2O4IA

Structure of trex1 in complex with dna
Total Genus 61
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
61
sequence length
226
structure length
218
Chain Sequence
GHMQTLIFLDLEATGLPSSRPEVTELCLLAVHRRALENTSISQGHPPPVPRPPRVVDKLSLCIAPGKACSPGASEITGLSKAELEVQGRQRFDDNLAILLRAFLQRQPQPCCLVAHNGDRYDFPLLQTELARLSTPSPLDGTFCVDSIAALKALEQASKSYSLGSIYTRLYWQAPTDSATAEGDVLTLLSICQWKPQALLQWVDEHARPFSTVKPMYG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structure of the dimeric exonuclease TREX1 in complex with DNA displays a proline-rich binding site for WW Domains.
pubmed doi rcsb
source organism Mus musculus
molecule tags Hydrolase/dna
molecule keywords 5'-D(*GP*CP*TP*AP*GP*GP*CP*AP*GP*GP*AP*AP*CP*CP*CP*CP*TP*CP*
total genus 61
structure length 218
sequence length 226
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.11.2: Exodeoxyribonuclease III.
pdb deposition date 2006-12-04
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2o4iA01
1UA0A 1LWFA 4FVMA 1WNSA 1U47A 4DFMA 5KGWA 2OPRA 1HNVA 1HRHA 3VQQA 2D0BA 3MXMA 3LP2A 4CHPA 1F21A 5J2PA 3DI6A 1HMVA 2DFFA 3OY9A 4E0DA 5CYMA 3SNNA 1KFDA 3O3FA 1WSEA 3PO5A 4CIFA 4FJXA 1NK4A 1G15A 4E7HA 1JLFA 3HP9A 2DFEA 3OYIA 3OYFA 4FM1A 3PUFA 3EZ5A 1FK9A 2WOMA 1XC9A 2PY5A 1BGXT 5KTQA 5C25A 4F2SA 2HNZA 4E89A 4DTUA 3OYDA 2XRIA 3U3GA 1J5OA 4M42A 1JLCA 4I9LA 3OYLA 4CEAA 4M3WA 1YT3A 3ASMA 1U45A 1NKEA 1VSLA 1WAFA 1RDCA 1RT4A 3I8DA 3LWLA 1NOYA 4N41A 4YFUA 2LSNA 1NKBA 4F3OA 3VQ4A 2IGIA 4H4OA 2WONA 1RT6A 1S5JA 1TL1A 4KV8A 4OPJA 3K59A 4HCCA 4KPYA 2ITGA 4DSKA 4FJ8A 4M3ZA 3L8BA 4H4MA 1VSHA 3RMAA 1BL3A 4AH9A 3QEIA 5C42A 3TAFA 2G8HA 4KB0A 3OYEA 1VRTA 4C8OA 1BISA 4FJLA 4I9QA 3F9KA 4DTXA 4CJRA 4CF9A 1BI4B 3O4NA 5SWMA 4PY5A 4W5RA 3TAPA 1WAJA 3L3VA 2XY6A 4CCHA 3AVHA 1L5UA 1JKHA 5K14A 3K2PA 1C1AA 2Q3SA 3TAEA 