1XUPO

Enterococcus casseliflavus glycerol kinase complexed with glycerol
Total Genus 85
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
85
sequence length
487
structure length
487
Chain Sequence
YVMAIDQGTTSSRAIIFDRNGKKIGSSQKEFPQYFPKSGWVEHNANEIWNSVQSVIAGAFIESGIRPEAIAGIGITNQRETTVVWDKTTGQPIANAIVWQSRQSSPIADQLKVDGHTEMIHEKTGLVIDAYFSATKVRWLLDNIEGAQEKADNGELLFGTIDSWLVWKLTDGQVHVTDYSNASRTMLYNIHKLEWDQEILDLLNIPSSMLPEVKSNSEVYGHTRSYHFYGSEVPIAGMAGDQQAALFGQMAFEKGMIKNTYGTGAFIVMNTGEEPQLSDNDLLTTIGYGINGKVYYALEGSIFVAGSAIQWLRDGLRMIETSPQSEELAAKAKGDNEVYVVPAFTGLGAPYWDSEARGAVFGLTRGTTKEDFVRATLQAVAYQSKDVIDTMKKDSGIDIPLLKVDGGAAKNDLLMQFQADILDIDVQRAANLETTALGAAYLAGLAVGFWKDLDELKSMAEEGQMFTPEMPAEERDNLYEGWKQAVA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Transferase
source organism Enterococcus casseliflavus
publication title Structures of Enterococcal Glycerol Kinase in the Absence and Presence of Glycerol: Correlation of Conformation to Substrate Binding and a Mechanism of Activation by Phosphorylation
pubmed doi rcsb
molecule keywords Glycerol kinase
total genus 85
structure length 487
sequence length 487
chains with identical sequence X
ec nomenclature ec 2.7.1.30: Glycerol kinase.
pdb deposition date 2004-10-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
O PF00370 FGGY_N FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain
O PF02782 FGGY_C FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1xupO02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1xupO01
4MLHA 1ZBSA 2YHYA 5AQJA 4CZMA 4XEIA 3FR0A 3P4IA 3UKUA 3DXKB 3H6EA 2E20A 4BRQA 3UE5A 4CBUA 5AFUA 3MN5A 3JS6A 4BR9A 4BROA 3ENOA 3EZWA 2P9SA 3A0IX 4F9OA 1KAZA 3UKRB 3WEEB 4QS8A 1NGFA 4AM7A 1NBWA 4IWVA 4O8KA 2ASMA 1HJOA 2W41A 1YAGA 4BRCA 2FF6A 4BREA 3CIPA 3J8AA 3ULEB 3DWLA 4FPBA 3CI5A 4ISEA 2QXLA 3GBTA 1JCFA 3SLCA 2Q31A 3O1WA 1RDWX 4JHDB 3QFUA 3VEWA 2OANA 4DQ8A 1DKGD 3C0BA 4PL8A 1GLLO 4FWMA 4FSVA 5AQRA 3MDQA 4NB4A 2D1KA 4BGBA 5E26A 3DXKA 5AZIB 4H0VB 3VOVA 1HKCA 4LC9B 1QZ6A 