1XUPO

Enterococcus casseliflavus glycerol kinase complexed with glycerol
Total Genus 85
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
85
sequence length
487
structure length
487
Chain Sequence
YVMAIDQGTTSSRAIIFDRNGKKIGSSQKEFPQYFPKSGWVEHNANEIWNSVQSVIAGAFIESGIRPEAIAGIGITNQRETTVVWDKTTGQPIANAIVWQSRQSSPIADQLKVDGHTEMIHEKTGLVIDAYFSATKVRWLLDNIEGAQEKADNGELLFGTIDSWLVWKLTDGQVHVTDYSNASRTMLYNIHKLEWDQEILDLLNIPSSMLPEVKSNSEVYGHTRSYHFYGSEVPIAGMAGDQQAALFGQMAFEKGMIKNTYGTGAFIVMNTGEEPQLSDNDLLTTIGYGINGKVYYALEGSIFVAGSAIQWLRDGLRMIETSPQSEELAAKAKGDNEVYVVPAFTGLGAPYWDSEARGAVFGLTRGTTKEDFVRATLQAVAYQSKDVIDTMKKDSGIDIPLLKVDGGAAKNDLLMQFQADILDIDVQRAANLETTALGAAYLAGLAVGFWKDLDELKSMAEEGQMFTPEMPAEERDNLYEGWKQAVA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords Glycerol kinase
publication title Structures of Enterococcal Glycerol Kinase in the Absence and Presence of Glycerol: Correlation of Conformation to Substrate Binding and a Mechanism of Activation by Phosphorylation
pubmed doi rcsb
source organism Enterococcus casseliflavus
molecule tags Transferase
total genus 85
structure length 487
sequence length 487
chains with identical sequence X
ec nomenclature ec 2.7.1.30: Glycerol kinase.
pdb deposition date 2004-10-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
O PF00370 FGGY_N FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain
O PF02782 FGGY_C FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1xupO02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1xupO01
4L3QA 1NGJA 4ISGA 1RFQA 4YDUC 3D2FA 4B1ZA 2QW9A 4BRAA 1K8KA 4J8FA 3CJ1A 3H46O 4FPAA 3ZEUB 3I8BA 5KPRA 3UKUA 5FPNA 2QWOA 3VERA 3AY9A 5AQLA 1BG3A 3ULEB 2P9LB 5AQOA 1JCGA 1DGKN 2P9SB 5AQZA 5BPLA 3DXMA 3LM2A 1SAZA 4H5TA 4BG8A 3CI5A 2CGJA 3O80A 3UB5A 4GY2B 4BC4A 1YVNA 