1XUPO

Enterococcus casseliflavus glycerol kinase complexed with glycerol
Total Genus 85
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
85
sequence length
487
structure length
487
Chain Sequence
YVMAIDQGTTSSRAIIFDRNGKKIGSSQKEFPQYFPKSGWVEHNANEIWNSVQSVIAGAFIESGIRPEAIAGIGITNQRETTVVWDKTTGQPIANAIVWQSRQSSPIADQLKVDGHTEMIHEKTGLVIDAYFSATKVRWLLDNIEGAQEKADNGELLFGTIDSWLVWKLTDGQVHVTDYSNASRTMLYNIHKLEWDQEILDLLNIPSSMLPEVKSNSEVYGHTRSYHFYGSEVPIAGMAGDQQAALFGQMAFEKGMIKNTYGTGAFIVMNTGEEPQLSDNDLLTTIGYGINGKVYYALEGSIFVAGSAIQWLRDGLRMIETSPQSEELAAKAKGDNEVYVVPAFTGLGAPYWDSEARGAVFGLTRGTTKEDFVRATLQAVAYQSKDVIDTMKKDSGIDIPLLKVDGGAAKNDLLMQFQADILDIDVQRAANLETTALGAAYLAGLAVGFWKDLDELKSMAEEGQMFTPEMPAEERDNLYEGWKQAVA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Transferase
molecule keywords Glycerol kinase
publication title Structures of Enterococcal Glycerol Kinase in the Absence and Presence of Glycerol: Correlation of Conformation to Substrate Binding and a Mechanism of Activation by Phosphorylation
pubmed doi rcsb
source organism Enterococcus casseliflavus
total genus 85
structure length 487
sequence length 487
chains with identical sequence X
ec nomenclature ec 2.7.1.30: Glycerol kinase.
pdb deposition date 2004-10-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
O PF00370 FGGY_N FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain
O PF02782 FGGY_C FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1xupO02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1xupO01
2YCHA 2ZGZA 4H0TB 4BG8A 2HF4A 5FPDA 5F2RA 5JICA 3SLCA 2DPNA 1ZC6A 3DXMA 4BRDA 2CH5A 3ZETA 2Q36A 1C0FA 3MK6A 2GUPA 4MO4A 3ENOA 2FLOA 3L0QA 5AQSA 2P9LA 4B9QA 3GBTA 3CERA 4PKIA 3ULEB 3VEOA 4EIAA 3A5OC 3LL3A 4M7YA 4JNEA 3MN5A 2P9UB 1TUUA 3W3DA 3JXUA 2Q0UA 3FZMA 1Z05A 