4IOCL

Crystal structure of compound 4f bound to large ribosomal subunit (50s) from deinococcus radiodurans
Total Genus 19
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
19
sequence length
104
structure length
104
Chain Sequence
RRKLRTRRKVRTTTAASGRLRLSVYRSSKHIYAQIIDDSRGQTLAAASSAALKSGNKTDTAAAVGKALAAAAAEKGIKQVVFDRGSYKYHGRVKALADAAREGG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords 23S ribosomal RNA
publication title Novel 3-O-carbamoyl erythromycin A derivatives (carbamolides) with activity against resistant staphylococcal and streptococcal isolates.
pubmed doi rcsb
molecule tags Ribosome/ribosome inhibitor
total genus 19
structure length 104
sequence length 104
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-01-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
L PF00861 Ribosomal_L18p Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4iocL01
5DM6L 1OVYA 3DLLL 2ZJPL 5GAEP 3CXCM 2QA4N 4WFNL 1VQLN 1VQ9N 4UY8O 1YITN 3CMEN 1YJ9N 3CPWM 1K73O 3CCMN 1ILYA 2OTLN 5JVHL 3CCUN 3CCEN 3CC2N 3CCRN 1S72N 1K8AO 5HL7L 3G6EN 5H1SQ 1VQNN 3CCJN 1YJWN 3PIOL 1VQON 1YI2N 1M1KO 1VQ5N 3CMAN 3CCVN 3I55N 1Q86O 4U67L 4WFBL 4IOAL 1M90O 1VQ8N 5MLCQ 1VQMN 1VQKN 1JJ2M 3I56N 3J7ZO 2ZJRL 2QEXN 3G71N 2OTJN 1YJNN 1QVGM 1KC8O 1N8RO 1VQPN 3CF5L 1VQ7N 1W2BM 5GAHP 3CC4N 1KQSM 1Q7YO 1VQ6N 5JVGL 1KD1O 3CCQN 1Q81O 3CC7N 3CCLN 4WCEL 4IO9L 4IOCL 5GADP 3PIPL 5DM7L 1QVFM 3CD6N 1Q82O 4WFAL 5GAGP 2ZJQL 1K9MO 1NJIO 1YHQN 4WF9L 3CCSN 1YIJN 1VQ4N 3OW2M 3G4SN
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2E1ZA 2P9SB 4MDBA 5LJVA 2ZJPL 3SQ1A 4BR0A 4X65K 4FWNA 3EYZA 2VCPA 1MWMA 3S41A 4HVJA 1CLQA 2YNFA 5KRSA 1TYQB 2NRTA 1NGGA 3LP3A 2W40A 3KLIA 1VQ9N 4K8XA 4QCLA 2QM1A 1EKEA 1K73O 1U2VA 4NB4A 2PBDA 1RBSA 5FPDA 2P9KB 4BY9C 4Z4FA 4JD2B 3P4IA 2BE2A 4DR2K 2RF2A 