4B1ZA

Structure of the phactr1 rpel domain bound to g-actin
Total Genus 112
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
112
sequence length
369
structure length
335
Chain Sequence
ALVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIYPIEHGIITNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPTLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNVPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVTHNVPIYEGYALPHAIMRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFVTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFENEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPETLFQPSFIGMESAGIHETTYNSIMKCDIDIRKDLYANNVMSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWITKQEYDEAGPSIVHRKCF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule keywords ACTIN, ALPHA SKELETAL MUSCLE
publication title Structures of the Phactr1 RPEL domain and RPEL motif complexes with G-actin reveal the molecular basis for actin binding cooperativity.
pubmed doi rcsb
source organism Mus musculus
molecule tags Structural protein
total genus 112
structure length 335
sequence length 369
chains with identical sequence B, C, D, E, F
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-07-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4b1zA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4b1zA02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 4b1zA03
3IDHA 2VYPA 3DAWA 3EO3A 3SK3A 3SJHA 5BN8A 2ZWHA 4K41A 5AQUA 4CBWA 1T6DA 1C0GA 3MN5A 3ENOA 4MO4A 1NGJA 4IJAA 1D4XA 3HM8A 4FOIA 4AM6A 3BUZB 4JAXA 1U2VB 2ASOA 2CGJA 3H1QA 3LDPA 5AZIA 1Z6RA 2H3GX 4FWSA 2CH6A 4B1XB 1G99A 5AQOA 4B1UB 4CZKA 3H46O 5AQGA 1CZAN 4H5TA 4BRMA 5BPLA 3L6QA 2A3ZA 3LM2A 2BTFA 3FGUA 4FWLA 2W40A 3ULEA 4BRCA 2QWRA 1NBWA 4B1VA 4BG9A 3L0QA 4WQ4C 3O1BA 4H0TB 4BC5A 3VOVA 2P9SA 3H3NO 5AR0A 3MN9A 4CBXA 3O1WA 4CI6A 3WUHA 4DB3A 1WOQA 3CJ9A 1TUYA 3HZ6A 4CZEA 3MCPA 3CHWA 2Q1NA 4RCHA 4JD2B 5JLFA 2YHYA 1NGCA 2E1YA 2GWJA 5BPMA 1E4GT 1GLAG 2F9WA 1QZ6A 2CGKA 3I33A 3UKUB 3EKUA 4B1WB 1BG3A 2VWBA 3C0BA 3MK6A 2GUPA 2HOEA 3LDQA 1NMDA 5BR9A 2VCPA 3FZKA 3G25A 3QFPA 3CJAA 4H5VA 5BRHA 2I7PA 3C7NB 2YI1A 1U2VA 1HKGA 1WUAA 2E88A 4GNIA 2V7ZA 2QXLA 3LDLA 4DQ8A 1RGIA 4PKGA 