2O4IA

Structure of trex1 in complex with dna
Total Genus 61
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
61
sequence length
226
structure length
218
Chain Sequence
GHMQTLIFLDLEATGLPSSRPEVTELCLLAVHRRALENTSISQGHPPPVPRPPRVVDKLSLCIAPGKACSPGASEITGLSKAELEVQGRQRFDDNLAILLRAFLQRQPQPCCLVAHNGDRYDFPLLQTELARLSTPSPLDGTFCVDSIAALKALEQASKSYSLGSIYTRLYWQAPTDSATAEGDVLTLLSICQWKPQALLQWVDEHARPFSTVKPMYG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords 5'-D(*GP*CP*TP*AP*GP*GP*CP*AP*GP*GP*AP*AP*CP*CP*CP*CP*TP*CP*
publication title Structure of the dimeric exonuclease TREX1 in complex with DNA displays a proline-rich binding site for WW Domains.
pubmed doi rcsb
source organism Mus musculus
molecule tags Hydrolase/dna
total genus 61
structure length 218
sequence length 226
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.11.2: Exodeoxyribonuclease III.
pdb deposition date 2006-12-04
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2o4iA01
4HHTA 3QEWA 4FJKA 1A5XA 4DS5A 4K8ZA 3G0ZA 2DFFA 3AVHA 3H08A 2QKKA 1TKZA 2ATQA 3S3MA 3HP6A 4JRPA 2O4GA 3HT3A 4EZ6A 1U47A 1X9MA 4B9SA 4B3OA 4HCCA 3QEXA 4LD0A 3LWLA 5HROA 3ZSWA 4CGHA 2G8WA 4CK1A 4NCBA 1TGOA 1JLCA 3L3UA 2XY5A 3K59A 5J2NA 3V9WA 1D9DA 2BANA 4W5OA 4KKOA 3VQQA 4CEZA 4W5QA 1QE1A 3QLHA 3KD5E 3ALYA 4KI4A 1KCFA 1S1WA 1J53A 1DTTA 2D0CA 4O5BA 4TSXA 2XY7A 3AVGA 2PYJA 4FW1A 3AVKA 3S3OA 4DSIA 3VQDA 3LZIA 3L3VA 4B8AB 4EP5A 3C95A 4C8NA 4JS5A 2F96A 3WNFA 1Z25A 3C6TA 3AO5A 2HNDA 1HYZA 4BWMA 4DTJA 1NKCA 4B9VA 1VSLA 2E6MA 4W5NA 1LW0A 3HPGA 5CYQA 3NF6A 3NGZA 2EX3A 4NYFA 4PQUA 1KFSA 1BISA 1C1CA 2HVIA 3MECA 1RT4A 5CYMA 1BCMA 3SQ1A 2GV9A 3TANA 1CXQA 4O44A 3OYJA 5CY4A 1S9GA 4QOZB 4E1MA 3V81A 4BDPA 4KTQA 3DRSA 4DLGA 3THVA 2EHGA 5CZ2A 4O55A 4F4KA 4CE9A 5HRPA 5J1EA 2FBYA 2X6SA 3OYFA 3RR7A 4RW9A 