4BGAA

Nucleotide-bound open form of a putative sugar kinase mk0840 from methanopyrus kandleri
Total Genus 95
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
95
sequence length
314
structure length
314
Chain Sequence
LTRVLGIQLGNTGTDYCVMNEDGDWEIVAREEGVFGKISCVFTLEESRRALREEIAPRVIERVRRVNPDLAVVGTIVDELGLILGPMIHEKTGVPTLAVYGDPWGAPDGDAVGAPYCVAEEYPNCVHVDVGAMAVVTPIRDGRPDFGDAVVSVGTFPLDLAARELLGKEYDEGGKKAAEGEVDENFRRELRSVDVDGKPVFGRVRGSLAPVPPEQERVLRDHIRDAGAPAEDVLRTLVELVAETIVINAAQYDMDLLVLSGGGVKNELLKRRVSELWEGDVSIFAGEELEARGLCLLGLRYLEGEPVPALPCEG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Structural Characterization of the Ribonuclease H-Like Type Askha Superfamily Kinase Mk0840 from Methanopyrus Kandleri
pubmed doi rcsb
source organism Methanopyrus kandleri
molecule tags Transferase
molecule keywords PREDICTED MOLECULAR CHAPERONE DISTANTLY RELATED TO HSP70-F O
total genus 95
structure length 314
sequence length 314
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-03-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF03702 AnmK Anhydro-N-acetylmuramic acid kinase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4bgaA02
3.30.420.430 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4bgaA01
1HX1A 1RGIA 4IZ9A 1QHAA 1HKCA 1NGDA 2NZTA 4A2BA 4BGBA 3FZKA 3BEXA 4H0TB 4H5VA 4CBXA 4CZJA 4FWLA 3CJAA 3QFUA 4PKGA 5BPNA 4F9OA 4CZEA 1V4TA 4BR4A 1NM1A 3A8YA 4DB3A 4BG9A 3UKUB 2A41A 1XUPO 4FWPA 1MWMA 3I8BA 2HF4A 1NGGA 1QQOA 4B1ZA 3ATVA 1BDGA 2NRHA 3A5MC 2QWRA 1BU6O 3GG4A 3CJ7A 2CGJA 2FSKA 1HKBA 5AQQA 2GWJA 3MK6A 4CZIA 2PAVA 3ZEUB 1S3XA 1YVNA 2A42A 3WT0A 1NGHA 4CZHA 4BRDA 2Q36A 3ATUA 4PKHA 5CE3A 5BR9A 1IJJA 3MDQA 1GLCG 4H0PA 4O8KA 3VGMA 3WQUA 2ZF5O 5KPRA 3O6WA 4H03B 4CBWA 2FXUA 1ZBSA 3VETA 5LY3A 2P9NA 2EWSA 4Z94A 4ISGA 1RDWX 4NO7A 5AQYA 4E1JA 3FGUA 5F0XA 3D7EO 4EHUA 4WQ4A 1QZ5A 4BRMA 4BVOA 1E4FT 4CZGA 5BREA 3O8MA 4BROA 2IVNA 3ENHA 2QWNA 2AP1A 3H6EA 3QFPA 1DGKN 4FL9A 2ZGYA 4FPBA 4BR9A 3FFKB 2QWMA 3ZX3A 4FWMA 3ULEA 1MDUB 3WEEA 2P9LB 3RSEB 4IXCA 2FF3B 2AA4A 4QS8A 3D2EB 1ZXOA 4MLHA 1SZ2A 3U4LA 4HTLA 3CJCA 5BRDA 1D4XA 5E26A 3QMLA 4CBUA 3FZFA 4KBOA 3AAQA 3VENA 3VEOA 2Q31A 3C7NA 3DXKB 3L6QA 