1K8AO 3L0QA 4FSVA 3SQ0A 4FJNA 1YXQA 1TAUA 2O8FB 5AQJA 1S1VA 1RDDA 1OKJA 4ISFA 4DV4K 4I9QA 5CZ1A 4BDYA 1RTJA 4DR1K 4G9ZA 2QW9A 4WQ5A 4B9TA 1KSPA 2P5GA 3QBXA 4E7HA 2YKMA 3OYCA 1NK7A 2NUBA 1NK8A 3LDSA 4FJHA 1JJ2M 1KXPA 1KTQA 1KAXA 3OYAA 3M8PA 3O6WA 1W9HA 2ZJRL 4DWIA 3A5OC 3C94A 2KHOA 5BN9A 4B1ZA 2G8UA 1WSIA 2HVIA 4CBXA 2HHXA 3OY9A 2PFUA 3VEXA 3O9QA 2OPPA 4EZ6A 4OLBA 4CF1A 3AAQA 4RW9A 2YNIA 3D2FA 3VENA 3NF7A 1GLFO 4OPJA 1XMOK 4M3RA 3NBPA 1RFQA 1KLMA 2HF4A 5EVZA 4KHQA 2HVHA 4CGHA 3J7AP 3IRXA 2ZJQL 3ZETB 4CHPA 2QWQA 4L8RB 3ENOA 5EY4A 2GELA 3NDKA 1K8KA 3HPOA 2P9NB 2HNDA 1A5XA 1FKPA 3G4SN 1JXBA 3AO4A 2GUIA 4GKJK 4FJGA 3IKMA 5FPEA 4AM7A 3JYTA 3ZSVA 1EP4A 2HMIA 5AQKA 3GE1A 4CK1A 2WOMA 2QTDA 1ASVA 2O8CA 3MEDA 4ID5A 3RMBA 4E1MA 1BL3A 3TPQA 4M3YA 3VQ5A 3Q7CA 3ENHA 1S72N 3HRGA 5GINA 1QZ6A 3FLCO 3QICA 4DQSA 4B9UA 3U9DA 2KQ2A 3CCJN 3PIOL 1S1TA 1VQON 2DPNA 3FFKB 4DV1K 1K6YA 3LDLA 3DLRA 1HNWK 1FKOA 3IUCA 3K5MA 4F2RA 3SJHA 3ZSRA 3LP0A 5BR8K 3BF3A 4JI7K 2G8HA 4IOAL 1SQKA 3M3ZA 1XQSC 4FPBA 3ZSZA 2QI2A 1VQMN 3S3OA 2A41A 2QXFA 5EU7A 2FLOA 5KQ8A 3RR8A 5BPMA 4M42A 1W0HA 3G10A 3AVCA 1YJNN 1N8RO 3QB0A 1T8EA 2V51B 1MA9B 1FJGK 1NGCA 3K57A 3TABA 4BG9A 4MFBA 1S5JA 3OBWA 1S1WA 3CM5A 5LMUK 2KLAA 3SAGA 3HXMA 4ISEA 4F4KA 3T1AA 3PX0A 4IO9L 4A2BA 3THYB 3T69A 4H0OA 2O8EB 3VTIA 3L3VA 4AHCA 4BGBA 1YF5L 4BVOA 1SL1A 1C0TA 3F5TA 3RTVA 3DOKA 2G8VA 2BH1A 1ZBFA 2D0AA 4EHTA 1HR0K 1LWFA 4JKGA 1GOCA 5M1FA 3TAEA 4KAZA 5GAEP 4CGJA 1GLEG 4A61A 5BRFA 4J2AA 4WQ5C 3C6HA 3OJSA 3KZBA 4Z4EA 1SKRA 4AHUA 1KVAA 5A2QO 1NNEA 1NGAA 2PYJA 4DV7K 2LSNA 5JVHL 4CJ5A 1NGHA 3NAEA 4JI6K 4M63C 2XO7A 5M1NA 4M7XA 4KHSA 2ZGYA 1JCFA 3VN5A 4E7IA 4K0KK 2NZTA 2X78A 1VK0A 4BE1A 1X9MA 1SZ2A 2AA4A 2RN2A 2KFZA 1BIUA 4DTMA 4BRIA 3SMPA 4PWDA 1GOBA 4GKKK 4IKFA 5AZIB 1QQNA 1RDAA 2IVNA 4K43A 2VGMA 2P9SA 4B9NA 4JK7A 