4IOCL

Crystal structure of compound 4f bound to large ribosomal subunit (50s) from deinococcus radiodurans
Total Genus 19
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
19
sequence length
104
structure length
104
Chain Sequence
RRKLRTRRKVRTTTAASGRLRLSVYRSSKHIYAQIIDDSRGQTLAAASSAALKSGNKTDTAAAVGKALAAAAAEKGIKQVVFDRGSYKYHGRVKALADAAREGG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Ribosome/ribosome inhibitor
publication title Novel 3-O-carbamoyl erythromycin A derivatives (carbamolides) with activity against resistant staphylococcal and streptococcal isolates.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 23S ribosomal RNA
total genus 19
structure length 104
sequence length 104
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-01-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
L PF00861 Ribosomal_L18p Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4iocL01
2ZJPL 1VQ5N 2ZJQL 1VQKN 4WFBL 1Q82O 3CCVN 3CCSN 4IOAL 5H1SQ 4WFNL 3DLLL 3I56N 1VQON 3CCEN 1K8AO 3CMAN 1VQPN 5HL7L 1S72N 3G71N 3CXCM 3G4SN 1K9MO 1YHQN 1YITN 5JVHL 1Q81O 4IO9L 3OW2M 4IOCL 1QVFM 5MLCQ 1YJWN 2OTJN 1VQ4N 1VQMN 3CCRN 3PIPL 1Q7YO 2QA4N 1ILYA 3CC4N 5DM6L 1OVYA 1VQNN 5GADP 4WF9L 5GAGP 1KD1O 1VQLN 3G6EN 3CPWM 3CD6N 1QVGM 1KQSM 1VQ8N 3CCMN 5JVGL 1K73O 1Q86O 3CMEN 1M90O 4WCEL 1YJNN 1YI2N 3CCUN 4U67L 3CC7N 1JJ2M 1VQ9N 2OTLN 5GAEP 1M1KO 4UY8O 4WFAL 1VQ7N 3CF5L 1NJIO 3CC2N 3PIOL 3J7ZO 3I55N 1VQ6N 3CCJN 5DM7L 2ZJRL 2QEXN 3CCLN 1YJ9N 1KC8O 5GAHP 1W2BM 3CCQN 1YIJN 1N8RO
