2O4IA

Structure of trex1 in complex with dna
Total Genus 61
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
61
sequence length
226
structure length
218
Chain Sequence
b'GHMQTLIFLDLEATGLPSSRPEVTELCLLAVHRRALENTSISQGHPPPVPRPPRVVDKLSLCIAPGKACSPGASEITGLSKAELEVQGRQRFDDNLAILLRAFLQRQPQPCCLVAHNGDRYDFPLLQTELARLSTPSPLDGTFCVDSIAALKALEQASKSYSLGSIYTRLYWQAPTDSATAEGDVLTLLSICQWKPQALLQWVDEHARPFSTVKPMYG'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords 5'-D(*GP*CP*TP*AP*GP*GP*CP*AP*GP*GP*AP*AP*CP*CP*CP*CP*TP*CP*
publication title Structure of the dimeric exonuclease TREX1 in complex with DNA displays a proline-rich binding site for WW Domains.
pubmed doi rcsb
source organism Mus musculus
molecule tags Hydrolase/dna
total genus 61
structure length 218
sequence length 226
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.11.2: Exodeoxyribonuclease III.
pdb deposition date 2006-12-04
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2o4iA01
1X9WA 2B4JA 2G8VA 2PZSA 2RPIA 1RBSA 4EZ9A 1S5JA 3KKRA 1GOBA 4M3XA 1BL3A 2OPQA 1ZYQA 2Z1IA 4J2EA 2P5OA 4UQGA 4E7KA 1A5VA 1N5YA 1LWFA 4FLWA 4DSLA 1QHTA 2EHGA 4Y1DA 1T05A 1JLQA 2YKNA 3ZSVA 2QKKA 2RKIA 3AA3A 2DFFA 5DMRA 4OPJA 4DS4A 3NF6A 4AHCA 3MXJA 2FC0A 5C25A 2IAJA 3L2RA 4PWDA 2B5JA 3BGRA 5HP1A 2KW4A 4BDZA 1U04A 1XWLA 2HHXA 2FBYA 1RTDA 3SPYA 1ZBIA 2JLEA 2XRIA 1EETA 3IS9A 3RMCA 4HHTA 1YTUA 4RW6A 4E1MA 1L5UA 3OYEA 1O1WA 4CCHA 2HHWA 3C95A 1FKPA 4CJFA 3HP6A 2JGUA 1D8YA 4BACA 3OJSA 1NK6A 4BE1A 2I5JA 1L3VA 1C0UA 1VSJA 4FK0A 3SQ1A 5CZ1A 3NBPA 5C24A 3AO4A 4CJ4A 1QTMA 1RT4A 2B6AA 1HNIA 3O3GA 3V4IA 2XHBA 2KQ2A 1LAWA 2D5RA 1BGXT 1BQNA 4E7LA 1BQMA 4CEZA 4DSIA 4R5PA 4W5NA 3K5MA 3ZSRA 1I3AA 3IRXA 4MQ3A 4W5RA 3VA3A 2DFHA 1LAVA 3NGIA 1L3TA 3CFRA 1WAFA 1TKTA 4CJ5A 5CY4A 5K14A 2O4GA 2IS3A 4DTXA 1IKYA 