1XUPO

Enterococcus casseliflavus glycerol kinase complexed with glycerol
Total Genus 85
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
85
sequence length
487
structure length
487
Chain Sequence
YVMAIDQGTTSSRAIIFDRNGKKIGSSQKEFPQYFPKSGWVEHNANEIWNSVQSVIAGAFIESGIRPEAIAGIGITNQRETTVVWDKTTGQPIANAIVWQSRQSSPIADQLKVDGHTEMIHEKTGLVIDAYFSATKVRWLLDNIEGAQEKADNGELLFGTIDSWLVWKLTDGQVHVTDYSNASRTMLYNIHKLEWDQEILDLLNIPSSMLPEVKSNSEVYGHTRSYHFYGSEVPIAGMAGDQQAALFGQMAFEKGMIKNTYGTGAFIVMNTGEEPQLSDNDLLTTIGYGINGKVYYALEGSIFVAGSAIQWLRDGLRMIETSPQSEELAAKAKGDNEVYVVPAFTGLGAPYWDSEARGAVFGLTRGTTKEDFVRATLQAVAYQSKDVIDTMKKDSGIDIPLLKVDGGAAKNDLLMQFQADILDIDVQRAANLETTALGAAYLAGLAVGFWKDLDELKSMAEEGQMFTPEMPAEERDNLYEGWKQAVA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords Glycerol kinase
publication title Structures of Enterococcal Glycerol Kinase in the Absence and Presence of Glycerol: Correlation of Conformation to Substrate Binding and a Mechanism of Activation by Phosphorylation
pubmed doi rcsb
source organism Enterococcus casseliflavus
molecule tags Transferase
total genus 85
structure length 487
sequence length 487
chains with identical sequence X
ec nomenclature ec 2.7.1.30: Glycerol kinase.
pdb deposition date 2004-10-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
O PF00370 FGGY_N FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain
O PF02782 FGGY_C FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1xupO02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1xupO01
5BPMA 3WXJA 3EZWA 3O6WA 3ULEB 5FPEA 2IIRA 5AQGA 1C0FA 1XUPO 4PKHA 1HJOA 3CJAA 5FPNA 3P4IA 2A41A 3FR0A 2BTFA 3VESA 4BRHA 1NM1A 4K25A 3GE1A 4BRIA 2FXUA 3M1FA 2D4WA 3D2FB 4AM6A 2P9NA 3CJ7A 5LJWA 1HKGA 2AP1A 4H5TA 2YCHA 5JLHA 3O8MA 4H5VA 4CZEA 1BOTO 5I9EB 4I6MB 2QW9A 