3CJ7A

Structure of rattus norvegicus ntpdase2 in complex with amp
Total Genus 138
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
138
sequence length
426
structure length
419
Chain Sequence
PALKYGIVLDAGSSHTSMFVYKWPADKENDTGIVGQHSSCDVQGGGISSYANDPSKAGQSLVRCLEQALRDVPRDRHASTPLYLGATAGMRLLNLTSPEATARVLEAVTQTLTQYPFDFRGARILSGQDEGVFGWVTANYLLENFIKYGWVGRWIRPRKGTLGAMDLGGASTQITFETTSPSEDPGNEVHLRLYGQHYRVYTHSFLCYGRDQILLRLLASALQIHRFHPCWPKGYSTQVLLQEVYQSPCTMGQSAIVSLSGTSNATLCRDLVSRLFNISSCPFSQCSFNGVFQPPVAGNFIAFSAFYYTVDFLTTVMGLPVGTLKQLEEATEITCNQTWTELQARVPGQKTRLADYCAVAMFIHQLLSRGYHFDERSFREVVFQKKAADTAVGWALGYMLNLTNLIPADLPGLRKGTHF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Structural insight into signal conversion and inactivation by NTPDase2 in purinergic signaling
pubmed doi rcsb
source organism Rattus norvegicus
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Ectonucleoside triphosphate diphosphohydrolase 2
total genus 138
structure length 419
sequence length 426
ec nomenclature ec 3.6.1.5: Apyrase.
pdb deposition date 2008-03-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01150 GDA1_CD39 GDA1/CD39 (nucleoside phosphatase) family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3cj7A01
3.30.420.150 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Exopolyphosphatase. Domain 2 3cj7A02
2PAVA 4AM7A 2E8AA 4CD1A 3FLCO 3W0LA 4B1ZA 2P9PA 4QS8A 3LDPA 4K41A 3C7NB 4FL9A 1C0GA 1NLVA 2VYPA 2E2PA 3FR0A 3UE5A 3GDQA 3ULEB 3AARA 4BRNA 3A5LC 2E1ZA 3CIPA 3FZLA 3ZX2A 4H5RA 1KAYA 2IVNA 5KQDA 1Y64A 3UKRA 1NWKA 1NGAA 1BG3A 5BRDA 1RFQA 2IVOA 3R6MA 4NO7A 4BC2A 1NGDA 4BROA 3VGLA 1XQSC 2YHYA 5KPZA 2OANA 1NM1A 3FZKA 1ATNA 4BREA 2P9KA 3O5BA 3SMPA 5AQZA 3VENA 3HM8A 2YCHA 2HMPA 2DPNA 3EL2A 3A0IX 3TPQA 