The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
18
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sequence length |
98
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structure length |
98
|
Chain Sequence |
MRVGALDVGEARIGLAVGEEGVPLASGRGYLVRKTLEEDVEALLDFVRREGLGKLVVGLPLRTDLKESAQAGKVLPLVEALRARGVEVELWDERFTTK
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Structural genomics, unknown function
|
| source organism |
Thermus thermophilus
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| publication title |
Solution structure of the YqgF-family protein (N-terminal fragment)
rcsb |
| molecule keywords |
hypothetical protein
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| total genus |
18
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| structure length |
98
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| sequence length |
98
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2002-03-08 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | YqgF/RNase H-like domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2OCE A; 3BZK A; 3PSI A; 1NMN A; 1NU0 A; 1OVQ A; 3PSF A; 1IV0 A; 1VHX A; 3BZC A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3VN5 A; 3ID6 A; 4IG0 A; 2CGJ A; 3OYM A; 4FWK A; 4B3M K; 4H0V B; 1S1V A; 3BF3 A; 2CH6 A; 3ITH A; 4E7L A; 1I94 K; 4BRD A; 3DXM B; 3MN6 A; 3U3G A; 1QQM A; 2A1R A; 1IBL K; 5FRO A; 3DI6 A; 4ILH A; 3OBW A; 4HUE A; 4KHU A; 3OS0 A; 4CHP A; 2HB5 A; 1L5U A; 1HPM A; 4K8Z A; 3NMU A; 3F9M A; 4CHO A; 1I39 A; 5KI6 A; 5HRS A; 4FM2 A; 3WNE A; 3HZ6 A; 4JI7 K; 2F4V K; 3SUO A; 3H1Q A; 5AQG A; 3VQ9 A; 2WUS A; 2G8V A; 1M1K O; 2ASP A; 4O4G A; 4PQU A; 2ASO A; 3M1F A; 1BQN A; 3NGI A; 1UWB A; 4GV6 A; 1KTQ A; 3DRS A; 4DMN A; 2AP1 A; 4FJN A; 3LP3 A; 1XHX A; 4BRL A; 2KZM A; 4JKD A; 3DOK A; 2DTU A; 1Z6R A; 5HL7 L; 4JHD A; 1VSD A; 5AZJ A; 1GOB A; 4M45 A; 2FBY A; 1IO2 A; 4X66 K; 1NK5 A; 4O5B A; 3VF4 A; 4BRO A; 4CE9 A; 4KHN A; 4ID5 A; 4L8R B; 3HP9 A; 5BPL A; 4BR2 A; 4FWM A; 3TI0 A; 2HNY A; 4M63 C; 3U6F A; 2HOE A; 3EZ5 A; 4CJL A; 1C0T A; 5CR4 