The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
19
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sequence length |
104
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structure length |
104
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Chain Sequence |
b'RRKLRTRRKVRTTTAASGRLRLSVYRSSKHIYAQIIDDSRGQTLAAASSAALKSGNKTDTAAAVGKALAAAAAEKGIKQVVFDRGSYKYHGRVKALADAAREGG'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule keywords |
23S ribosomal RNA
|
| publication title |
Novel 3-O-carbamoyl erythromycin A derivatives (carbamolides) with activity against resistant staphylococcal and streptococcal isolates.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Ribosome/ribosome inhibitor
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| total genus |
19
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| structure length |
104
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| sequence length |
104
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2013-01-07 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| L | PF00861 | Ribosomal_L18p | Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Nucleotidyltransferase; domain 5 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1Q82 O; 5GAD P; 1Q7Y O; 5DM7 L; 1JJ2 M; 3PIO L; 3CCQ N; 3CC7 N; 4WFA L; 3OW2 M; 5DM6 L; 1VQ8 N; 1VQL N; 2QEX N; 1Q81 O; 4U67 L; 1YHQ N; 2OTL N; 2OTJ N; 2ZJP L; 1VQO N; 3CD6 N; 1VQP N; 5GAH P; 1YIT N; 1NJI O; 3DLL L; 1Q86 O; 3CC4 N; 3CCV N; 3G4S N; 3CCM N; 1VQM N; 3CXC M; 3G71 N; 1ILY A; 5JVH L; 3PIP L; 5GAE P; 2ZJR L; 1YIJ N; 1YJN N; 5JVG L; 5HL7 L; 1KQS M; 5MLC Q; 1W2B M; 3CC2 N; 1M90 O; 1KD1 O; 1VQ9 N; 1M1K O; 1S72 N; 1VQK N; 1YI2 N; 1OVY A; 5GAG P; 4IOC L; 3J7Z O; 1YJW N; 4UY8 O; 3I56 N; 4IOA L; 1VQ5 N; 3G6E N; 1QVF M; 3CCR N; 4WCE L; 3CCU N; 1QVG M; 4WFN L; 1KC8 O; 3CCJ N; 3CCE N; 1K9M O; 1N8R O; 3CCS N; 1K73 O; 5H1S Q; 3CF5 L; 1VQ6 N; 2ZJQ L; 1VQ4 N; 3CMA N; 4WFB L; 3CCL N; 1VQ7 N; 4WF9 L; 1YJ9 N; 3CME N; 3CPW M; 1K8A O; 1VQN N; 3I55 N; 2QA4 N; 4IO9 L; #chains in the Genus database with same CATH topology 1UA0 