3MX5A

Lassa fever virus nucleoprotein complexed with utp
Total Genus 181
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
181
sequence length
555
structure length
516
Chain Sequence
IKSFLWTQSLRRELSGYCSNIKLQVVKDAQALLHGLDFSEVSNVQRLMRKERRDDNDLKRLRDLNQAVNNLVELKSTQQKSILRVGTLTSDDLLILAADLEKLKSKVIRTERPLSAGVYMGNLSSQQLDQRRALLNMIGMDGVVRVWDVKNAELLNNQFGTMPSLTLACLTKQGQVDLNDAVQALTDLGLIYTAKYPNTSDLDRLTQSHPILNMIDTKKSSLNISGYNFSLGAAVKAGACMLDGGNMLETIKVSPQTMDGILKSILKVKKALGMFISDTPGERNPYENILYKICLSGDGWPYIASRTSITGRAWENTVVDLEGLTYSQLMTLKDAMLQLDPNAKTWMDIEGRPEDPVEIALYQPSSGCYIHFFREPTDLKQFKQDAKYSHGIDVTDLFATQPGLTSAVIDALPRNMVITCQGSDDIRKLLESQGRKDIKLIDIALSKTDSRKYENAVWDQYKDLCHMHTGVVVEKKKEEITPHCALMDCIMFDAAVSGGLNTSVLRAVLPRDMVFR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Nuclear protein
molecule keywords Nucleoprotein
publication title Cap binding and immune evasion revealed by Lassa nucleoprotein structure.
pubmed doi rcsb
source organism Lassa virus
total genus 181
structure length 516
sequence length 555
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-05-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00843 Arena_nucleocap Arenavirus nucleocapsid N-terminal domain
A PF17290 Arena_ncap_C Arenavirus nucleocapsid C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.410 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3mx5A02
4FVUA 4GVEA 3R3LA 3MWTA 4GV6A 3Q7BA 4GV3A 3MX5A 3MWPA 3Q7CA 4G9ZA 4GV9A 3MX2A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4FJXA 1QS4A 3HPOA 4Z4HA 1VSHA 1C0GA 3QBWA 2HBMA 3OYJA 4DTSA 4CD1A 3DRSA 4FXDA 5DMRA 3R8EA 4YY3K 3HZ6A 4KI4A 4FLTA 1TGOA 3ZX2A 4CJTA 3K5OA 3S9HA 3EYZA 4DF8A 2P9KB 4ISFA 5AQXA 2G8FA 3SMSA 1GLDG 4CJVA 5GINA 5B8HA 3SUQA 5KPZA 3CCVN 4CF9A 1S9EA 2IDOA 3FZLA 4O5BA 1QTMA 4OGEA 3ASMA 4A62A 3G4SN 3D2EA 4CZKA 2OPQA 3VQAA 1I39A 1VQ8N 4CEQA 4CJQA 1V4TA 2NRRA 4B8CA 3SBGA 1BGXT 4FVMA 1QSSA 3OBWA 1L3SA 2E8AA 2HOEA 4BRAA 3EE9A 1U2VA 4FWQA 3F73A 5KPTA 3MEEA 1QHAA 4KHQA 2W40A 4CJ3A 1JLFA 4KREA 4K8XA 