3CJ7A

Structure of rattus norvegicus ntpdase2 in complex with amp
Total Genus 138
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
138
sequence length
426
structure length
419
Chain Sequence
PALKYGIVLDAGSSHTSMFVYKWPADKENDTGIVGQHSSCDVQGGGISSYANDPSKAGQSLVRCLEQALRDVPRDRHASTPLYLGATAGMRLLNLTSPEATARVLEAVTQTLTQYPFDFRGARILSGQDEGVFGWVTANYLLENFIKYGWVGRWIRPRKGTLGAMDLGGASTQITFETTSPSEDPGNEVHLRLYGQHYRVYTHSFLCYGRDQILLRLLASALQIHRFHPCWPKGYSTQVLLQEVYQSPCTMGQSAIVSLSGTSNATLCRDLVSRLFNISSCPFSQCSFNGVFQPPVAGNFIAFSAFYYTVDFLTTVMGLPVGTLKQLEEATEITCNQTWTELQARVPGQKTRLADYCAVAMFIHQLLSRGYHFDERSFREVVFQKKAADTAVGWALGYMLNLTNLIPADLPGLRKGTHF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Ectonucleoside triphosphate diphosphohydrolase 2
publication title Structural insight into signal conversion and inactivation by NTPDase2 in purinergic signaling
pubmed doi rcsb
source organism Rattus norvegicus
total genus 138
structure length 419
sequence length 426
ec nomenclature ec 3.6.1.5: Apyrase.
pdb deposition date 2008-03-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01150 GDA1_CD39 GDA1/CD39 (nucleoside phosphatase) family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3cj7A01
3.30.420.150 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Exopolyphosphatase. Domain 2 3cj7A02
2P9KB 4GY2B 1TYQA 5AQTA 3ENOA 3C7NB 4BRQA 1KAZA 1ESVA 4ISGA 4BC4A 2GUPA 3ZX2A 1JCGA 3DWLA 3VGKA 1P8ZA 3I33A 4BC3A 2QXLA 3R6MA 3VETA 5AR0A 3B8AX 1YXQA 1MA9B 3FLCO 4A2AA 1QZ5A 2QWMA 5LY3A 2NLXA 2BTFA 4J8FA 4JNEA 1LCUA 3ENHA 1S22A 3QDKA 2V7YA 3CJAA 3VEZA 4NO7A 3IFRA 4JD2B 5AQGA 5ADXH 2CGJA 1K8KB 4O8KA 3U8XA 3L6QA 4AM7A 4GNIA 2P9LA 3MCPA 3IMXA 5F2RA 3FR0A 1X3NA 3LL3A 4B1ZA 1NGDA 1BO5O 4PL8A 4BRAA 4M7YA 4KBOA 4EIAA 1JCFA 3GBTA 3JXUA 3VPZA 4BR9A 1E4FT 3WEEB 1NLVA 1JCEA 4NB4A 2FF3B 4BRNA 3WXJA 3H45C 3W0LA 3VEYA 4DCHA 4BG8A 3QFPA 3EL2A 2P9UB 4JD2A 4CZKA 3VOVA 1K8KA 1BWFO 3CIPA 1Q18A 2ASMA 5AQHA 3VF6A 3VEVA 5LJVA 1MWKA 5FPEA 5KPZA 2AA4A 3AY9A 4JHDB 5E26A 4FWNA 3BUZB 4CBXA 4K42A 2P9SB 4FWRA 5KQDA 1Z05A 1GLJO 3WEEA 4BQLA 2NRHA 2QWLA 4B1YB 2FF6A 2YJEA 4DHYA 1ZXOA 3LDNA 2VCPA 3CJ7A 3A5LC 3H46O 1S3XA 3TU5A 2P9UA 2P9PA 4O5FA 3H3NO 3SK3A 3W3DA 3LDLA 4FOIA 5E84A 4FWPA 4QS7A 4JHDA 4IJAA 2P9SA 2E2QA 4BRHA 4CZIA 4H0TB 1H1VA 2CGKA 3BEXA 5EOYA 5F0XA 3CI5A 5AQIA 3QBXA 3M1FA 3MDQA 4BGAA 2YI1A 4WQ5C 2YCHA 3KVGA 4IZ9A 5AQQA 4YDUC 3A0IX 3CJBA 5FPMA 1QZ6A 1NGAA 5JLFA 4H0OA 3O1BA 4E1JA 5JLHA 4MLEA 3MK6A 5AQYA 3H6EA 1U2VB 4B9QA 4H0XB 3G25A 3KHYA 4CBUA 2ZGYA 2GELA 2CH5A 2E2PA 3KZBA 3VGLA 2D1KA 3FZFA 2IVOA 1HPMA 5AQLA 1C0FA 3S41A 4XH1A 3CHWA 1KAYA 3AARA 4FL9A 4MLHA 4WQ4A 2FLOA 2I7NA 3HI0A 2QW9A 4I6MB 3DXKB 2PAVA 4RWTA 4QS8A 3MN9A 2A5XA 2GWJA 4L3QA 1XUPO 4BR5A 4CI6A 5EVZA 2QWOA 2E20A 4XEIA 5AQKA 3RSEB 4H03B 3D2EB 5AQPA 3R8EA 4RTFD 3CQYA 4XH5A 1NGJA 3UKUA 1GLAG 4FWKA 1NWKA 1NBWA 3CQXA 3WT0A 3SLCA 3EN9A 2Q2RA 4FSVA 3O4WA 2P9KA 2YHWA 4FWQA 4H5WA 4CZLA 1EQYA 2Q31A 4CZGA 4A2BA 3C7NA 2HF4A 5BPNA 5AZJB 3EKUA 3DXKA 3H1VX 3R9PA 3BF1A 1X9JA 4K41A 4B1XB 4EHUA 1NGEA 4FOEA 3D2EA 1RFQA 3L4IA 4QS9A 3FZMA 2OANA 3HTVA 1HKCA 5FPDA 2KHOA 3EO3A 2QWQA 5AQMA 4F9OA 5AQZA 3BF3A 1X3MA 5BPLA 1HJOA 3U4LA 4H0VB 5AFUH 3O6WA 3GOIA 3F9MA 4PKHA 4CD3A 5BRFA 1NGFA 1NM1A 3MN6A 5AZJA 3IUCA 4FO0A 5ADXA 3VF4A 1IJJA 4LC9B 2DPNA 1NGGA 4H5TA 2J4RA 2Q97A 3EKSA 5JMVA 2GTDA 1BA1A 3GL1A 3DJCA 1Z6RA 2GEMA 5AQWA 4FWLA 4HWIA 2EWSA 3CERA 5KPRA 4BRIA 3D2FB 2QWNA 2A6AA 3ZEUB 4H0PA 1Y64A 4FWMA 1J6ZA 4BROA 1YVNA 1NGHA 2HOEA 1KAXA 5BN9A 4PL7A 3FZHA 4BRFA 4K43A 4CBWA 1HLUA 