4O5BA

Hiv-1 integrase catalytic core domain complexed with allosteric inhibitor (2s)-tert-butoxy[6-(5-chloro-1h-benzimidazol-2-yl)-2,5-dimethyl-4-phenylpyridin-3-yl]ethanoic acid
Total Genus 40
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
40
sequence length
154
structure length
139
Chain Sequence
CSPGIWQLDTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKTAWWAGIKQEFGIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNKKRKGGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords Integrase
publication title A New Class of Multimerization Selective Inhibitors of HIV-1 Integrase.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus type 1
molecule tags Viral protein/inhibitor
total genus 40
structure length 139
sequence length 154
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-12-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4o5bA00
2DFHA 4I9QA 2RN2A 3LDSA 1RBRA 2D0BA 4CJ3A 2ZD1A 4KTZA 3B6OA 5K14A 5KTQA 4DTUA 2XY6A 3A2FA 3HVTA 1JLAA 4B9NA 2P51A 1BIZA 3VQDA 1TKDA 3BGRA 4FVMA 2ZE2A 4B9TA 1K6YA 3AVFA 4PA1A 4ELTA 1VK0A 3K59A 1KLMA 4M3YA 4CGGA 3KK1A 1UOCA 3DRSA 4DSKA 4FJ9A 2OPRA 2X6NA 3CFOA 3LPTA 3OS0A 1QSSA 4IBNA 1J53A 4KFBA 1S1VA 4CIEA 1S5JA 1IKWA 3K2PA 5KI6A 5KRTA 3SUQA 3VQ4A 3G10A 2Y1JA 1DTQA 1I39A 1T03A 4J2EA 2YNGA 3L2VA 4NCGA 3S3NA 3ZSXA 1RTHA 4Q5VA 4KHWA 1BQMA 1DLOA 1S6PA 3AV9A 3LPUA 1YTAA 2B4JA 3OY9A 3FFIA 3HPOA 4HUEA 4J2DA 2ZQBA 4FJNA 1LWCA 3SPYA 2P5OA 5FRMA 3AA3A 4AHUA 2RPIA 4RW4A 2DFEA 4OKEA 4TSXA 4DSJA 3OYMA 2KFNA 3ALYA 3OYHA 3CM6A 4I2QA 4CJRA 4PWDA 4CF0A 4DS4A 2E6LA 1EP4A 3RMCA 1IG9A 1WAFA 4K8ZA 4FJHA 2E6MA 2P5GA 3OYLA 1HNIA 1LW2A 3LP0A 4CJKA 4DSLA 4KREA 3K57A 3THVA 3DYAA 4M3XA 3DLKA 1WN7A 1Z25A 2HHTA 1VSFA 3CFPA 2F8SA 4FK2A 5HBMA 2HVHA 3AVBA 4OKKA 4IFVA 4E7JA 