1N5YA 4H4MA 2F8SA 3CJCA 4M45A 4CGDA 4IBNA 2F4VK 4F8RA 3AVIA 3L2VA 3J8AA 4CJKA 4MQ3A 3OS1A 4FM0A 1CZAN 1NOYA 2W6LA 3PIPL 3K5NA 1GLBG 1JLAA 3OYAA 4ISEA 2DTUA 4Z4EA 3NF6A 5C42A 3BP8A 1SS6A 1NBWA 3V4IA 4IO8A 4CD3A 4HUFA 1JKHA 1LAVA 1MA9B 3BZKA 5EVZA 3LL3A 2HF4A 4E3SA 3ZSZA 5AR0A 3V1QA 4DQ8A 3CC2N 3HSCA 3CCJN 4HUGA 3MXMA 2YNIA 4Y1DA 4QCLA 2Q0UA 2J4RA 1SAZA 3DAWA 4RW6A 4BRGA 2O8BA 3CJ7A 4DKWA 1BIUA 4XH5A 4C8MA 4PY5A 4ILGB 4M3XA 2GV9A 4DSFA 3BZCA 2BGGA 3LZJA 3SMPA 4H0PA 4JKFA 4ILJA 3HOSA 1JJ2M 4DSJA 3QFPA 4CZGA 3H45C 4AH9A 4BVOA 4CJ4A 5DK5A 3ATVA 5FLXO 3VQEA 3F9KA 1UWBA 3ID6A 5AQKA 4CESA 4DQQA 2QKBA 3MK6A 3ULDA 4FWPA 3ZYYX 4DSIA 3CFPA 1G15A 3KHYA 2KTQA 1E4FT 3NFAA 1OH8A 3M8QA 3O9SA 4CGGA 2VWBA 4CHNA 3OJUA 3EZWA 4RTFD 3CM5A 3SBTA 3R3LA 4H03B 4BC4A 3P38A 4C23A 4KB1A 2RF2A 4GNIA 2QW9A 3L2RA 4E7HA 1N36K 4CJEA 3AA2A 4FJ8A 4WQ5C 1ESVA 4FJIA 2G8HA 3OS0A 3V9WA 3G6EN 1HJOA 3W0LA 4F3TA 4J2BA 1B92A 4C8LA 1IKWA 3CJ1A 1BU6O 4I2QA 4CZEA 5KGWA 4CEEA 5HRNA 3C6HA 4FWRA 3O1BA 3GG4A 1BHLA 5A2QO 3O3GA 2ZJPL 3OTOK 3DLEA 1KLNA 4NCBA 3FR0A 3AVAA 5GADP 3KD1E 3C6UA 3EZ5A 1QQOA 3NH2A 3A8YA 1NM1A 4CK2A 1RBRA 3BY5A 2O8DA 2QWLA 4DR6K 4GKJK 3VESA 4CHZA 1HR0K 4FVUA 4B1ZA 1D4XA 2VYPA 4J8FA 2WUSA 5C25A 2OPSA 3DLGA 1MWKA 3J81O 3RMCA 2P9UB 5KPRA 2VQEK 1DT9A 1WSJA 2QM1A 4DS4A 4PUOA 1D9DA 1LW2A 5C15A 2GUIA 1GOCA 4M41A 2Z1IA 4N76A 3MDQA 4DR4K 3OYGA 4DF4A 4YDUA 1FXXA 4R5PA 3V9XA 3ATUA 4GMJB 2P1JA 2Y1JA 1KAZA 1W9HA 3HPHA 1GOBA 1YVUA 1HNXK 5EU7A 3SPYA 5LMUK 5I9EB 3MN9A 3P83D 1MU2A 4WFAL 3AA5X 4DS5A 3K58A 1BI4B 4KB0A 2WBNA 4Z4FA 4YHHK 4LSNA 5CYMA 1M1KO 2ITGA 3AA3A 3LDLA 4DTMA 1Q82O 3G10A 4PL7A 2G8WA 1CZ9A 1NGDA 4O0JA 5BN8A 1HLUA 2IVNA 3IRXA 4FLUA 3T69A 1XC3A 2NRWA 1L3UA 4CEFA 3NMUA 4IJNA 2PAVA 4IO9L 4FWLA 1Z6RA 4H0TB 1X9MA 1IH7A 2E2OA 1QQNA 3LP1A 3DRRA 1S72N 5HBMA 3QNOA 1UA0A 4CHQA 4B1VA 3ENOA 1HQEA 2BE2A 2FF3B 3O4WA 1M90O 3VQ6A 3R9PA 4Z94A 4JI1K 2HMPA 3LDOA 3KWIA 5AJ3K 3NGZA 2KFNA 1RDWX 3MXJA 4PQUA 2UXCK 4CFAA 1KVBA 4DHYA 3I56N 4KHSA 1Z05A 1TV6A 1FW6A 4NCGA 3DI6A 1QE1A 