3MDQA

Crystal structure of an exopolyphosphatase (chu_0316) from cytophaga hutchinsonii atcc 33406 at 1.50 a resolution
Total Genus 102
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
102
sequence length
312
structure length
312
Chain Sequence
QRIGVIDMGTNTFHLLITDIVNDRPHTLVNEKSAVGLGKGGITKGFITEEAMDRALDTLKKFRVILDEHAVVHVIATGTSAVRSGSNKQVLIDRIKKEVNIDVEVIDGAREAELIFRGVQQAVPMEDHISLAMDIGGGSVEFIIGNKNEILWKQSFEIGGQRLIDRFHVHDPMREDDRVMMHNYFDEVLVPLEKAINTWRPTQLIGCSGTFDTLAEMNIQHHREKIALEKQTSYLLSLPDFNRLRKQLVASTRRERLAIAGMIELRADMVVVAICLIEHVLKLVSTNAITVSTYSLKEGVLYTMLDGVKVGS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
source organism Cytophaga hutchinsonii
publication title Crystal structure of an Exopolyphosphatase (CHU_0316) from Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406 at 1.50 A resolution
rcsb
molecule keywords Exopolyphosphatase
total genus 102
structure length 312
sequence length 312
ec nomenclature ec 3.6.1.11: Exopolyphosphatase.
pdb deposition date 2010-03-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02541 Ppx-GppA Ppx/GppA phosphatase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3mdqA01
3.30.420.150 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Exopolyphosphatase. Domain 2 3mdqA02
3FLCO 3MK6A 2P9PA 3CERA 5LJVA 1V4SA 1BDGA 3H3NO 1GLCG 1WUAA 4BG8A 2ASOA 5BRFA 1U6ZA 5JLFA 1BA1A 4BRCA 3CJCA 2E1YA 3AARA 4FWQA 3EN9A 4H0PA 2NRHA 1HKCA 1MWKA 1LOTB 2CH6A 1Z05A 2Q0UA 4H5RA 3A0IX 4I6MB 2HF3A 4FWKA 5AQFA 4C23A 1X9JA 4JHDB 5AQSA 3UKRB 1DKGD 1OKJA 1TYQA 3IUCA 3ATVA 5E26A 3BF3A 5EOYA 3TPQA 5BPLA 1GLDG 2IVNA 1HJOA 3WXIA 3D7EO 3H3OB 3QICA 3SLCA 5EXWA 2YHWA 4CZJA 3ZX3A 4H5TA 1XC3A 4AM7A 4QS8A 4B1WB 1KAZA 4A62A 1C0FA 4EHTA 2P9UA 4FL9A 4XH1A 1BUPA 4JD2B 2QW9A 3GL1A 4EHUA 2D1KA 5FPNA 1ATRA 2P9SA 3UE5A 3VETA 5B8HA 3HTVA 4O5FA 3MCPA 4CBWA 3MN9A 3WXJA 1SAZA 4BR9A 4GNIA 1JCFA 5AQJA 1QZ6A 3DXKA 5AQNA 3CJ7A 1BG3A 5BREA 3L4IA 5AQWA 2Q1NA 1YAGA 5AZIB 1NGAA 3QBWA 2P9IA 4ISEA 3A5MC 3VERA 1NMDA 4PKHA 5JMVA 4PL7A 3H46O 2FSNA 4H0TB 1RFQA 3CQYA 3VEXA 3D2FB 4FWPA 4BC5A 1KAYA 3KZBA 3QFUA 5KQ8A 2P9LA 5FPMA 4H0VB 5KPTA 4CZFA 2FLOA 2HOEA 1E4FT 3W3DA 1TUUA 1TUYA 4BRQA 3C7NB 3LDOA 3GE1A 