4CIGA

Interrogating hiv integrase for compounds that bind- a sampl challenge
Total Genus 56
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
56
sequence length
152
structure length
147
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRGYSAGERIVDIIATDI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Interrogating HIV Integrase for Compounds that Bind- a Sampl Challenge.
pubmed doi rcsb
molecule keywords INTEGRASE
molecule tags Transferase
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 56
structure length 147
sequence length 152
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-12-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4cigA00
4Z4EA 3I0SA 1TAUA 1HYZA 1ZBFA 3QNNA 1U4BA 1YT3A 3V9WA 4FVMA 4DTMA 1I39A 2GBZA 1X9WA 1QTMA 3ZT3A 3TR8A 4CJSA 1VSJA 3VQDA 4M3UA 4F2RA 1EXQA 2HVHA 3MXJA 4BE2A 1S9GA 3K5MA 2XHBA 4DSEA 1VSEA 2B5JA 4KHNA 2XRIA 1BI4A 2IS3A 4B8CA 1RTDA 3ZSQA 1VSLA 3KK3A 2DFEA 4FLUA 3CYMA 2HB5A 4IBNA 3WNGA 4B9SA 4EP5A 3ZT1A 4BDZA 4PUOA 3K5LA 3PUFA 3LDSA 2VWJA 2Q3SA 3JSMA 4C8OA 1KLMA 2D0CA 1L3UA 3L2WA 3SUOA 2RPIA 3NGYA 4CHYA 4CFCA 3SQ1A 1KFDA 3CFOA 4DU4A 3TAQA 4F8RA 2F8TA 2KW4A 4DFJA 1HYSA 3AVJA 3K2PA 4CEDA 4OPKA 1NJWA 4CHQA 2HHSA 4Q5VA 1CXUA 3BGRA 1C1AA 1XHXA 2F96A 4RW6A 4IFYA 4FJGA 4CHOA 4NCAA 3OS0A 3QIOA 3LWMA 3MEGA 4J2AA 4CGFA 2QKBA 4FLTA 4HCBA 3LALA 1D9FA 2BDPA 3AVKA 1RDCA 4HUGA 4DG1A 3TWHA 3F9KA 1RNHA 1FXXA 4FW1A 4J2BA 1LWEA 4JS5A 4F3TA 4HHTA 3WNFA 4W5QA 4KREA 4N47A 3C6UA 3C6TA 3DLEA 1C0UA 2OZSA 3QETA 3DLHA 3PX4A 1C1CA 5KI6A 4CJ4A 4L8RB 2YKMA 4NYFA 1HNVA 1S9EA 4JRQA 4CEZA 1VSIA 1JLEA 1LW2A 3DMJA 3NF6A 3SYZA 4EZ9A 4BDPA 1JLQA 3VQBA 3S3MA 2W42A 3F73A 3CM5A 1HPZA 3B6OA 3L2VA 1CXQA 2OPPA 3NHGA 1SL1A 4F2SA 1WSEA 1XWLA 4OKEA 3DOLA 