The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
18
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sequence length |
98
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structure length |
98
|
Chain Sequence |
MRVGALDVGEARIGLAVGEEGVPLASGRGYLVRKTLEEDVEALLDFVRREGLGKLVVGLPLRTDLKESAQAGKVLPLVEALRARGVEVELWDERFTTK
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule keywords |
hypothetical protein
|
| publication title |
Solution structure of the YqgF-family protein (N-terminal fragment)
rcsb |
| source organism |
Thermus thermophilus
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| molecule tags |
Structural genomics, unknown function
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| total genus |
18
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| structure length |
98
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| sequence length |
98
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2002-03-08 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | YqgF/RNase H-like domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3BZK A; 1IV0 A; 3BZC A; 3PSI A; 3PSF A; 1OVQ A; 2OCE A; 1NMN A; 1VHX A; 1NU0 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1HX1 A; 3OHR A; 1LCU A; 4CE9 A; 4DQQ A; 4CF0 A; 2D0A A; 3NCI A; 4HTL A; 3K57 A; 4AHC A; 4CFD A; 2D4W A; 3LAN A; 4YHH K; 5AQG A; 1HKB A; 2B4J A; 4ELT A; 3HK2 A; 4FJH A; 1NGJ A; 4CJK A; 5K14 A; 4EZ9 A; 4F2R A; 3KLH A; 1DTQ A; 1JLE A; 1KXP A; 2GEM A; 1FW6 A; 1E3M A; 1KVB A; 4DSK A; 4CEA A; 3AAQ A; 4DR5 K; 4GV6 A; 4N47 A; 4O0I A; 3ALY A; 4WQ4 C; 4KHW A; 2P9K B; 1X3M A; 1ZC6 A; 2WBN A; 4CJT A; 5T7B A; 1QZ5 A; 2Q97 A; 3SQ0 A; 2UXC K; 5J1E A; 1E4F T; 4F4K A; 4X66 K; 1LV5 A; 4JI5 K; 1RDA A; 3MXM A; 1NWK A; 1N34 K; 2ASP A; 3KKS A; 3CM6 A; 2KTQ A; 1S1W A; 3AA2 A; 1BCO A; 4BRM A; 2QWR A; 1FJG K; 4JHD A; 1NGH A; 3KWI A; 3U8X A; 3VOV A; 4F2S A; 4G1Q A; 3AVJ A; 3AGR A; 1BI4 B; 3R3L A; 2D0O A; 3QDK A; 4BE2 A; 5KGX A; 3HP9 A; 4O8U A; 5AZI B; 3TTF A; 3MN7 A; 1YTU A; 2IS3 A; 3LAM A; 4CIG A; 3CJB A; 4KI4 A; 5AR0 A; 3J8A