2VG7A 4Y1CA 3EZ5A 1DLOA 3CG7A 1CXQA 4WE1A 3LZJA 4NYNA 4KI4A 3DI6A 4E19A 1A5WA 3L3VA 4LH4A 4CFBA 1IKWA 4FLXA 3NAEA 5KGXA 3TAPA 1RT2A 3TAFA 4M3RA 2PYLA 1NOYA 4M41A 2HB5A 3WNEA 4FM1A 3M8RA 3AV9A 4DTPA 2YHBA 2P51A 2GBZA 4FJGA 3WNGA 1C6VA 1KFSA 3ITHA 4KHWA 1RDAA 3TR8A 4KHQA 3QEXA 1CLQA 1S1VA 3VQCA 3HVRA 4KHNA 4KHSA 2QK9A 2HHQA 1VRUA 4CEOA 4DFMA 1TAUA 2HHUA 3DYAA 1NK8A 1CXUA 5CYQA 1JXEA 3ZT1A 3RMAA 4O0JA 3PX0A 3AVNA 4HCBA 1YVUA 4B9TA 3NHGA 2LSNA 1NJWA 3AO1A 1Q9YA 1XHZA 1VSHA 3PUFA 1BIUA 3O3HA 2KFNA 2YNGA 4N47A 3KLIA 4HUEA 3QIOA 4CJEA 3KLGA 1REVA 1D9FA 4HTUA 3HL8A 2X78A 1R0AA 3HK2A 1VSMA 4LH5A 3AVHA 1XC9A 4ZHRA 5FRMA 4HUFA 3NDKA 3KLHA 3KD1E 1I39A 3NGZA 3OYJA 5JS1A 3ULDA 4CFDA 1T8EA 4CJRA 1RTHA 4B9NA 2OA8A 3DRPA 1RBVA 4CGFA 1ZBHA 4LD0A 3TAQA 2Z1JA 3LAKA 4Z4CA 4FW2A 4JS5A 1L3UA 1TAQA 1NOZA 4DQQA 1WSIA 1Z25A 4DS5A 2ZQBA 2OYQA 4E0DA 5DK5A 4FLZA 3U6FA 3AVMA 1IG9A 3ZT3A 1HMVA 3K58A 1LWEA 3VN5A 4EP5A 1UWBA 4LSNA 3OJUA 2G8IA 3V81A 3KKSA 1RTIA 1WSHA 3P83D 3AVGA 4CJUA 2FBTA 1LV5A 3KTQA 3AVJA 3VQBA 3OVNA 3LWLA 2E6MA 4YFUA 4O55A 1T03A 3SV4A 3AO3A 3O3FA 4F3TA 4I9QA 3L2WA 2XY5A 4FK4A 2QKBA 1C1AA 1DTTA 1B9FA 3NF9A 4CF8A 3KLEA 5CYMA 5CZ2A 1JLGA 4DG1A 4M3TA 3ZSOA 2XO7A 3RWUA 4FJ5A 4QOZB 2R7YA 2F8TA 1NK5A 1BI4B 2D0AA 3AA4A 2ITGA 3KD5E 3AVAA 4KHUA 1ASVA 1VSDA 4GVMA 4J2DA 4CHNA 2ZE2A 3DLHA 3AVFA 4HUGA 3ZT4A 2D0CA 3TAEA 3QEIA 4OGEA 2G8HA 3K59A 2KTQA 3TAMA 4CHOA 3K5LA 4FLVA 2G8WA 5HLFA 3IAYA 4FJMA 1RBTA 2IDOA 2KFZA 4TSXA 3QEPA 4DSFA 4EP4A 3RMBA 5KTQA 3F73A 3AA2A 3SYZA 1SL2A 4KTZA 3OYGA 4B9LA 1BHLA 3E01A 4CIGA 4Z4GA 4I2PA 3M8SA 3SI6A 1U47A 1NK9A 5FDLA 1KLNA 3TARA 1C1CA 3HPHA 3OYMA 1DTQA 4L8RB 3CYMA 3KIOA 5J2QA 1N6QA 1W9HA 1KSPA 4CHZA 2X6NA 1S1XA 1QSLA 1RNHA 1WSGA 4FZZA 1WNSA 3HO1A 1SUQA 3QEWA 1RT6A 1IH7A 3SUOA 1YTAA 2BDPA 4H4OA 1JLAA 4CEBA 4FK2A 