1W9HA 2P1JA 2Z1IA 2D0AA 3NGZA 1TK5A 1ASVA 1SL2A 1LAVA 2YHAA 4CJLA 4HUFA 4DTPA 1UAXA 3PO4A 3DRSA 4O0JA 4FCYA 3NFAA 1KSPA 1FKPA 3SPZA 4ID5A 3MXIA 3WNHA 4DQIA 4CF0A 3AO5A 3K5MA 4DFJA 1BIUA 4CHZA 3HXMA 4CJKA 1W0HA 3U3YA 1A5XA 3HPGA 3VQ7A 2QKKA 3DRPA 4ID1A 4OLBA 1L3VA 4L8RB 4CFCA 4Q5VA 5CZ2A 4FJMA 1RT1A 1I39A 3VN5A 1ZBHA 2R7YA 1TVRA 1Q8IA 2B4JA 4DSEA 1VSKA 4FW2A 1ITGA 4CJWA 1LWEA 1BQNA 3HL8A 5SZTA 3KK3A 4PQUA 4C8MA 1VRUA 4CF2A 1N5YA 3SJJA 1J54A 3ZSOA 4PUOA 3OVNA 1UWBA 4FLYA 3LZIA 4CJTA 1SV5A 5KI6A 1VK0A 1NOZA 1RDDA 1QS4A 5FRMA 1T03A 3VA0A 3OYGA 4DFPA 2P5OA 4RW9A 4LH5A 2G8VA 4Z4FA 3B6PA 3U6FA 1Q9XA 5D3GA 3QINA 4N5SA 3CFPA 1RTJA 3SQ1A 4FXDA 2PYLA 2YKNA 4HTUA 1U48A 4M3XA 5DMRA 3HVTA 3C6TA 1EKEA 2ZE2A 3AVLA 3V9SA 3V9XA 3KK2A 3WNGA 5CYQA 3KD1E 3K5NA 1JLEA 3NBPA 3AO3A 3O4QA 1NK6A 3LALA 3QERA 3OYKA 1MU2A 4RG8A 1CXQA 3VQ8A 3CQ8A 3AA3A 4JRPA 1JL2A 4BACA 1NK0A 4IKFA 4CGFA 1IH7A 4DF4A 3SQ0A 2RPIA 4CEEA 1QSYA 4BDZA 2OZMA 2QKBA 1QSSA 3LZJA 2A1SA 1BIZA 3RR7A 4CHNA 4FZZA 4B9MA 3E01A 3LPTA 4OPKA 4O4GA 5HP1A 1TKDA 4ELTA 2KZMA 3EY1A 1FKOA 3C6UA 1Z25A 3HPOA 4JS4A 2BGGA 1TKTA 3AVMA 3KLFA 3KK1A 3SUOA 1RDAA 3DLEA 1KLNA 2Z1GA 3SUNA 3HP6A 4BE0A 4KI4A 3NCIA 3O3HA 3LANA 4Z4EA 1ZBIA 2BANA 4NCBA 4B9TA 3CG7A 3DLKA 1HYVA 4R5PA 3KLGA 3PX4A 3AA4A 1QHTA 3DLHA 1TAUA 4CGDA 4DS5A 2Y1JA 3S3NA 3DMJA 3OYJA 3K5LA 2Y1IA 3MXJA 3VQEA 4B9NA 3ZCMA 1S1VA 2XY5A 4QAGA 4KHQA 3HPHA 4CEOA 4MFBA 5DK5A 3HT3A 1J9AA 4Z4CA 4FJGA 4DF8A 3OYCA 3WNEA 2VG5A 4E7LA 4NCAA 1TK0A 3MEEA 1K6YA 1TAQA 2OPSA 4DG1A 4CHYA 4ZTFA 3ZT4A 2YNGA 1ZYQA 4FJ9A 3LP3A 3VQAA 2G8IA 3QNNA 1BHLA 1NK7A 4FJNA 3OS1A 3L2VA 3NF7A 4C8KA 3AVFA 3RR8A 3AVGA 4CIGA 1T8EA 3QIPA 3DLGA 4EP4A 2BDPA 1JXEA 1VSDA 4J2BA 1EP4A 3I0SA 4BWMA 1U4BA 3WNFA 4CGIA 5KRSA 4GVMA 3TWHA 1T05A 1FXXA 4M3TA 4E7IA 4DQQA 2PYJA 4O55A 1SKWA 2AJQA 