1YUWA 2P9PA 4FOEA 4BRFA 3H3NO 2A40A 4B1YB 2ZWHA 1U2VB 1NGDA 1DEJA 3LDPA 2I7PA 4H0XB 4AM6A 2FSJA 3EZWA 3WXKA 4H03B 4K43A 4K25A 3MK6A 1C0GA 2P9KA 1C0FA 3C7NB 4H5WA 3A5NC 3VOVA 1XUPO 5AQKA 1ZC6A 2CH6A 5AQYA 2KHOA 4BRLA 4E1JA 1TUYA 2ASMA 3WEEB 3ZX0A 2HMPA 3HI0A 3VEZA 1S22A 3EN9A 5JMVA 3VGLA 3CHWA 4LC9B 5AFUH 3BUZB 2E2NA 3KVGA 3FZFA 4BGBA 2V7YA 4BR2A 1WOQA 3VEVA 3HM8A 5AQFA 3D7EO 3P4IA 1ESVA 1BA1A 3I33A 1IJJA 2IVOA 1JCEA 5KPTA 4PKIA 3BEXA 1KAYA 1XC3A 4XH4A 2V51B 3EKUA 5AFUA 1G99A 2Q97A 4WQ4C 4RCHA 1MA9B 4CD3A 1E4GT 1S3XA 3D2EA 4JHDB 4A62A 4CZEA 4CJ7A 3LM9A 3KHYA 2D0PA 2FF3B 3GL1A 3ATUA 2FF6A 1NGHA 3IFRA 3QFUA 2QXLA 1GLEG 1MWKA 2PAVA 3LL3A 2Q1NA 4FOIA 3MCPA 5ELZA 1BOTO 3CJ7A 3L6QA 5KQDA 4GNIA 3O6WA 4QS9A 5CE3A 2V7ZA 2FLOA 3LDLA 4FWOA 5F1XA 2Q0UA 3DWLA 2GWJA 4K41A 2I7NA 4CZFA 3SK3A 3TU5A 4BG9A 4BGAA 2F9WA 2QM1A 3H1VX 4K42A 4BRQA 4BRKA 3R6MA 3LDQA 2P9IA 3D2FB 3L0QA 3O4WA 1K8KB 5F2RA 3WXJA 5BR9A 4EFHA 3UKUB 1TYQA 1SQKA 3HBTA 3ZX2A 1QQMA 2GTDA 2Q0RA 5EXWA 2D0OA 3CJAA 2YHYA 3QICA 3H6EA 2AA4A 3DXMB 1NBWA 5EX5A 3VF2A 4XH5A 1MDUB 3DXKB 2J4RA 4B9QA 5LY3A 1V4TA 2P9PB 5AQRA 1HJOA 3ZETA 2IVNA 2PBDA 3MN5A 3VEWA 2YCHA 4PL7A 3VF6A 3BF1A 5ADXH 2GWKA 2P9UA 1SZ2A 3L4IA 3O5BA 3GE1A 4IWVA 2P9KB 3RSEA 2HF4A 3ATVA 5FPMA 3WQTA 5FPEA 2QWLA 5EVZA 1MWMA 2YI1A 2F9TA 3CJCA 2NZTA 4DB3A 1BDGA 3FZKA 4B1UB 1JCFA 5AQWA 3VESA 3MDQA 3C0BA 1V4SA 4BRGA 2FSKA 1HKCA 5E84A 2ZGZA 2A42A 2E2OA 2QWMA 2AP1A 5AQPA 4BR9A 4FO0A 4HWIA 2WUSA 2A6AA 3ZEUA 3UE5A 5ADXA 3J8AA 3WXLA 3BP8A 3MN7A 3GDQA 4NB4A 2V52B 3ID8A 4BRMA 3EKSA 4ISFA 4JNEA 4WQ5A 4BVOA 4QS8A 1BU6O 2IIRA 3IDHA 5AQNA 4MO4A 1BUPA 1HUXA 4BR4A 4FWRA 5AQIA 1D4XA 1NGGA 5KQ8A 1NM1A 2A41A 4H0YB 1X3MA 4FWKA 1U2VA 1EQYA 5B8HA 3U9ZA 2E20A 5AQSA 2YHWA 2ASPA 2H3GX 3VGKA 5KPZA 4JN4A 4IXCA 5AZJB 2YHXA 1U6ZA 1YXQA 2GUPA 