4H0OA 4BRKA 5AQZA 2A40A 3FZKA 4CBXA 2QWOA 2V52B 3WQUA 3MN9A 3HI0A 3VGKA 1JCGA 1E4GT 4H0PA 1R59O 1DGKN 1S3XA 2ZGYA 1BDGA 2Q97A 2FF3B 4FPAA 3AY9A 5F1XA 5JMVA 3UE5A 1GLFO 4H0XB 2VCPA 4QS9A 3A5MC 5FPNA 5AQXA 3WEEB 3TPQA 3DAWA 1BU6O 4BGBA 1J6ZA 2AA4A 1U2VB 2CGJA 2NRHA 2F9TA 1Z6RA 3GG4A 3FLCO 2VYPA 2P9PA 3A0IX 2GTDA 2OANA 3VOVA 5AQHA 2V51B 1E4FT 2P9IA 3IDHA 4RWTA 5TKYA 3LM2A 5LJVA 3WT0A 1D4XA 4PL8A 3DXKA 3MN6A 2IVPA 4FOEA 3ZEUA 2QM1A 3ATVA 4CJ7A 1BA0A 2ASPA 3O4WA 2QWLA 1GLDG 4F9OA 2D0OA 4BR0A 2A6AA 3O5BA 3ZX0A 3R8EA 2A3ZA 5LY3A 4BC4A 4FWLA 5AQRA 2HOEA 3DWLA 4H5NA 4M7XA 3HM8A 2KHOA 3CI5A 4K42A 2QW9A 4BG9A 3ZX2A 2E1ZA 4BRNA 3C7NA 2E20A 1HJOA 3KZBA 3H3OB 4BRIA 5KPRA 2P9SA 3VPZA 4FWRA 4Z94A 3DXMB 3AARA 1HX1A 5BPNA 2FXUA 3LDQA 2D4WA 2P9NB 3A5NC 1ZXOA 3QMLA 2A41A 3HBTA 1RFQA 3GDQA 4H0YB 3MMVA 5AQNA 5AQQA 3MCPA 2IVOA 3H1QA 1QHAA 1Y64A 4YDUC 3CJ1A 5B8HA 3J8AA 1T6CA 3BUZB 4BRGA 2NLXA 2F9WA 3VEVA 2YHXA 1EQYA 4I6MA 4BR7A 4JD2B 2FF6A 1LCUA 1K8KB 4Y0WA 5BPLA 2CH6A 4XH5A 3IFRA 3WXLA 4CBUA 4BR5A 3F9MA 3UKRA 1NGFA 2AP1A 1X9JA 5BN9A 4J8FA 5BREA 1BG3A 2ASMA 3O8MA 1P8ZA 2QWQA 3SMPA 1X3NA 5ADXH 5AQKA 4KBOA 5KQDA 2CGLA 1NBWA 4BROA 2P9PB 1TYQA 4YDUA 4XH1A 3LDLA 5AQJA 5AQMA 2P9KA 4CZIA 5AZIB 1BO5O 2J4RA 3CQYA 2Q2RA 4B1ZA 2ZF5O 4B1XB 5ADXA 4HWIA 4IJAA 2ASOA 3CQXA 1GLBG 4K43A 2FSJA 4H5VA 3H45C 1C0GA 3VGMA 4A2BA 1HLUA 1XQSC 1ATSA 3U9ZA 5AZJA 4XH4A 5E84A 3D7EO 4BRHA 3L4IA 3VESA 1YVNA 4PKGA 3QFPA 1XUPO 5AQIA 1IG8A 2E2OA 2P9SB 2YJEA 3U8XA 5AQOA 3A8YA 4FWKA 2CGKA 5FPMA 3W0LA 3L6QA 3CJ9A 4MLHA 4CZEA 3SJHA 1MWMA 1QQNA 4FWSA 5AQUA 1BOTO 3H6EA 3G25A 3U4LA 3QFUA 1QQMA 1RDWX 3KHYA 5EVZA 3R9PA 3A5LC 4C23A 3WXJA 3UKUB 5EXWA 5JLHA 4BRMA 2W40A 1NWKA 1NGBA 4AM7A 5EOYA 4FWMA 4CD1A 2D0PA 4FSVA 3CJBA 2W41A 3D2EB 3LDOA 4FWQA 3QB0A 1NGEA 4BQZA 4EFHA 5AR0A 3O6WA 