4DTSA 4KV8A 1S1VA 1GOCA 3VQEA 2GV9A 3S3OA 3KK1A 4BWMA 2G8IA 4KO0A 1EETA 1TL1A 4O0IA 3OYNA 2G8KA 3RRGA 1RDDA 3QEIA 1QSSA 5FRNA 4B9UA 4M45A 4CJ3A 2PYJA 3JYTA 3VQ8A 4AH9A 4QCLA 1HYVA 1B92A 1XHZA 1KTQA 2A1SA 1NK7A 1ZBIA 1TAQA 4KTQA 3K5NA 1Y97A 4CJWA 4W5TA 3TANA 1SL0A 4FW2A 1LWFA 4FJ9A 3WNHA 3O3FA 4N5SA 1EX4A 4CECA 2I5JA 1QS4A 4CK2A 2D0BA 4E1NA 4CHNA 4DQRA 4CJTA 3QEVA 3AO4A 4CGGA 3V1RA 1KCFA 3OYKA 2X6SA 3L3VA 3EZ5A 1BGXT 3NFAA 1KVAA 1QHTA 1VK0A 2D0AA 4RW9A 4FK4A 3AA4A 2AJQA 4CIEA 4DTNA 2VG5A 1VSHA 1L3VA 3OYJA 4DTXA 3ZT2A 1T8EA 2JLEA 1NK8A 4DSLA 1C0TA 3I0RA 3TAEA 4BE1A 2Z1JA 2DFFA 3DRSA 4I7FA 1YVUA 2IDOA 3OYIA 1UA0A 1NK6A 1J53A 3OS2A 4R5PA 3G0ZA 1GOAA 4Z4HA 4Z4FA 1S1XA 4IDKA 2KFNA 1RT7A 4WE1A 4OJRA 5C25A 4CJ5A 5J2PA 1NJXA 3LAMA 3DYAA 1KSPA 4KHWA 4KHQA 3IAYA 2E6MA 3H08A 3NF9A 3OYGA 4E7JA 4MFBA 4OGEA 1VSFA 2IAJA 3RMAA 2O4IA 2G8FA 1NOZA 4B08A 3AVBA 3RMBA 1G15A 4CJPA 4O55A 3D45A 1XC9A 4LH5A 1U45A 5T7BA 1HRHA 3V81A 4FJKA 3OVNA 4FLZA 4J2EA 3HJFA 3M8PA 1T05A 1EP4A 4RW4A 4E1MA 5J2QA 5HLFA 4KHUA 1VSKA 4F4KA 1IKYA 1RDAA 1JLBA 1U04A 5HROA 1JL2A 3KLEA 3SI6A 4M3ZA 2KZZA 2KQ2A 1Q8IA 2IOCA 5HRPA 2ETJA 1W0HA 3P5JA 1Z25A 1HQEA 3VQAA 3TAFA 4TSXA 4UQGA 3NH0A 1U47A 3DLKA 2FC0A 4CEOA 3EY1A 4FM2A 2XY6A 4G1QA 3V1OA 2Y1IA 1N6QA 1D8YA 2XY5A 4PY5A 1WSFA 3SV3A 2PY5A 1X9SA 4C8NA 2IC3A 1A5VA 3UIQA 5FDLA 4DTPA 4FZXC 3M8QA 3SQ2A 4FK0A 2FBTA 3PO5A 4M3WA 4OKKA 4RG8A 3KIOA 4OVLA 3NGZA 4IFVA 1S1WA 4B8AB 3VQPA 3IRXA 3KD5E 2OA8A 3DI6A 4E89A 2OPQA 1HQUA 1HMVA 3RMDA 1RBTA 3QNOA 5C42A 4DF4A 5HRNA 2XY7A 1YTUA 3OYMA 4CF8A 1VSDA 2G8VA 1TKZA 1LAVA 3LPTA 3KK2A 4B9LA 4IKFA 4LH4A 1B9DA 2KFZA 3VQQA 4PA1A 4M41A 5HRSA 4M3TA 4DMNA 3HPOA 1Q9XA 4N76A 2YV0X 2QK9A 4M3XA 1Z26A 4CJRA 1Q9YA 1KLNA 2O4GA 4KI4A 3KJVA 3AVCA 