4IOCL

Crystal structure of compound 4f bound to large ribosomal subunit (50s) from deinococcus radiodurans
Total Genus 19
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
19
sequence length
104
structure length
104
Chain Sequence
RRKLRTRRKVRTTTAASGRLRLSVYRSSKHIYAQIIDDSRGQTLAAASSAALKSGNKTDTAAAVGKALAAAAAEKGIKQVVFDRGSYKYHGRVKALADAAREGG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Novel 3-O-carbamoyl erythromycin A derivatives (carbamolides) with activity against resistant staphylococcal and streptococcal isolates.
pubmed doi rcsb
molecule tags Ribosome/ribosome inhibitor
molecule keywords 23S ribosomal RNA
total genus 19
structure length 104
sequence length 104
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-01-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
L PF00861 Ribosomal_L18p Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4iocL01
3I55N 5H1SQ 1KQSM 5GAHP 1ILYA 3PIPL 2QEXN 1VQKN 3CF5L 1VQ5N 3CCUN 3CC4N 5DM6L 1NJIO 3CCSN 3DLLL 5JVGL 3G6EN 2QA4N 4IOAL 1YJNN 1K73O 1YI2N 1Q82O 3CCVN 1VQMN 1Q86O 5GAEP 3CCJN 4WF9L 1JJ2M 3CPWM 5JVHL 4UY8O 1QVGM 1K8AO 3OW2M 3CD6N 3CCMN 1YITN 1OVYA 3CMEN 2OTLN 1YJWN 1KD1O 1YIJN 1QVFM 4U67L 5GADP 2ZJPL 5GAGP 1YJ9N 1VQ7N 3CC7N 5MLCQ 4WFBL 3J7ZO 1YHQN 1N8RO 1S72N 3I56N 1W2BM 1VQON 1VQ9N 4WCEL 2ZJRL 3CCQN 1KC8O 1VQLN 1Q81O 4IO9L 1VQNN 3G4SN 2OTJN 3CC2N 3CCEN 1Q7YO 2ZJQL 1VQ6N 4IOCL 3CXCM 3PIOL 3CCLN 3G71N 3CCRN 5HL7L 3CMAN 1VQPN 1M1KO 1VQ8N 1VQ4N 4WFNL 4WFAL 5DM7L 1M90O 1K9MO
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3SMPA 2G8KA 1TL3A 3I55N 3V4IA 2G8UA 1NK7A 3MEDA 5CE3A 3LWLA 4BDYA 1WSEA 3DOKA 5AQGA 1WSJA 4IG3A 4YOTA 4FLUA 4DSIA 2P9SA 1LWEA 4CW7B 3DXMB 3C7NA 3P83D 4E0DA 3AO4A 4JEPA 4R5PA 2GBZA 1ZC6A 2QA4N 2Z1HA 2HVHA 4CEOA 1YUWA 1YI2N 4DTSA 4NCBA 3OS0A 5AQIA 1Q86O 