4BGAA

Nucleotide-bound open form of a putative sugar kinase mk0840 from methanopyrus kandleri
Total Genus 95
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
95
sequence length
314
structure length
314
Chain Sequence
LTRVLGIQLGNTGTDYCVMNEDGDWEIVAREEGVFGKISCVFTLEESRRALREEIAPRVIERVRRVNPDLAVVGTIVDELGLILGPMIHEKTGVPTLAVYGDPWGAPDGDAVGAPYCVAEEYPNCVHVDVGAMAVVTPIRDGRPDFGDAVVSVGTFPLDLAARELLGKEYDEGGKKAAEGEVDENFRRELRSVDVDGKPVFGRVRGSLAPVPPEQERVLRDHIRDAGAPAEDVLRTLVELVAETIVINAAQYDMDLLVLSGGGVKNELLKRRVSELWEGDVSIFAGEELEARGLCLLGLRYLEGEPVPALPCEG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule keywords PREDICTED MOLECULAR CHAPERONE DISTANTLY RELATED TO HSP70-F O
publication title Structural Characterization of the Ribonuclease H-Like Type Askha Superfamily Kinase Mk0840 from Methanopyrus Kandleri
pubmed doi rcsb
source organism Methanopyrus kandleri
molecule tags Transferase
total genus 95
structure length 314
sequence length 314
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-03-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF03702 AnmK Anhydro-N-acetylmuramic acid kinase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4bgaA02
3.30.420.430 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4bgaA01
4MLEA 1BO5O 3CJBA 3FZLA 2IVOA 4B1XB 4CZLA 4BR5A 5AQKA 1U6ZA 3EL2A 3WEEB 3VEZA 4BRCA 3GL1A 3HTVA 4FWSA 3HSCA 4QS8A 2CH5A 2IIRA 4Y0WA 1NLVA 3C7NB 2ASMA 3ZETB 2I7PA 3BP8A 3I33A 5KPRA 2V52B 3EKSA 3GE1A 4XH1A 5AZIA 3CJ9A 4XEIA 5JICA 4B9QA 4WQ4A 4EHTA 1CZAN 3AAPA 4K25A 4BRGA 2VWBA 3P4IA 4BRPA 3MN7A 5CE3A 4E1JA 4DQ8A 1T6DA 2D0PA 3MDQA 4LC9B 1RDWX 3TU5A 3ZX0A 1MWKA 2FXUA 3CIPA 3EZWA 4H5NA 4XH4A 2HMPA 2VYPA 2FF3B 1SZ2A 1ZC6A 1NM1A 2NRHA 2QWNA 2FLOA 3H1QA 2E1YA 1LOTB 3R9PA 4DCHA 4K41A 5LJWA 1X3NA 1ZBSA 3ZX3A 5EXWA 4BGBA 3M1FA 3OHRA 4FWPA 4NO7A 3QFUA 4ISFA 5AZJA 4B1VA 3HI0A 3O5BA 1HX1A 2E88A 3KZBA 2H3GX 2W41A 4RWTA 1BDGA 3D7EO 3DXKA 1QQNA 3L0QA 3WUHA 4EAHD 5EX5A 3FR0A 3H46O 3FGUA 1XC3A 3SMPA 1NGBA 5AZJB 4F9OA 3IMXA 5AQSA 2P9SA 4QS7A 4BVPA 2CGLA 3D2FA 1GLEG 4AM7A 3WXLA 2I7NA 2ZGZA 5EVZA 3W3DA 3HM8A 3CI5A 5AQMA 3WQTA 1HJOA 4CI6A 4JAXA 3IFRA 3FZMA 2YJFA 3D2FB 3O1BA 2ITMA 1BU6O 4CBXA 1JCEA 