4CIGA

Interrogating hiv integrase for compounds that bind- a sampl challenge
Total Genus 56
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
56
sequence length
152
structure length
147
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRGYSAGERIVDIIATDI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Interrogating HIV Integrase for Compounds that Bind- a Sampl Challenge.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transferase
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule keywords INTEGRASE
total genus 56
structure length 147
sequence length 152
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-12-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4cigA00
1J54A 3CYMA 4IG0A 1SUQA 2A1RA 2KTQA 3V9SA 3NH2A 1D9FA 4Z4HA 1WN7A 1KRPA 2HVIA 3NGIA 3P1GA 1YTAA 3O3FA 3M8SA 4M3WA 4M3TA 4OGEA 2Y1JA 4H4MA 3KKSA 4N56A 4LY7A 3L2UA 3OYNA 1SV5A 4JS4A 4PUOA 4L8RB 3AA4A 4CEDA 1U48A 4KTQA 3C95A 1C1BA 4ZHRA 3AA5X 5CZ1A 4IDKA 4IFYA 3RMCA 1QSSA 5CYQA 2D0CA 4CJRA 4DLGA 4FLZA 1S1XA 5HP1A 3VQDA 3RRGA 1EXQA 3AO5A 3VQ8A 3LP0A 3L2RA 4CJVA 3MXIA 4DSJA 1RDCA 3OY9A 3QIOA 1GOCA 2EX3A 3SQ0A 3NCIA 4Z4CA 3TI0A 3VQ6A 4IKFA 4M45A 1JLFA 4CIFA 4KI6A 1NKBA 1HNIA 4KHYA 2RF2A 1IH7A 3SQ2A 4O55A 4M42A 2XRIA 3ZSVA 2OPSA 1Z25A 2YV0X 2D0BA 3OYDA 3S9HA 3AVAA 4N76A 3AVKA 1W0HA 3DYAA 3QINA 3OYIA 3DLEA 4E0DA 5J2NA 4ELTA 1WSGA 4F3TA 3LWMA 3TAFA 2YNHA 4WE1A 1QHTA 1RT3A 2YNGA 4DFMA 4F2SA 4B9TA 3HPHA 3H08A 2HHQA 1HQUA 1JLGA 3NH1A 1JKHA 2BANA 4JS5A 4DTPA 4CFCA 3M8QA 4I2QA 2GUIA 3LP2A 5HBMA 4LSNA 5C25A 3AVMA 4AHRA 3KJVA 2YKNA 4UQGA 3KTQA 1RT6A 1KCFA 3DRPA 3HPGA 4O5BA 1NOYA 4DG1A 3ZSOA 4RG8A 1RT1A 4XIUA 1NJWA 1VSFA 1SKRA 1KVBA 1IKXA 2VWKA 5HLFA 3HYFA 5I42A 2X6NA 5FRNA 1UAXA 1UOCA 3K5MA 3ULDA 