4BC4A 5F0XA 4ISEA 5JICA 2ZGYA 1GLFO 3DWLA 3BF3A 1J6ZA 1HKGA 2F9TA 1IG8A 3CJAA 2A5XA 3HZ6A 1YAGA 3QFUA 1HJOA 2I7PA 3VGKA 4ISFA 3JS6A 1K8KB 3I33A 5BN9A 1TUUA 2FSKA 4JNEA 4WQ4C 4IXCA 3QMLA 3HTVA 1QZ6A 3BP8A 3O8MA 1U2VA 1GLCG 5JMVA 1X9JA 2P9LB 2D1KA 4B1WB 2GWKA 4JHDB 5AQGA 3WXLA 4RCHA 5BREA 2ASPA 3MN6A 3R9PA 1XC3A 1HX1A 4BVOA 3LDLA 4FSVA 1NGIA 1E4FT 4IJNA 2QWLA 3FZFA 4B1XB 1G99A 3BUZB 4BR5A 1MA9B 1U6ZA 1BOTO 3VGMA 2CGLA 3HI0A 5F2RA 4JD2B 4K25A 1NGGA 2QWPA 5AQMA 3SLCA 4B1YB 2QM1A 3DXKB 4BRKA 2GWJA 4BQLA 2V52B 3DJCA 2FXUA 4NB4A 2D0PA 4CZEA 5KQ8A 4BC5A 3WT0A 3GBTA 2ZWHA 2BTFA 3ZX0A 3MCPA 2ZGZA 1WUAA 1GLLO 2WUSA 2P9UA 4M63C 5EY4A 2P9LA 1NBWA 3BEXA 3LDNA 5F1XA 1GLDG 4PKHA 4H0TB 2NZTA 5BR9A 3QBXA 2ASOA 3WUHA 4CZJA 4QS9A 1S22A 4PKGA 5AQLA 4BR0A 2IVPA 4CBWA 4CJ7A 2HF3A 3A8YA 2A40A 3D7EO 1GLAG 5EXWA 1YUWA 3MK6A 5B8HA 3VPZA 3LM2A 1SZ2A 1BA1A 2W40A 3MDQA 1NGEA 4B9QA 1X3NA 3WXIA 4RWTA 4RTFD 4F9OA 1ATSA 3G25A 5KPRA 1BU6O 4BG8A 5TKYA 4BRHA 3UKUB 1X3MA 5AQKA 4H03B 3VETA 1GLBG 4XH5A 3DXKA 4AM6A 4BRDA 3VEZA 4BGAA 4JD2A 3DXMA 2I7NA 2YJFA 1QHAA 3UKRB 4EHUA 5AQTA 3IUCA 3VOVA 1BA0A 1MWKA 3ATUA 3U9DA 3ULEA 1DKGD 4BRAA 2FF6A 4FWNA 1NGCA 3WQTA 3GL1A 3J8AA 5AZIA 3SJHA 4K42A 2CH5A 3S41A 4CZLA 5EX5A 3VEOA 3MN5A 4DB3A 3EZWA 4H5WA 4O5FA 3OHRA 4FWQA 4J8FA 5AQVA 1U2VB 4CD3A 1KAXA 4H5VA 4A2BA 2HF4A 4H0YB 4JN4A 1YXQA 5AQHA 3HSCA 4BRCA 4FOEA 4FPBA 1DGKN 1OKJA 2H3GX 4LC9B 1QZ5A 3VF6A 4QS7A 4FWLA 3QDKA 3A5NC 3GOIA 5EVZA 3L6QA 4BR2A 3BF1A 4BRLA 4EFHA 3D2FB 2IIRA 3R8EA 3M6GA 3EKSA 2AP1A 5AZIB 2P9UB 2QXLA 5FPDA 3LL3A 4BR7A 2QW9A 3H3NO 1V4SA 2ITMA 2P9KB 3L4IA 1ZBSA 3H45C 2PBDA 2A42A 1HKCA 1NGJA 2E2NA 4XEIA 3AY9A 4PL8A 5AQSA 4BRIA 4PL7A 4BRQA 3LDQA 4CBXA 4CBUA 3DXMB 4E1JA 2QWMA 4FO0A 4FPAA 5BPMA 5AQIA 3FGUA 1ATRA 2NLXA 3CI5A 