3ULEA 2NZTA 2IVNA 2HF3A 4H03B 1BA1A 2P9UA 4GNIA 4DB3A 5AQPA 4MLEA 3U9DA 4CZMA 1JCFA 4A2AA 1MWKA 5ELZA 3HTVA 4RTFD 1S22A 4A61A 5AFUH 3MN7A 4K41A 1QZ6A 4BC3A 4BVOA 3UKRB 1GLEG 3ZETB 3VGLA 3FR0A 1ESVA 1GLLO 2P9LB 2ZWHA 2E8AA 4ISEA 3H46O 3QICA 1V4SA 4MO5A 2IIRA 4BREA 4EHTA 1TUYA 2YHWA 4IXCA 4B1YB 1NGJA 5AFUA 3GOIA 4H0VB 1WUAA 1DEJA 2GELA 3HZ6A 4FL9A 3WEEA 4H5WA 3I33A 3TU5A 1U2VA 1GLCG 1GLAG 3UB5A 3C0BA 4BC5A 4BGAA 4DHYA 2Q0RA 3EZWA 4IO8A 5AQLA 5E26A 5AQFA 1YXQA 4H5TA 1SQKA 3D2FA 4BRCA 5EX5A 3IMXA 4BR9A 3O80A 4JAXA 3FZHA 4L3QA 3S41A 5EY4A 4O8KA 2V7ZA 2HMPA 3ENHA 1NGAA 2QXLA 3CJ7A 1HKBA 3CJCA 3EO3A 1V4TA 4FO0A 4CI6A 3VEYA 2WUSA 3VETA 4FWPA 1KAZA 3ZX3A 2V7YA 1KAXA 2PBDA 1IJJA 3B8AX 4BRPA 4M63C 4NO7A 1BWFO 2Q1NA 3VERA 4RCHA 4BVPA 3EKUA 4JN4A 3BF3A 3LDPA 1U6ZA 2P9IB 3IUCA 4IWVA 2E2NA 2UYTA 1SAZA 3AAQA 3ID8A 4BC2A 3DJCA 1NGIA 5BPMA 2I7PA 2A5XA 4IJNA 3DXKB 3MDQA 3ZEUB 1LOTB 1BUPA 1SZ2A 2PAVA 5BRHA 4FWOA 3RSEA 1MA9B 2P9NA 4BRLA 2H3GX 3R6MA 2E1YA 4FOIA 4AM6A 1QQOA 1YAGA 4HTLA 2D1KA 5BN8A 1CZAN 1G99A 2GEMA 1NGHA 5F0XA 5JLFA 2Q31A 1HKCA 4JHDA 3ATUA 1NGGA 1KAYA 3JS6A 2VWBA 3SMSA 3VENA 1QZ5A 5LJWA 4O5FA 2FSKA 2ITMA 3SK3A 2BUPA 3HSCA 3GE1A 3C7NB 3FZFA 3FZLA 3O08A 2QWRA 3WQTA 3H3NO 4WQ5C 3WXKA 2GWKA 3QBXA 3EL2A 5AQGA 4JD2A 4H5RA 4NB4A 1YUWA 4A62A 5I9EB 3VEZA 1K8KA 5BRFA 3CHWA 1MDUB 1DKGD 1KXPA 1T44A 4BRQA 4LC9B 4EHUA 1NGCA 2A42A 1GLJO 2FSNA 3VF6A 4K25A 5AQWA 4DQ8A 4PL7A 2YJFA 3QDKA 1WOQA 3M6GA 1ZBSA 2BTFA 3FE1A 5CE3A 4IZ9A 3EKSA 2GWJA 4WQ4C 3EN9A 3CIPA 4I6MB 3D2FB 2YHYA 3CETA 5AZIA 4GY2B 5BRDA 4CBWA 5FPEA 3QBWA 4WQ5A 5KQ8A 4PKHA 4QS8A 3GL1A 3BP8A 1X3MA 4FWNA 3KVGA 1NM1A 3VEXA 3P4IA 3AAPA 4WYBA 4CZGA 4ISGA 3FGUA 1RGIA 4BR4A 4CZFA 4BQLA 1HPMA 3CJAA 4CZKA 4ISFA 4CZHA 1TYQB 3O1BA 4XEIA 4CZJA 2P9KB 4BRAA 2I7NA 3LDNA 4FPBA 3VEWA 4WQ4A 3BF1A 