3MX5A

Lassa fever virus nucleoprotein complexed with utp
Total Genus 181
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
181
sequence length
555
structure length
516
Chain Sequence
IKSFLWTQSLRRELSGYCSNIKLQVVKDAQALLHGLDFSEVSNVQRLMRKERRDDNDLKRLRDLNQAVNNLVELKSTQQKSILRVGTLTSDDLLILAADLEKLKSKVIRTERPLSAGVYMGNLSSQQLDQRRALLNMIGMDGVVRVWDVKNAELLNNQFGTMPSLTLACLTKQGQVDLNDAVQALTDLGLIYTAKYPNTSDLDRLTQSHPILNMIDTKKSSLNISGYNFSLGAAVKAGACMLDGGNMLETIKVSPQTMDGILKSILKVKKALGMFISDTPGERNPYENILYKICLSGDGWPYIASRTSITGRAWENTVVDLEGLTYSQLMTLKDAMLQLDPNAKTWMDIEGRPEDPVEIALYQPSSGCYIHFFREPTDLKQFKQDAKYSHGIDVTDLFATQPGLTSAVIDALPRNMVITCQGSDDIRKLLESQGRKDIKLIDIALSKTDSRKYENAVWDQYKDLCHMHTGVVVEKKKEEITPHCALMDCIMFDAAVSGGLNTSVLRAVLPRDMVFR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords Nucleoprotein
publication title Cap binding and immune evasion revealed by Lassa nucleoprotein structure.
pubmed doi rcsb
source organism Lassa virus
molecule tags Nuclear protein
total genus 181
structure length 516
sequence length 555
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-05-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00843 Arena_nucleocap Arenavirus nucleocapsid N-terminal domain
A PF17290 Arena_ncap_C Arenavirus nucleocapsid C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.410 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3mx5A02
4GV6A 4FVUA 4GV9A 3MX5A 4GVEA 3MWPA 3MWTA 3Q7CA 4GV3A 3MX2A 4G9ZA 3R3LA 3Q7BA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4JAXA 2X6NA 2VWJA 1BG3A 3AVKA 3ZSWA 3IMXA 1Q86O 3VEOA 4B9SA 4KAZA 5ADXA 3DLGA 4KHUA 3L2WA 3ATVA 3AGRA 3CQYA 2WUSA 3VEZA 4BRFA 2ZF5O 2BDPA 4BGBA 3H08A 3OYJA 3TTDA 3C7NA 4HUFA 2P9NB 1XUPO 4CF9A 5KTQA 3EKUA 2W42A 1CZAN 4BRLA 4G1QA 3MWTA 1B9DA 5GAEP 3OYKA 5I3UA 1BOTO 3F2KA 3QIOA 4H4OA 3J81O 1GLEG 5M1PA 2OCEA 2A5XA 4M41A 4IFYA 