3CJ7A

Structure of rattus norvegicus ntpdase2 in complex with amp
Total Genus 138
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
138
sequence length
426
structure length
419
Chain Sequence
PALKYGIVLDAGSSHTSMFVYKWPADKENDTGIVGQHSSCDVQGGGISSYANDPSKAGQSLVRCLEQALRDVPRDRHASTPLYLGATAGMRLLNLTSPEATARVLEAVTQTLTQYPFDFRGARILSGQDEGVFGWVTANYLLENFIKYGWVGRWIRPRKGTLGAMDLGGASTQITFETTSPSEDPGNEVHLRLYGQHYRVYTHSFLCYGRDQILLRLLASALQIHRFHPCWPKGYSTQVLLQEVYQSPCTMGQSAIVSLSGTSNATLCRDLVSRLFNISSCPFSQCSFNGVFQPPVAGNFIAFSAFYYTVDFLTTVMGLPVGTLKQLEEATEITCNQTWTELQARVPGQKTRLADYCAVAMFIHQLLSRGYHFDERSFREVVFQKKAADTAVGWALGYMLNLTNLIPADLPGLRKGTHF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords Ectonucleoside triphosphate diphosphohydrolase 2
publication title Structural insight into signal conversion and inactivation by NTPDase2 in purinergic signaling
pubmed doi rcsb
source organism Rattus norvegicus
molecule tags Hydrolase
total genus 138
structure length 419
sequence length 426
ec nomenclature ec 3.6.1.5: Apyrase.
pdb deposition date 2008-03-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01150 GDA1_CD39 GDA1/CD39 (nucleoside phosphatase) family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3cj7A01
3.30.420.150 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Exopolyphosphatase. Domain 2 3cj7A02
4A2BA 4MLEA 5AQJA 1WOQA 2IVPA 3D2FB 4CZIA 1V4SA 2IIRA 2P9PB 3M3ZA 3CQYA 2CGLA 3U4LA 2BUPA 4BR7A 3EZWA 3DWLA 1QQMA 4BG8A 3BUZB 3MN6A 5E84A 4BR9A 4FWRA 5BRFA 3ZETB 3W3DA 1DEJA 2D0OA 4IWVA 4WQ5A 4H5WA 5JLFA 3MN7A 5JLHA 1NBWA 3L6QA 3FR0A 3RSEB 2YHYA 5KPZA 2QWNA 3AY9A 5AZJB 4BRMA 1YUWA 2V51B 4JD2A 2V52B 1SAZA 4BRDA 4XH5A 4DB3A 3QBWA 1ATSA 2CH6A 3ZX2A 4DCHA 2V7YA 2QWQA 3FZFA 4NO7A 1C0FA 5AR0A 2E1YA 3EO3A 