4WQ4A

E. coli ygjd(e12a)-yeaz heterodimer in complex with atp
Total Genus 113
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
113
sequence length
336
structure length
336
Chain Sequence
MRVLGIETSCDATGIAIYDDEKGLLANQLYSQVKLHADYGGVVPELASRDHVRKTVPLIQAALKESGLTAKDIDAVAYTAGPGLVGALLVGATVGRSLAFAWDVPAIPVHHMEGHLLAPMLEDNPPEFPFVALLVSGGHTQLISVTGIGQYELLGESIDDAAGEAFDKTAKLLGLDYPGGPLLSKMAAQGTAGRFVFPRPMTDRPGLDFSFSGLKTFAANTIRDNGTDDQTRADIARAFEDAVVDTLMIKCKRALDQTGFKRLVMAGGVSANRTLRAKLAEMMKKRRGEVFYARPEFCTDNGAMIAYAGMVRFKAGATADLGVSVRPRWPLAELPA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The ATP-mediated formation of the YgjD-YeaZ-YjeE complex is required for the biosynthesis of tRNA t6A in Escherichia coli.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transferase
source organism Escherichia coli
molecule keywords tRNA N6-adenosine threonylcarbamoyltransferase
total genus 113
structure length 336
sequence length 336
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.3.1.234: N(6)-L-threonylcarbamoyladenine synthase.
pdb deposition date 2014-10-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00814 Peptidase_M22 Glycoprotease family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4wq4A02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4wq4A01
1TUUA 3L6QA 1XC3A 2Q1NA 4WQ4A 5TKYA 1QZ5A 3IMXA 3ZX0A 1NM1A 4H5WA 3QDKA 2UYTA 3R8EA 5FPDA 4XH4A 4B1XB 3FE1A 2EWSA 4B1UB 4K43A 3D2EB 4FWPA 3CETA 3GE1A 2HF4A 4FWOA 3MK6A 3VEXA 4BGBA 4GY2B 3H45C 1NGJA 1S3XA 3SMSA 1IJJA 4FSVA 5BPLA 3CJ9A 1IG8A 4FWQA 3DWLA 4FOIA 2E8AA 5AFUA 4L3QA 3UKUB 3KZBA 4EIAA 2FLOA 4BROA 2P9IB 4C23A 2VYPA 4WQ5A 2QWMA 1GLEG 3HBTA 3G25A 4JN4A 1Z05A 2A6AA 1SQKA 2F9WA 1SAZA 1S22A 3B8AX 3QFUA 3MN9A 5ADXA 5AQLA 4CBUA 4A61A 1SZ2A 5AQNA 5AQUA 2AA4A 2ASPA 2BTFA 1BA0A 4E1JA 3BEXA 5FPEA 1NGCA 1JCGA 3BP8A 1JCFA 3VEOA 4FPBA 4BC3A 1BA1A 1GLAG 3H3OB 2E88A 3SLCA 2BUPA 1GLCG 2Q31A 4ISGA 3GG4A 5B8HA 1HUXA 4GNIA 4H5NA 5F1XA 3DXKB 2D1KA 3A5MC 3S41A 4BRNA 4BRGA 2IIRA 3C7NA 1TYQA 4BG9A 1NGHA 4BR0A 2PAVA 4BRQA 3QBWA 3AARA 4QS8A 4FO0A 3LM9A 3A5LC 3ZEUA 5AQIA 2QW9A 2YJEA 4H5RA 3ATVA 3LDOA 3WUHA 2A5XA 4FWKA 4XH1A 3FZHA 4EAHD 2P9PA 1QQOA 5BN9A 4FPAA 