2O4IA

Structure of trex1 in complex with dna
Total Genus 61
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
61
sequence length
226
structure length
218
Chain Sequence
GHMQTLIFLDLEATGLPSSRPEVTELCLLAVHRRALENTSISQGHPPPVPRPPRVVDKLSLCIAPGKACSPGASEITGLSKAELEVQGRQRFDDNLAILLRAFLQRQPQPCCLVAHNGDRYDFPLLQTELARLSTPSPLDGTFCVDSIAALKALEQASKSYSLGSIYTRLYWQAPTDSATAEGDVLTLLSICQWKPQALLQWVDEHARPFSTVKPMYG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/dna
molecule keywords 5'-D(*GP*CP*TP*AP*GP*GP*CP*AP*GP*GP*AP*AP*CP*CP*CP*CP*TP*CP*
publication title Structure of the dimeric exonuclease TREX1 in complex with DNA displays a proline-rich binding site for WW Domains.
pubmed doi rcsb
source organism Mus musculus
total genus 61
structure length 218
sequence length 226
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.11.2: Exodeoxyribonuclease III.
pdb deposition date 2006-12-04
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2o4iA01
1U48A 4DLEA 3QERA 3L2RA 4CECA 1WSFA 4CJLA 3C6UA 3LWMA 3EY1A 2O4GA 1IKYA 3HXMA 4KTWA 2W42A 4CJ5A 4KHYA 4N5SA 1N5YA 4Y1CA 4E1MA 1C0TA 4CIFA 4DU4A 1RDCA 2VWKA 3V1QA 1RBRA 3T1AA 4DSLA 3TR8A 4LY7A 1QSLA 1T7PA 1TGOA 3S3NA 1SL1A 1BIZA 4DQSA 3MXMA 1RT2A 2YKMA 4FLYA 4J2BA 1ASVA 4ID5A 4FVMA 3K5NA 3OYCA 4Q5VA 2PZSA 4FLXA 4Z4EA 1I3AA 2KFNA 1DTQA 1YVUA 3BGRA 3I8DA 4FYDA 1VSHA 4CJQA 3SZ2A 2VWJA 1VSIA 2LSNA 1WAJA 4CHOA 4BDZA 3V6DA 2G8FA 3LWLA 3HPGA 3M8RA 1Y97A 1EX4A 1ITGA 4PA1A 4FJGA 2Z1GA 3NBPA 1RBSA 3KLGA 4MFBA 3K59A 4CF9A 3CFRA 5J1EA 3DRSA 3PX4A 3PV8A 4NCGA 2BGGA 4DF4A 1ZBLA 1VSLA 4OPKA 4DQIA 4FJ9A 4I7FA 3LP3A 4I2PA 1QTMA 1MU2A 1HYVA 1JKHA 2HB5A 4CK3A 4YFUA 3NHGA 1EP4A 3WNFA 4NYNA 1QS4A 4E7LA 5CY4A 4DTXA 1TK0A 2G8VA 4E3SA 4K8ZA 4DTJA 2KFZA 5FROA 3RRGA 1ZBUA 2KW4A 3O3FA 1TV6A 4CF2A 2OA8A 2HNDA 3ZSRA 3CQ8A 