3CJBA 3CHWA 2E1YA 3GG4A 3H45C 5FPMA 2F9TA 1C0FA 3UKRA 2Q97A 3WEEA 5JICA 5FPNA 4O5FA 3MK6A 2V7ZA 3QDKA 4L3QA 3R9PA 3DJCA 1BOTO 3DXMB 2QWNA 2QWMA 4XH1A 3FZKA 1X9JA 4IO8A 3QB0A 2ZGZA 2HOEA 3ULEA 4BR0A 4BC4A 5JLHA 3M6GA 1GLDG 1S3XA 1QQNA 4JHDA 4PKIA 1GLBG 1NGHA 3D2EB 4FWOA 2P9IB 4H5VA 2V51B 5B8HA 4CJ7A 4BQZA 1P8ZA 3O80A 4CZHA 3G25A 4EFHA 2NRHA 2GUPA 3H3OB 3O8MA 4JNEA 1U2VB 5AZIA 3ID8A 5AQSA 5BREA 4FWNA 4BRIA 1ESVA 2CGKA 4H5TA 4BR5A 3ZX0A 3LM2A 4I6MB 5BR9A 3FFKB 2YCHA 5JLFA 1TUYA 3DXMA 5ELZA 2FSKA 4CZGA 1G99A 3U9DA 4YDUC 3CETA 2YJEA 4FPAA 3EN9A 3DAWA 4GNIA 1KAXA 2E2OA 2ITMA 2F9WA 3D2EA 2P9IA 3WUHA 5JMVA 4CZKA 5KPZA 1YVNA 3VF4A 4M7XA 2QW9A 4ISGA 3FZFA 3QBWA 5AR0A 1T44A 3VERA 3L6QA 1Z6RA 1U2VA 1NGEA 2NZTA 1NGIA 1IG8A 3R6MA 1CZAN 1WOQA 3LDOA 3VETA 3JXUA 3H1VX 4CD1A 3D2FA 2QM1A 3CJCA 3VENA 5CE3A 5KQDA 2Q0UA 3BEXA 4I6MA 4FWQA 4NO7A 1LCUA 5BPMA 2GWJA 3KZBA 1JCEA 4FWPA 4GY2B 4H0PA 3H46O 1RFQA 4BR2A 3QFPA 2D4WA 5AQUA 5FPDA 5AQMA 4BRFA 3AAQA 1HKBA 1DGKN 3SMSA 4BRHA 4IJNA 1NGCA 3HZ6A 1NGBA 3HM8A 3W3DA 3CJ1A 4RCHA 4BC3A 3ATUA 1XC3A 3AARA 1R59O 1QHAA 3VPZA 1X3MA 1HPMA 4EHTA 3MMVA 2PBDA 3L0QA 1QZ5A 3EL2A 4KBOA 4CBWA 5EOYA 1MWMA 4AM6A 1J6ZA 2E1ZA 2ASPA 1HLUA 1E4GT 3A5NC 3SMPA 4RWTA 3WQTA 4HWIA 3QMLA 4CZEA 4FWSA 3TU5A 5AFUH 3VGLA 1NGJA 2IVNA 5AQTA 1MDUB 2W40A 3EO3A 4XH4A 3VGKA 4FOEA 4BRDA 2GWKA 3I8BA 3U9ZA 3VEVA 1GLJO 3CJAA 1GLFO 4BRPA 3VEZA 3VESA 1NGAA 3HSCA 3VGMA 2E2QA 3A5LC 4B1XB 4PL7A 2ZF5O 5LY3A 2J4RA 3M1FA 4J8FA 2QWQA 3GOIA 3O5BA 5BPNA 3MN7A 4B1YB 4PKGA 4A2BA 3VEOA 2QWLA 3O08A 1HUXA 3MN6A 2A42A 5EVZA 4WQ5C 4M7YA 2QWRA 3VEXA 5BRDA 4K43A 4FWRA 4IJAA 4CZIA 3ZETB 2VCPA 5KPRA 5I9EB 4MO4A 1TYQB 1OKJA 5ADXH 4BRAA 3U8XA 1LOTB 2HF3A 4EHUA 2IIRA 1HKGA 3WXJA 3ZEUB 3D2FB 4H5NA 4WYBA 1Z05A 2GELA 5EX5A 1MA9B 3QBXA 3VF6A 4DCHA 3WXLA 2V52B 2H3GX 3FZHA 1SQKA 3VEYA 4EIAA 1NWKA 4K42A 5BRHA 3AY9A 4IXCA 4BC2A 2A40A 2DPNA 2A5XA 5F0XA 2D0PA 4IZ9A 4K41A 4H5RA 3CJ7A 1S22A 1T6CA 3KHYA 3LL3A 4JN4A 5FPEA 2WUSA 3FZLA 3FZMA 1SAZA 1X3NA 5BN8A 1NMDA 2Q0RA 3ENHA 