1VRTA 3PSFA 3EO3A 4FLTA 4DSFA 4N47A 4CBWA 2B5JA 4E3SA 3TABA 3FZKA 1X3NA 2Q1NA 3IFRA 1HKCA 1ASUA 4PKIA 1XHXA 2I7PA 1TUUA 4X65K 1T7PA 2YNHA 4A5BA 1RTJA 3I8DA 1J54A 5DM7L 5AQXA 3M3ZA 5F1XA 2D5RA 3KZBA 4FLXA 3DLEA 4Z4HA 3CG7A 4ID5A 2YHWA 2G8UA 5AQUA 3EYZA 4Z4FA 4BRGA 3J80O 4FOEA 1LWCA 4PKHA 1N8RO 4DR7K 4E0DA 3DOKA 1X1PA 4H4MA 4C1NI 4O44A 1YXQA 4BRIA 4M42A 2Q31A 4DTSA 1JLBA 4RW9A 1UWBA 4FCYA 1VQNN 2ASMA 3HM8A 3QBXA 2BANA 3AVLA 2QXLA 1KVCA 1RT1A 3LANA 3GG4A 1VQ9N 2V51B 3CJ9A 3L3VA 2B6AA 5HROA 1L3TA 3B6PA 1NGGA 2DFHA 2V7ZA 4K42A 4MQ3A 4WQ4A 2ZD1A 2XY8A 3R1XA 3M8SA 4CZEA 4FPAA 3OTOK 2FXUA 4I6MA 4KREA 3MN7A 2Y1JA 1J53A 5I9EB 1NGEA 1VSDA 1F21A 5FPMA 1TKDA 1H1VA 1TYQA 1QQMA 4FJNA 4H0OA 2GELA 4OJRA 2DFFA 1U04A 3BF3A 3THYA 1VQ6N 1LV5A 2O8DB 3N4PA 1NMNA 3VTIA 4LF9K 2HHWA 4MO4A 4CFCA 4AM7A 5TKYA 3F5TA 3CCRN 4CJQA 1NJZA 3CC7N 1IV0A 3ZEUB 3SYZA 3MXMA 3SBGA 1EP4A 4B3RK 5AQJA 2IIRA 4Z4IA 4JYAK 3U9ZA 4G9ZA 4CEAA 4CJLA 4CHQA 3RWUA 3NF7A 1KFDA 4BRKA 3CYMA 1E4GT 4JI0K 2YV0X 2PYLA 4BVOA 2P9SB 3MDQA 2PFUA 1C0UA 5AZIB 1VQKN 4EZ9A 4MO5A 1X9MA 2NRXA 3BEXA 1S1TA 3WQTA 5M1KA 1N6QA 2OA8A 1NJYA 1JLGA 3JAMO 1CXUA 1DTTA 1EKEA 3J7AP 4CHNA 3MEEA 4CJFA 2KTQA 4E7KA 3HSTB 4ILGB 3NAEA 4CGGA 2QWQA 2O8FB 2O8CB 3C94A 3MMVA 3ZSYA 4B8CA 3S3OA 1SL2A 5GADP 3HRGA 4DSKA 4B1ZA 4KI4A 4RW8A 4B1XB 3P4IA 5AQSA 4GV9A 4BG8A 3EKSA 4EZ6A 1NGDA 4OPKA 3I0RA 3DXKB 4B9MA 3OYCA 5BPMA 3JSMA 3G0ZA 4FPBA 3A5NC 5AQGA 1IG8A 5C15A 2D0PA 4DTPA 4KHNA 1VQ7N 4O8UA 4HTUA 3D2EA 4DV7K 4FJ7A 4BRNA 2P9LB 2IGIA 3QLHA 4M3RA 3VERA 3LAMA 3VQ5A 3LDQA 3CCUN 2Q3SA 3PSIA 3KK1A 3VGMA 3TSQA 3V1OA 2P9UB 2QWNA 1S6PA 2OPQA 5EU7A 3ZSZA 1XI1A 1N36K 4FVUA 2E2QA 3L4IA 4IJAA 3UKRA 4KHQA 4B9TA 4OX9K 4M45A 4O8KA 2E1YA 3DRRA 3OS1A 4DR2K 3O4WA 3GDQA 3UE5A 4FJLA 1HJRA 2VWBA 3NMUA 4W5RA 3SAGA 4FWKA 4UY8O 4IWVA 4N56A 4I2QA 3EN9A 1SAZA 1VQMN 3E9OA 3AO3A 3DJCA 1BCOA 1KAXA 