3M8RA 4JLHA 3AVLA 3ZSYA 4FCYA 3SNNA 4CEEA 4FJ8A 3HK2A 4OLAA 1NJYA 1RTHA 3VQ4A 4FLWA 1NK4A 4KRFA 4LSNA 4N41A 1YTAA 4CJQA 3LP2A 3SQ0A 3AVAA 1S6PA 1S6QA 4CFBA 4E7IA 3RR8A 2HW3A 4Z0UA 4FLXA 4E7LA 4O4GA 3AA5X 3K59A 4YNQA 4DSFA 3ISNC 4W5RA 3VQ7A 4DLGA 4AHVA 4KTZA 1EKEA 2FBVA 3LP3A 1C6VA 3QEPA 4DS4A 2XO7A 3HM9A 3V4IA 3ULDA 3QERA 4M3RA 2DY4A 4GMJB 3C94A 1S1UA 3B6PA 5CYQA 2VWKA 1I3AA 2EX3A 4DSIA 4OGCA 1BCMA 1KFSA 3S3NA 2RKIA 3I8DA 2YNIA 2DTUA 3HP9A 3HP6A 2E4LA 4CJFA 1UA1A 2WOMA 4EP4A 4LD0A 1TK0A 1U49A 3DRPA 5CZ1A 4CF0A 5J2NA 2GUIA 3M8SA 4ELTA 1A5WA 4CF9A 1BHLA 3T19A 3PY8A 1HNIA 2LSNA 4KFBA 4KKOA 4CF1A 3V9XA 1ASWA 1ZBUA 3BDPA 3VN5A 1BIZA 4CJLA 5CYMA 3DLBA 3AVHA 5E41A 4DQPA 1RCHA 5J1EA 2E6LA 4BACA 1KRPA 1TK8A 1HJRA 1WNSA 5I42A 3OYFA 4ZTJA 3KTQA 4MQ3A 4BE0A 2VG6A 3RTVA 4AHRA 3FFIA 1IH7A 1TV6A 3O3GA 4FJMA 1TKTA 3NGIA 4HUEA 4DWIA 3KKSA 4FXDA 4DU3A 1LWCA 1IKVA 1D5AA 3QLHA 1BISA 4FZYA 2P5GA 1C1BA 4AHCA 2KTQA 3VQCA 1TL3A 4K8ZA 2HHWA 1JXEA 4DLEA 3T1AA 3ASMA 2YHBA 4NCGA 3QESA 1QQCA 1SKSA 1J5OA 4Z4GA 3OJUA 4DTRA 3PX6A 1DLOA 2ITGA 3V6DA 1N5YA 2HNDA 3VQ6A 3QEWA 1BQNA 4ICLA 1BI4B 3HPGA 2ZD1A 2QKKA 5FROA 1RBSA 3S9HA 3NAEA 3SV4A 3RMCA 1QSYA 4QOZB 3IG1A 3A2FA 4DU1A 3QEXA 1JLGA 3AVMA 3P1GA 1UWBA 1DTTA 3AA3A 4H4MA 3T3FA 1L3SA 2OZMA 4Y1CA 3ZSRA 3OYDA 3LANA 4LSLA 5DMRA 2G8WA 3MECA 2X6NA 3PV8A 4CE9A 1TK5A 1RT4A 4CEFA 3KLHA 3NF8A 4N56A 3SPZA 4B9VA 2BANA 4H4OA 4J2DA 3E01A 3AVGA 4DTOA 3HL8A 4OLBA 1GOBA 1WN7A 2P5OA 4CCHA 4FJXA 2F8SA 4B9MA 3V1QA 2X78A 3DLRA 4B9TA 5KGXA 3PO4A 3L2RA 3NE6A 3TAMA 3AO3A 1VSMA 3ZSXA 4O0JA 3TAPA 4KB0A 5JS1A 1D9DA 1LAWA 3HPHA 1ITGA 1SV5A 1ZYQA 3LZJA 1ASUA 1WSHA 4FLYA 1NOYA 1WSGA 4AILC 4ID5A 1JLCA 1WLJA 3CFPA 5J2MA 2WONA 4CFDA 1SKRA 4CK3A 3MXMA 4ZTFA 2FBXA 1T7PA 2B4JA 4K8XA 