3ZETA 2A41A 1KAYA 1BG3A 1D4XA 1TYQA 1ATRA 2CH6A 1YUWA 1NGDA 4YDUA 3ZEUA 2EWSA 2QWOA 5EXWA 2FXUA 3A5MC 5F2RA 4JAXA 4BR4A 3EKSA 5AQZA 2HF4A 3IMXA 4WQ4C 3C7NB 1XUPO 4BC5A 1BDGA 2I7NA 4HTLA 3MCPA 3RSEB 4QS7A 2AA4A 3KVGA 3FE1A 4CBXA 2P9NB 2YI1A 1SZ2A 5AQGA 2PAVA 3BUZB 4B1ZA 1BO5O 4CZLA 1EQYA 4PKHA 2I7PA 1K8KB 2BTFA 1ZXOA 4BQLA 4Z94A 5AQLA 1C0GA 2A6AA 2NLXA 3FGUA 3O6WA 4BVOA 2GEMA 3CJ9A 5KQ8A 2Q1NA 1TUUA 3LM9A 1JCGA 3ATVA 3LDPA 5AQPA 3CQYA 3CQXA 2FSJA 5AQKA 1BA0A 2ZGYA 3ZX3A 1Q18A 1GLCG 1QQOA 2IVOA 4EAHD 2UYTA 2CGJA 3D7EO 4BR7A 3BF1A 1E4FT 4CI6A 3IUCA 4FO0A 4H5WA 5AQYA 4H0OA 3CERA 2BUPA 5AQHA 3C7NA 3WXIA 3O4WA 2P9KB 3AAPA 3L4IA 3I33A 3RSEA 2P9LB 4A62A 4BGAA 4CZJA 4C23A 3SK3A 3QICA 3UB5A 1ATNA 3H1QA 4B1WB 2P9NA 2E8AA 1KXPA 5AZJB 1K8KA 3H3NO 4A2AA 3A8YA 1ZC6A 4BRNA 3S41A 3W0LA 4BRGA 3SJHA 3LDLA 1NM1A 1V4TA 4CZFA 1HX1A 3WXKA 3IDHA 3U4LA 4E1JA 5LJVA 1YXQA 2IVPA 2E2PA 1MWKA 4FL9A 5ADXA 3MN9A 2Q2RA 5AQXA 4FWLA 3LDNA 5AQNA 4MLEA 4BVPA 3GL1A 1XQSC 2D0OA 3HI0A 4FOIA 4H0TB 3ZX2A 2A3ZA 2GTDA 2P9KA 2E88A 4DHYA 4BRLA 2KHOA 2P9LA 4BG8A 1BUPA 4MO5A 3OHRA 2CH5A 2P9UB 1RGIA 4K25A 1NLVA 5AZJA 4QS9A 4BRKA 3LDQA 5EY4A 1H1VA 4DB3A 2YHWA 2CGLA 4ISFA 2FLOA 4WQ5A 4XH5A 4BRMA 3O1BA 2VYPA 3HBTA 1WUAA 2E2NA 2FF3B 3TPQA 1IJJA 3A5OC 2P9PB 1NGGA 3BF3A 1QQMA 1GLEG 1U6ZA 3HTVA 3B8AX 5AQFA 1BWFO 4JD2B 3WT0A 4H03B 5BPLA 3BP8A 3UKUB 2AP1A 4CD3A 2YHXA 3IFRA 4M63C 2P9UA 4H0XB 3EKUA 3GE1A 2ASOA 5E84A 5AQIA 2P9SB 2V7YA 5KPTA 1DEJA 2QWPA 1T6DA 3F9MA 4BG9A 4B9QA 2ZWHA 3M3ZA 3GDQA 2HMPA 5BN9A 5AQWA 3WQUA 4B1VA 1BA1A 2Q36A 1BU6O 2P9PA 5F1XA 1GLAG 3R8EA 5LJWA 4B1UB 2YJFA 4RTFD 2FSNA 4A61A 1Y64A 5TKYA 3VF2A 1V4SA 5AQQA 4H0YB 5BRFA 4FWKA 4WQ4A 1ATSA 4JD2A 2VWBA 4Y0WA 5AQVA 3FLCO 5AQOA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1ZBSA 4F4KA 3U6FA 4OPHA 3H6EA 2E20A 2KTQA 2VGNA 1KD1O 5AFUA 1OH8A 1GOAA 3ENOA 3IAYA 4DQIA 3AO1A 1WAFA 1JKHA 3DLKA 4FLWA 3NDKA 4ELTA 4KPYA 1KAZA 3C95A 3WEEB 3NH1A 1NGFA 2G8VA 4AM7A 2ASMA 2IS3A 5DK5A 3BZKA 2W41A 3ALYA 4YOXA 3SPYA 4UY8O 2D5RA 