3WEEB 5JLFA 4H5TA 3UKRB 4DCHA 3VGLA 2P9KB 4H03B 4QS7A 4M63C 5AQSA 4AM7A 5EXWA 4M7YA 1NGAA 1DGKN 3C7NB 4O8KA 4IJNA 4NO7A 3M6GA 4FWMA 5AQQA 5LJWA 4I6MA 1KAXA 2QWPA 2QWRA 3DJCA 4DB3A 1HKGA 3HTVA 4ISFA 4CI6A 3ENHA 2GUPA 3CQXA 1U6ZA 1T44A 3W3DA 1NGFA 3ATUA 4B1WB 1OKJA 5BN8A 3QBXA 1H1VA 1NMDA 1XQSC 4BRCA 3CI5A 2E2OA 4H0XB 4DQ8A 5KPZA 2ASOA 5KQDA 3IFRA 1KAYA 1ZC6A 4PKGA 4B1VA 1V4TA 5JLHA 3AY9A 2GELA 3HM8A 1BUPA 1NGIA 4PL8A 2CGJA 2IVNA 4IWVA 3UKUA 1YXQA 4BR9A 2ZF5O 4BRMA 2F9TA 3CJBA 3VENA 5EOYA 4EFHA 1C0GA 3AAQA 3M3ZA 5AQYA 2H3GX 2DPNA 1C0FA 1EQYA 2D0PA 4HTLA 5BPNA 1P8ZA 1X9JA 3BF1A 1MDUB 3C0BA 4HWIA 3CJ7A 1ESVA 2CGKA 5AQHA 3MN7A 1ATRA 5F0XA 2P9LB 4CBXA 2D0OA 2FSJA 3H1QA 2GEMA 4RCHA 1GLDG 4XEIA 2A41A 4CD3A 5KPRA 1BO5O 5EX5A 3VF4A 3FZFA 4K25A 4M7XA 3LDNA 4BRAA 4FWSA 3FGUA 5AQKA 3VOVA 3UE5A 2Q0UA 3VEVA 3ULEA 2E1ZA 1GLFO 2KHOA 4BVPA 4BR2A 1K8KA 3LM2A 5JICA 2ZWHA 4J8FA 4MLHA 1QZ6A 2Q2RA 2E2QA 1QQNA 3DXKA 2GWJA 4IXCA 4Z94A 3M1FA 3EKUA 1E4GT 3VERA 4CZMA 5AZJB 3SJHA 4RTFD 3O6WA 1BG3A 3CJCA 4BRFA 2E2PA 4H0OA 4CJ7A 1LOTB 5JMVA 4BR4A 3VEYA 3O4WA 5BPMA 3ZETA 3ULEB 3WEEA 2ASMA 3QICA 3UKRA 3O1WA 1K8KB 4A2AA 2P9KA 4RWTA 4IJAA 5AQJA 4JAXA 3TPQA 5E26A 3R6MA 3A0IX 4B1ZA 2QWQA 3ZX3A 1GLBG 2HMPA 4K42A 4EHTA 4BC4A 3FFKB 3WXJA 4PKIA 3WQTA 3R9PA 3D2FB 1RDWX 4H0VB 4BRKA 3SMPA 4K41A 3P4IA 3ZETB 1U2VA 4BR5A 4A62A 2GWKA 2FF6A 5AQTA 1GLLO 3CQYA 3O08A 3GOIA 5AQPA 3FZKA 2I7PA 3IDHA 3A8YA 2NLXA 2VWBA 4H0TB 4BC2A 1BWFO 4CZLA 3CIPA 3UB5A 1MWMA 1WUAA 2A40A 2OANA 3H46O 4JHDB 3WXKA 3J8AA 1U2VB 1RFQA 3H6EA 3EZWA 1J6ZA 1NWKA 3QMLA 4AM6A 1NLVA 2YJFA 3ZX2A 2P9LA 1Y64A 4KBOA 2A42A 5AQMA 2FSKA 4FWLA 3VF2A 3HZ6A 1HKBA 1MWKA 4JD2A 1KXPA 4MLEA 5BRHA 3A5OC 4CZJA 2E2NA 1MA9B 5ELZA 3TU5A 2A3ZA 1G99A 4BQZA 3VESA 4O5FA 5FPNA 1XUPO 2VCPA 4MO4A 2CGLA 3H1VX 2QWLA 3WXLA 5BR9A 3MDQA 1ZXOA 3ENOA 5AFUH 3W0LA 3I8BA 5AQZA 3DXMA 2YHYA 2ITMA 1DEJA 5E84A 3FR0A 3O8MA 4CZIA 4JNEA 3VETA 5AZJA 4JD2B 2W40A 4B9QA 4YDUC 1JCEA 1YAGA 2Q36A 4BG8A 2P9NA 3D7EO 3OHRA 5AZIA 2Q0RA 5AQWA 4CZGA 5KQ8A 5EY4A 2CH6A 3L4IA 2WUSA 2QM1A 3VF6A 4CZKA 2CH5A 5ADXH 4IO8A 1T6CA 3GBTA 3IUCA 2P9SA 2V51B 4H0PA 3VEWA 3DAWA 4CZHA 1LCUA 3DXMB 5EVZA 1ZBSA 4FWNA 3VGKA 3F9MA 3L0QA 5BRDA 4ISEA 1TUYA 