3ENHA 4CZGA 3UKUA 4PKIA 1T44A 2FSJA 2GELA 4A62A 4BR9A 2Q36A 5E26A 1NGBA 4MO4A 2Q1NA 2QWOA 3FZMA 4JAXA 4B1VA 3GG4A 3MMVA 3MN7A 4MLEA 1LOTB 5BN8A 1GLEG 3TU5A 2YJEA 3VF4A 1NGFA 2E2QA 3A5MC 3O6WA 1Z6RA 3EO3A 4GNIA 1WOQA 5FPNA 3CJ7A 2QWRA 1NMDA 1TYQA 4EHTA 1K8KA 4KBOA 2F9WA 3H46O 3ZEUB 2E20A 3VERA 1V4TA 1GLJO 3FFKB 2ASMA 1BUPA 2P9NA 4H5TA 1HPMA 2EWSA 3HBTA 3SK3A 3WQUA 4IZ9A 4IWVA 2HOEA 2VWBA 5JLFA 5AQJA 5AZJB 1Q18A 3GE1A 4A61A 1NGHA 2D0OA 3H6EA 3CETA 3L0QA 5AQUA 3VEYA 5FPEA 1HUXA 5E84A 1DEJA 2GUPA 1P8ZA 3CQYA 3CJBA 1Z05A 5AQRA 3F9MA 1T6CA 3VF2A 5CE3A 4BG9A 4BC3A 4BGBA 1CZAN 1TUYA 3VESA 3EN9A 3A5OC 3LDOA 1JCGA 2V51B 3D2EB 3WEEB 3ZX3A 2YI1A 2CGKA 4DHYA 4K43A 5AR0A 4ISGA 3O1WA 2A6AA 2NRHA 5BPLA 5LY3A 4YDUC 5LJVA 4M7YA 4A2AA 3B8AX 4MO5A 3ATVA 1ESVA 4JHDA 1C0FA 3U8XA 1ZC6A 4I6MA 1BO5O 3FE1A 1S3XA 4Z94A 3D2EA 4H0OA 3O80A 3IDHA 3KHYA 4WYBA 3CERA 3QBWA 3H1VX 2E1YA 1EQYA 4YDUA 2Q2RA 5JLHA 2AA4A 1H1VA 1SQKA 4IJAA 4H0XB 3KZBA 3CJ1A 3U4LA 5BRFA 4FOIA 5AFUA 2GTDA 4DCHA 4BRGA 3LM9A 3O1BA 3IMXA 4FWRA 2V7ZA 3MN9A 1KAZA 4HWIA 4BVPA 3JXUA 5BRHA 2YHWA 1MWMA 5LJWA 4B1UB 2A41A 3O4WA 3P4IA 4WQ5C 4CZKA 4WQ4A 4BRMA 3C0BA 4O8KA 2P9NB 1QQOA 4CZHA 5ADXA 5AQPA 3W3DA 5ADXH 3VEXA 3H3OB 5FPMA 4Y0WA 3UB5A 2FLOA 4IO8A 3H1QA 1LCUA 3ZEUA 3M3ZA 3O08A 5AQWA 3U9ZA 1TYQB 1ZXOA 1BWFO 2E2OA 2E88A 2CH6A 1R59O 3VEWA 4BQZA 3WXKA 4BRPA 5AQFA 4CZMA 1D4XA 3AAPA 3RSEA 5I9EB 4EIAA 2Q97A 3CQXA 2FF3B 2UYTA 3QB0A 4XH4A 3M1FA 4FWOA 4I6MB 3SMSA 1QQMA 4CZFA 3QICA 3C7NA 4FWSA 3KVGA 3QFPA 2P9PB 4L3QA 3WEEA 4BRFA 5AQXA 3RSEB 2YHXA 2FSNA 2Q0UA 4M7XA 4GY2B 5AQNA 1RGIA 2W41A 1MDUB 3DAWA 5AQYA 2VCPA 1KXPA 1E4GT 3IFRA 4HTLA 2QWNA 1RDWX 2D4WA 1YVNA 5AQQA 5BPNA 2A3ZA 2KHOA 4H5NA 4C23A 3ENOA 1XUPO 3CJCA 4CZIA 5AFUH 5KPTA 2P9SA 1HKBA 3I8BA 5ELZA 3WXJA 