5C10A

Nuclease domain of the large terminase subunit gp2 of bacterial virus sf6
Total Genus 82
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
82
sequence length
242
structure length
230
Chain Sequence
MAIIKREWLEAATDAHKKLGWKAKGAVVSAHDPSDTGPDAKGYASRHGSVVKRIAEGLLMDINEGADWATSLAIEDGADHYLWDGDGVGAGLRRQTTEAFSGKKITATMFKGSESPFDEDAPYQAVRTIGDVFRNKRAQFYYALADRLYLTYRAVVHGEYADPDDMLSFDKEAIGEKMLEKLFAELTQIQRKFNNNGKLELMTKVEMKQKLGIPSPNLADALMMCMHCPA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords Gene 2 protein
publication title Two distinct modes of metal ion binding in the nuclease active site of a viral DNA-packaging terminase: insight into the two-metal-ion catalytic mechanism.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage sf6
molecule tags Metal binding protein
total genus 82
structure length 230
sequence length 242
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-06-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF17288 Terminase_3C Terminase RNAseH like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.240 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5c10A00
4IEEA 5C2FA 4IFEA 4IEIA 5M1OA 5M1QA 5M1PA 5C15A 4IDHA 5C10A 3CPEA 5C2DA 5C12A 5M1NA 3C6HA 3C6AA 5M1FA 5M1KA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1WOQA 1OVYA 1L3TA 1NGGA 4C8NA 1VSKA 3RRHA 1C0GA 2XHBA 3KKSA 5F0XA 3DWLA 1LW2A 2F9WA 4HCBA 4O8KA 2W42A 2Q31A 4EFHA 5M1NA 2ZE2A 3DI6A 1BI4B 1T44A 3M3ZA 4BE1A 3B6OA 1XNQK 4JK9A 1KLNA 4Y0WA 3LANA 1GLFO 3DXMB 1IJJA 1WLJA 5AQSA 1RT2A 4CEEA 1XC9A 5JS1A 3CG7A 4NCAA 4KI6A 4O5BA 4PWDA 1ITGA 5M1KA 1VQ6N 4CZFA 1E4FT 4H0VB 2ITGA 4CZKA 4KREA 4IOXA 4JN4A 3WT0A 3WQTA 3DLKA 5GAEP 1MDUB 2FBXA 2WC9A 4DU1A 2YHYA 1KVBA 5C24A 4IEEA 5TKYA 3TSUA 1IG8A 3ATUA 3CJCA 2ETJA 1NGCA 3EKSA 4FJ5A 2O8FB 1X9WA 4CD3A 1BGXT 1WSHA 2XRIA 