2HVIA 3NCIA 1XI1A 4FJ9A 3LAMA 4JRPA 4JRQA 4M3ZA 2YHAA 4DF8A 3L2VA 2F96A 1JXBA 3L2UA 2VG5A 1RT3A 4CF0A 4DU4A 4ID1A 1B9DA 4JS4A 4DLGA 4FLYA 2HNZA 1S6QA 4CFCA 1TK8A 4N76A 1JL1A 1TGOA 3VQPA 1GOAA 2YV0X 3V9ZA 4B9VA 1KTQA 2XY6A 2KZMA 4FLUA 4QAGA 3DOKA 5I42A 4RG8A 5HRRA 4CHQA 4IBNA 4E89A 4DQRA 2ETJA 3BDPA 1JLFA 1ASWA 3QINA 4E3SA 4DLEA 2G8FA 3NH0A 3MXMA 3THVA 4ELTA 3OYDA 3SZ2A 3LP0A 2HW3A 4CF1A 1QSYA 4H4MA 4K8XA 4KREA 1HYZA 4CJSA 2A1RA 1IO2A 1MU2A 5SZTA 3NH1A 3RR8A 1U45A 4F2RA 3SPZA 4M42A 4IKFA 1SV5A 1TL3A 3AVCA 3MEEA 5J2PA 2BANA 3VQQA 4B08A 4CHYA 4KV8A 3QNNA 2D0BA 4IDKA 3OS0A 2HHTA 1VSEA 3DLGA 3LANA 1A5XA 3V1RA 3ZSQA 4CJQA 1NJYA 1HJRA 4KFBA 2Y1JA 4HCCA 1G15A 3C6UA 1X1PA 2Z1HA 3P5JA 3U3YA 4CJVA 2DFEA 4DSEA 3KK1A 4DTJA 3ZCMA 1U48A 4EZ6A 1J9AA 3DLEA 4CGIA 4M3WA 3OYIA 2HHVA 2G8UA 2GV9A 1JLCA 4ZTFA 1C0MA 1X9SA 3LPTA 4IFVA 2ATQA 1VSIA 3LWMA 1RBRA 4FXDA 3CFPA 1RDDA 3OYCA 4KPYA 3DLBA 3T3FA 4IG0A 3MEDA 3LP3A 3T1AA 1SKSA 3DOLA 1NKCA 5FRNA 3F9KA 3HPOA 3S3MA 3VQ5A 4HVJA 3V9UA 1RTJA 3AVLA 4I9LA 1KCFA 4LY7A 4OJRA 3RR7A 1S9EA 4FZXC 2DTUA 1NJXA 1FK9A 2FBXA 3JSMA 4DU3A 4DWIA 4AHSA 4DTOA 4C8KA 2HMIA 4LSLA 3QERA 3PO5A 2QXFA 4CF2A 4FJIA 2X74A 3AO2A 4FJHA 3OS1A 3AA5X 3HSTB 3OYBA 4CEFA 1JLEA 3QEVA 2HHSA 3HVTA 4BWJA 3V9SA 4KKOA 2BE2A 2ZD1A 4DFKA 5T7BA 4Q5VA 4C8LA 1RT5A 3CFOA 4CJ3A 3SQ4A 1RDBA 1VSFA 4CK1A 5EU7A 4N5SA 3TANA 1TVRA 3DRRA 5I3UA 4CEQA 2IOCA 3V9WA 4BDYA 4FJ7A 1TV6A 1WSJA 3LP1A 4QCLA 1NK7A 1VRTA 2YNIA 3M8QA 4B9SA 4KB1A 5J1EA 1J5OA 4C8OA 3L2QA 4CGJA 4AHUA 1WSFA 4CK3A 2FBVA 3QO9A 4JLHA 3NF8A 4CJWA 1QSSA 4DFPA 1SKRA 4J2AA 3KLFA 3SUPA 2G8KA 3ZSZA 1KRPA 4OLAA 3DRSA 3WNHA 3DM2A 3PY8A 1VSKA 1L3SA 3O4QA 4DU1A 2A1SA 4RW7A 3OYAA 3SJJA 4ZTJA 4FCYA 3VQEA 1IKVA 3ZSYA 4FYDA 1C0TA 4Z0UA 1SL1A 3NF7A 4CJTA 2EX3A 4RW8A 4ICLA 3AVKA 3VQ6A 4FJJA 3L3UA 4IFYA 