3L0QA 3OHRA 2HF3A 1Q9YA 1L3TA 3LDNA 3M3ZA 5FPEA 1ATRA 2YNFA 4FJ5A 3KTQA 3D7EO 3NCIA 3LWMA 4MO4A 5AQNA 4FK2A 3RMBA 3JYTA 2VGMA 2E88A 4BRNA 3CD6N 2HHVA 1VAZA 3O5BA 3VQCA 3TWHA 3RSEB 4DUZK 4JS5A 3MX5A 1NLVA 3LP0A 1CXUA 4CK1A 4WF9L 3SK3A 3NDKA 1ZBFA 4FJGA 4C8NA 3V81A 3WUHA 3RTVA 4F2SA 4DLGA 4FWKA 4DSLA 1RILA 2FXUA 2VWJA 1YJWN 1DTQA 2NRHA 4CW7B 3ZX0A 1OH5A 4YOVA 4LD0A 3LP2A 4K43A 3PUFA 1BA1A 2PFUA 2P9SB 1VSJA 4DUYK 4PHTX 2D4WA 4HCCA 5EOYA 4B3OA 4AHTA 3THVA 3VA3A 1BI4A 3KLIA 3V9ZA 3SUOA 3PO5A 4JI5K 5AQWA 1RGIA 5BPMA 5AFUH 4M42A 3CJAA 3SQ1A 5FPNA 4CJWA 2ZD1A 1N6QA 2OYQA 4IXCA 2YCHA 4I9QA 3NGIA 4BDPA 1OH6A 1HX1A 4BR7A 3JS6A 3L2WA 3ZT2A 2G8KA 4JKGB 2E1ZA 4IFEA 2QWOA 5LL6Z 1TAUA 3TTFA 1WSFA 2D5RA 3TU5A 1TK5A 3ZSOA 4FM2A 4KPYA 1VRTA 2E20A 1BQNA 4ID5A 4WCEL 3E9OA 1CZBA 4BGAA 4KHNA 5BRDA 2EX3A 3K0SA 1S6PA 1YXQA 2HNZA 5MLCQ 3OYHA 3HVRA 1J54A 3UKUB 5C24A 5HROA 4C1NK 3HOTA 1NK0A 3OYEA 4E19A 4KHWA 2FF6A 4NO7A 3L8BA 4E7IA 3C94A 3LAMA 1RFQA 1VQKN 5HRPA 4CJRA 4DTNA 2I7PA 3CC4N 1YVNA 1NU0A 3HI0A 3PY8A 4M7YA 1QZ6A 4O8UA 3VQDA 3MEDA 2EHGA 3JXUA 3SJJA 1RTDA 3CCSN 4YNQA 4CJPA 4FCYA 1MDUB 2ZJQL 1UOCA 5AQZA 1RTHA 1DLOA 1EKEA 4HTUA 4B9MA 3VGKA 5M1QA 5FRNA 1S1UA 2OANA 3VERA 3RSEA 3CJ9A 3F5TA 4DV2K 4FYDA 1HRHA 1P8ZA 5ELZA 1R0AA 4M3YA 3EO3A 5C10A 4OPJA 3VEXA 1EQYA 3K2PA 4RW9A 4K42A 4CIFA 4DR5K 3T1HK 4NCAA 3VQ8A 3EE8A 3MWTA 5CY4A 1YJ9N 5KGXA 5LJVA 4B9LA 3FFIA 3H1VX 3VQ7A 3V1OA 4JKAA 2P9PB 3QB0A 1KLMA 3GE1A 4WFNL 3O8MA 4I6MB 3TTCA 4MLEA 3V9SA 4B9QA 2P9SA 3VQQA 2RHKA 2VG7A 3VGMA 3DXMB 3CCRN 3WQTA 4BROA 4WQ5A 2UXBK 1UA1A 4CZJA 2VQFK 1W97L 3AARA 4KTWA 4CJLA 5F1XA 3CQXA 5AFUA 2A42A 3KLFA 4JD2B 2V52B 2D0OA 4JI7K 3MN7A 3VQ9A 1HNIA 1YUWA 3OVNA 5TKYA 1ZBUA 4ZTFA 3CI5A 1NKCA 3C6AA 2ZGZA 1A5VA 1ATNA 2GEMA 4E1NA 4EFHA 5F2RA 1Q18A 2V7ZA 3QNNA 5CR4A 4BACA 4DWIA 4FWNA 4AM7A 3VF4A 1K9MO 1OH7A 2JLEA 2HSTA 3UKUA 4BQZA 3VQPA 2F9WA 1UAXA 4GVEA 3JAMO 4FSVA 2QKKA 5FROA 4HCBA 3TI0A 1U48A 3NVKA 3RMAA 5AZIB 1ASWA 1J6ZA 5LMNK 4JLHA 5JVGL 3ENHA 3OJSA 4GY2B 4BE0A 3H3NO 5KI6A 