2CGLA 4QAGA 1VRTA 2HBMA 4AH9A 5J2QA 4F8RA 2OANA 5HP1A 1KXPA 2UU9K 4Z4EA 3H1VX 3V1QA 4M63C 2O4IA 1YIJN 3T19A 3QBWA 4M3RA 3QICA 1SKRA 4KHNA 1UOCA 2VG5A 4CJLA 1BCOA 4Z4FA 2QWRA 1EO1A 3NGIA 4DS4A 4M3YA 1H1VA 2O8DA 1Q81O 2GWKA 2HNZA 4NCGA 4DQ8A 3TSPA 2PAVA 1VQMN 4CEQA 5D3GA 4EHTA 3SMPA 1HRHA 3I56N 4ICLA 2CGKA 3QFUA 4BDPA 3NBPA 4DR3K 4I2QA 4DV1K 2DFHA 1LOTB 1VRUA 2ASOA 1WSFA 1CZ9A 4OPHA 3AVIA 1OH8A 2HNDA 4PKIA 1L5UA 3VQBA 4YNQA 3QETA 4L8RB 3CJ7A 4GV9A 4OO1J 4M41A 4HHTA 5KRTA 4IDHA 1J53A 3S41A 4N56A 1RT5A 2ZJQL 3ENHA 5AQFA 4CEBA 3ZEUA 3MN7A 4M3TA 1FKPA 5CYQA 1VQ5N 5GADP 1HJRA 4Y1DA 3RSEB 1TL3A 5AFUH 2P5GA 4BDZA 2B5JA 2AA4A 5AQHA 5CZ1A 5AQWA 3LDLA 4FLXA 3PX0A 2O8DB 1OH7A 3LZIA 1RGIA 4CJTA 2Q0RA 2NUBA 2ITMA 2QWMA 4JI5K 3AGRA 5KPZA 2HHTA 3L8BA 3OW2M 3G0ZA 2UXBK 4B9NA 1ZBUA 4DSFA 1G15A 4AQYK 4DTMA 4LD0A 3RR7A 4FJ9A 5BPLA 3O9RA 1U48A 2YHAA 3E9PA 2HW3A 3CM5A 4C8KA 3KD1E 1EWQA 3AY9A 1RNHA 1T7PA 4DV4K 2X6SA 3SAFA 2O8CA 3G4SN 1L3SA 2GV9A 3KKRA 3V1OA 4DLEA 2XY7A 4DTJA 4CF1A 4DR2K 3S9HA 4WF9L 3BY5A 2QWNA 3AAQA 1J6ZA 2ZGZA 3V1RA 3VQ5A 3U6FA 4F9OA 2D0AA 4IWVA 1P90A 2RF2A 4FW1A 3FZLA 3DLGA 5AZJA 3ZEUB 3CQYA 2H3GX 3BEXA 4DFKA 5JS2A 1YT3A 1NLVA 3I33A 1BWFO 1RT7A 3L6QA 3SPYA 1VQKN 3ENOA 2PBDA 3EKUA 4I6MA 2Z1HA 5E26A 1S1TA 3CJ1A 2OZSA 3A5MC 3WQUA 2E6MA 5EVZA 3TSQA 4AHSA 1VSEA 3ZSWA 1BQMA 4BRCA 4LF8K 4FWRA 4GVEA 3M8PA 3K0SA 1VQLN 2V7YA 1QSSA 1HKCA 4Z94A 3OBWA 3SV3A 1HMVA 3LP3A 4CF2A 2ATQA 4Q5VA 5AQNA 2E5LK 2WBNA 2UYTA 3HVTA 3KK7A 2VQEK 3GDQA 2KZMA 5KGWA 4H0PA 3BUZB 4V19S 2O8CB 4E7IA 1GOCA 2P5OA 2R7YA 4LF9K 3CM6A 3EE8A 3GG4A 1RT3A 1NK4A 3LP2A 4FPAA 4OLBA 4CEAA 4DTOA 3I0RA 2HHSA 3E66A 4OPJA 4E1MA 2IS3A 4JAXA 3O6WA 4BREA 4DSLA 3PSFA 3EZWA 4A5BA 1IH7A 4FJXA 5AZJB 4DQSA 3SYZA 3D2EA 1JCFA 2YX6A 4ELVA 4BWMA 4CGFA 4BG8A 4K41A 5BPMA 5BRDA 3VQAA 4A62A 4C8MA 1GLLO 2BH1A 2XY8A 