The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
18
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sequence length |
98
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structure length |
98
|
Chain Sequence |
MRVGALDVGEARIGLAVGEEGVPLASGRGYLVRKTLEEDVEALLDFVRREGLGKLVVGLPLRTDLKESAQAGKVLPLVEALRARGVEVELWDERFTTK
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Solution structure of the YqgF-family protein (N-terminal fragment)
rcsb |
| source organism |
Thermus thermophilus
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| molecule tags |
Structural genomics, unknown function
|
| molecule keywords |
hypothetical protein
|
| total genus |
18
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| structure length |
98
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| sequence length |
98
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2002-03-08 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | YqgF/RNase H-like domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1NMN A; 1NU0 A; 2OCE A; 1VHX A; 3PSF A; 1IV0 A; 3PSI A; 3BZK A; 1OVQ A; 3BZC A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4JAX A; 1C0F A; 3O5B A; 2OPS A; 1NK9 A; 1VQO N; 2F96 A; 3CCS N; 3PX4 A; 5BN9 A; 4LSN A; 4BAC A; 5AZI B; 1NOY A; 3QFP A; 2WON A; 4OPH A; 1KFS A; 1T44 A; 3LAM A; 4BR4 A; 1CZ9 A; 4PKH A; 1VK0 A; 3M5R A; 3SBG A; 1Q82 O; 3WEE A; 2QKB A; 1NGI A; 3PIP L; 4RW4 A; 1NK7 A; 1ASU A; 4XH4 A; 4C8M A; 3LPU A; 4CK2 A; 4H4M A; 3HVR A; 3MMV A; 2ZQB A; 4B9S A; 1L3U A; 3V9W A; 3A5L C; 2QTD A; 4JI4 K; 1TL1 A; 2IVO A; 4HHT A; 2OPQ A; 4DSK A; 1NOZ A; 2E2N A; 2E8A A; 1WSE A; 1VQ4 N; 3KKR A; 3QBX A; 5AR0 A; 3MN6 A; 3MN9 A; 3OYJ A; 3WNF A; 5HP1 A; 1BIU A; 2E2Q A; 4JI0 K; 3CFO A; 2CGL A; 1BGX T; 1HR0 K; 1HNW K; 1GOB A; 3CCU N; 4CHP A; 2WBN A; 4LD0 A; 3A0I X; 3RRH A; 3NHG A; 3V9U A; 1ASV A; 3TSP A; 1FKP A; 1K8A O; 4DV1 K; 1W9H A; 4AH9 A; 4CEA A; 3HI0 A; 4WCE L; 2OTJ N; 4JI5 K; 5AQS A; 2HNZ A; 2B6A A; 1E4F T; 2ZGY A; 4J2B A; 4X65 K; 1RTJ A; 3O08 A; 5BR8 K; 3P83 D; 5HBM A; 3KD5 E; 