A; 4EIA A; 2YHW A; 2P51 A; 4BR5 A; 4KRE A; 3CQY A; 4ILG B; 3CFR A; 1HKG A; 2YNG A; 3QO9 A; 3PIO L; 3GBT A; 2Q2R A; 2W6L A; 4RW8 A; 3LDQ A; 1NGE A; 3K2P A; 3OW2 M; 3HYF A; 4IZ9 A; 4JI0 K; 1XUP O; 4A2A A; 3RMC A; 4B3M K; 1HJR A; 4IJN A; 2XY5 A; 3QEW A; 4JYA K; 4JI6 K; 4FPB A; 3QES A; 4KKO A; 4IG0 A; 4B1U B; 2KFN A; 5A2Q O; 2QKB A; 2HST A; 3MX2 A; 2NLX A; 3L3V A; 2E2P A; 4WQ4 C; 3VER A; 5KTQ A; 3ENO A; 3DYA A; 3ASM A; 3JXU A; 1L3T A; 1RT6 A; 5E84 A; 4CJQ A; 1RBU A; 3HXM A; 4QCL A; 3VQB A; 3M8Q A; 4DS5 A; 1C0G A; 5DK5 A; 4TSX A; 3PIP L; 2QWM A; 2P9S A; 4B08 A; 1MWM A; 2OZM A; 3KWI A; 3O4Q A; 2BGG A; 3K9J A; 3R6M A; 3CQX A; 3OYL A; 3DXK B; 5JLF A; 1ASW A; 4BRI A; 4BC3 A; 1S5J A; 2P9P B; 3OS2 A; 2O8E B; 3TAR A; 3UKU A; 3J7Z O; 3PY8 A; 4CZK A; 4DTP A; 2PZS A; 4I9Q A; 4DR1 K; 1EKE A; 2XY6 A; 3SPZ A; 5AQS A; 4IDK A; 2XRI A; 3WEE B; 2NRZ A; 4B9T A; 5J1E A; 2E2O A; 1W9H A; 3ZX3 A; 5AJ3 K; 5BRE A; 3ISN C; 2R7Y A; 1KXP A; 1RT1 A; 3K5O A; 4DV4 K; 4AHC A; 3V9X A; 1K73 O; 3U9D A; 1WSH A; 3J7Y P; 1K8K A; 3MX5 A; 3TR8 A; 1VQ4 N; 3TAM A; 1D4X A; 3ZX0 A; 4JLH A; 3LP2 A; 1TKD A; 3I55 N; 3ENH A; 3D2F B; 3EE8 A; 2YNH A; 2ZQB A; 1WUA A; 4JI2 K; 3A5M C; 3TAN A; 3HPG A; 5KGX A; 3F9K A; 5LJW A; 4HVJ A; 4WFA L; 4FZY A; 4LH5 A; 5AQV A; 3SUQ A; 4CE9 A; 5KPT A; 1FKP A; 4JKG A; 2P9S B; 3ZSW A; 3OYN A; 4HWI A; 3HOS A; 2HBL A; 3HJF A; 5C2D A; 1A5V A; 4CJW A; 3DLE A; 4NLC A; 3AA4 A; 2GEM A; 3AVI A; 4BWM A; 5AQH A; 3VET A; 3V9W A; 1D8Y A; 4JHD A; 2E88 A; 4LH4 A; 2QWP A; 4AF1 A; 1FKO A; 3UKU B; 1IG9 A; 3NFA A; 1S22 A; 3P4I A; 4HCC A; 4DSL A; 3ZT0 A; 4CER A; 4RW7 A; 3E9O A; 4MDB A; 3PO5 A; 3QNN A; 3K58 A; 5HL7 L; 4BY9 C; 1T03 A; 4Z4G A; 1KQS M; 4DTS A; 1ZC6 A; 1W2B M; 4CHQ A; 4OX9 K; 4IWV A; 1UWB A; 1WOQ A; 4MO5 A; 1NGA A; 3OYC A; 4E7L A; 5TKY A; 4KHN A; 4IEI A; 2ATQ A; 1KVA A; 1QHA A; 1KFS A; 2IVN A; 4FO0 A; 1RT2 A; 4AHS A; 2ZWH A; 1QTM A; 1EQY A; 4WCE L; 4GY2 B; 4YOU A; 3RVC A; 3M5R A; 3ZSV A; 1C0M A; 3VGK A; 4M63 C; 3IUC A; 3DAW A; 3FE1 A; 4CBX A; 5TKW A; 4XH1 A; 3WQU A; 4XH4 A; 3WNF A; 3CCL N; 4KTW A; 4JD2 A; 4NO7 A; 4JKH A; 1NGC A; 5BPL A; 4X66 K; 4QAG