4B1ZA

Structure of the phactr1 rpel domain bound to g-actin
Total Genus 112
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
112
sequence length
369
structure length
335
Chain Sequence
b'ALVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIYPIEHGIITNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPTLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNVPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVTHNVPIYEGYALPHAIMRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFVTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFENEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPETLFQPSFIGMESAGIHETTYNSIMKCDIDIRKDLYANNVMSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWITKQEYDEAGPSIVHRKCF'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords ACTIN, ALPHA SKELETAL MUSCLE
molecule tags Structural protein
source organism Mus musculus
publication title Structures of the Phactr1 RPEL domain and RPEL motif complexes with G-actin reveal the molecular basis for actin binding cooperativity.
pubmed doi rcsb
total genus 112
structure length 335
sequence length 369
chains with identical sequence B, C, D, E, F
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-07-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4b1zA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4b1zA02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 4b1zA03
4YDUA 3ENHA 5AR0A 4BR0A 1SQKA 4WQ5C 5AQQA 1GLLO 1QHAA 3LDNA 2P9KB 2A40A 2QXLA 4MLEA 4PKIA 4B9QA 4CD3A 3O4WA 2YHWA 3A5MC 3R9PA 3HBTA 4BG8A 2GUPA 1GLAG 3LDOA 3EKSA 3QMLA 5AQIA 4BC4A 1C0GA 3VF6A 2PAVA 3VOVA 3QFPA 5AFUA 3B8AX 3UKUA 3GOIA 2P9IA 4H5WA 3FLCO 4EHUA 5AZJA 2OANA 2D4WA 4FPBA 5BR9A 2GELA 4FWQA 2P9SB 2BTFA 2HF4A 3ZX2A 2PBDA 3OHRA 4BC2A 4BQZA 2YJEA 1ATRA 2NZTA 4M7XA 3H3NO 3BF3A 5AQTA 2D0PA 5CE3A 2NLXA 2HOEA 3D2FB 3CERA 3EL2A 1NGGA 1TUUA 4BGBA 3C7NA 2GWJA 4CZKA 2IVPA 3MMVA 2Q2RA 3CHWA 1OKJA 3FGUA 1BOTO 4FOEA 3H6EA 4FWNA 2VWBA 3KHYA 3O8MA 1T44A 3AARA 3VETA 4M7YA 2V7ZA 3VPZA 4M63C 4O8KA 1X3NA 3O1WA 4IJNA 3BUZB 1MWKA 1NGHA 4JHDB 4HTLA 3CJ7A 2DPNA 1HJOA 4MO5A 3SJHA 3CQXA 5BRDA 2ZF5O 4J8FA 1V4TA 1NMDA 1HKGA 4PL8A 3DWLA 4BVPA 3A5LC 5BRFA 1QZ6A 2V52B 4BRGA 1BA1A 