1XUPO

Enterococcus casseliflavus glycerol kinase complexed with glycerol
Total Genus 85
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
85
sequence length
487
structure length
487
Chain Sequence
YVMAIDQGTTSSRAIIFDRNGKKIGSSQKEFPQYFPKSGWVEHNANEIWNSVQSVIAGAFIESGIRPEAIAGIGITNQRETTVVWDKTTGQPIANAIVWQSRQSSPIADQLKVDGHTEMIHEKTGLVIDAYFSATKVRWLLDNIEGAQEKADNGELLFGTIDSWLVWKLTDGQVHVTDYSNASRTMLYNIHKLEWDQEILDLLNIPSSMLPEVKSNSEVYGHTRSYHFYGSEVPIAGMAGDQQAALFGQMAFEKGMIKNTYGTGAFIVMNTGEEPQLSDNDLLTTIGYGINGKVYYALEGSIFVAGSAIQWLRDGLRMIETSPQSEELAAKAKGDNEVYVVPAFTGLGAPYWDSEARGAVFGLTRGTTKEDFVRATLQAVAYQSKDVIDTMKKDSGIDIPLLKVDGGAAKNDLLMQFQADILDIDVQRAANLETTALGAAYLAGLAVGFWKDLDELKSMAEEGQMFTPEMPAEERDNLYEGWKQAVA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structures of Enterococcal Glycerol Kinase in the Absence and Presence of Glycerol: Correlation of Conformation to Substrate Binding and a Mechanism of Activation by Phosphorylation
pubmed doi rcsb
molecule tags Transferase
source organism Enterococcus casseliflavus
molecule keywords Glycerol kinase
total genus 85
structure length 487
sequence length 487
chains with identical sequence X
ec nomenclature ec 2.7.1.30: Glycerol kinase.
pdb deposition date 2004-10-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
O PF00370 FGGY_N FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain
O PF02782 FGGY_C FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1xupO02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1xupO01
4BQLA 4WQ4C 3CERA 3JS6A 4YDUC 5AQXA 4DQ8A 3ENOA 2BTFA 2ZGYA 2NRHA 4WQ4A 2QWMA 1ATSA 2P9NB 4YDUA 2E1YA 3IUCA 4IWVA 3FZFA 4H5VA 1GLAG 3FGUA 3DXMA 5AQMA 5KPRA 3CETA 4FOIA 1MWKA 1V4TA 1OKJA 3U8XA 4B1VA 2F9WA 1GLCG 1QZ5A 3O5BA 5EVZA 4FWRA 5AQQA 4C23A 3U4LA 2P9KA 3H46O 2W41A 