A; 5FDL A; 5M1Q A; 3TPQ A; 1HNX K; 4KHU A; 4ZTF A; 2WON A; 1BIU A; 4PA1 A; 1RBS A; 2ASM A; 5EXW A; 2ZF5 O; 4H8K A; 1Q7Y O; 3T1H K; 3TAQ A; 1YXQ A; 2HNZ A; 1KAY A; 1QE1 A; 2KW4 A; 4BR9 A; 4ELV A; 4Z4F A; 3AVG A; 1QQC A; 3E9P A; 4NXM K; 4WQ4 A; 4AHR A; 1O13 A; 1OKJ A; 1GLF O; 3EN9 A; 3E1Y A; 2A3Z A; 1RDB A; 3C6T A; 3DLG A; 4BVO A; 3ZEU B; 1JXB A; 2A42 A; 1GLA G; 3AVN A; 4LF4 K; 5HRR A; 1YAG A; 4DTX A; 5CE3 A; 4DLE A; 4X64 K; 4EP4 A; 4CJV A; 2KFZ A; 3D7E O; 1QZ6 A; 1WAF A; 4A61 A; 4FWR A; 4CZL A; 4H0Y B; 3AVK A; 4OKJ A; 2JWL A; 3BZC A; 5FRN A; 4B1Y B; 3C94 A; 3SV4 A; 4IO8 A; 3MWP A; 4DTR A; 2DFH A; 3P5J A; 2VCP A; 4JV5 K; 1DEJ A; 1NNE A; 3TAB A; 2BUP A; 3VA0 A; 5MLC Q; 3OJU A; 2HHH K; 4QS7 A; 1Q18 A; 4W5T A; 1SL1 A; 1LW0 A; 1U6Z A; 3LP0 A; 1Z6R A; 3HRG A; 2PBD A; 1YI2 N; 4K41 A; 2NRX A; 1W7A A; 4JD2 B; 4B1V A; 1IV0 A; 3I56 N; 1VSK A; 2D0A A; 1QVF M; 3N4Q A; 3V9Z A; 2ZGY A; 2E8A A; 4OO1 J; 5ADX A; 3RR7 A; 3VN5 A; 4H5R A; 1NBW A; 1KTQ A; 1IO2 A; 3HBT A; 1N33 K; 3CCE N; 3SK3 A; 3QNO A; 4LF6 K; 4R5P A; 1TK8 A; 4C8L A; 4FLV A; 1RT3 A; 3P38 A; 1SKW A; 1U45 A; 3B8A X; 1NJZ A; 4DTM A; 2E1Z A; 3CF5 L; 3CFO A; 4W5N A; 2G8H A; 1OH8 A; 3TAG A; 3LDP A; 4FZX C; 1U48 A; 2Q31 A; 1LAV A; 4HUE A; 3FZM A; 3IRX A; 3TSQ A; 2E2N A; 3SUP A; 2E5L K; 4BRE A; 4Y0W A; 1N32 K; 4CEQ A; 3BGR A; 5C25 A; 3O8M A; 4B9N A; 3HM9 A; 3OYG A; 4IO9 L; 1NK0 A; 2E6L A; 4DQQ A; 4YOX A; 2UU9 K; 2HMP A; 3K59 A; 1RTI A; 4O8K A; 4Z94 A; 1H1V A; 3M1F A; 3S3O A; 3CET A; 3FFI A; 3CPE A; 4PL7 A; 3AVL A; 2P5G A; 4O5B A; 3HTV A; 1HNZ K; 3IS9 A; 4CD1 A; 3FLC O; 4CEE A; 2FBY A; 4BRH A; 4BRO A; 2QM1 A; 4CJF A; 3U6F A; 4FJN A; 4FCY A; 1SL0 A; 4LD0 A; 1C0U A; 3TTD A; 3VQQ A; 4FSV A; 5SWM A; 4W5R A; 5GAH P; 1NJI O; 3BEX A; 4JI3 K; 5CYQ A; 3DM2 A; 4O0J A; 4BGA A; 4B3R K; 3N4P A; 4LFA K; 2NRV A; 3RRH A; 4FW2 A; 1WBB A; 3FGU A; 3L0Q A; 4DS4 A; 3EO3 A; 1HQU A; 1X9W A; 3D2E A; 3ZSX A; 4G1Q A; 3PSF A; 4CF9 A; 1TVR A; 3DLB A; 1IKW A; 2A6A A; 3BDP A; 4H4M A; 3V9U A; 4ISG A; 3SV3 A; 4PKG A; 4HTU A; 3ALY A; 1TL3 A; 4BDP A; 2IS3 A; 1JLF A; 2FXU A; 2IIR A; 4JS4 A; 2ZD1 A; 4YOV A; 4BRQ A; 4CVN E; 