3ID6 A; 1LV5 A; 4B9L A; 2VGM A; 3IAY A; 4FXD A; 4JEP A; 3S9H A; 2IIR A; 2P9U A; 3H45 C; 5LY3 A; 4GNI A; 4FJ9 A; 1ZBI A; 3VF2 A; 3CG7 A; 4HVJ A; 1T6C A; 2O4G A; 4W5T A; 1VSM A; 3C6A A; 5K14 A; 3A5O C; 4FJH A; 1OH6 A; 2OA8 A; 3EKS A; 4YFU A; 3AVH A; 2WFB A; 2HHS A; 3UB5 A; 1YHQ N; 3ZSR A; 2QKK A; 3NF9 A; 2OAN A; 2QM1 A; 1NGB A; 3VQB A; 4BRF A; 1LAV A; 1DTQ A; 4JKA A; 4KRE A; 2E6L A; 3CIP A; 2X6N A; 4IXC A; 5AQP A; 3E01 A; 4J2E A; 4DFP A; 4ISF A; 3BF3 A; 3CM6 A; 3OHR A; 3OBY A; 1S1U A; 4LFA K; 1RBU A; 4DUZ K; 4FWQ A; 3E9P A; 1XNQ K; 1QQN A; 5TKY A; 3AAR A; 3AVM A; 4DQ8 A; 3UKR B; 4Y1C A; 2HMP A; 1R0A A; 3EYZ A; 4IO8 A; 4L8R B; 1S22 A; 2YNI A; 2W6K A; 3ZET B; 3CCV N; 1FK9 A; 3I33 A; 4DV2 K; 2VCP A; 2HND A; 1S1W A; 2GUI A; 3VQP A; 2OPR A; 5LMN K; 2Q36 A; 3LDQ A; 5BN8 A; 4B1V A; 4E7L A; 1C6V A; 4JK8 A; 3PX6 A; 3CC2 N; 1NK0 A; 1LWF A; 2GEM A; 3G10 A; 4M3T A; 4CIF A; 1ESV A; 2V52 B; 3SZ2 A; 1WSG A; 2H3G X; 2WC9 A; 3I8D A; 1ITG A; 2W41 A; 4X64 K; 3HBT A; 4AHS A; 1ATR A; 1RIL A; 1KVC A; 1RT1 A; 2QW9 A; 3ZT1 A; 5I9E B; 3OYG A; 1B9F A; 3K2P A; 2NRW A; 2GV9 A; 1JL2 A; 3S3O A; 4N5S A; 4I2Q A; 1JLA A; 3FZH A; 4M7Y A; 3ZSQ A; 2P9L A; 4NCA A; 4E0D A; 1N33 K; 4DU1 A; 2FBX A; 5C25 A; 4XEI A; 4YHH K; 3D6R A; 5AQU A; 3CHW A; 4FJK A; 5AQO A; 4CFC A; 4WF9 L; 1MU2 A; 5CE3 A; 3NGI A; 1XMQ K; 4K8Z A; 4K41 A; 3ZET A; 3CPE A; 2F4V K; 4NB4 A; 5AQT A; 1ZBU A; 1BL3 A; 5ADX A; 4LF8 K; 3VQA A; 4KB0 A; 4IFY A; 3VTI A; 4DV7 K; 3N4Q A; 4NCG A; 4CD3 A; 3THX B; 1C0U A; 2E6M A; 4DB3 A; 2YJE A; 4WQ4 A; 3SAH A; 3TR8 A; 4MO5 A; 3JYT A; 4PHT X; 5GAH P; 2O8C B; 1NGC A; 5HRP A; 3PO4 A; 1T3V A; 5A2Q O; 4CZE A; 2DPN A; 4B08 A; 4H0T B; 3VES A; 5BPN A; 2RE2 A; 2RN2 A; 3AGK A; 1RBV A; 2A41 A; 2P9S A; 1X9M A; 4M3X A; 4FM1 A; 4CI6 A; 2FBY A; 3ZYY X; 4C8N A; 1W97 L; 1SUQ A; 2E1Z A; 2F8T A; 3DXM A; 2WOM A; 4PKI A; 3VER A; 1NKE A; 1F21 A; 4PL8 A; 5KPZ A; 3DWL A; 1U04 A; 1VQL N; 2Q0U A; 1ILY A; 3CCJ N; 4W5N A; 4KH5 A; 3HK2 A; 3AVF A; 3RR7 A; 3MXI A; 4JKE A; 1X9W A; 4FWN A; 4MDA A; 3ZSO A; 3KZB A; 2UU9 K; 3ZT3 A; 4BG9 A; 4DF8 A; 1VSF A; 