4ELUA 4M3ZA 1SKRA 3LZJA 4H0TB 3H45C 2FBTA 3LP2A 1HUXA 2XY7A 2O8FA 3MCAB 3FZKA 4CEDA 4H8KA 4FO0A 4BDZA 1TKDA 3I0RA 4I9QA 2E88A 3J7YP 2HHQA 3DRSA 5M1KA 3IFRA 3K5OA 4BRFA 3SJJA 2D4WA 4CJSA 2UUAK 5AQJA 4CJEA 3HPHA 3L2RA 4B3RK 2HBJA 4CHYA 1RILA 2P9LA 2Z1JA 3AVKA 1Q9XA 4C1NK 3JSMA 1Z26A 3TTCA 3S3OA 5ADXH 4Z4FA 4H5RA 2O8CA 3VQ7A 3G10A 4RCHA 3J7ZO 3THVA 1O1WA 2WTUA 3HVTA 4M3WA 1BG3A 1SZ2A 4CK3A 4FLTA 2F9TA 3SUQA 1TKXA 1BL3A 1VSHA 2OZSA 3SUOA 4JI5K 4JV5K 4CGFA 3C6HA 3G0ZA 2G8WA 2RPIA 3KLGA 3GG4A 2YJFA 1UWBA 1HKCA 4I9LA 1NWKA 2ZGZA 4BRPA 3VTIA 4FVUA 1NG9A 2V51B 5A2QO 2Q0UA 1HRHA 4OLAA 1D9DA 4K43A 3VTHA 4CI6A 3EEQA 1ILYA 1SL0A 1NGEA 4CHOA 2E6LA 5C2DA 2BGGA 3AARA 4JI1K 3RWUA 4FZZA 1JLGA 1GLFO 3LDPA 2NRVA 4KFBA 4J2EA 4FWPA 1VHXA 1TUUA 2P1JA 3O9QA 3AA3A 1NMNA 3ZSYA 4JYAK 1VQMN 3T7ZA 3VA3A 4LF7K 1ASUA 2NRRA 3ZT4A 4JKFA 2W6LA 4JI2K 2A1SA 4H0OA 3SNNA 1TYQB 1C0GA 3BF1A 2D0OA 3R9PA 2VQFK 1HNIA 5KPRA 1NGDA 3HOSA 1HNXK 3CMEN 3CM6A 4BE1A 3PLAA 2OTLN 3NF8A 4IEEA 2P5OA 2E2PA 1JXEA 4U67L 3ZX2A 2HNDA 3L8BA 4DSJA 4KHQA 4FK4A 2X6SA 2YNIA 4CFCA 3R8EA 2DFHA 1GLLO 2UXDK 3B6OA 4E7IA 5GIPA 3ZSRA 3UKRB 1Q9YA 4PA1A 4HVJA 4CIFA 1RT4A 3TARA 4WCEL 4DR5K 1Q81O 4DSLA 3BY5A 4MQ3A 3L3UA 1DT9A 2OTJN 3A2FA 4H5VA 1BU6O 1ATRA 4C1NI 1WOQA 1IKXA 3HZ6A 1X3NA 4ID1A 1NK9A 2QWRA 3OS2A 4PL7A 2X78A 1TGOA 3CFPA 3AVAA 4GMJB 2E1YA 2I7NA 1YTUA 1U47A 2W40A 4LFBK 1BDGA 1HYVA 4O8KA 2F7TA 1OH7A 2H3GX 1ZBSA 3T69A 2QK9A 3HP9A 4FJ9A 3EL2A 4BG9A 4RWTA 4MO5A 3CF5L 1HYSA 5AQTA 4CBUA 4YDUA 3S3MA 4CHNA 1YXQA 2P9PA 2HNYA 1K73O 3TAGA 4IO8A 1HR0K 1S22A 4FWRA 2VWBA 4FWLA 4KHNA 3QERA 5FRMA 3DLRA 4OPKA 3SYZA 3AO1A 4CIEA 3QEXA 1SAZA 3AVIA 3MX5A 4UY8O 1RT6A 4B9LA 1XMQK 2XY8A 4M41A 3ZT2A 1VSJA 4IJAA 4W5RA 4DV3K 1VRUA 4CZFA 4MFBA 1ASWA 1MWKA 1NGFA 1KLNA 3J81O 5I9EB 1TKTA 4ID5A 3P38A 2GX9A 4QS8A 2HOEA 3OYLA 3MAQA 