4B1ZA

Structure of the phactr1 rpel domain bound to g-actin
Total Genus 112
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
112
sequence length
369
structure length
335
Chain Sequence
ALVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIYPIEHGIITNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPTLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNVPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVTHNVPIYEGYALPHAIMRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFVTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFENEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPETLFQPSFIGMESAGIHETTYNSIMKCDIDIRKDLYANNVMSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWITKQEYDEAGPSIVHRKCF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Structures of the Phactr1 RPEL domain and RPEL motif complexes with G-actin reveal the molecular basis for actin binding cooperativity.
pubmed doi rcsb
source organism Mus musculus
molecule tags Structural protein
molecule keywords ACTIN, ALPHA SKELETAL MUSCLE
total genus 112
structure length 335
sequence length 369
chains with identical sequence B, C, D, E, F
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-07-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4b1zA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4b1zA02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 4b1zA03
3IUCA 4O5FA 3WXJA 1HKGA 1NGAA 3HBTA 3A5NC 2P9KB 3MN6A 2GWJA 4AM7A 2E1YA 2P9SA 1V4SA 3LDQA 3LL3A 2GTDA 4FPBA 2HF4A 1SZ2A 4XH5A 1C0FA 3O8MA 1NM1A 4BRNA 1NGEA 4EAHD 4BRGA 4IWVA 2QWNA 5JICA 5LY3A 3AARA 3VPZA 1BA1A 4DQ8A 2FXUA 4BVOA 3DAWA 3U9DA 1G99A 1XC3A 3WQTA 4FOIA 2D0PA 1MDUB 2YHWA 1E4FT 3CQXA 2AP1A 3JXUA 3ZX0A 5AQUA 2P9UB 3O4WA 1NGGA 4AM6A 5LJWA 4BRKA 3BP8A 3WEEA 1QHAA 5AQZA 2Q0UA 1SAZA 2QWMA 4BRIA 3CHWA 4BRHA 4BRDA 3ZX3A 1K8KB 1YVNA 1RDWX 4LC9B 2P9LA 3VF2A 2AA4A 3WXIA 1S22A 3VF6A 2E2OA 1Y64A 3ENOA 3GG4A 4JD2A 2I7NA 3LDNA 2QWQA 1OKJA 2BTFA 4EFHA 4H5NA 2OANA 2E20A 3M1FA 3ATVA 4FWSA 3CI5A 3P4IA 1BO5O 4H0OA 3ZETB 2CH6A 3D2EB 1QQOA 4EHUA 3TU5A 1ATRA 1QZ5A 1QZ6A 2ASMA 4H0XB 4CZMA 4H03B 4BC2A 4IJNA 5EVZA 3CETA 2DPNA 5EXWA 3HSCA 4PL8A 3VENA 1X3NA 4B1UB 3W3DA 4KBOA 2FF3B 