The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
18
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sequence length |
98
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structure length |
98
|
Chain Sequence |
MRVGALDVGEARIGLAVGEEGVPLASGRGYLVRKTLEEDVEALLDFVRREGLGKLVVGLPLRTDLKESAQAGKVLPLVEALRARGVEVELWDERFTTK
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule keywords |
hypothetical protein
|
| publication title |
Solution structure of the YqgF-family protein (N-terminal fragment)
rcsb |
| source organism |
Thermus thermophilus
|
| molecule tags |
Structural genomics, unknown function
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| total genus |
18
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| structure length |
98
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| sequence length |
98
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2002-03-08 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | YqgF/RNase H-like domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1VHX A; 1NU0 A; 1IV0 A; 2OCE A; 3BZK A; 1NMN A; 3BZC A; 1OVQ A; 3PSI A; 3PSF A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4N5S A; 3LP1 A; 3KK2 A; 2KZZ A; 1IBK K; 4AHT A; 2KHO A; 2O8C A; 2AA4 A; 3CCM N; 3GBT A; 2Q2R A; 4CGI A; 4BDY A; 3TAR A; 2VG5 A; 2UXB K; 1BI4 B; 4BRC A; 4AM6 A; 4CHY A; 4QS7 A; 5BN9 A; 1W97 L; 3QFP A; 3O9R A; 4FLY A; 4CER A; 4CFC A; 2FSN A; 1GLJ O; 1RT5 A; 3QFU A; 2G8I A; 4HUE A; 3QEW A; 3OS0 A; 2ZGZ A; 3QEV A; 1TKD A; 4A61 A; 3C6A A; 4H4M A; 3LP3 A; 4FLV A; 4C8O A; 3THY B; 4JKC A; 4FWM A; 2O8D A; 5KRS A; 3LDS A; 1RDC A; 2D0P A; 3AA2 A; 4ILJ A; 3G71 N; 2KFN A; 4IOX A; 3SUO A; 4FOI A; 3RSE B; 1ILY A; 3L2Q A; 3HK2 A; 4YOR A; 3HBT A; 1TL1 A; 2NLX A; 4K25 A; 1N36 K; 1ASW A; 2P51 A; 3VEX A; 3SQ2 A; 1OVQ A; 4GMJ B; 4YNQ A; 1E4F T; 3DI6 A; 3SBT A; 4ISE A; 3M3Z A; 1BHL A; 1RTD