4CJFA 4ELUA 2HB5A 2HHQA 5I42A 3PV8A 4O0IA 5T7BA 3V9WA 4LH4A 1L3UA 4Z0UA 1IKYA 1XHXA 4XIUA 3AV9A 4HUGA 3V9ZA 2YNFA 1KVCA 3AVCA 4Q0BA 4HCBA 4KO0A 2F8SA 1B9FA 4FLZA 4BDPA 3ALYA 3TANA 3BGRA 2HHWA 3QETA 4DTNA 1LV5A 4RW6A 4CEFA 4B9VA 3NF6A 2IDOA 3RMDA 2KTQA 4E1NA 3OYBA 1XWLA 3NDKA 4FK4A 4FJ5A 4M3RA 4F8RA 3QO9A 3M8PA 2O4IA 1WSJA 3SCXA 2KQ2A 4CESA 4E7JA 3M8RA 4B9SA 1BI4A 1VSFA 3AVJA 3DRRA 2Z1JA 3ZSVA 3OJSA 3S3MA 1X1PA 1C0UA 1REVA 1RT2A 4KHUA 2DFHA 4B9LA 4ZHRA 1KVAA 4KREA 3V4IA 4CECA 4BWJA 4EP5A 4W5TA 5FROA 4FLVA 2G8UA 1KFSA 4AHSA 5CY4A 4B3OA 4CHQA 4E19A 5KGXA 3O3GA 1X9WA 1BQMA 5CZ1A 4FK0A 1XHZA 1ZBUA 4CJ3A 3LPUA 3VQ5A 3JSMA 1EXQA 3TAMA 4N76A 4BDYA 4CK2A 3KLHA 1CZBA 4RW7A 1IG9A 2HHUA 3HVRA 4KHSA 4CIEA 3NE6A 3AVKA 3K57A 1YVUA 4C8LA 4CEZA 3IS9A 2HHXA 3QEXA 1N6QA 4DSJA 2GV9A 4ELVA 3V1QA 4G1QA 1YTUA 3IAYA 3JYTA 2XY8A 3TR8A 4CERA 1HQEA 1IO2A 3NF9A 4OGEA 3BDPA 2X78A 3I0RA 2P51A 2ATQA 2B5JA 3LAKA 1NK8A 1T7PA 4OKJA 2YV0X 4GMJB 4FM2A 1JLAA 1TV6A 4OKKA 2G8FA 4NYNA 3RMBA 2XHBA 4FJHA 1IKVA 1RT7A 2RN2A 4AILC 4E1MA 4DSLA 1RDBA 4K8ZA 3G10A 2G8KA 3KTQA 4OLAA 2HW3A 2X6SA 3RMCA 1NK5A 2JLEA 1EX4A 3ISNC 2ZD1A 3KKRA 3OYMA 1QTMA 3D0PA 4FJKA 3CYMA 1S6PA 3IRXA 4HVJA 2IAJA 4B8CA 3TAGA 3MAQA 1J53A 2HHSA 3KKSA 3OJUA 2YKMA 1LWCA 2DTUA 2YNIA 4Z4GA 3CFRA 3LDSA 4KB1A 1C0MA 4FJ7A 4CF8A 3DYAA 4DU3A 4M45A 1U04A 1UA1A 4IFYA 1JLQA 1GOAA 2D5RA 1NJWA 4DLGA 3NGIA 2KW4A 4CJ5A 4CK3A 4CJ4A 1RBRA 1RBUA 1RTHA 3L3UA 4N47A 4FJJA 5C24A 3ULDA 4HHTA 3RTVA 2VWJA 1ZBLA 4B9UA 4KHYA 2HHTA 3ZSWA 4RW4A 2Z1HA 1X9MA 1R0AA 1NJYA 3HM9A 5J2MA 3C95A 3SUQA 3S9HA 1S9GA 4CHOA 1B92A 4DU4A 3LP1A 3OYNA 2RF2A 4BE2A 4CGHA 1SL1A 4M3UA 2YHBA 4FYDA 3LP0A 3HO1A 4AHVA 1ASWA 5HRRA 4I2PA 4FJIA 4IDKA 5FRNA 3MEGA 3VQ6A 2OYQA 2HHVA 4IG0A 4FK2A 2GUIA 3IG1A 1RBVA 4QCLA 3PX0A 4W5OA 3NH1A 3VQBA 2ETJA 1RT3A 