1FXXA 1RT2A 3NBPA 1QSLA 2D5RA 2VG6A 4E7LA 2HNYA 4DU3A 1U4BA 2DFEA 4FJ7A 4Z4CA 2ZD1A 3B6PA 3LP3A 3OYDA 3NE6A 4M3ZA 2HNZA 3DLHA 1NJWA 3UIQA 3U3YA 4FXDA 2PY5A 3RMAA 3HM9A 3VQ5A 1NK7A 4B9MA 1KVAA 1RT1A 2A1SA 1C0TA 4AILC 4N56A 2ZE2A 4IFYA 2HMIA 1VRTA 3U3GA 1GOBA 4KI6A 4YNQA 1TKDA 4IKFA 3OYLA 1TL3A 4GVMA 4B9TA 3LZJA 1U45A 1NKBA 3VA3A 3OYHA 3D0PA 5E41A 1DLOA 1UWBA 1RILA 2AJQA 5DMRA 3OYNA 4DSFA 4AHSA 1WAJA 4DTRA 5I42A 3CFOA 3SNNA 4AHVA 1J9AA 5CZ1A 4CF1A 4CK2A 1JXEA 4FLYA 1XI1A 4OLAA 4ZHRA 1IKYA 3MEEA 1ZBFA 1TK0A 3F9KA 4CF2A 1LV5A 1GOCA 1L3UA 4CESA 3TAPA 4I2QA 1CLQA 3HP9A 4JRQA 3V9UA 3PX6A 1IG9A 1S1XA 5KI6A 3AVMA 1WSEA 4F3OA 4E7KA 4DTMA 3ULDA 2X6NA 4OKJA 4CFBA 4FM1A 4DSLA 3NF9A 3KLEA 4H4OA 1LWFA 4OLBA 1XHXA 2KZZA 1KFDA 4IDKA 1T8EA 5J2PA 1X9WA 4KB0A 4H4MA 3OS1A 1C0UA 3DLBA 2RF2A 3NF8A 5K14A 5HRSA 4F2RA 3KKRA 3HVRA 4DF8A 1REVA 3QIOA 4B9LA 5D3GA 2YNFA 1VSDA 2KFZA 3ZT3A 2A1RA 1JLBA 2O4IA 3ZT1A 4CEDA 1RT6A 3VQCA 3V6DA 3HPOA 4EP4A 1I3AA 4DQIA 4FLXA 4M3WA 4M3XA 2FBXA 3O4NA 4KHYA 3F73A 4W5TA 3K57A 1XWLA 2VWKA 1JL1A 3DM2A 3VQBA 4N76A 3LPTA 4DSKA 4DFPA 1GOAA 1JLQA 3PX0A 3RRGA 1NJZA 1D8YA 3MXIA 3K58A 1RBVA 3ZT2A 4N5SA 1SL1A 4UQGA 4KO0A 4CFDA 4W5RA 4FJ9A 4EZ9A 3KK3A 4C8MA 3SQ0A 1TKTA 4ICLA 1G15A 4M3YA 4I9QA 3OS0A 2B5JA 4CJWA 4C8KA 2HB5A 4DFMA 3KLIA 2VG5A 1KVCA 4OKKA 4CJPA 5C42A 4E7HA 1VRUA 4OGCA 2OYQA 4FZXC 4NCAA 2DY4A 1QQCA 1A5WA 1X1PA 2GBZA 2P51A 3AVNA 3NFAA 4CHZA 2Q3SA 1T7PA 1BI4A 3DMJA 4OGEA 3SUNA 4J2AA 1QSSA 1HPZA 4ELTA 3JYTA 3SYZA 4OKEA 3OYAA 3QESA 5FRNA 4R5PA 5J2MA 3P1GA 2ETJA 3PO4A 4DSJA 1S5JA 1VSKA 3EZ5A 1KRPA 3HPHA 3PV8A 1S1UA 2YV0X 3V1RA 1EKEA 1ZBIA 1LW2A 2FBTA 1JLAA 1CZBA 4DFKA 1RT7A 3ZSYA 2X78A 3HXMA 4PY5A 4N47A 4ELUA 4N41A 3TABA 3SQ4A 2HHQA 1BHLA 4NCGA 3ZSRA 1B9DA 4FM2A 4HCBA 4KFBA 1Z26A 4DTUA 4CEOA 1HYSA 3HSTB 3OJSA 4KTWA 