4EIAA 3H3OB 3VESA 2E2PA 4Z94A 4HWIA 2P9KA 1NGJA 2P9LA 3RSEA 2NLXA 2Q36A 5AQPA 1GLAG 5LJVA 2GEMA 1TYQA 1ATRA 1GLLO 1NMDA 2YI1A 3LDNA 4BGAA 2BUPA 3VEOA 3GDQA 3ZEUA 1MA9B 4BRKA 3LL3A 2ZF5O 2P9KB 3FFKB 3RSEB 5JLFA 3WXIA 3GBTA 2P9IA 3KVGA 1ZXOA 2UYTA 4WQ4C 1TYQB 5KQDA 3AAQA 4GY2B 3A5NC 3H45C 1H1VA 3QB0A 5AQYA 4BC3A 1NGDA 2A41A 1JCGA 1R59O 2PBDA 3U4LA 2Q97A 5AFUA 1HUXA 2P9IB 2W40A 3MK6A 2AP1A 1WUAA 1QZ5A 1NGIA 5EOYA 3D2EA 2VCPA 4BVOA 1KXPA 3AARA 3LM9A 1BUPA 3U9ZA 3A8YA 5BR9A 3LDPA 2HF4A 2ZGYA 3WXJA 3CHWA 5AQZA 4BRAA 1IG8A 4FPAA 3VEYA 5ADXH 4H5WA 3WT0A 2YHYA 4BR7A 3A5LC 1GLFO 3QBXA 3QICA 4K43A 5ELZA 2Q31A 4BR2A 2AA4A 5BN8A 1HPMA 4KBOA 1V4SA 1BG3A 5AZIB 4CZGA 2YJEA 2QWPA 4BC4A 1DEJA 3VGLA 3UB5A 2YHWA 1G99A 3DAWA 3VERA 4H0XB 3VGMA 4YDUA 3O80A 1QHAA 3BF1A 1RGIA 1KAZA 4BG9A 2Q1NA 1BWFO 2ZWHA 3QMLA 4CZJA 3CERA 5BPMA 2Q0UA 1YXQA 4FWLA 1MDUB 4CZFA 4BREA 1Z05A 3BF3A 5KPTA 3FZHA 4DB3A 1RFQA 4H0YB 1NGEA 2E1ZA 3VF6A 2FSJA 4FPBA 4RCHA 2QXLA 3VGKA 2NZTA 3O08A 1T6CA 2WUSA 5F2RA 4PKIA 3DXKB 3SLCA 5AQRA 3A0IX 3ID8A 2A3ZA 2A40A 4AM6A 4B1ZA 3CJ1A 4H5TA 4CD1A 1MWMA 1OKJA 3B8AX 4CBUA 1P8ZA 1HKGA 1BOTO 2FF6A 4ISEA 2BTFA 3R8EA 4FWKA 5EY4A 5TKYA 2FSKA 2V7ZA 1NGHA 2P9SB 3CJ7A 2P9NA 3J8AA 4CZIA 1YVNA 4C23A 1DGKN 4IJNA 3LDQA 4MLHA 4PKHA 1DKGD 1QZ6A 4FWNA 1SQKA 4IJAA 5F1XA 2D0OA 5AQLA 5AQWA 5AQIA 1ESVA 5BRDA 1ATSA 2DPNA 3MN9A 2P9LB 4FL9A 2P9PA 3QDKA 3EN9A 5BPLA 5AR0A 4JD2A 4H0PA 3FZFA 5BREA 4CZMA 4JHDA 3VOVA 3F9MA 5E84A 1GLCG 3ZEUB 2J4RA 4IWVA 1IJJA 4BR9A 5LY3A 3O1WA 1LCUA 3QFPA 3IUCA 1HKBA 1Y64A 2P9PB 2QWOA 2V51B 5FPNA 3M3ZA 3UKRA 2A42A 3A5OC 4GNIA 3WQUA 2Q0RA 1BA1A 1XQSC 4A2AA 3BUZB 2OANA 2Q2RA 3WEEA 4FOIA 1NGCA 1X3MA 3ATVA 5BN9A 4FOEA 2CH6A 4WQ5A 3VENA 3KHYA 3SMSA 4BRHA 3ATUA 4YDUC 1J6ZA 1Q18A 3H3NO 1NWKA 3C7NA 3ZETA 1Z6RA 2GWKA 3MCPA 3UKRB 2GUPA 3A5MC 4BRFA 3AY9A 3D2EB 4IZ9A 4QS9A 1GLJO 3ENHA 3VPZA 5KQ8A 2E8AA 3DXMA 3GG4A 4H03B 3JXUA 2A6AA 3O8MA 1HLUA 4FO0A 4CZEA 2A5XA 3ULEA 4XH5A 4IXCA 5AQXA 4RTFD 2CGKA 4BRQA 4FWRA 3DXMB 4CZKA 3H1VX 2P9UA 1NGGA 2QWRA 4CBWA 1TUUA 4BQZA 2QWMA 4FSVA 3MN6A 4PL8A 3ULEB 3GOIA 4CD3A 4H5RA 3VETA 1GLBG 5KPZA 4H0VB 3FZKA 5BRFA 3CETA 2YHXA 3EKUA 3MN5A 3VEXA 5JLHA 1KAXA 1XUPO 3LM2A 