5KGWA 3OY9A 1TK0A 3I0RA 5KRSA 1UA0A 4MFBA 1HNVA 4AHVA 2HVHA 1D5AA 3I8DA 4CERA 1LW0A 1RBUA 2YKMA 5C42A 3ZT2A 2P1JA 3SUQA 3AVBA 4OLBA 4PY5A 1WN7A 4CJPA 4KHYA 3S3OA 3ZSXA 1HPZA 2WOMA 1Y97A 3AO5A 4ELUA 1KVCA 4CIFA 1RCHA 4CJKA 1T7PA 3NE6A 5D3GA 4DQPA 3V9XA 1Q9XA 4J2BA 2Y1IA 4CK2A 2E4LA 1ASUA 4H8KA 3KK3A 1KVBA 3V1OA 3D45A 1J53A 4CGGA 3C6TA 4F2SA 4ID5A 4DSKA 1TK5A 4NCAA 5HRSA 3T19A 1VSLA 2IGIA 1S6PA 3HP9A 3VQAA 1HQEA 4W5QA 4DSJA 5HBMA 4M3YA 1CZBA 1ZBUA 4FVMA 4IG3A 4AILC 3SQ2A 1UOCA 3OYKA 5JS2A 3TABA 4CF9A 5FROA 5KI6A 3SCXA 3K2PA 1BI4A 4B8AB 4KAZA 4W5TA 4CE9A 3B6PA 4BE2A 4FZYA 2O4IA 1Z26A 3C94A 4FJKA 4I2QA 3EYZA 3IG1A 3MEGA 3QIPA 3O4NA 1S1TA 3S9HA 1LW2A 3D0PA 1UAXA 1YT3A 3B6OA 1S1WA 3NH2A 5J2NA 4BE0A 2KZZA 3ZT0A 1JKHA 3SQ0A 3AVIA 4PA1A 2VWJA 2P5GA 4I7FA 4OPKA 3PV8A 2PYJA 4F4KA 3EY1A 1J54A 4N56A 3CM6A 2YNHA 3QESA 4B8CA 3HPGA 4CGHA 3VQ8A 4CJLA 1EX4A 4AH9A 3KJVA 2W42A 4Z4IA 1BCMA 3LDSA 1HQUA 4C8MA 2X6SA 3PO4A 3L8BA 1F21A 4NYFA 1TL1A 3OYFA 2OZSA 2HNDA 3SUNA 3CQ8A 4M3UA 4O44A 4DQIA 4K8ZA 4PQUA 4KRFA 1BISA 1NJZA 4GMJB 1LWCA 4RW9A 4DTRA 3ASMA 3RRHA 4KTWA 5HRPA 2OPPA 2OPSA 3G0ZA 1JL2A 1FXXA 1RDCA 3QETA 4O5BA 1SL0A 4CFAA 1TKDA 1NKBA 3M8PA 1XHXA 3V6DA 3HJFA 4KO0A 1NK4A 1NKEA 3RRGA 3ALYA 1WAJA 1KFDA 4FW1A 4CECA 1U49A 2DY4A 3UIQA 1IKXA 3V1QA 3MAQA 1X9MA 4BDPA 4O0IA 3SNNA 3VQ9A 1KVAA 2VWKA 3LALA 3VQ7A 4PUOA 4DTNA 3OYHA 3PX4A 4XIUA 1SKWA 4N41A 2F8SA 1VK0A 1EKEA 4DF4A 3TAGA 2NUBA 1TKXA 1S1UA 2IC3A 3HM9A 4DMNA 4Z4EA 1HRHA 4BWMA 1D9DA 4KTQA 4OKJA 3DLRA 3FFIA 2Q3SA 3CM5A 3QNOA 4OKEA 3K5OA 1BIZA 2OPRA 2XY7A 3OYNA 4AHTA 4CEEA 4Z4HA 1KLMA 4FM2A 1UA1A 4F8RA 4FJLA 1Q8IA 5J2MA 5E41A 1QS4A 3ZSWA 4ELVA 1BCOA 3NGYA 4FJXA 2RN2A 3U3GA 1WSEA 4Q0BA 4CGDA 3VA0A 1QE1A 1TKZA 3RMDA 5HROA 3G10A 4FJNA 2BGGA 4CIEA 3SV3A 4KB0A 3VQDA 1HYVA 3LZIA 3H08A 1JLBA 1WLJA 