3SCXA 4Z4IA 1RTHA 4IFVA 2E6LA 4LH4A 3QIPA 1RTIA 4CHNA 2KZMA 3T1AA 2YNHA 2W42A 1L5UA 3DRRA 3LANA 3OYEA 4DU4A 4M3UA 3NH0A 3DLKA 1K6YA 1TK8A 3HK2A 4CK3A 4E3SA 1FK9A 2KTQA 1NK6A 4ZTJA 4FLTA 5FDLA 1LAWA 3K5MA 4E1NA 4CJUA 4ID1A 3VQ8A 4KPYA 4PA1A 1U48A 1KVBA 2DFHA 3OYMA 1ASWA 2ZQBA 2G8KA 3NDKA 4BE1A 1EETA 1CXUA 5HRRA 4BWJA 1X9SA 2OZMA 2KFNA 4KREA 4O0IA 2ITGA 3CFPA 1RT3A 1S6QA 4FK0A 4F2SA 1U49A 4K8XA 4FJ8A 4MQ3A 4FM0A 3LP0A 4DMNA 3RRHA 1TKXA 3LP2A 2BDPA 1VSIA 4FCYA 2QKBA 4Q5VA 4CEAA 1VSFA 3AVLA 4FLUA 4J2EA 2YNGA 1BQNA 1HNIA 4KHUA 1WAFA 1VSJA 2Z1JA 4CFCA 4I7FA 4E19A 4CFAA 5JS2A 4HUFA 3VQ9A 1RBRA 3AA5X 1RBSA 4GMJB 4CGDA 4CJLA 4CIGA 3ISNC 1UA0A 5HP1A 1NJXA 3KTQA 4B9NA 3TAFA 3SJJA 3AVJA 4CJ4A 1DTQA 4CJEA 1NK9A 4F8RA 1KLMA 1JXBA 4I2PA 4CF8A 1RTDA 2VG7A 1WSHA 3VQAA 1NJYA 4Z4FA 1ASUA 3L2VA 3SQ2A 3TWHA 2HHXA 1BI4B 1JLGA 3M8SA 2IS3A 4RW4A 3DOKA 4YFUA 1L3TA 1YT3A 3K2PA 4BE2A 3K5NA 5HLFA 1S6PA 3TARA 4FJHA 1NKEA 3DLGA 3KD1E 1SKWA 3QERA 3DOLA 1JLEA 4WE1A 4Y1DA 4BE0A 3NCIA 2I5JA 1S1TA 1BGXT 5EU7A 4KB1A 3I0RA 3OYBA 3NHGA 4DF4A 3AVBA 1KLNA 4FK4A 3PUFA 2F8SA 5HBMA 1JLFA 2KW4A 3RMDA 1HQEA 3O3FA 2HHTA 3B6OA 1C1BA 4FJIA 1U04A 4O4GA 1QHTA 4CJVA 3LDSA 1S1VA 5KRTA 3EYZA 4E7JA 3TI0A 1WN7A 2JLEA 4CF9A 4CCHA 3L2QA 1VK0A 1FKPA 4CHYA 1NK5A 3OYGA 2IGIA 4JLHA 1R0AA 2HVHA 5SZTA 4DTPA 4FJXA 1RT5A 3CFRA 1ZBHA 3HJFA 1BIZA 1Q8IA 4LSNA 3DLRA 3OS2A 1EXQA 1UOCA 3VQEA 3KK2A 3AO4A 1IKXA 3PY8A 3NAEA 1HRHA 1I39A 3TAGA 1WSIA 4CJRA 4LY7A 4DQQA 1UA1A 2RPIA 4KAZA 2P5OA 4B8CA 4CERA 3NGYA 4FK2A 4FJNA 1SL0A 4C8OA 2Y1JA 4CJFA 2Y1IA 2HHVA 1J54A 3OY9A 3I0SA 5T7BA 3ASMA 3K5OA 1XHZA 2OPPA 3TAMA 2Z1HA 3SPZA 2HHUA 4FZYA 1W0HA 4Z4GA 2JGUA 4DU1A 2B6AA 1IKWA 2Z1GA 3AV9A 5FROA 3ZSVA 3KLHA 4FZZA 3E01A 4RG8A 3OYCA 2DTUA 3NF7A 4KHNA 2OZSA 3WNGA 4CGGA 3T19A 3RMCA 2LSNA 3LPUA 3PX4A 4CGIA 