3MDQA

Crystal structure of an exopolyphosphatase (chu_0316) from cytophaga hutchinsonii atcc 33406 at 1.50 a resolution
Total Genus 102
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
102
sequence length
312
structure length
312
Chain Sequence
QRIGVIDMGTNTFHLLITDIVNDRPHTLVNEKSAVGLGKGGITKGFITEEAMDRALDTLKKFRVILDEHAVVHVIATGTSAVRSGSNKQVLIDRIKKEVNIDVEVIDGAREAELIFRGVQQAVPMEDHISLAMDIGGGSVEFIIGNKNEILWKQSFEIGGQRLIDRFHVHDPMREDDRVMMHNYFDEVLVPLEKAINTWRPTQLIGCSGTFDTLAEMNIQHHREKIALEKQTSYLLSLPDFNRLRKQLVASTRRERLAIAGMIELRADMVVVAICLIEHVLKLVSTNAITVSTYSLKEGVLYTMLDGVKVGS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords Exopolyphosphatase
publication title Crystal structure of an Exopolyphosphatase (CHU_0316) from Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406 at 1.50 A resolution
rcsb
source organism Cytophaga hutchinsonii
molecule tags Hydrolase
total genus 102
structure length 312
sequence length 312
ec nomenclature ec 3.6.1.11: Exopolyphosphatase.
pdb deposition date 2010-03-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02541 Ppx-GppA Ppx/GppA phosphatase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3mdqA01
3.30.420.150 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Exopolyphosphatase. Domain 2 3mdqA02
1NMDA 1NGFA 4J8FA 2P9IA 2QM1A 3VGKA 3HZ6A 4IWVA 3D2FB 4BRGA 5FPEA 2E88A 3H3NO 3QFPA 5LJVA 4PKIA 5FPMA 4NB4A 3H1VX 1IG8A 3C0BA 1J6ZA 4MO4A 3KZBA 5EY4A 5ADXA 4BVPA 3EN9A 1IJJA 4QS8A 3EZWA 4JN4A 4BQZA 1DGKN 5KQ8A 3U9ZA 2VYPA 3ULEA 5EOYA 2ITMA 4BR2A 4EAHD 1X3MA 3VEOA 2Q1NA 3A5NC 1SQKA 2IIRA 4XH1A 3UB5A 5KPZA 3HTVA 1ZXOA 1JCEA 1Y64A 3FFKB 2V52B 2ZWHA 3AY9A 4CZEA 5AQUA 4FOIA 4FWMA 4BC2A 3VF2A 3O1BA 2D0OA 1E4GT 3EO3A 4ISFA 4CZMA 4HTLA 4M63C 1LOTB 1U2VB 3VGLA 4H5WA 2BTFA 4B1YB 3DXMB 3H45C 1R59O 1HJOA 3AAPA 2A41A 3O1WA 1QZ5A 1YAGA 3H1QA 1JCGA 4YDUC 4B1VA 2H3GX 3MK6A 2QWRA 3IDHA 3WXJA 3O80A 3ZETA 2UYTA 3L4IA 1C0GA 3GDQA 4PL7A 4RTFD 3MN6A 1HKCA 1HLUA 4FWPA 1TUYA 4LC9B 1BA1A 5JMVA 4XEIA 2IVNA 2YI1A 3MMVA 4Y0WA 4JHDA 1HUXA 4FPBA 4CD1A 2BUPA 5F1XA 1ATRA 1BU6O 3H6EA 1WUAA 5AQXA 4A62A 3BEXA 3CJCA 1TYQA 4DQ8A 4PKGA 3QFUA 2NRHA 1HKGA 4Z94A 