2O4IA

Structure of trex1 in complex with dna
Total Genus 61
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
61
sequence length
226
structure length
218
Chain Sequence
GHMQTLIFLDLEATGLPSSRPEVTELCLLAVHRRALENTSISQGHPPPVPRPPRVVDKLSLCIAPGKACSPGASEITGLSKAELEVQGRQRFDDNLAILLRAFLQRQPQPCCLVAHNGDRYDFPLLQTELARLSTPSPLDGTFCVDSIAALKALEQASKSYSLGSIYTRLYWQAPTDSATAEGDVLTLLSICQWKPQALLQWVDEHARPFSTVKPMYG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords 5'-D(*GP*CP*TP*AP*GP*GP*CP*AP*GP*GP*AP*AP*CP*CP*CP*CP*TP*CP*
publication title Structure of the dimeric exonuclease TREX1 in complex with DNA displays a proline-rich binding site for WW Domains.
pubmed doi rcsb
source organism Mus musculus
molecule tags Hydrolase/dna
total genus 61
structure length 218
sequence length 226
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.11.2: Exodeoxyribonuclease III.
pdb deposition date 2006-12-04
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2o4iA01
1EETA 2FBXA 1TK5A 4B9TA 2D0BA 1CXQA 1TGOA 3AO1A 4LSLA 3MXIA 4B9LA 4Y1DA 4ELVA 4J2EA 3QINA 5DMRA 1QE1A 4OPJA 5KRTA 4FJIA 4JLHA 1IO2A 4NYFA 4B08A 1SL1A 3FFIA 3PX6A 4I2QA 1ITGA 3HT3A 1W9HA 4FCYA 3MECA 1CZ9A 2VWJA 3O3HA 4H4MA 1S1XA 4G1QA 1TKDA 3AVJA 2ITGA 4E19A 5KRSA 2E4LA 2ETJA 4KV8A 3U3GA 1X9SA 4CHNA 1QTMA 1KLNA 1S9GA 1BISA 4FJ8A 3TWHA 2Z1JA 1RBUA 4I2PA 2Z1HA 1T03A 1BI4B 3V9ZA 4IBNA 1HNIA 1NK9A 2DTUA 3K5NA 4F3OA 2BANA 4J2DA 4M3TA 1BQNA 1KCFA 4N47A 4FW2A 3NH1A 4I9LA 1ZYQA 1X9MA 2OA8A 5T7BA 3OS1A 3WNEA 3SPYA 3VQAA 1RNHA 4BDYA 3VQ4A 3U3YA 5C24A 4J2BA 4IG3A 1BGXT 3NF6A 4CJEA 3HPGA 3L3UA 2B5JA 5KGXA 1QSSA 4CGJA 4M3ZA 1CLQA 1ASUA 1QS4A 1JLEA 2JLEA 3O4NA 1XI1A 1QSYA 3VA3A 4DQPA 1VSDA 3AO3A 4DF4A 2HHTA 1KFDA 3OJUA 3AVFA 3P5JA 3V1OA 4CF1A 4KFBA 4DMNA 1TL1A 1WAFA 5HROA 2F8SA 1HQUA 1RBVA 4KTZA 