4CHQA

Interrogating hiv integrase for compounds that bind- a sampl challenge
Total Genus 52
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
52
sequence length
153
structure length
148
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Interrogating HIV Integrase for Compounds that Bind- a Sampl Challenge.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule tags Transferase
molecule keywords INTEGRASE
total genus 52
structure length 148
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-12-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4chqA00
4KHQA 1JXEA 1U45A 3V9WA 2D0AA 2VWJA 3HXMA 4FZXC 3B6OA 1L3UA 2YHBA 3VQ5A 1T03A 4FJGA 4KV8A 3I0RA 3K59A 3QEPA 1IKYA 4CGDA 3KJVA 3I8DA 3AVCA 4L8RB 4FM1A 1TL1A 4CJ5A 1SKSA 2F96A 2HHQA 3RRHA 4DFKA 4FJKA 1IKXA 3V9UA 4LH4A 2D0BA 3OY9A 1RTIA 2X74A 1RILA 3PV8A 1VSKA 3LPTA 4DQIA 3B6PA 2EHGA 1NKBA 4EZ9A 3K5LA 2G8KA 3V1RA 2Z1GA 1RT3A 3LPUA 4Y1DA 2FC0A 3V9SA 4J2AA 3QIOA 1JL1A 2YHAA 1KSPA 4CEBA 1TKXA 3UIQA 1XI1A 1NKCA 4LSNA 1BI4A 3VQPA 1D8YA 3KK3A 2B5JA 3CFPA 1NJWA 1RBSA 3SPZA 1NOYA 1HNVA 4KHYA 1VSFA 4DTSA 2IOCA 4QAGA 4O0IA 1RCHA 3QESA 1SL0A 3M8RA 3LAMA 1TK8A 4ID5A 3VQ6A 1NKEA 4CHQA 1U4BA 2BDPA 4KB1A 2EX3A 2KQ2A 4CHNA 2QK9A 1DTTA 2HHUA 4R5PA 4RW8A 3HK2A 2ITGA 2D5RA 4O55A 5HRRA 4BE0A 1J9AA 3V1OA 4CGJA 3CYMA 4W5OA 3LZJA 1L3VA 4CFAA 4CHOA 1NK8A 4CJRA 2PYJA 1T05A 3NGIA 2A1SA 3KLIA 3PX6A 3SNNA 4FM0A 1RT6A 1JLFA 1XWLA 4CGHA 1U47A 5CY4A 3H08A 3KD1E 4NCBA 4M3YA 1J54A 1VSMA 5KTQA 2OZMA 4FK4A 1CLQA 1C1AA 1UOCA 4CF0A 2G8UA 4B9VA 4FJ8A 5C42A 1WLJA 3P1GA 4HCBA 3JYTA 3V9ZA 1GOAA 4UQGA 4LD0A 4G1QA 5CYQA 4CECA 3HJFA 2IC3A 1C1BA 1RBUA 1TVRA 4HUFA 5HP1A 4H4OA 3L2WA 1ZBIA 3AVLA 1YTAA 3TAMA 1L3TA 5KI6A 4CHPA 5HRNA 