A; 2P9S B; 3CYM A; 1DT9 A; 1HMV A; 4DS5 A; 3SNN A; 4QS8 A; 3SUN A; 2ATQ A; 1IKY A; 4N76 A; 1KVA A; 2Q97 A; 4K8X A; 2NRV A; 4BG9 A; 4C1N K; 1J6Z A; 1LV5 A; 4Q0B A; 1GLA G; 3V6D A; 2W41 A; 3OYM A; 5DK5 A; 5F1X A; 1VHX A; 3C6U A; 3H3O B; 3LZI A; 3SLC A; 1TL3 A; 4ID1 A; 2R7Y A; 4KHY A; 5EY4 A; 3E9O A; 2QWL A; 1HKG A; 1JXB A; 5KTQ A; 1HNV A; 1QQO A; 2YHX A; 1RDD A; 1LCU A; 2P9K A; 5GAE P; 1BUP A; 4YOY A; 4BRL A; 1RDA A; 4JKB A; 3B8A X; 4IDH A; 3CQ8 A; 3F9M A; 5GAD P; 2OPS A; 4JRP A; 2NRT A; 3VQ4 A; 3I56 N; 4B1Z A; 2F7T A; 4PQU A; 4YY3 K; 1NJX A; 2F9W A; 4I6M A; 4FJL A; 3NHG A; 2HVI A; 1TUY A; 1QQC A; 3K9J A; 4JI2 K; 4NLC A; 4BWM A; 3AVF A; 4I2Q A; 3MWT A; 4FVU A; 5M1F A; 3AO2 A; 1C6V A; 1GOA A; 3KK3 A; 3UIQ A; 4E89 A; 3VQ6 A; 1BCO A; 3LDL A; 5JS2 A; 4YDU C; 4UY8 O; 1JLE A; 3AA5 X; 2QWN A; 2A41 A; 1NJY A; 4LFA K; 3RMD A; 3CJ1 A; 1YTA A; 2GX9 A; 2X78 A; 3TSU A; 3TSP A; 2Q31 A; 4CFD A; 3ZSV A; 4FZZ A; 3P31 A; 4YOX A; 1J54 A; 3PO4 A; 4IJN A; 2ZQB A; 1ASU A; 4ZTJ A; 4ELV A; 2JGU A; 3QB0 A; 1IBL K; 1J53 A; 3C94 A; 4BRN A; 4ISG A; 3TTC A; 3NF6 A; 4N47 A; 2ASO A; 3VQ5 A; 1S1U A; 4CW7 B; 2HBL A; 3O3F A; 4LD0 A; 3KTQ A; 5HRN A; 3NF7 A; 1KFS A; 1U2V B; 4WQ5 A; 1K73 O; 4FXD A; 1EXQ A; 5BRF A; 3HVR A; 4PWD A; 4DFM A; 3K5M A; 4FO0 A; 5EXW A; 1KAZ A; 1NJI O; 3CCU N; 2A1R A; 3U8X A; 1XHZ A; 4FJJ A; 2HW3 A; 4JK8 A; 2BUP A; 4OKK A; 1ZBL A; 3OA9 A; 1K8K A; 3DLG A; 4JLH A; 3O5B A; 3T3F A; 4CJR A; 4DSE A; 5CE3 A; 5JVH L; 3SJH A; 3JAM O; 3G4S N; 5LMU K; 4NXN K; 1XMQ K; 4OJR A; 4CZE A; 1RBU A; 2A42 A; 1R59 O; 1HUX A; 2VQF K; 3KD1 E; 5J2M A; 2O8E A; 1C1A A; 1HQE A; 4FL9 A; 2QWR A; 3PY8 A; 4DTJ A; 2XO7 A; 4G1Q A; 5GAG P; 2B4J A; 5C42 A; 2P9U A; 3IRX A; 3FLC O; 5H1S Q; 3AV9 A; 1BGX T; 3VES A; 2VYP A; 2QI2 A; 4CJP A; 1HRH A; 2JWK A; 3TI0 A; 4EZ6 A; 3VF6 A; 3T19 A; 1B92 A; 3QEI A; 3WNE A; 3VF2 A; 2E6M A; 1VQ6 N; 1WBD A; 3HST B; 5AJ3 K; 