2X6NA

Human foamy virus integrase - catalytic core. manganese-bound structure.
Total Genus 60
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
60
sequence length
188
structure length
188
Chain Sequence
PQKPFDKFFMDYIGPLPPSQGYLYVLVVVDGMTGFTWLYPTKAPSTSATVKSLNVLTSIAIPRVIHSDQGAAFTSSTFAEWAKERGIHLEFSTPYHPQSGSKVERKNSDMKRLLTKLLVGRPTKWYDLLPVVQLAMNNTYSPVLKYTPHQLLFGIDSNTPFANQDTLDLTREEELSLLQEIRTSLYHP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords INTEGRASE
publication title Structural Studies of the Catalytic Core of the Primate Foamy Virus (Pfv-1) Integrase
pubmed doi rcsb
source organism Human spumaretrovirus
molecule tags Viral protein
total genus 60
structure length 188
sequence length 188
chains with identical sequence B, C, D, E, F
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2010-02-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2x6nA00
4H4OA 4DF8A 2HW3A 3C95A 5CY4A 1EETA 3LAMA 3SUOA 3M8QA 2G8WA 3OS0A 4Y1CA 1C1AA 3NF9A 4KREA 4FYDA 2Z1GA 1WNSA 5CZ1A 4CEZA 2G8HA 1NKBA 1S6PA 4OPJA 4JS4A 4CGFA 1JLAA 4E89A 3TAGA 1BISA 3DOLA 1NK6A 2YHBA 3OYFA 4FK4A 1S5JA 4LH4A 3P1GA 3D45A 3HVTA 4ID1A 3TAQA 4O4GA 3ZSVA 2X6NA 1JLFA 3P5JA 4CF2A 4DTSA 1NOYA 4F8RA 2HVHA 2E6MA 4B9NA 4FZZA 1WSIA 1RBTA 4NCAA 4HCBA 3AA3A 1TK5A 4KHSA 4O0IA 2D0AA 1RT1A 3ALYA 3L2RA 4BE2A 1BCMA 2X74A 3F73A 4FJMA 3AO5A 4LSLA 3A2FA 3HPHA 3MAQA 3K59A 3LP2A 2PYJA 3TR8A 4DFMA 1RT6A 4B3OA 3K5NA 4PWDA 1RT4A 1LWEA 1SKSA 2VG6A 4CFCA 4DTJA 2P1JA 1EX4A 4CGJA 4AILC 4AHRA 1HQEA 4EP5A 2YV0X 3QIPA 5HRPA 4Q5VA 1ASUA 4CK1A 3VA3A 3IS9A 4M3YA 4JS5A 1RTJA 1HMVA 1U47A 2OZMA 3SQ2A 3EZ5A 2OYQA 2HHUA 3OVNA 4FJ9A 4CHOA 1HQUA 3NH0A 4M3ZA 3SPZA 3BDPA 4LY7A 4RW6A 4KFBA 4KTQA 4MFBA 3NAEA 3KTQA 1B9FA 4N76A 3V6DA 4OVLA 4OLAA 4QAGA 4DMNA 4M3WA 2IS3A 3RWUA 2P5GA 