A; 3G71 N; 3T3F A; 2NZT A; 4JS4 A; 1Q81 O; 4I9Q A; 4HCC A; 2RPI A; 3KLI A; 4FZY A; 3SPZ A; 5ELZ A; 4B3T K; 4ISE A; 3PO5 A; 1BI4 B; 3BP8 A; 3SI6 A; 3TU5 A; 4FLW A; 1BI4 A; 3ZET A; 2KFZ A; 3G10 A; 4Z4F A; 1S3X A; 3HT3 A; 3A5L C; 3C6U A; 3KVG A; 5AQV A; 3CFO A; 4BRA A; 3HP6 A; 2FXU A; 3NF7 A; 3L2V A; 2GBZ A; 3QEX A; 3D2E A; 3DLE A; 4BRQ A; 4CF8 A; 2HW3 A; 2P9U B; 4E1J A; 3MMV A; 4CEE A; 2Q1N A; 4O8U A; 4Y0W A; 3B8A X; 1RBU A; 1T6C A; 2OAN A; 4OX9 K; 2YI1 A; 1YJN N; 1CXU A; 1LWC A; 2W40 A; 4QS7 A; 5HRR A; 1YIJ N; 1WUA A; 2HVH A; 3CQY A; 2ZJR L; 3V9X A; 3QNN A; 4J2B A; 1RT3 A; 5LJW A; 2E20 A; 3I0R A; 3UKU A; 4BR4 A; 3MX2 A; 4XIU A; 2IGI A; 3AA3 A; 1VSL A; 4J2D A; 2P9N B; 3WQU A; 3FZK A; 3NVM A; 4OPH A; 1C0M A; 3CC2 N; 5CE3 A; 4H0P A; 3K9K A; 1XQS C; 1Z26 A; 4KFB A; 3DWL A; 3CM6 A; 3KWI A; 4IFE A; 4BR0 A; 1BIS A; 3BZK A; 1G99 A; 1WSI A; 2IDO A; 4A62 A; 4B8C A; 4RCH A; 4Y1C A; 1VQ6 N; 3O1W A; 3VEZ A; 4CI6 A; 2EHG A; 3DJC A; 4ELT A; 3CJ7 A; 1C1A A; 1REV A; 1JCF A; 2E1Y A; 2QW9 A; 4KI4 A; 4KPY A; 4M42 A; 3ZEU B; 4FJG A; 2FBV A; 1GLE G; 3AVJ A; 1L3V A; 1NOY A; 3MWP A; 3M6G A; 3ZEU A; 4M3Y A; 3T1A A; 4Z4G A; 3CPW M; 3I55 N; 2KZZ A; 3KD1 E; 4R5P A; 1ZXO A; 3AVG A; 4CZH A; 4K25 A; 4GVM A; 4BR9 A; 3P4I A; 1R59 O; 1JLA A; 4AF1 A; 3LP0 A; 1N8R O; 1JL2 A; 4LH5 A; 2QWO A; 1NGA A; 2UYT A; 1HKB A; 3PY8 A; 3K59 A; 4DUZ K; 1Q9Y A; 3L2Q A; 3VTH A; 3WNH A; 3BEX A; 1VSM A; 4FPB A; 4LC9 B; 2PBD A; 3DLH A; 3I0S A; 3PIP L; 2LSN A; 4FJL A; 1YTA A; 3TR8 A; 2Q2R A; 3OYJ A; 3NBP A; 4DSE A; 4RW9 A; 1MWM A; 4YNQ A; 4JYA K; 3QET A; 1IBK K; 3A5N C; 4FJI A; 4WYB A; 5M1N A; 3CCQ N; 1HYS A; 5F1X A; 3PSI A; 2P9I A; 4NYN A; 3HSC A; 2HHS A; 2G8I A; 2O4G A; 3J7Y P; 1MDU B; 4FM0 A; 3BDP A; 3ZSX A; 1ATN A; 1WN7 A; 2W6K A; 4Z4E A; 2FBX A; 4C8M A; 5I9E B; 3AAP A; 3OA9 A; 1KLM A; 4JD2 A; 2OYQ A; 4BQL A; 2P9K A; 4F8R A; 4DS5 A; 2D0C A; 3OY9 A; 3CCE N; 4WFB L; 4DFM A; 2KHO A; 4O5F A; 1TKX A; 2GWJ A; 1KCF A; 5JS2 A; 4BG9 A; 4W5Q A; 4Q0B A; 1JL1 A; 3AVF A; 2XHB A; 1NMD A; 1RDA A; 4XH5 A; 3IG1 A; 1RBT A; 1HPZ A; 4K42 A; 2ZJP L; 1L3S A; 4KHW A; 