5J2N A; 1FKO A; 3SYZ A; 2KKZ A; 5BRF A; 4DTS A; 5HRO A; 3DJC A; 1S9G A; 4CES A; 3VQD A; 4CF9 A; 3VQC A; 3T19 A; 5JS2 A; 3QB0 A; 2IC3 A; 4BGA A; 3TAN A; 3QBW A; 4BQL A; 4DLG A; 3TAB A; 4E7I A; 3H08 A; 5AQI A; 4F4K A; 5ELZ A; 1CZA N; 1RBR A; 3THX A; 4H0P A; 1I39 A; 4YOY A; 2E20 A; 1I3A A; 2X78 A; 4OPK A; 3V1R A; 1YF5 L; 3OYC A; 3GOI A; 3R3L A; 3SJJ A; 1JJ2 M; 3QES A; 5KRS A; 5CZ2 A; 4CJT A; 1GLD G; 4FLU A; 2PYJ A; 4CE9 A; 1MA9 B; 5EX5 A; 3H3N O; 3CD6 N; 3EKU A; 2HHU A; 2ASM A; 3S41 A; 4CIG A; 1NGJ A; 3V1Q A; 4NLC A; 1IKW A; 2RHK A; 4OPJ A; 4JI6 K; 3V6D A; 3H1Q A; 2X6S A; 3KLI A; 4CGD A; 4DSJ A; 4FWK A; 3ZSZ A; 4BVP A; 3CCE N; 4BRP A; 1L3S A; 5AFU H; 3E9L A; 4Z4G A; 3BEX A; 2WTU A; 1Q9X A; 1HYV A; 4O55 A; 2G8K A; 3M3Z A; 3VET A; 1W7A A; 1RTD A; 3LM9 A; 2ITM A; 3RMC A; 3LP0 A; 2W6L A; 4EP5 A; 3WQU A; 4CCH A; 1VRU A; 3WNG A; 4KRF A; 4BC5 A; 3HL8 A; 4CBW A; 1RBS A; 5CY4 A; 3HST B; 2P9L B; 4HTU A; 2ZJQ L; 4CJS A; 2ETJ A; 3ZSV A; 2YCH A; 4YOW A; 1G99 A; 4QOZ B; 1VAZ A; 3O9Q A; 1T8E A; 1IV0 A; 4ICL A; 5BPL A; 3ZLJ A; 3SQ0 A; 5AQZ A; 3TAM A; 3U6F A; 4CJW A; 3LP2 A; 4FW2 A; 1NGH A; 1XI1 A; 4BR2 A; 3H3O B; 4Z4E A; 2YHW A; 4DQQ A; 4CJ7 A; 1J5O A; 1Z25 A; 2O8F A; 4DQS A; 3QDK A; 4CGF A; 4YOV A; 3EE9 A; 4ID1 A; 3HPG A; 1VSJ A; 2GWK A; 2YJF A; 4CGJ A; 4JK7 A; 1JLF A; 2P9I B; 2YHX A; 3VF4 A; 2J4R A; 4IWV A; 4CJU A; 1WLJ A; 3V9X A; 1HYZ A; 2P9P B; 4CZI A; 1K8K B; 1Z6R A; 2F9T A; 4JKC A; 4W5O A; 3THW B; 5JIC A; 1NK6 A; 4FJJ A; 3AAP A; 3TTF A; 3C95 A; 1TUU A; 1N6Q A; 1NGD A; 4DR7 K; 3LAL A; 3TAG A; 4W5R A; 3K59 A; 2A5X A; 2B5J A; 4PY5 A; 2HHT A; 3GE1 A; 3KJV A; 1JL1 A; 1Z26 A; 3M8Q A; 4FVM A; 3AV9 A; 1HKB A; 3HYF A; 4MLH A; 4RW9 A; 3KWG A; 2IDO A; 4E7H A; 3EE8 A; 3VA0 A; 1O1W A; 5FLX O; 1NM1 A; 1GLB G; 1U47 A; 3L2Q A; 2FC0 A; 4BRO A; 2NRH A; 1WBB A; 4FJM A; 1HNZ K; 4FM0 A; 2CH6 A; 1C0T A; 2BDP A; 4LF4 K; 1MWM A; 4BRE A; 4CEO A; 4WYB A; 3K5M A; 4EFH A; 4YY3 K; 3K0S A; 3G4S N; 4DTX A; 2ZJR L; 1Q81 O; 4ILG B; 2P9K A; 1VSE A; 4BG8 A; 1UA1 A; 4H5N A; 1WUA A; 2FSN A; 4YOT A; 3ATV A; 4OPA A; 2IVN A; 3PO5 