5AZJA 1QQNA 2V7YA 3ID8A 4MLHA 3ZETB 4FWPA 4DQ8A 1SAZA 2P9IA 4H0PA 3VEVA 2GEMA 2P9IB 2Q31A 1IJJA 3ZETA 2ZF5O 3EKUA 1JCEA 4BR4A 4WQ5A 3CJ9A 4FWMA 4H0VB 2P9SB 3D2FA 4XH1A 1BDGA 2CGJA 1HLUA 3AAQA 1JCFA 4FWKA 4CI6A 3FZHA 2Q0RA 1T6DA 2J4RA 2BUPA 3CHWA 2QWQA 4EAHD 5EOYA 5AQOA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2PAVA 3AO4A 4OPHA 2E8AA 3THWB 1CZBA 3ENBA 3FLCO 4ELUA 4QS8A 2NRRA 1CLQA 2YNFA 1VSLA 3LDPA 4FL9A 1C0GA 3O9UA 3TWHA 3VQBA 1N34K 4LH4A 3FR0A 4B9UA 3M5RA 3LAMA 1KVAA 1RTIA 4RG8A 1C0MA 3ZT4A 5CYMA 2Z1HA 4M3XA 5BRDA 1RFQA 3NGYA 2IVOA 4FLYA 3PUFA 4FW1A 4LF7K 5C2DA 3SI6A 1XQSC 2OANA 3M8RA 3QO9A 1HNVA 2HHSA 4IOCL 2RKIA 4GV9A 3SMPA 5H1SQ 2YCHA 4DSIA 4JRQA 3EL2A 5GAHP 3A0IX 3TPQA 4ISEA 4HUFA 1J6ZA 4K8XA 4CIGA 2YKMA 5DM6L 3TANA 1MU2A 3NVMA 3QFUA 1HJOA 3VGKA 3OBYA 3EEQA 1K8KB 3I33A 3PX4A 5J2QA 3S9HA 3OYFA 3HTVA 3KK7A 4BWMA 4JI3K 3O8MA 4E7KA 3TAGA 1GLCG 3CFPA 2P9LB 2D1KA 2GWKA 5AQGA 3WXLA 5J2NA 1UAXA 3AVGA 3R9PA 4X66K 3KJVA 3ITHA 4JI4K 4MFBA 4GKKK 4Z4CA 4IJNA 3LAKA 4M3WA 4HVJA 4KFBA 3OTOK 1BOTO 5DMRA 4BE1A 3D0PA 2DFFA 4KH6A 2X74A 4CK3A 3SLCA 3DXKB 2B5JA 1NK9A 1XMOK 2V52B 2FXUA 4NB4A 4J2EA 4W5QA 1RT2A 3TSUA 5HBMA 1IKYA 1LAVA 3VQ9A 3OS1A 1WUAA 1I94K 1KVCA 2BANA 3TSPA 2P9UA 3VQQA 4Z4GA 1EWQA 1EKEA 1VK0A 1VQKN 4M63C 3AVIA 5EY4A 1NBWA 1NJIO 2KZZA 3M8PA 4KTZA 3HP6A 1ZBUA 4CW7B 4WE1A 1S22A 4PKGA 5AQLA 4CBWA 1VQ5N 3HO1A 2O4IA 1BL3A 2HF3A 4N76A 3CXCM 2A40A 1YJNN 3P39A 3M8QA 3MK6A 4FJLA 1P90A 1BA1A 4NLCA 4M3YA 4DFMA 4KREA 3MDQA 4B9QA 1CXUA 3R3LA 4A5BA 1X3NA 1BQMA 3MXIA 2Q3SA 1ATSA 5HLFA 4C8KA 4BG8A 1TAQA 2YHBA 3UKUB 4N41A 1YVUA 2E6MA 3HPHA 3VETA 1GLBG 4NYFA 3ZSVA 4FCYA 1Q86O 4BRDA 3PSFA 4BGAA 5C12A 3QIOA 4FZXC 1VSFA 4OLAA 3ULDA 1QHAA 3ZT1A 3CCEN 3SNNA 5AQTA 3HT3A 4DF8A 1VQ7N 3O9QA 5KRSA 