1TVRA 1ZBFA 2PYJA 3DM2A 4OPKA 3T19A 1A5WA 2R7YA 4AH9A 1NK5A 3IS9A 2EHGA 3V9WA 3CFPA 1U49A 3CM6A 3KK3A 3AVLA 3AO3A 2XHBA 2HHVA 5CY4A 4CHPA 4DQQA 3QNOA 4KFBA 4B9NA 4KKOA 3AVBA 4YNQA 3IRXA 4JRPA 1B92A 1U4BA 3V1QA 4EP4A 4H4OA 3VQ5A 2IAJA 4DTXA 4OLAA 1D5AA 1YVUA 2HB5A 4RW7A 3OYBA 3ASMA 3SV3A 1WSHA 3SPYA 1S1UA 3VQAA 2G8HA 4DQPA 1I39A 4K8XA 3HVTA 4OGCA 1KLNA 2HW3A 3FFIA 3SI6A 1RBTA 3LAMA 3HM9A 3DRRA 4DFKA 1L3VA 3RR8A 2Z1IA 2I5JA 3OYEA 1KFDA 4KHQA 4DS5A 3QO9A 1SKSA 3EYZA 1BQNA 3LPUA 1WSJA 4DTUA 4HCBA 3DLGA 4CIEA 2HNYA 3QIPA 3O3GA 4HTUA 1L3UA 1CLQA 4HUFA 2HNDA 1HNVA 1U45A 4BWJA 4BE0A 2PZSA 3K58A 3A2FA 4CJPA 1KSPA 5SWMA 4OPJA 4DWIA 3TAMA 3KIOA 5HRRA 4CJ5A 1ASWA 4TSXA 2P5OA 5D3GA 3B6OA 1CZ9A 1KVAA 1ZBIA 5E41A 4Q5VA 4Z4FA 3VQ7A 4G1QA 2DTUA 3DLKA 2G8KA 3HVRA 4CGGA 2ETJA 2VG5A 3HJFA 2IOCA 2ATQA 1HRHA 1TKTA 3PUFA 3ZT2A 1HMVA 3NBPA 3RTVA 2OA8A 2HHTA 1SL2A 3VQEA 4DU3A 4NYNA 4FLUA 3D0PA 1RILA 3HPOA 4PY5A 3ZSYA 4CJKA 1VSEA 4CHNA 3NF8A 4CERA 5KRSA 4DSFA 4DTNA 2G8VA 3L3UA 3QETA 3U6FA 3SNNA 3HK2A 2RPIA 4FLXA 4F2RA 1Q9YA 2HHSA 5KGWA 1VSKA 4B9SA 2HVHA 2OPPA 1YT3A 3LALA 2VG6A 3ZCMA 4CJUA 3V4IA 2BDPA 3KD1E 1IG9A 3P5JA 5J2PA 1SL1A 3KLEA 4Y1CA 4O44A 1EP4A 3ZSXA 1VRUA 4W5TA 3OJUA 4FJGA 4RW9A 4AHSA 5JS2A 4FZZA 3D45A 1NK6A 3PX0A 3NAEA 2O4IA 1T8EA 4CECA 2Z1JA 4OVLA 1NK9A 1WAFA 1FK9A 1Z26A 4OKEA 3TAGA 2OYQA 4NYFA 4QAGA 3RWUA 4CK1A 1RT4A 5J1EA 3KD5E 3WNEA 5K14A 3K5LA 3HSTB 1TKDA 3K5OA 1WSEA 2HHWA 2IGIA 1LWEA 3HO1A 1LAWA 2F8TA 1RTHA 3LP1A 4J2BA 3SYZA 3SCXA 4M3ZA 1BI4A 4FLTA 1CXQA 4B08A 1JLCA 3AVJA 3OVNA 1QTMA 4FK0A 1HYVA 4KV8A 3V1RA 4CEZA 4KHUA 4CEEA 5KTQA 1S1TA 4CIGA 4DU1A 4CFBA 3NHGA 3I8DA 3QERA 5HRPA 1QSYA 4FLYA 2P5GA 1C0MA 1G15A 5SZTA 1VSMA 2YNFA 4PWDA 4ID1A 3ISNC 3ZSZA 3OYKA 3L2WA 1JL1A 4DF8A 