4BREA 2QWPA 3UB5A 4B1VA 4BRDA 3VEYA 4H5NA 3VGLA 1YXQA 2GWKA 3H45C 5BR9A 5F1XA 1NGBA 3BEXA 3MN5A 4CI6A 1Z6RA 3OHRA 2E8AA 3LL3A 3TU5A 5CE3A 2J4RA 3SK3A 4FPBA 4EAHD 2NZTA 4CZHA 4PL8A 4ISFA 4A2AA 3VESA 4JAXA 2FSJA 3R6MA 3QFPA 4ISGA 4WQ4A 1NGEA 3GBTA 3ULEB 4YDUA 4IJNA 1K8KB 2A3ZA 3VEOA 2P9NA 3P4IA 4H0OA 5KPZA 5EVZA 4BRAA 1HX1A 4B1YB 1BU6O 2YHXA 1X3NA 2YHYA 3QBXA 3ZEUA 3I33A 3HM8A 5LY3A 1ZBSA 1KAXA 3VEZA 4BR7A 1HUXA 5ELZA 1NGFA 2UYTA 5AQHA 2P9KB 1SZ2A 3CETA 2GELA 3VF2A 2E2QA 4BC4A 2E1ZA 5AQPA 2YJFA 1GLAG 2BTFA 2VWBA 5AQYA 3WT0A 2FSKA 3VPZA 5AZJA 4B1UB 4FPAA 1HLUA 5JLHA 1TYQB 4IO8A 4CBXA 2QWNA 3A5LC 3DXMA 3CJAA 4CJ7A 1HKGA 1D4XA 5KPRA 1NGHA 2Q0RA 1MWMA 1BA0A 4FWNA 4MLEA 5AQRA 4IWVA 1GLJO 3LDLA 4FO0A 1KXPA 1YUWA 2P9UB 3ATUA 1QQMA 1RGIA 5TKYA 4XH4A 3DJCA 3R9PA 2VYPA 4HWIA 3WXKA 3SMSA 3VEVA 4IJAA 2D0OA 1RDWX 4RWTA 1DGKN 1BO5O 4FOEA 3VOVA 5AQMA 3CIPA 3U9DA 2A40A 2F9TA 3RSEB 4K25A 2BUPA 3FE1A 3W0LA 3JXUA 2QWOA 3AAPA 5AQLA 2A41A 3DXKB 1CZAN 4I6MA 5AQVA 3WEEB 5FPDA 1JCEA 2QWQA 4RCHA 1ZC6A 5ADXA 4CZEA 3EZWA 3AAQA 4H5WA 1NLVA 3ZX2A 3A5OC 2P9LB 2VCPA 4DCHA 4FSVA 3HI0A 3EL2A 2D4WA 3HZ6A 1Y64A 5AQIA 4A2BA 3CI5A 3LM2A 4K43A 1ZXOA 1SQKA 2GWJA 4IXCA 3O4WA 4CD3A 3ID8A 2CGLA 4CZKA 4BQLA 3D2EB 5I9EB 4MO5A 3EKSA 2GEMA 4O8KA 3M1FA 3VGMA 4WQ4C 3U8XA 3WXLA 4GY2B 4QS7A 3G25A 2FXUA 4YDUC 3O08A 2ASPA 2ZGZA 3O5BA 3UKUB 4BRLA 4NB4A 4RTFD 3SMPA 5BN8A 2QXLA 2W40A 5BPNA 3LDQA 2CGKA 5JICA 1WOQA 5ADXH 3CJ9A 2E2PA 2P9NB 4BR2A 4BRKA 2I7PA 3C0BA 3D2FA 3DWLA 3CJ1A 2E20A 3J8AA 5AQKA 3M3ZA 1R59O 2FF3B 3FZHA 2A42A 1S3XA 4JNEA 2CH5A 1V4TA 3ZETA 1GLEG 3L6QA 4FWSA 3VGKA 3ZEUB 3H1VX 2IVPA 2Q31A 4CZLA 1T6DA 2AA4A 4BC3A 2P9PB 3A5NC 4F9OA 5BRDA 5E84A 4EFHA 4BRIA 5AR0A 5KQDA 1Q18A 3GG4A 3JS6A 3VF6A 3QB0A 2E2NA 1DEJA 4DQ8A 4BVOA 5AZJB 2KHOA 1ATSA 3R8EA 1NWKA 4BVPA 4CZMA 4BROA 4JN4A 5BN9A 1ATNA 2PAVA 3WQTA 3DXMB 3CHWA 3DAWA 3LM9A 1T6CA 1EQYA 1ESVA 4WYBA 1H1VA 1MDUB 2QM1A 4FOIA 1NBWA 4PKIA 4BR4A 3ULEA 1P8ZA 5AQZA 4BRPA 2NLXA 2Q36A 3KHYA 4PKGA 1MA9B 4WQ5A 4CBUA 5LJWA 4FWOA 2DPNA 1IG8A 1LCUA 4FWRA 5F2RA 4FWMA 4BRHA 4EIAA 3EKUA 4H5VA 1YVNA 1U2VA 3U9ZA 3CQXA 3S41A 2A5XA 4H0YB 2A6AA 2IVOA 3EO3A 3IFRA 4BGBA 4M7YA 1NGJA 4FWLA 1GLLO 4KBOA 