5GIOA 1LAVA 1TUYA 4GVMA 3K0SA 1T03A 3I56N 1TYQA 2ATQA 4ILHA 1QS4A 4I6MB 4XH5A 4C8NA 4DS4A 4OPKA 1CXUA 4JI2K 1BCMA 3R8EA 1I39A 3P1GA 3WXIA 1D5AA 2P9KA 4PL8A 5JVGL 4HTLA 1ASUA 3AAPA 3MDQA 4JD2A 3OYJA 4WCEL 4N5SA 4DSLA 3RRGA 4RW4A 3LPTA 4JS5A 3L3UA 1UA0A 4JRQA 3NGYA 4LF9K 1B92A 4H8KA 3SBGA 2RHKA 1JLFA 1Q82O 1P90A 3TTFA 4WFAL 1IH7A 1Z05A 3O80A 2IAJA 2O8FA 3ENBA 2NRXA 4RCHA 3QNOA 4W5QA 2ZD1A 3RVCA 1JL2A 2NRHA 1HNIA 4IXCA 2FSNA 4YOUA 3FFIA 1SKWA 3R9PA 4OPAA 1CZBA 1HNVA 4OKEA 4O5BA 5ADXA 2QWLA 4PKGA 4BR4A 2VQEK 4EHUA 2BTFA 3KTQA 3BGRA 1S9EA 2Z1GA 1BGXT 2RKIA 1SS6A 3VEYA 4FK0A 2P9IB 4KRFA 3CC2N 3CCRN 3V9SA 4B9LA 4KB0A 3I33A 3U8XA 1IKXA 2CH6A 4BR5A 5H1SQ 3HVTA 3HSCA 4OGCA 3PO4A 4BR7A 3HOTA 2OCEA 3W0LA 5SWMA 3G0ZA 3PY8A 3TI0A 1T05A 3SAFA 4F2SA 1J6ZA 2W6KA 4KH5A 4KREA 5J2PA 4H5TA 4CK3A 3ZETA 3J7YP 3TSPA 4E7LA 3QO9A 3V9XA 2G8WA 2P9NA 3A0IX 1XNQK 1S1UA 2YV0X 3LM9A 1VSJA 4I2QA 3ZYYX 1ZXOA 2QXLA 1G15A 3L2UA 2GV9A 5AQQA 4OGEA 4QS9A 3DAWA 4UQGA 3LALA 4A57A 1BUPA 3CPEA 4A62A 3WXMB 4B3TK 4H0XB 4CEEA 1WAJA 2HBMA 4FLYA 2PYLA 1TKTA 3PX4A 2HBKA 4B3MK 5AQWA 1KLNA 4W5OA 4C8LA 1HQUA 1VSHA 3RR7A 3K9KA 4BVPA 4CEZA 4BDZA 3O1BA 1IG8A 3LM2A 3HTVA 3CD6N 4Z4GA 3J8AA 3LDOA 1N36K 4JKCA 3WQTA 4CFBA 2QK9A 1FK9A 3A8YA 4BDPA 2W41A 4H5WA 4B9SA 3DLBA 4JS4A 3ZX2A 4Q0BA 3A5NC 3EL2A 3NHGA 3IFRA 3UB5A 5AQMA 3OYHA 3IG1A 4AILC 2ASPA 1NGEA 1IJJA 5DK5A 4JV5K 4I9LA 4CZHA 1U47A 4CIEA 2YNHA 1U45A 5JS1A 4RW6A 3G6EN 4DV5K 4DQIA 3RSEB 3O4NA 1NK0A 1HYVA 3PSFA 3OTOK 3THYA 2O8EA 3CIPA 1QHTA 2YJEA 3DM2A 1VQ5N 3H1QA 1HJOA 4FJ9A 4DSIA 3NF9A 3DXKB 1QQOA 4H0VB 3ZEUB 4B3RK 5KGWA 2OYQA 2IGIA 1YTAA 4CJUA 1GLBG 4FJKA 3CERA 3F2KA 4Z0UA 4GW6A 3L8BA 3VEWA 2D0CA 4FW2A 1NK5A 3HT3A 4EFHA 2A1SA 4O8UA 3EE8A 4CIGA 2I5JA 2F9WA 1RDCA 1XMQK 1HYZA 3FZMA 5GAHP 5C15A 1VRTA 3TAGA 4IFYA 4FLZA 3CFOA 2IS3A 5F2RA 