4H5NA 5AQTA 3KHYA 4PL8A 5AFUA 3UE5A 4BRNA 1EQYA 2ZGYA 4A62A 5E26A 3ZETB 4BR2A 3AAPA 2FSKA 4XH4A 3CI5A 4RTFD 4H0YB 4BC4A 3VGKA 1QQNA 2Q36A 3QICA 3GBTA 5AQMA 3BP8A 1MDUB 1Y64A 2DPNA 2IVOA 2GWKA 5FPDA 3VF2A 1NGDA 1GLCG 1NGGA 5ELZA 4I6MA 1Q18A 4JD2A 1NGHA 2NLXA 1SAZA 4GY2B 4FWKA 4O8KA 2ASMA 2QWMA 1GLLO 4M7YA 3AARA 2Q31A 1QHAA 4MLEA 1QQMA 3UKUA 2P9UB 2CH5A 3O08A 2E20A 4BRQA 3CQXA 3U9ZA 4JNEA 4B1ZA 4XH5A 5AQPA 5AZJB 3R9PA 2FLOA 1HLUA 1HPMA 3VEYA 2P9LB 3C7NA 1R59O 4H0OA 3VENA 3IMXA 4NB4A 2E2QA 1BOTO 5KQ8A 4BR9A 1TYQB 1T6CA 4HWIA 3QBWA 4BRHA 2E2OA 2A41A 3SMSA 3D2FA 1KXPA 4M7XA 1Z05A 4H5RA 1BDGA 1X9JA 3UKRB 3ZETA 3U9DA 3GL1A 3QFUA 3KZBA 1J6ZA 1BO5O 4JHDB 1RDWX 3BEXA 4DCHA 1IJJA 5EX5A 1DEJA 5FPEA 4BC3A 4M63C 2P9KB 4H0PA 1OKJA 1NLVA 2V7YA 2YJFA 1GLBG 3U8XA 4BGAA 3MN7A 1MWKA 3MMVA 4FWPA 3CIPA 4ISGA 4MO5A 1MWMA 2A5XA 1DKGD 3FZHA 2WUSA 3CQYA 5AQNA 4FWNA 4BGBA 4BRPA 3CJ7A 5BRFA 3R6MA 4IJNA 4CZLA 2Q0RA 5EVZA 4BRAA 1X3NA 3LDOA 2E1ZA 4DHYA 1V4TA 2PBDA 4CD1A 3EKSA 2P9UA 2QW9A 1JCEA 4FSVA 3VEZA 1S3XA 3KVGA 5FPNA 4CZFA 1JCGA 3DXMB 5AZJA 4Y0WA 4EFHA 3VF6A 2BUPA 3FZMA 4QS9A 1KAZA 1YAGA 4WYBA 3QB0A 5JICA 5JLHA 5AQHA 2P9LA 1K8KB 4BQZA 4ISEA 4CZHA 3GDQA 2W41A 2I7NA 1ZC6A 4FO0A 4BRFA 1HX1A 4FL9A 4MLHA 5E84A 2P9IB 4IZ9A 1TUUA 1TYQA 4FPAA 5AQFA 3JXUA 3VF4A 4B1YB 3BF3A 3CJCA 3CJBA 4FWMA 3UKRA 4WQ5C 3H6EA 2FF3B 4E1JA 3VPZA 2ITMA 4JHDA 2YHXA 2HMPA 5AQYA 5AQSA 1S22A 5B8HA 4PL7A 2YCHA 1X3MA 2NZTA 3WXKA 2P9KA 2P9NB 4EAHD 3WT0A 3D7EO 2D4WA 4QS8A 1ESVA 2GEMA 2YHWA 3RSEB 4A2BA 3ZX3A 1HKCA 4CBUA 4O5FA 3HBTA 4YDUC 4A2AA 4CZJA 2V51B 3WXLA 4BRKA 5AQKA 1NWKA 3FZFA 3S41A 5AQXA 2Q97A 3ZEUB 2KHOA 3ATVA 3JS6A 1HUXA 3GE1A 3A5OC 4IO8A 1XC3A 2GTDA 2D1KA 3M6GA 3VESA 4BR7A 1HJOA 1NGBA 5EOYA 1P8ZA 3OHRA 3FZLA 1KAYA 1YVNA 5EY4A 3H45C 2E2PA 2QM1A 5LY3A 1SZ2A 4BRGA 3DXMA 4FPBA 2IIRA 3P4IA 3QMLA 4F9OA 2CGLA 3A5LC 3CERA 3HI0A 4JN4A 1K8KA 5EXWA 4J8FA 1JCFA 3EZWA 3UB5A 4BREA 3O80A 3O8MA 2Q0UA 4ISFA 2P9IA 4WQ5A 4A61A 3A8YA 2D0OA 4BR0A 3H1VX 1T44A 2F9TA 1RFQA 1E4FT 3DXKB 4H0VB 4CZMA 3QBXA 4BVPA 5ADXH 2AA4A 4H0XB 5TKYA 4FWRA 3ZX0A 1XQSC 1GLJO 4K43A 2QWPA 3LDNA 4KBOA 2P9NA 3VERA 3H3OB 4YDUA 5ADXA 5LJWA 4XEIA 2A42A 2Q2RA 1BA0A 3RSEA 3DJCA 4BRDA 1GLDG 3ZX2A 2E2NA 5AQIA 2QWQA 5F2RA 