2X6NA

Human foamy virus integrase - catalytic core. manganese-bound structure.
Total Genus 60
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
60
sequence length
188
structure length
188
Chain Sequence
PQKPFDKFFMDYIGPLPPSQGYLYVLVVVDGMTGFTWLYPTKAPSTSATVKSLNVLTSIAIPRVIHSDQGAAFTSSTFAEWAKERGIHLEFSTPYHPQSGSKVERKNSDMKRLLTKLLVGRPTKWYDLLPVVQLAMNNTYSPVLKYTPHQLLFGIDSNTPFANQDTLDLTREEELSLLQEIRTSLYHP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Viral protein
source organism Human spumaretrovirus
publication title Structural Studies of the Catalytic Core of the Primate Foamy Virus (Pfv-1) Integrase
pubmed doi rcsb
molecule keywords INTEGRASE
total genus 60
structure length 188
sequence length 188
chains with identical sequence B, C, D, E, F
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2010-02-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2x6nA00
1ASVA 2DFEA 2E6LA 3DRPA 4KHWA 2HHWA 2IC3A 3HPHA 3PUFA 3KK2A 3FFIA 3NBPA 4CJSA 4I9LA 1L3UA 1HMVA 2KZMA 1BQNA 1JLCA 1WSGA 5JS2A 3CQ8A 1JLFA 2B6AA 3TAEA 1RTJA 1D5AA 1LWFA 1VSJA 5J2MA 3KK1A 4DSKA 3QINA 1J5OA 4F3TA 4E7IA 4HTUA 1L3VA 4DTPA 4AHCA 4OGCA 2KFNA 4O0JA 4M3TA 1NKBA 2VWKA 3UIQA 3PY8A 4KV8A 4CJUA 4DTRA 3C95A 3SQ0A 4J2BA 5J2PA 3S3MA 1WN7A 3P83D 4PY5A 2IGIA 1RT3A 4DF4A 3SQ4A 4KAZA 4FJMA 2Z1GA 2JLEA 4FLXA 2KQ2A 2XY8A 3VQQA 2YNFA 3QETA 4GVMA 3HO1A 1VSIA 1JXBA 1KTQA 3ZSQA 1HYZA 4AHSA 4OJRA 3NHGA 5HLFA 4IG0A 5I3UA 1LW2A 4O44A 4DS4A 4B9TA 1TAUA 3SYZA 1BIUA 2HHXA 3CFRA 1RILA 4CESA 3RR7A 4DG1A 3NGIA 5T7BA 3AO1A 3AVKA 3QEXA 3M8PA 4DFMA 1RBUA 4N47A 3VQ4A 3HVRA 3NE6A 3L2QA 1QSSA 2BE2A 1JLEA 2B4JA 3AV9A 4N76A 1NOYA 4IDKA 3PX6A 5SZTA 3C6TA 3AVFA 3DLKA 4CIGA 1FK9A 2HNDA 2Y1JA 1RBRA 4TSXA 1U47A 2DTUA 3QEIA 1TKZA 4CJVA 2OPRA 1QTMA 4OLAA 3M8QA 1LW0A 3OS0A 3SI6A 