A 1UA1A 5KGXA 4J2AA 2YV0X 3MXIA 1YVUA 4QOZB 3VQ4A 4FLYA 1FXXA 2A1SA 3AO2A 1LWFA 1ZYQA 1SKWA 2IDOA 1L3TA 1JKHA 3KD5E 3SPZA 3L8BA 3QERA 1TGOA 3DLGA 4KI6A 3K5MA 1A5VA 3KLHA 3ZT1A 3NE6A 3S9HA 2OPRA 3WNHA 2RN2A 3DLEA 3L2UA 1JLEA 4DS5A 4F3TA 1JLGA 3AVGA 3OJSA 3V9UA 2YHAA 1EETA 1MU2A 3ZT3A 3OYJA 5J2MA 1HMVA 4W5NA 1J53A 4NCGA 4PWDA 4M41A 1A5WA 2DTUA 3CQ8A 3ZT2A 4AHRA 4N56A 4FJJA 5JS1A 4CJRA 4CEDA 3NH0A 4HUEA 2BE2A 4CGIA 4FLXA 3OYIA 4DTPA 4PY5A 1NK8A 4CJWA 4DSFA 3MEEA 3V1QA 4CF8A 5EU7A 3V9XA 3CFOA 4IFVA 2HMIA 3CYMA 1YTAA 1L3VA 4O44A 4CFBA 1S1VA 3VA0A 3BDPA 1VSHA 2X6NA 2DFEA 3VQEA 3I0RA 3WNEA 4CEBA 3CG7A 4FJMA 1BI4B 4PUOA 1JLQA 4JS4A 2NUBA 4DTUA 1SL1A 3LPUA 3PUFA 3LWLA 4Z4FA 1WNSA 4LD0A 2IGIA 4E7LA 5I3UA 3SQ4A 1TK0A 1J5OA 4CCHA 1VRTA 3PX4A 4OLBA 1RT1A 3V9ZA 4CGFA 1K6YA 1C1AA 2D0CA 1JLBA 1RT7A 2D0AA 3LP1A 3NF8A 4BACA 2OA8A 3G10A 2P51A 4QAGA 2PY5A 1N6QA 3OYHA 3OYMA 3VN5A 3DRRA 3MEGA 3SPYA 3LPTA 4M3ZA 4CF2A 3QEPA 3AO5A 1S1XA 5KRSA 4KPYA 3SI6A 4CF9A 2P5OA 4N76A 1IKVA 1C0TA 3NGZA 4B9UA 1VSMA 1TL1A 4ZHRA 3TAPA 5J2PA 5CY4A 3EZ5A 1YTUA 2HW3A 1XHZA 2HB5A 3AA5X 4G1QA 3AVNA 4CHNA 5KTQA 4W5TA 1RTJA 2OZSA 1RT6A 4N41A 4DQRA 1S1UA 1B92A 2KFZA 1WSFA 1ZBHA 4ZTJA 4I7FA 4C8OA 3ZSZA 3TAEA 2IOCA 1VSFA 4KHYA 5KI6A 4E3SA 3H08A 1Q9XA 1TL3A 2O4IA 3AVHA 1KTQA 3M8QA 2EX3A 3LZIA 3RMDA 4Z4IA 1CXUA 3QINA 4CK1A 1HPZA 2FBYA 1WSEA 3LAMA 5E41A 4ID5A 1WAFA 4ELVA 1HQUA 1WSHA 4KREA 1ASUA 4DSEA 2KFNA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5AR0A 3RRGA 3D2EA 3DLKA 1GLLO 5C12A 4FYDA 3WT0A 4B8CA 4K43A 4OGCA 3L0QA 3TSUA 3TTCA 3WUHA 2AA4A 3A8YA 3HRGA 4FLWA 3CC2N 3MCPA 4XEIA 1D9FA 1UAXA 3VPZA 5AJ3K 3O8MA 4CF1A 2I5JA 3MAQA 1LCUA 2G8UA 4M3WA 2VWKA 1B9DA 2P9NB 1JCGA 2QWMA 1U45A 4JNEA 3FZFA 1NJWA 3HK2A 1HUXA 4CFDA 4BGBA 3VQPA 3BZCA 4PA1A 2NRXA 1FK9A 1N34K 4KTQA 2HHVA 2WUSA 1BGXT 2YNFA 1TYQA 5GIPA 1DLOA 3PO4A 5LJVA 4UY8O 4CI6A 2YJFA 4QS8A 3HSCA 5LY3A 3SLCA 4FW2A 3TR8A 3RMAA 2FBTA 3K57A 1BHLA 4JHDB 4N47A 4RW6A 4BE0A 1BIUA 1Z05A 2OPQA 2VG5A 1UA0A 4E7HA 4AHVA 1U4BA 1IBLK 4IFEA 3VQ6A 2AJQA 4B3TK 1EWRA 3AY9A 2OPPA 4GKKK 4W5QA 4Y0WA 2PFUA 3L2RA 4M3RA 1JCEA 3CCVN 2ASPA 4DTSA 3IFRA 1REVA 4DTMA 1N32K 1E3MA 2ASMA 5T7BA 4XH1A 1YF5L 1NGDA 4YOTA 3AVMA 5EX5A 5HRRA 3OYKA 3J7YP 5A2QO 4YDUA 1T6CA 4YNQA 3WXKA 3QIPA 3ZSQA 4HHTA 3FGUA 3DJCA 4IBNA 5JVHL 3LP3A 3QLHA 1HNZK 3AAQA 1GLEG 1K8AO 1VQKN 3AVBA 2XY6A 3E01A 4CERA 4CZIA 1QSLA 3R1XA 1NGFA 1TKDA 2QKKA 1TV6A 3HSTB 2XY7A 2F9WA 3OVNA 4GVMA 4CJ4A 4WFBL 3S3NA 1BA1A 3TWHA 3QO9A 2XO7A 1DEJA 3K2PA 4FZYA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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