3WNGA 1I3AA 4C8NA 4FCYA 3T3FA 4FJKA 4CJWA 2QKBA 1ZBUA 4RW6A 1TKXA 2ZQBA 3SUQA 4GW6A 2YHAA 1WLJA 2YKMA 3ZSRA 4FZXC 2XY7A 4B9UA 3AVIA 4KAZA 2NUBA 3DLRA 2OPQA 1BL3A 4I9QA 4ZTFA 1X9WA 3EZ5A 3VQQA 3C6TA 3I0SA 1U04A 4KB0A 3KKRA 2GV9A 4KTWA 1JLBA 1RBRA 2WOMA 3LZJA 3SPZA 3OYMA 4I7FA 3LP3A 4NCGA 3TR8A 1ZBLA 4E7JA 1NK4A 2KW4A 1KTQA 1RBUA 1S9EA 3ZSWA 4AHVA 4Z4GA 4B9MA 1W9HA 4BDPA 3IG1A 3ALYA 3NFAA 3NF9A 3KLIA 3V1OA 4CFDA 3LANA 4FLVA 1BIUA 1T03A 4DFPA 1F21A 3MXMA 3E01A 4KPYA 3F9KA 2X78A 4O0IA 5FDLA 3TABA 2IDOA 1DTTA 3HXMA 3DRSA 1X9MA 1BHLA 5EU7A 3VN5A 1IKWA 1K6YA 3AVNA 1X1PA 4FJXA 1R0AA 1JLEA 4AHUA 2JGUA 1FXXA 4CK3A 1BIZA 4HVJA 2W42A 1TV6A 1EKEA 3NF7A 4CGHA 2HHXA 2D5RA 1J9AA 4RW8A 4BACA 4FZYA 3AVHA 4HHTA 4QCLA 3VQCA 3QESA 1DLOA 4CGIA 4I9LA 3CFOA 4OJRA 3K59A 4DTJA 4DSLA 4R5PA 4MQ3A 3AVCA 4FVMA 3QEXA 3DLHA 4MFBA 1NJZA 3KLHA 4KHSA 4CEOA 3PV8A 4B8AB 1VSDA 2PYLA 4C8MA 2IS3A 4FJJA 2DFFA 5I3UA 5DMRA 4M3UA 4CJQA 3TAEA 3SUPA 4J2EA 4DFJA 1S6QA 4I2PA 3QEWA 1BGXT 3S3NA 1NK7A 4FJ5A 2ITGA 1TAUA 4Y1DA 3O3HA 4ELUA 3QEVA 2KFZA 2Z1HA 3OYGA 4IBNA 3V9ZA 3HP6A 2GBZA 3LZIA 3BGRA 4FJIA 4AHCA 3THVA 4HCCA 5HROA 2FBYA 3IAYA 4E3SA 2BE2A 3HL8A 3PY8A 3KLGA 3V9XA 1BCOA 1NJYA 1GOAA 3ITHA 1IKYA 1B9FA 1QQCA 3K57A 3LPTA 2X6SA 1JXBA 5KI6A 5KGXA 3L3VA 1EX4A 4DTMA 2XY8A 4CHOA 2XY6A 1T05A 2FBTA 3T1AA 4KO0A 3NE6A 1JL2A 4CJTA 3OYLA 1GOBA 5CYMA 4DSIA 4LD0A 3OYHA 2G8WA 5FROA 1C0TA 1NKEA 4DSEA 2B5JA 4N47A 3QLHA 3VQ4A 3O4NA 3RR7A 3ZT1A 2ZE2A 4JRQA 1LAVA 4FK4A 3JSMA 4CFAA 3LAKA 2FC0A 3VQ9A 1SKWA 4CCHA 3OYJA 4BE2A 4E7KA 2Q3SA 3B6PA 5KRTA 3VA0A 1XHZA 4C8KA 1S9GA 4KI4A 4Z4IA 4CF0A 1WAJA 2F8SA 4DQIA 4B9VA 4J2AA 2QXFA 2JLEA 1TL3A 4CF2A 4FW1A 4FJ7A 1RBSA 1C0UA 1A5XA 2G8UA 1TAQA 2Y1IA 1D9DA 1NJXA 4E1MA 3G10A 3CFRA 2DY4A 4CJEA 2VG7A 