4JD2B 5AQZA 4H03B 4PKHA 3MCPA 2P9LA 3WXLA 3U9ZA 5AQWA 3VEWA 5F1XA 4BC5A 2YJFA 2P9KA 5KPTA 1HX1A 3KVGA 4EFHA 2P9NB 3GG4A 2VCPA 3CI5A 5AQHA 3RSEA 5B8HA 1NM1A 1X3MA 3A5OC 3FZLA 3ATUA 3CJCA 3ZX0A 3O1BA 3W3DA 4DB3A 3HTVA 1QQOA 1HKBA 4JD2A 4PKGA 3U4LA 3VGMA 3FE1A 5JLHA 2ASPA 3LM2A 1U2VA 3MDQA 2P9IB 1ESVA 2E88A 3M1FA 1IJJA 4CZLA 1DKGD 2QWLA 2QW9A 4CZFA 4FWRA 4JN4A 1TUYA 3L6QA 1HKCA 4MO4A 4MLHA 4A2AA 1DGKN 2D0OA 3QB0A 1U2VB 4H5TA 3WXJA 1RDWX 2AP1A 4IXCA 2Q1NA 3BP8A 3FZMA 5AQSA 5AQPA 3ZEUB 4IZ9A 3C7NB 4K25A 5LY3A 5AQUA 3H45C 5BREA 4L3QA 3VESA 3D2FA 1WOQA 4CZIA 4QS9A 1BUPA 1HPMA 2V51B 1MA9B 3H3OB 2CGLA 3H1VX 5AQVA 3QBWA 1NBWA 4H0YB 1Z6RA 3H1QA 3TPQA 1GLJO 3A5NC 3VF4A 1NLVA 3GDQA 4LC9B 2BUPA 1XC3A 5ELZA 4WQ5A 2ITMA 1NWKA 2E1ZA 1KAZA 4B1UB 1HUXA 4A62A 4I6MA 2CH5A 2QWQA 1CZAN 2QM1A 3IUCA 4H0XB 1NGFA 3WQTA 3H46O 3TU5A 3VEZA 2P9UB 4BRHA 2F9WA 4O5FA 1ZBSA 3UB5A 5BPNA 4IO8A 3QDKA 1G99A 4CZMA 1MDUB 4PL7A 4ISEA 3RSEB 3MN6A 1WUAA 2P9UA 3CJ1A 4E1JA 3SMSA 3CETA 3WQUA 4XH1A 1RFQA 2A42A 3ZX3A 4CZGA 3S41A 4BR7A 4B1WB 4BRCA 3LM9A 3SK3A 4AM6A 1K8KA 3FZKA 5FPNA 5LJWA 3FFKB 2IVOA 4IJAA 3ATVA 4GNIA 4CBWA 3UKRA 2J4RA 5FPMA 4QS8A 3MN7A 2YCHA 4IWVA 3UE5A 3J8AA 5EXWA 5AQYA 3CJAA 4FSVA 4JHDA 4A2BA 4EAHD 4QS7A 4BRFA 2FF6A 1Z05A 4WYBA 4H0TB 3LDQA 3VEXA 4NO7A 3ENOA 5I9EB 4H5VA 2YI1A 4FPAA 4BRNA 3F9MA 3O08A 2WUSA 1XUPO 4JNEA 3LDPA 4FWOA 4XH4A 3VF2A 3MN5A 5F0XA 3DXMB 1HLUA 2CH6A 3JS6A 5JICA 3QICA 4B1ZA 1V4SA 2VYPA 3R8EA 1GLCG 3O80A 5E84A 5KQDA 3O5BA 3WXKA 4K41A 3ZETB 2P9LB 4B1XB 3GBTA 5AZIA 2ASOA 3U8XA 3M3ZA 4CI6A 4CZHA 3M6GA 4K43A 4NB4A 4C23A 2GTDA 4CBXA 3UKUB 3WEEA 4FWLA 4FWKA 5ADXH 4FWPA 3AAPA 1KAXA 1YXQA 3FZFA 3QBXA 1QQNA 1J6ZA 3EN9A 3IFRA 2GEMA 4BRMA 4RWTA 3SMPA 1R59O 1TYQB 2IVNA 5AQLA 5BN9A 2P9PB 5JLFA 1KXPA 3ZETA 1C0FA 3L0QA 4BR2A 2YHXA 3W0LA 5KQ8A 1ZXOA 4RTFD 4HWIA 1S22A 4FWMA 4RCHA 1H1VA 5BN8A 4H5NA 2D1KA 5AQGA 3WT0A 1RGIA 4BREA 2UYTA 4FO0A 4GY2B 3VGKA 2A41A 1TYQA 5AZJB 1EQYA 3VENA 4CZJA 3DXKA 4BRIA 3EKUA 3WUHA 4DCHA 2P9SA 3AY9A 4BRAA 2ZWHA 2E2OA 5AQJA 5EY4A 2QWMA 3UKRB 1NGBA 5EVZA 4BRDA 5JMVA 5AQMA 3DAWA 3FZHA 4BVOA 1NGJA 3MK6A 2FXUA 3VGLA 3ULEB 4B1YB 2E8AA 2NRHA 4JAXA 2ASMA 3DXKB 3WXIA 3D2EA 3CJ9A 5F2RA 4BRKA 5EX5A 3HSCA 5LJVA 3JXUA 2E1YA 3D7EO 