4CD1A 5AQVA 3ZEUA 4A2BA 4A61A 3VETA 2CGLA 2V52B 4HWIA 1EQYA 2E8AA 4WQ4A 3SLCA 3QICA 4XH4A 3SK3A 3UKUB 4BR2A 3D2FA 1KAXA 1K8KA 2F9TA 2FF6A 3DJCA 3CJCA 4NB4A 3EO3A 3SJHA 4XH1A 4EHTA 4H5TA 1C0GA 3CJBA 5AFUH 4MLHA 5ELZA 3QBXA 2FSJA 4FWNA 2D0OA 3D2FB 4HTLA 3CJ1A 1ATSA 5AQYA 2V7ZA 3L4IA 3GDQA 3VGKA 4F9OA 1HJOA 3O08A 3ID8A 5KQ8A 3H3OB 1GLEG 5BPLA 5KPTA 5AQRA 3VEYA 4BGAA 3DXMB 4NO7A 5F2RA 1MWMA 2PAVA 4FWOA 4Z94A 5EY4A 1WUAA 5AQKA 5TKYA 4FWMA 3MN7A 3O1BA 4H0PA 4JD2B 3LDPA 1IJJA 1T44A 3WT0A 4H5WA 2F9WA 4O8KA 2KHOA 2BUPA 4ISEA 2NRHA 1MA9B 5E84A 5AQOA 1H1VA 3VGMA 4GY2B 3U9ZA 4PKHA 4JHDB 2VCPA 3A5OC 3H46O 1BG3A 2Q0RA 5LJVA 1TUUA 2FSKA 4JN4A 4H5VA 3FZLA 3AAQA 2P9LB 3U8XA 1DKGD 3VEZA 3CJ9A 3FZHA 2YCHA 4CJ7A 5AZJA 4DHYA 4DCHA 4BQZA 2ZGYA 4QS7A 1WOQA 2PBDA 1NGJA 2VWBA 2IIRA 4H0YB 5AZIA 5CE3A 1T6DA 1NMDA 1NGFA 4FWKA 2VYPA 3C0BA 2YJEA 5AQLA 1CZAN 2Q1NA 3O6WA 4B1ZA 1KAYA 1JCGA 3H3NO 4PL7A 5JMVA 5KQDA 3QB0A 1V4TA 3LDOA 2Q36A 3AAPA 4IO8A 1U2VB 4RWTA 3LDLA 3FGUA 2QWRA 1YXQA 3VF4A 3A5LC 3MK6A 1S3XA 4BRCA 4BR5A 5BN8A 3UE5A 1D4XA 5AQIA 3BEXA 4IXCA 3UB5A 3WQUA 1J6ZA 4A62A 1ZBSA 3EKSA 3VEVA 2E2QA 1JCEA 1DGKN 1T6CA 2H3GX 4H0VB 3LM9A 1GLCG 1BA0A 4CZIA 1E4GT 2Q2RA 2P9PB 1BWFO 5AQNA 4ISGA 5AQQA 3UKRA 4JAXA 3IMXA 4C23A 1NWKA 4M63C 1Z05A 2Q97A 1QQNA 3FFKB 1RFQA 1BUPA 3GL1A 3RSEB 2P9IB 2P9KA 3O5BA 3A5MC 3R8EA 3VERA 4ISFA 3UKUA 1XQSC 2E2NA 5FPDA 2J4RA 3J8AA 5AQFA 4CZJA 5AQXA 1NGCA 3WXLA 3HI0A 2P9IA 3KVGA 5AFUA 1LCUA 1GLBG 3OHRA 3RSEA 3BUZB 1NGBA 4MO5A 5BR9A 2NLXA 2E2PA 4BGBA 3MN5A 2ZWHA 1HKCA 2NZTA 4GNIA 4BRLA 1YUWA 2W40A 2P9UA 4I6MA 3SMPA 1QQMA 1YAGA 4K25A 5AQJA 2FSNA 4BRMA 1NLVA 1Q18A 3BF3A 4PKIA 2ASPA 2HMPA 4B1XB 5JLHA 5KPZA 4QS9A 2WUSA 1NGHA 4BRPA 3ZX2A 4BR7A 2QM1A 5AQWA 3IFRA 3FE1A 3ATUA 2CGKA 4B1VA 4IJAA 1BDGA 3DXKA 5AQPA 5AZJB 4K41A 4BG8A 3CJAA 3A8YA 5AQMA 4FOEA 2IVPA 2D4WA 3MDQA 3H45C 2D1KA 3B8AX 3HTVA 3R6MA 1HLUA 3EKUA 1ZXOA 3O80A 2YJFA 4FO0A 4PKGA 2UYTA 4CBUA 2QWPA 5JLFA 3VEOA 3I8BA 3GE1A 3GOIA 5AQSA 1HKBA 3U4LA 1GLAG 4CZLA 3ZEUB 3DXKB 2I7PA 5BREA 2QWOA 4BR0A 2GELA 4JHDA 3KZBA 5I9EB 2HOEA 4BREA 1HX1A 2HF3A 5BRHA 4BRFA 5AQTA 4YDUA 3EN9A 5BN9A 3TPQA 1R59O 2QWLA 3QDKA 3VOVA 3VEXA 1BOTO 1U2VA 3I33A 4WQ5A 2GWKA 4CBWA 1ESVA 4BRAA 3H1VX 5EX5A 4DB3A 