1NGI A; 4H4O A; 3AVG A; 1NK0 A; 3VET A; 3BY5 A; 4IO9 L; 1IG9 A; 2P9N A; 2I7N A; 4CZH A; 4XH1 A; 1TK8 A; 1MWK A; 3NGZ A; 1R0A A; 5AQP A; 1HX1 A; 1VSE A; 4CHQ A; 2CGK A; 4GVM A; 4BRK A; 3DRP A; 1IO2 A; 3BP8 A; 1NM1 A; 3H1Q A; 1VQ5 N; 2YKM A; 4BG8 A; 4B9L A; 3CJC A; 4KH6 A; 1N6Q A; 3OS1 A; 2W42 A; 3SYZ A; 4LFC K; 1QTM A; 3HVT A; 3M8S A; 2D0A A; 1I3A A; 2FSJ A; 2WOM A; 3CPW M; 5E41 A; 1BA1 A; 3O80 A; 4CF1 A; 3ULE B; 5K14 A; 3V81 A; 1RCH A; 1NG9 A; 1BWF O; 4I7F A; 5B8H A; 1XWL A; 1JXE A; 4ID5 A; 1QZ5 A; 3RVC A; 3C7N B; 1ATN A; 4BRO A; 5M1N A; 3OYA A; 3K5L A; 3CCE N; 3U3G A; 4CIF A; 4DQQ A; 4DV1 K; 4OGE A; 1XC9 A; 2V7Y A; 4KH4 A; 4FOE A; 4ZHR A; 3MXJ A; 2P9L B; 3HTV A; 2HBK A; 1VK0 A; 2IC3 A; 3V1R A; 1CZB A; 3PIO L; 2OPR A; 4IKF A; 3A8Y A; 1KFD A; 3O9Q A; 5M1P A; 4DUZ K; 4B8C A; 3A5O C; 1UAX A; 4O8U A; 3VQC A; 4B1Y B; 3CCQ N; 1X3M A; 3ASM A; 4FWS A; 3WXM B; 3KJV A; 1P90 A; 3TSQ A; 3MCP A; 1GLF O; 3K0S A; 1S1W A; 2PYJ A; 2PYL A; 4O55 A; 5KPR A; 3S3M A; 1HPZ A; 4FZX C; 3ENB A; 1GLD G; 3A0I X; 1CXU A; 2XRI A; 3HSC A; 1HKB A; 1NKC A; 4KH5 A; 5T7B A; 4JKA A; 1RBS A; 4CCH A; 1I39 A; 4J8F A; 2IOC A; 3EY1 A; 4B3T K; 1N32 K; 3LP2 A; 4K8Z A; 2Q3S A; 3DRS A; 4OPJ A; 4FLW A; 5HRO A; 4ELU A; 3ZT1 A; 2G8W A; 2Q0R A; 5AQK A; 4FJK A; 1HJO A; 4HCC A; 4AM7 A; 4KHQ A; 4CED A; 3WQU A; 4BRP A; 1JLG A; 4CJL A; 1NGH A; 5FDL A; 3TU5 A; 5AFU H; 4GW6 A; 1VQO N; 1KD1 O; 4QOZ B; 1UA1 A; 4MQ3 A; 3D2F B; 1YT3 A; 1KAY A; 4DTX A; 4FLZ A; 1E3M A; 4E7J A; 4HCB A; 1TYQ A; 1JL1 A; 4W5T A; 4FJ9 A; 4B1U B; 2ZWH A; 2GUP A; 4JKH A; 3DXK B; 2D1K A; 3SPZ A; 5FRO A; 4IZ9 A; 3B6O A; 4O0I A; 3LP0 A; 1U48 A; 4H5R A; 1BO5 O; 1VQ9 N; 2HHV A; 5AZI A; 1EX4 A; 4FWL A; 3B6P A; 4IXC A; 3T7Z A; 2I7P A; 3CC2 N; 3ZT0 A; 1OH6 A; 4B9N A; 5AR0 A; 1P8Z A; 3VQ8 A; 5FPN A; 2ASM A; 1C0T A; 2YX6 A; 4FWQ A; 3ZCM A; 3J7A P; 1TKX A; 1VRU A; 1JLA A; 1M1K O; 3LAM A; 4AHR A; 4JEP A; 