4HVJA 3DRRA 2ZD1A 2HMIA 3O3FA 1RDCA 4DFMA 1I3AA 3LALA 2G8VA 3E01A 4FJMA 3DYAA 1L3SA 1JXEA 3SYZA 5D3GA 1VSKA 3LAMA 1NKBA 1VRTA 3OYNA 2HHUA 1N5YA 3KK2A 2X6NA 3ASMA 4DFKA 4BE0A 1HPZA 5FRNA 3G0ZA 3AA4A 4HTUA 4OKKA 1XC9A 4KTWA 1N6QA 1JL1A 4CJUA 1TV6A 3AO5A 2G8KA 2KTQA 1C6VA 4C8KA 1NK4A 4PUOA 4CJ3A 3ZSYA 2HNDA 4IFYA 4AHUA 3LDSA 1NJXA 4W5TA 1QSLA 3AVBA 5KTQA 3KLIA 1WLJA 1SL0A 4NYNA 5J2MA 4DQSA 2Y1IA 2DY4A 4O44A 4IDKA 1C1BA 1HRHA 4R5PA 4B8AB 3PX0A 5C42A 3THVA 2P5OA 3HVTA 3NF9A 4AHSA 3VQ9A 2XY7A 1RTDA 4CF2A 2P5GA 1SL2A 1RT5A 4I9QA 4IKFA 1UA0A 4RG8A 1LW0A 3TAPA 3V9UA 3OYIA 4AHRA 1TAUA 1JLFA 3MXJA 4JS5A 2HVHA 3NF8A 1C1AA 1C0UA 4CJTA 4CFDA 3S3MA 3DLHA 3DLRA 3VN5A 3HJFA 3OVNA 3ZT2A 1VSMA 4AILC 1JKHA 2X78A 3LAKA 4LH4A 4NCBA 4DG1A 1TK8A 2G8HA 5CZ2A 1EX4A 4GW6A 2RN2A 2OYQA 2EX3A 2PYLA 5JS1A 3KLHA 2X6SA 1ZBIA 4LY7A 3TAQA 1LV5A 1D9DA 3QEPA 3SCXA 4AHTA 3TAFA 4BACA 4C8LA 1VSEA 5DK5A 4HUGA 1GOBA 3KKSA 3LP1A 3NBPA 1XHXA 4CF9A 1VSIA 4RW9A 3B6PA 4CFBA 4DLEA 4OGEA 4Z4IA 3ZSXA 2HHVA 3QEWA 4M42A 2Z1IA 5J2NA 3QEXA 4IFVA 4W5RA 2QKBA 4E0DA 4O0JA 2WONA 2IDOA 4DQQA 4PWDA 4FJ9A 4DTXA 5FROA 4ZHRA 3S9HA 3PY8A 4DSIA 1BI4A 1G15A 3QO9A 1RCHA 3OYEA 3SQ1A 1BIUA 1TAQA 3QESA 1NJYA 4FZZA 1JLGA 3AV9A 4OKJA 3K5MA 3ZT4A 3NGYA 3KIOA 2FBTA 4LH5A 3NH0A 1T7PA 3CFOA 4O5BA 5SWMA 4C8MA 4N5SA 4CIFA 4FZYA 3C6TA 2KZMA 1HYSA 3VQPA 3C6UA 4ID5A 3NGZA 3SQ0A 1VK0A 3LWLA 1KVCA 1J9AA 1SKRA 1RDDA 3AA2A 3TARA 4DFJA 3RR7A 5CYQA 3QLHA 3QNOA 1S1WA 3F9KA 1BL3A 4C8NA 4FJXA 3BGRA 2AJQA 3K58A 3L2UA 1L3TA 4Z4HA 1TKZA 1BIZA 1JXBA 3HO1A 2YKMA 3QIOA 2YNIA 4QCLA 3LP3A 4ID1A 1NKEA 4FM2A 5K14A 4DFPA 4FK2A 4O4GA 4N56A 1U48A 3L2WA 3VQ5A 4HCBA 3VQDA 3KJVA 3S3OA 4F8RA 2B6AA 1KRPA 4TSXA 2HHQA 1HMVA 3ZCMA 4DU1A 4CHYA 3DOKA 3QIPA 3OYDA 4CK2A 3OYFA 1R0AA 3HXMA 4FYDA 1LWEA 1TKXA 5I42A 3K59A 3HM9A 3CFRA 