2QI2A 4CZJA 3S3MA 4I9QA 4OVLA 4CJWA 4JN4A 3D7EO 3H45C 5JLFA 1WUAA 4FWOA 4L3QA 3ZCMA 4CW7B 1RDDA 4CGDA 1BO5O 4C8KA 4RTFD 4XH4A 4IG0A 2VYPA 4CEZA 4HVJA 1BI4B 4OPJA 1EWRA 1KVBA 3CJ1A 4CJVA 1OVQA 4CEBA 3VA0A 4BQZA 3ASMA 4B3SK 3M8RA 2YNIA 2F9WA 4K41A 4O4GA 1S72N 2E5LK 4KB1A 3VQQA 3VF2A 4F3OA 4C23A 1JLQA 3F9KA 4H5TA 2CGKA 4EP4A 2AA4A 3L2RA 3NE6A 4IZ9A 3NGIA 2IAJA 1MWMA 4Z4GA 4FJGA 2UXBK 1S1UA 3PX0A 4JKDA 4FM2A 3QDKA 4H5NA 3SUOA 1X9JA 4FL9A 2F8SA 2J4RA 2IVOA 2UXDK 3M8PA 3G10A 1D9FA 4JHDB 4OKEA 1BQNA 1TAQA 1ZBUA 1REVA 2QKBA 2WC9A 1ITGA 5M1OA 5AQFA 2X6SA 4CJ7A 2A3ZA 1NG9A 1KCFA 3IAYA 2R7YA 3VEVA 3GOIA 3HZ6A 4CECA 4PL8A 5CY4A 4IDHA 3RRGA 2IC3A 2X78A 4FO0A 2D1KA 1W0HA 3WNEA 3SUPA 3CHWA 1HLUA 3CC2N 1JLFA 3AVIA 3LZJA 1RBSA 4CJKA 4CJEA 4DSEA 4CZFA 4E7LA 1BDGA 5EVZA 4K43A 3QICA 3CPWM 1MDUB 1RBUA 3THXB 1ZBLA 3EY1A 1RBVA 2HVHA 4PKGA 1XNRK 3MX5A 4KTQA 4M7YA 3P1GA 5CZ2A 1C0TA 4FJHA 4NCGA 3IDHA 1WSJA 2HOEA 4BR5A 1M1KO 1TV6A 2YHYA 2P1JA 1WB9A 5JICA 3NH1A 1U2VB 3LALA 4CZGA 3KWIA 1Z05A 4YY3K 3KLEA 1VSMA 2G8IA 1E3MA 4JKGA 3WXLA 4J2BA 1HNVA 3ZSOA 4NCAA 1O1WA 4DQQA 2ITGA 3QEXA 3SUQA 3IG1A 4EHUA 4K8XA 3DMJA 1VQ4N 3H1VX 4H5VA 1YTUA 4DFJA 3AVFA 5KQ8A 1S1VA 1S6QA 4FXDA 3ZSRA 4FLVA 1G15A 1K8AO 1NJXA 2O8BA 3HVRA 3DLBA 2UXCK 3ZETA 2KQ2A 4WFAL 2ASOA 3SCXA 3MK6A 1NKCA 4CBXA 1QE1A 3DWLA 2ZJQL 4RW4A 2A40A 2QWRA 4WE1A 4CGJA 1IG9A 4B9QA 4FWMA 1T05A 1N5YA 1DLOA 1EETA 2ZJPL 4OO1J 1JLAA 1Q8IA 5F2RA 3K5MA 2YNGA 4B1UB 2F9TA 1VSEA 3BY5A 5LMUK 1V4TA 3D2FB 4PWDA 1VSKA 5SWMA 2YI1A 5KPZA 3C6AA 5EY4A 1U47A 1HNXK 2ZJRL 1YITN 1KAYA 5BRHA 4DQPA 4JKFA 4X66K 2DTUA 1E4FT 4HWIA 2HNDA 4MLHA 5HRSA 2QW9A 3MCAB 3CCLN 3P5JA 3CJ7A 2CGJA 1JLCA 3PX6A 2HF4A 3TANA 3AO1A 2F7TA 3AA4A 2GUPA 3V81A 2QXFA 3CM5A 1UA0A 3OBYA 3SK3A 4AHUA 1Z25A 4B9NA 1ASWA 5KQDA 4H0TB 1HNWK 4F9OA 4ISGA 4AQYK 4GV3A 3HP9A 3J7YP 3KIOA 2IDOA 3O8MA 3TAQA 2AJQA 