5FPNA 3LL3A 1BWFO 1D4XA 1CZAN 3OHRA 4PKIA 4BC5A 3CHWA 3VEVA 5AQUA 3A5NC 3MN6A 2HF4A 2D0OA 2CGKA 1HLUA 2PAVA 5BPNA 2V7ZA 1NGAA 2P9LB 4CZHA 3WUHA 1GLFO 4FWOA 3VGMA 2ASPA 5BREA 3UKRB 3QICA 3ATUA 2P9NA 2E8AA 4HWIA 4MLEA 1T6CA 4K42A 3EO3A 5AQJA 3TPQA 3H3OB 5AQKA 4FWPA 3L4IA 4A2BA 4A61A 2IVOA 1KAXA 4MLHA 3C0BA 5AQZA 3DAWA 2HOEA 1DKGD 4H0XB 2GEMA 4FPBA 3ZEUA 4HTLA 1XUPO 3M3ZA 4IJNA 4DCHA 4PL7A 3L6QA 1NGDA 4BR5A 3WXKA 1Q18A 2YHYA 3A5OC 3UB5A 1NM1A 3LDNA 1ZC6A 2E20A 4H5NA 2VYPA 5F2RA 4M7YA 4XH4A 2P9LA 3BF3A 4CZIA 1EQYA 1P8ZA 3LDPA 5ADXA 3AY9A 5AQRA 2AP1A 4B1YB 4CI6A 2FXUA 1QQNA 2QWQA 1BDGA 3QBXA 3CJ1A 5AZJB 4FWMA 2A41A 3G25A 4H5WA 1DEJA 4BR2A 3VEOA 5BPMA 4BRFA 1HPMA 4FWSA 1Z05A 4H03B 1S3XA 1HJOA 4J8FA 3EKUA 2QWPA 2UYTA 1YUWA 3QFPA 2Q2RA 3C7NB 4BQZA 2FSNA 2P9PB 1NGEA 4L3QA 2Q31A 4CBUA 4CZKA 5BN9A 2E2QA 2FF3B 2W40A 1ZXOA 4H5RA 1NGFA 4Z94A 1Y64A 4FWKA 2OANA 3BP8A 3MK6A 3CJ9A 3I8BA 4BRLA 3CQYA 1C0FA 5AQLA 3R9PA 1HKGA 3O6WA 3ZX3A 4BRMA 5AQGA 3EKSA 3RSEB 5AZJA 1NMDA 1JCEA 3VERA 2A6AA 5I9EB 3EN9A 3ULEB 4H0YB 3W3DA 4O5FA 3MN7A 5EY4A 4A2AA 2Q0UA 4H0OA 4QS7A 2NZTA 5FPMA 2CH5A 3WEEB 3HSCA 3HBTA 3C7NA 3ENHA 2ASOA 1JCGA 2P9PA 5AQFA 2ZGZA 4CZMA 3D2EB 5KPZA 4CJ7A 3IMXA 3H1VX 1WUAA 3CJAA 2HF3A 4GY2B 1BU6O 4I6MA 3SMSA 3L0QA 2QW9A 1QZ6A 1NLVA 4BRNA 1IJJA 4B1WB 4PL8A 5BRDA 3H3NO 4PKHA 4BR0A 4BR7A 2P9SB 3HI0A 4FOEA 4XH1A 1NGJA 4BVPA 1E4FT 3RSEA 3WXLA 5FPEA 3FFKB 4NB4A 5AQWA 2E1ZA 3ULEA 2QWOA 1X9JA 2QXLA 4BG9A 3O8MA 2P9UB 4LC9B 2IVNA 5BRHA 1QQOA 3QFUA 3FZMA 2Q36A 1LCUA 5AQPA 2QM1A 3WEEA 3HM8A 3VETA 5AQVA 2FF6A 3ZX0A 2QWRA 4M7XA 4E1JA 4ISGA 3BUZB 4RWTA 3GE1A 4IZ9A 3VF6A 3D2EA 2NLXA 2P9IB 4A62A 3M1FA 4O8KA 3SJHA 3ZX2A 1E4GT 1U2VB 3QMLA 1T44A 2A3ZA 5AQSA 4JNEA 4XEIA 5BRFA 1JCFA 2P9SA 1YVNA 2KHOA 1ESVA 3A8YA 4BRDA 3KZBA 4JHDB 3A5MC 4RCHA 5AQTA 