2FBVA 2KW4A 3CPEA 1NK5A 3CMAN 1XHZA 4X62K 1I3AA 4KV8A 4DB3A 4BC5A 1JXEA 4DG1A 4C1NI 3H6EA 4FLZA 1S22A 1EXQA 5GAGP 2E2QA 3H1QA 4BG8A 4M3UA 1KVAA 4ID1A 4KI6A 2WOMA 3O08A 1VSLA 4YOWA 3O4NA 4JRQA 4Y1CA 3SUPA 2GBZA 1XHXA 4OJRA 4CFCA 4YOXA 2GUPA 2RN2A 4JYAK 4DTXA 4BRMA 3VETA 4CZMA 4RWTA 1W7AA 3OYNA 2P9PA 3OYIA 3HL8A 1X9WA 3T19A 4FPAA 3L4QA 4I6MA 4Z0UA 2Q0RA 3ZETB 1U47A 1SQKA 4H0YB 3DXMA 4M3WA 1U04A 2W6KA 4NLCA 3HXMA 3KIOA 1L3VA 2X6SA 4BWJA 1RDCA 4O4GA 3OS2A 2F8TA 2FBYA 4HHTA 2E4LA 3ZX3A 1HKBA 2YKMA 2P9LB 3AGKA 3S41A 3OYBA 4IZ9A 4NXMK 4FM1A 4MFBA 5AQIA 1OKJA 3B6OA 2FSKA 3DLHA 1VQNN 4H4OA 3VN5A 3QEPA 3UB5A 3R6MA 4BY9C 4RW8A 4E7KA 1Y64A 1KRPA 1YT3A 4QS9A 2FSNA 4B3RK 4DR2K 1J5EK 3O9QA 1C6VA 2PY5A 3H46O 3HP6A 3RVCA 3U9DA 1BIZA 2FLOA 4CF0A 4BRIA 2GELA 2HBLA 4OX9K 1ZYQA 1OVYA 3VQBA 2P9IB 4W5NA 4JKDA 5AQHA 3ZT4A 4KO0A 4BR4A 2CH6A 5IT9O 2D1KA 3E9LA 4CGIA 3N4QA 3VEYA 5AZIA 4DSKA 2R7YA 1WUAA 5C12A 5LJWA 4H5RA 3A2FA 4E7JA 4JKCA 3O1WA 3KK3A 3ZSRA 5BRFA 2RE2A 3RR7A 3SQ4A 2P5OA 3CETA 5CZ2A 4JI4K 3AAQA 4JS4A 2V7YA 5GAEP 5IWAK 3VENA 2KFZA 2P9KA 1WAJA 1TAQA 4B8AB 1S1WA 1HNWK 4FW2A 4RW4A 3U4LA 1QHTA 3CCMN 3VPZA 3NF7A 4RG8A 1LV5A 3IFRA 3IAYA 4N47A 1NKEA 4JKBA 1YITN 1BCOA 2QWMA 4U7BA 1IBLK 3TR8A 4KRFA 5AQPA 2NRZA 4F4KA 3IS9A 2QWRA 3VOVA 1C1BA 4O8KA 2YHXA 1RCHA 4GV3A 3THXB 5LY3A 3AVLA 4Z4IA 2O4GA 1TK0A 3WNGA 3LM9A 1RT1A 4F3OA 2ZQBA 2GWKA 3VTHA 4N56A 4ICLA 4IFVA 4BRCA 4H8KA 3C95A 2A6AA 4NYNA 3MX2A 4OPKA 3Q7BA 2P9LA 4I9LA 4FK4A 5EX5A 1YJNN 4Z4CA 3QFUA 4FLXA 1NJYA 1GLAG 1XQSC 3QLHA 1QVFM 1OVQA 4CZFA 1C0FA 4BR9A 1IKYA 1DTTA 3U8XA 5HRRA 3TTDA 1NWKA 2H3GX 3A0IX 4JK7A 3E9PA 2X78A 3D0PA 5F0XA 1VSMA 5HL7L 5AQVA 3KLEA 2G8UA 3HSTB 3PX4A 5M1OA 4DFPA 1RT7A 2P9IA 4FJKA 4H5VA 3S3OA 1ASVA 1C0MA 1LOTB 3THWB 3HM8A 4NB4A 3K57A 1XMOK 3SJHA 2HHUA 4E0DA 4BRPA 3LALA 2WTUA 5BR8K 3VQ5A 4CJUA 4E1MA 4W5RA 4BR2A 5H1SQ 1T6DA 1A5WA 3BF1A 3ULEB 1QQMA 4JEPA 4DQIA 4CJ7A 5JLHA 4KAZA 4CECA 2Z1HA 5AQLA 4M63C 3CMEN 1Z25A 2OTJN 4DV7K 4FPBA 3NH1A 3M8SA 4BWMA 1JCGA 4DTRA 1YHQN 4PL8A 3SAFA 