1J6ZA 2YJFA 5AZIB 5FPDA 4I6MB 1GLEG 2UYTA 4YDUA 1T6DA 4BQLA 2P9NB 3HTVA 3CQYA 4H5TA 4K25A 5AQGA 1E4GT 3U9DA 1T6CA 2P9SB 4BRPA 4BRLA 2F9TA 3M6GA 4M7YA 1BA1A 4BC4A 1K8KB 2WUSA 3ENOA 3QBXA 2NLXA 3MN6A 5AQXA 2E20A 3GDQA 5B8HA 1SQKA 1HUXA 2H3GX 5AFUH 3ZETA 4BR5A 5AQOA 4O5FA 2HF3A 5AQIA 3EL2A 1BUPA 4H5NA 4EAHD 3H3OB 5AQMA 1X9JA 4H5WA 2YHWA 5EVZA 3QICA 2GTDA 2QW9A 5F1XA 2VCPA 1NGBA 4I6MA 3VF2A 5ADXH 3FE1A 4GNIA 2VYPA 3D2FB 5EXWA 3LM2A 5TKYA 4K41A 1KAZA 2P9PB 2E8AA 4XH4A 3HBTA 2Q0RA 2Q0UA 2E2NA 3CIPA 5AZJA 3UE5A 2FF6A 4FWRA 2ZGZA 3FZMA 2V52B 3UKRB 3WUHA 5E84A 4DHYA 1C0GA 3WXJA 3MN5A 2E2PA 3GOIA 5KQ8A 4B1YB 1GLJO 4MLEA 3LM9A 4BQZA 1X3MA 4AM7A 1KXPA 3IFRA 3O80A 1KAXA 4HWIA 1NGEA 5JLFA 1JCFA 3SJHA 1MWKA 3QB0A 1LCUA 4Y0WA 3G25A 5JLHA 1Z6RA 4DQ8A 3WXKA 1YXQA 1TYQB 3LDNA 5AQUA 4BRAA 5BPMA 1GLAG 3DXMA 3MN7A 3P4IA 4L3QA 4BC2A 5EY4A 1U2VB 5BRHA 4BRCA 5JMVA 5F2RA 1IG8A 3L4IA 3IUCA 5AQHA 3BUZB 4FOIA 4B9QA 4GY2B 1BWFO 1NGIA 3AARA 3VF6A 3MMVA 1BG3A 3B8AX 2D0OA 4JD2B 3AY9A 2P9LA 3VEWA 4WQ5C 4CZLA 2ASPA 1T44A 3W0LA 4CZKA 2YI1A 4H0VB 1QQMA 3BP8A 4NB4A 3R8EA 5BPLA 3R6MA 2YHYA 1ESVA 3VF4A 4B1VA 4IJAA 3SMSA 1HPMA 3H45C 3KHYA 4QS9A 1OKJA 5I9EB 3DXKA 3C7NB 5BN9A 1NBWA 4JHDA 3A5LC 2F9WA 3O5BA 2P9KB 2IIRA 4H0YB 3D2EA 4RTFD 2D1KA 3EKSA 4BRFA 4A62A 3DXMB 4FOEA 3C0BA 2A40A 1DKGD 3HSCA 4BR0A 4CZFA 3OHRA 1DEJA 2FLOA 3WXLA 3H3NO 4FO0A 3EN9A 4B1UB 2ZWHA 3W3DA 5BRFA 3CJ9A 3A5OC 5KPZA 3VEZA 2E2QA 2QWOA 4XH5A 3J8AA 4FWNA 4EIAA 3HI0A 4XEIA 4J8FA 2YJEA 4FPAA 2P9IA 1R59O 3VESA 3MN9A 3QDKA 4AM6A 2E88A 4WQ4C 3UB5A 5KQDA 2V51B 5AQZA 3O08A 1WUAA 2CGLA 3WQTA 3GE1A 3F9MA 4QS7A 5ELZA 1NGFA 5AQNA 3S41A 3BF1A 1TUYA 3ZEUA 2QWPA 4EHTA 2CH5A 1QZ6A 3ZETB 5AQSA 3M1FA 2W41A 3M3ZA 1XQSC 4ISFA 4BG8A 1V4SA 4RCHA 4WYBA 2QM1A 3JXUA 3VOVA 5AZJB 4MO4A 1ATNA 4WQ5A 4XH1A 5ADXA 5AQKA 5AR0A 3LDLA 5AQLA 1YAGA 4RWTA 1GLFO 3D2FA 3L0QA 2FSNA 4BRIA 3FLCO 2DPNA 1JCEA 4IO8A 3CERA 5AQVA 2BUPA 1X3NA 1RFQA 3CQXA 5AQTA 1EQYA 4BR7A 3KVGA 3ULEB 2P9UB 1HLUA 3O1WA 3WEEB 4PKIA 4LC9B 2V7YA 1GLDG 1ATSA 4FWSA 1Z05A 5AQJA 5JICA 1H1VA 1Y64A 4BREA 4JN4A 3UKUA 4BC5A 3CJBA 4A2AA 4BRHA 3U8XA 2E2OA 4K42A 3VEXA 3JS6A 2YHXA 2QWQA 4K43A 4B1WB 2I7NA 3A0IX 2CH6A 4BR2A 1NMDA 