1GOAA 3NF7A 3ZSYA 4W5RA 3VQBA 4CFDA 4CJVA 1G15A 1J5OA 4B9UA 5DMRA 4M45A 5CZ1A 4G1QA 4N76A 2HW3A 4CJKA 1TVRA 4CESA 3H08A 4BE2A 2A1SA 3OY9A 4E0DA 1NK4A 3TAPA 4OLAA 1NJZA 3CM6A 2OPQA 1LWFA 2FBYA 4EZ9A 3BDPA 4BACA 1WSIA 1XHXA 4KTZA 1NK6A 2E4LA 1RT3A 3K5MA 3WNHA 4I9QA 1IKVA 2B6AA 2GUIA 4XIUA 3KLIA 3VQ6A 3SUOA 1WLJA 3EYZA 3VA0A 1XWLA 1X9WA 4B9NA 4CCHA 4KTQA 5HROA 4KKOA 4CGJA 3CYMA 3L2UA 3KLFA 4H4MA 4DF8A 1HRHA 1BQMA 4F2RA 2HHSA 1KCFA 4AHTA 2GV9A 4GW6A 4ZTJA 1BQNA 3VQ9A 1SKRA 1D9FA 3LPTA 2HNYA 4CHZA 1NK7A 3SUNA 3SNNA 3V1OA 2E6MA 4I2QA 1D5AA 4CHNA 2G8IA 2ATQA 3AO3A 2I5JA 3RTVA 4DFPA 3I0SA 4RW9A 4QCLA 3AO5A 5C25A 3FFIA 2X78A 1LAVA 4IKFA 3TARA 3IAYA 4F2SA 5HRRA 2DFFA 3SV3A 1RT1A 3VQCA 1BL3A 1QHTA 1RDBA 4PQUA 2IGIA 4L8RB 4KI6A 4RW4A 4O4GA 4M41A 1TK5A 2HVIA 3LP0A 1UA0A 1TL3A 3O4QA 4FW1A 1TKDA 2VG5A 2FBTA 3TWHA 3UIQA 3HPHA 4CHQA 1KTQA 2XHBA 1TKTA 3TI0A 1XC9A 3QESA 5CYQA 1BI4B 1VSDA 4C8MA 3SUQA 4IFYA 2NUBA 4KPYA 2HHWA 1X1PA 4RW8A 4CJSA 3U3YA 4O0IA 3AO4A 2OYQA 2Y1IA 2KQ2A 2XY8A 3VQPA 3AA3A 3V9XA 1WSEA 3NGIA 4KREA 3KJVA 3M8PA 4FLVA 1VRTA 3AVNA 2EHGA 5SZTA 4FLWA 3V81A 4C8OA 2ETJA 4FJIA 5DK5A 2ZE2A 3NH2A 1YTUA 4CEDA 3NH0A 2R7YA 4J2DA 1RBUA 3DLEA 4DTPA 1CXUA 4CJTA 3OYFA 2JLEA 3KKSA 3SJJA 1ASUA 3G10A 4IG0A 4AHRA 4KO0A 1JL2A 3PUFA 5KGWA 1GOBA 4FK2A 1UWBA 3HK2A 2IS3A 3MEDA 1WNSA 3KLEA 2AJQA 4DU3A 4JS4A 3LZIA 2IOCA 1J9AA 3QLHA 3HJFA 4H4OA 1JLGA 4AH9A 3RMAA 3HL8A 1D8YA 4W5NA 1K6YA 2QK9A 4CEBA 4DSKA 1FK9A 4CF1A 1A5XA 1Z25A 4N56A 4CF8A 4DSJA 1HPZA 4CFAA 4LSNA 3RMBA 3TAMA 3DOKA 4B9TA 4Z0UA 2HMIA 2B4JA 2QKKA 2BANA 3SPYA 3K5OA 3MEEA 2HHVA 1W9HA 2FBXA 4Z4CA 3RMDA 3SQ1A 3L3VA 4DTUA 5KRTA 1B9DA 3L2WA 1O1WA 3A2FA 4CJWA 1SL0A 3P5JA 4OPJA 3OYHA 2KTQA 3HO1A 3DI6A 4IG3A 3NGYA 4MQ3A 2PYJA 4BDPA 1FXXA 2DY4A 4ZHRA 3OYDA 2QXFA 2OPRA 3F9KA 5HLFA 2XY5A 