3L2RA 4R5PA 1XWLA 4ICLA 1XHZA 1WSIA 4Z4FA 4H4MA 4ZTJA 3UIQA 5JS2A 4H4OA 1C1BA 5HROA 1NKEA 3P5JA 4M3WA 3V9XA 1SL1A 4M3UA 1GOAA 3DRPA 4KTQA 1B9DA 2VG5A 3OYJA 4DS5A 4DU4A 3ZSOA 1VRTA 3AVNA 1SL2A 1NJWA 2PY5A 3AVJA 2X74A 1LW0A 3AA5X 4HVJA 1CXUA 3ZSWA 4W5TA 1TK0A 4C8OA 1RBSA 2WOMA 3VQPA 4AHSA 1N5YA 4FYDA 1B9FA 3F9KA 4DTNA 1RBVA 3CG7A 1VSJA 2B5JA 1EKEA 2FBYA 4LSLA 3C94A 3VA0A 4I9LA 4HCBA 1W0HA 3WNHA 3O3FA 3OYKA 1HYVA 3VQ5A 5SZTA 3NGYA 2FBXA 3TR8A 1C0UA 2RKIA 3LZIA 4FJGA 3MXJA 4M41A 4W5NA 5J1EA 4ELUA 1VSEA 4O4GA 3KLGA 1LWEA 3WNEA 3M8SA 1QSLA 1NK5A 4DFKA 1SKWA 3HJFA 2QK9A 2DTUA 4EZ9A 2QKKA 1Q9YA 1ZYQA 1KTQA 1FK9A 3DI6A 3LP1A 1S1UA 4CFBA 1U48A 3QINA 2HHSA 3C6TA 1BQNA 3VQAA 4CCHA 3SV4A 3MAQA 2OZMA 3JYTA 3LANA 3KTQA 1VSMA 1FKOA 1IKXA 3QO9A 5CY4A 1CXQA 1JL1A 3P1GA 4O5BA 3OYBA 3L2QA 1TK8A 5FROA 4KPYA 1KVBA 2XO7A 3U6FA 3OVNA 3TAMA 1A5XA 2W42A 4FM0A 3I8DA 4DFPA 4CHNA 2A1RA 4CF8A 4BACA 4F2SA 2HHXA 5HRPA 3DRRA 4F4KA 5J2MA 2IS3A 1FXXA 3QEVA 4CK2A 3LZJA 4FK4A 3RR8A 3V1RA 1C1CA 1IKYA 2G8KA 4FZXC 1RDBA 5HP1A 1C6VA 3IRXA 3DOKA 1VSLA 3HPGA 3TABA 1Q8IA 1RBUA 2IDOA 3OJSA 3V4IA 2G8HA 4KHSA 2PZSA 4HTUA 1SUQA 4MFBA 4C8MA 3AO5A 3HP6A 1TV6A 2Z1JA 3VQQA 2X6SA 4CEZA 3AVMA 3VQ9A 4FJ7A 2D5RA 1EXQA 3OYNA 4DF4A 1QSYA 1KVAA 1WSGA 4ZHRA 3HVRA 3NF8A 4LD0A 2HNDA 4NYFA 3KD1E 3TARA 2Y1IA 5CYMA 4QCLA 4DTXA 1R0AA 2PYJA 3U3GA 1ZBLA 1HPZA 1S6QA 3ZT3A 1L5UA 1X9WA 3TANA 3NH0A 3V9WA 1ZBUA 3DLEA 1RT5A 3SQ0A 3G0ZA 1BGXT 1QTMA 4FW2A 3TAFA 3PV8A 1NK4A 2BGGA 4CHQA 4Q0BA 2KZZA 1TL3A 2F96A 3ZT4A 3S9HA 2E4LA 3NBPA 3TWHA 3HP9A 4DWIA 3OYEA 1REVA 1JLQA 1JKHA 4CGJA 3KLIA 4F2RA 4AH9A 3NGZA 5HRNA 4C8LA 2HHUA 3AVKA 1SV5A 3TAGA 4DU1A 1TK5A 4CERA 1U45A 3LWLA 3OYCA 4KO0A 5C25A 5J2QA 2Q3SA 4OLBA 3HK2A 4DSIA 3DLHA 2DFFA 1W9HA 1HYZA 3ZSZA 2NUBA 1SL0A 3QIOA 4PQUA 1C1AA 1TKTA 