2QWQA 3H3OB 3QFPA 1XC3A 4QS7A 4CZIA 3LDNA 4NO7A 3ATUA 3KZBA 1QQOA 4HTLA 3LDQA 1NLVA 4H0YB 3A5OC 3AY9A 1QQNA 5BR9A 4CZFA 2IVOA 2E2NA 3VF6A 2Q2RA 3MN7A 4ISEA 4PKGA 1T6CA 4CZKA 2VWBA 3EO3A 1RGIA 1GLAG 2FF3B 4FWLA 2YI1A 4H0PA 4GNIA 1KAZA 1HKBA 3SMSA 3VOVA 4CZMA 1BWFO 3FZMA 1T44A 5AQUA 3H3NO 3HSCA 2P9PA 4H03B 3DXKA 3AARA 3CHWA 2NRHA 1TYQB 3U9ZA 2ASOA 4EHUA 2E2PA 3CJBA 3LL3A 3SK3A 2ZWHA 3AAQA 3O80A 4M7XA 1TUUA 5EY4A 4JD2B 3VEZA 4BRGA 2P9IA 4BVOA 1X9JA 1CZAN 2GEMA 3UKRB 3ZX3A 2V7ZA 4FPBA 1D4XA 2Q97A 4BRAA 4BG8A 4CD3A 2GELA 3FGUA 4MLEA 4BC4A 4HWIA 1K8KB 5BREA 4BROA 4PL8A 1E4FT 3WEEB 4E1JA 3CI5A 1NGCA 1NGEA 3CQXA 3UKUA 4WQ5A 2I7PA 4JHDA 3VGLA 4MO5A 1S3XA 4XEIA 3U9DA 5BN9A 5ELZA 5EXWA 4BR0A 4EIAA 4A62A 3LDOA 3IUCA 3LM2A 3KHYA 4LC9B 3ID8A 4NB4A 2P9SA 2QXLA 3LDPA 3O5BA 3R6MA 1ZXOA 4RCHA 3B8AX 3HBTA 4B1ZA 2W40A 5AZIB 4M63C 3M3ZA 4IXCA 5AZJB 1DGKN 4BR4A 3GDQA 1KAYA 3HI0A 3VEOA 3A5NC 3MDQA 4FWKA 1Y64A 1NWKA 1V4SA 4AM7A 2P9UA 5B8HA 1QHAA 2E1YA 4H5RA 4BQZA 3ZX2A 3C7NB 2PBDA 1WOQA 3EN9A 3F9MA 1Z6RA 5AQJA 1YAGA 3TU5A 2Q31A 2A40A 3VGMA 5AQNA 3QB0A 1IJJA 1GLCG 4FPAA 4O8KA 5AFUA 5KQDA 3DXMB 5AQSA 5LY3A 2P9LA 3LDLA 4BR2A 3U4LA 2GWKA 4CJ7A 1TUYA 4QS8A 3GBTA 2QWPA 3VEVA 4PKIA 3R8EA 3KVGA 4CBXA 3RSEA 2QWRA 3MMVA 1KAXA 3EKUA 4BREA 3D2EB 5AQVA 4B1UB 1GLBG 4IZ9A 3IFRA 4O5FA 2J4RA 1BU6O 4IO8A 2YHYA 3FLCO 4J8FA 1HPMA 1YUWA 5AQLA 3VGKA 3ZETA 5FPDA 3QICA 4WQ5C 1U2VA 3VEWA 5EVZA 1P8ZA 3O1WA 2D0PA 3BP8A 1ZBSA 5BRDA 2OANA 4B9QA 2YHXA 1SAZA 3M6GA 1SQKA 2YHWA 1ESVA 3CERA 5AQHA 3VEXA 4BR9A 5BN8A 1NGFA 2FSNA 4FWNA 1MDUB 4CBWA 4F9OA 2UYTA 3H1QA 1HX1A 3O1BA 2IVNA 3MN6A 5KPZA 2HOEA 2V51B 1YXQA 3FZKA 4FWQA 4ISFA 3A5MC 4GY2B 4CBUA 5JMVA 4BC2A 1HLUA 3C7NA 5KPRA 3EKSA 2HF4A 2ZGYA 3ULEA 1E4GT 2QWMA 4XH4A 2Q36A 3L4IA 1GLEG 5BPNA 1V4TA 3JXUA 1NBWA 3HM8A 3SLCA 