4I6MB 3VQPA 4WQ4A 3RVCA 2D0BA 3QO9A 1ZBLA 3ZYYX 2OZMA 4AHVA 2RE2A 4H8KA 1TK5A 3TANA 3QEIA 1Q82O 4H0TB 4FJKA 1RDWX 3SV4A 1J5OA 4DFPA 1VSDA 2NRHA 3AA5X 2WOMA 1TKXA 2E20A 4HWIA 4CEFA 3S3MA 3DMJA 3OYKA 1M1KO 4H5NA 4NB4A 3PX6A 1WSGA 1NKBA 1FK9A 3O9UA 1CXQA 4NCBA 2GTDA 3JYTA 1B92A 3CJAA 4N41A 3J7YP 4AILC 3SJHA 1C1BA 1UA1A 2FF3B 3P5JA 2P9NA 3HYFA 3KWIA 2W6LA 4O4GA 3T69A 1S72N 3VQCA 2ZD1A 2B6AA 3D2EB 2JGUA 5DM7L 3LP0A 4KHUA 2P9SA 3F2KA 3IAYA 1TUYA 4BQZA 2YJEA 3QB0A 3V4IA 3DM2A 3CJBA 4CJUA 2QKKA 3CF5L 1TKDA 1WUAA 1RTIA 4BE2A 1FW6A 4E1NA 2NNWA 1RDDA 4OPKA 4YFUA 3HOTA 1XMQK 1J9AA 3AVCA 4U7BA 2D4WA 2RKIA 2OA8A 2DPNA 3CQ8A 2Q97A 2D0OA 3AO3A 3CFOA 4JKHA 3RMAA 1ZC6A 2YCHA 4IO8A 5AFUA 1KQSM 2Q3SA 2Y1IA 2P9LA 3MEEA 4CBXA 3MXMA 2GWJA 4CK1A 4J8FA 3G10A 3PSIA 2HHXA 1KCFA 4JRQA 4B9MA 4BRHA 4JEPA 1NGHA 4RW7A 2F96A 3DLRA 3PY8A 4W5QA 4H0XB 4B08A 3TR8A 3C7NA 4CESA 1U49A 4N47A 3CCMN 4CFBA 4CJ4A 1EETA 2P9NB 3BP8A 4WFBL 4EIAA 4BRKA 3CC4N 3NVKA 2FF6A 3H3OB 3VA0A 4WE1A 4XH5A 1RBSA 2A3ZA 1HLUA 4OX9K 3QESA 3HPHA 2OCEA 4I2PA 2PZSA 2D1KA 3RWUA 5AQUA 2BE2A 4FJ8A 3PV8A 4ELTA 4FM1A 2A1RA 4FWPA 2ASPA 4IFVA 3E9OA 1Z25A 2HHHK 2Q0UA 4IEIA 1I3AA 4FLWA 1TK0A 3M8SA 2KZZA 3AVBA 4GY2B 1ATSA 1HYVA 2YNGA 5KQ8A 4B3SK 3QDKA 5C15A 5SWMA 1WBBA 1SKWA 4OJRA 3KHYA 4E1JA 2P9LB 1JCGA 1MWKA 2YJFA 4DR1K 4LF7K 1KLMA 3UE5A 4A2AA 1NK0A 1GLCG 3VERA 2IVNA 1ASUA 1L3UA 3C7NB 3K57A 3NCIA 1BUPA 1JL2A 2ZWHA 3SQ0A 4W5NA 4IOCL 5HRSA 5A2QO 1RTDA 3M1FA 4H03B 5BR9A 3EY1A 3OYLA 4JK7A 4N76A 1X9JA 2IDOA 3KLFA 2EHGA 3OBYA 3L4IA 3MX2A 1IBMK 3CCUN 5TKWA 3ZT2A 3S3NA 5GIPA 2YNHA 1XUPO 3VMFB 3FE1A 2FBYA 3VQQA 3BZCA 4BE0A 3UKUB 1X9MA 4AHCA 5B8HA 5AQZA 3ENBA 4M7XA 3WEEA 2HHVA 1R59O 3V81A 2HHUA 2NRXA 4CK3A 1RDBA 4OGCA 1HNXK 5JVHL 3AVGA 1A5WA 1SZ2A 4B1XB 3NGZA 5KI6A 5BN8A 4CHZA 1Y97A 5EXWA 1ATRA 1VSIA 5HLFA 4EP4A 1RDUA 3QEVA 