4KTQA 4OGCA 3TSPA 3V1QA 3KK2A 1ZBFA 3CFOA 4B3TK 4M3ZA 3GBTA 1JCFA 1RDWX 2AJQA 3SCXA 4I9LA 2XY6A 4DQ8A 4PL8A 4KB1A 4DQRA 3AVGA 3B6PA 4LC9B 4M42A 1NK9A 3O9RA 1N32K 5JVGL 2ETJA 3QLHA 4HVJA 2G8KA 5JICA 3MK6A 4L3QA 3R9PA 4QCLA 3RR8A 3DXMB 4HUGA 5C2DA 2QWNA 4DFPA 3QB0A 2OPSA 2XHBA 3B6OA 3M6GA 1GLDG 1QQNA 3HXMA 1VQ4N 4K0KK 1S1XA 2P9IB 4LH4A 3THWA 5CR4A 1NK5A 1BI4A 1MU2A 4Z4CA 3C6HA 3O8MA 3VQBA 3O9UA 1WBDA 5AQSA 4CECA 4J2DA 3CCVN 4H5TA 2ZM6K 3OYMA 5HRSA 2FSKA 4BDZA 3EN9A 3T1HK 1KAXA 4JKAA 1C6VA 4XIUA 4E7LA 5J1EA 3DMJA 4OVLA 1VQ6N 3VF4A 2QW9A 1N34K 3BGRA 3L6QA 4M3YA 4CE9A 2NZTA 4BY9C 1IG8A 2WC9A 3R6MA 3LDOA 3RRGA 3DYAA 3H1VX 1B9FA 1S9GA 4TSXA 3CJCA 3VENA 2Q0UA 2Z1IA 3CMAN 4NO7A 1LCUA 4DWIA 5BPMA 2PY5A 4B9UA 4FWPA 1JCEA 4GY2B 1I3AA 2A1RA 3LP3A 3LPUA 4FLZA 1K9MO 2GBZA 2Z1GA 2LSNA 2ZD1A 4FJIA 2ATQA 4BRHA 1VQPN 1KLMA 1HNWK 4IJNA 4FCYA 1NGCA 3HZ6A 3HM8A 4L8RB 1IBKK 4YOTA 4AHCA 3ATUA 1LWCA 1XC3A 3AARA 2P5GA 4CFBA 1J9AA 3VPZA 2B5JA 4CIGA 1SKSA 5GAGP 4OPJA 1S5JA 2BDPA 1LAWA 1T3VA 4KRFA 3EL2A 4AM6A 4E3SA 3TANA 3HM9A 3WQTA 2YHAA 3OJSA 1ZBHA 3QMLA 4CZEA 2HB5A 3NGYA 4FLVA 4FWSA 3TU5A 5AFUH 3MEGA 1NGJA 2IVNA 1MDUB 2OCEA 4DTXA 3OYAA 3VA0A 3I55N 1N6QA 3L2UA 4BRPA 1C1AA 1NGAA 3NF9A 4YOUA 2E2QA 3NGZA 4DSEA 1NJZA 1J5EK 4DQPA 1IKWA 3CCLN 4CJSA 4B8CA 3HO1A 4A2BA 4DSLA 3PV8A 3O08A 1HUXA 4WQ5C 4B9MA 2QWRA 3VEXA 3PX0A 4FZYA 4CZIA 4YOYA 4W5QA 3K9KA 2VCPA 4CGIA 5KPRA 4MO4A 4N5SA 1TYQB 2VQFK 1LOTB 4EHUA 1RT5A 1SKWA 3QEVA 2IIRA 3ZEUB 1IKVA 1Q9XA 3QESA 3E9PA 2GELA 3T1AA 4DCHA 5C12A 3L2WA 3WXLA 4FJJA 2JLEA 2VG6A 3ZSRA 1M90O 4X64K 1IKXA 2G8IA 3D6RA 3AY9A 1WSFA 2DPNA 4JKEA 1N36K 2D0PA 3IRXA 4CEEA 3LAKA 2Q3SA 3LWLA 3CJ7A 1VSMA 2HBMA 1ZYQA 4NYFA 3LL3A 5FPEA 4CCHA 3RMDA 1U47A 2FBVA 3FZLA 1SAZA 1X3NA 5BN8A 3AO4A 3ZETA 3LP0A 4PUOA 1LWFA 4OKJA 1SL0A 4YDUA 3NE6A 2EWSA 5EXWA 3SZ2A 1BGXT 3A5MC 5F2RA 2O8EB 3AGRA 2QTDA 2I7NA 4GKKK 4O0IA 3MCPA 1WSHA 3KVGA 4DR2K 1TKDA 3DLRA 1YJWN 3A2FA 5KI6A 2P9NB 3LZIA 2BGGA 4B1ZA 1BO5O 4JRQA 1EQYA 4KO0A 4BQLA 3KTQA 5AQLA 1I39A 5BR8K 