2XHBA 4FLZA 5FRMA 3PO5A 3OS2A 1RDBA 4N41A 1FXXA 4FJJA 4K8ZA 3DLBA 3AA5X 4FJHA 1KTQA 1Y97A 1YVUA 3TAGA 2YV0X 4W5NA 1YTAA 1YT3A 3PX4A 1SUQA 1VSHA 2VG6A 4BDZA 3RTVA 4KTQA 4FJKA 1WNSA 5J2PA 1BQMA 3DRSA 3NHGA 4CEZA 4E1MA 3P1GA 4OJRA 4FVMA 4CEOA 3O3GA 3OY9A 5EU7A 3MXMA 4BE2A 4CJQA 3IAYA 3I0SA 5CYMA 3RRHA 1S1UA 4KPYA 4PQUA 3OYLA 4CJKA 3QEIA 4CESA 1DLOA 1NOZA 4CF8A 4MFBA 1SKSA 4FXDA 2FC0A 4ELUA 3KD1E 1ASWA 3ZSOA 2QXFA 3K2PA 4FLWA 1NK5A 4Z4EA 4CHZA 3SUNA 3L2QA 1KVBA 1ZBLA 1L5UA 4OKEA 2PY5A 1I39A 4DSLA 1TK0A 2KFNA 1S1VA 5HRPA 4DSFA 3IG1A 1KVAA 1J54A 1WSEA 2GV9A 3NH2A 5CY4A 4GMJB 4CHOA 1TKTA 3OYKA 3QETA 5HP1A 3OS0A 4OLBA 3M8QA 4CEFA 4CJPA 4W5OA 3MEGA 1WSJA 3V1QA 1XHZA 2OZSA 5HLFA 3HPHA 1A5XA 2F96A 5J2QA 2QK9A 2EHGA 3HYFA 3AVNA 4DS5A 4FLTA 1NJWA 1UWBA 1Z25A 3M8PA 4W5QA 4KO0A 2IS3A 4Q5VA 4DF8A 3WNFA 3NFAA 4CJLA 3AVCA 1HQEA 3VQCA 4FW1A 4HHTA 1HYVA 4E1NA 3L8BA 3BDPA 2XY8A 2OPRA 4CFCA 1DTTA 1RT3A 3DLEA 1XWLA 3NCIA 3RR8A 3SI6A 2Z1GA 4FLXA 3LP0A 1NKCA 4FZXC 3V6DA 4CHQA 1RT6A 1FKOA 1HJRA 1VSJA 2FBVA 3DMJA 1Q9XA 3HK2A 4CJ4A 1RDAA 1A5WA 1U45A 1X1PA 1J53A 1UOCA 2BE2A 2O4IA 3KLGA 4Z4FA 1IKVA 1EXQA 3I0RA 4HUFA 3ULDA 1JL2A 4M3WA 4PY5A 3WNHA 2D5RA 4OGCA 1UAXA 5CZ1A 1TVRA 4FLUA 2NUBA 3SUQA 4CGDA 4B3OA 4O0IA 3KKRA 4K8XA 1RT7A 3TAEA 3VQBA 4Q0BA 2YHAA 4ICLA 3VQEA 2RKIA 1NK0A 3SUPA 1RTJA 1O1WA 1B9DA 2E6LA 3PO4A 2HVIA 4I7FA 4HUEA 4E3SA 1KLMA 4BWMA 4E89A 2XO7A 2W42A 3ITHA 1RTHA 4M41A 3CFPA 4CGFA 2BDPA 4M3XA 3ZT0A 2WOMA 4KHWA 3M8SA 4EZ9A 3TI0A 4KHQA 4B9MA 3OYAA 3AVMA 3KK1A 2Q3SA 2HHXA 2HHWA 4LD0A 2HNZA 4Z0UA 4CECA 1RBRA 4CIGA 4FLYA 3ZT3A 1WSFA 3AVKA 3D45A 4CEBA 1C0MA 1EKEA 4O55A 4KB0A 3QNNA 1UA1A 3OJSA 2PZSA 3CYMA 4UQGA 1D5AA 1QHTA 1T05A 3T3FA 1WSGA 3OYJA 3RMDA 3G10A 3S3NA 2KFZA 4QOZB 1YTUA 1RILA 2Y1JA 3KLFA 4DS4A 1L3VA 1LWCA 1NOYA 5KI6A 3U6FA 2DFEA 