4I7FA 4OKEA 3NDKA 4E3SA 4KKOA 1U04A 2G8FA 4DU3A 3OYJA 4FJMA 3P83D 3HL8A 3S3MA 3QINA 3CG7A 2YKMA 1QTMA 4IFVA 1RNHA 1IH7A 1LWEA 4JRQA 1RBVA 3ZT3A 2P5OA 4CJSA 2RN2A 3ULDA 1HYZA 4F2RA 3TANA 3LWMA 3QNOA 1DLOA 3K2PA 4M3WA 2NUBA 1TK5A 2OPRA 4FLYA 3AO3A 4W5NA 1BQMA 1S6QA 4B3OA 3MAQA 1WSGA 3A2FA 1BL3A 1Y97A 3WNFA 1FKOA 4F3OA 2D0CA 1QE1A 3KLHA 4KTQA 1O1WA 2Z1HA 3O4NA 1BIUA 1LWCA 2ATQA 4CJUA 4M3RA 5KRSA 2Y1JA 3CM5A 4Z4IA 1JLAA 2R7YA 1D5AA 1HQUA 1IO2A 4CJPA 1JLBA 4CHZA 1QSSA 4AHUA 1S6PA 4Z4HA 1BCOA 3TI0A 1CXUA 1RT1A 3QEIA 3RMCA 1UAXA 4M41A 2X6SA 2HMIA 2OYQA 2OPQA 3SZ2A 3TAPA 1FKPA 2W42A 3L2VA 1GOBA 3WNHA 4AHVA 5EU7A 1HMVA 2IAJA 1S1WA 2OPSA 4FZYA 4FLUA 4BWMA 1JLQA 1LWFA 4RG8A 4HCCA 2YNFA 3ZT4A 3SUQA 3HO1A 3NGZA 2Q3SA 1I39A 3MEEA 2O4GA 5FRMA 5FDLA 4FJ9A 3C95A 2XY6A 3CFRA 2E6LA 1RTJA 5C25A 1VSLA 5JS1A 1BCMA 1C1CA 1KCFA 1HNIA 4O4GA 3VA3A 4Z4EA 3NF6A 4KTWA 1VSEA 1YTUA 2JGUA 3O3GA 3KD5E 4M3XA 4OGEA 4IBNA 3QETA 4FLZA 1LW2A 4E7HA 3VQ9A 1CZ9A 1QQCA 4AHCA 4K8ZA 1C6VA 2HNZA 3D45A 3HPOA 3HYFA 3NF9A 1KLNA 4B9UA 4CJTA 1CZBA 3HPGA 3M8PA 4CGFA 4HUGA 2HHVA 1DTQA 4CEEA 3ZSOA 3MEDA 1IKWA 1XHZA 4O44A 4CF2A 1WAFA 3OYAA 1VRUA 4YNQA 1WN7A 1ZBHA 3KKRA 4DSIA 4BE1A 3ZSRA 4OPJA 4FLXA 4W5RA 4N41A 4DSKA 2KZZA 1EETA 3DLGA 4E7KA 1NK6A 3OJUA 4E7JA 1KLMA 3BGRA 3SCXA 3KIOA 3DM2A 4O0JA 5HRSA 4DQSA 1S1XA 4B9LA 4DLEA 1YVUA 1N5YA 1TKTA 3LANA 3SPYA 5CZ2A 2HNYA 1RTDA 3D0PA 2IGIA 3VQ8A 4KHUA 3DLBA 2KTQA 4AH9A 3ZCMA 1JLGA 1Q9XA 1LAWA 4BACA 2XY5A 1JXBA 5KGWA 3PO5A 1MU2A 3G0ZA 3QLHA 3TR8A 3OYFA 3QEWA 2VG7A 1U48A 4I9QA 2RF2A 4N5SA 4DSEA 3VQQA 3VQEA 1HQEA 2G8WA 4DF4A 2HW3A 3TAGA 1C0MA 3ZT1A 4I2QA 4GW6A 3PY8A 1B9DA 1ITGA 3NFAA 3QIPA 4M45A 3OYBA 2G8VA 4CEZA 4LSLA 3MXIA 1REVA 3HP6A 3HT3A 4FZZA 3CFOA 