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3QEWA 2CGLA 3K5MA 2FF3B 3OJUA 3MN9A 4IJNA 4DQSA 1H1VA 1NGAA 4WFNL 2YKNA 1NKBA 4IG3A 4BREA 3CCEN 4DTXA 1HLUA 4Z4FA 2QXLA 4HWIA 5BR9A 2WTUA 4FJKA 3S3OA 3OYLA 3EZ5A 2ZF5O 4Y1DA 4YOUA 3WNHA 3TAPA 3PV8A 2QWPA 3WXKA 2PZSA 2F7TA 1GLLO 2GWJA 1W7AA 3K9KA 3RRHA 1TK0A 4ICLA 1RGIA 2V52B 2ASOA 1VQMN 1RT3A 2PAVA 3ZT0A 1SZ2A 4IFVA 4DQIA 3C7NB 3KK1A 2F8TA 3C7NA 1LW0A 1VRUA 1QE1A 3G6EN 2GELA 4FK4A 3K5NA 1T44A 1OH7A 1U4BA 1Y97A 4FJXA 1WNSA 4CEZA 3VEWA 2DFEA 1YXQA 4CK1A 3QNOA 5GINA 3K58A 3QLHA 3CCUN 3V1RA 1RTIA 1VSKA 1U6ZA 2WC9A 4BRQA 3RMAA 3A5LC 5GAEP 1QTMA 1C0FA 4W5OA 1C0MA 1S6PA 3TAQA 2RPIA 1LOTB 3TPQA 2HMIA 5IWAK 5KQ8A 4E19A 4DF4A 4DQRA 3NDKA 5AFUA 2Q0RA 1KCFA 4FJ8A 5KPRA 3SCXA 1NGBA 1NK0A 4O4GA 3HYFA 4B9VA 5CYQA 3O1BA 3OBWA 5M1NA 2F96A 4CIGA 4M3TA 1JL2A 4W5NA 1KC8O 1YAGA 3CCQN 3HP6A 2FBTA 4MDAA 4H0TB 5SZTA 1HJRA 3GL1A 1LWFA 2NRVA 1V4TA 3AVNA 4A62A 1BQNA 2JGUA 1XC3A 2OPPA 4IZ9A 4AHUA 4BDPA 3O08A 1NK4A 4FLTA 4ELTA 2NLXA 3L2UA 4FWRA 4F4KA 3VEXA 3OYNA 1VQPN 4DTMA 3NHGA 1CLQA 1QSSA 4CJPA 3DLEA 2YJFA 4FWPA 3MEEA 1TGOA 1CZBA 4NXMK 1YITN 1RT5A 2KHOA 3NH2A 1GLFO 4E1NA 1RDUA 4Z4GA 4M41A 3EO3A 3L4IA 1KVAA 3MWPA 1MA9B 2IGIA 1VSDA 3S9HA 4B1XB 5AQKA 2DTUA 5DM6L 5ELZA 1BG3A 4CESA 1KVBA 4DSLA 3VOVA 3K2PA 3VETA 1NJYA 2UXCK 1QZ6A 2O8BB 4CZLA 4B1VA 5AQZA 2CH5A 5CYMA 2O8BA 2B6AA 1YVNA 1T7PA 5J1EA 3KK7A 4CI6A 4JKEA 3SV3A 2LSNA 5AQJA 3L2RA 1O1WA 3SUPA 2VGMA 4KAZA 2NRHA 3VQPA 1A5VA 3WXLA 3AA3A 4DV4K 3WUHA 2QWNA 3H46O 3BY5A 3QO9A 4FJGA 3J8AA 5EU7A 3E01A 5AQVA 1RT7A 4M3RA 2HVIA 2ASPA 3CPEA 3KKSA 4DTRA 3RTVA 1VRTA 3QIOA 3E9PA 3E9LA 4PQUA 3AO1A 5DM7L 1VAZA 5K14A 3CJ9A 4YDUA 3G25A 1YTAA 3VMFB 1NK9A 3OYMA 2HVHA 4J2EA 4AQYK 4EAHD 4CZIA 4JK8A 3P83D 4JI1K 3MWTA 1D9DA 3PO4A 4YHHK 2A42A 2A1RA 3ZETB 3T3FA 4WFBL 5EOYA 3ZETA 3MN5A 4OLBA 5KQDA 1HYVA 4W5RA 1JCGA 1WSIA 4FXDA 4CHQA 3QEIA 3KD5E 3J80O 4DV2K 4AHVA 3O6WA 3O9TA 3HI0A 2A40A 3T19A 2UUCK 1BDGA 3B6PA 4BR9A 4FJJA 1SKWA 1HKGA 2ZD1A 1S1VA 2FBVA 3B8AX 4PY5A 2PYJA 4FW1A 2HBLA 1VQ4N 