3FZLA 2Q0UA 5AQMA 3QMLA 4FWRA 4MO4A 3CIPA 4H5WA 2ASMA 3ZEUB 3D2FA 1DEJA 5KPTA 1X3NA 1BA1A 1BA0A 4BRLA 3QBXA 3C0BA 4Y0WA 3WXIA 4H5NA 5JLFA 3WT0A 4CI6A 4BVPA 5EOYA 3D2EA 4I6MA 3WXLA 3IMXA 5AQIA 1T6DA 4BRKA 1RDWX 3CQYA 1QZ6A 4B1XB 4B1YB 2P9KB 4CZJA 4CZHA 1GLFO 3SMPA 4H0VB 1BDGA 3U8XA 3LM9A 3FFKB 4BRDA 4A2BA 1MWMA 3L0QA 2GUPA 5AQTA 4BRCA 3IDHA 3QDKA 5AQPA 4CZLA 1MWKA 5ADXH 4H0TB 2GWJA 3WUHA 4DCHA 4DQ8A 3SJHA 1EQYA 5AQFA 1NGJA 4IWVA 1Q18A 3QFUA 2CH5A 3BF3A 4FO0A 3VETA 1LCUA 5AQQA 1KXPA 1BG3A 3H46O 5AQWA 5BRFA 1NGGA 5ADXA 4RWTA 1TYQA 3BEXA 3VERA 3H45C 2A6AA 5AQXA 5F0XA 4BC3A 3MN9A 4BRPA 5AFUH 1XQSC 1QQMA 3A0IX 4JD2A 5AQZA 1WUAA 2BUPA 2V7YA 4BRFA 5AQKA 3UKRA 2GTDA 2HF3A 2NZTA 4MLHA 3O4WA 2P9PB 3DXKB 1X3MA 3CETA 1J6ZA 3W0LA 1C0GA 4EAHD 1QZ5A 3GG4A 2VCPA 1NGBA 2CGJA 1K8KA 3WEEA 4XH1A 4K43A 3JS6A 3WQTA 4JN4A 1NMDA 4BG9A 1GLJO 5E84A 3MCPA 1JCGA 1MA9B 3H1VX 3CJ1A 2P9IB 1SZ2A 2YJEA 3BF1A 2HMPA 1IG8A 4B1VA 4YDUA 2NLXA 3G25A 4IJNA 2F9TA 2P9KA 1JCEA 5KQ8A 5AQYA 5FPMA 2E88A 3VEYA 3UKUB 5AQRA 1U6ZA 2A42A 4IJAA 1LOTB 4JHDB 2W41A 4FWMA 4CZGA 2ASPA 2D0OA 3ENOA 2QWOA 4BR7A 3VF2A 5AR0A 1H1VA 5AZIA 3FZHA 5E26A 3WQUA 5AZJA 5F1XA 3I33A 4JAXA 3QBWA 4L3QA 1ATNA 2CGKA 2P9SB 4FOEA 2YJFA 4WQ4A 3DWLA 2ITMA 1BO5O 3CJCA 3VPZA 1NGAA 1Z05A 2VYPA 4BGAA 3OHRA 1GLDG 2QM1A 4RTFD 3MN5A 2A3ZA 3MK6A 2Q0RA 3R9PA 2FSJA 3ENHA 2QWNA 2AA4A 2E2QA 3ATVA 3GL1A 5LJVA 2CGLA 2P9UB 4FWOA 5JICA 4H0OA 3D7EO 4EFHA 3DXMA 3VENA 3W3DA 2DPNA 3TPQA 4BGBA 4BR5A 2A5XA 2PAVA 2ZF5O 3HTVA 3S41A 1R59O 5CE3A 2FF6A 3UE5A 3WXKA 2D1KA 4BRMA 3EL2A 1NGHA 3UB5A 1NGIA 1YVNA 3FE1A 5EX5A 2EWSA 1S22A 2E2OA 3H6EA 4ISGA 1HKCA 2QWLA 1NGDA 2ZGZA 4QS9A 4BC5A 2P9LB 2P9NB 4M7YA 3A8YA 3VF4A 4KBOA 4DB3A 4WYBA 2E1ZA 1DKGD 1ATSA 3DAWA 2E20A 5TKYA 4EHTA 4FOIA 1HUXA 4FSVA 5F2RA 2V52B 4FWPA 1RFQA 4Z94A 5AQOA 