2E6MA 4RW7A 1F21A 3M8RA 3V9SA 4E7IA 1WSIA 3L2RA 4E7LA 3DM2A 2LSNA 3SJJA 2HHSA 4JS4A 1A5VA 3RMBA 4F2SA 4FJ5A 4FJNA 1Q8IA 4KI4A 3HP9A 2B4JA 2DFFA 2XRIA 1NJZA 4CEEA 4PA1A 1RT2A 1RTIA 2P1JA 5C25A 1U04A 2VG5A 4DU3A 1JLCA 1LW2A 5HRSA 3SPZA 1S1TA 1WSHA 3ZSVA 3OYBA 2YNGA 4Y1CA 4B9SA 4KREA 1B9FA 4H4OA 1REVA 5J1EA 4CK3A 1S6PA 3HL8A 5SZTA 1ASVA 1VSFA 4XIUA 1GOAA 5HBMA 1NK8A 4KHUA 4Z4GA 3NDKA 3JYTA 4KHYA 4RW6A 1B92A 4DWIA 4YNQA 4DSKA 4J2AA 2G8UA 1IKYA 2KQ2A 4OLAA 4CJWA 4KHNA 4DTPA 4C8OA 4CCHA 2IGIA 3ZSWA 4KI6A 1LWFA 3KK3A 3QEVA 3WNGA 3AO4A 1C1CA 4CHPA 4CIEA 4DTUA 1W0HA 2YNFA 3DOLA 1BHLA 2GBZA 2OPQA 4F3TA 3PUFA 3MEDA 3ZSRA 3F73A 3RMCA 3RRGA 4FLVA 4CE9A 4DTSA 1CZBA 4DTOA 3SUOA 3CG7A 4ZTJA 3DI6A 4NCGA 1NK7A 4DTJA 3K57A 3K5LA 3IRXA 3V9WA 2X74A 5JS2A 3AVIA 3VA0A 3EY1A 4ELTA 4GVMA 3P83D 3QERA 2KW4A 3LWMA 3LZJA 2VWKA 1D8YA 1X9WA 4ZTFA 3LPUA 3C94A 4LSNA 5KGWA 4OPKA 4CEQA 1KSPA 3T1AA 3EYZA 1IKXA 3LANA 3TAMA 3L3VA 3NGIA 2R7YA 3RWUA 1IG9A 4KRFA 1WAJA 4QAGA 4BDPA 2OZMA 1U4BA 3SNNA 1Z26A 1SV5A 5FDLA 3VQ8A 4F4KA 1FK9A 3CM5A 3LP2A 1BCOA 2YHBA 4FK0A 2VG7A 4YFUA 4DTRA 4EP5A 3HSTB 3KD5E 4B9VA 4CJ5A 2JGUA 1IKWA 1RBTA 4E7HA 4EP4A 4FJ7A 3MEEA 2F8TA 4CFAA 3HPOA 3TR8A 4OVLA 4DSJA 4HCCA 2YKNA 2DFHA 3O4QA 1EP4A 2IOCA 1BCMA 3T19A 1KFSA 2GUIA 2O4GA 3AVAA 2RF2A 5HRNA 3LZIA 3V1RA 4JRQA 4KAZA 5HRRA 3TABA 3TANA 3AA3A 2BGGA 5I3UA 4B8CA 2I5JA 4CF0A 4L8RB 4AHVA 4M3RA 1T8EA 2PYJA 1LAVA 4CJFA 3ALYA 4H8KA 1JLAA 3DRPA 3ISNC 3NF7A 3OYGA 4CJVA 1RT4A 3ZSQA 4KKOA 1HYZA 4M45A 3NE6A 2XY5A 3H08A 2D0CA 1FKPA 3L2VA 3SQ4A 2A1RA 4DTMA 1JLBA 1S9EA 4FK4A 1ZBHA 4CGHA 4NCAA 1J5OA 2OPSA 4BWJA 4CGIA 4B9UA 3KTQA 2KZZA 4CERA 4M3UA 1S6QA 4E7JA 4FM1A 4CJSA 1C0TA 1VRUA 3DLGA 3V9XA 4EZ6A 1VSLA 3UIQA 4E7KA 3AVHA 4M3YA 4JRPA 1WN7A 4WE1A 3LPTA 3V4IA 3RMAA 2HB5A 3B6OA 3OYCA 4CJRA 1CXUA 1D9FA 