3OS1A 4DLGA 3LP0A 4EZ6A 1KLNA 1YT3A 1B9DA 3M8RA 4CHQA 1D9DA 3QEPA 1TAQA 3AVAA 2RF2A 3SUOA 3TAQA 3T1AA 3OYMA 4W5QA 4C8OA 2OZSA 4DSFA 2HHTA 1HJRA 4HUEA 2XY6A 3AVJA 3CG7A 3ZSYA 4ZTFA 1U48A 1NJWA 4K8XA 4B3OA 1T8EA 1TKTA 1N5YA 4RG8A 4J2EA 1WSHA 1D8YA 3U3GA 3ASMA 1J53A 2BANA 3L3UA 1IKYA 2QKBA 1RT1A 3VQDA 4B9NA 1SKSA 1S6QA 3I0RA 1S6PA 1RBVA 3AO3A 1C1AA 4AHUA 3K59A 3OYEA 2WONA 2OPSA 2RN2A 5HRSA 4OKJA 4E7KA 3V6DA 1KLMA 1TKXA 1C0UA 2YNHA 1VSLA 2YKNA 4PA1A 4Y1CA 2X6SA 3LZJA 3SZ2A 2P5GA 3T19A 3OYCA 1T03A 3F9KA 3SJJA 2P5OA 3K2PA 4B9SA 4XIUA 3JSMA 2X78A 5CY4A 1EX4A 4BACA 2EX3A 3V81A 1NK6A 3WNEA 2R7YA 3NCIA 4K8ZA 4Z4IA 4DU4A 3TI0A 3NF9A 3ZT3A 1N6QA 3EZ5A 4AH9A 4F4KA 4KI6A 4M3UA 2ZE2A 4CJ4A 1R0AA 3LAKA 5J2QA 4W5OA 1DLOA 1EKEA 4M3ZA 2YHBA 1YTAA 4F8RA 1RT7A 4RW9A 4FJGA 1KFSA 2WOMA 4FW2A 4CGFA 1BGXT 5FRNA 3SQ1A 4AHVA 1HYVA 4N56A 4GMJB 2RPIA 2I5JA 4CJLA 5J1EA 5FRMA 1LAVA 3B6PA 4KFBA 5DK5A 1YVUA 4CFCA 4Q5VA 4QAGA 3AA4A 1NOZA 5CYMA 4Z4HA 3THVA 4FJXA 4E89A 4CGJA 1SL2A 3WNGA 1ASUA 3V9UA 4LY7A 3SV4A 1NKCA 4FJ8A 4DMNA 3D0PA 2QKKA 4LSNA 4LH4A 4RW4A 5JS1A 2FBTA 1C6VA 4RW8A 1FKPA 3OYBA 1LWEA 1B92A 4JS4A 4OKKA 4CHYA 1XC9A 1L3TA 3L2RA 3OVNA 4IG3A 5FDLA 4CE9A 1BQMA 1HYSA 1A5VA 3K5LA 3LPTA 1Q8IA 3DMJA 4KO0A 1X1PA 2IOCA 4CK2A 2B5JA 1SUQA 1VSKA 2D5RA 4E1MA 3OYIA 2VG6A 4KI4A 1SV5A 4Z0UA 3HXMA 4DSIA 2Z1IA 4E19A 4CJWA 1C1BA 1L5UA 2RKIA 1L3SA 1KVCA 1T05A 1O1WA 1JXEA 2Y1IA 4CEEA 1XHXA 4NCAA 3D45A 3NH2A 4FM1A 4DSLA 3AO4A 4O4GA 4Z4FA 4N41A 4B08A 3LALA 3NDKA 2HMIA 4ELTA 1C1CA 2HHQA 3TAMA 4BDZA 4CF2A 3OYGA 1VSHA 3TABA 2G8KA 1ZBUA 4IFYA 4J2DA 5KRSA 4HCBA 1FKOA 4Y1DA 3TARA 3HM9A 1VRTA 3DOKA 3T3FA 2KFZA 4Z4GA 2OPQA 4CJEA 4W5NA 2BGGA 2VG7A 1BIZA 3CFPA 3LANA 1ASWA 4FW1A 4C8NA 3LWLA 3BGRA 5CYQA 3ZSXA 4CHNA 3KLEA 4DU3A 4F2SA 4CHPA 4CEDA 3NH0A 3RMBA 