4MLHA 4BREA 4FWPA 1HPMA 1HKBA 3C7NA 2BTFA 5AZIB 2Q36A 3JS6A 3KZBA 2W40A 5BPNA 3F9MA 4BR5A 4CD1A 3G25A 4CZLA 4BR0A 4XEIA 3FFKB 3AAQA 3A5MC 3FZLA 3WEEA 3CERA 1NLVA 4BQZA 4O5FA 4JAXA 4CZHA 2YJEA 3U9DA 3VF4A 3GOIA 5EY4A 2FXUA 4KBOA 4MLEA 1P8ZA 1Z05A 4FWSA 4B1XB 4PKHA 4Z94A 1QZ5A 3DJCA 1NGBA 3IMXA 3WUHA 2QWNA 3HSCA 3U4LA 1BO5O 3QB0A 5AQUA 4BRNA 4BRDA 5BREA 2P9IB 1XQSC 3QBXA 3H1QA 4JD2A 2NRHA 2YJFA 1NGFA 1TYQB 4BQLA 5AQJA 4CZMA 4A61A 3W0LA 3CJ9A 3DAWA 3R9PA 3SLCA 2Q2RA 3A8YA 5BRFA 1J6ZA 4ISEA 1RGIA 2A3ZA 3W3DA 2Q31A 3FLCO 4A2AA 5JLHA 3UKRA 5BN8A 1HKGA 1T6DA 4RTFD 5AQTA 2E88A 5LJWA 3SJHA 3ENHA 3ZETB 2DPNA 2VYPA 4FWLA 1GLLO 4BC3A 4IJAA 4IJNA 4CI6A 3WT0A 2P9UB 1GLAG 3O1BA 1GLFO 1T6CA 4BRPA 1T44A 4H5NA 5JLFA 3ZX3A 3RSEB 5AQGA 1NMDA 2W41A 4MO5A 1YAGA 5E26A 4I6MA 1ATNA 4BVPA 3CETA 3VPZA 5LJVA 3FZHA 1LOTB 4H5VA 4DHYA 3EL2A 1Z6RA 2P9NA 1GLBG 3QBWA 1ZBSA 4FWQA 4YDUA 5AQHA 3AAPA 5JICA 3HTVA 3QMLA 3TPQA 1RDWX 4A2BA 1Y64A 1HX1A 3A5OC 4IZ9A 1E4FT 3WXIA 4QS7A 4BRHA 2UYTA 3H3OB 3SMSA 2CH5A 5I9EB 3MN9A 3VEXA 5AQQA 4DCHA 3VEOA 2E1YA 1KXPA 3DXKA 1CZAN 1GLCG 2D1KA 3B8AX 2IVPA 4M7YA 2GEMA 1GLJO 3ULEA 3SMPA 2P9LA 4C23A 4WQ5C 1ATSA 2P9SA 3MN6A 4Y0WA 2OANA 5AR0A 1QQOA 3GG4A 2NLXA 1ATRA 4CBXA 4B1WB 5F0XA 3GBTA 3S41A 3QFPA 3CQXA 4H5RA 3CQYA 4NO7A 3WQUA 1BA0A 3IUCA 3MMVA 2FSNA 3D2EB 4CZJA 4PKGA 4FL9A 4HTLA 1NWKA 5BRHA 1QZ6A 4BC5A 4PL8A 2E1ZA 3VEYA 3VETA 3FE1A 4WYBA 4FWMA 1QHAA 3EO3A 1BWFO 3FGUA 5AQMA 1TUUA 1H1VA 2QWQA 5BN9A 4BRCA 1NGCA 3BF3A 4XH1A 4H0OA 4RWTA 1IG8A 4CZGA 4CZIA 4F9OA 4JD2B 4FSVA 3LDOA 1HLUA 2VCPA 1KAXA 4BR7A 1X9JA 5EOYA 5TKYA 5AZJA 4WQ4A 5AQXA 1QQNA 3JXUA 2HF3A 1KAZA 2CGLA 3QDKA 2VWBA 3VENA 4DQ8A 4EIAA 5AZIA 3AARA 3ENOA 4BRIA 3CJBA 3UKRB 3FZMA 4CBWA 2E2QA 2QWRA 4JHDA 3U8XA 1NGAA 2ASOA 1R59O 2QWPA 3M6GA 2GELA 4CBUA 2EWSA 3O8MA 