5AQYA 3CC7N 2F9WA 4JHDA 3PUFA 4FWOA 2P9UA 3K2PA 4KBOA 3CFRA 2BTFA 4FWQA 5KQ8A 1C0TA 1IKWA 1JL1A 2BH1A 3LPUA 1XQSC 3MWPA 3ULEB 4AHCA 4DV1K 4IZ9A 2ZE2A 1Q18A 5DK5A 4Q5VA 1RTJA 4ISEA 3HI0A 3MWTA 2AJQA 2UUBK 2E6MA 4DMNA 4RW7A 3LDOA 3ENBA 4DSKA 1BIUA 2NZTA 1HPMA 3FE1A 1VSLA 1M1KO 3O80A 4A61A 4FJXA 5BPMA 1JXBA 1JLFA 4YDUC 3ZEUB 3THYA 1HKBA 4K8ZA 4DR2K 1YVUA 3S3NA 4DQQA 1T8EA 2EHGA 1B9FA 1WSGA 3C7NB 4C8LA 4DWIA 5AR0A 5AJ3K 4RW9A 3KIOA 1ZBIA 3CC4N 3HOTA 1NJIO 4LF5K 1HYZA 1IBKK 3QEVA 3O3HA 3OYMA 3LANA 3RMAA 4Z4GA 3AVNA 1D5AA 4FWSA 4CBXA 3VGLA 3QEWA 1A5WA 4FOEA 3QICA 1NGBA 3RRGA 3E1YA 3JXUA 3RTVA 4KB1A 2JGUA 4CGDA 4OKKA 5AQLA 5EU7A 3O3GA 3MN9A 4IFVA 5KI6A 3UKUB 4DV6K 2YHXA 1BCMA 3OYCA 5FPEA 1NK6A 4CZHA 3DOLA 1NGAA 3O6WA 5F2RA 2OCEA 2Y1JA 5FRNA 3QO9A 3QLHA 4UQGA 4IBNA 4GNIA 4BRLA 1BI4B 3ZT1A 4A2BA 2UXBK 4KI4A 1H1VA 4YHHK 4H0PA 2I7PA 2PYLA 2W42A 5HP1A 1TL1A 2RHKA 3AA2A 3THWB 4BRMA 4GY2B 2PYJA 5AQUA 4K0KK 3LL3A 3VQQA 1C1CA 1XHXA 1YAGA 3ENHA 4MLEA 2Y1IA 4B3TK 3UE5A 1EETA 4DV5K 2VWKA 2ZJRL 2QWOA 3VA0A 2Q2RA 3DRPA 3KK2A 2QM1A 3DLKA 4BC4A 2QTDA 2RKIA 3E9OA 4X66K 1QZ5A 3CPEA 2YHYA 4O5FA 4EZ6A 3T19A 1FKOA 1UA1A 3WQUA 2VGMA 3AVLA 4O44A 4H5WA 3OVNA 2FC0A 4FWMA 2DY4A 4DQIA 1KAXA 2O8FB 1D9FA 4YY3K 3K58A 1QQCA 4CEQA 1HQEA 2P9KB 2HHUA 3D2EB 3DLBA 4RG8A 4DV0K 1VSIA 4W5QA 2QKBA 3LAMA 3IAYA 3TSPA 1QHTA 3WEEA 1TVRA 2OPQA 4BGBA 1GLAG 4NLCA 1OH6A 1D8YA 5BR9A 3W0LA 4FLWA 4WQ4A 3M1FA 5EX5A 3M8SA 3CJBA 4CHPA 3CCVN 1N5YA 1CXUA 3BDPA 3M6GA 3QFPA 2F8TA 5TKWA 1RTDA 1WSFA 2YJEA 5M1OA 2A41A 3L4QA 3O8MA 4FW1A 4C23A 4JAXA 1ITGA 1K8AO 1HPZA 3MMVA 2QKKA 3TAMA 3H46O 3TTFA 3I8DA 3AGKA 1FW6A 5ADXA 4FZYA 3Q7CA 2P9NB 3DRRA 1RCHA 3MXJA 4I6MA 1Q8IA 3OTOK 1VRTA 4DFMA 4PKIA 3PX0A 4DTJA 4CF0A 4B9SA 4WQ4C 1IBMK 4JD2B 5HBMA 5KQDA 5AQXA 3SV3A 3QMLA 3T1YK 3NF7A 2NRTA 3AVCA 4CFDA 3FGUA 