2YI1A 1NGDA 4H5RA 1Z6RA 3HZ6A 2QW9A 3D2EA 1NBWA 4H0TB 4BVPA 3CQYA 1X3MA 3MCPA 5AZIB 2ITMA 3KHYA 4BC5A 4IZ9A 4WYBA 4B9QA 3D7EO 4FSVA 4CZHA 1P8ZA 4BRQA 2E88A 3FZFA 3IDHA 4JNEA 4E1JA 5KPRA 3FR0A 4BROA 3JS6A 4CI6A 4K43A 3MMVA 3QFPA 4M7YA 2IVNA 3O1WA 4A2AA 4FL9A 4RCHA 2A40A 4WQ5C 2FLOA 4QS8A 3QBWA 1MWKA 4WQ4C 1X9JA 4CD3A 3ENHA 3SMSA 4FWRA 4BG9A 1XUPO 2ASOA 2EWSA 5BPMA 5F1XA 3LM2A 5BRDA 4B1WB 5FPNA 3MN9A 3ULEA 5F0XA 2YHYA 1RGIA 3M6GA 3WUHA 1NGIA 2A5XA 3CERA 1GLLO 3DXMA 4CZEA 4FWQA 1TUYA 4M7XA 3FZKA 1ATNA 3L0QA 4RTFD 1GLDG 5FPMA 3L6QA 4J8FA 4EIAA 4BC3A 5B8HA 3VEWA 5EOYA 2QXLA 4BR4A 3C7NA 1GLJO 1TYQA 2P9SB 5E26A 3M3ZA 1U6ZA 4CZGA 1JCFA 3GBTA 2ZF5O 3F9MA 3S41A 3H1QA 5ADXA 3EZWA 2CH5A 4Y0WA 1SQKA 3C7NB 1GLFO 2E1ZA 2A6AA 4K42A 1DEJA 4FWPA 5AQGA 3BF1A 2YHXA 4CBXA 3VESA 3HM8A 5AR0A 3WEEB 2V51B 2A3ZA 3EL2A 3UKRB 2CGJA 3VGLA 4CZKA 1LOTB 3AY9A 3R9PA 1BU6O 2GUPA 3ULEB 5FPEA 2V7YA 3CIPA 1KXPA 1IG8A 4BQLA 2GEMA 4BR9A 3QMLA 3CJ7A 3DWLA 3H6EA 1KAZA 3FZMA 2W41A 2ZGZA 3WXKA 4MLEA 3QFUA 3ZETA 3W0LA 2Q31A 2IVOA 5BRFA 5AQHA 4XEIA 1HPMA 3A0IX 1ZC6A 3G25A 4MO4A 4YDUC 2A42A 4B1YB 2A41A 2P9NA 4FWLA 4CZFA 1HUXA 4I6MB 4BC4A 5BPNA 4L3QA 1TYQB 2P9NB 3FLCO 2P9PA 5ADXH 4FPAA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2ZQBA 4DU1A 4EZ9A 5C25A 5FDLA 1NGAA 4JI6K 3MN6A 1YTAA 1RBVA 4JKHA 3MWPA 4EP4A 2P9SA 2D5RA 3NF8A 4KHYA 4ZHRA 4OKKA 4BWJA 1JLFA 2YNGA 1UA0A 4BEBA 1BI4B 3M8QA 5M1QA 3LWLA 3SJJA 3THYA 4BRNA 3CCVN 2O8CA 2QTDA 4KHUA 3HSTB 4WFAL 3VPZA 3NAEA 4GW6A 4BVOA 3EE9A 1RT6A 4I9LA 1SV5A 4AHTA 4B9LA 4O4GA 2YHWA 1TL1A 3JXUA 3SZ2A 2UUCK 2JGUA 1OH8A 1K8AO 1QHAA 1SAZA 4BRIA 4BRHA 4N5SA 1K8KB 5C0YA 4L8RB 5FRNA 4LC9B 3HJFA 1X1PA 3VTHA 1WAJA 3KWIA 3VF2A 3L3UA 2JWLA 4YOYA 2UUBK 3CPWM 4CJEA 4B3TK 4IDHA 3RMDA 4KPYA 3AVMA 4H5NA 4KRFA 4IEEA 1SKSA 3E01A 4E1NA 2JLEA 5EU7A 4CZMA 4H03B 4WE1A 5KGXA 3W3DA 1D8YA 1SL2A 5AQVA 3P31A 3VETA 4IDKA 4A59A 4ILHA 3VMFB 3ALYA 4CEEA 3ASMA 1NK4A 2E8AA 4WQ4A 1U4BA 3QICA 4BDPA 4FJ9A 3SK3A 4FJHA 4YNQA 4UY8O 4CK1A 3SUOA 2FF6A 3DJCA 3CJCA 3B6OA 2QEXN 2E6MA 4XH1A 4E89A 1C0GA 1RT2A 1NU0A 3CCQN 3SI6A 1TL3A 2OPQA 5D3GA 3THWB 3NGZA 3V9WA 4HTLA 1S1VA 3HPOA 2HW3A 3CJ1A 1N5YA 3SQ4A 2Z1JA 2V7ZA 3L4IA 3VGKA 1S72N 2KFZA 3O08A 4KHPK 3IKMA 3H3OB 