2HOEA 4EAHD 3A5LC 5BPMA 4AM7A 4EHTA 4BROA 4FWNA 4H0PA 4FPBA 1GLDG 4EHUA 3OHRA 3HZ6A 1X3NA 4M7XA 5BRDA 2ZGYA 4I6MB 1LCUA 3LDNA 1NGIA 4CZKA 4M63C 2D4WA 3M3ZA 1NGEA 3R8EA 4BC2A 5FPDA 3FR0A 4O8KA 3M1FA 2E8AA 5AQVA 2P9NB 4IO8A 1OKJA 3O1WA 1WUAA 3A0IX 3CIPA 3H45C 3O08A 3VGMA 4B1VA 2BUPA 1Q18A 1ZXOA 2ITMA 1DKGD 2A5XA 2ZF5O 2E2PA 4H0TB 4H0VB 2CGKA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3NVKA 1NGJA 2O8BB 4B1ZA 2QW9A 3MECA 4CJTA 4A57A 4LFBK 2LSNA 2WBNA 4JI3K 3H46O 4FPAA 4FK4A 4JI7K 3NE6A 2QWOA 3VERA 3AY9A 1QE1A 1BG3A 1KFDA 3ULEB 1DGKN 3LALA 3MWTA 3MEGA 5DMRA 4E89A 4GV9A 3DXMA 1RT2A 3CI5A 1HPZA 4BC4A 4FLVA 1D9DA 1U45A 2A40A 4DV6K 5JVGL 4CGGA 5M1OA 3HO1A 3EE8A 3LDPA 5LMUK 4AM6A 2KLAA 4LSNA 4H8KA 3SAGA 4CJPA 4CJUA 1N8RO 1JL1A 3MK6A 4DSKA 1NJWA 1EO1A 4ZHRA 2F7TA 4GW6A 3C7NB 4UQGA 3EYZA 1XUPO 5AQKA 1XC9A 1Q9XA 4LF4K 5AQYA 4B9MA 1RNHA 3ZT0A 1TUYA 3ZX0A 3WEEB 3R3LA 3EN9A 4X65K 2YX6A 3KD5E 4CFDA 3BUZB 4DU3A 3L3UA 2JWLA 3AVNA 1WOQA 4NYNA 4KB0A 3EEQA 5AQFA 1WSHA 3L3VA 1KVAA 3OYFA 1HNZK 3ZT1A 4N41A 4JRQA 2ATQA 3AO4A 1I94K 1CXUA 1OH5A 2Y1IA 4ILJA 5GIOA 5KPTA 4DSLA 3HM9A 4XH4A 3E9LA 4DSJA 2GBZA 1XI1A 1CZBA 3D2EA 3LM9A 4CHPA 3KHYA 3G4SN 4O8UA 3ALYA 3THWA 4OLAA 4JS4A 3I0RA 1GLEG 1WSIA 3PX0A 1CLQA 2Q1NA 4KB1A 5H1SQ 1RDCA 3CJ7A 4PHTX 3OBYA 1LW2A 2V7ZA 4DR7K 1ZBLA 3M5RA 4X66K 2HHXA 1S1XA 4I9QA 4BG9A 3C6TA 2F9WA 2AJQA 4K42A 3HT3A 4ELTA 4UY8O 3K5LA 5BR9A 2O8FA 3UKUB 3HYFA 3QICA 3H6EA 2AA4A 2IGIA 1B9DA 5HL7L 1QVFM 4FJ7A 4DR5K 1WSJA 2UXDK 3CXCM 3KKSA 1ITGA 3TAGA 4OKEA 2NRRA 1HJOA 4CHZA 3V9ZA 2FBTA 1YI2N 3MN5A 4W5QA 2G8WA 4DG1A 2KFNA 3NF8A 2GWKA 4WF9L 3GE1A 3G10A 2D0BA 3RSEA 4CJ4A 2HF4A 3I55N 4I9LA 2UXCK 1FXXA 2QWLA 5HROA 1BDGA 1A5WA 4AHUA 1JCFA 3O3HA 3MDQA 2NRXA 3PX6A 4CFBA 1HKCA 2ZGZA 4E0DA 2QWMA 4Y1DA 4FO0A 3RMDA 2A6AA 3ZEUA 4JKBA 