4B1ZA

Structure of the phactr1 rpel domain bound to g-actin
Total Genus 112
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
112
sequence length
369
structure length
335
Chain Sequence
b'ALVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIYPIEHGIITNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPTLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNVPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVTHNVPIYEGYALPHAIMRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFVTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFENEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPETLFQPSFIGMESAGIHETTYNSIMKCDIDIRKDLYANNVMSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWITKQEYDEAGPSIVHRKCF'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords ACTIN, ALPHA SKELETAL MUSCLE
publication title Structures of the Phactr1 RPEL domain and RPEL motif complexes with G-actin reveal the molecular basis for actin binding cooperativity.
pubmed doi rcsb
source organism Mus musculus
molecule tags Structural protein
total genus 112
structure length 335
sequence length 369
chains with identical sequence B, C, D, E, F
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-07-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4b1zA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4b1zA02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 4b1zA03
3CI5A 3QFPA 3BEXA 4JN4A 4F9OA 3H45C 4CBXA 3DXMB 3VENA 4BVOA 2FF6A 3B8AX 3EN9A 4IXCA 4EHUA 2D0PA 1C0FA 4BR0A 3U9ZA 5BN8A 1QQNA 4MLEA 2GUPA 3L0QA 4FOEA 4IO8A 5TKYA 1LOTB 3M6GA 1BG3A 4H0VB 1QQOA 5AQHA 2QXLA 3EKSA 3H46O 1KXPA 4A62A 3VGLA 3H1VX 1MA9B 1T6DA 1XC3A 3VF6A 2Q31A 2P9IB 3O1BA 3D2FB 1IJJA 4BC4A 2E8AA 1ESVA 1HUXA 5FPEA 3GOIA 2VCPA 1ATRA 4K42A 4DQ8A 4ISGA 3UKRB 1QZ5A 2PBDA 4DB3A 5BPNA 1HKGA 3O4WA 1X3MA 1NGEA 3CQXA 3ZEUA 2ZWHA 1BU6O 3ENOA 3EO3A 3HBTA 2HOEA 2IVOA 4PL7A 1SZ2A 3IMXA 3MN9A 1KAYA 5BRHA 1GLEG 3LDNA 2YCHA 5AZJA 1GLAG 1DGKN 4BC2A 3CJBA 4WQ4A 5AQVA 5AQPA 1T6CA 4QS9A 3UKUA 4QS8A 1J6ZA 3U4LA 3QBWA 1RFQA 2WUSA 1MDUB 2F9TA 4E1JA 2QM1A 3VOVA 3SMSA 2CH5A 2ASPA 1TYQA 2FSJA 2FXUA 3L4IA 4PKGA 5AQFA 5AQGA 5AQWA 3ZX0A 2IVPA 2I7PA 1OKJA 3LDQA 1JCFA 2Q1NA 4ISFA 