3O5BA 4K42A 4CBUA 4FOEA 2A40A 3CETA 4FWSA 1X3NA 2CH5A 4M7XA 4H0VB 4CD3A 2Q2RA 5AZIA 2Q0RA 3U8XA 3WUHA 4F9OA 3VERA 5E84A 4MO5A 2GUPA 4AM6A 5JLHA 4B1XB 2GWJA 3QMLA 3R6MA 4H0PA 3FLCO 3HI0A 1DEJA 3W0LA 3WT0A 1ESVA 2NLXA 4A2BA 3ENOA 5AQHA 5AQZA 4BR4A 4CZLA 3ID8A 1BO5O 1S22A 3A8YA 3LL3A 3KHYA 1BG3A 3QICA 5BRDA 2FSJA 1XC3A 3WXLA 3DAWA 4H03B 3ZEUB 1QQMA 3CERA 2ASOA 5AQFA 5AR0A 2V7YA 3H3OB 3CJ7A 5ELZA 3D2EA 3VF6A 5AZJA 2Q31A 3D7EO 3A0IX 5AQYA 5AQVA 1NGHA 3M6GA 2IVPA 1ATNA 3M3ZA 3FR0A 3R8EA 2NZTA 2PAVA 2CH6A 3O4WA 5AQKA 5FPNA 5BR9A 3CJ9A 1GLAG 2ASMA 5AQOA 2HF3A 1HX1A 3QDKA 3I8BA 4E1JA 2A42A 2P9SB 1XUPO 4CZFA 4DB3A 3ZETB 1GLBG 1X9JA 5AQWA 4FSVA 3QBWA 4BGBA 4XH4A 4WQ4A 4L3QA 4DCHA 3UKRA 2AA4A 4BRKA 5AQMA 4FWLA 1V4TA 2P9UB 5CE3A 1NGJA 4FO0A 4GY2B 1GLDG 2V7ZA 4BRDA 3UE5A 3CI5A 3CQYA 2GWKA 3SJHA 3UKUA 4A61A 2F9TA 4BRMA 1XQSC 1TYQB 3WXIA 5BPLA 4MLHA 3P4IA 2EWSA 3C7NB 5EXWA 3GL1A 2V51B 5E26A 4GNIA 4CZKA 3VF4A 4EFHA 2P9NA 4CZJA 1NGBA 5AQLA 5AZIB 4PL8A 3CJBA 2CGJA 4BROA 4BRPA 4NO7A 3HBTA 2E8AA 1MA9B 3B8AX 2HMPA 2P9PB 2E1ZA 5ADXH 1ZBSA 5AQRA 3WEEA 3IFRA 1HPMA 4CBXA 1HKBA 1TUUA 2P9LA 3GE1A 3DXKA 4IO8A 4H5RA 5BN8A 1CZAN 4CBWA 3SK3A 4WYBA 2ZGZA 3O8MA 3JXUA 1U6ZA 1ZC6A 1GLEG 4BR9A 3FZKA 5AQJA 1GLJO 3VENA 1MWKA 1BUPA 2J4RA 3AAQA 4H0OA 1JCFA 5AQTA 3LDOA 2P9KA 1GLCG 1T44A 2QWQA 1P8ZA 4FPAA 3HSCA 3MN9A 3D2FA 3IUCA 3BUZB 4A2AA 3A5LC 2AP1A 3FZHA 1KAYA 4BRIA 3LDLA 3EL2A 4FWKA 1Z05A 1NWKA 2FF6A 2P9IB 4BC4A 2E20A 5FPDA 2E2OA 2I7PA 5LJWA 3ZX0A 4AM7A 4RWTA 1EQYA 1H1VA 4JD2A 1NGIA 5BREA 4WQ5A 4EIAA 1KAXA 2IVOA 2VWBA 5KPRA 3MDQA 1C0FA 4H0TB 2FF3B 1RDWX 3AARA 2QWLA 1V4SA 5AQPA 4O5FA 2ZF5O 4B1UB 2HF4A 5AQSA 2PBDA 3FGUA 3UKRB 1NGCA 3VEXA 3FZLA 3ULEB 4EHUA 3CJ1A 1NGEA 1LCUA 2Q0UA 3VGMA 2WUSA 5EX5A 4XH5A 3UKUB 5BPNA 2E2NA 3A5MC 1QHAA 3DXMA 4BC3A 4RCHA 4FWOA 4QS7A 3U9DA 4JAXA 2FSKA 3CHWA 3SMPA 4QS9A 5AQNA 3RSEA 3CIPA 2GELA 2P9NB 1K8KA 3TPQA 3OHRA 3JS6A 2QW9A 3ATVA 5B8HA 1NLVA 4BRQA 3WEEB 3VEVA 2YHXA 3BF3A 4DHYA 2P9LB 2HOEA 2D1KA 2A6AA 5AQQA 3BF1A 3WQTA 2YHYA 3ZX2A 4HWIA 1D4XA 3J8AA 3IMXA 2Q97A 3QBXA 3ATUA 4ISEA 4I6MA 4C23A 4JHDB 4PKHA 3A5OC 2P9KB 3CJAA 4BGAA 4FWRA 4ISGA 5EVZA 2E2QA 4BRHA 