1GLLO 4XH5A 3J8AA 3RSEB 4YDUC 1ZC6A 4H0XB 4BQLA 3O08A 2FSKA 2F9WA 2H3GX 4A2AA 4BRNA 2KHOA 3GOIA 3ZETB 3AAPA 2Q1NA 1U2VB 3HZ6A 1G99A 4FWSA 2E8AA 4CD1A 4JNEA 4K42A 3CJ9A 2I7NA 1BUPA 3FZFA 3BUZB 3ZX0A 4PL7A 1ATRA 5BRHA 4B1WB 3DJCA 3A5LC 1JCFA 4WQ4C 4BRQA 5BPLA 3L6QA 2CH6A 4C23A 4DHYA 4FL9A 4A61A 1OKJA 3I8BA 2WUSA 2IVPA 4K41A 2FLOA 3ZEUA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4WE1A 3WNFA 3EZWA 2WONA 1YJWN 3VQAA 1HNVA 2Z1GA 1C0FA 4CF2A 1BGXT 3KJVA 1TL3A 1L3VA 5JS2A 4BE1A 2A41A 4DTMA 4W5QA 5LL6Z 4BDPA 2BTFA 3VESA 4B9TA 1XHXA 4Z4CA 1NM1A 1U49A 4BRIA 3M1FA 2ZE2A 2D4WA 4DQPA 2P9NA 4IG3A 3T7ZA 4H5TA 4RW7A 4KPYA 1NOYA 5CHIA 4CJ4A 5DM6L 4Z4EA 1BOTO 4JS4A 3PO4A 2O8DB 2QKBA 3H3OB 3QFPA 1XC3A 1K9MO 4QS7A 3QESA 3P38A 2YHAA 4OGEA 4Q5VA 5FLXO 3KZBA 2XY8A 4CEZA 3V1RA 3O9RA 4HTLA 4CJUA 3LDQA 1TAQA 1RTHA 3AY9A 3QO9A 3AGKA 4YOWA 4IBNA 4JI7K 4RW8A 3VF6A 1I3AA 4KAZA 4ISEA 1A5VA 1T6CA 5GIPA 1QSSA 4DS4A 3ZYYX 1GLAG 2FF3B 4CVNE 4Q0BA 3RMAA 1WAFA 2E6LA 1RDUA 1BCMA 3F5TA 5AQUA 4KI4A 3HSCA 2P9PA 3DXKA 4JRPA 3AARA 4LSNA 1EX4A 3QEXA 2E2PA 2UUAK 3AAQA 2DFHA 1RBVA 1HQEA 2VG6A 3LP1A 2P9IA 4CGJA 1CZAN 3DLGA 4BRAA 5GADP 4BG8A 2GELA 3FGUA 2Q3SA 4BC4A 4HWIA 3WEEB 3K57A 3CI5A 3I0RA 1QQCA 3K58A 4FYDA 4DSJA 3CQXA 3SJJA 4CGDA 2I7PA 3VGLA 4FXDA 1NK0A 1SKWA 1JLEA 4OGCA 5BN9A 4DTUA 5EXWA 5IT9O 3SBGA 3AO4A 4BR0A 3HO1A 4J2BA 1VQ8N 3EE9A 1VSEA 3LM2A 4LC9B 4NB4A 3O4NA 4PHTX 2P9SA 3SV4A 3ZT2A 1CXUA 2JWKA 3L3UA 2NRXA 3B8AX 3T1AA 4B1ZA 1OH5A 5CZ2A 3TWHA 1DGKN 4BACA 4BR4A 4V19S 3VEOA 4CEBA 4I9LA 4CHOA 3SUQA 3AVIA 2WBNA 4JRQA 1JLGA 2P9UA 3PUFA 3HPHA 4F2RA 4CK3A 1RT2A 1WOQA 5GINA 3EN9A 3NCIA 3F9MA 3I55N 1Z6RA 5AQJA 3ZSRA 2NNWA 3MECA 3M8RA 4YY3K 3K5NA 2Q31A 4JK7A 5AQNA 4DLEA 5AFUA 3P31A 4ELUA 1WSHA 4BR2A 3R8EA 4CBXA 3RSEA 1IO2A 2VQFK 3SQ0A 1BU6O 1S9EA 