A; 2HST A; 4FCY A; 3K9J A; 4X62 K; 1VSL A; 2ZGZ A; 2A6A A; 5M1Q A; 1SKS A; 5C12 A; 2O8E A; 2E88 A; 3LDO A; 5BR9 A; 5DMR A; 4CEE A; 4CER A; 2Z1J A; 2HHW A; 4J8F A; 5BRD A; 3OYA A; 2D4W A; 3OS1 A; 3LP3 A; 4DU4 A; 3DOK A; 3VTH A; 4WFN L; 2VQE K; 5FRN A; 1TYQ A; 4BRK A; 2VG7 A; 3AVA A; 4DV5 K; 3NF7 A; 1C1C A; 5J1E A; 3CFP A; 3DXM B; 4HUF A; 5KQD A; 3O80 A; 2ATQ A; 5LJW A; 1BHL A; 1QTM A; 4DTJ A; 5AZJ B; 1R59 O; 3CC4 N; 3HOT A; 1GOA A; 4ID5 A; 3AA2 A; 3K5O A; 1NJZ A; 4UQG A; 1ZBL A; 1XC9 A; 3I56 N; 5M1F A; 1TKT A; 3OYB A; 2VWJ A; 4DQI A; 1VHX A; 4BDY A; 1RT3 A; 1KXP A; 4IG3 A; 1TUY A; 3OVN A; 3NGY A; 2HF4 A; 4XH1 A; 4FLT A; 1RTI A; 4KTZ A; 5JMV A; 4JNE A; 1IH7 A; 1HUX A; 3NBP A; 4H8K A; 2EHG A; 4B3M K; 3NH0 A; 5HRR A; 5FPN A; 3HJF A; 4BQZ A; 1P90 A; 4K8X A; 1BCO A; 3DLH A; 1OKJ A; 3LWL A; 4K0K K; 3L2V A; 4LC9 B; 2KW4 A; 3OA9 A; 3THY B; 3RVC A; 3KK1 A; 3HRG A; 5CR4 A; 3SCX A; 4MLE A; 4O5F A; 4FJG A; 2HNY A; 5JVG L; 4LF7 K; 1NMN A; 1SL1 A; 4M3U A; 4AHU A; 1QE1 A; 1YTU A; 3V9Z A; 2B4J A; 4IEE A; 4C8O A; 2EWS A; 3BF1 A; 1S72 N; 3BUZ B; 1T7P A; 1BWF O; 3EZW A; 1W2B M; 2XY7 A; 3SV4 A; 3AO3 A; 1RBT A; 2HW3 A; 3VEZ A; 2IOC A; 2ZWH A; 5C10 A; 4BR7 A; 3C7N A; 1RDW X; 4FWM A; 5FPD A; 3JS6 A; 1BO5 O; 1X1P A; 4I9Q A; 1KVA A; 1WSF A; 5SZT A; 5AQX A; 1QHA A; 5AZI A; 4F2S A; 4XIU A; 3VQQ A; 4YOU A; 4C23 A; 1JXB A; 4NYF A; 4JKH A; 1QVG M; 4LH5 A; 4CK3 A; 3IUC A; 4CBU A; 1VRT A; 5AQR A; 2HVI A; 3LM2 A; 2AA4 A; 4KHW A; 4CF8 A; 2HHX A; 1VQM N; 4M3Z A; 5FRM A; 3A2F A; 3FFK B; 1EKE A; 2E2O A; 2NRX A; 2UXB K; 2QXL A; 3O6W A; 1XHZ A; 3ASM A; 3ITH A; 1TYQ B; 3UKU A; 2DFF A; 1JCG A; 3R8E A; 4JKF A; 1HJR A; 1WSI A; 3IDH A; 2P5G A; 1WBD A; 1RT4 A; 5FRO A; 5GAG P; 2FBT A; 3L2W A; 3T1H K; 3KTQ A; 3DOL A; 2P1J A; 2A3Z A; 5EVZ A; 1VQ8 N; 1D5A A; 4AHC A; 5I3U A; 1C0M A; 4GV3 A; 3I8B A; 3W0L A; 4OLB A; 3OYE A; 3VEV A; 1EO1 A; 3P1G A; 4DS5 A; 1ASW A; 4BRM A; 3LZJ A; 3RSE B; 4FW1 A; 1YAG A; 2W40 A; 1IKX A; 2E2P A; 4HTL A; 5SWM A; 3SJH A; 3OYI A; 1IG9 A; 2P5O A; 4DSL A; 3RWU A; 1NK4 A; 4H5V A; 1YJW N; 2UYT A; 1LW2 A; 4FWP