4BGAA

Nucleotide-bound open form of a putative sugar kinase mk0840 from methanopyrus kandleri
Total Genus 95
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
95
sequence length
314
structure length
314
Chain Sequence
LTRVLGIQLGNTGTDYCVMNEDGDWEIVAREEGVFGKISCVFTLEESRRALREEIAPRVIERVRRVNPDLAVVGTIVDELGLILGPMIHEKTGVPTLAVYGDPWGAPDGDAVGAPYCVAEEYPNCVHVDVGAMAVVTPIRDGRPDFGDAVVSVGTFPLDLAARELLGKEYDEGGKKAAEGEVDENFRRELRSVDVDGKPVFGRVRGSLAPVPPEQERVLRDHIRDAGAPAEDVLRTLVELVAETIVINAAQYDMDLLVLSGGGVKNELLKRRVSELWEGDVSIFAGEELEARGLCLLGLRYLEGEPVPALPCEG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural Characterization of the Ribonuclease H-Like Type Askha Superfamily Kinase Mk0840 from Methanopyrus Kandleri
pubmed doi rcsb
molecule keywords PREDICTED MOLECULAR CHAPERONE DISTANTLY RELATED TO HSP70-F O
molecule tags Transferase
source organism Methanopyrus kandleri
total genus 95
structure length 314
sequence length 314
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-03-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF03702 AnmK Anhydro-N-acetylmuramic acid kinase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4bgaA02
3.30.420.430 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4bgaA01
2P9SB 3VETA 2ITMA 2A40A 2E1YA 4MO4A 5BN9A 1DGKN 3FE1A 3SLCA 2HMPA 3W0LA 2ASMA 1G99A 1HKCA 1Q18A 3HBTA 4BREA 3VF6A 1YUWA 3ZX2A 4KBOA 2I7NA 4IJAA 4H5TA 5AQNA 3B8AX 2QWOA 3ENHA 1LCUA 4CD1A 2PBDA 1XUPO 1ZC6A 1BA0A 1XQSC 1NGDA 2GELA 4BQLA 5AQUA 3BF3A 3KZBA 2Q36A 4RCHA 3U9ZA 4YDUA 4FWOA 1KAZA 3CJ9A 3RSEA 4M7XA 4WQ5A 3HSCA 3O6WA 1NLVA 2A42A 1XC3A 4BR0A 4FWLA 5AR0A 5KPRA 1NGBA 2W41A 4BRCA 1BO5O 2VCPA 2F9TA 4BROA 2P9IB 4DCHA 3LDQA 3DJCA 4RTFD 1NWKA 1IG8A 4Z94A 3EKUA 2WUSA 5AQXA 2I7PA 4WQ4A 3OHRA 1R59O 3FGUA 3DXMA 2AP1A 3M6GA 4CZIA 3FZFA 1C0FA 1V4SA 1BWFO 3W3DA 4B9QA 4FOIA 4XH1A 2NRHA 1T6CA 3H45C 3LDPA 4K42A 3VENA 3QB0A 3TU5A 2E2NA 3H6EA 4B1YB 2P9KB 3O4WA 3S41A 1J6ZA 3MN6A 2Q31A 3WUHA 1WUAA 3AAQA 3LDNA 3VEOA 2HF3A 2VWBA 2FF6A 5LJVA 2Q2RA 3QFUA 1GLLO 4RWTA 5AZJB 4ISFA 3GL1A 4BVPA 3CQYA 3SJHA 2V7YA 4FWPA 1SAZA 1SZ2A 4A2AA 4K25A 5BRHA 1NMDA 5AQJA 4H0PA 3ULEB 5AQVA 5I9EB 3MDQA 3EZWA 5FPDA 4PKIA 1TYQA 