4DFJA 4ILGB 3V6DA 4IKFA 3PO5A 3TAMA 4DV7K 3R1XA 4H0YB 4FL9A 4BY9C 4RW6A 4DV0K 3M8RA 1XC3A 1K6YA 2HBJA 1SUQA 4JI2K 3CQXA 1O1WA 4A2BA 3H46O 1UWBA 1WN7A 2QEXN 4E89A 1WBDA 4GNIA 4E19A 3OJUA 1XI1A 3VF4A 3SBGA 3L4QA 4BRQA 4DV3K 1XQSC 5BPNA 3SCXA 2QM1A 5F2RA 4O8UA 1N34K 1JCEA 3QERA 2G8VA 2HBKA 3CCSN 2QK9A 3CCEN 3GE1A 2G8KA 3VEOA 3DRRA 1Q18A 3O9SA 4B3OA 4WYBA 2Z1IA 3ID6A 4FLTA 1W9HA 2X78A 4BVPA 2BANA 2FSNA 3ZSXA 2VQFK 3NF7A 2YV0X 3FZKA 1R0AA 3WEEB 2ZM6K 3MWTA 3K5OA 4PY5A 4CEOA 4YOXA 1IG9A 4C8OA 3HM8A 1HR0K 3VF2A 1BO5O 3VEVA 2QXLA 4I9LA 3MEDA 4CCHA 3OYHA 4FWKA 1U6ZA 1NG9A 1FKOA 3V9UA 3AAPA 2F8TA 4CF8A 3K9JA 1GOBA 3NH0A 3FFIA 1BA1A 2ASMA 2QW9A 4JRPA 2OPPA 3BZKA 3HSCA 5LMNK 3LM2A 4PKHA 4YY3K 3CJ9A 4FXDA 3MCPA 3VQ4A 1B9FA 1JLEA 5M1FA 3N4PA 5FPNA 1JLGA 4K25A 3L2WA 1VQPN 1NK9A 4AM6A 3FR0A 4FJ7A 1D5AA 1SL1A 4FW2A 4DTXA 3TAFA 3C65A 1OKJA 3TTDA 5CHIA 2BTFA 5LJWA 1X1PA 1U47A 3P1GA 2OPRA 3ZCMA 3R6MA 3K5LA 3OYBA 1YTUA 2QWQA 4KHQA 4QOZB 3ISNC 2AP1A 4DV6K 1TAUA 3IDHA 4F4KA 4LFAK 3BF3A 3TPQA 4OVLA 1YJNN 4EZ9A 4BRMA 3D6RA 5I9EB 3TI0A 3MK6A 4IOAL 2HMPA 2HSTA 1EWRA 3O9TA 3RSEA 3KIOA 1Q8IA 4OKEA 2P51A 3VEZA 4YOYA 3VQDA 3AO4A 4DTUA 4KI4A 3TWHA 3RRGA 2ZQBA 4JHDA 2I5JA 1TK8A 3RMDA 2UXDK 1VQ8N 4KV8A 4FWMA 4JI8K 2HHWA 3AVAA 3AO1A 1ESVA 2VG6A 4WCEL 3OYNA 1HUXA 3NGYA 3WXJA 3LPTA 2GX9A 2YNFA 1N8RO 2OTJN 1KFSA 1YUWA 1VAZA 3ZX0A 4YDUC 4QS9A 3IFRA 1C6VA 1NJWA 4DTSA 1S6QA 2X74A 4N5SA 5CR4A 3O1BA 3SK3A 3UB5A 1F21A 1LAWA 3E1YA 3NF9A 4LF5K 3G25A 3FZFA 3ZSYA 3U3YA 3QNOA 1RFQA 1LWFA 3O4NA 4H5WA 4IZ9A 2VWJA 1SS6A 3I55N 5ELZA 1TGOA 2QWPA 4WFAL 4K43A 3CXCM 4BDYA 4KBOA 5AQVA 5AQYA 4DV5K 1QVGM 1K8AO 4FLUA 1NGEA 1SV5A 2I7NA 4O55A 3IG1A 4CHOA 3HPGA 3CCVN 4F3OA 2Q36A 3O5BA 3R8EA 3HOSA 1KRPA 1S9GA 4E0DA 2Q2RA 3CI5A 4BRIA 4JHDB 5IWAK 4I7FA 4KHYA 1U04A 3MECA 4KB0A 5AQQA 3TTCA 2BDPA 2QXFA 3L0QA 