5FPEA 5EY4A 3BUZB 2QWMA 3ZX0A 2P9KA 1GLBG 4IZ9A 2F9WA 3H1QA 1X3MA 4BQZA 3AY9A 2P9SB 2PBDA 4M63C 1IJJA 3LDNA 1J6ZA 2E2OA 3FZLA 2V51B 2QWLA 4K41A 4HTLA 2FF6A 3I8BA 1GLFO 5AQGA 4JHDA 4QS9A 3M6GA 4DHYA 3UKRA 3U4LA 2P9IB 4H03B 3VENA 3O1BA 4MLHA 4B1ZA 5F0XA 1C0GA 1QQOA 5AQTA 5BRHA 2WUSA 3L0QA 4BC2A 3CJBA 3FZMA 4L3QA 4Y0WA 1NM1A 4A61A 1G99A 4B9QA 2YJEA 4B1XB 4CD1A 1NGGA 2EWSA 2YI1A 5EX5A 4M7XA 4NO7A 3IMXA 3BF1A 2ASMA 3RSEA 3QMLA 4JD2A 2I7NA 2ZF5O 2V52B 4BG9A 5AQQA 3VEWA 1NGDA 2Q97A 2OANA 3QDKA 1XUPO 3WEEA 5AFUA 2H3GX 3F9MA 1T44A 3KVGA 3MN6A 3IDHA 4BGAA 3ENOA 1XQSC 4CZIA 2GTDA 2ZGYA 1BWFO 4K42A 3O8MA 3BP8A 2IIRA 2GUPA 5AZIA 3O1WA 4BRFA 5AQXA 1E4GT 3MMVA 2Q2RA 4XEIA 3ZETB 3FFKB 3VF4A 3MN7A 4Z94A 4BR0A 2HMPA 3ENHA 1JCGA 5AQOA 1QZ5A 4MO4A 1NGIA 2ITMA 3SJHA 2YCHA 3O6WA 2QWRA 4H0XB 2ZWHA 3FGUA 3D2EA 3FR0A 1NGCA 1S22A 3C7NA 2V7YA 3LDPA 3FZKA 3HBTA 4CZGA 2E88A 4DB3A 2W41A 4WQ5C 3UKUA 4BR5A 1HPMA 4BRNA 1QQNA 2CGJA 2D0PA 3A8YA 4LC9B 5AFUH 3GOIA 4AM6A 3FZFA 1HKBA 3WQUA 2AP1A 1BOTO 3MDQA 4J8FA 4BRMA 4E1JA 1U2VB 3O80A 5AQUA 3WUHA 1K8KA 3GDQA 2HF4A 4BRGA 3HSCA 5BPMA 3B8AX 4XH5A 3H6EA 2V7ZA 1QHAA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3CF5L 2EX3A 2P9PA 4DTOA 4AQYK 4PHTX 5HROA 4KI4A 1B92A 1YITN 3HO1A 4KRFA 4C8LA 4BRCA 4FWQA 4H0PA 3KLFA 3OYLA 2NRHA 4DR4K 1YTUA 1B9FA 4O8UA 2Q0UA 1TL3A 2HVIA 3VQBA 4CK3A 1U45A 3Q7BA 2RKIA 4I6MB 4E0DA 4JHDB 2XY8A 5GINA 4OVLA 4OPKA 1OKJA 2BDPA 3SYZA 3HRGA 3ATVA 1UA1A 4CHPA 5EOYA 1KFSA 3MCAB 3VQ7A 3CCSN 1VQPN 3E9OA 2VQFK 4CGFA 4Z4FA 3RWUA 5EXWA 3ZX3A 1XC3A 1S1UA 4B1WB 1C0FA 4JKAA 4YOWA 1UAXA 1L3VA 2KLAA 1SS6A 3OTOK 3KLHA 3DLLL 4Z4GA 1VSDA 4B9LA 1S1TA 5M1NA 1RBVA 2D1KA 2FBXA 3L3VA 4CF1A 1ATRA 3KLIA 3O9TA 1ZBUA 1JCFA 3OYNA 4A5BA 4JKGA 4KHYA 3KWGA 2P5OA 3LANA 4O0JA 3CJ7A 4KHQA 4UQGA 4ZTFA 2VWJA 1IKXA 3QBWA 4EZ6A 2WBNA 3AGRA 4AHTA 4PL7A 1KSPA 4H0TB 3AO1A 3AVIA 3V6DA 3OYDA 4FK4A 1KAYA 3NHGA 4DV4K 5FPMA 4JI4K 4BE1A 3KK3A 1LW2A 5KPTA 3NF8A 2OPPA 2FLOA 2HOEA 1E4FT 1TUUA 3PO4A 1RDAA 4KHNA 4N56A 3JSMA 4G9ZA 3U6FA 1IBLK 2HHQA 4E19A 3TAEA 4C8KA 1J54A 1BCMA 2GWKA 1KCFA 5BR9A 3BEXA 3OHRA 2E8AA 3LL3A 1JL2A 3WNEA 3CC4N 3OYHA 2HNDA 3SK3A 4EAHD 1S6PA 4Z4EA 2ATQA 4BY9C 4KHUA 2FSJA 3R6MA 