4GMJB 3E01A 3OYGA 3SJJA 3LAKA 2A1RA 2YKNA 1BHLA 2I5JA 2WOMA 2B4JA 3OS1A 4KREA 4B08A 3DYAA 4Z0UA 1VSHA 4DS5A 3TAQA 1D9FA 1JKHA 4DWIA 4CGIA 1A5XA 2Z1IA 1RT5A 2YNHA 4FLTA 4FJXA 4KI4A 4GVMA 1FK9A 1LAVA 3AVBA 4ELVA 1ZYQA 1JLEA 4RW4A 5J2NA 2WONA 3AVNA 2OPPA 3HP9A 3KKSA 4NYNA 4DQQA 4Z4FA 3AVKA 4C8LA 3L3UA 2Y1IA 4KAZA 4N76A 1BIZA 1I3AA 4FK2A 2P5GA 4F4KA 1BISA 5HLFA 1WNSA 3DLRA 4DSFA 1UA1A 3DRRA 4OKJA 4JS5A 4CIFA 4B9TA 1R0AA 2PYLA 4M42A 3L2QA 1WSJA 1W9HA 3NH2A 3SV3A 3T19A 5KRTA 3VA0A 4CJ3A 3C6TA 4DTMA 3SI6A 4AILC 3OS0A 3TABA 3AA2A 4OKKA 2VG6A 1ZBLA 5JS2A 3ZT2A 1NK7A 3NH0A 4DFJA 3OYIA 4EZ6A 3V9XA 3NAEA 3M8SA 1L3SA 1TAUA 3VQCA 3KLEA 4PA1A 4IDKA 1C0TA 3OYLA 1T8EA 1SL2A 2RPIA 3AVIA 3AA5X 3NGYA 3O3HA 1UA0A 1KFSA 1X9SA 4BDPA 4FJHA 3KK1A 4ZTJA 4C8MA 2QKBA 1RDBA 4TSXA 2DFFA 4F2SA 3RMBA 4JRPA 3RMAA 2DTUA 4E1MA 4M3UA 4I2PA 3NF8A 4MFBA 3T3FA 2DFHA 4C8NA 4FW2A 4FCYA 4B8AB 5HROA 4B9SA 4B9MA 1JLCA 1S1UA 1SUQA 3O3FA 4JS4A 1J53A 3K5MA 1WSEA 1ASWA 4H4MA 4BE2A 4DTRA 5J2QA 5J1EA 1HYVA 4BWJA 3TAEA 4NYFA 1SL1A 3KTQA 3RTVA 4ELTA 3BDPA 3HVTA 1RBTA 4KTZA 2QXFA 3HSTB 3VQBA 4KRFA 4CFDA 4DLGA 1S5JA 1HRHA 4CEQA 2ZD1A 3NH1A 1TV6A 3QEVA 3RMDA 4M3TA 4DFPA 2F8TA 4W5QA 4FJ7A 3OYMA 4I9LA 3MXMA 2FBYA 3K5NA 1ASUA 1U49A 1KTQA 4OPKA 3NHGA 5HBMA 1LV5A 3OJSA 4OLBA 3S3OA 1TKDA 4E0DA 1QS4A 3T1AA 3VQ7A 4HUEA 1WSHA 4DU1A 5SWMA 4KPYA 4F3TA 2HHWA 3AO2A 1X9WA 1HJRA 1T7PA 3DOKA 2VWKA 2OA8A 4W5TA 1KVCA 3ASMA 4F8RA 1X1PA 4N47A 4C8KA 3RR7A 2O4IA 5I3UA 5J2PA 4AHRA 3DRSA 4IFYA 4E89A 4CK3A 5C24A 2FBXA 1SKRA 2GUIA 2KZMA 3CQ8A 1LW0A 3AO4A 3OYDA 1EX4A 3AVFA 4NCGA 4CEAA 2YNGA 1Z25A 1TKZA 1VSJA 4CFCA 4IG0A 4DS4A 3SQ4A 4KHNA 4Q5VA 1BGXT 4CJ4A 3PX4A 3K5OA 3VQDA 3MECA 2G8HA 4NCAA 4BDYA 4WE1A 3DOLA 2HHSA 3NE6A 1ZBFA 