4HWIA 3FZHA 4XH5A 3WEEB 3LM2A 1NGGA 2P9UA 4IJNA 5AQXA 1NMDA 2GWJA 4B1WB 3OHRA 4K25A 1ZBSA 2CGLA 4BQLA 2A5XA 4WQ5C 1RGIA 4AM6A 3P4IA 2A42A 3WUHA 3J8AA 4XEIA 4NB4A 4BG8A 5BPMA 3SMPA 4K41A 3VERA 2ITMA 4BVPA 2Q36A 3HSCA 3VEXA 4CZFA 2FLOA 5AQIA 2E2PA 2CH6A 1R59O 3MMVA 2D1KA 3AARA 5AFUH 4FO0A 1HPMA 4FL9A 4Y0WA 5FPNA 1DKGD 2P9LB 4FPBA 3EKUA 4BRMA 2ZGZA 3QB0A 4EFHA 2P9PA 2ZGYA 4B1XB 1BDGA 1MWKA 2QWMA 3FZKA 3ULEA 3DXKB 4M7YA 1HKBA 4JD2B 2IIRA 3GG4A 4PKIA 4BR2A 2ASOA 3IUCA 1G99A 4EAHD 3D2EA 4CBWA 2H3GX 3GL1A 3FR0A 3UE5A 2UYTA 2E2NA 2HMPA 3VESA 1XUPO 3O6WA 4FWKA 1GLJO 4JHDB 4CBUA 1C0GA 3TU5A 5AZIB 3O1WA 5AQRA 1BUPA 5ELZA 5EX5A 3LDLA 5JLFA 5AQZA 4I6MB 3QICA 2E20A 2YHYA 1KAXA 1XQSC 4CZLA 4FOIA 3D7EO 4BG9A 5AQSA 5F0XA 4H5TA 3DXMA 1NGHA 2P9NB 3O5BA 2YHXA 3ZX2A 3IDHA 3LM9A 1Q18A 3A5OC 3HM8A 3QDKA 1NGDA 1QHAA 2E1YA 1IG8A 4WQ4C 4H0XB 4CZHA 2W40A 3QBXA 4BQZA 1V4TA 3CERA 4YDUA 5AFUA 3WQTA 1NGFA 2D0OA 1U2VB 2W41A 4BRIA 4IWVA 3QMLA 3ENHA 4BRDA 3GE1A 4BRFA 2P9IA 2V52B 3D2FA 4MLHA 3VGMA 1BA0A 4IZ9A 1D4XA 3MK6A 5LJWA 3UKRA 4BRQA 1NGIA 2PAVA 4O5FA 4BGBA 3RSEB 1BO5O 4J8FA 4B1VA 1RDWX 3AAQA 4BR4A 3CJ7A 4FSVA 5JICA 3W0LA 5I9EB 2GEMA 2V51B 2VYPA 1BOTO 4WYBA 2P9KB 3VEOA 5F2RA 3VEYA 4EHTA 2A3ZA 2J4RA 4NO7A 3FE1A 2Q2RA 1LCUA 3C7NB 1E4FT 3ATUA 1HX1A 1V4SA 3ATVA 4M7XA 2E2QA 3HI0A 5AQLA 5CE3A 4IJAA 2OANA 4DHYA 1HKCA 3O08A 4M63C 2YI1A 3DAWA 4FPAA 1TUYA 3S41A 3VGKA 1MWMA 1BA1A 5EY4A 4L3QA 3WXJA 4FWRA 1DEJA 3CJAA 3MN7A 4CZJA 2A6AA 4H5WA 3WEEA 4MO4A 4BRKA 4GNIA 1GLLO 5LY3A 3ZETB 1P8ZA 3BUZB 4JNEA 4MO5A 4FWQA 1QQMA 1JCEA 5BREA 4DCHA 1ZC6A 5JMVA 3SK3A 1SQKA 3HZ6A 3R6MA 3IFRA 3EL2A 3CJCA 3KHYA 4CZKA 3MN5A 3ZX3A 3WT0A 1S3XA 4H5RA 4BREA 2YJFA 3FZFA 4GY2B 2P9SB 3CIPA 3CJ9A 2ZF5O 3JXUA 2YJEA 3DJCA 1NGCA 3AAPA 4A2BA 5BN9A 4BR7A 4BRLA 5AQOA 3UB5A 5B8HA 3LDOA 3VETA 4FWMA 3M1FA 1K8KB 1HJOA 4CD1A 5AQNA 2P9LA 4CD3A 4CZIA 3W3DA 3GBTA 5KPTA 5AQYA 3EZWA 2F9WA 2NLXA 4FWSA 1HLUA 2BUPA 1YVNA 4EIAA 2GTDA 3DXKA 5F1XA 4JD2A 3VF2A 5JLHA 4BR5A 4CZMA 3H1QA 5AR0A 5AQUA 1T44A 4YDUC 1BWFO 3I33A 3U9DA 4BRHA 5LJVA 2D4WA 4H5VA 2AP1A 4H0OA 1NBWA 3R8EA 4RWTA 4H0TB 3AY9A 1NGJA 5EXWA 3BP8A 4JHDA 1GLFO 4BRGA 1CZAN 4B1YB 5KQDA 5AZIA 1ATNA 1WUAA 3TPQA 3A5NC 3H6EA 4FWNA 4I6MA 4H0YB 4H0PA 3R9PA 