1ASVA 4DG1A 1NK4A 4Q0BA 4DSEA 2IAJA 2WONA 3AVFA 4AH9A 4J2BA 2WOMA 1B9FA 4OVLA 1BL3A 2R7YA 1D5AA 1KTQA 3VQPA 4FJLA 1ZBLA 4HVJA 4QCLA 1RNHA 3G10A 3QEVA 3HL8A 2PYLA 4GW6A 3IRXA 2P5GA 3ZSOA 5KRSA 5C24A 3L2RA 2YNIA 3SV4A 1YTAA 3AVIA 5I3UA 1WSGA 1SL2A 3AO3A 1TVRA 2B4JA 2OPSA 4CEQA 4XIUA 3I8DA 1WSJA 1T03A 3ZT0A 3AVAA 4CJKA 3MXJA 2YHAA 3HYFA 4QAGA 3M8RA 2G8HA 4M3RA 1VSEA 4DWIA 4DTOA 1C6VA 1J5OA 3PO5A 3TAQA 3HO1A 3QNOA 4CEBA 3CYMA 4G1QA 3TAEA 4FJJA 2QXFA 3D45A 1RBTA 2YKNA 3AO1A 3KKSA 4F3TA 3M8QA 3IAYA 4IG0A 1NK0A 3V4IA 1W9HA 2XHBA 1C0MA 1HMVA 3ZSQA 1HQUA 4B08A 1QSYA 3P5JA 3NH1A 3JSMA 1TAQA 1F21A 3CM5A 2XO7A 4DLEA 4FVMA 1ITGA 4M45A 3U6FA 4MFBA 3M8PA 1QS4A 4DQRA 4HUGA 4DQSA 1BCOA 2P1JA 4KV8A 3V9ZA 3S9HA 4FJMA 1VSMA 3AA3A 4E7IA 4AHCA 3FFIA 3LAMA 1IH7A 3AA2A 1ZYQA 3LWMA 1SKRA 1HYVA 5DK5A 4Z4EA 4H8KA 4RW7A 3VA0A 1KSPA 2XY6A 4CHQA 5J2QA 2RN2A 4J2DA 3KJVA 4DFJA 3RWUA 5SWMA 3LAKA 2Z1IA 1IKVA 1WLJA 4Z0UA 3O4QA 4DS4A 4BDZA 3QEIA 3MAQA 1EP4A 4CHOA 2VWJA 3KIOA 2IDOA 3AA4A 4CJTA 1BQMA 1SUQA 1MU2A 4CJQA 3EY1A 4KHQA 4M3TA 3AO2A 2G8VA 5KGWA 3SUOA 3VN5A 2BGGA 5FRMA 3TR8A 4CIFA 2E4LA 1B92A 4CGFA 1LAVA 3S3NA 4OPKA 1NK8A 2QK9A 4CGJA 1NOYA 4M41A 4DTSA 3VQ4A 3OJUA 4Y1CA 3IS9A 3SZ2A 2D0AA 4PWDA 3DRPA 1SKSA 2HW3A 1HJRA 4ID5A 4E0DA 3V1QA 3BGRA 3ITHA 1TV6A 1HNVA 3QEPA 4CJ3A 4CEFA 1CZ9A 1ZBUA 4IBNA 1YVUA 3VQ7A 4E89A 1TL1A 1RBUA 4FLZA 3CG7A 3ZT4A 1L3SA 3VQ6A 4CHPA 3BDPA 3LALA 4KHSA 4KTZA 3NH2A 3OYKA 3K5LA 4C8LA 3MXMA 4OPJA 3KLGA 3DLEA 3QNNA 4HUEA 1LWCA 4CF0A 3WNEA 4B9UA 5HRNA 3SUQA 1L3VA 1XC9A 3SPYA 4FW2A 5KTQA 3V9SA 1WNSA 5KGXA 1VSHA 2XRIA 3IG1A 3SV3A 1YTUA 1T05A 1S9EA 2FBVA 1RDCA 4RW6A 3L2WA 4ZTFA 2IC3A 4RW8A 4BDYA 4FLWA 2G8UA 3ZSZA 1QTMA 1JL2A 1Q9XA 1RCHA 4O0JA 3RR8A 3KK1A 1RDAA 3V1OA 3ZCMA 4CJSA 2GUIA 4AHRA 3OYIA 2G8IA 4DTNA 2IOCA 1JKHA 2OPRA 4NYNA 