3NBPA 3C95A 2YNFA 2HHQA 3NDKA 4LY7A 4W5OA 1UAXA 4RW7A 4BDYA 2ZE2A 3QIPA 3QO9A 4OPJA 3SPYA 4GVMA 4KHSA 2BGGA 3OYHA 3HVTA 4AHUA 3SUQA 3OYEA 3TAGA 2RF2A 4CFAA 1ZBHA 2ZQBA 4DTUA 5SWMA 5KRSA 3ZSWA 3QINA 3ZT0A 1CLQA 1JLAA 1CZ9A 3V9UA 5FRMA 3OYLA 3CFRA 4H8KA 2G8UA 4GW6A 3PX0A 4FJNA 1KVCA 3DLGA 1QE1A 4CGIA 4IG3A 3SJJA 4EZ6A 1O1WA 4FJJA 1W9HA 2P1JA 2X74A 4CGJA 5KRTA 3NCIA 4DF8A 4OKJA 5JS2A 3TARA 1IO2A 4C8LA 3SZ2A 4YFUA 3KKRA 4FK2A 1NK9A 3DM2A 1NKEA 4E0DA 2KZMA 4O44A 4RW8A 1LW0A 4DFPA 2HHVA 4KTWA 4I2QA 4CIGA 3THVA 2QXFA 3AVFA 1J9AA 3L2UA 2Y1JA 4DFKA 1JL1A 4ZHRA 3KLGA 1MU2A 3CG7A 4KB1A 3SUPA 3DOKA 4E7HA 3AO2A 1R0AA 1RT6A 3O4QA 2BE2A 4BWJA 4Z4CA 3K58A 4C8KA 4CF2A 3SUNA 1RT3A 3LZIA 1NKBA 3ITHA 4AHSA 4CHPA 2OPRA 3TI0A 1IKXA 4KHYA 5C24A 4Z4IA 3IS9A 4HVJA 3RWUA 1ASVA 1B9FA 4JS4A 1WAFA 1BQMA 4E7KA 3OYBA 2D5RA 3U3GA 5KGWA 1TKXA 4FLVA 4ID1A 1REVA 2A1RA 4DQIA 3AVIA 1LV5A 3V9ZA 1TVRA 5HBMA 2HHUA 3K5OA 3LWLA 2HNYA 2XY8A 1JLFA 2PZSA 2HVIA 1NK0A 4FJHA 1CZBA 3O4NA 4IG0A 4CJEA 5KTQA 1U48A 3AO5A 5D3GA 4I2PA 3V9SA 5HRRA 4KAZA 3ALYA 3LAKA 4JRPA 3VQ5A 4ELVA 1VRTA 3OS1A 4NCBA 3HVRA 1A5XA 3HXMA 4Q0BA 2YHAA 1WSIA 2HMIA 2R7YA 2YNHA 4CESA 1SUQA 4DSJA 1C0MA 1IKWA 4FYDA 3HSTB 4PWDA 1X1PA 4CEAA 5HP1A 2PYLA 3RRHA 1TKDA 1RT5A 4I9LA 4DQSA 1NK5A 1JXBA 2B6AA 4DFMA 2YKNA 4NYNA 4M42A 3NF7A 1RILA 2ATQA 2OYQA 1WAJA 3HT3A 2HNZA 3OYCA 3MXIA 3OJSA 4CHZA 3AV9A 1BIUA 1RDBA 1TGOA 1J54A 1DTQA 3MAQA 1QSLA 1L5UA 3ZCMA 3OYAA 3U3YA 3RR7A 4FJ7A 4HTUA 4CGHA 4W5NA 3L8BA 3U6FA 4PQUA 1S5JA 3HYFA 5CY4A 1RBVA 3K57A 3AA2A 3EYZA 3D0PA 3SCXA 2G8HA 4CJVA 1S1TA 3ZT4A 1NJZA 4HCCA 3MEDA 4CGDA 3O3HA 4DSKA 1XI1A 1RT2A 3LP1A 2FBYA 4CJUA 2YNGA 3LPUA 3DRRA 5EU7A 3OY9A 4HUFA 3KLFA 1ZBLA 3NH1A 1WSJA 3AVNA 4DTJA 2NUBA 4E19A 2IGIA 3CM6A 5K14A 