3CHW A; 4CIF A; 4DSK A; 4IOA L; 2UXD K; 4JAX A; 4I2P A; 4WFN L; 3SYZ A; 4DFM A; 1RDW X; 2QTD A; 1SKR A; 4MFB A; 1JLA A; 1VQ6 N; 1LWE A; 3MMV A; 1XMQ K; 4MO4 A; 4FM1 A; 2YHY A; 1L5U A; 3WXJ A; 5AZI A; 3TAE A; 4FJX A; 4JRP A; 3M8S A; 1SL2 A; 3J8A A; 2GBZ A; 1R59 O; 4DTJ A; 4J2B A; 2KKZ A; 5F0X A; 2O8D A; 1XNR K; 3ZET B; 1KLN A; 2VG5 A; 4K25 A; 2Q0U A; 3TAP A; 5C42 A; 4CFD A; 2YKM A; 4DWI A; 5DM6 L; 4DUY K; 1IJJ A; 1CXU A; 2KZZ A; 4DU3 A; 1CZA N; 3D2E B; 1BWF O; 3NF9 A; 3UE5 A; 1TAU A; 3J80 O; 4BRD A; 3AGR A; 3V81 A; 2F9W A; 3W0L A; 1C6V A; 3G25 A; 3QER A; 1CXQ A; 3VEX A; 1VQO N; 1WSF A; 3I0R A; 1TGO A; 1EWQ A; 1E4F T; 2V51 B; 4O8U A; 2BE2 A; 3IMX A; 2OAN A; 1E3M A; 2XY8 A; 5AQM A; 5LL6 Z; 4DV3 K; 1X9M A; 3C0B A; 5BR8 K; 1EET A; 1S1U A; 3QIO A; 5GAE P; 2FBX A; 4FLZ A; 2NRR A; 4RG8 A; 4IJA A; 1NKB A; 3JS6 A; 1QSY A; 5JVG L; 4OVL A; 4YDU C; 3IKM A; 3AAP A; 1S6P A; 3SMS A; 2H3G X; 2YHA A; 2GWK A; 4B9S A; 3LM2 A; 3O4N A; 1BI4 B; 4DR7 K; 5F2R A; 2EWS A; 4C23 A; 4CK3 A; 1X9J A; 3OS0 A; 1HRH A; 1G99 A; 3R9P A; 4OLB A; 4IFV A; 4XH5 A; 3T7Z A; 3K5M A; 1JXE A; 4DV6 K; 4KRF A; 4NYF A; 4N47 A; 5F1X A; 3VEN A; 3CCR N; 4DTU A; 3DRR A; 2O8D B; 1MWK A; 1RTJ A; 3AAR A; 5AQR A; 2A1R A; 2E6M A; 1JCE A; 4GV3 A; 2QW9 A; 1JLC A; 1J5E K; 2W6K A; 1BOT O; 1GLJ O; 1HR0 K; 3KLI A; 2A41 A; 3RRG A; 3LAM A; 4MDA A; 3S41 A; 4BRF A; 3F2K A; 4DCH A; 3ID8 A; 4M45 A; 3THY A; 3OYB A; 2NRH A; 4PKH A; 2X78 A; 4CI6 A; 1WSI A; 2HHV A; 3VEY A; 4CIE A; 2HHQ A; 1NMN A; 4BC4 A; 2QA4 N; 4LFB K; 2P9N A; 2QI2 A; 4H0X B; 4A57 A; 4X65 K; 1Q82 O; 1L3U A; 1OH5 A; 3ZCM A; 1NJY A; 1W0H A; 3I8B A; 3TU5 A; 4CZH A; 2AJQ A; 3T69 A; 2HBM A; 4E7H A; 1ZBS A; 4JI7 K; 2FF6 A; 1W97 L; 5AQW A; 4DR3 K; 4DG1 A; 4CGJ A; 2O8C B; 3MN6 A; 3QIC A; 1J54 A; 1YTA A; 4FWP A; 1JLB A; 4I7F A; 2OZS A; 2YKN A; 1N6Q A; 5AQJ A; 3BY5 A; 1RBT A; 4KHW A; 3DLL L; 4KHQ A; 1BU6 O; 2VGM A; 3F73 A; 5HRP A; 1V4T A; 3CXC M; 2W41 A; 4CEO A; 3LDN A; 2BAN A; 3G71 N; 3CI5 A; 4O44 A; 1D9D A; 3AVM A; 1HKB A; 1XI1 A; 3RSE B; 3LDO A; 5CZ2 A; 1BCM A; 2QWL A; 2BDP A; 3LAL A; 5C0Y A; 3OYA A; 1ZXO A; 1TYQ A; 3OYH A; 1B9F A; 