4FOIA 2B4JA 1C6VA 2HF3A 4CF0A 4IOCL 4RWTA 1QQCA 3UKUB 3ZT4A 5J2QA 2CGLA 3HPHA 1Q18A 3HI0A 4IJAA 1WOQA 4DSFA 2QWMA 1WB9A 4PKHA 3OYLA 5BRDA 3OS0A 4LF7K 2OPRA 1EWRA 1TGOA 2VWBA 2E6LA 1UA1A 2V7ZA 3V9ZA 4KHYA 1S9GA 2FSKA 5AZIA 3SPZA 4CJ4A 3RMAA 1VSKA 2WFBA 1VSIA 3SYZA 3AARA 2DFFA 2OPQA 4UY8O 2E2NA 2YKNA 3JXUA 1TKZA 3CMEN 2FBYA 4KHWA 1NU0A 4IDKA 1ZBSA 4PY5A 4I6MA 4M41A 3DRSA 1J5OA 1NGFA 5C42A 3ZT2A 5FPMA 5HRSA 4FWLA 4B9MA 1KAZA 4CZFA 1ESVA 3MK6A 5HBMA 2DTUA 4B3SK 2P9PB 3SMSA 4H5RA 4FJ5A 3THXB 1E4GT 3H08A 3SV4A 2QWNA 4FWRA 1M1KO 5FLXO 4W5TA 1X3NA 4X62K 2X6NA 4FZXC 4Z4IA 5JMVA 2GBZA 3ZSWA 1TL1A 4CJQA 3ZSQA 2UUAK 1HJRA 2HNYA 1L3TA 1VSDA 4DQ8A 4H4MA 4DG1A 4Z4CA 2ZE2A 3H6EA 3O9RA 4ZTJA 3WQUA 3R3LA 4QS7A 5C2FA 3QDKA 4JK9A 5SZTA 4NLBA 3C65A 3DWLA 1HKGA 4CEQA 4NYFA 1KVBA 4AQYK 3ID6A 1EO1A 5I42A 4ID1A 3VQ4A 3TANA 1Q9YA 4LFAK 2P9IA 4M3WA 2G8KA 1Q81O 3VETA 3SBTA 4DFJA 3AVAA 1Y64A 1CZAN 3O9UA 1S6QA 4CE9A 1NKEA 2DFEA 2OZMA 3DMJA 5GADP 1XNRK 3UKRB 2O8DB 4ISGA 4KH4A 5KGXA 3VQ7A 4CHOA 1X3MA 3P38A 2HW3A 2DFHA 3O5BA 5LMNK 1DTTA 5AQIA 3KWIA 3DXMB 3QNNA 1WSEA 4YOWA 1XI1A 3MCPA 2V7YA 4HTUA 1L3VA 4LH4A 1GLJO 2YHWA 1TK8A 3TSQA 4FLXA 1UAXA 3VQEA 4BQLA 3IAYA 2A5XA 4YOYA 5BREA 4BG8A 4KHNA 3KVGA 1IO2A 5T7BA 4OVLA 4DLEA 3AO2A 3H45C 4KI6A 4B9QA 2PY5A 1EXQA 5HOOA 3VGLA 2FBTA 5AQNA 4C8MA 3QFUA 3PO5A 3KKSA 3DLGA 2YHBA 2KTQA 2VQFK 1T7PA 3HM8A 1YUWA 1QTMA 3MN7A 4JK8A 4IOXA 4GV9A 3CCVN 3DLKA 2Q0UA 3P83D 3AA4A 4JNEA 3MEEA 4FM1A 3OVNA 1M90O 1KCFA 2Q2RA 5IT9O 4DQRA 4Y1CA 4V19S 2P9LB 4OPHA 1C0FA 4CGDA 1VHXA 2ZM6K 4E7KA 4FZZA 1C0UA 2CGJA 3J7ZO 4BRDA 1N34K 3JAMO 2OTJN 2DY4A 1KC8O 4AHRA 3O3FA 1RT1A 2ZQBA 4BQZA 3CF5L 4H03B 2EHGA 1JLQA 3AGKA 3LDPA 3C6UA 2D0PA 3HP9A 5EXWA 3CQXA 4DTUA 3FZFA 3OYBA 2ITMA 1BU6O 4WE1A 3C6TA 1Z26A 1WSFA 2GEMA 4I7FA 4L3QA 3RSEA 2GTDA 3QIOA 3VF6A 2Z1HA 3SUNA 