3MCPA 4B1XB 3CHWA 3LL3A 2J4RA 4H0XB 1HKGA 4M63C 2YCHA 3O1BA 3IDHA 1U2VA 3VEYA 4MO5A 3I33A 3GL1A 1WOQA 2D4WA 3ID8A 3SK3A 3H1VX 3QBWA 4JAXA 1K8KA 3GBTA 2D0PA 3DJCA 4BRNA 4H5RA 3SMPA 2IVPA 1ATRA 5KPTA 2P9UA 2Q1NA 1NGCA 4JHDB 3IMXA 4PL7A 3TU5A 1LOTB 5LJVA 4CI6A 4M7XA 4CJ7A 2HOEA 1C0FA 5FPEA 2FSJA 2GWKA 3H46O 3KZBA 5AQWA 3WXIA 1YUWA 4ISEA 2GELA 1ZC6A 3VGKA 2KHOA 3VEVA 2QXLA 3A5NC 1GLLO 4CD3A 2VWBA 5FPNA 2ASMA 2GEMA 4JNEA 1JCGA 2Q97A 2P9PA 1GLBG 1P8ZA 2P9IB 3VPZA 4EFHA 1SAZA 1NGAA 5AQRA 3FR0A 2E1YA 3SLCA 3U9ZA 2HMPA 2PBDA 3O4WA 5AZIA 3RSEA 3CI5A 1G99A 4FWKA 3UKRA 5AFUA 4FSVA 4BVPA 3EO3A 1NLVA 2A3ZA 2A6AA 1NWKA 4FWOA 5AQFA 1CZAN 3LDOA 2A5XA 4IJNA 4DCHA 2P9SA 3HZ6A 4CZMA 1KAYA 1QQNA 3CJ1A 2BTFA 3LDPA 1BO5O 2Q2RA 4PL8A 3DAWA 1XC3A 3VERA 2OANA 5FPMA 3FZHA 3AAPA 2QWLA 4C23A 3DWLA 1TYQA 2IVOA 3EKUA 4JD2A 1HJOA 3FZLA 3VGLA 3BF3A 4FWQA 3HM8A 1TUUA 4BC3A 5BN8A 5EX5A 1MA9B 4A61A 5LJWA 1NGJA 4BRGA 4IWVA 1BA0A 1Q18A 2ASOA 2I7PA 4CD1A 4H0OA 2ITMA 3EZWA 3TPQA 3H1QA 2CGKA 3ZX2A 1BOTO 5AQPA 4YDUC 2W40A 2E1ZA 4BRQA 5EOYA 3R9PA 3ZX0A 1S22A 2P9KA 1U6ZA 2V7ZA 3CETA 3LDQA 4BGAA 4BRKA 2GUPA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1NK4A 2YNHA 1QHAA 5E41A 3FZKA 3MX5A 3ITHA 4H5VA 3O4NA 3CJAA 2G8VA 4BWJA 5BPNA 4DFMA 4BE1A 1V4TA 4BR4A 4DB3A 4BG9A 3UKUB 3OS2A 1NNEA 1DT9A 1XUPO 3I8BA 4FLWA 4B1ZA 1J9AA 4DMNA 2F96A 1BDGA 3E66A 2NRHA 1ZBIA 1RNHA 4E7KA 1IKYA 2CGJA 1HKBA 2X78A 4JKGA 4CJVA 5FRNA 3AVHA 3AA2A 3K5OA 1S3XA 1YVNA 4FLYA 3OS1A 2D0CA 1NKBA 3RVCA 1YI2N 3CPEA 3ZSOA 1VK0A 1U47A 3ATUA 5CE3A 1NK8A 3WQUA 2VWJA 4O55A 1KVCA 3VETA 3VN5A 4IFEA 5LY3A 4PA1A 1RDWX 3G0ZA 5AQYA 4AHCA 4E1JA 2GBZA 1K6YA 3D7EO 4WQ4A 2VG5A 1E4FT 2PY5A 4BE0A 1ZBLA 1VHXA 3TAEA 4NCBA 3ENHA 2QWNA 2D0BA 4JI6K 3NH0A 2AP1A 1N32K 1DGKN 3O4QA 2ZGYA 4BR9A 4WFBL 3ZX3A 3ULEA 1MDUB 4OLAA 4IXCA 4YOWA 4JKGB 3D2EB 1ZXOA 4MLHA 1SZ2A 4GKJK 4X62K 5BRDA 2BGGA 3TSQA 3QMLA 3FZFA 4KBOA 4M3XA 3AAQA 3VEOA 4DF4A 1J6ZA 3LP0A 3ZLJA 4U67L 4F3TA 3CF5L 3ULDA 4B8CA 1VQKN 3F9KA 1T6DA 1VSJA 2JGUA 2E5LK 3CQYA 3U9DA 2P9SB 4BRPA 4E1NA 3VQCA 3KLEA 2KLAA 2BDPA 3M6GA 1VQ8N 1M1KO 1NOZA 3NH1A 4YOXA 4CF1A 2WONA 3GDQA 4AQYK 3NH2A 4FCYA 2G8WA 3G6EN 2VGNA 4H8KA 1SQKA 2WFBA 1U4BA 