2ZQBA 3U8XA 2J4RA 1W2BM 1Y64A 1QE1A 2QWPA 4CJPA 2G8FA 2E2QA 2D5RA 5J2MA 1KTQA 1YT3A 3NBPA 5GINA 2P9NA 4CERA 1YVNA 1ZXOA 3P39A 3P1GA 3AAQA 4FWNA 3VEOA 3HVRA 2YV0X 3F73A 3WXJA 1HJRA 4V19S 3CCLN 2YNFA 1NKCA 2BANA 1G99A 4CBWA 1NBWA 5IT9O 2D0BA 4IWVA 3O9TA 1VQ8N 1VQ4N 4KHWA 3CERA 2D1KA 3J80O 2HMIA 4B3SK 3VENA 5B8HA 2P9LB 4DLGA 3CJ7A 1UAXA 1D4XA 2A5XA 3O1WA 3TSQA 5AZIB 2OYQA 1VQ5N 3R6MA 3U6FA 1X1PA 5EXWA 3L2QA 2O8CB 4XH1A 3VF6A 1ZBHA 4AM7A 3G6EN 4EZ9A 2IGIA 5JS2A 1B92A 4JKBA 3V6DA 1LAWA 3ISNC 2CGKA 4E89A 4BVPA 3EZ5A 1X9SA 3SK3A 2NRWA 4Z4IA 4DTXA 4AM6A 4BR5A 2OANA 2O4IA 3KWIA 1P90A 3NF9A 3V9WA 3T3FA 4CHQA 3WUHA 3F2KA 4M63C 3VOVA 1OVYA 3IG1A 3C6TA 4GKJK 1ATSA 4IFEA 1GLCG 3O4NA 5M1PA 1JLAA 2PAVA 5SWMA 2FXUA 4KV8A 5CZ1A 5GAGP 1L5UA 2D0PA 5AZIA 1JLEA 5M1FA 2Q3SA 4Z4EA 1HKGA 3H3NO 3NGIA 1KC8O 2Q1NA 3OYNA 1VQLN 3DLGA 3OYHA 3MXMA 1RDUA 1XI1A 3LM2A 3SLCA 3HP6A 4JKAA 1MWMA 3MECA 1BISA 3S9HA 1BQMA 3WXKA 4YOVA 5AQSA 4FM1A 1NGCA 2YHAA 3ALYA 3HRGA 3WNGA 5HL7L 3SPZA 4KTZA 3TAFA 1NGIA 5CR4A 4CZLA 4FL9A 3HM9A 1KAYA 2E2NA 1G15A 1LCUA 1E3MA 1JL2A 3FZFA 1S1WA 2PFUA 4EFHA 4HHTA 4EHUA 3WXMB 3OA9A 3OYKA 2GV9A 3U9ZA 1BCOA 1KSPA 3A5OC 2QEXN 1V4SA 3NFAA 2HHTA 2NLXA 4RW8A 5AQKA 3CCUN 3LPTA 5I42A 2ASOA 3DLLL 1KVBA 4IOAL 2DPNA 2BE2A 4I6MB 2HF4A 3VN5A 2GUIA 3F5TA 4BRIA 5AFUH 1I39A 4DU1A 1EKEA 4B8AB 3LALA 3ITHA 4DSFA 3W3DA 2QWNA 3ZX0A 5CHIA 1KCFA 4E7LA 4DR3K 3RMBA 1BWFO 2GELA 3PX6A 5FLXO 5HLFA 4JKEA 4BROA 4OPHA 2YHBA 3QESA 4C8NA 4ICLA 4JKCA 3IRXA 4AHSA 4EAHD 3LZIA 3D7EO 4NO7A 4E1NA 3O4QA 3WNEA 3P31A 1KRPA 4R79A 3QNNA 1VAZA 1J53A 2RE2A 4HTLA 5FPMA 2HHXA 4WFBL 1RT1A 5FPDA 1XWLA 2KFNA 1S3XA 1GLJO 3AV9A 4FJNA 1RBRA 3M8RA 4HUGA 3CETA 4OPJA 3O9UA 4ISGA 4O5BA 1HX1A 1RDCA 3CJ1A 4B1YB 4GV3A 1SKSA 2ZF5O 3VEXA 1RDBA 1T6CA 2IVOA 3VQ4A 3ZSQA 1IJJA 2IOCA 4ILJA 3CXCM 3H6EA 4LC9B 