3VEYA 3C7NB 2QXLA 3JXUA 4EAHD 2E88A 4EFHA 4E1JA 4LC9B 5BN9A 3HM8A 1KAYA 3O4WA 5AQNA 3GDQA 5BRDA 1BOTO 2E20A 3BF3A 1BG3A 1LCUA 1R59O 2P9KB 1HPMA 1ATNA 4B1VA 4PL7A 1QHAA 4BR4A 1QQNA 4CZLA 3VEXA 2Q2RA 3F9MA 4BRNA 3HZ6A 1MWMA 1NWKA 3A5NC 4M7YA 3WQTA 3EKSA 4WQ4A 3MN5A 3L0QA 3UKRB 1T44A 1ZXOA 3VERA 4DQ8A 3GOIA 4BGBA 4H0XB 2P9NA 2P9SB 4PKHA 3D2EA 1GLEG 2FSJA 3ULEB 4QS8A 4BRQA 4CZFA 4HWIA 4Y0WA 4MO4A 4JNEA 4BRGA 3BEXA 2QM1A 5EOYA 1E4FT 1XUPO 5LJVA 3BF1A 4GNIA 1Y64A 5ELZA 2VYPA 3O1BA 1ATRA 1IJJA 4CZJA 5F2RA 3WQUA 3R9PA 4BG9A 3WXIA 3A5OC 3LM2A 4CZKA 3A0IX 4H5VA 5AQXA 2ITMA 2I7PA 1NGAA 4FWKA 4ISGA 5AQGA 2NZTA 3VF6A 3W0LA 3QDKA 2AA4A 4CZMA 1YXQA 1RFQA 1BWFO 5FPEA 5EXWA 3MDQA 5F0XA 3O8MA 3B8AX 1K8KB 4MO5A 1JCEA 1HX1A 2FSKA 3VESA 3M1FA 1MDUB 2HF3A 5AQFA 1U2VA 5AFUH 4A2AA 3SMPA 4H5RA 1HLUA 3FGUA 3CJ9A 4B1ZA 3WUHA 1Z05A 4BRKA 4BRFA 3UKUA 3DJCA 2E2OA 5FPDA 1S3XA 4BR0A 5JICA 5AQMA 4FWQA 2GELA 5ADXH 1XC3A 4CI6A 3VF4A 3U8XA 4B1XB 4FWMA 2QWOA 2P9PA 2QWMA 5BPNA 3FZLA 1TYQA 2KHOA 1RGIA 4YDUC 4L3QA 4RTFD 4GY2B 2P9UA 3VEVA 4A61A 3G25A 2A41A 2HOEA 2H3GX 5FPMA 4JN4A 4BQZA 4BR2A 3QBXA 5ADXA 1GLFO 5AZIA 2P9IB 4HTLA 4JD2B 2OANA 4PL8A 3IUCA 3O5BA 4QS7A 4XH4A 2GUPA 3ATUA 1Z6RA 2DPNA 4H0PA 5BRHA 1X3MA 2Q31A 1YVNA 4IJAA 4I6MA 4FPAA 1Q18A 2A3ZA 3OHRA 4JHDA 4BQLA 4IO8A 1KXPA 2GTDA 1NLVA 4BRIA 2ZWHA 4QS9A 1TUYA 3VENA 3A8YA 3L4IA 4CZHA 1BA1A 3ZEUB 4FPBA 3EKUA 3LM9A 3UB5A 2FSNA 2Q36A 2Q1NA 3MMVA 1BUPA 3SLCA 1GLBG 1LOTB 2A6AA 3HSCA 3LDLA 4J8FA 1GLDG 5AQRA 2ASPA 3WXJA 1DGKN 2GWJA 2F9TA 1CZAN 3O80A 2P9LA 4H5TA 3WXKA 4BRPA 1GLCG 4BR5A 1NGFA 1JCGA 2NLXA 4FWPA 2ZGYA 3CETA 3VGKA 3H3OB 3ENOA 2P9NB 4AM6A 1GLJO 3QFUA 5KPRA 3QMLA 4M7XA 3WT0A 3SJHA 3CJ1A 3GL1A 1X9JA 5AQIA 1IG8A 2YI1A 1NGJA 2YHWA 3WXLA 2D0PA 4IJNA 5AQQA 4EHUA 