5ADXA 4X62K 2OTLN 4E19A 1HMVA 5LL6Z 3QETA 1BQMA 4KHSA 4CF0A 1D4XA 1LWEA 4H0YB 2XO7A 3H08A 4OLBA 5AQSA 1RTJA 2YHWA 3O9UA 3THVA 3LP1A 3I8DA 4CIGA 4JN4A 4IXCA 4GV6A 1U6ZA 1FW6A 4GKJK 1IBKK 1EWRA 3KZBA 4CECA 4M3WA 4BWJA 1QQCA 1Y97A 4IG3A 3O3FA 1RDAA 4B08A 4CZLA 4Y1CA 3FFKB 2P1JA 3AAQA 4IEEA 4BQZA 4O5FA 4CZHA 4R5PA 4K8ZA 2NRZA 3GOIA 1IH7A 2FXUA 2OYQA 1P8ZA 1Q86O 1Z05A 1SL1A 3SCXA 4KH6A 4B1XB 2YNIA 4Z0UA 3MXJA 3SBTA 4DUZK 3IMXA 3BZCA 4FJMA 2QWNA 2QK9A 1OVQA 1OVYA 4BRNA 1NK9A 2XY6A 4IO9L 2P9IB 4CGIA 4LY7A 4JKGB 3H1QA 4CJWA 3BDPA 1W97L 2YJFA 2XY7A 3V9XA 2YNHA 4KKOA 4IKFA 1LWCA 5J1EA 3R9PA 4O55A 3A8YA 1J6ZA 4CJVA 3PX4A 1LW0A 2FBVA 3C6AA 5AQTA 4F8RA 3ENHA 3CCSN 4JKHA 4FWLA 1VSDA 1Z25A 4IJNA 3CCMN 1N6QA 1KC8O 3IRXA 4CHNA 1GLAG 4BRPA 4NLBA 4CEDA 4LFCK 4FZXC 3HVTA 3CMEN 4V19S 4DKWA 3J7ZO 3TSPA 4FVMA 3G0ZA 3VPZA 3WNFA 2DTUA 1QSLA 4H5VA 2HNZA 4F2RA 1JLGA 4LF9K 1JXBA 1Z6RA 2P9NA 3C95A 4JK7A 4DLGA 4DTNA 4CCHA 1ZBSA 4YDUA 3AAPA 4J2AA 3QMLA 4FLXA 3TPQA 4PA1A 3SBGA 4FK0A 4A2BA 4IZ9A 1S6QA 1E4FT 4JKDA 3ZSWA 3AO2A 2UYTA 2CH5A 3MN9A 3VEXA 5HOOA 4OPHA 1OH7A 1VK0A 3KLHA 1WBBA 3DXKA 4YHHK 3TTCA 1CZAN 5KRTA 4JRPA 4DV4K 3AA5X 4AF1A 3JSMA 4M3YA 2GEMA 1GLJO 4B3RK 3ULEA 3SMPA 3OYGA 4EP5A 1JL2A 4DSFA 1VQKN 2OANA 5AR0A 3AVJA 3GG4A 2E5LK 1UOCA 4F3OA 3OW2M 3KWIA 3CQXA 4NO7A 1F21A 4H4OA 4CJLA 4B9NA 2KTQA 4O0JA 4FCYA 2ZJRL 3D2EB 3SPYA 4FL9A 3SQ0A 3HP6A 4F4KA 1QZ6A 3THWB 2P5OA 2HHVA 4BC5A 3V1QA 5M1FA 2DFEA 3AVLA 4WYBA 4DTUA 3B6OA 2O8CA 3KLFA 1BWFO 1TUUA 1LAVA 3AO1A 1NGCA 4XH1A 3V4IA 4B8AB 4IDKA 1KRPA 1BIUA 3VA3A 4JD2B 5C25A 4O44A 4C8LA 2VCPA 1EKEA 3A2FA 3PLAA 4BR7A 4FJ9A 5TKYA 4HVJA 5AZJA 5AQXA 1QQNA 3JXUA 1NU0A 1LV5A 2CGLA 3QDKA 4CHQA 2VWBA 2XRIA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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