5CY4 A; 5GAH P; 3JS6 A; 1Y97 A; 3CCV N; 3MCA B; 1OH6 A; 1EQY A; 3R8E A; 1B9D A; 4KRF A; 1N36 K; 3J7Z O; 4FJ5 A; 4DSF A; 3O9S A; 5F2R A; 2IIR A; 4H5N A; 4DCH A; 2D5R A; 2OPR A; 1KLN A; 4IZ9 A; 3O80 A; 5KQD A; 1FJG K; 4HVJ A; 4H0T B; 2OA8 A; 4JI6 K; 4DR4 K; 3UKR A; 4E7J A; 2FSJ A; 2RN2 A; 3CFP A; 1W0H A; 2YNI A; 3VTI A; 4WCE L; 2QWP A; 1VRT A; 3FGU A; 2D0A A; 2PY5 A; 3ZX2 A; 4DV6 K; 3WXJ A; 4BRM A; 3HYF A; 4BE0 A; 5EY4 A; 4BE1 A; 1VQP N; 3HPO A; 4LSL A; 1XUP O; 3ENO A; 1A5V A; 4KI6 A; 1RT1 A; 3NFA A; 1YVU A; 5AQT A; 3SQ2 A; 4B9V A; 1EXQ A; 4FJX A; 3C65 A; 5AQF A; 4KH6 A; 3A0I X; 1VSF A; 4UY8 O; 3N4P A; 1JXB A; 2IVO A; 1NM1 A; 2XY7 A; 3GDQ A; 1LAW A; 5HOO A; 4B9Q A; 3WNG A; 4CGJ A; 4FJJ A; 1J6Z A; 1RBV A; 4GV3 A; 4BRK A; 4EHT A; 2GX9 A; 5M1O A; 3VEO A; 2O4I A; 2X74 A; 2V52 B; 3LDL A; 4DQI A; 5KQ8 A; 3OYA A; 3TTC A; 4NYF A; 3O6W A; 3D0P A; 2BE2 A; 4CZI A; 2HHX A; 3MAQ A; 1NG9 A; 2O8D B; 4C8L A; 4H4O A; 3DLB A; 2FF3 B; 2G8F A; 3OHR A; 5JIC A; 2DY4 A; 2GUP A; 1R0A A; 3H46 O; 4DV7 K; 3ALY A; 2ASM A; 3CCR N; 5KRT A; 1NJI O; 3GG4 A; 3TAG A; 4JKG B; 1IBM K; 1ATR A; 2HVI A; 4B1Y B; 4LD0 A; 4CHN A; 3QFU A; 1X9J A; 4JKG A; 5BRE A; 4DTR A; 1VSE A; 3SMS A; 1NLV A; 3KK7 A; 4WQ4 A; 1TGO A; 2DFE A; 3GOI A; 4AHS A; 4E7I A; 1UOC A; 4JI8 K; 3KWG A; 5KPR A; 4FVM A; 3KKS A; 1VQ4 N; 5CZ1 A; 4KAZ A; 4KTQ A; 5KRS A; 2UXD K; 3ULE A; 1SUQ A; 3OYC A; 3IDH A; 4E7K A; 4FLT A; 4F3O A; 4M3X A; 4CBX A; 3OYN A; 2AA4 A; 3ZSR A; 3PIO L; 4F3T A; 5LL6 Z; 1RT6 A; 2V7Z A; 3AO1 A; 5BRH A; 4JKF A; 3CD6 N; 4BRH A; 4NCA A; 4CBU A; 3K5M A; 3P39 A; 2QK9 A; 4C1N I; 4JV5 K; 3AY9 A; 4CF1 A; 1YI2 N; 4KHY A; 4M7X A; 3T69 A; 4RW7 A; 5LMN K; 2YJE A; 4K41 A; 4DSL A; 4FLV A; 2HBK A; 5BPN A; 4ELV A; 5BN9 A; 3SAH A; 4YOX A; 4HCB A; 4CJW A; 1S72 N; 2E88 A; 3PV8 A; 3WXL A; 1VK0 A; 2HHT A; 4CJU A; 4WF9 L; 3AVK A; 1LWF A; 3AVI A; 4B9M A; 5DMR A; 4CEF A; 2A3Z A; 5AQI A; 4EP4 A; 4FLY A; 1VAZ A; 3H08 A; 3AA4 A; 3JYT A; 1DKG D; 4HWI A; 3WXK A; 4OPJ A; 3T7Z A; 3K5N A; 3DYA A; 4B3R K; 5B8H A; 4FJH A; 3RR7 A; 3A2F A; 4BRC A; 2E5L K; 1VQN N; 1NGG A; 4WFN L; 