1KXPA 4WQ5C 2IAJA 5BRHA 2QKKA 2VG5A 2HBMA 1XI1A 3RR7A 2J4RA 4HTUA 4YOYA 1G99A 4CERA 4DQPA 4LFBK 2HNZA 3LALA 3HK2A 1JCEA 1DGKN 3EZWA 3KHYA 2RN2A 3ATUA 1XHZA 3LDQA 2UXDK 1YUWA 4FM2A 3L6QA 4DU3A 4FSVA 3B6OA 3S41A 5JVGL 4F2RA 3NVKA 2KZMA 1TV6A 1BI4B 1NMDA 3R6MA 3NF6A 1BI4A 3WXMB 4DU1A 5HRRA 3LANA 2G8WA 1W97L 4CBWA 1WSGA 1C1AA 2W6KA 4JLHA 3DOKA 2KLAA 4E3SA 5T7BA 2HHWA 4LF9K 2P9KA 3M5RA 1K6YA 3OYKA 3DM2A 4GKJK 1UAXA 3IUCA 4CF1A 5JMVA 4NCGA 3SPZA 1L3UA 1S3XA 2G8UA 3V9XA 4Z4CA 3CJCA 4V19S 5M1KA 3CCJN 3QDKA 2X6NA 4RG8A 4BC4A 3GDQA 4CF0A 2O8FA 4JAXA 1RBUA 4DQQA 3OYCA 1ATNA 4CVNE 4H0VB 2QXFA 1VSEA 1YIJN 5AQIA 2BTFA 3LDPA 1VQKN 5AQMA 5AQYA 4JI3K 3HJFA 2UYTA 4I9QA 1KFSA 4KHPK 5JICA 3CCVN 5I9EB 3NGIA 4IOAL 2ZGZA 2AP1A 1NKCA 3PSFA 1VSJA 4MLEA 4H0PA 4XH1A 4C8KA 4MO4A 4DSJA 3QEXA 4LF6K 2QTDA 3WT0A 3BEXA 3SUQA 3T1AA 3BDPA 5AQUA 3THXB 3AVAA 2KZZA 2ASMA 4B9NA 3THXA 3ENBA 3ZEUB 3G4SN 3NF7A 1GLAG 3HSCA 1KFDA 3IDHA 3ZT4A 1GLDG 4YY3K 3J7YP 3QEPA 3R3LA 1RBSA 1GOCA 1HQEA 4B3TK 3IAYA 1S1TA 5FROA 2XY6A 3ZX2A 2G8VA 3AARA 2F9WA 4CE9A 3QBXA 3F9MA 4F2SA 1BL3A 4W5QA 3TTDA 5LJWA 1SKSA 3O4WA 2YHAA 4DR1K 1JLQA 4BR2A 3OYHA 2RHKA 3D2EB 2A3ZA 1HRHA 1Q9XA 3D2EA 2D0OA 4DB3A 4KREA 2OZSA 4LY7A 3E66A 3MCAB 4R5PA 2HW3A 4GY2B 3EYZA 4YOWA 1NG9A 4CGJA 4FLZA 4OGEA 4DSIA 1M1KO 3AY9A 1KTQA 2OPQA 3TU5A 4WFAL 3QIPA 4KB1A 3S3MA 4CHYA 4N76A 1RBRA 3CERA 3TABA 4BGAA 1S9GA 1OH8A 1ZYQA 1N34K 3HPHA 3O3GA 3SV4A 4ELUA 4H5RA 3VEOA 4GV3A 1KLMA 1QHTA 4BRHA 2OPRA 5KGWA 3K9JA 2D0CA 3KWIA 4B9TA 3PX6A 1WSFA 4KI6A 4B1WB 5FPDA 5FRNA 1WLJA 5AQGA 4KI4A 2IVNA 3AGRA 2AJQA 4B8AB 5H1SQ 2Q31A 1SAZA 4M3XA 4C23A 2YX6A 3CMAN 4J8FA 2E6MA 4ZTFA 1NKEA 2NZTA 5HL7L 4OPHA 2FSJA 3SYZA 1X9SA 4DSEA 3OY9A 1NLVA 1U2VB 1EWRA 4KH6A 3NGZA 4BE1A 2RF2A 2E2NA 1VSMA 1OH6A 1QS4A 5JVHL 3SLCA 