A; 4A59 A; 3P5J A; 5FPD A; 2DTU A; 4CCH A; 4B1Y B; 4HHT A; 4B9U A; 5AQQ A; 4BDZ A; 2P9N B; 3CCE N; 1JCG A; 3G6E N; 5AQI A; 3CHW A; 3VN5 A; 5CYM A; 3O9S A; 4CBX A; 4CHP A; 3F2K A; 3E66 A; 1ESV A; 3O1W A; 3WXI A; 2G8H A; 1P90 A; 3DLK A; 3MCP A; 1EWR A; 4H0T B; 4X62 K; 5J2Q A; 1ZBL A; 2HOE A; 3AVA A; 3N4Q A; 3QIC A; 4QS9 A; 3JXU A; 3NFA A; 4LFB K; 2GEL A; 1DGK N; 3CCQ N; 2WON A; 2KQ2 A; 4R5P A; 5BR8 K; 5TKY A; 1WSG A; 3CCV N; 3O1B A; 2ZJR L; 1MU2 A; 4M3X A; 5FPE A; 3CQ8 A; 2OPR A; 1OH8 A; 3HI0 A; 4JRQ A; 4FWS A; 4A2A A; 4OKK A; 4FWM A; 3RMD A; 1OH7 A; 4M45 A; 5AQT A; 4CES A; 2VWJ A; 1RDW X; 2HHH K; 4CI6 A; 4BY9 C; 3TSP A; 1VQ6 N; 4EHT A; 1HQE A; 2J4R A; 1TL3 A; 4BRF A; 4QS7 A; 4H5W A; 3DYA A; 5LL6 Z; 3LP0 A; 3V9X A; 3M3Z A; 3ZEU A; 3EYZ A; 1GLD G; 2QK9 A; 3ID6 A; 2DFH A; 5DK5 A; 3K9K A; 3VQ6 A; 1RIL A; 2ZM6 K; 4FYD A; 2NLX A; 3MX5 A; 1E4G T; 5AQL A; 4A2B A; 4FLY A; 3AVB A; 3ULE A; 3P83 D; 3N4P A; 4N56 A; 4JK9 A; 4CJE A; 1SS6 A; 4WCE L; 3O6W A; 4KTQ A; 4FLU A; 1H1V A; 3M8S A; 1N33 K; 2DFF A; 2YJE A; 3VGL A; 1NU0 A; 4CF8 A; 3CCU N; 2P9L B; 2NRW A; 4DTU A; 1YI2 N; 2X74 A; 3KIO A; 2YHX A; 3T3F A; 1QQC A; 4DV5 K; 3DXM B; 1Z26 A; 2VG6 A; 1Q9Y A; 1QSS A; 4FZX C; 1ATN A; 2D0C A; 4CEB A; 2HHT A; 1RDB A; 4K8X A; 3HST B; 3KWG A; 4DTJ A; 4UY8 O; 1I94 K; 1VQM N; 3H3O B; 3I56 N; 4B1Z A; 1N5Y A; 4JKG A; 4FK4 A; 2D0P A; 1J54 A; 3HOS A; 3SI6 A; 1UAX A; 3K59 A; 1U6Z A; 4OGE A; 5J2P A; 1NJZ A; 4OO1 J; 5EX5 A; 3OVN A; 3ZT4 A; 4YOY A; 3PV8 A; 2BUP A; 5AFU H; 3E9L A; 3M6G A; 4AIL C; 1T8E A; 3O8M A; 3ENH A; 2QWP A; 4FL9 A; 3NH0 A; 3JAM O; 1IG8 A; 3ZT0 A; 4GW6 A; 3LDO A; 2ZE2 A; 5M1K A; 2VQE K; 4C8K A; 2AP1 A; 3NF8 A; 2PYJ A; 2XY7 A; 3C7N B; 4UQG A; 1NJW A; 3I8D A; 4PKI A; 3EZ5 A; 2YNI A; 1YVN A; 5HP1 A; 3OJU A; 3TAP A; 1CXQ A; 3H08 A; 3K5O A; 5BR9 A; 4DF8 A; 4JS5 A; 1BIZ A; 4JI7 K; 1BGX T; 4I6M B; 5D3G A; 3NF9 A; 4N76 A; 4FWN A; 2A3Z A; 4YFU A; 4PL8 A; 2D0B A; 2RKI A; 3F5T A; 4YDU C; 3F73 A; 3V1Q A; 3KK3 A; 3SPY A; 1BUP A; 4J2E A; 1ASW A; 2HBJ A; 2NRV A; 3O3F A; 1Y97 A; 4CEZ A; 2EWS A; 2IGI A; 3AVF A; 2FBT A; 4M3Y A; 