1FKPA 4IG3A 4F8RA 2YHBA 4H8KA 4FJNA 5CZ2A 1RCHA 4CGJA 4CGDA 4DMNA 3CQ8A 4FJ9A 4CF9A 3NDKA 1NOZA 4IFVA 2O4GA 4AHTA 1RTJA 2KQ2A 4HUGA 4FLWA 3M8PA 1S1VA 1Q9XA 2HHUA 1A5VA 4N41A 4DQSA 4M3XA 5J2QA 1S6PA 2RKIA 4BE1A 1N6QA 1VSIA 1KFSA 3JYTA 1TK0A 5C42A 3L8BA 2Z1GA 2YNIA 5HRNA 3VQPA 2P1JA 3VQBA 3DI6A 2VWJA 3MXJA 3SUNA 1TL1A 3MEGA 3M8RA 1T7PA 3NH0A 3TARA 1XWLA 4DTOA 5JS1A 1RDDA 3SZ2A 4CJFA 2E4LA 3OYAA 1UA0A 4FM1A 4DTSA 1ITGA 4KTZA 3SUOA 4O4GA 4CF8A 1HPZA 3QEIA 4ELVA 3DOKA 3V9UA 3DMJA 3KK2A 1LW2A 3WNFA 3K2PA 4M3YA 1HYSA 2B4JA 3OS1A 3MAQA 3CG7A 4W5RA 4CESA 3AO1A 4BDZA 3SV4A 1QSLA 1JLAA 3U3GA 1JLQA 3RMBA 4DTRA 2BGGA 2G8FA 3C6UA 4CEFA 1EETA 3KK1A 3LWLA 2OZMA 4FJ8A 3EY1A 4HUEA 2G8IA 1VSHA 4DS4A 1L3SA 3OJSA 4EP5A 4OKJA 5J2MA 1IKVA 4B3OA 2PY5A 3SQ4A 3DOLA 3LDSA 4DF4A 1KVCA 3AA2A 1RDBA 1L3TA 3AVGA 1LWFA 4CE9A 3HP9A 4PA1A 3V81A 3V6DA 1C1CA 3ZT3A 1BISA 3OS2A 3TWHA 3MEDA 3ZSQA 4KREA 3K5NA 4M41A 1U47A 4C8OA 4F4KA 1S1WA 2FBVA 1SL0A 1VSLA 4FM0A 1C6VA 1IO2A 1ASVA 1C1AA 1RBVA 1XI1A 4DU4A 4KHNA 1VK0A 4CHYA 4KB1A 2B6AA 3OYFA 4Z4EA 4CJ3A 2KZZA 4CHQA 3TAPA 4FXDA 1O1WA 1MU2A 2D0AA 3O4QA 1HQEA 1UWBA 4FW2A 2OPRA 2ZD1A 4GVMA 4CJSA 1J5OA 4EZ9A 2KZMA 1FKOA 1Q8IA 1LV5A 1HYZA 4E7LA 1ASUA 3MEEA 3QEPA 4CK2A 1S5JA 3ZT4A 4AILC 4FYDA 1RDAA 3TAQA 2XO7A 4GMJB 4CJ4A 4KHWA 2OZSA 4LH4A 3OS0A 4NCBA 3PO5A 3AV9A 4PQUA 3MECA 3NGZA 4RW4A 4CEBA 4W5OA 3KLFA 1KLMA 3G0ZA 1RNHA 2HNZA 3S3MA 1TK8A 1VRTA 2A1SA 2FBXA 1TK5A 3P83D 2HMIA 4DLEA 1RTDA 1QE1A 4CJLA 3F73A 1BCMA 4FK2A 3AO4A 4ICLA 2F96A 4B9LA 4J2DA 4LSLA 1N5YA 4OKKA 1UA1A 1LW0A 3SQ1A 4C8LA 1QS4A 4DSKA 4E7IA 1J53A 4E1NA 2DFHA 3L2VA 3PX4A 3AO2A 3TANA 1L5UA 4K8ZA 5T7BA 4E7HA 2AJQA 3OYCA 1TKZA 2E6MA 1ZYQA 4JLHA 1XHXA 4B8CA 2QKKA 5HRSA 1BQMA 1WNSA 3CM5A 4ID5A 3C94A 1VSJA 2XY5A 