3R6MA 2E2PA 3VEZA 3O08A 1GLLO 1P8ZA 2FF3B 2P9SA 3DXKB 4XEIA 4B9QA 2E2NA 1E4GT 3ID8A 2GEMA 2CGJA 3VEWA 3A5MC 2A5XA 3J8AA 4FO0A 4EHTA 5LY3A 3LDNA 4BC2A 2E2QA 3QFPA 5I9EB 5EVZA 3FE1A 3BP8A 2VWBA 4O5FA 3ATVA 2CH5A 2Q97A 3SK3A 2Q0UA 4BC5A 5AQSA 3MCPA 1ESVA 3H1VX 4KBOA 4IXCA 1XQSC 4BRLA 4BRCA 4FOIA 4CBWA 3LDQA 3KVGA 1C0GA 4FWLA 3WEEA 3QICA 1U2VB 2ASMA 3FFKB 3D7EO 4WQ5C 2CGKA 3GG4A 1SQKA 5E26A 5BR9A 3DXMA 3VOVA 2VCPA 3FLCO 4H0TB 1NGBA 3JS6A 5AQPA 4BC4A 1KAZA 3AARA 3UE5A 4FSVA 4CJ7A 3UKUB 3D2FA 1H1VA 2V7ZA 3VGMA 5BPMA 2QWLA 3U9DA 3CJCA 1NGCA 2W41A 2F9WA 4CBXA 2J4RA 2IVNA 3CERA 5AFUA 4H0OA 3HBTA 3TPQA 4B1WB 1HKGA 2HF4A 3AAQA 1TYQB 4Z94A 3KZBA 2GWKA 4JAXA 2P9UB 3QB0A 4FWOA 4H5NA 3EN9A 5F1XA 3ZETA 2I7NA 1U6ZA 2W40A 2YHXA 3HTVA 4ISFA 3MK6A 5AZIB 3SMSA 1EQYA 2EWSA 3DAWA 2QW9A 2QWPA 3RSEA 1BDGA 2UYTA 3IFRA 1BA0A 2YJFA 5BREA 4I6MB 2PBDA 3CHWA 5AZJA 2Q0RA 4JHDB 2FLOA 1NGEA 1YAGA 1X3NA 2P9IA 4WQ4C 4H03B 4RCHA 1SZ2A 1J6ZA 1OKJA 2FXUA 4NB4A 1TUUA 4YDUA 2YCHA 4EIAA 3C7NA 5BPLA 3CQXA 4O8KA 5LJWA 1NGIA 3VETA 1WUAA 3LDPA 4RWTA 5AQUA 4CBUA 2AP1A 1T6DA 2P9LB 3ZEUA 4FWNA 5AQHA 4CD3A 3O1WA 1BU6O 1QZ6A 2FF6A 5AQYA 2P9KA 3LDOA 1D4XA 3AAPA 1MA9B 4MLHA 2D4WA 5EY4A 3R8EA 2BTFA 4C23A 1GLAG 3D2EB 3I33A 1BO5O 2ZF5O 1HUXA 3CJ7A 4FL9A 4BRHA 2D1KA 1NGHA 5B8HA 3IMXA 2IVOA 2PAVA 4DHYA 5KQDA 2A40A 4CZEA 3VF2A 5TKYA 1HKCA 3UKRA 1NMDA 2E8AA 4K41A 4BVOA 1V4TA 1ZC6A 3FZMA 3CIPA 1HJOA 2WUSA 4A62A 2ZGZA 5FPNA 5AQKA 4B1YB 4BGAA 3VEOA 4B1UB 3H6EA 4PKGA 3ULEA 4BVPA 3MN9A 2HMPA 4CD1A 1G99A 3GE1A 4K43A 3O6WA 5BN8A 3CJAA 1KAXA 2NRHA 3C0BA 4FWSA 5AQZA 4IZ9A 1NGGA 4PKIA 5AQWA 3TU5A 1ZBSA 3VPZA 3HI0A 1NM1A 3S41A 1JCFA 5CE3A 4H0VB 3H3NO 1T6CA 3GBTA 1MWKA 4K25A 3CJBA 4CZGA 4WYBA 1HKBA 3DXKA 4BRAA 4AM7A 2A42A 3H45C 3A5LC 5JMVA 4XH1A 1S22A 