1VSFA 1SL2A 4Q0BA 3AVCA 1JLEA 4YFUA 4Z4GA 2B4JA 2QK9A 4M3RA 3T1AA 3L2QA 4NYFA 1VSIA 3CFOA 2G8FA 1U4BA 3OYCA 4M45A 5FRMA 5E41A 4DS5A 2Y1JA 1NJXA 4DLGA 2PY5A 4W5NA 3QLHA 3LDSA 2ATQA 4BE0A 3OS1A 4PUOA 3VQDA 1LW0A 3AA2A 1VSLA 4N41A 1YTAA 3HPOA 4CFDA 3KD5E 4PQUA 4OLBA 3AVGA 3SV3A 4OGEA 3SUPA 1QTMA 3OYDA 1GOBA 1WSGA 2A1RA 4FK0A 4HCCA 1B9DA 4AHVA 1TVRA 1LAWA 4ZHRA 5J1EA 3IAYA 2Y1IA 1D8YA 1IKVA 3VQEA 5C42A 4ELTA 2B6AA 3F9KA 3U3YA 1WSHA 3RMCA 1Z26A 4O44A 3O4QA 1HPZA 1NK8A 4HTUA 2YNIA 2ZE2A 1NK9A 2F8TA 1QS4A 1REVA 1BGXT 3M8SA 1SKRA 1C6VA 4N5SA 3M8PA 4W5QA 3ZT0A 2ZD1A 4DWIA 3KKSA 3QEXA 4KB1A 4KRFA 4GMJB 3QINA 1S9EA 1NK4A 3NGYA 4RW7A 1QSYA 1JLGA 3AA5X 3S3OA 4EZ9A 2Z1HA 4CIFA 1S1UA 3CYMA 1RBSA 4E7JA 3NBPA 4CIGA 2VWJA 3RR8A 5KI6A 3DRRA 1KSPA 1BI4B 3VQQA 3SPYA 2F8SA 3KK1A 1RILA 2ITGA 2A1SA 3AVHA 4DF4A 1CXUA 1K6YA 3UIQA 3OS2A 4AHCA 2RN2A 1NOZA 4FJNA 4DSFA 4KPYA 4CJ4A 1N5YA 1IKWA 1LV5A 4DG1A 3ULDA 3VQ8A 4E1MA 4CHZA 4CFAA 3SQ0A 3SUQA 1W9HA 1J9AA 3QERA 1RT3A 1WSJA 3ZSOA 2HNYA 4FLZA 3G10A 3TAPA 1SL1A 3IRXA 3SCXA 2HB5A 2HMIA 1TGOA 4M3UA 1GOCA 3DLHA 4FXDA 2F96A 3QEPA 3V4IA 4B9MA 4RW4A 1LAVA 3I8DA 2R7YA 4FLYA 4DTUA 2PYLA 4FW2A 4Y1DA 2XY7A 1RDAA 3ZSWA 4AH9A 4DSLA 2HVIA 4AHUA 1TKXA 1X9MA 3KKRA 3HP6A 4CF1A 4FCYA 4CEFA 2WONA 5HRSA 1JKHA 3QEVA 4KAZA 3B6PA 4KHYA 1RTHA 3T3FA 4CE9A 3NDKA 3DLGA 4H4MA 3K58A 4DQSA 1YT3A 1BI4A 1VSKA 2YKNA 3OYKA 1S6QA 3QO9A 3SQ4A 3IG1A 1KFSA 2IC3A 3MEGA 5JS2A 3VQ4A 4BDZA 4CGGA 2XY6A 1SL0A 1L3VA 4ELVA 4W5TA 4CJQA 4B9TA 3MEDA 1WN7A 1VSDA 4I2QA 5DK5A 2VG7A 2G8IA 4YNQA 1DTQA 2IDOA 1I3AA 1UOCA 4FVMA 4DTXA 2IOCA 2YNGA 2HHSA 4JLHA 3ZSRA 4HUEA 3C6TA 3U6FA 4DFJA 1YTUA 3P83D 1JXBA 3KK2A 3V81A 2YNHA 1CLQA 4M42A 3NF7A 3LP1A 4N56A 1ZBFA 4I9LA 1BHLA 1VRTA 3NH1A 4F3OA 1J5OA 3OYHA 1RT5A 1CZ9A 3B6OA 3HT3A 4HHTA 1L3UA 