4CD1A 1NGCA 2BUPA 4BREA 3DXKB 3AAPA 4BC2A 4BRCA 1NWKA 3CI5A 1ATNA 3EZWA 3A0IX 3UE5A 3UKRA 2P9UA 2A5XA 3VEWA 5AZIB 5LY3A 3MN9A 1BA0A 4FSVA 4CD3A 3FZHA 4EIAA 5F1XA 3R6MA 1SQKA 3CJBA 1LOTB 4BR9A 1NGIA 4EFHA 4BG8A 4K43A 1KAZA 4AM6A 5CE3A 1BA1A 2HMPA 2P9IA 3CQXA 3JXUA 4BRKA 3O1BA 3GDQA 3O1WA 4B9QA 1U2VA 1TUYA 2D1KA 2H3GX 5AQNA 2VCPA 1MDUB 4RTFD 4JD2B 5BPLA 4BRQA 5FPDA 2IVPA 4H0PA 1NGBA 3P4IA 5BN8A 4JHDA 4EAHD 3WQTA 3TU5A 2IIRA 2E2PA 4XH5A 3ZETB 3MN5A 1HUXA 2J4RA 1G99A 3DXKA 1KAYA 1DGKN 3QB0A 2ITMA 4BVOA 1XC3A 4QS9A 3D2FB 4BC4A 2E88A 5AZIA 1BO5O 5JICA 3H6EA 2GWKA 3DWLA 5AQYA 1BUPA 2VWBA 4K41A 3WT0A 1YXQA 3ID8A 2GELA 1X3MA 3VF4A 4CZLA 4B1XB 4JN4A 4BR4A 4WQ5C 3FZKA 5E26A 5EX5A 2A40A 4DB3A 2QWLA 3ATVA 3LDOA 5AR0A 3VEZA 4BRGA 5LJVA 4WQ5A 3BEXA 1GLJO 2GWJA 4ISEA 1H1VA 4CZFA 4JD2A 3AAQA 4EHTA 2I7NA 5JMVA 5EOYA 3O08A 2F9TA 5KQ8A 2DPNA 1ATRA 2YCHA 3GG4A 1X3NA 5AFUA 4H0VB 4IO8A 3I33A 3GBTA 2PBDA 5AQOA 1S22A 3ZETA 3A5LC 1HKCA 4KBOA 4GNIA 3GOIA 2Q0RA 3QBWA 3VENA 4F9OA 1MWMA 1BOTO 4BGBA 1MA9B 4Y0WA 3D2FA 1IG8A 2V7YA 3VEXA 1Z6RA 1QHAA 1V4SA 4CBXA 1SZ2A 1J6ZA 1NGHA 1U6ZA 4FWQA 3R8EA 1XQSC 1K8KB 5KPTA 3ZEUB 3LDLA 3GL1A 3HZ6A 4BRAA 2V51B 1NGGA 2EWSA 4FPAA 3CJCA 4NO7A 3MCPA 4FL9A 4BC3A 2ZF5O 3M6GA 4K25A 4JAXA 1BG3A 3LM2A 5E84A 4AM7A 2CGJA 3U9DA 1RFQA 1WOQA 1GLBG 4CZGA 1GLEG 2YI1A 5ELZA 2FLOA 3VF2A 3FE1A 3KHYA 3W0LA 3CIPA 3FZLA 3S41A 3BF1A 4BGAA 5AFUH 2YJEA 2CGLA 1SAZA 1R59O 2A42A 3D7EO 2GUPA 1TUUA 3VGLA 3WXJA 5AQHA 2CH6A 3KVGA 2Q97A 3SLCA 3H1QA 3SK3A 4PKGA 3FLCO 3WQUA 4H5TA 4CZJA 1K8KA 3HTVA 3F9MA 4IJAA 5F0XA 3DJCA 4B1ZA 1C0GA 3WXIA 1RDWX 4BROA 1HKBA 5AQIA 4M63C 3LDQA 2GTDA 2D4WA 1RGIA 4CBWA 2YJFA 4IXCA 3H45C 2E2NA 2ASMA 4H0TB 5B8HA 3B8AX 3CJ7A 3VGKA 4EHUA 3UKUB 1QQMA 1HX1A 2AA4A 1TYQB 4WYBA 1ZBSA 2V52B 2ZWHA 3VPZA 3FR0A 5JLHA 4DHYA 