3D2FA 4E7LA 3OY9A 4LH4A 1RBUA 3HRGA 1HNVA 4AHTA 2P9UA 3OYJA 2GUIA 1HJOA 3OVNA 3ULEA 4JI1K 1ZBIA 4RW4A 3A5NC 1D8YA 5CE3A 3Q7CA 4CHNA 4W5OA 1T03A 2PYLA 3O3HA 3C6TA 1BIUA 1JXEA 5KPRA 1VSLA 1HYZA 4FYDA 3EL2A 3SPZA 3GOIA 4CGGA 3AA2A 3SQ2A 4NYFA 2HF3A 3ZX2A 5BR8K 5AQLA 2E2OA 4AHRA 3LM9A 5AJ3K 1DGKN 4H5TA 1BCMA 1KSPA 2RN2A 3NDKA 5AQJA 4CZMA 3OJSA 4FJJA 2IVPA 3K59A 3WNFA 2W41A 1BISA 3C0BA 3NHGA 1I94K 2KLAA 4R5PA 3A5LC 5FRNA 4JKEA 4B8CA 4H5VA 1M90O 5GAHP 3AVLA 1RT6A 2HF4A 4DCHA 4YOVA 3D0PA 1RDCA 4CJ5A 4KAZA 4FOIA 4BQLA 2KHOA 4BRLA 5M1OA 4B3RK 2G8IA 1QSLA 4XIUA 4EHUA 1JLCA 1DEJA 1HPZA 2E4LA 5KPTA 4B8AB 1SL0A 3D2FB 3VQ8A 4RCHA 3CC2N 3G6EN 2D5RA 1ILYA 5AQKA 1TV6A 3ZT4A 2ZF5O 2P9UB 3VQ6A 2A6AA 3CFPA 4OGEA 3ULEB 4BRGA 4Y1CA 3OYCA 3KJVA 3THYA 1E4GT 3HL8A 4JK8A 4M3WA 1EQYA 5J2NA 4KHWA 3AVNA 4DSKA 3IRXA 1GLEG 3NVMA 1NJYA 4MQ3A 2IC3A 2IOCA 1OH5A 3L3VA 2KTQA 2CGJA 1N36K 1ZBFA 4KTWA 3VEXA 3F73A 1ASWA 4M45A 1IKWA 1QQNA 3C94A 3OYGA 1Q86O 5BN9A 3R9PA 5C12A 1NJZA 2W6KA 4PQUA 5AQPA 1JXBA 1RTJA 1T05A 1S5JA 3MEGA 4JKGA 4KH4A 3CMAN 2DY4A 3HM9A 2A5XA 2RPIA 3WNGA 5SZTA 4K8XA 3E01A 4FVUA 4HTLA 3FZHA 4CGHA 3M8QA 4BWJA 3SUNA 2VWKA 3TU5A 3IUCA 3WNHA 1GLDG 4CBWA 1NK8A 4F2SA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4IEE A;  5C2F A;  4IFE A;  4IEI A;  5M1O A;  5M1Q A;  5M1P A;  5C15 A;  4IDH A;  5C10 A;  3CPE A;  5C2D A;  5C12 A;  5M1N A;  3C6H A;  3C6A A;  5M1F A;  5M1K A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 1WOQ A;  1OVY A;  1L3T A;  1NGG A;  4C8N A;  1VSK A;  3RRH A;  1C0G A;  2XHB A;  3KKS A;  5F0X A;  3DWL A;  1LW2 A;  2F9W A;  4HCB A;  4O8K A;  2W42 A;  2Q31 A;  4EFH A;  5M1N A;  2ZE2 A;  3DI6 A;  1BI4 B;  1T44 A;  3M3Z A;  4BE1 A;  3B6O A;  1XNQ K;  4JK9 A;  1KLN A;  4Y0W A;  3LAN A;  1GLF O;  3DXM B;  1IJJ A;  1WLJ A;  5AQS A;  1RT2 A;  4CEE