2KZMA 3L8BA 4FJKA 1C1BA 2BANA 2XRIA 4KO0A 3ZT1A 3I0SA 4M3XA 2O4IA 1J54A 3HPGA 3HJFA 1RDBA 1HRHA 4IFVA 3RMDA 1XWLA 5FDLA 4QOZB 4CJWA 3L3VA 4C8KA 4CJLA 5J2NA 1TKTA 1VK0A 1U04A 1UA1A 4BWJA 4GVMA 4WE1A 1TK8A 1CZBA 3OYMA 4J2DA 2Z1JA 1X9WA 1HYZA 3L2VA 3V1RA 3K5LA 1S1WA 2E6LA 4I9QA 3KJVA 2FBVA 3HXMA 1RT2A 3AVJA 4NYNA 4CGHA 4CIEA 4JRQA 1RTIA 4MQ3A 4CECA 5I42A 3E01A 3K5OA 3NF6A 2RF2A 3ZSXA 3OYIA 1SV5A 3HP9A 3EYZA 3V9ZA 4CJFA 1S1TA 4Z4HA 3AVBA 2KW4A 3JYTA 1Y97A 2D0CA 3L2WA 4W5OA 4I7FA 1UA0A 2OPQA 3ZT2A 1QHTA 5KRSA 3FFIA 4FJJA 2DFHA 5J2QA 4FLXA 1S1XA 4FM0A 4CJ5A 4C8OA 4C8MA 4DTRA 4DQQA 2BGGA 4DTPA 2LSNA 1LW2A 3TWHA 3RRGA 5JS1A 2XO7A 1FKPA 1NK7A 5J2MA 4IFYA 1JL1A 3VN5A 1RCHA 3TAEA 4DU3A 3DM2A 4CCHA 3PX0A 3PX6A 3SNNA 4ZTJA 1VRUA 3ISNC 4DTMA 3DMJA 4ELUA 3AVNA 2FBXA 1MU2A 1XHXA 3AVKA 3LANA 3T19A 2XY5A 1NKEA 2HHXA 3NCIA 1ITGA 3TAMA 1Q9YA 1Q9XA 1WAFA 1Z25A 4CHQA 1F21A 4B08A 1IKXA 1NJZA 3O4NA 1HNVA 1XHZA 1FXXA 3NE6A 2PZSA 2OPRA 3VQ5A 5HP1A 4KB0A 2VWKA 3WNFA 3O3HA 1BQMA 4OKEA 4H8KA 2QXFA 3V1OA 1C0UA 3OYGA 3CG7A 4K8XA 3SQ1A 2OPSA 2HHQA 3SJJA 2X78A 5C24A 4FW1A 1BQNA 2W42A 3PV8A 1RBUA 4FLWA 5J2PA 4DFKA 1WLJA 3DI6A 3SYZA 4KHWA 3ZSQA 4KI6A 4CHNA 1KTQA 2YNFA 5CYQA 1B92A 3S3NA 5KGXA 4B9SA 1JLCA 1BIZA 1U48A 2KZZA 4FM2A 3V9SA 1HYVA 1L3TA 4BWMA 4IKFA 1QSLA 4PY5A 4W5RA 3LZJA 2JLEA 1D9FA 2OZSA 4HUGA 1LWFA 2HNDA 3C94A 3LAKA 3AO3A 3AVLA 3I0RA 4CJSA 4CFBA 3H08A 5C25A 3K5MA 1X9SA 4CJEA 2P51A 4E3SA 3S3MA 4UQGA 4DLEA 2XHBA 1TK0A 3M8RA 3PY8A 3WNGA 3O3GA 4PA1A 3O3FA 1RBVA 3AO2A 4KTZA 4FJ7A 3AO4A 4FJHA 3KLGA 4G1QA 4M41A 1LWCA 1KCFA 4CF0A 3RR7A 3THVA 2G8VA 4EP4A 4AHSA 4E7KA 3AVMA 3V9XA 4B9LA 1ASVA 1KVAA 3G0ZA 3HL8A 4HUFA 2DFEA 4IBNA 4DQRA 4O5BA 3QEWA 1IG9A 4FJGA 3CM6A 5KTQA 3V9WA 4CEEA 1R0AA 1C0MA 3HSTB 4OJRA 4DTNA 2KTQA 1ZBUA 4Z0UA 3NF8A 