3C6HA 1J5EK 1GLEG 2DFFA 3EYZA 1D9FA 4IG0A 4BGAA 2B4JA 3DXMB 3QEPA 4NO7A 5F2RA 4Z94A 2O8DB 1YJNN 3SBGA 3CM5A 3PUFA 4FWMA 3P83D 3O1BA 3PV8A 4H0PA 4JD2B 4E0DA 3LDPA 5GADP 2HBLA 3LZJA 4CJTA 2D0BA 2G8VA 3CCEN 4W5RA 2OTLN 3U9ZA 3G10A 4PKHA 4JHDB 2VCPA 1C0MA 1BG3A 2Q0RA 3KK2A 2FSKA 1NK8A 4H5VA 5HP1A 3FZLA 3AAQA 4ELVA 3V9UA 1TAQA 3CJ9A 5HBMA 4NCAA 3P5JA 4CJRA 4DTXA 1T6DA 3OYAA 2VYPA 4OJRA 2YJEA 5AQLA 1CZAN 5KQDA 2G8UA 4ZTJA 5M1KA 3LDOA 4DTMA 1XNQK 3DLBA 4HTUA 3VQEA 3AAPA 3BGRA 1J5OA 4RWTA 1VSHA 3ZSQA 5J2MA 3K5OA 4Z4CA 1JLEA 4O44A 3MK6A 3E66A 1HNIA 3L2QA 1D4XA 4LF9K 1VQ6N 3WQUA 4KH4A 1ZBSA 1ZBUA 1DGKN 3T69A 4H0VB 4B9TA 1FXXA 3LM9A 4DR2K 1HNZK 4LFAK 2P9PB 2ITGA 5AQNA 2F8SA 4C23A 1NWKA 2Q97A 3FFKB 3KWGA 3O5BA 3A5MC 2D0CA 3TSUA 5FPDA 3UKUA 2BDPA 2J4RA 3OYDA 4F2RA 3AVNA 4DKWA 3WXLA 3HI0A 3KVGA 1LCUA 3RWUA 1NGBA 2E2PA 3ZSWA 3LAKA 3MN5A 2NZTA 4BACA 2P9UA 4R5PA 3SMPA 4FVMA 2LSNA 4F3TA 4O0JA 2FSNA 3MX5A 1NLVA 2RE2A 4PKIA 3TAQA 4DG1A 3V9XA 4FJXA 4B1XB 2HHVA 5KPZA 4JV5K 4FLUA 2O8DA 2O8EB 4DR5K 3QETA 4BRPA 3ZX2A 4LF7K 1L3UA 1W7AA 4B9SA 4PHTX 3O3HA 4CEBA 2EX3A 1BIZA 3C6UA 5AQWA 3FE1A 4JRQA 1U04A 4NCBA 2VG5A 3ATUA 4YFUA 3AA4A 3AVBA 3DXKA 1RT3A 4IJAA 4M3WA 5AZJB 4K41A 3TR8A 4O8UA 1ASUA 5AQMA 3LZIA 1NK9A 2FC0A 4FOEA 1NJZA 5C10A 3VA3A 3R6MA 1HLUA 3EKUA 3RR8A 4FO0A 1T8EA 1ZBLA 5M1PA 4CIGA 4B3SK 3RRGA 3LALA 4DU4A 4HUEA 4DTRA 3GOIA 4Z0UA 2QKBA 3S3OA 3DXKB 4BE2A 2QWOA 3KD5E 4CEFA 3CFPA 1IO2A 2GELA 3QINA 1QSYA 4K0KK 1E3MA 3KLFA 2HOEA 2FBVA 2OPSA 1KTQA 3KLIA 2HF3A 4BRFA 4IBNA 5BN9A 1R59O 2QWLA 1BOTO 2GWKA 4E7HA 1ESVA 3OYLA 4JS4A 2ETJA 4DB3A 2P51A 2UU9K 1XC9A 1Z6RA 3HZ6A 1FJGK 3CQYA 3MCPA 5AZIB 2ITMA 3KHYA 2ZJRL 1O13A 4FSVA 4BRQA 3VQBA 4B8AB 2E88A 3IDHA 2YX6A 3A2FA 1XMQK 4JLHA 3ZSZA 1RTIA 4FJGA 3PIPL 4DR4K 4M7YA 3MMVA 3NDKA 1WB9A 3AVFA 4J2DA 3SV4A 4DFMA 1HMVA 1TK8A 3THXA 2VG6A 2HHQA 1X9JA 3ENHA 4FWRA 1RTHA 4CGFA 5M1OA 2ASOA 5BPMA 3R1XA 5F1XA 3WNFA 2BH1A 3MN9A 3ULEA 5CY4A 4IFYA 2DY4A 2HHXA 1K73O 1NGIA 2HVIA 1FW6A 4FWQA 2NRXA 2NRTA 2XY6A 1KCFA 4M7XA 1X9WA 1ZBFA 3FZKA 3OYEA 5JS1A 4EP5A 1D5AA 3DM2A 3QEIA 1GLDG 5FPMA 1IH7A 5B8HA 3VEWA 5EOYA 4BR4A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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