2OPQA 2GBZA 4LD0A 4DQRA 4DTSA 5HRSA 5J1EA 3NH0A 3NHGA 1WN7A 3SV3A 3TARA 3NF8A 1DTTA 1NK9A 3H08A 4AHRA 4DQSA 1S1UA 1HPZA 4LSNA 4FZYA 1RNHA 4PA1A 1ASUA 4UQGA 1L3TA 3L2WA 3C94A 1TKZA 3ZSQA 3SUPA 3NAEA 2F8TA 1WSHA 4KTZA 4JLHA 2OPPA 4DFKA 2IS3A 3KIOA 4DMNA 4W5QA 4ZTJA 1U49A 3K5OA 4CJEA 2XO7A 1C6VA 5J2QA 4EZ9A 4LSLA 3QNOA 2HNYA 3P5JA 1I3AA 4OJRA 2X6NA 1SL0A 3DOKA 2KFNA 3QLHA 3V9UA 4WE1A 4HUEA 1WSFA 4CEQA 4CJSA 5JS1A 2E6MA 1Y97A 1S1TA 4LY7A 3TABA 5HLFA 2HMIA 4KRFA 4B8AB 2X74A 4O5BA 1KTQA 3QEPA 3SPYA 2BE2A 3OS2A 3MECA 3ZSZA 5HRNA 1NJZA 1HJRA 2E4LA 2VG6A 2IC3A 2HVHA 1TGOA 1QSLA 4IFVA 3AO4A 2P5GA 4DTRA 1RT5A 1LAWA 3OYHA 4KHNA 4NCGA 3LAMA 4H8KA 5HROA 2OA8A 1KRPA 1NJXA 4Z4IA 4PWDA 1KCFA 1GOCA 4OGCA 3L2QA 2XY7A 4FZXC 3PX6A 4O44A 4GW6A 3LWMA 3CFOA 2NUBA 3V6DA 3TI0A 1EETA 3TAQA 2ZQBA 1RBSA 2KFZA 1RTDA 2KZZA 3AO1A 1NKCA 1IKXA 2B6AA 1BCMA 1KVBA 2DY4A 3ZSYA 3B6OA 3DLRA 3QIOA 1O1WA 4AHCA 3P83D 3T3FA 3AO2A 4OVLA 4DTMA 4I2QA 4OKEA 1GOBA 3SI6A 3HJFA 2FBXA 3CM6A 4CF1A 1X9SA 1S1XA 1JLGA 3MEDA 1VSJA 4KFBA 1C1BA 1A5VA 3RRHA 1UOCA 5KRTA 4NYFA 5EU7A 1TL3A 2FBTA 4AHUA 4F4KA 2JGUA 2VG7A 4AHTA 4CJPA 3THVA 3VQPA 3M8SA 4E3SA 3A2FA 3KD5E 1VSMA 1JXBA 3AVIA 1RTIA 4KKOA 2QXFA 2RKIA 4CEDA 1VSEA 1SKSA 4DQPA 3AVAA 3V81A 2QK9A 2E6LA 3OS0A 3RWUA 4DU1A 4KTWA 2W42A 2G8WA 3UIQA 4FLTA 4KHWA 1S6QA 2EX3A 3HK2A 3V1RA 4RW8A 2FBVA 3DOLA 2EHGA 2I5JA 3HYFA 4IG3A 4Y1DA 1HYZA 3VQDA 5I3UA 3D45A 2F96A 1IKWA 3K58A 2O4GA 1HQUA 4B08A 3PY8A 4F3TA 3ZSXA 3VQCA 4BE1A 1B9DA 4FLUA 4CK1A 3VQ9A 1C1CA 5FDLA 1WLJA 1BCOA 3NGYA 5J2NA 4KI6A 4W5NA 1TK8A 1LW0A 1VSIA 4YNQA 3KJVA 4DTJA 5HBMA 4J2EA 4FW1A 3ZT2A 1CZ9A 3OYAA 3SV4A 1D9FA 4J2DA 4EZ6A 3ITHA 3ZT3A 3KLEA 4CE9A 3SQ4A 1CXUA 4I7FA 3SZ2A 2OZSA 1JL1A 3V1OA 1RILA 3CM5A 4F2RA 4CEBA 1LW2A 1D9DA 1RCHA 4MQ3A 4CGJA 4K8XA 1HYSA 1Q9YA 1Z26A 