3ZCMA 1A5VA 3PX0A 4CFCA 1U45A 2DTUA 3AA5X 1GOCA 1VK0A 4E19A 3SI6A 2IC3A 2OPPA 3ZSOA 4F3OA 5JS1A 2JGUA 4UQGA 2YNHA 4HCCA 4ELVA 4JS5A 1RT5A 4FM0A 4DTSA 1FKOA 5CZ2A 1KVCA 3ITHA 3WNEA 4C8LA 4J2EA 1JLAA 3JSMA 1JXBA 1NKEA 4QOZB 3E01A 3U6FA 5JS2A 4CJ3A 3RRHA 4DQPA 4F4KA 3HM9A 2WONA 3AVMA 4FJ8A 4DQQA 3HP6A 3HP9A 4LH4A 2P51A 4CGIA 5KTQA 1RILA 2G8HA 4BWJA 2ZQBA 4OGCA 3KK1A 4Q0BA 4AILC 4CEAA 3AVKA 4CJUA 1L3UA 4FZXC 3QO9A 1TKXA 4CJRA 1IKWA 4J2AA 4CFBA 1UAXA 4M3WA 4EP5A 4N47A 1TKZA 3TAQA 5HRNA 4ICLA 4F3TA 1S1UA 3L2VA 3AVBA 4HTUA 4CK1A 4KHQA 3WNGA 1S1VA 4E7JA 1I39A 4OKJA 3V4IA 1TAUA 3QETA 3DMJA 3LZJA 3SCXA 1BGXT 1DTTA 1VRUA 1TK8A 4LSLA 5J2MA 4OJRA 4HUGA 5KRSA 1LW0A 2YHBA 5K14A 3KLHA 5J2PA 1A5WA 1BISA 3SUPA 1XI1A 4HCBA 2F8SA 1NKCA 1RTDA 3C94A 2OZSA 3OYNA 4CJFA 2HHUA 1S9GA 3L2QA 5HBMA 4CGFA 4HVJA 4DWIA 3DLGA 4R5PA 1VSMA 3IG1A 3CFPA 1NJYA 4KB1A 3IRXA 3K57A 4KV8A 5FRMA 4H8KA 2IDOA 2OZMA 3ALYA 2HVHA 2HNZA 3AA2A 3VQ4A 4FCYA 3OJUA 1UA1A 1EKEA 3SQ2A 4E7KA 4JLHA 4E7HA 4HUEA 1XHZA 3AVLA 4CK2A 1JLFA 3ISNC 2RKIA 2RN2A 2D5RA 4CGGA 4B08A 3VA3A 1REVA 1S1XA 4AHSA 4DFMA 1RDDA 4M3ZA 2HHXA 3AO1A 3QEXA 2XY6A 4ELTA 3ZT3A 3DRPA 4KB0A 3P1GA 1NKBA 1YTAA 3HYFA 2D0BA 3SV4A 4CHYA 1JLQA 3HPOA 1VSJA 4Z4GA 3VQAA 4CERA 3QNOA 4OVLA 3RR8A 3DYAA 3V9WA 3ASMA 4RG8A 1RBTA 5SWMA 3NAEA 5HRPA 1ZBHA 3D0PA 3PO5A 4RW6A 1S9EA 4FJ7A 3VQ5A 4CIEA 2VG7A 4O5BA 3THVA 2KZMA 4W5TA 4NCAA 1FKPA 1NJXA 3VQEA 3KIOA 1B9FA 3PO4A 3L8BA 3ZSQA 5D3GA 4FK4A 3QEIA 3OYGA 2DFEA 3OVNA 1N6QA 4CHPA 3SPZA 4QAGA 4KHSA 3SQ0A 3LAMA 4HHTA 4M3UA 3AVCA 4DFJA 3KKRA 3I0RA 3MEGA 3AV9A 3NF8A 1J53A 1S6QA 3C95A 5J2QA 5HP1A 4PUOA 4FJJA 1RT6A 1RCHA 1U49A 1CLQA 4OLBA 1L3SA 2YV0X 1IO2A 2E6LA 1RTHA 3LAKA 3U3GA 3NGZA 3OYIA 3HVRA 1CXQA 3PY8A 3ZSZA 4FZZA 2RPIA 1L3TA 1NK9A 4RW7A 3QEVA 1HMVA 5E41A 5J2NA 3P83D 3DM2A 3KD5E 