4N41A 1Z6RA 3BP8A 1ITGA 4H0PA 1QE1A 2I7PA 1OVQA 1HNXK 3RRHA 3LANA 4CEFA 2YX6A 2UU9K 3DXKA 4IFVA 2P5OA 4CVNE 3ZEUA 3KK7A 4QS8A 3QMLA 3ZCMA 4XIUA 5D3GA 4DR5K 1U49A 3VGKA 3V1QA 4FLWA 3MX5A 3K5LA 3E1YA 1NG9A 3MX2A 3KHYA 4FM2A 5AFUH 3F73A 5CYQA 3ZX3A 1ATRA 3D6RA 3SUQA 1TKXA 1VSEA 4FVMA 1HPZA 3P31A 5C25A 1XWLA 4C1NI 1LWCA 3I0RA 2F7TA 2VWJA 3VQ8A 3SK3A 2HHQA 4X64K 2XY7A 4H0TB 3BEXA 3UKUA 4IFEA 1BA0A 2WC9A 4ILGB 4BC5A 4Q5VA 4DU4A 3SZ2A 3I0SA 4FOEA 3L2QA 1WBDA 1RT2A 2ASOA 1ZBUA 3QIPA 1SKSA 2BDPA 1E4FT 1KFSA 4Y1DA 3THVA 3IS9A 4NCGA 2NRZA 4HUEA 3MECA 2OA8A 3R1XA 3P5JA 1U04A 4MO4A 1NGJA 4N47A 4KB1A 3CJBA 2XY8A 3O3GA 3ZSOA 3OHRA 4IBNA 1JLAA 1FXXA 3KD5E 4NCBA 2ETJA 4DFKA 4JHDB 1NGBA 4A2AA 1D9FA 3AVBA 1NKCA 1YT3A 1NJWA 2Y1IA 4DF8A 4OJRA 1BISA 2E20A 2HHHK 3W3DA 1NMNA 4FJMA 4F3TA 3OYDA 4KH6A 2WTUA 1TKDA 3EN9A 1S6PA 3WNFA 2P9PA 3QEIA 2IVOA 4CJFA 4JKAA 2I7NA 3BUZB 3THXA 2NNWA 1NWKA 2GWKA 3O8MA 3L2WA 4CJTA 4CJKA 5CHIA 2YNGA 4BC2A 4ILJA 4YNQA 1YIJN 3KKRA 3HL8A 4BC3A 2D1KA 5C10A 3RMDA 3EE9A 5AQRA 4OKKA 3OJUA 5CY4A 1DLOA 3TAMA 1TVRA 3K59A 4RW8A 4Z4HA 4DQPA 3T3FA 2NRVA 4CD3A 1WNSA 3IMXA 1NOZA 3MWTA 4LF4K 2HBLA 4DR6K 3SUPA 3V1OA 2OANA 4DTSA 4FLTA 3WXJA 1QQMA 5FROA 3NF8A 3VEOA 5TKYA 4FJXA 1VSLA 2FF3B 4JI8K 1TV6A 3NMUA 3CYMA 3MAQA 4HUFA 2HHVA 1W7AA 1VQNN 4B1XB 3M1FA 4N56A 3NH1A 3LP1A 1JCGA 1U6ZA 3UKRA 2O8DA 1JXEA 3SLCA 3CMAN 3QEPA 3CJ7A 4BRNA 5FPNA 1J53A 1RTHA 1S3XA 5HROA 2UXBK 2JGUA 4CGIA 4IWVA 3A5MC 5KRTA 2KKZA 1V4SA 1VQ8N 3TARA 3DXMA 4LFCK 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5DM6 L;  1OVY A;  3DLL L;  2ZJP L;  5GAE P;  3CXC M;  2QA4 N;  4WFN L;  1VQL N;  1VQ9 N;  4UY8 O;  1YIT N;  3CME N;  1YJ9 N;  3CPW M;  1K73 O;  3CCM N;  1ILY A;  2OTL N;  5JVH L;  3CCU N;  3CCE N;  3CC2 N;  3CCR N;  1S72 N;  1K8A O;  5HL7 L;  3G6E N;  5H1S Q;  1VQN