1RDCA 2NLXA 3FGUA 3O6WA 3AVJA 4BVOA 3CFPA 3CJ9A 1KCFA 2Q1NA 2X78A 3SAGA 3MXIA 5CZ1A 3T19A 2QA4N 4F2RA 2FSJA 1BA0A 3DOKA 5MLCQ 3ZX3A 1GLCG 2KQ2A 3D7EO 4DFMA 3BF1A 4CI6A 3CERA 2BUPA 2YV0X 5AQHA 1GOCA 4AF1A 2HHWA 5C0YA 1TVRA 4A62A 3AVAA 3SK3A 3QICA 2E8AA 1U04A 1BL3A 4CJUA 3IG1A 1KVAA 5AZJB 1EWQA 1K8KA 2F8TA 5C25A 4DS5A 1RT3A 3U3GA 3V1RA 3S41A 5GAEP 4ILJA 1L3SA 1CXUA 4DR7K 5GAHP 2IVPA 3G10A 4LFCK 1MWKA 4FL9A 5HLFA 5ADXA 1RBUA 4FWLA 3LDNA 4RW6A 4CJPA 4BVPA 2D0OA 1L3TA 1J53A 2P9KA 3ZT3A 3ZT4A 1SS6A 1WAJA 2EHGA 1LAVA 2P9LA 4BG8A 3ID6A 4AHUA 4DFKA 1VSHA 4M3RA 1Z26A 5A2QO 1RGIA 4LF9K 4DV6K 4E19A 4KHSA 3G4SN 3LDQA 4FJLA 4LF5K 3HK2A 1IV0A 2GUIA 4HCCA 4DB3A 4LH5A 3SUPA 3K2PA 4RW8A 4ISFA 1L3UA 4DG1A 3TTCA 2ZE2A 1SL2A 2E2NA 4MDBA 3HVRA 4EZ6A 2P9PB 5HBMA 2VG7A 3OYIA 4CHYA 3O9QA 4O44A 2DTUA 4W5RA 4LF8K 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5BR9A 4DU4A 1U4BA 2KKZA 4RW9A 4DV1K 5JLFA 3MWTA 4KI4A 4ELVA 3LPTA 5H1SQ 4CZGA 4BWJA 1G99A 3U9DA 4YDUC 1EKEA 3CMEN 3DAWA 1NKCA 2ITMA 3ZSWA 1FW6A 2G8WA 3SYZA 4CEOA 4FK0A 3SPZA 1TAUA 3M8SA 1YVNA 1HPZA 3AVLA 4M7XA 5AR0A 1OH5A 3QBWA 3OA9A 1U2VA 5E41A 4G9ZA 4GVMA 4DV4K 3OS2A 1NGEA 3ZSYA 3CCQN 1CZAN 2OPPA 3VETA 3JXUA 2JWLA 3VQCA 1NJWA 4E89A 3PIPL 1C0TA 5CE3A 5KQDA 3AVHA 4I6MA 4CJRA 1VQ5N 2GWJA 3KZBA 4H0PA 3HL8A 1OH6A 3LP1A 4BR2A 2GV9A 3NHGA 4FJKA 1JLFA 1D5AA 4R79A 5C10A 4X65K 3CQ8A 4YOVA 1VSLA 3V9ZA 1VHXA 4F2SA 5HOOA 1R59O 3HPOA 1HPMA 3MMVA 1BISA 4KHQA 4JS5A 5EOYA 3OYEA 1J6ZA 2ASPA 1HLUA 1E4GT 1S1VA 3A5NC 3PLAA 1ZBIA 4B08A 4HWIA 2NRVA 3QEWA 5J2NA 1NK4A 3S3OA 1JXBA 4B3SK 2QXFA 3D0PA 2FBXA 2IGIA 5AQTA 2W40A 1DLOA 4KH5A 4ZTJA 2GWKA 4FJHA 3VEVA 4CJWA 5C24A 3VESA 3V9SA 4DSKA 3HSCA 3SBGA 1VSDA 4GKJK 3CG7A 3M8QA 3ZSVA 3HJFA 2W6KA 2J4RA 3M1FA 3GOIA 3L3VA 3VEOA 4FM0A 4C8OA 1HYVA 3QIPA 3MN6A 3Q7BA 1B92A 3VQ5A 4CHOA 1QE1A 4Z4GA 4FWRA 4ID1A 3ZETB 2KFNA 3THYA 3KD5E 1KSPA 4Y1CA 3U8XA 2HF3A 4FK4A 3KWIA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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