4CZKA 1QHAA 2QWMA 1U49A 4M3TA 3CCRN 3OYBA 1C6VA 1RTIA 2XO7A 3QINA 2QWQA 3FZHA 1RBUA 1IO2A 1FKPA 1RTHA 1T44A 5HOOA 3MXIA 4FOIA 2GUPA 3ZETB 3Q7BA 4U7BA 3N4PA 2ZD1A 3RSEB 1X9MA 1N33K 2YHWA 4M3XA 1KFDA 5SZTA 2Z1GA 4OGCA 3D6RA 2G8VA 1UOCA 4FLZA 2FSJA 3FZMA 3G25A 3THWA 5J2PA 1L3VA 1EWQA 3LP3A 4LH5A 3WQTA 3QB0A 4LSNA 4A5AA 4DTNA 3GE1A 4CEEA 4H4OA 4NXNK 1WNSA 1L3UA 2X74A 4H03B 2IIRA 3LDSA 1J5OA 4KTQA 1EX4A 4N5SA 1QVGM 4FVMA 3ID8A 3LAKA 2XRIA 3A5MC 4LF4K 1DTTA 4DUZK 5LMNK 1T6DA 3OHRA 4DU3A 4KB0A 3CCMN 1QQNA 3HJFA 3NGZA 4PWDA 3VF4A 2ZGYA 4M7XA 4K42A 1W9HA 3DAWA 4CEAA 2DFEA 4DU4A 3TSUA 1VQ7N 1XHZA 3ZLJA 4DTPA 3BP8A 4BC2A 1LWCA 1A5VA 3DXKA 4IFYA 4GKKK 1HNVA 3I56N 1RDWX 3O9SA 3V9UA 3WXLA 1TK5A 4IDKA 5C42A 4DTOA 4FJKA 4CCHA 4OX9K 1IKYA 1BO5O 2Z1IA 4CD3A 3HK2A 3HM8A 3VQ6A 4QCLA 1GLBG 1NNEA 5AQMA 4JK7A 5FPNA 4M42A 2P9IA 1RBVA 4B08A 4M45A 3V9ZA 1TAQA 3JYTA 4CEZA 2FBXA 2GTDA 3K9JA 3NE6A 4ELVA 1GLEG 3E9LA 5HRSA 3ZCMA 5BRHA 2HNZA 2P9IB 4FJLA 1OVQA 3VEVA 1N36K 2JLEA 2YCHA 1ESVA 2ITMA 5AQFA 2V7ZA 2KZMA 3VMFB 1BHLA 1EP4A 4Z4HA 1C0MA 4GVMA 5KRSA 1HMVA 3SQ0A 3QEPA 2E2OA 1U6ZA 4H0XB 4PL8A 4CJ4A 4OVLA 3MN6A 2YKMA 3E66A 5KRTA 2HBMA 3FFKB 4GW6A 3KKRA 3SUPA 3ASMA 4M3RA 3EKSA 5JLHA 3O9RA 1BA1A 1CZAN 1Q82O 1C0FA 2YKNA 4CJLA 3JS6A 1XC9A 4LD0A 5AQQA 4CE9A 2UXCK 3LDNA 1ZBUA 3K5NA 4AHUA 1P8ZA 1JJ2M 2Q36A 3AO5A 4I2PA 4Y1DA 2CH6A 2DTUA 4NCGA 3DYAA 3SMSA 1EO1A 4XH4A 3OBYA 3L6QA 5K14A 4YOXA 1BOTO 3P4IA 3CD6N 3U9DA 3AA4A 1YJWN 3FZLA 1KD1O 3EKUA 1IV0A 4DV7K 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3I55 N;  5H1S Q;  1KQS M;  5GAH P;  1ILY A;  3PIP L;  2QEX N;  1VQK N;  3CF5 L;  1VQ5 N;  3CCU N;  3CC4 N;  5DM6 L;  1NJI O;  3CCS N;  3DLL L;  5JVG L;  3G6E N;  2QA4 N;  4IOA L;  1YJN N;  1K73 O;  1YI2 N;  1Q82 O;  3CCV N;  1VQM N;  1Q86 O;  5GAE P;  3CCJ N;  4WF9 