3LPT A; 4B8A B; 1IG8 A; 4DQP A; 4BDZ A; 1DTT A; 1HJO A; 4FWO A; 4RW4 A; 3CQ8 A; 4HTU A; 3QBX A; 2ZGY A; 4DS4 A; 4B1U B; 2ZM6 K; 1HNX K; 5I3U A; 2O8E B; 2A5X A; 3O9U A; 5HP1 A; 4DR2 K; 1T44 A; 3THW A; 4DTJ A; 3DXK B; 4IOA L; 4C1N K; 5AJ3 K; 5FPM A; 2E1Z A; 4N5S A; 1BIU A; 3THY B; 2I7P A; 4CZE A; 2HNZ A; 3DOL A; 5LMU K; 3OYG A; 1FXX A; 1RDD A; 3GE1 A; 2UXC K; 3ZX3 A; 3O4Q A; 2XY6 A; 1O1W A; 2QTD A; 5CHI A; 3L4Q A; 1FW6 A; 3HL8 A; 3EL2 A; 3H6E A; 3OW2 M; 3HVT A; 3AVL A; 5GIP A; 4CBW A; 3CMA N; 5C24 A; 3G4S N; 3LDQ A; 4OLA A; 4YHH K; 4IWV A; 2Q0U A; 3ZT1 A; 1D9F A; 3ZT2 A; 3L3U A; 1LOT B; 4DV0 K; 4E89 A; 3E66 A; 3HOS A; 4E1M A; 1KAZ A; 1TVR A; 3R9P A; 3C95 A; 3IS9 A; 4QAG A; 4IOC L; 4YFU A; 4FLZ A; 3DLL L; 4DR1 K; 1V4T A; 1U4B A; 4CEA A; 2BAN A; 3S3M A; 4BGA A; 3SPY A; 3K9J A; 2I7N A; 2GV9 A; 4FK4 A; 3RWU A; 1BG3 A; 3R1X A; 1J9A A; 3ZT3 A; 4DKW A; 4I9L A; 4DQ8 A; 4Q5V A; 2W42 A; 4JKC A; 1XNQ K; 3RRH A; 1TK5 A; 2PZS A; 2F9T A; 3SQ1 A; 5GAE P; 1SQK A; 1XC3 A; 1D8Y A; 4X65 K; 3FE1 A; 1DGK N; 5BN8 A; 3L6Q A; 5AFU A; 4H0Y B; 3O3G A; 1RTJ A; 4FXD A; 3U9D A; 4FWN A; 3KK2 A; 1Q86 O; 1KVA A; 1JCG A; 4CD1 A; 1HNZ K; 1WB9 A; 3KLH A; 3DXM A; 4JKA A; 4W5R A; 4IBN A; 2X6N A; 4NB4 A; 3CCJ N; 3SYZ A; 3HJF A; 3NDK A; 1VHX A; 3LM2 A; 3OBY A; 4LH4 A; 2DFF A; 3LDN A; 3H3N O; 3KTQ A; 1SL0 A; 2F96 A; 4IFV A; 3CYM A; 3TAP A; 2VWK A; 3V1Q A; 3M8P A; 3J81 O; 4DF8 A; 3O9R A; 1Y64 A; 2BUP A; 3L4I A; 4B08 A; 3QNO A; 3KIO A; 1YJ9 N; 2XRI A; 2HHW A; 1KRP A; 1YT3 A; 3OJS A; 4GMJ B; 1YJW N; 1NKB A; 3QIN A; 1BUP A; 3MEG A; 1RDB A; 3JXU A; 3DM2 A; 3CER A; 4BC3 A; 4FWS A; 5EVZ A; 4Z4C A; 3CCM N; 2ITG A; 4CZF A; 3WXI A; 1BIZ A; 1B9F A; 3KLF A; 3KZB A; 1GLA G; 4G1Q A; 5TKY A; 5AFU H; 5J1E A; 1GLB G; 1P8Z A; 4OKK A; 2EX3 A; 3A5O C; 4CJK A; 1TK8 A; 3EKS A; 4CER A; 3M8R A; 1WSE A; 4QS9 A; 3LWL A; 4FOI A; 3Q7B A; 1HKC A; 4KV8 A; 4CES A; 3S41 A; 5C42 A; 4YOU A; 3DLK A; 3SQ0 A; 1NK4 A; 4M3U A; 2Q3S A; 1P90 A; 3O4W A; 1HR0 K; 4BG8 A; 4WFA L; 3CC7 N; 4O0I A; 1QSL A; 2P5O A; 1N32 K; 5AQK A; 2Z1H A; 4JNE A; 4CEO A; 1BO5 O; 5FDL A; 2I5J A; 