2PYLA 1IH7A 2YNGA 3MEGA 1TK8A 5CZ1A 3TAGA 4AILC 3PO5A 3ZSVA 4FK0A 4BWJA 3LZIA 3SUPA 2G8FA 3SUQA 2Z1JA 3KLFA 1B9FA 3K5OA 4BE0A 3U3YA 3U6FA 4OPJA 4JRQA 1I3AA 3NF7A 4ZTJA 2Z1HA 1LV5A 1KSPA 3RWUA 4HVJA 1Y97A 2ATQA 4FYDA 4H8KA 2JGUA 1NK8A 4CEQA 4H4OA 4B9LA 4CEZA 3KD5E 3HP6A 3PO4A 3I0SA 2F8TA 1ZYQA 5KI6A 4CEBA 2HNZA 4CFBA 3SPYA 4CECA 3EY1A 1VSFA 2YV0X 3ZSZA 2FC0A 1KVAA 1A5XA 5SWMA 4B9MA 4FLYA 4WE1A 4I2PA 2DFFA 4UQGA 3V9SA 4FZZA 1F21A 3NH1A 2QXFA 4B8CA 4CGHA 3AVIA 3DYAA 3K57A 1UAXA 4CERA 3QNOA 2YNIA 4I7FA 1ZBIA 1J9AA 3HSTB 1NK7A 1MU2A 1KFDA 5HP1A 1X9MA 4DQIA 4I9QA 1DTQA 1SKWA 3VA3A 1ZBHA 1REVA 1NKEA 1X9WA 2ETJA 4CF8A 2Q3SA 4DFJA 3E01A 3HPGA 3DLEA 4C8LA 4HHTA 4JRPA 3HK2A 3OS2A 4DF8A 3HP9A 4CF9A 4CF1A 5DMRA 3V9XA 1KCFA 3CM5A 5C42A 3SCXA 3QO9A 3NF8A 4BE1A 4KHSA 3S3OA 3WNHA 1NK9A 2BDPA 3M8SA 4FLVA 1QS4A 1HQUA 3VQ8A 4FLUA 2G8UA 1XWLA 2KW4A 2LSNA 1S1VA 4DTXA 3OYAA 4FZYA 3PX0A 2HW3A 3ZCMA 3P5JA 4KTWA 3ZT1A 1C0TA 4G1QA 1HNIA 5C25A 3MEEA 1RCHA 5HBMA 2ZD1A 1VSEA 3B6OA 4DTUA 1EXQA 4KB0A 1TL3A 4PQUA 1GOBA 4BWMA 1UA1A 3V9ZA 4DQPA 1Q9YA 3RR8A 5CZ2A 4HUGA 4E7LA 1ITGA 1CXUA 4E3SA 3MEDA 3LP1A 2G8VA 4KHUA 4M42A 3QERA 5I42A 1NK4A 3AA3A 4NCBA 3ALYA 4CK3A 4OKEA 3S9HA 4MQ3A 3OY9A 5J2NA 4I2QA 2P51A 1NK0A 3ZT2A 4IBNA 4E0DA 2G8IA 3RRGA 3PV8A 3O4NA 1SL1A 4FJLA 1WAFA 2XHBA 4NYNA 3AVLA 3DI6A 5HRNA 3L2UA 1TKDA 1FXXA 4DTJA 2ITGA 3ISNC 5EU7A 3SQ2A 4CGGA 3K58A 4FJIA 3RMCA 3HVTA 2A1SA 1GOCA 2OPPA 4NCGA 3AO5A 4M41A 4CCHA 3AVGA 3MECA 4W5RA 4AHRA 4E7HA 2E4LA 4DWIA 2HVHA 1CLQA 4FLZA 4IKFA 3VQEA 1VSDA 4CEOA 1SKRA 3VQ6A 3MAQA 4OPKA 3DRRA 2HB5A 3TAPA 1QE1A 2F96A 4KTZA 4KTQA 1T7PA 1RBTA 2HHVA 2G8WA 2HNYA 3DM2A 4OGEA 3AA2A 4LD0A 4F3OA 3KLIA 3SNNA 5C24A 4LH5A 2P1JA 3DRSA 4ID5A 3F73A 3SPZA 3KLGA 4DSEA 2DFHA 4H4MA 4Q0BA 1UWBA 1RDAA 4ICLA 2W42A 5KRTA 1S1WA 