1UA1A 4ELVA 3HPHA 3ZT1A 3S3MA 1UA0A 3V9SA 4FZYA 4JS5A 1MU2A 5KGXA 3QESA 2HNZA 1TL1A 2Z1GA 4RW8A 3D45A 3HM9A 1X9MA 1NKCA 4CEQA 1JLCA 4Y1CA 2YKMA 1NK8A 4M3RA 1KFSA 4OKJA 1G15A 1U4BA 4Z4GA 2OPQA 3VQCA 4CJLA 3TAQA 4CEDA 3NH1A 4F3TA 1RBTA 3RRGA 2VWKA 4CEBA 4CJWA 2Z1HA 1EX4A 1HMVA 2FBTA 3QEXA 3K5OA 1NKBA 4CJUA 4LSNA 4KI4A 5CZ1A 1U49A 5HLFA 3KKSA 3PX0A 4I7FA 4ID5A 4W5QA 1QE1A 1NJXA 3OJUA 3AO1A 2HW3A 1UWBA 2OYQA 3PO5A 4NCBA 1RDAA 2LSNA 2HHVA 2WONA 3RWUA 1BCOA 4KV8A 3ULDA 4FLUA 3P83D 3VA3A 3SQ2A 4DQPA 4OGEA 4FJ8A 4FJXA 4AHVA 3T3FA 3PX6A 4HHTA 3L3VA 3CYMA 4BWJA 1TKXA 2YNFA 5T7BA 3OYFA 3VQ6A 3H08A 3WNFA 4CEOA 4BE2A 4DU3A 3TAEA 4DFJA 4CFAA 3SI6A 3KLEA 1D9DA 4UQGA 4O44A 2D0CA 3V6DA 1CZ9A 4Z4IA 4I2PA 3DLGA 1HQUA 3NDKA 2FBVA 4Z0UA 4FM2A 1RTDA 1YT3A 4FJKA 1BCMA 3QERA 4CECA 4DLGA 4B9MA 1VRUA 4Z4CA 1HQEA 2YV0X 4E3SA 4CK3A 1FKPA 4N5SA 3KK3A 4DQIA 1ASVA 1TGOA 4LH5A 3K58A 5DK5A 4F3OA 3ZT2A 4AHRA 2YNHA 1A5WA 3KIOA 5EU7A 3VQBA 3NH2A 4C8KA 2HVIA 3NE6A 1KRPA 4CJ5A 2KZMA 3OYAA 3IAYA 1A5VA 4Y1DA 3MEGA 4FLVA 1HRHA 2BE2A 4O0IA 3PX4A 3EY1A 3QEWA 4IFYA 4YNQA 3M8QA 1BI4B 1RT7A 1J54A 2G8UA 4JRPA 3HT3A 3SV3A 1TAUA 3NF9A 3SUNA 2JGUA 1ASUA 4DQSA 1J5OA 4EP5A 3CQ8A 2HB5A 1VSIA 4YFUA 3KLFA 4CE9A 1RT3A 2G8VA 4HUFA 4KHYA 4IKFA 4BE0A 4WE1A 4GVMA 3ISNC 1IO2A 4CF1A 1RCHA 2D0AA 3ZSQA 1U47A 4B8AB 3RMAA 1VSDA 1JLGA 4DTOA 1Q9XA 4CEEA 3CM5A 1WSJA 3ZSVA 3NAEA 3HSTB 3C6UA 3DM2A 4OVLA 4OLAA 3D0PA 3O3GA 1QHTA 3ITHA 4OPJA 3RRHA 1X1PA 3MXMA 3PO4A 3IS9A 4L8RB 5E41A 3AVCA 2KFZA 4AHCA 4DQRA 4ID1A 1RNHA 1SKRA 4FXDA 4XIUA 4HCCA 2XY5A 2OZSA 1BISA 5J2PA 2ETJA 1GOBA 1T7PA 4EP4A 3NCIA 4BDYA 3MEEA 3QNNA 2QKBA 4GW6A 2G8IA 4FJLA 4E1NA 2GUIA 1NK0A 3LAMA 3K5LA 1KSPA 5JS1A 1B92A 3NF6A 3L3UA 1BI4A 1T8EA 3NF7A 3T1AA 4FM1A 1T05A 3ZSYA 1QQCA 4B9LA 4LY7A 4FCYA 4FLXA 1RT4A 