3WQTA 1TL1A 4NLBA 4O55A 5GAEP 4YFUA 4CZLA 5EX5A 3VN5A 4H5WA 1KAXA 3OYMA 4JN4A 4M3RA 5AQHA 3HSCA 1N5YA 4C8OA 4DR7K 4QS7A 4ID5A 5E41A 3QNNA 1JL1A 3VMFB 3D2FB 5M1PA 3VQCA 5AZIB 2G8IA 2LSNA 3DOLA 4BR7A 1Y97A 3PLAA 3TAEA 4KKOA 2A42A 1VQ4N 5AQSA 1W97L 4IEIA 2VGNA 4E1JA 2QWMA 1EWRA 1FXXA 2WONA 4FO0A 5BPMA 4KO0A 3QIPA 1RBVA 4LD0A 1XC9A 2NLXA 3ENHA 3K58A 4F3OA 3TARA 4DUZK 1IG9A 4B1VA 3GG4A 3K5NA 1RDBA 3MN7A 2HBLA 2YJEA 4KRFA 4J2BA 1G15A 2E2QA 2A1SA 3SAFA 3IKMA 1TKXA 4C8NA 2VWKA 3CJ7A 3NF8A 2QWRA 1NMDA 3G10A 5EU7A 4BDPA 5J2PA 4V19S 3DM2A 5M1QA 1GLJO 3FFKB 5DM7L 3DRSA 1S9GA 3K59A 4DTOA 2KTQA 4XIUA 4H5TA 3OJSA 3V9WA 4K0KK 4IWVA 3SUQA 2A1RA 2NRVA 4I9QA 2D0AA 2VWBA 5JLFA 1OVQA 3PX0A 3HOSA 1Q8IA 3VQDA 5FRMA 3NF9A 4FLUA 3MEDA 1Q82O 5AQUA 3NBPA 2RE2A 4BACA 5C0YA 3CQYA 2NUBA 5AQRA 4BC3A 3KK1A 3A5OC 3V1RA 3ZX3A 3WEEB 4JK9A 4ILHA 5AR0A 2Z1JA 2A6AA 2B6AA 3LP1A 3DLRA 3KKRA 4JHDA 5CYQA 3U8XA 3L2UA 5DK5A 1RT7A 1TV6A 3KHYA 4CEFA 3QBWA 4O4GA 3EYZA 4HUEA 4DU3A 4LF9K 1JXBA 1H1VA 2FBVA 4DQIA 1SQKA 4GMJB 4IJAA 1NJZA 1QSLA 2O8EA 1A5WA 4LSLA 3CJ1A 2F4VK 4ICLA 3ZYYX 4BRGA 4M45A 4A59A 1QQCA 1S5JA 3MN9A 1KAZA 5BRHA 3U6FA 1MWMA 3S3NA 2NRZA 4CZKA 1LW2A 3C6HA 1BIZA 1QQOA 1S1TA 5ADXA 3O9RA 4QCLA 3H3OB 4IO8A 3M3ZA 4UQGA 5SZTA 5AQWA 1ZXOA 1HR0K 2HHQA 2UUCK 1B9FA 1NMNA 1R59O 3QEIA 3DYAA 1RDUA 4OJRA 1KRPA 2Q97A 3CQXA 2FF3B 4YORA 3WNEA 4FWOA 1TK5A 5FROA 1QQMA 3QEPA 1VSJA 3PSIA 3MAQA 3SZ2A 3QICA 4Q5VA 2IOCA 4E19A 1GOAA 4FWSA 3KVGA 2NRXA 3CCVN 1W9HA 4DTRA 4DR6K 1NG9A 4BRFA 3OS0A 3MCAB 4OGEA 1O1WA 5A2QO 4GY2B 5AQNA 4N56A 3LZJA 1VSIA 1IKWA 3TTDA 1KXPA 3S3OA 4HTLA 2QWNA 4CFDA 5BPNA 4IG3A 4CZIA 1XUPO 3CJCA 5AFUH 1NOZA 4I7FA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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