2O4GA 3G10A 3ZSWA 3VQAA 4DTMA 3QEWA 3KJVA 4FLTA 3G0ZA 1IG9A 2GBZA 2PZSA 4CK1A 4M45A 3VQ9A 3EYZA 3KLHA 1IKVA 3VN5A 1RTHA 4M3WA 4HCCA 1HQEA 3VQ7A 4CGIA 4BDYA 3RMAA 3KK3A 3OYDA 4E7JA 3TANA 3LPUA 2KTQA 2FBYA 4E1NA 2DY4A 4CFDA 1JL1A 4FK2A 2OA8A 5E41A 3V9WA 2XRIA 4M3XA 4PWDA 1RT5A 4N5SA 3LDSA 1NJZA 2E6MA 1ZBFA 2YKMA 3BDPA 4DU1A 3WNFA 4CJPA 5HRPA 4EP4A 4KREA 1G15A 1UOCA 2PYJA 1GOAA 4CGDA 1TVRA 2ZQBA 3OJSA 3OYFA 3ZSRA 1IO2A 4DQRA 1X9SA 3ZT4A 4KRFA 3AVBA 2HHUA 1W9HA 1S1UA 1NJYA 1QQCA 3OYLA 1BISA 4CJTA 1JLBA 4ID1A 3HPOA 4MFBA 1WSJA 3NAEA 1WSFA 3RRHA 3PX4A 1TK0A 1QSYA 4DFPA 2IS3A 1TK5A 2F8SA 4C8KA 1RTIA 3IG1A 2IAJA 4CJFA 1HNVA 4HUFA 4M3YA 3K5NA 4CJ5A 1W0HA 1KRPA 2NUBA 3AVHA 4JS5A 3HJFA 3IAYA 2AJQA 4CFAA 1WSIA 1RDCA 3O3FA 1CZBA 1QSLA 1VSMA 4W5TA 2XY7A 4KHYA 1ZBLA 3KTQA 4KKOA 3NFAA 1I39A 1BCMA 1S1TA 3QIPA 3H08A 4FJKA 1JLAA 1LAWA 3IS9A 3O3HA 4DLEA 3QLHA 3CM6A 1HRHA 4Z4CA 1U49A 3LAMA 1KVBA 1Z26A 4GW6A 4AHTA 1QHTA 4M3RA 1Q9XA 2X6NA 4KPYA 4KHQA 4J2AA 4DS5A 4FJNA 3QIOA 1WNSA 4EZ9A 4QCLA 2FBVA 3ZSOA 1EETA 1IKXA 1S1XA 4BDPA 1NJXA 4L8RB 4DQSA 3TAFA 5HROA 1U04A 2X74A 4OLBA 3JYTA 3C6UA 2OZMA 4FM2A 4Z4EA 4QOZB 1NK5A 2GV9A 4C8MA 3DLRA 3KKRA 3S3NA 4BE2A 1XI1A 2PY5A 4EP5A 3SV3A 1S9GA 4CJ3A 1XHZA 4B9UA 3DLGA 3VQPA 3OYJA 4DSJA 2D0AA 4B8AB 1U4BA 4FJJA 3NF6A 3CFOA 3O4QA 4KHNA 4ZHRA 2O4IA 3QNNA 3DLHA 3AO2A 3OYKA 1BI4A 4FM0A 3RTVA 5KGXA 2VG5A 1BL3A 2D0BA 3LP2A 1A5WA 1BHLA 4OVLA 3VQBA 4R5PA 1RT2A 4CF0A 4FJHA 3VA0A 3V1RA 3AA5X 1RT6A 1EP4A 2HVIA 4ELUA 3OYNA 3L2WA 1CXQA 1BCOA 3HYFA 1S5JA 2GUIA 1UA0A 1C0MA 4CJQA 5KTQA 3L2VA 1HPZA 3C94A 4CEAA 1LWCA 4FZXC 4CHOA 3AVNA 1Z25A 3TWHA 4CIFA 1J54A 3VQCA 2OYQA 4RW6A 1DTTA 3QEVA 3MXIA 5KGWA 1JKHA 1RT4A 4LSLA 4DFKA 4F2RA 4FJ7A 3V1QA 2VWJA 3KD1E 2IDOA 4FJ9A 1K6YA 3HT3A 1IKWA 2FBXA 1TL1A 3TR8A 5K14A 