4B1ZA 3LM2A 4IJNA 4IZ9A 2GTDA 4O8KA 2YJFA 3EKSA 3CQXA 2QWOA 2E2PA 2A5XA 3H46O 3MN5A 4IXCA 5JLFA 1QQOA 5F0XA 4FL9A 4BG9A 1QZ6A 4KBOA 4WQ4C 3VETA 4JD2B 3HM8A 4YDUA 5AFUA 1Z6RA 4H5VA 1DKGD 5KQDA 3FE1A 3ZEUA 2W40A 5KPTA 2A3ZA 1NGAA 1KXPA 2D0PA 2QWNA 2F9WA 4CI6A 4CZGA 3GG4A 1NGGA 1MDUB 2ASPA 3VEZA 2YHWA 4B9QA 2QWMA 4BRNA 3DJCA 2OANA 2VCPA 3DWLA 2FXUA 3FZFA 2DPNA 2QXLA 1NM1A 3O08A 5TKYA 1QQNA 4IJAA 1Q18A 2ZGYA 1E4FT 3MN7A 3VESA 3LDNA 1ATSA 3R9PA 3TU5A 3I33A 3D2EB 5AZJB 2P9SA 3RSEB 3BP8A 3WQUA 1K8KB 4BC5A 3S41A 3MCPA 4JNEA 5AFUH 3GOIA 4K41A 1T6DA 1T6CA 2KHOA 4FWQA 1BOTO 3M1FA 3LM9A 2P9UA 4MLEA 5BPMA 3KVGA 2FSNA 1SAZA 4BRAA 5LY3A 4BR5A 1GLFO 1SZ2A 4H5TA 3WXKA 4BRCA 1G99A 2Q36A 3C7NA 3O6WA 3ENHA 3VPZA 1BA0A 4BR7A 2W41A 1WOQA 3FZMA 4I6MB 3F9MA 4K25A 1YXQA 5BRHA 2FLOA 1OKJA 1U2VA 5JICA 2GEMA 1MWMA 5F2RA 1RFQA 4BREA 3U4LA 1NBWA 2CGLA 5I9EB 4H0XB 2P9PA 2QWPA 4WQ5C 3L6QA 3L0QA 4BQLA 5BN9A 4CJ7A 4H0YB 4BRFA 2D4WA 3QB0A 1YUWA 4H5NA 2E1YA 3W3DA 4K43A 3SLCA 1RGIA 3VEWA 1S3XA 5AQGA 5AQIA 3LDPA 1NGDA 2YCHA 4CZHA 4B1WB 4BR0A 4CZIA 1BWFO 4M7YA 2CGKA 3ZX3A 3GBTA 2YJEA 3VEYA 4BVOA 3VOVA 4BG8A 1BDGA 1GLLO 3SMSA 3EKUA 4FWNA 3DXKB 3LDQA 1KAZA 4BRLA 3G25A 2I7NA 4EHTA 1YVNA 5BRFA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3AVBA 1NMDA 4LF9K 2QM1A 3RMAA 4X64K 4BWJA 1BIZA 3KD5E 3D0PA 3QFPA 3H3NO 1T3VA 5LJVA 4NB4A 4HUEA 2Y1JA 4ID5A 3MAQA 3P38A 5ADXA 1SKSA 5EY4A 3AO4A 4GKKK 4IDKA 4CGDA 4LSLA 4IEEA 3U9ZA 4HCBA 1VAZA 3ULEA 4BR2A 1X3MA 4KH5A 3VEOA 2IIRA 3UB5A 1IBKK 3NVKA 1Y64A 3QEWA 2V52B 3J7YP 3TR8A 2ZWHA 4DUZK 4FWMA 3O1BA 3O9RA 2D0OA 4DTXA 1WSGA 4B9MA 3T1AA 3EO3A 3V9XA 3EZ5A 2PY5A 4I7FA 4YOUA 3VGLA 3RRGA 5CR4A 2HSTA 3AA5X 4FLUA 2ZQBA 1R59O 1HJOA 4R79A 4G1QA 1NJZA 1QZ5A 1ZBHA 3H1QA 1JCGA 1Y97A 4B1VA 4B9VA 2QWRA 3V9UA 4CF0A 3ZETA 3ZT4A 1RT4A 3SNNA 4CGIA 3NH0A 2YKNA 3RMBA 4XEIA 3MMVA 3SBTA 1HUXA 1IH7A 4DG1A 3DYAA 3LAKA 5F1XA 1ATRA 1ITGA 3H6EA 2O8BB 4A62A 3BEXA 4Z4CA 1VK0A 1JL2A 4Z94A 3KTQA 4DFMA 4FOEA 1X3NA 3TAPA 3U8XA 3ZT2A 4IFEA 1HNXK 1C1CA 3R6MA 4RW8A 3HI0A 1DEJA 1TK5A 1XC9A 3WT0A 4KREA 3AA2A 4A2BA 3HP9A 4E0DA 3V6DA 3VQEA 4KH6A 3PV8A 3VTIA 1W97L 2FSJA 3CCEN 4ID1A 3DAWA 