4C23A 5F1XA 3D2EB 2ZF5O 3FE1A 5AQQA 4CZIA 2A40A 1HKBA 3TU5A 2UYTA 5KQDA 2D0PA 1BA1A 4BVOA 4CZGA 1H1VA 4BRIA 3WXIA 3SLCA 3ENHA 3ZEUA 2AP1A 3R8EA 3MN6A 2P9PB 5AQWA 4EHUA 4XH1A 3VEXA 4BC2A 4AM7A 5CE3A 3M1FA 4BR5A 2IVPA 3AAQA 4L3QA 3DWLA 3LM9A 1GLFO 4FWOA 1BU6O 2QWLA 1NGAA 3TPQA 3FLCO 3WEEB 1GLEG 1YUWA 1NGEA 1ATRA 2FSJA 1YXQA 1DGKN 3ATUA 3GG4A 5AQVA 4I6MB 1C0FA 2HF4A 4BQLA 4BRLA 3LL3A 3O6WA 2FSNA 1NGIA 3IFRA 3A5NC 3B8AX 4HTLA 3A0IX 1ZBSA 4LC9B 2E8AA 3J8AA 3DXKA 3SMPA 1BUPA 5F0XA 1IG8A 3WQUA 3W3DA 4K25A 2PAVA 2ASPA 3WQTA 3VGMA 2FF6A 2GELA 4H5WA 1XUPO 3L4IA 3VEOA 5KPRA 3CJ1A 4QS7A 5LJVA 4PKIA 3CETA 5AQJA 2IVNA 2EWSA 1NM1A 3HSCA 4FWQA 1ATNA 4CD3A 2QWNA 2HF3A 3D2EA 1QQOA 1SQKA 5I9EB 2QWOA 3BF1A 5AFUH 4FOEA 4BG8A 2J4RA 2A6AA 1V4SA 5AQRA 4IXCA 5AZIB 1LCUA 1ATSA 4BR4A 4K42A 3D2FB 4PKHA 3VEVA 2P9PA 2YJEA 1MA9B 3IUCA 3M3ZA 4WQ4A 3U4LA 4IWVA 1LOTB 2V52B 4B9QA 5JMVA 3ULEB 5BN9A 4RWTA 3VGLA 1QZ5A 2FXUA 3AY9A 4NO7A 5KPZA 5BREA 3HTVA 4EIAA 3QDKA 3FR0A 3WEEA 4CJ7A 1NGFA 3MDQA 2P9SB 3I8BA 5AQLA 3WXJA 3F9MA 4EHTA 3A5MC 3EL2A 3EN9A 5AQZA 4BROA 4H03B 3W0LA 3O4WA 5FPMA 5BRDA 4Z94A 3ID8A 3VETA 5BPNA 3VEWA 5KPTA 3GOIA 1BWFO 1ZXOA 1KAXA 1U6ZA 3O5BA 2OANA 3FFKB 2NRHA 2ZGZA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4Z4FA 1E3MA 1Q8IA 2EX3A 3SK3A 5KGXA 4IEIA 3DRPA 1DT9A 1S6QA 4IOAL 4C8OA 2DY4A 1N6QA 4O0JA 2B4JA 4KHWA 4B9NA 5H1SQ 4R79A 3OS2A 5HLFA 1Q81O 4FWSA 2HBMA 3QINA 1G99A 4LF5K 3SQ2A 3H46O 4O5BA 2OZSA 4JK8A 1TGOA 2A3ZA 2B5JA 3FGUA 3LM2A 4CECA 4DTMA 2W40A 3ENBA 5GAGP 2QTDA 4B1VA 2KFZA 4IFYA 1LWEA 3AVGA 4WQ4C 4BC5A 2HMIA 2P9SA 3H3NO 4CBXA 2R7YA 3WUHA 2QEXN 1TUYA 2HBLA 4DU3A 2Q1NA 1YI2N 4NCGA 1O13A 3CM5A 1NJZA 3QEWA 2E1YA 5BPMA 1TAUA 3PUFA 2F9WA 4KH5A 2FC0A 3G71N 4DV6K 2CGKA 3OY9A 4LF8K 1BG3A 3AVFA 2VWBA 3O9QA 2G8HA 4FLWA 3ZCMA 4DUZK 5I3UA 2GUPA 3ZSVA 4J2EA 3O9SA 4A5BA 3OVNA 4FJNA 5BR9A 3VQQA 3OYCA 2XY7A 3FZKA 4BE1A 2HHQA 3G25A 4WF9L 1IKXA 4CIFA 2JLEA 1D8YA 3C7NB 3OYEA 3K58A 2YI1A 1U2VA 2E88A 3TWHA 2V7ZA 1T8EA 3AO3A 4JV5K 1JLAA 2HNDA 1LV5A 4YOUA 3CG7A 4K8ZA 3KHYA 2RHKA 3F9KA 4KFBA 3TABA 4XH4A 3CI5A 4RTFD 4BC4A 3KD1E 2E5LK 3VGKA 5HP1A 4DTRA 4Z4EA 3D6RA 4FYDA 5KI6A 2AJQA 5AQMA 3OTOK 4RW7A 2Y1IA 4CEEA 3LDSA 5FPDA 4JI0K 2QKBA 3OW2M 4FJ8A 