3U9D A; 3PO5 A; 3D2E A; 4H5W A; 4W5R A; 4J2D A; 2HHS A; 3G6E N; 2UYT A; 3EE9 A; 3RMC A; 1U47 A; 5BN8 A; 3NH2 A; 3DOK A; 4X66 K; 1RT4 A; 2UU9 K; 3T1H K; 1OVY A; 4H5N A; 4OX9 K; 3AAP A; 4MFB A; 1CXQ A; 5AQG A; 2ITG A; 4CJV A; 1H1V A; 1CZ9 A; 4WQ4 A; 3QNO A; 3F73 A; 4JKE A; 2E5L K; 2XY8 A; 4YOW A; 3TR8 A; 1WSJ A; 3HO1 A; 1WAJ A; 3TTF A; 2WBN A; 4H5V A; 2IIR A; 3EEQ A; 3TAF A; 2A6A A; 3KLE A; 5C12 A; 4CGJ A; 1DTT A; 3W3D A; 3ZSY A; 1LW0 A; 2YNF A; 5ADX H; 4WCE L; 1RT3 A; 4DV6 K; 3CQY A; 4M7X A; 4LF4 K; 2OZM A; 4CEC A; 1T05 A; 2JWL A; 1VQN N; 1RBV A; 4CJ3 A; 3MXM A; 3OYC A; 1NMN A; 4OPA A; 1QZ6 A; 3MN9 A; 2XY5 A; 3H1V X; 1Q9Y A; 4M45 A; 4DQS A; 3V9S A; 1HR0 K; 4CIG A; 2O8D B; 3S9H A; 5MLC Q; 2Z1G A; 1KSP A; 3ZX0 A; 4ZTF A; 3RWU A; 3U9Z A; 3ZLJ A; 1J9A A; 4DR2 K; 2E1Z A; 3CC7 N; 4WE1 A; 3HM8 A; 4X62 K; 2FSK A; 4FVM A; 5C2D A; 4KHS A; 1IV0 A; 3CCV N; 2O8F A; 4OLA A; 3H08 A; 4CF2 A; 2KKZ A; 4MLE A; 1ATR A; 4G9Z A; 1BQN A; 2RE2 A; 2E2O A; 4YFU A; 3OHR A; 3VQ9 A; 4X64 K; 2D5R A; 4AQY K; 1WSE A; 4Z4E A; 1IH7 A; 3A5M C; 4DSF A; 4CGH A; 3DXM A; 3I8B A; 4JD2 A; 4IEE A; 2G8U A; 3O1B A; 1NGJ A; 4B9U A; 3ZX3 A; 4WFA L; 2IVP A; 4RG8 A; 4H8K A; 4BDZ A; 4HTU A; 1OH7 A; 2VGN A; 2HND A; 1VSI A; 2YNG A; 2AP1 A; 1N34 K; 3ISN C; 3ZEU A; 3AAR A; 1RT2 A; 2P9K B; 1D8Y A; 1A5W A; 3GE1 A; 3KZB A; 4BE1 A; 4RW6 A; 4PY5 A; 1Z05 A; 3I55 N; 3ZSO A; 4CZK A; 4OPK A; 1SS6 A; 1YJN N; 2QKB A; 4A5B A; 4J2A A; 3O9S A; 2GTD A; 4C8K A; 2X74 A; 5KPT A; 3CFP A; 3CXC M; 4OKE A; 1C0F A; 4CZG A; 3AVN A; 3WT0 A; 3V1O A; 3L6Q A; 4BRA A; 4N41 A; 3JYT A; 4FK4 A; 3NH0 A; 4EFH A; 3DWL A; 4B9V A; 3SV3 A; 1Q8I A; 3DLR A; 3K58 A; 3VA0 A; 3OYI A; 4CEE A; 3NGY A; 4CHP A; 4BAC A; 4CI6 A; 3UKU A; 2VCP A; 4DCH A; 3OBY A; 3M6G A; 1UWB A; 2QW9 A; 3KLI A; 4B1X B; 4U7B A; 3L2W A; 4DFK A; 5BPN A; 4XIU A; 4CFA A; 4KHP K; 3VA3 A; 3C95 A; 4RTF D; 4I9Q A; 1ITG A; 4E7L A; 1BIZ A; 