2UYTA 1ZBSA 2CH6A 3WXKA 3UE5A 3JS6A 4AM6A 3BP8A 2Q36A 3FGUA 2P9NB 4PKGA 3C0BA 4FPBA 1HKGA 4CZHA 1QQOA 2Q0UA 4BR7A 3UKRB 1GLEG 3H1QA 4CZJA 5AQVA 2Q0RA 4BRLA 5AQRA 3M3ZA 2E1ZA 5AZIB 3VESA 3A8YA 5BREA 4BC5A 1BG3A 2ZWHA 5BRDA 3U9ZA 1KXPA 4CZEA 3P4IA 3O1WA 3GE1A 4Y0WA 1OKJA 4CZMA 2P9NA 3ULEB 5KPTA 2E88A 3QB0A 4FPAA 3MMVA 3SJHA 4Z94A 2FSJA 3UKRA 1GLCG 1MDUB 1CZAN 3ID8A 2VWBA 3WQTA 4RCHA 2HMPA 3SMPA 3CETA 3OHRA 5AZIA 3AAPA 3HBTA 1ATSA 1T44A 4BRCA 3DAWA 4EAHD 3VEOA 1U2VA 4C23A 2QWPA 1XQSC 4BRGA 4DB3A 1QQNA 2ASOA 5AQFA 4WYBA 4BVOA 2W40A 3ZETB 4BR4A 2D4WA 5JICA 3QMLA 3ULEA 4BRDA 3MN5A 3UB5A 2CGLA 2P9LB 3IDHA 1R59O 1QHAA 4EFHA 4JAXA 2F9TA 3LDOA 4I6MA 4XH4A 4H0YB 4B1UB 3FZKA 1T6CA 4H5RA 4IXCA 5FPNA 3WXIA 2VYPA 1BDGA 2YHYA 3RSEA 4FWSA 4IO8A 5AQUA 3O08A 1U6ZA 1C0GA 3VEXA 3MN7A 5AQSA 1HKBA 2WUSA 1GLLO 4CD1A 5BR9A 5LJWA 3HSCA 3ZETA 4ISFA 3A5NC 2V51B 4PKIA 3WQUA 4A62A 4BQZA 1SZ2A 3FE1A 5BRHA 1D4XA 4MO4A 4HTLA 4WQ4C 2IIRA 4BRMA 2E8AA 1DGKN 1NGCA 2A40A 2D0OA 3A5MC 2BUPA 3WUHA 1NGIA 4EHTA 3O80A 3M6GA 1DEJA 1T6DA 2PBDA 4BGBA 1GLBG 3ZX0A 2V7ZA 1TUYA 3FZLA 1SAZA 4BRKA 3HM8A 3D7EO 4WQ5A 2E2NA 4IWVA 3H3OB 3VEWA 5KQ8A 3FFKB 3LDQA 2P9IB 2FXUA 2ZGZA 3QICA 2FSKA 4YDUA 2F9WA 5AQXA 1V4SA 2P9PB 1BU6O 1G99A 1YAGA 3J8AA 3TPQA 4BRPA 5EX5A 2AP1A 3GDQA 5BN8A 5B8HA 2QM1A 3VGMA 4BC2A 1GLFO 4M63C 5AFUA 5AQJA 1DKGD 2E1YA 3O5BA 4FWOA 3CJ9A 4M7XA 5ELZA 3QBWA 3GG4A 2QWRA 3LM9A 2H3GX 1LOTB 5I9EB 3ATUA 3EZWA 2E2OA 3DXMB 4BREA 3VF2A 3LM2A 2P9IA 2V52B 1E4GT 3ATVA 1NGBA 2GWKA 2FSNA 3WXLA 1ZC6A 3D2FA 3ZX3A 3ZEUA 1V4TA 4CZFA 4DQ8A 1MWMA 2ASPA 2ZF5O 2A3ZA 2NZTA 3I8BA 5BPMA 3HZ6A 3A5OC 4K25A 5AQNA 4BR0A 5CE3A 4BVPA 1ATNA 5EXWA 1WOQA 4IJNA 4ISEA 2A42A 4MO5A 1QQMA 1TYQB 3DXMA 4BG9A 1RDWX 2A41A 1TUUA 3SMSA 1SQKA 3CJ1A 4A61A 3U9DA 