2VG7A 1LAWA 3LP2A 1JXBA 3VN5A 4IG3A 1RT1A 3VQ7A 1IKVA 3QLHA 4CF9A 2OA8A 1Y97A 4N41A 2JLEA 3AVAA 3SUOA 1ZBHA 1J9AA 1LWFA 1WSFA 4Z4EA 1HYSA 1IH7A 2AJQA 1GOCA 1O1WA 3I0RA 2VG6A 4DSEA 2IGIA 3AVHA 3AVLA 3C95A 4CEFA 4B3OA 3AA4A 3QEPA 5KRSA 4CEAA 1NK9A 4OGCA 1ASWA 4JRQA 1RT6A 4B08A 5J2NA 1D9FA 3MXIA 1UAXA 4K8XA 4DTMA 1D8YA 1NK7A 3B6PA 3SNNA 3AO2A 4KKOA 2HNYA 3T19A 1RTIA 3OYGA 3L2WA 3QNOA 5I3UA 2P1JA 4CGHA 1S9EA 3CFRA 1RILA 1WSHA 2XY8A 2FC0A 3E01A 3EZ5A 4KB1A 3QIPA 5I42A 1SKSA 2GBZA 4JLHA 2Z1IA 1WLJA 4CJVA 1X9SA 3KD5E 1L3SA 4KI6A 2YHBA 3AA2A 5C42A 3RR7A 4FLTA 4LH4A 3V9UA 3TAPA 1KCFA 3DOLA 5FDLA 4E7HA 1BHLA 4B9SA 3SJJA 1NOZA 4CJEA 4KAZA 4KB0A 4CIGA 4FJ5A 5SWMA 4W5RA 3L2UA 1HNVA 4KHUA 2KTQA 3VQ8A 1XC9A 4CGIA 4J2BA 4CJ4A 4CF2A 5FRNA 1I3AA 4M42A 1NJYA 1LV5A 3ZCMA 4OJRA 4CHYA 1JXEA 4BDPA 1L3TA 1ITGA 3DMJA 3DLRA 4O55A 1S1TA 2HHWA 5HRRA 4DTPA 1F21A 2ATQA 2IAJA 2YHAA 4MQ3A 2G8FA 1D5AA 2PYLA 1YTUA 4CJPA 3K5NA 1WAJA 5DMRA 4EZ6A 1JLFA 4M3TA 1JLEA 3AO3A 4H8KA 3NHGA 1QS4A 4E7LA 4J2AA 3KJVA 3AVGA 2YNIA 3PUFA 3HYFA 2F8TA 4Z4HA 4B9VA 1JL2A 2O4GA 2GV9A 3O4NA 3KLHA 4FLYA 3SUPA 3RMDA 4FJJA 4DQQA 3AVIA 4DFMA 1L3UA 4W5OA 4RW7A 4FJMA 1CLQA 4FLZA 4KHNA 3RMBA 1NK6A 4FJIA 3M8RA 1YVUA 5HRSA 1CZBA 4CHZA 4E89A 4JS4A 4ZTFA 3VQEA 1BIUA 1TAQA 4C8NA 4CK1A 3L8BA 4O0JA 3SQ1A 2I5JA 4CFCA 3U3YA 4B8CA 3BDPA 2YKNA 4DTSA 3IG1A 3LP3A 2HMIA 4F8RA 4NCAA 1KFDA 3I0SA 4M3ZA 1TVRA 3MECA 4PY5A 3S3OA 3DLBA 2IOCA 4IDKA 3SYZA 3SPZA 1XI1A 1S9GA 3JSMA 4CHPA 5CYQA 3WNGA 4NYNA 3HXMA 3K5MA 3NGIA 2X78A 3TI0A 4FW1A 4G1QA 5C24A 1C0MA 5D3GA 1S1WA 1S1XA 2EX3A 3MEDA 4CHOA 3KKRA 1BL3A 4AHTA 4CJFA 3O3HA 2KW4A 3AO4A 4FZZA 3HO1A 4CJSA 3OS2A 4E0DA 1KLNA 3V81A 4CESA 3ASMA 4KTWA 2VWJA 3OYIA 3OS1A 4GMJB 4CGDA 4FK0A 1LAVA 2BANA 3LALA 1NJZA 1L3VA 4N76A 2XRIA 4AILC 3ZSRA 1ZBFA 4QAGA 