3HI0A 4BVOA 3A5NC 4BGAA 2P9NB 5F2RA 5AZIB 3D2FA 3GL1A 4BREA 4FWRA 3GDQA 3RSEA 1V4SA 2V7YA 3MN6A 4B1YB 3MN5A 4PL7A 3AAPA 1BDGA 2P9SB 5AQGA 1NBWA 2YCHA 1GLJO 3O80A 3QFPA 4Y0WA 1Q18A 4FL9A 3O5BA 4BRLA 5BREA 2ZGZA 4WYBA 2V7ZA 4CD1A 3KVGA 3LDLA 5LY3A 5AQXA 2YI1A 1WOQA 3QB0A 4PKHA 2ZGYA 4WQ4C 2IVPA 1RGIA 4QS9A 3CHWA 1YUWA 2FXUA 1NGEA 4JHDA 1BU6O 3RSEB 4MO5A 1D4XA 2QWOA 3EKSA 5BRFA 4BRIA 4CBWA 4BRPA 2FSNA 2P9UA 5AQFA 1DKGD 2AP1A 3SK3A 4BQLA 3JS6A 1R59O 4F9OA 3LDPA 1HJOA 5LJVA 1HPMA 2QXLA 5KPTA 1ATNA 4XH5A 4YDUA 1X3NA 4A2BA 1QQMA 3EN9A 2V52B 4BRHA 2NRHA 1HLUA 1KAZA 3U9DA 3VPZA 3H3NO 3HSCA 2HF3A 3MMVA 4WQ5C 3FZLA 2PBDA 1NGGA 4FOEA 5AR0A 3WT0A 3WXIA 3O1BA 3WQUA 1E4FT 4CZFA 1HKCA 1CZAN 1NGDA 2P9UB 2D4WA 1BOTO 3BUZB 2YHWA 1TYQB 5AQOA 2E20A 4BR7A 2Q97A 5CE3A 3KHYA 1HX1A 2FF3B 2HOEA 2W41A 3EL2A 3LDQA 3ZEUB 2E1YA 1QHAA 4NB4A 1YVNA 4DHYA 4BC5A 3MCPA 2GTDA 2P9PB 2QWNA 3CJAA 1X3MA 3D2EA 3VEZA 3FZMA 4CZEA 2IVOA 4H5VA 4IZ9A 2YHXA 4BRDA 2I7NA 1T6DA 3U4LA 5FPMA 3CJ1A 2NZTA 1Z6RA 3ID8A 5I9EB 2J4RA 4I6MB 3I33A 3BF3A 3VGMA 3JXUA 3FLCO 5AQRA 3U8XA 4EHUA 1ATSA 4H0YB 5AQVA 3EO3A 3LL3A 3U9ZA 1NGBA 4LC9B 3CERA 2P9IA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5TKYA 3SBTA 4CFAA 3SUPA 1QZ5A 3IMXA 3ZX0A 1QVGM 1NM1A 4H5WA 4M3YA 2F7TA 2UYTA 4RW6A 3R8EA 4GKJK 3L2QA 4B1UB 4BE1A 4FWPA 3CETA 3MXMA 3VQBA 3IKMA 3VEXA 4E7HA 4Q5VA 4GY2B 4CGDA 1S3XA 3SMSA 2PZSA 5BPLA 4LF9K 3LALA 3K9KA 3V1QA 3DOKA 4LH5A 1OH5A 4BROA 2P9IB 4HCBA 4KH4A 4E7LA 2VYPA 3L2RA 1IH7A 4YOVA 3PO5A 3E1YA 3ULDA 3CMEN 2DY4A 3TSQA 3LZIA 3QFUA 1ZYQA 4CBUA 3SQ4A 4A61A 1NJZA 5AQNA 1ILYA 2BTFA 1LWEA 4DR3K 3DRSA 3MEGA 4IOXA 1X9WA 5GADP 2E88A 5CYMA 4OGCA 5DK5A 1GLCG 4CJFA 2Q31A 2ITGA 3OYBA 3ZSWA 4Z4IA 3AVAA 1HUXA 3HSTB 3KLEA 4H5NA 3LAKA 4JI2K 4BRGA 3K58A 4ID5A 3OYMA 4BG9A 2Q3SA 3SJJA 1NNEA 1BCMA 4BRQA 3AARA 1VQ5N 2E5LK 4NXMK 3OVNA 3ZEUA 2BANA 3WUHA 1RTIA 1NKEA 4GV9A 2FBXA 5JLFA 4DR5K 1S5JA 2D0AA 1L3SA 3LPTA 3C7NB 4O8KA 3DLHA 4IJNA 4OKJA 4DG1A 4FWMA 1UAXA 3VQDA 3V9XA 1NJYA 4JI6K 3HVRA 2G8VA 4EP4A 4DB3A 4NXNK 1JKHA 3HTVA 4ISFA 3W3DA 1KVAA 5C25A 1NGFA 3K9JA 4JKFA 4CEQA 4GVEA 1ZBLA 4AILC 3DLKA 1H1VA 1NMDA 5KPZA 1XHXA 2ASOA 5LL6Z 1KAYA 4LF5K 1V4TA 5JLHA 3OYHA 4E0DA 