3LALA 4CERA 2KQ2A 1CXQA 3VQ9A 4JRPA 4BDYA 4BDPA 1L3SA 1EKEA 1ZYQA 4F4KA 2D5RA 1G15A 1A5WA 3TARA 5HLFA 4CEQA 3DLKA 1NKCA 2FBTA 4FJLA 4O55A 1JLQA 3PO4A 3LP3A 3PO5A 4ZTFA 1I39A 1RBRA 3K2PA 1D5AA 3VQ7A 2HNZA 1N6QA 1HYSA 3ZT3A 3BGRA 1U49A 3HO1A 3AV9A 3SUNA 1Q8IA 4O0JA 4F2SA 4HVJA 3KLHA 1QSSA 5HRNA 1C1CA 4CEAA 4CJKA 3ASMA 1JL2A 4E19A 4OKJA 4DU1A 4E0DA 3EY1A 3KLEA 2XY8A 1BCOA 5CYMA 4B8CA 1SKWA 4F3TA 1TV6A 2QKKA 4FM1A 2I5JA 3ZT4A 4R5PA 2HHWA 4CJPA 1KFDA 3QEIA 1U45A 1NK5A 2EHGA 4CESA 2FBYA 3DLBA 4CJUA 2IGIA 4RG8A 1TL1A 5SZTA 3AO1A 3MECA 3OJUA 4J2AA 4Z4IA 4CGDA 4C8LA 1WSEA 3HYFA 3QETA 4F2RA 2IAJA 4CEOA 3CM5A 4BACA 2KFNA 2YHAA 4FK2A 1W0HA 3L3UA 1IKYA 3ZCMA 3S9HA 1ZBLA 2BDPA 1ZBIA 3VQPA 2RKIA 3VQBA 4ICLA 3KLFA 3LWMA 3TABA 5CZ2A 1TKDA 2GBZA 5HBMA 2ETJA 3DRPA 3CFRA 3OYEA 2RPIA 3TAFA 4N47A 1TAQA 4CHPA 1S1VA 4J2EA 4L8RB 3HK2A 3NGIA 4KTWA 2KFZA 4E7IA 5FROA 3OYJA 4FLUA 3DYAA 3AVFA 3HM9A 4RW9A 3DLRA 4Z4FA 1KVBA 2VG5A 1NJWA 4FLTA 1TKZA 4CHYA 1NJYA 3MXJA 3VQAA 5HRRA 3LWLA 3K57A 3LPTA 1XI1A 1VSEA 3U3GA 1O1WA 5DMRA 4FLVA 1DTTA 1KVCA 1S9GA 2NUBA 5K14A 1TAUA 4FJ8A 1EXQA 4CJTA 4DS4A 5D3GA 1IH7A 2OA8A 5SWMA 4DSKA 4NCGA 1KLMA 1TL3A 1A5VA 3OYBA 4BE1A 2OPPA 1RNHA 3DLEA 3NGZA 3KK3A 3SI6A 3TANA 3NFAA 1KRPA 4FZXC 1VSJA 3RMBA 3ZSZA 4KKOA 1XC9A 3WNHA 2X6SA 1UAXA 3OYLA 3RTVA 1EP4A 3LP0A 3JSMA 4EZ6A 1UWBA 4LH5A 4C8NA 4DSIA 4QCLA 4LSNA 1WSFA 4KHUA 3QIOA 4B9VA 3RMAA 3QNNA 1WAJA 4TSXA 1D9DA 2B5JA 2G8UA 5FRNA 4FZYA 3PX4A 4CF8A 4AHTA 4KI4A 2AJQA 4CJVA 3RRHA 1JLBA 4DSJA 3VA0A 2Q3SA 4CF9A 1T7PA 3AA4A 4M3TA 4DSEA 4J2BA 3CQ8A 4CJ3A 3LPUA 4RW8A 4E7HA 2HHTA 2E4LA 5I3UA 3WNEA 3DRSA 3SV4A 3MEEA 2QKBA 5EU7A 1ZBHA 4FJ5A 2BE2A 1NK0A 3D0PA 4OPKA 2YKMA 2P5OA 3QESA 1RDCA 3KD1E 3LZIA 4CK3A 4DFPA 4OGCA 3L2UA 4E7LA 3AVAA 3V1QA 4FJIA 4CEBA 4CJRA 4XIUA 5HROA 1VSMA 