5BR9A 1NBWA 2QWNA 3QDKA 2YHWA 2Q1NA 2FSJA 3VOVA 3SMPA 4FWNA 3AARA 3IFRA 4CZEA 2E2OA 2I7PA 4BRPA 3O4WA 3VESA 3MDQA 4MO4A 2D0PA 4BRIA 3DXMB 5LJWA 5KQDA 4BRHA 3IDHA 4FWLA 5EXWA 3EL2A 1GLDG 4QS8A 3MMVA 2FSKA 2YHXA 4I6MB 3VEYA 5TKYA 1GLLO 1YAGA 1KXPA 4MO5A 3U9ZA 1T6DA 2P9KB 3UKUA 5JLFA 3LM9A 3O80A 1TYQA 4ISFA 2WUSA 4FO0A 4B1UB 3J8AA 5ADXH
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3M8PA 3HVTA 4GKJK 1L3VA 4CEBA 4KRFA 3TAPA 4FZYA 4IFEA 4IDKA 1Z25A 4CGHA 4JKGB 3B6PA 3ASMA 3DI6A 3U3GA 3IUCA 3RMBA 4CJ3A 4CJQA 3ZT3A 4H5VA 4CFDA 5KPRA 1XNRK 3R3LA 1FXXA 4B1VA 2VQEK 1QHTA 3NBPA 4LH4A 5T7BA 3ZT4A 4FWRA 1TKDA 2G8KA 2HSTA 3LL3A 3OHRA 2PZSA 3NF9A 2HF4A 1HLUA 2PAVA 1SKSA 5C0YA 5SZTA 4YORA 4I9QA 1OVQA 1EO1A 3VGMA 1DTQA 5BREA 3QEXA 4CK2A 4HHTA 4CJ5A 3WNGA 3ATUA 1VK0A 2E8AA 4HWIA 3AA2A 4QOZB 3AO1A 4K42A 1O1WA 4NCGA 3QNNA 2G8VA 4C8OA 2UXBK 2G8UA 3H3OB 5KGWA 1W9HA 4FWPA 3L4IA 4A2BA 1W2BM 4V19S 3C0BA 3HXMA 3DAWA 1YITN 1U45A 4DSJA 4H0XB 4M3UA 3M3ZA 4IJNA 3ZSVA 4B9LA 3WXKA 1Q18A 2YHYA 4DV0K 1VSEA 2O8CB 4FW2A 2YV0X 3PV8A 1BGXT 1KLMA 1IKVA 3QERA 4C1NK 1U48A 2RF2A 3F9KA 3E9PA 3T7ZA 5ADXA 4LFAK 2O8DB 2F7TA 4DTXA 1BDGA 3QBXA 4DTJA 2O8FB 3CJ1A 4NXNK 5AZJB 2NNWA 4B8AB 3ZSWA 1HPMA 4M41A 2UUCK 1E3MA 3QESA 5FRNA 2ZQBA 4F8RA 3C7NB 4JI6K 3TTDA 4BQZA 4DTRA 1T7PA 3ZSYA 2FSNA 1NGEA 4L3QA 2XO7A 4KH5A 3THVA 1RTIA 3K5OA 3OYAA 1S9GA 4DV4K 1NGFA 4JS4A 2O8EA 1S6PA 3MK6A 1VSJA 2QKKA 3CQYA 4BRMA 5AQGA 1WSJA 4XIUA 2QK9A 2GX9A 2FC0A 4HUGA 3P83D 4DFKA 4MDAA 4GMJB 3W3DA 4M3YA 3CM5A 3MN7A 3T1HK 2GUIA 4Z4HA 2Q0UA 4W5RA 4AHCA 2NZTA 5FPMA 4J2AA 1NK6A 1ZBHA 3WEEB 3HSCA 4DU4A 1IG9A 1S1VA 1JCGA 4DQSA 2E6LA 2HNDA 5AQFA 1LV5A 2VG7A 2WBNA 4DSEA 1OVYA 4KB1A 3O3FA 3K9JA 4A57A 4CGGA 3L0QA 3BDPA 3SV3A 1TK8A 3AGKA 4BRNA 1NNEA 1IJJA 4E89A 4G1QA 3V81A 4BR0A 5C15A 4OPAA 