2A3ZA 5BN8A 4MO5A 1HX1A 4JHDA 5AFUA 3LDOA 3MN7A 5JLFA 5FPEA 5AQMA 3P4IA 3D2FB 1ZXOA 4EFHA 4CJ7A 4JD2B 5KQDA 1Y64A 2D1KA 3WQUA 3FR0A 5EVZA 5BRDA 3L4IA 3CHWA 4CZMA 3A5OC 2GUPA 4H0VB 3WXJA 1QZ5A 3I8BA 3A5LC 1BDGA 4FWKA 4BC5A 3ZETB 2FF3B 2IVPA 4GNIA 3J8AA 1NGIA 2P9UA 4I6MA 3R6MA 5AQWA 2ZGZA 4A61A 1HJOA 3FFKB 5AFUH 1JCFA 1NGAA 4FOEA 2P9UB 4M7YA 1KAXA 2ZWHA 4I6MB 2P9NA 4QS9A 4WYBA 3A8YA 1GLBG 2YCHA 3CERA 1GLJO 1BU6O 1GLFO 2E2QA 2P9NB 5CE3A 3EL2A 4BRAA 3D2EB 5EXWA 3SK3A 5ADXA 4CZGA 3C7NB 3BUZB 2Q1NA 5AQFA 5JICA 1Z6RA 1YXQA 3IDHA 2QWPA 3O08A 4CI6A 3A5NC 3UKRA 1V4TA 3MMVA 3O5BA 3WEEA 3WT0A 4BR2A 2OANA 5BREA 4B1XB 2GTDA 3VGLA 2V51B 4H5WA 1NM1A 4AM7A 4B1VA 4H5RA 3M1FA 5AQYA 3QBXA 3GG4A 4EHUA 5ADXH 4K43A 3IUCA 3H1VX 2QM1A 5ELZA 4XH5A 5FPNA 2CGKA 3AAPA 1QQNA 4BGAA 4CZKA 5BPLA 4XH4A 4B1UB 4H0YB 3U4LA 4BR4A 5AZIA 4BRIA 2NLXA 2ASPA 2QXLA 2V52B 3RSEB 3IFRA 2W40A 2IVNA 4PL7A 5F2RA 4FWSA 5AZIB 3H1QA 2ZGYA 3C0BA 4K41A 4BRKA 4O5FA 4Y0WA 3MN9A 2QWMA 3EKSA 4BC2A 4AM6A 3DXMB 2BTFA 4H0TB 3VEZA 5JMVA 3WXKA 4H0XB 1S3XA 3R9PA 1P8ZA 3GE1A 3HM8A 5AQSA 3ZX3A 3WXLA 5JLHA 2YJEA 4HTLA 5AQZA 1HUXA 2D4WA 1IJJA 3SMSA 1S22A 1ATSA 1NGCA 5EX5A 4NO7A 1H1VA 3H46O 2E2OA 5AQPA 3LL3A 1X3NA 2V7ZA 5EOYA 4B1WB 4FWMA 2GEMA 2ASOA 1MDUB 4FO0A 3QICA 3ENOA 1BG3A 5AQRA 4A2BA 1RGIA 3VPZA 2P9PA 4FWRA 4LC9B 2Q0RA 1K8KA 2YJFA 3BF1A 4IO8A 4BQZA 4EAHD 3QFPA 1E4GT 2CGLA 4BRFA 1TYQB 2D0OA 5B8HA 3FZHA 3O8MA 4JHDB 3SMPA 3UKUA 2PAVA 1JCEA 3KVGA 3O1WA 2ZF5O 3U9DA 4J8FA 5AQLA 3QMLA 4PKHA 1BOTO 4BRPA 3ZEUA 3AARA 4BR5A 1NGFA 3L6QA 5FPMA 4JN4A 3VESA 3GBTA 1ATRA 4IJNA 2Q0UA 2E2PA 4BRHA 3CJCA 1LOTB 3D7EO 2GWJA 5TKYA 3VEXA 3VOVA 3U8XA 5BPMA 3CJ1A 1U2VA 3DWLA 3LM2A 2E20A 2J4RA 1D4XA 4BG8A 3CIPA 4CZFA 2DPNA 5AQGA 1X9JA 3CJAA 4BC3A 5BRFA 1GLCG 1U2VB 3HTVA 4CZHA 1Z05A 5BR9A 5AQIA 2QWNA 5F0XA 1QZ6A 4CD3A 1EQYA 3EO3A 1RFQA 3CJ7A 3EN9A 2D0PA 3H3NO 4DHYA 4B1ZA 2P9SA 3DXKA 1GLEG 3I33A 2QWQA 3FLCO 3HZ6A 4HWIA 2FSJA 3LM9A 4EHTA 3UKRB 5AQHA 5KPZA 1GLDG 3DXKB 3CJBA 3WEEB 3JXUA 4DQ8A 3GDQA 3FZKA 1GLAG 2FXUA 2EWSA 2QWLA 1QQOA 3FZMA 1T6DA 2NZTA 4M63C 3VEWA 3AY9A 2KHOA 5EY4A 1ZBSA 2CH6A 2FSNA 2BUPA 1KAYA 1NGHA 2QWRA 5E84A 1MA9B 4H03B 4MLHA 4E1JA 4QS8A 3VGMA 1MWMA 