2WBNA 4JD2A 1HNVA 4RW4A 2O8DB 1SAZA 1TL3A 2ASMA 2BANA 2QWMA 3AARA 3C65A 4MLEA 4EP4A 1BHLA 2CH5A 1K73O 4LD0A 4DS4A 4LF4K 5AQPA 2P5OA 1HLUA 4YOTA 3S9HA 1W9HA 1ITGA 1UOCA 2O4GA 4M3YA 4WFBL 4H0OA 3B6OA 4CJRA 3ZSOA 3OYNA 4AHRA 1OVYA 3O3GA 4AHCA 1ZBHA 4DWIA 1TYQB 4FVMA 2E2OA 1KVCA 4NCBA 1X9JA 3ZETA 3U9DA 1BO5O 3OYLA 4DKWA 3BEXA 4LY7A 4DCHA 3SBGA 1IJJA 3AO4A 5FPEA 3ZSRA 1M1KO 1W0HA 2P9KB 4Y1DA 1OKJA 5CY4A 4B3OA 4CE9A 1GLBG 4BGAA 1MWKA 4ISGA 2A5XA 2VQFK 4BGBA 4JI2K 4BRPA 4H4OA 4H8KA 1SL0A 4IJNA 3VQBA 2Q0RA 3CCJN 3CC4N 3LDOA 2E1ZA 1A5VA 4AHUA 1BIZA 1JCEA 3F5TA 4CJ5A 3VEZA 4PY5A 5FPNA 4CZFA 5AZJA 4EFHA 1SKSA 3VF6A 2BUPA 3I8DA 1KAZA 5JICA 4B3RK 3AA3A 4V19S 5AQHA 4G9ZA 4FJKA 1VSHA 3TI0A 4BQZA 1N32K 2W41A 4BRFA 2FBXA 1TUUA 5C25A 2B6AA 3KLFA 2HHWA 4HCCA 2HHXA 2O8FA 2FF3B 4CJEA 4B9SA 2HMPA 2HBJA 5AQYA 4E1MA 5B8HA 4PL7A 1YJ9N 1IG9A 2W00A 2D0BA 1YJWN 1ESVA 3TSQA 3C95A 4AF1A 4CBUA 4A2AA 4DQSA 4FVUA 3KK3A 1LWFA 1J9AA 3M8RA 1VSKA 3OYIA 4M3UA 5KRSA 3ATVA 3DLKA 3GE1A 3AA2A 1XWLA 5C42A 2DTUA 1TK0A 3VESA 1HJOA 5LL6Z 1VQ4N 4FZXC 3DLHA 1EO1A 1KAYA 3H45C 2QM1A 1OH5A 4FPBA 4HUEA 4E7JA 2IIRA 3P4IA 3QMLA 3CYGA 2CGLA 1NJIO 4DV4K 3HI0A 1K8KA 5EXWA 4J8FA 1JCFA 3EE8A 3EZWA 2I5JA 4BREA 4CJSA 1OH8A 2KFNA 4NLBA 2WTUA 3RMCA 3TTCA 4ISFA 3ZSQA 3K9JA 2A1SA 4DFMA 4BR0A 3QIPA 2X74A 1T44A 4H0VB 2YHAA 4DLGA 3SV3A 4CJ4A 4H0XB 2RN2A 4YORA 4CHPA 3ZT0A 1UA0A 1RDAA 4EZ9A 2QWPA 4NYNA 3H3OB 4B9UA 1WSIA 2A42A 3WNGA 1BA0A 3U3GA 4BRDA 3ZX2A 4YNQA 5AQIA 2C1GA 5F1XA 3D2EB 3FE1A 1U49A 4CZIA 1TAQA 5KQDA 1KQSM 1BA1A 3KD5E 1QSLA 1KCFA 5BR8K 4BRIA 3WXIA 4CESA 3SLCA 3ZEUA 3IS9A 4K8XA 3MN6A 4ID1A 4XH1A 3OJUA 2NRWA 4BC2A 3TANA 4DSJA 4O0IA 1XMQK 3QO9A 2WFBA 1VQPN 1GLFO 4FWOA 2QWLA 3FFIA 4IG0A 4J2BA 3O4NA 3L2UA 1YUWA 1NGEA 3C6UA 3CM6A 5J2MA 3LP2A 4CJWA 3CCQN 3GG4A 1C0FA 3SQ1A 1NNEA 5FROA 1WBDA 4KHUA 3IFRA 3A5NC 1VSEA 3THXB 3ZSYA 1X9MA 2E8AA 3ZT1A 3DXKA 1OH6A 1EXQA 5F0XA 1IG8A 4KRFA 3W3DA 4K25A 1EWRA 1SKRA 2ASPA 3WQTA 2HSTA 3LP0A 1K6YA 3S5TA 3MEEA 3NH1A 1JLBA 2E6MA 4PKIA 4DR2K 1YITN 2IVNA 1NM1A 3HSCA 4CD3A 2D5RA 3K57A 1WN7A 3HVRA 5JVHL 3OYHA 1RDCA 5AQRA 3P39A 1VSMA 4FM1A 4IXCA 2NRXA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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