3THXB 3K58A 3KD1E 3RSEA 1ZBFA 3LWLA 3WXLA 5FPEA 1HYVA 3KWGA 3V6DA 4DSFA 1C1BA 2QWOA 1VQPN 1X9JA 4BG9A 1VQKN 2VG6A 4OPJA 2IVNA 5BRHA 1QQOA 4E3SA 3OYJA 3T3FA 2Q36A 1LCUA 4M3RA 1RDCA 1C1CA 3NHGA 1NJIO 5AQVA 3ZX0A 4FJ5A 3BUZB 3ID6A 4A62A 3DRRA 3J81O 1U2VB 3QMLA 2A3ZA 4JNEA 1HMVA 4U7BA 2VWKA 2P9SA 4A5AA 1QSSA 3NMUA 3KZBA 4JHDB 3ULDA 1NGCA 4NCAA 3HYFA 3KLGA 3CCLN 4BY9C 3AAPA 1FKPA 4CFAA 3EZWA 4GW6A 4DKWA 3TI0A 4DQQA 3DRSA 1SS6A 2BANA 5F1XA 2JLEA 4X64K 1W97L 1OH6A 1BHLA 1FJGK 3WNHA 3CJBA 4CJEA 3K9KA 3OS1A 2YKNA 1IV0A 3V9SA 1U47A 3MXIA 2DFFA 3JXUA 1S9EA 3O1BA 4B9QA 3P5JA 1TK5A 5AQNA 1MDUB 3O9QA 3MX2A 2R7YA 2HHUA 2PFUA 4GKKK 4JKFA 4LSNA 5FPDA 2IVPA 4H0PA 4K8ZA 5BN8A 4LF7K 4GV6A 3OY9A 4XH5A 5J2QA 3MN5A 2QTDA 5DMRA 4IFVA 4BVOA 3QB0A 1ASWA 2ETJA 1K73O 1M90O 1NKCA 4A5BA 5AZIA 3MX5A 3T1YK 4FVUA 1G15A 3ID8A 3KKRA 1X3MA 1D9DA 4OGEA 4AH9A 1RDAA 4BR4A 3DYAA 4DUYK 2Z1GA 1K9MO 4M3TA 3I8DA 4M3ZA 2A40A 3QNOA 2HNYA 3ATVA 3LDOA 5AR0A 3SJJA 1TAUA 4DR1K 4ISEA 4EHTA 5EOYA 3SQ4A 1HYZA 4DSLA 3AO4A 5KQ8A 2DPNA 2EX3A 3OYIA 1WB9A 1LWFA 4H0VB 1ZBLA 1S22A 3THYB 4G9ZA 1HKCA 3PO5A 4YOYA 4CIFA 4BWMA 5J2NA 4AHVA 4Y0WA 4W5TA 3D2FA 4CF0A 4UQGA 3VQBA 2V7YA 3TTCA 1Z6RA 1NK7A 1X9MA 3B6OA 1V4SA 4CBXA 1RT1A 5J2PA 3O9RA 3S3MA 1J6ZA 1NGHA 1U6ZA 5KPTA 4DTPA 1JJ2M 3GL1A 3NDKA 3VQ8A 3PLAA 3CJCA 3H08A 3SUOA 4DF8A 2VGMA 3G6EN 4BC3A 1VSKA 4FJHA 3L2VA 4K25A 1ZYQA 4LFBK 1L3TA 1CZBA 5AJ3K 1I94K 4FJ9A 1HJRA 1RFQA 2KZZA 5HROA 1GLEG 5GAHP 3SNNA 2YI1A 3OBYA 1N33K 3CIPA 3FZLA 3BF1A 1N36K 2E6MA 3I56N 1NJXA 1R59O 2KTQA 1TUUA 3M8QA 2Q97A 4ID1A 2IOCA 5LL6Z 3HTVA 4N47A 1LW2A 4IJAA 5KI6A 3DJCA 4UY8O 4B08A 4B1ZA 3OJUA 2QI2A 4BROA 4LY7A 4AQYK 2OCEA 3LDQA 4C8NA 2D4WA 2GV9A 4CBWA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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