3AV9 A; 3ZT2 A; 1X1P A; 3SZ2 A; 1Y97 A; 4DMN A; 3EEQ A; 3AVB A; 3DLR A; 3LPU A; 1YJW N; 5HLF A; 5BPN A; 2IGI A; 2WTU A; 4JN4 A; 3BUZ B; 1GOB A; 4YOY A; 3K0S A; 2HVH A; 1FXX A; 1ATR A; 2P9N B; 4CZE A; 3FZH A; 3OYE A; 2P9K B; 1MU2 A; 1SKS A; 3NMU A; 4G9Z A; 2GV9 A; 4GV6 A; 4EP5 A; 1GOA A; 1Z26 A; 4CEB A; 1Y64 A; 4Z4H A; 4FJG A; 1JLG A; 4CGI A; 5AFU A; 1NGI A; 3CMA N; 4OPA A; 4WFB L; 4FWN A; 4WF9 L; 4Z0U A; 2VWB A; 3SBG A; 1BQN A; 1BQM A; 5M1O A; 3NF7 A; 3OA9 A; 1RFQ A; 1VQN N; 3OS1 A; 1QHT A; 4F3T A; 2CGL A; 3O9T A; 3LWL A; 4NCG A; 3QB0 A; 4BE1 A; 4JK8 A; 3R8E A; 2YHB A; 1I3A A; 5HRN A; 4DV7 K; 3NVK A; 2YI1 A; 3U9Z A; 5HOO A; 4CBU A; 4ZHR A; 4FWS A; 1MDU B; 2Y1I A; 1UOC A; 5C2F A; 3TI0 A; 4E1J A; 3VA3 A; 2KHO A; 2G8V A; 2PYL A; 2QK9 A; 3MAQ A; 1TYQ B; 3OBW A; 3J7A P; 4DTN A; 3CJA A; 4B1Z A; 2NUB A; 1RBR A; 4CFC A; 4AIL C; 4DTO A; 4IEE A; 4YY3 K; 1VSI A; 1YIT N; 1IKV A; 3RR8 A; 2F8S A; 1NKC A; 1ASV A; 3CC4 N; 3RMB A; 3A0I X; 3VF2 A; 4ISE A; 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4CJ7 A; 4B1X B; 4CEA A; 1CZB A; 4WQ5 C; 4BRK A; 1S1T A; 2X74 A; 4JHD B; 2F4V K; 4CF8 A; 2Q36 A; 5GIN A; 4K0K K; 2CH5 A; 4ZTJ A; 3DOL A; 5AQL A; 2O8B A; 3DI6 A; 1VSJ A; 2VWK A; 1N5Y A; 3R1X A; 4LY7 A; 4DQP A; 1S1W A; 4FM2 A; 1HUX A; 3MN5 A; 3KIO A; 5FPM A; 3M8R A; 1VSM A; 4E19 A; 3QET A; 3DRS A; 4M41 A; 1Z25 A; 2W42 A; 3OHR A; 3T1A A; 1NK5 A; 2JWK A; 2O8F A; 2JGU A; 4H5V A; 4KPY A; 1T44 A; 4B9Q A; 2P9U A; 3WQT A; 1J9A A; 2Q1N A; 3OBY A; 2VG6 A; 4I9L A; 2QWO A; 5FPD A; 4E89 A; 3JYT A; 4K43 A; 3U8X A; 1IBM K; 3KLE A; 4DQ8 A; 3ZLJ A; 4O4G A; 4OGE A; 1BCO A; 4DB3 A; 1BG3 A; 4JK7 A; 4A2B A; 5FLX O; 4HUG A; 2HOE A; 2WC9 A; 3A5N C; 3AVF A; 3VTH A; 2FSN A; 3Q7B A; 4CW7 B; 4X62 K; 4RW6 A; 3E01 A; 1GOC A; 5HP1 A; 3MXI A; 2ZJQ L; 1QQN A; 5EU7 A; 2ETJ A; 5AQZ A; 1NOY A; 1N36 K; 3FZK A; 3OTO K; 4KTZ A; 4BRN A; 4CGD A; 3ZYY X; 1HYS A; 3HK2 A; 3HVR A; 4FJM A; 4FL9 A; 3H08 A; 4OJR A; 3QFU A; 2RHK A; 4CK2 A; 3W3D A; 5EVZ A; 2NNW A; 2ITG A; 2ZE2 A; 3AO1 A; 4N56 A; 2IDO A; 4H0V B; 1VQ8 N; 2Y1J A; 4AHV A; 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