1N6Q A; 1NGC A; 3QEW A; 2Y1J A; 3WXL A; 5ADX H; 3QO9 A; 4H03 B; 4FLV A; 1JLC A; 3G4S N; 3FZK A; 2CH5 A; 2NRZ A; 3KKR A; 3CIP A; 3OYI A; 4DF4 A; 3OA9 A; 3HXM A; 5AZJ B; 3RMA A; 1HNI A; 3VQ8 A; 2UXD K; 5C0Y A; 3TAG A; 2E2N A; 2A1S A; 4KI6 A; 5GAG P; 4FLZ A; 1C1A A; 1B92 A; 4LH5 A; 4BG8 A; 5HRO A; 3EKU A; 3PX4 A; 1NM1 A; 3VTI A; 1NKC A; 2O8F A; 2O8C B; 1VQL N; 1NNE A; 4C1N I; 2QWM A; 4RW6 A; 3C0B A; 3V81 A; 3SQ1 A; 5BN9 A; 2ASM A; 1TAQ A; 2P51 A; 3MEC A; 2QXF A; 4CBU A; 4B9L A; 4BRN A; 4LD0 A; 3G71 N; 2KKZ A; 3QES A; 1X1P A; 5AQF A; 3KLE A; 1YT3 A; 4M3U A; 3OYK A; 4IEI A; 5GIN A; 5LMN K; 5EOY A; 2HVI A; 1BU6 O; 1RT5 A; 4O5B A; 5FPN A; 4CHN A; 4LF9 K; 3FFI A; 2FBX A; 1IJJ A; 3KK1 A; 3MN9 A; 1S1V A; 3CD6 N; 1ITG A; 4Y1D A; 3ZT2 A; 2W40 A; 3O3H A; 3O4Q A; 2YKN A; 1X9M A; 1SZ2 A; 5M1O A; 1CXU A; 3CJA A; 3P1G A; 1FXX A; 3SLC A; 4CER A; 3TR8 A; 2WTU A; 3TTD A; 3FGU A; 1NBW A; 4JK8 A; 4F8R A; 4WQ4 A; 4DTS A; 2A5X A; 4CJ7 A; 4JKB A; 3TAE A; 4DTO A; 3MEE A; 1J53 A; 1L3S A; 4Q5V A; 3VQ9 A; 3BDP A; 4QS8 A; 1ZBU A; 4TSX A; 2JWK A; 4AHV A; 5GAD P; 3AO2 A; 3FE1 A; 3QLH A; 1DEJ A; 4H0X B; 1T6C A; 3OBW A; 2FBY A; 2HW3 A; 2UU9 K; 2NRH A; 1RTH A; 3HZ6 A; 4FWK A; 4LC9 B; 4QAG A; 4Q0B A; 2KZZ A; 3P38 A; 1V4S A; 2G8K A; 1S1X A; 4Z94 A; 5FPM A; 1Q7Y O; 3FZH A; 3WNG A; 1HKG A; 5LMU K; 1OH6 A; 4E7I A; 3HPG A; 3IRX A; 4H5T A; 5E26 A; 4KHN A; 4KH6 A; 1LAW A; 4E89 A; 4FJJ A; 1TK0 A; 4BR2 A; 3IKM A; 3QBW A; 4BR5 A; 1NG9 A; 4LF6 K; 2YI1 A; 3SUO A; 3VQE A; 3VQP A; 2VCP A; 3QEP A; 4HTU A; 1JKH A; 3LDN A; 1WSE A; 1U49 A; 2OAN A; 3L4Q A; 3RR8 A; 2IVP A; 3BZK A; 3P39 A; 2JWL A; 3MCA B; 1TAU A; 2E1Y A; 4KH4 A; 4JKG B; 2GTD A; 3OW2 M; 4Z4H A; 3FFK B; 4AHR A; 2Q31 A; 2BTF A; 3FZM A; 4JI4 K; 2E2P A; 1NGI A; 3MED A; 2QWL A; 3KK2 A; 4CJ5 A; 3SJJ A; 2ETJ A; 1YJW N; 3HJF A; 1LWE A; 3D2F B; 5SZT A; 4ID5 A; 2KLA A; 5HLF A; 3TAB A; 1Q82 O; 4BDP A; 4GV3 A; 1S72 N; 4E0D A; 4IOA L; 1OKJ A; 3VTH A; 1VSD A; 2HMP A; 2FLO A; 2FF3 B; 3J80 O; 4PKH A; 5JIC A; 4BRK A; 1ATS A; 3AV9 A; 4DQP A; 3THV A; 1RNH A; 2OZS A; 5AQO A; 5DMR A; 4RWT A; 1VSE A; 5AQJ A; 1K6Y A; 3VA0 A; 5AQK A; 1JLB A; 3H6E A; 5AQM A; 1ZXO A; 1VQ4 N; 3PO5 A; 4N41 A; 4OJR A; 3QEX A; 1VHX A; 3V4I A; 1RDD A; 3HVR A; 3ATV A; 2X6N A; 5HOO A; 4FWR A; 4B8A B; 3CFP A; 1YXQ A; 4LSN A; 4CZI A; 3O5B A; 1IBK K; 4CJF A; 4KTW A; 4DR1 K; 4B1X B; 1EET A; 1W7A A; 4JKH A; 4FJK A; 4I9L A; 3AAR A; 3HT3 A; 2QTD A; 5GIO A; 4CFA A; 1REV A; 1BQM A; 3QB0 A; 4IDH A; 3EEQ A; 3MK6 A; 1XC9 A; 1WUA A; 1XWL A; 3A0I X; 4GNI A; 3OYJ A; 5HRN A; 4CJW A; 5FRN A; 4A61 A; 5DM6 L; 3GOI A; 2YCH A; 2W6K A; 4YNQ A; 1T6D A; 1W97 L; 3QET A; 2F9W A; 3C65 A; 1HYS A; 2WC9 A; 2Z1G A; 2HHU A; 1I3A A; 3NH2 A; 4H0Y B; 3THY A; 3VEZ A; 2E2O A; 3NMU A; 3LWM A; 4HUE A; 3DLB A; 2O8F B; 3S3O A; 3IUC A; 3SBT A; 4CJS A; 1OH5 A; 4WYB A; 5KRS A; 3KVG A; 1UA1 A; 3I0R A; 5BPN A; 1Q18 A; 4ZTJ A; 5AQR A; 1ZBI A; 4WFB L; 4A57 A; 3OYN A; 2HHV A; 3NGI A; 2OA8 A; 5JLH A; 3THX B; 2OTJ N; 1GOA A; 5F0X A; 3U3G A; 4RW8 A; 3TTC A; 3MN6 A; 1KVC A; 2FSJ A; 1MWK A; 3WNE A; 1VQK N; 3VEN A; 4G9Z A; 1BOT O; 4I7F A; 1TKD A; 3ZX2 A; 1QQM A; 3LP1 A; 4N5S A; 1VQ8 N; 4NXN K; 4YDU A; 2E1Z A; 3UKU B; 4RCH A; 3L0Q A; 1L5U A; 3DAW A; 4CEO A; 4CF9 A; 3WXJ A; 3DJC A; 3BUZ B; 1YTA A; 1IBM K; 3IG1 A; 3I33 A; 4C1N K; 5JMV A; 3O9U A; 4CGH A; 3R6M A; 2EHG A; 2YNF A; 4DLG A; 4BRQ A; 1XUP O; 1NGD A; 3WEE A; 1SUQ A; 3EN9 A; 5KGW A; 3TSQ A; 3IS9 A; 4FJG A; 4OPH A; 3V9S A; 4DTM A; 4BWJ A; 4FO0 A; 4CZH A; 5AQY A; 2OPP A; 4I6M A; 3CYM A; 3UE5 A; 4BQZ A; 1EKE A; 4Z4G A; 3ENB A; 5KPR A; 1T03 A; 3J81 O; 1MWM A; 3DWL A; 3NGY A; 4KV8 A; 5BRE A; 4FM0 A; 4XH1 A; 3GDQ A; 2IVO A; 1VK0 A; 4IJN A; 5E84 A; 1JL2 A; 4V19 S; 2A1R A; 4O0J A; 2GUI A; 1J5E K; 2KZM A; 5EU7 A; 3DLL L; 2DFE A; 2CH6 A; 3OYF A; 2OZM A; 3D6R A; 4YOW A; 1ZBH A; 2NNW A; 1GOC A; 3M8R A; 5C2F A; 1XMO K; 4M3T A; 1Q9X A; 1BG3 A; 1C0U A; 5M1P A; 2Z1I A; 5AZJ A; 4BGB A; 4BRL A; 3TAQ A; 1RTI A; 2CGK A; 1SQK A; 3OYG A; 2V7Y A; 4FJ9 A; 1HRH A; 1SL1 A; 3SQ2 A; 2O8C A; 2PY5 A; 3HVT A; 1BO5 O; 1HYV A; 1KFD A; 1XQS C; 4CEF A; 3KLI A; 4NYF A; 3ZSO A; 3QFU A; 3K5N A; 1WAJ A; 1D9F A; 1UOC A; 4WF9 L; 4JNE A; 2NRX A; 2CGL A; 3OY9 A; 