L;  1JJ2 M;  3CPW M;  5JVH L;  4UY8 O;  1QVG M;  1K8A O;  3OW2 M;  3CD6 N;  3CCM N;  1YIT N;  1OVY A;  3CME N;  2OTL N;  1YJW N;  1KD1 O;  1YIJ N;  1QVF M;  4U67 L;  5GAD P;  2ZJP L;  5GAG P;  1YJ9 N;  1VQ7 N;  3CC7 N;  5MLC Q;  4WFB L;  3J7Z O;  1YHQ N;  1N8R O;  1S72 N;  3I56 N;  1W2B M;  1VQO N;  1VQ9 N;  4WCE L;  2ZJR L;  3CCQ N;  1KC8 O;  1VQL N;  1Q81 O;  4IO9 L;  1VQN N;  3G4S N;  2OTJ N;  3CC2 N;  3CCE N;  1Q7Y O;  2ZJQ L;  1VQ6 N;  4IOC L;  3CXC M;  3PIO L;  3CCL N;  3G71 N;  3CCR N;  5HL7 L;  3CMA N;  1VQP N;  1M1K O;  1VQ8 N;  1VQ4 N;  4WFN L;  4WFA L;  5DM7 L;  1M90 O;  1K9M O; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 3SMP A;  2G8K A;  1TL3 A;  3I55 N;  3V4I A;  2G8U A;  1NK7 A;  3MED A;  5CE3 A;  3LWL A;  4BDY A;  1WSE A;  3DOK A;  5AQG A;  1WSJ A;  4IG3 A;  4YOT A;  4FLU A;  4DSI A;  2P9S A;  1LWE A;  4CW7 B;  3DXM B;  3C7N A;  3P83 D;  4E0D A;  3AO4 A;  4JEP A;  4R5P A;  2GBZ A;  1ZC6 A;  2QA4 N;  2Z1H A;  2HVH A;  4CEO A;  1YUW A;  1YI2 N;  4DTS A;  4NCB A;  3OS0 A;  5AQI A;  1Q86 O;  4ELU A;  4M3Z A;  1SKR A;  3LZJ A;  4H0T B;  3H45 C;  2FBT A;  3LP2 A;  1HUX A;  2XY7 A;  2O8F A;  3MCA B;  3FZK A;  4CED A;  4H8K A;  4FO0 A;  4BDZ A;  1TKD A;  3I0R A;  4I9Q A;  2E88 A;  3J7Y P;  2HHQ A;  3DRS A;  5M1K A;  3IFR A;  3K5O A;  4BRF A;  3SJJ A;  2D4W A;  4CJS A;  2UUA K;  5AQJ A;  4CJE A;  3HPH A;  3L2R A;  4B3R K;  2HBJ A;  4CHY A;  1RIL A;  2P9L A;  2Z1J A;  3AVK A;  1Q9X A;  4C1N K;  3JSM A;  1Z26 A;  3TTC A;  3S3O A;  5ADX H;  4Z4F A;  4H5R A;  2O8C A;  3VQ7 A;  3G10 A;  4RCH A;  3J7Z O;  3THV A;  1O1W A;  2WTU A;  3HVT A;  4M3W A;  1BG3 A;  1SZ2 A;  4CK3 A;  4FLT A;  2F9T A;  3SUQ A;  1TKX A;  1BL3 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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