3MXIA 4CGIA 4Z4CA 1RDDA 3DOKA 1L5UA 2GUIA 3HVRA 3MXMA 2WOMA 2Z1IA 1VSHA 1YVUA 3NH2A 3TI0A 1JXEA 3OYAA 4IG3A 3KLIA 4B9UA 1T05A 1BIUA 4B8AB 3OY9A 4CEDA 3CFPA 4LD0A 3V9UA 1HJRA 1IO2A 3OYNA 2HHVA 3ITHA 4OKKA 4Z4EA 1QE1A 1ASWA 2DFFA 1HNIA 5KRTA 4NCBA 5T7BA 4K8ZA 4DTOA 1DLOA 4GW6A 3NHGA 1C0TA 4KHNA 4ID5A 1KLNA 4I2PA 3PUFA 4DQPA 1SUQA 4DQIA 2DTUA 2ZQBA 1A5XA 2FC0A 2JGUA 1FKOA 2DY4A 1GOAA 4DU4A 1T03A 4IDKA 3OJSA 4IG0A 3KIOA 3C6UA 5KGWA 3QNOA 1BL3A 2GV9A 1J53A 1QQCA 2EX3A 4KV8A 2D0BA 4CK2A 4KHQA 3VQ6A 1FK9A 1RTDA 1RT7A 3ZSYA 2G8KA 4FJXA 4E1NA 3AVIA 3VQCA 1T8EA 1X1PA 2O4GA 3SZ2A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5CY4A 3VEXA 2G8WA 4H5WA 3OS0A 2GWKA 5IT9O 4FYDA 5CZ1A 3DXKA 4CEZA 1NKBA 1HNZK 1S5JA 4EFHA 1OH6A 1QVFM 2X6NA 1JLFA 3P5JA 4IOXA 5EOYA 4F8RA 3R6MA 1WSIA 1RBTA 5CHIA 3THWA 3F73A 1XNRK 4FJMA 3D2EA 3MAQA 3A2FA 1NBWA 3LP2A 2PYJA 4B3OA 4JK9A 5BN8A 1D4XA 1OH5A 1SQKA 4DTJA 2HHHK 3TSQA 3IUCA 1TYQB 5LJVA 4DR2K 4AHRA 3THXA 5HRPA 1ASUA 1ATRA 3VA3A 1HMVA 2OZMA 3SQ2A 3EZ5A 2PAVA 4YY3K 1CZAN 4E1JA 3SPZA 3GL1A 3A0IX 1YJNN 4B1XB 3KTQA 4N76A 3V6DA 4OVLA 4QAGA 1W7AA 3CJAA 1Q18A 2P5GA 2QEXN 4Q0BA 4Z4GA 2B4JA 3CCMN 4M3RA 2WUSA 5AQIA 5M1QA 2UU9K 1N36K 4DLGA 3A8YA 1XMQK 2J4RA 2O8FA 2O8DB 1YTAA 2W40A 4PQUA 4OLBA 2P9KA 3SV3A 3SUPA 1QTMA 1WSGA 2A1RA 2UXCK 3WXMB 4AHVA 3P31A 4O5FA 2P9UB 3ID6A 4ELTA 1IKVA 1T44A 3F2KA 2B6AA 4KHPK 5KPRA 4B9QA 5ADXA 3O4QA 1D9FA 3PLAA 2ZE2A 1QS4A 3M8SA 4B1WB 4W5QA 2ZD1A 4GMJB 1NK4A 1QSYA 3NVKA 3AA5X 2QI2A 3O9TA 3NBPA 4CIGA 2VWJA 4IZ9A 5KI6A 3DRRA 1BI4B 3VQQA 2ZGYA 3H3NO 2A1SA 4DF4A 1K6YA 3CXCM 3OS2A 4AHCA 1NOZA 4CJ4A 4DQ8A 3C65A 3O6WA 2Q1NA 4CFAA 4WQ5A 3SQ0A 1W9HA 1J9AA 2FXUA 3R9PA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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