3O9TA 3ZETA 3THVA 2VGMA 4LFAK 4CK2A 3L2QA 3BGRA 1ZBFA 4EAHD 3O9SA 4FK4A 3QICA 3K57A 2GTDA 2QW9A 4IO9L 1NGBA 3J80O 4JKFA 3V4IA 1Y97A 4CGIA 4ID1A 4FK0A 3K9KA 3LM2A 5C2DA 2QI2A 3SQ2A 2G8HA 1EWRA 3OYDA 4NCAA 3CIPA 5AZJA 4DR1K 3SV3A 4DTSA 2P5OA 3P5JA 2V52B 1C1CA 3WUHA 3O3FA 4BY9C 2RKIA 2O8CB 4Z4HA 4JRPA 1TKDA 1GLJO 3AVKA 5J2NA 3P38A 3QLHA 4AM7A 3K58A 1KXPA 3RMAA 4HWIA 2IGIA 4DTXA 3SJJA 3AO4A 3K59A 4WCEL 4Y0WA 3K5MA 3SUNA 4MQ3A 5AQUA 4BRAA 5BPMA 3KK3A 3CC4N 5LMNK 3P4IA 4DU1A 3HPGA 5J1EA 3KD1E 3L8BA 1IG8A 4DQSA 2F8TA 4FOIA 4B9QA 2DFHA 4I2QA 3PO5A 2RHKA 5FLXO 4JD2B 1U45A 1ZBUA 2ASPA 1L3TA 2PYLA 4CZKA 3T1YK 1B9DA 4DSLA 4B1VA 2P5GA 1S9GA 3C7NB 3DXKA 1RBSA 2NRRA 1NBWA 4JHDA 3PLAA 2F9WA 2P9KB 2IIRA 4RTFD 4YORA 4MFBA 5CYQA 3EKSA 4BRFA 4A62A 3DOKA 2A40A 1TKTA 3VQEA 4CEQA 2WOMA 3WXLA 3H3NO 2O4GA 4ZHRA 3HT3A 4OVLA 4IKFA 4B1UB 3W3DA 4RW6A 1Z25A 4O0JA 4YNQA 3CJ9A 3A5OC 2D0AA 2HHXA 3THYB 1NJWA 2O8EA 2QWOA 4YOVA 2I5JA 3HVRA 1VSDA 4FJMA 1R59O 3SI6A 3VESA 1QHTA 4OPKA 3NBPA 2ZD1A 4RW4A 4AM6A 4WQ4C 4CJ5A 2HNYA 1YITN 3O08A 1WUAA 2CGLA 3HOSA 3SUQA 4GVMA 3S41A 3BF1A 3V81A 2QWPA 1YHQN 1BI4A 1QZ6A 3AA4A 3Q7BA 2O8DA 3A2FA 4CJSA 1SKWA 3HL8A 3KLIA 1V4SA 3E9LA 3JXUA 3V9ZA 4FJ8A 4PQUA 3SV4A 4MO4A 1ATNA 2KKZA 1WNSA 3CM5A 1UOCA 4CJEA 5AQKA 1YAGA 4RWTA 1VQLN 1LWEA 3L0QA 2FSNA 2XRIA 5C10A 2Z1IA 3K0SA 4J2BA 4IO8A 1HMVA 3CQXA 5AQTA 5J2PA 1T05A 2P9UB 1I3AA 4LC9B 2QEXN 1Z05A 3U3GA 5C0YA 3DMJA 3ISNC 4BC5A 4QOZB 3SCXA 2IDOA 4BRHA 4FJNA 1I94K 2JWLA 2XY7A 1EP4A 4NLBA 3A0IX 4DS4A 3FFIA 3MX2A 2PYJA 3EYZA 2J4RA 3NVKA 3R3LA 4HUGA 3NCIA 4FJKA 1U2VA 4MO5A 4PY5A 4TSXA 1YF5L 4CHYA 3H1VX 3QBWA 3DYAA 4A5BA 5GAHP 5FDLA 3O9RA 2HHTA 4MDBA 1NJXA 4H5RA 4QAGA 2XY5A 5KPTA 2P9UA 4H4OA 4JLHA 5T7BA 4HTUA 4PL7A 4M7XA 1VRTA 4HUFA 3THWB 2FBYA 3OYFA 1C0FA 2GWKA 3H46O 3KZBA 3VTHA 2WC9A 3WXIA 2GELA 1ZC6A 3VGKA 3S3MA 2ZJQL 1GOCA 1JLCA 1GLLO 1IG9A 3L3UA 1NU0A 3HPOA 1RBTA 4DTPA 2VWBA 4CECA 1BCOA 2GEMA 4JNEA 4FZXC 3HVTA 4F2SA 2P9PA 4CEAA 1SAZA 4FM2A 5AQRA 4O4GA 2E1YA 2HMIA 4CW7B 3O4WA 5AZIA 1RDDA 1G99A 3E1YA 1RT5A 3CQ8A 2YKMA 4C1NK 1RTJA 1J5OA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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