1RDDA 1KFDA 1S9EA 3G10A 4ICLA 4CF8A 4AHSA 3FFIA 2XRIA 4KB0A 3AVAA 3SQ0A 3DMJA 3AVJA 1VRTA 3VQ4A 1FXXA 3HVRA 2JLEA 3AVHA 3OYEA 1EP4A 3CM6A 3LP1A 3AO5A 3KLFA 4FLVA 1S9GA 3V4IA 4FJJA 4HVJA 1N6QA 4ID1A 4FJ5A 4CF1A 4DG1A 2E4LA 3S3NA 1NJYA 4DFMA 4Q0BA 1NJXA 3L8BA 3ZSYA 4CJKA 2PZSA 4J2DA 4KHWA 1NK9A 2KFNA 3KK2A 1IKVA 3HM9A 1TK0A 1NK5A 1VK0A 3TWHA 4FK0A 1VSIA 2IS3A 4DMNA 4FJLA 4OJRA 1GOCA 1Z26A 4FM2A 1HPZA 3OYCA 2KW4A 4E7LA 4CK2A 4PUOA 4CE9A 3MXJA 4J2EA 1UWBA 3ZSZA 3OYHA 3LWLA 3ZSWA 1HYSA 2P51A 1J5OA 3P5JA 5DMRA 1C0UA 5SZTA 4E7IA 2HVIA 4OVLA 2RKIA 3VQAA 3AO1A 4CJQA 3LZIA 4FYDA 3AV9A 1SV5A 1VSDA 2HB5A 2E6MA 3C94A 3IRXA 3QERA 4IKFA 4FVMA 4DTNA 4CCHA 1RDCA 3U6FA 5J2MA 4XIUA 3OYNA 1X9MA 2F8SA 1TAQA 1RT2A 4CHYA 5T7BA 5E41A 4AHTA 1KRPA 3QO9A 3TARA 1RDAA 4J2BA 3DI6A 3I0SA 2P1JA 5I42A 1IG9A 2ETJA 3NBPA 3SUPA 3OYKA 4CEFA 4KO0A 3HPHA 4ELUA 4Z4GA 1CXQA 1WSFA 2HNDA 2X78A 2YNIA 5FROA 1Q8IA 3DLHA 3OS2A 5D3GA 4FJIA 4LH5A 3LDSA 4CERA 3M8QA 3ZT0A 4DTJA 3THVA 4DTXA 1RBRA 1XC9A 1NOZA 3IAYA 1A5VA 4M3ZA 2KFZA 2AJQA 2Z1JA 4E1NA 1XHXA 5CYMA 4B9NA 3IS9A 3S9HA 1QSYA 1TGOA 4PWDA 4CFBA 3TAFA 1Q9YA 4KI6A 3F73A 2ZQBA 1KVAA 3NF7A 4FLWA 4PQUA 3IG1A 1A5WA 2B6AA 5DK5A 1S1VA 4FXDA 1QHTA 4CJFA 3PO4A 4N56A 2HHXA 3EY1A 4DU4A 1ASVA 1W0HA 1D9DA 1BI4B 4CJEA 3LP0A 4Z4CA 3F9KA 3SUNA 4CF9A 4RW6A 2GBZA 1RTHA 1WAJA 1S1TA 4OGCA 4B8CA 4HTUA 4K8XA 1SKWA 3SYZA 4DSJA 2FBVA 2XY7A 3LALA 1NK4A 1EXQA 3V6DA 4PY5A 4QCLA 3C6UA 1K6YA 4EP4A 4CJLA 2BGGA 3ZSVA 1YT3A 3U3YA 1TL3A 1ZBUA 2VG5A 4KFBA 4CGGA 4CEOA 1KVBA 4JLHA 1WSIA 4FJNA 4DTPA 2OZSA 1G15A 3RWUA 1B9FA 4LY7A 1EKEA 3ZSQA 2QKKA 4MQ3A 1RT7A 3JSMA 3SV4A 3L3VA 4CJWA 3KLGA 4H8KA 4O5BA 3VN5A 2DY4A 4IG3A 4CIGA 5FRNA 1F21A 1BQNA 2BANA 3K57A 1RT4A 3LP3A 3ALYA 