4KB1A 4KHSA 1S5JA 1TL3A 4DLGA 4IG0A 3VQQA 3ZSZA 3D0PA 2RPIA 3K5OA 3OYMA 2QKKA 3AO2A 3SZ2A 4F2RA 3AVGA 5E41A 4DQRA 3C95A 1Q9YA 4AH9A 4B9NA 3VQ6A 4FJGA 2ZE2A 1HNVA 4RW4A 4DSEA 1RBSA 3AVLA 3SQ2A 1SKWA 3V81A 2OPPA 3CQ8A 1IH7A 4AHCA 1QQCA 4Z4CA 1MU2A 4CEDA 4DTNA 1L3UA 3JSMA 4MQ3A 1U49A 2D0AA 3SV4A 1JLQA 2XY6A 2ATQA 4FJLA 1DTQA 2YNHA 3VQ7A 3SV3A 3NAEA 2G8FA 2HW3A 3A2FA 3I8DA 4FM0A 1LAWA 2A1SA 4BE1A 1ZBUA 3KLEA 1RT1A 2IC3A 4RW8A 4CGGA 4N76A 4DU4A 3EZ5A 1GOCA 3HVRA 3MAQA 2G8WA 2HNYA 1NK6A 2IAJA 1U47A 4DQIA 3IS9A 2P51A 3OYHA 1K6YA 3DLKA 4CK1A 3ZT1A 3HP6A 3PV8A 4CEAA 2G8IA 1ZBFA 2FBYA 2ZQBA 3CM6A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4B9TA 4JHDB 3AO1A 4LSLA 4B9LA 3CMAN 4LF6K 3UKRB 5KRTA 2QWNA 1IO2A 1U6ZA 1DEJA 2O8BA 4I2QA 4K25A 3HT3A 1W9HA 2VWJA 3O3HA 4H4MA 2HOEA 2ITGA 5FPNA 4A62A 4KHPK 2HSTA 1VQ7N 4G9ZA 3JXUA 1X9SA 4CHNA 1QTMA 4GKKK 2GEMA 1KLNA 3BZCA 5BRDA 4DV6K 1J5EK 2Z1HA 3Q7CA 3MDQA 5M1PA 2DTUA 4J2DA 3H46O 4JKCA 3ENBA 3ZETA 4EAHD 3WNEA 3OS1A 1RNHA 4BDYA 2NLXA 2QWPA 4BVPA 2P9KA 4CJEA 3R8EA 5KGXA 4M3ZA 4A57A 5BN8A 4X64K 2YHXA 1VSDA 4DMNA 5HROA 4HVJA 5AQYA 4CBWA 4DFMA 3CD6N 4FJMA 1L3SA 1JXEA 4EFHA 3R9PA 5D3GA 4B3SK 2ASMA 2ASPA 2X6NA 4BE0A 1HPZA 3WUHA 3G0ZA 4BC2A 3MN6A 3J80O 3MMVA 3BZKA 4KTWA 5FPEA 5DM7L 4JN4A 2UUAK 3CCLN 5F1XA 3CMEN 4PUOA 5HL7L 3LDSA 2ZF5O 4W5TA 1QSLA 3AVBA 2VWBA 1WLJA 2Y1IA 2HHHK 1GLJO 2YJEA 4LF5K 5KQDA 3HVTA 4C1NK 3KVGA 3T1HK 5FPMA 4FWSA 3V9UA 1MWMA 3DLHA 2CGJA 3OVNA 2V51B 5B8HA 3LAKA 5BRHA 4K43A 4NCBA 4JNEA 1EX4A 2FXUA 2O8DB 4U67L 2OYQA 2E2QA 3KLHA 2X6SA 3TAQA 1D9DA 4JI8K 4AHTA 4DV5K 4BACA 2FSJA 3KKSA 3I33A 3LP1A 1XHXA 4CF9A 1VSIA 4OGEA 3DLLL 3G71N 4M42A 3LM2A 4W5RA 1XMOK 4E0DA 2Q1NA 3I56N 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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