3L0QA 3O8MA 1HX1A 1BA0A 1RGIA 3QFUA 4B1WB 2YJFA 2HF3A 3VENA 4BR2A 4CJ7A 4JN4A 1XC3A 5F1XA 2YHXA 4H5VA 1NMDA 4H5NA 5TKYA 3LDPA 1WUAA 3CJCA 1BOTO 4B1VA 2I7PA 3UKUB 3AAQA 2ITMA 2W41A 2Q1NA 1ATRA 1BUPA 1IG8A 5EY4A 2IVNA 2IVPA 2D0PA 1YUWA 3VERA 1HUXA 1GLDG 5AQOA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4HUFA 4C1NI 4GY2B 4CJLA 4O55A 1T3VA 4HUGA 2HBKA 3C7NB 2O8CB 2VQEK 1YJNN 3WNFA 4BC4A 1KCFA 4KH5A 4R5PA 3HOSA 3LAKA 4RW6A 3SAHA 3SUOA 2NUBA 1T8EA 1YITN 4R79A 5JVGL 1R0AA 4B9SA 4IOXA 1QZ5A 1NK0A 1HYVA 4EZ9A 3WNEA 5FRNA 3IFRA 3F5TA 1UOCA 4O8KA 3U8XA 3L6QA 1I94K 4CFBA 3AO5A 1NKEA 1JLGA 3LALA 3TTCA 3M8SA 3FR0A 2FBTA 3LL3A 4M7YA 4YFUA 4EIAA 4FLWA 4BR9A 1E4FT 4LY7A 3RMDA 4IBNA 1U49A 1JCEA 3TAGA 2KLAA 3M8QA 3H45C 1X1PA 3TR8A 3P39A 3G71N 2KFNA 4CEAA 3EL2A 3S3OA 1IV0A 1BWFO 1KFDA 1HPZA 1EX4A 3VF6A 4DV1K 1MWKA 2HVIA 1LW2A 3NF8A 5DMRA 4FWNA 4K42A 4DSLA 2IAJA 1XMOK 3CPWM 3O3FA 3OYLA 1JLEA 4K8XA 4BQLA 4B1YB 2D0CA 2ETJA 3DMJA 3KWGA 4C8LA 3K58A 4RG8A 1O1WA 4KI6A 4NYNA 1S1VA 4AHCA 3RMBA 2P9UA 3OYBA 2P9PA 3DLKA 3SK3A 3H3NO 4CJPA 4FJMA 3VN5A 3THYB 5GIPA 2YNIA 4PWDA 2W6LA 5E84A 4GVMA 4FWPA 1OVQA 4IDKA 1QS4A 1D5AA 5IT9O 3CI5A 3QBXA 3MDQA 3KKRA 3RMAA 1D8YA 3TAPA 3A0IX 3O9QA 3OYKA 3CJBA 4K8ZA 4JKAA 1IBKK 1NGAA 4N47A 3MX2A 3AO2A 3I0SA 1HJRA 5AQYA 4B9QA 4DQQA 1CXUA 3G25A 1RBUA 4CBUA 5JS2A 3VGLA 1XC9A 5AQLA 4F2SA 1C0FA 4DMNA 4XH1A 3ZYYX 3CHWA 1J53A 4CFCA 3G6EN 3TAMA 5J2NA 4DF8A 3CF5L 2ZJPL 4OVLA 4I6MB 3DXKB 4QS8A 1FJGK 1XUPO 4E7IA 3QIPA 4Q5VA 4Z0UA 3RSEB 3H08A 1IBMK 2HHUA 4OPHA 4XH5A 1NGJA 4HUEA 1NBWA 5CZ2A 2BDPA 3EN9A 4Z4HA 1BISA 4H5WA 2P9KA 2JGUA 4HCCA 3PO4A 2OPQA 2BH1A 1C0UA 1UAXA 4IO9L 3VQ5A 4K41A 4B1XB 2P5GA 4B9MA 2WTUA 1HQEA 1BIZA 2NRWA 3LWMA 3SQ0A 1M90O 2KHOA 3EO3A 3ID6A 1KC8O 3BF3A 2KFZA 