3OHRA 2EWSA 5AQVA 2E2PA 3VF4A 3WXIA 2QWPA 1ATRA 1H1VA 1HUXA 5AQYA 1NGDA 3M3ZA 3RSEB 4EAHD 5AQTA 5BR9A 3M1FA 4BRFA 3WUHA 4B1WB 2QWNA 3BEXA 1XC3A 3UKUA 4DCHA 5AZJB 1OKJA 1NLVA 3I8BA 4CD3A 4JHDB 1HKGA 1NMDA 4E1JA 3LM9A 4B1UB 3D2EA 2E2QA 2E88A 5KPZA 4QS7A 1T6DA 3FFKB 4B1VA 5KPTA 1ATNA 1JCEA 2YI1A 3O1WA 3H1VX 2QWMA 4CZLA 1Q18A 3VF2A 4BR2A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2GV9A 2YCHA 3SPZA 2HF4A 4GV9A 5CZ1A 2G8KA 2DPNA 2XY7A 4W5QA 1BIUA 4LFAK 4O8UA 3DXMA 3THXA 3ZETA 1VSHA 4MO4A 3CXCM 1NK7A 1DTQA 4YOYA 5AQSA 3CERA 3ULEB 4FZZA 4CEOA 4B9NA 4M7YA 3PO5A 2P9UB 1TUUA 3OYEA 1VQ8N 5HLFA 4DLGA 1VSFA 3W3DA 4ID5A 3QEIA 2UUCK 3FZKA 4RW8A 3VQAA 1LAVA 4B8CA 3VGKA 4PQUA 4Y1CA 1DGKN 2Q97A 1VRUA 3LZJA 4K0KK 2FF3B 3V9UA 4JEPA 5JMVA 3QIPA 4J2EA 1GLFO 2VCPA 4QS9A 2YNIA 5FPNA 3RR7A 3LP2A 3DAWA 1Z25A 3EZ5A 4FM1A 2CGJA 2RN2A 3LP3A 3GG4A 2OZSA 3VOVA 2DFEA 2P9IA 2V51B 3TARA 5LJVA 3I0RA 3L8BA 1A5XA 1XNRK 5HRSA 4DFPA 4FOEA 1VQLN 1UAXA 3OA9A 4YNQA 3O9RA 3K58A 2QWLA 4E7IA 3O9UA 1GLDG 3V1OA 4F9OA 4BR0A 3O3FA 3R8EA 2A3ZA 4JKEA 4E7KA 4BC4A 3LWLA 4LH5A 2QA4N 3CI5A 4BG9A 1HJOA 1WSGA 3ZSVA 4DQQA 3AVBA 5KPRA 5TKWA 4DTSA 3VPZA 5HRPA 3NVKA 2O8CB 4CF2A 4DR1K 3MX2A 2P9NB 1X9MA 4AHCA 2O8DB 3EE8A 3TSUA 1B92A 3QEVA 1RBVA 2O8EB 4G1QA 1D8YA 3VQ5A 2E4LA 3N4PA 3K57A 3OYKA 1O1WA 1IKWA 1IBLK 5GINA 3AGKA 4B3RK 4FJKA 3SAHA 4CJ4A 4DQIA 4X62K 1T7PA 3VQ9A 4M3YA 3IKMA 4DF4A 3WXMB 4XH5A 3IFRA 3WXLA 3HT3A 4BR5A 4AHRA 1ITGA 1NGFA 2AP1A 3SPYA 4OKKA 4J8FA 5BN9A 4CGJA 1TKTA 4CHNA 3IG1A 1P8ZA 4IKFA 4DV1K 2CGLA 4HVJA 1OH5A 1KTQA 4Q0BA 4BROA 2P9PB 1TYQA 4FJXA 4LD0A 4LF5K 3HL8A 1GOCA 4OKJA 3LDLA 1EWRA 2P9KA 5M1OA 3OYNA 2NNWA 3Q7CA 1WAFA 1KVAA 4B1ZA 1KCFA 4B1XB 3O9QA 4IJAA 3OYDA 5M1PA 4JK7A 2FSJA 1XI1A 4JI5K 3H45C 4U7BA 4A2BA 4B9SA 1XQSC 3OW2M 1N5YA 1JL2A 2NRZA 