4FJK A; 4BGB A; 3E1Y A; 4UQG A; 2V7Y A; 2QI2 A; 1SAZ A; 3AVA A; 2O8C B; 1LWE A; 3CQX A; 3V1R A; 3ASM A; 4CFC A; 3ZSY A; 2VWJ A; 2OTL N; 1UA1 A; 5JS1 A; 1NKC A; 3F2K A; 1RTD A; 4Z0U A; 3IAY A; 5DM7 L; 1VQL N; 4LFB K; 2G8K A; 3LP2 A; 4J2E A; 1BU6 O; 2P9U A; 3AVH A; 2Z1I A; 3O9Q A; 2E6M A; 4BQZ A; 3UE5 A; 2W41 A; 2VYP A; 3L2R A; 3CFR A; 4AHU A; 4KKO A; 4EIA A; 3M5R A; 1VSI A; 2D4W A; 1ZBL A; 1EX4 A; 1NGC A; 4DUY K; 3K58 A; 5BR8 K; 3CG7 A; 4DR6 K; 1TYQ B; 3WUH A; 4FJ8 A; 3NGY A; 2A41 A; 1B92 A; 1RTH A; 4ZHR A; 4BC4 A; 1T8E A; 3RMB A; 4YOT A; 1K9M O; 3SQ4 A; 3FZM A; 1TKZ A; 4E3S A; 2P9N A; 5SZT A; 3LM9 A; 4MDA A; 4FLU A; 2XO7 A; 3T1H K; 1VQ9 N; 3PX6 A; 1SKW A; 3V81 A; 4B1X B; 1C0U A; 2VGN A; 3J8A A; 5AQL A; 5JLH A; 4DFP A; 5AQO A; 1NGJ A; 2YKM A; 2PAV A; 1Z25 A; 3WNF A; 5E84 A; 4FVU A; 1X3N A; 4CZG A; 3FZL A; 1I3A A; 3U8X A; 2YNF A; 3ZSQ A; 3PX4 A; 2YV0 X; 4CJF A; 3EE9 A; 3NVK A; 4JRQ A; 3ENH A; 1TL3 A; 2XY8 A; 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1NK9 A; 3UIQ A; 3FFI A; 4O44 A; 2ITM A; 2WOM A; 4DSK A; 2QWM A; 4LF7 K; 4A5A A; 4ID1 A; 1C0F A; 4IO9 L; 3TAB A; 2P5G A; 1S9G A; 3CJ9 A; 3TAN A; 1WSJ A; 5KGW A; 2G8W A; 5AQZ A; 3OYH A; 3GBT A; 5HRN A; 3CC4 N; 3CME N; 4FJ9 A; 3TSQ A; 4NCG A; 1NGI A; 1IKW A; 2CH5 A; 3P5J A; 4FWQ A; 2KW4 A; 1S6P A; 2WC9 A; 3FZH A; 4JI1 K; 1WAJ A; 3CCU N; 1RDU A; 3O1B A; 3TAE A; 4B9L A; 1BCM A; 1JXE A; 3KLE A; 1ZBI A; 1VQ7 N; 3HO1 A; 2ZQB A; 3C0B A; 3F9K A; 4H0X B; 3CJA A; 2HBM A; 4AQY K; 4JKH A; 4JS5 A; 4WQ5 C; 3FR0 A; 1SS6 A; 4DTU A; 1X3M A; 3OYE A; 1ILY A; 4PWD A; 2GWK A; 1CLQ A; 1YAG A; 4GVE A; 4KB1 A; 2OPP A; 3LAN A; 2YHA A; 3P31 A; 4DU1 A; 5C2D A; 3KHY A; 1RT2 A; 3NCI A; 1GOA A; 4NO7 A; 3OYL A; 4DR5 K; 1KVB A; 3RR8 A; 1WSF A; 2Z1J A; 1HNV A; 3TAM A; 3V9U A; 2BDP A; 4A61 A; 1T7P A; 3LWM A; 5BRF A; 5KGX A; 3EZW A; 3O8M A; 3OYB A; 4BRI A; 4CFB A; 3IUC A; 4NXM K; 4PL7 A; 1A5X A; 1F21 A; 3DRP A; 3SBT A; 3K0S A; 1SKR A; 3PUF A; 4GW6 A; 1ESV A; 1ZBU A; 3QML A; 4KTW A; 5CZ2 A; 3CET A; 4M3R A; 2UUA K; 4AH9 A; 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