3OJSA 4DS5A 1C6VA 4FM1A 4CJ4A 3M8QA 2XO7A 1SL2A 3PX6A 1KFDA 1NOZA 1RT7A 3B6OA 5I42A 1R0AA 1EETA 1HNIA 4I9LA 4C8NA 2P5GA 3MAQA 3ZSVA 4BWMA 4OKKA 3IS9A 3OYLA 4LH5A 3AVAA 3QEWA 4HUFA 4NYFA 4B8CA 3AVJA 1C1CA 3OYKA 5C24A 3ULDA 3OYMA 3VN5A 2D0CA 4DTOA 3QIOA 4B9SA 1HQUA 3NF9A 3MXIA 4OKEA 3DLRA 4OGEA 3O3GA 3OS1A 4IDKA 1IKXA 4M3RA 1QSSA 2IAJA 1BHLA 1WSHA 2B5JA 3KTQA 3OYAA 1JLEA 1VSEA 4FJMA 4ZTFA 4IFVA 3DLKA 1QQCA 4B9MA 1NJWA 4AHVA 1SKSA 2F96A 1BIUA 2YNFA 3OYJA 4W5OA 4F8RA 3SQ4A 3TANA 4KI4A 3OYBA 4DSFA 1WAFA 4B8AB 1L3VA 4FZYA 4DU1A 2Z1HA 1S6PA 1YT3A 2Z1JA 3VQQA 2YKNA 4EZ6A 1C0UA 3MXJA 4O55A 4PWDA 3ZT2A 1T05A 2BE2A 3VQDA 1KFSA 4M3XA 2QKBA 3KK2A 1X9MA 4FJ5A 4B9LA 4DFKA 2FC0A 3NCIA 1CZ9A 3AVHA 3V9ZA 1J54A 1KLMA 2P5OA 3KD1E 4M3TA 3K2PA 3MECA 3L3UA 5FDLA 3C6TA 2KZZA 3ZT4A 3QEPA 1C0MA 1KVAA 4DTNA 4C8KA 2EX3A 3S3MA 3OYEA 1IG9A 4EP4A 3T19A 4FJHA 1UOCA 3QIPA 4E7IA 1RTJA 3NFAA 3RMCA 2X74A 5CYMA 4M42A 4B3OA 1SV5A 1HJRA 1RBVA 2FBVA 3S3OA 5FRNA 2F8TA 3NH1A 3JYTA 5HRSA 3VQ8A 1NK8A 2YNIA 2XY7A 2G8UA 4B9VA 4DMNA 3T3FA 2ITGA 4WE1A 2Z1IA 3EZ5A 4W5QA 3TABA 3CM5A 1X9SA 2YHAA 4KHWA 4ID1A 3QNNA 1SKWA 3OS2A 4CEQA 4BDYA 1WSJA 1RNHA 4FM2A 3V9UA 3RR7A 4NCBA 4FLZA 1Z26A 4FW2A 2P1JA 2GBZA 4IBNA 4O44A 4JRQA 4CE9A 4JRPA 2HHTA 3CFOA 3DRRA 4TSXA 1IH7A 3NF6A 4CJPA 3K5LA 4FLUA 4CEZA 3M8SA 3LALA 4CEOA 1ZYQA 3LP2A 4CEFA 4DS4A 1U47A 5KGXA 3ZSXA 3LDSA 3G0ZA 2Y1JA 2DFHA 1T03A 4Z4HA 4CGHA 2HHQA 3NDKA 3KK3A 3CG7A 3AO2A 2VG6A 3VQ7A 4N41A 3LPUA 1Q9YA 2BDPA 4KAZA 4AHCA 1KSPA 5T7BA 4CEEA 1Q8IA 1S1TA 1KLNA 4Z4FA 1W0HA 1C1BA 1HYZA 3F73A 3HSTB 4DLGA 4ELUA 2OPSA 4AHUA 4FJXA 4DTMA 3LANA 4CJEA 1RTIA 4KRFA 1BI4A 2ZD1A 3V9SA 2D0AA 1U4BA 3DOLA 4FK0A 1L5UA 1S1WA 4KHNA 3D45A 1DLOA 3NE6A 4DSIA 2X6NA 1NK0A 4GVMA 1B92A 3RWUA 3OS0A 3DLHA 4FJKA 4KHUA 1WSGA 2Q3SA 3AVIA 3V1RA 4CF0A 4LD0A 