3MDQA 5ADXA 2P9NA 4FWLA 4FWPA 4B1ZA 4LC9B 3WXLA 3ZEUB 1Z6RA 1X9JA 1E4GT 2YHWA 3H3NO 2FSNA 2Q0RA 3SLCA 3LL3A 1Y64A 3WQUA 4A2AA 4A61A 1QZ6A 2AA4A 3I8BA 3CQYA 5KPZA 3U8XA 5AZJB 4BC5A 3H3OB 4BC3A 5FPDA 1U2VA 4XH1A 1GLCG 1NM1A 2ASMA 3VF4A 3SJHA 2GELA 4KBOA 4PKHA 3HTVA 3UKUB 1U6ZA 1TUUA 4RCHA 4HTLA 2Q97A 5AQMA 2QWRA 3KVGA 3VEWA 4BGAA 4CZGA 3RSEA 5KPRA 3A0IX 3CETA 1TYQB 2QWQA 4CJ7A 2HF4A 3VEVA 3F9MA 3C0BA 4PL8A 2V7YA 2E1ZA 3O80A 5EOYA 3VPZA 4FWOA 2HF3A 2P9KA 5KQ8A 3M3ZA 4BRAA 1H1VA 4RTFD 1KAZA 2QWPA 4H5NA 2P9UB 2V7ZA 5EVZA 2FSKA 2I7NA 1S22A 3ID8A 4CZEA 2QWNA 3C7NA 3WXIA 4C23A 1SAZA 3O8MA 1NLVA 4Z94A 1YXQA 4BRPA 1NGBA 1JCGA 2FF3B 5BPLA 2E2OA 2CGKA 1WOQA 5BRFA 3FZLA 4O8KA 2A40A 3KZBA 3LDPA 5BRDA 3GDQA 1GLBG 1GLDG 5BR9A 1ATSA 4K43A 1YUWA 5ADXH 2KHOA 3FFKB 3MN6A 1X3NA 2GWKA 3G25A 3ZETA 4ISEA 1NGAA 4BRCA 5AQTA 2VWBA 5FPMA 2QWLA 2QW9A 2NZTA 4XH4A 3A5LC 2EWSA 5AQQA 3FLCO 2P9PB 4AM7A 4H03B 1Z05A 3A8YA 3A5MC 3ULEB 5AQJA 4BRNA 4CI6A 2NRHA 4WQ5A 4B1UB 2P9SA 2QWOA 1YAGA 3FGUA 4BROA 3D2EB 4B9QA 3FZMA 1NWKA 3VEZA 3QFUA 4BR9A 1ZXOA 2DPNA 3MCPA 3L6QA 4QS7A 4JAXA 1K8KA 2IVNA 3BF3A 2Q0UA 2A41A 1EQYA 3BF1A 5E84A 2CGJA 5E26A 3CHWA 3DWLA 3WXKA 3JS6A 2BTFA 2E88A 5AQKA 3CJ1A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3CI5A 3QFPA 1FK9A 2PYJA 4F9OA 4LF9K 1J5EK 3I0SA 5HRRA 1IV0A 2FF6A 3B8AX 4IXCA 4DV1K 1BL3A 1OH5A 2D0PA 3QESA 3HP6A 1HNVA 4DLGA 3LZJA 5M1QA 1QQNA 3NGZA 2GUPA 4CJKA 3L0QA 5FROA 1UOCA 1HNIA 5TKYA 4KB1A 1LOTB 3M6GA 1BG3A 4H0VB 3ENBA 5AQHA 2QXLA 1RDAA 4CHOA 4DR3K 1KXPA 1VQ8N 3AO4A 3VF6A 3BZCA 5IT9O 4FW2A 3D2FB 1ESVA 2VCPA 1A5XA 1ATRA 4ISGA 3UKRB 5BPNA 3F73A 1YTAA 3QIOA 2VQEK 1BU6O 3EO3A 4Z4EA 2IVOA 4B9TA 4PL7A 3MN9A 3PV8A 2OPRA 5BRHA 2UUCK 4BE2A 4LF5K 1TKDA 1GLEG 2QKBA 4M3TA 4BC2A 3CJBA 1ASVA 2OTLN 1VSFA 4QS9A 2F8TA 3D45A 4KTWA 3U4LA 3J7YP 2WUSA 2KZMA 1MDUB 1TK5A 3S3MA 1K8AO 1K9MO 3MXJA 4LY7A 3SMSA 3AV9A 2CH5A 1TYQA 2FXUA 3OS1A 3CFRA 4PWDA 3VQ4A 3V81A 4WFBL 3BDPA 4LF8K 4ISFA 1WSHA 4HWIA 3E1YA 3FZHA 4FZXC 3WEEB 4DSFA 4IJNA 1GOAA 3ZSVA 2CGLA 4FW1A 4WQ5C 2HBMA 2O8CA 1IKWA 3E9LA 2O4IA 2C1GA 1TV6A 4DSLA 4K41A 2YNGA 2HHQA 4OVLA 1ZBLA 4E3SA 3VEXA 1N8RO 2AJQA 3BY5A 4KI4A 3KK1A 4A5AA 5FPNA 1NK5A 1DKGD 4LSLA 3EKUA 2HNDA 5HRPA 1K6YA 3I0RA 