3DRPA 3V1QA 3AA3A 3EZ5A 3PX0A 4FW1A 2GV9A 3LP2A 3SUOA 3RR8A 4DTOA 4CJVA 2FBTA 1QSLA 3RRGA 3ISNC 3O4QA 4C8OA 4RW9A 4DF8A 3SQ2A 1L5UA 4DQRA 2ZE2A 5CZ1A 3DLEA 4CIEA 3K58A 1NK0A 2G8IA 2XHBA 4QOZB 3QNNA 3ZSXA 4DTUA 4ZHRA 3NCIA 2XO7A 4ZTFA 3EYZA 4CK1A 1B92A 3WNGA 2HHTA 2BE2A 4KHSA 1JL2A 3PUFA 2PY5A 2LSNA 4RW7A 2IDOA 3U3GA 4OLAA 4BDZA 5KGXA 3L2RA 3SQ1A 3DLKA 4DSLA 2HVHA 2YV0X 3MEGA 4E19A 2DFEA 3AA4A 4DQPA 3WNEA 3OVNA 4EP5A 5HRPA 4Y1CA 4CEDA 3QEXA 3V81A 3ITHA 3L2UA 1NJZA 2XY8A 4HHTA 4CESA 3AVMA 2X6NA 4YFUA 5K14A 3AVGA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3QMLA 5BREA 2YX6A 3CJ9A 3V9WA 3B6OA 2YHBA 3H3NO 4KV8A 3K59A 3AVCA 1E3MA 4FM1A 3T1HK 4WQ5C 2RE2A 3RRHA 4FJKA 2YHXA 2D0BA 3PV8A 2A40A 4DQIA 3MX5A 4FWQA 1T44A 3P38A 4ISFA 1NKBA 4CZIA 4EZ9A 2GEMA 5AQMA 1C0GA 4Y1DA 4AM7A 3V9SA 4J2AA 4PKHA 2ASMA 1KSPA 1JL1A 1HNWK 3EL2A 3MX2A 3E1YA 1NKCA 4LSNA 2P9NA 4CZLA 1NGCA 3D6RA 3CCUN 1NJWA 2UXDK 4LF7K 1HNVA 4FL9A 1VSFA 1YF5L 4DTSA 1SL0A 3U9DA 3LAMA 5ADXA 2VQFK 4KB1A 3GG4A 3FZFA 2ZJRL 2QK9A 4PKIA 4DR2K 1Q82O 2ITGA 2D5RA 5HRRA 4A57A 4CGJA 4JAXA 1T05A 2A1SA 4B1ZA 4FM0A 2EWSA 4IFEA 1JLFA 4CGHA 2PBDA 1VAZA 3KD1E 3P39A 2OZMA 3OA9A 4FK4A 3CI5A 1C1AA 4B9VA 4RWTA 1WLJA 3R1XA 3JYTA 3RVCA 3HJFA 4G1QA 5CYQA 5AQOA 1ILYA 2IC3A 1RBUA 3O8MA 5HRNA 4JK9A 4E3SA 3R9PA 4DU3A 4DR1K 3OYJA 2G8FA 4JI3K 3P83D 5GIOA 3S3MA 3QINA 2YKMA 2A42A 4IFVA 1RNHA 3W3DA 1QQNA 1IH7A 1BOTO 3ZT3A 2P5OA 5LJWA 2RN2A 5CR4A 1HYZA 3ULDA 4F2RA 1DLOA 3C6HA 2NUBA 3FGUA 3AO3A 4IO9L 1BQMA 4W5NA 3K9JA 3MAQA 4DV2K 4FOEA 3WNFA 4KTQA 3KLHA 3O9TA 3O4NA 5KRSA 4Z4IA 2Q1NA 3DWLA 4H0PA 4CJPA 1JLBA 3LM9A 1S6PA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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