3ATUA 4FPBA 4C23A 2E88A 1NGGA 3M3ZA 4FWQA 4QS7A 3VEYA 4BGBA 5F1XA 4PKGA 4A62A 4PL8A 4XEIA 2P9IA 3O1BA 1TUYA 2A5XA 3WQTA 2QW9A 3MN5A 3TPQA 3UE5A 3VGKA 4BC4A 1MWKA 3VF4A 4H0OA 1WOQA 3LDLA 3CETA 3QDKA 4BVOA 4BRMA 1QQMA 2IIRA 1CZAN 4CBUA 4EIAA 4JAXA 1E4FT 3A0IX 4ISGA 1HKGA 1TUUA 3GOIA 1C0GA 2P9KA 3CI5A 2IVOA 3O80A 2Q97A 4H5NA 2YHXA 3CQXA 1HKBA 3UB5A 2E1ZA 4L3QA 3VF2A 1KXPA 3MCPA 3ZX0A 1X3MA 5AZJA 5KPTA 2YI1A 3G25A 3H3OB 3BEXA 5BPNA 4CZJA 2E8AA 4FPAA 4JNEA 2P9PB 4NB4A 4MLEA 1RDWX 3ULEA 3FZLA 2GWKA 4FL9A 3WXIA 3VERA 5LY3A 1K8KB 1HPMA 3IMXA 1NGEA 4BR7A 4F9OA 3DAWA 4FSVA 1HLUA 4YDUC 5AQOA 2YHYA 3UKUB 4CBXA 4WQ5C 1QHAA 3R8EA 3VEVA 1SQKA 4FWNA 3D2FA 1DKGD 4JD2A 3ZEUB 3ID8A 4WQ4C 2F9WA 4BRGA 3BP8A 4BG9A 5AQQA 3ZETA 1T44A 1JCGA 5E26A 5LJWA 2FLOA 1DEJA 2UYTA 4IWVA 4DB3A 3F9MA 1OKJA 1NGJA 4BR9A 4IZ9A 1BA1A 1NBWA 2HOEA 4CZLA 4O8KA 4BRLA 2A41A 4H5VA 5AQKA 5AQTA 3ATVA 4GY2B 2CGJA 3JS6A 4ISEA 1BUPA 1ATNA 2VYPA 5KQ8A 4BRNA 4BRDA 3MK6A 2AA4A 4CBWA 3HI0A 4CZEA 1U6ZA 1ESVA 2FSKA 3D2EA 2A6AA 2P9LA 1YAGA 2HF4A 3L0QA 1YVNA 2CH5A 2YHWA 3A5MC 3QBWA 2H3GX 3KHYA 3C7NA 4BRQA 2P9LB 4IXCA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4BWMA 3VETA 2ITMA 4BDZA 1VQKN 1DGKN 3FE1A 1S1WA 1S72N 2YHAA 4IDKA 5SZTA 4B9MA 2HNDA 1Q18A 4DR1K 4YORA 2R7YA 3SUPA 4BREA 2O8CB 5FLXO 1YUWA 1WAJA 4F4KA 3OW2M 2I7NA 4H5TA 1N36K 2O4IA 2HSTA 1JL2A 2QWOA 3VQAA 5M1OA 2PBDA 1K8AO 3DLRA 1BA0A 4K0KK 4AILC 3C95A 2BDPA 1RT1A 1XHXA 4CEOA 4DR2K 4RCHA 4F2RA 3U9ZA 4FWOA 3CJ9A 5GIOA 4JKCA 3R1XA 3VQ9A 1L5UA 5KPRA 5AR0A 1NGBA 1IV0A 2Y1IA 3KLHA 2QKKA 3P83D 4CJUA 5CYQA 1ZBFA 4IDHA 3OHRA 3BZCA 4CE9A 3NHGA 1X9WA 1J53A 3TWHA 1Q9XA 2HVHA 1VK0A 4XH1A 4CF1A 3H45C 3CCJN 3VENA 4CK3A 3KIOA 1J6ZA 2JLEA 3OY9A 3VTHA 3LDNA 4CGJA 2P5GA 4RWTA 4JKAA 5GAHP 4BVPA 3AVNA 3J81O 5CY4A 1SUQA 3T1HK 5BRHA 3K5MA 1NMDA 5FROA 3TAGA 1C0UA 2GBZA 2D0CA 3PSIA 5BN8A 3KK1A 4OGEA 4JHDA 3OYJA 4LFCK 5JLFA 4ELUA 5FPEA 5AQMA 4DTNA 3K0SA 3THXB 1LV5A 1NOYA 3SQ2A 2HW3A 2LSNA 4JD2B 5KQDA 2B6AA 4AF1A 2D1KA 3L4IA 2GUPA 4FYDA 1QZ5A 4CJ4A 4BDPA 1BDGA 3NFAA 4FWKA 1J9AA 3ZETB 1NKEA 2IVPA 4FJXA 1Q7YO 3K58A 4A61A 2ZGZA 3OYBA 4LH4A 1GOBA 3CF5L 3FFKB 4JS4A 3T3FA 4BWJA 3OYCA 3ZT1A 1KAXA 2ZWHA 