3KK7A 4BVPA 4N5SA 3MCAB 1S3XA 2ZM6K 4DU1A 3DOLA 1KCFA 3C6TA 5AQFA 2UU9K 1VRUA 3CFRA 3CQ8A 3VEVA 2A1RA 5EXWA 4CF2A 3HJFA 1FK9A 2A5XA 3EL2A 3CPWM 3HT3A 3AVCA 3T7ZA 3I0SA 3UIQA 4ZHRA 1XC9A 3OYKA 4HVJA 4L3QA 4H0VB 2IC3A 1O13A 2YHWA 5HOOA 2HVIA 4RCHA 1REVA 2E2NA 4CK3A 3KZBA 3A5MC 4JNEA 3DYAA 3L2QA 4AHUA 1KFSA 3NVMA 3HK2A 3AAPA 4G9ZA 3HPGA 4FJ9A 3MN6A 2YX6A 5J2PA 4M3ZA 4JI8K 1ILYA 2A3ZA 2CGLA 2VGNA 1XUPO 4BC3A 1LWCA 5JS1A 2UXDK 1KFDA 4IOCL 1NK6A 4IOAL 2QTDA 1E3MA 1HNVA 1VHXA 5FPDA 1C1AA 5CE3A 2P9UA 4E89A 4I7FA 3KK1A 4JI3K 1RT6A 4WE1A 1IKVA 1BWFO 2Z1JA 4MDAA 1TL1A 4PKGA 2O8EB 3KVGA 4J2EA 3O4QA 1VQLN 1NGCA 2ZWHA 3F2KA 3L4IA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4FVU A;  4GVE A;  3R3L A;  3MWT A;  4GV6 A;  3Q7B A;  4GV3 A;  3MX5 A;  3MWP A;  3Q7C A;  4G9Z A;  4GV9 A;  3MX2 A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 4FJX A;  1QS4 A;  3HPO A;  4Z4H A;  1VSH A;  1C0G A;  3QBW A;  2HBM A;  3OYJ A;  4DTS A;  4CD1 A;  3DRS A;  4FXD A;  5DMR A;  3R8E A;  4YY3 K;  3HZ6 A;  4KI4 A;  4FLT A;  1TGO A;  3ZX2 A;  4CJT A;  3K5O A;  3S9H A;  3EYZ A;  4DF8 A;  2P9K B;  4ISF A;  5AQX A;  2G8F A;  3SMS A;  1GLD G;  4CJV A;  5GIN A;  5B8H A;  3SUQ A;  5KPZ A;  3CCV N;  4CF9 A;  1S9E A;  2IDO A;  3FZL A;  4O5B A;  1QTM A;  4OGE A;  3ASM A;  4A62 A;  3G4S N;  3D2E A;  4CZK A;  2OPQ A;  3VQA A;  1I39 A;  1VQ8 N;  4CEQ A;  4CJQ A;  1V4T A;  2NRR A;  4B8C A;  3SBG A;  1BGX T;  4FVM A;  1QSS A;  3OBW A;  1L3S A;  2E8A A;  2HOE A;  4BRA A;  3EE9 A;  1U2V A;  4FWQ A;  3F73 A;  5KPT A;  3MEE A;  1QHA A;  4KHQ A;  2W40 A;  4CJ3 A;  1JLF A;  4KRE A;  4K8X A;  1N5Y A;  4H4M A;  2F8S A;  3CJC A;  4M45 A;  4CGD A;  4IBN A;  2F4V K;  4F8R A;  3AVI A;  3L2V A;  3J8A A;  4CJK A;  4MQ3 A;  3OS1 A;  4FM0 A;  1CZA N;  1NOY A;  2W6L A;  3PIP L;  3K5N A;  1GLB G;  1JLA A;  3OYA A;  4ISE A;  2DTU A;  4Z4E A;  3NF6 A;  5C42 A;  3BP8 A;  1SS6 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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