4FJ9A 5MLCQ 2E4LA 1HR0K 4WQ4C 4IFEA 2V7ZA 3V9WA 1E4FT 3LDSA 4B3OA 4FWMA 3WQUA 1L3TA 4CJWA 4CIFA 3O9QA 3QFPA 4FJ5A 3CPWM 3NE6A 1ATRA 4CJLA 4ELVA 4ISEA 1NGEA 3O5BA 4JI2K 3VF6A 2A41A 4H0OA 3KLGA 1K73O 4I2PA 3HRGA 1NBWA 1D8YA 2P5OA 3SQ0A 4Z4HA 1ATSA 1RNHA 3AGKA 3AA4A 2DFFA 3ZSZA 1N5YA 3AVJA 1YJNN 5FPMA 4DV6K 2XY8A 1IKYA 3SBTA 4Z94A 2OCEA 3ZT3A 3QBWA 4BDZA 3KLHA 4DR2K 2B5JA 1SUQA 1KAXA 1ZXOA 1IKVA 3D45A 3P1GA 4J2AA 4CD3A 3MDQA 3CFOA 3VA3A 1TYQA 2IVOA 5C2DA 4F3TA 4BR5A 1QSYA 1D4XA 4KHUA 2KFNA 1HNXK 3RMCA 3ULDA 1ZBIA 1BIZA 3EEQA 3ZYYX 3R1XA 3OHRA 3R9PA 3TI0A 2HHSA 1IKXA 2ZQBA 3WNGA 1TAQA 1Z26A 3ZX3A 5JLFA 5CHIA 1WUAA 3PLAA 1TKZA 3FZFA 1BISA 4OPKA 3J7AP 4DHYA 3OS1A 4GVMA 2BDPA 4CEDA 1CZ9A 3ZSVA 4KHYA 3F2KA 5FDLA 4FWSA 1IG8A 3TTFA 1BQMA 1JLAA 2P9IA 3UIQA 3MX2A 3DRSA 4IDHA 4IDKA 4OX9K 4CZEA 3EKUA 5HRSA 3O9SA 5KPTA 3NCIA 2D0PA 3AVBA 4AILC 4FJIA 3OW2M 3ULEB 3AVFA 4FLVA 3ULEA 4JKHA 3CCRN 2O8EB 1QQOA 4C8MA 3THWB 1U48A 3VEYA 4WF9L 4BRPA 4OPAA 4MQ3A 4CIEA 1FJGK 1UA1A 1JKHA 3T1HK 3ZSXA 5AQTA 1BA1A 1RT4A 4DTNA 4FK0A 3VQAA 2KFZA 2PFUA 5CZ1A 1FXXA 3WXJA 4CJEA 1YI2N 3DRRA 1U49A 3TWHA 3RWUA 3LDOA 3QICA 5C25A 4M7YA 3C65A 4KPYA 1JLCA 3MXMA 3MN6A 3AO4A 4JI4K 3QINA 5AZJB 1RTHA 4C8OA 5J2QA 2QWMA 4BWMA 4N56A 4NO7A 1NNEA 3WNEA 3LZIA 5BPLA 1VQ6N 4FVMA 4E7LA 4QAGA 5E84A 1XQSC 3O3FA 1VHXA 4ILJA 4LSLA 4ISFA 3ISNC 5J2MA 3LM9A 3SQ1A 5AFUH 4BG8A 1GOAA 2XHBA 1T05A 4YDUC 3V6DA 1A5WA 3OJSA 3M8QA 2I7NA 2P1JA 1UA0A 5AQRA 1B92A 3DYAA 1K8AO 4A59A 4KV8A 2Z1HA 4PKHA 3QEVA 4G1QA 3VENA 3SNNA 2Z1JA 1BGXT 1Z05A 1VSFA 3CXCM 4EZ6A 3OTOK 1NGDA 3HZ6A 3J81O 1RCHA 4IWVA 3L2VA 3SUNA 3TAEA 4OGCA 4CJ3A 5C24A 3U3YA 1TK5A 3GE1A 4NXNK 2WFBA 4FWLA 5KI6A 3I8BA 3DJCA 3DI6A 5HOOA 4BVOA 5C0YA 1WBDA 2YJEA 4LF7K 3H1QA 1Q86O 3JAMO 2F8SA 2YHYA 2YNHA 1SKRA 3CFPA 