2ATQA 3G71N 4CJSA 4FOIA 3DM2A 4MDAA 1IKXA 1RDCA 4QCLA 4M7XA 3UKUB 4ZHRA 4LY7A 1EQYA 4OPHA 5AQWA 1K6YA 4LH5A 1RT2A 1W97L 3AVJA 4DTMA 5KRTA 2PAVA 1NK6A 1SKSA 4HTLA 3DOLA 3AA3A 4O0JA 3B6OA 3R3LA 3O9TA 2Z1JA 3OJSA 3WNGA 1Q9YA 2BUPA 4AHSA 4FM0A 3FZFA 4KTWA 1S22A 4JI6K 3N4QA 3CI5A 3ZX2A 1VHXA 3SV4A 4OLBA 5AQHA 3ENHA 5DK5A 4KBOA 3D0PA 4DS5A 4ZTFA 3LDNA 3CCMN 1ILYA 3ATUA 3ZSQA 4R79A 2PY5A 1T8EA 3BUZB 4BC3A 3I55N 3P83D 2D0OA 4CEFA 2FLOA 1NJIO 1ATNA 2A6AA 4BGAA 1QQNA 3CCJN 4WQ4C 3PIPL 4QS7A 2NRZA 1JLEA 4M3TA 2ZWHA 3ZX3A 3HJFA 1NK9A 2KKZA 4F2RA 4IFVA 1RTHA 3VESA 3CXCM 4JI3K 3LP1A 3VF4A 3V9XA 4DU3A 3SMPA 2HB5A 3I0SA 4YHHK 4FW2A 3BDPA 1HYSA 1GLAG 1WAFA 2OZSA 4HCCA 3HYFA 3THVA 1BA1A 1SV5A 4H8KA 1NK8A 4C8OA 3BZKA 1BQMA 1CZ9A 4N41A 4YOWA 1WSEA 1MWKA 1HPMA 3KHYA 5HBMA 3S41A 3H6EA 1BHLA 3MXIA 5I42A 3FGUA 4DCHA 4JKAA 4L8RB 5C2DA 2YKMA 4LH4A 3ZEUA 1RT6A 4BRHA 1NGHA 5GINA 4U7BA 3SBTA 4OLAA 3CJBA 3NF8A 3VQ9A 3DLLL 2P9PB 3M8QA 4JRQA 3FZMA 4C8MA 2GX9A 5LJWA 4LFBK 1RGIA 1UA1A 4OGEA 5JMVA 3SLCA 3HOSA 1TKTA 3Q7CA 4ILJA 3O3GA 3AVAA 3ID6A 4KHWA 4JLHA 1HKBA 4FJXA 3HO1A 2YKNA 3OVNA 4FWRA 3NDKA 2PBDA 1OH7A 1TL3A 4AHVA 1KQSM 1Q7YO 3NH0A 3SPYA 3TARA 1KLNA 3CFOA 4FK4A 3C6HA 4BC4A 4RW7A 5AQVA 4XEIA 3BF1A 3RRHA 4DV5K 2O8FA 1Z26A 1OH8A 1U48A 2O8CA 1SUQA 3AA2A 3K9KA 1NK4A 4EIAA 1RBTA 3O4NA 3OJUA 4LF6K 3OYBA 3JXUA 1C0MA 3DLHA 3QB0A 1TGOA 1NGJA 3QBWA 1IO2A 1QHTA 3HP6A 3OYAA 4FLYA 3G25A 3DXKA 3ISNC 2HSTA 3QO9A 3DXMB 1U4BA 3K0SA 3O9UA 1QQOA 4YFUA 4ICLA 2P9LA 3LDSA 3A5LC 1WNSA 3HPHA 4M3WA 3I56N 4FJIA 4LSLA 3DAWA 5C42A 3F9MA 5EXWA 2YHXA 1GLBG 1C0FA 4BC5A 4V19S 4PQUA 5T7BA 2VCPA 1HQUA 4Z4CA 4J2DA 4H0XB 4I7FA 4KHYA 1LOTB 3C6TA 2OPRA 4EFHA 2HBKA 3SAFA 3MAQA 3LM9A 3EL2A 4N5SA 4JK7A 3W0LA 1KD1O 3OA9A 2AP1A 3AV9A 4CF0A 5AQKA 2VG7A 4NYNA 5FRNA 3U8XA 2KW4A 3L0QA 5FPDA 3MWPA 1BUPA 1FK9A 4NXNK 3T1AA 4Y0WA 4JD2B 3ITHA 3OYHA 