1NGIA 3MN9A 1BU6O 2QWOA 2I7NA 2Q97A 1QZ5A 2ZGYA 3P4IA 3CQYA 4ISFA 1SAZA 2HMPA 1GLBG 4AM7A 1T6CA 2W40A 4FWSA 3VEOA 5FPDA 1ATSA 2E2PA 4CZEA 4BGAA 1SZ2A 1NGAA 1MWMA 4CD1A 3SLCA 1NGEA 4BR5A 1X9JA 4A61A 3VEYA 1D4XA 4XH5A 2QWPA 1QQMA 4FOIA 4B1VA 3I33A 1BA0A 3VEVA 2FSJA 1E4GT 5AQKA 2QWRA 4DQ8A 1YAGA 3FR0A 5FPEA 4BROA 2E2QA 3HI0A 3R6MA 2HF3A 2GWKA 4EHTA 4K42A 1GLFO 3HZ6A 1KAYA 1NGCA 5AQOA 2CGKA 5AFUH 2FSKA 4BR4A 2A6AA 3ZEUA 4H0VB 2H3GX 2EWSA 5AQNA 2ZGZA 4BRQA 2E2NA 2QWNA 2Q0UA 3L4IA 5BPMA 5TKYA 2I7PA 1DEJA 5EOYA 3IMXA 1ATNA 3CJBA 4H0PA 2FSNA 3U9DA 3CIPA 3C0BA 1NGDA 2E20A 4H5RA 1JCEA 1Q18A 3O6WA 2A3ZA 3ULEA 1U6ZA 4I6MB 2CGJA 1T6DA 2AA4A 4F9OA 2Q31A 3VERA 4KBOA 1LOTB 3G25A 5AZIB 5KPRA 1GLEG 1K8KB 1JCFA 3GE1A 5BPLA 2KHOA 3WEEB 2V7YA 3HM8A 1XQSC 5AQFA 3EO3A 1Y64A 1BO5O 1BDGA 2A5XA 4EIAA 3AAQA 3QFUA 1JCGA 4Y0WA 2IIRA 2P9PA 3EZWA 4WQ4A 5E26A 5AQXA 3DXMA 3D2EB 4BG9A 2FF3B 4CJ7A 5BRHA 2YHYA 3LL3A 5KPZA 2W41A 1BWFO 5AQRA 4XEIA 1S3XA 2FLOA 4YDUC 3IDHA 3A8YA 3DJCA 1GLDG 2F9TA 1BG3A 5ADXA 4Z94A 1YVNA 3GL1A 4DHYA 3A0IX 3LDLA 2Q0RA 4ISGA 1ZC6A 4BQLA 1YUWA 2Q36A 4BRLA 3BF1A 3BEXA 3KZBA 3ID8A 4FL9A 4CBUA 4WQ4C 1E4FT 4BC3A 4H0OA 3I8BA 1LCUA 1IG8A 2P9NA 4BR9A 1P8ZA 4BRPA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1EWQA 1L3UA 3QLHA 1TVRA 4KH6A 2O8DA 4BR0A 1S6PA 1SQKA 4UQGA 3C6TA 4N41A 4BACA 3SAGA 1GLLO 1UOCA 4FVMA 1M1KO 2Z1GA 2A40A 4MLEA 4PKIA 1CLQA 3LDOA 2OPRA 1RTIA 3A2FA 4CIGA 3B8AX 3GOIA 2F96A 4CJ5A 2D4WA 4QAGA 2UXCK 2XY6A 4CEAA 2P9SB 4C1NI 4OLAA 1RT7A 1IO2A 4DQSA 2NZTA 1RT6A 3H3NO 4DV3K 5AQTA 5CE3A 1SL0A 3LWLA 3THWB 3CERA 1NGGA 1VQPN 3D45A 2YNGA 3VQBA 5FROA 3SPZA 4QOZB 4BWJA 4CZKA 3ZCMA 2IVPA 5JS1A 3MMVA 1BOTO 4FWNA 3OS1A 1KRPA 3O8MA 3ISNC 3U6FA 3NVMA 1XHXA 3NVKA 3O1WA 4N47A 1VQLN 1NKBA 1IKXA 1MWKA 3BUZB 5C42A 4CE9A 3SJHA 2O8FA 5BRDA 2ZF5O 4PA1A 1V4TA 1HKGA 3ASMA 1WBBA 4KB1A 3SI6A 3M5RA 1D5AA 4JD2B 2E6MA 2P9LA 3U9ZA 4KH4A 3O9TA 5AQWA 1NK8A 4I9QA 4FZYA 4CGIA 2RPIA 3KVGA 4EFHA 3ZT3A 2VCPA 3RSEA 5I42A 3A5OC 1QSYA 2BE2A 3CYGA 3DLGA 2UU9K 4DB3A 4Z0UA 1HKBA 4PKGA 1BISA 5JLHA 1KTQA 1SKSA 1KSPA 1U2VA 3MDQA 3G4SN 4BY9C 2E88A 1ASUA 3M1FA 4CZLA 1S9EA 4YOYA 4K0KK 3V9WA 4JN4A 1QHTA 1Q7YO 3NGIA 1SKRA 4B9MA 2YX6A 4A2AA 4FLZA 4B9TA 3ZSZA 5AQSA 