5AQTA 3FZHA 3P4IA 3KHYA 3ZX0A 1QQOA 4H0YB 4F9OA 3ENHA 5AQOA 2YJEA 1QZ5A 3M6GA 3CI5A 1NGDA 1DKGD 3FZKA 3ZX3A 3H46O 2ASOA 3VGLA 2E1ZA 3I8BA 3WEEB 4BROA 5AQVA 4BREA 5AQLA 3U9ZA 2QWRA 3EL2A 3IDHA 4M63C 3LL3A 4ISEA 5KQ8A 1K8KA 4FOEA 3DXMB 5EX5A 4BC3A 3H1QA 5KPTA 1RDWX 4K42A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4A2BA 3D2FB 3CMAN 4B08A 4GVEA 4DFPA 4KI4A 4DTNA 4AF1A 2QTDA 2P9PB 4JKHA 4IG3A 1KSPA 2BUPA 1DTTA 4LFAK 3EZWA 3NF6A 1QQMA 3BUZB 3OYFA 2KLAA 4JLHA 4DTSA 2KQ2A 4Z4IA 4Z4EA 2HMIA 3W3DA 4CIGA 4CJ4A 4DSKA 1DEJA 4IWVA 4LSNA 4IFYA 2OPPA 3SBGA 3U3YA 2BANA 3VQDA 4CESA 3R3LA 4DF8A 4DLGA 2WONA 3AVCA 5KPZA 4CF0A 3BZCA 3OA9A 5AZJB 4BRMA 5I42A 3DLEA 2V51B 4FK2A 4FVUA 2D0AA 4KO0A 1SAZA 4DB3A 3ZX2A 3D6RA 3E9PA 2QWQA 1C0FA 1ZYQA 3C7NB 3JXUA 2VGMA 3O9RA 1P90A 2DFHA 4IEIA 4AILC 1KAYA 4NYFA 4PY5A 1N6QA 1EETA 3DMJA 1BOTO 1BG3A 4B1VA 4JI8K 3L2RA 5KI6A 4I9QA 3HL8A 4CJRA 4CEOA 1ASVA 2FBTA 3P38A 2UUBK 1C1BA 1MWMA 4FK4A 3A5NC 4IG0A 1LWEA 3PUFA 4M7YA 1RCHA 3WQTA 2Z1GA 3ZSWA 4B9SA 3UKRB 2IC3A 1X9MA 2OTJN 3P1GA 4PKHA 1NKEA 1NJYA 3THWA 1VQ7N 4LF4K 4CZFA 1Y97A 4BRGA 1X9SA 1E4FT 4JKBA 3BF1A 3CMEN 4AHCA 1NG9A 4DLEA 3ZSXA 3SYZA 4Z0UA 2E6LA 5HBMA 3C6AA 4JRPA 1BCOA 4DKWA 4KTWA 3L3VA 4CZKA 3OS2A 4B3SK 5KRTA 4FJIA 4B3OA 4ISGA 2NZTA 1DTQA 1RT3A 2AA4A 4CZMA 4NLBA 2OTLN 3AO2A 5HLFA 5EXWA 3MDQA 3MEDA 2O4GA 3NDKA 1K8KB 3VQ6A 1RDCA 5FLXO 3M1FA 1MDUB 4FM0A 1YI2N 4J2DA 1SV5A 2HF3A 5C12A 1VQ4N 3OBWA 5AFUH 1WNSA 4H5RA 2F7TA 3FGUA 5K14A 4KHNA 4YY3K 5SZTA 4CJEA 1HQEA 4BRKA 3UKUA 4OLBA 1S3XA 3SQ1A 2NRRA 5CYMA 5C2FA 4CI6A 3M8PA 2YNHA 4B1XB 5SWMA 1RILA 2QWOA 4CGFA 2HBJA 4FW1A 1NK0A 2KHOA 4YDUC 1D5AA 3V9ZA 4RTFD 4R79A 1S1TA 1W7AA 3DOLA 4DV3K 4M3YA 4CCHA 5CZ1A 3O9QA 2HW3A 4CGGA 3QEVA 1J5OA 3AVMA 2HOEA 4BQZA 4BR2A 3CG7A 