2HB5A 2YNGA 4H03B 4DV5K 3F2KA 3VA0A 3TAQA 3CERA 1IKYA 3KWIA 5AQFA 5AR0A 4ELVA 3H3OB 4O0IA 3ALYA 2Q31A 3A0IX 5AQYA 5AQVA 4FLXA 3OS1A 4DV7K 2IVPA 4FJKA 3R8EA 1RTHA 3OYIA 3CXCM 2CH6A 5AQKA 5BR9A 3CJ9A 4JKGB 1GLAG 2ASMA 4JS5A 4F8RA 2HF3A 3LALA 4E1JA 3TAFA 4C8LA 3PO5A 2A42A 3NGZA 4MDBA 4DV1K 3DI6A 1BQMA 1J9AA 2AA4A 1OH8A 5AQMA 3TI0A 4YORA 3TANA 2F8SA 2GWKA 2LSNA 3BZCA 3SJHA 1J5OA 5EU7A 4KRFA 3VQPA 1A5WA 4H4OA 4BACA 3P4IA 1QSLA 5C2FA 1M1KO 4GNIA 1L5UA 4CZKA 4E7HA 4CZJA 1KVAA 3E9OA 4PL8A 2X74A 2O8FB 4B9SA 3B8AX 3EE9A 5FRNA 3G6EN 4YOTA 5IT9O 1XWLA 3TTCA 1TL3A 4Z4EA 2VGNA 4K8ZA 1HPMA 4CBXA 2P9LA 1YJWN 4IO8A 4DKWA 3E9LA 5M1KA 1CZAN 4CK2A 3NMUA 2ZGZA 3CCUN 1MWKA 3AAQA 4H0OA 3S3MA 5AQTA 4JKFA 2F8TA 1T44A 4AHCA 3HSCA 3MN9A 1VQ6N 4A2AA 2P51A 3A5LC 3KKRA 2AP1A 1CZBA 1QSYA 4BRIA 2Y1IA 1YJNN 4CGGA 3LDLA 3QIOA 4FWKA 1Z05A 2FF6A 4C8NA 2I7PA 3MX5A 3ZX0A 3CF5L 1H1VA 4JD2A 1U47A 2WBNA 3OYKA 4M3YA 1EETA 3MDQA 1NU0A 1RBUA 2FF3B 2F7TA 4Z4GA 4B08A 1V4SA 5AQPA 3LP1A 3HSTB 2HF4A 3J7ZO 3QEIA 3M8SA 4LF6K 3C94A 4YOXA 3FZLA 4X66K 3HO1A 3ULEB 4EHUA 3PX0A 2RPIA 1TGOA 1NGEA 1WB9A 5JS1A 3VGMA 3I0RA 3OVNA 1EKEA 2O8CB 3DXMA 4N47A 4RCHA 4K8XA 2UUCK 4KHUA 1HRHA 4QS7A 3U9DA 4HVJA 4JAXA 3CHWA 5LMNK 2XY8A 4YOVA 3RSEA 1N34K 3KK1A 5GIOA 3TPQA 4MQ3A 5A2QO 2JLEA 4DTNA 4CJEA 5B8HA 3K9KA 4CJRA 3C6AA 4DQRA 1C0TA 1J54A 2HOEA 5J2PA 4KTZA 5AQQA 4W5QA 4HWIA 5GAEP 4E3SA 3J8AA 2UXBK 5CYMA 3NHGA 4Y1DA 3M5RA 3RRHA 1T03A 4CHYA 1HNVA 2FBXA 4BDYA 5CY4A 4I6MA 1VSFA 1S1XA 2BH1A 4I2QA 4JK7A 4YNQA 4BGAA 1KD1O 4DWIA 1WNSA 4KV8A 3SJJA 2VQEK 1FJGK 4OX9K 4M45A 3OYLA 2XRIA 1SKRA 4CFAA 2O4GA 3M8PA 2YJFA 3EKSA 4IEIA 1RNHA 2WFBA 4CK3A 2WTUA 3O9TA 2E2PA 2UXDK 2A5XA 3ASMA 4DR4K 2UUAK 4DUYK 4M42A 1HYVA 4JI7K 3MN5A 2I5JA 1QQOA 1QZ6A 4WQ4C 1FKOA 4CHZA 2KTQA 4YDUA 5AFUA 5J1EA 3THWB 1DLOA 4FJIA 3QERA 2FC0A 4KTWA 3PIPL 3L4QA 3FE1A 1QQCA 3THXA 2W40A 5KPTA 1NGAA 3V1QA 1L3TA 2D0PA 2F9WA 3NAEA 4M3TA 4CZGA 1LW2A 3HRGA 4DSIA 3DJCA 4O44A 3ZT0A 1IKXA 5CZ1A 2QXFA 3NDKA 4FLTA 3FZFA 2QXLA 4JKEA 4IJAA 4B3SK 1Q18A 2ZGYA 4E1MA 3VESA 3F73A 3BZKA 3TU5A 2IDOA 3I33A 1QSSA 2P9SA 1SL2A 4LF7K 4CHOA 4DV2K 3BP8A 2RN2A 1M90O 3LAMA 4BC5A 4JNEA 