4IO8A 3CCUN 2YHYA 3O3GA 1YUWA 3J80O 1Q7YO 4IFVA 3C6AA 2KFNA 1ZBSA 5BRDA 4M3TA 3IS9A 2PZSA 3C6HA 3VA3A 5AQHA 1KQSM 4DV2K 2RN2A 4F9OA 2NRWA 3H1QA 4DTOA 1HX1A 3DLLL 5KPZA 1LWCA 2HOEA 3LANA 4X62K 1YXQA 3FZKA 4FWQA 4C1NI 3AA4A 2ZGYA 1E4GT 4B3RK 1GLEG 3BZCA 3HVRA 1QVFM 3JXUA 1CZ9A 4DF4A 3MXJA 2VGNA 4JEPA 5KRTA 1K73O 1B9FA 3SV3A 3HOSA 4H5WA 1SUQA 3IAYA 3D2FA 1DEJA 1VQ6N 3DYAA 4BRLA 3TAPA 2AJQA 3HP6A 3C0BA 5MLCQ 4IEEA 4W5TA 4FJKA 5JLFA 3NH1A 3WT0A 3EYZA 3HRGA 3MCAB 5EOYA 4JK8A 4M3RA 4I6MA 3OS0A 3WXLA 2P5OA 1HYSA 3THYB 1I94K 1T6DA 1C1AA 3CQYA 2VG7A 3K9KA 4JS5A 4CZJA 4CZHA 1GLFO 3SMPA 4B9NA 2QKKA 3U8XA 4FCYA 3SAFA 3SNNA 3LM9A 3PX6A 4CHNA 4BRDA 1EKEA 3L0QA 2GX9A 4WFBL 4ILHA 1XMOK 5AQTA 3THWA 3IDHA 3NF7A 3E1YA 5AQPA 4H0TB 4J2DA 4FVMA 4DQ8A 3J7ZO 5C2FA 4FJGA 4I9QA 3QFUA 3NMUA 4LF8K 1LCUA 4KRFA 4CFBA 1BG3A 5AQWA 3CCRN 3OBYA 1NGGA 5LMNK 3BEXA 4PUOA 3PSIA 3QNNA 3KD1E 4GV3A 1ILYA 3KLHA 2X6SA 3OJUA 3A0IX 2QI2A 1CZBA 4IOCL 5AQKA 2GTDA 4MLHA 4EAHD 5C24A 1T05A 2VCPA 1N32K 3JS6A 4JN4A 3RMBA 4CF8A 2O8EB 3CJ1A 1RDDA 3PLAA 5DK5A 1IG8A 3F2KA 3KKSA 3KK7A 1RTDA 5K14A 3V9XA 4LSLA 1Q9XA 5AQYA 1FKOA 5EU7A 2E88A 2OPSA 3PV8A 3UKUB 2HNYA 3KWIA 2W41A 4FWMA 4DU1A 4YORA 3VF2A 3FZHA 2O8CB 1YT3A 3QBWA 3ZSYA 4IG0A 3TSUA 4C8OA 3DWLA 3NH2A 3KWGA 2ZJRL 5HRNA 1RBUA 4JI4K 3VPZA 5KGXA 4BGAA 4JKAA 3QETA 1GLDG 2QM1A 2Q0RA 3E9LA 3ATVA 4DUZK 3GL1A 3AVJA 5GAEP 3BZKA 4JI2K 3CD6N 3D7EO 4EFHA 1GOCA 3DXMA 4R5PA 1XHZA 4BR5A 2PAVA 1U47A 2RHKA 1ZYQA 3QERA 2Y1JA 3RRHA 4E7HA 2D1KA 3LALA 4BRMA 3DI6A 4FJIA 5M1QA 4A5AA 3UB5A 1YVNA 1BIZA 5EX5A 3CXCM 1VAZA 4HHTA 4BE0A 2XRIA 2EWSA 4DLGA 2E2OA 4L8RB 1HKCA 2LSNA 1BQNA 4FM2A 1TK8A 2JGUA 1SL2A 3VF4A 4DB3A 4EHTA 4AQYK 2E1ZA 1DKGD 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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