2RF2A 4H0VB 1YJ9N 2ZJRL 4OJRA 2YNFA 4PKHA 4C8NA 4DG1A 4DSKA 3NFAA 4FJXA 1VQMN 2I5JA 1RBTA 4BE2A 3IUCA 4BDZA 2A1RA 3TABA 3SQ2A 4LC9B 1NGGA 4DFMA 2NRXA 3HVTA 2YNHA 1BA1A 1IKXA 1WSFA 1ZBLA 3T69A 5C2FA 3QO9A 4MDBA 5KPRA 3D2FB 2QWNA 1SKSA 3ZEUB 3AVJA 2O8BB 4OLAA 1BQNA 1J6ZA 3NBPA 1VSDA 3SAFA 4DTSA 1NGHA 1U47A 2ZE2A 3KLFA 1KAXA 1GOAA 3FZHA 4RW7A 2F4VK 4CBWA 1HLUA 4CECA 5CZ1A 4DUYK 1X9MA 1RTHA 3EE9A 1L3TA 3KK2A 1YJWN 4H4MA 1BQMA 1I39A 2Q0UA 1BGXT 4JK8A 2Q0RA 1LW0A 2HHSA 3DM2A 1WSIA 3ITHA 4QOZB 5BREA 3SQ1A 2ZWHA 2HHWA 4AHUA 3JSMA 4F3OA 4CZEA 3CM5A 3VQPA 1OKJA 3C6AA 1JJ2M 3VQ6A 4FPAA 4FJNA 4Z94A 4NLBA 2Z1JA 3UKRA 4Z4EA 3KTQA 4CJSA 1GLCG 3RRHA 1CZAN 3ID8A 4LD0A 3WQTA 3EEQA 2HMPA 4CEEA 1TK8A 3AAPA 3HBTA 1T44A 1OH6A 3DAWA 3VEOA 4Z4GA 1VHXA 2B6AA 1IKVA 4BRGA 4FLVA 1TVRA 4DB3A 5KRTA 1BHLA 2F96A 3NF6A 5H1SQ 4BVOA 5JICA 3ULEA 4BRDA 1VSHA 4FZYA 5DM6L 3RTVA 3THWA 3CCJN 1R59O 4IG0A 4GVEA 1JLAA 4FLYA 1SKWA 2PYLA 4Q0BA 1C1AA 1JXEA 4H0YB 1VQ8N 2JWLA 5HP1A 1T6CA 3WXIA 4DFKA 4FWSA 4IO8A 1IH7A 1B9DA 3MN7A 5AQSA 1HKBA 2WUSA 3D6RA 1N36K 4H4OA 5BR9A 4IFEA 5M1QA 1VSEA 4DR3K 1WBBA 4BDYA 3ZETA 1SL0A 4ISFA 3WQUA 1HNIA 4MDAA 4A62A 3DLLL 4HTUA 3TANA 3FE1A 4ZHRA 1DGKN 3KJVA 3PX0A 1Z26A 3WUHA 3HK2A 4EHTA 1VK0A 1O13A 1JLCA 3C95A 3OYEA 4PQUA 5MLCQ 4F4KA 3FZLA 3CCEN 5CHIA 3D7EO 4WQ5A 2OTJN 2E2NA 3H3OB 3KLIA 1UA0A 4Z4FA 5AQXA 3K2PA 1V4SA 2P9PB 1G99A 4BRPA 4N5SA 5EX5A 2AP1A 2HHVA 4DQIA 1GLFO 3HL8A 2XRIA 3HP6A 2WOMA 3ISNC 4DTRA 1Q8IA 5ELZA 3O9UA 4CEZA 3AVGA 3QBWA 3GG4A 2QWRA 1CZBA 2HHHK 2H3GX 1LOTB 3MXMA 1OH5A 4CJ5A 3KLGA 2O8FA 1N6QA 4CJTA 3KD1E 1F21A 2ATQA 2FSNA 3AVBA 4UQGA 4ILGB 1DLOA 1V4TA 4CZFA 2ASPA 4CJFA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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