4FLWA 3SCXA 3EYZA 4DSFA 4DLEA 4HUGA 2QXFA 3KK2A 1TKZA 1JLBA 4CFDA 4CGFA 4RG8A 4DF8A 4RW9A 4E7IA 3F73A 3OYDA 4BWMA 3ZT0A 1DTTA 4DG1A 1NOYA 3V1QA 5CZ2A 5KGWA 2XY7A 3SQ4A 2BDPA 3V1OA 1U04A 3V9ZA 4BDZA 4BE1A 1KVCA 1WNSA 3O4QA 4CJTA 2XHBA 2HHQA 1HJRA 4M45A 4E1MA 1RDCA 1RT2A 4E7KA 4KHQA 1RDDA 1VSKA 3NFAA 2O4IA 4N47A 4B9UA 2EHGA 4N56A 4E19A 2RF2A 2A1SA 2KQ2A 4DTRA 1RTJA 4CJQA 4OPKA 2R7YA 1EETA 3QETA 4RW6A 2OPPA 2B6AA 4IG0A 3PY8A 3QEIA 1VSHA 4KRFA 1WSEA 1XHXA 3HL8A 3LWMA 2ITGA 3RTVA 3M8PA 4DMNA 2G8WA 4QOZB 2OPSA 1N6QA 4DTJA 1ZBIA 2DY4A 3LAKA 3SZ2A 4CIFA 4PUOA 1C0TA 1Z26A 2IC3A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4I9QA 3MCPA 1I94K 2WBNA 2ZD1A 4BGAA 3A2FA 4A5BA 4B9NA 2OTJN 3VOVA 3VQDA 3BGRA 4XH1A 1ZBSA 3AVFA 4PA1A 4B3RK 3CJBA 3KK1A 1UOCA 4DSKA 2O8EB 4BRFA 4RCHA 4XEIA 1IKWA 3K2PA 4O8UA 1K8AO 3VQ4A 1DTQA 2VWBA 2KHOA 3VGLA 5BR9A 1YTAA 3OY9A 4J2DA 1T6DA 3SAHA 3M6GA 3SPYA 5FRMA 3VPZA 5EVZA 3S41A 2QA4N 2DFEA 4TSXA 1BU6O 3OYMA 3ZEUB 1R59O 4CJRA 2E6LA 5GIPA 5JVGL 3MN5A 5GINA 2P5GA 4DSLA 3RSEA 3DLKA 1Z25A 4ILGB 3CFPA 4BRGA 2F8SA 3E9OA 5HBMA 4FK2A 2HVHA 4IFVA 2E1YA 4NXMK 1XHZA 4ICLA 4Z4FA 4FWOA 1WSIA 4ZTJA 5JS2A 2P9LB 1C1BA 5HROA 4LF4K 3P5JA 2J4RA 2O8DA 1B9DA 3OYJA 2HHTA 4DU4A 1VRTA 3F9MA 3CCEN 2ITMA 1TK0A 3MWPA 1RBSA 2WOMA 5AQHA 4AHSA 1Q82O 3KK7A 3SMSA 4IJNA 3CG7A 3LM2A 2B5JA 1EKEA 4GV6A 3VA0A 4HCBA 3J7AP 2V52B 1KXPA 4JI1K 3TTDA 3NGYA 1RGIA 3TR8A 4DV3K 3LZIA 4FJGA 3O9RA 4M41A 4W5NA 4MLHA 1VSEA 4NCAA 3M8SA 2IVPA 3T7ZA 3ID8A 1YI2N 1HKBA 2YI1A 1ZYQA 5CHIA 2ZWHA 2BTFA 5AQFA 4YOTA 4CZLA 1IKXA 5CY4A 3L2QA 1JL1A 4JNEA 5GAGP 1MA9B 4FWNA 3OYBA 2XO7A 5AQOA 3QICA 4BGBA 4ISFA 1A5XA 4FM0A 3I8DA 1GLDG 2HHXA 4JI6K 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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