A;  1XC9 A;  5JS1 A;  3CG7 A;  4NCA A;  4KI6 A;  4O5B A;  4PWD A;  1ITG A;  5M1K A;  1VQ6 N;  4CZF A;  1E4F T;  4H0V B;  2ITG A;  4CZK A;  4KRE A;  4IOX A;  4JN4 A;  3WT0 A;  3WQT A;  3DLK A;  5GAE P;  1MDU B;  2FBX A;  2WC9 A;  4DU1 A;  2YHY A;  1KVB A;  5C24 A;  4IEE A;  5TKY A;  3TSU A;  1IG8 A;  3ATU A;  3CJC A;  2ETJ A;  1NGC A;  3EKS A;  4FJ5 A;  2O8F B;  1X9W A;  4CD3 A;  1BGX T;  1WSH A;  2XRI A;  2CGL A;  4QAG A;  1VRT A;  2HBM A;  4AH9 A;  5J2Q A;  4F8R A;  2OAN A;  5HP1 A;  1KXP A;  2UU9 K;  4Z4E A;  3H1V X;  3V1Q A;  4M63 C;  2O4I A;  1YIJ N;  3T19 A;  3QBW A;  4M3R A;  3QIC A;  1SKR A;  4KHN A;  1UOC A;  2VG5 A;  4CJL A;  1BCO A;  4Z4F A;  2QWR A;  1EO1 A;  3NGI A;  4DS4 A;  4M3Y A;  1H1V A;  2O8D A;  1Q81 O;  2GWK A;  2HNZ A;  4NCG A;  4DQ8 A;  3TSP A;  2PAV A;  1VQM N;  4CEQ A;  5D3G A;  4EHT A;  3SMP A;  1HRH A;  3I56 N;  4ICL A;  2CGK A;  3QFU A;  4BDP A;  3NBP A;  4DR3 K;  4I2Q A;  4DV1 K;  2DFH A;  1LOT B;  1VRU A;  2ASO A;  1WSF A;  1CZ9 A;  4OPH A;  3AVI A;  1OH8 A;  2HND A;  4PKI A;  1L5U A;  3VQB A;  4YNQ A;  3QET A;  4L8R B;  3CJ7 A;  4GV9 A;  4OO1 J;  4M41 A;  4HHT A;  5KRT A;  4IDH A;  1J53 A;  3S41 A;  4N56 A;  1RT5 A;  2ZJQ L;  3ENH A;  5AQF A;  4CEB A;  3ZEU A;  3MN7 A;  4M3T A;  1FKP A;  5CYQ A;  1VQ5 N;  5GAD P;  1HJR A;  4Y1D A;  3RSE B;  1TL3 A;  5AFU H;  2P5G A;  4BDZ A;  2B5J A;  2AA4 A;  5AQH A;  5CZ1 A;  5AQW A;  3LDL A;  4FLX A;  3PX0 A;  2O8D B;  1OH7 A;  3LZI A;  1RGI A;  4CJT A;  2Q0R A;  2NUB A;  2ITM A;  2QWM A;  4JI5 K;  3AGR A;  5KPZ A;  2HHT A;  3L8B A;  3OW2 M;  3G0Z A;  2UXB K;  4B9N A;  1ZBU A;  4DSF A;  1G15 A;  4AQY K;  4DTM A;  4LD0 A;  3RR7 A;  4FJ9 A;  5BPL A;  3O9R A;  1U48 A;  2YHA A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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