1K9MO 3HL8A 4W5TA 4FWSA 4ZTJA 5C24A 3L2VA 3SUNA 3KD5E 3HOTA 4JKHA 3O1WA 5A2QO 1XQSC 5J2QA 3QNNA 3QFUA 1CZBA 4GV6A 3VQ8A 1SL1A 1WBBA 3NFAA 4CI6A 1BIZA 2RKIA 4WFNL 1J6ZA 1GLFO 3LWLA 2FBVA 1VSIA 3PO5A 1IBLK 3FR0A 4FYDA 4FLZA 4JS5A 2OTJN 1JL1A 4DUYK 4BC2A 2VGNA 3SQ0A 5KGXA 4F4KA 2ZM6K 5FROA 3A5MC 3V9SA 3TAMA 1UOCA 4EHTA 4H0VB 1IBMK 3ALYA 3AO5A 2NLXA 5BR8K 4M3YA 4IOAL 3AO2A 1TAUA 3S3NA 4KO0A 2A41A 4OKKA 3SJJA 3I33A 4JKBA 4DU4A 4JHDA 1D5AA 2VG6A 3MXJA 4BR0A 1R0AA 3KLHA 4CCHA 5KI6A 4CD3A 5C25A 1XNQK 3K9JA 2UU9K 4GW6A 4U67L 4NB4A 3QINA 1VQPN 3EE8A 4PY5A 1QZ5A 2F96A 4DB3A 3MEDA 4BQLA 3RMBA 1RT3A 1HMVA 3PUFA 3J8AA 4GVMA 1LAVA 2V7YA 3FE1A 1L3VA 3E66A 3GL1A 5AZJB 1MU2A 3HPOA 1NNEA 1ZBFA 5AR0A 2G8KA 1EX4A 4CJTA 2QEXN 4IO8A 2OPPA 3LDLA 4HUGA 2HHHK 4A62A 3KKSA 4DKWA 4DTOA 4RCHA 4CK1A 3DRPA 4DSJA 3VQPA 5CHIA 2JGUA 3O80A 4CK2A 4DSIA 3JS6A 3SAHA 5FDLA 3THXA 2IOCA 2CH5A 4Y1DA 5GIOA 4BRMA 3VENA 3KK3A 3AVMA 3CERA 2XO7A 1I3AA 2FSKA 4H03B 3V6DA 2E2OA 4E1NA 1X9SA 3MN6A 4J2AA 1IKYA 3WNHA 1V4SA 4FWPA 4JV5K 4DTRA 3T3FA 4BRDA 3VGKA 2E4LA 3VEYA 3AVHA 4FSVA 2X74A 2I7NA 4LFAK 1KFSA 4CEDA 3CCEN 2FC0A 3BGRA 4CGIA 2GWJA 3VETA 2HNYA 3CQ8A 1BGXT 2QWPA 4DV3K 3LPUA 3O4QA 3VEWA 4E7IA 1O13A 1NJWA 1KSPA 2Z1HA 4O0IA 4BRAA 2QWLA 3EZ5A 2Y1IA 1YJWN 3IRXA 4WF9L 3HK2A 1FW6A 4BY9C 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4GV6 A;  4FVU A;  4GV9 A;  3MX5 A;  4GVE A;  3MWP A;  3MWT A;  3Q7C A;  4GV3 A;  3MX2 A;  4G9Z A;  3R3L A;  3Q7B A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 4JAX A;  2X6N A;  2VWJ A;  1BG3 A;  3AVK A;  3ZSW A;  3IMX A;  1Q86 O;  3VEO A;  4B9S A;  4KAZ A;  5ADX A;  3DLG A;  4KHU A;  3L2W A;  3ATV A;  3AGR A;  3CQY A;  2WUS A;  3VEZ A;  4BRF A;  2ZF5 O;  2BDP A;  4BGB A;  3H08 A;  3OYJ A;  3TTD A;  3C7N A;  4HUF A;  2P9N B;  1XUP O;  4CF9 A;  5KTQ A;  3EKU A;  2W42 A;  1CZA