4WYBA 3R6MA 4MO4A 1YAGA 4BC2A 3VF4A 1KAYA 4PKGA 1QQOA 2P9UB 3M6GA 5E26A 1ATNA 4B1YB 3H6EA 4DHYA 4BRLA 4PL7A 1X9JA 4EFHA 2YCHA 4B1UB 4B1WB 2ASPA 4A61A 2GTDA 3S41A 3VEWA 4BRDA 4H5VA 5AQGA 4BRMA 3TPQA 2F9WA 1S3XA 2E20A 2FSNA 5BRHA 2HOEA 3U9DA 2HF3A 5AFUH 3O6WA 2PAVA 4L3QA 3IDHA 4IO8A 4BQLA 1V4TA 5ADXA 3SK3A 1NGAA 3CJAA 3WXKA 5F0XA 1EQYA 5AQOA 4ISGA 4M63C 1T44A 5AQVA 1K8KA 4BG8A 4BC5A 4M7YA 3CJCA 3G25A 2QWQA 4J8FA 4H0OA 2E2NA 1U2VA 3CQXA 4I6MA 3W0LA 5AQQA 4BROA 4MO5A 2E2OA 3LDLA 5AQNA 3UKUA 4CZHA 1QQMA 2P9NB 1SAZA 4H0TB 5AQFA 5B8HA 2EWSA 4A2BA 3LDOA 1E4FT 2V7YA 1TUYA 3JS6A 5FPMA 4FWOA 4K42A 2QM1A 3VEVA 3L6QA 3UE5A 2ASOA 2GWJA 1WOQA 3BEXA 4WQ5C 5AQHA 3U8XA 1K8KB 5BPNA 3C0BA 1GLDG 4BR4A 1U2VB 4O8KA 4I6MB 1D4XA 3UKUB 2F9TA 4HTLA 4M7XA 1NBWA 1S22A 3FE1A 3VF2A 1HKCA 1C0GA 3HZ6A 3SJHA 5AQTA 2CGJA 3DWLA 2D1KA 2D4WA 1YUWA 3ENOA 4O5FA 3ZX2A 3CQYA 3DJCA 5FPDA 2GELA 4CJ7A 5JMVA 4FWMA 5AQUA 4JNEA 1JCFA 3L4IA 4JD2B 4FWQA 2E2QA 2IVNA 3I8BA 5FPEA 4JHDB 2QWLA 1NGFA 1E4GT 3HBTA 3QBWA 1BA0A 5I9EB 4EHUA 2IVPA 3EO3A 4JN4A 4BR0A 4BRNA 4NB4A 2QW9A 4A62A 5AQJA 1C0FA 4BRIA 3MMVA 3FLCO 3O4WA 2KHOA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4KTWA 1BO5O 2O8EB 4CZLA 1VHXA 4BR5A 1U6ZA 1NKCA 2IOCA 3ZCMA 4NXMK 1U45A 3GL1A 1C1CA 4FWSA 4QS8A 3AVGA 4Y0WA 4HHTA 2OCEA 3F73A 4OLAA 3BP8A 2Z1JA 1C1BA 3DRRA 1VQ9N 2UXDK 4XH1A 1NK4A 4B9QA 4CE9A 1U4BA 4R79A 3K5LA 3AA4A 4CEBA 3P4IA 2P5OA 4M3YA 3NDKA 3AVHA 3PX0A 1T6DA 2D0PA 3HP9A 3MDQA 4AHSA 3H08A 4O5BA 2Z1GA 2FXUA 3K57A 3NFAA 1EWQA 2JWLA 4GVMA 4CJFA 2FF3B 3OW2M 4NLBA 1NM1A 1HJRA 4GKJK 3H1QA 1BISA 4CJKA 1SKWA 4HUEA 2QXFA 3AVJA 1ZBSA 4DQIA 3M1FA 4NXNK 2OYQA 1NKEA 2GBZA 4C1NI 3THXA 1W97L 5MLCQ 2H3GX 2HBMA 1QQNA 1XMQK 3FR0A 1S72N 1LWEA 3H46O 1IKWA 1B9FA 5AZJB 3OYDA 4F9OA 1LW0A 1VQ4N 3ALYA 3HOSA 5AQSA 4WE1A 1RCHA 1HMVA 4AM7A 1SL2A 2DY4A 5KRSA 1JLAA 4Z4IA 1ZBFA 3HM8A 4N76A 1IBKK 5AQMA 1FJGK 4CF9A 3VA0A 4M42A 1RBUA 3IFRA 2YJFA 2IS3A 3D2FB 4NYNA 4DV3K 2D0CA 4CJLA 3TWHA 3I56N 4YOUA 3PX6A 4NCAA 3T1YK 3O9UA 3HRGA 1JLFA 1NGJA 1P90A 3RSEA 2Q36A 4H4OA 4BDYA 3TTCA 1QSYA 1QTMA 1TYQA 4YOTA 4YOYA 2HSTA 1ATRA 1GLLO 3WNFA 1W2BM 1U48A 2ZE2A 3RVCA 3GDQA 1Q82O 5E41A 4IOAL 2GUIA 2P9KB 1TAQA 