1XHZA 1I3AA 2OZMA 5CZ2A 4PKGA 3QFPA 2RE2A 1S1XA 4KI4A 4NLBA 3U8XA 4YOUA 1K8AO 3WNEA 3K5MA 5FPMA 3W0LA 1U49A 4DLEA 3KLIA 4E7JA 5AQUA 1QQNA 3G71N 3LPTA 1SKRA 3L3VA 1WN7A 3R9PA 4CEEA 4C23A 2OTLN 3V1QA 5EXWA 3DLKA 2X74A 2QEXN 3TAQA 5D3GA 3D0PA 2VG6A 4FWQA 4IOCL 4EFHA 5AR0A 1TKZA 3OYHA 3ULEA 1D9FA 2A1SA 2P9UA 3DLHA 3O3GA 1JCFA 3V4IA 3HTVA 2NRXA 3L2QA 4K41A 3UKRB 1J53A 4KFBA 3FR0A 1ESVA 5M1NA 5T7BA 2IS3A 2NUBA 3HP6A 3OS1A 1OH7A 1RT3A 3H46O 5M1KA 3QICA 2IIRA 4BDZA 4IXCA 2YHWA 4F2RA 3VQBA 3MXIA 1RTHA 3OS2A 1RT7A 3TU5A 3NF6A 3OJSA 1GLCG 4DSFA 3AVJA 4GMJB 4EZ6A 4NYFA 4CEFA 2E6LA 1BISA 2Q0RA 4IO8A 5AQLA 4GKKK 4KHQA 5AQFA 4J2DA 4DSIA 2HW3A 4GKJK 2FBTA 4KH5A 4CHOA 3VTHA 4AILC 1VQ5N 5JVHL 3TR8A 4G9ZA 4DMNA 4KHWA 3CJCA 2KZMA 3O4NA 4FO0A 5CYMA 1KAZA 3ZX3A 3SZ2A 3B8AX 1S5JA 4BRPA 3P39A 5FROA 3NH1A 2Q1NA 3VERA 2OPQA 4CJSA 1L3TA 1W97L 4BDYA 3DLRA 3V9SA 3IUCA 4BC2A 2UYTA 1T3VA 3AAQA 1JLQA 4KRFA 3K9KA 1MU2A 2A5XA 4AH9A 3DXKB 1U48A 4HCCA 2O8CA 1LOTB 3MEGA 1KVBA 2PAVA 3OYGA 4AQYK 5BRHA 4FWOA 3RSEA 3S3OA 2P9NA 1JKHA 2YKNA 1CZBA 3PX6A 1VSIA 1LW2A 2D1KA 1G99A 3NGZA 1KD1O 4CERA 2O8EA 2Q31A 4FJIA 4Z4GA 4IOAL 2VWBA 5LJWA 1VQMN 1YI2N 3ALYA 2ZM6K 5KGWA 3GE1A 4CJLA 3CCQN 4DF8A 4E7LA 3FZFA 3FZLA 3WQTA 4HUFA 4WQ5C 3QBXA 1VHXA 3VEZA 5BRFA 1UOCA 5GAGP 1DKGD 2UXBK 3S9HA 4LC9B 1VQ9N 4FLUA 4CJWA 5I42A 3VF6A 2FBXA 3M5RA 3O9TA 4DQ8A 4F8RA 2KTQA 2YHBA 3QDKA 2RPIA 2VWJA 3J7AP 3VA0A 5CE3A 1T05A 3E9OA 3F5TA 2GWJA 2WTUA 4DSEA 1RTIA 4E7HA 1EX4A 4AF1A 3O3HA 4FJHA 3CETA 4GY2B 4WQ5A 3HP9A 5KQ8A 3V1RA 5CHIA 3LDSA 3F73A 3MAQA 4M41A 3GL1A 3O4QA 3M8RA 3E66A 4IBNA 4E3SA 4DR2K 1XMQK 3VTIA 2O4IA 4M3ZA 3KK7A 3T69A 4CZGA 4PHTX 5KGXA 1HNVA 3OYJA 1RGIA 1ASVA 3AVLA 1B9DA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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