2HHSA 4IFVA 4DTNA 1VRUA 4DTOA 3LWMA 3IRXA 4DTSA 4YFUA 4FJ5A 4O55A 1S9EA 1JL2A 4RW7A 2EHGA 2XO7A 4DQQA 1RTDA 1RNHA 2XY5A 1TGOA 1RDDA 1SL0A 1BI4B 3RMDA 3A2FA 1RDBA 3NGYA 4FXDA 3V1OA 1WLJA 3L8BA 3KIOA 1D9FA 4PUOA 4FLWA 5HRRA 1WSEA 4FVMA 4CJRA 3DLBA 4CIEA 3I8DA 3MXMA 4CEFA 3V4IA 3MXJA 4KB1A 3CYMA 3P1GA 3O3GA 1U45A 2YHAA 3NGZA 4YNQA 3OJUA 4FK4A 2D0CA 2QK9A 1CZ9A 4JLHA 4CJKA 3VQ5A 4B9VA 1VK0A 1JLGA 3ZT0A 4ELVA 3QESA 5D3GA 3AVMA 1YTUA 4FCYA 2A1RA 3DOLA 3LP3A 4O5BA 4O0IA 1RBSA 3HL8A 2KZZA 1WAJA 3K5MA 3OYHA 1TV6A 1JLQA 3AVCA 2G8HA 3L3VA 3KKSA 3ITHA 4NYFA 5FROA 3ULDA 3SUNA 4CHZA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2E6LA 3VEZA 4CZKA 3E1YA 3FFIA 4HTLA 2ZJRL 1JLFA 4BRHA 4JKDA 1XC3A 1D5AA 1LWFA 1VSJA 3QINA 4AHCA 4M3TA 4IXCA 1NKBA 5I9EB 3PY8A 4CJUA 4DTRA 3QBWA 4J2BA 4DCHA 5J2PA 1NGCA 4BRQA 4PY5A 2IGIA 1RT3A 4FLXA 2XY8A 3HO1A 3A5LC 1VSIA 2AA4A 1KTQA 2WFBA 5ADXA 3DWLA 4B9TA 4O44A 4DS4A 4DV3K 2HHXA 3O6WA 1VQON 3M8PA 4DFMA 5BN9A 4JHDB 3VQ4A 4N76A 3NE6A 1NOYA 1P8ZA 2Q1NA 3C7NA 3AVFA 1E4FT 3VGMA 1U47A 3QEIA 1QTMA 5CHIA 3OS0A 3A5MC 4JD2A 1YT3A 1B9DA 5AQTA 4JK9A 1TAQA 3LDLA 5AFUA 3OYMA 4W5QA 1WB9A 1U48A 3AVJA 3CG7A 5HL7L 4WFNL 1J53A 2BANA 2P9PA 4C1NI 1SKSA 1S6QA 3I0RA 2O8BB 1RBVA 3K59A 1C1AA 4YHHK 3OYEA 2RN2A 3V6DA 1KLMA 5FPEA 2QEXN 3LZJA 3SZ2A 3KWIA 5AQUA 3PSFA 3RSEA 4DU4A 1N6QA 4GY2B 4CJ4A 2GELA 1DLOA 4M3ZA 1YTAA 1RT7A 2QI2A 2E1YA 3AAPA 3EL2A 2Q97A 4AHVA 1HYVA 4N56A 2P9UA 3B6PA 4BROA 5CYMA 3U9ZA 3LDQA 2E2NA 4CGJA 3WNGA 4LY7A 3SV4A 2HBMA 3UE5A 1NMNA 4LH4A 5JS1A 2FBTA 4RW8A 3KZBA 1E3MA 2FSJA 3ULEB 4CE9A 4EAHD 2QXLA 4KO0A 2NRWA 1D4XA 4AQYK 4FWRA 5GAGP 4BRCA 4DSIA 2RKIA 1O1WA 1XHXA 2IVNA 2Q0UA 3D45A 3NH2A 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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