4FLVA 3SUPA 3MEGA 3WNHA 1LWEA 4LH5A 3L2UA 2XY8A 1D9FA 4CEEA 3RMBA 4L8RB 4CIEA 1EX4A 3QO9A 1RDBA 1UAXA 2NUBA 1IO2A 2X74A 3MEDA 4HTUA 4DTXA 1N5YA 3KLFA 4OJRA 2OA8A 1A5VA 1O1WA 3CM6A 3LP1A 4KHWA 3O3GA 4CECA 5C25A 4FJ5A 1TAUA 2KQ2A 3P83D 4FYDA 4PUOA 1NOZA 4Z4HA 4FJGA 3C94A 2BE2A 3SI6A 2F8TA 2D0BA 2YHBA 3NGIA 4CJ5A 4M42A 3CQ8A 4KRFA 3A2FA 3C6UA 4AHTA 3OVNA 2HHSA 4AHUA 1RDDA 2RKIA 3DYAA 1Y97A 3DI6A 2G8FA 4DQPA 1Q9YA 2PZSA 1SV5A 4ELVA 3HVTA 2HHWA 3O3HA 2OPQA 3AVCA 3RTVA 3QETA 2FC0A 1BIUA 4IG3A 3T3FA 3ZSXA 4LSLA 4BACA 1FKOA 1WSFA 3V9XA 5JS1A 2YKMA 4JS4A 3QINA 1TK5A 1N6QA 4I9LA 3L8BA 1C1AA 1RTJA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2F9TA 2Q31A 1QHAA 4DS5A 3G0ZA 1GLEG 4LF4K 3S3MA 3HP6A 4EFHA 1X9MA 4BR7A 1VQ4N 3MDQA 4KH6A 4R79A 4LD0A 3QEXA 3H1QA 4HCCA 1TGOA 1JLCA 2XY5A 4AF1A 4W5OA 4CEZA 5AQYA 1QE1A 1N33K 3I56N 3I33A 3KD5E 4EHTA 4KI4A 3DXKA 1S1WA 3IDHA 1DTTA 4O5BA 1OH5A 2PYJA 4G9ZA 5KPZA 2ZM6K 3VQDA 5M1KA 2NRRA 4EP5A 2F96A 1NU0A 2D4WA 1Q86O 1HYZA 1NKCA 1ZBSA 4PL8A 4BGAA 1NGGA 5CHIA 2HVIA 3MECA 5CYMA 2NRXA 5LMUK 5CY4A 4QS9A 4BRIA 3THVA 2EHGA 4O55A 4CE9A 2A5XA 4LFBK 2D5RA 1DT9A 4RWTA 4DR7K 2HNZA 1NJWA 2FSJA 3RMAA 1RGIA 3VQ5A 1NK7A 1C0TA 4AILC 2ZE2A 2HMIA 1GOBA 3C7NB 2E5LK 1TKDA 4RTFD 2FF6A 3EEQA 5AQMA 1TL3A 4BR9A 5AQPA 1U45A 3VA3A 3D0PA 1RILA 2NLXA 3OYNA 5I42A 3CFOA 4FWNA 1XI1A 5AJ3K 4CF1A 4OLAA 1VQKN 5H1SQ 1TUUA 1L3UA 4CESA 3TAPA 4JRQA 2VGNA 5BREA 4YOWA 3BZKA 1NGEA 4E7KA 4OKJA 2JWKA 3NF9A 2ASMA 2KZZA 1T8EA 4KB0A 4H4MA 3NF8A 3KWGA 4DF8A 1REVA 3KZBA 4OX9K 3ZT3A 1WUAA 2P9SA 4CEDA 4GVEA 2UUAK 4DQIA 4M3XA 2D1KA 4KHYA 4XH4A 4B1YB 3K57A 2P9PB 1R59O 1XWLA 2VWKA 1JL1A 3QFPA 3VEZA 3CCVN 3LPTA 1N32K 1GOAA 1JLQA 3RRGA 1D8YA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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