5ADXA 5AZIA 4HTLA 3N4PA 3IUCA 3MAQA 4QS7A 5C25A 1J9AA 3THXA 3TSQA 4JI7K 1EWQA 2GUPA 1CLQA 3EY1A 1Z6RA 2DPNA 4H0PA 3NAEA 1JLAA 2Q31A 4YFUA 3KK2A 1Z26A 4I6MA 3HPOA 1Q18A 1QE1A 3QNOA 2Y1IA 4FM2A 3A8YA 3NE6A 3T7ZA 3DLLL 1SKSA 2Q1NA 3CXCM 3HSCA 1VRUA 1GLDG 5AQRA 2ASPA 1XMOK 4U7BA 4H5TA 3WXKA 4KHYA 4BR5A 3OYIA 1NNEA 1NGFA 3DRPA 3VQ9A 3DLBA 3IAYA 2RKIA 2A1RA 2EX3A 1QSSA 3ENOA 4EP5A 5C10A 5C15A 3CC2N 3THWB 1KLNA 4BY9C 2YHBA 4ELTA 3SJHA 2W6KA 3CJ1A 1NGJA 2F96A 2D5RA 2D0PA 5AQQA 2IDOA 3SBTA 4RW9A 2E2PA 3E9OA 4KTZA 3AA2A 3O08A 4Q5VA 4M3ZA 4CHNA 4XEIA 1KD1O 3OS0A 1WB9A 3ID8A 3I8DA 4CF8A 3TWHA 1SL0A 1BHLA 3TAFA 2HNZA 4R5PA 3ULDA 2E2QA 4M3UA 2GUIA 3RVCA 1BI4B 5KRSA 3SAFA 3LZJA 5LMUK 3FE1A 1RTHA 3I0RA 4RW7A 4NXMK 4CK2A 4O5FA 1WAFA 4DU4A 4RW6A 2Q97A 4BC5A 3S3NA 4BRLA 1F21A 4BRCA 3O9SA 5CYQA 2WFBA 3AV9A 1K9MO 1SQKA 3UIQA 1NJXA 4BC4A 3UE5A 3UKUB 2HHUA 3SI6A 3J80O 3VGMA 1I94K 4BWMA 3S3MA 3CCVN 2A1SA 4AH9A 4OX9K 4CEAA 3MX5A 4KHPK 2J4RA 2HNYA 3CERA 5LL6Z 3M8SA 4B1WB 4Z94A 4YOWA 2GWKA 3KK7A 3NH1A 2JWKA 3EN9A 3ZCMA 3G71N 1YJNN 3O4NA 2W40A 1L3VA 1QS4A 3MK6A 5AZIB 3SMSA 3U3GA 1T8EA 3AA4A 4PQUA 1SS6A 2RPIA 3PLAA 3ZT1A 4X62K 2OZSA 4B8CA 4CJUA 3MECA 1IKYA 5GIPA 2YJFA 4DMNA 3K5NA 3ZT3A 4I6MB 2Q0RA 2XO7A 1HYVA 4C8LA 1NGEA 1WLJA 2P9IA 1TKXA 3P5JA 1SZ2A 1EO1A 1FW6A 4IEEA 4DSJA 3TANA 1YJWN 4WCEL 4ILJA 4WFBL 4FWNA 4CD3A 5J2QA 3O1WA 1QZ6A 3L2WA 2P9KA 1MA9B 3R8EA 2BTFA 4ILGB 4C23A 3D2EB 4FL9A 4BRHA 1HUXA 5EU7A 2HBMA 2XY5A 5B8HA 3C94A 4DHYA 2A40A 4AHSA 4LF8K 4QAGA 4CZEA 5TKYA 4FLYA 1NMDA 2E8AA 3TTFA 3VQ5A 3VQCA 2PFUA 3FZMA 4LFCK 3TAMA 4CHPA 4WFNL 3DLRA 1SUQA 3THVA 3NMUA 3MN9A 3GE1A 4M3RA 5BN8A 4WF9L 3CJAA 1U49A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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