4F3OA 4CEBA 3NH2A 3LP0A 1KVBA 3ZSOA 4AHTA 1RBUA 3L3UA 4ELUA 4KI6A 4QAGA 3G10A 3P83D 3VA3A 1BCOA 1FK9A 4DS5A 1VRUA 4O5BA 4FZZA 3L2QA 5DK5A 3VA0A 1T03A 4B9NA 1SL2A 2JGUA 3ZSVA 1K6YA 2HHXA 4FJIA 2Z1HA 4Y1DA 3WNEA 2EHGA 4CERA 1RBRA 3SQ4A 4FJLA 1SKWA 4FM0A 1RTJA 1JKHA 1IG9A 1FKOA 1FKPA 5SZTA 3CQ8A 4I9QA 4C8MA 2HHTA 2RN2A 1RT1A 1F21A 5CZ2A 4CJKA 4XIUA 1NKCA 4FJ5A 3KD1E 4E3SA 4CIFA 3MEEA 2VG7A 4M3YA 2OPSA 2DFHA 1BL3A 1UOCA 2P51A 4CK1A 4FM1A 4DQQA 2Z1GA 4KPYA 4B3OA 3AO1A 1X9MA 3VQ9A 4CEQA 2Z1IA 3TABA 5I3UA 3HO1A 3KLIA 1RTIA 1L3TA 3ZSZA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1TAUA 1U4BA 3THYA 1YT3A 3V9WA 3ZT3A 4K25A 4CJSA 1VSJA 4M3UA 3FZHA 2HVHA 5AQYA 2B5JA 2WFBA 2DFEA 2HB5A 4YORA 3WNGA 1ESVA 4BDZA 3PUFA 2VWJA 2YCHA 1NGEA 1KLMA 4IWVA 2RPIA 4FWRA 2BTFA 3AVJA 4OPKA 4EHTA 2HHSA 4Q5VA 3BGRA 2F96A 4FJGA 4NCAA 3OW2M 3M3ZA 1D9FA 3IFRA 1XQSC 2P9NB 2CH5A 3TWHA 1XNQK 4G9ZA 4JKGA 3W3DA 2IVOA 4LF6K 2FXUA 1JCFA 2CGKA 5KI6A 2FF3B 1S9EA 2F9TA 3NF6A 4B1ZA 4BDPA 2E88A 3S3MA 3F73A 1NGHA 4X66K 5FPEA 3NHGA 1XNRK 4X64K 2F7TA 4ISEA 2GV9A 4KO0A 4GV3A 3RRGA 5FRNA 4B9UA 4M45A 5AJ3K 1J6ZA 3A5OC 2PYJA 3FE1A 3T1YK 1B92A 1KTQA 1NK7A 3UKRB 2CH6A 3G4SN 3K5NA 1Y97A 3ATUA 4FW2A 1LWFA 4C1NI 3WNHA 2I7NA 4U67L 3O3FA 3J7YP 3FZMA 4KH4A 3VESA 4JHDA 3EZ5A 3TSUA 1BGXT 3LDOA 2D0AA 2OTJN 1LCUA 3J7AP 4DTNA 1EO1A 3ZT2A 1NK8A 1C0TA 1HKCA 4GVEA 4BE1A 2Z1JA 3P38A 3G6EN 4Z4HA 5BRDA 1S1XA 1RT7A 2KKZA 4OJRA 4CJ5A 3PSIA 2D4WA 4PL8A 5CR4A 3CCQN 1XUPO 2O4IA 1VSFA 2IAJA 2G8FA 4B08A 3RMBA 1G15A 3I8BA 3D45A 4LH5A 1VQON 5T7BA 1U45A 3V81A 3O9RA 3OVNA 5FLXO 2A3ZA 3C6AA 2PBDA 2CGLA 4KHUA 1VSKA 2D0PA 5AQSA 4F4KA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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