3ZT0A 3T19A 5E41A 2D0CA 4DS4A 4CFBA 4CGGA 4IBNA 1S1WA 4JRQA 1QQCA 1QE1A 3AA2A 3L2UA 2PZSA 3SYZA 1S9EA 4C8NA 1WSGA 1KLMA 3P1GA 2VWKA 5HRPA 4TSXA 2YNHA 4N56A 1XI1A 3DLBA 1L3SA 3F73A 1YTAA 3AVBA 4JS5A 3QESA 1A5WA 1ZBFA 1SUQA 3HSTB 4Z4HA 4DSFA 4CFAA 4CJVA 1CLQA 4M3YA 4Y1CA 2A1RA 4KTQA 1TKXA 4ICLA 3G0ZA 4CJQA 1WSIA 2FC0A 1DLOA 3AVNA 3T1AA 3VA3A 3S3OA 3ZSRA 2FBYA 3M8QA 5JS2A 4DTOA 3ZT1A 4QOZB 3L2RA 2IOCA 3EYZA 4CJUA 3SQ2A 3RRGA 4KAZA 1JLBA 1RBTA 2HNDA 4CFDA 4FLWA 3QEVA 3QEWA 1HNIA 3DM2A 1D8YA 4J2AA 4FLXA 4FM0A 4E7KA 4M41A 4DSIA 4DLEA 1C0TA 3NH2A 1D5AA 3FFIA 1SKRA 3AA5X 3KLIA 4DWIA 2HVIA 1DTQA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4JAXA 4BR2A 3TTDA 3VERA 5IWAK 2E5LK 2OPRA 3DI6A 1HMVA 5GAEP 1HX1A 4YOVA 5KPZA 2DFEA 3PUFA 1KXPA 1XC9A 2WOMA 3CJ9A 1BGXT 3EKSA 1BU6O 1N32K 4DQ8A 2IIRA 3U3GA 4M42A 3TTCA 3OYLA 1C0GA 1YT3A 1S3XA 1NKEA 1NOYA 1WAFA 4N41A 1RT4A 3SBTA 4F3OA 2IGIA 4H4OA 3GOIA 1RT6A 3THYA 4HCCA 4BC2A 1Q86O 4KPYA 4H4MA 3RMAA 5C10A 1BL3A 4AH9A 4KB0A 3OYEA 4C8OA 3CCQN 1BISA 1TYQB 5AQVA 1BI4B 4W5RA 1OVYA 3LDLA 4FWLA 1ASVA 4NXMK 3CD6N 3UE5A 4DV0K 2UXDK 3CQXA 3G4SN 3HM8A 4BQZA 3NFAA 4ID5A 4A61A 1K8AO 4BRLA 4CJKA 3CJAA 4H5VA 3HPGA 1W2BM 2QKKA 2QWQA 4YY3K 2W6LA 4CZFA 2V51B 1RT1A 2Q0UA 1ZBHA 2R7YA 3F5TA 3C6AA 4DSEA 2ZF5O 1LCUA 1VSKA 4FW2A 4CJWA 4PQUA 2YX6A 4PUOA 3H6EA 3CCSN 3D6RA 2NRRA 4RW9A 3CFPA 1U2VA 4DR1K 2O8CA 4FXDA 2PYLA 3CPEA 4I6MA 2ZE2A 4H5WA 3V9SA 1KC8O 3VEVA 3KD1E 3JXUA 3AO3A 3O4QA 4M7YA 1QSLA 1CXQA 3VQ8A 1Q82O 3NVKA 2VWBA 2OZMA 4BDZA 3RR7A 1S22A 3LZJA 4CZJA 4CHNA 1XC3A 2KZMA 2KLAA 1BOTO 4JYAK 4H5TA 3G6EN 3CCMN 3F2KA 3KK1A 4LF7K 3DLEA 1KLNA 1RDWX 2P9IA 4KI4A 3L4QA 3O3HA 3LANA 4A5BA 2YI1A 2BANA 4IO9L 3O9UA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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