4FOIA 5KTQA 4IJAA 1KVCA 1E3MA 3ATVA 1WN7A 4CF2A 3U3GA 1SS6A 4JK7A 2OTLN 1C0TA 2NNWA 3LPTA 4BWJA 3PSIA 4OVLA 3ZSQA 4KKOA 1IBLK 4FJLA 4CGGA 3JSMA 4JRQA 4FW2A 4OO1J 3LP1A 3AA5X 3HO1A 3MK6A 2VWKA 2UU9K 4K41A 4CW7B 3HSTB 2QEXN 4AHSA 4GV9A 1BA0A 3Q7BA 3SMPA 4BROA 4K8XA 2Q36A 4OJRA 4KRFA 4RWTA 1W2BM 3AAQA 4FWOA 3VPZA 1N8RO 4OKKA 3HTVA 3VN5A 5HLFA 2XY5A 3K57A 5M1PA 3TSQA 4DS4A 4OKJA 3VF2A 2YHWA 2FC0A 4YORA 3QNNA 3HPOA 4CEEA 5CE3A 2OZMA 1GOBA 2FLOA 1T3VA 3LP0A 3SJHA 3NMUA 4CECA 1UOCA 1Q9YA 1ITGA 3C95A 4C1NK 5SWMA 4RCHA 3VQQA 4BRDA 3SQ2A 1RT2A 5BRDA 1LW2A 3PUFA 2P9SB 1Q81O 4C8NA 4K42A 2P9SA 4FK2A 4IOCL 1TKXA 2WBNA 4GKKK 5BN8A 1NGHA 2WOMA 3BGRA 1Q7YO 1B9DA 1P8ZA 3VQ6A 3CC4N 1U04A 1LWCA 1NGCA 2DFHA 3MXIA 4B8CA 4BG9A 5M1OA 5D3GA 3OYJA 1NK5A 2CH6A 5FPEA 4RW6A 3VESA 1I94K 3MAQA 1TAUA 5TKWA 3PX0A 4B9SA 1NU0A 2P51A 3ZCMA 1EO1A 5E41A 2IVPA 3LM2A 5E26A 3NBPA 2YHXA 4QCLA 1T6DA 4RW9A 3ZX0A 3M8SA 2WONA 2E2PA 1XWLA 2KW4A 1JJ2M 4CF9A 1W0HA 2FBXA 4DFMA 5JLHA 4N5SA 3NF9A 4UY8O 3HVRA 2HHTA 1IJJA 3CF5L 3ALYA 2FXUA 2FBYA 3PIOL 3FR0A 4JRPA 1GLCG 3I55N 4IEEA 4DF8A 1OH5A 2G8FA 4LH5A 4O0IA 1G15A 1LCUA 2ZJRL 3MX5A 3VQ8A 4DV7K 4EFHA 4DR3K 4EZ9A 4F3OA 5HBMA 1BOTO 1UWBA 4CGHA 4CHZA 1FKPA 2HB5A 4HCCA 1LWEA 2A6AA 2P5GA 1SL2A 3IS9A 4CFCA 2EHGA 4NCAA 2HOEA 1JLFA 1R0AA 3I56N 2UXBK 1F21A 1WAJA 3AO3A 3O1WA 1IV0A 3TAFA 1JXEA 4E1JA 4YFUA 3L3UA 2Q0UA 1EQYA 3HT3A 3AVGA 4B1ZA 5FRMA 1GLBG 4B3MK 3DMJA 2NUBA 1JL1A 1NGIA 1Y64A 1A5XA 4KTWA 1NOZA 3EE9A 2NRWA 3BP8A 4CEOA 2D5RA 4KFBA 2R7YA 5C2FA 1NGFA 1DKGD 3PIPL 3F9KA 3VQ7A 3NGYA 3BF3A 3SUOA 4BRNA 1K8KB 2OPSA 4FPAA 1X9JA 3THYB 1VQNN 1K8KA 2CGJA 4B9QA 4B3SK 2HF4A 4TSXA 2PBDA 1YTUA 1BO5O 4A61A 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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