A; 3FZF A; 1HMV A; 4IEI A; 2QXF A; 3QFU A; 3S3M A; 3CPW M; 1TV6 A; 3LL3 A; 3O9T A; 1S1V A; 2KTQ A; 3M8P A; 2LSN A; 5CZ1 A; 1BG3 A; 4EAH D; 4ISE A; 4C1N I; 1ZXO A; 3CME N; 4ELV A; 4OLA A; 1VQ9 N; 4OKJ A; 1U49 A; 5GIN A; 1SKW A; 2GBZ A; 3C6H A; 4BC2 A; 2NZT A; 3VF6 A; 1KVB A; 4K43 A; 4DR5 K; 4CJQ A; 3ZX2 A; 5I42 A; 3ZT0 A; 4E1M A; 1JLE A; 4RW7 A; 2HBK A; 3PSF A; 4JI7 K; 4CHQ A; 4OKE A; 1CZB A; 1SV5 A; 4CW7 B; 1J54 A; 1V4S A; 4LF5 K; 2G8W A; 5JLH A; 4FLW A; 4QS9 A; 3CJA A; 4DSI A; 3AVB A; 2FF6 A; 1QSS A; 3SMP A; 1J53 A; 4DLE A; 1CXU A; 3AVJ A; 3FZK A; 3WT0 A; 1XC3 A; 2Z1G A; 3D45 A; 3DXK A; 4JK9 A; 2P9N A; 4OO1 J; 3QEV A; 5LL6 Z; 1LCU A; 1KSP A; 4A57 A; 3NMU A; 1H1V A; 4FOE A; 4GVM A; 3TAF A; 1HNX K; 3LDP A; 4A61 A; 4M45 A; 3RMB A; 2UUB K; 4O0I A; 4Z4F A; 3MAQ A; 4A62 A; 1VQ5 N; 1RT6 A; 1JXE A; 1FJG K; 3ZT4 A; 5J2Q A; 1CLQ A; 3RSE A; 4GV6 A; 4CED A; 3ZX0 A; 3OYF A; 4CHO A; 4FJN A; 3CCQ N; 1XQS C; 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5AQN A; 3VQ8 A; 1YIT N; 1VSK A; 3M6G A; 4DHY A; 4WE1 A; 2YHY A; 4CEB A; 3BP8 A; 4IFE A; 4Y0W A; 1VQN N; 1X3N A; 2E5L K; 1BIZ A; 1U2V A; 3TI0 A; 3C6T A; 3U9Z A; 2OZS A; 4JI1 K; 2HHV A; 2HBL A; 5J2M A; 2HHH K; 5J2P A; 4CF0 A; 4DSE A; 3L6Q A; 3WXM B; 4G9Z A; 3J7Y P; 4JS4 A; 1BIS A; 2NUB A; 1TK5 A; 3DLB A; 1NWK A; 3VQ5 A; 4AIL C; 2HB5 A; 2UXD K; 1YUW A; 4KV8 A; 4M42 A; 1QS4 A; 1KRP A; 4KHY A; 3OYM A; 3M8R A; 3F9K A; 5KI6 A; 4E1N A; 1L5U A; 3RRG A; 4JKG A; 1RDU A; 4JHD B; 4Z94 A; 4FM2 A; 2XY6 A; 3VQ9 A; 4H5W A; 3K5N A; 2G8U A; 4M3Y A; 5GAD P; 1EWQ A; 4JD2 A; 4LF6 K; 4KKO A; 4CFD A; 4BRH A; 2VWB A; 2ZM6 K; 1NJI O; 2JWK A; 4B1Z A; 4MQ3 A; 4KTQ A; 1NGA A; 4N56 A; 3QNN A; 4Z4C A; 4BR9 A; 1YVU A; 4EZ6 A; 5DM6 L; 4DV3 K; 1FW6 A; 2Q0R A; 3SUP A; 4B1X B; 4CIE A; 2D1K A; 3J80 O; 3P5J A; 3U3Y A; 4BR0 A; 2Z1I A; 4NXM K; 1KLM A; 1GLF O; 4M3R A; 4E1J A; 1WNS A; 3A5N C; 1NJY A; 3D2E A; 1UAX A; 2V51 B; 3T1A A; 1JLB A; 5AQK A; 1TK8 A; 3VMF B; 2HBJ A; 4FJX A; 1WSH A; 2D0P A; 3DM2 A; 4YDU A; 2OPP A; 3CMA N; 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