4HVJ A; 3KD5 E; 2WON A; 3K57 A; 2YCH A; 1YHQ N; 4PL8 A; 1XUP O; 4JHD B; 3BZC A; 3L2U A; 4IBN A; 3C65 A; 3AVL A; 1XMO K; 3H3N O; 5AQV A; 1JJ2 M; 3LM9 A; 2DTU A; 4LF5 K; 4HHT A; 4FPA A; 4A59 A; 4Z0U A; 3FR0 A; 4YOT A; 4FJN A; 3U4L A; 5C2F A; 1K8K B; 1NK6 A; 3R1X A; 4BC4 A; 4O5F A; 3SV4 A; 5HOO A; 3A5N C; 5F0X A; 5I42 A; 2XY6 A; 3D45 A; 3BGR A; 3VGM A; 3KK7 A; 2ZGY A; 4DS4 A; 1IG8 A; 4JKD A; 3QML A; 2F8T A; 3KWG A; 5FLX O; 3O9T A; 3UKR A; 3VGK A; 2NRH A; 4MLH A; 5C10 A; 2EX3 A; 1HLU A; 4WFN L; 2O8E B; 1M90 O; 5F2R A; 2IAJ A; 5CZ2 A; 1NOY A; 1Q81 O; 4M42 A; 4Z4H A; 4DTO A; 4GV3 A; 2WUS A; 3K2P A; 1X9W A; 5AQF A; 3D6R A; 3ENH A; 3SK3 A; 3VTH A; 2OA8 A; 5AZJ A; 2BGG A; 5AQT A; 5AQX A; 1TK5 A; 1VRT A; 4R5P A; 4RW4 A; 5SWM A; 5GAH P; 4FCY A; 1YAG A; 3HT3 A; 5BRH A; 4IFE A; 4DR1 K; 1ATS A; 1WAF A; 1NGE A; 1YUW A; 3NDK A; 2P9P B; 3KVG A; 4IFY A; 3NF9 A; 3T1Y K; 1T6D A; 4BQZ A; 1WSH A; 4E19 A; 1RDB A; 1ESV A; 4XEI A; 3WXK A; 3O4W A; 4M3Z A; 3MED A; 3CJA A; 2A40 A; 3FZL A; 3O6W A; 4DR3 K; 3CJB A; 2O4G A; 1YIT N; 1QSS A; 1LWF A; 3SAG A; 5DMR A; 2IGI A; 3VOV A; 1QHT A; 1MWM A; 1IJJ A; 4B1W B; 4B1V A; 3M1F A; 4JS5 A; 4PL7 A; 4QAG A; 1Q7Y O; 5C25 A; 4CEF A; 4A2A A; 1HNZ K; 5GIN A; 4OO1 J; 4BC2 A; 2OZS A; 1S1X A; 1EWR A; 1T8E A; 3VEO A; 4FJM A; 4FWK A; 3GL1 A; 1RNH A; 3ZSW A; 4BRD A; 4BRE A; 2FBV A; 4CEB A; 1LWE A; 4LH4 A; 5DM7 L; 4YOV A; 4KHN A; 2FF6 A; 4BRI A; 3KHY A; 1N8R O; 4CJ7 A; 2P5G A; 3Q7B A; 2NUB A; 3WXI A; 4BRQ A; 4CIE A; 4DFJ A; 4X65 K; 3A2F A; 5KQD A; 1FK9 A; 4CJK A; 3MAQ A; 2HST A; 1RTH A; 3CMA N; 3I8D A; 2OAN A; 5AQR A; 4BRM A; 1UA0 A; 3THW A; 4O4G A; 1Z26 A; 4BE0 A; 3CIP A; 2QK9 A; 3BF1 A; 1FKO A; 3QEP A; 1JL2 A; 5HP1 A; 3IUC A; 1NK7 A; 4DQP A; 5TKW A; 2HHQ A; 1T7P A; 3J80 O; 3HRG A; 5CR4 A; 1MDU B; 4FSV A; 3CCL N; 5AQZ A; 2GUI A; 1VQK N; 3J7Y P; 4CJQ A; 4NB4 A; 3SZ2 A; 1RDW X; 1NK5 A; 2Y1J A; 1XQS C; 3WXL