4JKDA 4AHVA 1T6CA 3NH2A 3TTDA 2KHOA 1K9MO 2W6LA 1BOTO 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 3RVC A;  1LCU A;  2Q0U A;  5DK5 A;  2YNH A;  4JLH A;  3HOT A;  2YHB A;  4FVU A;  3PY8 A;  1IKW A;  2IGI A;  1KCF A;  2FSK A;  1X9M A;  1SKW A;  3LDS A;  4ICL A;  3ATV A;  4U7B A;  4CEO A;  1NLV A;  3VEV A;  3DLB A;  3EEQ A;  2P9L B;  4DTP A;  3WQT A;  4CJV A;  2YHY A;  1D4X A;  1N36 K;  5H1S Q;  4NLC A;  4X65 K;  3IMX A;  2Q97 A;  1EWR A;  1Z26 A;  2QEX N;  1XNQ K;  4JV5 K;  4C23 A;  4FYD A;  3LWM A;  3A5O C;  4KH4 A;  4CHQ A;  3SUP A;  4FWR A;  1WN7 A;  1KLM A;  3OYB A;  1SL1 A;  2E2Q A;  3QES A;  4BRH A;  4B1Z A;  5KGW A;  3QO9 A;  4PY5 A;  1RDB A;  3CQX A;  4FK4 A;  2NRW A;  1KVC A;  2WOM A;  3S3N A;  3P5J A;  3TSP A;  5M1N A;  3G10 A;  5F0X A;  4CEZ A;  3VET A;  4JD2 B;  3SZ2 A;  2OA8 A;  1Z6R A;  4H5V A;  3VN5 A;  1NK8 A;  1HPZ A;  4LH4 A;  4CI6 A;  3T19 A;  2GUI A;  3GG4 A;  4HCC A;  1ASV A;  5HRP A;  1JKH A;  4EZ6 A;  1W9H A;  3VQ5 A;  1E4F T;  3MN7 A;  3LDN A;  1ATS A;  4GMJ B;  3WNF A;  4FLV A;  3R9P A;  3VTH A;  3D2E B;  3C6T A;  3RSE B;  4OGE A;  1VQK N;  4HUG A;  4GVE A;  3GOI A;  1T6D A;  4CF9 A;  1DT9 A;  2RE2 A;  3AVN A;  3LM9 A;  1GOC A;  2FSN A;  1SAZ A;  1U49 A;  1QTM A;  1TKD A;  3DRP A;  4O55 A;  4OKJ A;  3KLF A;  4YOW A;  4OKK A;  1GLF O;  3OYA A;  3OYJ A;  4CJW A;  1NG9 A;  3LPT A;  1S1T A;  4IG3 A;  4I6M B;  4K25 A;  1YXQ A;  1YTA A;  1JLA A;  4DQP A;  1OKJ A;  1U2V A;  3SPZ A;  4K0K K;  1XHX A;  1BL3 A;  1MWM A;  5F2R A;  1RTI A;  3U4L A;  5I9E B;  2O8F A;  3QET A;  4WQ5 C;  3L6Q A;  3L0Q A;  5KRS A;  4ZTJ A;  2D0B A;  3W3D A;  1NNE A;  1YUW A;  2E1Y A;  4IDH A;  1BCO A;  4K43 A;  3SLC A;  1VSH A;  3C95 A;  1S3X A;  4FZZ A;  2O8D B;  3OJU A;  3LDP A;  4FJX A;  4ZHR A;  4B1W B;  2WON A;  3IS9 A;  1S72 N;  1X1P A;  4DSF A;  5I3U A;  1KLN A;  3GBT A;  4BVO A;  3THX B;  4OO1 J;  2GX9 A;  1GLL O;  3SMS A;  1KAZ A;  3V9W A;  4NXM K;  4H8K A;  4EHT A;  4CER A;  5C12 A;  1RT1 A;  5GIP A;  1YVN A;  3HXM A;  5BRF A;  5M1Q A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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