4OKKA 3P1GA 2OZMA 1EXQA 2Z1GA 4W5OA 1S9GA 4OVLA 1EP4A 3K5NA 3JYTA 4E7HA 1RILA 3HT3A 2VG6A 3S3NA 3DMJA 3TWHA 2WONA 3OYLA 3WNFA 4E7JA 3I0SA 3K57A 3PX6A 1ITGA 1CZ9A 4C8NA 3MXIA 4CEAA 4B9UA 4NCGA 4F3OA 3ISNC 1ZBLA 4DQSA 4NCBA 3DLKA 3MECA 1HYSA 5HRNA 1ZBFA 1RT7A 3LP2A 2PY5A 3A2FA 3NFAA 2RF2A 2XY8A 1B92A 4DTUA 3HXMA 4DTSA 4FJ8A 4Z4FA 4G1QA 4OGCA 4DTMA 1FKOA 1NK0A 4FM0A 2HNYA 4M45A 1GOCA 1K6YA 4YNQA 3KK2A 4RW4A 2GUIA 3OS2A 3LPUA 1RT1A 4O4GA 4E7IA 1QQCA 1C1BA 3HYFA 1U4BA 4B3OA 2AJQA 4GW6A 2YNFA 3VQ4A 5KRTA 4FLTA 4CHPA 3TI0A 4AHRA 3RTVA 4DFJA 4KI6A 4CESA 4CEDA 4B9MA 3QLHA 2E6LA 5SWMA 4E1NA 1W0HA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4KHPK 1ZBSA 2ZGZA 1X3MA 4AF1A 5BN8A 2RE2A 3EKSA 4BVPA 1ZYQA 3UKRA 4J2EA 1QHTA 4Y1DA 2YKNA 4JHDB 1XMOK 3ZX2A 1QQMA 3FFKB 2IIRA 1NGFA 3IMXA 4PWDA 3CETA 3LM9A 1VQLN 1XWLA 1RTDA 4H5TA 2XRIA 3RMCA 4E1MA 1L5UA 1VQ6N 4L3QA 3C95A 1FKPA 4BACA 2FF6A 2I5JA 5M1QA 1RT4A 3M1FA 1BQNA 1BQMA 1JCGA 4CEZA 3K5MA 3IRXA 3NGIA 1LAVA 3FGUA 3R1XA 1IV0A 3W0LA 4NYNA 2UXCK 4LH4A 3CCJN 5KGXA 3TAPA 3TAFA 2KHOA 4M3RA 3O6WA 1ATRA 2F9TA 5ELZA 2PYLA 4FM1A 3AGKA 2P9SB 3H45C 4DTPA 2GBZA 4MO5A 4KHWA 3VQCA 3CCEN 2QK9A 2D0OA 4H0PA 3SLCA 4DFMA 2HHUA 2HBMA 1CXUA 5CYQA 1YJNN 4HCBA 3CJ7A 4JKDA 2ZM6K 2O8BA 4B9TA 2WUSA 1Q9YA 1MWKA 4HUEA 1REVA 4BC5A 5MLCQ 3HBTA 1NGBA 4BY9C 3HK2A 4K0KK 1OH8A 1VSMA 3OA9A 3AVHA 5FRMA 3Q7BA 4O5FA 5AQLA 3O4WA 1YI2N 3NGZA 4FVUA 1W2BM 3EL2A 1QZ5A 3BY5A 2VYPA 3ID6A 3VMFB 3NVMA 4CGFA 4ILJA 5JVGL 4FW2A 3L6QA 1ILYA 4DQQA 3ID8A 3U6FA 1IG9A 2FSNA 2O8DA 3ZT3A 3P31A 3KZBA 4EP5A 2IVNA 3V81A 1RTIA 4BVOA 2FBTA 2QW9A 3TTDA 3VQBA 1S72N 4F3TA 4FWQA 1NGEA 4F9OA 2O8CA 3KLEA 5BRDA 4DG1A 4BR0A 4M3TA 3ZSOA 4B1VA 3RWUA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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