A; 4BRH A; 1NJW A; 4CZL A; 1TGO A; 4FM1 A; 2HMI A; 4XH5 A; 4FJ5 A; 3D0P A; 2A1S A; 3NCI A; 5FRM A; 3PIP L; 4BVO A; 2HHH K; 1D5A A; 1WUA A; 4M3T A; 4KO0 A; 2J4R A; 5AFU A; 3NE6 A; 1VQ4 N; 3QIC A; 1Q9X A; 3HPH A; 4FWR A; 2NZT A; 1IKW A; 3BUZ B; 4A57 A; 3HOT A; 3RSE A; 5EVZ A; 2A5X A; 4M3X A; 1TYQ B; 2GWJ A; 2Q1N A; 1S22 A; 4Y0W A; 2PY5 A; 2ZE2 A; 4KI6 A; 2D0O A; 3KKR A; 2ITM A; 1DTQ A; 3KKS A; 1RTJ A; 4DF4 A; 3IKM A; 4O44 A; 1RBR A; 3IFR A; 2F4V K; 1XNQ K; 4JI4 K; 2GEL A; 4KKO A; 4JI0 K; 4HWI A; 3MX2 A; 3CG7 A; 2FBY A; 2CGJ A; 2Y1I A; 4LC9 B; 4JRQ A; 1NBW A; 3TAB A; 4LH5 A; 3RRG A; 5AZI B; 2HF3 A; 2UXC K; 1BDG A; 2YHW A; 2WFB A; 3ZSR A; 4NCB A; 4O8K A; 3PLA A; 2QWP A; 3BDP A; 3ULD A; 3G10 A; 3FZH A; 2Q0U A; 3AO1 A; 3HM9 A; 1E4G T; 3BZK A; 2WC9 A; 3CM5 A; 4CBX A; 2VGM A; 3PUF A; 4CES A; 3IG1 A; 4AF1 A; 4F3O A; 3P5J A; 3BF3 A; 4JK9 A; 4CHN A; 3PX6 A; 3PSI A; 1VQM N; 4Z4C A; 4U67 L; 3DLE A; 2QM1 A; 1HPM A; 3UE5 A; 1L3U A; 3DLK A; 1KVB A; 5GIO A; 2HHW A; 1VSJ A; 3CHW A; 1VSF A; 3PSF A; 1W2B M; 3MEC A; 5BPM A; 3W0L A; 3WNG A; 4BRG A; 2JLE A; 4MDA A; 4RCH A; 2V52 B; 5EU7 A; 3KK1 A; 4FWP A; 3CC4 N; 1VQP N; 1B9F A; 2HVH A; 2YI1 A; 1OH5 A; 2YKN A; 3QO9 A; 4JN4 A; 1ZBU A; 1EWQ A; 4WQ5 C; 3HXM A; 3MWP A; 4JKG A; 2HMP A; 4DLG A; 5ADX A; 1NGA A; 3Q7C A; 3TAQ A; 4IOC L; 1REV A; 2XY7 A; 1I94 K; 3VQQ A; 2VWK A; 4A2B A; 2UUA K; 1NMD A; 3LAN A; 5HRR A; 3IS9 A; 4KRE A; 3EN9 A; 3HI0 A; 1N33 K; 4DU3 A; 4NYN A; 1V4S A; 3ZSX A; 4CD3 A; 3FZK A; 2VWB A; 2E1Y A; 2ZF5 O; 3MK6 A; 1SKS A; 1RT1 A; 4R79 A; 1DGK N; 5A2Q O; 4PUO A; 1U4B A; 1MA9 B; 3SQ4 A; 3MX5 A; 4KPY A; 4DTR A; 4DG1 A; 4PKG A; 2ETJ A; 4O5B A; 5GIP A; 4BR4 A; 4BWJ A; 1U2V A; 5BRE A; 4K0K K; 4C1N I; 3VQB A; 3ZSQ A; 5AQJ A; 2F9T A; 1YXQ A; 2O8F B; 3U3Y A; 1QVF M; 4E1N A; 2IS3 A; 2GV9 A; 4F8R A; 1HYZ A; 3ZET A; 1VSK A; 1J5E K; 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