2KFZA 4JLHA 4WYBA 1KVCA 5KGXA 4FK0A 3G10A 1GLJO 2E2QA 2NUBA 2P9NB 5CE3A 4BRAA 3EZ5A 4OX9K 4DQIA 2O8DB 4JRPA 3VN5A 1EX4A 1KFDA 4ELVA 5JICA 3S3MA 5HOOA 2VQFK 3ZSVA 4KHPK 2NNWA 4CCHA 2E6LA 3O5BA 3WEEA 5M1KA 4DS5A 3HO1A 4CJRA 5MLCQ 2HHXA 2X6NA 4H5WA 2BE2A 1B92A 4WF9L 1BL3A 2QM1A 3EE8A 5FPNA 4CZKA 5BPLA 2ZM6K 1NJYA 4KTQA 4XH4A 4W5RA 3EE9A 2NLXA 1I39A 2B4JA 3RSEB 3AV9A 3ZSYA 4JK7A 1NG9A 3AVAA 4FJNA 1NNEA 2FBXA 4DQPA 4B3TK 1B9DA 2OTLN 1Z25A 3EKSA 3M8QA 4CJTA 4AM6A 3P5JA 1VSLA 4GMJB 2YV0X 1E3MA 3WXKA 1BISA 2RKIA 5JLHA 1VSIA 4ILJA 2D4WA 1IJJA 3L2WA 1UWBA 1RT5A 3CFPA 4LD0A 4FCYA 1KC8O 3M8SA 4RW9A 1WLJA 4DR3K 1R0AA 3QIPA 3D6RA 3I0RA 1MDUB 4FO0A 3QICA 3ENOA 1BG3A 5AQRA 1RGIA 3VPZA 4FWRA 1C1BA 1LW2A 5J2MA 2EX3A 3NE6A 3HM9A 1SKSA 1ASVA 4PA1A 1Q81O 3AO4A 1RDDA 1I3AA 1RDBA 3FZHA 1IBMK 4CJEA 1VSKA 1VQ5N 1S6QA 2X6SA 3KVGA 2AJQA 4J8FA 1N33K 3SQ0A 5KGWA 1TVRA 4BRPA 3U3GA 1SL1A 3J80O 2UXCK 1HNVA 4FJKA 4OJRA 3VESA 3QESA 5LMNK 5KRSA 5GAEP 1BIZA 3F2KA 1ATRA 2PYJA 1LWCA 4E7HA 2E2PA 4IFYA 1C1AA 1JLCA 4FZZA 3THVA 1FKOA 4M3XA 3VEXA 3NAEA 4DR5K 1HQUA 2E20A 4DTPA 2J4RA 3K9JA 4CZFA 3KJVA 3AVCA 3CFOA 5AQGA 3IRXA 1U2VB 2ZJQL 5BR9A 3L2VA 3HOSA 3C6AA 4YY3K 2HHUA 1EQYA 3CJ7A 3THWA 3VQPA 3RMCA 4DHYA 3DLGA 1XI1A 4B1ZA 3ZYYX 1W97L 5DMRA 1YTAA 3F5TA 3MEEA 3HZ6A 4HWIA 3LM9A 1QHTA 3UKRB 2OZMA 1GLDG 4HTUA 4DQ8A 4M45A 3FZKA 3VTIA 1GLAG 3C6UA 4NLBA 3HRGA 3PUFA 3NBPA 4CHOA 2QWLA 3AA3A 2W6LA 5HROA 1N34K 4M63C 4LF4K 4NCBA 4B9LA 2CH6A 2FSNA 4C1NK 3U3YA 1XNQK 1VQ7N 4M3WA 3OYDA 2QWRA 4FVUA 4MLHA 3CCSN 2FBVA 3AVGA 2WONA 3MCAB 3WXMB 1MWMA 1JL1A 4C23A 1NGGA 1O1WA 2WC9A 3MXJA 3C6TA 2ZE2A 3ASMA 1VQMN 3WQTA 3VGKA 1L3VA 3AO1A 1MWKA 4B8CA 2RF2A 3VQ4A 4QAGA 3LDLA 3QDKA 4BVOA 3MXMA 2YNGA 3CCEN 5HBMA 4BRMA 2IIRA 4CBUA 2P5OA 4EIAA 3A0IX 4M3YA 3NCIA 3HPGA 2WBNA 2Z1GA 3TAEA 2Z1JA 3UB5A 4L3QA 3VQ8A 3MCPA 3ZX0A 4DFPA 3G25A 4LH5A 4N5SA 2E8AA 4E7LA 4G1QA 2HMIA 3QEPA 1RDWX 3WXIA 4E3SA 1NGEA 3BZKA 5M1NA 3C65A 4BR7A 1NK4A 3O9SA 1HLUA 3G6EN 3NGZA 4FJ5A 2ZD1A 3DI6A 4C1NI 4OVLA 1W9HA 3THXA 4JKBA 1RBVA 4JD2A 2XY7A 3ID8A 4ILHA 1VSMA 5FRNA 2F4VK 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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