1VSH A; 4E1N A; 3U3Y A; 5CHI A; 3M8P A; 3B8A X; 1V4T A; 3NVM A; 2Z1J A; 2FSN A; 1BL3 A; 2XRI A; 4JI0 K; 3RVC A; 3LP3 A; 1KAY A; 3A5L C; 3VER A; 4FLX A; 3C6A A; 3L2R A; 1M1K O; 4FZY A; 1BWF O; 4FJN A; 1OVQ A; 1QHT A; 3LDL A; 4MO4 A; 2HB5 A; 4PUO A; 4O5F A; 3V1R A; 1VQ9 N; 1HYZ A; 4FVM A; 3CPW M; 1RT1 A; 5CR4 A; 1GOB A; 1HQU A; 4BRO A; 2B5J A; 1GLE G; 1NMD A; 3T7Z A; 4HCB A; 3ITH A; 3EKS A; 1J5O A; 2YKM A; 1RDC A; 2VGM A; 1HNV A; 3AVK A; 3CFR A; 2OYQ A; 2E6M A; 2O8E B; 4FZZ A; 1HLU A; 3TPQ A; 3VQ7 A; 1KD1 O; 2JGU A; 3KLF A; 4K41 A; 3K9J A; 1Y64 A; 4IEE A; 4W5N A; 4DR2 K; 3LM2 A; 3H3N O; 3TAF A; 1WSH A; 1EO1 A; 3CI5 A; 4MFB A; 1NK4 A; 3D0P A; 3LZJ A; 1WB9 A; 3ZX0 A; 1TVR A; 5AQN A; 4BDY A; 3ULD A; 4HVJ A; 3DRS A; 3LDS A; 2W42 A; 1YJ9 N; 1HUX A; 4FJI A; 4A62 A; 4DUZ K; 4DSJ A; 3A5N C; 3K5M A; 4FJX A; 3D2E B; 3THY B; 4IOX A; 2IDO A; 4DQI A; 4IXC A; 4CHO A; 3E01 A; 1KVA A; 1WNS A; 3HL8 A; 4R79 A; 1BA1 A; 4A5A A; 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4JKA A; 3T69 A; 4J2A A; 4K43 A; 3I8B A; 2H3G X; 4NCA A; 3ZSZ A; 3WQU A; 4OLB A; 3CM5 A; 3GL1 A; 4BRH A; 2VQF K; 2HHX A; 1N32 K; 3HBT A; 3LAL A; 2G8W A; 3O80 A; 4CZJ A; 1VRT A; 4JLH A; 1KAZ A; 4LSL A; 3QEV A; 1F21 A; 5IWA K; 4F3T A; 4DQS A; 1WN7 A; 3H46 O; 3IAY A; 2ZJQ L; 4GKK K; 3THX A; 3CMA N; 1RBU A; 4OVL A; 4B8C A; 3HRG A; 2XO7 A; 4JI6 K; 4DHY A; 5ELZ A; 2QA4 N; 2O8D B; 4RTF D; 4CFB A; 4BAC A; 3QBX A; 3B6O A; 4IZ9 A; 4FJ5 A; 1DKG D; 3DRP A; 3AAP A; 4M7X A; 3DLE A; 1X9S A; 1RT6 A; 1SV5 A; 1BHL A; 3UKU A; 3AO3 A; 4H5N A; 2KHO A; 1HPZ A; 4Z4I A; 3QIN A; 2QWN A; 3PO4 A; 4CD1 A; 1NK8 A; 2P9S B; 1NK7 A; 1ASV A; 5GIP A; 2G8V A; 1RT7 A; 1JLF A; 2RN2 A; 3VQC A; 1GLA G; 1VQN N; 3R9P A; 4GV9 A; 4QOZ B; 5J2M A; 2QEX N; 1W0H A; 5AQW A; 4B08 A; 4B3S K; 1JXE A; 4KHY A; 2HNZ A; 3DLG A; 3AVN A; 3CPE A; 5C12 A; 4DV3 K; 2F8S A; 1ASU A; 3A2F A; 3FZL A; 5M1N A; 4CGG A; 2E6L A; 3RR7 A; 4FWO A; 3T1H K; 4KFB A; 4WE1 A; 1S9G A; 4CZL A; 3L2U A; 1VQ7 N; 4H4M A; 2ATQ A; 3O4W A; 3VF2 A; 1YJN N; 1X9W A; 3VPZ A; 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