5DK5A 4CHZA 2E6LA 1BI4B 3SJJA 3L2QA 3PO4A 1JXEA 4M3RA 1YTUA 2KFNA 1TGOA 4CEAA 4E19A 1RTIA 1XC9A 4YFUA 3HT3A 3I0RA 1WSFA 4BDYA 3PX6A 3UIQA 1CZBA 4W5NA 2IC3A 3VA3A 4F3OA 1NK0A 4O0JA 5FRMA 4CF1A 3DLBA 4E89A 1NK8A 2DFEA 1ZBHA 1WSIA 1DTQA 3AVFA 3AA3A 3NGYA 1D8YA 2QK9A 1REVA 1CXUA 3RMAA 3BDPA 2RN2A 3RRHA 3NF6A 4ZTJA 4LH5A 1RT2A 4Q0BA 1RT5A 4OLBA 1B9DA 2WONA 5C24A 4FJMA 1Y97A 1X9SA 4FJLA 3QNNA 3ZT0A 4N5SA 3RMDA 3S3OA 2X74A 4Z0UA 2LSNA 4W5QA 4CEQA 4EZ6A 1HJRA 3U3YA 4QOZB 4KRFA 1NKCA 4FM2A 4FJHA 4CGFA 4DQRA 2P51A 3WNHA 1LWCA 4BWMA 1RT7A 4NCAA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1J54A 3CYMA 2BH1A 1GLLO 1XQSC 3P1GA 3M8SA 4M3TA 4OGEA 5AJ3K 4JS4A 1SV5A 3EKSA 4L8RB 3VGLA 1U48A 4KTQA 3AA5X 3RMCA 4CJRA 3L2RA 3LP0A 4RTFD 3O9RA 4CJVA 4DSJA 3SAFA 2HSTA 3TI0A 4Z4CA 1JLFA 2KHOA 4BRLA 1P8ZA 1NKBA 1NJIO 4KI6A 4GV3A 4O55A 2XRIA 3EL2A 3OBYA 5EXWA 2YV0X 4N76A 3QINA 2PFUA 3HI0A 3LWMA 3EE8A 4WE1A 2YNGA 4DFMA 5M1NA 3HPHA 2HHQA 4IFEA 4BRAA 2BANA 4JS5A 4A2AA 2GUIA 5C25A 1RT6A 1ATRA 3I33A 1KCFA 4RG8A 3VGKA 2X6NA 1N32K 5LJWA 1TVRA 1GLAG 4FWNA 2ITMA 3T19A 2R7YA 2VWBA 3UKRA 2EHGA 1U49A 3KK3A 2XHBA 3AO3A 3MN9A 5GIOA 4B9NA 3AVBA 4YNQA 3IRXA 1YF5L 4JRPA 4LFAK 4PL7A 4EP4A 4QS9A 3ZYYX 3WXLA 1D5AA 2HB5A 4KH4A 4E0DA 2A41A 3M5RA 3VEYA 2Q36A 4K8XA 2O8FA 1NBWA 2NRHA 4IEIA 3T7ZA 2I5JA 2ZJQL 4DS5A 3EYZA 5AQJA 5F2RA 3QICA 4LC9B 4HUFA 1HNVA 1U45A 2CH6A 3WXMB 2W41A 5SWMA 4OPJA 2P5OA 5CR4A 3T1HK 5EVZA 3ZETB 4IZ9A 4DV5K 4KBOA 3DLKA 3HVRA 1C0GA 4BRPA 3ZT2A 3EZWA 3NBPA 2HOEA 3OTOK 3J8AA 4PY5A 1RILA 3ZSYA 4CJKA 2G8VA 1HNZK 3U8XA 2RPIA 3I8BA 2HHSA 3HRGA 3LALA 2YJEA 3R9PA 1X3MA 2KLAA 3KLEA 4W5TA 3ZSXA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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