3TSPA 3B6PA 3HM8A 3NGYA 3CG7A 1NGIA 2FBVA 2IVNA 3THYB 4IWVA 2ETJA 1YXQA 1RDCA 4IG0A 3VENA 3RR7A 3C6UA 1B9FA 3AAQA 1ZBHA 5BPNA 2D0PA 3S3NA 1T05A 3OA9A 2RE2A 1ESVA 3KTQA 3ITHA 4O55A 2JWKA 3J7ZO 3CCUN 4DTNA 3M8RA 4N47A 3RMBA 2D0OA 3H1QA 2GEMA 4CJSA 3QNNA 3VTHA 1BI4B 4CD3A 4PQUA 1BO5O 5EX5A 4C8NA 4DFMA 3AVKA 3V4IA 3Q7BA 1YVUA 2WOMA 4CJLA 3V9WA 3VEVA 4RW9A 3AA2A 2KHOA 4M41A 1K8KA 3OS2A 5J2MA 2YKMA 4CFCA 3DXKA 2GWJA 2O8CB 4B8CA 3VERA 4CZMA 3SJHA 3ENBA 3N4QA 1TAQA 3QEIA 1TL1A 3MECA 3AA3A 2X74A 3E66A 4RW7A 1NK9A 2OPRA 2NNWA 1WNSA 1MU2A 5BPMA 2GV9A 3QICA 1TKXA 4F4KA 3L2WA 3NF8A 1GOCA 2P9KA 2OA8A 4M3XA 5CY4A 4IJAA 3CFPA 4R5PA 1LWCA 3R6MA 3A0IX 2OYQA 3SUNA 4KKOA 1GLBG 3ZX3A 2HMPA 4EP5A 1WLJA 3VQEA 4CJTA 1NJXA 3CCVN 4F3OA 4A59A 1U2VA 4FLWA 1N36K 3CCJN 4U67L 2HNYA 1TK0A 3AVGA 2NRVA 3E9LA 3HRGA 3CQYA 3O08A 3GOIA 5AQPA 5KTQA 4CHYA 2I7PA 5GAGP 4FK2A 4H0TB 2HBMA 5M1PA 3VMFB 1KSPA 2QKBA 4CZLA 3CIPA 1MWMA 4OPKA 2OANA 3J8AA 1RT7A 3TR8A 3V9SA 1TGOA 5J1EA 3KWGA 4DV2K 3AA4A 3QMLA 4N56A 4C1NK 3ZX2A 1Y64A 2A42A 4DTOA 3E9OA 3TAPA 2KZMA 1HKBA 5M1OA 3THVA 1MWKA 4DV5K 3TABA 3VQ8A 1VK0A 4E1NA 4OX9K 4W5QA 3SYZA 2E2NA 4IOAL 5ELZA 2A3ZA 2ZJPL 3MX5A 3T1AA 2QA4N 3H1VX 2QWLA 1Y97A 3ZCMA 3TTCA 3W0LA 3I8BA 4O5BA 4DUYK 1YJNN 5AQZA 1CZBA 1XHZA 1SV5A 3AGRA 3FR0A 3LP3A 1FKPA 4CZIA 5AZJA 3SUOA 4J2AA 2O8BB 1A5WA 2Y1JA 3LP0A 3KK1A 2Q36A 4BG8A 2P9NA 3D7EO 3OHRA 5KQ8A 2Q0RA 5AQWA 5EY4A 3LWMA 1YI2N 1HPZA 2WUSA 3KKSA 4DU1A 2P9SA 1GOBA 4CZHA 1Z26A 4DLGA 1LCUA 1RBUA 3AO3A 3DXMB 1W2BM 1ZBSA 1BQMA 1R0AA 4EZ9A 3CC2N 5BRDA 3HPHA 4O44A 4H4MA 5M1KA 4ISEA 4FJLA 4FJ5A 1C0TA 4BGAA 1VQ9N 1C1BA 2WONA 4LSLA 3KLFA 3H08A 4JKDA 1CZ9A 4B1YB 1NOYA 1FW6A 4X64K 5AQGA 4DSFA 1GLJO 4DTUA 4FL9A 1X9MA 3P39A 2YV0X 5H1SQ 3G71N 4CGJA 5AQXA 4M45A 3OTOK 1KVCA 3EY1A 2ZGYA 3LP2A 1RCHA 3CHWA 1YUWA 2FXUA 1VSMA 3PIOL 4BRIA 4YOYA 5KRSA 4YORA 4FJJA 3T69A 1WAJA 2AP1A 4BQLA 3SAGA 2VG7A 1R59O 3C65A 4F9OA 1HJOA 1M90O 3RMDA 1S1XA 2UUAK 3LP1A 3CQ8A 4KI6A 1X3NA 1JLQA 4A2BA 4AHUA 3SQ0A 3EN9A 4WE1A 4YOWA 3DMJA 4QOZB 1D8YA 2RHKA 3DLRA 4BRHA 4CEAA 3DRPA 1HLUA 1KAZA 2KW4A 2FBTA 4KTWA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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