4AQYK 3K2PA 3GBTA 2P9IA 4DMNA 2P5GA 1OH8A 2GV9A 1K8AO 4IEIA 3H45C 2BH1A 2XY7A 2WONA 4CEFA 3U4LA 3LALA 1HNZK 3KKSA 3MXJA 3RRGA 1WUAA 3HM9A 4ILHA 3D2EA 3KLFA 1KXPA 1I39A 1VSFA 3CM6A 3K59A 4V19S 3K5OA 1RDCA 4B8CA 4FPAA 3V9UA 3ZSOA 3THVA 2HBLA 3QBXA 1BQMA 1LW2A 3JYTA 1C0UA 1WB9A 4B9TA 3KKRA 4LSLA 1IO2A 3P38A 4F8RA 1BHLA 1RBTA 3T19A 2YHWA 3UB5A 3J80O 1NJIO 1G99A 4OJRA 3DAWA 2FBYA 3QINA 1N5YA 1D9DA 3R1XA 4CJPA 1QHAA 3K5NA 4KHNA 1VAZA 2VG5A 1CXUA 1BWFO 3QMLA 1RBRA 2Q0UA 1OH7A 1VSHA 5KPTA 3FZHA 4DB3A 1TK8A 3SUQA 4J2AA 2QEXN 3C95A 4FPBA 3O4NA 2QXLA 3SQ2A 1YVUA 1T6CA 3DXKB 3V9ZA 2A3ZA 4OVLA 3B6OA 4RW4A 1HYSA 1MWMA 1OKJA 5GAHP 3J7AP 3K58A 3O3FA 2FSKA 4AHUA 2V7ZA 4FLXA 2G8IA 3SZ2A 2P9NA 2OTLN 1KCFA 3THYA 3AVCA 4PKHA 1BGXT 4RW6A 3I0SA 4FWNA 4JK7A 4OKEA 2HNDA 4LFAK 3R3LA 2D0OA 1T7PA 5AQLA 3C65A 4JK9A 5AQWA 4IOCL 1BCOA 1ESVA 3SUOA 3O9RA 1GOBA 2DPNA 2HB5A 1N34K 4DSIA 4TSXA 4IEEA 4FL9A 1S1TA 4Z4CA 3DRPA 2Y1JA 3QETA 3ZSQA 4H0PA 5BREA 1N8RO 1NNEA 1IV0A 3ZT3A 4LFBK 3F9MA 5E84A 1GLCG 4Z4HA 5LY3A 1WSGA 3O1WA 1N33K 3IUCA 1Y64A 2V51B 4DV2K 4E1MA 3NHGA 4DSKA 4FJMA 2NRXA 2Q0RA 1M1KO 2O8EA 3BUZB 2Q2RA 4FOIA 3OYHA 1NGCA 1RDUA 3ATVA 4WQ5A 3SQ4A 3AVIA 3ATUA 5CHIA 4KHSA 4CJVA 2GUPA 4JKBA 2UUCK 3AO2A 3AVFA 3AY9A 4IZ9A 2OPQA 1GLJO 3ENHA 5C15A 5CR4A 1X9SA 3KLHA 3DXMA 4H03B 3LPTA 2A6AA 3ZT0A 3CCMN 2KZMA 1HLUA 3AVNA 3TTDA 4CZEA 3N4QA 4IXCA 3U3GA 3MWTA 5AQXA 5K14A 3PSFA 2QA4N 3SV3A 1L3VA 1KD1O 3HT3A 1SKSA 2X74A 3H1VX 1SS6A 4OGCA 4B8AB 2QWRA 1KC8O 3CFPA 4JI3K 4FSVA 4PL8A 4DQQA 4J2DA 3TSUA 4CGHA 4H5RA 2RF2A 4GV9A 3LP1A 5KPZA 3FZKA 4DV7K 2OTJN 3CETA 5JLHA 4CVNE 3F9KA 3VF4A 4GV3A 3VMFB 4HTUA 3ZLJA 3VTIA 2E4LA 3E9PA 4DLGA 4FJ9A 2KKZA 1TKDA 1D5AA 1BI4B 4C8KA 2VG6A 3NH1A 3E9OA 1VRTA 5M1QA 3OYGA 1GOAA 3VQ6A 5JVHL 4DTRA 3C6TA 3J7YP 1S3XA 4IG3A 3S3NA 3THWB 4L3QA 4DTXA 4IO8A 2HNYA 3CPWM 3T69A 3P1GA 3MAQA 4FLUA 2D5RA 1VQON 1NMNA 3VQ7A 3TR8A 1NGAA 5F0XA 3SAFA 1HYZA 4CJ3A 5AQOA 4EZ9A 4KB0A 3DM2A 4M3ZA 4J8FA 1NK9A 2EX3A 3W0LA 4FZZA 4MO5A 2E2OA 3LDLA 5AQNA 2HHWA 4A2BA 2QI2A 5GINA 3JS6A 1A5VA 2OPPA 2QM1A 3UE5A 2YNGA 1MU2A 3BEXA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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