3BP8A 3FZMA 1X9WA 4CCHA 1WN7A 2NRXA 3SBTA 4GMJB 3H45C 4ILGB 4ZTJA 5BREA 4ILJA 1K8AO 4L3QA 5C25A 1WOQA 4NYFA 2Z1HA 2V51B 1RBSA 3QO9A 4CJTA 3CCLN 1DTTA 4H0YB 3LZJA 4N5SA 1CZBA 5KGWA 3CD6N 2BUPA 4CF8A 3N4QA 4HUGA 4KFBA 5K14A 4FK4A 1RTJA 1HUXA 3AV9A 5GIOA 3IUCA 2O4GA 4O0JA 4A59A 4JI1K 2DY4A 2DFHA 4W5QA 3NHGA 5CZ2A 1JLAA 1TK5A 1HNWK 4BRHA 1RCHA 1OH5A 1KQSM 3UB5A 3V9UA 4OPHA 3E1YA 4IO8A 1G99A 4CZMA 1N8RO 3AVNA 3TAMA 2YNHA 3PX6A 2P9UA 3CJ1A 4E1JA 2HHIA 4CFDA 1EETA 3LP2A 4XH1A 1JLFA 4CZGA 3S41A 3TSUA 4EZ6A 2GUIA 4CEDA 3LM9A 4DR1K 3FZKA 2IVOA 1NK6A 4GNIA 4NLBA 2FBVA 4FK0A 4CK3A 1XHZA 2HHXA 4A5BA 3AA2A 4JI8K 4B3SK 2FBTA 3O4NA 3UE5A 5EXWA 5AQYA 3CJAA 4QS7A 4BRFA 3EEQA 4GVEA 3LDQA 3HOTA 4G9ZA 4MFBA 3ENOA 4DG1A 4JLHA 5I9EB 5C15A 4H5VA 5C24A 3F73A 3O9SA 3O08A 1LW2A 1XUPO 5CYQA 2BDPA 3LDPA 4AHSA 4XH4A 3DLKA 3VF2A 3FFIA 2JLEA 2CH6A 4CJWA 1I94K 3I0RA 3EE9A 3HRGA 3O80A 4KKOA 5KQDA 2OYQA 1KFSA 2P9LB 4B1XB 5AZIA 4BE7B 4CK2A 1Q8IA 4Y1DA 3RMAA 4JK7A 4DF4A 4DWIA 4AH9A 3LWMA 1EKEA 4CBXA 3UKUB 2O8FB 5ADXH 1L5UA 2G8VA 2F8TA 3LP3A 3QBXA 3NBPA 4CJ4A 1J6ZA 4BRMA 2VQEK 1TYQB 2RE2A 2IVNA 1X1PA 4DLGA 3L0QA 2YHXA 4AHUA 5KQ8A 4HWIA 4DSLA 4RCHA 1S1XA 3ZSVA 1NJYA 4H5NA 4E7LA 4DTRA 4OPAA 4K8XA 4RW9A 4JI4K 1TYQA 1Z25A 1OH6A 1BQNA 1C1BA 3DXKA 3CQ8A 3EKUA 3WUHA 4DCHA 3VMFB 3OYMA 4BRAA 3MXIA 4ID1A 1T3VA 1ZBUA 1K9MO 3MWTA 4BVOA 5HROA 2A1RA 4W5NA 1TAQA 3MK6A 3K5MA 4PY5A 3ZSXA 4J2EA 4NCBA 3OA9A 4NYNA 3VGLA 3VQ4A 3PO5A 3E9PA 3C94A 5GADP 5J1EA 4DSFA 2ASMA 2WONA 3D2EA 4IFYA 3BZKA 4F8RA 4C8OA 3WNEA 5FDLA 4H4OA 4CGFA 3OTOK 1BGXT 5C2DA 5GAHP 2ZGYA 3P4IA 1NJZA 2G8HA 3KD1E 1WSFA 4JV5K 3ID6A 1SAZA 2HMPA 1NK4A 4JKDA 4B9LA 1WSHA 4DQPA 2W40A 3HP9A 3HOSA 4M3ZA 2HHUA 1KLMA 1GOCA 2HBMA 3AVFA 3IS9A 3VQQA 4BGAA 2OTLN 2NRVA 1SZ2A 3QEVA 4BR5A 4LSLA 4A61A 3ENBA 3VEYA 3CF5L 4XH5A 1VSDA 4YOVA 2Z1IA 1BA0A 4DR4K 1UWBA 3E01A 3EE8A 3FR0A 3V81A 3HI0A 3R6MA 2HF3A 3NH1A 3HZ6A 4WF9L 2FSKA 3G71N 2A6AA 3CM5A 3L2RA 2H3GX 5AQNA 4DR5K 2Q0UA 5LMUK 5BPMA 2OA8A 4JI6K 3AVAA 1BQMA 4OPKA 4FXDA 4ELUA 2LSNA 5TKYA 3O4QA 1DEJA 4AHRA 5GIPA 4X65K 3O6WA 1RILA 1U6ZA 1CZ9A 3AA3A 2G8WA 5J2NA 3M8PA 4M41A 3MXMA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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