3QB0A 3CCJN 5HRNA 3DYAA 4CEQA 1OH8A 1W0HA 1TVRA 4EAHD 2PYLA 4CBWA 2OYQA 3WNGA 1KQSM 3UE5A 1ITGA 4M3XA 2HMPA 3VQ7A 4KV8A 1XMQK 1GLJO 3HOTA 4C1NK 4DWIA 3NMUA 3J7ZO 1VQ5N 5AQRA 3ZT3A 1J5OA 5DMRA 4CGIA 4WCEL 3LDLA 5JLFA 5AQZA 3QICA 2E20A 2NRTA 4FOIA 5AQSA 3AA4A 4H5TA 4JK9A 4K8XA 1Q18A 3LP1A 1WSJA 3A5OC 4FJ8A 1YJWN 3TSPA 5C25A 1NGDA 2E1YA 3CCLN 1RT1A 3LP2A 4C8NA 4H0XB 2W40A 4RW6A 4AH9A 4JKFA 1V4TA 3MWTA 1T03A 3QIPA 3WQTA 3JYTA 2XY8A 3ALYA 2W41A 4CK1A 3KLIA 3GE1A 4BRFA 2D0BA 3D2FA 3VGMA 4IZ9A 3ZYYX 3SI6A 2JGUA 5KTQA 3UKRA 2WC9A 3DLGA 4BWJA 3J81O 1JL2A 1RDWX 3AAQA 4DTSA 2UU9K 1QVFM 2X78A 3ASMA 3AGKA 3AO1A 5HBMA 2V51B 2DTUA 3EYZA 1SL2A 5F2RA 2P51A 1YIJN 3NDKA 4BWMA 3V9XA 2OZSA 4Q5VA 3L2WA 3TWHA 1BI4B 3P31A 2HHXA 4O8UA 3LPUA 4KKOA 1C0UA 1RNHA 3RMBA 3L4QA 3NHGA 1V4SA 3SBGA 2HHIA 3HI0A 5AQLA 1KLNA 4JEPA 1KRPA 3ZSZA 4FPAA 4QOZB 4CEBA 4NCBA 3VGKA 2A6AA 3WEEA 4BRKA 2B6AA 4GNIA 1P8ZA 3DMJA 4M3YA 1JCEA 1JLGA 3DI6A 1U49A 3VQ9A 4M45A 3IFRA 1KFDA 3EL2A 5C0YA 3OYDA 1K73O 1BIZA 2ITGA 3L3VA 2QKKA 1S3XA 4O55A 4GY2B 3OBWA 3CJ9A 2ZF5O 3V1RA 5GAEP 4JI2K 4BY9C 3PLAA 4NYNA 5H1SQ 3HJFA 1NGCA 5LL6Z 5BN9A 4BRLA 4CFBA 5B8HA 4Z4GA 2NRRA 1K8KB 1HJOA 3KK7A 4NCAA 5AQNA 1RT2A 3BZKA 3O3GA 4DF4A 5AQYA 4FJMA 3V9WA 4EZ9A 1W9HA 4DV7K 2GTDA 2KW4A 5F1XA 3VF2A 5JLHA 4YFUA 3THXB 3QERA 3H1QA 3OTOK 1VQPN 2D4WA 1NBWA 2QTDA 4RWTA 3KJVA 4H0TB 3AY9A 1A5WA 3TTFA 4KO0A 4BRGA 1LW0A 3DRPA 4KHSA 2F4VK 5EU7A 2VG7A 3P39A 3VA3A 4KHQA 3SAGA 2GV9A 4AHVA 3NF7A 1W2BM 4UY8O 4MDBA 4CESA 3OVNA 4B8AB 4IOAL 4OKEA 4B1ZA 5LMUK 3ZEUB 4IG0A 1Z6RA 3BGRA 1E4GT 3H3NO 1VRTA 1Q82O 4K0KK 3SLCA 4N56A 3O3HA 4A61A 2DY4A 4OPAA 4BC5A 1BHLA 1Y97A 2XY6A 4FJ9A 5FPDA 4XH1A 1GLCG 1U47A 3E9OA 2ASMA 2RN2A 1ZBHA 4U7BA 4CEAA 3ZT2A 5C2DA 2GELA 4N76A 4AHSA 3CC4N 3TAQA 3ZSOA 2E6LA 4BGAA 3QEVA 4CZGA 4Z4FA 3CETA 1OVQA 3PO4A 2HF4A 2YHBA 3C0BA 1WBDA 2E1ZA 3N4PA 3VPZA 4X65K 3SUPA 4MQ3A 1KAZA 4OGCA 4CEDA 2QWPA 4H5NA 4CJRA 2V7ZA 5EVZA 4DV3K 1BI4A 3HPGA 1L5UA 3WXMB 3ID8A 1HR0K 1XC9A 3MEGA 1NLVA 4MFBA 4BRPA 4W5OA 1NGBA 5BPLA 2CGKA 4CGJA 3FZLA 5I42A 2A40A 3RVCA 3CYMA 1GLDG 5BR9A 1ATSA 3IRXA 4HCCA 2IS3A 5ADXH 3KD1E 2NUBA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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