N;  3CCJ N;  1YJW N;  3PIO L;  1VQO N;  1YI2 N;  1M1K O;  1VQ5 N;  3CMA N;  3CCV N;  3I55 N;  1Q86 O;  4U67 L;  4WFB L;  4IOA L;  1M90 O;  1VQ8 N;  5MLC Q;  1VQM N;  1VQK N;  1JJ2 M;  3I56 N;  3J7Z O;  2ZJR L;  2QEX N;  3G71 N;  2OTJ N;  1YJN N;  1QVG M;  1KC8 O;  1N8R O;  1VQP N;  3CF5 L;  1VQ7 N;  1W2B M;  5GAH P;  3CC4 N;  1KQS M;  1Q7Y O;  1VQ6 N;  5JVG L;  1KD1 O;  3CCQ N;  1Q81 O;  3CC7 N;  3CCL N;  4WCE L;  4IO9 L;  4IOC L;  5GAD P;  3PIP L;  5DM7 L;  1QVF M;  3CD6 N;  1Q82 O;  4WFA L;  5GAG P;  2ZJQ L;  1K9M O;  1NJI O;  1YHQ N;  4WF9 L;  3CCS N;  1YIJ N;  1VQ4 N;  3OW2 M;  3G4S N; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 2E1Z A;  2P9S B;  4MDB A;  5LJV A;  2ZJP L;  3SQ1 A;  4BR0 A;  4X65 K;  4FWN A;  3EYZ A;  2VCP A;  1MWM A;  3S41 A;  4HVJ A;  1CLQ A;  2YNF A;  5KRS A;  1TYQ B;  2NRT A;  1NGG A;  3LP3 A;  2W40 A;  3KLI A;  1VQ9 N;  4K8X A;  4QCL A;  2QM1 A;  1EKE A;  1K73 O;  1U2V A;  4NB4 A;  2PBD A;  1RBS A;  5FPD A;  2P9K B;  4BY9 C;  4Z4F A;  4JD2 B;  3P4I A;  2BE2 A;  4DR2 K;  2RF2 A;  1K8A O;  3L0Q A;  4FSV A;  3SQ0 A;  4FJN A;  1YXQ A;  1TAU A;  2O8F B;  5AQJ A;  1S1V A;  1RDD A;  1OKJ A;  4ISF A;  4DV4 K;  4I9Q A;  5CZ1 A;  4BDY A;  1RTJ A;  4DR1 K;  4G9Z A;  2QW9 A;  4WQ5 A;  4B9T A;  1KSP A;  2P5G A;  3QBX A;  4E7H A;  2YKM A;  3OYC A;  1NK7 A;  2NUB A;  1NK8 A;  3LDS A;  4FJH A;  1JJ2 M;  1KXP A;  1KTQ A;  1KAX A;  3OYA A;  3M8P A;  3O6W A;  1W9H A;  2ZJR L;  4DWI A;  3A5O C;  3C94 A;  2KHO A;  5BN9 A;  4B1Z A;  2G8U A;  1WSI A;  2HVI A;  4CBX A;  2HHX A;  3OY9 A;  2PFU A;  3VEX A;  3O9Q A;  2OPP A;  4EZ6 A;  4OLB A;  4CF1 A;  3AAQ A;  4RW9 A;  2YNI A;  3D2F A;  3VEN A;  3NF7 A;  1GLF O;  4OPJ A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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