1ZBIA 1ZBFA 4M3YA 4KFBA 4BE1A 1LW2A 4CGDA 2XRIA 4E89A 1CZBA 2RF2A 2A1RA 1JLBA 1Q9XA 5C42A 1ASWA 1EXQA 4GMJB 3QINA 1SUQA 2WOMA 4CIGA 1HQEA 1U04A 1KVBA 4Z4IA 4DTRA 1S5JA 3ZT0A 2YNGA 3O4NA 3AA4A 5KI6A 1WN7A 3HVTA 5EU7A 1KRPA 1JXEA 2X6SA 1NK5A 3LP1A 4DG1A 4FLTA 1TL1A 1LWEA 4BE0A 1BCOA 4O0JA 1D9DA 2O4IA 1HYSA 4FJLA 3K58A 1LAWA 2G8WA 1JLCA 1RT4A 1LWCA 4DSEA 4FJNA 1QSYA 3AVFA 5I3UA 2G8KA 1BCMA 2PY5A 1VSKA 3AVGA 1QE1A 1F21A 3ZT1A 1JL1A 1VSFA 3S9HA 3HT3A 3TAEA 4YNQA 4E1NA 3TAGA 1T8EA 1NOYA 4PY5A 4FXDA 4DQRA 1RDAA 1TAQA 3ZSWA 3O3HA 2PYLA 4Y1DA 3SYZA 1LV5A 1HNVA 4K8XA 3B6PA 1C1AA 3DLBA 3TAFA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4DLEA 3L2RA 4CECA 3BZKA 4CZGA 3HXMA 4KTWA 4PQUA 1QSLA 4RTFD 3SAFA 1MDUB 1ZXOA 4J2BA 3K5NA 3OYCA 4Q5VA 4Z4EA 2GTDA 3BZCA 2O8DB 3I8DA 3SZ2A 1VSIA 2GX9A 4CHOA 2G8FA 3M8RA 4IFEA 4NLBA 4PKHA 2Z1GA 1BDGA 3ENBA 3W0LA 4NCGA 1GLLO 1VSLA 3CJ7A 4I7FA 2P9LA 5JVHL 3NVKA 4CK3A 4JKFA 3NMUA 1QS4A 5GAEP 5CY4A 4E7LA 3RRGA 1JCFA 2KW4A 1TV6A 2OA8A 4BGAA 1GOAA 4W5RA 4CFDA 4X64K 4BE2A 3DXMB 3CM6A 3QMLA 3VEZA 2E5LK 3BDPA 2E8AA 1IKVA 4DCHA 5BPLA 5BREA 1WLJA 3FZHA 4LFBK 1XWLA 5M1NA 5AQYA 5HROA 3CYMA 3L2UA 4F2RA 4H4MA 1BQMA 4FPAA 3E1YA 4GW6A 3J7ZO 4B9QA 4XH5A 1IJJA 3U9DA 4CHZA 3AY9A 2ZJPL 3SNNA 1U2VA 1N8RO 5KPTA 1D5AA 4QCLA 2I5JA 4DFPA 5C25A 3FFIA 2KHOA 1RT1A 1BL3A 3THWB 5FPMA 2QTDA 4RW4A 4O4GA 5JLHA 3LP0A 1TL3A 3GOIA 5BN8A 5KPZA 3J7AP 2XHBA 3HBTA 1TKTA 2Q31A 3TI0A 1NU0A 4DV4K 3C6HA 4IFYA 2NUBA 4KPYA 4O0IA 3DWLA 3AO4A 2KQ2A 4KREA 5AQZA 1XMQK 2ETJA 3RSEA 3DLEA 4DTPA 4FWKA 4CJTA 3N4QA 4FL9A 2JLEA 2QI2A 4A57A 4IG0A 1YXQA 3M3ZA 4AHRA 4ISGA 3R3LA 1E4GT 5KGWA 1TUYA 1UWBA 4FK2A 2VYPA 3MEDA 3KLEA 4DU3A 3UKUB 3HJFA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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