2FBYA 1KQSM 3OYGA 4DG1A 4MDAA 5H1SQ 4IJNA 2HHUA 2A3ZA 3VEOA 2P9NA 5KPZA 4JKBA 3OVNA 4CGJA 1SL0A 4M3UA 1HX1A 3HVRA 4B1YB 4NLBA 4G1QA 1X3NA 2ZJRL 4DFMA 1TKDA 3AVFA 1JJ2M 4DF4A 3E66A 1T7PA 4IO9L 2E2QA 1NJZA 1ZBIA 1N34K 1GLAG 4FJ7A 3WT0A 3DI6A 4B1UB 4FPAA 4IO8A 4CBXA 1BI4B 3I55N 3SNNA 3N4PA 4GKKK 3CJAA 1BQMA 3OY9A 1HKGA 3TAGA 1KRPA 4FYDA 4CJ4A 3EYZA 4IOXA 1XNQK 1GLJO 4WCEL 3ATUA 5TKYA 4XH4A 4IG3A 3MXIA 1O1WA 3CM6A 2VYPA 3P5JA 4HWIA 1QVGM 1REVA 1RDWX 1U4BA 2WONA 4RWTA 1DGKN 3CCMN 5AQMA 3LZIA 4HUFA 3FE1A 5C15A 3JXUA 4DFKA 3IS9A 3DXKB 3G10A 1G15A 5FPDA 2D5RA 1BISA 2YX6A 1ZC6A 4OX9K 3CMEN 1Q81O 3AAQA 3KIOA 3NH0A 5CYQA 1HQUA 4AHUA 5J2PA 3A5OC 1K8AO 2VCPA 3CM5A 4CJQA 4DQPA 3QIPA 1YTAA 4DV3K 3CMAN 3C6UA 3HZ6A 4KHWA 1C6VA 4Q5VA 4A2BA 1VQMN 2IDOA 2GWJA 2LSNA 3EKSA 3K5OA 4DKWA 3L2QA 2FXUA 4YOYA 2NRRA 4TSXA 3O5BA 3NVKA 4BRLA 4NB4A 3NF9A 5BN8A 5BPNA 4RW4A 3LWLA 3LDQA 3ZT1A 4JI3K 3OJUA 3KLGA 4KHPK 2Z1JA 4IEIA 1FXXA 4BR2A 4ID5A 1YT3A 3CCLN 2HBMA 3CJ1A 2E20A 1WAJA 5AQKA 5K14A 3CC7N 3FZHA 1JL1A 2VWKA 4OJRA 5M1QA 3AA3A 4K8ZA 1VSLA 4H4OA 1V4TA 3VGKA 4CZLA 5KGXA 1RBSA 1T6DA 4DF8A 2VG5A 2AA4A 4F9OA 2P9PB 3A5NC 4QAGA 3VA0A 5E84A 1C0TA 4BE0A 4EFHA 1YIJN 3O9RA 1RCHA 1KFDA 1L3SA 1A5VA 4DQ8A 4ZTJA 2KHOA 5FRMA 3KLEA 4CHZA 1ATSA 3R8EA 3D0PA 3V1OA 5BN9A 2NRWA 3CHWA 2QM1A 1QHTA 1P8ZA 1RT3A 3OYCA 4PKGA 3F2KA 1D9FA 1MA9B 2DPNA 4YY3K 4B9TA 3EKUA 2HB5A 1YVNA 3OYIA 4ILHA 4IDKA 4H0YB 3S41A 3AO3A 2A6AA 3MECA 4CEAA 4BGBA 1C1AA 1VQ9N 3K9KA 5EY4A 4UY8O 4W5NA 1HYZA 1RDCA 3RRHA 4CFAA 1HNWK 1X3MA 2F8TA 3AY9A 3P31A 4LSNA 3OBYA 4I7FA 3CCVN 4LFBK 4CF0A 3VQPA 3ZT3A 1ZBHA 3FZLA 2V51B 3ZCMA 4U67L 4GW6A 4W5TA 4HTLA 2FF6A 4JHDA 4QS9A 3SUOA 2DFFA 4CGGA 4NXMK 5FDLA 3VENA 5F0XA 1QQOA 2WUSA 4OGCA 1BIUA 5KGWA 3HSTB 4WFNL 4B9UA 4JI5K 4K8XA 3QNNA 2HNZA 1N36K 4JYAK 2Y1JA 3O9SA 4DSIA 3THWA 2EWSA 5EX5A 1L3UA 3IMXA 3RSEA 1J5OA 4Y1DA 3QDKA 5AFUA 4CGHA 1EP4A 3IDHA 3V81A 4K42A 4KO0A 3V1QA 3DLHA 1ZYQA 1T03A 4CJTA 5AQXA 4HHTA 4BWMA 4C8MA 1IKYA 3SUNA 4FVMA 4GV3A 3HVTA 3D45A 3ENHA 2WFBA 4CEBA 1QZ5A 4DFPA 2VG6A 4MO4A 5HBMA 2ITMA 2X6NA 2E6MA 1I39A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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