N;  4BRL A;  4G1Q A;  3MWT A;  1B9D A;  5GAE P;  3OYK A;  5I3U A;  1BOT O;  3F2K A;  3QIO A;  4H4O A;  3J81 O;  1GLE G;  5M1P A;  2OCE A;  2A5X A;  4M41 A;  4IFY A;  1VRT A;  3PSF A;  3EO3 A;  4FLT A;  4DSF A;  4N47 A;  4CBW A;  2B5J A;  4E3S A;  3TAB A;  3FZK A;  1X3N A;  2Q1N A;  3IFR A;  1HKC A;  1ASU A;  4PKI A;  1XHX A;  2I7P A;  1TUU A;  4X65 K;  1T7P A;  2YNH A;  4A5B A;  1RTJ A;  3I8D A;  1J54 A;  5DM7 L;  5AQX A;  3M3Z A;  5F1X A;  2D5R A;  3KZB A;  4FLX A;  3DLE A;  4Z4H A;  3CG7 A;  4ID5 A;  2YHW A;  2G8U A;  5AQU A;  3EYZ A;  4Z4F A;  4BRG A;  3J80 O;  4FOE A;  1LWC A;  4PKH A;  1N8R O;  4DR7 K;  4E0D A;  3DOK A;  1X1P A;  4H4M A;  4C1N I;  4O44 A;  1YXQ A;  4BRI A;  4M42 A;  2Q31 A;  4DTS A;  1JLB A;  4RW9 A;  1UWB A;  4FCY A;  1VQN N;  2ASM A;  3HM8 A;  3QBX A;  2BAN A;  3AVL A;  2QXL A;  1KVC A;  1RT1 A;  3LAN A;  3GG4 A;  1VQ9 N;  2V51 B;  3CJ9 A;  3L3V A;  2B6A A;  5HRO A;  1L3T A;  3B6P A;  1NGG A;  2DFH A;  2V7Z A;  4K42 A;  4MQ3 A;  4WQ4 A;  2ZD1 A;  2XY8 A;  3R1X A;  3M8S A;  4CZE A;  4FPA A;  3OTO K;  2FXU A;  4I6M A;  4KRE A;  3MN7 A;  2Y1J A;  1J53 A;  5I9E B;  1NGE A;  1VSD A;  1F21 A;  5FPM A;  1TKD A;  1H1V A;  1TYQ A;  1QQM A;  4FJN A;  4H0O A;  2GEL A;  4OJR A;  2DFF A;  1U04 A;  3BF3 A;  3THY A;  1VQ6 N;  1LV5 A;  2O8D B;  3N4P A;  1NMN A;  3VTI A;  4LF9 K;  2HHW A;  4MO4 A;  4CFC A;  4AM7 A;  5TKY A;  3F5T A;  3CCR N;  4CJQ A;  1NJZ A;  3CC7 N;  1IV0 A;  3ZEU B;  3SYZ A;  3MXM A;  3SBG A;  1EP4 A;  4B3R K;  5AQJ A;  2IIR A;  4Z4I A;  4JYA K;  3U9Z A;  4G9Z A;  4CEA A;  4CJL A;  4CHQ A;  3RWU A;  3NF7 A;  1KFD A;  4BRK A;  3CYM A;  1E4G T;  4JI0 K;  2YV0 X;  2PYL A;  4BVO A;  2P9S B;  3MDQ A;  2PFU A;  1C0U A;  5AZI B;  1VQK N;  4EZ9 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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